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├── Files
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│ │ │ │ Package: gromacs-data
│ │ │ │ Source: gromacs
│ │ │ │ Version: 2025.1-1
│ │ │ │ Architecture: all
│ │ │ │ Maintainer: Debichem Team <debichem-devel@lists.alioth.debian.org>
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│ │ │ │ Depends: libjs-mathjax
│ │ │ │ Recommends: gromacs
│ │ │ │ Section: science
│ │ │ │ Priority: optional
│ │ │ │ Multi-Arch: foreign
│ │ │ │ Homepage: https://www.gromacs.org/
│ │ │ │ Description: GROMACS molecular dynamics sim, data and documentation
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│ │ │ │ +00028a90: 5f67 726f 6d61 6373 5f67 7075 5f75 7469 _gromacs_gpu_uti
│ │ │ │ +00028aa0: 6c73 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 ls -->.<g id="ed
│ │ │ │ +00028ab0: 6765 3236 3622 2063 6c61 7373 3d22 6564 ge266" class="ed
│ │ │ │ +00028ac0: 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 ge">.<title>modu
│ │ │ │ +00028ad0: 6c65 5f73 7263 5f74 6573 7475 7469 6c73 le_src_testutils
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│ │ │ │ +00028b90: 3539 2c2d 3130 3131 2e39 3720 3730 392e 59,-1011.97 709.
│ │ │ │ +00028ba0: 3235 2c2d 3130 3330 2e34 3620 3431 312e 25,-1030.46 411.
│ │ │ │ +00028bb0: 3331 2c2d 3130 3333 2e38 3122 2f3e 0a3c 31,-1033.81"/>.<
│ │ │ │ +00028bc0: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 polygon fill="#2
│ │ │ │ +00028bd0: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 82fcc" stroke="#
│ │ │ │ +00028be0: 3238 3266 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 282fcc" points="
│ │ │ │ +00028bf0: 3431 312e 322c 2d31 3033 302e 3331 2034 411.2,-1030.31 4
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│ │ │ │ +00028c30: 0a3c 2f67 3e0a 3c2f 673e 0a3c 2f73 7667 .</g>.</g>.</svg
│ │ │ │ +00028c40: 3e0a >.
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/page_modulegraph.xhtml
│ │ │ │ @@ -74,15 +74,15 @@
│ │ │ │ </div><!-- top -->
│ │ │ │ <div><div class="header">
│ │ │ │ <div class="headertitle"><div class="title">Module dependency graph</div></div>
│ │ │ │ </div><!--header-->
│ │ │ │ <div class="contents">
│ │ │ │ <div class="textblock"><p>The graph below shows the dependencies between the source code modules, computed from include statements in the code. For documented modules (those that do not have a gray background), clicking on the module takes you to the module documentation. Legend for the graph can be found below the graph.</p>
│ │ │ │ <div class="dotgraph">
│ │ │ │ -<iframe scrolling="no" frameborder="0" src="dot_module-deps.svg" width="3776" height="1880"><p><b>This browser is not able to show SVG: try Firefox, Chrome, Safari, or Opera instead.</b></p></iframe></div>
│ │ │ │ +<iframe scrolling="no" frameborder="0" src="dot_module-deps.svg" width="4152" height="1546"><p><b>This browser is not able to show SVG: try Firefox, Chrome, Safari, or Opera instead.</b></p></iframe></div>
│ │ │ │ <h1><a class="anchor" id="autotoc_md49"></a>
│ │ │ │ Legend</h1>
│ │ │ │ <p>The graph below annotates the colors and line styles used in the module dependency graph above. More detailed textual annotation is below the graph.</p>
│ │ │ │ <div class="dotgraph">
│ │ │ │ <iframe scrolling="no" frameborder="0" src="dot_inline_dotgraph_2.svg" width="440" height="407"><p><b>This browser is not able to show SVG: try Firefox, Chrome, Safari, or Opera instead.</b></p></iframe></div>
│ │ │ │ <p>Node colors: </p><dl>
│ │ │ │ <dt>gray background </dt>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_10.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -133,16 +133,16 @@
│ │ │ │ │ ['makeunperturbedlj14params_97', ['makeUnperturbedLJ14Params', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02topsort_8cpp_03.xhtml#a2808faea96c2b64e53ffd7a46782d459', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{topsort.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['makeupdategroupingspermoleculetype_98', ['makeupdategroupingspermoleculetype', ['../namespacegmx.xhtml#aa51b331e6dc5454e57b96838b2d503af', 1, 'gmx::makeUpdateGroupingsPerMoleculeType(const gmx_moltype_t &moltype, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparams)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a716fe4766d0dbb653552d9287feb563f', 1, 'gmx::makeUpdateGroupingsPerMoleculeType(const gmx_mtop_t &mtop)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['makeupdategroups_99', ['makeUpdateGroups', ['../namespacegmx.xhtml#a2dc1261c727390c49373b57c3581f1af', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['makevendorflavorchoice_100', ['makeVendorFlavorChoice', ['../ocl__compiler_8cpp.xhtml#ab7da5ff7c4af27a4a1789dbd342a8966', 1, 'gmx::ocl']]],
│ │ │ │ │ ['makevirtualsiteshandler_101', ['makeVirtualSitesHandler', ['../namespacegmx.xhtml#ad59dd2687a751a26481a0a774f51146a', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['malloc_102', ['malloc', ['../classgmx_1_1AlignedAllocationPolicy.xhtml#ae8815b9093593a20638c4071395a1ca6', 1, 'gmx::AlignedAllocationPolicy::malloc()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#abea041287228e8b33c288bd9b3713b6c', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy::malloc()'],
│ │ │ │ │ + ['malloc_102', ['malloc', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#abea041287228e8b33c288bd9b3713b6c', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy::malloc()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AlignedAllocationPolicy.xhtml#ae8815b9093593a20638c4071395a1ca6', 1, 'gmx::AlignedAllocationPolicy::malloc()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PageAlignedAllocationPolicy.xhtml#aefa29138219cff2f879abf3e92d2aa20', 1, 'gmx::PageAlignedAllocationPolicy::malloc()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['mallocimpl_103', ['mallocImpl', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02alignedallocator_8cpp_03.xhtml#a824a99e0446104045db4c13ac052f953', 1, 'gmx::anonymous_namespace{alignedallocator.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['manage_5fthreading_2ecpp_104', ['manage_threading.cpp', ['../manage__threading_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['manage_5fthreading_2eh_105', ['manage_threading.h', ['../manage__threading_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['managedevelopmentfeatures_106', ['manageDevelopmentFeatures', ['../namespacegmx.xhtml#a9ae13beb245adcba7f37c004bff11c41', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['managegeneratedoutputfile_107', ['manageGeneratedOutputFile', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileManager.xhtml#af0ffc0ec6e12b37178c20f775d58c10f', 1, 'gmx::test::TestFileManager']]],
│ │ │ │ │ @@ -150,83 +150,83 @@
│ │ │ │ │ ['management_20commandline_109', ['Command Line Program Management (commandline)', ['../group__module__commandline.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['manager_110', ['manager', ['../page_wrapperbinary.xhtml#section_wrapperbinary_manager', 1, 'Command line manager'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLineModuleManagerTestBase.xhtml#a4b476b8e0f4a76c7ceeed026734ea8dd', 1, 'gmx::test::CommandLineModuleManagerTestBase::manager()'],
│ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md48', 1, 'Reference temperature manager']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['manager_2ecpp_111', ['manager.cpp', ['../manager_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['manager_2eh_112', ['manager.h', ['../manager_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['managers_5f_113', ['managers_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionsImpl.xhtml#ac6b12c0ab7bd35f3223562488836479f', 1, 'gmx::internal::OptionsImpl::managers_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#a83daffc3bbc78602b537d5968aa89fb2', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::managers_']
│ │ │ │ │ + ['managers_5f_113', ['managers_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#a83daffc3bbc78602b537d5968aa89fb2', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::managers_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionsImpl.xhtml#ac6b12c0ab7bd35f3223562488836479f', 1, 'gmx::internal::OptionsImpl::managers_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['managesyncwithppcoordinatesendergpu_114', ['manageSyncWithPpCoordinateSenderGpu', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a34f7471640b60d9b19ed1fba0a0e6934', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['manualoutputfile_115', ['ManualOutputFile', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02extract__cluster_8cpp_03_1_1ManualOutputFile.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{extract_cluster.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['many_5fauto_5fcorrel_116', ['many_auto_correl', ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml#ad3b9966ff6279f6316c3c898e31f0dee', 1, 'many_auto_correl(std::vector< std::vector< real > > *c): manyautocorrelation.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../manyautocorrelation_8h.xhtml#ad3b9966ff6279f6316c3c898e31f0dee', 1, 'many_auto_correl(std::vector< std::vector< real > > *c): manyautocorrelation.cpp']
│ │ │ │ │ + ['many_5fauto_5fcorrel_116', ['many_auto_correl', ['../manyautocorrelation_8h.xhtml#ad3b9966ff6279f6316c3c898e31f0dee', 1, 'many_auto_correl(std::vector< std::vector< real > > *c): manyautocorrelation.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml#ad3b9966ff6279f6316c3c898e31f0dee', 1, 'many_auto_correl(std::vector< std::vector< real > > *c): manyautocorrelation.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['many_5fcross_5fcorr_117', ['many_cross_corr', ['../crosscorr_8cpp.xhtml#a953d512f8171310c10a4d0f4121d1a33', 1, 'many_cross_corr(int nFunc, int *nData, real **f, real **g, real **corr): crosscorr.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../crosscorr_8h.xhtml#a953d512f8171310c10a4d0f4121d1a33', 1, 'many_cross_corr(int nFunc, int *nData, real **f, real **g, real **corr): crosscorr.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['manyautocorrelation_2ecpp_118', ['manyautocorrelation.cpp', ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['manyautocorrelation_2ecpp_118', ['manyautocorrelation.cpp', ['../tests_2manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['manyautocorrelation_2eh_119', ['manyautocorrelation.h', ['../manyautocorrelation_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['map_120', ['map', ['../structt__matrix.xhtml#a4cfcb489019e79bf56990ce36cefe00f', 1, 't_matrix']]],
│ │ │ │ │ ['mapb_121', ['mapb', ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#aabf74268915bc1a13aaaa95c236d5e08', 1, 'gmx_ana_indexmap_t']]],
│ │ │ │ │ ['mapconstiterator_122', ['MapConstIterator', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a5b3ca67a8497cc2cf77f3c0da771fa95', 1, 'gmx::EnergyFrame']]],
│ │ │ │ │ ['mapgridtodatagrid_123', ['mapGridToDataGrid', ['../namespacegmx.xhtml#ad49aba237e75034450c40885fccde22c', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['mapid_124', ['mapid', ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#a2675a18d204f864f94da0d616c115884', 1, 'gmx_ana_indexmap_t']]],
│ │ │ │ │ ['mapnameformatterstoparameters_125', ['mapNameFormattersToParameters', ['../naming_8h.xhtml#a8152d9167617d92ebbc1c23f7af65108', 1, 'gmx::test::detail']]],
│ │ │ │ │ ['mappedid_126', ['mappedId', ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a9b2a183cd94c03a9aabe10c89e73648b', 1, 'gmx::SelectionPosition']]],
│ │ │ │ │ ['mappedids_127', ['mappedIds', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a44d2c2cd4db4eade34cac95f5916a2a0', 1, 'gmx::Selection']]],
│ │ │ │ │ ['mappedunionfinder_128', ['MappedUnionFinder', ['../classgmx_1_1MappedUnionFinder.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['mapping_129', ['mapping', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a02c710cacde0166f1c5f4c67b9971cee', 1, 'gmx::basic_mdspan::mapping()'],
│ │ │ │ │ + ['mapping_129', ['mapping', ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a80905ecdaf35273d7f7c303e7d2ff909', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml', 1, 'gmx::layout_right::mapping< Extents >'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a7aa3312a770a6a3946d60a7e23cb2002', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping(const Extents &ext) noexcept'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#ad632683c77288c28df614ea7915917ce', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping(const mapping &) noexcept=default'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a7aa3312a770a6a3946d60a7e23cb2002', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a02c710cacde0166f1c5f4c67b9971cee', 1, 'gmx::basic_mdspan::mapping()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#afc7b2299be673f6d37d0a570e061da72', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping(mapping &&) noexcept=default'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a80905ecdaf35273d7f7c303e7d2ff909', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping() noexcept=default']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#ad632683c77288c28df614ea7915917ce', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping(const mapping &) noexcept=default']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['mapping_5ftype_130', ['mapping_type', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a41c0126e07c9b922b4b838b578af7888', 1, 'gmx::basic_mdspan']]],
│ │ │ │ │ ['maptoframeatoms_5f_131', ['mapToFrameAtoms_', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection_1_1Impl.xhtml#a028b638ac6bf4c5c76f4c78819d94cff', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['maptype_132', ['MapType', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#ae7cbc6aabfeacd2447563d8f137045f4', 1, 'gmx::EnergyFrame']]],
│ │ │ │ │ ['mark_5fsubexpr_5fdynamic_133', ['mark_subexpr_dynamic', ['../compiler_8cpp.xhtml#a2ce676e6caff3877910cd9cfc27cb955', 1, 'compiler.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['mark_5fsurface_5fcovered_134', ['mark_surface_covered', ['../sm__insolidangle_8cpp.xhtml#ad016ba6ae3e4a77948222f08f4004e4f', 1, 'sm_insolidangle.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['markasreadytoreduce_135', ['markAsReadyToReduce', ['../classgmx_1_1ObservablesReducer.xhtml#aa76fb912aca1c30275e567685626f515', 1, 'gmx::ObservablesReducer']]],
│ │ │ │ │ ['markasset_136', ['markAsSet', ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#af02f972186bba8ff52f0e789e7d6fedc', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage']]],
│ │ │ │ │ ['marknotified_137', ['markNotified', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a2e4ff0da40c2d126b1dd4539cc1d8d99', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData']]],
│ │ │ │ │ ['markup_138', ['markup', ['../page_onlinehelp.xhtml#autotoc_md91', 1, 'Formatting markup'],
│ │ │ │ │ ['../page_onlinehelp.xhtml#autotoc_md93', 1, 'GROMACS-specific markup']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['mask_139', ['mask', ['../classgmx_1_1test_1_1AllocatorTest.xhtml#a3b860b1af26fe4dce4d932a100a1d1ab', 1, 'gmx::test::AllocatorTest']]],
│ │ │ │ │ - ['maskadd_140', ['maskadd', ['../namespacegmx.xhtml#a0178a127dde331652ab015323ae622f2', 1, 'gmx::maskAdd(float a, float b, float m)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga766a313a4a158cfcb0eed0373dd82dfc', 1, 'gmx::maskAdd(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFBool m)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gadab86e04bd62248ab68039d8983a9206', 1, 'gmx::maskAdd(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDBool m)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a68b090d0e3ab5695c508453406ee43c8', 1, 'gmx::maskAdd(double a, double b, double m)']
│ │ │ │ │ + ['maskadd_140', ['maskadd', ['../group__module__simd.xhtml#ga766a313a4a158cfcb0eed0373dd82dfc', 1, 'gmx::maskAdd(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFBool m)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a0178a127dde331652ab015323ae622f2', 1, 'gmx::maskAdd(float a, float b, float m)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a68b090d0e3ab5695c508453406ee43c8', 1, 'gmx::maskAdd(double a, double b, double m)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gadab86e04bd62248ab68039d8983a9206', 1, 'gmx::maskAdd(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDBool m)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['maskarray_141', ['maskarray', ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeIsHalfISize_01_4.xhtml#aa09948a382ac9009e878a3bf5081abd5', 1, 'gmx::DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsHalfISize >::maskArray()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeEqualsISize_01_4.xhtml#a42fcf1ef011c98c6dca2d5fb14a4ff53', 1, 'gmx::DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeEqualsISize >::maskArray()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeIsDoubleISize_01_4.xhtml#a45e2188c94bad5c65ddfbf1802dd7a81', 1, 'gmx::DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsDoubleISize >::maskArray()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeIsDoubleISize_01_4.xhtml#a45e2188c94bad5c65ddfbf1802dd7a81', 1, 'gmx::DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsDoubleISize >::maskArray()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeEqualsISize_01_4.xhtml#a42fcf1ef011c98c6dca2d5fb14a4ff53', 1, 'gmx::DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeEqualsISize >::maskArray()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['maskzfma_142', ['maskzfma', ['../namespacegmx.xhtml#a8151e61ef06e30e360c03bba6fb5e2ab', 1, 'gmx::maskzFma(float a, float b, float c, float m)'],
│ │ │ │ │ + ['maskzfma_142', ['maskzfma', ['../group__module__simd.xhtml#gaaa689a6c17b1d60d62b6fcd51daa7639', 1, 'gmx::maskzFma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c, SimdDBool m)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gac21c886b9883657fd67d8b48e784af2d', 1, 'gmx::maskzFma(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c, SimdFBool m)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa3cf4eaad108887d2462f5beecd4db62', 1, 'gmx::maskzFma(double a, double b, double c, double m)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaaa689a6c17b1d60d62b6fcd51daa7639', 1, 'gmx::maskzFma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c, SimdDBool m)']
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a8151e61ef06e30e360c03bba6fb5e2ab', 1, 'gmx::maskzFma(float a, float b, float c, float m)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa3cf4eaad108887d2462f5beecd4db62', 1, 'gmx::maskzFma(double a, double b, double c, double m)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['maskzinv_143', ['maskzinv', ['../namespacegmx.xhtml#af5cc89f64ab845f88816a9cbb16d467c', 1, 'gmx::maskzInv(double x, bool m)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a582d71ff8e7d51cbd2386e29935e89ef', 1, 'gmx::maskzInv(float x, bool m)']
│ │ │ │ │ + ['maskzinv_143', ['maskzinv', ['../namespacegmx.xhtml#a582d71ff8e7d51cbd2386e29935e89ef', 1, 'gmx::maskzInv(float x, bool m)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#af5cc89f64ab845f88816a9cbb16d467c', 1, 'gmx::maskzInv(double x, bool m)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['maskzinvsingleaccuracy_144', ['maskzInvSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a2433c82892495a73bf41de15f5e8908f', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['maskzinvsqrt_145', ['maskzinvsqrt', ['../namespacegmx.xhtml#aa5b5a9766964a2b854f493fd783bb63d', 1, 'gmx::maskzInvsqrt(double x, bool m)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa182f9ceead92b3055e6ae5903994651', 1, 'gmx::maskzInvsqrt(float x, bool m)']
│ │ │ │ │ + ['maskzinvsqrt_145', ['maskzinvsqrt', ['../namespacegmx.xhtml#aa182f9ceead92b3055e6ae5903994651', 1, 'gmx::maskzInvsqrt(float x, bool m)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa5b5a9766964a2b854f493fd783bb63d', 1, 'gmx::maskzInvsqrt(double x, bool m)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['maskzinvsqrtsingleaccuracy_146', ['maskzInvsqrtSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a1fdaf91102db0bfbc6fd440524b15199', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['maskzmul_147', ['maskzmul', ['../namespacegmx.xhtml#a7e4ab8b1ab046ff242d32ab93366bfde', 1, 'gmx::maskzMul(double a, double b, double m)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a1e3c4084e25d298f95003df8e9aeffa1', 1, 'gmx::maskzMul(float a, float b, float m)'],
│ │ │ │ │ + ['maskzmul_147', ['maskzmul', ['../namespacegmx.xhtml#a1e3c4084e25d298f95003df8e9aeffa1', 1, 'gmx::maskzMul(float a, float b, float m)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gafb416d879be4463f38af9b670583fd65', 1, 'gmx::maskzMul(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDBool m)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaa732ce9ab59cca63f834923a8cb4c775', 1, 'gmx::maskzMul(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFBool m)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gafb416d879be4463f38af9b670583fd65', 1, 'gmx::maskzMul(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDBool m)']
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a7e4ab8b1ab046ff242d32ab93366bfde', 1, 'gmx::maskzMul(double a, double b, double m)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['maskzrcp_148', ['maskzrcp', ['../namespacegmx.xhtml#a46aa2887b65705f41a4f99028391e06d', 1, 'gmx::maskzRcp(double x, double m)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a5e2078ca9735b86c8414dc80273c330f', 1, 'gmx::maskzRcp(float x, float m)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gabda785f716b1445f709fc7aa028c0589', 1, 'gmx::maskzRcp(SimdFloat x, SimdFBool m)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga0f425368efd0895189b0e11d4b5d4ccc', 1, 'gmx::maskzRcp(SimdDouble x, SimdDBool m)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['maskzrsqrt_149', ['maskzrsqrt', ['../group__module__simd.xhtml#ga6eb1ba8851b08ceea1c160b6b255ee9b', 1, 'gmx::maskzRsqrt(SimdFloat x, SimdFBool m)'],
│ │ │ │ │ @@ -254,38 +254,38 @@
│ │ │ │ │ ['matio_2ecpp_159', ['matio.cpp', ['../tests_2matio_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['matlam_160', ['matlam', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a3da2ad9c2aa9800de6a5a83868e90d92', 1, 'gmx::Lincs']]],
│ │ │ │ │ ['matrix_161', ['matrix', ['../structt__matrix.xhtml#a1a09d637a51e9e5b526ae840a182d9ee', 1, 't_matrix']]],
│ │ │ │ │ ['matrix_2ecpp_162', ['matrix.cpp', ['../math_2tests_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../math_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['matrix_2eh_163', ['matrix.h', ['../math_2include_2gromacs_2math_2matrix_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['matrix3x3_164', ['matrix3x3', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#abe16d8d44b085b584568a1f5b2e57f2f', 1, 'gmx::test::Matrix3x3'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a8065c9cfb460c40c3c2699c728ecd3f4', 1, 'gmx::Matrix3x3']
│ │ │ │ │ + ['matrix3x3_164', ['matrix3x3', ['../namespacegmx.xhtml#a8065c9cfb460c40c3c2699c728ecd3f4', 1, 'gmx::Matrix3x3'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#abe16d8d44b085b584568a1f5b2e57f2f', 1, 'gmx::test::Matrix3x3']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['matrix3x3constspan_165', ['Matrix3x3ConstSpan', ['../namespacegmx.xhtml#a589179a4042893247bfe78e630ee381f', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['matrix3x3span_166', ['Matrix3x3Span', ['../namespacegmx.xhtml#a42b7945e249b8dd5a00cd733e679c2a9', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['matrix3x3tostring_167', ['Matrix3x3ToString', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03_1_1Matrix3x3ToString.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['matrix_5f_168', ['matrix_', ['../structgmx_1_1MrcDensitySkewData.xhtml#a8341d52116450b5e201979b68356df03', 1, 'gmx::MrcDensitySkewData']]],
│ │ │ │ │ ['matrix_5fconvert_169', ['matrix_convert', ['../pbc_8cpp.xhtml#aec6c71950b4b9e1c90429eff68ea4168', 1, 'pbc.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['matrixvectormultiply_170', ['matrixVectorMultiply', ['../namespacegmx.xhtml#a2f6cbfad1dad185c82ec9bee081833c5', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['max_171', ['max', ['../group__module__simd.xhtml#ga3c66081dde9666200461f364725a4085', 1, 'gmx::max()'],
│ │ │ │ │ + ['max_171', ['max', ['../group__module__simd.xhtml#gaceb279f0a831efc0d8e6be7d96c9e6d2', 1, 'gmx::max()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#abf888030231e57e8c412cecd63f70f78', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::max()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#af3bf0caf1c448e8f298a0d2b60b34733', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::max()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a747866a072cff89a20b8f58621ae4bc5', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::max()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#a445e2fab20c2f008fd972f5e96cd8b68', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::max()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#aba294339d0eec4d12a1019d24848f0b9', 1, 'gmx::NormalDistribution::max()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#af043df37641bf3c31adc4b46164ef94c', 1, 'gmx::GammaDistribution::max()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#a5db77b73c9d84977cd6a1e93427abb6b', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::max()'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#a41d9f565256e2af79951232a328ce054', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::max()'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a16f6bf4a20b14262f28168596d5bb8b9', 1, 'gmx::max(double a, double b)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aa8475501c67be44a07c58f4aa43eed23', 1, 'gmx::max(const gmx::BasicVector< float > &v1, const gmx::BasicVector< float > &v2)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga68bbfb58d0ab7d2362d0efde15c14ca3', 1, 'gmx::max(Simd4Double a, Simd4Double b)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga3c66081dde9666200461f364725a4085', 1, 'gmx::max(Simd4Float a, Simd4Float b)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a16f6bf4a20b14262f28168596d5bb8b9', 1, 'gmx::max(double a, double b)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a35c7b010fbd32f5424afa0de0c70db6f', 1, 'gmx::max(float a, float b)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga4edeef3c458f5c77cf3ceb80532a57ff', 1, 'gmx::max(SimdFloat a, SimdFloat b)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaceb279f0a831efc0d8e6be7d96c9e6d2', 1, 'gmx::max(SimdDouble a, SimdDouble b)']
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga4edeef3c458f5c77cf3ceb80532a57ff', 1, 'gmx::max(SimdFloat a, SimdFloat b)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['max_5f_172', ['max_', ['../structgmx_1_1MrcDataStatistics.xhtml#a3d4ebb4aee6f51e4383349225d3dee83', 1, 'gmx::MrcDataStatistics']]],
│ │ │ │ │ ['max_5fbeta_173', ['max_beta', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#ac3907c78cd20eccc0e427c288bec058d', 1, 'gmx_enfrotgrp']]],
│ │ │ │ │ ['max_5fconnect_174', ['max_connect', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a7c26cd85abd23d06de22e27ee68af042', 1, 'gmx::Lincs']]],
│ │ │ │ │ ['max_5fcutoff2_175', ['max_cutoff2', ['../pbc_8cpp.xhtml#aa14c05a2e7b891ca9ce15895e75ff6db', 1, 'max_cutoff2(): pbc.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../structt__pbc.xhtml#a0648f104170187ab2a5656e7c16323d6', 1, 't_pbc::max_cutoff2']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ @@ -540,53 +540,53 @@
│ │ │ │ │ ['methodvalue_343', ['methodValue', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol.xhtml#a49757367d1428ffa5373577bf6155fe2', 1, 'gmx::SelectionParserSymbol']]],
│ │ │ │ │ ['metropolis_344', ['metropolis', ['../md__enums_8h.xhtml#a4434e158af47f6a5cbc228465ade1511a45b7d6bd6a51c5f44167f682a0de2f09', 1, 'Metropolis: md_enums.h'],
│ │ │ │ │ ['../md__enums_8h.xhtml#a07be3f2d86a9b6337ff8c4853a0fb8b8a45b7d6bd6a51c5f44167f682a0de2f09', 1, 'Metropolis: md_enums.h']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['metropolisgibbs_345', ['MetropolisGibbs', ['../md__enums_8h.xhtml#a07be3f2d86a9b6337ff8c4853a0fb8b8aabd219dfaf174da51f52f077bb3ddb2b', 1, 'md_enums.h']]],
│ │ │ │ │ ['mh_346', ['mH', ['../structSettleWaterTopology.xhtml#ae5c2bb98e8301302136172d7327aabe6', 1, 'SettleWaterTopology']]],
│ │ │ │ │ ['mhbox_5fdiag_347', ['mhbox_diag', ['../structt__pbc.xhtml#a99115cf054cd015a6320f2c7a3decb95', 1, 't_pbc']]],
│ │ │ │ │ - ['mimic_2ecpp_348', ['mimic.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../gromacs_2mdrun_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['mimic_2ecpp_348', ['mimic.cpp', ['../gromacs_2mdrun_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../programs_2mdrun_2tests_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['mimiccommunicator_349', ['MimicCommunicator', ['../classgmx_1_1MimicCommunicator.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['mimictest_350', ['MimicTest', ['../classgmx_1_1test_1_1MimicTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ - ['min_351', ['min', ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a0d071daf59c7d5fd6cc2e03e986eb573', 1, 'gmx::NormalDistribution::min()'],
│ │ │ │ │ + ['min_351', ['min', ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#a8d1d5c9d6d6befc8db69b80a1f32d011', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::min()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a6a8182b711f1f09839fd540cd7380aa2', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::min()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#a01eeced5dfdf0a9ac49fd8cde86ca86c', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::min()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#a508ed49231881353e4994ac6805dbd96', 1, 'gmx::GammaDistribution::min()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a2ba096f455f54b3312098b670c517095', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::min()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a0d071daf59c7d5fd6cc2e03e986eb573', 1, 'gmx::NormalDistribution::min()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#a7f7e85f465de2b7114ac1716aace7920', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::min()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a894276bb060524bbd3c43d2d86a96fa8', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::min()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a2ba096f455f54b3312098b670c517095', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::min()'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a65fb0c7aa84962905d3d78a913c787c3', 1, 'gmx::min(double a, double b)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa6d21dccd9a94698363bdb1943f139bb', 1, 'gmx::min(float a, float b)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga66c497c1f66c2aaccafefdfdeaf6ce2f', 1, 'gmx::min(SimdFloat a, SimdFloat b)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga48c0e6ede1542c0a5eee7094c56d51b2', 1, 'gmx::min(SimdDouble a, SimdDouble b)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga2da2e85aea6a6eef4add06627566b8ab', 1, 'gmx::min(Simd4Float a, Simd4Float b)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gacf515651ecc6efcf3ec65a8ff488ea02', 1, 'gmx::min(Simd4Double a, Simd4Double b)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#a01eeced5dfdf0a9ac49fd8cde86ca86c', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::min()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#a8d1d5c9d6d6befc8db69b80a1f32d011', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::min()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a6a8182b711f1f09839fd540cd7380aa2', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::min()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a894276bb060524bbd3c43d2d86a96fa8', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::min()']
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga2da2e85aea6a6eef4add06627566b8ab', 1, 'gmx::min(Simd4Float a, Simd4Float b)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga48c0e6ede1542c0a5eee7094c56d51b2', 1, 'gmx::min(SimdDouble a, SimdDouble b)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga66c497c1f66c2aaccafefdfdeaf6ce2f', 1, 'gmx::min(SimdFloat a, SimdFloat b)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa6d21dccd9a94698363bdb1943f139bb', 1, 'gmx::min(float a, float b)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['min_5f_352', ['min_', ['../structgmx_1_1MrcDataStatistics.xhtml#a44fd54ddb96bae54c1106fdd50bf35b4', 1, 'gmx::MrcDataStatistics']]],
│ │ │ │ │ ['min_5fatoms_5fper_5fgpu_353', ['min_atoms_per_gpu', ['../resourcedivision_8cpp.xhtml#af7c741d3817214b7d0507bf8b4d63ec9', 1, 'resourcedivision.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['min_5fatoms_5fper_5fmpi_5fthread_354', ['min_atoms_per_mpi_thread', ['../resourcedivision_8cpp.xhtml#ad2624f18f65913413a7c58850a32319f', 1, 'resourcedivision.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['minatom_355', ['minAtom', ['../structgmx_1_1AtomIndexExtremes.xhtml#a97d79567b3ea48410b5531b7f04268e2', 1, 'gmx::AtomIndexExtremes']]],
│ │ │ │ │ - ['mindistaction_356', ['mindistaction', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nbsearch_8cpp_03_1_1MindistAction.xhtml#a14b932817c7839ee6047c263ecd0e411', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nbsearch.cpp}::MindistAction::MindistAction()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nbsearch_8cpp_03_1_1MindistAction.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nbsearch.cpp}::MindistAction'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nbsearch_8cpp_03_1_1MindistAction.xhtml#afb4f48008ebd6e12589bd6b7b286d21f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nbsearch.cpp}::MindistAction::MindistAction()']
│ │ │ │ │ + ['mindistaction_356', ['mindistaction', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nbsearch_8cpp_03_1_1MindistAction.xhtml#a14b932817c7839ee6047c263ecd0e411', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nbsearch.cpp}::MindistAction::MindistAction(int *closestPoint, real *minDist2, rvec *dx)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nbsearch_8cpp_03_1_1MindistAction.xhtml#afb4f48008ebd6e12589bd6b7b286d21f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nbsearch.cpp}::MindistAction::MindistAction(const MindistAction &)=default'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nbsearch_8cpp_03_1_1MindistAction.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nbsearch.cpp}::MindistAction']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['minimalpmegridsize_357', ['minimalpmegridsize', ['../pme_8h.xhtml#a3167e04d492823ba4279c5e11417cb8f', 1, 'minimalPmeGridSize(int pmeOrder): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme_8cpp.xhtml#a3167e04d492823ba4279c5e11417cb8f', 1, 'minimalPmeGridSize(int pmeOrder): pme.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['minimize_2ecpp_358', ['minimize.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2minimize_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['minimize_2ecpp_358', ['minimize.cpp', ['../gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../programs_2mdrun_2tests_2minimize_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['minimumcommunicationrange_359', ['minimumCommunicationRange', ['../structgmx_1_1DomdecOptions.xhtml#a4b6abda80965f8fd1341254ff9acf39f', 1, 'gmx::DomdecOptions']]],
│ │ │ │ │ ['minimumdistance_360', ['minimumDistance', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodSearch.xhtml#a94cca278a9cee6a8ce84254bbecb9b90', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodSearch']]],
│ │ │ │ │ ['minparticlecounttorecalculatesplines_361', ['minParticleCountToRecalculateSplines', ['../structPmeGpu.xhtml#afaa8b4ef593107e02a9083a57d214381', 1, 'PmeGpu']]],
│ │ │ │ │ - ['minvaluecount_362', ['minvaluecount', ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a7549c785cd633f4238f89551545725a1', 1, 'gmx::OptionInfo::minValueCount()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#aba87098ccc9288f126a36a9833744b99', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::minValueCount()']
│ │ │ │ │ + ['minvaluecount_362', ['minvaluecount', ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#aba87098ccc9288f126a36a9833744b99', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::minValueCount()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a7549c785cd633f4238f89551545725a1', 1, 'gmx::OptionInfo::minValueCount()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['minvaluecount_5f_363', ['minValueCount_', ['../classgmx_1_1AbstractOption.xhtml#a473a2162b6ca63a5f982083868664354', 1, 'gmx::AbstractOption']]],
│ │ │ │ │ ['minvar_364', ['Minvar', ['../md__enums_8h.xhtml#a4434e158af47f6a5cbc228465ade1511ad3c52b679a8ec843aba8c7dc79b4d5e2', 1, 'md_enums.h']]],
│ │ │ │ │ ['misc_2ecpp_365', ['misc.cpp', ['../misc_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['misc_5fops_5fand_5flocal_5fh2d_5fdone_366', ['misc_ops_and_local_H2D_done', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a3446ef81f367dfde54c1e90c34202484', 1, 'gmx::NbnxmGpu']]],
│ │ │ │ │ ['missing_5flink_367', ['missing_link', ['../partition_8cpp.xhtml#ae1d4e95e21992c6f1a318a606e0a49b5', 1, 'partition.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['missingelementconnectionerror_368', ['missingelementconnectionerror', ['../classgmx_1_1MissingElementConnectionError.xhtml', 1, 'gmx::MissingElementConnectionError'],
│ │ │ │ │ @@ -609,58 +609,58 @@
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02histogram_8cpp_03_1_1MockAverageHistogram.xhtml#a25b9eff3eafa923810bba59f39bd89cb', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{histogram.cpp}::MockAverageHistogram::MockAverageHistogram()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['mockhardwaretopology_2ecpp_381', ['mockhardwaretopology.cpp', ['../mockhardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mockhardwaretopologytest_382', ['MockHardwareTopologyTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mockhardwaretopology_8cpp_03_1_1MockHardwareTopologyTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mockhardwaretopology.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['mockmodule_383', ['mockmodule', ['../classgmx_1_1test_1_1MockModule.xhtml#aa89ba71e5b1bf6bfa778d629bcda713f', 1, 'gmx::test::MockModule::MockModule()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1MockModule.xhtml', 1, 'gmx::test::MockModule']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['mockoption_384', ['mockoption', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOption.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOption'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOption.xhtml#a280326f32c214bb2695bd7b04e72da7a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOption::MockOption()']
│ │ │ │ │ + ['mockoption_384', ['mockoption', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOption.xhtml#a280326f32c214bb2695bd7b04e72da7a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOption::MockOption()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOption.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOption']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['mockoptionsmodule_385', ['MockOptionsModule', ['../classgmx_1_1test_1_1MockOptionsModule.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ - ['mockoptionstorage_386', ['mockoptionstorage', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a8a153de72e2f1d8ed92d5debda54cd0e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::MockOptionStorage()']
│ │ │ │ │ + ['mockoptionstorage_386', ['mockoptionstorage', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a8a153de72e2f1d8ed92d5debda54cd0e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::MockOptionStorage()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['mode_387', ['mode', ['../autocorr_8cpp.xhtml#a605dbdf5c9c7c6edbb25ad8981e471d6', 1, 'MODE: autocorr.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhood.xhtml#a9410ce3c835d5282f742028ab17f4ab9', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhood::mode()'],
│ │ │ │ │ + ['mode_387', ['mode', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhood.xhtml#a9410ce3c835d5282f742028ab17f4ab9', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhood::mode()'],
│ │ │ │ │ + ['../autocorr_8cpp.xhtml#a605dbdf5c9c7c6edbb25ad8981e471d6', 1, 'MODE: autocorr.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodSearch.xhtml#a78219a5c5c2431c6b18d8d07d1ab8f79', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodSearch::mode()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['model_388', ['model', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#a6757add18f05a16a301428ad74d482a5', 1, 'gmx::CpuInfo']]],
│ │ │ │ │ ['modelfilename_5f_389', ['modelFileName_', ['../structgmx_1_1NNPotParameters.xhtml#a39f5daa2310dbf9d8940df1db1253e11', 1, 'gmx::NNPotParameters']]],
│ │ │ │ │ ['modelinput_5f_390', ['modelInput_', ['../structgmx_1_1NNPotParameters.xhtml#ad7bd2c11c5c4f85281f2a872807c621c', 1, 'gmx::NNPotParameters']]],
│ │ │ │ │ - ['modifiers_391', ['modifiers', ['../page_module_selection_custom.xhtml#selmethods_modifiers', 1, 'Selection modifiers'],
│ │ │ │ │ - ['../todo.xhtml#_todo000202', 1, 'Selection modifiers']
│ │ │ │ │ + ['modifiers_391', ['modifiers', ['../todo.xhtml#_todo000202', 1, 'Selection modifiers'],
│ │ │ │ │ + ['../page_module_selection_custom.xhtml#selmethods_modifiers', 1, 'Selection modifiers']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['modifyqmmmfourcenterinteractions_392', ['modifyQMMMFourCenterInteractions', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#a07953df4919a2705521ac5b5833e3af3', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor']]],
│ │ │ │ │ ['modifyqmmmthreecenterinteractions_393', ['modifyQMMMThreeCenterInteractions', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#a4844f8defaddde2fc63a8a3fd8230b74', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor']]],
│ │ │ │ │ ['modifyqmmmtopology_394', ['modifyQMMMTopology', ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml#a9e32b3996bdf1598c84685846c3a9bc4', 1, 'gmx::QMMMOptions']]],
│ │ │ │ │ ['modifyqmmmtwocenterinteractions_395', ['modifyQMMMTwoCenterInteractions', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#a982cc2c5f0ab7999d4293aa8d9c73e64', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor']]],
│ │ │ │ │ ['modifyqmmmvirtualsites_396', ['modifyQMMMVirtualSites', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#ad372980bb0c76163b60bac1a7d6c53e1', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor']]],
│ │ │ │ │ - ['modular_20simulator_397', ['modular simulator', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md13', 1, 'The modular simulator'],
│ │ │ │ │ - ['../page_modularsimulator.xhtml', 1, 'The modular simulator'],
│ │ │ │ │ + ['modular_20simulator_397', ['modular simulator', ['../page_modularsimulator.xhtml', 1, 'The modular simulator'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml', 1, 'The modular simulator'],
│ │ │ │ │ + ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md13', 1, 'The modular simulator'],
│ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md8', 1, 'Using the modular simulator']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['modular_20simulator_20approach_398', ['The modular simulator approach', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md10', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['modular_20simulator_20checkpointing_20design_399', ['Notes about the modular simulator checkpointing design', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md46', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['modular_20simulator_20design_400', ['Modular simulator design', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md45', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['modularsimulator_401', ['ModularSimulator', ['../classgmx_1_1ModularSimulator.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['modularsimulator_2ecpp_402', ['modularsimulator.cpp', ['../modularsimulator_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['modularsimulator_2eh_403', ['modularsimulator.h', ['../modularsimulator_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['modularsimulatoralgorithm_404', ['ModularSimulatorAlgorithm', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithm.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['modularsimulatoralgorithmbuilder_405', ['modularsimulatoralgorithmbuilder', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilder.xhtml#a06b5b50d449e96e4aeaf242ce9dbf055', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilder::ModularSimulatorAlgorithmBuilder()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilder.xhtml', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilder']
│ │ │ │ │ + ['modularsimulatoralgorithmbuilder_405', ['modularsimulatoralgorithmbuilder', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilder.xhtml', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilder'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilder.xhtml#a06b5b50d449e96e4aeaf242ce9dbf055', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilder::ModularSimulatorAlgorithmBuilder()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['modularsimulatoralgorithmbuilderhelper_406', ['modularsimulatoralgorithmbuilderhelper', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper.xhtml#aa3d736d85f6f1981ff07cca7358ca214', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilder.xhtml#ab50a12650263d7e07ffd08836dc5abbd', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilder::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper.xhtml', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper']
│ │ │ │ │ + ['modularsimulatoralgorithmbuilderhelper_406', ['modularsimulatoralgorithmbuilderhelper', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper.xhtml', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper.xhtml#aa3d736d85f6f1981ff07cca7358ca214', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilder.xhtml#ab50a12650263d7e07ffd08836dc5abbd', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilder::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['modularsimulatorbuilderstate_407', ['ModularSimulatorBuilderState', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gad08aa3cd3fe8d55ab61c5f81c3423a23', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['modularsimulatorerror_408', ['modularsimulatorerror', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorError.xhtml#a45029942150151c887264bfd5e79f4ab', 1, 'gmx::ModularSimulatorError::ModularSimulatorError()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ModularSimulatorError.xhtml', 1, 'gmx::ModularSimulatorError']
│ │ │ │ │ + ['modularsimulatorerror_408', ['modularsimulatorerror', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorError.xhtml', 1, 'gmx::ModularSimulatorError'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ModularSimulatorError.xhtml#a45029942150151c887264bfd5e79f4ab', 1, 'gmx::ModularSimulatorError::ModularSimulatorError()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['modularsimulatorinterfaces_2eh_409', ['modularsimulatorinterfaces.h', ['../modularsimulatorinterfaces_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['module_410', ['module', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md1', 1, 'Design of the AWH module'],
│ │ │ │ │ ['../page_simd.xhtml#autotoc_md57', 1, 'Design of the GROMACS SIMD module'],
│ │ │ │ │ ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md4', 1, 'Implementation of a module'],
│ │ │ │ │ ['../group______module__nbnxm.xhtml', 1, 'Short-range non-bonded interaction module'],
│ │ │ │ │ ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md3', 1, 'Structure of a module']
│ │ │ │ │ @@ -673,38 +673,38 @@
│ │ │ │ │ ['moduledisplayname_5f_416', ['moduleDisplayName_', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext_1_1Impl.xhtml#a3042eef8599cec99bab4d97dfd45ccb3', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['modulefactorymethod_417', ['ModuleFactoryMethod', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisCommandLineRunner.xhtml#a29b6cede161d6735c9b6c71d10141b3d', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisCommandLineRunner']]],
│ │ │ │ │ ['modulegroupcontents_418', ['ModuleGroupContents', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1IHelpExport.xhtml#a19df21b98904cbac737ccd0a69aba5dd', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::IHelpExport']]],
│ │ │ │ │ ['modulegroups_5f_419', ['moduleGroups_', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#abfe3db3fc1defbbb3b43a7498d398bd6', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['modulehelptopic_420', ['modulehelptopic', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1ModuleHelpTopic.xhtml#a3f8aa057cca01b4eead5f74d5ff7a5ac', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::ModuleHelpTopic::ModuleHelpTopic()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1ModuleHelpTopic.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::ModuleHelpTopic']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['moduleinfo_421', ['moduleinfo', ['../structgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl_1_1ModuleInfo.xhtml', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::ModuleInfo'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl_1_1ModuleInfo.xhtml#a078a05ee2cb0c6a9fb735dd288e87f02', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::ModuleInfo::ModuleInfo()']
│ │ │ │ │ + ['moduleinfo_421', ['moduleinfo', ['../structgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl_1_1ModuleInfo.xhtml#a078a05ee2cb0c6a9fb735dd288e87f02', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::ModuleInfo::ModuleInfo()'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl_1_1ModuleInfo.xhtml', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::ModuleInfo']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['modulelist_422', ['modulelist', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#ac892d0d20169fc685fbccd3eb082f284', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::ModuleList'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineModuleGroupData.xhtml#a652dd9d711093337a1ad7fbf0db85448', 1, 'gmx::CommandLineModuleGroupData::ModuleList']
│ │ │ │ │ + ['modulelist_422', ['modulelist', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleGroupData.xhtml#a652dd9d711093337a1ad7fbf0db85448', 1, 'gmx::CommandLineModuleGroupData::ModuleList'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#ac892d0d20169fc685fbccd3eb082f284', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::ModuleList']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['modulemanager_423', ['modulemanager', ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a4e906c510c615f77574d4a5b769db892', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::moduleManager()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#aa5ecd95ba5ef4fd583402ce35e08bf96', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::moduleManager() const']
│ │ │ │ │ + ['modulemanager_423', ['modulemanager', ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#aa5ecd95ba5ef4fd583402ce35e08bf96', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::moduleManager() const'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a4e906c510c615f77574d4a5b769db892', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::moduleManager()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['modules_424', ['modules', ['../group__group__analysismodules.xhtml', 1, 'Analysis Modules'],
│ │ │ │ │ ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md72', 1, 'Command line modules'],
│ │ │ │ │ ['../page_mdmodules.xhtml', 1, 'mdrun modules'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineModuleGroupData.xhtml#a14903694d7a9178b269af658a57122ba', 1, 'gmx::CommandLineModuleGroupData::modules()'],
│ │ │ │ │ ['../page_analysisdata.xhtml#autotoc_md77', 1, 'Provided data processing modules'],
│ │ │ │ │ ['../group__group__utilitymodules.xhtml', 1, 'Utility Modules']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['modules_20during_20setup_20and_20simulation_425', ['Callbacks to modules during setup and simulation', ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md6', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['modules_20for_20simulation_20functionality_426', ['Modules for simulation functionality', ['../group__group__mdrun.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['modules_2ecpp_427', ['modules.cpp', ['../modules_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['modules_2eh_428', ['modules.h', ['../modules_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['modules_5f_429', ['modules_', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#afd03786124306a1bdfce2c71cf28951b', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::modules_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#ac010184f1903b09009d59fb48ec2931c', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl::modules_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#abc3ca7c53a4ebc8e5f737d948413342c', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl::modules_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData_1_1Impl.xhtml#a6aacb7133a2ff045a1f39daebe161b0b', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::Impl::modules_']
│ │ │ │ │ + ['modules_5f_429', ['modules_', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#abc3ca7c53a4ebc8e5f737d948413342c', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl::modules_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData_1_1Impl.xhtml#a6aacb7133a2ff045a1f39daebe161b0b', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::Impl::modules_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#afd03786124306a1bdfce2c71cf28951b', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::modules_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#ac010184f1903b09009d59fb48ec2931c', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl::modules_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['moduleselection_430', ['ModuleSelection', ['../classgmx_1_1test_1_1ModuleSelection.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['moduletest_431', ['ModuleTest', ['../classgmx_1_1test_1_1ModuleTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['moduletest_2ecpp_432', ['moduletest.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2moduletest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../gromacs_2trajectoryanalysis_2tests_2moduletest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['moduletest_2eh_433', ['moduletest.h', ['../programs_2mdrun_2tests_2moduletest_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ @@ -723,19 +723,19 @@
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['moleculeindexstart_443', ['moleculeIndexStart', ['../structMoleculeBlockIndices.xhtml#a063577a901e606ad2b1834d076230979', 1, 'MoleculeBlockIndices']]],
│ │ │ │ │ ['moleculeinformation_444', ['MoleculeInformation', ['../structMoleculeInformation.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['moleculepatch_445', ['MoleculePatch', ['../structMoleculePatch.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['moleculepatchdatabase_446', ['MoleculePatchDatabase', ['../structMoleculePatchDatabase.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['moleculepatchtype_447', ['MoleculePatchType', ['../hackblock_8h.xhtml#ab96ef77f5bc6d24fdd272b55f5206016', 1, 'hackblock.h']]],
│ │ │ │ │ ['moleculesarewhole_448', ['MoleculesAreWhole', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9af6ea0d2701a81eb19f537c7c982b2fd8', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['moleculetype_449', ['moleculetype', ['../structMolecularTopologyAtomIndices.xhtml#ac033337827f14c4585e4b1ae9eb272e3', 1, 'MolecularTopologyAtomIndices::moleculeType'],
│ │ │ │ │ - ['../structMoleculeType.xhtml', 1, 'MoleculeType'],
│ │ │ │ │ + ['moleculetype_449', ['moleculetype', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mshift_8cpp_03.xhtml#ae9b5b921bcb8dd2b97cc0d6a14741216', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mshift.cpp}::moleculeType()'],
│ │ │ │ │ ['../structAtomInMolblock.xhtml#adbd0c382ef27b472f0ad350a0142c809', 1, 'AtomInMolblock::moleculeType'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mshift_8cpp_03.xhtml#ae9b5b921bcb8dd2b97cc0d6a14741216', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mshift.cpp}::moleculeType()'],
│ │ │ │ │ - ['../classAtomProxy.xhtml#a82511a69b9b329f73b3ecaa77c7e5df0', 1, 'AtomProxy::moleculeType()']
│ │ │ │ │ + ['../structMoleculeType.xhtml', 1, 'MoleculeType'],
│ │ │ │ │ + ['../classAtomProxy.xhtml#a82511a69b9b329f73b3ecaa77c7e5df0', 1, 'AtomProxy::moleculeType()'],
│ │ │ │ │ + ['../structMolecularTopologyAtomIndices.xhtml#ac033337827f14c4585e4b1ae9eb272e3', 1, 'MolecularTopologyAtomIndices::moleculeType']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['molname_450', ['molname', ['../structswap__group.xhtml#a1133a26ad7fa6ffc6614b1a50127f47d', 1, 'swap_group']]],
│ │ │ │ │ ['mols_451', ['mols', ['../structMoleculeInformation.xhtml#a945c507ad8f991d11901cb3fcce96487', 1, 'MoleculeInformation::mols'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#ab3aac1e190ed353a1e717fa5fa60b61a', 1, 'gmx::ImdSession::Impl::mols']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['moltypehasvsite_452', ['moltypeHasVsite', ['../computemultibodycutoffs_8cpp.xhtml#a7759c5f444a2540620bd7aed6b99577a', 1, 'computemultibodycutoffs.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['momentum_453', ['momentum', ['../structSystemMomentum.xhtml#a12a78f8e5157ad1e319366a2e4bebc1c', 1, 'SystemMomentum']]],
│ │ │ │ │ @@ -763,53 +763,53 @@
│ │ │ │ │ ['mpicommall_475', ['mpicommall', ['../classgmx_1_1DomainCommForward.xhtml#acca96094d4f43e2ae83ec208f1b99e88', 1, 'gmx::DomainCommForward::mpiCommAll()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DomainCommBackward.xhtml#ac550edb7920c56ccd8caf801c68cb054', 1, 'gmx::DomainCommBackward::mpiCommAll()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['mpicommx_476', ['mpiCommX', ['../structPmeShared.xhtml#a4a18c130ef148fbaca140a4a47411227', 1, 'PmeShared']]],
│ │ │ │ │ ['mpicommy_477', ['mpiCommY', ['../structPmeShared.xhtml#ad622e2d0e19fc94d173231cd03e72afe', 1, 'PmeShared']]],
│ │ │ │ │ ['mpilibraryversionstring_478', ['mpiLibraryVersionString', ['../namespacegmx.xhtml#a49c75db6d97651626c88f9f23f4bffaa', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['mpisetupvalid_479', ['mpiSetupValid', ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#aed91522d2a8bd6ddc44d716a07ed6a07', 1, 'gmx::test::MultiSimTest']]],
│ │ │ │ │ - ['mpitest_2ecpp_480', ['mpitest.cpp', ['../mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['mpitest_2ecpp_480', ['mpitest.cpp', ['../tests_2mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['mpitest_2eh_481', ['mpitest.h', ['../mpitest_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mpiwaitall_482', ['mpiWaitall', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02haloexchange_8cpp_03.xhtml#a6cc9ed97595c08f467311956380390ad', 1, 'gmx::anonymous_namespace{haloexchange.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['mrcdatamode_483', ['MrcDataMode', ['../namespacegmx.xhtml#a4355a7e0f393d42cbb5b2a47aefea966', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['mrcdatastatistics_484', ['MrcDataStatistics', ['../structgmx_1_1MrcDataStatistics.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['mrcdensitymap_2ecpp_485', ['mrcdensitymap.cpp', ['../mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['mrcdensitymap_2ecpp_485', ['mrcdensitymap.cpp', ['../tests_2mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['mrcdensitymap_2eh_486', ['mrcdensitymap.h', ['../mrcdensitymap_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_487', ['MrcDensityMapHeader', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['mrcdensitymapheader_2ecpp_488', ['mrcdensitymapheader.cpp', ['../tests_2mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['mrcdensitymapheader_2ecpp_488', ['mrcdensitymapheader.cpp', ['../mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_2eh_489', ['mrcdensitymapheader.h', ['../mrcdensitymapheader_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mrcdensitymapoffloatfromfilereader_490', ['mrcdensitymapoffloatfromfilereader', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatFromFileReader.xhtml', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatFromFileReader'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatFromFileReader.xhtml#a5e4d0693919c91334eed2bd9942470bc', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatFromFileReader::MrcDensityMapOfFloatFromFileReader()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['mrcdensitymapoffloatreader_491', ['mrcdensitymapoffloatreader', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatReader.xhtml#aa968d4e30f192514e635552e9492aad8', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatReader::MrcDensityMapOfFloatReader()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatReader.xhtml', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatReader']
│ │ │ │ │ + ['mrcdensitymapoffloatreader_491', ['mrcdensitymapoffloatreader', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatReader.xhtml', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatReader'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatReader.xhtml#aa968d4e30f192514e635552e9492aad8', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatReader::MrcDensityMapOfFloatReader()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['mrcdensitymapoffloatwriter_492', ['mrcdensitymapoffloatwriter', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatWriter.xhtml#aaed6893c7ae8d1df0d7950d0d22e2d03', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatWriter::MrcDensityMapOfFloatWriter()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatWriter.xhtml', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatWriter']
│ │ │ │ │ + ['mrcdensitymapoffloatwriter_492', ['mrcdensitymapoffloatwriter', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatWriter.xhtml', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatWriter'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatWriter.xhtml#aaed6893c7ae8d1df0d7950d0d22e2d03', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatWriter::MrcDensityMapOfFloatWriter()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['mrcdensityskewdata_493', ['MrcDensitySkewData', ['../structgmx_1_1MrcDensitySkewData.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['mrcheaderissane_494', ['mrcHeaderIsSane', ['../namespacegmx.xhtml#ae0952e5f8ebf3384064550e3a74596f2', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['mrcserializer_2ecpp_495', ['mrcserializer.cpp', ['../mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../tests_2mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['mrcserializer_2eh_496', ['mrcserializer.h', ['../mrcserializer_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mrcunitstonm_497', ['mrcUnitsToNm', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a2c88f65071129ab9ec7530cc3ce4458c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['ms_498', ['ms', ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a0fb81f15a1c9e96ee6cb5dbf7e782042', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters::ms()'],
│ │ │ │ │ - ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#a0dca275a1044093cee09ab07b74262c8', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator::ms']
│ │ │ │ │ + ['ms_498', ['ms', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#a0dca275a1044093cee09ab07b74262c8', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator::ms'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a0fb81f15a1c9e96ee6cb5dbf7e782042', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters::ms()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['ms_5f_499', ['ms_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a44fde7ee1ab975eac60d5232f7d8e023', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]],
│ │ │ │ │ ['msd_500', ['Msd', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1Msd.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules']]],
│ │ │ │ │ - ['msd_2ecpp_501', ['msd.cpp', ['../tests_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../modules_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['msd_2ecpp_501', ['msd.cpp', ['../modules_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['msd_2eh_502', ['msd.h', ['../msd_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['msdcolumnproxy_503', ['MsdColumnProxy', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdData_1_1MsdColumnProxy.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdData']]],
│ │ │ │ │ ['msdcoordinatemanager_504', ['MsdCoordinateManager', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdCoordinateManager.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['msddata_505', ['msddata', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MoleculeData.xhtml#ab947b53bb168b687dd5d1fcd5863d2dc', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MoleculeData::msdData'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdData.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdData']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ @@ -827,16 +827,16 @@
│ │ │ │ │ ['mtl_5fh_5fb0_517', ['MTL_H_B0', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662a35e82cef07b7ebce11a31c5700370da5', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['mtl_5fu_5fa0_518', ['MTL_U_A0', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662a032b8fbabf1633ff93848c220df79eff', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['mtl_5fu_5fb0_519', ['MTL_U_B0', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662a37c131a16d6cdf879e245696cc2de728', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['mtop_520', ['mtop', ['../classgmx_1_1TopologyInformation.xhtml#abe8dc6e15ced23c2bd5eb9390b29907a', 1, 'gmx::TopologyInformation']]],
│ │ │ │ │ ['mtop_2ecpp_521', ['mtop.cpp', ['../mtop_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mtop_5f_522', ['mtop_', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#adc735bbbf174573a484ab34b8392557a', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::mtop_'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LocalTopologyChecker_1_1Impl.xhtml#a9c474892cda88236cdef5067f1ddf8fa', 1, 'gmx::LocalTopologyChecker::Impl::mtop_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#ac8535c69809cd055ef847154b806682e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::mtop_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02updategroups_8cpp_03_1_1UpdateGroupsTest.xhtml#ab81659261621dd81f9b9e6f552a63a75', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{updategroups.cpp}::UpdateGroupsTest::mtop_']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02updategroups_8cpp_03_1_1UpdateGroupsTest.xhtml#ab81659261621dd81f9b9e6f552a63a75', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{updategroups.cpp}::UpdateGroupsTest::mtop_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#ac8535c69809cd055ef847154b806682e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::mtop_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['mtop_5fatomloops_2eh_523', ['mtop_atomloops.h', ['../mtop__atomloops_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mtop_5flookup_2eh_524', ['mtop_lookup.h', ['../mtop__lookup_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mtopgetatomandresiduename_525', ['mtopGetAtomAndResidueName', ['../mtop__lookup_8h.xhtml#a3533325902ca05f25d4785139777d69d', 1, 'mtop_lookup.h']]],
│ │ │ │ │ ['mtopgetatommass_526', ['mtopGetAtomMass', ['../mtop__lookup_8h.xhtml#a05ac0149aea362a57813b5e9d7147ddb', 1, 'mtop_lookup.h']]],
│ │ │ │ │ ['mtopgetatomparameters_527', ['mtopGetAtomParameters', ['../mtop__lookup_8h.xhtml#a84281850316dbd91bd51ee18aa65a68d', 1, 'mtop_lookup.h']]],
│ │ │ │ │ ['mtopgetatompdbinfo_528', ['mtopGetAtomPdbInfo', ['../mtop__lookup_8h.xhtml#aba1a5650234b8dab07cb3fa03d19f0ef', 1, 'mtop_lookup.h']]],
│ │ │ │ │ @@ -850,61 +850,61 @@
│ │ │ │ │ ['mtsintervaltestparams_536', ['MtsIntervalTestParams', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ab042bd96fe9bf96519ce8988fde8ad02', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['mtslevel_537', ['MtsLevel', ['../structgmx_1_1MtsLevel.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['mttk_2ecpp_538', ['mttk.cpp', ['../mttk_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mttk_2eh_539', ['mttk.h', ['../mttk_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mttkboxscaling_540', ['mttkboxscaling', ['../classgmx_1_1MttkBoxScaling.xhtml#a1356dc4e740f2cd9f6c7ad4e56ea2192', 1, 'gmx::MttkBoxScaling::MttkBoxScaling()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MttkBoxScaling.xhtml', 1, 'gmx::MttkBoxScaling']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['mttkdata_541', ['mttkdata', ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#a76f9af7929a0f96705144fdd95807446', 1, 'gmx::MttkData::MttkData(const MttkData &other)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#a0059feb1fcb2dda549580a2f0a8970a3', 1, 'gmx::MttkData::MttkData(real ensembleTemperature, real referencePressure, real couplingTimeStep, real couplingTime, real initialVolume, real numDegreesOfFreedom, real simulationTimeStep, const tensor compressibility, const StatePropagatorData *statePropagatorData, MttkPropagatorConnection *mttkPropagatorConnection)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml', 1, 'gmx::MttkData']
│ │ │ │ │ + ['mttkdata_541', ['mttkdata', ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml', 1, 'gmx::MttkData'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#a76f9af7929a0f96705144fdd95807446', 1, 'gmx::MttkData::MttkData(const MttkData &other)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#a0059feb1fcb2dda549580a2f0a8970a3', 1, 'gmx::MttkData::MttkData(real ensembleTemperature, real referencePressure, real couplingTimeStep, real couplingTime, real initialVolume, real numDegreesOfFreedom, real simulationTimeStep, const tensor compressibility, const StatePropagatorData *statePropagatorData, MttkPropagatorConnection *mttkPropagatorConnection)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['mttkelement_542', ['mttkelement', ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml#aef4ac30b72f0bb41496964247b165495', 1, 'gmx::MttkElement::MttkElement()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml', 1, 'gmx::MttkElement']
│ │ │ │ │ + ['mttkelement_542', ['mttkelement', ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml', 1, 'gmx::MttkElement'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml#aef4ac30b72f0bb41496964247b165495', 1, 'gmx::MttkElement::MttkElement()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['mttkpropagatorconnection_543', ['MttkPropagatorConnection', ['../classgmx_1_1MttkPropagatorConnection.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['mttkpropagatorconnectiondetails_544', ['MttkPropagatorConnectionDetails', ['../structgmx_1_1MttkPropagatorConnectionDetails.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['mult_5fup_545', ['mult_up', ['../pme_8cpp.xhtml#a866e345e15a8e70ecdd4b828bffa4c00', 1, 'pme.cpp']]],
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│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1ZoneCorners.xhtml#aa4435e66e58af6e8e1fe4a207db29995', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::ZoneCorners::multiBody']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['multidimarray_547', ['multidimarray', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#aea612e9c7c64c08f4820ff0d7b5f3246', 1, 'gmx::MultiDimArray::MultiDimArray()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx::MultiDimArray< TContainer, Extents, LayoutPolicy >'],
│ │ │ │ │ + ['multidimarray_547', ['multidimarray', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#af79187a5242cc4dd12c20f1a178e2633', 1, 'gmx::MultiDimArray::MultiDimArray(const MultiDimArray &o)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a8a2240981f443bd787f570751e5231bc', 1, 'gmx::MultiDimArray::MultiDimArray(IndexType... dynamicExtent)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a7138d24ac411b284f628990eaf77e65d', 1, 'gmx::MultiDimArray::MultiDimArray(const TContainer &data={}) noexcept'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#af79187a5242cc4dd12c20f1a178e2633', 1, 'gmx::MultiDimArray::MultiDimArray(const MultiDimArray &o)']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx::MultiDimArray< TContainer, Extents, LayoutPolicy >'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#aea612e9c7c64c08f4820ff0d7b5f3246', 1, 'gmx::MultiDimArray::MultiDimArray()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['multidimarray_2ecpp_548', ['multidimarray.cpp', ['../multidimarray_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['multidimarray_2eh_549', ['multidimarray.h', ['../multidimarray_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20dynamic_5fcontainer_5ftype_2c_20dynamic_5fextents_5ftype_20_3e_550', ['MultiDimArray< dynamic_container_type, dynamic_extents_type >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20real_20_3e_551', ['MultiDimArray< real >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20static_5fcontainer_5ftype_2c_20static_5fextents_5ftype_20_3e_552', ['MultiDimArray< static_container_type, static_extents_type >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20std_3a_3aarray_3c_20float_2c_204_20_2a3_20_3e_2c_20gmx_3a_3aextents_3c_204_2c_203_20_3e_20_3e_553', ['MultiDimArray< std::array< float, 4 *3 >, gmx::extents< 4, 3 > >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20std_3a_3avector_3c_20double_20_3e_2c_20gmx_3a_3aextents_20_3e_554', ['MultiDimArray< std::vector< double >, gmx::extents >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20std_3a_3avector_3c_20float_20_3e_2c_20gmx_3a_3aextents_20_3e_555', ['MultiDimArray< std::vector< float >, gmx::extents >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20std_3a_3avector_3c_20float_20_3e_2c_20gmx_3a_3aextents_3c_20dynamic_5fextent_2c_20dynamic_5fextent_20_3e_20_3e_556', ['MultiDimArray< std::vector< float >, gmx::extents< dynamic_extent, dynamic_extent > >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20t_5fmatelmt_20_3e_557', ['MultiDimArray< t_matelmt >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['multidimarrayindextolinear_558', ['multiDimArrayIndexToLinear', ['../namespacegmx.xhtml#a7d3c14f0aeb1baca8c9c7e874f83a9ac', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['multidimgridindextolinear_559', ['multidimgridindextolinear', ['../namespacegmx.xhtml#a2fa0fea132966f5e31aec867d9bafcfd', 1, 'gmx::multiDimGridIndexToLinear()'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02biasgrid_8cpp_03.xhtml#aabc1672b297157277be92feaec7f5405', 1, 'gmx::anonymous_namespace{biasgrid.cpp}::multiDimGridIndexToLinear()']
│ │ │ │ │ + ['multidimgridindextolinear_559', ['multidimgridindextolinear', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02biasgrid_8cpp_03.xhtml#aabc1672b297157277be92feaec7f5405', 1, 'gmx::anonymous_namespace{biasgrid.cpp}::multiDimGridIndexToLinear()'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a2fa0fea132966f5e31aec867d9bafcfd', 1, 'gmx::multiDimGridIndexToLinear(const BiasGrid &grid, const awh_ivec indexMulti)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['multiple_560', ['multiple', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5e92a2f6b08c68771eee6ce70555360aaa0bf169f2539e893e00d7b1296bc4d8e', 1, 'gmx::Multiple'],
│ │ │ │ │ + ['multiple_560', ['multiple', ['../namespacegmx.xhtml#abab20f57d9df210c6b3f6384c54f7212aa0bf169f2539e893e00d7b1296bc4d8e', 1, 'gmx::Multiple'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga7c3572ad84e8f86df4c131e95518c058aa0bf169f2539e893e00d7b1296bc4d8e', 1, 'gmx::Multiple'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#abab20f57d9df210c6b3f6384c54f7212aa0bf169f2539e893e00d7b1296bc4d8e', 1, 'gmx::Multiple']
│ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5e92a2f6b08c68771eee6ce70555360aaa0bf169f2539e893e00d7b1296bc4d8e', 1, 'gmx::Multiple']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['multiple_20data_20simd_20coding_561', ['Single-instruction Multiple-data (SIMD) coding', ['../page_simd.xhtml', 1, 'index']]],
│ │ │ │ │ ['multiple_5ftime_5fstepping_2ecpp_562', ['multiple_time_stepping.cpp', ['../multiple__time__stepping_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['multipletimestepping_2ecpp_563', ['multipletimestepping.cpp', ['../tests_2multipletimestepping_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['multiplyboxmatrices_564', ['multiplyboxmatrices', ['../namespacegmx.xhtml#a0f5ffc282be1d06f0b5c2002e85c81d8', 1, 'gmx::multiplyBoxMatrices(const Matrix3x3 &a, const matrix b)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa67f529fb7bb6c15af0cb723cafa3a91', 1, 'gmx::multiplyBoxMatrices(const Matrix3x3 &a, const Matrix3x3 &b)']
│ │ │ │ │ + ['multiplyboxmatrices_564', ['multiplyboxmatrices', ['../namespacegmx.xhtml#aa67f529fb7bb6c15af0cb723cafa3a91', 1, 'gmx::multiplyBoxMatrices(const Matrix3x3 &a, const Matrix3x3 &b)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a0f5ffc282be1d06f0b5c2002e85c81d8', 1, 'gmx::multiplyBoxMatrices(const Matrix3x3 &a, const matrix b)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['multiplyelementwise_565', ['multiplyElementwise', ['../namespacegmx.xhtml#a9182dbf927653c4076e6edbf2752a7ed', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['multiplyvectorbymatrix_566', ['multiplyVectorByMatrix', ['../namespacegmx.xhtml#ae108b3c6b899d03f72f837db54cec2d8', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['multiplyvectorbytransposeofboxmatrix_567', ['multiplyvectorbytransposeofboxmatrix', ['../namespacegmx.xhtml#a0b1b1e3aaeffb86737aacb9285353f12', 1, 'gmx::multiplyVectorByTransposeOfBoxMatrix(const Matrix3x3 &m, const RVec &v)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#adb335db4d613611a9bbbcdca5d5b0e16', 1, 'gmx::multiplyVectorByTransposeOfBoxMatrix(const Matrix3x3 &m, const rvec v, rvec result)']
│ │ │ │ │ + ['multiplyvectorbytransposeofboxmatrix_567', ['multiplyvectorbytransposeofboxmatrix', ['../namespacegmx.xhtml#adb335db4d613611a9bbbcdca5d5b0e16', 1, 'gmx::multiplyVectorByTransposeOfBoxMatrix(const Matrix3x3 &m, const rvec v, rvec result)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a0b1b1e3aaeffb86737aacb9285353f12', 1, 'gmx::multiplyVectorByTransposeOfBoxMatrix(const Matrix3x3 &m, const RVec &v)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['multisim_2ecpp_568', ['multisim.cpp', ['../gromacs_2mdrunutility_2multisim_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../programs_2mdrun_2tests_2multisim_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['multisim_2eh_569', ['multisim.h', ['../multisim_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['multisimcommrec_5f_570', ['multisimCommRec_', ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml#a88008040182e4cfe7f6b70fcfeff9317', 1, 'gmx::SimulatorEnv']]],
│ │ │ │ │ ['multisimterminationtest_571', ['MultiSimTerminationTest', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ab370581bf9c1efd3678f7ec928a67324', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ @@ -918,16 +918,16 @@
│ │ │ │ │ ['mustateab_579', ['muStateAB', ['../structgmx_1_1DipoleData.xhtml#a5695ee65f45002fe635e98fef15c2d8e', 1, 'gmx::DipoleData']]],
│ │ │ │ │ ['mustcomparebox_580', ['mustCompareBox', ['../structgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameMatchSettings.xhtml#aac8700fb0f24a3f3a8246258af52acea', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameMatchSettings']]],
│ │ │ │ │ ['mustuseonerank_581', ['mustUseOneRank', ['../classanonymous__namespace_02resourcedivision_8cpp_03_1_1SingleRankChecker.xhtml#a15a3bdbc8b655bd5c5e20f2075edf152', 1, 'anonymous_namespace{resourcedivision.cpp}::SingleRankChecker']]],
│ │ │ │ │ ['mutot_582', ['muTot', ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a8a74dc947a7a98444cd0fb807326fd46', 1, 'gmx::EnergyData']]],
│ │ │ │ │ ['mutotal_5f_583', ['muTotal_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a07040c9d8b88bb36e3d9766d2eed7882', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest']]],
│ │ │ │ │ ['mvcos_584', ['mvcos', ['../classekinstate__t.xhtml#a491bf8fbb3b38d54119245ee42120e92', 1, 'ekinstate_t']]],
│ │ │ │ │ ['mwscale_585', ['mwscale', ['../structpull__group__work__t.xhtml#a04353a883c549cb4f1877d148eb00406', 1, 'pull_group_work_t']]],
│ │ │ │ │ - ['mybase_586', ['mybase', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a331a2ea6e35627d2aef4ff1409492167', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::MyBase'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a540983c5b6f4b0fc1cbb75f6ef06ba80', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::MyBase'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#af7b430250bf628205e115a397b7a75b1', 1, 'gmx::OptionTemplate::MyBase'],
│ │ │ │ │ + ['mybase_586', ['mybase', ['../classgmx_1_1LegacyEnumOption.xhtml#a31a5bb462bcc980c06db0070eb4a7946', 1, 'gmx::LegacyEnumOption::MyBase'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnumOption.xhtml#a9ae7f787f716f475d57b274bf6e8004e', 1, 'gmx::EnumOption::MyBase'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LegacyEnumOption.xhtml#a31a5bb462bcc980c06db0070eb4a7946', 1, 'gmx::LegacyEnumOption::MyBase']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#af7b430250bf628205e115a397b7a75b1', 1, 'gmx::OptionTemplate::MyBase'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a540983c5b6f4b0fc1cbb75f6ef06ba80', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::MyBase'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a331a2ea6e35627d2aef4ff1409492167', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::MyBase']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['myclass_587', ['MyClass', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#ac6d35e5daa23fbc3e66e2d3cbc014857', 1, 'gmx::OptionTemplate']]],
│ │ │ │ │ ['myexp_588', ['myexp', ['../expfit_8cpp.xhtml#a5ecc8ac1a3e2b6ce4bd41592d584ec5c', 1, 'expfit.cpp']]]
│ │ │ │ │ ];
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_11.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -335,19 +335,19 @@
│ │ │ │ │ ['newhistogramsize_222', ['newHistogramSize', ['../classgmx_1_1HistogramSize.xhtml#a0841126e946757a56510a5412548efa3', 1, 'gmx::HistogramSize']]],
│ │ │ │ │ ['newsimulation_223', ['NewSimulation', ['../namespacegmx.xhtml#acae779a4433c059b8816709407cd27b3a346169ead23d39c22768fa2c3510aaea', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['newsystemcenter_224', ['NewSystemCenter', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a8094e4520894dd8af304ba04684cd6b7', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['newx_225', ['newx', ['../structMoleculePatch.xhtml#ab1a814fc2f62b8d5680f35c4d6ad1dd9', 1, 'MoleculePatch']]],
│ │ │ │ │ ['nex_226', ['nex', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#ab5c0bdf0ec427dd6f3423b400d5dc4c4', 1, 'gmx_repl_ex']]],
│ │ │ │ │ ['nexchange_227', ['nexchange', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#a446715d4e598142c737560359e6cf405', 1, 'gmx_repl_ex']]],
│ │ │ │ │ ['nexpsel_228', ['nexpsel', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a5695b1b723a0613de0aed182033788bf', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]],
│ │ │ │ │ - ['next_229', ['next', ['../structgmx__fft__fftpack.xhtml#a17ec9a27f31d3ba60a14e930f20ca280', 1, 'gmx_fft_fftpack::next'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01E0_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#a9af19753b4749ebb287aecd5141df0d1', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, E0, StaticExtents... >::next'],
│ │ │ │ │ + ['next_229', ['next', ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01E0_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#a9af19753b4749ebb287aecd5141df0d1', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, E0, StaticExtents... >::next'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01dynamic__extent_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#a1bad4b0bda364b2dc302abe4607512a0', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents... >::next'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#a5f3be05793cf0ea48f549894f8fe6fa6', 1, 'gmx_ana_poscalc_t::next'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a9fdde6f3d324aebbb90c4e12e9645485', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::next'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx__fft__fftpack.xhtml#a17ec9a27f31d3ba60a14e930f20ca280', 1, 'gmx_fft_fftpack::next'],
│ │ │ │ │ ['../structt__symbuf.xhtml#ab0c492ccab37bb7c8315b7430b7aaa27', 1, 't_symbuf::next']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['next_5fextents_5fanalyse_230', ['next_extents_analyse', ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01E0_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#a7e57e8e7bd9b182d5ff296e8fb9b7cf8', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, E0, StaticExtents... >::next_extents_analyse'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01dynamic__extent_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#ab70f7a0a4920340f3f09f9e8eb3d5c29', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents... >::next_extents_analyse']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['next_5fgroup_5findex_231', ['next_group_index', ['../group__module__selection.xhtml#ga721068c6fc50538dc245b27a8c6cf958', 1, 'indexutil.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['next_5ftype_232', ['next_type', ['../structgmx_1_1BuildMDModulesNotifier_3_01CurrentCallParameter_00_01CallParameter_8_8_8_01_4.xhtml#a0555d4d7fc3b4b54776a84f962bacef7', 1, 'gmx::BuildMDModulesNotifier< CurrentCallParameter, CallParameter... >']]],
│ │ │ │ │ @@ -365,62 +365,62 @@
│ │ │ │ │ ['nfile_244', ['NFILE', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a8485f4e81de2537e6a0935626167a775', 1, 'gmx_wham.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['nfile_5f_245', ['nFile_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#aa52febb5287e6fc6e872816c13efbd3f', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]],
│ │ │ │ │ ['nforces_246', ['nforces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#ab24e67665d5044ffe1cb14fbd9dcfb56', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]],
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│ │ │ │ │ ['ngrids_248', ['ngrids', ['../structPmeShared.xhtml#a7ec2b0b4a29f93f872dfc8744ebbcca5', 1, 'PmeShared']]],
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│ │ │ │ │ - ['ngtc_251', ['ngtc', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#af6ace003545922285e2a3384dd377cc2', 1, 'CheckpointHeaderContents::ngtc'],
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│ │ │ │ │ - ['../structTpxFileHeader.xhtml#ac07dd4af0bce2c2f18a936069fd8628e', 1, 'TpxFileHeader::ngtc']
│ │ │ │ │ + ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#af6ace003545922285e2a3384dd377cc2', 1, 'CheckpointHeaderContents::ngtc']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nhack_252', ['nhack', ['../structMoleculePatchDatabase.xhtml#a37eec684265604eb63c24e9cfa5bd2fb', 1, 'MoleculePatchDatabase']]],
│ │ │ │ │ ['nhchainlength_253', ['nhchainlength', ['../classt__state.xhtml#a62aa2af58d908ef31d7c2cccfb481ee1', 1, 't_state::nhchainlength'],
│ │ │ │ │ ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a088d5470c6f8108623a673b796c823d9', 1, 'CheckpointHeaderContents::nhchainlength']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nhcusage_254', ['NhcUsage', ['../namespacegmx.xhtml#ac8f59b82a88d690750974cad2ecb2d4d', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['nhpres_5fvxi_255', ['nhpres_vxi', ['../classt__state.xhtml#aad9a0d825da2388a15eaef5addeba9ad', 1, 't_state::nhpres_vxi'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a0e8319265b9eb8226594a7bd6492a676', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nhpres_vxi']
│ │ │ │ │ + ['nhpres_5fvxi_255', ['nhpres_vxi', ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a0e8319265b9eb8226594a7bd6492a676', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nhpres_vxi'],
│ │ │ │ │ + ['../classt__state.xhtml#aad9a0d825da2388a15eaef5addeba9ad', 1, 't_state::nhpres_vxi']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['nhpres_5fxi_256', ['nhpres_xi', ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a62b4ab2b4bc6e4eb572ac6a9f3d9b48a', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nhpres_xi'],
│ │ │ │ │ - ['../classt__state.xhtml#aad70ff9fb16e28b424c2b817618409d0', 1, 't_state::nhpres_xi']
│ │ │ │ │ + ['nhpres_5fxi_256', ['nhpres_xi', ['../classt__state.xhtml#aad70ff9fb16e28b424c2b817618409d0', 1, 't_state::nhpres_xi'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a62b4ab2b4bc6e4eb572ac6a9f3d9b48a', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nhpres_xi']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nhx_257', ['nhx', ['../structt__bb.xhtml#a21cae00a89fd32fdfbaf293490545373', 1, 't_bb']]],
│ │ │ │ │ ['nhydrogens_258', ['nHydrogens', ['../structVirtualSiteConfiguration.xhtml#a1bb9b56fb2933b0895d9e5c836434fe4', 1, 'VirtualSiteConfiguration']]],
│ │ │ │ │ ['niceheader_259', ['niceHeader', ['../namespacegmx.xhtml#a7ffeb99198d2e37e902971b17a673a47', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['niceheader_2ecpp_260', ['niceheader.cpp', ['../niceheader_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['niceheader_2eh_261', ['niceheader.h', ['../niceheader_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['nicelevel_262', ['niceLevel', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#ae401a78d576830753b20012c99eee3af', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]],
│ │ │ │ │ ['niter_263', ['nIter', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a824b37b2ef7e60c47c602b99401253cb', 1, 'gmx::Lincs']]],
│ │ │ │ │ ['nk_264', ['nk', ['../structPmeShared.xhtml#ad46bca92a6c9fcfab1703a4a543c08ad', 1, 'PmeShared']]],
│ │ │ │ │ - ['nlambda_265', ['nlambda', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02freeenergyparameters_8cpp_03_1_1FreeEnergyParameterTestParameters.xhtml#aa38e81dff96e60ddd2840caf586a25f8', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{freeenergyparameters.cpp}::FreeEnergyParameterTestParameters::nLambda'],
│ │ │ │ │ + ['nlambda_265', ['nlambda', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#ab66bef502f8f4264009a232ccb2784f2', 1, 'CheckpointHeaderContents::nlambda'],
│ │ │ │ │ ['../structdf__history__t.xhtml#a4eb78866873d889cb92ac4c8ae4a9fc5', 1, 'df_history_t::nlambda'],
│ │ │ │ │ - ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#ab66bef502f8f4264009a232ccb2784f2', 1, 'CheckpointHeaderContents::nlambda']
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02freeenergyparameters_8cpp_03_1_1FreeEnergyParameterTestParameters.xhtml#aa38e81dff96e60ddd2840caf586a25f8', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{freeenergyparameters.cpp}::FreeEnergyParameterTestParameters::nLambda']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nlhelp_266', ['nlhelp', ['../structgmx__ana__selmethod__help__t.xhtml#a6c9953d18124d498c25625b5bbe93ca2', 1, 'gmx_ana_selmethod_help_t']]],
│ │ │ │ │ ['nlocat_267', ['nlocat', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a680bd23340caa32d1487edebe29d9d73', 1, 'gmx::Lincs']]],
│ │ │ │ │ ['nmax_268', ['nmax', ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule_1_1Impl.xhtml#a8e5b2f9059d6f17693094a6a4b5128d2', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::Impl']]],
│ │ │ │ │ - ['nmol_269', ['nmol', ['../classIListProxy.xhtml#af03684eb1f6214d450b0eafe27f6656e', 1, 'IListProxy::nmol()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx__molblock__t.xhtml#ad66167c805c7e81d2b03230107f6988e', 1, 'gmx_molblock_t::nmol'],
│ │ │ │ │ - ['../structswap__compartment.xhtml#a2e94233e596a0f850f243f40ed3065ad', 1, 'swap_compartment::nMol']
│ │ │ │ │ + ['nmol_269', ['nmol', ['../structswap__compartment.xhtml#a2e94233e596a0f850f243f40ed3065ad', 1, 'swap_compartment::nMol'],
│ │ │ │ │ + ['../classIListProxy.xhtml#af03684eb1f6214d450b0eafe27f6656e', 1, 'IListProxy::nmol()'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx__molblock__t.xhtml#ad66167c805c7e81d2b03230107f6988e', 1, 'gmx_molblock_t::nmol']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nmolav_270', ['nMolAv', ['../structswap__compartment.xhtml#a1c5cf1b43aad0e72e026192e463ef86d', 1, 'swap_compartment']]],
│ │ │ │ │ ['nmolbefore_271', ['nMolBefore', ['../structswap__compartment.xhtml#a292f4fa2500a441010023c9153bbddbd', 1, 'swap_compartment']]],
│ │ │ │ │ ['nmolpast_272', ['nMolPast', ['../structswap__compartment.xhtml#ae7d83b4eb0caa3600d29b02c66018c75', 1, 'swap_compartment']]],
│ │ │ │ │ ['nmolreq_273', ['nMolReq', ['../structswap__compartment.xhtml#a7a969f28baf7c47c1a1c585efb67d042', 1, 'swap_compartment']]],
│ │ │ │ │ ['nmoves_274', ['nmoves', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#ac8dd9c7860121f300cbe0e223a6be35c', 1, 'gmx_repl_ex']]],
│ │ │ │ │ ['nmtomrcunits_275', ['nmToMrcUnits', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a526bc78791409ce07ebfe4efc7623802', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['nn_276', ['nn', ['../structPmeShared.xhtml#af90553b49f49f598835c9681c8746a8d', 1, 'PmeShared']]],
│ │ │ │ │ ['nname_277', ['nname', ['../structMoleculePatch.xhtml#a242596f9e718d07894ab32198720544d', 1, 'MoleculePatch']]],
│ │ │ │ │ ['nnext_278', ['Nnext', ['../structt__bb.xhtml#ad223cd6a59d5e077cc565766f6f237f5', 1, 't_bb']]],
│ │ │ │ │ ['nnhpres_279', ['nnhpres', ['../classt__state.xhtml#a554d8189a9b63e016efb91957509e623', 1, 't_state::nnhpres'],
│ │ │ │ │ ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#adc4e78ec35c4403710adac94141a33fa', 1, 'CheckpointHeaderContents::nnhpres']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['nnodes_280', ['nnodes', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a6b8fa08267c339a937cb223d6b59f22f', 1, 'CheckpointHeaderContents::nnodes'],
│ │ │ │ │ - ['../structPmeShared.xhtml#a9a07e823867d654212cdf520e2538121', 1, 'PmeShared::nnodes']
│ │ │ │ │ + ['nnodes_280', ['nnodes', ['../structPmeShared.xhtml#a9a07e823867d654212cdf520e2538121', 1, 'PmeShared::nnodes'],
│ │ │ │ │ + ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a6b8fa08267c339a937cb223d6b59f22f', 1, 'CheckpointHeaderContents::nnodes']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nnodesx_281', ['nnodesX', ['../structPmeShared.xhtml#a8452479239784ced7afff1e051830952', 1, 'PmeShared']]],
│ │ │ │ │ ['nnodesy_282', ['nnodesY', ['../structPmeShared.xhtml#a37add1a0f09eb17756daf2c246a87cb8', 1, 'PmeShared']]],
│ │ │ │ │ ['nnpot_2ecpp_283', ['nnpot.cpp', ['../tests_2nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nnpot_2eh_284', ['nnpot.h', ['../nnpot_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -438,34 +438,34 @@
│ │ │ │ │ ['../tests_2nnpotoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nnpotoptions_2eh_294', ['nnpotoptions.h', ['../nnpotoptions_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['nnpotparameters_295', ['NNPotParameters', ['../structgmx_1_1NNPotParameters.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessor_296', ['nnpottopologypreprocessor', ['../classgmx_1_1NNPotTopologyPreprocessor.xhtml#afb131c39ea21535f2f145444d8dbfc5e', 1, 'gmx::NNPotTopologyPreprocessor::NNPotTopologyPreprocessor()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NNPotTopologyPreprocessor.xhtml', 1, 'gmx::NNPotTopologyPreprocessor']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['nnpottopologypreprocessor_2ecpp_297', ['nnpottopologypreprocessor.cpp', ['../tests_2nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['nnpottopologypreprocessor_2ecpp_297', ['nnpottopologypreprocessor.cpp', ['../nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessor_2eh_298', ['nnpottopologypreprocessor.h', ['../nnpottopologypreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessortest_299', ['NNPotTopologyPreprocessorTest', ['../classgmx_1_1test_1_1NNPotTopologyPreprocessorTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['nnstl_300', ['NNSTL', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml#aa7bb25f96f0e989b4b7c45d407a1b63c', 1, 'pairlist_tuning.cpp']]],
│ │ │ │ │ - ['no_301', ['no', ['../md__enums_8h.xhtml#a07be3f2d86a9b6337ff8c4853a0fb8b8abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a6e4efe51c269090a20241639f64bcb03a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'gmx::BiasParams::no'],
│ │ │ │ │ - ['../dlbtiming_8h.xhtml#a4c394e83d3a1d89ac14e90553e54dff4a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'no: dlbtiming.h'],
│ │ │ │ │ - ['../dlbtiming_8h.xhtml#a187697058dfa34f355e4ee2e8fcf1dc1a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'no: dlbtiming.h'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#af2ca01657023e02580baaaf0c011a60ca7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'gmx::no'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a65a4da1c9de2e9bed752f8b8a3f9f536abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5c5a9708579f420d64688aaea88c2885abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'],
│ │ │ │ │ + ['no_301', ['no', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5c5a9708579f420d64688aaea88c2885abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ab1684f724061fbe3bfdd1efde3e715e7abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#abb4f062823c006fc233c4b4bcb0119ecabafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'],
│ │ │ │ │ ['../md__enums_8h.xhtml#ab1fce6aba35ca024e1ac818bdf1d5d15abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'],
│ │ │ │ │ ['../md__enums_8h.xhtml#a4434e158af47f6a5cbc228465ade1511abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'],
│ │ │ │ │ + ['../md__enums_8h.xhtml#a07be3f2d86a9b6337ff8c4853a0fb8b8abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'],
│ │ │ │ │ ['../md__enums_8h.xhtml#a7f23540ff5222f8735be151f3cbd1b2fabafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'],
│ │ │ │ │ ['../md__enums_8h.xhtml#a1df3eedfba9424ae3e518284a453d95cabafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aa82610508a501aa57b8b5be5054920f2abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::Bias::No']
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a65a4da1c9de2e9bed752f8b8a3f9f536abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#af2ca01657023e02580baaaf0c011a60ca7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'gmx::no'],
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│ │ │ │ │ + ['../dlbtiming_8h.xhtml#a4c394e83d3a1d89ac14e90553e54dff4a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'no: dlbtiming.h'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aa82610508a501aa57b8b5be5054920f2abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::Bias::No'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a6e4efe51c269090a20241639f64bcb03a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'gmx::BiasParams::no']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['no_5fdelete_302', ['no_delete', ['../structgmx_1_1no__delete.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['no_5fvalue_303', ['NO_VALUE', ['../selvalue_8h.xhtml#a70b42b87d434580bf1493591857b8beca4d694119ce83b62d74ff06b5e017dca8', 1, 'selvalue.h']]],
│ │ │ │ │ ['noappending_304', ['NoAppending', ['../namespacegmx.xhtml#afd6f3326407d61e4364f4bfeeebe5f03a95924eff082d0bc6529c77794edce7c8', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['nocallparameter_305', ['NoCallParameter', ['../classgmx_1_1BuildMDModulesNotifier_3_4_1_1NoCallParameter.xhtml', 1, 'gmx::BuildMDModulesNotifier<>']]],
│ │ │ │ │ ['nocontentsmatch_306', ['NoContentsMatch', ['../classgmx_1_1test_1_1NoContentsMatch.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['nodeid_307', ['nodeid', ['../structPmeShared.xhtml#a3cb7f7f195edc383281687d9eb107973', 1, 'PmeShared']]],
│ │ │ │ │ @@ -474,54 +474,54 @@
│ │ │ │ │ ['nodelete_2eh_310', ['nodelete.h', ['../nodelete_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['nodes_311', ['nodes', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Numa.xhtml#a09d015a6bc89da23f7152cbc5495a460', 1, 'gmx::HardwareTopology::Numa']]],
│ │ │ │ │ ['noguarantee_312', ['NoGuarantee', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9ab1f3d3b15c2fba228004f1fbda97ad53', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['non_20bonded_20algorithm_313', ['The NxM atom-cluster non-bonded algorithm', ['../page_nbnxm.xhtml', 1, 'index']]],
│ │ │ │ │ ['non_20bonded_20interaction_20module_314', ['Short-range non-bonded interaction module', ['../group______module__nbnxm.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['non_20bonded_20pair_20interactions_315', ['Non-bonded pair interactions', ['../group__module__nbnxm.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['non_20mdp_20option_20module_20parameters_316', ['Storing non-mdp option module parameters', ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md7', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['nonbonded_317', ['nonbonded', ['../namespacegmx.xhtml#a6efc2e8f104eb3699bc82c2b8984cedba661e23745453f323614a6316657bcbde', 1, 'gmx::Nonbonded'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81a661e23745453f323614a6316657bcbde', 1, 'gmx::Nonbonded']
│ │ │ │ │ + ['nonbonded_317', ['nonbonded', ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81a661e23745453f323614a6316657bcbde', 1, 'gmx::Nonbonded'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a6efc2e8f104eb3699bc82c2b8984cedba661e23745453f323614a6316657bcbde', 1, 'gmx::Nonbonded']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['nonbonded_5fbench_2ecpp_318', ['nonbonded_bench.cpp', ['../tests_2nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['nonbonded_5fbench_2ecpp_318', ['nonbonded_bench.cpp', ['../nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nonbonded_5fbench_2eh_319', ['nonbonded_bench.h', ['../nonbonded__bench_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['nonbonded_5fverlet_5ft_320', ['nonbonded_verlet_t', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#ab52ad7395380f5bd86727743c6d916a5', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::nonbonded_verlet_t(std::unique_ptr< PairlistSets > pairlistSets, std::unique_ptr< PairSearch > pairSearch, std::unique_ptr< nbnxn_atomdata_t > nbat, const NbnxmKernelSetup &kernelSetup, std::unique_ptr< ExclusionChecker > exclusionChecker, NbnxmGpu *gpu_nbv, gmx_wallcycle *wcycle)'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a674a2426156a932ffe11dea93d5d70bf', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::nonbonded_verlet_t(std::unique_ptr< PairlistSets > pairlistSets, std::unique_ptr< PairSearch > pairSearch, std::unique_ptr< nbnxn_atomdata_t > nbat, const NbnxmKernelSetup &kernelSetup, NbnxmGpu *gpu_nbv)'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nonbondedbenchmarkinfo_321', ['NonbondedBenchmarkInfo', ['../classgmx_1_1NonbondedBenchmarkInfo.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['nonbondedlocal_322', ['NonBondedLocal', ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5a3ea7f7004c07ba95687a12c5fde296db', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['nonbondedmtsfactor_323', ['nonbondedMtsFactor', ['../namespacegmx.xhtml#a8b1859c2d84c94adb221d405d7f26e54', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['nonbondednonlocal_324', ['NonBondedNonLocal', ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5a514d9d9bc74e877370a078b25d966bc0', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['nonbondedparameters_325', ['nonbondedparameters', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#ad4da57348255f1295f97f81d0837cb1b', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::nonbondedParameters'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml#a57bbbdd0b8f33b25e420c00d03ee7c22', 1, 'gmx::test::TestSystem::nonbondedParameters']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nonbondedresource_326', ['NonbondedResource', ['../namespacegmx.xhtml#a79c63f3fd301eadebd70b9067aa95b39', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['none_327', ['none', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#a07f2b126c9ee81ac1577b49b18b0bed6a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::CpuInfo::None'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::HardwareTopology::None'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::None'],
│ │ │ │ │ + ['none_327', ['none', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5e92a2f6b08c68771eee6ce70555360aa6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aab37976982b986b87613d521381fcb6aa334c4a4c42fdb79d7ebc3e73b517e6f8', 1, 'gmx::none'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#ab93a6e3b6536da328578b42a5cec1f53a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::None'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl::None'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#af1f7daca823e181e6a313739b0860e71a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aaaed6baed6b584b4f61ce887ea41ea3da6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl::None'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#ab93a6e3b6536da328578b42a5cec1f53a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::None'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::None'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::HardwareTopology::None'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#a07f2b126c9ee81ac1577b49b18b0bed6a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::CpuInfo::None'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440ba6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#af1f7daca823e181e6a313739b0860e71a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga7c3572ad84e8f86df4c131e95518c058a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'],
│ │ │ │ │ ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa2d5ea43ccd104c8b0f1f2e7b8cad0c4a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::None'],
│ │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'None: pme.h'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aa9e7df55e017bd726d027d65551bbd0ca6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#abab20f57d9df210c6b3f6384c54f7212a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga7c3572ad84e8f86df4c131e95518c058a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5e92a2f6b08c68771eee6ce70555360aa6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None']
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nonexistent_328', ['Nonexistent', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888a4ae5e9809862b352a35922a5bcb1bdf3', 1, 'device_information.h']]],
│ │ │ │ │ ['nonfunctional_329', ['NonFunctional', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888a836c1376187303303ffb10b26f2a4422', 1, 'device_information.h']]],
│ │ │ │ │ - ['nonlinear_330', ['nonlinear', ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::NonLinear'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::NonLinear']
│ │ │ │ │ + ['nonlinear_330', ['nonlinear', ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::NonLinear'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::NonLinear']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nonlocal_331', ['nonlocal', ['../namespacegmx.xhtml#a84de1dccdfb142b80c42b0b19f8c6548aedf6f2af1e5ce85c8f9ff667192169d0', 1, 'gmx::NonLocal'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a8593d10460a38e0d418692d63f962521aedf6f2af1e5ce85c8f9ff667192169d0', 1, 'gmx::NonLocal']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nonlocal_5fdone_332', ['nonlocal_done', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a7f52cddc739847d1f0177e5200e8ab22', 1, 'gmx::NbnxmGpu']]],
│ │ │ │ │ ['nooptionaloutput_333', ['NoOptionalOutput', ['../classgmx_1_1test_1_1NoOptionalOutput.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['nopbcjumps_334', ['NoPBCJumps', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a3c9450d09d1b92477398f1a26bbb11bf', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ @@ -548,16 +548,16 @@
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440b', 1, 'gmx::Normalization']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['normalizationtype_5f_344', ['normalizationType_', ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml#a13a7cdfa3b51a59d927b3a6dc101bb48', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock']]],
│ │ │ │ │ ['normalizationvalue_5f_345', ['normalizationValue_', ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml#ad7c3727d885b1c8276f38bcb8d770dd4', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock']]],
│ │ │ │ │ ['normalize_5facf_346', ['normalize_acf', ['../autocorr_8cpp.xhtml#a415d5aa1ec90e0366c9754df28f3e180', 1, 'autocorr.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['normalizeblock_347', ['normalizeBlock', ['../namespacegmx.xhtml#a70bac9d01a06d35dc45d86a6bdba4f06', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['normalizedensities_5f_348', ['normalizeDensities_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#a108b0f7f69ade1010f60a941430e1434', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]],
│ │ │ │ │ - ['normalizefreeenergyandpmfsum_349', ['normalizefreeenergyandpmfsum', ['../namespacegmx.xhtml#ac1a9213632dd1a11d0ad5eb64eb211cc', 1, 'gmx::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a9734176eb05174d67c84c4f6c1d44a6d', 1, 'gmx::PointState::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()']
│ │ │ │ │ + ['normalizefreeenergyandpmfsum_349', ['normalizefreeenergyandpmfsum', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a9734176eb05174d67c84c4f6c1d44a6d', 1, 'gmx::PointState::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ac1a9213632dd1a11d0ad5eb64eb211cc', 1, 'gmx::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['normalizeprobability_350', ['normalizeProbability', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#abc1ff464523654b5de9dd88ee7c036b4', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]],
│ │ │ │ │ ['normalizereferencedensity_351', ['normalizeReferenceDensity', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#aba089e24c17d4a809955ccb7fbcadd74', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup']]],
│ │ │ │ │ ['normalizesumpositivevaluestounity_352', ['normalizeSumPositiveValuesToUnity', ['../namespacegmx.xhtml#a327f10cbb6dad34a7a108b93d3f5d4e1', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['normalizevalue_353', ['normalizevalue', ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#a714ef64c0797beedd1ffe8193b7b35a8', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::normalizeValue()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a7b800b3a96308ce591b6ae34cf5817b6', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::normalizeValue()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_12.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -455,20 +455,20 @@
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga72cbfbcd5395b355e242f2ef4284f5c5', 1, 'gmx::operator|(SimdDouble a, SimdDouble b)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga65d3eb9cd43b33b4665dfe676c0e79d2', 1, 'gmx::operator|(SimdDInt32 a, SimdDInt32 b)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#a3320b083043b67b957a2a0f0d7afc331', 1, 'gmx::FlagsTemplate::operator|()'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga69973d1808eb0e8e60715d3abf01cd22', 1, 'gmx::operator|(SimdFloat a, SimdFloat b)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaf6f2042babc63e1b20b08ed61d859f74', 1, 'gmx::operator|(SimdFInt32 a, SimdFInt32 b)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['operator_7c_3d_136', ['operator|=', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#ae042cf7992ac906cf26a15a08708b779', 1, 'gmx::FlagsTemplate']]],
│ │ │ │ │ - ['operator_7c_7c_137', ['operator||', ['../group__module__simd.xhtml#ga5d5483d15fe15e3c3eaf1e4e90e53f90', 1, 'gmx::operator||(Simd4DBool a, Simd4DBool b)'],
│ │ │ │ │ + ['operator_7c_7c_137', ['operator||', ['../group__module__simd.xhtml#gab7b197309edc60323a129fa9620a7400', 1, 'gmx::operator||(SimdFIBool a, SimdFIBool b)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga5d5483d15fe15e3c3eaf1e4e90e53f90', 1, 'gmx::operator||(Simd4DBool a, Simd4DBool b)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaf2ab4b4f3d3e7f6e9a012df64c1d9f3c', 1, 'gmx::operator||(Simd4FBool a, Simd4FBool b)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gad1da27c5bc4fd40afe78810c7b6e0730', 1, 'gmx::operator||(SimdDBool a, SimdDBool b)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga2382ca9a262a0503bb5dcfcec09df671', 1, 'gmx::operator||(SimdDIBool a, SimdDIBool b)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga5595db8a2c813f0ae078285a1b6b8bd3', 1, 'gmx::operator||(SimdFBool a, SimdFBool b)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gab7b197309edc60323a129fa9620a7400', 1, 'gmx::operator||(SimdFIBool a, SimdFIBool b)']
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga5595db8a2c813f0ae078285a1b6b8bd3', 1, 'gmx::operator||(SimdFBool a, SimdFBool b)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['operator_7e_138', ['operator~', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#a38267207d85020c70e257cd26f526077', 1, 'gmx::FlagsTemplate']]],
│ │ │ │ │ ['opt_139', ['opt', ['../structt__filenm.xhtml#ae5882b5fc5beeb495f11a2e9307c64aa', 1, 't_filenm']]],
│ │ │ │ │ ['opt2bset_140', ['opt2bset', ['../group__module__commandline.xhtml#gaeeff60cfe846f34b5f2c29d786bf125c', 1, 'opt2bSet(const char *opt, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__commandline.xhtml#gaeeff60cfe846f34b5f2c29d786bf125c', 1, 'opt2bSet(const char *opt, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['opt2file_141', ['opt2FILE', ['../group__module__commandline.xhtml#gab26cf759c91577b19db7e87b2922d1b9', 1, 'filenm.h']]],
│ │ │ │ │ @@ -510,81 +510,81 @@
│ │ │ │ │ ['../tests_2optimization_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['optimization_2eh_155', ['optimization.h', ['../optimization_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['optimize_5farithmetic_5fexpressions_156', ['optimize_arithmetic_expressions', ['../compiler_8cpp.xhtml#aa22e901f96e3edaa72c2e222ed75bd01', 1, 'compiler.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['optimize_5fboolean_5fexpressions_157', ['optimize_boolean_expressions', ['../compiler_8cpp.xhtml#aaf983339164e05e4e7319e88683ca6d6', 1, 'compiler.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['optimize_5fsurface_5fpoints_158', ['optimize_surface_points', ['../sm__insolidangle_8cpp.xhtml#aadef1b206fd479d83a526a388faa275e', 1, 'sm_insolidangle.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['optimizeddcells_159', ['optimizeDDCells', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a0116fb195a0ff21854f683c3d8676b5a', 1, 'domdec_setup.cpp']]],
│ │ │ │ │ - ['option_160', ['option', ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#adc99ae3c6896ed469ae9a4aff7423cd9', 1, 'gmx::OptionInfo::option()'],
│ │ │ │ │ - ['../structt__pargs.xhtml#a11d53770ae18dbb0a0320c925b4ebc35', 1, 't_pargs::option'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a1ec4a05fce3bfa125c320dd8e0cfc604', 1, 'gmx::OptionInfo::option()']
│ │ │ │ │ + ['option_160', ['option', ['../structt__pargs.xhtml#a11d53770ae18dbb0a0320c925b4ebc35', 1, 't_pargs::option'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a1ec4a05fce3bfa125c320dd8e0cfc604', 1, 'gmx::OptionInfo::option()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#adc99ae3c6896ed469ae9a4aff7423cd9', 1, 'gmx::OptionInfo::option() const']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['option_20module_20parameters_161', ['Storing non-mdp option module parameters', ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md7', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['option_2ecpp_162', ['option.cpp', ['../option_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['optionfiletype_163', ['OptionFileType', ['../group__module__options.xhtml#ga322a6d38e527f46b273c08583a31665d', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['optionfiletype_2eh_164', ['optionfiletype.h', ['../optionfiletype_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['optionflag_165', ['OptionFlag', ['../namespacegmx.xhtml#ad86fc7354045be1e1456c019b8f97c25', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['optionflags_166', ['OptionFlags', ['../namespacegmx.xhtml#a0b60cc84dcdf372e00a5084712630993', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['optionflags_2eh_167', ['optionflags.h', ['../optionflags_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['optioninfo_168', ['optioninfo', ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#ac565fab34f14163b1e8591c73b13179b', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::optionInfo()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml#a22c2a72cd49b6566794868f635f363fb', 1, 'gmx::FloatOptionStorage::optionInfo()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml#adfec3df516810853d338d2a19f3082cb', 1, 'gmx::StringOptionStorage::optionInfo()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#adbdf1a9b814e0e4ce1d33726c51c3527', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::optionInfo()'],
│ │ │ │ │ + ['optioninfo_168', ['optioninfo', ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml#a22c2a72cd49b6566794868f635f363fb', 1, 'gmx::FloatOptionStorage::optionInfo()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml#a92005e65992f933cee89ac8e73364c26', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage::optionInfo()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionStorage.xhtml#ae7e23ab9895809f8529112419a0d6868', 1, 'gmx::SelectionFileOptionStorage::optionInfo()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a7d87e123198297afec33a2f9e047afea', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::optionInfo()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#ac565fab34f14163b1e8591c73b13179b', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::optionInfo()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#adbdf1a9b814e0e4ce1d33726c51c3527', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::optionInfo()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml#adfec3df516810853d338d2a19f3082cb', 1, 'gmx::StringOptionStorage::optionInfo()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DoubleOptionStorage.xhtml#a6a468029afea3a69795399893e9c9e61', 1, 'gmx::DoubleOptionStorage::optionInfo()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Int64OptionStorage.xhtml#a3b575c5b59217bd0f94ff8a44aa1c9b5', 1, 'gmx::Int64OptionStorage::optionInfo()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::OptionInfo'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a28702d9e5916402f81fe48c541a260bc', 1, 'gmx::OptionInfo::OptionInfo()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a14a9360077f79b7c0f768260fa807796', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::optionInfo()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BooleanOptionStorage.xhtml#a6dcd9cecae230e1d8f9551d329fb6fbc', 1, 'gmx::BooleanOptionStorage::optionInfo()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IntegerOptionStorage.xhtml#a51929f25babbe05a1b8829acd081702a', 1, 'gmx::IntegerOptionStorage::optionInfo()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DoubleOptionStorage.xhtml#a6a468029afea3a69795399893e9c9e61', 1, 'gmx::DoubleOptionStorage::optionInfo()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BooleanOptionStorage.xhtml#a6dcd9cecae230e1d8f9551d329fb6fbc', 1, 'gmx::BooleanOptionStorage::optionInfo()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a14a9360077f79b7c0f768260fa807796', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::optionInfo()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a28702d9e5916402f81fe48c541a260bc', 1, 'gmx::OptionInfo::OptionInfo()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::OptionInfo']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['optionlist_169', ['optionlist', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a9bcab8534a29f710047bfcccba220da1', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::OptionList'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#abd2f04d3b754c9be06639ee28a16e0e7', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::OptionList']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['optionmanagercontainer_170', ['OptionManagerContainer', ['../classgmx_1_1OptionManagerContainer.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['optionmanagercontainer_2eh_171', ['optionmanagercontainer.h', ['../optionmanagercontainer_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['optionmap_172', ['OptionMap', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#aa8de9d9b14647ede508a45dfb7ebbd22', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]],
│ │ │ │ │ ['optionmap_5f_173', ['optionMap_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#aec29c46247eccc69f7ffa3f5c9cebed4', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]],
│ │ │ │ │ ['options_174', ['options', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#section_trajectoryanalysisframework_options', 1, 'Input options'],
│ │ │ │ │ ['../page_energyanalysisframework.xhtml#section_energyanalysisframework_options', 1, 'Input options'],
│ │ │ │ │ ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md83', 1, 'Input options'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#af6fe6e0a4bd11c13b7f64e60dfe59c2b', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder::options()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Options.xhtml#a488515445eb8fd101a43b1903e64bdbf', 1, 'gmx::Options::Options()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Options.xhtml', 1, 'gmx::Options'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx__reverse__top__t.xhtml#a1784e4b777f6805ec9e792f04fa2b78a', 1, 'gmx_reverse_top_t::options()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Options.xhtml#a488515445eb8fd101a43b1903e64bdbf', 1, 'gmx::Options::Options()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#af6fe6e0a4bd11c13b7f64e60dfe59c2b', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder::options()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx__reverse__top__t.xhtml#a1784e4b777f6805ec9e792f04fa2b78a', 1, 'gmx_reverse_top_t::options()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['options_20options_175', ['Extensible Handling of Options (options)', ['../group__module__options.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['options_2ecpp_176', ['options.cpp', ['../options_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['options_2eh_177', ['options.h', ['../src_2gromacs_2domdec_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../api_2legacy_2include_2gromacs_2options_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['options_5f_178', ['options_', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter_1_1Impl.xhtml#a9baa833f1ccfd071e838765eb5de135e', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::Impl::options_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FlagTest.xhtml#af80844cb3a58c500effbefef505aab8b', 1, 'gmx::test::FlagTest::options_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a461bcb33bd4d0aed73b9a02f46963ba4', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::options_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#aa0b581c60a66865d20e59c0b7734729c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::options_'],
│ │ │ │ │ + ['options_5f_178', ['options_', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a461bcb33bd4d0aed73b9a02f46963ba4', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::options_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a82e46f05bb9b7b80b013b6c614089228', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::options_'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#a292a0c6cfed7148f01a99b95d8f8d7f4', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl::options_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a82e46f05bb9b7b80b013b6c614089228', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::options_']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#aa0b581c60a66865d20e59c0b7734729c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::options_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FlagTest.xhtml#af80844cb3a58c500effbefef505aab8b', 1, 'gmx::test::FlagTest::options_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter_1_1Impl.xhtml#a9baa833f1ccfd071e838765eb5de135e', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::Impl::options_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['options_5fimpl_2eh_179', ['options_impl.h', ['../options__impl_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['optionsadapter_180', ['optionsadapter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml#a1f9a304d7b9fb1e0ecf1e1241be78a04', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter::OptionsAdapter()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['optionsassigner_181', ['optionsassigner', ['../classgmx_1_1Options.xhtml#a597cdff9412b378552b0419beb08fb2f', 1, 'gmx::Options::OptionsAssigner'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a1ec73dc8457bd1a10e4542b0617aac2c', 1, 'gmx::OptionsAssigner::OptionsAssigner()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml', 1, 'gmx::OptionsAssigner']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['optionsassigner_2ecpp_182', ['optionsassigner.cpp', ['../optionsassigner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2optionsassigner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['optionsassigner_2ecpp_182', ['optionsassigner.cpp', ['../tests_2optionsassigner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../optionsassigner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['optionsassigner_2eh_183', ['optionsassigner.h', ['../optionsassigner_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['optionsbehaviorcollection_184', ['optionsbehaviorcollection', ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a74526a586cd629ef3cf99fea463e57f1', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::OptionsBehaviorCollection()']
│ │ │ │ │ + ['optionsbehaviorcollection_184', ['optionsbehaviorcollection', ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a74526a586cd629ef3cf99fea463e57f1', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::OptionsBehaviorCollection()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['optionsbehaviorpointer_185', ['OptionsBehaviorPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a059233e5e29d17f821d7f56ef3faa7e4', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['optionsection_186', ['optionsection', ['../classgmx_1_1OptionSection.xhtml#a74841a5d684ddb79e48ced3904fc87c2', 1, 'gmx::OptionSection::OptionSection()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionSection.xhtml', 1, 'gmx::OptionSection']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['optionsection_2eh_187', ['optionsection.h', ['../optionsection_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['optionsectionhandle_188', ['optionsectionhandle', ['../classgmx_1_1OptionSectionHandle.xhtml#a45e7721f3ce03848210e7ca441a14aac', 1, 'gmx::OptionSectionHandle::OptionSectionHandle()'],
│ │ │ │ │ @@ -592,40 +592,40 @@
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['optionsectionimpl_189', ['optionsectionimpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#ad732e164448081e172643b2e192e1d68', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::OptionSectionImpl()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['optionsfilter_190', ['optionsfilter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsFilter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsFilter'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsFilter.xhtml#aacaefce8572e2ffc40493686194daf32', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsFilter::OptionsFilter()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['optionsfinished_191', ['optionsfinished', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#afa3457cc922f1d16c4c19cec740e0442', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::optionsFinished()'],
│ │ │ │ │ + ['optionsfinished_191', ['optionsfinished', ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a39dbf3ae0c6cd27e41260525cdc81934', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinished()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ICommandLineOptionsModule.xhtml#ace80320e3379cc01c79e52c2a51e4e56', 1, 'gmx::ICommandLineOptionsModule::optionsFinished()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a96e859a1f8ceb6bd4c430944a4f3faaa', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::optionsFinished()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1Msd.xhtml#a0b40f3faf4d88711bbabac660aa3f597', 1, 'gmx::analysismodules::Msd::optionsFinished()'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#gad6e3bdf7096e4c88b9ff8cf4e1ad9739', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::Rdf::optionsFinished()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml#a03b3e6895e314ca7ea90359ed0a3fedd', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon::optionsFinished()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ac18e2436bac7d70a0a973166150b3683', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinished()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a39dbf3ae0c6cd27e41260525cdc81934', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinished()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IOptionsBehavior.xhtml#a0e51c68861417e488fcb2a61b425887a', 1, 'gmx::IOptionsBehavior::optionsFinished()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml#a03b3e6895e314ca7ea90359ed0a3fedd', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon::optionsFinished()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1Msd.xhtml#a0b40f3faf4d88711bbabac660aa3f597', 1, 'gmx::analysismodules::Msd::optionsFinished()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a96e859a1f8ceb6bd4c430944a4f3faaa', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::optionsFinished()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ICommandLineOptionsModule.xhtml#ace80320e3379cc01c79e52c2a51e4e56', 1, 'gmx::ICommandLineOptionsModule::optionsFinished()'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#gad6e3bdf7096e4c88b9ff8cf4e1ad9739', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::Rdf::optionsFinished()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#afa3457cc922f1d16c4c19cec740e0442', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::optionsFinished()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['optionsfinishing_192', ['optionsfinishing', ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a40693bc93fd435e9fb88c14f68dc709f', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinishing()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ab968390f8410e64d43021d5d7455154b', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinishing()'],
│ │ │ │ │ + ['optionsfinishing_192', ['optionsfinishing', ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a677d18d5dc8e7656783ca21b486055d2', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::optionsFinishing()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IOptionsBehavior.xhtml#a2d687df65d56514816478fcda042c3b1', 1, 'gmx::IOptionsBehavior::optionsFinishing()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a677d18d5dc8e7656783ca21b486055d2', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::optionsFinishing()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ab968390f8410e64d43021d5d7455154b', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinishing()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a40693bc93fd435e9fb88c14f68dc709f', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinishing()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['optionsimpl_193', ['OptionsImpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionsImpl.xhtml', 1, 'gmx::internal']]],
│ │ │ │ │ ['optionsiterator_194', ['optionsiterator', ['../classgmx_1_1OptionsIterator.xhtml', 1, 'gmx::OptionsIterator'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsIterator.xhtml#a85a4bbdac8294e17f46c19b869ec18ad', 1, 'gmx::OptionsIterator::OptionsIterator(const Options &options)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsIterator.xhtml#a04e208ff7282fa44bcf65172bf5ec6bc', 1, 'gmx::OptionsIterator::OptionsIterator(const OptionSectionInfo &section)']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsIterator.xhtml#a04e208ff7282fa44bcf65172bf5ec6bc', 1, 'gmx::OptionsIterator::OptionsIterator(const OptionSectionInfo &section)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsIterator.xhtml#a85a4bbdac8294e17f46c19b869ec18ad', 1, 'gmx::OptionsIterator::OptionsIterator(const Options &options)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['optionslistformatter_195', ['optionslistformatter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsListFormatter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__commandline.xhtml#gae57df389ee654625f4f37889feb0d1af', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter::OptionsListFormatter()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['optionsmodifyingiterator_196', ['optionsmodifyingiterator', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml#af187e7362d387745eb6f6484f6468305', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator::OptionsModifyingIterator(Options *options)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml#aaa68f5b4806f54f03162b53b4b0a6965', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator::OptionsModifyingIterator(OptionSectionInfo *section)']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml#aaa68f5b4806f54f03162b53b4b0a6965', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator::OptionsModifyingIterator(OptionSectionInfo *section)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml#af187e7362d387745eb6f6484f6468305', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator::OptionsModifyingIterator(Options *options)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['optionsmodifyingtypevisitor_197', ['OptionsModifyingTypeVisitor', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingTypeVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['optionsmodifyingtypevisitor_3c_20floatingpointoptioninfo_20_3e_198', ['OptionsModifyingTypeVisitor< FloatingPointOptionInfo >', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingTypeVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['optionsmodifyingvisitor_199', ['OptionsModifyingVisitor', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['optionsmodulesettings_5f_200', ['optionsModuleSettings_', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings_1_1Impl.xhtml#aa30802598cfbc0bfa82a65579e47651a', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_201', ['optionstoragetemplate', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a141155fc18064e65d14e23f2c26f8b6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const AbstractOption &settings, StorePointer store)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a979a7a8f2176df65f7ba26e52e67da6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const OptionTemplate< T, U > &settings, OptionFlags staticFlags=OptionFlags())'],
│ │ │ │ │ @@ -684,16 +684,16 @@
│ │ │ │ │ ['ordervector_247', ['ordervector', ['../partition_8cpp.xhtml#a62dabb329c6aed5f62c3293a4482de77', 1, 'orderVector(gmx::ArrayRef< const gmx_cgsort_t > sort, gmx::ArrayRef< T > dataToSort, const T fillerValue, gmx::ArrayRef< T > sortBuffer): partition.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../partition_8cpp.xhtml#abbd68a7388ff560860dec6df7b128bb4', 1, 'orderVector(gmx::ArrayRef< const gmx_cgsort_t > sort, gmx::ArrayRef< T > dataToSort, gmx::ArrayRef< T > sortBuffer): partition.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../partition_8cpp.xhtml#af81b8dd487eb827d0d44a3c08a6bd581', 1, 'orderVector(gmx::ArrayRef< const gmx_cgsort_t > sort, gmx::ArrayRef< T > vectorToSort, const T &fillerValue, gmx::FastVector< T > *workVector): partition.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['organization_248', ['organization', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md58', 1, 'File organization'],
│ │ │ │ │ ['../page_refdata.xhtml#autotoc_md52', 1, 'Reference data organization']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['organizemdpfile_249', ['organizemdpfile', ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#aa343a83ca442cb66ced3c1daa04f1ee1', 1, 'gmx::test::MultiSimTest::organizeMdpFile()'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a95d29a9c1a3348aea0efde31261482f4', 1, 'gmx::test::organizeMdpFile()']
│ │ │ │ │ + ['organizemdpfile_249', ['organizemdpfile', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a95d29a9c1a3348aea0efde31261482f4', 1, 'gmx::test::organizeMdpFile()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#aa343a83ca442cb66ced3c1daa04f1ee1', 1, 'gmx::test::MultiSimTest::organizeMdpFile()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['orgid_250', ['orgid', ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#a480c734c65ad2a432690b7d27663fb40', 1, 'gmx_ana_indexmap_t']]],
│ │ │ │ │ ['orientations_251', ['orientations', ['../structt__oriresdata.xhtml#a12816bf0b47ebfe75ee47d8cc403e5f3', 1, 't_oriresdata']]],
│ │ │ │ │ ['orientationsensembleav_252', ['orientationsEnsembleAv', ['../structt__oriresdata.xhtml#affb07a897c704f0b9c82c0c4013827aa', 1, 't_oriresdata']]],
│ │ │ │ │ ['orientationsensembleavbuffer_253', ['orientationsEnsembleAvBuffer', ['../structt__oriresdata.xhtml#aca3212ff4bdbddeae3982399f4e29c7d', 1, 't_oriresdata']]],
│ │ │ │ │ ['orientationstimeandensembleav_254', ['orientationsTimeAndEnsembleAv', ['../structt__oriresdata.xhtml#a128bef8adaf9af44543495daf25e12cf', 1, 't_oriresdata']]],
│ │ │ │ │ ['orientationstimeandensembleavbuffer_255', ['orientationsTimeAndEnsembleAvBuffer', ['../structt__oriresdata.xhtml#a9ca5caaf9f175ebf180358fffc6972db', 1, 't_oriresdata']]],
│ │ │ │ │ @@ -702,100 +702,100 @@
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GridAxis.xhtml#ac2cc23846a7de6ebea1e0fbce98b3833', 1, 'gmx::GridAxis::origin()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['orire_5fdtav_258', ['orire_Dtav', ['../classhistory__t.xhtml#a92a289ae075daedd89d6971c6ed38c1a', 1, 'history_t']]],
│ │ │ │ │ ['orire_5finitf_259', ['orire_initf', ['../classhistory__t.xhtml#a6047d3a9ba6318f77225bb5da2c92b40', 1, 'history_t']]],
│ │ │ │ │ ['orires_260', ['orires', ['../orires_8h.xhtml#ae3c8481da82a990b246b4ad54441b52f', 1, 'orires.h']]],
│ │ │ │ │ ['orires_2ecpp_261', ['orires.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2orires_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['orires_2eh_262', ['orires.h', ['../orires_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['osid_263', ['osid', ['../structgmx_1_1CpuInfo_1_1LogicalProcessor.xhtml#a9917bc1fbe9a4b4faff98af24515b0ff', 1, 'gmx::CpuInfo::LogicalProcessor::osId'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02cpuinfo_8cpp_03_1_1ApicInfo.xhtml#ab8c6e6ec23a07ff79d628f8826c6d54f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cpuinfo.cpp}::ApicInfo::osId'],
│ │ │ │ │ + ['osid_263', ['osid', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#a683fb54496f56a5dfe28b9691fa1010a', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor::osId'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1ProcessingUnit.xhtml#a839e7cf8430f20220c1bb0a04e29d4a6', 1, 'gmx::HardwareTopology::ProcessingUnit::osId'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#a683fb54496f56a5dfe28b9691fa1010a', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor::osId']
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1CpuInfo_1_1LogicalProcessor.xhtml#a9917bc1fbe9a4b4faff98af24515b0ff', 1, 'gmx::CpuInfo::LogicalProcessor::osId'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02cpuinfo_8cpp_03_1_1ApicInfo.xhtml#ab8c6e6ec23a07ff79d628f8826c6d54f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cpuinfo.cpp}::ApicInfo::osId']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['osidtopuid_264', ['osIdToPuId', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Machine.xhtml#a2e9f194ebef1a97eb7fa9f533b192449', 1, 'gmx::HardwareTopology::Machine']]],
│ │ │ │ │ ['other_265', ['Other', ['../namespacegmx.xhtml#a73202d646d57bcc963d8afd5a16015f0a6311ae17c1ee52b36e68aaf4ad066387', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['other_20formats_266', ['Help in other formats', ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md74', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['other_20older_20approaches_267', ['Other (older) approaches', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md44', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['out_5fangles_268', ['out_angles', ['../structgmx__enfrot.xhtml#a592a9fb71898d053bc1126cede0ecd17', 1, 'gmx_enfrot']]],
│ │ │ │ │ ['out_5frot_269', ['out_rot', ['../structgmx__enfrot.xhtml#a2714985fe3702a12979dbc6a4143d895', 1, 'gmx_enfrot']]],
│ │ │ │ │ ['out_5fslabs_270', ['out_slabs', ['../structgmx__enfrot.xhtml#a6d0ff8951b1f6e3e13cc92a2afe264cd', 1, 'gmx_enfrot']]],
│ │ │ │ │ ['out_5ftorque_271', ['out_torque', ['../structgmx__enfrot.xhtml#a1b9f6d19f38a3ef925d4f7cc344a46d0', 1, 'gmx_enfrot']]],
│ │ │ │ │ ['outerproductevaluator_272', ['OuterProductEvaluator', ['../classgmx_1_1OuterProductEvaluator.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['outerproductzy_5f_273', ['outerproductzy_', ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#a76744dcca53d7159aaf07d2b78052dbc', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::outerProductZY_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#a2fe305552e1af0f9f15def4587506c3d', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl::outerProductZY_']
│ │ │ │ │ + ['outerproductzy_5f_273', ['outerproductzy_', ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#a2fe305552e1af0f9f15def4587506c3d', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl::outerProductZY_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#a76744dcca53d7159aaf07d2b78052dbc', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::outerProductZY_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['outf_274', ['outf', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a418bdf83009d84dc28c7ccc0b9591bb1', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['outinit_275', ['outinit', ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#ab6f368546e7a0605669f6ffa9a4e1184', 1, 'gmx_ana_selmethod_t']]],
│ │ │ │ │ ['output_276', ['output', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md101', 1, 'Coordinate data output'],
│ │ │ │ │ ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md86', 1, 'Output']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['output_20data_20analysisdata_277', ['Parallelizable Handling of Output Data (analysisdata)', ['../group__module__analysisdata.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['output_20data_20handling_278', ['output data handling', ['../page_analysisdata.xhtml', 1, 'Analysis output data handling'],
│ │ │ │ │ - ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md100', 1, 'Output data handling'],
│ │ │ │ │ - ['../page_energyanalysisframework.xhtml#autotoc_md90', 1, 'Output data handling']
│ │ │ │ │ + ['../page_energyanalysisframework.xhtml#autotoc_md90', 1, 'Output data handling'],
│ │ │ │ │ + ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md100', 1, 'Output data handling']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['output_2eh_279', ['output.h', ['../output_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['outputadaptercontainer_280', ['outputadaptercontainer', ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#a24e4389e62ce62e3e170fd0293112ddf', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer(unsigned long abilities)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#aaf6aa8b1a9e26274a1184a78b28daf68', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer(CoordinateFileFlags abilities)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer']
│ │ │ │ │ + ['outputadaptercontainer_280', ['outputadaptercontainer', ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#aaf6aa8b1a9e26274a1184a78b28daf68', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#a24e4389e62ce62e3e170fd0293112ddf', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['outputadaptercontainer_2ecpp_281', ['outputadaptercontainer.cpp', ['../tests_2outputadaptercontainer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../outputadaptercontainer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['outputadaptercontainer_2eh_282', ['outputadaptercontainer.h', ['../outputadaptercontainer_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['outputadapterpointer_283', ['OutputAdapterPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a931d7c3f10f668b68f3307c9a23aac82', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['outputadapters_2ecpp_284', ['outputadapters.cpp', ['../outputadapters_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['outputadapters_2eh_285', ['outputadapters.h', ['../outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['outputadapters_2eh_285', ['outputadapters.h', ['../tests_2outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['outputbuffer_286', ['outputbuffer', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#a844a4b89e2ec0a9150dd46960e998744', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::outputBuffer(int thread) const'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#a6bde4c4dc88ba22650ae13cb977bfffd', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::outputBuffer(int thread)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['outputbuffers_287', ['outputBuffers', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#a13e67345005e7b132821c867340d881d', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]],
│ │ │ │ │ ['outputenv_5f_288', ['outputEnv_', ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml#aa1aa20355975f59f3a92ff3e3b6926e3', 1, 'gmx::SimulatorEnv']]],
│ │ │ │ │ - ['outputfile_289', ['outputfile', ['../classOutputFile.xhtml', 1, 'OutputFile'],
│ │ │ │ │ - ['../classOutputFile.xhtml#ac7a960d433c068b45d1a4d69db2afab4', 1, 'OutputFile::OutputFile()'],
│ │ │ │ │ + ['outputfile_289', ['outputfile', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a655c0f595a738d56078de302e756840d', 1, 'gmx::HelpWriterContext::outputFile()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a80e635f1f2b0eac13821b49a09a16936', 1, 'gmx::FileNameOption::outputFile()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a655c0f595a738d56078de302e756840d', 1, 'gmx::HelpWriterContext::outputFile()'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NbnxmKernelBenchOptions.xhtml#ac25520de7a467ddeec04197c1b5396c9', 1, 'gmx::NbnxmKernelBenchOptions::outputFile'],
│ │ │ │ │ + ['../classOutputFile.xhtml#ac7a960d433c068b45d1a4d69db2afab4', 1, 'OutputFile::OutputFile()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryFileOpener.xhtml#a95a59e0ec86cab7744c655097d17b211', 1, 'gmx::TrajectoryFileOpener::outputFile()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1NbnxmKernelBenchOptions.xhtml#ac25520de7a467ddeec04197c1b5396c9', 1, 'gmx::NbnxmKernelBenchOptions::outputFile']
│ │ │ │ │ + ['../classOutputFile.xhtml', 1, 'OutputFile']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['outputfiles_290', ['outputFiles', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02handlerestart_8cpp_03_1_1StartingBehaviorHandler.xhtml#a9e9db68654dfa6a3ab2e55fc02a5457f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{handlerestart.cpp}::StartingBehaviorHandler']]],
│ │ │ │ │ ['outputfiles_2ecpp_291', ['outputfiles.cpp', ['../outputfiles_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['outputfilestestparams_292', ['OutputFilesTestParams', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02outputfiles_8cpp_03.xhtml#a8a8f20526e2ec669992bc40c061b1045', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{outputfiles.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['outputfiletype_293', ['OutputFileType', ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a0d9fdb0da3e9c99ad58a3e02bcd01fbc', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['outputforces_294', ['outputForces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a52c053d2f484872840df51fd76eb07d1', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['outputformat_295', ['outputFormat', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a6a6f292ac89470c9070141d96ce46213', 1, 'gmx::HelpWriterContext']]],
│ │ │ │ │ ['outputparametergeneratorfunction_296', ['OutputParameterGeneratorFunction', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a4d3f74cfb6fe86190ac6944586d98cc2', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['outputparameters_297', ['outputParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#af69e1aa96a402756bc085f8c0e4a6e3e', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ - ['outputprovider_298', ['outputprovider', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml#ac11d6a709c42d71c5d21c183274c2305', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting::outputProvider()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RestraintMDModule.xhtml#afe126d08665a6d3ccd32c3f569476d52', 1, 'gmx::RestraintMDModule::outputProvider()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IMDModule.xhtml#a489c0cac9c871a0f1cc0a95f7a52bc0b', 1, 'gmx::IMDModule::outputProvider()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MDModules.xhtml#a72cb582ed6d59671da41c5f022338668', 1, 'gmx::MDModules::outputProvider()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMM.xhtml#afbe4b4f15f2fb51dec87524400c3679b', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMM::outputProvider()'],
│ │ │ │ │ + ['outputprovider_298', ['outputprovider', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMM.xhtml#afbe4b4f15f2fb51dec87524400c3679b', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMM::outputProvider()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule__stub_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#a6b9f0c069a221b101096f9f68f29c803', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule_stub.cpp}::PlumedMDModule::outputProvider()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#ad55fe10b4200308446752ca7e9ff43c9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule.cpp}::PlumedMDModule::outputProvider()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nnpot_8cpp_03_1_1NNPotMDModule.xhtml#a60708733d18b2a18c189f54be32b3d1f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nnpot.cpp}::NNPotMDModule::outputProvider()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02electricfield_8cpp_03_1_1ElectricField.xhtml#a8626e0c00a59d28fb747cd2fee362be1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{electricfield.cpp}::ElectricField::outputProvider()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml#ac11d6a709c42d71c5d21c183274c2305', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting::outputProvider()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a7dfc4b65e317135bf9116ae6a82e1417', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule::outputProvider()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a62758ceddf7643d6d4ff2f29a53daae4', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule::outputProvider()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a62758ceddf7643d6d4ff2f29a53daae4', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule::outputProvider()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MDModules.xhtml#a72cb582ed6d59671da41c5f022338668', 1, 'gmx::MDModules::outputProvider()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IMDModule.xhtml#a489c0cac9c871a0f1cc0a95f7a52bc0b', 1, 'gmx::IMDModule::outputProvider()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RestraintMDModule.xhtml#afe126d08665a6d3ccd32c3f569476d52', 1, 'gmx::RestraintMDModule::outputProvider()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['outputprovider_5f_299', ['outputProvider_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a189bb18d1e119b20ee50a8573240c1a6', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]],
│ │ │ │ │ ['outputquantities_300', ['outputquantities', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::OutputQuantities'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::OutputQuantities'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::OutputQuantities']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['outputrequirementoptiondirector_301', ['OutputRequirementOptionDirector', ['../classgmx_1_1OutputRequirementOptionDirector.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['outputrequirements_302', ['OutputRequirements', ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['outputrootentry_5f_303', ['outputrootentry_', ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a4e8eac53ae3b582467529619b38399a8', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl::outputRootEntry_'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#a0a3b479f7489afaa61e604660a15ae19', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl::outputRootEntry_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['outputselector_304', ['outputselector', ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml', 1, 'gmx::OutputSelector'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#adfdcfbbeb5cbf85a8ec3cd2c0c92ab69', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(const Selection &sel)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#af79a9c1cb189a56a816f564b2ab506d6', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(OutputSelector &&old) noexcept=default']
│ │ │ │ │ + ['outputselector_304', ['outputselector', ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#adfdcfbbeb5cbf85a8ec3cd2c0c92ab69', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(const Selection &sel)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#af79a9c1cb189a56a816f564b2ab506d6', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(OutputSelector &&old) noexcept=default'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml', 1, 'gmx::OutputSelector']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['outputselector_2ecpp_305', ['outputselector.cpp', ['../outputselector_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['outputselector_2eh_306', ['outputselector.h', ['../outputselector_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['outputselectordeathtest_307', ['OutputSelectorDeathTest', ['../classgmx_1_1test_1_1OutputSelectorDeathTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['outputselectorpointer_308', ['OutputSelectorPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a139b5367368caa9a3189d367ecb2ba36', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['outputsforces_309', ['outputsforces', ['../classgmx_1_1INNPotModel.xhtml#a3932241bd98dba18e262ac05c53d69ba', 1, 'gmx::INNPotModel::outputsForces()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TorchModel.xhtml#a4586a9e3c5c8b909d66de4fb6ec7a9cd', 1, 'gmx::TorchModel::outputsForces()']
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_13.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -45,22 +45,22 @@
│ │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20rvec_20_3e_25', ['PaddedVector< RVec >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['paddedvectortest_26', ['PaddedVectorTest', ['../classgmx_1_1test_1_1PaddedVectorTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['padding_27', ['padding', ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#a74a1c9cb3020fc75e8a7afe9c7047d7b', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner']]],
│ │ │ │ │ ['paddingtraits_28', ['PaddingTraits', ['../structgmx_1_1detail_1_1PaddingTraits.xhtml', 1, 'gmx::detail']]],
│ │ │ │ │ ['pagealignedallocationpolicy_29', ['PageAlignedAllocationPolicy', ['../classgmx_1_1PageAlignedAllocationPolicy.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['pagealignedallocator_30', ['PageAlignedAllocator', ['../namespacegmx.xhtml#af01c69345463ebb433d1fedfd356b74a', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['pagesize_31', ['pageSize', ['../namespacegmx.xhtml#a41f63c30185ee31c10a30e46b7d53f9d', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['pair_32', ['pair', ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81ad0bd662806a73209a1c6fbe55591fbff', 1, 'gmx::Pair'],
│ │ │ │ │ + ['pair_32', ['pair', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1DistancesSquared.xhtml#af1e781c15cbc8b00f520c621ef583b1a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::DistancesSquared::pair'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nbnxn__excl__t.xhtml#a6a392653c71a1a8e133e2855d5cab556', 1, 'gmx::nbnxn_excl_t::pair'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1DistancesSquared.xhtml#af1e781c15cbc8b00f520c621ef583b1a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::DistancesSquared::pair']
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81ad0bd662806a73209a1c6fbe55591fbff', 1, 'gmx::Pair']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pair_20interactions_33', ['Non-bonded pair interactions', ['../group__module__nbnxm.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['paircountwithincutoff_34', ['pairCountWithinCutoff', ['../namespacegmx.xhtml#a246c6fa4555b021df975ad1b7f7697c2', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['pairdist_2ecpp_35', ['pairdist.cpp', ['../tests_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../modules_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['pairdist_2ecpp_35', ['pairdist.cpp', ['../modules_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pairdist_2eh_36', ['pairdist.h', ['../pairdist_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pairdistance_37', ['PairDistance', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistance.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['pairdistancemoduledata_38', ['pairdistancemoduledata', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistanceModuleData.xhtml#aee31955e41d398a1738d90c17b9448d7', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}::PairDistanceModuleData::PairDistanceModuleData()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistanceModuleData.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}::PairDistanceModuleData']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pairdistancemoduletest_39', ['PairDistanceModuleTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03.xhtml#a3af93fde09ff573ac749dad72cae4b39', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairdist.cpp}']]],
│ │ │ │ │ @@ -68,33 +68,33 @@
│ │ │ │ │ ['pairhash_41', ['pairHash', ['../structgmx_1_1pairHash.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['pairlist_2ecpp_42', ['pairlist.cpp', ['../tests_2pairlist_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pairlist_5fimask_2eh_43', ['pairlist_imask.h', ['../pairlist__imask_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pairlist_5fsimd_5fkernel_2ecpp_44', ['pairlist_simd_kernel.cpp', ['../pairlist__simd__kernel_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pairlist_5fsimd_5fkernel_2eh_45', ['pairlist_simd_kernel.h', ['../pairlist__simd__kernel_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pairlist_5ftuning_2ecpp_46', ['pairlist_tuning.cpp', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pairlist_5ftuning_2eh_47', ['pairlist_tuning.h', ['../pairlist__tuning_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['pairlistcutoff_48', ['pairlistcutoff', ['../structgmx_1_1NbnxmKernelBenchOptions.xhtml#a2023ee62d6b1a45f5cc8bce187330699', 1, 'gmx::NbnxmKernelBenchOptions::pairlistCutoff'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelOptions.xhtml#a99a1005d4246403b05b8dee487944485', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelOptions::pairlistCutoff']
│ │ │ │ │ + ['pairlistcutoff_48', ['pairlistcutoff', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelOptions.xhtml#a99a1005d4246403b05b8dee487944485', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelOptions::pairlistCutoff'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NbnxmKernelBenchOptions.xhtml#a2023ee62d6b1a45f5cc8bce187330699', 1, 'gmx::NbnxmKernelBenchOptions::pairlistCutoff']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pairlistinnerradius_49', ['pairlistInnerRadius', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a51c4a118964f4b5213facfd765f76243', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]],
│ │ │ │ │ ['pairlistissimple_50', ['pairlistIsSimple', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a26c1965627a134ffaf8dc77448ae7f43', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]],
│ │ │ │ │ ['pairlistouterradius_51', ['pairlistOuterRadius', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a6d5f189da301555a408b19e4b782eb15', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]],
│ │ │ │ │ - ['pairlistparams_52', ['pairlistparams', ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml', 1, 'gmx::PairlistParams'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml#a5e50f9cb2a367fff511bb6fceb102545', 1, 'gmx::PairlistParams::PairlistParams()']
│ │ │ │ │ + ['pairlistparams_52', ['pairlistparams', ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml#a5e50f9cb2a367fff511bb6fceb102545', 1, 'gmx::PairlistParams::PairlistParams()'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml', 1, 'gmx::PairlistParams']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pairlistparams_2ecpp_53', ['pairlistparams.cpp', ['../pairlistparams_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pairlistparams_2eh_54', ['pairlistparams.h', ['../pairlistparams_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['pairlistset_55', ['pairlistset', ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml#a0f73ad8dba4b6b59d20f9488611e1efc', 1, 'gmx::PairlistSets::pairlistSet()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml', 1, 'gmx::PairlistSet'],
│ │ │ │ │ + ['pairlistset_55', ['pairlistset', ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml', 1, 'gmx::PairlistSet'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml#a0f73ad8dba4b6b59d20f9488611e1efc', 1, 'gmx::PairlistSets::pairlistSet()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml#ae43d2e1d2818c66c47426aa57f40c09b', 1, 'gmx::PairlistSet::PairlistSet()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pairlistset_2ecpp_56', ['pairlistset.cpp', ['../pairlistset_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pairlistset_2eh_57', ['pairlistset.h', ['../pairlistset_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['pairlistsets_58', ['pairlistsets', ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml#a9375364a83138eae955b23cd199fd891', 1, 'gmx::PairlistSets::PairlistSets()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#aeb0b1a81cdebaac68841abd89635e084', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::pairlistSets()'],
│ │ │ │ │ + ['pairlistsets_58', ['pairlistsets', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#aeb0b1a81cdebaac68841abd89635e084', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::pairlistSets()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml#a9375364a83138eae955b23cd199fd891', 1, 'gmx::PairlistSets::PairlistSets()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml', 1, 'gmx::PairlistSets']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pairlistsets_2eh_59', ['pairlistsets.h', ['../pairlistsets_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pairlisttype_60', ['pairlisttype', ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml#a2c83e42e8b3694d16f22bf12c5d9f7e2', 1, 'gmx::PairlistParams::pairlistType'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a988b986d35cacb4d435767ea6c57a0b5', 1, 'gmx::PairlistType']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pairlisttype_5f_61', ['pairlistType_', ['../structgmx_1_1Grid_1_1Geometry.xhtml#a8ded14d0f33cf006304ac9a707cbef4a', 1, 'gmx::Grid::Geometry']]],
│ │ │ │ │ @@ -127,34 +127,34 @@
│ │ │ │ │ ['parallelization_77', ['Parallelization', ['../page_analysisdata.xhtml#section_analysisdata_parallelization', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['parallelization_20over_20mpi_78', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['parallelizationfactor_79', ['parallelizationFactor', ['../classgmx_1_1AnalysisDataParallelOptions.xhtml#ad581353e29513839c7ab04f429f50b61', 1, 'gmx::AnalysisDataParallelOptions']]],
│ │ │ │ │ ['paralleloptions_2eh_80', ['paralleloptions.h', ['../paralleloptions_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['parallelselection_81', ['parallelSelection', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a4e23dbf4cfd2554ac011664b49c1c7e0', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']]],
│ │ │ │ │ ['parallelselections_82', ['parallelSelections', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a4ffe3dec6ef34ae7e6af7a46b9fc7d0b', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']]],
│ │ │ │ │ ['param_83', ['param', ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ace6c727298fe514a14a114f41d00e206', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a267faab6d4cd2e017603fe0f73500c38', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a843c35d5997b5075c35125a57cd6b937', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#adaa8c7d5f4803f33e80d1811aa0af1f8', 1, 'gmx::NormalDistribution::param()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a0b4956164b6ed61094a550099fa90d3b', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::param'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#a35f0e16a9da71056786953c5095ae334', 1, 'gmx::GammaDistribution::param()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a267faab6d4cd2e017603fe0f73500c38', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#ac5071065401d78716721b2d8512b9f75', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param()'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#afd48ccc940b2c37d46c65bbeb5fb7ff3', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::param']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['param_5ftype_84', ['param_type', ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution< RealType, tableBits >::param_type'],
│ │ │ │ │ + ['param_5ftype_84', ['param_type', ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml#a9da3288cf64135c00f1d8b4f9886e6bc', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param_type::param_type()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::UniformRealDistribution< RealType >::param_type'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::UniformIntDistribution< IntType >::param_type'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::ExponentialDistribution< RealType >::param_type'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::GammaDistribution< RealType >::param_type'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::NormalDistribution< RealType >::param_type'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution< RealType, tableBits >::param_type'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml#a075c414de6d852b230fcf3090828c0ae', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param_type::param_type()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml#a3c7af41da301591eda86b7f17f68d5e2', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param_type::param_type()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a6aa16740324937c7444c04eb52ed1a2a', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param_type::param_type()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a479bbfe6aea453e1b93fb6c46b2a586a', 1, 'gmx::NormalDistribution::param_type::param_type()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml#a945429fd633cd59c2850bf7cd70d88d5', 1, 'gmx::GammaDistribution::param_type::param_type()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml#a9da3288cf64135c00f1d8b4f9886e6bc', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param_type::param_type()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml#a945429fd633cd59c2850bf7cd70d88d5', 1, 'gmx::GammaDistribution::param_type::param_type()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['parameterizedmdruntestfixture_85', ['ParameterizedMdrunTestFixture', ['../classgmx_1_1test_1_1ParameterizedMdrunTestFixture.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['parameters_86', ['parameters', ['../page_module_selection_custom.xhtml#selmethods_params', 1, 'Defining parameters'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pull__rotation_8cpp_03.xhtml#af94b35600673f3744fbf6caec27ac27c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pull_rotation.cpp}::Parameters'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml#a087e8b86cad35f25abf237869a360434', 1, 'gmx::QMMMOptions::parameters()'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02virtualsites_8cpp_03_1_1VirtualSiteTest_1_1VirtualSite.xhtml#adf8f8c60fbcbe9df7463a22e5180056e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{virtualsites.cpp}::VirtualSiteTest::VirtualSite::parameters'],
│ │ │ │ │ ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md7', 1, 'Storing non-mdp option module parameters']
│ │ │ │ │ @@ -239,27 +239,27 @@
│ │ │ │ │ ['particles_144', ['Interactions between lists of particles', ['../group__module__listed__forces.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['particletypenamea_145', ['particleTypeNameA', ['../classSimulationParticle.xhtml#a496a7fbd86890361e14206c021119b06', 1, 'SimulationParticle']]],
│ │ │ │ │ ['particletypenameb_146', ['particleTypeNameB', ['../classSimulationParticle.xhtml#af0b80a3f5d5a292d6a6eca327b34b2cc', 1, 'SimulationParticle']]],
│ │ │ │ │ ['partition_147', ['partition', ['../structpartition.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['partition_2ecpp_148', ['partition.cpp', ['../partition_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['partition_2eh_149', ['partition.h', ['../partition_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['partlyuniformdiagonal_150', ['PartlyUniformDiagonal', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbeaa38d3d821130dde2b2f53b5301598da2e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['path_2ecpp_151', ['path.cpp', ['../path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['path_2ecpp_151', ['path.cpp', ['../tests_2path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['path_2eh_152', ['path.h', ['../path_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['path_5f_153', ['path_', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#ae864c01ce9412c5674de823de8c0effb', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl::path_'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1InstallationPrefixInfo.xhtml#a6c5de6c41408d0cf40a07deb808d47fb', 1, 'gmx::InstallationPrefixInfo::path_']
│ │ │ │ │ + ['path_5f_153', ['path_', ['../structgmx_1_1InstallationPrefixInfo.xhtml#a6c5de6c41408d0cf40a07deb808d47fb', 1, 'gmx::InstallationPrefixInfo::path_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#ae864c01ce9412c5674de823de8c0effb', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl::path_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pause_154', ['Pause', ['../namespacegmx.xhtml#aa72f45c17038ea5aae00ba6b17cab901a105b296a83f9c105355403f3332af50f', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['pbc_155', ['pbc', ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a0fa76fc9cd273da2983f32b5f228e490', 1, 'gmx::Pbc'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml#a582f593e420137d31acaf230d0b0f4c3', 1, 'gmx::TrajectoryFrame::pbc()'],
│ │ │ │ │ + ['pbc_155', ['pbc', ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml#a582f593e420137d31acaf230d0b0f4c3', 1, 'gmx::TrajectoryFrame::pbc()'],
│ │ │ │ │ ['../structt__swap.xhtml#aa56af1174023261f045e7846a7736772', 1, 't_swap::pbc'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx__sel__evaluate__t.xhtml#ad45dbdc326186b045973ef3ba68bf677', 1, 'gmx_sel_evaluate_t::pbc'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba0fa76fc9cd273da2983f32b5f228e490', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::Pbc']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba0fa76fc9cd273da2983f32b5f228e490', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::Pbc'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a0fa76fc9cd273da2983f32b5f228e490', 1, 'gmx::Pbc']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pbc_2ecpp_156', ['pbc.cpp', ['../pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../tests_2pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pbc_5f_157', ['pbc_', ['../structgmx_1_1SelMethodEvalContext.xhtml#ab12ab95ec24bd1ca9d76d39ed729005b', 1, 'gmx::SelMethodEvalContext']]],
│ │ │ │ │ ['pbc_5faiuc_2eh_158', ['pbc_aiuc.h', ['../pbc__aiuc_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pbc_5faiuc_5fsycl_2eh_159', ['pbc_aiuc_sycl.h', ['../pbc__aiuc__sycl_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -311,37 +311,37 @@
│ │ │ │ │ ['pca_5ftime_5funit_189', ['PCA_TIME_UNIT', ['../group__module__commandline.xhtml#gaee728fbd6eefa75a2ba5321436783f09', 1, 'pargs.h']]],
│ │ │ │ │ ['pcc_190', ['pcc', ['../structt__methoddata__pos.xhtml#a6c3f5f28ba101c4f4c0beb6b36108fc8', 1, 't_methoddata_pos::pcc'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selcollection__t.xhtml#a7ca411d466e27dbd50ab5c115c3f3598', 1, 'gmx_ana_selcollection_t::pcc']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pcomp_191', ['pcomp', ['../namespacegmx.xhtml#a4348fa412ed90d2fc34e3a662700fc14', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['pcrd_192', ['pcrd', ['../structt__UmbrellaHeader.xhtml#af3928e9091907c4b80faf2c14e0f6691', 1, 't_UmbrellaHeader']]],
│ │ │ │ │ ['pdb2gmx_2ecpp_193', ['pdb2gmx.cpp', ['../tests_2pdb2gmx_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['pdbatomentry_194', ['pdbatomentry', ['../classPdbAtomEntry.xhtml#a9e2db6cde6cf306ae454740166a14f0a', 1, 'PdbAtomEntry::PdbAtomEntry(PdbRecordType type, int pdbAtomNumber, char alternativeLocation, const std::string &atomName)'],
│ │ │ │ │ - ['../classPdbAtomEntry.xhtml#a85fd7b8e5fc4a9f92e47456562f727ca', 1, 'PdbAtomEntry::PdbAtomEntry(PdbRecordType type, int pdbAtomNumber, char alternativeLocation, const std::string &atomName, std::optional< real > occupancy, std::optional< real > bFactor)'],
│ │ │ │ │ + ['pdbatomentry_194', ['pdbatomentry', ['../classPdbAtomEntry.xhtml#a9e2db6cde6cf306ae454740166a14f0a', 1, 'PdbAtomEntry::PdbAtomEntry()'],
│ │ │ │ │ + ['../classPdbAtomEntry.xhtml', 1, 'PdbAtomEntry'],
│ │ │ │ │ ['../classPdbAtomEntry.xhtml#aa55e1d8e53d49f0cb617b95d0daead1d', 1, 'PdbAtomEntry::PdbAtomEntry(PdbRecordType type, int atomSerialNumber, char alternativeLocation, const std::string &atomName, std::optional< real > occupancy, std::optional< real > bFactor, std::optional< std::array< real, 6 > > anisotropy)'],
│ │ │ │ │ - ['../classPdbAtomEntry.xhtml', 1, 'PdbAtomEntry']
│ │ │ │ │ + ['../classPdbAtomEntry.xhtml#a85fd7b8e5fc4a9f92e47456562f727ca', 1, 'PdbAtomEntry::PdbAtomEntry(PdbRecordType type, int pdbAtomNumber, char alternativeLocation, const std::string &atomName, std::optional< real > occupancy, std::optional< real > bFactor)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pdbatomsselection_195', ['PdbAtomsSelection', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03.xhtml#ad52b61bac3000f27e05792835bd38202', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['pdihs_196', ['pdihs', ['../uniont__iparams.xhtml#aa25406566fcf86e71a4f6e9ce04898b0', 1, 't_iparams']]],
│ │ │ │ │ ['peeraccesscheckstat_197', ['peerAccessCheckStat', ['../gpu__utils__hip_8cpp.xhtml#af4be4b1c17dba2b578332af16c506fae', 1, 'gpu_utils_hip.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['peerrankid_198', ['peerRankId', ['../structgmx__pme__pp.xhtml#afde76cd2a9bb4a6adbdea033648276de', 1, 'gmx_pme_pp']]],
│ │ │ │ │ ['pendinglimit_5f_199', ['pendingLimit_', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#ae5a3ef651453e7c82201e5ec01a29833', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]],
│ │ │ │ │ - ['perform3dfft_200', ['perform3dfft', ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSycl.xhtml#a670c41bfb68dcf7c6e58452306418e4f', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSycl::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSyclBbfft.xhtml#a57f950a0105a1b53bc957f9e8e38491a', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSyclBbfft::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSyclRocfft.xhtml#aae39c28ab96ca012506c4d549ce2c89f', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSyclRocfft::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSyclMkl.xhtml#a93d5ba6bd421523182013a3d1f75ddf0', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSyclMkl::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplHipVkFft.xhtml#a7615c4723370e0818dccfeecf23ba80e', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplHipVkFft::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplOclVkfft.xhtml#ae09c32f9be436b8b7f60fc55411c07c8', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplOclVkfft::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplOcl.xhtml#ab0c26f463bbdd314c1cd97d9159556b3', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplOcl::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1Impl.xhtml#af27684bdf75119236b70bee8a0523b12', 1, 'gmx::Gpu3dFft::Impl::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ + ['perform3dfft_200', ['perform3dfft', ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplCuFft.xhtml#a56defb889a6f5693721d93572cbad414', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplCuFft::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplHipRocfft.xhtml#ae931d7a3e396c7256ce0812a75d56796', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplHipRocfft::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSyclVkfft.xhtml#ac86d6775366567643152fb3a7c206ed9', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSyclVkfft::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Gpu3dFft.xhtml#aca28e59e8f5227c950932c350ce923c9', 1, 'gmx::Gpu3dFft::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplCuFftMp.xhtml#a0da528f0ee89984076efc9adb99358b3', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplCuFftMp::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplCuFft.xhtml#a56defb889a6f5693721d93572cbad414', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplCuFft::perform3dFft()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplHipVkFft.xhtml#a7615c4723370e0818dccfeecf23ba80e', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplHipVkFft::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1Impl.xhtml#af27684bdf75119236b70bee8a0523b12', 1, 'gmx::Gpu3dFft::Impl::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplOcl.xhtml#ab0c26f463bbdd314c1cd97d9159556b3', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplOcl::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplOclVkfft.xhtml#ae09c32f9be436b8b7f60fc55411c07c8', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplOclVkfft::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSycl.xhtml#a670c41bfb68dcf7c6e58452306418e4f', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSycl::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSyclBbfft.xhtml#a57f950a0105a1b53bc957f9e8e38491a', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSyclBbfft::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSyclMkl.xhtml#a93d5ba6bd421523182013a3d1f75ddf0', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSyclMkl::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSyclVkfft.xhtml#ac86d6775366567643152fb3a7c206ed9', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSyclVkfft::perform3dFft()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSyclRocfft.xhtml#aae39c28ab96ca012506c4d549ce2c89f', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSyclRocfft::perform3dFft()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['performexclusivescan_201', ['performExclusiveScan', ['../namespacegmx.xhtml#a5b55b363f0f26e36e62c1578a1b6465e', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['performgpufft_202', ['performGPUFFT', ['../structPmeGpuSettings.xhtml#acd55febef4687f6e60100561011e376a', 1, 'PmeGpuSettings']]],
│ │ │ │ │ ['performgpugather_203', ['performGPUGather', ['../structPmeGpuSettings.xhtml#a7e3ea7f4fbd00f68744b214bbc7f7859', 1, 'PmeGpuSettings']]],
│ │ │ │ │ ['performgpusolve_204', ['performGPUSolve', ['../structPmeGpuSettings.xhtml#a6c3b97e61f3b90990295c8787e0969cc', 1, 'PmeGpuSettings']]],
│ │ │ │ │ ['performoutofplacefft_205', ['performOutOfPlaceFFT', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a271192f0a6345aa3bd4b83558faa3f75', 1, 'PmeGpuSpecific']]],
│ │ │ │ │ ['performoutofplacefft_5f_206', ['performOutOfPlaceFFT_', ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1Impl.xhtml#ad5b457c11b1003d0f2283019235b2f04', 1, 'gmx::Gpu3dFft::Impl']]],
│ │ │ │ │ @@ -353,56 +353,56 @@
│ │ │ │ │ ['periodic_5fsystem_210', ['periodic_system', ['../namespacegmx.xhtml#ae179dfb415e41c48af0f167af76ee8e7', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['periodicactions_2ecpp_211', ['periodicactions.cpp', ['../periodicactions_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['periodicactions_2eh_212', ['periodicactions.h', ['../periodicactions_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['periodicactions_5fbasic_2ecpp_213', ['periodicactions_basic.cpp', ['../periodicactions__basic_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['periodicactions_5fconstraints_2ecpp_214', ['periodicactions_constraints.cpp', ['../periodicactions__constraints_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['periodicactions_5fcoupling_2ecpp_215', ['periodicactions_coupling.cpp', ['../periodicactions__coupling_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['periodicactionstest_216', ['PeriodicActionsTest', ['../classgmx_1_1test_1_1PeriodicActionsTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ - ['periodicboundaryconditiontype_217', ['periodicboundaryconditiontype', ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a35ebc9f59c874196d1c221eff9ba4d43', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters::periodicBoundaryConditionType()'],
│ │ │ │ │ + ['periodicboundaryconditiontype_217', ['periodicboundaryconditiontype', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMMSimulationParameterSetup.xhtml#afd7f0fc27df118fb2fc9b8e26dbd9640', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMMSimulationParameterSetup::periodicBoundaryConditionType()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#aaf600d77473e1e28e4bce89374fc4ac1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup::periodicBoundaryConditionType()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMMSimulationParameterSetup.xhtml#afd7f0fc27df118fb2fc9b8e26dbd9640', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMMSimulationParameterSetup::periodicBoundaryConditionType()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a35ebc9f59c874196d1c221eff9ba4d43', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters::periodicBoundaryConditionType()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['periodicoutputparameters_218', ['PeriodicOutputParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a8a95772f76da2cd5763629336b253235', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['perlambdainformation_219', ['PerLambdaInformation', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02expandedensemble_8cpp_03_1_1PerLambdaInformation.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{expandedensemble.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['perm_220', ['perm', ['../structmethoddata__permute.xhtml#abb3068bfee5c41aae1c4cf04789cfd85', 1, 'methoddata_permute']]],
│ │ │ │ │ ['permitseparatepmeranks_221', ['permitSeparatePmeRanks', ['../classgmx_1_1SeparatePmeRanksPermitted.xhtml#affbc7bca2e5e3d079373843104c367ce', 1, 'gmx::SeparatePmeRanksPermitted']]],
│ │ │ │ │ ['persistence_222', ['Persistence', ['../page_refdata.xhtml#autotoc_md55', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pforce_223', ['pforce', ['../classgmx_1_1LegacyMdrunOptions.xhtml#a612c5dc6fd8cd9c6f480f8dbcec88b6d', 1, 'gmx::LegacyMdrunOptions']]],
│ │ │ │ │ - ['pfree_224', ['pfree', ['../pmalloc_8cpp.xhtml#a694eac4cf772758491e8b01f8e9aa893', 1, 'pfree(void *h_ptr, const DeviceContext *): pmalloc.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pmalloc__hip_8cpp.xhtml#a694eac4cf772758491e8b01f8e9aa893', 1, 'pfree(void *h_ptr, const DeviceContext *): pmalloc_hip.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pmalloc__sycl_8cpp.xhtml#abb6afa9e593fb9117aaef0871ffb8c8b', 1, 'pfree(void *h_ptr, const DeviceContext *deviceContext): pmalloc_sycl.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pfree_224', ['pfree', ['../pmalloc__sycl_8cpp.xhtml#abb6afa9e593fb9117aaef0871ffb8c8b', 1, 'pfree(void *h_ptr, const DeviceContext *deviceContext): pmalloc_sycl.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pmalloc_8cpp.xhtml#a694eac4cf772758491e8b01f8e9aa893', 1, 'pfree(void *h_ptr, const DeviceContext *): pmalloc.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pmalloc__hip_8cpp.xhtml#a694eac4cf772758491e8b01f8e9aa893', 1, 'pfree(void *h_ptr, const DeviceContext *): pmalloc_hip.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['phi_225', ['phi', ['../structt__bb.xhtml#a41b7e3b7929f9d886a14901a9c6c263b', 1, 't_bb']]],
│ │ │ │ │ ['physicalnodecommunicator_226', ['physicalnodecommunicator', ['../classgmx_1_1PhysicalNodeCommunicator.xhtml', 1, 'gmx::PhysicalNodeCommunicator'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PhysicalNodeCommunicator.xhtml#a4ee4add56e2eb49612eeafb64e9565c7', 1, 'gmx::PhysicalNodeCommunicator::PhysicalNodeCommunicator()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['physicalnodecommunicator_2ecpp_227', ['physicalnodecommunicator.cpp', ['../physicalnodecommunicator_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['physicalnodecommunicator_2eh_228', ['physicalnodecommunicator.h', ['../physicalnodecommunicator_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pick_5fnbnxn_5fkernel_229', ['pick_nbnxn_kernel', ['../namespacegmx.xhtml#a1d75a867427985df981ffab34ce3e6ce', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['pick_5fnbnxn_5fkernel_5fcpu_230', ['pick_nbnxn_kernel_cpu', ['../namespacegmx.xhtml#ad76f29dc619c5c9b2db29ad0bc289532', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['pinnedmemorychecker_2ecpp_231', ['pinnedmemorychecker.cpp', ['../pinnedmemorychecker_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pinningpolicy_232', ['pinningpolicy', ['../namespacegmx.xhtml#abe4caed0469c0de84e0c1c1a81972b38', 1, 'gmx::PinningPolicy'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#aa01c5112f422e024e50d688034609da5', 1, 'gmx::ForceBuffers::pinningPolicy()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#a3a48e719fa31ac4cc93e7b30f32d5620', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy::pinningPolicy()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#a3a48e719fa31ac4cc93e7b30f32d5620', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy::pinningPolicy()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#aa01c5112f422e024e50d688034609da5', 1, 'gmx::ForceBuffers::pinningPolicy()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pipelineatomend_233', ['pipelineAtomEnd', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#a0f8107e0b13935bce9a1df9471fd494d', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase']]],
│ │ │ │ │ ['pipelineatomstart_234', ['pipelineAtomStart', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#ac45a9f54fe0bd6ab7831a2d255d877dc', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase']]],
│ │ │ │ │ ['pl_5fh2d_235', ['pl_h2d', ['../structgmx_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a9f01b090220b86aefe057c8893ea3022', 1, 'gmx::GpuTimers::Interaction']]],
│ │ │ │ │ ['pl_5fh2d_5fc_236', ['pl_h2d_c', ['../structgmx__wallclock__gpu__nbnxn__t.xhtml#accb042927da276091f90e0484dfa40b7', 1, 'gmx_wallclock_gpu_nbnxn_t']]],
│ │ │ │ │ ['pl_5fh2d_5ft_237', ['pl_h2d_t', ['../structgmx__wallclock__gpu__nbnxn__t.xhtml#a2b87e6ee0f8ea2e0f0e68fe6e2789b47', 1, 'gmx_wallclock_gpu_nbnxn_t']]],
│ │ │ │ │ ['place_5fchild_238', ['place_child', ['../params_8cpp.xhtml#a4f03c9212903cb57ab83f37d1c3b8712', 1, 'params.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['placecoordinateswithcominbox_239', ['placeCoordinatesWithCOMInBox', ['../namespacegmx.xhtml#a5ec110d97fdb720c33192280332d9800', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['placeselectionsinrequests_240', ['placeSelectionsInRequests', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#ab547898cd88fdd6a7a2341f5686b6eca', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['plainasserthelper_241', ['plainAssertHelper', ['../group__module__testutils.xhtml#gae9b29d32f4bd98d7af90115c230709d4', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ - ['plan_242', ['plan', ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml#aedd9ff1c4a9e3161eb782c3c9da9947d', 1, 'gmx::RocfftPlan::plan'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx__fft__fftw3.xhtml#a0927083cfc3001dcb5e9cac425fdc916', 1, 'gmx_fft_fftw3::plan']
│ │ │ │ │ + ['plan_242', ['plan', ['../structgmx__fft__fftw3.xhtml#a0927083cfc3001dcb5e9cac425fdc916', 1, 'gmx_fft_fftw3::plan'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml#aedd9ff1c4a9e3161eb782c3c9da9947d', 1, 'gmx::RocfftPlan::plan']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['plans_243', ['Acceptance tests and further plans', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md19', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['plans_5f_244', ['plans_', ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplHipRocfft_1_1Impl.xhtml#a8e602d53d022ec5222f0c339582389b1', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplHipRocfft::Impl::plans_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSyclRocfft_1_1Impl.xhtml#a5c1cd8368ab0e89fd7364b1c891e6304', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSyclRocfft::Impl::plans_']
│ │ │ │ │ + ['plans_5f_244', ['plans_', ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSyclRocfft_1_1Impl.xhtml#a5c1cd8368ab0e89fd7364b1c891e6304', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSyclRocfft::Impl::plans_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplHipRocfft_1_1Impl.xhtml#a8e602d53d022ec5222f0c339582389b1', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplHipRocfft::Impl::plans_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['plansetupdata_245', ['PlanSetupData', ['../structgmx_1_1PlanSetupData.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['please_5fcite_246', ['please_cite', ['../pleasecite_8h.xhtml#a2152200367ce7a5c0e63f2cd3bb79ee0', 1, 'pleasecite.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pleasecite_2eh_247', ['pleasecite.h', ['../pleasecite_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pleasecitegromacs_248', ['pleaseCiteGromacs', ['../pleasecite_8h.xhtml#ad7c5659648be0ae3dbd7fe06a5dd9843', 1, 'pleasecite.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['plist_249', ['plist', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a9529442e028bd6090a9d34ce200bd04a', 1, 'gmx::NbnxmGpu::plist'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#aceacc7eb8887a251ecb6c83e7a184686', 1, 'gmx::NbnxmGpu::plist']
│ │ │ │ │ @@ -411,49 +411,49 @@
│ │ │ │ │ ['plot_2eh_251', ['plot.h', ['../plot_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['plotformat_252', ['plotFormat', ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotSettings.xhtml#afa657ab31926f3d88d0dfe53e71ee27e', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotSettings']]],
│ │ │ │ │ ['plotsettings_253', ['plotsettings', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings.xhtml#a336511e561f81cbeed1a7c631308fbaa', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::plotSettings()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings_1_1Impl.xhtml#ad499ce3ea630e21be1645fd314c5977e', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::Impl::plotSettings']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['plumed_5fmd_5ftest_2ecpp_254', ['plumed_md_test.cpp', ['../plumed__md__test_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['plumedfilename_5f_255', ['plumedFilename_', ['../structgmx_1_1PlumedInputFilename.xhtml#a6f7e66f3ef6998ac154535820040db45', 1, 'gmx::PlumedInputFilename']]],
│ │ │ │ │ - ['plumedforceprovider_256', ['plumedforceprovider', ['../classgmx_1_1PlumedForceProvider.xhtml#a214d2f832fd9232d534af0650ca65dae', 1, 'gmx::PlumedForceProvider::PlumedForceProvider()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PlumedForceProvider.xhtml', 1, 'gmx::PlumedForceProvider']
│ │ │ │ │ + ['plumedforceprovider_256', ['plumedforceprovider', ['../classgmx_1_1PlumedForceProvider.xhtml', 1, 'gmx::PlumedForceProvider'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PlumedForceProvider.xhtml#a214d2f832fd9232d534af0650ca65dae', 1, 'gmx::PlumedForceProvider::PlumedForceProvider()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['plumedforceprovider_2ecpp_257', ['plumedforceprovider.cpp', ['../plumedforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['plumedforceprovider_2eh_258', ['plumedforceprovider.h', ['../plumedforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['plumedinputfilename_259', ['PlumedInputFilename', ['../structgmx_1_1PlumedInputFilename.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['plumedkernelavailable_260', ['plumedKernelAvailable', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a9a7165571136326803df17349b7a87f4', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ - ['plumedmdmodule_261', ['plumedmdmodule', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule__stub_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#ab44fd12f32668e2987cbc6cdc4985df1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule_stub.cpp}::PlumedMDModule::PlumedMDModule()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#a167880b70883fb6e32e93b27d1ed733f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule.cpp}::PlumedMDModule::PlumedMDModule()'],
│ │ │ │ │ + ['plumedmdmodule_261', ['plumedmdmodule', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#a167880b70883fb6e32e93b27d1ed733f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule.cpp}::PlumedMDModule::PlumedMDModule()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule__stub_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#ab44fd12f32668e2987cbc6cdc4985df1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule_stub.cpp}::PlumedMDModule::PlumedMDModule()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule__stub_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule_stub.cpp}::PlumedMDModule'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule.cpp}::PlumedMDModule']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['plumedmdmodule_2ecpp_262', ['plumedMDModule.cpp', ['../plumedMDModule_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['plumedmdmodule_2eh_263', ['plumedMDModule.h', ['../plumedMDModule_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['plumedmdmodule_5fstub_2ecpp_264', ['plumedMDModule_stub.cpp', ['../plumedMDModule__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['plumedmoduleinfo_265', ['PlumedModuleInfo', ['../structgmx_1_1PlumedModuleInfo.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['plumedoptions_2ecpp_266', ['plumedoptions.cpp', ['../tests_2plumedOptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../plumedOptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['plumedoptions_2ecpp_266', ['plumedoptions.cpp', ['../plumedOptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2plumedOptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['plumedoptions_2eh_267', ['plumedOptions.h', ['../plumedOptions_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['plumedtestutils_2ecpp_268', ['plumedTestUtils.cpp', ['../plumedTestUtils_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['plumedtestutils_2eh_269', ['plumedTestUtils.h', ['../plumedTestUtils_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['pmalloc_270', ['pmalloc', ['../pmalloc__hip_8cpp.xhtml#ae10570df1df68fca44040ee4a3d1a95a', 1, 'pmalloc(void **h_ptr, size_t nbytes, const DeviceContext *): pmalloc_hip.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pmalloc_8cpp.xhtml#ae10570df1df68fca44040ee4a3d1a95a', 1, 'pmalloc(void **h_ptr, size_t nbytes, const DeviceContext *): pmalloc.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pmalloc__sycl_8cpp.xhtml#a3600a3a1589d7849f5b2f5ee1b54a017', 1, 'pmalloc(void **h_ptr, size_t nbytes, const DeviceContext *deviceContext): pmalloc_sycl.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pmalloc_270', ['pmalloc', ['../pmalloc__sycl_8cpp.xhtml#a3600a3a1589d7849f5b2f5ee1b54a017', 1, 'pmalloc(void **h_ptr, size_t nbytes, const DeviceContext *deviceContext): pmalloc_sycl.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pmalloc__hip_8cpp.xhtml#ae10570df1df68fca44040ee4a3d1a95a', 1, 'pmalloc(void **h_ptr, size_t nbytes, const DeviceContext *): pmalloc_hip.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pmalloc_8cpp.xhtml#ae10570df1df68fca44040ee4a3d1a95a', 1, 'pmalloc(void **h_ptr, size_t nbytes, const DeviceContext *): pmalloc.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pmalloc_2ecpp_271', ['pmalloc.cpp', ['../pmalloc_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmalloc_2eh_272', ['pmalloc.h', ['../pmalloc_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmalloc_5fhip_2ecpp_273', ['pmalloc_hip.cpp', ['../pmalloc__hip_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmalloc_5fsycl_2ecpp_274', ['pmalloc_sycl.cpp', ['../pmalloc__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_275', ['pme', ['../namespacegmx.xhtml#a6efc2e8f104eb3699bc82c2b8984cedba4792b2e853b980eb284e82db5ad5f4d5', 1, 'gmx::Pme'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5a4792b2e853b980eb284e82db5ad5f4d5', 1, 'gmx::Pme']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_2ecpp_276', ['pme.cpp', ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['pme_2ecpp_276', ['pme.cpp', ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_2eh_277', ['pme.h', ['../pme_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fcalc_5fpidx_278', ['pme_calc_pidx', ['../pme__redistribute_8cpp.xhtml#a7ecc9aef79380a045871dc5e00190695', 1, 'pme_redistribute.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fcalc_5fpidx_5fwrapper_279', ['pme_calc_pidx_wrapper', ['../pme__redistribute_8cpp.xhtml#a91aacccf9c8906e7a5d4e26131820302', 1, 'pme_redistribute.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_2eh_280', ['pme_coordinate_receiver_gpu.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2ecpp_281', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.cpp', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2eh_282', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -466,56 +466,56 @@
│ │ │ │ │ ['pme_5fforce_5fsender_5fgpu_5fimpl_5fgpu_5fsycl_2ecpp_289', ['pme_force_sender_gpu_impl_gpu_sycl.cpp', ['../pme__force__sender__gpu__impl__gpu__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgather_5fsycl_2ecpp_290', ['pme_gather_sycl.cpp', ['../pme__gather__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgather_5fsycl_2eh_291', ['pme_gather_sycl.h', ['../pme__gather__sycl_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fget_5fpinning_5fpolicy_292', ['pme_get_pinning_policy', ['../pme_8cpp.xhtml#ace2ad200713ffbae9c71d92d92a83d6f', 1, 'pme_get_pinning_policy(): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#ace2ad200713ffbae9c71d92d92a83d6f', 1, 'pme_get_pinning_policy(): pme.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_2ecpp_293', ['pme_gpu.cpp', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5f3dfft_294', ['pme_gpu_3dfft', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a903364732f9d5fe033039714e4aef8dc', 1, 'pme_gpu_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_fft_direction dir, const int grid_index): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5f3dfft_294', ['pme_gpu_3dfft', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a1f64e263e5d5cfb108695dce2049acf6', 1, 'pme_gpu_3dfft(const PmeGpu *, enum gmx_fft_direction, int): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a63b83c7907c118ec820a554d4d1e9968', 1, 'pme_gpu_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu, enum gmx_fft_direction direction, int gridIndex=0): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a1f64e263e5d5cfb108695dce2049acf6', 1, 'pme_gpu_3dfft(const PmeGpu *, enum gmx_fft_direction, int): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a903364732f9d5fe033039714e4aef8dc', 1, 'pme_gpu_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_fft_direction dir, const int grid_index): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5factive_295', ['pme_gpu_active', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a06b866a69f90c5f4b92716d25944e480', 1, 'pme_gpu.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5falloc_5fenergy_5fvirial_296', ['pme_gpu_alloc_energy_virial', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6857d534c4c31a5f768838378c691464', 1, 'pme_gpu_alloc_energy_virial(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6857d534c4c31a5f768838378c691464', 1, 'pme_gpu_alloc_energy_virial(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcalculate_5fsplines_2eh_297', ['pme_gpu_calculate_splines.h', ['../pme__gpu__calculate__splines_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcalculate_5fsplines_5fsycl_2eh_298', ['pme_gpu_calculate_splines_sycl.h', ['../pme__gpu__calculate__splines__sycl_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcheck_5frestrictions_299', ['pme_gpu_check_restrictions', ['../pme_8cpp.xhtml#a30f29ab01f4617cea28a55ee8552ee6a', 1, 'pme.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fclear_5fenergy_5fvirial_300', ['pme_gpu_clear_energy_virial', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a92eb8641bfe3f99dd4bd3e7061022817', 1, 'pme_gpu_clear_energy_virial(const PmeGpu *, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a0ba3a7ad94f1ef0b322c0f86c5022e67', 1, 'pme_gpu_clear_energy_virial(const PmeGpu *pmeGpu, const bool gpuGraphWithSeparatePmeRank): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a409d3aa62caba5140ad6fed223eb2707', 1, 'pme_gpu_clear_energy_virial(const PmeGpu *pmeGpu, bool gpuGraphWithSeparatePmeRank): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fclear_5fgrids_301', ['pme_gpu_clear_grids', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a3ae2f70dd55ebfd5c00d0e13706d9730', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fclear_5fgrids_301', ['pme_gpu_clear_grids', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a3ae2f70dd55ebfd5c00d0e13706d9730', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fconstants_2eh_302', ['pme_gpu_constants.h', ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5fcommon_5fdata_5ffrom_303', ['pme_gpu_copy_common_data_from', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a96a23ba273d3788baab82d8c71854663', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5finput_5fforces_304', ['pme_gpu_copy_input_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5db280d2fe0d5ea1ab7784b55d7b5326', 1, 'pme_gpu_copy_input_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5db280d2fe0d5ea1ab7784b55d7b5326', 1, 'pme_gpu_copy_input_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5finput_5fgather_5fatom_5fdata_305', ['pme_gpu_copy_input_gather_atom_data', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a0f637186d789670a691718b6e2093dcb', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_atom_data(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a0f637186d789670a691718b6e2093dcb', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_atom_data(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5finput_5fgather_5fgrid_306', ['pme_gpu_copy_input_gather_grid', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a81cfe2ee3d481faa62f8bb0c19e7d576', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_grid(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_grid, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aee24c48e3382216a39464d7737472dba', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_grid(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_grid, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fforces_307', ['pme_gpu_copy_output_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fforces_307', ['pme_gpu_copy_output_forces', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fspread_5fatom_5fdata_308', ['pme_gpu_copy_output_spread_atom_data', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5eda5784aafed0ed566c599d35eb5ad9', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_atom_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5eda5784aafed0ed566c599d35eb5ad9', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_atom_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fspread_5fgrid_309', ['pme_gpu_copy_output_spread_grid', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a04419748e0f03bdc420c0a03df335ea6', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu, float *h_grid, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a3a2ac9f347d7bdd0bb806cdc26a570f0', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu, float *h_grid, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fdestroy_310', ['pme_gpu_destroy', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7e5ef8957b2366acbb1eb097aa06d755', 1, 'pme_gpu_destroy(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fdestroy_310', ['pme_gpu_destroy', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#af165b87171cc0c262dd34bf71944277c', 1, 'pme_gpu_destroy(PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a7e5ef8957b2366acbb1eb097aa06d755', 1, 'pme_gpu_destroy(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#af165b87171cc0c262dd34bf71944277c', 1, 'pme_gpu_destroy(PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7e5ef8957b2366acbb1eb097aa06d755', 1, 'pme_gpu_destroy(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fdestroy_5f3dfft_311', ['pme_gpu_destroy_3dfft', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a04c25cffa052c81d0c7b201e40da4010', 1, 'pme_gpu_destroy_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a04c25cffa052c81d0c7b201e40da4010', 1, 'pme_gpu_destroy_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffetch_5ftiming_5fevent_312', ['pme_gpu_fetch_timing_event', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6796958266d860e837119e6a0d4e6b99', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffree_5fbspline_5fvalues_313', ['pme_gpu_free_bspline_values', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a16accf532e5ae00a844b2ae0ba70e164', 1, 'pme_gpu_free_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a16accf532e5ae00a844b2ae0ba70e164', 1, 'pme_gpu_free_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ @@ -525,249 +525,249 @@
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffree_5fenergy_5fvirial_315', ['pme_gpu_free_energy_virial', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#abf81c931d4564000972c2c860ac5e64b', 1, 'pme_gpu_free_energy_virial(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#abf81c931d4564000972c2c860ac5e64b', 1, 'pme_gpu_free_energy_virial(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffree_5fforces_316', ['pme_gpu_free_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a59705d17c95ae26dcf4e5c9d3cad7686', 1, 'pme_gpu_free_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a59705d17c95ae26dcf4e5c9d3cad7686', 1, 'pme_gpu_free_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5ffree_5ffract_5fshifts_317', ['pme_gpu_free_fract_shifts', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a4b9dbf91825ee5a1dcd10832622bc6cf', 1, 'pme_gpu_free_fract_shifts(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a4b9dbf91825ee5a1dcd10832622bc6cf', 1, 'pme_gpu_free_fract_shifts(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5ffree_5ffract_5fshifts_317', ['pme_gpu_free_fract_shifts', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a4b9dbf91825ee5a1dcd10832622bc6cf', 1, 'pme_gpu_free_fract_shifts(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a4b9dbf91825ee5a1dcd10832622bc6cf', 1, 'pme_gpu_free_fract_shifts(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffree_5fgrid_5findices_318', ['pme_gpu_free_grid_indices', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a2686c0593219709805c75318dc6d8f0b', 1, 'pme_gpu_free_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a2686c0593219709805c75318dc6d8f0b', 1, 'pme_gpu_free_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffree_5fgrids_319', ['pme_gpu_free_grids', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a28da8afcd93cb6b68e56927b91f58971', 1, 'pme_gpu_free_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a28da8afcd93cb6b68e56927b91f58971', 1, 'pme_gpu_free_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5ffree_5fhaloexchange_320', ['pme_gpu_free_haloexchange', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6d8e7601f048985c0b4d843a8ed2f3f3', 1, 'pme_gpu_free_haloexchange(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6d8e7601f048985c0b4d843a8ed2f3f3', 1, 'pme_gpu_free_haloexchange(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5ffree_5fhaloexchange_320', ['pme_gpu_free_haloexchange', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6d8e7601f048985c0b4d843a8ed2f3f3', 1, 'pme_gpu_free_haloexchange(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6d8e7601f048985c0b4d843a8ed2f3f3', 1, 'pme_gpu_free_haloexchange(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5ffree_5fspline_5fdata_321', ['pme_gpu_free_spline_data', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a382a09cb9614bd93731406bc0dd8ed25', 1, 'pme_gpu_free_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a382a09cb9614bd93731406bc0dd8ed25', 1, 'pme_gpu_free_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5ffree_5fspline_5fdata_321', ['pme_gpu_free_spline_data', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a382a09cb9614bd93731406bc0dd8ed25', 1, 'pme_gpu_free_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a382a09cb9614bd93731406bc0dd8ed25', 1, 'pme_gpu_free_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fgather_322', ['pme_gpu_gather', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#abcffdc1b9fbdfef8bce49084da15a61d', 1, 'pme_gpu_gather(PmeGpu *, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids >, float, gmx_wallcycle *, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a8512a76e91d97929b8c346f9b66641f2', 1, 'pme_gpu_gather(PmeGpu *pmeGpu, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids > h_grids, const float lambda, gmx_wallcycle *wcycle, bool computeVirial): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a80ddac599f7d29ad255933dfa18a1c77', 1, 'pme_gpu_gather(PmeGpu *pmeGpu, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids > h_grids, float lambda, gmx_wallcycle *wcycle, bool computeVirial): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fgather_322', ['pme_gpu_gather', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a80ddac599f7d29ad255933dfa18a1c77', 1, 'pme_gpu_gather(PmeGpu *pmeGpu, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids > h_grids, float lambda, gmx_wallcycle *wcycle, bool computeVirial): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#abcffdc1b9fbdfef8bce49084da15a61d', 1, 'pme_gpu_gather(PmeGpu *, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids >, float, gmx_wallcycle *, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a8512a76e91d97929b8c346f9b66641f2', 1, 'pme_gpu_gather(PmeGpu *pmeGpu, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids > h_grids, const float lambda, gmx_wallcycle *wcycle, bool computeVirial): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fatom_5fdata_5fblock_5fsize_323', ['pme_gpu_get_atom_data_block_size', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fatom_5fdata_5fblock_5fsize_323', ['pme_gpu_get_atom_data_block_size', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fatoms_5fper_5fwarp_324', ['pme_gpu_get_atoms_per_warp', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aad1216680366effd5fd9a016f8abd21b', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aad1216680366effd5fd9a016f8abd21b', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a2e649b5d018f122d49bdfcb6cc6fdad7', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fatoms_5fper_5fwarp_324', ['pme_gpu_get_atoms_per_warp', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a2e649b5d018f122d49bdfcb6cc6fdad7', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aad1216680366effd5fd9a016f8abd21b', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aad1216680366effd5fd9a016f8abd21b', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fblock_5fsize_325', ['pme_gpu_get_block_size', ['../pme_8h.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fblock_5fsize_325', ['pme_gpu_get_block_size', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fdevice_5ff_326', ['pme_gpu_get_device_f', ['../pme_8h.xhtml#ae379b0dc31767216f880caf4f62862e8', 1, 'pme_gpu_get_device_f(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#ae379b0dc31767216f880caf4f62862e8', 1, 'pme_gpu_get_device_f(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fdevice_5ff_326', ['pme_gpu_get_device_f', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#ae379b0dc31767216f880caf4f62862e8', 1, 'pme_gpu_get_device_f(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#ae379b0dc31767216f880caf4f62862e8', 1, 'pme_gpu_get_device_f(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5ff_5fready_5fsynchronizer_327', ['pme_gpu_get_f_ready_synchronizer', ['../pme_8h.xhtml#a7ea4d088e10f0f5a5e78999c39342a1c', 1, 'pme_gpu_get_f_ready_synchronizer(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a7ea4d088e10f0f5a5e78999c39342a1c', 1, 'pme_gpu_get_f_ready_synchronizer(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5ff_5fready_5fsynchronizer_327', ['pme_gpu_get_f_ready_synchronizer', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a7ea4d088e10f0f5a5e78999c39342a1c', 1, 'pme_gpu_get_f_ready_synchronizer(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a7ea4d088e10f0f5a5e78999c39342a1c', 1, 'pme_gpu_get_f_ready_synchronizer(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fforces_5fready_5fsynchronizer_328', ['pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a05aba625a13a6a56b6500455c5c694d0', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fforces_5fready_5fsynchronizer_328', ['pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7ef8d526f95f670f71964754f4284b63', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a7ef8d526f95f670f71964754f4284b63', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7ef8d526f95f670f71964754f4284b63', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a05aba625a13a6a56b6500455c5c694d0', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5fkernel_5fparams_5fbase_5fptr_329', ['pme_gpu_get_kernel_params_base_ptr', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aa2ad1e440d1af983cbfd439174464b49', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5fkernelparam_5fforces_330', ['pme_gpu_get_kernelparam_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a55d139b61b461eb90585ffea67a5e9fe', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a55d139b61b461eb90585ffea67a5e9fe', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5freal_5fgrid_5fsizes_331', ['pme_gpu_get_real_grid_sizes', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a83c4008ef73685e647a9339e7041f897', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *, gmx::IVec *, gmx::IVec *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a7ba882d2de50fa957af00828162dd06e', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *pmeGpu, gmx::IVec *gridSize, gmx::IVec *paddedGridSize): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7ba882d2de50fa957af00828162dd06e', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *pmeGpu, gmx::IVec *gridSize, gmx::IVec *paddedGridSize): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5ftimings_332', ['pme_gpu_get_timings', ['../pme_8h.xhtml#aadcdbd368ce25a9899c3cab4ec895cba', 1, 'pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t *pme, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#aadcdbd368ce25a9899c3cab4ec895cba', 1, 'pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t *pme, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a85f2f2d0483eaf2d505ea368d4a46b2f', 1, 'pme_gpu_get_timings(const PmeGpu *, gmx_wallclock_gpu_pme_t *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#ac600d44fbeb29e467155b1b193410908', 1, 'pme_gpu_get_timings(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu_timings.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac600d44fbeb29e467155b1b193410908', 1, 'pme_gpu_get_timings(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fgetenergyandvirial_333', ['pme_gpu_getenergyandvirial', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a824970c42d175c13b7da6b79724e52f1', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &, float, PmeOutput *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ad805493968044b8ea20ca896df57cee6', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &pme, const float lambda, PmeOutput *output): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fgetenergyandvirial_333', ['pme_gpu_getenergyandvirial', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ad805493968044b8ea20ca896df57cee6', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &pme, const float lambda, PmeOutput *output): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a824970c42d175c13b7da6b79724e52f1', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &, float, PmeOutput *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a24c100588326826423d72c10d7d6a51a', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &pme, float lambda, PmeOutput *output): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fgetforceoutput_334', ['pme_gpu_getForceOutput', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a05a1d81709288e6ef5b2e6ad93fdd117', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fgetoutput_335', ['pme_gpu_getoutput', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#acc224f03ba4e2b17d466220bf452c39c', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *pme, const bool computeEnergyAndVirial, const real lambdaQ): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aca95df16ac604534d23d6ce81dac2f14', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *pme, bool computeEnergyAndVirial, real lambdaQ): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fgetoutput_335', ['pme_gpu_getoutput', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aca95df16ac604534d23d6ce81dac2f14', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *pme, bool computeEnergyAndVirial, real lambdaQ): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#acc224f03ba4e2b17d466220bf452c39c', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *pme, const bool computeEnergyAndVirial, const real lambdaQ): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a403d14364f55515b0b066319e3fb9081', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *, bool, real): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fgrid_2eh_336', ['pme_gpu_grid.h', ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fgrid_5fsycl_2ecpp_337', ['pme_gpu_grid_sycl.cpp', ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fhip_5fstubs_2ecpp_338', ['pme_gpu_hip_stubs.cpp', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finit_339', ['pme_gpu_init', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aef5228578c02553a77c64e4c9158dd32', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finit_5finternal_340', ['pme_gpu_init_internal', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aed9a58810b26887c1710ecc3787b3e14', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finternal_2ecpp_341', ['pme_gpu_internal.cpp', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finternal_2eh_342', ['pme_gpu_internal.h', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5flaunch_5fcomplex_5ftransforms_343', ['pme_gpu_launch_complex_transforms', ['../pme_8h.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5flaunch_5fcomplex_5ftransforms_343', ['pme_gpu_launch_complex_transforms', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5flaunch_5fgather_344', ['pme_gpu_launch_gather', ['../pme_8h.xhtml#a2a0db53484996329dcaf9b11adee65be', 1, 'pme.h']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5flaunch_5fspread_345', ['pme_gpu_launch_spread', ['../pme_8h.xhtml#a01b11dfe5686b424b0593a42c5b89c57', 1, 'pme_gpu_launch_spread(gmx_pme_t *pme, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, gmx_wallcycle *wcycle, real lambdaQ, bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, bool useMdGpuGraph): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a946b49715f34db33df029618ccc0c158', 1, 'pme_gpu_launch_spread(gmx_pme_t *pme, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, gmx_wallcycle *wcycle, const real lambdaQ, const bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, const bool useMdGpuGraph): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fmixed_5fmode_5fsupports_5finput_346', ['pme_gpu_mixed_mode_supports_input', ['../pme_8h.xhtml#a00b99237202396dd10f249a354b85b71', 1, 'pme_gpu_mixed_mode_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml#a00b99237202396dd10f249a354b85b71', 1, 'pme_gpu_mixed_mode_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fmixed_5fmode_5fsupports_5finput_346', ['pme_gpu_mixed_mode_supports_input', ['../pme_8cpp.xhtml#a00b99237202396dd10f249a354b85b71', 1, 'pme_gpu_mixed_mode_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a00b99237202396dd10f249a354b85b71', 1, 'pme_gpu_mixed_mode_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5focl_5fstubs_2ecpp_347', ['pme_gpu_ocl_stubs.cpp', ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprepare_5fcomputation_348', ['pme_gpu_prepare_computation', ['../pme_8h.xhtml#a7a08872ce2f6e3488eb69ba87e23653c', 1, 'pme_gpu_prepare_computation(gmx_pme_t *pme, const matrix box, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a7a08872ce2f6e3488eb69ba87e23653c', 1, 'pme_gpu_prepare_computation(gmx_pme_t *pme, const matrix box, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_2ecpp_349', ['pme_gpu_program.cpp', ['../pme__gpu__program_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_2eh_350', ['pme_gpu_program.h', ['../pme__gpu__program_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_2ecpp_351', ['pme_gpu_program_impl.cpp', ['../pme__gpu__program__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_2eh_352', ['pme_gpu_program_impl.h', ['../pme__gpu__program__impl_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_5fhip_2ecpp_353', ['pme_gpu_program_impl_hip.cpp', ['../pme__gpu__program__impl__hip_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_5focl_2ecpp_354', ['pme_gpu_program_impl_ocl.cpp', ['../pme__gpu__program__impl__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_5fsycl_2ecpp_355', ['pme_gpu_program_impl_sycl.cpp', ['../pme__gpu__program__impl__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5fbspline_5fvalues_356', ['pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a2c7a5b7bfca0d09110c6956bf28cd819', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aca7595bc703f478dcd681ffd7bc1429a', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5fbspline_5fvalues_356', ['pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aca7595bc703f478dcd681ffd7bc1429a', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a2c7a5b7bfca0d09110c6956bf28cd819', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5ffract_5fshifts_357', ['pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#abd6254378ab90de1dff115c61d0c9931', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#abd6254378ab90de1dff115c61d0c9931', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5finput_5fcoefficients_358', ['pme_gpu_realloc_and_copy_input_coefficients', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aa8dd08c09a068f579a0b7fc93d4d50e6', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_input_coefficients(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_coefficients, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a67eb2fb88a118b6e01b2cbf034066b13', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_input_coefficients(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_coefficients, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fforces_359', ['pme_gpu_realloc_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5272eaf88e7b1110676df6cf6acc95e3', 1, 'pme_gpu_realloc_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5272eaf88e7b1110676df6cf6acc95e3', 1, 'pme_gpu_realloc_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5frealloc_5fgrid_5findices_360', ['pme_gpu_realloc_grid_indices', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ae1c53fe5b22597189036c1bdf4c4aafc', 1, 'pme_gpu_realloc_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ae1c53fe5b22597189036c1bdf4c4aafc', 1, 'pme_gpu_realloc_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5frealloc_5fgrid_5findices_360', ['pme_gpu_realloc_grid_indices', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ae1c53fe5b22597189036c1bdf4c4aafc', 1, 'pme_gpu_realloc_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ae1c53fe5b22597189036c1bdf4c4aafc', 1, 'pme_gpu_realloc_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fgrids_361', ['pme_gpu_realloc_grids', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a39b72f968b9907393e23b9d9ce37fd6d', 1, 'pme_gpu_realloc_grids(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a39b72f968b9907393e23b9d9ce37fd6d', 1, 'pme_gpu_realloc_grids(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5frealloc_5fspline_5fdata_362', ['pme_gpu_realloc_spline_data', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5c6eec5ec3757ff12c04310e2043bd11', 1, 'pme_gpu_realloc_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5c6eec5ec3757ff12c04310e2043bd11', 1, 'pme_gpu_realloc_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5frealloc_5fspline_5fdata_362', ['pme_gpu_realloc_spline_data', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5c6eec5ec3757ff12c04310e2043bd11', 1, 'pme_gpu_realloc_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5c6eec5ec3757ff12c04310e2043bd11', 1, 'pme_gpu_realloc_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freduce_5foutputs_363', ['pme_gpu_reduce_outputs', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#aaf47ad78db265afaa89c4d7da47c193d', 1, 'pme_gpu.cpp']]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5freinit_364', ['pme_gpu_reinit', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aa4521c86701bbc46046ef691c5c90a05', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *pme, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, bool useMdGpuGraph): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a82a91a7b7a83fb239a435e436e6f0b45', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *, const DeviceContext *, const DeviceStream *, const PmeGpuProgram *, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a77a7dd7ff510e6ad00a349b5db7919ad', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *pme, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const bool useMdGpuGraph): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5freinit_364', ['pme_gpu_reinit', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a82a91a7b7a83fb239a435e436e6f0b45', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *, const DeviceContext *, const DeviceStream *, const PmeGpuProgram *, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a77a7dd7ff510e6ad00a349b5db7919ad', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *pme, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const bool useMdGpuGraph): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aa4521c86701bbc46046ef691c5c90a05', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *pme, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, bool useMdGpuGraph): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5f3dfft_365', ['pme_gpu_reinit_3dfft', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ad9aa90037c75c67926f87351dd081d5a', 1, 'pme_gpu_reinit_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ad9aa90037c75c67926f87351dd081d5a', 1, 'pme_gpu_reinit_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5fatoms_366', ['pme_gpu_reinit_atoms', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#ae0628fe742af1d2bf49863997641b78c', 1, 'pme_gpu_reinit_atoms(PmeGpu *, int, const real *, const real *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a4df33a26719ac64f61e94b5ce01160a9', 1, 'pme_gpu_reinit_atoms(PmeGpu *pmeGpu, const int nAtoms, const real *chargesA, const real *chargesB): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a201b9116043f3496c6068c8f375c890b', 1, 'pme_gpu_reinit_atoms(PmeGpu *pmeGpu, int nAtoms, const real *chargesA, const real *chargesB=nullptr): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5freinit_5fcomputation_367', ['pme_gpu_reinit_computation', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a69066d5a6d2bd3cfd48c22a7da4fd88b', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.h'],
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5freinit_5fcomputation_367', ['pme_gpu_reinit_computation', ['../pme_8h.xhtml#a41dcb7d9217379d8ad3e87f9a7cd5fa0', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const gmx_pme_t *pme, bool gpuGraphWithSeparatePmeRank, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a481cc886c2112861c0e1c0c89571ec78', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const gmx_pme_t *pme, const bool gpuGraphWithSeparatePmeRank, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme_8h.xhtml#a41dcb7d9217379d8ad3e87f9a7cd5fa0', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const gmx_pme_t *pme, bool gpuGraphWithSeparatePmeRank, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a69066d5a6d2bd3cfd48c22a7da4fd88b', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.h']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5fgrids_368', ['pme_gpu_reinit_grids', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a0f87f8ca2058ea113ad2bc7287682576', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5fhaloexchange_369', ['pme_gpu_reinit_haloexchange', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a07838cae9a4635ee6df663e4bee521c8', 1, 'pme_gpu_reinit_haloexchange(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a07838cae9a4635ee6df663e4bee521c8', 1, 'pme_gpu_reinit_haloexchange(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5ftimings_370', ['pme_gpu_reinit_timings', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a9c284dcfaf880ba6a57b6e687e891514', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#aa77fc00ad1c62f0e0acb03b644e2bc1a', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#aa77fc00ad1c62f0e0acb03b644e2bc1a', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5freset_5ftimings_371', ['pme_gpu_reset_timings', ['../pme_8h.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5freset_5ftimings_371', ['pme_gpu_reset_timings', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a5db4fbfad6df6fbe13005f4edfa15203', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fselect_5fbest_5fperforming_5fpme_5fspreadgather_5fkernels_372', ['pme_gpu_select_best_performing_pme_spreadgather_kernels', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a9d51e813ca855b79f0c51e2afb0210f7', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fset_5fdevice_5fx_373', ['pme_gpu_set_device_x', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme_8h.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fset_5fdevice_5fx_373', ['pme_gpu_set_device_x', ['../pme_8h.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fset_5fkernelparam_5fcoordinates_374', ['pme_gpu_set_kernelparam_coordinates', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#aeff8c61bc59d380068266566e3299383', 1, 'pme_gpu_set_kernelparam_coordinates(const PmeGpu *, DeviceBuffer< gmx::RVec >): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a87c93dac2b9eaf3cd5b42b4ada227dad', 1, 'pme_gpu_set_kernelparam_coordinates(const PmeGpu *pmeGpu, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a87c93dac2b9eaf3cd5b42b4ada227dad', 1, 'pme_gpu_set_kernelparam_coordinates(const PmeGpu *pmeGpu, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fset_5ftesting_375', ['pme_gpu_set_testing', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a09e861258a4869a92963dd6c30147491', 1, 'pme_gpu_internal.h']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fsettings_376', ['pme_gpu_settings', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#adf2d698f4198c98ac05fe914a77bc044', 1, 'pme_gpu_internal.h']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fsettings_2eh_377', ['pme_gpu_settings.h', ['../pme__gpu__settings_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsolve_378', ['pme_gpu_solve', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af8d0dec13ce7987b901a14535dc3e8ba', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsolve_378', ['pme_gpu_solve', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#af3bfad0b60a9efe624ab936507274ecc', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *, int, t_complex *, GridOrdering, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a70b4c1a84efc404cce76070f3f3ce890', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *pmeGpu, const int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#af3bfad0b60a9efe624ab936507274ecc', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *, int, t_complex *, GridOrdering, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af8d0dec13ce7987b901a14535dc3e8ba', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fspread_379', ['pme_gpu_spread', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#adf90da8a052dd8963dcfab33a1527832', 1, 'pme_gpu_spread(PmeGpu *, GpuEventSynchronizer *, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids >, bool, bool, real, bool, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *, bool, gmx_wallcycle *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a4c90fbabf607be9d8770ec79dc1a8e15', 1, 'pme_gpu_spread(PmeGpu *pmeGpu, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids > h_grids, bool computeSplines, bool spreadCharges, const real lambda, const bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, const bool useMdGpuGraph, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ae62786a4a17a28d9eda73c27ca41da59', 1, 'pme_gpu_spread(PmeGpu *pmeGpu, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids > h_grids, bool computeSplines, bool spreadCharges, real lambda, bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, bool useMdGpuGraph, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstaging_380', ['pme_gpu_staging', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a3b8551b9b2de203257c86d48d9d7fb62', 1, 'pme_gpu_internal.h']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstaging_2eh_381', ['pme_gpu_staging.h', ['../pme__gpu__staging_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fstart_5ftiming_382', ['pme_gpu_start_timing', ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#a8308340f6593537a2bf44a914057e48e', 1, 'pme_gpu_start_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#a8308340f6593537a2bf44a914057e48e', 1, 'pme_gpu_start_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fstart_5ftiming_382', ['pme_gpu_start_timing', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#a8308340f6593537a2bf44a914057e48e', 1, 'pme_gpu_start_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#a8308340f6593537a2bf44a914057e48e', 1, 'pme_gpu_start_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstop_5ftiming_383', ['pme_gpu_stop_timing', ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#a3051e4da1cc1d9645997959b60fd30b0', 1, 'pme_gpu_stop_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#a3051e4da1cc1d9645997959b60fd30b0', 1, 'pme_gpu_stop_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstream_5fquery_384', ['pme_gpu_stream_query', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a6bbdd7032824c5a58c607403a4a1bda7', 1, 'pme_gpu_stream_query(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aded614c4f44ad3c29689336a46f06c00', 1, 'pme_gpu_stream_query(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aded614c4f44ad3c29689336a46f06c00', 1, 'pme_gpu_stream_query(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fsupports_5fbuild_385', ['pme_gpu_supports_build', ['../pme_8cpp.xhtml#a8c1a3fa279f72a26deffce255bb374d9', 1, 'pme_gpu_supports_build(std::string *error): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#a8c1a3fa279f72a26deffce255bb374d9', 1, 'pme_gpu_supports_build(std::string *error): pme.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsupports_5finput_386', ['pme_gpu_supports_input', ['../pme_8h.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsupports_5finput_386', ['pme_gpu_supports_input', ['../pme_8cpp.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsync_5fspread_5fgrid_387', ['pme_gpu_sync_spread_grid', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsync_5fspread_5fgrid_387', ['pme_gpu_sync_spread_grid', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a0de296950eadc8a0f95eddbb866c480c', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a0de296950eadc8a0f95eddbb866c480c', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsynchronize_388', ['pme_gpu_synchronize', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsynchronize_388', ['pme_gpu_synchronize', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#ac642782421fd2e7b2eda79f236975cd8', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#ac642782421fd2e7b2eda79f236975cd8', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftask_5fenabled_389', ['pme_gpu_task_enabled', ['../pme_8h.xhtml#a9faddde52f5a636410141f52cc95d3e1', 1, 'pme.h']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftimings_2ecpp_390', ['pme_gpu_timings.cpp', ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftimings_2eh_391', ['pme_gpu_timings.h', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftimings_5fenabled_392', ['pme_gpu_timings_enabled', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac5abc85de943c25b69dc29df0f88c0d4', 1, 'pme_gpu_timings_enabled(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#ac5abc85de943c25b69dc29df0f88c0d4', 1, 'pme_gpu_timings_enabled(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftransform_5fspline_5fatom_5fdata_393', ['pme_gpu_transform_spline_atom_data', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a2d532705f5ffbc2f6fd4617d1111cc81', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftry_5ffinish_5ftask_394', ['pme_gpu_try_finish_task', ['../pme_8h.xhtml#aecf67d9094f45a741a7f1c74f27a49e7', 1, 'pme_gpu_try_finish_task(gmx_pme_t *pme, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_wallcycle *wcycle, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, gmx_enerdata_t *enerd, real lambdaQ, GpuTaskCompletion completionKind): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a121a7f787647a8313878cf785fe15d76', 1, 'pme_gpu_try_finish_task(gmx_pme_t *pme, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_wallcycle *wcycle, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, gmx_enerdata_t *enerd, const real lambdaQ, GpuTaskCompletion completionKind): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftypes_2eh_395', ['pme_gpu_types.h', ['../pme__gpu__types_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftypes_5fhost_2eh_396', ['pme_gpu_types_host.h', ['../pme__gpu__types__host_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftypes_5fhost_5fimpl_2eh_397', ['pme_gpu_types_host_impl.h', ['../pme__gpu__types__host__impl_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fupdate_5finput_5fbox_398', ['pme_gpu_update_input_box', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a598d9d8d1bcb1e0a3e40c8e09d154dd5', 1, 'pme_gpu_update_input_box(PmeGpu *, const matrix): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a79575e51e673f2d13315370dba0e7191', 1, 'pme_gpu_update_input_box(PmeGpu *pmeGpu, const matrix box): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fupdate_5finput_5fbox_398', ['pme_gpu_update_input_box', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a79575e51e673f2d13315370dba0e7191', 1, 'pme_gpu_update_input_box(PmeGpu *pmeGpu, const matrix box): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a598d9d8d1bcb1e0a3e40c8e09d154dd5', 1, 'pme_gpu_update_input_box(PmeGpu *, const matrix): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fupdate_5ftimings_399', ['pme_gpu_update_timings', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#ae1ffe34b05c602e60d0087b8d38346b5', 1, 'pme_gpu_update_timings(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fupdate_5ftimings_399', ['pme_gpu_update_timings', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#a0588378ce36eda8bc7a685875ba4b3ae', 1, 'pme_gpu_update_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#a0588378ce36eda8bc7a685875ba4b3ae', 1, 'pme_gpu_update_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#a0588378ce36eda8bc7a685875ba4b3ae', 1, 'pme_gpu_update_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#ae1ffe34b05c602e60d0087b8d38346b5', 1, 'pme_gpu_update_timings(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fuse_5fnvshmem_400', ['pme_gpu_use_nvshmem', ['../pme_8h.xhtml#ae16d2dd2e147f746806b1cedb0e90049', 1, 'pme_gpu_use_nvshmem(PmeGpu *pmeGpu, bool useNvshmem): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#ae16d2dd2e147f746806b1cedb0e90049', 1, 'pme_gpu_use_nvshmem(PmeGpu *pmeGpu, bool useNvshmem): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fwait_5fand_5freduce_401', ['pme_gpu_wait_and_reduce', ['../pme_8h.xhtml#adcf095134b3b28e36e32dc65fbb74990', 1, 'pme_gpu_wait_and_reduce(gmx_pme_t *pme, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_wallcycle *wcycle, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, gmx_enerdata_t *enerd, real lambdaQ): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a10a5a598f5d8e27ab6e4b3096919637d', 1, 'pme_gpu_wait_and_reduce(gmx_pme_t *pme, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_wallcycle *wcycle, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, gmx_enerdata_t *enerd, const real lambdaQ): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fwait_5ffinish_5ftask_402', ['pme_gpu_wait_finish_task', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a29d284ae8c627b3048447f47e61cf151', 1, 'pme_gpu_wait_finish_task(gmx_pme_t *pme, const bool computeEnergyAndVirial, const real lambdaQ, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ab6a56b7f42494a3ea76bd33cdaddeaba', 1, 'pme_gpu_wait_finish_task(gmx_pme_t *pme, bool computeEnergyAndVirial, real lambdaQ, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fwait_5ffinish_5ftask_402', ['pme_gpu_wait_finish_task', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ab6a56b7f42494a3ea76bd33cdaddeaba', 1, 'pme_gpu_wait_finish_task(gmx_pme_t *pme, bool computeEnergyAndVirial, real lambdaQ, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a29d284ae8c627b3048447f47e61cf151', 1, 'pme_gpu_wait_finish_task(gmx_pme_t *pme, const bool computeEnergyAndVirial, const real lambdaQ, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fgrid_5fpoints_403', ['pme_grid_points', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#aa096c117d68e13e5d18eeff3e39cf156', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5finternal_2eh_404', ['pme_internal.h', ['../pme__internal_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fload_5fbalance_405', ['pme_load_balance', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#ab969f20a626f1c0a31f3d33cdbf8a8e1', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fload_5fbalancing_2ecpp_406', ['pme_load_balancing.cpp', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fload_5fbalancing_2eh_407', ['pme_load_balancing.h', ['../pme__load__balancing_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5floadbal_5fdo_408', ['pme_loadbal_do', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a355929fd232d21971e0f98ff31c7d474', 1, 'pme_loadbal_do(pme_load_balancing_t *pme_lb, t_commrec *cr, FILE *fp_err, FILE *fp_log, const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &ir, t_forcerec *fr, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_wallcycle *wcycle, int64_t step, int64_t step_rel, gmx_bool *bPrinting, bool useGpuPmePpCommunication): pme_load_balancing.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#aedeb04303d1bffa9e4dc1d3b843f5f9d', 1, 'pme_loadbal_do(pme_load_balancing_t *pme_lb, struct t_commrec *cr, FILE *fp_err, FILE *fp_log, const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &ir, t_forcerec *fr, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_wallcycle *wcycle, int64_t step, int64_t step_rel, gmx_bool *bPrinting, bool useGpuPmePpCommunication): pme_load_balancing.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5floadbal_5fdo_408', ['pme_loadbal_do', ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#aedeb04303d1bffa9e4dc1d3b843f5f9d', 1, 'pme_loadbal_do(pme_load_balancing_t *pme_lb, struct t_commrec *cr, FILE *fp_err, FILE *fp_log, const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &ir, t_forcerec *fr, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_wallcycle *wcycle, int64_t step, int64_t step_rel, gmx_bool *bPrinting, bool useGpuPmePpCommunication): pme_load_balancing.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a355929fd232d21971e0f98ff31c7d474', 1, 'pme_loadbal_do(pme_load_balancing_t *pme_lb, t_commrec *cr, FILE *fp_err, FILE *fp_log, const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &ir, t_forcerec *fr, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_wallcycle *wcycle, int64_t step, int64_t step_rel, gmx_bool *bPrinting, bool useGpuPmePpCommunication): pme_load_balancing.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5floadbal_5fdone_409', ['pme_loadbal_done', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#acb67e42228333b60cd1e7353b5da382e', 1, 'pme_loadbal_done(pme_load_balancing_t *pme_lb, FILE *fplog, const gmx::MDLogger &mdlog, gmx_bool bNonBondedOnGPU): pme_load_balancing.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#acb67e42228333b60cd1e7353b5da382e', 1, 'pme_loadbal_done(pme_load_balancing_t *pme_lb, FILE *fplog, const gmx::MDLogger &mdlog, gmx_bool bNonBondedOnGPU): pme_load_balancing.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5floadbal_5fend_410', ['pme_loadbal_end', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a08ba9fd9752caab7ff2c6518736c8684', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5floadbal_5fincrease_5fcutoff_411', ['pme_loadbal_increase_cutoff', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a8eed547e08152be03e8ea355219fd699', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5floadbal_5finit_412', ['pme_loadbal_init', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#abcc387a129e73462ca867938847da414', 1, 'pme_loadbal_init(pme_load_balancing_t **pme_lb_p, t_commrec *cr, const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &ir, const matrix box, const interaction_const_t &ic, const gmx::nonbonded_verlet_t &nbv, gmx_pme_t *pmedata, gmx_bool bUseGPU): pme_load_balancing.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#abcc387a129e73462ca867938847da414', 1, 'pme_loadbal_init(pme_load_balancing_t **pme_lb_p, t_commrec *cr, const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &ir, const matrix box, const interaction_const_t &ic, const gmx::nonbonded_verlet_t &nbv, gmx_pme_t *pmedata, gmx_bool bUseGPU): pme_load_balancing.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5floadbal_5finit_412', ['pme_loadbal_init', ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#abcc387a129e73462ca867938847da414', 1, 'pme_loadbal_init(pme_load_balancing_t **pme_lb_p, t_commrec *cr, const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &ir, const matrix box, const interaction_const_t &ic, const gmx::nonbonded_verlet_t &nbv, gmx_pme_t *pmedata, gmx_bool bUseGPU): pme_load_balancing.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#abcc387a129e73462ca867938847da414', 1, 'pme_loadbal_init(pme_load_balancing_t **pme_lb_p, t_commrec *cr, const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &ir, const matrix box, const interaction_const_t &ic, const gmx::nonbonded_verlet_t &nbv, gmx_pme_t *pmedata, gmx_bool bUseGPU): pme_load_balancing.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pme_5floadbal_5fis_5factive_413', ['pme_loadbal_is_active', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#afd02504f87f1d1089c1da16b5bbc5bbf', 1, 'pme_loadbal_is_active(const pme_load_balancing_t *pme_lb): pme_load_balancing.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#afd02504f87f1d1089c1da16b5bbc5bbf', 1, 'pme_loadbal_is_active(const pme_load_balancing_t *pme_lb): pme_load_balancing.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pme_5floadbal_5fis_5factive_413', ['pme_loadbal_is_active', ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#afd02504f87f1d1089c1da16b5bbc5bbf', 1, 'pme_loadbal_is_active(const pme_load_balancing_t *pme_lb): pme_load_balancing.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#afd02504f87f1d1089c1da16b5bbc5bbf', 1, 'pme_loadbal_is_active(const pme_load_balancing_t *pme_lb): pme_load_balancing.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fonly_2eh_414', ['pme_only.h', ['../pme__only_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5forder_415', ['pme_order', ['../structPmeShared.xhtml#a2c1fecac21d22a25c4db7ea4ed217d5e', 1, 'PmeShared']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5forder_5fmax_416', ['PME_ORDER_MAX', ['../pme__internal_8h.xhtml#a0b5842a3b64b78d81e64d305d93fb444', 1, 'pme_internal.h']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5foutput_2eh_417', ['pme_output.h', ['../pme__output_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fpp_2ecpp_418', ['pme_pp.cpp', ['../pme__pp_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fpp_2eh_419', ['pme_pp.h', ['../pme__pp_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -798,17 +798,17 @@
│ │ │ │ │ ['pmecorrfunction_442', ['pmeCorrFunction', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03.xhtml#a114b7bdef1d5775f3aee743a549c9d08', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['pmedata_443', ['pmedata', ['../structpme__setup__t.xhtml#a24d77a179605be8e30e0042930172072', 1, 'pme_setup_t']]],
│ │ │ │ │ ['pmefinalizetest_444', ['pmeFinalizeTest', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a1edd6d8cc0e4fa820be454dbf3877f4f', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['pmeforcecorrection_445', ['pmeforcecorrection', ['../namespacegmx.xhtml#a5275f264f1c6da2502ec03e8fbf855a4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(double z2)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a1e5b1230d0301fa6760e34d7641ca7e4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(float z2)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pmeforcecorrectionsingleaccuracy_446', ['pmeForceCorrectionSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#abd18f07b8fd19f03f12442211982db53', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['pmeforcesendergpu_447', ['pmeforcesendergpu', ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml#adebce74b420495046e8211be15c53bae', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::PmeForceSenderGpu()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a23d50db5d4950d91a794b4ffb101b531', 1, 'gmx_pme_pp::pmeForceSenderGpu']
│ │ │ │ │ + ['pmeforcesendergpu_447', ['pmeforcesendergpu', ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml#adebce74b420495046e8211be15c53bae', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::PmeForceSenderGpu()'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a23d50db5d4950d91a794b4ffb101b531', 1, 'gmx_pme_pp::pmeForceSenderGpu'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pmeforcesready_448', ['pmeForcesReady', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#ab767da2851abd9a401e9a83101176230', 1, 'PmeGpuSpecific']]],
│ │ │ │ │ ['pmegatherkernel_449', ['pmeGatherKernel', ['../pme__gather__sycl_8cpp.xhtml#aa72cdc234e8e46990c97e36ded8fa09b', 1, 'pme_gather_sycl.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pmegathertest_2ecpp_450', ['pmegathertest.cpp', ['../pmegathertest_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmegetcomplexgrid_451', ['pmeGetComplexGrid', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a15dd98cb3ef7e76e595ee9643e99a301', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['pmegetcomplexgridinternal_452', ['pmeGetComplexGridInternal', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a6e3a33b07d7a07d364adb41606108d51', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['pmegetcomplexgridsizesinternal_453', ['pmeGetComplexGridSizesInternal', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a611b81b5fa91c5af3a1d55f0dcccd403', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ @@ -826,64 +826,64 @@
│ │ │ │ │ ['pmegetsplinedatainternal_465', ['pmeGetSplineDataInternal', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a89ce822256e5c1307a850837c8ab23a0', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['pmegpu_466', ['PmeGpu', ['../structPmeGpu.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmegpuatomparams_467', ['PmeGpuAtomParams', ['../structPmeGpuAtomParams.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmegpucheckatomcharge_468', ['pmeGpuCheckAtomCharge', ['../pme__gpu__calculate__splines__sycl_8h.xhtml#a2bcd422ff33a51339b82bf55019590e2', 1, 'pme_gpu_calculate_splines_sycl.h']]],
│ │ │ │ │ ['pmegpuconstparams_469', ['PmeGpuConstParams', ['../structPmeGpuConstParams.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmegpucreategrid_470', ['pmeGpuCreateGrid', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ae10d979ffdf2422ac3e11f5dc6fa7d3c', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pmegpudynamicparams_471', ['PmeGpuDynamicParams', ['../structPmeGpuDynamicParams.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['pmegpugridhaloexchange_472', ['pmegpugridhaloexchange', ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#a05b62ebd1ff27542d4e71e53753ecf20', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['pmegpugridhaloexchange_472', ['pmegpugridhaloexchange', ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#a27a826956f0aa8c1927c8fe235f017a3', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *, gmx_wallcycle *): pme_gpu_ocl_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#a05b62ebd1ff27542d4e71e53753ecf20', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#a27a826956f0aa8c1927c8fe235f017a3', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *, gmx_wallcycle *): pme_gpu_ocl_stubs.cpp']
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#a05b62ebd1ff27542d4e71e53753ecf20', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pmegpugridhaloexchangereverse_473', ['pmegpugridhaloexchangereverse', ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#a6b2310ae91449944562c827d41a60841', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *, gmx_wallcycle *): pme_gpu_ocl_stubs.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#ada9b801da508de001dfc4d1a72c9526c', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#ada9b801da508de001dfc4d1a72c9526c', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp']
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#ada9b801da508de001dfc4d1a72c9526c', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#ada9b801da508de001dfc4d1a72c9526c', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pmegpugridparams_474', ['PmeGpuGridParams', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmegpuhaloexchange_475', ['PmeGpuHaloExchange', ['../structPmeGpuHaloExchange.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmegpukernelparams_476', ['PmeGpuKernelParams', ['../pme__gpu__types__host_8h.xhtml#a90fa9b88804bde8212648c88b6420060', 1, 'pme_gpu_types_host.h']]],
│ │ │ │ │ ['pmegpukernelparamsbase_477', ['PmeGpuKernelParamsBase', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['pmegpuprogram_478', ['pmegpuprogram', ['../classPmeGpuProgram.xhtml#aa7e861bd577b2173e248c5bf9fb5ef0e', 1, 'PmeGpuProgram::PmeGpuProgram()'],
│ │ │ │ │ - ['../classPmeGpuProgram.xhtml', 1, 'PmeGpuProgram']
│ │ │ │ │ + ['pmegpuprogram_478', ['pmegpuprogram', ['../classPmeGpuProgram.xhtml', 1, 'PmeGpuProgram'],
│ │ │ │ │ + ['../classPmeGpuProgram.xhtml#aa7e861bd577b2173e248c5bf9fb5ef0e', 1, 'PmeGpuProgram::PmeGpuProgram()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pmegpuprogramimpl_479', ['pmegpuprogramimpl', ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml', 1, 'PmeGpuProgramImpl'],
│ │ │ │ │ ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml#aaa32b034422bc8368663a7399f35780e', 1, 'PmeGpuProgramImpl::PmeGpuProgramImpl()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pmegpuprogramstorage_480', ['PmeGpuProgramStorage', ['../pme__gpu__program_8h.xhtml#a97971c4f6d1aaf179563e021309fe680', 1, 'pme_gpu_program.h']]],
│ │ │ │ │ ['pmegpusettings_481', ['PmeGpuSettings', ['../structPmeGpuSettings.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['pmegpuspecific_482', ['pmegpuspecific', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a1bee1e0810c2c0eb7b06c953416e193f', 1, 'PmeGpuSpecific::PmeGpuSpecific()'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__types__host_8h.xhtml#a13767aeede40e21d6edf8d835df9705f', 1, 'PmeGpuSpecific: pme_gpu_types_host.h'],
│ │ │ │ │ - ['../structPmeGpuSpecific.xhtml', 1, 'PmeGpuSpecific']
│ │ │ │ │ + ['pmegpuspecific_482', ['pmegpuspecific', ['../pme__gpu__types__host_8h.xhtml#a13767aeede40e21d6edf8d835df9705f', 1, 'PmeGpuSpecific: pme_gpu_types_host.h'],
│ │ │ │ │ + ['../structPmeGpuSpecific.xhtml', 1, 'PmeGpuSpecific'],
│ │ │ │ │ + ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a1bee1e0810c2c0eb7b06c953416e193f', 1, 'PmeGpuSpecific::PmeGpuSpecific()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pmegpustageatomdata_483', ['pmeGpuStageAtomData', ['../pme__gpu__calculate__splines__sycl_8h.xhtml#af5c60e250e572e1bab33ccf09a24f01e', 1, 'pme_gpu_calculate_splines_sycl.h']]],
│ │ │ │ │ ['pmegpustaging_484', ['PmeGpuStaging', ['../structPmeGpuStaging.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmegpuwaitandreduce_485', ['pmeGpuWaitAndReduce', ['../namespacegmx.xhtml#a3db2e0fcedab51584c0e640bbb5e9d46', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['pmegridnk_486', ['pmegridNk', ['../structPmeShared.xhtml#aef67175d75c261387ce7806141fdd796', 1, 'PmeShared']]],
│ │ │ │ │ ['pmegridsreadyforspread_487', ['pmeGridsReadyForSpread', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a16feeb45c5bbaccf371d415251bb08b2', 1, 'PmeGpuSpecific']]],
│ │ │ │ │ ['pmeinitatoms_488', ['pmeInitAtoms', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a3e3a948e52ee4f5b89c7113898fa9950', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['pmeinitempty_489', ['pmeInitEmpty', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a93750fdb415cd0b6e5af3bfd1d465620', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['pmeinitwrapper_490', ['pmeInitWrapper', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a69d8e5a058f4ad0cd18db46460be6f9a', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['pmekernelhandle_491', ['PmeKernelHandle', ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml#a946b4419ceb5cf4690681c6d70eb162c', 1, 'PmeGpuProgramImpl']]],
│ │ │ │ │ ['pmelayouttransform_492', ['PmeLayoutTransform', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a4cb48f76aa8db3fdb07bc098706982ab', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ - ['pmeloadbalancehelper_493', ['pmeloadbalancehelper', ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml#a25a8cd34365febe90aec1d32ab9d541b', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper::PmeLoadBalanceHelper()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper']
│ │ │ │ │ + ['pmeloadbalancehelper_493', ['pmeloadbalancehelper', ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml#a25a8cd34365febe90aec1d32ab9d541b', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper::PmeLoadBalanceHelper()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pmeloadbalancehelper_20tt_494', ['<tt>DomDecHelper</tt> and <tt>PmeLoadBalanceHelper</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md41', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmeloadbalancehelper_2ecpp_495', ['pmeloadbalancehelper.cpp', ['../pmeloadbalancehelper_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmeloadbalancehelper_2eh_496', ['pmeloadbalancehelper.h', ['../pmeloadbalancehelper_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmeloadbalancinglimit_497', ['PmeLoadBalancingLimit', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a152d9b1c10ef8fcfda644eb9e0704a3c', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pmeperformgather_498', ['pmePerformGather', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b568c9ce545ed5b81aab09b839307ad', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['pmeperformsolve_499', ['pmePerformSolve', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a56aae96ca19e204f55fa12d7048c09ea', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['pmeperformsplineandspread_500', ['pmePerformSplineAndSpread', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a1ca32a3032115f7d3287676d2c0e6f17', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['pmepotentialcorrection_501', ['pmepotentialcorrection', ['../namespacegmx.xhtml#ac54e81f11cb53c7d68ff7dab05bd6afd', 1, 'gmx::pmePotentialCorrection(float z2)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#acba0166c05fec69dd4a2624ed8dcff95', 1, 'gmx::pmePotentialCorrection(double z2)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pmepotentialcorrectionsingleaccuracy_502', ['pmePotentialCorrectionSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#ab8004b2507f7192ead653fcdcb6735fe', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['pmeppcommgpu_503', ['pmeppcommgpu', ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml#ad6faf3fc85e8c1881e3f16d5e6a7ed34', 1, 'gmx::PmePpCommGpu::PmePpCommGpu()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmePpCommGpu']
│ │ │ │ │ + ['pmeppcommgpu_503', ['pmeppcommgpu', ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmePpCommGpu'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml#ad6faf3fc85e8c1881e3f16d5e6a7ed34', 1, 'gmx::PmePpCommGpu::PmePpCommGpu()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pmepptransfer_504', ['PmePpTransfer', ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5a13b8e77399a0dac4074b4f84806d814d', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['pmeprinting_505', ['pmePrinting', ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml#a8436afe7313d62bd16fa218ba9d23f06', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper']]],
│ │ │ │ │ ['pmeranks_5f_506', ['pmeRanks_', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a0c90cc0bff9a1ecf03219470420d6605', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['pmeremotecpuforceptr_507', ['pmeRemoteCpuForcePtr', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#ac494c801f14e07badc7b3cb1723a9e5e', 1, 'gmx::PpForceCommManager']]],
│ │ │ │ │ ['pmeremotegpuforceptr_508', ['pmeRemoteGpuForcePtr', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#ae85beb1a3a77948cb972ef832cecdbcc', 1, 'gmx::PpForceCommManager']]],
│ │ │ │ │ ['pmerunmode_509', ['PmeRunMode', ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791', 1, 'pme.h']]],
│ │ │ │ │ @@ -907,93 +907,93 @@
│ │ │ │ │ ['pmestream_5f_525', ['pmeStream_', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#abc901d3483cbaf44970c4c18bc96ebad', 1, 'PmeGpuSpecific']]],
│ │ │ │ │ ['pmetest_526', ['PmeTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['pmetest_2ecpp_527', ['pmetest.cpp', ['../pmetest_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmetestcommon_2ecpp_528', ['pmetestcommon.cpp', ['../pmetestcommon_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmetestcommon_2eh_529', ['pmetestcommon.h', ['../pmetestcommon_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmetestflavor_530', ['PmeTestFlavor', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03.xhtml#a5ece70121576717ec04521daf4b732d2', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['pmetuneperiod_531', ['PMETunePeriod', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a82c3f867a9183aef504a831a9af42d5b', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]],
│ │ │ │ │ - ['pmf_532', ['pmf', ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a600536d6baf212ecc56d278f2a0e3e59a84c75a906e1e7548f6df1e4e3aa3af52', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}::Pmf'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344a84c75a906e1e7548f6df1e4e3aa3af52', 1, 'gmx::Pmf']
│ │ │ │ │ + ['pmf_532', ['pmf', ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344a84c75a906e1e7548f6df1e4e3aa3af52', 1, 'gmx::Pmf'],
│ │ │ │ │ + ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a600536d6baf212ecc56d278f2a0e3e59a84c75a906e1e7548f6df1e4e3aa3af52', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}::Pmf']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['point_533', ['point', ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml#a9580f519d30dc81342ad890187d13edc', 1, 'gmx::BiasGrid']]],
│ │ │ │ │ ['point_20data_534', ['Floating-point data', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md60', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['point_20values_535', ['Integers corresponding to floating-point values', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md61', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pointdistancealongaxis_536', ['pointDistanceAlongAxis', ['../namespacegmx.xhtml#a9980e0f1eac7ff209652d8cecb1eca36', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['pointer_537', ['pointer', ['../classgmx_1_1accessor__basic.xhtml#af82d407a1ceb60e6c53ba95587199719', 1, 'gmx::accessor_basic::pointer'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ae5525f7b3c732a93f675b4280cc10e7d', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::pointer'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#afcdc192280a9292909fdc9517e323090', 1, 'gmx::basic_mdspan::pointer'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a3e88ccc15552d68e12105aebcbf1b7f9', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::pointer'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a06373345a99c67a2e0d12372a13f2a91', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::pointer'],
│ │ │ │ │ + ['pointer_537', ['pointer', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ae5525f7b3c732a93f675b4280cc10e7d', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::pointer'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a49a356bfb08d78cfe5e4a9e31b96367e', 1, 'gmx::EnumerationArray::pointer'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a7d3b7bcef0b244efc5d3da2fe2278390', 1, 'gmx::ArrayRef::pointer'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a49a356bfb08d78cfe5e4a9e31b96367e', 1, 'gmx::EnumerationArray::pointer']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a06373345a99c67a2e0d12372a13f2a91', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::pointer'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a3e88ccc15552d68e12105aebcbf1b7f9', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::pointer'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#afcdc192280a9292909fdc9517e323090', 1, 'gmx::basic_mdspan::pointer'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1accessor__basic.xhtml#af82d407a1ceb60e6c53ba95587199719', 1, 'gmx::accessor_basic::pointer']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pointers_2ecpp_538', ['pointers.cpp', ['../pointers_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pointers_2eh_539', ['pointers.h', ['../pointers_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['points_540', ['points', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a3ac116746718cc0af400eb6c49e23e8b', 1, 'gmx::BiasState']]],
│ │ │ │ │ - ['pointsadded_541', ['pointsadded', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a26723206e33708251bbba70eed673f44', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#a1f5b2dbab42eb4ca8ce85d8324432824', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ + ['pointsadded_541', ['pointsadded', ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#a1f5b2dbab42eb4ca8ce85d8324432824', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotModule.xhtml#a32ac3ced4c11a10e20775a32ee5d349b', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#a5b851f02915d11a13791ce5e7d49ab9d', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#af7097e86905c7133ccfd2242fbca9ad0', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a26723206e33708251bbba70eed673f44', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#adcf1de40fc5879c1a12532635e81d479', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#aa5bc505d9b2c6f4e28b2ae8279dc9635', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ada35de8665d5e2514f9b742fa668e3a2', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a86f6a46cf64108dbab34f4faff53d011', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ad0b6d871e1cae3cb49af5b5c3329e3eb', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#ad17650bcebc55264c9fc8dcfc4e35e3d', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#ace93b671432df57c1f885d82c2fa2818', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#abd4b1bd4f780c858218c2ed853002b20', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#aa73d00aa098a1f4dff8d9ab52c1b7400', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#a76d3359cbb6ec62060a543b03ef18509', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#a5b851f02915d11a13791ce5e7d49ab9d', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#a59635a206ddc8987538955f3a36c5cd9', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#aa73d00aa098a1f4dff8d9ab52c1b7400', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#ace93b671432df57c1f885d82c2fa2818', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#ad17650bcebc55264c9fc8dcfc4e35e3d', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ad0b6d871e1cae3cb49af5b5c3329e3eb', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a86f6a46cf64108dbab34f4faff53d011', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ada35de8665d5e2514f9b742fa668e3a2', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#aa5bc505d9b2c6f4e28b2ae8279dc9635', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::pointsAdded()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#adcf1de40fc5879c1a12532635e81d479', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::pointsAdded()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#af7097e86905c7133ccfd2242fbca9ad0', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::pointsAdded()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pointsalonglambdaaxis_542', ['pointsAlongLambdaAxis', ['../namespacegmx.xhtml#aff07c7a9ebdd29aa1584af5d8820afcc', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['pointset_543', ['pointset', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a780adb8176b23a810eb167b70723a8d9', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSet()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ad2e8bad8fb18c4e8a73342323bae7278', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSet()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a98d9a081734b5a125b0f8d72013e5de6', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSet()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a98d9a081734b5a125b0f8d72013e5de6', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSet()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ad2e8bad8fb18c4e8a73342323bae7278', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSet()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pointsetcount_544', ['pointsetcount', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a61c2ee6ccfc1bc2d0d53023676a18fba', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSetCount()'],
│ │ │ │ │ + ['pointsetcount_544', ['pointsetcount', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a6e0a2eb1e875073499c25f0d692e728c', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSetCount()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ac9c5ce5f1cf9f40a432a04e95c41b373', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSetCount()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a6e0a2eb1e875073499c25f0d692e728c', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSetCount()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a61c2ee6ccfc1bc2d0d53023676a18fba', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSetCount()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pointshavedifferentlambda_545', ['pointsHaveDifferentLambda', ['../namespacegmx.xhtml#aae9bf2b5e56f777f3c61fddadcbb78cb', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['pointstate_546', ['pointstate', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a2141bf32d5fe8de87bd0769221d9d831', 1, 'gmx::PointState::PointState()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PointState.xhtml', 1, 'gmx::PointState']
│ │ │ │ │ + ['pointstate_546', ['pointstate', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml', 1, 'gmx::PointState'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a2141bf32d5fe8de87bd0769221d9d831', 1, 'gmx::PointState::PointState()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pointstate_2ecpp_547', ['pointstate.cpp', ['../pointstate_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pointstate_2eh_548', ['pointstate.h', ['../pointstate_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['polynomials_2ecpp_549', ['polynomials.cpp', ['../polynomials_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['polynomials_2eh_550', ['polynomials.h', ['../polynomials_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pop_5fback_551', ['pop_back', ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#aeb1301327a77c58c2f2a0e3f524cf529', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::pop_back()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1KeyValueTreePath.xhtml#a6a499eede7dbd2c0df803d06f7a2fb1d', 1, 'gmx::KeyValueTreePath::pop_back()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pop_5flast_552', ['pop_last', ['../classgmx_1_1KeyValueTreePath.xhtml#a3d56878a0b33dd289ae7046d0ef86bd6', 1, 'gmx::KeyValueTreePath']]],
│ │ │ │ │ ['popientrywhenempty_553', ['popIEntryWhenEmpty', ['../classt__nblist.xhtml#ab26cfa59d201918a936f9c3a716c7a51', 1, 't_nblist']]],
│ │ │ │ │ ['populatemoleculetype_554', ['populateMoleculeType', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02com_8cpp_03.xhtml#aa7970a5640bd23bc600abb150f6e9691', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{com.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['port_555', ['port', ['../structgmx_1_1ImdOptions.xhtml#a6d9afb10ab4e701009c11db4875e1056', 1, 'gmx::ImdOptions::port'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a1583187db4ad04a5c7ea5fbb8c58758a', 1, 'gmx::ImdSession::Impl::port']
│ │ │ │ │ + ['port_555', ['port', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a1583187db4ad04a5c7ea5fbb8c58758a', 1, 'gmx::ImdSession::Impl::port'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1ImdOptions.xhtml#a6d9afb10ab4e701009c11db4875e1056', 1, 'gmx::ImdOptions::port']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pos_556', ['pos', ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#ac78b536909e9843043af491cc3df4775', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::pos'],
│ │ │ │ │ - ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#ace1a860f95c6d3af285244aa15d3d172', 1, 't_UmbrellaWindow::pos']
│ │ │ │ │ + ['pos_556', ['pos', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#ace1a860f95c6d3af285244aa15d3d172', 1, 't_UmbrellaWindow::pos'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#ac78b536909e9843043af491cc3df4775', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::pos']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pos_5fall_557', ['POS_ALL', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2a48ca90dd084e7d893fc320f2269a50d3', 1, 'poscalc.h']]],
│ │ │ │ │ ['pos_5fall_5fpbc_558', ['POS_ALL_PBC', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2ad65f5f38fe21e3709ffa21fadf007fd7', 1, 'poscalc.h']]],
│ │ │ │ │ ['pos_5fatom_559', ['POS_ATOM', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2a91ffdb6964763d88b5a784de222833d8', 1, 'poscalc.h']]],
│ │ │ │ │ ['pos_5fcomplmax_560', ['POS_COMPLMAX', ['../poscalc_8h.xhtml#a51ff971fa79e81dad91a94091995de8a', 1, 'poscalc.h']]],
│ │ │ │ │ ['pos_5fcomplwhole_561', ['POS_COMPLWHOLE', ['../poscalc_8h.xhtml#acb6721f6727690335c169552fcc860f5', 1, 'poscalc.h']]],
│ │ │ │ │ ['pos_5fdynamic_562', ['POS_DYNAMIC', ['../poscalc_8h.xhtml#a62eb7b0a0896e61e43ad4345ee3bb2dd', 1, 'poscalc.h']]],
│ │ │ │ │ ['pos_5fforces_563', ['POS_FORCES', ['../poscalc_8h.xhtml#a1d2128603326a76171d1d3c0e2cd2f44', 1, 'poscalc.h']]],
│ │ │ │ │ ['pos_5fmaskonly_564', ['POS_MASKONLY', ['../poscalc_8h.xhtml#a3586daeaab8b4ff970ae759b3677e7fd', 1, 'poscalc.h']]],
│ │ │ │ │ ['pos_5fmass_565', ['POS_MASS', ['../poscalc_8h.xhtml#ae2fb2ab85a6006e1061ed6af99c1f39f', 1, 'poscalc.h']]],
│ │ │ │ │ ['pos_5fmol_566', ['POS_MOL', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2a832073c54a9cb1a05ae87c25315fcd7e', 1, 'poscalc.h']]],
│ │ │ │ │ ['pos_5fres_567', ['POS_RES', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2a6e4eae73e805ce492df6c75c55ab712a', 1, 'poscalc.h']]],
│ │ │ │ │ ['pos_5fvalue_568', ['POS_VALUE', ['../selvalue_8h.xhtml#a70b42b87d434580bf1493591857b8beca31a47fbfbc85ad1472ce3d2a168fd1ec', 1, 'selvalue.h']]],
│ │ │ │ │ ['pos_5fvelocities_569', ['POS_VELOCITIES', ['../poscalc_8h.xhtml#a809bf5cbef405aeb9bc497aa54f3c5f0', 1, 'poscalc.h']]],
│ │ │ │ │ - ['poscalc_2ecpp_570', ['poscalc.cpp', ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['poscalc_2ecpp_570', ['poscalc.cpp', ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['poscalc_2eh_571', ['poscalc.h', ['../poscalc_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['poscount_572', ['poscount', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#ac01e4247bdc9f727b4dffc28cf423f3c', 1, 'gmx::Selection::posCount()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#aad49c4ea69ef0cc81207383b4ba5cfb5', 1, 'gmx::internal::SelectionData::posCount()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['position_573', ['position', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a7b9d71d9e03043491c475a683f73587b', 1, 'gmx::Selection']]],
│ │ │ │ │ ['position_20swapping_20swap_574', ['"Computational Electrophysiology" position swapping (swap)', ['../group__module__swap.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -1001,47 +1001,47 @@
│ │ │ │ │ ['position_2eh_576', ['position.h', ['../position_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['position_5fdistance_577', ['position_distance', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#a14f11157569bf72288adc0fe5768e5fc', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs']]],
│ │ │ │ │ ['position_5frestraints_2ecpp_578', ['position_restraints.cpp', ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['position_5frestraints_2eh_579', ['position_restraints.h', ['../position__restraints_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['positionandamplitude_580', ['PositionAndAmplitude', ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters_1_1PositionAndAmplitude.xhtml', 1, 'gmx::GaussianSpreadKernelParameters']]],
│ │ │ │ │ - ['positioncalculationcollection_581', ['positioncalculationcollection', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#aef3a4272761b50e6f351a53360d89a3d', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::PositionCalculationCollection()']
│ │ │ │ │ + ['positioncalculationcollection_581', ['positioncalculationcollection', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#aef3a4272761b50e6f351a53360d89a3d', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::PositionCalculationCollection()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['positionoffset_582', ['positionOffset', ['../structgmx_1_1MttkPropagatorConnectionDetails.xhtml#aea7d4003b9200b259afe520937dbfe3c', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnectionDetails']]],
│ │ │ │ │ ['positions_583', ['positions', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02updategroupscog_8cpp_03.xhtml#a1d7b92752da9be32558c2d13eddd84a7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{updategroupscog.cpp}::positions'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796ca3160eb21973806e4291c3979d4aa242e', 1, 'gmx::Positions']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['positionsandvelocities_584', ['PositionsAndVelocities', ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796cad3b078b311589ad4f94c755832ef725e', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['positionscalingcallback_585', ['positionScalingCallback', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#ac9a40ecf45c6079ba2b3468daefb435f', 1, 'gmx::Propagator']]],
│ │ │ │ │ ['positionsdatabase_5f_586', ['positionsDatabase_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02shake_8cpp_03_1_1ShakeTest.xhtml#ad75c68cc51ffc4531d407f011a4d6ef6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{shake.cpp}::ShakeTest']]],
│ │ │ │ │ ['positionsfromstatepointer_587', ['positionsFromStatePointer', ['../state_8h.xhtml#a22b7ca0d7d3996a20a72968938a80ba6', 1, 'state.h']]],
│ │ │ │ │ ['positionsonly_588', ['PositionsOnly', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290aa8c00c1476cfbfe7441cf0f15fa06bc1', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['positionsview_589', ['positionsView', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#af6c40b68aabb89ee5233dbabebf98864', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]],
│ │ │ │ │ ['positionsymbol_590', ['PositionSymbol', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol.xhtml#ae1aa823f90fa95c285240878c93d295fad0f3a23ad1e73286b34f61ee68672b3e', 1, 'gmx::SelectionParserSymbol']]],
│ │ │ │ │ ['posres_591', ['posres', ['../namespaceanonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#ae8723186b9bb707506acc0a326ca214f', 1, 'anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['posres_5fdx_592', ['posres_dx', ['../namespaceanonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#a3c4d10324cfff742c83657792cd70ce1', 1, 'anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['posres_5fwrapper_593', ['posres_wrapper', ['../position__restraints_8h.xhtml#a1c4990a93b04b1744b635492a3be9c22', 1, 'posres_wrapper(gmx::ArrayRef< const int > iatoms, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparamsPosres, const t_pbc &pbc, const rvec *x, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer, gmx::ArrayRef< rvec4 > forces, gmx::RVec *virial, real *dvdl): position_restraints.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../position__restraints_8cpp.xhtml#a1c4990a93b04b1744b635492a3be9c22', 1, 'posres_wrapper(gmx::ArrayRef< const int > iatoms, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparamsPosres, const t_pbc &pbc, const rvec *x, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer, gmx::ArrayRef< rvec4 > forces, gmx::RVec *virial, real *dvdl): position_restraints.cpp']
│ │ │ │ │ + ['posres_5fwrapper_593', ['posres_wrapper', ['../position__restraints_8cpp.xhtml#a1c4990a93b04b1744b635492a3be9c22', 1, 'posres_wrapper(gmx::ArrayRef< const int > iatoms, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparamsPosres, const t_pbc &pbc, const rvec *x, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer, gmx::ArrayRef< rvec4 > forces, gmx::RVec *virial, real *dvdl): position_restraints.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../position__restraints_8h.xhtml#a1c4990a93b04b1744b635492a3be9c22', 1, 'posres_wrapper(gmx::ArrayRef< const int > iatoms, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparamsPosres, const t_pbc &pbc, const rvec *x, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer, gmx::ArrayRef< rvec4 > forces, gmx::RVec *virial, real *dvdl): position_restraints.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['posres_5fwrapper_5flambda_594', ['posres_wrapper_lambda', ['../position__restraints_8h.xhtml#a4e01c646def2d038cc374a83bf721751', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const t_pbc &pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer): position_restraints.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../position__restraints_8cpp.xhtml#a4e01c646def2d038cc374a83bf721751', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const t_pbc &pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer): position_restraints.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['posres_5fxa_595', ['posres_xA', ['../structgmx__molblock__t.xhtml#a91f1775f42ddf8a37ad39b0b7459d267', 1, 'gmx_molblock_t']]],
│ │ │ │ │ ['posres_5fxb_596', ['posres_xB', ['../structgmx__molblock__t.xhtml#a5b3613d862d2a95219d7777ee428a636', 1, 'gmx_molblock_t']]],
│ │ │ │ │ ['postprocess_5fitem_5fsubexpressions_597', ['postprocess_item_subexpressions', ['../compiler_8cpp.xhtml#a794bd695ad208084dc7018e4c90735c1', 1, 'compiler.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['postprocessforces_598', ['postProcessForces', ['../namespacegmx.xhtml#a6df04b142f03474fd77dd1b6f370553f', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['postprocessforcewithshiftforces_599', ['postProcessForceWithShiftForces', ['../namespacegmx.xhtml#a66e4fbbc6684439ec7c3246d6be3bc31', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['potanglefit_600', ['PotAngleFit', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#a4cc2873968b4ca417ed95b384e0071f6', 1, 'gmx_enfrotgrp']]],
│ │ │ │ │ ['potential_601', ['potential', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#acb463578c26791ab925cbccf9b80a54c', 1, 'gmx::AwhParams']]],
│ │ │ │ │ ['potentialenergytoleranceforsystem_5fg_602', ['potentialEnergyToleranceForSystem_g', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02minimize_8cpp_03.xhtml#ad5974d97a10a30cde5ab5fd313209934', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{minimize.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['potentialpointdata_603', ['potentialpointdata', ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml', 1, 'gmx::PotentialPointData'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#ac14487f6eed0c13f63ae059a67475ea9', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData(const Vector &f, const real e)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#a8e8485dce1b281d718953552e9d53f6b', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#a8e8485dce1b281d718953552e9d53f6b', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#ac14487f6eed0c13f63ae059a67475ea9', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData(const Vector &f, const real e)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['potentialswitchfunction_604', ['potentialSwitchFunction', ['../namespacegmx.xhtml#a590bff027abbf17255630f3832bdf0d5', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['potentialswitchfunctionderivative_605', ['potentialSwitchFunctionDerivative', ['../namespacegmx.xhtml#a76be08d6aa10394167c1f800488e5e86', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['power12_606', ['power12', ['../namespacegmx.xhtml#a800ac84e9ee71a2dc0eedda74bea1513', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['power3_607', ['power3', ['../namespacegmx.xhtml#abda6daf50f5129fb74816db29e411497', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['power4_608', ['power4', ['../namespacegmx.xhtml#a304b15bae3a2a8277f686d4dfc9fa946', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['power5_609', ['power5', ['../namespacegmx.xhtml#a4bb914d3b8bf083485bb26c88d2b9dda', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ @@ -1071,32 +1071,32 @@
│ │ │ │ │ ['pr_5fint64_631', ['pr_int64', ['../txtdump_8h.xhtml#a824a8160b4b8cdbf193925289351b8e4', 1, 'txtdump.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pr_5freal_632', ['pr_real', ['../txtdump_8h.xhtml#a75eacf863b559f26547aaa9fdca58264', 1, 'txtdump.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pr_5freals_633', ['pr_reals', ['../txtdump_8h.xhtml#aeba7744c5926350234d68c9c090c0055', 1, 'txtdump.h']]],
│ │ │ │ │ ['pr_5freals_5fof_5fdim_634', ['pr_reals_of_dim', ['../txtdump_8h.xhtml#a6409e046cff937b31a3e002ce8e62987', 1, 'txtdump.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pr_5fsortblock_635', ['pr_sortblock', ['../namespacegmx.xhtml#a0345bd9e1cccd650f3a33167767b8330', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['pr_5fstr_636', ['pr_str', ['../txtdump_8h.xhtml#a2d53eb96ae1892f5477a08446c6ba938', 1, 'txtdump.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pr_5fstrings_637', ['pr_strings', ['../txtdump_8h.xhtml#ab7c19cf341c011e9380c48a45f08945e', 1, 'txtdump.cpp']]],
│ │ │ │ │ - ['pr_5fsymtab_638', ['pr_symtab', ['../symtab_8h.xhtml#ab145748767232adc88bc7ec9435cc5be', 1, 'pr_symtab(FILE *fp, int indent, const char *title, t_symtab *symtab): symtab.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../symtab_8cpp.xhtml#ab145748767232adc88bc7ec9435cc5be', 1, 'pr_symtab(FILE *fp, int indent, const char *title, t_symtab *symtab): symtab.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pr_5fsymtab_638', ['pr_symtab', ['../symtab_8cpp.xhtml#ab145748767232adc88bc7ec9435cc5be', 1, 'pr_symtab(FILE *fp, int indent, const char *title, t_symtab *symtab): symtab.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../symtab_8h.xhtml#ab145748767232adc88bc7ec9435cc5be', 1, 'pr_symtab(FILE *fp, int indent, const char *title, t_symtab *symtab): symtab.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pr_5ftitle_639', ['pr_title', ['../txtdump_8h.xhtml#a078408ce82d80e57f8210841db52968f', 1, 'txtdump.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pr_5ftitle_5fn_640', ['pr_title_n', ['../txtdump_8h.xhtml#a415b7a0984248fe79f632a86903ac272', 1, 'txtdump.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pr_5ftitle_5fnxn_641', ['pr_title_nxn', ['../txtdump_8h.xhtml#aaff92cafa6d475174d54679a6e2482e5', 1, 'txtdump.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['practice_642', ['The subset you should use in practice', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md63', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pre_20loop_643', ['Pre-loop', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md16', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['prec_644', ['prec', ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml#af02d3b025c77f0d3613e297780fb11ff', 1, 'gmx::OutputRequirements']]],
│ │ │ │ │ ['precision_645', ['precision', ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml#aee903d8ecd680b223f2fb4e8f2dcdfed', 1, 'gmx::OutputRequirements']]],
│ │ │ │ │ ['precisiontostring_646', ['precisionToString', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02handlerestart_8cpp_03.xhtml#a9954e5cc237ab8b98c6b9bac8763ab08', 1, 'gmx::anonymous_namespace{handlerestart.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['predefined_20simd_20preprocessor_20macros_647', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['prefixformatter_648', ['PrefixFormatter', ['../structgmx_1_1test_1_1PrefixFormatter.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['prepare_5fverlet_5fscheme_649', ['prepare_verlet_scheme', ['../runner_8cpp.xhtml#aa4b15c064f765093c1c3b0e45a18aa98', 1, 'runner.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['prepareandtransformcoordinates_650', ['prepareAndTransformCoordinates', ['../classgmx_1_1ProcessFrameConversion.xhtml#a5405e7fd418257241a6d0e400058b96a', 1, 'gmx::ProcessFrameConversion']]],
│ │ │ │ │ ['prepareandwriteframe_651', ['prepareAndWriteFrame', ['../classgmx_1_1TrajectoryFrameWriter.xhtml#acc5edf13582d28d697d901486876ea1a', 1, 'gmx::TrajectoryFrameWriter']]],
│ │ │ │ │ - ['prepareatompositions_652', ['prepareatompositions', ['../classgmx_1_1TorchModel.xhtml#acf5b8cb47569b80d17746b025e8beb66', 1, 'gmx::TorchModel::prepareAtomPositions()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1INNPotModel.xhtml#aef08bbdf7582e2c9ccb0025f14e77f8c', 1, 'gmx::INNPotModel::prepareAtomPositions()']
│ │ │ │ │ + ['prepareatompositions_652', ['prepareatompositions', ['../classgmx_1_1INNPotModel.xhtml#aef08bbdf7582e2c9ccb0025f14e77f8c', 1, 'gmx::INNPotModel::prepareAtomPositions()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TorchModel.xhtml#acf5b8cb47569b80d17746b025e8beb66', 1, 'gmx::TorchModel::prepareAtomPositions()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['prepareawhmodule_653', ['prepareAwhModule', ['../namespacegmx.xhtml#a0f0dc8801f18ac6085f049b6053eaee5', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['preparedefaultmdpfieldvalues_654', ['prepareDefaultMdpFieldValues', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02simulationdatabase_8cpp_03.xhtml#ae1d7e98e184a23dde3294e0a9ee38ed9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{simulationdatabase.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['prepareforappending_655', ['prepareForAppending', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02handlerestart_8cpp_03.xhtml#ad50fb84ccce6088fa1650a09a3ea513c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{handlerestart.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['prepareforpositionassembly_656', ['prepareForPositionAssembly', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a3bb55b11c345deed80ca37875c54e260', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['preparegpukernelargument_657', ['preparegpukernelargument', ['../oclutils_8h.xhtml#a2880665aed29367c17b0b3b71dcd9049', 1, 'prepareGpuKernelArgument(cl_kernel kernel, const KernelLaunchConfig &config, size_t argIndex, const CurrentArg *argPtr, const RemainingArgs *... otherArgsPtrs): oclutils.h'],
│ │ │ │ │ ['../oclutils_8h.xhtml#ae38b731b0072ddca1ef4f6bf43fc0dcb', 1, 'prepareGpuKernelArgument(cl_kernel kernel, const KernelLaunchConfig &config, size_t argIndex): oclutils.h']
│ │ │ │ │ @@ -1115,49 +1115,49 @@
│ │ │ │ │ ['prepareprevsteppullcom_667', ['preparePrevStepPullCom', ['../pull_8h.xhtml#ace0e8cabf9ba2e4c466681267fe30616', 1, 'pull.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['prepareprevsteppullcomnewsimulation_668', ['preparePrevStepPullComNewSimulation', ['../pull_8h.xhtml#aaf91fb3c6408dd4d40dcbc60b8f3346e', 1, 'pull.h']]],
│ │ │ │ │ ['preparereferencedata_669', ['prepareReferenceData', ['../classgmx_1_1test_1_1PeriodicActionsTest.xhtml#aaf17a8df8c6213ad4bd4632c538e0d9d', 1, 'gmx::test::PeriodicActionsTest']]],
│ │ │ │ │ ['preparererunstate_670', ['prepareRerunState', ['../gromacs_2mdrun_2rerun_8cpp.xhtml#a3a61805a1314c7094d6985f312b796d3', 1, 'rerun.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['preparetest_671', ['preparetest', ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsSupportedFiles.xhtml#a55a125582f82a0bef2e0be090626569e', 1, 'gmx::test::SetAtomsSupportedFiles::prepareTest()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsUnSupportedFiles.xhtml#a1472dda69601bf20c6af26c8970863d7', 1, 'gmx::test::SetAtomsUnSupportedFiles::prepareTest()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1AnyOutputSupportedFiles.xhtml#abd33db6ae6c7bb966a3cf70d93eed90e', 1, 'gmx::test::AnyOutputSupportedFiles::prepareTest()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1NoOptionalOutput.xhtml#a75b0b89f9b03980e5efa151f10747fb0', 1, 'gmx::test::NoOptionalOutput::prepareTest()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1OutputSelectorDeathTest.xhtml#ab2c7e9ee595f837c1677769522c9707f', 1, 'gmx::test::OutputSelectorDeathTest::prepareTest()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetVelocitySupportedFiles.xhtml#a5c721c58a519211d2984f31306d591bd', 1, 'gmx::test::SetVelocitySupportedFiles::prepareTest()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetVelocityUnSupportedFiles.xhtml#a8fefeae96caffc87c2c27abf1dd7751e', 1, 'gmx::test::SetVelocityUnSupportedFiles::prepareTest()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetForceSupportedFiles.xhtml#ad959f70a7f9a9268ddcb28b607d27888', 1, 'gmx::test::SetForceSupportedFiles::prepareTest()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetForceUnSupportedFiles.xhtml#ad6fca57625ab6f39c8854f457c40858e', 1, 'gmx::test::SetForceUnSupportedFiles::prepareTest()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetPrecisionSupportedFiles.xhtml#ae99227b78afd7add07d701841a056e35', 1, 'gmx::test::SetPrecisionSupportedFiles::prepareTest()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SetPrecisionUnSupportedFiles.xhtml#a8d07c06ca5994941a6b0d53eaf71afb6', 1, 'gmx::test::SetPrecisionUnSupportedFiles::prepareTest()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1NoOptionalOutput.xhtml#a75b0b89f9b03980e5efa151f10747fb0', 1, 'gmx::test::NoOptionalOutput::prepareTest()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SetPrecisionUnSupportedFiles.xhtml#a8d07c06ca5994941a6b0d53eaf71afb6', 1, 'gmx::test::SetPrecisionUnSupportedFiles::prepareTest()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['preparevmdforces_672', ['prepareVmdForces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a17780bb21381fe37591b6c612b30fe76', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]],
│ │ │ │ │ - ['prependcontext_673', ['prependcontext', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02exceptions_8cpp_03_1_1ErrorMessage.xhtml#a35872d2133a1587fde1aac5580bddbab', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}::ErrorMessage::prependContext()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GromacsException.xhtml#a1bd116912e67c096ae949ddae85afe06', 1, 'gmx::GromacsException::prependContext()']
│ │ │ │ │ + ['prependcontext_673', ['prependcontext', ['../classgmx_1_1GromacsException.xhtml#a1bd116912e67c096ae949ddae85afe06', 1, 'gmx::GromacsException::prependContext()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02exceptions_8cpp_03_1_1ErrorMessage.xhtml#a35872d2133a1587fde1aac5580bddbab', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}::ErrorMessage::prependContext()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['preprocess_674', ['preprocess', ['../classgmx_1_1NNPotTopologyPreprocessor.xhtml#ad1686d5726f7554a4043e1d29fc8fc51', 1, 'gmx::NNPotTopologyPreprocessor::preprocess()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#a62a8eb1d8ab64aca76d9c1c6fbf53530', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor::preprocess()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['preprocessingatomtypes_675', ['preprocessingatomtypes', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml', 1, 'PreprocessingAtomTypes'],
│ │ │ │ │ - ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#ab564e1e5edd0850f93716d5d8b56e7b9', 1, 'PreprocessingAtomTypes::PreprocessingAtomTypes()']
│ │ │ │ │ + ['preprocessingatomtypes_675', ['preprocessingatomtypes', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#ab564e1e5edd0850f93716d5d8b56e7b9', 1, 'PreprocessingAtomTypes::PreprocessingAtomTypes()'],
│ │ │ │ │ + ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml', 1, 'PreprocessingAtomTypes']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['preprocessingbondatomtype_676', ['PreprocessingBondAtomType', ['../classPreprocessingBondAtomType.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['preprocessingnotifier_5f_677', ['preProcessingNotifier_', ['../structgmx_1_1MDModulesNotifiers.xhtml#a491f3247b6bc681d6b97dc9db91028a1', 1, 'gmx::MDModulesNotifiers']]],
│ │ │ │ │ ['preprocessor_20macros_678', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['preprocessresidue_679', ['PreprocessResidue', ['../structPreprocessResidue.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pres_680', ['pres', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#a4727f9623b6a6995110132c968cb2165', 1, 'gmx_repl_ex']]],
│ │ │ │ │ ['pres_5fprev_681', ['pres_prev', ['../classt__state.xhtml#affdc7fa00e6e77e6f80cb7e8457e777d', 1, 't_state']]],
│ │ │ │ │ - ['present_682', ['present', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a4e9e2e103711b6302c6e82121ec8eef3', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::present()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a69f1255e4e4115a9b183f7be0be7760c', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::present()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputPointSet.xhtml#ace934e632ac88246da704f878ee85b5c', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputPointSet::present()']
│ │ │ │ │ + ['present_682', ['present', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputPointSet.xhtml#ace934e632ac88246da704f878ee85b5c', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputPointSet::present()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a4e9e2e103711b6302c6e82121ec8eef3', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::present()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a69f1255e4e4115a9b183f7be0be7760c', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::present()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['presentalldata_683', ['presentAllData', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestFixture.xhtml#ab07eb7b9cb4b5e0fb8fc85c196223f06', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestFixture']]],
│ │ │ │ │ ['presentdata_684', ['presentData', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#a58d11e5cb995d8ee2a8b150b80e96015', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['presentdataframe_685', ['presentDataFrame', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestFixture.xhtml#a89e3f46a66165f59608fb91cdec5257c', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestFixture']]],
│ │ │ │ │ ['preserveboxshape_686', ['preserveBoxShape', ['../state_8h.xhtml#a0f2e4adc7362d30d4ecfab4f23f25de5', 1, 'state.cpp']]],
│ │ │ │ │ - ['pressure_687', ['pressure', ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a0bb52df1038789c62a164a849698f2b5', 1, 'gmx::EnergyData::pressure()'],
│ │ │ │ │ - ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a92a3c13d5a3f1ca5d2b3598b5409def7', 1, 'DispersionCorrection::Correction::pressure']
│ │ │ │ │ + ['pressure_687', ['pressure', ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a92a3c13d5a3f1ca5d2b3598b5409def7', 1, 'DispersionCorrection::Correction::pressure'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a0bb52df1038789c62a164a849698f2b5', 1, 'gmx::EnergyData::pressure()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pressure_5f_688', ['pressure_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a3e21f62fdd4229953fe526ba7c74a9f1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest']]],
│ │ │ │ │ ['pressurecoupling_689', ['PressureCoupling', ['../md__enums_8h.xhtml#a75403865033b1e929fe40f0119cabfb3', 1, 'md_enums.h']]],
│ │ │ │ │ ['pressurecouplingoptionstostring_690', ['pressureCouplingOptionsToString', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#aa448f87e5bc69a5a5ee4cb09b855dec6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['pressurecouplingscheme_691', ['pressureCouplingScheme', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTestParameters.xhtml#a5461cc0b111fbe5cf8fe059573a0601c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTestParameters']]],
│ │ │ │ │ ['pressurecouplingtype_692', ['PressureCouplingType', ['../md__enums_8h.xhtml#ab9101457c43f890d83e2f61b04c80b88', 1, 'md_enums.h']]],
│ │ │ │ │ ['pressurematrixtype_693', ['PressureMatrixType', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbea', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]],
│ │ │ │ │ @@ -1195,45 +1195,45 @@
│ │ │ │ │ ['print_5forires_5flog_721', ['print_orires_log', ['../orires_8h.xhtml#a558c2a0b81d1976025f8f0efd51af375', 1, 'orires.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['print_5fpme_5floadbal_5fsetting_722', ['print_pme_loadbal_setting', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a34ad2116d0baa736e0d155ba956bf062', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['print_5fpme_5floadbal_5fsettings_723', ['print_pme_loadbal_settings', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a738403c89c46ba35701c160e156915fa', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['print_5freplica_5fexchange_5fstatistics_724', ['print_replica_exchange_statistics', ['../replicaexchange_8h.xhtml#ac242f2189cc51aa6ffb4a1b5768eab7d', 1, 'replicaexchange.h']]],
│ │ │ │ │ ['print_5fresall_725', ['print_resall', ['../resall_8h.xhtml#afbd28b7c0e308005c53b31f428715e5e', 1, 'resall.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['print_5fstart_726', ['print_start', ['../printtime_8h.xhtml#a6cf8ede86906fc405824ad5ba33578ff', 1, 'printtime.h']]],
│ │ │ │ │ ['print_5ftime_727', ['print_time', ['../printtime_8h.xhtml#a2b2cf213aae64f2f3992ac2fee167bb7', 1, 'printtime.h']]],
│ │ │ │ │ - ['printbinaryinformation_728', ['printbinaryinformation', ['../classgmx_1_1BinaryInformationSettings.xhtml#ae1ca1f3759dfd30915c86eb6461c35f8', 1, 'gmx::BinaryInformationSettings::printBinaryInformation'],
│ │ │ │ │ + ['printbinaryinformation_728', ['printbinaryinformation', ['../namespacegmx.xhtml#ad0c6bc3dc4ee812f31a6076c7d4f42a9', 1, 'gmx::printBinaryInformation(FILE *fp, const IProgramContext &programContext, const BinaryInformationSettings &settings)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a0ea11527285a0547aafa0ee27c4f4817', 1, 'gmx::printBinaryInformation(TextWriter *writer, const IProgramContext &programContext, const BinaryInformationSettings &settings)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aff67fcd64bdaa64a3823cc1a322a6783', 1, 'gmx::printBinaryInformation(FILE *fp, const IProgramContext &programContext)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ad0c6bc3dc4ee812f31a6076c7d4f42a9', 1, 'gmx::printBinaryInformation(FILE *fp, const IProgramContext &programContext, const BinaryInformationSettings &settings)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a0ea11527285a0547aafa0ee27c4f4817', 1, 'gmx::printBinaryInformation(TextWriter *writer, const IProgramContext &programContext, const BinaryInformationSettings &settings)']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BinaryInformationSettings.xhtml#ae1ca1f3759dfd30915c86eb6461c35f8', 1, 'gmx::BinaryInformationSettings::printBinaryInformation']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['printcurrentstatus_729', ['printCurrentStatus', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02selectioncollection_8cpp_03.xhtml#ab287e09e32b67a7d8eb6c426cbea825e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selectioncollection.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['printcycles_730', ['printCycles', ['../structgmx_1_1SearchCycleCounting.xhtml#a4d10d3b49fe8ab3b697ca98128aadc76', 1, 'gmx::SearchCycleCounting']]],
│ │ │ │ │ ['printdebuginfo_731', ['printDebugInfo', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a83cdc66c0202739e8e7dd1c1add3492b', 1, 'gmx::Selection']]],
│ │ │ │ │ ['printfatalerrorfooter_732', ['printFatalErrorFooter', ['../group__module__utility.xhtml#gadcb892c734184fade6b913a4d3a66aa7', 1, 'gmx::internal']]],
│ │ │ │ │ ['printfatalerrorheader_733', ['printFatalErrorHeader', ['../group__module__utility.xhtml#ga34257490d770efb0f6a87adeef2629c6', 1, 'gmx::internal']]],
│ │ │ │ │ ['printfatalerrormessage_734', ['printFatalErrorMessage', ['../group__module__utility.xhtml#gac6287dc8a550a2d54429e44994e00e58', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['printfatalerrormessageline_735', ['printFatalErrorMessageLine', ['../group__module__utility.xhtml#ga0a42e4f258d42ec3a31c6a633de8d5da', 1, 'gmx::internal']]],
│ │ │ │ │ ['printhdf5errorsdebug_736', ['printHdf5ErrorsDebug', ['../namespacegmx.xhtml#ab817247c14460e07ba037d9bf1ee026f', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['printhelp_737', ['printhelp', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03.xhtml#ad26aa404f4b172bbb70761f5601e1e6b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::printHelp()'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02selectioncollection_8cpp_03.xhtml#abe93236807caafdef3d12bf607712457', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selectioncollection.cpp}::printHelp()']
│ │ │ │ │ + ['printhelp_737', ['printhelp', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02selectioncollection_8cpp_03.xhtml#abe93236807caafdef3d12bf607712457', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selectioncollection.cpp}::printHelp()'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03.xhtml#ad26aa404f4b172bbb70761f5601e1e6b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::printHelp()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['printinfo_738', ['printInfo', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a65669ac067cf817dd81dd54545cbad1e', 1, 'gmx::Selection']]],
│ │ │ │ │ ['printinitializationtolog_739', ['printInitializationToLog', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#ab98de3aa653a1e218fb158592b357333', 1, 'gmx::Bias']]],
│ │ │ │ │ ['printlambdastatetolog_740', ['printLambdaStateToLog', ['../state_8h.xhtml#a7c02def220ba38fd0b4d43394b46a1f6', 1, 'state.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['printmissinginteractionsatoms_741', ['printMissingInteractionsAtoms', ['../namespacegmx.xhtml#ae65e5b55ff548e7bfe1a7c87e3dbe492', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['printmissinginteractionsmolblock_742', ['printMissingInteractionsMolblock', ['../namespacegmx.xhtml#ae745a97b913d8883598f292573c042c2', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['printnbnxmpressureerror_743', ['printNbnxmPressureError', ['../namespacegmx.xhtml#a70e7a975019d7f9f2b250dd86107949a', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['printreplicaexchangeparameterstostring_744', ['PrintReplicaExchangeParametersToString', ['../structgmx_1_1test_1_1PrintReplicaExchangeParametersToString.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['printstringtablestoragetofile_745', ['printStringTableStorageToFile', ['../classStringTable.xhtml#a43471fd15acff612e6fbf75df17328f3', 1, 'StringTable']]],
│ │ │ │ │ ['printthanks_746', ['printThanks', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#a05cae832d1e990febdd2035ed4dae99c', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['printtime_2eh_747', ['printtime.h', ['../printtime_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['printto_748', ['printto', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02constr_8cpp_03.xhtml#a146ac5d0721d0bbff854d6b43bd3c594', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{constr.cpp}::PrintTo()'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2constr_8cpp.xhtml#ad8707751bcf9b7561997be4d4509f919', 1, 'PrintTo(): constr.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a8cc01a6cbd2e745e2859c1c597de99f0', 1, 'gmx::PrintTo(const PaddedVector< RVec > &vector, std::ostream *os)'],
│ │ │ │ │ + ['printto_748', ['printto', ['../tests_2confio_8cpp.xhtml#ae9ec9498ed69d6298c4cec343dbf6eea', 1, 'PrintTo(): confio.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a48139736d8f5906f2262d2219909e972', 1, 'gmx::PrintTo(const RVec &value, std::ostream *os)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2confio_8cpp.xhtml#ae9ec9498ed69d6298c4cec343dbf6eea', 1, 'PrintTo(): confio.cpp']
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a8cc01a6cbd2e745e2859c1c597de99f0', 1, 'gmx::PrintTo(const PaddedVector< RVec > &vector, std::ostream *os)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2constr_8cpp.xhtml#ad8707751bcf9b7561997be4d4509f919', 1, 'PrintTo(): constr.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02constr_8cpp_03.xhtml#a146ac5d0721d0bbff854d6b43bd3c594', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{constr.cpp}::PrintTo()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['printtree_749', ['printtree', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#ab4cb9e76c9189929571b6120c02fdb15', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::printTree()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml#af818d2c18b1f062f98535ea2310cf9d6', 1, 'gmx::SelectionCollection::printTree(FILE *fp, bool bValues) const']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['printxvgrinfo_750', ['printXvgrInfo', ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml#a258632c31196a32960eac628c9ccd7f9', 1, 'gmx::SelectionCollection']]],
│ │ │ │ │ ['prob_751', ['prob', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#a3f7ac1e9d6c7f8aa5c82ae73d8e82435', 1, 'gmx_repl_ex']]],
│ │ │ │ │ ['prob_5fsum_752', ['prob_sum', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#afe91de4fe29e4757a00af03b1d4da003', 1, 'gmx_repl_ex']]],
│ │ │ │ │ @@ -1241,42 +1241,42 @@
│ │ │ │ │ ['process_5fconst_754', ['process_const', ['../compiler_8cpp.xhtml#a3a79847d59f377e50695756feae2818d', 1, 'compiler.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['processall_755', ['processall', ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a1ed3015bac2e5a4af9631fb8fef8cd39', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::processAll()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a9415930b33cf36ebc49d2040b3df1ed1', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::processAll()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['processatomsredistributedsignal_756', ['processAtomsRedistributedSignal', ['../classgmx_1_1ColvarsForceProvider.xhtml#a7e4338e0cff17f65c590c5e188d55d5f', 1, 'gmx::ColvarsForceProvider']]],
│ │ │ │ │ ['processawhframe_757', ['processAwhFrame', ['../classAwhReader.xhtml#a2daf556d976fa7b201ba3f74c8400c8b', 1, 'AwhReader']]],
│ │ │ │ │ ['processcommonoptions_758', ['processCommonOptions', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#a98689b63c70ad2e9a03104894fa94fe3', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ - ['processcoordinates_759', ['processcoordinates', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a8f46ded54da0f0bd0824a2ef1e4ab87d', 1, 'gmx::ColvarsOptions::processCoordinates()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml#a6b4615a64c4e8b468cf26b5862e47ca2', 1, 'gmx::QMMMOptions::processCoordinates()']
│ │ │ │ │ + ['processcoordinates_759', ['processcoordinates', ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml#a6b4615a64c4e8b468cf26b5862e47ca2', 1, 'gmx::QMMMOptions::processCoordinates()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a8f46ded54da0f0bd0824a2ef1e4ab87d', 1, 'gmx::ColvarsOptions::processCoordinates(const CoordinatesAndBoxPreprocessed &coord)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['processedrfilename_760', ['processEdrFilename', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a1fb943de3010cf577bc68ff8f88f88f5', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]],
│ │ │ │ │ ['processexceptionasfatalerror_761', ['processExceptionAsFatalError', ['../group__module__utility.xhtml#ga13076c5bb17dd3bf90f683af835b8b62', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['processexceptionatexit_762', ['processExceptionAtExit', ['../group__module__utility.xhtml#ga5a45f49e157fa8e1059d24243283e248', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['processexceptionatexitforcommandline_763', ['processExceptionAtExitForCommandLine', ['../namespacegmx.xhtml#ad8fe34835a6e197f2731e7d604f28992', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['processexpectedexception_764', ['processExpectedException', ['../testasserts_8h.xhtml#a70e5df8e89a760f1a7b0b729ae79d9e9', 1, 'gmx::test::internal']]],
│ │ │ │ │ - ['processframe_765', ['processframe', ['../classgmx_1_1SetForces.xhtml#ab6b102111de37f9de56baa55b54e9d4c', 1, 'gmx::SetForces::processFrame()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SetPrecision.xhtml#aa0c17362c51113f315d3985a1b87db43', 1, 'gmx::SetPrecision::processFrame()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SetStartTime.xhtml#a1a0e96a360061ca80d4c1021b428d18f', 1, 'gmx::SetStartTime::processFrame()'],
│ │ │ │ │ + ['processframe_765', ['processframe', ['../classgmx_1_1SetStartTime.xhtml#a1a0e96a360061ca80d4c1021b428d18f', 1, 'gmx::SetStartTime::processFrame()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IOutputAdapter.xhtml#a0600c39ab0392347654f7e4984fe55b0', 1, 'gmx::IOutputAdapter::processFrame()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#a18b9cfa903a2140d038b85e44f0d728b', 1, 'gmx::OutputSelector::processFrame()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SetAtoms.xhtml#aa2ca3ec1cd6987c1af76bf3eaed208d1', 1, 'gmx::SetAtoms::processFrame()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SetTimeStep.xhtml#a94ffdac361572d0d678595faa5ca34f7', 1, 'gmx::SetTimeStep::processFrame()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SetVelocities.xhtml#a8e040a226a533cf085ecf264f4bcbb39', 1, 'gmx::SetVelocities::processFrame()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SetBox.xhtml#ad4fb823cdc838cbe1253f1b720659552', 1, 'gmx::SetBox::processFrame()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SetAtoms.xhtml#aa2ca3ec1cd6987c1af76bf3eaed208d1', 1, 'gmx::SetAtoms::processFrame()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#a18b9cfa903a2140d038b85e44f0d728b', 1, 'gmx::OutputSelector::processFrame()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IOutputAdapter.xhtml#a0600c39ab0392347654f7e4984fe55b0', 1, 'gmx::IOutputAdapter::processFrame()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SetForces.xhtml#ab6b102111de37f9de56baa55b54e9d4c', 1, 'gmx::SetForces::processFrame()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SetPrecision.xhtml#aa0c17362c51113f315d3985a1b87db43', 1, 'gmx::SetPrecision::processFrame()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['processframeconversion_766', ['processframeconversion', ['../classgmx_1_1ProcessFrameConversion.xhtml', 1, 'gmx::ProcessFrameConversion'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ProcessFrameConversion.xhtml#ac312a6f913f3b4c10b1b4506dc3992b4', 1, 'gmx::ProcessFrameConversion::ProcessFrameConversion()']
│ │ │ │ │ + ['processframeconversion_766', ['processframeconversion', ['../classgmx_1_1ProcessFrameConversion.xhtml#ac312a6f913f3b4c10b1b4506dc3992b4', 1, 'gmx::ProcessFrameConversion::ProcessFrameConversion()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ProcessFrameConversion.xhtml', 1, 'gmx::ProcessFrameConversion']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['processframeconversionpointer_767', ['ProcessFrameConversionPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a738d561c427ed33793a987d6624c16fd', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['processid_768', ['processId', ['../classgmx_1_1BinaryInformationSettings.xhtml#abaf2e86d7516dee9612672fbb5c8c661', 1, 'gmx::BinaryInformationSettings']]],
│ │ │ │ │ ['processing_20modules_769', ['Provided data processing modules', ['../page_analysisdata.xhtml#autotoc_md77', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['processingunit_770', ['ProcessingUnit', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1ProcessingUnit.xhtml', 1, 'gmx::HardwareTopology']]],
│ │ │ │ │ ['processingunitrankincore_771', ['processingUnitRankInCore', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#ace41f39d285eb357ca9cc2f6ee2a2790', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor']]],
│ │ │ │ │ - ['processingunits_772', ['processingunits', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1NumaNode.xhtml#ac3ab03fb1b97974ef2f25205ab251e1c', 1, 'gmx::HardwareTopology::NumaNode::processingUnits'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Core.xhtml#a8fdfecad6961986891247c462ab06979', 1, 'gmx::HardwareTopology::Core::processingUnits']
│ │ │ │ │ + ['processingunits_772', ['processingunits', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Core.xhtml#a8fdfecad6961986891247c462ab06979', 1, 'gmx::HardwareTopology::Core::processingUnits'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1NumaNode.xhtml#ac3ab03fb1b97974ef2f25205ab251e1c', 1, 'gmx::HardwareTopology::NumaNode::processingUnits']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['processitem_773', ['processItem', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#a0cd19d6065ab5fa0135ebd18906cc439', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['processmarkup_774', ['processMarkup', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl.xhtml#ae2eb5a09712371d73e78682759335be3', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['processormap_775', ['ProcessorMap', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mockhardwaretopology_8cpp_03.xhtml#a76ede19691b8c64e8dd671292c2e940b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mockhardwaretopology.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['processset_776', ['processset', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a777a009a9f2cd3963a9bd774fadfdad2', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::processSet()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a9aa8495e558f50edd35b80754a508052', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::processSet()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ @@ -1291,39 +1291,39 @@
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['program_784', ['program', ['../structgmx__device__runtime__data__t.xhtml#a131c6f5f31ef679933d8530db2aec912', 1, 'gmx_device_runtime_data_t']]],
│ │ │ │ │ ['program_20management_20commandline_785', ['Command Line Program Management (commandline)', ['../group__module__commandline.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['programcontext_2ecpp_786', ['programcontext.cpp', ['../programcontext_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['programcontext_2eh_787', ['programcontext.h', ['../programcontext_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['programcontext_5f_788', ['programContext_', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#aec22308f1e2209f756a894dd672f0123', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['programhandle_5f_789', ['programHandle_', ['../structPmeGpu.xhtml#a6b8587b3b55775d271f0a05b2377ea0d', 1, 'PmeGpu']]],
│ │ │ │ │ - ['programname_790', ['programname', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02programcontext_8cpp_03_1_1DefaultProgramContext.xhtml#abef54ace7516fc4bf108cd185be5f13d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{programcontext.cpp}::DefaultProgramContext::programName()'],
│ │ │ │ │ + ['programname_790', ['programname', ['../group__module__commandline.xhtml#ga549c09e2b1c2d40c2b1645654ac6d98e', 1, 'gmx::CommandLineProgramContext::programName()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02programcontext_8cpp_03_1_1DefaultProgramContext.xhtml#abef54ace7516fc4bf108cd185be5f13d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{programcontext.cpp}::DefaultProgramContext::programName()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#a7d7ab243fabe9ee53b7a261b6508c0c6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::programName()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IProgramContext.xhtml#af7114ce30502138b830c6ab1ebe7218a', 1, 'gmx::IProgramContext::programName()'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__commandline.xhtml#ga549c09e2b1c2d40c2b1645654ac6d98e', 1, 'gmx::CommandLineProgramContext::programName()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IProgramContext.xhtml#af7114ce30502138b830c6ab1ebe7218a', 1, 'gmx::IProgramContext::programName()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['project_5fto_5feigvectors_791', ['project_to_eigvectors', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#afe413df193477fd5579ba5dc476af94a', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['projectx_792', ['projectx', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#a51dbf031e475b6a7db752e30fd49d772', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['promptline_793', ['promptLine', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02selectioncollection_8cpp_03.xhtml#a4725dbb58fb88906d3e3f60fabad6903', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selectioncollection.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['prop_794', ['prop', ['../classAtomProperties_1_1Impl.xhtml#ae053674382c8aba1e9672a462aa46a34', 1, 'AtomProperties::Impl::prop'],
│ │ │ │ │ - ['../classAtomProperties.xhtml#a989a1bbdaf2caddb0696947bfa9419a7', 1, 'AtomProperties::prop()']
│ │ │ │ │ + ['prop_794', ['prop', ['../classAtomProperties.xhtml#a989a1bbdaf2caddb0696947bfa9419a7', 1, 'AtomProperties::prop()'],
│ │ │ │ │ + ['../classAtomProperties_1_1Impl.xhtml#ae053674382c8aba1e9672a462aa46a34', 1, 'AtomProperties::Impl::prop']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['propagate_5fon_5fcontainer_5fcopy_5fassignment_795', ['propagate_on_container_copy_assignment', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#af118f1bf88de184a1b6a3655df879591', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]],
│ │ │ │ │ ['propagate_5fon_5fcontainer_5fmove_5fassignment_796', ['propagate_on_container_move_assignment', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#ad784820686c118595c511a1c323ada53', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]],
│ │ │ │ │ ['propagate_5fon_5fcontainer_5fswap_797', ['propagate_on_container_swap', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#afd1941ab26a2198c5395d662cbe56e9e', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]],
│ │ │ │ │ ['propagationparameters_798', ['PropagationParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a774ca3fa5df95b1187890bf92a0e0cd8', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['propagationparameterswithconstraints_799', ['propagationParametersWithConstraints', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a6193e70ad283d80177391e3d3bf79522', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['propagationparameterswithcoupling_800', ['propagationParametersWithCoupling', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ae287683c1974989b18151e1147f2b39d', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ - ['propagator_801', ['propagator', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#a0be3f787956d64b6f1db5686085d3791', 1, 'gmx::Propagator::Propagator()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml', 1, 'gmx::Propagator< integrationStage >']
│ │ │ │ │ + ['propagator_801', ['propagator', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml', 1, 'gmx::Propagator< integrationStage >'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#a0be3f787956d64b6f1db5686085d3791', 1, 'gmx::Propagator::Propagator()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['propagator_20tt_802', ['<tt>Propagator</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md27', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['propagator_2ecpp_803', ['propagator.cpp', ['../propagator_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['propagator_2eh_804', ['propagator.h', ['../propagator_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['propagatorcallback_805', ['propagatorcallback', ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#abe7883668ad32a364fb2289b060a1468', 1, 'gmx::MttkData::propagatorCallback()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkPropagatorConnection.xhtml#a667942f1bbef424b2716da739030ad2e', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnection::propagatorCallback()'],
│ │ │ │ │ + ['propagatorcallback_805', ['propagatorcallback', ['../classgmx_1_1MttkPropagatorConnection.xhtml#a667942f1bbef424b2716da739030ad2e', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnection::propagatorCallback()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#abe7883668ad32a364fb2289b060a1468', 1, 'gmx::MttkData::propagatorCallback()'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga3396e7f07a04e8c8d3ce40cbfa022c4c', 1, 'gmx::PropagatorCallback']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['propagatorconnection_806', ['PropagatorConnection', ['../structgmx_1_1PropagatorConnection.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['propagatortag_807', ['propagatortag', ['../structgmx_1_1PropagatorTag.xhtml', 1, 'gmx::PropagatorTag'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gae5429b9c01d5a4d3e399efca641aa2c9', 1, 'gmx::PropagatorTag::PropagatorTag()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['propagatortagpostposition_808', ['propagatorTagPostPosition', ['../structgmx_1_1MttkPropagatorConnectionDetails.xhtml#a30ea53994cc965ef3a04dffab77a99b5', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnectionDetails']]],
│ │ │ │ │ @@ -1338,18 +1338,18 @@
│ │ │ │ │ ['prscalingcallback_817', ['prScalingCallback', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#a8290753edff543fc7792f05aa682fef2', 1, 'gmx::Propagator']]],
│ │ │ │ │ ['prune_5fk_818', ['prune_k', ['../structgmx_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#ad9729d2b798b91ed18b8502a8fba119b', 1, 'gmx::GpuTimers::Interaction']]],
│ │ │ │ │ ['prunetime_819', ['pruneTime', ['../structgmx__wallclock__gpu__nbnxn__t.xhtml#af892e5f3a38c3ea077d7c2fc9f3875aa', 1, 'gmx_wallclock_gpu_nbnxn_t']]],
│ │ │ │ │ ['pselstr_820', ['pselstr', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a9903897e32d34014698a94545ccb7c6b', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]],
│ │ │ │ │ ['psi_821', ['psi', ['../structt__bb.xhtml#a147862a6ed22146e070c8237288331e2', 1, 't_bb']]],
│ │ │ │ │ ['pswitch_822', ['PSwitch', ['../namespacegmx.xhtml#af59447472dd31d8f7c7c14843837b6d6ad4d20db2a8cc5234ee00e37cdf487c5b', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['ptcouplingarrays_823', ['PTCouplingArrays', ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['ptr_824', ['ptr', ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#af2cf7f1354c9bc399677ea2e609d4f7f', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::ptr()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#af542b6ae650440a71020651e1c7ac4ef', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::ptr() const'],
│ │ │ │ │ + ['ptr_824', ['ptr', ['../structgmx__sel__mempool__block__t.xhtml#add25c5d49d8ff2d9655b80cdbb9ffb84', 1, 'gmx_sel_mempool_block_t::ptr'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selvalue__t.xhtml#a12b279f9954e6c83e9e9957fcde06e81', 1, 'gmx_ana_selvalue_t::ptr'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx__sel__mempool__block__t.xhtml#add25c5d49d8ff2d9655b80cdbb9ffb84', 1, 'gmx_sel_mempool_block_t::ptr']
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#af542b6ae650440a71020651e1c7ac4ef', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::ptr() const'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#af2cf7f1354c9bc399677ea2e609d4f7f', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::ptr()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['ptype_825', ['ptype', ['../classSimulationParticle.xhtml#adfbadc49e08a3567f287bf57779863c0', 1, 'SimulationParticle']]],
│ │ │ │ │ ['public_20api_826', ['Public API', ['../group__group__publicapi.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['puid_827', ['puId', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#a61aefff6555da4373cb8b84122e196d4', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor']]],
│ │ │ │ │ ['puidincore_828', ['puIdInCore', ['../structgmx_1_1CpuInfo_1_1LogicalProcessor.xhtml#ac3478cc96129471d97e408f93aad07d9', 1, 'gmx::CpuInfo::LogicalProcessor']]],
│ │ │ │ │ ['pull_829', ['pull', ['../structgmx_1_1ImdOptions.xhtml#a23ce7753d3bfbdc5d7570f09e45371fd', 1, 'gmx::ImdOptions::pull'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81a718f59718640c6506b3721fbc8bf3a4d', 1, 'gmx::Pull']
│ │ │ │ │ @@ -1367,16 +1367,16 @@
│ │ │ │ │ ['pull_5fcoord_5fwork_5ft_838', ['pull_coord_work_t', ['../structpull__coord__work__t.xhtml#ad17022eb80139d753a6ad23b839320b1', 1, 'pull_coord_work_t::pull_coord_work_t()'],
│ │ │ │ │ ['../structpull__coord__work__t.xhtml', 1, 'pull_coord_work_t']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pull_5fcoordinate_5funits_839', ['pull_coordinate_units', ['../pull_8h.xhtml#a07b69ebef9690b06dd028041c31cf533', 1, 'pull.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pull_5fgroup_5fwork_5ft_840', ['pull_group_work_t', ['../structpull__group__work__t.xhtml', 1, 'pull_group_work_t'],
│ │ │ │ │ ['../structpull__group__work__t.xhtml#a5691fbeae1e947dad0ed28bd352cbf74', 1, 'pull_group_work_t::pull_group_work_t()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['pull_5fhave_5fconstraint_841', ['pull_have_constraint', ['../pull_8h.xhtml#a6aa45e79faa7a773a9d33ec602edb4f6', 1, 'pull_have_constraint(const pull_params_t &pullParameters): pull.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pull_8h.xhtml#a566ce120c039a41fd0bb770a8c3c6724', 1, 'pull_have_constraint(const pull_t &pull): pull.cpp']
│ │ │ │ │ + ['pull_5fhave_5fconstraint_841', ['pull_have_constraint', ['../pull_8h.xhtml#a566ce120c039a41fd0bb770a8c3c6724', 1, 'pull_have_constraint(const pull_t &pull): pull.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pull_8h.xhtml#a6aa45e79faa7a773a9d33ec602edb4f6', 1, 'pull_have_constraint(const pull_params_t &pullParameters): pull.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pull_5fhave_5fpotential_842', ['pull_have_potential', ['../pull_8h.xhtml#ae6af89f849fd30d51ca83d0a083f55c7', 1, 'pull.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pull_5finternal_2eh_843', ['pull_internal.h', ['../pull__internal_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pull_5fparams_2eh_844', ['pull_params.h', ['../pull__params_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pull_5fpotential_845', ['pull_potential', ['../pull_8h.xhtml#a8399fff13e16cff4521431248dd371ce', 1, 'pull.h']]],
│ │ │ │ │ ['pull_5fprint_5foutput_846', ['pull_print_output', ['../output_8h.xhtml#a03a31b1f513efb311037d8520ddb62d5', 1, 'output.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pull_5frotation_2ecpp_847', ['pull_rotation.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2pull__rotation_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -1387,47 +1387,47 @@
│ │ │ │ │ ['pullcheckpbcwithingroups_852', ['pullCheckPbcWithinGroups', ['../pull_8h.xhtml#a22765fba515ab711be631bbbe08310e7', 1, 'pull.h']]],
│ │ │ │ │ ['pullcoordexpressionparser_853', ['pullcoordexpressionparser', ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml#a69a4582d47f4dbbfdee1fff7be371bb0', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser::PullCoordExpressionParser()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pullcoordexpressionparser_2eh_854', ['pullcoordexpressionparser.h', ['../pullcoordexpressionparser_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pullcoordindex_5f_855', ['pullCoordIndex_', ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml#a2af1237e8b1f71f4130b923bd2ed1c7d', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem']]],
│ │ │ │ │ ['pulldimparams_856', ['pulldimparams', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a2bca3ab6e4db03bd35113c1f95f5df80', 1, 'gmx::DimParams::pullDimParams(double conversionFactor, double forceConstant, double beta)'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1DimParams_1_1PullDimParams.xhtml', 1, 'gmx::DimParams::PullDimParams'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#ae85515d4f2dbadb5f05849791cf7aa2c', 1, 'gmx::DimParams::pullDimParams() const']
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#ae85515d4f2dbadb5f05849791cf7aa2c', 1, 'gmx::DimParams::pullDimParams() const'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DimParams_1_1PullDimParams.xhtml', 1, 'gmx::DimParams::PullDimParams']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pullelement_857', ['pullelement', ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml', 1, 'gmx::PullElement'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#ad0a8fb319d8d31c9233ed736f4f5675e', 1, 'gmx::PullElement::PullElement()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pullelement_2ecpp_858', ['pullelement.cpp', ['../pullelement_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pullelement_2eh_859', ['pullelement.h', ['../pullelement_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pullgroupgeometry_860', ['PullGroupGeometry', ['../md__enums_8h.xhtml#a3c39678b5ca68fa66b7f12615f9c2d22', 1, 'md_enums.h']]],
│ │ │ │ │ ['pullhistory_861', ['pullHistory', ['../structObservablesHistory.xhtml#a97a66d7379fb71dfb6799ee15528f2a4', 1, 'ObservablesHistory']]],
│ │ │ │ │ ['pullhistory_2eh_862', ['pullhistory.h', ['../pullhistory_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pullingalgorithm_863', ['PullingAlgorithm', ['../md__enums_8h.xhtml#a07879277b22cbe7bbee52b15e64f79c8', 1, 'md_enums.h']]],
│ │ │ │ │ ['pullintegrationtest_864', ['PullIntegrationTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pull_8cpp_03_1_1PullIntegrationTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pull.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['pullwork_5f_865', ['pullWork_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a8c851007cc9b4141a269a726a13085b6', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]],
│ │ │ │ │ ['pupdate_866', ['pupdate', ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#a1c5c0b8aa5193ea0b329a649a9e166e7', 1, 'gmx_ana_selmethod_t']]],
│ │ │ │ │ ['push_5fback_867', ['push_back', ['../classgmx_1_1JClusterList.xhtml#a73cd527c1960d53acb002b4f9377c208', 1, 'gmx::JClusterList::push_back()'],
│ │ │ │ │ - ['../structInteractionList.xhtml#ae72c71da86f41f05a33e105413111bba', 1, 'InteractionList::push_back(const int parameterType, const int numAtoms, const int *atoms)'],
│ │ │ │ │ - ['../structInteractionList.xhtml#a60036e8ced4ebc16017ce166f24cf52c', 1, 'InteractionList::push_back(const int parameterType, const std::array< int, numAtoms > &atoms)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PackedJClusterList.xhtml#a67bc5a1bf441a59a7e644acbe3ea27d7', 1, 'gmx::PackedJClusterList::push_back()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a801f35d3ceb96261ca7e31abcfbf0a9e', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::push_back()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a801f35d3ceb96261ca7e31abcfbf0a9e', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::push_back()'],
│ │ │ │ │ + ['../structInteractionList.xhtml#a60036e8ced4ebc16017ce166f24cf52c', 1, 'InteractionList::push_back(const int parameterType, const std::array< int, numAtoms > &atoms)'],
│ │ │ │ │ + ['../structInteractionList.xhtml#ae72c71da86f41f05a33e105413111bba', 1, 'InteractionList::push_back(const int parameterType, const int numAtoms, const int *atoms)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pushback_868', ['pushBack', ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#ae18ce1449394739fcece544b581cb276', 1, 'gmx::ListOfLists']]],
│ │ │ │ │ ['pushbacklistofsize_869', ['pushBackListOfSize', ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#a5cc2f517914ce460fbbc72fe7abd4c72', 1, 'gmx::ListOfLists']]],
│ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5fbox_870', ['put_atoms_in_box', ['../pbc_8cpp.xhtml#a610564f01ba42ba37b644eec1bb8d3df', 1, 'pbc.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5fbox_5fomp_871', ['put_atoms_in_box_omp', ['../pbc_8cpp.xhtml#a40a33ad9c319d581155eba31d9d26b17', 1, 'pbc.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5fcompact_5funitcell_872', ['put_atoms_in_compact_unitcell', ['../pbc_8cpp.xhtml#a428ad6fc47d5d0b15c96ca4c1b6cb903', 1, 'pbc.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5ftriclinic_5funitcell_873', ['put_atoms_in_triclinic_unitcell', ['../pbc_8cpp.xhtml#a55aaad77afec7b9eaebb70b687754d03', 1, 'pbc.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['put_5fsymtab_874', ['put_symtab', ['../symtab_8h.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../symtab_8cpp.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['putatomoffsetinreceiverrankxbuf_5f_875', ['putAtomOffsetInReceiverRankXBuf_', ['../structgmx_1_1nvshmemHaloExchangeOps.xhtml#ab55f1a71499c31b9b38d26d1554d3af8', 1, 'gmx::nvshmemHaloExchangeOps']]],
│ │ │ │ │ ['putatomsinbox_876', ['putAtomsInBox', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a16e9acd28f4b4c994840404345c7e850', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['putatomsongrid_877', ['putAtomsOnGrid', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a39bd7ce6853702e6175a08b428ce7b09', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]],
│ │ │ │ │ - ['putongrid_878', ['putongrid', ['../classgmx_1_1GridSet.xhtml#a28aad20395e7581ee75db055f35bd52c', 1, 'gmx::GridSet::putOnGrid()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PairSearch.xhtml#a38babb5c6e50d88736b273098a3d0eb2', 1, 'gmx::PairSearch::putOnGrid()']
│ │ │ │ │ + ['putongrid_878', ['putongrid', ['../classgmx_1_1PairSearch.xhtml#a38babb5c6e50d88736b273098a3d0eb2', 1, 'gmx::PairSearch::putOnGrid()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GridSet.xhtml#a28aad20395e7581ee75db055f35bd52c', 1, 'gmx::GridSet::putOnGrid()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['putupdategroupatomsinsameperiodicimage_879', ['putUpdateGroupAtomsInSamePeriodicImage', ['../domdec_8h.xhtml#aec7dc3c12bedaa5db84bfcd1f4d5a3ae', 1, 'domdec.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pvc_5fxl_5fa0_880', ['PVC_XL_A0', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662a038a1f9bb8abed236b40371bb4927cdb', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['pvc_5fxl_5fa0p_881', ['PVC_XL_A0P', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662a2b709d62dd12a97fd15b381c2baf3a71', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]]
│ │ │ │ │ ];
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_14.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -14,29 +14,29 @@
│ │ │ │ │ ['qminput_5f_8', ['qmInput_', ['../structgmx_1_1QMMMParameters.xhtml#a7674a3c259e4898d8aa6318e84bc6e30', 1, 'gmx::QMMMParameters']]],
│ │ │ │ │ ['qminputfilename_9', ['QMInputFileName', ['../structgmx_1_1QMInputFileName.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['qminputfilename_5f_10', ['qmInputFileName_', ['../structgmx_1_1QMInputFileName.xhtml#a9ac3efe1c20d50610639261468b53431', 1, 'gmx::QMInputFileName']]],
│ │ │ │ │ ['qmmethod_5f_11', ['qmMethod_', ['../structgmx_1_1QMMMParameters.xhtml#a7fda0bb8e38552a5c15354eadf9c23ac', 1, 'gmx::QMMMParameters']]],
│ │ │ │ │ ['qmmm_12', ['qmmm', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMM.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMM'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMM.xhtml#ac2fa5d36187e29b84a608477b6f2777c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMM::QMMM()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['qmmm_2ecpp_13', ['qmmm.cpp', ['../tests_2qmmm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../qmmm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['qmmm_2ecpp_13', ['qmmm.cpp', ['../qmmm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2qmmm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['qmmm_2eh_14', ['qmmm.h', ['../qmmm_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_15', ['QMMMForceProvider', ['../classgmx_1_1QMMMForceProvider.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['qmmmforceprovider_2ecpp_16', ['qmmmforceprovider.cpp', ['../qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['qmmmforceprovider_2ecpp_16', ['qmmmforceprovider.cpp', ['../tests_2qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_2eh_17', ['qmmmforceprovider.h', ['../qmmmforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_5fstub_2ecpp_18', ['qmmmforceprovider_stub.cpp', ['../qmmmforceprovider__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['qmmminputgenerator_19', ['qmmminputgenerator', ['../classgmx_1_1QMMMInputGenerator.xhtml#aa0847e6ee608ea7444b36c9db6e0bdd6', 1, 'gmx::QMMMInputGenerator::QMMMInputGenerator()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMInputGenerator.xhtml', 1, 'gmx::QMMMInputGenerator']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['qmmminputgenerator_2ecpp_20', ['qmmminputgenerator.cpp', ['../qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['qmmminputgenerator_2ecpp_20', ['qmmminputgenerator.cpp', ['../tests_2qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['qmmminputgenerator_2eh_21', ['qmmminputgenerator.h', ['../qmmminputgenerator_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['qmmmmdptransformfromstring_22', ['QMMMMdpTransformFromString', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02qmmmoptions_8cpp_03.xhtml#a704afcf71de3ae29cf3c3a260c8e8e0c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmmoptions.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['qmmmmoduleinfo_23', ['QMMMModuleInfo', ['../structgmx_1_1QMMMModuleInfo.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['qmmmoptions_24', ['QMMMOptions', ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['qmmmoptions_2ecpp_25', ['qmmmoptions.cpp', ['../tests_2qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ @@ -48,16 +48,16 @@
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['qmmmqmmethod_29', ['QMMMQMMethod', ['../namespacegmx.xhtml#ae35b2c8b377f35030a2b9dfb697e2ea3', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['qmmmsimulationparametersetup_30', ['QMMMSimulationParameterSetup', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMMSimulationParameterSetup.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['qmmmtopologyinfo_31', ['QMMMTopologyInfo', ['../structgmx_1_1QMMMTopologyInfo.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['qmmmtopologypreprocessor_32', ['qmmmtopologypreprocessor', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#a9cbf3dfe9cc1e591acdb6bf5723d54a8', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor::QMMMTopologyPreprocessor()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['qmmmtopologypreprocessor_2ecpp_33', ['qmmmtopologypreprocessor.cpp', ['../tests_2qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['qmmmtopologypreprocessor_2ecpp_33', ['qmmmtopologypreprocessor.cpp', ['../qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['qmmmtopologypreprocessor_2eh_34', ['qmmmtopologypreprocessor.h', ['../qmmmtopologypreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['qmmmtypes_2eh_35', ['qmmmtypes.h', ['../qmmmtypes_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['qmmultiplicity_5f_36', ['qmMultiplicity_', ['../structgmx_1_1QMMMParameters.xhtml#a7a6462874d94f1796438498baf316205', 1, 'gmx::QMMMParameters']]],
│ │ │ │ │ ['qmpdb_5f_37', ['qmPdb_', ['../structgmx_1_1QMMMParameters.xhtml#aa744e90d045c43378c79f232ad5569df', 1, 'gmx::QMMMParameters']]],
│ │ │ │ │ ['qmtrans_38', ['qmTrans', ['../classgmx_1_1QMMMInputGenerator.xhtml#afe2a5eef7dcb5e0bb01b2cf091fb54b7', 1, 'gmx::QMMMInputGenerator']]],
│ │ │ │ │ ['qmtrans_5f_39', ['qmTrans_', ['../structgmx_1_1QMMMParameters.xhtml#a8e2f8f012ba8f6d14a7acc0a6e7fa12a', 1, 'gmx::QMMMParameters']]],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_15.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -86,20 +86,20 @@
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a95f083fe552f034c73ef2ad874502bbb', 1, 'gmx::NBParamGpu::rcoulomb_sq']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['rcp_50', ['rcp', ['../group__module__simd.xhtml#ga4c2c3eae5c42d898373ec6e90dd99064', 1, 'gmx::rcp(SimdDouble x)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga48cb29271cf7ac44a06cfe20e5c29dc2', 1, 'gmx::rcp(SimdFloat x)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['rcut_5fcoulomb_51', ['rcut_coulomb', ['../structpme__setup__t.xhtml#a10b26bc4762a645db835d9e55df7324c', 1, 'pme_setup_t']]],
│ │ │ │ │ ['rdf_52', ['Rdf', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02rdf_8cpp_03_1_1Rdf.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['rdf_2ecpp_53', ['rdf.cpp', ['../tests_2rdf_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../modules_2rdf_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['rdf_2ecpp_53', ['rdf.cpp', ['../modules_2rdf_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2rdf_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['rdf_2eh_54', ['rdf.h', ['../rdf_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['rdfmoduledata_55', ['rdfmoduledata', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02rdf_8cpp_03_1_1RdfModuleData.xhtml#a1aaa209e9ec17919e6ed89cd2ba508d6', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::RdfModuleData::RdfModuleData()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02rdf_8cpp_03_1_1RdfModuleData.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::RdfModuleData']
│ │ │ │ │ + ['rdfmoduledata_55', ['rdfmoduledata', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02rdf_8cpp_03_1_1RdfModuleData.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::RdfModuleData'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02rdf_8cpp_03_1_1RdfModuleData.xhtml#a1aaa209e9ec17919e6ed89cd2ba508d6', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::RdfModuleData::RdfModuleData()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['rdfmoduletest_56', ['RdfModuleTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02rdf_8cpp_03.xhtml#a985b877a009ae52e74963658758768f4', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{rdf.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['reactionfieldexclusioncorrection_57', ['reactionFieldExclusionCorrection', ['../namespacegmx.xhtml#a43575bc1288fed7c33e5ff7cb9e93f1d', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['read_5fatype_58', ['read_atype', ['../resall_8h.xhtml#af588ee5713ff8f37bcf2357f531f7b09', 1, 'resall.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['read_5fedi_59', ['read_edi', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#a2cbcc925e9a35783deee0b265aa47833', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['read_5fedi_5ffile_60', ['read_edi_file', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#a555d9bb4317e61e30b190cef73648f46', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['read_5fedvec_61', ['read_edvec', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#a07611fa77decbecebabdff242b923c51', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]],
│ │ │ │ │ @@ -107,18 +107,18 @@
│ │ │ │ │ ['read_5fpull_5fxf_63', ['read_pull_xf', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a3b6881c8a81744c8faa70b8a461a5cd1', 1, 'gmx_wham.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['read_5ftpr_5fheader_64', ['read_tpr_header', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a7722683aae4a7fbeca3de229f7efedab', 1, 'gmx_wham.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['read_5ftpr_5fpullxf_5ffiles_65', ['read_tpr_pullxf_files', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a9adfb4b234ea6645e67a85f6b1503fc5', 1, 'gmx_wham.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['read_5fwham_5fin_66', ['read_wham_in', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a2b227e67bccc413b5352a9011f9dd2ce', 1, 'gmx_wham.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['readall_67', ['readAll', ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a0fe2f628d9f57041bd5c14a712e5c0b1', 1, 'gmx::TextReader']]],
│ │ │ │ │ ['readatomicstructurefactors_68', ['readAtomicStructureFactors', ['../namespacegmx.xhtml#a2a8d393afe70146222257f8bb955b627', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['readcharbufferfromfile_69', ['readCharBufferFromFile', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcdensitymap_8cpp_03.xhtml#a251ae26a44272d5cd9fcf0f78898d0aa', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcdensitymap.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['readcheckpoint_70', ['readcheckpoint', ['../classgmx_1_1NoseHooverTemperatureCoupling.xhtml#ad15e911e803e015e6473f7c1eb7f281c', 1, 'gmx::NoseHooverTemperatureCoupling::readCheckpoint()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BerendsenTemperatureCoupling.xhtml#aa01f54a2056e9aa0a6fa87d52c4d027f', 1, 'gmx::BerendsenTemperatureCoupling::readCheckpoint()'],
│ │ │ │ │ + ['readcheckpoint_70', ['readcheckpoint', ['../classgmx_1_1ITemperatureCouplingImpl.xhtml#a94f280e3751b37b4b109a5ff63054b74', 1, 'gmx::ITemperatureCouplingImpl::readCheckpoint()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1VRescaleTemperatureCoupling.xhtml#a90f8b87a5b2b0416bab500aebe63a996', 1, 'gmx::VRescaleTemperatureCoupling::readCheckpoint()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ITemperatureCouplingImpl.xhtml#a94f280e3751b37b4b109a5ff63054b74', 1, 'gmx::ITemperatureCouplingImpl::readCheckpoint()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BerendsenTemperatureCoupling.xhtml#aa01f54a2056e9aa0a6fa87d52c4d027f', 1, 'gmx::BerendsenTemperatureCoupling::readCheckpoint()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NoseHooverTemperatureCoupling.xhtml#ad15e911e803e015e6473f7c1eb7f281c', 1, 'gmx::NoseHooverTemperatureCoupling::readCheckpoint()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['readcheckpointdata_71', ['ReadCheckpointData', ['../namespacegmx.xhtml#abd9cf155c3e31c8c699051ad1dea3d3b', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['readcheckpointdataholder_72', ['ReadCheckpointDataHolder', ['../classgmx_1_1ReadCheckpointDataHolder.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['readcheckpointtotrxframe_73', ['readcheckpointtotrxframe', ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData.xhtml#a7dd83b0ad9158a757e111837bc404731', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::readCheckpointToTrxFrame()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ModularSimulator.xhtml#a14f99d57fa6ff26d83990460b8e0e097', 1, 'gmx::ModularSimulator::readCheckpointToTrxFrame()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#a333328298283d95aa84be76408da4a7f', 1, 'gmx::StatePropagatorData::readCheckpointToTrxFrame()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ @@ -129,16 +129,16 @@
│ │ │ │ │ ['readentry_78', ['readEntry', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__xml_8cpp_03.xhtml#aff99e1e654b284a758c0a54737bb2171', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_xml.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['readfiletostring_79', ['readfiletostring', ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a335a497245704967c1431f364ea0ca00', 1, 'gmx::TextReader::readFileToString(const std::string &filename)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#ab60a4095bedb4918dda1e2071bf36454', 1, 'gmx::TextReader::readFileToString(const std::filesystem::path &filename)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['readfloat_80', ['readFloat', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a0d317c9ca0387d6e6a7bbab7eab5533f', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]],
│ │ │ │ │ ['readgridsize_81', ['readGridSize', ['../pme__gather__sycl_8cpp.xhtml#afe2d46ad54be09003ac706146d2c82c1', 1, 'pme_gather_sycl.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['readindexfromserializer_82', ['readIndexFromSerializer', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aea28757b483109810d993d9d1684ad10', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ - ['reading_83', ['reading', ['../classgmx_1_1ISerializer.xhtml#aa5f04de61828ef7af2c1585e3e91a277', 1, 'gmx::ISerializer::reading()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a7eca6d67ea8bea5006e111762492ca16', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer::reading()']
│ │ │ │ │ + ['reading_83', ['reading', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a7eca6d67ea8bea5006e111762492ca16', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer::reading()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ISerializer.xhtml#aa5f04de61828ef7af2c1585e3e91a277', 1, 'gmx::ISerializer::reading()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['readinp_2ecpp_84', ['readinp.cpp', ['../tests_2readinp_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['readint32_85', ['readInt32', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#afee39969b1f4ed1ce509bbd6bd8e9bd9', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]],
│ │ │ │ │ ['readint64_86', ['readInt64', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a596176a0591133ef4331185c29cdf9c9', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]],
│ │ │ │ │ ['readinteger_87', ['readInteger', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a0202a4ac0d2c52d64122f2f9165341fe', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]],
│ │ │ │ │ ['readintegratedautocorrelationtimes_88', ['readIntegratedAutocorrelationTimes', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a8ddf5450efbad4686970059912aa32d7', 1, 'gmx_wham.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['readinternalparametersfromkvt_89', ['readinternalparametersfromkvt', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a70d2e05f69165b9126d74813f98f23fd', 1, 'gmx::ColvarsOptions::readInternalParametersFromKvt()'],
│ │ │ │ │ @@ -146,36 +146,36 @@
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml#a7001a33f3f283c4912a3ab3cfdd5b0f9', 1, 'gmx::QMMMOptions::readInternalParametersFromKvt()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['readir_2ecpp_90', ['readir.cpp', ['../tests_2readir_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['readkvtcheckpointvalue_91', ['readkvtcheckpointvalue', ['../namespacegmx.xhtml#a05084482777d678a18da8a32b7410fba', 1, 'gmx::readKvtCheckpointValue(compat::not_null< real * > value, const std::string &name, const std::string &identifier, const KeyValueTreeObject &kvt)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#acf49b322c7346edb9b5d2e5cbbff100c', 1, 'gmx::readKvtCheckpointValue(compat::not_null< std::int64_t * > value, const std::string &name, const std::string &identifier, const KeyValueTreeObject &kvt)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a868475d2fdb19a816c1170bd8a7e923f', 1, 'gmx::readKvtCheckpointValue(compat::not_null< ValueType * > value, const std::string &name, const std::string &identifier, const KeyValueTreeObject &kvt)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['readline_92', ['readline', ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml#a22384d24f47f270203e74d1b8f765234', 1, 'gmx::TextInputFile::readLine()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StandardInputStream.xhtml#a1c31a636987618552b18e9ec72c77400', 1, 'gmx::StandardInputStream::readLine()'],
│ │ │ │ │ + ['readline_92', ['readline', ['../classgmx_1_1StandardInputStream.xhtml#a1c31a636987618552b18e9ec72c77400', 1, 'gmx::StandardInputStream::readLine()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml#a22384d24f47f270203e74d1b8f765234', 1, 'gmx::TextInputFile::readLine()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StringInputStream.xhtml#a5312438a2d0d1ff527c027a4d7b5181d', 1, 'gmx::StringInputStream::readLine()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a8a4578260ea39592894870109d92e723', 1, 'gmx::TextReader::readLine()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextInputStream.xhtml#addd5947a5b6f6065db02467d8f3c5137', 1, 'gmx::TextInputStream::readLine()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['readlineimpl_93', ['readLineImpl', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02filestream_8cpp_03.xhtml#a790ebb9ff1c047f07a40d8e253abc7e5', 1, 'gmx::anonymous_namespace{filestream.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['readnextframe_94', ['readnextframe', ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyFrameReader.xhtml#a518629ed972ceaf34296efab0fa3876e', 1, 'gmx::test::EnergyFrameReader::readNextFrame()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameReader.xhtml#a63117177e0d578d9a15c12db7bb9f680', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameReader::readNextFrame()'],
│ │ │ │ │ + ['readnextframe_94', ['readnextframe', ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameReader.xhtml#a63117177e0d578d9a15c12db7bb9f680', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameReader::readNextFrame()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyFrameReader.xhtml#a518629ed972ceaf34296efab0fa3876e', 1, 'gmx::test::EnergyFrameReader::readNextFrame()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml#a42ea08dac69a6d50fa38b84ec3ce513e', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon::readNextFrame()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['readpullcoordselection_95', ['readPullCoordSelection', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#aa2af34b5c91653320b8332bbf308d772', 1, 'gmx_wham.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['readreferencedatafile_96', ['readReferenceDataFile', ['../group__module__testutils.xhtml#gaca906b8c921bc54965ffa4750d6bfbc9', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['readreferencedensityfromfile_97', ['readReferenceDensityFromFile', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#ad4e222142529fd47f5bef11ea129fc7f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup']]],
│ │ │ │ │ ['readresiduedatabase_98', ['readResidueDatabase', ['../resall_8h.xhtml#a50a12a882cf1a437fca36c47ce6d23d1', 1, 'resall.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['readstate_99', ['readstate', ['../structgmx_1_1ColvarsForceProviderState.xhtml#a14e15e0a9533b3a6d71508a927f0e5bd', 1, 'gmx::ColvarsForceProviderState::readState()'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1DensityFittingForceProviderState.xhtml#a2911de3619c7d463438ddd52813ffde5', 1, 'gmx::DensityFittingForceProviderState::readState()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['readstring_100', ['readString', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a38fcda0cfed63c609eeffe629101ce42', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]],
│ │ │ │ │ ['readstringtableentry_101', ['readstringtableentry', ['../classStringTableEntry.xhtml#a14c793043038dfc8081c875bcce99bb4', 1, 'StringTableEntry::readStringTableEntry'],
│ │ │ │ │ - ['../symtab_8h.xhtml#a14c793043038dfc8081c875bcce99bb4', 1, 'readStringTableEntry(gmx::ISerializer *serializer, const StringTable &table): symtab.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../symtab_8cpp.xhtml#a14c793043038dfc8081c875bcce99bb4', 1, 'readStringTableEntry(gmx::ISerializer *serializer, const StringTable &table): symtab.cpp']
│ │ │ │ │ + ['../symtab_8cpp.xhtml#a14c793043038dfc8081c875bcce99bb4', 1, 'readStringTableEntry(gmx::ISerializer *serializer, const StringTable &table): symtab.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../symtab_8h.xhtml#a14c793043038dfc8081c875bcce99bb4', 1, 'readStringTableEntry(gmx::ISerializer *serializer, const StringTable &table): symtab.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['readtprinput_102', ['readTprInput', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ad13e4bee2ef08b08bb7cbe99b5046f64', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['readuchar_103', ['readUChar', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a74807c9db3ebc891f38a20494d2223eb', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]],
│ │ │ │ │ ['readuserpmfandtargetdistribution_104', ['readUserPmfAndTargetDistribution', ['../namespacegmx.xhtml#a4cf14b3e4d45a42254ed8d42c1d7685c', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['readvmdforces_105', ['readVmdForces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a8727e2dcdf140c43313d7bc1d35a24df', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['readwriteflags_106', ['readWriteFlags', ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#ae5dac2a5fb815fb82f3671a4276ff127', 1, 'gmx::FileNameOption']]],
│ │ │ │ │ ['readxvgdatainternal_107', ['readXvgDataInternal', ['../namespaceanonymous__namespace_02xvgr_8cpp_03.xhtml#a7eaa192880e876ce77c90f5d9621ed49', 1, 'anonymous_namespace{xvgr.cpp}']]],
│ │ │ │ │ @@ -222,47 +222,47 @@
│ │ │ │ │ ['recorded_139', ['Recorded', ['../namespacegmx.xhtml#a936952a1a6d4f2d24c06259e1b03647ba5b6352d4af330defb41d0bba3929b885', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['recording_140', ['Recording', ['../namespacegmx.xhtml#a936952a1a6d4f2d24c06259e1b03647bac5564d2e8b8e0ae08bf4363f2b947166', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['recordtostring_141', ['recordToString', ['../namespacegmx.xhtml#a0958e8470ac61787d0329f347479255b', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['recvffrompme_142', ['recvFFromPme', ['../pme__pp_8cpp.xhtml#a049575e0b3d700a685b6cd141b140990', 1, 'pme_pp.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['redirector_5f_143', ['redirector_', ['../classgmx_1_1FileNameOptionManager_1_1Impl.xhtml#afc06e7b47940374cf61927782ad79efc', 1, 'gmx::FileNameOptionManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['redirectstringtostdin_144', ['redirectStringToStdin', ['../classgmx_1_1test_1_1StdioTestHelper.xhtml#a584c8b801f18cd4fdc924d54d7b347fb', 1, 'gmx::test::StdioTestHelper']]],
│ │ │ │ │ ['redistribute_2eh_145', ['redistribute.h', ['../redistribute_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['reduce_146', ['reduce', ['../group__module__simd.xhtml#ga55d2bf9090a7a9aed6e4b1f6391ef844', 1, 'gmx::reduce(SimdFloat a)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa4a37558328ab029203170ad4c6c4d01', 1, 'gmx::reduce(float a)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a157983d90620412d404e8a77d1ddbd0f', 1, 'gmx::reduce(double a)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga62d67c8b5c817dab3ee4acdd5779c14b', 1, 'gmx::reduce(SimdDouble a)'],
│ │ │ │ │ + ['reduce_146', ['reduce', ['../group__module__simd.xhtml#ga5ee526de5755cc7bb8d7c46c532483e4', 1, 'gmx::reduce(Simd4Double a)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga072c4a40acda5dbbd28687df84331335', 1, 'gmx::reduce(Simd4Float a)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga5ee526de5755cc7bb8d7c46c532483e4', 1, 'gmx::reduce(Simd4Double a)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga62d67c8b5c817dab3ee4acdd5779c14b', 1, 'gmx::reduce(SimdDouble a)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga55d2bf9090a7a9aed6e4b1f6391ef844', 1, 'gmx::reduce(SimdFloat a)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml#a7774c66a2b407ff1cce0e6bea9ec5ca3', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer::reduce(gmx::ForceWithShiftForces *forceWithShiftForces, real *ener, gmx_grppairener_t *grpp, gmx::ArrayRef< real > dvdl, const gmx::StepWorkload &stepWork, int reductionBeginIndex)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml#a55aa2bcd64727def69370209a8e4d1bc', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer::reduce(gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, real *ener, gmx_grppairener_t *grpp, gmx::ArrayRef< real > dvdl, const gmx::StepWorkload &stepWork, int reductionBeginIndex)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml#a7774c66a2b407ff1cce0e6bea9ec5ca3', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer::reduce(gmx::ForceWithShiftForces *forceWithShiftForces, real *ener, gmx_grppairener_t *grpp, gmx::ArrayRef< real > dvdl, const gmx::StepWorkload &stepWork, int reductionBeginIndex)']
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa4a37558328ab029203170ad4c6c4d01', 1, 'gmx::reduce(float a)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a157983d90620412d404e8a77d1ddbd0f', 1, 'gmx::reduce(double a)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['reduce_5fenergies_5fover_5flists_147', ['reduce_energies_over_lists', ['../namespacegmx.xhtml#a9a6140c185acf41158fecb86654d099e', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['reduceatomforces_148', ['reduceAtomForces', ['../pme__gather__sycl_8cpp.xhtml#a80583d62a57d33aa6273af17077c6824', 1, 'pme_gather_sycl.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['reduceenergiesanddvdl_149', ['reduceEnergiesAndDvdl', ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml#a1cea1fc1587955e216487f105ff730b5', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer']]],
│ │ │ │ │ ['reduceenergywarpshuffle_150', ['reduceEnergyWarpShuffle', ['../namespacegmx.xhtml#a3da842b9a19f6597f9362c5ce45cb234', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['reduceforcei_151', ['reduceForceI', ['../namespacegmx.xhtml#a5aa31b7d8b3fbf5596365f7c52d9f75a', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['reduceforceiandfshift_152', ['reduceForceIAndFShift', ['../namespacegmx.xhtml#a43a4233e627ec67a4f7082a15294ca27', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['reduceforceiandfshiftgeneric_153', ['reduceForceIAndFShiftGeneric', ['../namespacegmx.xhtml#a5f7ff281f1f88cb014ba42e0200e6aa0', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['reduceforceiandfshiftshuffles_154', ['reduceforceiandfshiftshuffles', ['../namespacegmx.xhtml#a84a0ae80b5a2eb8ce9b33980e39fac7c', 1, 'gmx::reduceForceIAndFShiftShuffles(const FCiBufferWrapperX &fCiBufX, const FCiBufferWrapperY &fCiBufY, const FCiBufferWrapperZ &fCiBufZ, const bool calcFShift, const sycl::nd_item< 3 > itemIdx, const int tidxi, const int tidxj, const int sci, const int shift, sycl::global_ptr< Float3 > a_f, sycl::global_ptr< Float3 > a_fShift)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ae004a6bfac4b3016d2d63efdcd369ada', 1, 'gmx::reduceForceIAndFShiftShuffles(const FCiBufferWrapperX &fCiBufX, const FCiBufferWrapperY &fCiBufY, const FCiBufferWrapperZ &fCiBufZ, const bool calcFShift, const sycl::nd_item< 3 > itemIdx, const int tidxi, const int tidxj, const int sci, const int shift, sycl::global_ptr< Float3 > a_f, sycl::global_ptr< Float3 > a_fShift)']
│ │ │ │ │ + ['reduceforceiandfshiftshuffles_154', ['reduceforceiandfshiftshuffles', ['../namespacegmx.xhtml#ae004a6bfac4b3016d2d63efdcd369ada', 1, 'gmx::reduceForceIAndFShiftShuffles(const FCiBufferWrapperX &fCiBufX, const FCiBufferWrapperY &fCiBufY, const FCiBufferWrapperZ &fCiBufZ, const bool calcFShift, const sycl::nd_item< 3 > itemIdx, const int tidxi, const int tidxj, const int sci, const int shift, sycl::global_ptr< Float3 > a_f, sycl::global_ptr< Float3 > a_fShift)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a84a0ae80b5a2eb8ce9b33980e39fac7c', 1, 'gmx::reduceForceIAndFShiftShuffles(const FCiBufferWrapperX &fCiBufX, const FCiBufferWrapperY &fCiBufY, const FCiBufferWrapperZ &fCiBufZ, const bool calcFShift, const sycl::nd_item< 3 > itemIdx, const int tidxi, const int tidxj, const int sci, const int shift, sycl::global_ptr< Float3 > a_f, sycl::global_ptr< Float3 > a_fShift)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['reduceforceiatomics_155', ['reduceForceIAtomics', ['../namespacegmx.xhtml#adecb745c2b9c00ff98640f0cab7a017b', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['reduceforceiwarpshuffle_156', ['reduceForceIWarpShuffle', ['../namespacegmx.xhtml#a3bf0a5068f8c95dfe6701fd66f0c6e71', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['reduceforcej_157', ['reduceForceJ', ['../namespacegmx.xhtml#ad661682aa4975e4888dc037f2963fab5', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['reduceforcejgeneric_158', ['reduceForceJGeneric', ['../namespacegmx.xhtml#a6448eb750730229632f6cfe1dd4cd4e1', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['reduceforcejshuffle_159', ['reduceForceJShuffle', ['../namespacegmx.xhtml#af26266e3ad400b52f213be8b993e7ced', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['reduceforcejwarpshuffle_160', ['reduceForceJWarpShuffle', ['../namespacegmx.xhtml#ac7a5b296bd2e314b872e37868c007003', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['reduceforces_161', ['reduceForces', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#aee84d207b97ac795edfccf0871e19305', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]],
│ │ │ │ │ - ['reduceienergies_162', ['reduceienergies', ['../classgmx_1_1EnergyAccumulator_3_01true_00_01true_01_4.xhtml#a068bf92ff03d87a3b2e909a5403501d0', 1, 'gmx::EnergyAccumulator< true, true >::reduceIEnergies()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyAccumulator_3_01useEnergyGroups_00_01false_01_4.xhtml#ade381b40b36f517bf73c8ee51cc624bf', 1, 'gmx::EnergyAccumulator< useEnergyGroups, false >::reduceIEnergies()']
│ │ │ │ │ + ['reduceienergies_162', ['reduceienergies', ['../classgmx_1_1EnergyAccumulator_3_01useEnergyGroups_00_01false_01_4.xhtml#ade381b40b36f517bf73c8ee51cc624bf', 1, 'gmx::EnergyAccumulator< useEnergyGroups, false >::reduceIEnergies()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyAccumulator_3_01true_00_01true_01_4.xhtml#a068bf92ff03d87a3b2e909a5403501d0', 1, 'gmx::EnergyAccumulator< true, true >::reduceIEnergies()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['reduceincr4returnsum_163', ['reduceincr4returnsum', ['../namespacegmx.xhtml#afdd8c33571b1296598b509d30d254bac', 1, 'gmx::reduceIncr4ReturnSum(double *m, double v0, double v1, double v2, double v3)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a6eac2eb3581affdefb5b3e79e000cf84', 1, 'gmx::reduceIncr4ReturnSum(float *m, float v0, float v1, float v2, float v3)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga1e64aefa14afa2f473c4db52e82d4a99', 1, 'gmx::reduceIncr4ReturnSum(float *m, SimdFloat v0, SimdFloat v1, SimdFloat v2, SimdFloat v3)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gace1c53e05ba045977e06eb98778c0123', 1, 'gmx::reduceIncr4ReturnSum(double *m, SimdDouble v0, SimdDouble v1, SimdDouble v2, SimdDouble v3)']
│ │ │ │ │ + ['reduceincr4returnsum_163', ['reduceincr4returnsum', ['../namespacegmx.xhtml#a6eac2eb3581affdefb5b3e79e000cf84', 1, 'gmx::reduceIncr4ReturnSum(float *m, float v0, float v1, float v2, float v3)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#afdd8c33571b1296598b509d30d254bac', 1, 'gmx::reduceIncr4ReturnSum(double *m, double v0, double v1, double v2, double v3)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gace1c53e05ba045977e06eb98778c0123', 1, 'gmx::reduceIncr4ReturnSum(double *m, SimdDouble v0, SimdDouble v1, SimdDouble v2, SimdDouble v3)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga1e64aefa14afa2f473c4db52e82d4a99', 1, 'gmx::reduceIncr4ReturnSum(float *m, SimdFloat v0, SimdFloat v1, SimdFloat v2, SimdFloat v3)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['reduceincr4returnsumhsimd_164', ['reduceincr4returnsumhsimd', ['../group__module__simd.xhtml#ga774b79fe30e71192635a3081e369023e', 1, 'gmx::reduceIncr4ReturnSumHsimd(double *m, SimdDouble v0, SimdDouble v1)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gab658dd5cd12d3a06f13bc4b36de8ef97', 1, 'gmx::reduceIncr4ReturnSumHsimd(float *m, SimdFloat v0, SimdFloat v1)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['reducekernel_165', ['reducekernel', ['../namespacegmx.xhtml#a68e274579d6490c94db5b13bb60c4518', 1, 'gmx::reduceKernel()'],
│ │ │ │ │ ['../classReduceKernel.xhtml', 1, 'ReduceKernel< addRvecForce, accumulateForce >']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ @@ -276,41 +276,41 @@
│ │ │ │ │ ['../classExclusionChecker_1_1Impl.xhtml#a27dd7618429f77db9a682af7ace14ec9', 1, 'ExclusionChecker::Impl::reductionBuffer_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['reductioncomplete_171', ['reductionComplete', ['../classgmx_1_1ObservablesReducer.xhtml#ac028339342fa5dcd15d5543ab6860769', 1, 'gmx::ObservablesReducer']]],
│ │ │ │ │ ['reductionmask_172', ['reductionMask', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a996f8dc56f44ecd0cf0914f76cf2b228', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]],
│ │ │ │ │ ['reductionrequirement_173', ['ReductionRequirement', ['../namespacegmx.xhtml#a25c6f46e04e2414063d903e5d3133186', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['ref_174', ['ref', ['../structgmx__slabdata.xhtml#a38412c998c5ba1354af37003486baf1e', 1, 'gmx_slabdata']]],
│ │ │ │ │ ['refcoordscaling_175', ['RefCoordScaling', ['../md__enums_8h.xhtml#a2bfefe0d553ac6f45e03b95b1074958d', 1, 'md_enums.h']]],
│ │ │ │ │ - ['refcount_176', ['refcount', ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#a3b4ef518ccc2a2d73f4b6ec7c51ac4c8', 1, 'gmx_ana_poscalc_t::refcount'],
│ │ │ │ │ - ['../structt__compiler__data.xhtml#ae196d83e6698a395c6b7d8209b1fbb28', 1, 't_compiler_data::refcount']
│ │ │ │ │ + ['refcount_176', ['refcount', ['../structt__compiler__data.xhtml#ae196d83e6698a395c6b7d8209b1fbb28', 1, 't_compiler_data::refcount'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#a3b4ef518ccc2a2d73f4b6ec7c51ac4c8', 1, 'gmx_ana_poscalc_t::refcount']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['refcountarray_5f_177', ['refCountArray_', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistanceModuleData.xhtml#afd87b9fa31f0f2cc2b751ec8bb6c5d87', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}::PairDistanceModuleData']]],
│ │ │ │ │ ['refdata_2ecpp_178', ['refdata.cpp', ['../refdata_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['refdata_2eh_179', ['refdata.h', ['../refdata_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['refdata_5f_180', ['refdata_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a31287f524234f4192ef1a8976135fc4d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::refData_'],
│ │ │ │ │ + ['refdata_5f_180', ['refdata_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02settle_8cpp_03_1_1SettleTest.xhtml#a74352cd3644497403614fff68f1ef29a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{settle.cpp}::SettleTest::refData_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a31287f524234f4192ef1a8976135fc4d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::refData_'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTest.xhtml#a2fd2ad32770d7c25573eabcea6aa85d9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTest::refData_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02leapfrog_8cpp_03_1_1LeapFrogTest.xhtml#ac4bfd433653eaf1598f15cd7769a38ca', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTest::refData_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02settle_8cpp_03_1_1SettleTest.xhtml#a74352cd3644497403614fff68f1ef29a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{settle.cpp}::SettleTest::refData_']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02leapfrog_8cpp_03_1_1LeapFrogTest.xhtml#ac4bfd433653eaf1598f15cd7769a38ca', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTest::refData_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['refdata_5fcheckers_2eh_181', ['refdata_checkers.h', ['../refdata__checkers_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['refdata_5fimpl_2eh_182', ['refdata_impl.h', ['../refdata__impl_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['refdata_5ftests_2ecpp_183', ['refdata_tests.cpp', ['../refdata__tests_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['refdata_5fxml_2ecpp_184', ['refdata_xml.cpp', ['../refdata__xml_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['refdata_5fxml_2eh_185', ['refdata_xml.h', ['../refdata__xml_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['refdatafilenamemaker_186', ['refdatafilenamemaker', ['../classgmx_1_1test_1_1RefDataFilenameMaker.xhtml#ad35dcf4dd812c4bc65e0bc6c8f662c75', 1, 'gmx::test::RefDataFilenameMaker::RefDataFilenameMaker()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1RefDataFilenameMaker.xhtml', 1, 'gmx::test::RefDataFilenameMaker< ParametersTuple >']
│ │ │ │ │ + ['refdatafilenamemaker_186', ['refdatafilenamemaker', ['../classgmx_1_1test_1_1RefDataFilenameMaker.xhtml', 1, 'gmx::test::RefDataFilenameMaker< ParametersTuple >'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1RefDataFilenameMaker.xhtml#ad35dcf4dd812c4bc65e0bc6c8f662c75', 1, 'gmx::test::RefDataFilenameMaker::RefDataFilenameMaker()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['reference_187', ['reference', ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#aaa7f6ef205b5793ab33635f887e9f0bb', 1, 'gmx::ArrayRef::reference'],
│ │ │ │ │ + ['reference_187', ['reference', ['../namespacegmx.xhtml#aa9e7df55e017bd726d027d65551bbd0ca63d5049791d9d79d86e9a108b0a999ca', 1, 'gmx::Reference'],
│ │ │ │ │ ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#ae261c5a75fa1c55507798631058dd98aa63d5049791d9d79d86e9a108b0a999ca', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::Reference'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa9e7df55e017bd726d027d65551bbd0ca63d5049791d9d79d86e9a108b0a999ca', 1, 'gmx::Reference'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a3d2a2e9fe6f804f4874d34e71d0b86a2', 1, 'gmx::MultiDimArray::reference'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1accessor__basic.xhtml#ac807efa3b744dfaadcaff697d14e7fe1', 1, 'gmx::accessor_basic::reference'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a52332c41a52c349ad09d85e3630279a3', 1, 'gmx::basic_mdspan::reference'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#aaa7f6ef205b5793ab33635f887e9f0bb', 1, 'gmx::ArrayRef::reference'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#aebaea1dc74ea9709b20e3c796fb8bb7b', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::reference'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#aee3fd31d08439e9d2c711f370e54fadf', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::reference'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#aebaea1dc74ea9709b20e3c796fb8bb7b', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::reference']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a52332c41a52c349ad09d85e3630279a3', 1, 'gmx::basic_mdspan::reference'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1accessor__basic.xhtml#ac807efa3b744dfaadcaff697d14e7fe1', 1, 'gmx::accessor_basic::reference'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a3d2a2e9fe6f804f4874d34e71d0b86a2', 1, 'gmx::MultiDimArray::reference']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['reference_20data_188', ['Running tests that use reference data', ['../page_refdata.xhtml#autotoc_md54', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['reference_20data_20in_20c_20tests_189', ['Using reference data in C++ tests', ['../page_refdata.xhtml', 1, 'index']]],
│ │ │ │ │ ['reference_20data_20in_20code_190', ['Using reference data in code', ['../page_refdata.xhtml#autotoc_md53', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['reference_20data_20organization_191', ['Reference data organization', ['../page_refdata.xhtml#autotoc_md52', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['reference_20temperature_20manager_192', ['Reference temperature manager', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md48', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['referencecoordinates_193', ['referenceCoordinates', ['../structt__oriresdata.xhtml#af77d3bc2cdec9b240c667f8075237a8a', 1, 't_oriresdata']]],
│ │ │ │ │ @@ -343,16 +343,16 @@
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['refids_213', ['refIds', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a14558d886a11842e39a1f93dfd1db358', 1, 'gmx::Selection']]],
│ │ │ │ │ ['refindex_214', ['refIndex', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodPair.xhtml#a713650494eafbd30a66902c2971f16fe', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodPair']]],
│ │ │ │ │ ['refpairlist_215', ['RefPairList', ['../namespaceanonymous__namespace_02nbsearch_8cpp_03.xhtml#ac1da2ff320001e88dcc42758f8a3c21e', 1, 'anonymous_namespace{nbsearch.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['refproj_216', ['refproj', ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__eigvec.xhtml#aa6c9c57d3dff85411b0faa930c3dcc71', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_eigvec']]],
│ │ │ │ │ ['refreshmassesandcharges_217', ['refreshMassesAndCharges', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#ad86105740719b15fd3c97f7badc16b5c', 1, 'gmx::internal::SelectionData']]],
│ │ │ │ │ ['refreshname_218', ['refreshName', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#aa9b2de19d441e2bbad3f0a3d9a6aa8dd', 1, 'gmx::internal::SelectionData']]],
│ │ │ │ │ - ['register_2ecpp_219', ['register.cpp', ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['register_2ecpp_219', ['register.cpp', ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['register_2eh_220', ['register.h', ['../register_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['register_5fexternal_5fpull_5fpotential_221', ['register_external_pull_potential', ['../pull_8h.xhtml#a86dbe05b3e003570d0fa27706bebe5df', 1, 'pull.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['registeranalysisdataset_222', ['registerAnalysisDataset', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#a86b3b5cd87518e988e8b5452b39a3ad1', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule']]],
│ │ │ │ │ ['registerawhwithpull_223', ['registerAwhWithPull', ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#af8957a0084804002508feb702f0e924a', 1, 'gmx::Awh']]],
│ │ │ │ │ ['registerbasicdataset_224', ['registerBasicDataset', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#ad946d2af4c8e284ef349f2cd816495bb', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule']]],
│ │ │ │ │ ['registerclient_225', ['registerclient', ['../classgmx_1_1CheckpointHelperBuilder.xhtml#a1bdeec36162c0a061c2a2079406795c3', 1, 'gmx::CheckpointHelperBuilder::registerClient()'],
│ │ │ │ │ @@ -598,16 +598,16 @@
│ │ │ │ │ ['reset_5fdd_5fstatistics_5fcounters_385', ['reset_dd_statistics_counters', ['../partition_8cpp.xhtml#a92be035f88e19e516300e1533d809bb2', 1, 'reset_dd_statistics_counters(gmx_domdec_t *dd): partition.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../domdec_8h.xhtml#acad96b67c454abcc6a288f405e6fcbc8', 1, 'reset_dd_statistics_counters(struct gmx_domdec_t *dd): partition.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['reset_5ftime_5fstamp_386', ['reset_time_stamp', ['../structgmx__walltime__accounting.xhtml#a13975da9fdd690525fc42e407239581a', 1, 'gmx_walltime_accounting']]],
│ │ │ │ │ ['reset_5ftime_5fstamp_5fper_5fthread_387', ['reset_time_stamp_per_thread', ['../structgmx__walltime__accounting.xhtml#a4eb3ea742565b3f06beeed688f389658', 1, 'gmx_walltime_accounting']]],
│ │ │ │ │ ['resetcounters_388', ['resetCounters', ['../classgmx_1_1ResetHandler.xhtml#aa4169cf88998c4589d72046917ebe582', 1, 'gmx::ResetHandler']]],
│ │ │ │ │ ['resetgpuprofiler_389', ['resetgpuprofiler', ['../gpu__utils__hip_8cpp.xhtml#a2c828cfba6c20fe2750f6f85fe5447d1', 1, 'resetGpuProfiler(): gpu_utils_hip.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../gpu__utils__impl_8cpp.xhtml#a2c828cfba6c20fe2750f6f85fe5447d1', 1, 'resetGpuProfiler(): gpu_utils_impl.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../gpu__utils_8h.xhtml#a2c828cfba6c20fe2750f6f85fe5447d1', 1, 'resetGpuProfiler(): gpu_utils_hip.cpp']
│ │ │ │ │ + ['../gpu__utils_8h.xhtml#a2c828cfba6c20fe2750f6f85fe5447d1', 1, 'resetGpuProfiler(): gpu_utils_hip.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../gpu__utils__impl_8cpp.xhtml#a2c828cfba6c20fe2750f6f85fe5447d1', 1, 'resetGpuProfiler(): gpu_utils_impl.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['resethalfway_390', ['resetHalfway', ['../structgmx_1_1TimingOptions.xhtml#af6cb28871a73197add9070e3a22a074f', 1, 'gmx::TimingOptions']]],
│ │ │ │ │ ['resethandler_391', ['resethandler', ['../classgmx_1_1ResetHandler.xhtml#ab69eca70e63236a71a85c31a198e30ae', 1, 'gmx::ResetHandler::ResetHandler()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ResetHandler.xhtml', 1, 'gmx::ResetHandler']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['resethandler_2ecpp_392', ['resethandler.cpp', ['../resethandler_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['resethandler_2eh_393', ['resethandler.h', ['../resethandler_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -620,20 +620,20 @@
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['residuenumber_399', ['residueNumber', ['../classAtomProxy.xhtml#a7617d31da6054df0f36abef1c0c798e5', 1, 'AtomProxy']]],
│ │ │ │ │ ['residuenumbering_400', ['ResidueNumbering', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03.xhtml#a27934fd0700eb2d500e2fc238cc47a3c', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['residuenumberstart_401', ['residueNumberStart', ['../structMoleculeBlockIndices.xhtml#a6f12b59716e882a27fe3494f22513d41', 1, 'MoleculeBlockIndices']]],
│ │ │ │ │ ['residuetypemap_402', ['residueTypeMap', ['../classAtomProperties_1_1Impl.xhtml#acaf2f88a38146198d85bb2efbad3350f', 1, 'AtomProperties::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['resind_403', ['resind', ['../classSimulationParticle.xhtml#a2a032bc224d2d0496e4497368d0cf5ec', 1, 'SimulationParticle']]],
│ │ │ │ │ ['resinfo_404', ['ResInfo', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1ResInfo.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['resize_405', ['resize', ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a22ec2d396e6d5516807253cdf7315d21', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::resize()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PackedJClusterList.xhtml#abd51ce401b6104d68108d92605f287b6', 1, 'gmx::PackedJClusterList::resize()'],
│ │ │ │ │ + ['resize_405', ['resize', ['../classForceHelperBuffers.xhtml#a0cf5b13f5396ef37462afa1169b52266', 1, 'ForceHelperBuffers::resize()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1JClusterList.xhtml#abec4372470318ef2d1ca5bb9ec54682d', 1, 'gmx::JClusterList::resize()'],
│ │ │ │ │ - ['../classForceHelperBuffers.xhtml#a0cf5b13f5396ef37462afa1169b52266', 1, 'ForceHelperBuffers::resize()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#ae88e026c2360b85c493a0ee40be839b8', 1, 'gmx::ForceBuffers::resize()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a00333d19b00ff79c7fa1a3aa299a9bbe', 1, 'gmx::MultiDimArray::resize()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a00333d19b00ff79c7fa1a3aa299a9bbe', 1, 'gmx::MultiDimArray::resize()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a22ec2d396e6d5516807253cdf7315d21', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::resize()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PackedJClusterList.xhtml#abd51ce401b6104d68108d92605f287b6', 1, 'gmx::PackedJClusterList::resize()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['resizeandfillinput_406', ['resizeAndFillInput', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a480c88452d238aa1ade6e700d08f8e21', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['resizeboundingboxesandflags_407', ['resizeBoundingBoxesAndFlags', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#a601fbdabc22be51702b0919896fed9c5', 1, 'gmx::Grid']]],
│ │ │ │ │ ['resizebufferandclearmask_408', ['resizeBufferAndClearMask', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#af0e0c875d2be09f0f44e44e8356118f0', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]],
│ │ │ │ │ ['resizechargea_409', ['resizeChargeA', ['../classgmx_1_1MDAtoms.xhtml#a81d94f5881be37d5e4726f84891781d3', 1, 'gmx::MDAtoms']]],
│ │ │ │ │ ['resizechargeb_410', ['resizeChargeB', ['../classgmx_1_1MDAtoms.xhtml#add99ce7ff2a3db01c5be16081d5e720a', 1, 'gmx::MDAtoms']]],
│ │ │ │ │ ['resizecoordinatebuffer_411', ['resizeCoordinateBuffer', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#ad2dc55465404612b6cf09250817025de', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]],
│ │ │ │ │ @@ -648,152 +648,152 @@
│ │ │ │ │ ['resno_418', ['resno', ['../structt__bb.xhtml#abca4d481eed4ccaa0da8b034f14b3e45', 1, 't_bb']]],
│ │ │ │ │ ['resolveexternalgroups_419', ['resolveExternalGroups', ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a3416692e00903f501ba5477a7aaeb00b', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['resolveindexgroupreference_420', ['resolveIndexGroupReference', ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#aced165fd2e76c0a4b347a842df08e6b3', 1, 'gmx::SelectionTreeElement']]],
│ │ │ │ │ ['resourcedivision_2ecpp_421', ['resourcedivision.cpp', ['../resourcedivision_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['resourcedivision_2eh_422', ['resourcedivision.h', ['../resourcedivision_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['rest_423', ['Rest', ['../classListedForces.xhtml#a73e4fa54dfd332da42036d5ae893da47a55276c10d84e1df7713b441e76e141f9', 1, 'ListedForces']]],
│ │ │ │ │ ['restart_424', ['restart', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a042a562c3d15f46735fcfa50095354ae', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General']]],
│ │ │ │ │ - ['restartwithappending_425', ['restartwithappending', ['../namespacegmx.xhtml#acae779a4433c059b8816709407cd27b3a874e93f6125b5916d24153ae9f893aea', 1, 'gmx::RestartWithAppending'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx__enfrot.xhtml#adc96d15064cafde0d3a2c004a7bdf2a6', 1, 'gmx_enfrot::restartWithAppending']
│ │ │ │ │ + ['restartwithappending_425', ['restartwithappending', ['../structgmx__enfrot.xhtml#adc96d15064cafde0d3a2c004a7bdf2a6', 1, 'gmx_enfrot::restartWithAppending'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#acae779a4433c059b8816709407cd27b3a874e93f6125b5916d24153ae9f893aea', 1, 'gmx::RestartWithAppending']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['restartwithoutappending_426', ['RestartWithoutAppending', ['../namespacegmx.xhtml#acae779a4433c059b8816709407cd27b3a2b22b4d15e1b3916988c995eabfd1022', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['restcbt_2ecpp_427', ['restcbt.cpp', ['../restcbt_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['restcbt_2eh_428', ['restcbt.h', ['../restcbt_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['restoreatomgroups_429', ['restoreAtomGroups', ['../partition_8cpp.xhtml#ad801cbb98c298a989149f55db1426408', 1, 'partition.cpp']]],
│ │ │ │ │ - ['restorecheckpointstate_430', ['restorecheckpointstate', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gaddd53637b729df12b60f9d7fcf29d596', 1, 'gmx::ICheckpointHelperClient::restoreCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#aa8b6995464117c9a993199a98a2c1f26', 1, 'gmx::EnergyData::Element::restoreCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExpandedEnsembleElement.xhtml#a340d2bbc4d8658483fdd724ce524f402', 1, 'gmx::ExpandedEnsembleElement::restoreCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ + ['restorecheckpointstate_430', ['restorecheckpointstate', ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#a3a66fb7239b06f74a2d7a8c9c75c232b', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::restoreCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FirstOrderPressureCoupling.xhtml#a200d724c731b669675c5632338e02399', 1, 'gmx::FirstOrderPressureCoupling::restoreCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#a3a66fb7239b06f74a2d7a8c9c75c232b', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::restoreCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ExpandedEnsembleElement.xhtml#a340d2bbc4d8658483fdd724ce524f402', 1, 'gmx::ExpandedEnsembleElement::restoreCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#aa8b6995464117c9a993199a98a2c1f26', 1, 'gmx::EnergyData::Element::restoreCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#a86648b174602e4177469dac9456adb97', 1, 'gmx::MttkData::restoreCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NoseHooverChainsData.xhtml#aca490a230c5faaa89e3243ad3dfcb466', 1, 'gmx::NoseHooverChainsData::restoreCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ParrinelloRahmanBarostat.xhtml#a53995833a69ed96e5e6bf8dc67db58fa', 1, 'gmx::ParrinelloRahmanBarostat::restoreCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#a4a66a3e4c61f130caee1046c1c691b8b', 1, 'gmx::PullElement::restoreCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StatePropagatorData_1_1Element.xhtml#a07754991f446e0861903a2cd942e565b', 1, 'gmx::StatePropagatorData::Element::restoreCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1VelocityScalingTemperatureCoupling.xhtml#ab203c8b4d7bf3919295efe79eb4eefb1', 1, 'gmx::VelocityScalingTemperatureCoupling::restoreCheckpointState()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VelocityScalingTemperatureCoupling.xhtml#ab203c8b4d7bf3919295efe79eb4eefb1', 1, 'gmx::VelocityScalingTemperatureCoupling::restoreCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gaddd53637b729df12b60f9d7fcf29d596', 1, 'gmx::ICheckpointHelperClient::restoreCheckpointState()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['restorecorrelationgridstatefromhistory_431', ['restoreCorrelationGridStateFromHistory', ['../namespacegmx.xhtml#acf507d7b44182c8c37cbcd937c1c7599', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['restorefromhistory_432', ['restorefromhistory', ['../classgmx_1_1CoordState.xhtml#acb173f6b9fa0aadf3a5a28c69da01edb', 1, 'gmx::CoordState::restoreFromHistory()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml#a9fd8eac82a8b14ecb2869503fbdc81d8', 1, 'gmx::CorrelationBlockData::restoreFromHistory()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CorrelationTensor.xhtml#a00f78d505b4d1003951c91a91c3e1b95', 1, 'gmx::CorrelationTensor::restoreFromHistory()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HistogramSize.xhtml#a7eee04908e9882406ae2e00763881df9', 1, 'gmx::HistogramSize::restoreFromHistory()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CorrelationTensor.xhtml#a00f78d505b4d1003951c91a91c3e1b95', 1, 'gmx::CorrelationTensor::restoreFromHistory()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml#a9fd8eac82a8b14ecb2869503fbdc81d8', 1, 'gmx::CorrelationBlockData::restoreFromHistory()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#ad8522c889d5b1b40ab3fb2372fa84d3a', 1, 'gmx::BiasState::restoreFromHistory()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['restoreoriginalpositions_433', ['restoreOriginalPositions', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#a395ca8cd36c1866c57138a0a98b1d3d2', 1, 'gmx::internal::SelectionData']]],
│ │ │ │ │ ['restorestatefromhistory_434', ['restorestatefromhistory', ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#ab81baa3827202340b4a98f62cb9f9b77', 1, 'gmx::Awh::restoreStateFromHistory()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#adcff31915c01491037e7e6c80a0c65de', 1, 'gmx::Bias::restoreStateFromHistory()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CorrelationGrid.xhtml#a421c6ad2c5dba69890d0708c48189626', 1, 'gmx::CorrelationGrid::restoreStateFromHistory()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['restraint_5f_435', ['restraint_', ['../classgmx_1_1RestraintManager_1_1Impl.xhtml#a2c4d8f86290d69b5ae83028b40c70188', 1, 'gmx::RestraintManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ - ['restraintforceprovider_436', ['restraintforceprovider', ['../classgmx_1_1RestraintForceProvider.xhtml#a2ea49645b7ba977877ce2f6d588ce14b', 1, 'gmx::RestraintForceProvider::RestraintForceProvider()=delete'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RestraintForceProvider.xhtml#a1ecb88554ba888b26308a093897f16d2', 1, 'gmx::RestraintForceProvider::RestraintForceProvider(std::shared_ptr< gmx::IRestraintPotential > restraint, const std::vector< int > &sites)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RestraintForceProvider.xhtml', 1, 'gmx::RestraintForceProvider']
│ │ │ │ │ - ]],
│ │ │ │ │ - ['restraintmanager_437', ['restraintmanager', ['../classgmx_1_1RestraintManager.xhtml#a88f30a06bda8b1aaf1632de1f65df099', 1, 'gmx::RestraintManager::RestraintManager(const RestraintManager &)=default'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RestraintManager.xhtml#a2ba1db36977a042f31d4387f0af700da', 1, 'gmx::RestraintManager::RestraintManager()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RestraintManager.xhtml', 1, 'gmx::RestraintManager']
│ │ │ │ │ + ['restraintforceprovider_436', ['restraintforceprovider', ['../classgmx_1_1RestraintForceProvider.xhtml#a1ecb88554ba888b26308a093897f16d2', 1, 'gmx::RestraintForceProvider::RestraintForceProvider()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RestraintForceProvider.xhtml', 1, 'gmx::RestraintForceProvider'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RestraintForceProvider.xhtml#a2ea49645b7ba977877ce2f6d588ce14b', 1, 'gmx::RestraintForceProvider::RestraintForceProvider()']
│ │ │ │ │ + ]],
│ │ │ │ │ + ['restraintmanager_437', ['restraintmanager', ['../classgmx_1_1RestraintManager.xhtml', 1, 'gmx::RestraintManager'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RestraintManager.xhtml#a88f30a06bda8b1aaf1632de1f65df099', 1, 'gmx::RestraintManager::RestraintManager(const RestraintManager &)=default'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RestraintManager.xhtml#a2ba1db36977a042f31d4387f0af700da', 1, 'gmx::RestraintManager::RestraintManager()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['restraintmdmodule_438', ['restraintmdmodule', ['../classgmx_1_1RestraintMDModule.xhtml', 1, 'gmx::RestraintMDModule'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1RestraintMDModule.xhtml#a50f5bfaaaa6992687e88809e87e4aa47', 1, 'gmx::RestraintMDModule::RestraintMDModule()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['restraintmdmodule_2eh_439', ['restraintmdmodule.h', ['../restraintmdmodule_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['restraintmdmodule_5fimpl_2eh_440', ['restraintmdmodule_impl.h', ['../restraintmdmodule__impl_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['restraintmdmoduleimpl_441', ['restraintmdmoduleimpl', ['../classgmx_1_1RestraintMDModuleImpl.xhtml#a54de4c03661d9c50b157d4eac2ff91bc', 1, 'gmx::RestraintMDModuleImpl::RestraintMDModuleImpl()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1RestraintMDModuleImpl.xhtml', 1, 'gmx::RestraintMDModuleImpl'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1RestraintMDModuleImpl.xhtml#ab50ed2c619eb47631e37e4c09335dad6', 1, 'gmx::RestraintMDModuleImpl::RestraintMDModuleImpl()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['restraintpotential_2eh_442', ['restraintpotential.h', ['../restraintpotential_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['restraints_443', ['MD restraints', ['../group__module__restraint.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['restructuredtext_444', ['reStructuredText', ['../page_onlinehelp.xhtml#autotoc_md92', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['result_445', ['result', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02helpwritercontext_8cpp_03_1_1WrapperToString.xhtml#a40d6aa7b29d4ad6d118330e717cdb49a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{helpwritercontext.cpp}::WrapperToString::result()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02exceptions_8cpp_03_1_1MessageWriterString.xhtml#a2d15a5423a52caf991c7ac3a629e3f7e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}::MessageWriterString::result()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02helpwritercontext_8cpp_03_1_1WrapperToVector.xhtml#a8637970c369138f67d458009d89eb45f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{helpwritercontext.cpp}::WrapperToVector::result()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02helpwritercontext_8cpp_03_1_1WrapperToVector.xhtml#a8637970c369138f67d458009d89eb45f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{helpwritercontext.cpp}::WrapperToVector::result()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02exceptions_8cpp_03_1_1MessageWriterString.xhtml#a2d15a5423a52caf991c7ac3a629e3f7e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}::MessageWriterString::result()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['result_5ftype_446', ['result_type', ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a2e0bb126ffd88f9e0883780c47f6ee3c', 1, 'gmx::NormalDistribution::result_type'],
│ │ │ │ │ + ['result_5ftype_446', ['result_type', ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#a384fca723e4cb01f8cffb1599fbbfb25', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::result_type'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a2e0bb126ffd88f9e0883780c47f6ee3c', 1, 'gmx::NormalDistribution::result_type'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#aa89ced8831b517d66ec14b9651d4d839', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::result_type'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#adcd2d91808bc5070368ebea2413b9d40', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::result_type'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a49eb1ec91a01565bd43c5f814c8c61eb', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::result_type'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a5994ceab9c95172d42eff0c9e593152b', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::result_type'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#a384fca723e4cb01f8cffb1599fbbfb25', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::result_type'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#a3f1e0f12d70ff0169d81336dfc47005e', 1, 'gmx::GammaDistribution::result_type']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['returnsmallvalue_447', ['returnSmallValue', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#abdf1d780a8431718adcb3496ce291ff7', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['reverse_5fcomparison_5ftype_448', ['reverse_comparison_type', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#aeafad0888285495ec3de412cfe3b51db', 1, 'sm_compare.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['reverse_5fiterator_449', ['reverse_iterator', ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#ae18f861cba1efafc6244762cd5297be0', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::reverse_iterator'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a7315bec08791e7945bb9cd1b27441b10', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::reverse_iterator'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a0a3dbf927d466898190de4a40584e96a', 1, 'gmx::ArrayRef::reverse_iterator']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['reverse_5fselelem_5fchain_450', ['reverse_selelem_chain', ['../compiler_8cpp.xhtml#a384e619869bf64aa2bf44132e721fa38', 1, 'compiler.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['reverseboolean_5f_451', ['reverseBoolean_', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#ae88434ca2ec276557995c714587542f3', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['reversetopology_2ecpp_452', ['reversetopology.cpp', ['../reversetopology_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['reversetopology_2eh_453', ['reversetopology.h', ['../reversetopology_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['reversetopoptions_454', ['reversetopoptions', ['../structReverseTopOptions.xhtml', 1, 'ReverseTopOptions'],
│ │ │ │ │ - ['../structReverseTopOptions.xhtml#a93107a59034756713c95375a16c6abda', 1, 'ReverseTopOptions::ReverseTopOptions()']
│ │ │ │ │ + ['reversetopoptions_454', ['reversetopoptions', ['../structReverseTopOptions.xhtml#a93107a59034756713c95375a16c6abda', 1, 'ReverseTopOptions::ReverseTopOptions()'],
│ │ │ │ │ + ['../structReverseTopOptions.xhtml', 1, 'ReverseTopOptions']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['rf_455', ['rf', ['../namespacegmx.xhtml#a9b1e5351eeecaeb1a7f02e83888b3e75a3fe3de84275c2edcd95efff999764322', 1, 'gmx::RF'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a0f93957d57799d2e5cac00fceb180a99a3fe3de84275c2edcd95efff999764322', 1, 'gmx::RF']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['rgb_456', ['rgb', ['../structt__mapping.xhtml#a98417c94f109c3cbc1e9e0b25534216f', 1, 't_mapping']]],
│ │ │ │ │ ['rho_5f_457', ['rho_', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02neldermead_8cpp_03_1_1NelderMeadParameters.xhtml#a73ccffbed6ad0c79de0ef14011b91898', 1, 'gmx::anonymous_namespace{neldermead.cpp}::NelderMeadParameters']]],
│ │ │ │ │ ['right_458', ['right', ['../structt__methoddata__compare.xhtml#ac382cfe023969100b9b77c3a6120e44b', 1, 't_methoddata_compare']]],
│ │ │ │ │ ['rij_459', ['rij', ['../structgmx_1_1shakedata.xhtml#abfe0e19273e9ae81546da93eb4dcee0d', 1, 'gmx::shakedata']]],
│ │ │ │ │ ['rinvsixandrinvtwelve_460', ['rInvSixAndRInvTwelve', ['../namespacegmx.xhtml#a45fd102f4b6eb066d01c971514f0e9b3', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['riscv32_461', ['riscv32', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a70f7ef8f88947d28ec7730af478e809b', 1, 'gmx::CpuInfo::RiscV32'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a70f7ef8f88947d28ec7730af478e809b', 1, 'gmx::RiscV32']
│ │ │ │ │ + ['riscv32_461', ['riscv32', ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a70f7ef8f88947d28ec7730af478e809b', 1, 'gmx::RiscV32'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a70f7ef8f88947d28ec7730af478e809b', 1, 'gmx::CpuInfo::RiscV32']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['riscv64_462', ['riscv64', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a75666d50ac4ccd71bbcb1ab0d9673268', 1, 'gmx::CpuInfo::RiscV64'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a75666d50ac4ccd71bbcb1ab0d9673268', 1, 'gmx::RiscV64']
│ │ │ │ │ + ['riscv64_462', ['riscv64', ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a75666d50ac4ccd71bbcb1ab0d9673268', 1, 'gmx::RiscV64'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a75666d50ac4ccd71bbcb1ab0d9673268', 1, 'gmx::CpuInfo::RiscV64']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['rkl_463', ['RKL', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662a679ce4247ea1c907ac1caa1e3a89e064', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['rlist_464', ['rlist', ['../structgmx_1_1NbnxnPairlistCpu.xhtml#a44414e958c4600e1a231cb66911d465a', 1, 'gmx::NbnxnPairlistCpu']]],
│ │ │ │ │ - ['rlistinner_465', ['rlistinner', ['../structpme__setup__t.xhtml#a04aecd5d9fcd644286e05b0b6849490e', 1, 'pme_setup_t::rlistInner'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml#a1d4e0a8ea77b2ec9814aa02f2270014e', 1, 'gmx::PairlistParams::rlistInner']
│ │ │ │ │ + ['rlistinner_465', ['rlistinner', ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml#a1d4e0a8ea77b2ec9814aa02f2270014e', 1, 'gmx::PairlistParams::rlistInner'],
│ │ │ │ │ + ['../structpme__setup__t.xhtml#a04aecd5d9fcd644286e05b0b6849490e', 1, 'pme_setup_t::rlistInner']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['rlistinner_5fsq_466', ['rlistinner_sq', ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#ae547129ee509e87d2419b7a77cd9e569', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::rlistInner_sq'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a838c8ff50c4f7aa557e0dbf108161bae', 1, 'gmx::NBParamGpu::rlistInner_sq']
│ │ │ │ │ + ['rlistinner_5fsq_466', ['rlistinner_sq', ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a838c8ff50c4f7aa557e0dbf108161bae', 1, 'gmx::NBParamGpu::rlistInner_sq'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#ae547129ee509e87d2419b7a77cd9e569', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::rlistInner_sq']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['rlistouter_467', ['rlistouter', ['../structpme__setup__t.xhtml#a04dc28bb3228e3fc933d1f250af0b77b', 1, 'pme_setup_t::rlistOuter'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml#aa9271c556f88cee5440b1933ef8a45b0', 1, 'gmx::PairlistParams::rlistOuter']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['rlistouter_5fsq_468', ['rlistouter_sq', ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#ae0702b1816bc0ace90438e3c5a133625', 1, 'gmx::NBParamGpu::rlistOuter_sq'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#a01c3bf675fd33026490690dcc9a905ca', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::rlistOuter_sq']
│ │ │ │ │ + ['rlistouter_5fsq_468', ['rlistouter_sq', ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#a01c3bf675fd33026490690dcc9a905ca', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::rlistOuter_sq'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#ae0702b1816bc0ace90438e3c5a133625', 1, 'gmx::NBParamGpu::rlistOuter_sq']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['rmargin_469', ['RMARGIN', ['../txtdump_8h.xhtml#acf50d095f3355ccb99741b46fcae524e', 1, 'txtdump.h']]],
│ │ │ │ │ ['rms_5f_470', ['rms_', ['../structgmx_1_1MrcDataStatistics.xhtml#a679466617bcc5a02357fc138858aef76', 1, 'gmx::MrcDataStatistics']]],
│ │ │ │ │ ['rmsa_471', ['rmsa', ['../structt__bb.xhtml#afb93d2d5ca80b84111289b7e22829a23', 1, 't_bb']]],
│ │ │ │ │ ['rmsd_472', ['rmsd', ['../classgmx_1_1Constraints.xhtml#aa88c6d78365df51370b17a54d53e430a', 1, 'gmx::Constraints']]],
│ │ │ │ │ ['rmsdev_473', ['rmsdev', ['../structt__oriresdata.xhtml#a9faae62f4ece36b4628671a67b74bf46', 1, 't_oriresdata']]],
│ │ │ │ │ ['rmsdreductionbuffer_474', ['rmsdReductionBuffer', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a4fc0c1268dc3f38b89d0256e8351c1c0', 1, 'gmx::Lincs']]],
│ │ │ │ │ ['rng_475', ['rng', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#ad13dfdce06938f841fe8cd34e5aa128f', 1, 'UmbrellaOptions']]],
│ │ │ │ │ ['rocfft_5fcommon_5futils_2ecpp_476', ['rocfft_common_utils.cpp', ['../rocfft__common__utils_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['rocfft_5fcommon_5futils_2eh_477', ['rocfft_common_utils.h', ['../rocfft__common__utils_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['rocfftinitializer_478', ['RocfftInitializer', ['../classgmx_1_1RocfftInitializer.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['rocfftplan_479', ['rocfftplan', ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml#ae546ea222f7e7a49c70d8487d5b23f30', 1, 'gmx::RocfftPlan::RocfftPlan(RocfftPlan &&other)=default'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml#aea1219eb1c03b69e1fe05682dbba4a0a', 1, 'gmx::RocfftPlan::RocfftPlan(const RocfftPlan &other)=delete'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml#a7d8930daa33d399d9b5ceba0b73ee433', 1, 'gmx::RocfftPlan::RocfftPlan(rocfft_plan inPlan, rocfft_execution_info inInfo, void *inWorkBuffer)'],
│ │ │ │ │ + ['rocfftplan_479', ['rocfftplan', ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml#aea1219eb1c03b69e1fe05682dbba4a0a', 1, 'gmx::RocfftPlan::RocfftPlan()'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml', 1, 'gmx::RocfftPlan'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml#a682a2c093de6a4a8897c0e050ad3495f', 1, 'gmx::RocfftPlan::RocfftPlan()=default'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml', 1, 'gmx::RocfftPlan']
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml#a7d8930daa33d399d9b5ceba0b73ee433', 1, 'gmx::RocfftPlan::RocfftPlan(rocfft_plan inPlan, rocfft_execution_info inInfo, void *inWorkBuffer)'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml#ae546ea222f7e7a49c70d8487d5b23f30', 1, 'gmx::RocfftPlan::RocfftPlan(RocfftPlan &&other)=default']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['rollingprune_5fk_480', ['rollingPrune_k', ['../structgmx_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a0423626972f0e72abdb344720cd233c3', 1, 'gmx::GpuTimers::Interaction']]],
│ │ │ │ │ ['rollingpruningnumparts_481', ['rollingPruningNumParts', ['../classgmx_1_1GpuPairlist.xhtml#a4ef920bcb9c14443583f27098d035854', 1, 'gmx::GpuPairlist']]],
│ │ │ │ │ ['rollingpruningpart_482', ['rollingPruningPart', ['../classgmx_1_1GpuPairlist.xhtml#ada1dd86ec5219e8c8995e3fdf334e524', 1, 'gmx::GpuPairlist']]],
│ │ │ │ │ ['root_483', ['root', ['../structgmx__ana__selcollection__t.xhtml#a4f0bd58ce42e29ea61e4a3eb1f513a70', 1, 'gmx_ana_selcollection_t']]],
│ │ │ │ │ - ['root_20elements_484', ['root elements', ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree_root', 1, 'Root elements'],
│ │ │ │ │ - ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree_root', 1, 'Root elements']
│ │ │ │ │ + ['root_20elements_484', ['root elements', ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree_root', 1, 'Root elements'],
│ │ │ │ │ + ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree_root', 1, 'Root elements']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['rootchecker_485', ['rootchecker', ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLineTestBase.xhtml#a16a7a56e9d9ea0e631bc03deced58b43', 1, 'gmx::test::CommandLineTestBase::rootChecker()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceData.xhtml#a2c751bb515d71cebb3ad802ec6a5eb0c', 1, 'gmx::test::TestReferenceData::rootChecker()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['rootchecker_5f_486', ['rootChecker_', ['../classgmx_1_1test_1_1MockAnalysisDataModule_1_1Impl.xhtml#a3dba79aee9aaadfd6b6adc67cb7ada5d', 1, 'gmx::test::MockAnalysisDataModule::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['rootcontext_5f_487', ['rootContext_', ['../classgmx_1_1HelpManager_1_1Impl.xhtml#ae3ee0d8b2ca746f7d6538f6f82bc6e87', 1, 'gmx::HelpManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['rootelement_488', ['rootElement', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#a698080c804c5e9a34a7af05fef433f48', 1, 'gmx::internal::SelectionData']]],
│ │ │ │ │ ['rootgroup_5f_489', ['rootGroup_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#a746770d40259c0f7a5e168e591099608', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]],
│ │ │ │ │ ['roothelp_490', ['rootHelp', ['../structgmx__ana__selcollection__t.xhtml#a90a09fad0787827df564a1a8d109ad99', 1, 'gmx_ana_selcollection_t']]],
│ │ │ │ │ - ['roothelptopic_491', ['roothelptopic', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1RootHelpTopic.xhtml#a42b2f8443039fde68da33c42af0676f1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::RootHelpTopic::RootHelpTopic()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1RootHelpTopic.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::RootHelpTopic']
│ │ │ │ │ + ['roothelptopic_491', ['roothelptopic', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1RootHelpTopic.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::RootHelpTopic'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1RootHelpTopic.xhtml#a42b2f8443039fde68da33c42af0676f1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::RootHelpTopic::RootHelpTopic()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['rootobject_492', ['rootObject', ['../classgmx_1_1KeyValueTreeBuilder.xhtml#a9f96c058d484ce9704d0a5882655fbc7', 1, 'gmx::KeyValueTreeBuilder']]],
│ │ │ │ │ ['rootsection_493', ['rootsection', ['../classgmx_1_1Options.xhtml#adc694f73e1028508aac71505004c1baf', 1, 'gmx::Options::rootSection()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Options.xhtml#ac1972b89645567545b6fe56ffce85be7', 1, 'gmx::Options::rootSection() const']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['rootsection_5f_494', ['rootSection_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionsImpl.xhtml#aae2ae9404366e389396a17d98888f974', 1, 'gmx::internal::OptionsImpl']]],
│ │ │ │ │ ['rot_495', ['rot', ['../structgmx__enfrot.xhtml#a5419d8388628370df305ed4eef55d891', 1, 'gmx_enfrot']]],
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│ │ │ │ │ ['rotationgroupfitting_498', ['RotationGroupFitting', ['../md__enums_8h.xhtml#ae7645fe1c904c674a6eff40099bbf54b', 1, 'md_enums.h']]],
│ │ │ │ │ ['rotationmatrix_499', ['rotationMatrix', ['../structt__oriresdata.xhtml#a97a2ad539961d1a51107689da353e5a4', 1, 't_oriresdata']]],
│ │ │ │ │ ['rotationtest_500', ['RotationTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pull__rotation_8cpp_03_1_1RotationTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pull_rotation.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['rotg_501', ['rotg', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#a79271ea46265543ae50c033d57b44185', 1, 'gmx_enfrotgrp']]],
│ │ │ │ │ ['rotmat_502', ['rotmat', ['../structgmx__potfit.xhtml#a2be23c8803734a28c72c00e76998e94a', 1, 'gmx_potfit::rotmat'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#a1bf7890be21ffc4000a5ad74e282b2d7', 1, 'gmx_enfrotgrp::rotmat']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['round_503', ['round', ['../group__module__simd.xhtml#ga3b425556720d8ff72c1998c86c777e75', 1, 'gmx::round(Simd4Double a)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gacf1bf91a0d1377886282a96f558798c8', 1, 'gmx::round(Simd4Float a)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gae99869398e453b11f1305a657ce8d886', 1, 'gmx::round(SimdDouble a)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga3ef18bc7373b1450c963374f72d472e4', 1, 'gmx::round(SimdFloat a)'],
│ │ │ │ │ + ['round_503', ['round', ['../group__module__simd.xhtml#ga3ef18bc7373b1450c963374f72d472e4', 1, 'gmx::round(SimdFloat a)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a1c0a061335a242530d8d791459a8e2d0', 1, 'gmx::round(float a)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a15179b513c1ec4ec0b9090e57b76bac4', 1, 'gmx::round(double a)']
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gae99869398e453b11f1305a657ce8d886', 1, 'gmx::round(SimdDouble a)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gacf1bf91a0d1377886282a96f558798c8', 1, 'gmx::round(Simd4Float a)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a15179b513c1ec4ec0b9090e57b76bac4', 1, 'gmx::round(double a)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga3b425556720d8ff72c1998c86c777e75', 1, 'gmx::round(Simd4Double a)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['roundrange_504', ['roundRange', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#ae07130b1401d09f671d638d0a5baefda', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer']]],
│ │ │ │ │ ['roundtoint_505', ['roundtoint', ['../namespacegmx.xhtml#ad2245fd74bac5cf711c5dd778d3f5814', 1, 'gmx::roundToInt(float x)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ae6c2ecaec2673dd1285987dae340183f', 1, 'gmx::roundToInt(double x)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['roundtoint64_506', ['roundtoint64', ['../namespacegmx.xhtml#afb90b51b074bcb2e89b7af0938ea39f8', 1, 'gmx::roundToInt64(float x)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#af0bf93e957fce3f96a315db6119ddcaa', 1, 'gmx::roundToInt64(double x)']
│ │ │ │ │ @@ -848,16 +848,16 @@
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a53c460d9ca735016ca20de2b88a8ea95', 1, 'gmx::ImdSession::Impl::run()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ICommandLineOptionsModule.xhtml#a338fccd494f73b5ac1e971c95047c292', 1, 'gmx::ICommandLineOptionsModule::run()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager.xhtml#a6b3468b2c6cbafe1b528267208f6db46', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::run()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinemodulemanager_8cpp_03_1_1CMainCommandLineModule.xhtml#ac8f6a56e9fa74cd52d3ff8bbdea07604', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule::run()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml#a63c87194b410cf4bbbc08b06bfceeb5b', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule::run()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['runallcallbacks_518', ['runAllCallbacks', ['../namespacegmx.xhtml#a8fc5799d2e6b3015649269495c4a391d', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['runasmain_519', ['runasmain', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisCommandLineRunner.xhtml#a2844bd239d685437efbdb16f672cda00', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisCommandLineRunner::runAsMain(int argc, char *argv[], const ModuleFactoryMethod &factory)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisCommandLineRunner.xhtml#a12cd1b40ed04cda667f315e2adee3337', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisCommandLineRunner::runAsMain(int argc, char *argv[])'],
│ │ │ │ │ + ['runasmain_519', ['runasmain', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisCommandLineRunner.xhtml#a12cd1b40ed04cda667f315e2adee3337', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisCommandLineRunner::runAsMain(int argc, char *argv[])'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisCommandLineRunner.xhtml#a2844bd239d685437efbdb16f672cda00', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisCommandLineRunner::runAsMain(int argc, char *argv[], const ModuleFactoryMethod &factory)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ICommandLineOptionsModule.xhtml#a12df4840d77852b63615d8a960864eae', 1, 'gmx::ICommandLineOptionsModule::runAsMain()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['runasmaincmain_520', ['runAsMainCMain', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager.xhtml#a4854a50ca50f67912d7cf149d5577f41', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager']]],
│ │ │ │ │ ['runasmaincmainwithsettings_521', ['runAsMainCMainWithSettings', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager.xhtml#a83264d16575326b1986713f1e55de503', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager']]],
│ │ │ │ │ ['runasmainsinglemodule_522', ['runAsMainSingleModule', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager.xhtml#a81d63649f04804faf577e44ddf158073', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager']]],
│ │ │ │ │ ['runcommandlinemodule_523', ['runcommandlinemodule', ['../namespacegmx.xhtml#a5a3bc0e66dda7e48091ad129bede7eff', 1, 'gmx::runCommandLineModule(int argc, char *argv[], ICommandLineModule *module)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a8a7a039b6fae746686d472d1fcae6fee', 1, 'gmx::runCommandLineModule(int argc, char *argv[], const char *name, const char *description, std::function< std::unique_ptr< ICommandLineOptionsModule >()> factory)']
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_16.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -58,40 +58,40 @@
│ │ │ │ │ ['sandrtty_39', ['sandrTty', ['../group__module__onlinehelp.xhtml#gae3530d298597983b6376c48e09c63816', 1, 'gmx::anonymous_namespace{helpwritercontext.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['sanegridsize_40', ['saneGridSize', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmebsplinetest_8cpp_03.xhtml#ac12a9dbfe8934c0c457c4af83bde4b03', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmebsplinetest.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['sanepmeorder_41', ['sanePmeOrder', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmebsplinetest_8cpp_03.xhtml#a047f81edad8ec7a240a3152c46618198', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmebsplinetest.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['sansdebye_42', ['sansdebye', ['../classgmx_1_1SansDebye.xhtml#a0bb2e9276239b93f79d72cdf773e8fa0', 1, 'gmx::SansDebye::SansDebye()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SansDebye.xhtml', 1, 'gmx::SansDebye']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['sasa_43', ['Sasa', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02sasa_8cpp_03_1_1Sasa.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{sasa.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['sasa_2ecpp_44', ['sasa.cpp', ['../modules_2sasa_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2sasa_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['sasa_2ecpp_44', ['sasa.cpp', ['../tests_2sasa_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../modules_2sasa_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['sasa_2eh_45', ['sasa.h', ['../sasa_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['sasamoduledata_46', ['sasamoduledata', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02sasa_8cpp_03_1_1SasaModuleData.xhtml#a2edf401c89ecb50a5154e2b5e1c8a1f9', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{sasa.cpp}::SasaModuleData::SasaModuleData()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02sasa_8cpp_03_1_1SasaModuleData.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{sasa.cpp}::SasaModuleData']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['sasamoduletest_47', ['SasaModuleTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02sasa_8cpp_03.xhtml#a6ab13a9087286dbfd65219d20022e6e1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{sasa.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['save_5fcalloc_48', ['save_calloc', ['../smalloc_8h.xhtml#af6d73f5ac19d401287ec06c2bbe8b73b', 1, 'smalloc.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['save_5fcalloc_5faligned_49', ['save_calloc_aligned', ['../smalloc_8h.xhtml#a8d03915277e0b152e4d383811d8872e1', 1, 'smalloc.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['save_5ffree_50', ['save_free', ['../smalloc_8h.xhtml#a1a8ebd96b293ca1f67b3dd41ff1eb43a', 1, 'smalloc.h']]],
│ │ │ │ │ ['save_5ffree_5faligned_51', ['save_free_aligned', ['../smalloc_8h.xhtml#ae35d52a2d595ae960055674b4a0d566a', 1, 'smalloc.h']]],
│ │ │ │ │ ['save_5fmalloc_52', ['save_malloc', ['../smalloc_8h.xhtml#a4aa36d45cbe79ee551ea9d2e032be5c7', 1, 'smalloc.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['save_5fmalloc_5faligned_53', ['save_malloc_aligned', ['../smalloc_8h.xhtml#ac9f21a1f7ef12e856e74372d8cb9d233', 1, 'smalloc.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['save_5frealloc_54', ['save_realloc', ['../smalloc_8h.xhtml#af31ca8a44667bdd81e548e75a7b0a31d', 1, 'smalloc.cpp']]],
│ │ │ │ │ - ['savecheckpointstate_55', ['savecheckpointstate', ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#acf983f5ad30b4b8792883b4a69799566', 1, 'gmx::MttkData::saveCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NoseHooverChainsData.xhtml#af201f4dac2c01518d6a465a1e395d693', 1, 'gmx::NoseHooverChainsData::saveCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1VelocityScalingTemperatureCoupling.xhtml#a0613305c51cd85f761021905a7cc6000', 1, 'gmx::VelocityScalingTemperatureCoupling::saveCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StatePropagatorData_1_1Element.xhtml#aed73d86e0139c581fb13f5a64c3ac591', 1, 'gmx::StatePropagatorData::Element::saveCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#acb46bbfd7f683624c4e04585d7151fae', 1, 'gmx::PullElement::saveCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ParrinelloRahmanBarostat.xhtml#a6c4ff548b028800659e1e5b01b050cf3', 1, 'gmx::ParrinelloRahmanBarostat::saveCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ + ['savecheckpointstate_55', ['savecheckpointstate', ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#aa845e4a2a85e58b53f868a3bfe74311a', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::saveCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#a955025d3dc2badd068819b0366263f21', 1, 'gmx::EnergyData::Element::saveCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExpandedEnsembleElement.xhtml#aa81f8ca220fe300d1c4ea3aa561c7d4d', 1, 'gmx::ExpandedEnsembleElement::saveCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FirstOrderPressureCoupling.xhtml#a7215fd9b674948475b7a7394a34cf3e9', 1, 'gmx::FirstOrderPressureCoupling::saveCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#aa845e4a2a85e58b53f868a3bfe74311a', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::saveCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gaa70e5868cd4b8559099c8b687810f8df', 1, 'gmx::ICheckpointHelperClient::saveCheckpointState()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VelocityScalingTemperatureCoupling.xhtml#a0613305c51cd85f761021905a7cc6000', 1, 'gmx::VelocityScalingTemperatureCoupling::saveCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StatePropagatorData_1_1Element.xhtml#aed73d86e0139c581fb13f5a64c3ac591', 1, 'gmx::StatePropagatorData::Element::saveCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#acb46bbfd7f683624c4e04585d7151fae', 1, 'gmx::PullElement::saveCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gaa70e5868cd4b8559099c8b687810f8df', 1, 'gmx::ICheckpointHelperClient::saveCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#acf983f5ad30b4b8792883b4a69799566', 1, 'gmx::MttkData::saveCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NoseHooverChainsData.xhtml#af201f4dac2c01518d6a465a1e395d693', 1, 'gmx::NoseHooverChainsData::saveCheckpointState()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ParrinelloRahmanBarostat.xhtml#a6c4ff548b028800659e1e5b01b050cf3', 1, 'gmx::ParrinelloRahmanBarostat::saveCheckpointState()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['saveedsampointer_56', ['saveEdsamPointer', ['../classgmx_1_1Constraints.xhtml#aa20d0b058932c4e3ff6725444de6499f', 1, 'gmx::Constraints']]],
│ │ │ │ │ ['saxsdebye_57', ['saxsdebye', ['../classgmx_1_1SaxsDebye.xhtml#a678e01fbb38f9e7d22bb5bd2efa414b6', 1, 'gmx::SaxsDebye::SaxsDebye()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SaxsDebye.xhtml', 1, 'gmx::SaxsDebye']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['sbase_58', ['sbase', ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#a72b00bc053d3b7b79e594b1b6e5fa733', 1, 'gmx_ana_poscalc_t']]],
│ │ │ │ │ ['sblock_59', ['sblock', ['../structgmx_1_1shakedata.xhtml#a119cbdb92204daa557f75d7a14bbeb8c', 1, 'gmx::shakedata']]],
│ │ │ │ │ @@ -120,71 +120,71 @@
│ │ │ │ │ ['sc_5fgpunumclusterpercellx_82', ['sc_gpuNumClusterPerCellX', ['../namespacegmx.xhtml#ab7199026076a9a98316402a6a771a4b6', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['sc_5fgpunumclusterpercelly_83', ['sc_gpuNumClusterPerCellY', ['../namespacegmx.xhtml#a6ee970be4850758013a1f72fa03cb8c4', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['sc_5fgpunumclusterpercellz_84', ['sc_gpuNumClusterPerCellZ', ['../namespacegmx.xhtml#ae206fb5ebac7082694cf15a78c8b7053', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['sc_5fgpuparallelexecutionwidth_85', ['sc_gpuParallelExecutionWidth', ['../namespacegmx.xhtml#a9ecec7ee7847a6e0bf65447241ebd6c0', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['sc_5fgpusplitjclustersize_86', ['sc_gpuSplitJClusterSize', ['../namespacegmx.xhtml#adf9e2c70b2c60d94f56fec5823285ef3', 1, 'gmx']]],
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│ │ │ │ │ - ['sc_5ficlustersize_89', ['sc_iclustersize', ['../nbnxm__simd_8h.xhtml#aa414705a24a611a6ebd70074354224fa', 1, 'sc_iClusterSize(): nbnxm_simd.h'],
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│ │ │ │ │ + ['sc_5ficlustersize_89', ['sc_iclustersize', ['../namespacegmx.xhtml#ad5df7dcd80bf26c8f31fb76780234400', 1, 'gmx::sc_iClusterSize()'],
│ │ │ │ │ + ['../nbnxm__simd_8h.xhtml#aa414705a24a611a6ebd70074354224fa', 1, 'sc_iClusterSize(): nbnxm_simd.h']
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│ │ │ │ │ ['sc_5fisgpupairlisttype_90', ['sc_isGpuPairListType', ['../namespacegmx.xhtml#a537d842a3c66578a076f668694f11319', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['sc_5fjclustersize_91', ['sc_jClusterSize', ['../namespacegmx.xhtml#a858c5384b6739a1bd6989e44f942b5fc', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['sc_5flayouttype_92', ['sc_layoutType', ['../namespacegmx.xhtml#af1c005d1c11ecc155592ef473cc832ee', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['sc_5fmaxdonorsperresidue_93', ['sc_maxDonorsPerResidue', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1ResInfo.xhtml#a295e4dc2a8943f881df3febe63b6572f', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::ResInfo']]],
│ │ │ │ │ ['sc_5fmaxnumizones_94', ['sc_maxNumIZones', ['../namespacegmx.xhtml#ad29c98a8ee43ed2ed812f11630f96a62', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['sc_5fmaxnumzones_95', ['sc_maxNumZones', ['../namespacegmx.xhtml#a5e13c275f97165673749dc10651d0403', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['sc_5fncolvarsatomsname_5f_96', ['sc_nColvarsAtomsName_', ['../structgmx_1_1ColvarsForceProviderState.xhtml#ac0a5afaf0b4b6ab472ce670fb17acd1e', 1, 'gmx::ColvarsForceProviderState']]],
│ │ │ │ │ - ['sc_5fnumenergygroups_97', ['sc_numenergygroups', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03.xhtml#ad47ab0f836918e5019cfc367f1efbda3', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::sc_numEnergyGroups'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml#a6a0f14e33f368f96c0f3c4128e3c3f2c', 1, 'gmx::test::TestSystem::sc_numEnergyGroups']
│ │ │ │ │ + ['sc_5fnumenergygroups_97', ['sc_numenergygroups', ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml#a6a0f14e33f368f96c0f3c4128e3c3f2c', 1, 'gmx::test::TestSystem::sc_numEnergyGroups'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03.xhtml#ad47ab0f836918e5019cfc367f1efbda3', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::sc_numEnergyGroups']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['sc_5fnumfepstates_98', ['sc_numFepStates', ['../pme__gpu__staging_8h.xhtml#a1b46330c0160a5539685afd05ae865c3', 1, 'pme_gpu_staging.h']]],
│ │ │ │ │ ['sc_5fnumgridsljlb_99', ['sc_numGridsLJLB', ['../pme__internal_8h.xhtml#afae6cc23490d753bc9f480193607a2bd', 1, 'pme_internal.h']]],
│ │ │ │ │ ['sc_5fpressurematrixtypenames_100', ['sc_pressureMatrixTypeNames', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#ad8d195071fbeafd96f845f9bd83ddf5f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['sc_5frefdatafilenamemaker_101', ['sc_refDataFilenameMaker', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03.xhtml#a612cdac13c1c842588ae6f765b4c8158', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['sc_5fskewnessmargin_102', ['sc_skewnessMargin', ['../pbc_8cpp.xhtml#a01ddfce19291b0878ba36bd9285a1e9d', 1, 'pbc.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['sc_5fsubgroupsize_103', ['sc_subGroupSize', ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#a3bb4a447d7735630217c8d9b6a5e1963', 1, 'pme_gpu_grid_sycl.cpp']]],
│ │ │ │ │ - ['sc_5ftestnamer_104', ['sc_testnamer', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03.xhtml#a85a4f7592d748dfd59373117e51fc599', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::sc_testNamer'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02fft_8cpp_03.xhtml#ae605e2033e55af3de3a80361023cc5a3', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{fft.cpp}::sc_testNamer'],
│ │ │ │ │ + ['sc_5ftestnamer_104', ['sc_testnamer', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02fft_8cpp_03.xhtml#ae605e2033e55af3de3a80361023cc5a3', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{fft.cpp}::sc_testNamer'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a144cb9000ebc841c25d100cb1b45b6f7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}::sc_testNamer'],
│ │ │ │ │ - ['../namespaceanonymous__namespace_02domain__decomposition_8cpp_03.xhtml#ad95f6319037d8f945235ebf0831ccba3', 1, 'anonymous_namespace{domain_decomposition.cpp}::sc_testNamer']
│ │ │ │ │ + ['../namespaceanonymous__namespace_02domain__decomposition_8cpp_03.xhtml#ad95f6319037d8f945235ebf0831ccba3', 1, 'anonymous_namespace{domain_decomposition.cpp}::sc_testNamer'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03.xhtml#a85a4f7592d748dfd59373117e51fc599', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::sc_testNamer']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['sc_5fworkgroupsize_105', ['sc_workGroupSize', ['../namespacegmx.xhtml#ac85e48554e6e1788ea930b7064d371a6', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['sc_5fxoldwholename_5f_106', ['sc_xOldWholeName_', ['../structgmx_1_1ColvarsForceProviderState.xhtml#a4ae85de69074dadd19c5fc012a3cccc8', 1, 'gmx::ColvarsForceProviderState']]],
│ │ │ │ │ ['sc_5fxstride_107', ['sc_xStride', ['../namespacegmx.xhtml#a56bd008a3e40cc25b83bc1196e150ea9', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['scalar_2eh_108', ['scalar.h', ['../scalar_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['scalar_5fmath_2eh_109', ['scalar_math.h', ['../scalar__math_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['scalar_5futil_2eh_110', ['scalar_util.h', ['../scalar__util_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['scalardatatypes_111', ['ScalarDataTypes', ['../structScalarDataTypes.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['scalarforce_112', ['scalarForce', ['../structpull__coord__work__t.xhtml#adde522794352e2ebc796944dcda04204', 1, 'pull_coord_work_t']]],
│ │ │ │ │ - ['scale_113', ['scale', ['../structPmeGpuDynamicParams.xhtml#a5c019da79bddcfb0ac07f2a757a269bc', 1, 'PmeGpuDynamicParams::scale'],
│ │ │ │ │ - ['../structt__forcetable.xhtml#a74042b613c0660e9d1a66b49147d0159', 1, 't_forcetable::scale'],
│ │ │ │ │ + ['scale_113', ['scale', ['../structt__forcetable.xhtml#a74042b613c0660e9d1a66b49147d0159', 1, 't_forcetable::scale'],
│ │ │ │ │ + ['../structPmeGpuDynamicParams.xhtml#a5c019da79bddcfb0ac07f2a757a269bc', 1, 'PmeGpuDynamicParams::scale'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#aa587cc1c76049dce893923692e23d769', 1, 'gmx::MttkData::scale()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['scaleall_114', ['scaleAll', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#a749915682fa7728ee088dfd6726b1736', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]],
│ │ │ │ │ ['scaleallbyvector_115', ['scaleAllByVector', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#aabe3becd12550d662e727afbd168f433', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]],
│ │ │ │ │ ['scalebox_116', ['scaleBox', ['../classEwaldBoxZScaler.xhtml#a67431757f83b309cf81b3cf96eabe7bf', 1, 'EwaldBoxZScaler']]],
│ │ │ │ │ ['scalebyvector_117', ['scaleByVector', ['../namespacegmx.xhtml#a0f5022a3da3a90ab52ba2cec11c936d5', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['scalecoordinates_118', ['scaleCoordinates', ['../classgmx_1_1UpdateConstrainGpu_1_1Impl.xhtml#a9376d1cbbecb20c18661950973814d0d', 1, 'gmx::UpdateConstrainGpu::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['scaled_5flagrange_5fmultiplier_119', ['scaled_lagrange_multiplier', ['../structgmx_1_1shakedata.xhtml#adde8f58fcb5ada8d634039c00ca42a58', 1, 'gmx::shakedata']]],
│ │ │ │ │ ['scaledsampleweight_120', ['ScaledSampleWeight', ['../namespacegmx.xhtml#aa78c6481d10a93316c155ffdf021e581a7cffc85b2f1c2177a818913479ea4f18', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['scaleinternaltouserinput_121', ['scaleInternalToUserInput', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a8b7199033caa1dbea6f4fbc8457c3103', 1, 'gmx::DimParams']]],
│ │ │ │ │ ['scalekernel_122', ['scaleKernel', ['../namespacegmx.xhtml#a3478a6cdaf4905d5f1939a1cc0f7672c', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['scaleoperationonly_123', ['scaleOperationOnly', ['../classgmx_1_1TranslateAndScale.xhtml#acc95c4510196adaa2be2e247eaa400a6', 1, 'gmx::TranslateAndScale']]],
│ │ │ │ │ - ['scalepositions_124', ['scalepositions', ['../namespacegmx.xhtml#aa40466eed05791a3c070a9620d0118a5', 1, 'gmx::scalePositions(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict x)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290a0ad0cca109a60ba3ddbe1df8f32d19ba', 1, 'gmx::ScalePositions']
│ │ │ │ │ + ['scalepositions_124', ['scalepositions', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290a0ad0cca109a60ba3ddbe1df8f32d19ba', 1, 'gmx::ScalePositions'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa40466eed05791a3c070a9620d0118a5', 1, 'gmx::scalePositions(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict x)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['scalesingle_125', ['scaleSingle', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#abb37138b6fef236b38b46177ab3a7f16', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]],
│ │ │ │ │ ['scaletarget_126', ['scaleTarget', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a93751c7f51be9d69545a30ce189bffc2', 1, 'gmx::PointState']]],
│ │ │ │ │ ['scaletargetbymetric_127', ['scaleTargetByMetric', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#ad9bd18c9c3bb06a0a31ae993dc420eba', 1, 'gmx::BiasParams']]],
│ │ │ │ │ ['scaleuserinputtointernal_128', ['scaleUserInputToInternal', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a004d2c59395c40d1600fcfecde06de49', 1, 'gmx::DimParams']]],
│ │ │ │ │ - ['scalevelocities_129', ['scalevelocities', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290a2108282211446e168416bdfc55bbbda1', 1, 'gmx::ScaleVelocities'],
│ │ │ │ │ + ['scalevelocities_129', ['scalevelocities', ['../classgmx_1_1UpdateConstrainGpu_1_1Impl.xhtml#a92ef8227ecb881d5a8f7fd2b3882afe3', 1, 'gmx::UpdateConstrainGpu::Impl::scaleVelocities()'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a4e4da4f100aca65e4733c6fe8e881a45', 1, 'gmx::scaleVelocities(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict v)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga5ff057aa36da97961cf549a2d15d0a1d', 1, 'gmx::ScaleVelocities'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UpdateConstrainGpu_1_1Impl.xhtml#a92ef8227ecb881d5a8f7fd2b3882afe3', 1, 'gmx::UpdateConstrainGpu::Impl::scaleVelocities()'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a4e4da4f100aca65e4733c6fe8e881a45', 1, 'gmx::scaleVelocities(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict v)']
│ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290a2108282211446e168416bdfc55bbbda1', 1, 'gmx::ScaleVelocities']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['scalingmatrix_130', ['ScalingMatrix', ['../structgmx_1_1ScalingMatrix.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['scan_5fedvec_131', ['scan_edvec', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa33eff7a8d809b89f9cf9041736b276e', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['scanner_2eh_132', ['scanner.h', ['../scanner_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['scanner_5finternal_2ecpp_133', ['scanner_internal.cpp', ['../scanner__internal_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['scanner_5finternal_2eh_134', ['scanner_internal.h', ['../scanner__internal_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['scantemporary_135', ['scanTemporary', ['../classgmx_1_1GpuPairlistSorting.xhtml#af57aed49734b372a758187b23a0a347c', 1, 'gmx::GpuPairlistSorting']]],
│ │ │ │ │ @@ -202,34 +202,34 @@
│ │ │ │ │ ['scatteringfactors_2ecpp_145', ['scatteringfactors.cpp', ['../scatteringfactors_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['scatteringfactors_2eh_146', ['scatteringfactors.h', ['../scatteringfactors_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['scatteringmodule_147', ['ScatteringModule', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02scattering_8cpp_03_1_1ScatteringModule.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{scattering.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['scattertype_148', ['ScatterType', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02scattering_8cpp_03.xhtml#af68bed217f507f95a84693dad6919bcb', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{scattering.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['scattertypenames_149', ['ScatterTypeNames', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02scattering_8cpp_03.xhtml#a060d9ca319f3fcc1995bb836c0dc58ab', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{scattering.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['schedulecheckoflocaltopology_150', ['scheduleCheckOfLocalTopology', ['../classgmx_1_1LocalTopologyChecker.xhtml#a0d84c8f23ed94741752cf48063dee793', 1, 'gmx::LocalTopologyChecker']]],
│ │ │ │ │ ['scheduleoninitstep_151', ['ScheduleOnInitStep', ['../namespacegmx.xhtml#a65a4da1c9de2e9bed752f8b8a3f9f536', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['scheduletask_152', ['scheduletask', ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#a481f40331c19d897e8f19f6e6df28c35', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ + ['scheduletask_152', ['scheduletask', ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml#aadb56e05e1e98a746c3d7efe690b36f9', 1, 'gmx::MttkElement::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1VelocityScalingTemperatureCoupling.xhtml#a8978e8d9ea8378ce811b481ba300ceb2', 1, 'gmx::VelocityScalingTemperatureCoupling::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryElement.xhtml#af5d77577c343b5a6213b0183599f0dd3', 1, 'gmx::TrajectoryElement::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StatePropagatorData_1_1Element.xhtml#a78ea1b79b3207c007545ee32f75a5c18', 1, 'gmx::StatePropagatorData::Element::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#a5de27b8c103d61af4fc0d4485f0696d8', 1, 'gmx::PullElement::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#ab0f183bf218447632393e134cd168926', 1, 'gmx::Propagator::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ParrinelloRahmanBarostat.xhtml#aedfd16655cf7fecee54f630ce17f59f7', 1, 'gmx::ParrinelloRahmanBarostat::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NoseHooverChainsElement.xhtml#ae18d9a9b5dd62c70e247de9cacb7e49b', 1, 'gmx::NoseHooverChainsElement::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MttkBoxScaling.xhtml#a843d396f3a4b61ba30f61e75621125bf', 1, 'gmx::MttkBoxScaling::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml#aadb56e05e1e98a746c3d7efe690b36f9', 1, 'gmx::MttkElement::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga885f0c13ca151b4f3faff2b6693be4d5', 1, 'gmx::ISimulatorElement::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceElement.xhtml#a5ee9dc6b064ef1302b6c1f87584a59fc', 1, 'gmx::ForceElement::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FirstOrderPressureCoupling.xhtml#aae8bd9e527ae47ec32a1bbdf7280d3d7', 1, 'gmx::FirstOrderPressureCoupling::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga885f0c13ca151b4f3faff2b6693be4d5', 1, 'gmx::ISimulatorElement::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#a481f40331c19d897e8f19f6e6df28c35', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExpandedEnsembleElement.xhtml#a10f8d4fb2cf188bdfa934a3d41f504a7', 1, 'gmx::ExpandedEnsembleElement::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#a087252166c905077ef90d523b181b975', 1, 'gmx::EnergyData::Element::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ConstraintsElement.xhtml#a94d2b1115cc744e608601b6ae0755566', 1, 'gmx::ConstraintsElement::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ComputeGlobalsElement.xhtml#a6ad79f672990c0e51239a15dc170d442', 1, 'gmx::ComputeGlobalsElement::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CompositeSimulatorElement.xhtml#a63bab13598122656712cebb8ba83997c', 1, 'gmx::CompositeSimulatorElement::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FirstOrderPressureCoupling.xhtml#aae8bd9e527ae47ec32a1bbdf7280d3d7', 1, 'gmx::FirstOrderPressureCoupling::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AndersenTemperatureCoupling.xhtml#ac08b0da8d9082185faf25841681a52f6', 1, 'gmx::AndersenTemperatureCoupling::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CheckpointHelper.xhtml#a816df5001cbd0c60982950c1bb4e949e', 1, 'gmx::CheckpointHelper::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AndersenTemperatureCoupling.xhtml#ac08b0da8d9082185faf25841681a52f6', 1, 'gmx::AndersenTemperatureCoupling::scheduleTask()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CompositeSimulatorElement.xhtml#a63bab13598122656712cebb8ba83997c', 1, 'gmx::CompositeSimulatorElement::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ComputeGlobalsElement.xhtml#a6ad79f672990c0e51239a15dc170d442', 1, 'gmx::ComputeGlobalsElement::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#a087252166c905077ef90d523b181b975', 1, 'gmx::EnergyData::Element::scheduleTask()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ConstraintsElement.xhtml#a94d2b1115cc744e608601b6ae0755566', 1, 'gmx::ConstraintsElement::scheduleTask()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['scheduling_153', ['Task scheduling', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md18', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['schedulingfunction_154', ['SchedulingFunction', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga2e5213722419e15e533f31b31705c19c', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['sci_155', ['sci', ['../structgmx_1_1nbnxn__sci__t.xhtml#a141062a74177d642598eeb71c284be7f', 1, 'gmx::nbnxn_sci_t::sci'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GpuPairlist.xhtml#acc6ae1d537c8f146c856d2c987108990', 1, 'gmx::GpuPairlist::sci']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['sciallocationsize_156', ['sciAllocationSize', ['../classgmx_1_1GpuPairlist.xhtml#a257db9e44327b49b3d967c26256f82be', 1, 'gmx::GpuPairlist']]],
│ │ │ │ │ @@ -256,24 +256,24 @@
│ │ │ │ │ ['secondarystructuretypes_177', ['SecondaryStructureTypes', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0c', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['secondworstvalue_178', ['secondWorstValue', ['../classgmx_1_1NelderMeadSimplex.xhtml#a8a13144969fb9e78af070d23bdd8773e', 1, 'gmx::NelderMeadSimplex']]],
│ │ │ │ │ ['section_179', ['Section', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#aa42ee379f117739637fea3d9ec66e6ac', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['sectiondepth_5f_180', ['sectionDepth_', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl.xhtml#a47265320e684274c6eb2db8f34e6d4c8', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['sectionlist_181', ['SectionList', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#a0b5d7191a67300492668b579b3d8c7d7', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]],
│ │ │ │ │ ['sectionpointer_182', ['SectionPointer', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#ad7c03ec290814714430d5da793da8b1c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]],
│ │ │ │ │ ['sectionstack_5f_183', ['sectionStack_', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#a12895288cec1aa199d4139c526299ec4', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl']]],
│ │ │ │ │ - ['seed_184', ['seed', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a314085e7fd7c311d6df66b13553bab45', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::seed(uint64_t key0, uint64_t key1)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a1a1d881fcb5a3da2c4a94d990d85c482', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::seed(uint64_t key0=0, RandomDomain domain=RandomDomain::Other)'],
│ │ │ │ │ + ['seed_184', ['seed', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a1a1d881fcb5a3da2c4a94d990d85c482', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::seed(uint64_t key0=0, RandomDomain domain=RandomDomain::Other)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a314085e7fd7c311d6df66b13553bab45', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::seed(uint64_t key0, uint64_t key1)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6c1008edd52ae4e2e1ea5263448fac7b', 1, 'gmx::AwhParams::seed()'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx__repl__ex.xhtml#a361aebb35292ccabe9cc53e6fee091f4', 1, 'gmx_repl_ex::seed'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTestParameters.xhtml#ae687ff9b9091d65451e124e906ef5c7c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTestParameters::seed']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['seed_2ecpp_185', ['seed.cpp', ['../tests_2seed_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['seed_2eh_186', ['seed.h', ['../seed_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['seed_5f_187', ['seed_', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#a43cc4a05fb282e096cf2bb1e792e7917', 1, 'gmx::test::BiasTest::seed_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1BiasFepLambdaStateTest.xhtml#a3c0987ff66d3da9b720ed7543bc84411', 1, 'gmx::test::BiasFepLambdaStateTest::seed_']
│ │ │ │ │ + ['seed_5f_187', ['seed_', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasFepLambdaStateTest.xhtml#a3c0987ff66d3da9b720ed7543bc84411', 1, 'gmx::test::BiasFepLambdaStateTest::seed_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#a43cc4a05fb282e096cf2bb1e792e7917', 1, 'gmx::test::BiasTest::seed_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['sel_188', ['sel', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdGroupData.xhtml#ad61f4043df826e04bd19ede14da87576', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdGroupData::sel'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selcollection__t.xhtml#a5e28e2020cfd3bcd4018cb981db4eee3', 1, 'gmx_ana_selcollection_t::sel']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['sel_5fallocdata_189', ['SEL_ALLOCDATA', ['../selelem_8h.xhtml#a9014d6430c86dbc2ed5a067436bcf6f4', 1, 'selelem.h']]],
│ │ │ │ │ ['sel_5fallocval_190', ['SEL_ALLOCVAL', ['../selelem_8h.xhtml#a6fee1910b915d2f6e873f134e297ab47', 1, 'selelem.h']]],
│ │ │ │ │ ['sel_5farithmetic_191', ['SEL_ARITHMETIC', ['../selelem_8h.xhtml#a1f104d5c71b1198ef51acc4ef016ae46a8b75dccbec633c2002ea8c8fd3639b0e', 1, 'selelem.h']]],
│ │ │ │ │ @@ -365,85 +365,85 @@
│ │ │ │ │ ['selection_20methods_248', ['Custom selection methods', ['../page_module_selection_custom.xhtml', 1, 'page_selections']]],
│ │ │ │ │ ['selection_20modifiers_249', ['selection modifiers', ['../todo.xhtml#_todo000202', 1, 'Selection modifiers'],
│ │ │ │ │ ['../page_module_selection_custom.xhtml#selmethods_modifiers', 1, 'Selection modifiers']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['selection_20parsing_250', ['Selection parsing', ['../page_module_selection_parser.xhtml', 1, 'page_selections']]],
│ │ │ │ │ ['selection_2ecpp_251', ['selection.cpp', ['../selection_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['selection_2eh_252', ['selection.h', ['../selection_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['selectioncollection_253', ['selectioncollection', ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotSettings.xhtml#aee72b1af0481b99ca67e0ca0beefaa28', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotSettings::selectionCollection()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml', 1, 'gmx::SelectionCollection'],
│ │ │ │ │ + ['selectioncollection_253', ['selectioncollection', ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml', 1, 'gmx::SelectionCollection'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotSettings.xhtml#aee72b1af0481b99ca67e0ca0beefaa28', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotSettings::selectionCollection()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml#af4c4da031a86714c51d96f203ecc80b8', 1, 'gmx::SelectionCollection::SelectionCollection()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['selectioncollection_2ecpp_254', ['selectioncollection.cpp', ['../tests_2selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['selectioncollection_2ecpp_254', ['selectioncollection.cpp', ['../selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['selectioncollection_2eh_255', ['selectioncollection.h', ['../selectioncollection_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['selectioncollection_5fimpl_2eh_256', ['selectioncollection_impl.h', ['../selectioncollection__impl_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['selectiondata_257', ['selectiondata', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml', 1, 'gmx::internal::SelectionData'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#a1424b17d6e37e120fe5f8f0eb74a99e7', 1, 'gmx::internal::SelectionData::SelectionData()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['selectiondatalist_258', ['SelectionDataList', ['../namespacegmx.xhtml#ab5559201ddf8596d12d99a3c3e45e989', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['selectiondatapointer_259', ['SelectionDataPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a0e73e50cc7002a24229fa6650b8ccfc8', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['selectionenums_2eh_260', ['selectionenums.h', ['../selectionenums_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['selectionevaluator_261', ['SelectionEvaluator', ['../classgmx_1_1SelectionEvaluator.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['selectionfileoption_262', ['selectionfileoption', ['../classgmx_1_1SelectionFileOption.xhtml#aa940b6e3a02a85f35fc15feb358c180a', 1, 'gmx::SelectionFileOption::SelectionFileOption()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionFileOption.xhtml', 1, 'gmx::SelectionFileOption']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['selectionfileoption_2eh_263', ['selectionfileoption.h', ['../selectionfileoption_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['selectionfileoptioninfo_264', ['selectionfileoptioninfo', ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionInfo.xhtml#a06b3244951d2d48ca1a043a0048c392b', 1, 'gmx::SelectionFileOptionInfo::SelectionFileOptionInfo()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::SelectionFileOptionInfo']
│ │ │ │ │ + ['selectionfileoptioninfo_264', ['selectionfileoptioninfo', ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::SelectionFileOptionInfo'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionInfo.xhtml#a06b3244951d2d48ca1a043a0048c392b', 1, 'gmx::SelectionFileOptionInfo::SelectionFileOptionInfo()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['selectionfileoptionstorage_265', ['selectionfileoptionstorage', ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionStorage.xhtml#a3aa962f9183980c1a4e3e9c240540cfd', 1, 'gmx::SelectionFileOptionStorage::SelectionFileOptionStorage()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::SelectionFileOptionStorage']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['selectionfileoptionstorage_2eh_266', ['selectionfileoptionstorage.h', ['../selectionfileoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['selectionflag_267', ['SelectionFlag', ['../namespacegmx.xhtml#a19038c03ebc67b4c8e7da4ee81cbc836', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['selectionflags_268', ['SelectionFlags', ['../namespacegmx.xhtml#a4d80aa80d970cd0d36eeac2f5d146dcf', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['selectionlist_269', ['SelectionList', ['../namespacegmx.xhtml#ac852a0801cf49723903e23bc77a32163', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['selectionlocation_270', ['SelectionLocation', ['../structgmx_1_1SelectionLocation.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['selectionoption_271', ['selectionoption', ['../classgmx_1_1SelectionOption.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOption'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOption.xhtml#a3b7fd0aeff67eb82d3e42adfe912ee4d', 1, 'gmx::SelectionOption::SelectionOption()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['selectionoption_2ecpp_272', ['selectionoption.cpp', ['../tests_2selectionoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../selectionoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['selectionoption_2ecpp_272', ['selectionoption.cpp', ['../selectionoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2selectionoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['selectionoption_2eh_273', ['selectionoption.h', ['../selectionoption_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['selectionoptionbehavior_274', ['selectionoptionbehavior', ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#a21603fb725d94a93250b0be84d3d7a6c', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::SelectionOptionBehavior()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['selectionoptionbehavior_2ecpp_275', ['selectionoptionbehavior.cpp', ['../selectionoptionbehavior_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['selectionoptionbehavior_2eh_276', ['selectionoptionbehavior.h', ['../selectionoptionbehavior_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['selectionoptioninfo_277', ['selectionoptioninfo', ['../classgmx_1_1SelectionOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionInfo'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionInfo.xhtml#a86d460125f437e3a579f100685a5d46f', 1, 'gmx::SelectionOptionInfo::SelectionOptionInfo()']
│ │ │ │ │ + ['selectionoptioninfo_277', ['selectionoptioninfo', ['../classgmx_1_1SelectionOptionInfo.xhtml#a86d460125f437e3a579f100685a5d46f', 1, 'gmx::SelectionOptionInfo::SelectionOptionInfo()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionInfo']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['selectionoptionmanager_278', ['selectionoptionmanager', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionManager'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager.xhtml#abfcd429376957cf60d31daed35726a85', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::SelectionOptionManager()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['selectionoptionmanager_2ecpp_279', ['selectionoptionmanager.cpp', ['../selectionoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['selectionoptionmanager_2eh_280', ['selectionoptionmanager.h', ['../selectionoptionmanager_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['selectionoptionstorage_281', ['selectionoptionstorage', ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a3dd781afa3dc217f65462ce050a61552', 1, 'gmx::Selection::SelectionOptionStorage'],
│ │ │ │ │ + ['selectionoptionstorage_281', ['selectionoptionstorage', ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml#aecf586e2202f78eaf691bfda3ce76ce3', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage::SelectionOptionStorage()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager.xhtml#a3dd781afa3dc217f65462ce050a61552', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::SelectionOptionStorage'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOption.xhtml#a3dd781afa3dc217f65462ce050a61552', 1, 'gmx::SelectionOption::SelectionOptionStorage'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml#aecf586e2202f78eaf691bfda3ce76ce3', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage::SelectionOptionStorage()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager.xhtml#a3dd781afa3dc217f65462ce050a61552', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::SelectionOptionStorage']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a3dd781afa3dc217f65462ce050a61552', 1, 'gmx::Selection::SelectionOptionStorage'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['selectionoptionstorage_2eh_282', ['selectionoptionstorage.h', ['../selectionoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['selectionoptiontest_283', ['SelectionOptionTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02selectionoption_8cpp_03.xhtml#a487dc4b515d818fb5a19fc87eb689073', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{selectionoption.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['selectionparserparameter_284', ['SelectionParserParameter', ['../classgmx_1_1SelectionParserParameter.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['selectionparserparameterlist_285', ['SelectionParserParameterList', ['../namespacegmx.xhtml#a2000e8454576fcfcd5a8fdc5d060da4e', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['selectionparserparameterlistpointer_286', ['SelectionParserParameterListPointer', ['../namespacegmx.xhtml#af69a9fb56d051d95e77a90d57a9fa42e', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['selectionparsersymbol_287', ['SelectionParserSymbol', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['selectionparsersymboliterator_288', ['selectionparsersymboliterator', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml#a52ff44641590304f3b65ae1e3ecf1ebf', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable::SelectionParserSymbolIterator'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolIterator.xhtml#af149c9045ffc0192c59dd228aba393f4', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolIterator::SelectionParserSymbolIterator()'],
│ │ │ │ │ + ['selectionparsersymboliterator_288', ['selectionparsersymboliterator', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolIterator.xhtml#af149c9045ffc0192c59dd228aba393f4', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolIterator::SelectionParserSymbolIterator()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml#a52ff44641590304f3b65ae1e3ecf1ebf', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable::SelectionParserSymbolIterator'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolIterator.xhtml', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolIterator']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['selectionparsersymboltable_289', ['selectionparsersymboltable', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol.xhtml#a6f47492a3d07b5596df7c88528a15e1c', 1, 'gmx::SelectionParserSymbol::SelectionParserSymbolTable'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolIterator.xhtml#a6f47492a3d07b5596df7c88528a15e1c', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolIterator::SelectionParserSymbolTable'],
│ │ │ │ │ + ['selectionparsersymboltable_289', ['selectionparsersymboltable', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol.xhtml#a6f47492a3d07b5596df7c88528a15e1c', 1, 'gmx::SelectionParserSymbol::SelectionParserSymbolTable'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml#a0e527683bcbb13c1ccf66187e380c3a6', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable::SelectionParserSymbolTable()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolIterator.xhtml#a6f47492a3d07b5596df7c88528a15e1c', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolIterator::SelectionParserSymbolTable']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['selectionparservalue_290', ['SelectionParserValue', ['../classgmx_1_1SelectionParserValue.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['selectionparservaluelist_291', ['SelectionParserValueList', ['../namespacegmx.xhtml#aec46c9561c55f7595677160ee727395d', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['selectionparservaluelistpointer_292', ['SelectionParserValueListPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a043953ace26fa6e1f17f90245e3a29bd', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['selectionposition_293', ['selectionposition', ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a367587f7e23b341a85ae5d308b8a0ef8', 1, 'gmx::SelectionPosition::SelectionPosition()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml', 1, 'gmx::SelectionPosition']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ @@ -499,18 +499,18 @@
│ │ │ │ │ ['sendcoordinatestopme_324', ['sendCoordinatesToPme', ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu_1_1Impl.xhtml#a62f1a1eff1d210698c8c53876905082f', 1, 'gmx::PmePpCommGpu::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['sendcoordinatestopmefromcpu_325', ['sendCoordinatesToPmeFromCpu', ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml#aac4a3a7e70b11f1197826e37bb080bca', 1, 'gmx::PmePpCommGpu']]],
│ │ │ │ │ ['sendcoordinatestopmefromgpu_326', ['sendCoordinatesToPmeFromGpu', ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml#aca9637ed98e605eb38acfb3f1db3cfc6', 1, 'gmx::PmePpCommGpu']]],
│ │ │ │ │ ['sendenergies_327', ['sendEnergies', ['../classgmx_1_1MimicCommunicator.xhtml#ab9d1443e7599eba59af3e8866a08574e', 1, 'gmx::MimicCommunicator']]],
│ │ │ │ │ ['sendforces_328', ['sendForces', ['../classgmx_1_1MimicCommunicator.xhtml#a72da9bef1f60506d755bd218846035da', 1, 'gmx::MimicCommunicator']]],
│ │ │ │ │ ['sendforcesdirecttoppgpu_329', ['sendForcesDirectToPpGpu', ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a209fc2f7867ff6901c6e8ce977f54eff', 1, 'gmx_pme_pp']]],
│ │ │ │ │ ['sendftoppgpuawarempi_330', ['sendftoppgpuawarempi', ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml#aec4535379f56724c0230d2cf84637c04', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::sendFToPpGpuAwareMpi()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu_1_1Impl.xhtml#a928876afdf2aa59e65a3f8c32bf401de', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::Impl::sendFToPpGpuAwareMpi(DeviceBuffer< RVec > sendbuf, int offset, int numBytes, int ppRank, MPI_Request *request)']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu_1_1Impl.xhtml#a928876afdf2aa59e65a3f8c32bf401de', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::Impl::sendFToPpGpuAwareMpi()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['sendftopppeertopeer_331', ['sendftopppeertopeer', ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu_1_1Impl.xhtml#a32fa8a38e5ceef0147a72f5359dd572c', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::Impl::sendFToPpPeerToPeer()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml#aae40adba2195e64f4afb246e49b869de', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::sendFToPpPeerToPeer()']
│ │ │ │ │ + ['sendftopppeertopeer_331', ['sendftopppeertopeer', ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml#aae40adba2195e64f4afb246e49b869de', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::sendFToPpPeerToPeer()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu_1_1Impl.xhtml#a32fa8a38e5ceef0147a72f5359dd572c', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::Impl::sendFToPpPeerToPeer()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['sendinitdata_332', ['sendInitData', ['../classgmx_1_1MimicCommunicator.xhtml#a9c08a5c6effe79ce071a85ff228da148', 1, 'gmx::MimicCommunicator']]],
│ │ │ │ │ ['sendxbuf_333', ['sendxbuf', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a8406c909832be820f0ca7940cd86990b', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['separatedhdlfile_334', ['SeparateDhdlFile', ['../md__enums_8h.xhtml#ae8d0187ba4608fb1f8713e7e9d78c8ba', 1, 'md_enums.h']]],
│ │ │ │ │ ['separatepmerankspermitted_335', ['SeparatePmeRanksPermitted', ['../classgmx_1_1SeparatePmeRanksPermitted.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['seqindex_5f_336', ['seqIndex_', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#a5de7f1436e0bfefd57108e96072cf242', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['sequence_20diagrams_337', ['Sequence diagrams', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md15', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -529,44 +529,44 @@
│ │ │ │ │ ['serializefepstatevalue_343', ['serializeFEPStateValue', ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#affc6d54d2995d645c93d6ce969d08b60', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['serializeindex_344', ['serializeIndex', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a9f8b9fdd59cb7ab0c3b02ba9049086ba', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['serializeindices_345', ['serializeIndices', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a54d8c4a0fd3adda2006c2e87469a9fbe', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['serializekeyvaluetree_346', ['serializeKeyValueTree', ['../group__module__utility.xhtml#gac492f6f7f07670658a028ddddaf2b2ab', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['serializemrcdensitymapheader_347', ['serializeMrcDensityMapHeader', ['../namespacegmx.xhtml#a5155703ab2ced2f51fb4533e20006061', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['serializeparticle_348', ['serializeParticle', ['../classSimulationParticle.xhtml#a75cf84775c19b87cbe4123e3083cec80', 1, 'SimulationParticle']]],
│ │ │ │ │ ['serializestringtable_349', ['serializeStringTable', ['../classStringTable.xhtml#a15fcf1107a2f8641e5bb29660e568afe', 1, 'StringTable']]],
│ │ │ │ │ - ['serializevalue_350', ['serializevalue', ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a217ed846a46d7f46b27ddd8e2cb523ff', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::serializeValue(gmx::ISerializer *serializer, real *value)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#afe178996894904b7dfd46f4ca3c0a6b8', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::serializeValue(gmx::ISerializer *serializer, NameHolder *value, const StringTable &table)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a3157b99b1bedcfe7b4265f83cb6bc3f4', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::serializeValue(gmx::ISerializer *serializer, NameHolder *value)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a745fdcc1e0a8b9364ff6df20862a33ce', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::serializeValue(gmx::ISerializer *serializer, unsigned short *value)']
│ │ │ │ │ + ['serializevalue_350', ['serializevalue', ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#afe178996894904b7dfd46f4ca3c0a6b8', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::serializeValue(gmx::ISerializer *serializer, NameHolder *value, const StringTable &table)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a745fdcc1e0a8b9364ff6df20862a33ce', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::serializeValue(gmx::ISerializer *serializer, unsigned short *value)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a217ed846a46d7f46b27ddd8e2cb523ff', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::serializeValue(gmx::ISerializer *serializer, real *value)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a3157b99b1bedcfe7b4265f83cb6bc3f4', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::serializeValue(gmx::ISerializer *serializer, NameHolder *value)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['serializevaluetype_351', ['serializeValueType', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02keyvaluetreeserializer_8cpp_03.xhtml#ae6763d0fe0a3afb9c9d057f76a41e2d5', 1, 'gmx::anonymous_namespace{keyvaluetreeserializer.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['series_5fsinhx_352', ['series_sinhx', ['../namespacegmx.xhtml#a92d3eb4aaecff5c613995ed4bce22a0a', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['sessionpossible_353', ['sessionPossible', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a2a520cd67703dbad9a08fa372e88cdf3', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]],
│ │ │ │ │ - ['set_354', ['set', ['../classgmx_1_1SimulationSignal.xhtml#a2f60c4f184cf42ebd97c52c91d287f63', 1, 'gmx::SimulationSignal::set'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LincsGpu.xhtml#a7c7ef58ff02dd4b25f4c3b3618694ba4', 1, 'gmx::LincsGpu::set()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SettleGpu.xhtml#a5368b3f8d0668cf397c08f196f10a638', 1, 'gmx::SettleGpu::set()'],
│ │ │ │ │ - ['../parser__internal_8h.xhtml#a8553aeb4ef79ad62e90241cf54e221d5', 1, 'set(): parser_internal.h'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UpdateConstrainGpu_1_1Impl.xhtml#a684c2f7bcbac6dfbb29b1223cb083af0', 1, 'gmx::UpdateConstrainGpu::Impl::set()'],
│ │ │ │ │ + ['set_354', ['set', ['../classgmx_1_1SettleGpu.xhtml#a5368b3f8d0668cf397c08f196f10a638', 1, 'gmx::SettleGpu::set()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#a6964255db6b459fddd71b8a87c0c8211', 1, 'gmx::FlagsTemplate::set(FlagType flag, bool bSet)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#a0a4b09657a2bf81b9a7765d7560da202', 1, 'gmx::FlagsTemplate::set(FlagType flag)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#a6964255db6b459fddd71b8a87c0c8211', 1, 'gmx::FlagsTemplate::set(FlagType flag, bool bSet)']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UpdateConstrainGpu_1_1Impl.xhtml#a684c2f7bcbac6dfbb29b1223cb083af0', 1, 'gmx::UpdateConstrainGpu::Impl::set()'],
│ │ │ │ │ + ['../parser__internal_8h.xhtml#a8553aeb4ef79ad62e90241cf54e221d5', 1, 'set(): parser_internal.h'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimulationSignal.xhtml#a2f60c4f184cf42ebd97c52c91d287f63', 1, 'gmx::SimulationSignal::set'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LincsGpu.xhtml#a7c7ef58ff02dd4b25f4c3b3618694ba4', 1, 'gmx::LincsGpu::set()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['set_5fatoms_355', ['set_atoms', ['../indexutil_8cpp.xhtml#a70ece65ec7e83272fca80a96ef3d2847', 1, 'indexutil.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['set_5fbox_5frel_356', ['set_box_rel', ['../state_8h.xhtml#a6f96a8a73bc80a569e68d84bdea39eeb', 1, 'state.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['set_5fdd_5fcell_5fsizes_357', ['set_dd_cell_sizes', ['../cellsizes_8h.xhtml#a13a488d22b535ac37feeeea1976d02a2', 1, 'cellsizes.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['set_5fdd_5fcell_5fsizes_5fslb_358', ['set_dd_cell_sizes_slb', ['../cellsizes_8h.xhtml#a636bac8dbffda8e0f69cee7b6f2fbfdc', 1, 'cellsizes.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['set_5fdd_5fcorners_359', ['set_dd_corners', ['../partition_8cpp.xhtml#ae66c14d715a0611d7a8224fe94c4bf22', 1, 'partition.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['set_5fdd_5fdim_360', ['set_dd_dim', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a48adf64b6000c286d6bcc18476b350ed', 1, 'domdec_setup.cpp']]],
│ │ │ │ │ - ['set_5fdd_5fdlb_5fmax_5fcutoff_361', ['set_dd_dlb_max_cutoff', ['../partition_8cpp.xhtml#a2835023cad6d4adddea91fcec249e9bc', 1, 'set_dd_dlb_max_cutoff(t_commrec *cr, real cutoff): partition.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../dlb_8h.xhtml#a157bf71cdab9ea140756a04b124db881', 1, 'set_dd_dlb_max_cutoff(struct t_commrec *cr, real cutoff): partition.cpp']
│ │ │ │ │ + ['set_5fdd_5fdlb_5fmax_5fcutoff_361', ['set_dd_dlb_max_cutoff', ['../dlb_8h.xhtml#a157bf71cdab9ea140756a04b124db881', 1, 'set_dd_dlb_max_cutoff(struct t_commrec *cr, real cutoff): partition.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../partition_8cpp.xhtml#a2835023cad6d4adddea91fcec249e9bc', 1, 'set_dd_dlb_max_cutoff(t_commrec *cr, real cutoff): partition.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['set_5fddbox_362', ['set_ddbox', ['../box_8cpp.xhtml#a09243bfbf2345fb0a087fef39778b82b', 1, 'set_ddbox(const gmx_domdec_t &dd, bool mainRankHasTheSystemState, const matrix box, bool calculateUnboundedSize, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_ddbox_t *ddbox): box.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../box_8h.xhtml#a09243bfbf2345fb0a087fef39778b82b', 1, 'set_ddbox(const gmx_domdec_t &dd, bool mainRankHasTheSystemState, const matrix box, bool calculateUnboundedSize, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_ddbox_t *ddbox): box.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['set_5fddbox_5fcr_363', ['set_ddbox_cr', ['../box_8h.xhtml#a52357ea3f4fc5083f33b68b2dba2eb34', 1, 'set_ddbox_cr(DDRole ddRole, MPI_Comm communicator, const gmx::IVec *numDomains, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_ddbox_t *ddbox): box.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../box_8cpp.xhtml#a52357ea3f4fc5083f33b68b2dba2eb34', 1, 'set_ddbox_cr(DDRole ddRole, MPI_Comm communicator, const gmx::IVec *numDomains, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_ddbox_t *ddbox): box.cpp']
│ │ │ │ │ + ['set_5fddbox_5fcr_363', ['set_ddbox_cr', ['../box_8cpp.xhtml#a52357ea3f4fc5083f33b68b2dba2eb34', 1, 'set_ddbox_cr(DDRole ddRole, MPI_Comm communicator, const gmx::IVec *numDomains, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_ddbox_t *ddbox): box.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../box_8h.xhtml#a52357ea3f4fc5083f33b68b2dba2eb34', 1, 'set_ddbox_cr(DDRole ddRole, MPI_Comm communicator, const gmx::IVec *numDomains, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_ddbox_t *ddbox): box.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['set_5fdlb_5flimits_364', ['set_dlb_limits', ['../dlb_8h.xhtml#afaf4f569d865a98d3fa62b86aecc8e77', 1, 'set_dlb_limits(gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../dlb_8cpp.xhtml#afaf4f569d865a98d3fa62b86aecc8e77', 1, 'set_dlb_limits(gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['set_5fempty_365', ['set_empty', ['../parser__internal_8h.xhtml#a0340e95b333de1fa7bf551b2a87448e7', 1, 'parser_internal.h']]],
│ │ │ │ │ ['set_5fevaluation_5ffunction_366', ['set_evaluation_function', ['../compiler_8cpp.xhtml#a35320786c5039f3728adb84d85bd4c2b', 1, 'compiler.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['set_5fexpr_5fvalue_5fstore_367', ['set_expr_value_store', ['../params_8cpp.xhtml#a5da3b2e33fb571c3956ee81d257a8fc1', 1, 'params.cpp']]],
│ │ │ │ │ @@ -584,17 +584,17 @@
│ │ │ │ │ ['set_5fposcoll_5fpos_379', ['set_poscoll_pos', ['../sm__position_8cpp.xhtml#a91b6fe60490830e01753fc702a4f0da6', 1, 'sm_position.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['set_5frefpos_5ftype_380', ['set_refpos_type', ['../parsetree_8cpp.xhtml#a57baca0c38204cd51a3d1a433936599e', 1, 'parsetree.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['set_5ftric_5fdir_381', ['set_tric_dir', ['../box_8cpp.xhtml#ad1b515f02b66cf33e6aa1cc9ec687875', 1, 'box.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['set_5funit_5fsystem_382', ['set_unit_system', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#affa600110ea56d0c552bfd70b97ed047', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs']]],
│ │ │ │ │ ['set_5fzones_5fnumhomeatoms_383', ['set_zones_numHomeAtoms', ['../partition_8cpp.xhtml#ac86fe3a1da28baad5fe956c844894701', 1, 'partition.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['setabstol_384', ['setAbsTol', ['../classgmx_1_1test_1_1SimdBaseTest.xhtml#aba2dcd7ec0563e05aafd6c176fb286c4', 1, 'gmx::test::SimdBaseTest']]],
│ │ │ │ │ ['setacceptbooleannoprefix_385', ['setAcceptBooleanNoPrefix', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a56938380411404494b76c1170f7ceb7f', 1, 'gmx::OptionsAssigner']]],
│ │ │ │ │ - ['setactivedevice_386', ['setactivedevice', ['../device__management_8h.xhtml#a48173236bcd8e9fc7af6ae4472e04b95', 1, 'setActiveDevice(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['setactivedevice_386', ['setactivedevice', ['../device__management__sycl_8cpp.xhtml#a2151c2e4fcc6447a9d753c00748b0aa0', 1, 'setActiveDevice(const DeviceInformation &): device_management_sycl.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../device__management_8h.xhtml#a48173236bcd8e9fc7af6ae4472e04b95', 1, 'setActiveDevice(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../device__management_8cpp.xhtml#a2151c2e4fcc6447a9d753c00748b0aa0', 1, 'setActiveDevice(const DeviceInformation &): device_management.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../device__management__sycl_8cpp.xhtml#a2151c2e4fcc6447a9d753c00748b0aa0', 1, 'setActiveDevice(const DeviceInformation &): device_management_sycl.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../device__management__ocl_8cpp.xhtml#a48173236bcd8e9fc7af6ae4472e04b95', 1, 'setActiveDevice(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_ocl.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../device__management__hip_8cpp.xhtml#a48173236bcd8e9fc7af6ae4472e04b95', 1, 'setActiveDevice(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_hip.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['setallowedvaluecount_387', ['setAllowedValueCount', ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml#ad9f9dafcb85d5d4097716ec4a1b47771', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage']]],
│ │ │ │ │ ['setalternatesteppptaskcompletionevent_388', ['setAlternateStepPpTaskCompletionEvent', ['../classgmx_1_1MdGpuGraph_1_1Impl.xhtml#a0dda5a4c6c0ce568851edff2d8a1a607', 1, 'gmx::MdGpuGraph::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['setandcheckmtslevels_389', ['setAndCheckMtsLevels', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02multipletimestepping_8cpp_03.xhtml#ab30ddb3d9552135e7cdf3f409ca7e440', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{multipletimestepping.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['setanharmpolarization_390', ['setAnharmPolarization', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#a453466f2383839a833488037e97e52aa', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput']]],
│ │ │ │ │ @@ -604,16 +604,16 @@
│ │ │ │ │ ['setatomproperty_394', ['setAtomProperty', ['../classAtomProperties.xhtml#a739d39a4fa53255266ada2df41fa7544', 1, 'AtomProperties']]],
│ │ │ │ │ ['setatomrangeend_395', ['setAtomRangeEnd', ['../classgmx_1_1DomdecZones.xhtml#ae98910a3b4eb865dfadd0a28fc65c966', 1, 'gmx::DomdecZones']]],
│ │ │ │ │ ['setatoms_396', ['setatoms', ['../classgmx_1_1SetAtoms.xhtml#a80c1dc4a5976db3daa93602215fb6e04', 1, 'gmx::SetAtoms::SetAtoms(ChangeAtomsType atomFlag, AtomsDataPtr inputAtoms)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SetAtoms.xhtml#acfbc067f9a1b885b52204c156077c712', 1, 'gmx::SetAtoms::SetAtoms(SetAtoms &&old) noexcept'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsTest.xhtml#ae8e6ba12468592edc3e51ce31449532f', 1, 'gmx::test::SetAtomsTest::setAtoms()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SetAtoms.xhtml', 1, 'gmx::SetAtoms']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['setatoms_2ecpp_397', ['setatoms.cpp', ['../tests_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../outputadapters_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['setatoms_2ecpp_397', ['setatoms.cpp', ['../outputadapters_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['setatoms_2eh_398', ['setatoms.h', ['../setatoms_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['setatomspointer_399', ['SetAtomsPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a88c729a1b6597fd1b7d0ed0e62d4971b', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['setatomssupported_400', ['setAtomsSupported', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ace67bfa1326428a4e92b52de892d709e', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['setatomssupportedfiles_401', ['SetAtomsSupportedFiles', ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsSupportedFiles.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['setatomstest_402', ['setatomstest', ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsTest.xhtml#a551e80ccc16781970f15eba160df0ada', 1, 'gmx::test::SetAtomsTest::SetAtomsTest()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsTest.xhtml', 1, 'gmx::test::SetAtomsTest']
│ │ │ │ │ @@ -623,17 +623,17 @@
│ │ │ │ │ ['setattribute_405', ['setAttribute', ['../namespacegmx.xhtml#a87c9d4293fe70eb69a90396d4b5379dd', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['setauthor_406', ['setAuthor', ['../classgmx_1_1H5md.xhtml#a5eca049688ba0cc7e2bc4897f0e399bd', 1, 'gmx::H5md']]],
│ │ │ │ │ ['setaveragedatasets_407', ['setAverageDataSets', ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#adc61ba269b01d93120060e48fc023ff1', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule']]],
│ │ │ │ │ ['setbinwidth_408', ['setBinWidth', ['../classgmx_1_1ComputeDebyeScattering.xhtml#aa568dd95930b2b962e024245211dcb2d', 1, 'gmx::ComputeDebyeScattering']]],
│ │ │ │ │ ['setbothtime_2ecpp_409', ['setbothtime.cpp', ['../setbothtime_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['setbothtimetest_410', ['SetBothTimeTest', ['../classgmx_1_1test_1_1SetBothTimeTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['setbound_411', ['setBound', ['../classWorkDivision.xhtml#a12b91800bf19728fc05be324c7ffea0e', 1, 'WorkDivision']]],
│ │ │ │ │ - ['setbox_412', ['setbox', ['../classgmx_1_1SetBox.xhtml#a01c71c64b0378c966ba4f5e0d13330ff', 1, 'gmx::SetBox::SetBox()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SetBox.xhtml', 1, 'gmx::SetBox'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SetBox.xhtml#adbcab8f895beb3b0e5c68d863d3af126', 1, 'gmx::SetBox::SetBox()']
│ │ │ │ │ + ['setbox_412', ['setbox', ['../classgmx_1_1SetBox.xhtml', 1, 'gmx::SetBox'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SetBox.xhtml#adbcab8f895beb3b0e5c68d863d3af126', 1, 'gmx::SetBox::SetBox(const matrix box)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SetBox.xhtml#a01c71c64b0378c966ba4f5e0d13330ff', 1, 'gmx::SetBox::SetBox(SetBox &&old) noexcept']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['setbox_2eh_413', ['setbox.h', ['../setbox_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['setboxdeformationflowmatrix_414', ['setBoxDeformationFlowMatrix', ['../namespacegmx.xhtml#ae3d1f9a9e87d6719c47db93113724135', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['setboxdeformationrate_415', ['setBoxDeformationRate', ['../pbc_8cpp.xhtml#a6d40eaad92c0f593734446b2b457bb62', 1, 'pbc.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['setboxpointer_416', ['SetBoxPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a021da0b3e5cf2f954fa5cc64178f442c', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['setbreak_417', ['setBreak', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1SecondaryStructuresData.xhtml#aaba4dce8e835eaf0acf9017de3bedcb4', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::SecondaryStructuresData']]],
│ │ │ │ │ ['setbridge_418', ['setBridge', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1SecondaryStructuresData.xhtml#aba09829bded4d155760fde46569e835b', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::SecondaryStructuresData']]],
│ │ │ │ │ @@ -671,17 +671,17 @@
│ │ │ │ │ ['setcreatorprogramname_437', ['setCreatorProgramName', ['../classgmx_1_1H5md.xhtml#ae0b20c40fd033f842c9cc6c2a5f570b2', 1, 'gmx::H5md']]],
│ │ │ │ │ ['setcreatorprogramversion_438', ['setCreatorProgramVersion', ['../classgmx_1_1H5md.xhtml#ade8530be7f148fce47c596353c04b4cc', 1, 'gmx::H5md']]],
│ │ │ │ │ ['setcrossbondangles_439', ['setCrossBondAngles', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#ae7edd1fa72ad07bbc4de064fb94cd808', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput']]],
│ │ │ │ │ ['setcrossbondbonds_440', ['setCrossBondBonds', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#a296e213ff5adb68c4bcc5de7e8bf3c08', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput']]],
│ │ │ │ │ ['setcubic_441', ['setCubic', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#a3f4dbd1118edb2873547597ca93da650', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput']]],
│ │ │ │ │ ['setcumulative_442', ['setCumulative', ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#addfd374874e2e43ae00005230df25289', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule']]],
│ │ │ │ │ ['setcutoff_443', ['setCutoff', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhood.xhtml#ac7efef66604d09e0c4e127dbed2533ea', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhood']]],
│ │ │ │ │ - ['setdatasetcount_444', ['setdatasetcount', ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a60c13f7908f1c8af7d0f3f1a23200683', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::setDataSetCount()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisData.xhtml#a52581701312f80286fce213167df9bf5', 1, 'gmx::AnalysisData::setDataSetCount()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameLocalData.xhtml#a8739b70a0bb850ff7c4d3ca3ca361f8c', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameLocalData::setDataSetCount()']
│ │ │ │ │ + ['setdatasetcount_444', ['setdatasetcount', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameLocalData.xhtml#a8739b70a0bb850ff7c4d3ca3ca361f8c', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameLocalData::setDataSetCount()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a60c13f7908f1c8af7d0f3f1a23200683', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::setDataSetCount()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisData.xhtml#a52581701312f80286fce213167df9bf5', 1, 'gmx::AnalysisData::setDataSetCount()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['setdatasettolerance_445', ['setDatasetTolerance', ['../classgmx_1_1test_1_1AbstractTrajectoryAnalysisModuleTestFixture.xhtml#a5f03b0934b0704bf367b77b0f4bd1895', 1, 'gmx::test::AbstractTrajectoryAnalysisModuleTestFixture']]],
│ │ │ │ │ ['setdebuglevel_446', ['setDebugLevel', ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml#ac7344df09de3ddade163929d93c7d017', 1, 'gmx::SelectionCollection']]],
│ │ │ │ │ ['setdefaultnicelevel_447', ['setDefaultNiceLevel', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleSettings.xhtml#a22cfcda42b66564a4e9f5db35bc459b9', 1, 'gmx::CommandLineModuleSettings']]],
│ │ │ │ │ ['setdefaulttolerance_448', ['setdefaulttolerance', ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLineTestBase.xhtml#a063ee5537ecfbeea7201ceac119cb8c0', 1, 'gmx::test::CommandLineTestBase::setDefaultTolerance()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#ad50b745444194c3625a58f2e81937220', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::setDefaultTolerance()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ @@ -709,16 +709,16 @@
│ │ │ │ │ ['setevaluatevelocities_466', ['setevaluatevelocities', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#aa7007210627e2b003a1ee0d54c02908a', 1, 'gmx::Selection::setEvaluateVelocities()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionInfo.xhtml#a417b3ff0f560b208752f4f4641cb0847', 1, 'gmx::SelectionOptionInfo::setEvaluateVelocities()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['setexpecteddisplayname_467', ['setExpectedDisplayName', ['../classgmx_1_1test_1_1MockModule.xhtml#a12f7d0f86badd9571d8db185a5df2a30', 1, 'gmx::test::MockModule']]],
│ │ │ │ │ ['setfeaturefrombit_468', ['setFeatureFromBit', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02cpuinfo_8cpp_03.xhtml#a7f74228670a6b37eb982e7ee0b40e414', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cpuinfo.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['setfene_469', ['setFene', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#a5076d8f3b5542394d4608836271a868f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput']]],
│ │ │ │ │ ['setfileandlinenumber_470', ['setFileAndLineNumber', ['../classWarningHandler.xhtml#a0358e88dfdc488a77e1aa07b7a34f9d9', 1, 'WarningHandler']]],
│ │ │ │ │ - ['setfilename_471', ['setfilename', ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#abd162f52c70245a3c00d4d52541110d6', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::setFileName()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#afb74ebb68f6dc4362ef767f2eaa2d397', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::setFileName()']
│ │ │ │ │ + ['setfilename_471', ['setfilename', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#afb74ebb68f6dc4362ef767f2eaa2d397', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::setFileName()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#abd162f52c70245a3c00d4d52541110d6', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::setFileName()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['setfirstcolumnindent_472', ['setFirstColumnIndent', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter.xhtml#a150a8f9bbf9b401f968d28b3c9e89035', 1, 'gmx::TextTableFormatter']]],
│ │ │ │ │ ['setfirstlineindent_473', ['setFirstLineIndent', ['../classgmx_1_1TextLineWrapperSettings.xhtml#a64e14d27ca8e15e1e17c083158ac6280', 1, 'gmx::TextLineWrapperSettings']]],
│ │ │ │ │ ['setfitgroupindices_474', ['setFitGroupIndices', ['../classgmx_1_1DensityFittingOptions.xhtml#abf6003e2cb73b38bd2f1e56b3687105a', 1, 'gmx::DensityFittingOptions']]],
│ │ │ │ │ ['setflag_475', ['setflag', ['../classgmx_1_1AbstractOption.xhtml#ae549635f8cb62f9db063484c9612d8f7', 1, 'gmx::AbstractOption::setFlag()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#afc92ddb8a068df8a4964377fc3aad290', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::setFlag()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractOption.xhtml#aa54e17953a492b8f2d54f90425842dda', 1, 'gmx::AbstractOption::setFlag()'],
│ │ │ │ │ @@ -1219,21 +1219,21 @@
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['shiftindex_769', ['shiftIndex', ['../structt__nblist_1_1IEntry.xhtml#a7b305705092944e43fd27993e784df6d', 1, 't_nblist::IEntry']]],
│ │ │ │ │ ['shiftindextoxdim_770', ['shiftIndexToXDim', ['../namespacegmx.xhtml#a0040ac9986fb3284dbc61fdb52125c00', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['shiftmultipledomains_771', ['shiftMultipleDomains', ['../classgmx_1_1DomainCommBackward.xhtml#abba53d12214732e0ef7ec63ec99bf5d5', 1, 'gmx::DomainCommBackward']]],
│ │ │ │ │ ['shiftvec_772', ['shiftVec', ['../structgmx_1_1NBAtomDataGpu.xhtml#a184771b52c1f72259348b14fce157998', 1, 'gmx::NBAtomDataGpu']]],
│ │ │ │ │ ['shiftvecuploaded_773', ['shiftVecUploaded', ['../structgmx_1_1NBAtomDataGpu.xhtml#aadde322dc817f4bf5a1ce040b0dffb87', 1, 'gmx::NBAtomDataGpu']]],
│ │ │ │ │ ['short_20range_20non_20bonded_20interaction_20module_774', ['Short-range non-bonded interaction module', ['../group______module__nbnxm.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['shortdescription_775', ['shortdescription', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml#a0364e8b334f08f70c60012830c866d2b', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule::shortDescription()'],
│ │ │ │ │ + ['shortdescription_775', ['shortdescription', ['../classgmx_1_1ConvertTprInfo.xhtml#af6535e3438bad3f7568a930e1688b273', 1, 'gmx::ConvertTprInfo::shortDescription'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinemodulemanager_8cpp_03_1_1CMainCommandLineModule.xhtml#a9febf5b09cc0e747ca7a7eaa43a0ce5c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule::shortDescription()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NonbondedBenchmarkInfo.xhtml#af53c9db85517ae7897a49e34f32bb23b', 1, 'gmx::NonbondedBenchmarkInfo::shortDescription'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1MockModule.xhtml#a524bc12130c3d4556c40bbdd959e19cc', 1, 'gmx::test::MockModule::shortDescription()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ICommandLineModule.xhtml#aae4edf891d789a6d24701207074d2bc2', 1, 'gmx::ICommandLineModule::shortDescription()'],
│ │ │ │ │ - ['../classanonymous__namespace_02legacymodules_8cpp_03_1_1ObsoleteToolModule.xhtml#a607d95852f28491e0f1bf24d333d33ac', 1, 'anonymous_namespace{legacymodules.cpp}::ObsoleteToolModule::shortDescription()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinemodulemanager_8cpp_03_1_1CMainCommandLineModule.xhtml#a9febf5b09cc0e747ca7a7eaa43a0ce5c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule::shortDescription()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ConvertTprInfo.xhtml#af6535e3438bad3f7568a930e1688b273', 1, 'gmx::ConvertTprInfo::shortDescription'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NonbondedBenchmarkInfo.xhtml#af53c9db85517ae7897a49e34f32bb23b', 1, 'gmx::NonbondedBenchmarkInfo::shortDescription']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml#a0364e8b334f08f70c60012830c866d2b', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule::shortDescription()'],
│ │ │ │ │ + ['../classanonymous__namespace_02legacymodules_8cpp_03_1_1ObsoleteToolModule.xhtml#a607d95852f28491e0f1bf24d333d33ac', 1, 'anonymous_namespace{legacymodules.cpp}::ObsoleteToolModule::shortDescription()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['should_20use_20in_20practice_776', ['The subset you should use in practice', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md63', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['should_5fmerge_777', ['should_merge', ['../poscalc_8cpp.xhtml#adb897f64df8059b6217d230c89a0cdf8', 1, 'poscalc.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['shouldbackup_778', ['shouldBackup', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#aae46d784b9e9facdb58bd44aec2500b8', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]],
│ │ │ │ │ ['shouldbequiet_779', ['shouldBeQuiet', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#acaf8fd70a59ed9e827620495f95beb40', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]],
│ │ │ │ │ ['shouldcontinuecomparing_780', ['shouldContinueComparing', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02exactcontinuation_8cpp_03_1_1ContinuationFramePairManager.xhtml#a7b8a5e92dfcdfe55a058ffcbf4383141', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{exactcontinuation.cpp}::ContinuationFramePairManager']]],
│ │ │ │ │ ['shoulddocomparison_781', ['shoulddocomparison', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#abbe81cf14419c2622df281dedc47abc0', 1, 'gmx::test::shouldDoComparison(const ComparisonConditions comparisonConditions, const bool referenceIsEmpty, const bool testIsEmpty)'],
│ │ │ │ │ @@ -1243,30 +1243,30 @@
│ │ │ │ │ ['shouldignoreactualmodule_783', ['shouldIgnoreActualModule', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#accab4527c9c43bed058c69f6aa39515e', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]],
│ │ │ │ │ ['shouldnotifyimmediately_784', ['shouldNotifyImmediately', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#a460c8523ba9d64a48fd9fc18d1f61a49', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]],
│ │ │ │ │ ['shouldshowhelp_785', ['shouldShowHelp', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#a85a35f6c87b8f55301c1e93da0b3463f', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]],
│ │ │ │ │ ['shouldshowhidden_786', ['shouldShowHidden', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#ac2f63b398be8cd30de8504c87d4f6683', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]],
│ │ │ │ │ ['showhidden_787', ['showHidden', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#a1b5296d1e85db490f341448c0aab2c45', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext']]],
│ │ │ │ │ ['shrinksimplexpointsexceptbest_788', ['shrinkSimplexPointsExceptBest', ['../classgmx_1_1NelderMeadSimplex.xhtml#add8ea70a51f8e679c136a98e0e067b41', 1, 'gmx::NelderMeadSimplex']]],
│ │ │ │ │ ['sig_789', ['sig', ['../classgmx_1_1SimulationSignal.xhtml#ac2b2a5f8c7a4c388bae77fc1288290c3', 1, 'gmx::SimulationSignal']]],
│ │ │ │ │ - ['sigma_790', ['sigma', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdGroupData.xhtml#adf1f3d4411f310e36cd9cf12a86fe062', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdGroupData::sigma'],
│ │ │ │ │ - ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#a3e49bfb4ee28733b17ee5da4530797d2', 1, 't_UmbrellaWindow::sigma']
│ │ │ │ │ + ['sigma_790', ['sigma', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#a3e49bfb4ee28733b17ee5da4530797d2', 1, 't_UmbrellaWindow::sigma'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdGroupData.xhtml#adf1f3d4411f310e36cd9cf12a86fe062', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdGroupData::sigma']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['sigma_5f_791', ['sigma_', ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#ab0d50c6fdbdcb94b9c0a7bfa3c0f7666', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl::sigma_'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02neldermead_8cpp_03_1_1NelderMeadParameters.xhtml#ae7d41103125700257eaae651d2da9e78', 1, 'gmx::anonymous_namespace{neldermead.cpp}::NelderMeadParameters::sigma_'],
│ │ │ │ │ + ['sigma_5f_791', ['sigma_', ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#abc31d2b29be8bfc147542841e17fefbb', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::sigma_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#ab0d50c6fdbdcb94b9c0a7bfa3c0f7666', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl::sigma_'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters_1_1Shape.xhtml#ae1344660b67767f2645178a84fe29ac7', 1, 'gmx::GaussianSpreadKernelParameters::Shape::sigma_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#abc31d2b29be8bfc147542841e17fefbb', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::sigma_']
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02neldermead_8cpp_03_1_1NelderMeadParameters.xhtml#ae7d41103125700257eaae651d2da9e78', 1, 'gmx::anonymous_namespace{neldermead.cpp}::NelderMeadParameters::sigma_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['sigmah_792', ['sigmaH', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testsystem_8cpp_03.xhtml#a13d87d7231f700993326f136199610e0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testsystem.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['sigmao_793', ['sigmaO', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testsystem_8cpp_03.xhtml#ac8bae4d3c92d139e5bb15b70002d7cc9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testsystem.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['signal_794', ['signal', ['../classgmx_1_1TrajectorySignaller.xhtml#a0f409da6d78ba6e84603ea3461972fdd', 1, 'gmx::TrajectorySignaller::signal()'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gad7b381eec03a5ce4c110475c4d722fa1', 1, 'gmx::ISignaller::signal()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergySignaller.xhtml#a22d8678a2fbb90b777955452562ce57e', 1, 'gmx::EnergySignaller::signal()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LoggingSignaller.xhtml#af84dd04e1f70040fb35e7924ff38683e', 1, 'gmx::LoggingSignaller::signal()'],
│ │ │ │ │ + ['signal_794', ['signal', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gad7b381eec03a5ce4c110475c4d722fa1', 1, 'gmx::ISignaller::signal()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NeighborSearchSignaller.xhtml#a7edfb87a360726e4bfbcc5faf0125c16', 1, 'gmx::NeighborSearchSignaller::signal()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LastStepSignaller.xhtml#ad6d2d54ef1fbb9439afb3f540b528a90', 1, 'gmx::LastStepSignaller::signal()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NeighborSearchSignaller.xhtml#a7edfb87a360726e4bfbcc5faf0125c16', 1, 'gmx::NeighborSearchSignaller::signal()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LoggingSignaller.xhtml#af84dd04e1f70040fb35e7924ff38683e', 1, 'gmx::LoggingSignaller::signal()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectorySignaller.xhtml#a0f409da6d78ba6e84603ea3461972fdd', 1, 'gmx::TrajectorySignaller::signal()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergySignaller.xhtml#a22d8678a2fbb90b777955452562ce57e', 1, 'gmx::EnergySignaller::signal()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['signalintersim_795', ['signalInterSim', ['../classgmx_1_1SimulationSignaller.xhtml#a8072d5a64fa7fc9547b110bc3c1ebd0f', 1, 'gmx::SimulationSignaller']]],
│ │ │ │ │ ['signaller_20and_20element_20details_796', ['Signaller and element details', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md20', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['signallerbuilder_797', ['SignallerBuilder', ['../classgmx_1_1SignallerBuilder.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['signallerbuilder_3c_20energysignaller_20_3e_798', ['SignallerBuilder< EnergySignaller >', ['../classgmx_1_1EnergySignaller.xhtml#afb979459db2487c5003e22e8354735d7', 1, 'gmx::EnergySignaller']]],
│ │ │ │ │ ['signallerbuilder_3c_20gmx_3a_3aenergysignaller_20_3e_799', ['SignallerBuilder< gmx::EnergySignaller >', ['../classgmx_1_1SignallerBuilder.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['signallerbuilder_3c_20gmx_3a_3alaststepsignaller_20_3e_800', ['SignallerBuilder< gmx::LastStepSignaller >', ['../classgmx_1_1SignallerBuilder.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ @@ -1295,16 +1295,16 @@
│ │ │ │ │ ['simd_20coding_821', ['Single-instruction Multiple-data (SIMD) coding', ['../page_simd.xhtml', 1, 'index']]],
│ │ │ │ │ ['simd_20datatypes_822', ['SIMD datatypes', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md59', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_20instructions_823', ['Coding with SIMD instructions', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md56', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_20intrinsics_20interface_20simd_824', ['SIMD intrinsics interface (simd)', ['../group__module__simd.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_20math_20library_825', ['The SIMD math library', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md70', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_20module_826', ['Design of the GROMACS SIMD module', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md57', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_20preprocessor_20macros_827', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['simd_2eh_828', ['simd.h', ['../tests_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['simd_2eh_828', ['simd.h', ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simd4_20implementation_829', ['SIMD4 implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md64', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd4_2eh_830', ['simd4.h', ['../simd4_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd4bool_831', ['Simd4Bool', ['../namespacegmx.xhtml#acb6a84be080be397c2c09cda9f315037', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['simd4dbool_832', ['simd4dbool', ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml#a428de6b27a42a06dd0fd632660b3ae9d', 1, 'gmx::Simd4DBool::Simd4DBool()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4DBool']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ @@ -1327,17 +1327,17 @@
│ │ │ │ │ ['simd_5fmath_2eh_843', ['simd_math.h', ['../simd__math_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_5fmemory_2ecpp_844', ['simd_memory.cpp', ['../simd__memory_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_5fmemory_2eh_845', ['simd_memory.h', ['../simd__memory_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_5fprune_5fkernel_2eh_846', ['simd_prune_kernel.h', ['../simd__prune__kernel_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_5fsupport_2ecpp_847', ['simd_support.cpp', ['../simd__support_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_5fsupport_2eh_848', ['simd_support.h', ['../simd__support_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_5fwidth_849', ['simd_width', ['../namespacegmx.xhtml#ad2defc5df98b53733b2d299c76788b05', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['simdarrayref_850', ['simdarrayref', ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a5204b9593b3a9c201efeb784171c7579', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::SimdArrayRef(pointer begin, pointer end)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#aefbfd15fc7041c25560e8977755f7ae1', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::SimdArrayRef(U &&o)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef< T >']
│ │ │ │ │ + ['simdarrayref_850', ['simdarrayref', ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef< T >'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a5204b9593b3a9c201efeb784171c7579', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::SimdArrayRef(pointer begin, pointer end)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#aefbfd15fc7041c25560e8977755f7ae1', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::SimdArrayRef(U &&o)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simdbasetest_851', ['simdbasetest', ['../classgmx_1_1test_1_1SimdBaseTest.xhtml#a293b4002e1c6a4e9863c1f50994f694e', 1, 'gmx::test::SimdBaseTest::SimdBaseTest()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SimdBaseTest.xhtml', 1, 'gmx::test::SimdBaseTest']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simdbitmask_852', ['SimdBitMask', ['../namespacegmx.xhtml#afb42c13ecb6e9bac5d3b89e89143257f', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['simdbool_853', ['SimdBool', ['../namespacegmx.xhtml#a307172d59a1a7c9ed87bc2cb4df83efa', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['simdcheck_854', ['simdCheck', ['../namespacegmx.xhtml#a3dfaae36144016a6b9ef7524dfbbb815', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ @@ -1347,23 +1347,23 @@
│ │ │ │ │ ['simddibool_856', ['simddibool', ['../classgmx_1_1SimdDIBool.xhtml#a9b76cf7d82509f3f7adeac5d7f1b1477', 1, 'gmx::SimdDIBool::SimdDIBool()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimdDIBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdDIBool']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simddint32_857', ['simddint32', ['../classgmx_1_1SimdDInt32.xhtml#a4107f8bf681a5cfe0abd34bffd5d952b', 1, 'gmx::SimdDInt32::SimdDInt32()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimdDInt32.xhtml', 1, 'gmx::SimdDInt32']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simddint32tag_858', ['SimdDInt32Tag', ['../structgmx_1_1SimdDInt32Tag.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['simddouble_859', ['simddouble', ['../classgmx_1_1SimdDouble.xhtml', 1, 'gmx::SimdDouble'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SimdDouble.xhtml#a2d9fc8690b953db795e705c3747d3599', 1, 'gmx::SimdDouble::SimdDouble()']
│ │ │ │ │ + ['simddouble_859', ['simddouble', ['../classgmx_1_1SimdDouble.xhtml#a2d9fc8690b953db795e705c3747d3599', 1, 'gmx::SimdDouble::SimdDouble()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimdDouble.xhtml', 1, 'gmx::SimdDouble']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simddoubletag_860', ['SimdDoubleTag', ['../structgmx_1_1SimdDoubleTag.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['simdfbool_861', ['simdfbool', ['../classgmx_1_1SimdFBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdFBool'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SimdFBool.xhtml#a223886f07ff39d3874623985e9c4dcfb', 1, 'gmx::SimdFBool::SimdFBool()']
│ │ │ │ │ + ['simdfbool_861', ['simdfbool', ['../classgmx_1_1SimdFBool.xhtml#a223886f07ff39d3874623985e9c4dcfb', 1, 'gmx::SimdFBool::SimdFBool()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimdFBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdFBool']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['simdfibool_862', ['simdfibool', ['../classgmx_1_1SimdFIBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdFIBool'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SimdFIBool.xhtml#a88edd353a744b1008ce1f604a231a6fa', 1, 'gmx::SimdFIBool::SimdFIBool()']
│ │ │ │ │ + ['simdfibool_862', ['simdfibool', ['../classgmx_1_1SimdFIBool.xhtml#a88edd353a744b1008ce1f604a231a6fa', 1, 'gmx::SimdFIBool::SimdFIBool()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimdFIBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdFIBool']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simdfint32_863', ['simdfint32', ['../classgmx_1_1SimdFInt32.xhtml#a32a19cb5719199467b676f2afc062b53', 1, 'gmx::SimdFInt32::SimdFInt32()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimdFInt32.xhtml', 1, 'gmx::SimdFInt32']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simdfint32tag_864', ['SimdFInt32Tag', ['../structgmx_1_1SimdFInt32Tag.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['simdfloat_865', ['simdfloat', ['../classgmx_1_1SimdFloat.xhtml#ac87ff86aef4f83bd19c5abaeb36b275c', 1, 'gmx::SimdFloat::SimdFloat()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimdFloat.xhtml', 1, 'gmx::SimdFloat']
│ │ │ │ │ @@ -1390,16 +1390,16 @@
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaad2aad9cfab3904f12150fcbfeef4abb', 1, 'gmx::simdLoad(const std::int32_t *m, SimdFInt32Tag)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simdloadu_871', ['simdloadu', ['../group__module__simd.xhtml#ga8a55e1389d71ead23e99960246e6ccee', 1, 'gmx::simdLoadU(const float *m, SimdFloatTag={})'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gab150640af73f4eef9ea195b1a8f20ce1', 1, 'gmx::simdLoadU(const std::int32_t *m, SimdFInt32Tag)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga40e6d24dace5c5c1ebca0011abeebbb7', 1, 'gmx::simdLoadU(const std::int32_t *m, SimdDInt32Tag)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga17fc8ed26898a13e4693bda780ef5237', 1, 'gmx::simdLoadU(const double *m, SimdDoubleTag={})']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['simdmasks_872', ['simdmasks', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t_1_1SimdMasks.xhtml', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::SimdMasks'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#aec3e9ee06f2122786a38b2fa4a56b171', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::simdMasks() const']
│ │ │ │ │ + ['simdmasks_872', ['simdmasks', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#aec3e9ee06f2122786a38b2fa4a56b171', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::simdMasks() const'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t_1_1SimdMasks.xhtml', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::SimdMasks']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simdprefetch_873', ['simdPrefetch', ['../namespacegmx.xhtml#a56ac3ee1c4a4902e9d305f3ace26d4ca', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['simdreal_874', ['SimdReal', ['../namespacegmx.xhtml#a8591d5e5ac6d1bec936a013fdc41b904', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['simdrealwidth_875', ['simdRealWidth', ['../structScalarDataTypes.xhtml#a5e1690f765bd1ce0d6d2978a7b112b48', 1, 'ScalarDataTypes']]],
│ │ │ │ │ ['simdsetzeroproxy_876', ['SimdSetZeroProxy', ['../classgmx_1_1SimdSetZeroProxy.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['simdsuggested_877', ['simdSuggested', ['../namespacegmx.xhtml#afb849452876bebac9fbff66b765ad1f5', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['simdtraits_878', ['SimdTraits', ['../structgmx_1_1internal_1_1SimdTraits.xhtml', 1, 'gmx::internal']]],
│ │ │ │ │ @@ -1426,16 +1426,16 @@
│ │ │ │ │ ['simulation_5fpart_893', ['simulation_part', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a8f7017d72ddc710883cb1092ce2502b0', 1, 'CheckpointHeaderContents']]],
│ │ │ │ │ ['simulation_5fworkload_2eh_894', ['simulation_workload.h', ['../simulation__workload_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulationalgorithmsetuperror_895', ['simulationalgorithmsetuperror', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga49ed6df331bd347a90a0f294b01a6cae', 1, 'gmx::SimulationAlgorithmSetupError::SimulationAlgorithmSetupError()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimulationAlgorithmSetupError.xhtml', 1, 'gmx::SimulationAlgorithmSetupError']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simulationcomm_5f_896', ['simulationComm_', ['../structgmx__multisim__t.xhtml#a910a3571afca4211a20f20bfbdb3a033', 1, 'gmx_multisim_t']]],
│ │ │ │ │ ['simulationcommunicator_5f_897', ['simulationCommunicator_', ['../classgmx_1_1SimulationContext.xhtml#ad0ebda63a530b62f9dcbab40a094ca27', 1, 'gmx::SimulationContext']]],
│ │ │ │ │ - ['simulationcontext_898', ['simulationcontext', ['../classgmx_1_1SimulationContext.xhtml#ad1aa6dea482a214d3898566458c11df9', 1, 'gmx::SimulationContext::SimulationContext()=delete'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SimulationContext.xhtml#a02ea8872a5ff80a2aeed9370ca5232e0', 1, 'gmx::SimulationContext::SimulationContext(MPI_Comm communicator, ArrayRef< const std::string > multiSimDirectoryNames)'],
│ │ │ │ │ + ['simulationcontext_898', ['simulationcontext', ['../classgmx_1_1SimulationContext.xhtml#a02ea8872a5ff80a2aeed9370ca5232e0', 1, 'gmx::SimulationContext::SimulationContext(MPI_Comm communicator, ArrayRef< const std::string > multiSimDirectoryNames)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimulationContext.xhtml#ad1aa6dea482a214d3898566458c11df9', 1, 'gmx::SimulationContext::SimulationContext()=delete'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimulationContext.xhtml', 1, 'gmx::SimulationContext']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simulationcontext_2eh_899', ['simulationcontext.h', ['../simulationcontext_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulationdata_900', ['simulationData', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper.xhtml#a1c5eb583fece7a1d9ce31b385dc414af', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper']]],
│ │ │ │ │ ['simulationdatabase_2ecpp_901', ['simulationdatabase.cpp', ['../simulationdatabase_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulationdatabase_2eh_902', ['simulationdatabase.h', ['../simulationdatabase_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulationgroups_903', ['SimulationGroups', ['../structSimulationGroups.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -1460,121 +1460,121 @@
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml', 1, 'gmx::test::SimulationRunner']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simulationrunnermdpsource_913', ['SimulationRunnerMdpSource', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b76a571a22b4c47f7dab283e6674154', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['simulationsetupnotifier_5f_914', ['simulationSetupNotifier_', ['../structgmx_1_1MDModulesNotifiers.xhtml#a2223d7889bb5bf7bd5feb144490fab19', 1, 'gmx::MDModulesNotifiers']]],
│ │ │ │ │ ['simulationsignal_915', ['simulationsignal', ['../classgmx_1_1SimulationSignal.xhtml#a36d4d0dbe3747f21c0f1762fb4a6b100', 1, 'gmx::SimulationSignal::SimulationSignal()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimulationSignal.xhtml', 1, 'gmx::SimulationSignal']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['simulationsignal_2ecpp_916', ['simulationsignal.cpp', ['../tests_2simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['simulationsignal_2ecpp_916', ['simulationsignal.cpp', ['../simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simulationsignal_2eh_917', ['simulationsignal.h', ['../simulationsignal_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['simulationsignaller_918', ['simulationsignaller', ['../classgmx_1_1SimulationSignaller.xhtml#acf0b6f070504a11f2cc8c6ca80124d6d', 1, 'gmx::SimulationSignaller::SimulationSignaller()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SimulationSignaller.xhtml', 1, 'gmx::SimulationSignaller']
│ │ │ │ │ + ['simulationsignaller_918', ['simulationsignaller', ['../classgmx_1_1SimulationSignaller.xhtml', 1, 'gmx::SimulationSignaller'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimulationSignaller.xhtml#acf0b6f070504a11f2cc8c6ca80124d6d', 1, 'gmx::SimulationSignaller::SimulationSignaller()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simulationsignals_919', ['simulationsignals', ['../namespacegmx.xhtml#a2c0facebaa27d417dcf4d032f2a5725a', 1, 'gmx::SimulationSignals'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GlobalCommunicationHelper.xhtml#a87c8417f09e55b0ff94dc5d77fcf8f25', 1, 'gmx::GlobalCommunicationHelper::simulationSignals()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simulationtimestep_920', ['simulationtimestep', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#a9946d55cafbe555d3b178051fd245b84', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup::simulationTimeStep()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1SimulationTimeStep.xhtml', 1, 'gmx::SimulationTimeStep'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a572741eb50a013ae14929c558da11b79', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters::simulationTimeStep()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a572741eb50a013ae14929c558da11b79', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters::simulationTimeStep()'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SimulationTimeStep.xhtml', 1, 'gmx::SimulationTimeStep']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simulationworkload_921', ['SimulationWorkload', ['../classgmx_1_1SimulationWorkload.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['simulator_922', ['simulator', ['../group__module__modularsimulator.xhtml', 1, 'The modular simulator'],
│ │ │ │ │ - ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md13', 1, 'The modular simulator'],
│ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml', 1, 'The modular simulator'],
│ │ │ │ │ + ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md13', 1, 'The modular simulator'],
│ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md8', 1, 'Using the modular simulator']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simulator_20algorithm_923', ['The simulator algorithm', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md14', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulator_20algorithm_20builder_924', ['Simulator algorithm builder', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md38', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulator_20approach_925', ['The modular simulator approach', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md10', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulator_20checkpointing_20design_926', ['Notes about the modular simulator checkpointing design', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md46', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulator_20design_927', ['Modular simulator design', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md45', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['simulator_20elements_928', ['simulator elements', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md22', 1, 'Simulator Elements'],
│ │ │ │ │ - ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md11', 1, 'Simulator elements']
│ │ │ │ │ + ['simulator_20elements_928', ['simulator elements', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md11', 1, 'Simulator elements'],
│ │ │ │ │ + ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md22', 1, 'Simulator Elements']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simulator_2ecpp_929', ['simulator.cpp', ['../simulator_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulatoralgorithm_2ecpp_930', ['simulatoralgorithm.cpp', ['../simulatoralgorithm_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulatoralgorithm_2eh_931', ['simulatoralgorithm.h', ['../simulatoralgorithm_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulatorbuilder_932', ['simulatorbuilder', ['../classgmx_1_1SimulatorBuilder.xhtml', 1, 'gmx::SimulatorBuilder'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimulatorBuilder.xhtml#a2c1f3ff1cdc1de364d906fffd960dd60', 1, 'gmx::SimulatorBuilder::SimulatorBuilder()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simulatorbuilder_2ecpp_933', ['simulatorbuilder.cpp', ['../simulatorbuilder_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulatorcomparison_2ecpp_934', ['simulatorcomparison.cpp', ['../simulatorcomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulatorcomparison_2eh_935', ['simulatorcomparison.h', ['../simulatorcomparison_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulatorcomparisontestparams_936', ['SimulatorComparisonTestParams', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02simulator_8cpp_03.xhtml#a1e1fe6a705505bf0a84a445b45d9149f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{simulator.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['simulatorconfig_937', ['simulatorconfig', ['../structgmx_1_1SimulatorConfig.xhtml', 1, 'gmx::SimulatorConfig'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1SimulatorConfig.xhtml#a548a1ccba91e6e28cb83329f3a3ec2bb', 1, 'gmx::SimulatorConfig::SimulatorConfig()']
│ │ │ │ │ + ['simulatorconfig_937', ['simulatorconfig', ['../structgmx_1_1SimulatorConfig.xhtml#a548a1ccba91e6e28cb83329f3a3ec2bb', 1, 'gmx::SimulatorConfig::SimulatorConfig()'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SimulatorConfig.xhtml', 1, 'gmx::SimulatorConfig']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['simulatorenv_938', ['simulatorenv', ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml', 1, 'gmx::SimulatorEnv'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml#a7702bc18bf087a8f477edbf6f53449cd', 1, 'gmx::SimulatorEnv::SimulatorEnv()']
│ │ │ │ │ + ['simulatorenv_938', ['simulatorenv', ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml#a7702bc18bf087a8f477edbf6f53449cd', 1, 'gmx::SimulatorEnv::SimulatorEnv()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml', 1, 'gmx::SimulatorEnv']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simulatorfunctiontype_939', ['SimulatorFunctionType', ['../namespacegmx.xhtml#ae387a0df9063d4cfa9c036249757719a', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['simulatorrunfunction_940', ['SimulatorRunFunction', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga59c72a296622321649fae9ccfcff085a', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['simulatorstatedata_941', ['simulatorstatedata', ['../structgmx_1_1SimulatorStateData.xhtml#a2a74c72af2166d761193bbb5807a1494', 1, 'gmx::SimulatorStateData::SimulatorStateData()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1SimulatorStateData.xhtml', 1, 'gmx::SimulatorStateData'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1SimulatorStateData.xhtml#ac0873d6406970e16d01fe31bbf6bccd3', 1, 'gmx::SimulatorStateData::SimulatorStateData()']
│ │ │ │ │ + ['simulatorstatedata_941', ['simulatorstatedata', ['../structgmx_1_1SimulatorStateData.xhtml#ac0873d6406970e16d01fe31bbf6bccd3', 1, 'gmx::SimulatorStateData::SimulatorStateData(t_state *globalState, t_state *localState, ObservablesHistory *observablesHistory, gmx_enerdata_t *enerdata, gmx_ekindata_t *ekindata)'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SimulatorStateData.xhtml#a2a74c72af2166d761193bbb5807a1494', 1, 'gmx::SimulatorStateData::SimulatorStateData(const SimulatorStateData &simulatorStateData)=default'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SimulatorStateData.xhtml', 1, 'gmx::SimulatorStateData']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['sin_942', ['sin', ['../namespacegmx.xhtml#af85c54a566c85f916aaa2561d12fa851', 1, 'gmx::sin(float x)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a6579216abaac018cb0bc59e9183f99ba', 1, 'gmx::sin(double x)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['sincderivative_943', ['sincDerivative', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03.xhtml#a2ef9f1c447da77e20bc50ae54558f8a8', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['sincfunction_944', ['sincFunction', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03.xhtml#a601bae61b2e2cec65e3df254264ff6ab', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['sincos_945', ['sincos', ['../namespacegmx.xhtml#a3191310c1a122aafe946f0caf2fdf364', 1, 'gmx::sincos(float x, float *sinval, float *cosval)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a0a5923534ff59a386ae0579eb4196b1e', 1, 'gmx::sincos(double x, double *sinval, double *cosval)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['sincossingleaccuracy_946', ['sincosSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a200455e2d7401d66cac8e39b4c8142bf', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['single_947', ['single', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5e92a2f6b08c68771eee6ce70555360aa66ba162102bbf6ae31b522aec561735e', 1, 'gmx::Single'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#abab20f57d9df210c6b3f6384c54f7212a66ba162102bbf6ae31b522aec561735e', 1, 'gmx::Single'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga7c3572ad84e8f86df4c131e95518c058a66ba162102bbf6ae31b522aec561735e', 1, 'gmx::Single']
│ │ │ │ │ + ['single_947', ['single', ['../namespacegmx.xhtml#abab20f57d9df210c6b3f6384c54f7212a66ba162102bbf6ae31b522aec561735e', 1, 'gmx::Single'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga7c3572ad84e8f86df4c131e95518c058a66ba162102bbf6ae31b522aec561735e', 1, 'gmx::Single'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5e92a2f6b08c68771eee6ce70555360aa66ba162102bbf6ae31b522aec561735e', 1, 'gmx::Single']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['single_20instruction_20multiple_20data_20simd_20coding_948', ['Single-instruction Multiple-data (SIMD) coding', ['../page_simd.xhtml', 1, 'index']]],
│ │ │ │ │ ['singledimdifftype_949', ['SingleDimDiffType', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03.xhtml#a9536a4e671cece0fd74283f83a0d8112', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['singlemodule_5f_950', ['singleModule_', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#abc5cea732a078f754fec57573154d6b8', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['singlerankchecker_951', ['SingleRankChecker', ['../classanonymous__namespace_02resourcedivision_8cpp_03_1_1SingleRankChecker.xhtml', 1, 'anonymous_namespace{resourcedivision.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['sinsingleaccuracy_952', ['sinSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a810c7b2f5d8f267f421f2c59a308c11d', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['site_953', ['site', ['../classgmx_1_1Site.xhtml', 1, 'gmx::Site'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Site.xhtml#ad767e103bed475a945644baad0cdb9e8', 1, 'gmx::Site::Site(int globalIndex)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Site.xhtml#afbd9fb992d7d8f258f7348c0fa21e040', 1, 'gmx::Site::Site(const Site &site)']
│ │ │ │ │ + ['site_953', ['site', ['../classgmx_1_1Site.xhtml#ad767e103bed475a945644baad0cdb9e8', 1, 'gmx::Site::Site(int globalIndex)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Site.xhtml#afbd9fb992d7d8f258f7348c0fa21e040', 1, 'gmx::Site::Site(const Site &site)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Site.xhtml', 1, 'gmx::Site']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['sites_954', ['sites', ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#a7a702d6f1dd3010a916b6639d161286d', 1, 'gmx::IRestraintPotential']]],
│ │ │ │ │ ['sixthroot_955', ['sixthroot', ['../namespacegmx.xhtml#a02308efcb527a69ce399111550575880', 1, 'gmx::sixthroot(int x)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a4cf2628e4b20455d3396e0c2c234b951', 1, 'gmx::sixthroot(double x)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a12dcc6af3bf2f769ea1e17ed12921e2c', 1, 'gmx::sixthroot(float x)']
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a12dcc6af3bf2f769ea1e17ed12921e2c', 1, 'gmx::sixthroot(float x)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a4cf2628e4b20455d3396e0c2c234b951', 1, 'gmx::sixthroot(double x)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['size_956', ['size', ['../structgmx__sel__mempool__block__t.xhtml#a43c664f24005c1ae9a6ef94ef1b60b4f', 1, 'gmx_sel_mempool_block_t::size'],
│ │ │ │ │ + ['size_956', ['size', ['../structgmx_1_1HostInteractionList.xhtml#a80d690781072ab78e5f819ea2c900984', 1, 'gmx::HostInteractionList::size()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Range.xhtml#a00f5c3b5a285d03a5085094b28196df1', 1, 'gmx::Range::size()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#a1c88e830f34f8f3e782744187441f938', 1, 'gmx::ListOfLists::size()'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a20819048684bd999c74cb227acfb1fda', 1, 'gmx::EnumerationArray::size()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a7f62e652e6784ce7acd7c9ee65a56646', 1, 'gmx::ArrayRef::size()'],
│ │ │ │ │ ['../structt__ilist.xhtml#a9ed39cd7c7a19fec3b33e236f235e7ce', 1, 't_ilist::size()'],
│ │ │ │ │ ['../structInteractionList.xhtml#af65d965388d9fb530e6590c59c071d38', 1, 'InteractionList::size()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1KeyValueTreePath.xhtml#ad4d2cace6fc5052f7707a161684db18d', 1, 'gmx::KeyValueTreePath::size()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a85859ca4921450bcbd05b8134e2faece', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::size()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#ad54fdc42c56246fdb49f2182cc0160e8', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::size()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PackedJClusterList.xhtml#aaab0812d3f64ee74976872754af206bf', 1, 'gmx::PackedJClusterList::size()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1JClusterList.xhtml#a17928776d221110055d7f95531d19afe', 1, 'gmx::JClusterList::size()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a08723bd8066d968b6ecb364572383fd2', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer::size()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a0a965c86a69fffa4b3f0f13341f5b127', 1, 'gmx::PaddedVector::size()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a4d291bd901040827f9fce4a0f0b0980e', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::size()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1HostInteractionList.xhtml#a80d690781072ab78e5f819ea2c900984', 1, 'gmx::HostInteractionList::size()'],
│ │ │ │ │ ['../structInteractionsOfType.xhtml#a487d674668f5d056a4d7a1c502e68680', 1, 'InteractionsOfType::size()'],
│ │ │ │ │ ['../classPreprocessingBondAtomType.xhtml#aa591be03847615c1069ef8afe3ca77d8', 1, 'PreprocessingBondAtomType::size()'],
│ │ │ │ │ ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#aed1a3fe2122c990a1ddb24a0e7707966', 1, 'PreprocessingAtomTypes::size()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HashedMap.xhtml#a6158bc5b66946424ddafa12c1ce244fa', 1, 'gmx::HashedMap::size()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputPointSet.xhtml#ab4bcbef272a5bbc21edf8e257bd1b566', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputPointSet::size()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PackedJClusterList.xhtml#aaab0812d3f64ee74976872754af206bf', 1, 'gmx::PackedJClusterList::size()'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx__sel__mempool__block__t.xhtml#a43c664f24005c1ae9a6ef94ef1b60b4f', 1, 'gmx_sel_mempool_block_t::size'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Cache.xhtml#a47a51e2c536556ee783559c09baa0b83', 1, 'gmx::HardwareTopology::Cache::size']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['size_5f_957', ['size_', ['../classgmx_1_1PhysicalNodeCommunicator.xhtml#acd6f7f87e4658523e93add60873d2dd7', 1, 'gmx::PhysicalNodeCommunicator::size_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#a39ef7562afe13d36df4fdda6ef559931', 1, 'gmx::test::MultiSimTest::size_']
│ │ │ │ │ + ['size_5f_957', ['size_', ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#a39ef7562afe13d36df4fdda6ef559931', 1, 'gmx::test::MultiSimTest::size_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PhysicalNodeCommunicator.xhtml#acd6f7f87e4658523e93add60873d2dd7', 1, 'gmx::PhysicalNodeCommunicator::size_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['size_5ftype_958', ['size_type', ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a375b67a0f8545d2877232224bb32c32e', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::size_type'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a12524b640e7173078bb983a450022346', 1, 'gmx::ArrayRef::size_type'],
│ │ │ │ │ + ['size_5ftype_958', ['size_type', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a7efe279cecb975d28b502373ccf270bf', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::size_type'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a375b67a0f8545d2877232224bb32c32e', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::size_type'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a507b862b729e171d6ede4e748f073341', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::size_type'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a7efe279cecb975d28b502373ccf270bf', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::size_type']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a12524b640e7173078bb983a450022346', 1, 'gmx::ArrayRef::size_type']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['sizeoftprbody_959', ['sizeOfTprBody', ['../structTpxFileHeader.xhtml#ac2e6cbef9255a974f5ff923a75f270bf', 1, 'TpxFileHeader']]],
│ │ │ │ │ ['sizerequired_960', ['sizeRequired', ['../structgmx_1_1ObservablesReducerBuilder_1_1Impl_1_1Subscription.xhtml#a82c012189ee305cf7f481f24b2d44751', 1, 'gmx::ObservablesReducerBuilder::Impl::Subscription']]],
│ │ │ │ │ ['sizerequired_5f_961', ['sizeRequired_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1Subscriber.xhtml#a7656635c3831c42138007f19176f0908', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::Subscriber']]],
│ │ │ │ │ ['sizes_962', ['sizes', ['../classgmx_1_1DomdecZones.xhtml#a44300d2ff489a4744a3ed5952fe9bf0c', 1, 'gmx::DomdecZones']]],
│ │ │ │ │ ['skewdata_5f_963', ['skewData_', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml#a095ef797346fadd736c1778444c1707e', 1, 'gmx::MrcDensityMapHeader']]],
│ │ │ │ │ ['skipremainingpairsfortestposition_964', ['skipRemainingPairsForTestPosition', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodPairSearch.xhtml#a159ad8765ce636a1c438af9c57bf87a9', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodPairSearch']]],
│ │ │ │ │ @@ -1589,17 +1589,17 @@
│ │ │ │ │ ['slab_5ffirst_5fref_973', ['slab_first_ref', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#ada0b6f2eda75b5409bf02984e5a7eb82', 1, 'gmx_enfrotgrp']]],
│ │ │ │ │ ['slab_5finnersumvec_974', ['slab_innersumvec', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#aca7b055218091b728ee7f4cb2a67eac6', 1, 'gmx_enfrotgrp']]],
│ │ │ │ │ ['slab_5flast_975', ['slab_last', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#ace79d07b2e1989538a20635c0115b079', 1, 'gmx_enfrotgrp']]],
│ │ │ │ │ ['slab_5flast_5fref_976', ['slab_last_ref', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#ac69a2f114b761f88f7c0a7c95d0d15b8', 1, 'gmx_enfrotgrp']]],
│ │ │ │ │ ['slab_5ftorque_5fv_977', ['slab_torque_v', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#ab8b5fecb5437a7cd21afb53f536e382f', 1, 'gmx_enfrotgrp']]],
│ │ │ │ │ ['slab_5fweights_978', ['slab_weights', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#abd409d083ab015d1937646d4484595ec', 1, 'gmx_enfrotgrp']]],
│ │ │ │ │ ['sleepformilliseconds_979', ['sleepForMilliseconds', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02timing_8cpp_03.xhtml#a2de74e4533b3471016833460f1086cfb', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{timing.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['sliced_5fextents_980', ['sliced_extents', ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01E0_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#aa3f961cc33afeebbdfb081291d408dd5', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, E0, StaticExtents... >::sliced_extents()'],
│ │ │ │ │ + ['sliced_5fextents_980', ['sliced_extents', ['../classgmx_1_1extents.xhtml#aaf7957675d7414c13948bd30cbd00114', 1, 'gmx::extents::sliced_extents()'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01dynamic__extent_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#a193b39fa2df75bf1acf0a0e26a546ed2', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents... >::sliced_extents()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1extents.xhtml#aaf7957675d7414c13948bd30cbd00114', 1, 'gmx::extents::sliced_extents()']
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01E0_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#aa3f961cc33afeebbdfb081291d408dd5', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, E0, StaticExtents... >::sliced_extents()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['slopeoflinearfit_981', ['slopeOfLinearFit', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a8106eb4f59b49fb8a7f264e2b8dd872f', 1, 'gmx::EnergyTerm']]],
│ │ │ │ │ ['slowgrowth_982', ['SlowGrowth', ['../md__enums_8h.xhtml#ab1fce6aba35ca024e1ac818bdf1d5d15a2efb124f0d571429ed0a72cc74034e34', 1, 'md_enums.h']]],
│ │ │ │ │ ['slurm1of4xeon4116_983', ['slurm1of4Xeon4116', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mockhardwaretopology_8cpp_03.xhtml#ad463a7f7e0885aebcf3aca01a1c7e821', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mockhardwaretopology.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['slurm1of4xeone52620v4_984', ['slurm1of4XeonE52620v4', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mockhardwaretopology_8cpp_03.xhtml#a0a1746fb32b0ba21205506b686e629f8', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mockhardwaretopology.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['slurm2of4xeon4116_985', ['slurm2of4Xeon4116', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mockhardwaretopology_8cpp_03.xhtml#a43f4180ac5533f424b4ff40b987bf93f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mockhardwaretopology.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['slurm2of4xeone52620v4_986', ['slurm2of4XeonE52620v4', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mockhardwaretopology_8cpp_03.xhtml#af80c29533af98640599cb25010dfc3a4', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mockhardwaretopology.cpp}']]],
│ │ │ │ │ @@ -1631,16 +1631,16 @@
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│ │ │ │ │ ['sm_5fkeyword_5fpos_1009', ['sm_keyword_pos', ['../sm__position_8cpp.xhtml#ac199f95c0c54dad884176fa6cb88ce60', 1, 'sm_keyword_pos: sm_position.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../keywords_8h.xhtml#a25c2f22b9a5bebd82898225646be68b9', 1, 'sm_keyword_pos: sm_position.cpp']
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│ │ │ │ │ ['sm_5fkeyword_5freal_1010', ['sm_keyword_real', ['../sm__keywords_8cpp.xhtml#a4002dad488a2d5606931a7bb2903596f', 1, 'sm_keyword_real: sm_keywords.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../keywords_8h.xhtml#af8e0ab4970442dded7d5397fe05d667c', 1, 'sm_keyword_real: sm_keywords.cpp']
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│ │ │ │ │ - ['sm_5fkeyword_5fstr_1011', ['sm_keyword_str', ['../sm__keywords_8cpp.xhtml#a54ce60d09cd454502d31aba11d5cbf5f', 1, 'sm_keyword_str: sm_keywords.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../keywords_8h.xhtml#a2a4dbd44d84de101ce532dbdd8f3483f', 1, 'sm_keyword_str: sm_keywords.cpp']
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│ │ │ │ │ + ['../sm__keywords_8cpp.xhtml#a54ce60d09cd454502d31aba11d5cbf5f', 1, 'sm_keyword_str: sm_keywords.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['sm_5fkeywords_2ecpp_1012', ['sm_keywords.cpp', ['../sm__keywords_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['sm_5fmass_1013', ['sm_mass', ['../sm__simple_8cpp.xhtml#ac10d87e87d95e3a2a81f8f345d81d728', 1, 'sm_simple.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['sm_5fmerge_1014', ['sm_merge', ['../sm__merge_8cpp.xhtml#a75b5a1f38bc046f978f1e1eb9fed825c', 1, 'sm_merge.cpp']]],
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│ │ │ │ │ ['sm_5fmindistance_1016', ['sm_mindistance', ['../sm__distance_8cpp.xhtml#a6402bbb0106b249b25cb8466e9dc5c67', 1, 'sm_distance.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['sm_5fmolindex_1017', ['sm_molindex', ['../sm__simple_8cpp.xhtml#a2fad7801ff18028bb664b7b2834b2bdf', 1, 'sm_simple.cpp']]],
│ │ │ │ │ @@ -1719,16 +1719,16 @@
│ │ │ │ │ ['sorting_1086', ['sorting', ['../classgmx_1_1GpuPairlist.xhtml#aba2fc7d14c91350f5a3136bf49a48fd9', 1, 'gmx::GpuPairlist']]],
│ │ │ │ │ ['sortmoleculesintocompartments_1087', ['sortMoleculesIntoCompartments', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#ae181920c52dccba979a4a541f6fa09b7', 1, 'swapcoords.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['source_5f_1088', ['source_', ['../classgmx_1_1test_1_1MockAnalysisDataModule_1_1Impl.xhtml#a7734b0714907baac9d7c5b7bbdd39c61', 1, 'gmx::test::MockAnalysisDataModule::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['sourcelayouttreelike_5f_1089', ['sourceLayoutTreeLike_', ['../structgmx_1_1InstallationPrefixInfo.xhtml#aa79b37cf49b7c69d3edfeaf3253a8c76', 1, 'gmx::InstallationPrefixInfo']]],
│ │ │ │ │ ['sp_5fheader_1090', ['sp_header', ['../gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp.xhtml#a5e140c107e83745273ceaf34723462b6', 1, 'minimize.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['spacegroup_1091', ['SpaceGroup', ['../namespacegmx.xhtml#a6e4ce54343e36af1edaf514bd298959f', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['spacegroup_5f_1092', ['spaceGroup_', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml#ab8b74781e9fe19b4d089e9514b0c0418', 1, 'gmx::MrcDensityMapHeader']]],
│ │ │ │ │ - ['spacing_1093', ['spacing', ['../structgmx_1_1NumericalSplineTableInput.xhtml#ab48031c63edd9edcab93742d9037da3e', 1, 'gmx::NumericalSplineTableInput::spacing'],
│ │ │ │ │ - ['../structpme__setup__t.xhtml#ad20a98a5caee6d6ec79b9337e6ba5aee', 1, 'pme_setup_t::spacing'],
│ │ │ │ │ + ['spacing_1093', ['spacing', ['../structpme__setup__t.xhtml#ad20a98a5caee6d6ec79b9337e6ba5aee', 1, 'pme_setup_t::spacing'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NumericalSplineTableInput.xhtml#ab48031c63edd9edcab93742d9037da3e', 1, 'gmx::NumericalSplineTableInput::spacing'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GridAxis.xhtml#a64a1728e39b006546f46f1bd9d941592', 1, 'gmx::GridAxis::spacing()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['span_1094', ['span', ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#afbfb3c90372b9bae145de455537416be', 1, 'methoddata_insolidangle']]],
│ │ │ │ │ ['spar_5fatomval_1095', ['SPAR_ATOMVAL', ['../selparam_8h.xhtml#ababaf52ada40922bb660a4949e1e52f0', 1, 'selparam.h']]],
│ │ │ │ │ ['spar_5fdynamic_1096', ['SPAR_DYNAMIC', ['../selparam_8h.xhtml#ae44a94b4d013d2a344cfb3a9f8c5479f', 1, 'selparam.h']]],
│ │ │ │ │ ['spar_5fenumval_1097', ['SPAR_ENUMVAL', ['../selparam_8h.xhtml#a9cab7952c47c82291754bb1b90db31e7', 1, 'selparam.h']]],
│ │ │ │ │ ['spar_5foptional_1098', ['SPAR_OPTIONAL', ['../selparam_8h.xhtml#a9829627bea1b9a81fe204f333a6519b6', 1, 'selparam.h']]],
│ │ │ │ │ @@ -1768,32 +1768,32 @@
│ │ │ │ │ ['splinetable_2ecpp_1130', ['splinetable.cpp', ['../splinetable_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['splinetabletest_1131', ['SplineTableTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03_1_1SplineTableTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['splinetabletypes_1132', ['SplineTableTypes', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03.xhtml#a8b8e1f49f03f228e607663cdc796cefb', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['splineutil_2ecpp_1133', ['splineutil.cpp', ['../splineutil_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['splineutil_2eh_1134', ['splineutil.h', ['../splineutil_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['splinevalues_1135', ['splineValues', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1SplineData.xhtml#a31b7962929593ccc9a278ff4b29f4769', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::SplineData']]],
│ │ │ │ │ ['splinevaluescapacity_1136', ['splineValuesCapacity', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a71ed0e3b855126d344b83f848822caed', 1, 'PmeGpuSpecific']]],
│ │ │ │ │ - ['splinevaluesoffset_1137', ['splinevaluesoffset', ['../structSolveKernelParams.xhtml#acc502521a6e3222399151904ca30b63e', 1, 'SolveKernelParams::splineValuesOffset'],
│ │ │ │ │ - ['../structPmeGpuGridParams.xhtml#af5455ac542bb391f7300c33455d31d36', 1, 'PmeGpuGridParams::splineValuesOffset']
│ │ │ │ │ + ['splinevaluesoffset_1137', ['splinevaluesoffset', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml#af5455ac542bb391f7300c33455d31d36', 1, 'PmeGpuGridParams::splineValuesOffset'],
│ │ │ │ │ + ['../structSolveKernelParams.xhtml#acc502521a6e3222399151904ca30b63e', 1, 'SolveKernelParams::splineValuesOffset']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['splinevaluessize_1138', ['splineValuesSize', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#ad6b131d57676cd36dfa887267786677e', 1, 'PmeGpuSpecific']]],
│ │ │ │ │ ['splitandaddvalues_1139', ['splitAndAddValues', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ac64651a505cd410334b7791570387347', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['splitandtrimdelimitedstring_1140', ['splitAndTrimDelimitedString', ['../group__module__utility.xhtml#gaff5615f507445a241a90970d4ad3705c', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['splitdelimitedstring_1141', ['splitDelimitedString', ['../group__module__utility.xhtml#ga5cb3d438ea0c5c205ce8aa5430e89d4b', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['splitpathelements_1142', ['splitPathElements', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02keyvaluetree_8cpp_03.xhtml#a3ce1b03dce686618433f42db4460cbd1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{keyvaluetree.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['splitpathenvironment_1143', ['splitPathEnvironment', ['../namespacegmx.xhtml#a740fd248170b16d2ace45af8b7b2b4d5', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['splitqmblocks_1144', ['splitQMblocks', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#a01d57f73fc66517c7e71e54dd4164e96', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor']]],
│ │ │ │ │ ['splitstring_1145', ['splitString', ['../group__module__utility.xhtml#ga720e46b4a7625c675507adbea1df3f96', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['spost_5f_1146', ['spost_', ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a239377a307b72a4487df66569df4472c', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['spread_1147', ['spread', ['../classgmx_1_1GaussianOn1DLattice.xhtml#a9c7207f2ef4460f297ad8cca65167d4a', 1, 'gmx::GaussianOn1DLattice']]],
│ │ │ │ │ ['spread_5fcharges_1148', ['spread_charges', ['../pme__spread__sycl_8cpp.xhtml#a657500534d118f965a04d2dc5688c799', 1, 'pme_spread_sycl.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['spreadbondforces_1149', ['spreadBondForces', ['../namespaceanonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#add99d48218c36ca5e0ad98e5baf0fd4c', 1, 'anonymous_namespace{bonded.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['spreadforceforthread_1150', ['spreadForceForThread', ['../namespacegmx.xhtml#a05e7bd55530403afab5dc09d792b39f7', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['spreadforces_1151', ['spreadforces', ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#af7b5c4f8f0c28aef9e95039af02ed792', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::spreadForces()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler_1_1Impl.xhtml#aa2b6cb317649b50d2564877b5248c1a0', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::Impl::spreadForces()']
│ │ │ │ │ + ['spreadforces_1151', ['spreadforces', ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler_1_1Impl.xhtml#aa2b6cb317649b50d2564877b5248c1a0', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::Impl::spreadForces()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#af7b5c4f8f0c28aef9e95039af02ed792', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::spreadForces()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['spreadforcewrapper_1152', ['spreadForceWrapper', ['../namespacegmx.xhtml#a794524b1f2ae48ea67b6cd4026f0dc07', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['spreadrange_5f_1153', ['spreadRange_', ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#ad4bb48b1afa672ca55da4d1002c8c69c', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['spreadrangewithinlattice_1154', ['spreadRangeWithinLattice', ['../namespacegmx.xhtml#a786f5f72e5fbcb1cd68714570b27f022', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['spreadtask_1155', ['spreadTask', ['../structgmx_1_1InterdependentTask.xhtml#a050b3c24c17421a8b7d4bb391c03b611', 1, 'gmx::InterdependentTask']]],
│ │ │ │ │ ['spreadwidthmultiplesofsigma_5f_1156', ['spreadWidthMultiplesOfSigma_', ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters_1_1Shape.xhtml#a75525c5b69a0d8734fac3e6bdb1d5332', 1, 'gmx::GaussianSpreadKernelParameters::Shape']]],
│ │ │ │ │ ['spreadworkgroupsize_1157', ['spreadWorkGroupSize', ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml#af60a6f247d470bd483e77cb006496a4b', 1, 'PmeGpuProgramImpl']]],
│ │ │ │ │ @@ -1803,169 +1803,169 @@
│ │ │ │ │ ['sqrtsingleaccuracy_1159', ['sqrtSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a2d6d95fd83052d09775c976a961eee29', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['square_1160', ['square', ['../namespacegmx.xhtml#a06cbcb5324f3eb428189024f020158ff', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['srcatombegin_1161', ['srcAtomBegin', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#ac264c7a6d9925bce2c9ee5c3e7b4fc8e', 1, 'gmx::Grid']]],
│ │ │ │ │ ['srcatomend_1162', ['srcAtomEnd', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#aa2d1698c3b411dc02d046a51ddebe402', 1, 'gmx::Grid']]],
│ │ │ │ │ ['srenew_1163', ['srenew', ['../smalloc_8h.xhtml#a7fceb0e6af50dcbbb99b270951be060e', 1, 'smalloc.h']]],
│ │ │ │ │ ['ssaupd_1164', ['ssaupd', ['../gmx__arpack_8h.xhtml#adcff1a34c0aa4423d0e2922192724cd1', 1, 'gmx_arpack.h']]],
│ │ │ │ │ ['sseupd_1165', ['sseupd', ['../gmx__arpack_8h.xhtml#a1668396ba652a4be77f878975e99fa41', 1, 'gmx_arpack.h']]],
│ │ │ │ │ - ['ssize_1166', ['ssize', ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a0d2c29fb8c841c2d110b8fd7189ec492', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::ssize()'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a57cb655a9f501b9adb3f543a1c06dcde', 1, 'gmx::ssize()'],
│ │ │ │ │ + ['ssize_1166', ['ssize', ['../namespacegmx.xhtml#a57cb655a9f501b9adb3f543a1c06dcde', 1, 'gmx::ssize()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#a60e2faad7c59fb22f6d2d5c690fe3640', 1, 'gmx::ListOfLists::ssize()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#afcdcc7dd6271f0bf3ee02e02706b2a9d', 1, 'gmx::ArrayRef::ssize()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#afcdcc7dd6271f0bf3ee02e02706b2a9d', 1, 'gmx::ArrayRef::ssize()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a0d2c29fb8c841c2d110b8fd7189ec492', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::ssize()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['staging_1167', ['staging', ['../structPmeGpu.xhtml#a135281d559c1ab01c55b7c7fd526a8b7', 1, 'PmeGpu']]],
│ │ │ │ │ ['standard_20library_20compatibility_20helpers_1168', ['C++ standard library compatibility helpers.', ['../group__group__compatibility.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['standarddeviation_1169', ['standarddeviation', ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#a449c9954dbdac1cf064127f750f5aa59', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::standardDeviation()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a5a17b0011e83eabc23d92fd76ec71029', 1, 'gmx::EnergyTerm::standardDeviation()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['standarderror_1170', ['standardError', ['../classgmx_1_1TextOutputFile.xhtml#ac3e43b3627f99123a2ae96381c6d1582', 1, 'gmx::TextOutputFile']]],
│ │ │ │ │ ['standardinputstream_1171', ['StandardInputStream', ['../classgmx_1_1StandardInputStream.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['standardoutput_1172', ['standardoutput', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileOutputRedirector.xhtml#a06edda6dd4769a9fb50ccd807a273617', 1, 'gmx::test::TestFileOutputRedirector::standardOutput()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextOutputFile.xhtml#af2cf912419f0ae141dcf2eeb53deb4fa', 1, 'gmx::TextOutputFile::standardOutput()'],
│ │ │ │ │ + ['standardoutput_1172', ['standardoutput', ['../classgmx_1_1TextOutputFile.xhtml#af2cf912419f0ae141dcf2eeb53deb4fa', 1, 'gmx::TextOutputFile::standardOutput()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IFileOutputRedirector.xhtml#a623a542728ce96657e1649d2e4ad3cdd', 1, 'gmx::IFileOutputRedirector::standardOutput()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02fileredirector_8cpp_03_1_1DefaultOutputRedirector.xhtml#a7880abdded560174484b6b7b1cf5d28c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{fileredirector.cpp}::DefaultOutputRedirector::standardOutput()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02fileredirector_8cpp_03_1_1DefaultOutputRedirector.xhtml#a7880abdded560174484b6b7b1cf5d28c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{fileredirector.cpp}::DefaultOutputRedirector::standardOutput()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileOutputRedirector.xhtml#a06edda6dd4769a9fb50ccd807a273617', 1, 'gmx::test::TestFileOutputRedirector::standardOutput()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['start_1173', ['start', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#a9d370fdbf2625a17dc76aad4d34b9853', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer::start()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#ad06ae70754e7dc1176871799d77a3eb1', 1, 'gmx::OptionsAssigner::start()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1nbnxn__cycle__t.xhtml#a0416fc6ca46dbfb07b8c898786494bcc', 1, 'gmx::nbnxn_cycle_t::start()'],
│ │ │ │ │ + ['start_1173', ['start', ['../structwallcc__t.xhtml#a7362bf7db118cf1554ff10b547d8154f', 1, 'wallcc_t::start'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__commandline.xhtml#ga1339914f8f438ae8021d32f5234a2329', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::SynopsisFormatter::start()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1nbnxn__cycle__t.xhtml#a0416fc6ca46dbfb07b8c898786494bcc', 1, 'gmx::nbnxn_cycle_t::start()'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1SearchCycleCounting.xhtml#aefd69fb647f84a4cf958c92a1f6a9ffa', 1, 'gmx::SearchCycleCounting::start()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#a5f000cbbffb6ed133c8d2fbd4d14508c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::start()'],
│ │ │ │ │ - ['../structwallcc__t.xhtml#a7362bf7db118cf1554ff10b547d8154f', 1, 'wallcc_t::start']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#ad06ae70754e7dc1176871799d77a3eb1', 1, 'gmx::OptionsAssigner::start()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#a9d370fdbf2625a17dc76aad4d34b9853', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer::start()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['start_5ftime_5fstamp_1174', ['start_time_stamp', ['../structgmx__walltime__accounting.xhtml#a2eba646b74e792cb81fec82365e4da27', 1, 'gmx_walltime_accounting']]],
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│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataHandle.xhtml#a2bf06c693af3bc389c28d65520caf514', 1, 'gmx::AnalysisDataHandle::startFrame()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorage.xhtml#a3303eeb1ac7f3a697124c5dbff3557e4', 1, 'gmx::AnalysisDataStorage::startFrame(const AnalysisDataFrameHeader &header)'],
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│ │ │ │ │ - ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#gacb109a5ad836811043210e90d6d599ba', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::Rdf::startFrames()']
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│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#a6082fcf69bdc3b0a1945ece31437f195', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::startFrames()']
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│ │ │ │ │ - ['startgpuprofiler_1183', ['startgpuprofiler', ['../gpu__utils__impl_8cpp.xhtml#ac2158ac8e77427a2fc633a3266d5b1f3', 1, 'startGpuProfiler(): gpu_utils_impl.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['startgpuprofiler_1183', ['startgpuprofiler', ['../gpu__utils_8h.xhtml#ac2158ac8e77427a2fc633a3266d5b1f3', 1, 'startGpuProfiler(): gpu_utils_hip.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../gpu__utils__hip_8cpp.xhtml#ac2158ac8e77427a2fc633a3266d5b1f3', 1, 'startGpuProfiler(): gpu_utils_hip.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../gpu__utils_8h.xhtml#ac2158ac8e77427a2fc633a3266d5b1f3', 1, 'startGpuProfiler(): gpu_utils_hip.cpp']
│ │ │ │ │ + ['../gpu__utils__impl_8cpp.xhtml#ac2158ac8e77427a2fc633a3266d5b1f3', 1, 'startGpuProfiler(): gpu_utils_impl.cpp']
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│ │ │ │ │ ['startindex_1184', ['startIndex', ['../structgmx_1_1SelectionLocation.xhtml#aad34c5bdf8db8daf9d2072fc6de01fd5', 1, 'gmx::SelectionLocation']]],
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│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1SimulatorConfig.xhtml#a87a80377a9948bedd4fb44a692643cc8', 1, 'gmx::SimulatorConfig::startingBehavior_']
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│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1IHelpExport.xhtml#a26c80c75d14bb752c6626d71a786bc5b', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::IHelpExport::startModuleExport()'],
│ │ │ │ │ + ['startmoduleexport_1188', ['startmoduleexport', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1IHelpExport.xhtml#a26c80c75d14bb752c6626d71a786bc5b', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::IHelpExport::startModuleExport()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportReStructuredText.xhtml#a8417a4d6291e6e1655ae44b8975bde03', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportReStructuredText::startModuleExport()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportCompletion.xhtml#a1c2e4d73053cb7331136752da8beea02', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportCompletion::startModuleExport()']
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│ │ │ │ │ - ['startmodulegroupexport_1189', ['startmodulegroupexport', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1IHelpExport.xhtml#ad06fa2e129fbf523c491e755977d9536', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::IHelpExport::startModuleGroupExport()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportReStructuredText.xhtml#a79404c2c925bc59a68c4bcdc646dbc43', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportReStructuredText::startModuleGroupExport()'],
│ │ │ │ │ + ['startmodulegroupexport_1189', ['startmodulegroupexport', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportReStructuredText.xhtml#a79404c2c925bc59a68c4bcdc646dbc43', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportReStructuredText::startModuleGroupExport()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1IHelpExport.xhtml#ad06fa2e129fbf523c491e755977d9536', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::IHelpExport::startModuleGroupExport()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportCompletion.xhtml#a092d9ce7e41f9ad03d8957b60dc69803', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportCompletion::startModuleGroupExport()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['startoption_1190', ['startOption', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a953561508d30a47ef8ee483d4a732972', 1, 'gmx::OptionsAssigner']]],
│ │ │ │ │ ['startpairsearch_1191', ['startPairSearch', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodSearch.xhtml#ac2c77e59de7eaa6a427e13f99f0f756e', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodSearch']]],
│ │ │ │ │ ['startparalleldatastorage_1192', ['startParallelDataStorage', ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorage.xhtml#a15556beb1726d7503e9c45bb6d385dbb', 1, 'gmx::AnalysisDataStorage']]],
│ │ │ │ │ ['startrecord_1193', ['startRecord', ['../classgmx_1_1MdGpuGraph_1_1Impl.xhtml#aace421ea46a023e77afaa9689036dbe8', 1, 'gmx::MdGpuGraph::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['startreferencedata_1194', ['startReferenceData', ['../classgmx_1_1test_1_1MockAnalysisDataModule_1_1Impl.xhtml#a7b22db879fe7e799c3331f6449cf79b4', 1, 'gmx::test::MockAnalysisDataModule::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['startreferenceframe_1195', ['startReferenceFrame', ['../classgmx_1_1test_1_1MockAnalysisDataModule_1_1Impl.xhtml#a4e45054d68c86121fe501954d0d928a8', 1, 'gmx::test::MockAnalysisDataModule::Impl']]],
│ │ │ │ │ - ['startsection_1196', ['startsection', ['../classgmx_1_1RepeatingOptionSectionStorage.xhtml#ae81b78060c4c73542eabc0618bd207d7', 1, 'gmx::RepeatingOptionSectionStorage::startSection()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#ae42fdc6ffc7a83e97d57a17b85088e13', 1, 'gmx::OptionsAssigner::startSection()'],
│ │ │ │ │ + ['startsection_1196', ['startsection', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#ae42fdc6ffc7a83e97d57a17b85088e13', 1, 'gmx::OptionsAssigner::startSection()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RepeatingOptionSectionStorage.xhtml#ae81b78060c4c73542eabc0618bd207d7', 1, 'gmx::RepeatingOptionSectionStorage::startSection()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IOptionSectionStorage.xhtml#a4270b53db867c2a13ff81adc31734e04', 1, 'gmx::IOptionSectionStorage::startSection()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsListFormatter.xhtml#acf28c11059bdfdfc7019a0232f72af57', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter::startSection()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['startselfpairsearch_1197', ['startSelfPairSearch', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodSearch.xhtml#af4330029f7a2b5c351b75b44d6909a96', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodSearch']]],
│ │ │ │ │ ['startset_1198', ['startSet', ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a18f2d143bce5bfabfee3f4ccc8c7a9d2', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage']]],
│ │ │ │ │ ['startslistitem_1199', ['startsListItem', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02rstparser_8cpp_03.xhtml#afc03d7cf1dc85b8cafa6f602c8653f12', 1, 'gmx::anonymous_namespace{rstparser.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['startsource_1200', ['startSource', ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#ade91fa23f548325aa893ad4d179439fd', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage']]],
│ │ │ │ │ ['startstable_1201', ['startsTable', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02rstparser_8cpp_03.xhtml#ad20f2106ff58bf515dff0b2ae02fe0de', 1, 'gmx::anonymous_namespace{rstparser.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['startswith_1202', ['startswith', ['../group__module__utility.xhtml#ga87824e9b26adc46671ccffa89f3985d0', 1, 'gmx::startsWith(const char *str, const char *prefix)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__utility.xhtml#ga8adb72aeb7775a649d7378c8e51321e6', 1, 'gmx::startsWith(const std::string &str, const std::string &prefix)']
│ │ │ │ │ + ['startswith_1202', ['startswith', ['../group__module__utility.xhtml#ga8adb72aeb7775a649d7378c8e51321e6', 1, 'gmx::startsWith(const std::string &str, const std::string &prefix)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__utility.xhtml#ga87824e9b26adc46671ccffa89f3985d0', 1, 'gmx::startsWith(const char *str, const char *prefix)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['starttimevalue_1203', ['startTimeValue', ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml#ac5d60a9c42dbe0f90767fa5de046c756', 1, 'gmx::OutputRequirements']]],
│ │ │ │ │ ['startupinfofile_1204', ['startupInfoFile', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#a4e20e4508b0dcaf10f7b38a32fa97157', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]],
│ │ │ │ │ - ['state_1205', ['state', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#a9452ee6f29d0cb1959a0db35aee2dd40', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::State'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#ace44ab4d3e1896eb178b957b91c9cf69', 1, 'gmx::Bias::state()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExponentialMovingAverage.xhtml#a4a79d5c75679567adf400ddf43753ce7', 1, 'gmx::ExponentialMovingAverage::state()']
│ │ │ │ │ + ['state_1205', ['state', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#ace44ab4d3e1896eb178b957b91c9cf69', 1, 'gmx::Bias::state()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ExponentialMovingAverage.xhtml#a4a79d5c75679567adf400ddf43753ce7', 1, 'gmx::ExponentialMovingAverage::state()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#a9452ee6f29d0cb1959a0db35aee2dd40', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::State']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['state_2eh_1206', ['state.h', ['../state_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['state_5f_1207', ['state_', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#a560d66c3eb7f44056c861ac06fbff89b', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::state_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a50c59f0be461fd4cd0a96fa68af3b28d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::state_'],
│ │ │ │ │ + ['state_5f_1207', ['state_', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl.xhtml#ad9db2b1a6e08341023f0b78b4618142e', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl::state_'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#aa5b0c4a8777791ba0e974f74440fd5dc', 1, 'gmx::LegacySimulatorData::state_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl.xhtml#ad9db2b1a6e08341023f0b78b4618142e', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl::state_']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a50c59f0be461fd4cd0a96fa68af3b28d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::state_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#a560d66c3eb7f44056c861ac06fbff89b', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::state_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['state_5fpropagator_5fdata_5fgpu_2eh_1208', ['state_propagator_data_gpu.h', ['../state__propagator__data__gpu_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['state_5fpropagator_5fdata_5fgpu_5fimpl_2ecpp_1209', ['state_propagator_data_gpu_impl.cpp', ['../state__propagator__data__gpu__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['state_5fpropagator_5fdata_5fgpu_5fimpl_2eh_1210', ['state_propagator_data_gpu_impl.h', ['../state__propagator__data__gpu__impl_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['state_5fpropagator_5fdata_5fgpu_5fimpl_5fgpu_2ecpp_1211', ['state_propagator_data_gpu_impl_gpu.cpp', ['../state__propagator__data__gpu__impl__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['statechanged_1212', ['stateChanged', ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#a31ebf74bd43279d454fb29a1fe7e2a5f', 1, 'gmx::StepWorkload']]],
│ │ │ │ │ ['stateentry_1213', ['StateEntry', ['../state_8h.xhtml#a86497aee22e74e3dec677d0d49213656', 1, 'state.h']]],
│ │ │ │ │ ['stateglobal_5f_1214', ['stateGlobal_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#ad474b5174e3f72368698f2b0afff1b8b', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]],
│ │ │ │ │ ['statepointer_1215', ['StatePointer', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl.xhtml#a1f191dc5d90a8004267a18cd00cf8c12', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl']]],
│ │ │ │ │ - ['statepropagatordata_1216', ['statepropagatordata', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#aeaba083022e06d68abaca844ae1ec8eb', 1, 'gmx::StatePropagatorData::StatePropagatorData()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml', 1, 'gmx::StatePropagatorData']
│ │ │ │ │ + ['statepropagatordata_1216', ['statepropagatordata', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml', 1, 'gmx::StatePropagatorData'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#aeaba083022e06d68abaca844ae1ec8eb', 1, 'gmx::StatePropagatorData::StatePropagatorData()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['statepropagatordata_20tt_1217', ['<tt>StatePropagatorData</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md35', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['statepropagatordata_2ecpp_1218', ['statepropagatordata.cpp', ['../statepropagatordata_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['statepropagatordata_2eh_1219', ['statepropagatordata.h', ['../statepropagatordata_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['statepropagatordata_3a_3aelement_20tt_1220', ['<tt>StatePropagatorData::Element</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md31', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['stateread_5f_1221', ['stateRead_', ['../structgmx_1_1ColvarsForceProviderState.xhtml#a1ec8a57f49d9817eb5b634b72609aef7', 1, 'gmx::ColvarsForceProviderState']]],
│ │ │ │ │ ['static_1222', ['Static', ['../md__enums_8h.xhtml#ab1fce6aba35ca024e1ac818bdf1d5d15a84a8921b25f505d0d2077aeb5db4bc16', 1, 'md_enums.h']]],
│ │ │ │ │ - ['static_5fextent_1223', ['static_extent', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#aaf7f060e31aa227c06a0bc509420be66', 1, 'gmx::basic_mdspan::static_extent()'],
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│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#aaf7f060e31aa227c06a0bc509420be66', 1, 'gmx::basic_mdspan::static_extent()'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_010_01_4.xhtml#a4f2603dc7c635806f93485cbc441dcd5', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< 0 >::static_extent()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01dynamic__extent_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#a55cdb81e2125645a0aeb35fb0c5387fc', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents... >::static_extent()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01E0_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#aea69002007675bb3b64984fad3d6748b', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, E0, StaticExtents... >::static_extent()']
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01E0_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#aea69002007675bb3b64984fad3d6748b', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, E0, StaticExtents... >::static_extent()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1extents.xhtml#a50111b7e65a0dd5cff8bb326e6b084e0', 1, 'gmx::extents::static_extent()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['staticaveragehistogram_1224', ['staticaveragehistogram', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02histogram_8cpp_03_1_1StaticAverageHistogram.xhtml#a15f37a8c0d228aadff66df4b4de2207a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{histogram.cpp}::StaticAverageHistogram::StaticAverageHistogram()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02histogram_8cpp_03_1_1StaticAverageHistogram.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{histogram.cpp}::StaticAverageHistogram']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['staticdataframeheaderchecker_1225', ['staticdataframeheaderchecker', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataFrameHeaderChecker.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataFrameHeaderChecker'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataFrameHeaderChecker.xhtml#a63907b6f8f88fba789d0a57a5e5ebd41', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataFrameHeaderChecker::StaticDataFrameHeaderChecker()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['staticdatapointschecker_1226', ['staticdatapointschecker', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataPointsChecker.xhtml#a9f7b18887bd74254d648541b607c8e1b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataPointsChecker::StaticDataPointsChecker()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataPointsChecker.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataPointsChecker']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['staticdatapointsstoragechecker_1227', ['staticdatapointsstoragechecker', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataPointsStorageChecker.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataPointsStorageChecker'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataPointsStorageChecker.xhtml#acd77404d0f35c2d8df14d6be218017f3', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataPointsStorageChecker::StaticDataPointsStorageChecker()']
│ │ │ │ │ + ['staticdatapointsstoragechecker_1227', ['staticdatapointsstoragechecker', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataPointsStorageChecker.xhtml#acd77404d0f35c2d8df14d6be218017f3', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataPointsStorageChecker::StaticDataPointsStorageChecker()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataPointsStorageChecker.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataPointsStorageChecker']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['staticlog2_1228', ['StaticLog2', ['../structgmx_1_1StaticLog2.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['staticlog2_3c_200_20_3e_1229', ['StaticLog2< 0 >', ['../structgmx_1_1StaticLog2_3_010_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['staticlog2_3c_201_20_3e_1230', ['StaticLog2< 1 >', ['../structgmx_1_1StaticLog2_3_011_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['statistics_2eh_1231', ['statistics.h', ['../statistics_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['status_1232', ['status', ['../structDeviceInformation.xhtml#a9605cd95266184157fc1bab0a91361ed', 1, 'DeviceInformation::status'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a74ea3c6f47d887d304e26bc1403db74e', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::Status']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['status_5f_1233', ['status_', ['../classgmx_1_1ObservablesReducer_1_1Impl.xhtml#adc9cbf33a686d0d773a3caec77ce30fd', 1, 'gmx::ObservablesReducer::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['statuswriter_1234', ['statusWriter', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a3c3cd6660c0c5e7f1785ca07e7bccdb2', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]],
│ │ │ │ │ - ['stddev_1235', ['stddev', ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#a1f711d7de4b88205281132d166ba51c7', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::stddev()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml#aca736af89e7f1a120997279441acff50', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param_type::stddev()'],
│ │ │ │ │ + ['stddev_1235', ['stddev', ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a4bd00079c9ad41f7dca7d1baf580414c', 1, 'gmx::NormalDistribution::param_type::stddev()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a04d9b5cfacdd5d7a10c2a65c992a9bc8', 1, 'gmx::NormalDistribution::stddev()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a4bd00079c9ad41f7dca7d1baf580414c', 1, 'gmx::NormalDistribution::param_type::stddev()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml#aca736af89e7f1a120997279441acff50', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param_type::stddev()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#a1f711d7de4b88205281132d166ba51c7', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::stddev()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['stdiohelper_2ecpp_1236', ['stdiohelper.cpp', ['../stdiohelper_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['stdiohelper_2eh_1237', ['stdiohelper.h', ['../stdiohelper_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['stdiotesthelper_1238', ['stdiotesthelper', ['../classgmx_1_1test_1_1StdioTestHelper.xhtml', 1, 'gmx::test::StdioTestHelper'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1StdioTestHelper.xhtml#ab6ad57780417e2c135e7ae2c7c44a4b1', 1, 'gmx::test::StdioTestHelper::StdioTestHelper()']
│ │ │ │ │ + ['stdiotesthelper_1238', ['stdiotesthelper', ['../classgmx_1_1test_1_1StdioTestHelper.xhtml#ab6ad57780417e2c135e7ae2c7c44a4b1', 1, 'gmx::test::StdioTestHelper::StdioTestHelper()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1StdioTestHelper.xhtml', 1, 'gmx::test::StdioTestHelper']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['step_1239', ['step', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga8f8c8ad2488a628f9d83b5a22efc500a', 1, 'gmx::Step'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx__pme__comm__n__box__t.xhtml#a7ee4362d437b57a7029660d641ccc1a8', 1, 'gmx_pme_comm_n_box_t::step'],
│ │ │ │ │ + ['step_1239', ['step', ['../structgmx__pme__comm__n__box__t.xhtml#a7ee4362d437b57a7029660d641ccc1a8', 1, 'gmx_pme_comm_n_box_t::step'],
│ │ │ │ │ ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a6f50428c70307a0ea253fcfb48b7da29', 1, 'CheckpointHeaderContents::step'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02freeenergyparameters_8cpp_03_1_1FreeEnergyParameterTestParameters.xhtml#a780601fd910a9a87465fbc4a3be59be6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{freeenergyparameters.cpp}::FreeEnergyParameterTestParameters::step'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyAnalysisFrame.xhtml#a69bfa8281f62a63d7eec663273838a3a', 1, 'gmx::EnergyAnalysisFrame::step()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml#a7f03fbe48cdff67a664bc5e3d12b9db8', 1, 'gmx::TrajectoryFrame::step()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml#a7f03fbe48cdff67a664bc5e3d12b9db8', 1, 'gmx::TrajectoryFrame::step()'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga8f8c8ad2488a628f9d83b5a22efc500a', 1, 'gmx::Step']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['step_5f_1240', ['step_', ['../classgmx_1_1ForceProviderInput.xhtml#a934623804d78028de1835d05c68cb81b', 1, 'gmx::ForceProviderInput']]],
│ │ │ │ │ ['stepbegin_1241', ['stepBegin', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a8bf4a8b171b6ff01fe0ffe6b55049da5', 1, 'gmx::EnergyTerm']]],
│ │ │ │ │ ['stepblocksize_1242', ['stepBlockSize', ['../classgmx_1_1TestParticleInsertion.xhtml#aec8c414f539a2bb2406a9ca4b7c79cf8', 1, 'gmx::TestParticleInsertion']]],
│ │ │ │ │ ['stepchange_1243', ['stepchange', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#ae410747d6c1f9b103f410b49c380d251', 1, 'UmbrellaOptions']]],
│ │ │ │ │ ['stepend_1244', ['stepEnd', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#ad04721e6def546aab906166a7a706f3e', 1, 'gmx::EnergyTerm']]],
│ │ │ │ │ ['stepfactor_1245', ['stepFactor', ['../structgmx_1_1MtsLevel.xhtml#aa969600ec73c2b474c16cda1f0cb7335', 1, 'gmx::MtsLevel']]],
│ │ │ │ │ @@ -1987,99 +1987,99 @@
│ │ │ │ │ ['stopconditiontime_1257', ['stopconditiontime', ['../classgmx_1_1StopConditionTime.xhtml#ab294b6f4c30cd9b161bc3e125d33201f', 1, 'gmx::StopConditionTime::StopConditionTime()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StopConditionTime.xhtml', 1, 'gmx::StopConditionTime']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['stopgpuprofiler_1258', ['stopgpuprofiler', ['../gpu__utils__impl_8cpp.xhtml#af134be4f8551f3f49839aa17b018ad08', 1, 'stopGpuProfiler(): gpu_utils_impl.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../gpu__utils__hip_8cpp.xhtml#af134be4f8551f3f49839aa17b018ad08', 1, 'stopGpuProfiler(): gpu_utils_hip.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../gpu__utils_8h.xhtml#af134be4f8551f3f49839aa17b018ad08', 1, 'stopGpuProfiler(): gpu_utils_hip.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['stophandler_1259', ['stophandler', ['../classgmx_1_1StopHandler.xhtml', 1, 'gmx::StopHandler'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StopHandler.xhtml#ae8a138b9d57942697f40f41ec2e959aa', 1, 'gmx::StopHandler::StopHandler()']
│ │ │ │ │ + ['stophandler_1259', ['stophandler', ['../classgmx_1_1StopHandler.xhtml#ae8a138b9d57942697f40f41ec2e959aa', 1, 'gmx::StopHandler::StopHandler()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StopHandler.xhtml', 1, 'gmx::StopHandler']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['stophandler_2ecpp_1260', ['stophandler.cpp', ['../stophandler_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['stophandler_2eh_1261', ['stophandler.h', ['../stophandler_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['stophandlerbuilder_1262', ['StopHandlerBuilder', ['../classgmx_1_1StopHandlerBuilder.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['stophandlerbuilder_5f_1263', ['stopHandlerBuilder_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a868bb72065c1f6b1ac6acd3d1971ee17', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]],
│ │ │ │ │ ['stoppingaftercurrentstep_1264', ['stoppingAfterCurrentStep', ['../classgmx_1_1StopHandler.xhtml#aadc694b1210288c42bac363e0e7b4503', 1, 'gmx::StopHandler']]],
│ │ │ │ │ ['stopsignal_1265', ['StopSignal', ['../namespacegmx.xhtml#a551047ea7399a8abbbd26dec222b5668', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['storage_5f_1266', ['storage_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#a17ae6d75975ce1622bb14e9acf9581bd', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::storage_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisData_1_1Impl.xhtml#a96b06f7f8c0fa88d2dd686e2b6dbc22c', 1, 'gmx::AnalysisData::Impl::storage_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml#a017bfb72013fbb77fb51c7b2fb300bfd', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl::storage_'],
│ │ │ │ │ + ['../structFEPStateValue.xhtml#a249e5bb3a9b20c99821bf77a134c90a4', 1, 'FEPStateValue::storage_'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl_1_1SelectionRequest.xhtml#a45dc7088d14254f6c7cac20ff8a80630', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::SelectionRequest::storage_'],
│ │ │ │ │ - ['../structFEPStateValue.xhtml#a249e5bb3a9b20c99821bf77a134c90a4', 1, 'FEPStateValue::storage_']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml#a017bfb72013fbb77fb51c7b2fb300bfd', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl::storage_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisData_1_1Impl.xhtml#a96b06f7f8c0fa88d2dd686e2b6dbc22c', 1, 'gmx::AnalysisData::Impl::storage_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['storageimpl_1267', ['storageImpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a97c8e7f5f142910f5d32b1845701a054', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData']]],
│ │ │ │ │ ['storageinitialized_5f_1268', ['storageInitialized_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#ac571e09b54186171bdaaa351900c09c6', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]],
│ │ │ │ │ ['storagelimit_5f_1269', ['storageLimit_', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#aa1d54ef9b538206ff5e96a82f0b79d23', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]],
│ │ │ │ │ - ['store_1270', ['store', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a5fef875af80a1faec5532301b46d199f', 1, 'gmx::OptionTemplate::store()'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga9c1227e97a6084a280a611c2934c8ee1', 1, 'gmx::store(double *m, SimdDouble a)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga4aef7840d04d5d9e2fabbc44445babad', 1, 'gmx::store(std::int32_t *m, SimdDInt32 a)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga52f7df2355065163447397f980294447', 1, 'gmx::store(float *m, SimdFloat a)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga05b56e14f8499393813cb23869a97a98', 1, 'gmx::store(std::int32_t *m, SimdFInt32 a)'],
│ │ │ │ │ + ['store_1270', ['store', ['../namespacegmx.xhtml#aea1d0d7a9f81e8e5cac19a3b66f0170e', 1, 'gmx::store(double *m, double a)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a5ba56cff453ff9a1f21a11d72358592a', 1, 'gmx::store(float *m, float a)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aea1d0d7a9f81e8e5cac19a3b66f0170e', 1, 'gmx::store(double *m, double a)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga05b56e14f8499393813cb23869a97a98', 1, 'gmx::store(std::int32_t *m, SimdFInt32 a)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga52f7df2355065163447397f980294447', 1, 'gmx::store(float *m, SimdFloat a)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aa169afcbfb3992ab9fde1ed5beee8b06', 1, 'gmx::store(std::int32_t *m, std::int32_t a)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a5fef875af80a1faec5532301b46d199f', 1, 'gmx::OptionTemplate::store()'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga4aef7840d04d5d9e2fabbc44445babad', 1, 'gmx::store(std::int32_t *m, SimdDInt32 a)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga9c1227e97a6084a280a611c2934c8ee1', 1, 'gmx::store(double *m, SimdDouble a)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a80d6555d8f1f5801b559a0c67b7a4874', 1, 'gmx::OptionTemplate::store()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['store4_1271', ['store4', ['../group__module__simd.xhtml#gaf6c0b04d40ff74a4ad39c24f9fd3da20', 1, 'gmx::store4(double *m, Simd4Double a)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gafc95fcf592b08dfca9aabc44cf994ece', 1, 'gmx::store4(float *m, Simd4Float a)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['store4u_1272', ['store4u', ['../group__module__simd.xhtml#ga61ae7be76c3865fcfe038dd2457a09cd', 1, 'gmx::store4U(double *m, Simd4Double a)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga8a91843f00041c799a995535a7cdc12f', 1, 'gmx::store4U(float *m, Simd4Float a)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['store_5fparam_5fval_1273', ['store_param_val', ['../compiler_8cpp.xhtml#a77f7a9f2e7090636063925f737876a50', 1, 'compiler.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['store_5fsurface_5fpoint_1274', ['store_surface_point', ['../sm__insolidangle_8cpp.xhtml#a2364e1a3b6b8dfc58b95d8bf821ab28f', 1, 'sm_insolidangle.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['storeall_1275', ['storeAll', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#ad180ff3df0442dba85c4fc5a7e5d6064', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]],
│ │ │ │ │ ['storebuilderdata_1276', ['storeBuilderData', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper.xhtml#a0b46a24b4943ca8afd996f35ffe8ee4b', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper']]],
│ │ │ │ │ ['storecount_1277', ['storeCount', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a8a955a8eba1c88c1764f185de4c0912f', 1, 'gmx::OptionTemplate']]],
│ │ │ │ │ ['storedata_1278', ['storeData', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#aec4e33781c17af2b2c0b2e2208844a5c', 1, 'gmx::EnergyTerm']]],
│ │ │ │ │ - ['storedualhsimd_1279', ['storedualhsimd', ['../group__module__simd.xhtml#ga875057cc36d19c7e9be3f840612428d4', 1, 'gmx::storeDualHsimd(double *m0, double *m1, SimdDouble a)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga5e9a1e1e45a47398ab3d7eb1732d9abc', 1, 'gmx::storeDualHsimd(float *m0, float *m1, SimdFloat a)']
│ │ │ │ │ + ['storedualhsimd_1279', ['storedualhsimd', ['../group__module__simd.xhtml#ga5e9a1e1e45a47398ab3d7eb1732d9abc', 1, 'gmx::storeDualHsimd(float *m0, float *m1, SimdFloat a)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga875057cc36d19c7e9be3f840612428d4', 1, 'gmx::storeDualHsimd(double *m0, double *m1, SimdDouble a)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['storeelement_1280', ['storeElement', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper.xhtml#a235a13f78502e60d896e646853e2bc48', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper']]],
│ │ │ │ │ ['storeisset_1281', ['storeIsSet', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a0223a823bf1f842a749ff48e79ba26e3', 1, 'gmx::OptionTemplate']]],
│ │ │ │ │ ['storepointer_1282', ['StorePointer', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a2f98761b584b2a465d4858c7ef412534', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate']]],
│ │ │ │ │ ['storesimulationdata_1283', ['storeSimulationData', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper.xhtml#ade11cffd046dec38a1ea954364c879e7', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper']]],
│ │ │ │ │ ['storestate_1284', ['storestate', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a6d13d89ec75fc151c7ae5e3f108ac75e', 1, 'gmx::PointState::storeState()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HistogramSize.xhtml#a690d72678f31d2e47ad59b1d5b18731a', 1, 'gmx::HistogramSize::storeState()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['storeu_1285', ['storeu', ['../namespacegmx.xhtml#a43354d3d210193bcf5316234dc7d93ae', 1, 'gmx::storeU(std::int32_t *m, std::int32_t a)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga9a8c867df8fe75511871290626c367ed', 1, 'gmx::storeU(double *m, SimdDouble a)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aea9644fa777bc5e47ff9d3e2bdde34e0', 1, 'gmx::storeU(double *m, double a)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#af3a3dcd7322b5b2555938fe1c05be15f', 1, 'gmx::storeU(float *m, float a)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga849eec56bc26a1d99f3f198fc9a9cba5', 1, 'gmx::storeU(std::int32_t *m, SimdFInt32 a)'],
│ │ │ │ │ + ['storeu_1285', ['storeu', ['../group__module__simd.xhtml#ga9a8c867df8fe75511871290626c367ed', 1, 'gmx::storeU(double *m, SimdDouble a)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gabe60b257e28900c4cf3cc8c45a0d1d64', 1, 'gmx::storeU(std::int32_t *m, SimdDInt32 a)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga78a753ce93218a4e83f9733c66a48020', 1, 'gmx::storeU(float *m, SimdFloat a)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gabe60b257e28900c4cf3cc8c45a0d1d64', 1, 'gmx::storeU(std::int32_t *m, SimdDInt32 a)']
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga849eec56bc26a1d99f3f198fc9a9cba5', 1, 'gmx::storeU(std::int32_t *m, SimdFInt32 a)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#af3a3dcd7322b5b2555938fe1c05be15f', 1, 'gmx::storeU(float *m, float a)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aea9644fa777bc5e47ff9d3e2bdde34e0', 1, 'gmx::storeU(double *m, double a)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a43354d3d210193bcf5316234dc7d93ae', 1, 'gmx::storeU(std::int32_t *m, std::int32_t a)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['storevector_1286', ['storevector', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a3409b41ee962dbad42de349725912be8', 1, 'gmx::OptionTemplate::storeVector() const'],
│ │ │ │ │ + ['storevector_1286', ['storevector', ['../classgmx_1_1RepeatingOptionSection.xhtml#a3e49d53ede436357930f8c25671dca7b', 1, 'gmx::RepeatingOptionSection::storeVector()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a5a96f4fb4983a82d9f92216eae769480', 1, 'gmx::OptionTemplate::storeVector(std::vector< T > *store)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RepeatingOptionSection.xhtml#a3e49d53ede436357930f8c25671dca7b', 1, 'gmx::RepeatingOptionSection::storeVector()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a3409b41ee962dbad42de349725912be8', 1, 'gmx::OptionTemplate::storeVector() const']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['storing_20non_20mdp_20option_20module_20parameters_1287', ['Storing non-mdp option module parameters', ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md7', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['stpsz_1288', ['stpsz', ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__eigvec.xhtml#af045cdef2d85143d032f0ed3d38e4639', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_eigvec']]],
│ │ │ │ │ ['str_1289', ['str', ['../classgmx_1_1SelectionParserValue.xhtml#a554155ec80a82301394abce9603e4165', 1, 'gmx::SelectionParserValue']]],
│ │ │ │ │ ['str_5fto_5fint64_5ft_1290', ['str_to_int64_t', ['../cstringutil_8h.xhtml#a2ef37814d13359d7fa2754f0e862b0b1', 1, 'cstringutil.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['str_5fvalue_1291', ['STR_VALUE', ['../selvalue_8h.xhtml#a70b42b87d434580bf1493591857b8beca6f2f1fe9592d96990c9ac690c355bd08', 1, 'selvalue.h']]],
│ │ │ │ │ ['strand_1292', ['Strand', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0ca3c027078bb3e8e6fa9af0c17f09a74c4', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['strconvert_2ecpp_1293', ['strconvert.cpp', ['../strconvert_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../tests_2strconvert_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['strconvert_2eh_1294', ['strconvert.h', ['../strconvert_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['strdb_2eh_1295', ['strdb.h', ['../strdb_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['stream_1296', ['stream', ['../structgmx_1_1PpCommManager.xhtml#a7dc204d25bd58ae52bbc35d9c7068f61', 1, 'gmx::PpCommManager::stream'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#a4abcacb1a254a9ff3e23ee0d8a43cf87', 1, 'gmx::PpForceCommManager::stream'],
│ │ │ │ │ - ['../classDeviceStream.xhtml#a833b326727b4c091bd7e2d345a0c3e32', 1, 'DeviceStream::stream()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml#a94c92fd5ac86430ea1dc56a9b09fc807', 1, 'gmx::DeviceStreamManager::stream()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml#a94c92fd5ac86430ea1dc56a9b09fc807', 1, 'gmx::DeviceStreamManager::stream()'],
│ │ │ │ │ + ['../classDeviceStream.xhtml#a833b326727b4c091bd7e2d345a0c3e32', 1, 'DeviceStream::stream()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['stream_5f_1297', ['stream_', ['../classgmx_1_1TextReader_1_1Impl.xhtml#a5b095aeedfb9f58c15c413797b349d46', 1, 'gmx::TextReader::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['streamisvalid_1298', ['streamIsValid', ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml#a7603e29c180bfd40e2df0b6d92ac48b6', 1, 'gmx::DeviceStreamManager']]],
│ │ │ │ │ ['streams_5f_1299', ['streams_', ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager_1_1Impl.xhtml#a548526002e51eb68687b6ccf4351d205', 1, 'gmx::DeviceStreamManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['stride_1300', ['stride', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a9218f03613a50b23d76f6c5c45c8dc3f', 1, 'gmx::basic_mdspan::stride()'],
│ │ │ │ │ - ['../structmethoddata__merge.xhtml#a0abecb909d79e16025fe12cc8564d014', 1, 'methoddata_merge::stride'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a0cc2dd468dac41257321123d93ffbf6f', 1, 'gmx::layout_right::mapping::stride()'],
│ │ │ │ │ ['../structt__forcetable.xhtml#a9432ad1dc64a5126fe8c9f18ac4de9b2', 1, 't_forcetable::stride'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a0cc2dd468dac41257321123d93ffbf6f', 1, 'gmx::layout_right::mapping::stride()']
│ │ │ │ │ + ['../structmethoddata__merge.xhtml#a0abecb909d79e16025fe12cc8564d014', 1, 'methoddata_merge::stride']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['stride_5fp4_1301', ['STRIDE_P4', ['../namespacegmx.xhtml#a945b97b364f45079cf2048e213296933', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['stride_5fp8_1302', ['STRIDE_P8', ['../namespacegmx.xhtml#a11a87116615aa3728918faf26aeec93f', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['stride_5fxyz_1303', ['STRIDE_XYZ', ['../namespacegmx.xhtml#a95eb80f08407448611a17a5511e976a6', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['stride_5fxyzq_1304', ['STRIDE_XYZQ', ['../namespacegmx.xhtml#af1f70167f1b78be31c016a721b50e7e7', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['strides_1305', ['strides', ['../structgmx_1_1PlanSetupData.xhtml#a84793338224c7e1bb76cf9fb807973e6', 1, 'gmx::PlanSetupData']]],
│ │ │ │ │ ['string_1306', ['String', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b76a571a22b4c47f7dab283e6674154a27118326006d3829667a400ad23d5d98', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ @@ -2088,45 +2088,45 @@
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['stringcompare_2eh_1308', ['stringcompare.h', ['../stringcompare_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['stringcomparetype_1309', ['StringCompareType', ['../group__module__utility.xhtml#ga3ae8c56ad1f6d3f087e5dd1eb69662d9', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['stringformatter_1310', ['stringformatter', ['../classgmx_1_1StringFormatter.xhtml#a0ab3d7d91a3f3c9164656ee203dce1c7', 1, 'gmx::StringFormatter::StringFormatter()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StringFormatter.xhtml', 1, 'gmx::StringFormatter']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['stringidentitytransformwitharraycheck_1311', ['stringIdentityTransformWithArrayCheck', ['../namespacegmx.xhtml#af2379cfb73d29c1d83581a6803e143f6', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['stringinputstream_1312', ['stringinputstream', ['../classgmx_1_1StringInputStream.xhtml', 1, 'gmx::StringInputStream'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StringInputStream.xhtml#a0b5828af20a7fd0fa170c639f5908850', 1, 'gmx::StringInputStream::StringInputStream(const std::string &input)'],
│ │ │ │ │ + ['stringinputstream_1312', ['stringinputstream', ['../classgmx_1_1StringInputStream.xhtml#a4a741cbff48fb194a275ea7549bbbd12', 1, 'gmx::StringInputStream::StringInputStream(ArrayRef< const char *const > const &input)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StringInputStream.xhtml#ac77d0851c71f5931c59b794d2a3d818e', 1, 'gmx::StringInputStream::StringInputStream(const std::vector< std::string > &input)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StringInputStream.xhtml#a4a741cbff48fb194a275ea7549bbbd12', 1, 'gmx::StringInputStream::StringInputStream(ArrayRef< const char *const > const &input)']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StringInputStream.xhtml#a0b5828af20a7fd0fa170c639f5908850', 1, 'gmx::StringInputStream::StringInputStream(const std::string &input)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StringInputStream.xhtml', 1, 'gmx::StringInputStream']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['stringkeywordmatchitem_1313', ['stringkeywordmatchitem', ['../classanonymous__namespace_02sm__keywords_8cpp_03_1_1StringKeywordMatchItem.xhtml', 1, 'anonymous_namespace{sm_keywords.cpp}::StringKeywordMatchItem'],
│ │ │ │ │ - ['../classanonymous__namespace_02sm__keywords_8cpp_03_1_1StringKeywordMatchItem.xhtml#a2d0f4a398d56a1a32b1818d043561f1d', 1, 'anonymous_namespace{sm_keywords.cpp}::StringKeywordMatchItem::StringKeywordMatchItem()']
│ │ │ │ │ + ['stringkeywordmatchitem_1313', ['stringkeywordmatchitem', ['../classanonymous__namespace_02sm__keywords_8cpp_03_1_1StringKeywordMatchItem.xhtml#a2d0f4a398d56a1a32b1818d043561f1d', 1, 'anonymous_namespace{sm_keywords.cpp}::StringKeywordMatchItem::StringKeywordMatchItem()'],
│ │ │ │ │ + ['../classanonymous__namespace_02sm__keywords_8cpp_03_1_1StringKeywordMatchItem.xhtml', 1, 'anonymous_namespace{sm_keywords.cpp}::StringKeywordMatchItem']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['stringmatches_1314', ['stringMatches', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a84a5d2daaa109df8b480c359600af9e4', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['stringoption_1315', ['stringoption', ['../classgmx_1_1StringOption.xhtml', 1, 'gmx::StringOption'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StringOption.xhtml#a605079ba1e850a9c80639e7b13aca0e9', 1, 'gmx::StringOption::StringOption()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['stringoptioninfo_1316', ['stringoptioninfo', ['../classgmx_1_1StringOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::StringOptionInfo'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StringOptionInfo.xhtml#a5fd58848ad2c0cdfa43c596d4e871f1a', 1, 'gmx::StringOptionInfo::StringOptionInfo()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['stringoptionstorage_1317', ['stringoptionstorage', ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml#ad34eb09d02da69affe3225f13acdcb6c', 1, 'gmx::StringOptionStorage::StringOptionStorage()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StringOption.xhtml#a91f499452426d3f642ad73c6bc18dae4', 1, 'gmx::StringOption::StringOptionStorage'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::StringOptionStorage']
│ │ │ │ │ + ['stringoptionstorage_1317', ['stringoptionstorage', ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::StringOptionStorage'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml#ad34eb09d02da69affe3225f13acdcb6c', 1, 'gmx::StringOptionStorage::StringOptionStorage()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StringOption.xhtml#a91f499452426d3f642ad73c6bc18dae4', 1, 'gmx::StringOption::StringOptionStorage']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['stringoutputstream_1318', ['StringOutputStream', ['../classgmx_1_1StringOutputStream.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['stringreference_1319', ['StringReference', ['../symtab_8h.xhtml#a657a848b66319f093f5549f9d313fecb', 1, 'symtab.h']]],
│ │ │ │ │ ['stringstream_2ecpp_1320', ['stringstream.cpp', ['../stringstream_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['stringstream_2eh_1321', ['stringstream.h', ['../stringstream_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['stringtable_1322', ['stringtable', ['../classStringTable.xhtml#ac674f0ad9eeaf373eafc938c8e7bbe31', 1, 'StringTable::StringTable()'],
│ │ │ │ │ ['../classStringTable.xhtml', 1, 'StringTable'],
│ │ │ │ │ ['../classStringTable.xhtml#a99b795252f9fe8a69d7b0031192d0ef0', 1, 'StringTable::StringTable(StringTable &&)=default'],
│ │ │ │ │ ['../classStringTable.xhtml#a2623f7580e35dc9d275a35e53cabf099', 1, 'StringTable::StringTable(gmx::ISerializer *serializer)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['stringtablebuilder_1323', ['StringTableBuilder', ['../classStringTableBuilder.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['stringtableentry_1324', ['stringtableentry', ['../classStringTableEntry.xhtml#a5effd390390e73bc191d9257ef096edb', 1, 'StringTableEntry::StringTableEntry(const StringTableEntry &)=default'],
│ │ │ │ │ - ['../classStringTableEntry.xhtml#ad22cbce9b55a2c8108ac99e4de827d34', 1, 'StringTableEntry::StringTableEntry(StringTableEntry &&) noexcept=default'],
│ │ │ │ │ + ['stringtableentry_1324', ['stringtableentry', ['../classStringTableEntry.xhtml#ad22cbce9b55a2c8108ac99e4de827d34', 1, 'StringTableEntry::StringTableEntry(StringTableEntry &&) noexcept=default'],
│ │ │ │ │ + ['../classStringTableEntry.xhtml#a5effd390390e73bc191d9257ef096edb', 1, 'StringTableEntry::StringTableEntry(const StringTableEntry &)=default'],
│ │ │ │ │ ['../classStringTableEntry.xhtml', 1, 'StringTableEntry']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['stringtablepair_1325', ['StringTablePair', ['../symtab_8h.xhtml#a18d5103601c56621b0a874ef5ca781bb', 1, 'symtab.h']]],
│ │ │ │ │ ['stringtest_2ecpp_1326', ['stringtest.cpp', ['../stringtest_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['stringtest_2eh_1327', ['stringtest.h', ['../stringtest_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['stringtestbase_1328', ['StringTestBase', ['../classgmx_1_1test_1_1StringTestBase.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['stringtoenumvalueconverter_1329', ['StringToEnumValueConverter', ['../classgmx_1_1StringToEnumValueConverter.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ @@ -2154,48 +2154,48 @@
│ │ │ │ │ ['subexpression_20elements_1349', ['subexpression elements', ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree_subexpr', 1, 'Subexpression elements'],
│ │ │ │ │ ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree_subexpr', 1, 'Subexpression elements']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['subgridtogridindex_1350', ['subgridToGridIndex', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02biasgrid_8cpp_03.xhtml#ab1fd9f2e326055ec70a6e583df6b044a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{biasgrid.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['subgroupbarrier_1351', ['subGroupBarrier', ['../sycl__kernel__utils_8h.xhtml#ad5c41522362d208f4976353ae328d202', 1, 'sycl_kernel_utils.h']]],
│ │ │ │ │ ['subgrouplist_1352', ['SubgroupList', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#addd91924c1901ad431e1179979667de5', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group']]],
│ │ │ │ │ ['subgroups_5f_1353', ['subgroups_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#a4503c80475749f10833172eae8971a6c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group']]],
│ │ │ │ │ - ['submit_1354', ['submit', ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#acffdb0cca418266b0d92986b3e5c3e40', 1, 'submit(): pme_gpu_grid_sycl.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../classGridConverter.xhtml#a64744d7cc0f7fe464f6802f8d566f60e', 1, 'GridConverter::submit()']
│ │ │ │ │ + ['submit_1354', ['submit', ['../classGridConverter.xhtml#a64744d7cc0f7fe464f6802f8d566f60e', 1, 'GridConverter::submit()'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#acffdb0cca418266b0d92986b3e5c3e40', 1, 'submit(): pme_gpu_grid_sycl.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['subscribe_1355', ['subscribe', ['../classgmx_1_1BuildMDModulesNotifier_3_4_1_1NoCallParameter.xhtml#ae07afa856a7bcee96a3869125ccd95cd', 1, 'gmx::BuildMDModulesNotifier<>::NoCallParameter::subscribe()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MDModulesNotifier.xhtml#ace70e2417840be644e8d2325f531bf65', 1, 'gmx::MDModulesNotifier::subscribe()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['subscriber_1356', ['subscriber', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1Subscriber.xhtml#a269dc9a0d13ff39c870f147c4bbd1559', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::Subscriber::Subscriber()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1Subscriber.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::Subscriber']
│ │ │ │ │ + ['subscriber_1356', ['subscriber', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1Subscriber.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::Subscriber'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1Subscriber.xhtml#a269dc9a0d13ff39c870f147c4bbd1559', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::Subscriber::Subscriber(int subscriberIndex, int numRanks)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['subscriberindex_5f_1357', ['subscriberIndex_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1Subscriber.xhtml#af8a3e4d6e98888443c7cab5c70086b3a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::Subscriber']]],
│ │ │ │ │ ['subscribers_1358', ['subscribers', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1ObservablesReducerIntegrationTest_1_1RankData.xhtml#aba23686bcf9f176a69ea1c0bfc300817', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::ObservablesReducerIntegrationTest::RankData']]],
│ │ │ │ │ - ['subscribetopreprocessingnotifications_1359', ['subscribetopreprocessingnotifications', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nnpot_8cpp_03_1_1NNPotMDModule.xhtml#a22e04fc2723eac909962429ba0184823', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nnpot.cpp}::NNPotMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MDModules.xhtml#a7ae8307ca2b3420ac6ac3182b6a2a0a9', 1, 'gmx::MDModules::subscribeToPreProcessingNotifications()'],
│ │ │ │ │ + ['subscribetopreprocessingnotifications_1359', ['subscribetopreprocessingnotifications', ['../classgmx_1_1MDModules.xhtml#a7ae8307ca2b3420ac6ac3182b6a2a0a9', 1, 'gmx::MDModules::subscribeToPreProcessingNotifications()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IMDModule.xhtml#ab6b935c7ca98308282c6e1bc758076e0', 1, 'gmx::IMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1RestraintMDModule.xhtml#abd7bb332422258ee0561d96157b7fa41', 1, 'gmx::RestraintMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a0c0c12bc44172ce2343610c085e9a3ab', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#ae108e70249fc249374bcc30816ef31cc', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml#ab7a2ddc8a8ce5137207983943726efa2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting::subscribeToPreProcessingNotifications()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02electricfield_8cpp_03_1_1ElectricField.xhtml#adab70bd65ea59ac070ab79f7e1ce35c4', 1, 'gmx::anonymous_namespace{electricfield.cpp}::ElectricField::subscribeToPreProcessingNotifications()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMM.xhtml#a6533be5f63d0cf8afdce03958878a87a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMM::subscribeToPreProcessingNotifications()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule__stub_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#accdbe6d7504ec82c23720d6f5f034e33', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule_stub.cpp}::PlumedMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#a9eb2527a2c23b7e48256e8df5f4c4f18', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule.cpp}::PlumedMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#a9eb2527a2c23b7e48256e8df5f4c4f18', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule.cpp}::PlumedMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nnpot_8cpp_03_1_1NNPotMDModule.xhtml#a22e04fc2723eac909962429ba0184823', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nnpot.cpp}::NNPotMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02electricfield_8cpp_03_1_1ElectricField.xhtml#adab70bd65ea59ac070ab79f7e1ce35c4', 1, 'gmx::anonymous_namespace{electricfield.cpp}::ElectricField::subscribeToPreProcessingNotifications()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml#ab7a2ddc8a8ce5137207983943726efa2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting::subscribeToPreProcessingNotifications()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#ae108e70249fc249374bcc30816ef31cc', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a0c0c12bc44172ce2343610c085e9a3ab', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['subscribetosimulationsetupnotifications_1360', ['subscribetosimulationsetupnotifications', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a3cb85009cfcda1f003c6e5a4742dd914', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a7bb4599491cb6b827704b5629f13620e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml#a19defe9e54ca0957d45bfa65b723c82d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting::subscribeToSimulationSetupNotifications()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02electricfield_8cpp_03_1_1ElectricField.xhtml#a8d2ac3b4ef40f969cc938a033930191c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{electricfield.cpp}::ElectricField::subscribeToSimulationSetupNotifications()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nnpot_8cpp_03_1_1NNPotMDModule.xhtml#a0fe03a34773c00145f19270117296ff1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nnpot.cpp}::NNPotMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#a874e1d4a16823a41f5e306d50cb0b337', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule.cpp}::PlumedMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule__stub_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#a98aa443a7c179906c386a21fdade30b3', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule_stub.cpp}::PlumedMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMM.xhtml#a1bdbcad262e3921a8e279b3dee89402d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMM::subscribeToSimulationSetupNotifications()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MDModules.xhtml#a7e3b7050bafff0775970d34ee64944a3', 1, 'gmx::MDModules::subscribeToSimulationSetupNotifications()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RestraintMDModule.xhtml#aa2603a2108187ac9ee25f8eea3570da9', 1, 'gmx::RestraintMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IMDModule.xhtml#a9179480a1b556983c8ad6560d0745f55', 1, 'gmx::IMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RestraintMDModule.xhtml#aa2603a2108187ac9ee25f8eea3570da9', 1, 'gmx::RestraintMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MDModules.xhtml#a7e3b7050bafff0775970d34ee64944a3', 1, 'gmx::MDModules::subscribeToSimulationSetupNotifications()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMM.xhtml#a1bdbcad262e3921a8e279b3dee89402d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMM::subscribeToSimulationSetupNotifications()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule__stub_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#a98aa443a7c179906c386a21fdade30b3', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule_stub.cpp}::PlumedMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#a874e1d4a16823a41f5e306d50cb0b337', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule.cpp}::PlumedMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nnpot_8cpp_03_1_1NNPotMDModule.xhtml#a0fe03a34773c00145f19270117296ff1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nnpot.cpp}::NNPotMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02electricfield_8cpp_03_1_1ElectricField.xhtml#a8d2ac3b4ef40f969cc938a033930191c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{electricfield.cpp}::ElectricField::subscribeToSimulationSetupNotifications()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml#a19defe9e54ca0957d45bfa65b723c82d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting::subscribeToSimulationSetupNotifications()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['subscription_1361', ['Subscription', ['../structgmx_1_1ObservablesReducerBuilder_1_1Impl_1_1Subscription.xhtml', 1, 'gmx::ObservablesReducerBuilder::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['subscriptions_5f_1362', ['subscriptions_', ['../classgmx_1_1ObservablesReducerBuilder_1_1Impl.xhtml#ae0c01d7795e48f12283beb6a9c84e492', 1, 'gmx::ObservablesReducerBuilder::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['subsections_5f_1363', ['subsections_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#a475959506bc57aa98def4e9841ae73cc', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]],
│ │ │ │ │ ['subset_20you_20should_20use_20in_20practice_1364', ['The subset you should use in practice', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md63', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['substitutemarkupandwraptostring_1365', ['substituteMarkupAndWrapToString', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a1dcdc49ad4601b795050aea1bf06eee7', 1, 'gmx::HelpWriterContext']]],
│ │ │ │ │ ['substitutemarkupandwraptovector_1366', ['substituteMarkupAndWrapToVector', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a33373939eb8f6589f7f26da8825bb421', 1, 'gmx::HelpWriterContext']]],
│ │ │ │ │ @@ -2221,36 +2221,36 @@
│ │ │ │ │ ['sumoversimulations_1386', ['sumOverSimulations', ['../namespacegmx.xhtml#aea073fa34921e8c1dab3569d82f0509b', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['sumpmf_1387', ['sumPmf', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02biasstate_8cpp_03.xhtml#ae9d976ca68c79818a16f5697ceeec552', 1, 'gmx::anonymous_namespace{biasstate.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['sumsquareddeviation_1388', ['sumSquaredDeviation', ['../structgmx_1_1LincsDeviations.xhtml#a6bc5832bbf2ff27d51216fe499d83b7f', 1, 'gmx::LincsDeviations']]],
│ │ │ │ │ ['sumsquares_1389', ['sumSquares', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1DistanceCalculationInfo.xhtml#af7f0247ccb425b1e00ac8249e0fc8b26', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::DistanceCalculationInfo']]],
│ │ │ │ │ ['support_1390', ['Architecture support', ['../page_nbnxm.xhtml#autotoc_md51', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['supported_1391', ['Supported', ['../namespacegmx.xhtml#a6b0776e8436cb38e80d66f0de7c870d8aeaa4dc5078017a5c5bebf383ab6f5124', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['supportedsubgroupsizes_1392', ['supportedSubGroupSizes', ['../structDeviceInformation.xhtml#a6f5ff1e6a0ab77783be4d53e4b8982ed', 1, 'DeviceInformation']]],
│ │ │ │ │ - ['supportlevel_1393', ['supportlevel', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#a7f2d0fc306d8735e4ff708560531c830', 1, 'gmx::HardwareTopology::supportLevel()'],
│ │ │ │ │ + ['supportlevel_1393', ['supportlevel', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#ad5a4b80e8ced6d9f565d8d25463cf1d4', 1, 'gmx::CpuInfo::supportLevel()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#a7f2d0fc306d8735e4ff708560531c830', 1, 'gmx::HardwareTopology::supportLevel()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#a07f2b126c9ee81ac1577b49b18b0bed6', 1, 'gmx::CpuInfo::SupportLevel'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8', 1, 'gmx::HardwareTopology::SupportLevel'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#ad5a4b80e8ced6d9f565d8d25463cf1d4', 1, 'gmx::CpuInfo::supportLevel()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8', 1, 'gmx::HardwareTopology::SupportLevel']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['supportsdynamicpairlistgenerationinterval_1394', ['supportsDynamicPairlistGenerationInterval', ['../namespacegmx.xhtml#a0f4273f32db6462099dda44aa137a1e5', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['surfacearea_2ecpp_1395', ['surfacearea.cpp', ['../tests_2surfacearea_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['surfaceareacalculator_1396', ['surfaceareacalculator', ['../classgmx_1_1SurfaceAreaCalculator.xhtml#a6ebda023efd961beb6f0c2af0a79ed53', 1, 'gmx::SurfaceAreaCalculator::SurfaceAreaCalculator()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SurfaceAreaCalculator.xhtml', 1, 'gmx::SurfaceAreaCalculator']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['surfacedist2_5f_1397', ['surfaceDist2_', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02rdf_8cpp_03_1_1RdfModuleData.xhtml#ae6ef917c4fc4678fe5469809b30810ba', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::RdfModuleData']]],
│ │ │ │ │ ['surfaceterm_1398', ['surfaceTerm', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02ewaldsurfaceterm_8cpp_03.xhtml#a01a353d068dc5ae41d7b732b0e567822', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{ewaldsurfaceterm.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['surfacetype_1399', ['SurfaceType', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#ga642e33e4cfb60c000439479c8ab2babc', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['svir_5fprev_1400', ['svir_prev', ['../classt__state.xhtml#ac24ed2cc01441285a84315fb0dc7771e', 1, 't_state']]],
│ │ │ │ │ ['swap_1401', ['swap', ['../group__module__swap.xhtml', 1, '"Computational Electrophysiology" position swapping (swap)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a9dcfc375435eb5edc0e45544fd43e655a8778f5cc5ee1685fb97ad92e33e63225', 1, 'gmx::Swap'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a4593e2dd26986d5477ee1c1d34b73d8e', 1, 'gmx::ArrayRef::swap()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ae64aef69c2c28c27a9042cb4a6bcf936', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::swap()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a3bdae105dbb17e4737ef72ebc0807215', 1, 'gmx::MultiDimArray::swap()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a064a1c97bee073634e577a8c53303ce6', 1, 'gmx::PaddedVector::swap()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a4593e2dd26986d5477ee1c1d34b73d8e', 1, 'gmx::ArrayRef::swap()'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a9dcfc375435eb5edc0e45544fd43e655a8778f5cc5ee1685fb97ad92e33e63225', 1, 'gmx::Swap'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__utility.xhtml#gaea4107331937752337e008005021240a', 1, 'gmx::swap(ArrayRef< T > &a, ArrayRef< T > &b) noexcept'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aec1143780afb2589e98348707889fa03', 1, 'gmx::swap(MultiDimArray< TContainer, Extents > &a, MultiDimArray< TContainer, Extents > &b) noexcept']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a3bdae105dbb17e4737ef72ebc0807215', 1, 'gmx::MultiDimArray::swap()'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aec1143780afb2589e98348707889fa03', 1, 'gmx::swap(MultiDimArray< TContainer, Extents > &a, MultiDimArray< TContainer, Extents > &b) noexcept'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__utility.xhtml#gaea4107331937752337e008005021240a', 1, 'gmx::swap(ArrayRef< T > &a, ArrayRef< T > &b) noexcept']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['swap_5f_1402', ['swap_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a2f2b6093dac6793f86055ffa7106c527', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]],
│ │ │ │ │ ['swap_5fcompartment_1403', ['swap_compartment', ['../structswap__compartment.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['swap_5fem_5fstate_1404', ['swap_em_state', ['../gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp.xhtml#a6078fd3d5fc0591a5a214ce7ef69bc93', 1, 'minimize.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['swap_5fgroup_1405', ['swap_group', ['../structswap__group.xhtml#a39ed818b2c47c2f316130152b71a024c', 1, 'swap_group::swap_group()'],
│ │ │ │ │ ['../structswap__group.xhtml', 1, 'swap_group']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ @@ -2291,22 +2291,22 @@
│ │ │ │ │ ['symrec_2ecpp_1438', ['symrec.cpp', ['../symrec_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['symrec_2eh_1439', ['symrec.h', ['../symrec_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['symtab_1440', ['symtab', ['../structgmx__ana__selcollection__t.xhtml#a13f2bf089c185f391dea2c82148f3d60', 1, 'gmx_ana_selcollection_t']]],
│ │ │ │ │ ['symtab_2ecpp_1441', ['symtab.cpp', ['../symtab_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../tests_2symtab_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['symtab_2eh_1442', ['symtab.h', ['../symtab_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['sync_1443', ['sync', ['../gpu__utils_8h.xhtml#aed6d99acc2a7b8495f08fa2d9d2277ebad8e87c0927539672f54462c837be0b7f', 1, 'Sync: gpu_utils.h'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1PpCommManager.xhtml#afa6488f4f8451bdf0f67d30f75b5b281', 1, 'gmx::PpCommManager::sync']
│ │ │ │ │ + ['sync_1443', ['sync', ['../structgmx_1_1PpCommManager.xhtml#afa6488f4f8451bdf0f67d30f75b5b281', 1, 'gmx::PpCommManager::sync'],
│ │ │ │ │ + ['../gpu__utils_8h.xhtml#aed6d99acc2a7b8495f08fa2d9d2277ebad8e87c0927539672f54462c837be0b7f', 1, 'Sync: gpu_utils.h']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['synchronize_1444', ['synchronize', ['../classDeviceStream.xhtml#a7f281ecac0d5600914289fb5b67f54ef', 1, 'DeviceStream']]],
│ │ │ │ │ ['syncnodes_1445', ['syncNodes', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a8d4b9476c7dc473a7b408283e5a152b6', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['syncspreadgridd2h_1446', ['syncSpreadGridD2H', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a15b90eb73d235606daa124995fdc1c48', 1, 'PmeGpuSpecific']]],
│ │ │ │ │ - ['synopsisformatter_1447', ['synopsisformatter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1SynopsisFormatter.xhtml#a7ed6c3905f1c8d5499a7ee369fe853f2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::SynopsisFormatter::SynopsisFormatter()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1SynopsisFormatter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::SynopsisFormatter']
│ │ │ │ │ + ['synopsisformatter_1447', ['synopsisformatter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1SynopsisFormatter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::SynopsisFormatter'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1SynopsisFormatter.xhtml#a7ed6c3905f1c8d5499a7ee369fe853f2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::SynopsisFormatter::SynopsisFormatter()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['syntax_1448', ['syntax', ['../structgmx__ana__selmethod__help__t.xhtml#a37e5c1e5aad324294ffb8cbe9735ce5e', 1, 'gmx_ana_selmethod_help_t']]],
│ │ │ │ │ ['sysinfo_2ecpp_1449', ['sysinfo.cpp', ['../sysinfo_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['sysinfo_2eh_1450', ['sysinfo.h', ['../sysinfo_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['system_1451', ['System', ['../namespacegmx.xhtml#ac8f59b82a88d690750974cad2ecb2d4daa45da96d0bf6575970f2d27af22be28a', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['systemhasconstraintsorvsites_1452', ['systemHasConstraintsOrVsites', ['../namespacegmx.xhtml#a84c067a7732a941d59bb27a3128b7771', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['systeminfo_5f_1453', ['systemInfo_', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a7745158537ef45393a49add94ab8091e', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl']]],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_17.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -66,22 +66,22 @@
│ │ │ │ │ ['t_5fumbrellawindow_49', ['t_UmbrellaWindow', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['t_5fxpmelmt_50', ['t_xpmelmt', ['../structt__xpmelmt.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['ta_5fdisres_51', ['ta_disres', ['../disre_8h.xhtml#a0f24a3fea145dd8f74fc24a64232e8b9', 1, 'disre.h']]],
│ │ │ │ │ ['table_20interpolation_52', ['Classes for table interpolation', ['../group__module__tables.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['tableinput_2eh_53', ['tableinput.h', ['../tableinput_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['tableinteraction_54', ['TableInteraction', ['../forcetable_8h.xhtml#a5ab83e2e3173b76df0ca2b9ca595040c', 1, 'forcetable.h']]],
│ │ │ │ │ ['tablesoffsets_55', ['tablesOffsets', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml#a705c9e648f29b1dc77275482d31b5e2e', 1, 'PmeGpuGridParams']]],
│ │ │ │ │ - ['tablespacing_56', ['tablespacing', ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#a68e69e9f9e7653a0f59b4417d9278055', 1, 'gmx::CubicSplineTable::tableSpacing()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#a01c2df243de4371cf4c88ed712073ec4', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::tableSpacing()']
│ │ │ │ │ + ['tablespacing_56', ['tablespacing', ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#a01c2df243de4371cf4c88ed712073ec4', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::tableSpacing()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#a68e69e9f9e7653a0f59b4417d9278055', 1, 'gmx::CubicSplineTable::tableSpacing()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['tabulated_5fbonded_5finteractions_2ecpp_57', ['tabulated_bonded_interactions.cpp', ['../tabulated__bonded__interactions_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['tabulated_5fpot_58', ['tabulated_pot', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a0274f4fbc68349f4127af1ea77473b89', 1, 'gmx_wham.cpp']]],
│ │ │ │ │ - ['tabulatednormaldistribution_59', ['tabulatednormaldistribution', ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ad090e6c16ba8f5b3a5408d8c07788dd3', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::TabulatedNormalDistribution()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution< RealType, tableBits >'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#abb053676a2ca8ed4f5a9908bc70f25a7', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::TabulatedNormalDistribution()']
│ │ │ │ │ + ['tabulatednormaldistribution_59', ['tabulatednormaldistribution', ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution< RealType, tableBits >'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#abb053676a2ca8ed4f5a9908bc70f25a7', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::TabulatedNormalDistribution(result_type mean=0.0, result_type stddev=1.0)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ad090e6c16ba8f5b3a5408d8c07788dd3', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::TabulatedNormalDistribution(const param_type &param)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['tabulatednormaldistribution_2ecpp_60', ['tabulatednormaldistribution.cpp', ['../tests_2tabulatednormaldistribution_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['tabulatednormaldistribution_2eh_61', ['tabulatednormaldistribution.h', ['../tabulatednormaldistribution_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['tabulatestructurefactors_62', ['tabulateStructureFactors', ['../ewald_8cpp.xhtml#aa3544b10e91b5c8dcfa5a114a5bc5a96', 1, 'ewald.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['tag_63', ['tag', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga049d88cc31c3267253efbde42699ad28', 1, 'gmx::PropagatorConnection']]],
│ │ │ │ │ ['tan_64', ['tan', ['../namespacegmx.xhtml#a45e727a4960ac7f8ba5149f9b251c520', 1, 'gmx::tan(double x)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a7063173231453ec737688c8d91aa0749', 1, 'gmx::tan(float x)']
│ │ │ │ │ @@ -111,16 +111,16 @@
│ │ │ │ │ ['tausmooth_80', ['tausmooth', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#adca5c639bf77415ff74cdd36259747ac', 1, 't_UmbrellaWindow']]],
│ │ │ │ │ ['taut_81', ['tauT', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTestParameters.xhtml#ad2429598fcf2120680f2c9cbb242a227', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTestParameters']]],
│ │ │ │ │ ['tbin_82', ['tbin', ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a8e051ab9e3b8939ceaf35aea4b20c980', 1, 'methoddata_insolidangle']]],
│ │ │ │ │ ['tbinsize_83', ['tbinsize', ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a37c045688253e214ec4f38582c565d5a', 1, 'methoddata_insolidangle']]],
│ │ │ │ │ ['teardown_84', ['teardown', ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml#a3130fd41d2ff2414f0fc6089b586d5bb', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper::teardown()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#ab37d08455a3f6c93bf73d3b6983f99af', 1, 'gmx::EnergyData::teardown()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['teardowntestsuite_85', ['teardowntestsuite', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml#a96d5a35582f00b8736e036fc362034d0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::PmeTest::TearDownTestSuite()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1MdrunTestFixtureBase.xhtml#aeb3adf1e5777af74e64006f41c7ed0fd', 1, 'gmx::test::MdrunTestFixtureBase::TearDownTestSuite()'],
│ │ │ │ │ + ['teardowntestsuite_85', ['teardowntestsuite', ['../classgmx_1_1test_1_1MdrunTestFixtureBase.xhtml#aeb3adf1e5777af74e64006f41c7ed0fd', 1, 'gmx::test::MdrunTestFixtureBase::TearDownTestSuite()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml#a96d5a35582f00b8736e036fc362034d0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::PmeTest::TearDownTestSuite()'],
│ │ │ │ │ ['../classanonymous__namespace_02domain__decomposition_8cpp_03_1_1DomDecSpecialCasesTest.xhtml#a1f99d295d63d1aa9dfd1dde3aa1300ad', 1, 'anonymous_namespace{domain_decomposition.cpp}::DomDecSpecialCasesTest::TearDownTestSuite()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['temp_86', ['temp', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#af483c0a60b6afdfe8c804ca5b1d58e55', 1, 'gmx_repl_ex']]],
│ │ │ │ │ ['temperature_87', ['temperature', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTestParameters.xhtml#a6908a83b062ae61a4f13f574c981f92f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTestParameters']]],
│ │ │ │ │ ['temperature_20manager_88', ['Reference temperature manager', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md48', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['temperature_5f_89', ['temperature_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02updategroups_8cpp_03_1_1UpdateGroupsTest.xhtml#ad366014cc4d8bfa1f77efdd48f1f7761', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{updategroups.cpp}::UpdateGroupsTest']]],
│ │ │ │ │ ['temperaturecoupling_90', ['TemperatureCoupling', ['../md__enums_8h.xhtml#a3ee2807ffc53ebc379b7a3ecb3818408', 1, 'md_enums.h']]],
│ │ │ │ │ @@ -159,101 +159,101 @@
│ │ │ │ │ ['testagainstreferencedata_121', ['testagainstreferencedata', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTest.xhtml#a1607e65031b20e6649c7c2711096c446', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTest::testAgainstReferenceData()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02leapfrog_8cpp_03_1_1LeapFrogTest.xhtml#ad1aa6ce337261adfb963124ba3802efb', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTest::testAgainstReferenceData()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['testarrayrefs_2eh_122', ['testarrayrefs.h', ['../testarrayrefs_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['testasserts_2ecpp_123', ['testasserts.cpp', ['../testasserts_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['testasserts_2eh_124', ['testasserts.h', ['../testasserts_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['testasserts_5ftests_2ecpp_125', ['testasserts_tests.cpp', ['../testasserts__tests_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['testbits_126', ['testbits', ['../group__module__simd.xhtml#ga10dfe150e697592814f1d3edd5c3c87e', 1, 'gmx::testBits(SimdFloat a)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaf2ea05053a363baccc4a01d7d0bc137d', 1, 'gmx::testBits(SimdDInt32 a)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ae58ba299df96ee6c45043e646a1d01dc', 1, 'gmx::testBits(double a)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga5c87788b1cb09e4e6bfdf94f83f1ec76', 1, 'gmx::testBits(SimdDouble a)'],
│ │ │ │ │ + ['testbits_126', ['testbits', ['../namespacegmx.xhtml#ae58ba299df96ee6c45043e646a1d01dc', 1, 'gmx::testBits(double a)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#af6a3628d9b9ddc7900590f963be7bbf0', 1, 'gmx::testBits(float a)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga47337ed69b038e337974eb220e9455bd', 1, 'gmx::testBits(SimdFInt32 a)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ae2a03b61db6a3ed3e8c2d5e1b3acc9a8', 1, 'gmx::testBits(std::int32_t a)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga47337ed69b038e337974eb220e9455bd', 1, 'gmx::testBits(SimdFInt32 a)']
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaf2ea05053a363baccc4a01d7d0bc137d', 1, 'gmx::testBits(SimdDInt32 a)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga5c87788b1cb09e4e6bfdf94f83f1ec76', 1, 'gmx::testBits(SimdDouble a)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga10dfe150e697592814f1d3edd5c3c87e', 1, 'gmx::testBits(SimdFloat a)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['testbody_127', ['testbody', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmesplinespreadtest_8cpp_03_1_1SplineAndSpreadTestBody.xhtml#a9b56a90ddb0e79ad3a306a61fc56700b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmesplinespreadtest.cpp}::SplineAndSpreadTestBody::TestBody()'],
│ │ │ │ │ + ['testbody_127', ['testbody', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1GatherTestBody.xhtml#a8d2770417e5c57257e5f998e68306c3f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::GatherTestBody::TestBody()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmesolvetest_8cpp_03_1_1SolveTestBody.xhtml#a73732f663d465e8c6235e8d52fc0d321', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmesolvetest.cpp}::SolveTestBody::TestBody()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1GatherTestBody.xhtml#a8d2770417e5c57257e5f998e68306c3f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::GatherTestBody::TestBody()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmesplinespreadtest_8cpp_03_1_1SplineAndSpreadTestBody.xhtml#a9b56a90ddb0e79ad3a306a61fc56700b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmesplinespreadtest.cpp}::SplineAndSpreadTestBody::TestBody()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['testcallbackfunc_128', ['TestCallbackFunc', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02textreader_8cpp_03.xhtml#a3d2c1cd223dc48fe16d95d95fba57e33', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{textreader.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['testdata_129', ['testData', ['../classgmx_1_1test_1_1XvgMatch.xhtml#adac4856fbdb4583cbe532297c59e5368', 1, 'gmx::test::XvgMatch']]],
│ │ │ │ │ ['testdevice_130', ['testdevice', ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml', 1, 'gmx::test::TestDevice'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#a32825b77885bb4482851ecfa1a8f5c25', 1, 'gmx::test::TestDevice::TestDevice()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['testenum_131', ['testenum', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02treesupport_8cpp_03.xhtml#a1a5203293db72857fea5d4d07096a1ab', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{treesupport.cpp}::TestEnum'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03.xhtml#a8cb42376f7b6bb894e8da947f7c4a8d6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::TestEnum'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02optionsassigner_8cpp_03.xhtml#ade5b1d6d438c6354dc5a3034be602cef', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{optionsassigner.cpp}::TestEnum']
│ │ │ │ │ + ['testenum_131', ['testenum', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03.xhtml#a8cb42376f7b6bb894e8da947f7c4a8d6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::TestEnum'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02optionsassigner_8cpp_03.xhtml#ade5b1d6d438c6354dc5a3034be602cef', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{optionsassigner.cpp}::TestEnum'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02treesupport_8cpp_03.xhtml#a1a5203293db72857fea5d4d07096a1ab', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{treesupport.cpp}::TestEnum']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['testenums_132', ['TestEnums', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a7c58468ea2cf02368441be884454b7b4', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ - ['testexception_133', ['testexception', ['../classgmx_1_1test_1_1TestException.xhtml#aa3c79e2b74a27e68018a7e990d7bc7fc', 1, 'gmx::test::TestException::TestException(const std::string &reason)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TestException.xhtml#a3616ce31284d79ab68e8faa65330d5ec', 1, 'gmx::test::TestException::TestException(const GromacsException &base)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TestException.xhtml', 1, 'gmx::test::TestException']
│ │ │ │ │ + ['testexception_133', ['testexception', ['../classgmx_1_1test_1_1TestException.xhtml', 1, 'gmx::test::TestException'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestException.xhtml#aa3c79e2b74a27e68018a7e990d7bc7fc', 1, 'gmx::test::TestException::TestException(const std::string &reason)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestException.xhtml#a3616ce31284d79ab68e8faa65330d5ec', 1, 'gmx::test::TestException::TestException(const GromacsException &base)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['testexceptions_2eh_134', ['testexceptions.h', ['../testexceptions_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['testexecutableenvironmentpointer_135', ['TestExecutableEnvironmentPointer', ['../namespaceanonymous__namespace_02cmdlineprogramcontext_8cpp_03.xhtml#a588106249f49c9bf9e940113b62a8b55', 1, 'anonymous_namespace{cmdlineprogramcontext.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['testfileinputredirector_136', ['TestFileInputRedirector', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileInputRedirector.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ - ['testfilemanager_137', ['testfilemanager', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileManager.xhtml#af42f5bc9e13682a94806d028a01c7ae5', 1, 'gmx::test::TestFileManager::TestFileManager()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileManager.xhtml', 1, 'gmx::test::TestFileManager']
│ │ │ │ │ + ['testfilemanager_137', ['testfilemanager', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileManager.xhtml', 1, 'gmx::test::TestFileManager'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileManager.xhtml#af42f5bc9e13682a94806d028a01c7ae5', 1, 'gmx::test::TestFileManager::TestFileManager()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['testfilemanager_2ecpp_138', ['testfilemanager.cpp', ['../testfilemanager_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['testfilemanager_2eh_139', ['testfilemanager.h', ['../testfilemanager_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['testfileoutputredirector_140', ['TestFileOutputRedirector', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileOutputRedirector.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['testfileredirector_2ecpp_141', ['testfileredirector.cpp', ['../testfileredirector_8cpp.xhtml', 1, '']]],
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│ │ │ │ │ ['testfilesequal_143', ['testFilesEqual', ['../classgmx_1_1test_1_1StringTestBase.xhtml#a1062057f797b1ac101db31fcca2ef113', 1, 'gmx::test::StringTestBase']]],
│ │ │ │ │ - ['testfunction_144', ['testfunction', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02vectypes_8cpp_03.xhtml#a23b76af59e09cce03e7355cd864e3702', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{vectypes.cpp}::testFunction(const rvec &x)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02vectypes_8cpp_03.xhtml#af8cb31bf9b503663605dd7c63b33bee3', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{vectypes.cpp}::testFunction(const dvec &x)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02vectypes_8cpp_03.xhtml#a4a4ad71c08cf0983d5d2c2eda5d758f7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{vectypes.cpp}::testFunction(const ivec &x)']
│ │ │ │ │ + ['testfunction_144', ['testfunction', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02vectypes_8cpp_03.xhtml#af8cb31bf9b503663605dd7c63b33bee3', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{vectypes.cpp}::testFunction(const dvec &x)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02vectypes_8cpp_03.xhtml#a4a4ad71c08cf0983d5d2c2eda5d758f7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{vectypes.cpp}::testFunction(const ivec &x)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02vectypes_8cpp_03.xhtml#a23b76af59e09cce03e7355cd864e3702', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{vectypes.cpp}::testFunction(const rvec &x)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['testhardwareenvironment_145', ['TestHardwareEnvironment', ['../classgmx_1_1test_1_1TestHardwareEnvironment.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['testindex_146', ['testIndex', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodPair.xhtml#a5170d6c40c0fab5d2e66955c01b4b58e', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodPair']]],
│ │ │ │ │ ['testing_20utilities_20testutils_147', ['Testing Utilities (testutils)', ['../group__module__testutils.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['testinit_2ecpp_148', ['testinit.cpp', ['../testinit_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['testinit_2eh_149', ['testinit.h', ['../testinit_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['testmatchers_2ecpp_150', ['testmatchers.cpp', ['../testmatchers_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['testmatchers_2eh_151', ['testmatchers.h', ['../testmatchers_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['testmodule_2ecpp_152', ['testmodule.cpp', ['../testmodule_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['testmodule_2eh_153', ['testmodule.h', ['../testmodule_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['testoptions_2ecpp_154', ['testoptions.cpp', ['../testoptions_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['testoptions_2eh_155', ['testoptions.h', ['../testoptions_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['testoptionsprovider_156', ['TestOptionsProvider', ['../classgmx_1_1test_1_1TestOptionsProvider.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['testoptionsregistry_157', ['TestOptionsRegistry', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testoptions_8cpp_03_1_1TestOptionsRegistry.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testoptions.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['testoutput_158', ['testoutput', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02checkpointdata_8cpp_03.xhtml#a256911cd50800e2c87bacc8cba91a65d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{checkpointdata.cpp}::testOutput(const std::string &key, const tensor inputTensor, ReadCheckpointData *checkpointData)'],
│ │ │ │ │ + ['testoutput_158', ['testoutput', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02checkpointdata_8cpp_03.xhtml#a2e5f4a7e8bb22f68c3b391de25d9b253', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{checkpointdata.cpp}::testOutput(const std::string &key, const T &inputValue, ReadCheckpointData *checkpointData)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02checkpointdata_8cpp_03.xhtml#aad44cd3d138240462d4534ee9633bfa1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{checkpointdata.cpp}::testOutput(const std::string &key, const std::vector< T > &inputVector, ReadCheckpointData *checkpointData)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02checkpointdata_8cpp_03.xhtml#a2e5f4a7e8bb22f68c3b391de25d9b253', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{checkpointdata.cpp}::testOutput(const std::string &key, const T &inputValue, ReadCheckpointData *checkpointData)']
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02checkpointdata_8cpp_03.xhtml#a256911cd50800e2c87bacc8cba91a65d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{checkpointdata.cpp}::testOutput(const std::string &key, const tensor inputTensor, ReadCheckpointData *checkpointData)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['testparticleinsertion_159', ['testparticleinsertion', ['../classgmx_1_1TestParticleInsertion.xhtml', 1, 'gmx::TestParticleInsertion'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a73202d646d57bcc963d8afd5a16015f0aa42c5450c670a7ecbea5532bde9c0c65', 1, 'gmx::TestParticleInsertion']
│ │ │ │ │ + ['testparticleinsertion_159', ['testparticleinsertion', ['../namespacegmx.xhtml#a73202d646d57bcc963d8afd5a16015f0aa42c5450c670a7ecbea5532bde9c0c65', 1, 'gmx::TestParticleInsertion'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TestParticleInsertion.xhtml', 1, 'gmx::TestParticleInsertion']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['testprogramcontext_160', ['testprogramcontext', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#ad5dac6194a35b4fe18b01362c13700d7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::TestProgramContext()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext']
│ │ │ │ │ + ['testprogramcontext_160', ['testprogramcontext', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#ad5dac6194a35b4fe18b01362c13700d7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::TestProgramContext()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['testreferencechecker_161', ['testreferencechecker', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a7a44d53b17c9043e1a2a20353d9ab270', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::TestReferenceChecker(const TestReferenceChecker &other)'],
│ │ │ │ │ + ['testreferencechecker_161', ['testreferencechecker', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#aace599411fd71321bb8439c87c9e8f09', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::TestReferenceChecker(TestReferenceChecker &&other) noexcept'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a254b525b8a7a55d8b7016fb6955b4729', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::TestReferenceChecker()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#aace599411fd71321bb8439c87c9e8f09', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::TestReferenceChecker()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a7a44d53b17c9043e1a2a20353d9ab270', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::TestReferenceChecker(const TestReferenceChecker &other)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['testreferencedata_162', ['testreferencedata', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceData.xhtml#a626db3a271552ca6dff5a29675f0168a', 1, 'gmx::test::TestReferenceData::TestReferenceData(std::string testNameOverride)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceData.xhtml#a4ff154830e12ced01ff05c3836e6280c', 1, 'gmx::test::TestReferenceData::TestReferenceData()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#aaa15eff193010f3a4b44dbc8109af6ad', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::TestReferenceData'],
│ │ │ │ │ + ['testreferencedata_162', ['testreferencedata', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceData.xhtml#a8102faceb930f93a3e2a3bdf46f659a2', 1, 'gmx::test::TestReferenceData::TestReferenceData(ReferenceDataMode mode)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceData.xhtml#af9a24d9fc7d519036530a62ecc2b11ec', 1, 'gmx::test::TestReferenceData::TestReferenceData(std::filesystem::path testNameOverride)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceData.xhtml#a8102faceb930f93a3e2a3bdf46f659a2', 1, 'gmx::test::TestReferenceData::TestReferenceData(ReferenceDataMode mode)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceData.xhtml', 1, 'gmx::test::TestReferenceData']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceData.xhtml', 1, 'gmx::test::TestReferenceData'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#aaa15eff193010f3a4b44dbc8109af6ad', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::TestReferenceData'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceData.xhtml#a4ff154830e12ced01ff05c3836e6280c', 1, 'gmx::test::TestReferenceData::TestReferenceData()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceData.xhtml#a626db3a271552ca6dff5a29675f0168a', 1, 'gmx::test::TestReferenceData::TestReferenceData(std::string testNameOverride)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['testreferencedataimpl_163', ['testreferencedataimpl', ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a6171cec48056c8efc37a1dd52a0f8d16', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl::TestReferenceDataImpl()']
│ │ │ │ │ + ['testreferencedataimpl_163', ['testreferencedataimpl', ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a6171cec48056c8efc37a1dd52a0f8d16', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl::TestReferenceDataImpl()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['testreferencedataimplpointer_164', ['TestReferenceDataImplPointer', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata_8cpp_03.xhtml#a36a1ed209b65b4cc1029200a293a98cb', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['tests_165', ['Using reference data in C++ tests', ['../page_refdata.xhtml', 1, 'index']]],
│ │ │ │ │ ['tests_20and_20further_20plans_166', ['Acceptance tests and further plans', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md19', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['tests_20that_20use_20reference_20data_167', ['Running tests that use reference data', ['../page_refdata.xhtml#autotoc_md54', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['testsplinetableagainstfunctions_168', ['testSplineTableAgainstFunctions', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03_1_1SplineTableTest.xhtml#a2c1eeb19155d1bca0cb70891f54819a4', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}::SplineTableTest']]],
│ │ │ │ │ - ['testsystem_169', ['testsystem', ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml#aa7f8424a3a6cc50ee21f77e7e4b5ddde', 1, 'gmx::test::TestSystem::TestSystem()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1TestSystem.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::TestSystem'],
│ │ │ │ │ + ['testsystem_169', ['testsystem', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1TestSystem.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::TestSystem'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml#aa7f8424a3a6cc50ee21f77e7e4b5ddde', 1, 'gmx::test::TestSystem::TestSystem()'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml', 1, 'gmx::test::TestSystem']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['testsystem_2ecpp_170', ['testsystem.cpp', ['../testsystem_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['testsystem_2eh_171', ['testsystem.h', ['../testsystem_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['testtypes_172', ['TestTypes', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ab7329f4a87ff0ba219ca30efe02feed2', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['testtypescopyable_173', ['TestTypesCopyable', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a93fd993c47bc2511392edbbce6b4a78a', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['testutils_174', ['Testing Utilities (testutils)', ['../group__module__testutils.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -268,128 +268,128 @@
│ │ │ │ │ ['textblockmatcherpointer_181', ['TextBlockMatcherPointer', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ab67aed93a000e8ab0343052804f18d03', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['textblockmatchers_2ecpp_182', ['textblockmatchers.cpp', ['../textblockmatchers_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['textblockmatchers_2eh_183', ['textblockmatchers.h', ['../textblockmatchers_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['textfilematch_184', ['textfilematch', ['../classgmx_1_1test_1_1TextFileMatch.xhtml', 1, 'gmx::test::TextFileMatch'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TextFileMatch.xhtml#ab411b229f762e236e34efcea406fb593', 1, 'gmx::test::TextFileMatch::TextFileMatch()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['textfornextline_185', ['textForNextLine', ['../structgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl_1_1ColumnData.xhtml#a93033301edbdcb8f1f078a9b827e3193', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData']]],
│ │ │ │ │ - ['textinputfile_186', ['textinputfile', ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml#af20d8c4f7338689d6bcb9ec606f8c9b4', 1, 'gmx::TextInputFile::TextInputFile(const std::filesystem::path &filename)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml#a6d7569f14dfef30d6ea1569e2918a73b', 1, 'gmx::TextInputFile::TextInputFile(FILE *fp)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml', 1, 'gmx::TextInputFile']
│ │ │ │ │ + ['textinputfile_186', ['textinputfile', ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml', 1, 'gmx::TextInputFile'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml#af20d8c4f7338689d6bcb9ec606f8c9b4', 1, 'gmx::TextInputFile::TextInputFile(const std::filesystem::path &filename)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml#a6d7569f14dfef30d6ea1569e2918a73b', 1, 'gmx::TextInputFile::TextInputFile(FILE *fp)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['textinputstream_187', ['TextInputStream', ['../classgmx_1_1TextInputStream.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['textinputstreampointer_188', ['TextInputStreamPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a2fbe80608de8e00e55049289ef0148c1', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['textlinewrapper_189', ['textlinewrapper', ['../classgmx_1_1TextLineWrapperSettings.xhtml#a8ec8af3709a626afa3de323a43e3b9f2', 1, 'gmx::TextLineWrapperSettings::TextLineWrapper'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextLineWrapper.xhtml#a89ea2ec5cfe3a185027f27de1974f8d6', 1, 'gmx::TextLineWrapper::TextLineWrapper()'],
│ │ │ │ │ + ['textlinewrapper_189', ['textlinewrapper', ['../classgmx_1_1TextLineWrapper.xhtml', 1, 'gmx::TextLineWrapper'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextLineWrapper.xhtml#ad100b263bcb7a78872eeadee8f9bf368', 1, 'gmx::TextLineWrapper::TextLineWrapper(const TextLineWrapperSettings &settings)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextLineWrapper.xhtml', 1, 'gmx::TextLineWrapper']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextLineWrapper.xhtml#a89ea2ec5cfe3a185027f27de1974f8d6', 1, 'gmx::TextLineWrapper::TextLineWrapper()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextLineWrapperSettings.xhtml#a8ec8af3709a626afa3de323a43e3b9f2', 1, 'gmx::TextLineWrapperSettings::TextLineWrapper']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['textlinewrappersettings_190', ['textlinewrappersettings', ['../classgmx_1_1TextLineWrapperSettings.xhtml#a1b831231af426b29e8e30ed8647d1685', 1, 'gmx::TextLineWrapperSettings::TextLineWrapperSettings()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextLineWrapperSettings.xhtml', 1, 'gmx::TextLineWrapperSettings']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['textlinewrappertest_191', ['TextLineWrapperTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02stringutil_8cpp_03.xhtml#a1984e2f242dee71792d0f8452b73f52d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{stringutil.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['textoutputfile_192', ['textoutputfile', ['../classgmx_1_1TextOutputFile.xhtml#a0e335cf9a5243a945dc60fe49aeeb247', 1, 'gmx::TextOutputFile::TextOutputFile()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextOutputFile.xhtml', 1, 'gmx::TextOutputFile'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextOutputFile.xhtml#a1ee5dc27ea467d9811871b0a1e588fe2', 1, 'gmx::TextOutputFile::TextOutputFile()']
│ │ │ │ │ + ['textoutputfile_192', ['textoutputfile', ['../classgmx_1_1TextOutputFile.xhtml', 1, 'gmx::TextOutputFile'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextOutputFile.xhtml#a0e335cf9a5243a945dc60fe49aeeb247', 1, 'gmx::TextOutputFile::TextOutputFile(FILE *fp)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextOutputFile.xhtml#a1ee5dc27ea467d9811871b0a1e588fe2', 1, 'gmx::TextOutputFile::TextOutputFile(const std::filesystem::path &filename)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['textoutputstream_193', ['TextOutputStream', ['../classgmx_1_1TextOutputStream.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['textoutputstreampointer_194', ['TextOutputStreamPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a1fdec6c0997f8c033905f1f82f253d25', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['textreader_195', ['textreader', ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#aefdd56f07b394bc63fee470d1e3a1713', 1, 'gmx::TextReader::TextReader()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml', 1, 'gmx::TextReader'],
│ │ │ │ │ + ['textreader_195', ['textreader', ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml', 1, 'gmx::TextReader'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a325b37c56a1e7150059bc4214aeb8f57', 1, 'gmx::TextReader::TextReader(const TextInputStreamPointer &stream)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#aea62d36e19b8255aa17cdcc8837d7e29', 1, 'gmx::TextReader::TextReader(TextInputStream *stream)']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#aea62d36e19b8255aa17cdcc8837d7e29', 1, 'gmx::TextReader::TextReader(TextInputStream *stream)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#aefdd56f07b394bc63fee470d1e3a1713', 1, 'gmx::TextReader::TextReader(const std::filesystem::path &filename)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['textreader_2ecpp_196', ['textreader.cpp', ['../textreader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../tests_2textreader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['textreader_2eh_197', ['textreader.h', ['../textreader_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['textreadertest_198', ['TextReaderTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02textreader_8cpp_03_1_1TextReaderTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{textreader.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['textreadertestparams_199', ['TextReaderTestParams', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02textreader_8cpp_03_1_1TextReaderTestParams.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{textreader.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['textstream_2eh_200', ['textstream.h', ['../textstream_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['texttableformatter_201', ['texttableformatter', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter.xhtml', 1, 'gmx::TextTableFormatter'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextTableFormatter.xhtml#a3143f1dbd44198820b216acb24a2afb8', 1, 'gmx::TextTableFormatter::TextTableFormatter()']
│ │ │ │ │ + ['texttableformatter_201', ['texttableformatter', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter.xhtml#a3143f1dbd44198820b216acb24a2afb8', 1, 'gmx::TextTableFormatter::TextTableFormatter()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextTableFormatter.xhtml', 1, 'gmx::TextTableFormatter']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['textwriter_202', ['textwriter', ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml', 1, 'gmx::TextWriter'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml#a87717822eeaef8cfe9b9bddcdc69d068', 1, 'gmx::TextWriter::TextWriter(const TextOutputStreamPointer &stream)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml#a7ad8fe5cb5d45d210076b6acc2bb3305', 1, 'gmx::TextWriter::TextWriter(TextOutputStream *stream)'],
│ │ │ │ │ + ['textwriter_202', ['textwriter', ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml#a87717822eeaef8cfe9b9bddcdc69d068', 1, 'gmx::TextWriter::TextWriter(const TextOutputStreamPointer &stream)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml#a3d04ade0ece9b32830767fb11fd50f9c', 1, 'gmx::TextWriter::TextWriter(const std::filesystem::path &filename)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml#a32e12f85503d74940a73aea293198bbe', 1, 'gmx::TextWriter::TextWriter(FILE *fp)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml#a3d04ade0ece9b32830767fb11fd50f9c', 1, 'gmx::TextWriter::TextWriter(const std::filesystem::path &filename)']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml', 1, 'gmx::TextWriter'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml#a7ad8fe5cb5d45d210076b6acc2bb3305', 1, 'gmx::TextWriter::TextWriter()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['textwriter_2ecpp_203', ['textwriter.cpp', ['../tests_2textwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../textwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['textwriter_2eh_204', ['textwriter.h', ['../textwriter_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['that_20use_20reference_20data_205', ['Running tests that use reference data', ['../page_refdata.xhtml#autotoc_md54', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['the_20accelerated_20weight_20histogram_20method_20awh_206', ['The accelerated weight histogram method (AWH)', ['../page_awh.xhtml', 1, 'index']]],
│ │ │ │ │ ['the_20algorithm_207', ['The algorithm', ['../page_nbnxm.xhtml#autotoc_md50', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['the_20awh_20module_208', ['Design of the AWH module', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md1', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['the_20frames_209', ['Analyzing the frames', ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md85', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['the_20gromacs_20simd_20module_210', ['Design of the GROMACS SIMD module', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md57', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['the_20method_211', ['Registering the method', ['../page_module_selection_custom.xhtml#selmethods_register', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['the_20modular_20simulator_212', ['the modular simulator', ['../group__module__modularsimulator.xhtml', 1, 'The modular simulator'],
│ │ │ │ │ - ['../page_modularsimulator.xhtml', 1, 'The modular simulator'],
│ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md13', 1, 'The modular simulator'],
│ │ │ │ │ + ['../page_modularsimulator.xhtml', 1, 'The modular simulator'],
│ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md8', 1, 'Using the modular simulator']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['the_20modular_20simulator_20approach_213', ['The modular simulator approach', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md10', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['the_20modular_20simulator_20checkpointing_20design_214', ['Notes about the modular simulator checkpointing design', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md46', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['the_20nxm_20atom_20cluster_20non_20bonded_20algorithm_215', ['The NxM atom-cluster non-bonded algorithm', ['../page_nbnxm.xhtml', 1, 'index']]],
│ │ │ │ │ ['the_20parser_216', ['Element tree constructed by the parser', ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['the_20simd_20math_20library_217', ['The SIMD math library', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md70', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['the_20simulator_20algorithm_218', ['The simulator algorithm', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md14', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['the_20subset_20you_20should_20use_20in_20practice_219', ['The subset you should use in practice', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md63', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['therm_5fintegral_220', ['therm_integral', ['../classt__state.xhtml#ad4678e3fa756572da966f76ff91bcccf', 1, 't_state']]],
│ │ │ │ │ ['thermochemistry_2eh_221', ['thermochemistry.h', ['../thermochemistry_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['thermostat_222', ['Thermostat', ['../namespacegmx.xhtml#a73202d646d57bcc963d8afd5a16015f0a91e0b95db0c752d879aebd0ac65a7fb9', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['theta_223', ['theta', ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml#a72a73bf1f2d75a9adea49f1ec1644b35', 1, 'gmx::GammaDistribution::param_type::theta()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#af190d7c28507fb296c4dc761f6678665', 1, 'gmx::GammaDistribution::theta()']
│ │ │ │ │ + ['theta_223', ['theta', ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#af190d7c28507fb296c4dc761f6678665', 1, 'gmx::GammaDistribution::theta()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml#a72a73bf1f2d75a9adea49f1ec1644b35', 1, 'gmx::GammaDistribution::param_type::theta()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['this_5fextent_224', ['this_extent', ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01dynamic__extent_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#a89659e2a1bc76b4ae7f83793f10ccfb3', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents... >']]],
│ │ │ │ │ ['thisrankhasanygputask_225', ['thisRankHasAnyGpuTask', ['../classgmx_1_1GpuTaskAssignments.xhtml#a17460c9e27a94f000af109c1b3726ede', 1, 'gmx::GpuTaskAssignments']]],
│ │ │ │ │ ['thisrankhaspmegputask_226', ['thisRankHasPmeGpuTask', ['../classgmx_1_1GpuTaskAssignments.xhtml#afd304f2fa344ed2146894d94ac859bfc', 1, 'gmx::GpuTaskAssignments']]],
│ │ │ │ │ ['thisrankwilldoio_227', ['ThisRankWillDoIO', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aa82610508a501aa57b8b5be5054920f2', 1, 'gmx::Bias']]],
│ │ │ │ │ ['thread_5fwork_5ft_228', ['thread_work_t', ['../structthread__work__t.xhtml#a78c8d63f0984cdf725ed096b4342e824', 1, 'thread_work_t::thread_work_t()'],
│ │ │ │ │ ['../structthread__work__t.xhtml', 1, 'thread_work_t']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['threadaffinity_229', ['threadAffinity', ['../structgmx__hw__opt__t.xhtml#a15e9735d2b5e06bc43782cccb1f7a167', 1, 'gmx_hw_opt_t']]],
│ │ │ │ │ ['threadaffinity_2eh_230', ['threadaffinity.h', ['../threadaffinity_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['threaddata_231', ['threaddata', ['../classgmx_1_1ThreadingInfo.xhtml#ac3d274a5d0a66155e34314d8a510b442', 1, 'gmx::ThreadingInfo::threadData(int threadIndex)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ThreadingInfo.xhtml#aa20d5e6c44466ced762e6b4439dab5a5', 1, 'gmx::ThreadingInfo::threadData(int threadIndex) const']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['threaddatanonlocaldependent_232', ['threaddatanonlocaldependent', ['../classgmx_1_1ThreadingInfo.xhtml#acb50fb1186c783b326f0bef3b0fdeaab', 1, 'gmx::ThreadingInfo::threadDataNonLocalDependent() const'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreadingInfo.xhtml#aa37d24c0ae612a688e1b1f513d2350a1', 1, 'gmx::ThreadingInfo::threadDataNonLocalDependent()']
│ │ │ │ │ + ['threaddatanonlocaldependent_232', ['threaddatanonlocaldependent', ['../classgmx_1_1ThreadingInfo.xhtml#aa37d24c0ae612a688e1b1f513d2350a1', 1, 'gmx::ThreadingInfo::threadDataNonLocalDependent()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreadingInfo.xhtml#acb50fb1186c783b326f0bef3b0fdeaab', 1, 'gmx::ThreadingInfo::threadDataNonLocalDependent() const']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['threaded_5fforce_5fbuffer_2ecpp_233', ['threaded_force_buffer.cpp', ['../threaded__force__buffer_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['threaded_5fforce_5fbuffer_2eh_234', ['threaded_force_buffer.h', ['../threaded__force__buffer_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['threadedforcebuffer_235', ['threadedforcebuffer', ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml#a36e6fd2060e53d8b8a059cb996844cf6', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer::ThreadedForceBuffer()'],
│ │ │ │ │ - ['../structbonded__threading__t.xhtml#ac347f6f3d647748bf399baa5b942b487', 1, 'bonded_threading_t::threadedForceBuffer'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer< ForceBufferElementType >']
│ │ │ │ │ + ['threadedforcebuffer_235', ['threadedforcebuffer', ['../structbonded__threading__t.xhtml#ac347f6f3d647748bf399baa5b942b487', 1, 'bonded_threading_t::threadedForceBuffer'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer< ForceBufferElementType >'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml#a36e6fd2060e53d8b8a059cb996844cf6', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer::ThreadedForceBuffer()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['threadedforcebuffer_3c_20gmx_3a_3abasicvector_20_3e_236', ['ThreadedForceBuffer< gmx::BasicVector >', ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['threadedforcebuffer_3c_20rvec4_20_3e_237', ['ThreadedForceBuffer< rvec4 >', ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['threadforcebuffer_238', ['threadforcebuffer', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#aca0ff0d302fd340a22c038f8c2b67ee3', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer::ThreadForceBuffer()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml#aeae6df3244747db1017c222b74258cbe', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer::threadForceBuffer()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer< ForceBufferElementType >']
│ │ │ │ │ + ['threadforcebuffer_238', ['threadforcebuffer', ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml#aeae6df3244747db1017c222b74258cbe', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer::threadForceBuffer()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer< ForceBufferElementType >'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#aca0ff0d302fd340a22c038f8c2b67ee3', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer::ThreadForceBuffer()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['threadforcebuffer_3c_20gmx_3a_3abasicvector_20_3e_239', ['ThreadForceBuffer< gmx::BasicVector >', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['threadforcebuffer_3c_20rvec4_20_3e_240', ['ThreadForceBuffer< rvec4 >', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['threadinginfo_241', ['threadinginfo', ['../classgmx_1_1ThreadingInfo.xhtml#a4f867dff40e9790d110a5bb58439f630', 1, 'gmx::ThreadingInfo::ThreadingInfo()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ThreadingInfo.xhtml', 1, 'gmx::ThreadingInfo']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['threadmpimdrunneraccessbarrier_242', ['threadMpiMdrunnerAccessBarrier', ['../namespacegmx.xhtml#aef8b79bdbe453658a42421841b67dde7', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['threadmpitestrunner_243', ['threadMpiTestRunner', ['../group__module__testutils.xhtml#ga6d3fae9732f12f43acd33c7e3ff009b9', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['threadsperatom_244', ['threadsperatom', ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml#a3906f1a6891bba7e415ad2b7d3c4cef0', 1, 'ThreadsPerAtom: pme_gpu_constants.h'],
│ │ │ │ │ ['../structPmeGpuSettings.xhtml#a5e39fbddc82a9b12fa969f4e0f344660', 1, 'PmeGpuSettings::threadsPerAtom']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['threadworkobjects_245', ['threadWorkObjects', ['../classgmx__reverse__top__t.xhtml#a98b8fa58dfc1f1b04cab29658676a3f4', 1, 'gmx_reverse_top_t']]],
│ │ │ │ │ ['threefry_2ecpp_246', ['threefry.cpp', ['../threefry_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['threefry_2eh_247', ['threefry.h', ['../threefry_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['threefry2x64_248', ['threefry2x64', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64.xhtml#add624a33176505ea1f48517616405c6c', 1, 'gmx::ThreeFry2x64::ThreeFry2x64(uint64_t key0=0, RandomDomain domain=RandomDomain::Other)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64.xhtml#a5a79d409ea4010111bb67832d4a1badd', 1, 'gmx::ThreeFry2x64::ThreeFry2x64(uint64_t key0, uint64_t key1)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64.xhtml', 1, 'gmx::ThreeFry2x64< internalCounterBits >']
│ │ │ │ │ + ['threefry2x64_248', ['threefry2x64', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64.xhtml', 1, 'gmx::ThreeFry2x64< internalCounterBits >'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64.xhtml#add624a33176505ea1f48517616405c6c', 1, 'gmx::ThreeFry2x64::ThreeFry2x64(uint64_t key0=0, RandomDomain domain=RandomDomain::Other)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64.xhtml#a5a79d409ea4010111bb67832d4a1badd', 1, 'gmx::ThreeFry2x64::ThreeFry2x64(uint64_t key0, uint64_t key1)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['threefry2x64_3c_2016_20_3e_249', ['ThreeFry2x64< 16 >', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['threefry2x64fast_250', ['threefry2x64fast', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64Fast.xhtml#a63d848b7b9d7d979487cf570846658f7', 1, 'gmx::ThreeFry2x64Fast::ThreeFry2x64Fast(uint64_t key0=0, RandomDomain domain=RandomDomain::Other)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64Fast.xhtml#a3e9704834e1ae8f8b382aa6229f52be7', 1, 'gmx::ThreeFry2x64Fast::ThreeFry2x64Fast(uint64_t key0, uint64_t key1)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64Fast.xhtml', 1, 'gmx::ThreeFry2x64Fast< internalCounterBits >']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['threefry2x64general_251', ['threefry2x64general', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a1608daa8178161bd983afef6344f227f', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::ThreeFry2x64General(uint64_t key0=0, RandomDomain domain=RandomDomain::Other)'],
│ │ │ │ │ @@ -408,16 +408,16 @@
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['throwunlessderivativeisconsistentwithfunction_260', ['throwunlessderivativeisconsistentwithfunction', ['../namespacegmx_1_1internal.xhtml#a71aba30ffd645096a2944c75870c2adc', 1, 'gmx::internal::throwUnlessDerivativeIsConsistentWithFunction(const std::function< double(double)> &function, const std::function< double(double)> &derivative, const std::pair< real, real > &range)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1internal.xhtml#a84d04970d8b90387337f316491ed1d73', 1, 'gmx::internal::throwUnlessDerivativeIsConsistentWithFunction(ArrayRef< const double > function, ArrayRef< const double > derivative, double inputSpacing, const std::pair< real, real > &range)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['throwuponfailure_261', ['throwUponFailure', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02devicetransfers__ocl_8cpp_03.xhtml#a8585858e6acfd82543296fc132f69648', 1, 'gmx::anonymous_namespace{devicetransfers_ocl.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['tij_262', ['Tij', ['../structdf__history__t.xhtml#a0a8fc4c3313ee87881ca7ae86e2897b4', 1, 'df_history_t']]],
│ │ │ │ │ ['tij_5fempirical_263', ['Tij_empirical', ['../structdf__history__t.xhtml#a473ff22c2af8cad04a8670e3d1f33f1b', 1, 'df_history_t']]],
│ │ │ │ │ - ['time_264', ['time', ['../classgmx_1_1CorrelationGrid.xhtml#a2167d6647ab5a52f9f1000fcec4cf13daa76d4ef5f3f6a672bbfab2865563e530', 1, 'gmx::CorrelationGrid::Time'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga835b14d2053259a125f4baf542e6c515', 1, 'gmx::Time'],
│ │ │ │ │ + ['time_264', ['time', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga835b14d2053259a125f4baf542e6c515', 1, 'gmx::Time'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CorrelationGrid.xhtml#a2167d6647ab5a52f9f1000fcec4cf13daa76d4ef5f3f6a672bbfab2865563e530', 1, 'gmx::CorrelationGrid::Time'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml#a1d0cbc9e958aebfe26f93b85d54825fb', 1, 'gmx::TrajectoryFrame::time()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyAnalysisFrame.xhtml#afe731f5020c1836e00abd1301f59685c', 1, 'gmx::EnergyAnalysisFrame::time()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['time_5f_265', ['time_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#ae2b06e9fc97259c2209887de88947e7c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest']]],
│ │ │ │ │ ['timeaveraginginitfactor_266', ['timeAveragingInitFactor', ['../structt__oriresdata.xhtml#ab09a3c184b2ad0b6e6e42c71a507a336', 1, 't_oriresdata']]],
│ │ │ │ │ ['timebegin_267', ['timeBegin', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a5f595ce648a601cd0df03f2d4902f23d', 1, 'gmx::EnergyTerm']]],
│ │ │ │ │ ['timecontrol_2ecpp_268', ['timecontrol.cpp', ['../tests_2timecontrol_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -427,60 +427,60 @@
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02timeunitmanager_8cpp_03_1_1TimeOptionScaler.xhtml#a25bf49d070bd4a0c520de6b2be0fc806', 1, 'gmx::anonymous_namespace{timeunitmanager.cpp}::TimeOptionScaler::TimeOptionScaler()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['timeperframeisset_272', ['timePerFrameIsSet', ['../structgmx__tng__trajectory.xhtml#af088af97fed6334da2f6a86bbb593332', 1, 'gmx_tng_trajectory']]],
│ │ │ │ │ ['timers_273', ['timers', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a53d2110fa92330613bf2a97233dffee5', 1, 'gmx::NbnxmGpu']]],
│ │ │ │ │ ['timescalefactor_274', ['timeScaleFactor', ['../classgmx_1_1TimeUnitManager.xhtml#ab5c34c0650c9672bbd6a51f85ef774b8', 1, 'gmx::TimeUnitManager']]],
│ │ │ │ │ ['timesclose_275', ['timesClose', ['../namespacegmx.xhtml#a77fe4c27ecc56cc5e0448842a1218d7c', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['timespan_276', ['timeSpan', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a6fa21d577f34e76489343b9f15cb0f70', 1, 'gmx::EnergyTerm']]],
│ │ │ │ │ - ['timestep_277', ['timestep', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02leapfrog_8cpp_03_1_1LeapFrogTestParameters.xhtml#a96082cd681f7abe75ac413d73f088426', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTestParameters::timestep'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTestParameters.xhtml#a36e5c1428b87e64084c3f7c92db237d3', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTestParameters::timestep'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga2f15ba7b08f5e9328be350927770ffe5', 1, 'gmx::TimeStep::TimeStep()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1TimeStep.xhtml', 1, 'gmx::TimeStep']
│ │ │ │ │ + ['timestep_277', ['timestep', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTestParameters.xhtml#a36e5c1428b87e64084c3f7c92db237d3', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTestParameters::timestep'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1TimeStep.xhtml', 1, 'gmx::TimeStep'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02leapfrog_8cpp_03_1_1LeapFrogTestParameters.xhtml#a96082cd681f7abe75ac413d73f088426', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTestParameters::timestep'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga2f15ba7b08f5e9328be350927770ffe5', 1, 'gmx::TimeStep::TimeStep()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['timestepvalue_278', ['timeStepValue', ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml#aebab1037d0aa6cddf15d548934f89309', 1, 'gmx::OutputRequirements']]],
│ │ │ │ │ ['timeunit_279', ['timeunit', ['../group__group__publicapi.xhtml#ga72fb720465515c7593a1cde9f00534e7', 1, 'gmx::TimeUnit'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings.xhtml#a6e22d7484f92e59d1a871a6b4881ed04', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::timeUnit()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a6fd0a3de212858a93d88e8e091c31495', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::timeUnit()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings_1_1Impl.xhtml#ae309fcdaf33219b938454058745790df', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::Impl::timeUnit'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotSettings.xhtml#adfd907fed2ffa9d652bbd280522dc2da', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotSettings::timeUnit()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TimeUnitManager.xhtml#a8ca324ae8e6f263eeff34dfcf2a080c4', 1, 'gmx::TimeUnitManager::timeUnit()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings.xhtml#a6e22d7484f92e59d1a871a6b4881ed04', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::timeUnit()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotSettings.xhtml#adfd907fed2ffa9d652bbd280522dc2da', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotSettings::timeUnit()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings_1_1Impl.xhtml#ae309fcdaf33219b938454058745790df', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::Impl::timeUnit']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['timeunitasstring_280', ['timeUnitAsString', ['../classgmx_1_1TimeUnitManager.xhtml#a4f9fcf6d46d7b2d9d534f083b301c8ae', 1, 'gmx::TimeUnitManager']]],
│ │ │ │ │ ['timeunitbehavior_281', ['TimeUnitBehavior', ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['timeunitmanager_282', ['timeunitmanager', ['../classgmx_1_1TimeUnitManager.xhtml', 1, 'gmx::TimeUnitManager'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TimeUnitManager.xhtml#ac1f08cab7f0f68500ffe6cbe94695164', 1, 'gmx::TimeUnitManager::TimeUnitManager(TimeUnit unit)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TimeUnitManager.xhtml#a726dac3a92cf59e002165ba0db37f5d2', 1, 'gmx::TimeUnitManager::TimeUnitManager()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['timeunitmanager_2ecpp_283', ['timeunitmanager.cpp', ['../tests_2timeunitmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../timeunitmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['timeunitmanager_2eh_284', ['timeunitmanager.h', ['../timeunitmanager_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['timevalue_285', ['timevalue', ['../classgmx_1_1DoubleOption.xhtml#a430a6a0b3b7752ad235843e7da58b653', 1, 'gmx::DoubleOption::timeValue()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml#a1e9cd8943aa71dfc4ab26b4465b8f7c3', 1, 'gmx::FloatOption::timeValue()']
│ │ │ │ │ + ['timevalue_285', ['timevalue', ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml#a1e9cd8943aa71dfc4ab26b4465b8f7c3', 1, 'gmx::FloatOption::timeValue()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DoubleOption.xhtml#a430a6a0b3b7752ad235843e7da58b653', 1, 'gmx::DoubleOption::timeValue()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['timing_286', ['timing', ['../structgmx__wallclock__gpu__pme__t.xhtml#a607e29d4505f8c0bfafdd16acc013695', 1, 'gmx_wallclock_gpu_pme_t']]],
│ │ │ │ │ ['timing_2ecpp_287', ['timing.cpp', ['../timing_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['timingevents_288', ['timingEvents', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#acc48ff7075c57f4d447debc00305f53c', 1, 'PmeGpuSpecific']]],
│ │ │ │ │ ['timingoptions_289', ['timingoptions', ['../structgmx_1_1MdrunOptions.xhtml#a2bc306e11666eb07921041e17746cd8c', 1, 'gmx::MdrunOptions::timingOptions'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1TimingOptions.xhtml', 1, 'gmx::TimingOptions']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['timings_290', ['timings', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a3d3aa02798dd7b9963298b5073cda883', 1, 'gmx::NbnxmGpu']]],
│ │ │ │ │ ['timingtest_291', ['TimingTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02timing_8cpp_03_1_1TimingTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{timing.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['title_292', ['title', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02selhelp_8cpp_03_1_1KeywordDetailsHelpTopic.xhtml#aa23c32f478d1262e27c091cae8185760', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selhelp.cpp}::KeywordDetailsHelpTopic::title()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl_1_1ColumnData.xhtml#af83c46020dc1ff9db250575076576ff5', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData::title()'],
│ │ │ │ │ + ['title_292', ['title', ['../classgmx_1_1AbstractCompositeHelpTopic.xhtml#a0cc1b84a71713da2cd41eb80abb76437', 1, 'gmx::AbstractCompositeHelpTopic::title()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02selhelp_8cpp_03_1_1KeywordDetailsHelpTopic.xhtml#aa23c32f478d1262e27c091cae8185760', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selhelp.cpp}::KeywordDetailsHelpTopic::title()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IHelpTopic.xhtml#af4f3699a1ae7ba6c2d23264b922b253a', 1, 'gmx::IHelpTopic::title()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CompositeHelpTopic.xhtml#a88a526c63073a357514bee4dfe245a06', 1, 'gmx::CompositeHelpTopic::title()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimpleHelpTopic.xhtml#abe75d686458341fd5a326af038b08e73', 1, 'gmx::SimpleHelpTopic::title()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractCompositeHelpTopic.xhtml#a0cc1b84a71713da2cd41eb80abb76437', 1, 'gmx::AbstractCompositeHelpTopic::title()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineModuleGroupData.xhtml#a1bc8a3754d3e134d5ace12d433e25db9', 1, 'gmx::CommandLineModuleGroupData::title()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractSimpleHelpTopic.xhtml#aebfc3b3e4ccc7e96f0a6d657d2b59469', 1, 'gmx::AbstractSimpleHelpTopic::title()'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl_1_1ColumnData.xhtml#af83c46020dc1ff9db250575076576ff5', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData::title()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineModuleGroupData.xhtml#a1bc8a3754d3e134d5ace12d433e25db9', 1, 'gmx::CommandLineModuleGroupData::title()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1ModuleHelpTopic.xhtml#a091e80840c8bab800736401c00e702b0', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::ModuleHelpTopic::title()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1CommandsHelpTopic.xhtml#a36d60e0bf725444daaad02e090ff856d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::CommandsHelpTopic::title()'],
│ │ │ │ │ + ['../structt__matrix.xhtml#a9ce92cfb979edf67917aecb3f0b6ea7b', 1, 't_matrix::title'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1RootHelpTopic.xhtml#a596f14d03d2bc58339a0cc29896e81b8', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::RootHelpTopic::title()'],
│ │ │ │ │ - ['../structt__matrix.xhtml#a9ce92cfb979edf67917aecb3f0b6ea7b', 1, 't_matrix::title']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1CommandsHelpTopic.xhtml#a36d60e0bf725444daaad02e090ff856d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::CommandsHelpTopic::title()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['title_5f_293', ['title_', ['../structgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl_1_1ColumnData.xhtml#a085467b0d6d608c1646a6064ed667814', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData']]],
│ │ │ │ │ ['tmass_5f_294', ['tmass_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a24203945862eb3fc3451f895d9c5f6c2', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest']]],
│ │ │ │ │ ['tmax_295', ['tmax', ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule_1_1Impl.xhtml#a5512da83f52e6365fc8010aa6b0b5fef', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['tmpeq_296', ['tmpEq', ['../structt__oriresdata.xhtml#ab4438870346adc8382d40937f4d0aab2', 1, 't_oriresdata']]],
│ │ │ │ │ ['tmpframeatoms_5f_297', ['tmpFrameAtoms_', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection_1_1Impl.xhtml#a0a5d8790f380feb9132ce1eeb5eba6ec', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['tmpv_298', ['tmpv', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a68c0112531d9ed7fe84d385c64f44ed8', 1, 'gmx::Lincs']]],
│ │ │ │ │ @@ -494,69 +494,69 @@
│ │ │ │ │ ['to_20floating_20point_20values_306', ['Integers corresponding to floating-point values', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md61', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['to_20hardware_20taskassignment_307', ['Assigning simulation tasks to hardware (taskassignment)', ['../group__module__taskassignment.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['to_20modules_20during_20setup_20and_20simulation_308', ['Callbacks to modules during setup and simulation', ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md6', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['to_5fhex_5fstring_309', ['to_hex_string', ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml#a9779f1aa514f38cfb6c4fa651ab0cf85', 1, 'to_hex_string(uint32_t m): bitmask.h'],
│ │ │ │ │ ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml#a205d4d90d896181906c7ee156f92d905', 1, 'to_hex_string(uint64_t m): bitmask.h'],
│ │ │ │ │ ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml#abc49e90631d64a92cf4e3e3bc8961abc', 1, 'to_hex_string(C m): bitmask.h']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['toarrayref_310', ['toarrayref', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a2f5db9a083f6e90eda927ce354ae5a1d', 1, 'gmx::MultiDimArray::toArrayRef()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a4ef224339f8685d94ba77201ce9db16e', 1, 'gmx::MultiDimArray::toArrayRef() const']
│ │ │ │ │ + ['toarrayref_310', ['toarrayref', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a4ef224339f8685d94ba77201ce9db16e', 1, 'gmx::MultiDimArray::toArrayRef() const'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a2f5db9a083f6e90eda927ce354ae5a1d', 1, 'gmx::MultiDimArray::toArrayRef()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['todo_20list_311', ['Todo List', ['../todo.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['todvec_312', ['toDVec', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#abc8756aeb095b37c44db6dc57e7a8cb3', 1, 'gmx::BasicVector']]],
│ │ │ │ │ ['toemptystring_313', ['toEmptyString', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aefc80822790b32655c2e71cf510e47b9', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['toivec_314', ['toIVec', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a3684b2ac6a5af7d08b00ee2d11f528ae', 1, 'gmx::BasicVector']]],
│ │ │ │ │ ['tolerance_315', ['tolerance', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#ab531a9e6dabb908ca992536f1bd4ff4c', 1, 'UmbrellaOptions::Tolerance'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1XvgMatch.xhtml#a0d08e9967901802c784f4a451f2b4398', 1, 'gmx::test::XvgMatch::tolerance()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1ConfMatch.xhtml#a293a985c3c0fdfc7229430ed9e688c7c', 1, 'gmx::test::ConfMatch::tolerance()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1ConfMatch.xhtml#a293a985c3c0fdfc7229430ed9e688c7c', 1, 'gmx::test::ConfMatch::tolerance()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1XvgMatch.xhtml#a0d08e9967901802c784f4a451f2b4398', 1, 'gmx::test::XvgMatch::tolerance()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['tolerance_5f_316', ['tolerance_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02shake_8cpp_03_1_1ShakeTest.xhtml#a209aeb352776d57b3475f9ff91f27c7f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{shake.cpp}::ShakeTest']]],
│ │ │ │ │ ['toleranceerror_317', ['toleranceerror', ['../classgmx_1_1ToleranceError.xhtml', 1, 'gmx::ToleranceError'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ToleranceError.xhtml#a6d61797144597bcc14eda78c3a5b738d', 1, 'gmx::ToleranceError::ToleranceError()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['tolowercase_318', ['toLowerCase', ['../group__module__utility.xhtml#ga4f539f8984cfd41f9b3fbf5125587244', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['too_5fmany_5fconstraint_5fwarnings_319', ['too_many_constraint_warnings', ['../namespacegmx.xhtml#af4bbcbf363318bbe3dd69c986f161228', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['toobject_320', ['toobject', ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1ToObject.xhtml', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToObject< FromType >'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1ToObject.xhtml#ad7183397164b2b362f209636af213193', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToObject::ToObject()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1AfterFrom.xhtml#ac5d0ac8a50af156b1be30dae03172b2b', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::AfterFrom::toObject()']
│ │ │ │ │ + ['toobject_320', ['toobject', ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1ToObject.xhtml#ad7183397164b2b362f209636af213193', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToObject::ToObject()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1AfterFrom.xhtml#ac5d0ac8a50af156b1be30dae03172b2b', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::AfterFrom::toObject()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1ToObject.xhtml', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToObject< FromType >']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['tool_20module_20class_20declaration_321', ['Tool module class declaration', ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md81', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['tools_322', ['tools', ['../page_analysistemplate.xhtml', 1, 'Example code for writing trajectory analysis tools'],
│ │ │ │ │ ['../page_analysisnbsearch.xhtml', 1, 'Neighborhood search for analysis tools']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['tools_20within_20gromacs_323', ['Tools within GROMACS', ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md88', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['tooptionname_324', ['toOptionName', ['../classgmx_1_1CommandLineParser_1_1Impl.xhtml#a05cd4e20ad96f7d5558006de0b55b36c', 1, 'gmx::CommandLineParser::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['top_325', ['top', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#ae70cec7ce7f150a724f17e9524df8c48', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator::top'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx__sel__evaluate__t.xhtml#a6bf6ef86635b18aebf47c045ec414c2c', 1, 'gmx_sel_evaluate_t::top'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selcollection__t.xhtml#abbc09acaa89be8862f36bacf883dc91d', 1, 'gmx_ana_selcollection_t::top']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['top_5f_326', ['top_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#ad3216eb9ead077ce1715f9b08fce9bd8', 1, 'gmx::LegacySimulatorData::top_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection_1_1Impl.xhtml#ae7489510ceb749ed1e6c96f79a945b91', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::Impl::top_'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1SelMethodEvalContext.xhtml#a0610bc9237f2ecfe9900e2b3d5fc3caf', 1, 'gmx::SelMethodEvalContext::top_']
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SelMethodEvalContext.xhtml#a0610bc9237f2ecfe9900e2b3d5fc3caf', 1, 'gmx::SelMethodEvalContext::top_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection_1_1Impl.xhtml#ae7489510ceb749ed1e6c96f79a945b91', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::Impl::top_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['top_5fglobal_327', ['top_global', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#aa15001e7f16e8d414a4ce6440141fba0', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator']]],
│ │ │ │ │ ['topdirs_2ecpp_328', ['topdirs.cpp', ['../tests_2topdirs_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['topglobal_5f_329', ['topGlobal_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a07d28b3b32b08362135d419679761c63', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]],
│ │ │ │ │ ['topicstack_330', ['TopicStack', ['../classgmx_1_1HelpManager_1_1Impl.xhtml#ad78ad91ea778e0e5dc398f4bfb3bfb3a', 1, 'gmx::HelpManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['topicstack_5f_331', ['topicStack_', ['../classgmx_1_1HelpManager_1_1Impl.xhtml#ac12d853118e62e2121ff8169dba5f9e9', 1, 'gmx::HelpManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['topinfo_332', ['topInfo', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#a00150bf8175e581f33d6243fac90e029', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor']]],
│ │ │ │ │ ['topmanager_5f_333', ['topManager_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02indexutil_8cpp_03_1_1IndexBlockTest.xhtml#adc8a39679927e32c7e51cd0acc2b3c60', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{indexutil.cpp}::IndexBlockTest']]],
│ │ │ │ │ ['topology_334', ['topology', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#ab93a6e3b6536da328578b42a5cec1f53a99571eecaa5c5d622bb0d1f855752d5f', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::Topology'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a7b30b1dc2d555916578f31d4a77ddc76', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters::topology()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TopologyManager.xhtml#a4a132acb2c6201518ae244fbc94c21b6', 1, 'gmx::test::TopologyManager::topology()'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml#a3c3854f54fdbf228f6da40c458304b39', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties::topology()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['topologyandmasses_335', ['TopologyAndMasses', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#ab93a6e3b6536da328578b42a5cec1f53a68554d9bcaa8b9b58fad0d9bd8c4addc', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection']]],
│ │ │ │ │ - ['topologydata_336', ['topologydata', ['../classgmx_1_1TopologyData.xhtml#ad3974f0960d744a3fcef0ed750c0c53c', 1, 'gmx::TopologyData::TopologyData()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TopologyData.xhtml', 1, 'gmx::TopologyData']
│ │ │ │ │ + ['topologydata_336', ['topologydata', ['../classgmx_1_1TopologyData.xhtml', 1, 'gmx::TopologyData'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TopologyData.xhtml#ad3974f0960d744a3fcef0ed750c0c53c', 1, 'gmx::TopologyData::TopologyData()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['topologyhelpers_2ecpp_337', ['topologyhelpers.cpp', ['../topologyhelpers_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['topologyhelpers_2eh_338', ['topologyhelpers.h', ['../topologyhelpers_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['topologyholder_339', ['topologyholder', ['../classgmx_1_1TopologyHolder.xhtml', 1, 'gmx::TopologyHolder'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TopologyHolder.xhtml#a8b9462fcd6e0097946a81d94995dbac8', 1, 'gmx::TopologyHolder::TopologyHolder()']
│ │ │ │ │ + ['topologyholder_339', ['topologyholder', ['../classgmx_1_1TopologyHolder.xhtml#a8b9462fcd6e0097946a81d94995dbac8', 1, 'gmx::TopologyHolder::TopologyHolder()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TopologyHolder.xhtml', 1, 'gmx::TopologyHolder']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['topologyholder_20tt_340', ['<tt>TopologyHolder</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md47', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['topologyholder_2ecpp_341', ['topologyholder.cpp', ['../topologyholder_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['topologyholder_2eh_342', ['topologyholder.h', ['../topologyholder_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['topologyinformation_343', ['topologyinformation', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml#a9f5e2f28d6039e85596349eedeaa67ff', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon::topologyInformation()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TopologyInformation.xhtml', 1, 'gmx::TopologyInformation']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ @@ -623,17 +623,17 @@
│ │ │ │ │ ['trajectory_2eh_386', ['trajectory.h', ['../trajectory_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['trajectory_5fwriting_2ecpp_387', ['trajectory_writing.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2trajectory__writing_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryanalysis_388', ['Framework for Trajectory Analysis (trajectoryanalysis)', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryanalysiscommandlinerunner_389', ['TrajectoryAnalysisCommandLineRunner', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisCommandLineRunner.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryanalysismodule_390', ['trajectoryanalysismodule', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#a2023063f2d3978b4d89c90f03fb2a805', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::TrajectoryAnalysisModule()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['trajectoryanalysismoduledata_391', ['trajectoryanalysismoduledata', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a488e9fa560e4c41aae0cc1366827010a', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData::TrajectoryAnalysisModuleData()'],
│ │ │ │ │ + ['trajectoryanalysismoduledata_391', ['trajectoryanalysismoduledata', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#aab5ed763e4b63da4601f9b9004b595a9', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::TrajectoryAnalysisModuleData'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a488e9fa560e4c41aae0cc1366827010a', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData::TrajectoryAnalysisModuleData()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryanalysismoduledatabasic_392', ['trajectoryanalysismoduledatabasic', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02analysismodule_8cpp_03_1_1TrajectoryAnalysisModuleDataBasic.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{analysismodule.cpp}::TrajectoryAnalysisModuleDataBasic'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02analysismodule_8cpp_03_1_1TrajectoryAnalysisModuleDataBasic.xhtml#aec37a161d23261bd520db72d4fcd5414', 1, 'gmx::anonymous_namespace{analysismodule.cpp}::TrajectoryAnalysisModuleDataBasic::TrajectoryAnalysisModuleDataBasic()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryanalysismoduledatapointer_393', ['TrajectoryAnalysisModuleDataPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a6f05f1bbb0c205deb47822bce1f626e6', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryanalysismodulepointer_394', ['TrajectoryAnalysisModulePointer', ['../namespacegmx.xhtml#a832da3c093109c13cc2369de05e02f3b', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryanalysismoduletestfixture_395', ['TrajectoryAnalysisModuleTestFixture', ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryAnalysisModuleTestFixture.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ @@ -642,37 +642,37 @@
│ │ │ │ │ ['trajectoryanalysismoduletestfixture_3c_20gmx_3a_3aanalysismodules_3a_3ahbondinfo_20_3e_398', ['TrajectoryAnalysisModuleTestFixture< gmx::analysismodules::HbondInfo >', ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryAnalysisModuleTestFixture.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryanalysismoduletestfixture_3c_20gmx_3a_3aanalysismodules_3a_3amsdinfo_20_3e_399', ['TrajectoryAnalysisModuleTestFixture< gmx::analysismodules::MsdInfo >', ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryAnalysisModuleTestFixture.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryanalysismoduletestfixture_3c_20gmx_3a_3aanalysismodules_3a_3ascatteringinfo_20_3e_400', ['TrajectoryAnalysisModuleTestFixture< gmx::analysismodules::ScatteringInfo >', ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryAnalysisModuleTestFixture.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryanalysisrunnercommon_401', ['trajectoryanalysisrunnercommon', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TopologyInformation.xhtml#ad35310ccc8ab432af970d81b4da8e4bd', 1, 'gmx::TopologyInformation::TrajectoryAnalysisRunnerCommon'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml#a80ebc1c10787b8da9d963a0f3f2b05cb', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon::TrajectoryAnalysisRunnerCommon()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['trajectoryanalysissettings_402', ['trajectoryanalysissettings', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings.xhtml', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings.xhtml#a18e20e8927ccdfe811f8f0f0aec96423', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::TrajectoryAnalysisSettings()']
│ │ │ │ │ + ['trajectoryanalysissettings_402', ['trajectoryanalysissettings', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings.xhtml#a18e20e8927ccdfe811f8f0f0aec96423', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::TrajectoryAnalysisSettings()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings.xhtml', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['trajectorycomparison_403', ['trajectorycomparison', ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryComparison.xhtml', 1, 'gmx::test::TrajectoryComparison'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryComparison.xhtml#a1a75dcf4607a258df3e193e5dc66fa07', 1, 'gmx::test::TrajectoryComparison::TrajectoryComparison()']
│ │ │ │ │ + ['trajectorycomparison_403', ['trajectorycomparison', ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryComparison.xhtml#a1a75dcf4607a258df3e193e5dc66fa07', 1, 'gmx::test::TrajectoryComparison::TrajectoryComparison()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryComparison.xhtml', 1, 'gmx::test::TrajectoryComparison']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['trajectorycomparison_2ecpp_404', ['trajectorycomparison.cpp', ['../trajectorycomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['trajectorycomparison_2eh_405', ['trajectorycomparison.h', ['../trajectorycomparison_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryelement_406', ['TrajectoryElement', ['../classgmx_1_1TrajectoryElement.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryelement_20tt_407', ['<tt>TrajectoryElement</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md23', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryelement_2ecpp_408', ['trajectoryelement.cpp', ['../trajectoryelement_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryelement_2eh_409', ['trajectoryelement.h', ['../trajectoryelement_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryelementbuilder_410', ['TrajectoryElementBuilder', ['../classgmx_1_1TrajectoryElementBuilder.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryevent_411', ['TrajectoryEvent', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gae1fdaea68f6d83f68d946186d9b498de', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryfilenames_412', ['trajectoryfilenames', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a428b046202c6244ed297a9060c241792', 1, 'gmx::test::trajectoryFileNames'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02gmx__traj_8cpp_03.xhtml#ad5f9bcf5e2709a1925a6b6d15a968de0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{gmx_traj.cpp}::trajectoryFileNames'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02trjconv_8cpp_03.xhtml#afecabb3d08448a97691eda819cb69f8b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{trjconv.cpp}::trajectoryFileNames']
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02trjconv_8cpp_03.xhtml#afecabb3d08448a97691eda819cb69f8b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{trjconv.cpp}::trajectoryFileNames'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02gmx__traj_8cpp_03.xhtml#ad5f9bcf5e2709a1925a6b6d15a968de0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{gmx_traj.cpp}::trajectoryFileNames']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryfileopener_413', ['trajectoryfileopener', ['../classgmx_1_1TrajectoryFileOpener.xhtml', 1, 'gmx::TrajectoryFileOpener'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryFileOpener.xhtml#a473298d87aa849a34253fb0144c6bdc0', 1, 'gmx::TrajectoryFileOpener::TrajectoryFileOpener()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['trajectoryframe_414', ['trajectoryframe', ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml', 1, 'gmx::TrajectoryFrame'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml#a9b8ffe017a93c9283d3eacf747cb7725', 1, 'gmx::TrajectoryFrame::TrajectoryFrame()']
│ │ │ │ │ + ['trajectoryframe_414', ['trajectoryframe', ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml#a9b8ffe017a93c9283d3eacf747cb7725', 1, 'gmx::TrajectoryFrame::TrajectoryFrame()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml', 1, 'gmx::TrajectoryFrame']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryframematchsettings_415', ['TrajectoryFrameMatchSettings', ['../structgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameMatchSettings.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryframereader_416', ['trajectoryframereader', ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameReader.xhtml', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameReader'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameReader.xhtml#a705793c6cd9d109f0277b0918118f480', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameReader::TrajectoryFrameReader()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryframewriter_417', ['TrajectoryFrameWriter', ['../classgmx_1_1TrajectoryFrameWriter.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryframewriterpointer_418', ['TrajectoryFrameWriterPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a3e509ef31cc9962072395a64ad3a73cc', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ @@ -684,57 +684,57 @@
│ │ │ │ │ ['trajectorysignaller_424', ['TrajectorySignaller', ['../classgmx_1_1TrajectorySignaller.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['trajectorytolerances_425', ['TrajectoryTolerances', ['../structgmx_1_1test_1_1TrajectoryTolerances.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['trajectorywritersetup_426', ['trajectoryWriterSetup', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga317990f4c6520be1f394130c18e78e61', 1, 'gmx::ITrajectoryWriterClient']]],
│ │ │ │ │ ['trajectorywriterteardown_427', ['trajectoryWriterTeardown', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gad5c48edb827a1f2ee2141ff64379bc94', 1, 'gmx::ITrajectoryWriterClient']]],
│ │ │ │ │ ['transferkind_428', ['transferKind', ['../structPmeGpuSettings.xhtml#a05b4f6f416c50fa8e990441ee2313441', 1, 'PmeGpuSettings']]],
│ │ │ │ │ ['transformationcoordinate_2eh_429', ['transformationcoordinate.h', ['../transformationcoordinate_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['transformationmatrixstring_5f_430', ['transformationMatrixString_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#abc23987b62379ecccd84162890f2d03b', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]],
│ │ │ │ │ - ['transformationtodensitylattice_431', ['transformationtodensitylattice', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#a73894e47fe03c59191e3577c494d9db2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup::transformationToDensityLattice()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatFromFileReader.xhtml#ad17d83f4c903da70ca6a099f4c9e2ef9', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatFromFileReader::transformationToDensityLattice()']
│ │ │ │ │ + ['transformationtodensitylattice_431', ['transformationtodensitylattice', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatFromFileReader.xhtml#ad17d83f4c903da70ca6a099f4c9e2ef9', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatFromFileReader::transformationToDensityLattice()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#a73894e47fe03c59191e3577c494d9db2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup::transformationToDensityLattice()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['transformationvariables_432', ['transformationVariables', ['../structpull__coord__work__t.xhtml#a7da2fbd46d6f52764608b113d5587073', 1, 'pull_coord_work_t']]],
│ │ │ │ │ ['transformwith_433', ['transformwith', ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1ToObject.xhtml#abf54f25c00ea20217aa17ad252cb1c61', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToObject::transformWith()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1ToValue.xhtml#a8a8e5d18ea940ef997b63f33e6d6736b', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToValue::transformWith()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['translate_5fpositions_434', ['translate_positions', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#af85436adf396ea680ef5b6707a65a6f5', 1, 'swapcoords.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['translate_5fx_435', ['translate_x', ['../groupcoord_8h.xhtml#abf61862aa01a3ab4577af42126280f93', 1, 'groupcoord.cpp']]],
│ │ │ │ │ - ['translateandscale_436', ['translateandscale', ['../classgmx_1_1TranslateAndScale.xhtml#a1800ccdb4a9030aa2dcc23c3ea42fd22', 1, 'gmx::TranslateAndScale::TranslateAndScale()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TranslateAndScale.xhtml', 1, 'gmx::TranslateAndScale'],
│ │ │ │ │ + ['translateandscale_436', ['translateandscale', ['../classgmx_1_1TranslateAndScale.xhtml', 1, 'gmx::TranslateAndScale'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TranslateAndScale.xhtml#aa9087a341db2df1619a08f341dd570b2', 1, 'gmx::TranslateAndScale::TranslateAndScale(const RVec &scale, const RVec &translation)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TranslateAndScale.xhtml#ae33a773ba368a2cc2a481838ec4e7e78', 1, 'gmx::TranslateAndScale::TranslateAndScale(const TranslateAndScale &other)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TranslateAndScale.xhtml#aa9087a341db2df1619a08f341dd570b2', 1, 'gmx::TranslateAndScale::TranslateAndScale(const RVec &scale, const RVec &translation)']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TranslateAndScale.xhtml#a1800ccdb4a9030aa2dcc23c3ea42fd22', 1, 'gmx::TranslateAndScale::TranslateAndScale(TranslateAndScale &&other) noexcept']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['translatebenchmarkenum_437', ['translateBenchmarkEnum', ['../namespacegmx.xhtml#ae7ceb9cb2e48b5771892c18713325aec', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['translatecpuinfologicalprocessorstomachine_438', ['translateCpuInfoLogicalProcessorsToMachine', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02hardwaretopology_8cpp_03.xhtml#a9d67bf009b11f1aa496f77cf17b99c45', 1, 'gmx::anonymous_namespace{hardwaretopology.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['translation_5f_439', ['translation_', ['../structgmx_1_1MrcDensitySkewData.xhtml#af2ba4e5e9d5d4be0c671601d8f3b5885', 1, 'gmx::MrcDensitySkewData']]],
│ │ │ │ │ ['translationstring_5f_440', ['translationString_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#a715a47bb4ba1641258052a3ddb27558f', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]],
│ │ │ │ │ - ['transpose_441', ['transpose', ['../group__module__simd.xhtml#gaf7a690a2d884f1210349194e3c07a5a3', 1, 'gmx::transpose(Simd4Double *v0, Simd4Double *v1, Simd4Double *v2, Simd4Double *v3)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ae539bd83f506f18a7796300e41ea4698', 1, 'gmx::transpose(Matrix3x3ConstSpan matrixView)'],
│ │ │ │ │ + ['transpose_441', ['transpose', ['../namespacegmx.xhtml#ae539bd83f506f18a7796300e41ea4698', 1, 'gmx::transpose(Matrix3x3ConstSpan matrixView)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaf7a690a2d884f1210349194e3c07a5a3', 1, 'gmx::transpose(Simd4Double *v0, Simd4Double *v1, Simd4Double *v2, Simd4Double *v3)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga059f7a354565ad8c1494853ec9a00d3f', 1, 'gmx::transpose(Simd4Float *v0, Simd4Float *v1, Simd4Float *v2, Simd4Float *v3)']
│ │ │ │ │ ]],
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│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga6889b6665cbfc5fa0bce09fe5db5e49c', 1, 'gmx::transposeScatterDecrU(float *base, const std::int32_t offset[], SimdFloat v0, SimdFloat v1, SimdFloat v2)'],
│ │ │ │ │ + ['transposescatterdecru_442', ['transposescatterdecru', ['../group__module__simd.xhtml#ga6889b6665cbfc5fa0bce09fe5db5e49c', 1, 'gmx::transposeScatterDecrU(float *base, const std::int32_t offset[], SimdFloat v0, SimdFloat v1, SimdFloat v2)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a812731a42d1358e6a06f81848a67eeb7', 1, 'gmx::transposeScatterDecrU(double *base, const std::int32_t offset[], double v0, double v1, double v2)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#af7e302c7dcfb8d4937c4388d77057435', 1, 'gmx::transposeScatterDecrU(float *base, const std::int32_t offset[], float v0, float v1, float v2)']
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#af7e302c7dcfb8d4937c4388d77057435', 1, 'gmx::transposeScatterDecrU(float *base, const std::int32_t offset[], float v0, float v1, float v2)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga15283d6034452bcbee9c5f7538d7b560', 1, 'gmx::transposeScatterDecrU(double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble v0, SimdDouble v1, SimdDouble v2)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['transposescatterincru_443', ['transposescatterincru', ['../group__module__simd.xhtml#gaecbb196e76a516c1e3672a8fa0df6f87', 1, 'gmx::transposeScatterIncrU(double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble v0, SimdDouble v1, SimdDouble v2)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a83e3f241eaafa47cfa9258ec9efec8d0', 1, 'gmx::transposeScatterIncrU(double *base, const std::int32_t offset[], double v0, double v1, double v2)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a12069a0402115678c9c39b303585917d', 1, 'gmx::transposeScatterIncrU(float *base, const std::int32_t offset[], float v0, float v1, float v2)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gac36c2fd8a466fb309ba9ae1dbf8dffbd', 1, 'gmx::transposeScatterIncrU(float *base, const std::int32_t offset[], SimdFloat v0, SimdFloat v1, SimdFloat v2)']
│ │ │ │ │ + ['transposescatterincru_443', ['transposescatterincru', ['../namespacegmx.xhtml#a12069a0402115678c9c39b303585917d', 1, 'gmx::transposeScatterIncrU(float *base, const std::int32_t offset[], float v0, float v1, float v2)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gac36c2fd8a466fb309ba9ae1dbf8dffbd', 1, 'gmx::transposeScatterIncrU(float *base, const std::int32_t offset[], SimdFloat v0, SimdFloat v1, SimdFloat v2)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaecbb196e76a516c1e3672a8fa0df6f87', 1, 'gmx::transposeScatterIncrU(double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble v0, SimdDouble v1, SimdDouble v2)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a83e3f241eaafa47cfa9258ec9efec8d0', 1, 'gmx::transposeScatterIncrU(double *base, const std::int32_t offset[], double v0, double v1, double v2)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['transposescatterstoreu_444', ['transposescatterstoreu', ['../group__module__simd.xhtml#gaa23e5431ddc22611d3304ac96c461cc5', 1, 'gmx::transposeScatterStoreU(double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble v0, SimdDouble v1, SimdDouble v2)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaba67dbea2a790730dfa78999209959b2', 1, 'gmx::transposeScatterStoreU(float *base, const std::int32_t offset[], SimdFloat v0, SimdFloat v1, SimdFloat v2)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a65d8dd5e7a4ade4e3750b48e2a95b308', 1, 'gmx::transposeScatterStoreU(float *base, const std::int32_t offset[], float v0, float v1, float v2)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ab5d74c633ff138def6fa648441c5decf', 1, 'gmx::transposeScatterStoreU(double *base, const std::int32_t offset[], double v0, double v1, double v2)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['trate_445', ['TRate', ['../namespacegmx.xhtml#aa72f45c17038ea5aae00ba6b17cab901ad64053ef9562fdf23d2a7d362506b72a', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['treatments_20of_20long_20ranged_20forces_446', ['Ewald-family treatments of long-ranged forces', ['../group__module__ewald.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['tree_20after_20compilation_447', ['Element tree after compilation', ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['tree_20constructed_20by_20the_20parser_448', ['Element tree constructed by the parser', ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['treesupport_2ecpp_449', ['treesupport.cpp', ['../tests_2treesupport_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../treesupport_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['treesupport_2ecpp_449', ['treesupport.cpp', ['../treesupport_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2treesupport_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['treesupport_2eh_450', ['treesupport.h', ['../treesupport_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['tri_5fbits_451', ['tri_bits', ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1Task.xhtml#a08e29a3da67c469503db5367026a3b5e', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::Task']]],
│ │ │ │ │ ['triangle_452', ['triangle', ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1Task.xhtml#a4d905df48a5b9cbc202c6b20e0c0ee4d', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::Task']]],
│ │ │ │ │ ['triatommoleculesystem_453', ['triAtomMoleculeSystem', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02wholemoleculetransform_8cpp_03.xhtml#a2aca43d5bf152970119926423a79796c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{wholemoleculetransform.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['tric_5fshift_454', ['tric_shift', ['../structt__pbc.xhtml#aa6b6c1f9145e9390d0032360f78aac9c', 1, 't_pbc']]],
│ │ │ │ │ ['tric_5fvec_455', ['tric_vec', ['../structt__pbc.xhtml#adaecb54e65fbd93bf0c820f03c877922', 1, 't_pbc']]],
│ │ │ │ │ @@ -744,28 +744,28 @@
│ │ │ │ │ ['trimstring_459', ['trimString', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02cpuinfo_8cpp_03.xhtml#a44e29d4443e1e21b3d4ac6e2bf33bd3b', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cpuinfo.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['trimtrailingcomment_5f_460', ['trimTrailingComment_', ['../classgmx_1_1TextReader_1_1Impl.xhtml#a8273c4c046f181a479cdf6f4874ce5e0', 1, 'gmx::TextReader::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['trimtrailingwhitespace_5f_461', ['trimTrailingWhiteSpace_', ['../classgmx_1_1TextReader_1_1Impl.xhtml#a74df853d81e2ae03a1de9fdd6858f45c', 1, 'gmx::TextReader::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['trjconv_2ecpp_462', ['trjconv.cpp', ['../tests_2trjconv_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['trotterhelperfunctions_2eh_463', ['trotterhelperfunctions.h', ['../trotterhelperfunctions_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['trottersequence_464', ['TrotterSequence', ['../md__enums_8h.xhtml#a235da6df654c9e12550395e45415f806', 1, 'md_enums.h']]],
│ │ │ │ │ ['true_465', ['TRUE', ['../basedefinitions_8h.xhtml#aa8cecfc5c5c054d2875c03e77b7be15d', 1, 'basedefinitions.h']]],
│ │ │ │ │ - ['trunc_466', ['trunc', ['../group__module__simd.xhtml#ga4383bb9ab1055fc9888e65655db350ba', 1, 'gmx::trunc(Simd4Double a)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga97c12b8d0415b8633da6b48f437d6078', 1, 'gmx::trunc(Simd4Float a)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gacc9e911dbe1d9be0b86d8870a91b399c', 1, 'gmx::trunc(SimdDouble a)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga03c0d9c75faf734c06f162e92e56f5f7', 1, 'gmx::trunc(SimdFloat a)'],
│ │ │ │ │ + ['trunc_466', ['trunc', ['../namespacegmx.xhtml#a00d84f65dae98aeb02816975f5045eed', 1, 'gmx::trunc(double a)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a4323d38c16cd7ce6b1ae9df62e94ef2a', 1, 'gmx::trunc(float a)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a00d84f65dae98aeb02816975f5045eed', 1, 'gmx::trunc(double a)']
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gacc9e911dbe1d9be0b86d8870a91b399c', 1, 'gmx::trunc(SimdDouble a)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga97c12b8d0415b8633da6b48f437d6078', 1, 'gmx::trunc(Simd4Float a)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga4383bb9ab1055fc9888e65655db350ba', 1, 'gmx::trunc(Simd4Double a)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga03c0d9c75faf734c06f162e92e56f5f7', 1, 'gmx::trunc(SimdFloat a)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['trxframe_5fptr_467', ['trxframe_ptr', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aebae156df1e311f5de471ddd2be38784', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['trxstatus_5ffile_5fptr_468', ['trxstatus_file_ptr', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a460360400d7eca022312e7e68fafbc31', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['trycast_469', ['tryCast', ['../classgmx_1_1Any.xhtml#a6eab85e7542c477ceb28ea848127cd39', 1, 'gmx::Any']]],
│ │ │ │ │ ['trycastref_470', ['tryCastRef', ['../classgmx_1_1Any.xhtml#aa8af23137c8d7a64f2dd028dd7969b7c', 1, 'gmx::Any']]],
│ │ │ │ │ ['tryconnect_471', ['tryConnect', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a6cd2ce85f650e67368da8a53ec6993b5', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]],
│ │ │ │ │ - ['trygetdataframe_472', ['trygetdataframe', ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#ad48937deda99bcfcebd7d7ce58126fed', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::tryGetDataFrame()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorage.xhtml#a650bf5bd6de64e56d2f98046bc0d712d', 1, 'gmx::AnalysisDataStorage::tryGetDataFrame()']
│ │ │ │ │ + ['trygetdataframe_472', ['trygetdataframe', ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorage.xhtml#a650bf5bd6de64e56d2f98046bc0d712d', 1, 'gmx::AnalysisDataStorage::tryGetDataFrame()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#ad48937deda99bcfcebd7d7ce58126fed', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::tryGetDataFrame(int index) const']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['trygetdataframeinternal_473', ['tryGetDataFrameInternal', ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#af919927886d1ac547b1841b09af8bd59', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData']]],
│ │ │ │ │ ['trystartoption_474', ['tryStartOption', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a1834141d07583bd4265f049731e1bf93', 1, 'gmx::OptionsAssigner']]],
│ │ │ │ │ ['tstep_475', ['tstep', ['../structgmx_1_1IMDEnergyBlock.xhtml#a70ce7f73ddf14648636c89836a206a45', 1, 'gmx::IMDEnergyBlock']]],
│ │ │ │ │ ['tt_20compositesimulatorelement_20tt_476', ['<tt>CompositeSimulatorElement</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md28', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['tt_20computeglobalselement_20tt_477', ['<tt>ComputeGlobalsElement</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md24', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['tt_20constraintelement_20tt_478', ['<tt>ConstraintElement</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md26', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -788,71 +788,71 @@
│ │ │ │ │ ['tuplet_495', ['TupleT', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelInputParameters.xhtml#a1512a904db7b8e9b9b85e8853ecbcbbd', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelInputParameters']]],
│ │ │ │ │ ['turn_496', ['Turn', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0ca6b12be2513bab07567150f54467bc568', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['turn_5foff_5fdlb_497', ['turn_off_dlb', ['../partition_8cpp.xhtml#a0c826c5ce33cade3c679bcb8567dff80', 1, 'partition.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['turn_5foff_5fdlb_5fforever_498', ['turn_off_dlb_forever', ['../partition_8cpp.xhtml#a898dbde9a034ab1b169be781ab0d2d0f', 1, 'partition.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['turn_5fon_5fdlb_499', ['turn_on_dlb', ['../partition_8cpp.xhtml#a9308665ba40d8f1c4309ab4e513313bc', 1, 'partition.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['turnonwhenuseful_500', ['turnOnWhenUseful', ['../namespacegmx.xhtml#af2ca01657023e02580baaaf0c011a60ca9782b4e1f49c1f0f6b05de02eeafe863', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['turnstypes_501', ['TurnsTypes', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a5dda5e6d04bd69ef030023f8b5c077ff', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['two_5fk_5frf_502', ['two_k_rf', ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a248c82b454b4a03c1ac261604a15b2fd', 1, 'gmx::NBParamGpu::two_k_rf'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#a0bb09ec3c7ec3e092c5ec2b15a3fb5a1', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::two_k_rf']
│ │ │ │ │ + ['two_5fk_5frf_502', ['two_k_rf', ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#a0bb09ec3c7ec3e092c5ec2b15a3fb5a1', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::two_k_rf'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a248c82b454b4a03c1ac261604a15b2fd', 1, 'gmx::NBParamGpu::two_k_rf']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['twobody_503', ['twoBody', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1ZoneCorners.xhtml#ae15b044c5b03c26e273380e008729d68', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::ZoneCorners']]],
│ │ │ │ │ ['twodimdifftype_504', ['TwoDimDiffType', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03.xhtml#a288fe8464e5af3eeee810aa269d99388', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['txtdump_2eh_505', ['txtdump.h', ['../txtdump_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['type_506', ['type', ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#a20e7d732e116b48e2caa8ad8e0ea9dd5', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::type'],
│ │ │ │ │ - ['../classSimulationParticle.xhtml#a6bb06c6b27d80f6ea8e211dad2cbffc6', 1, 'SimulationParticle::type()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a653477b89005995484c2e7901af90698', 1, 'gmx::SelectionPosition::type()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx__ana__selvalue__t.xhtml#a0a7b3be96275660c0fb58068c31d8daf', 1, 'gmx_ana_selvalue_t::type'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#ac741386565f22982c7a3ded0d569be09', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::type'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a736adc8c9144c93b431a77687c4f7ba2', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::type'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#ad361499da3e273c1f4ef1eed185389e5', 1, 'gmx_ana_poscalc_t::type'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t_1_1Params.xhtml#ab1d52d3b2f8bf1d72d1e1cb8fc7cd6f3', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::Params::type'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx__repl__ex.xhtml#a98b970a596ab76afa6eef073e5536bd5', 1, 'gmx_repl_ex::type'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1IMDHeader.xhtml#ab4a6be54e5888c6e8d2a2ddbf8f06203', 1, 'gmx::IMDHeader::type'],
│ │ │ │ │ - ['../structBondedInteractionList.xhtml#afce2f229b4d4fed34236b1818a06dd1c', 1, 'BondedInteractionList::type'],
│ │ │ │ │ - ['../structt__pargs.xhtml#a995a1686f7d75fb9aaadc4090a0bfa22', 1, 't_pargs::type'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BuildMDModulesNotifier_3_01CurrentCallParameter_00_01CallParameter_8_8_8_01_4.xhtml#aa43591725636c714f1622f137cf52b8e', 1, 'gmx::BuildMDModulesNotifier< CurrentCallParameter, CallParameter... >::type'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BuildMDModulesNotifier_3_4.xhtml#a4eb7f94018853c44b5af8f3020eb6abc', 1, 'gmx::BuildMDModulesNotifier<>::type'],
│ │ │ │ │ - ['../structt__methoddata__pos.xhtml#aa30ade9b0148d6623342537aad8128df', 1, 't_methoddata_pos::type'],
│ │ │ │ │ + ['type_506', ['type', ['../structt__pargs.xhtml#a995a1686f7d75fb9aaadc4090a0bfa22', 1, 't_pargs::type'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02virtualsites_8cpp_03_1_1VirtualSiteTest_1_1VirtualSite.xhtml#a40735099879b637c32cc6cc780008653', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{virtualsites.cpp}::VirtualSiteTest::VirtualSite::type'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#a806f5456c1f90f4bb38c223aa4f81244', 1, 'gmx_ana_indexmap_t::type'],
│ │ │ │ │ - ['../structMoleculePatch.xhtml#ae00f6480ddfbae1d26ac92d577478f03', 1, 'MoleculePatch::type()'],
│ │ │ │ │ - ['../classPdbAtomEntry.xhtml#a610f84e6b4e61243ce0c85ff878dd20f', 1, 'PdbAtomEntry::type()'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx__molblock__t.xhtml#ad0067f80b655c5a8086970db972f169c', 1, 'gmx_molblock_t::type'],
│ │ │ │ │ + ['../structt__methoddata__pos.xhtml#aa30ade9b0148d6623342537aad8128df', 1, 't_methoddata_pos::type'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx__ana__selvalue__t.xhtml#a0a7b3be96275660c0fb58068c31d8daf', 1, 'gmx_ana_selvalue_t::type'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#a20e7d732e116b48e2caa8ad8e0ea9dd5', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::type'],
│ │ │ │ │ + ['../structBondedInteractionList.xhtml#afce2f229b4d4fed34236b1818a06dd1c', 1, 'BondedInteractionList::type'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#aa3e7138a2945b38d870368d611e03544', 1, 'gmx::Selection::type()'],
│ │ │ │ │ + ['../classSimulationParticle.xhtml#a6bb06c6b27d80f6ea8e211dad2cbffc6', 1, 'SimulationParticle::type()'],
│ │ │ │ │ + ['../classPdbAtomEntry.xhtml#a610f84e6b4e61243ce0c85ff878dd20f', 1, 'PdbAtomEntry::type()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a653477b89005995484c2e7901af90698', 1, 'gmx::SelectionPosition::type()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#a4897f16063cc1a7232e0d36412fc58fb', 1, 'gmx::internal::SelectionData::type()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#aa926229caddb5de581f5a5c796d48066', 1, 'gmx::OptionInfo::type()'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BuildMDModulesNotifier_3_4.xhtml#a4eb7f94018853c44b5af8f3020eb6abc', 1, 'gmx::BuildMDModulesNotifier<>::type'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BuildMDModulesNotifier_3_01CurrentCallParameter_00_01CallParameter_8_8_8_01_4.xhtml#aa43591725636c714f1622f137cf52b8e', 1, 'gmx::BuildMDModulesNotifier< CurrentCallParameter, CallParameter... >::type'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#ac741386565f22982c7a3ded0d569be09', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::type'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Any.xhtml#a630fae8d42a414cfd3ae9192ef5d0db7', 1, 'gmx::Any::type()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol.xhtml#a8b78df55a4c55a1ef43d1abd8e94cd04', 1, 'gmx::SelectionParserSymbol::type()']
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1IMDHeader.xhtml#ab4a6be54e5888c6e8d2a2ddbf8f06203', 1, 'gmx::IMDHeader::type'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx__repl__ex.xhtml#a98b970a596ab76afa6eef073e5536bd5', 1, 'gmx_repl_ex::type'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol.xhtml#a8b78df55a4c55a1ef43d1abd8e94cd04', 1, 'gmx::SelectionParserSymbol::type()'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t_1_1Params.xhtml#ab1d52d3b2f8bf1d72d1e1cb8fc7cd6f3', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::Params::type'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#ad361499da3e273c1f4ef1eed185389e5', 1, 'gmx_ana_poscalc_t::type'],
│ │ │ │ │ + ['../structMoleculePatch.xhtml#ae00f6480ddfbae1d26ac92d577478f03', 1, 'MoleculePatch::type()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a736adc8c9144c93b431a77687c4f7ba2', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::type']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['type_5f_507', ['type_', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol_1_1Impl.xhtml#af7ddcd8e154325050ba01fb2287d2687', 1, 'gmx::SelectionParserSymbol::Impl::type_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionParserValue.xhtml#a0770f8eaa9ccc8f9d9d50a32bdfe2c8b', 1, 'gmx::SelectionParserValue::type_']
│ │ │ │ │ + ['type_5f_507', ['type_', ['../classgmx_1_1SelectionParserValue.xhtml#a0770f8eaa9ccc8f9d9d50a32bdfe2c8b', 1, 'gmx::SelectionParserValue::type_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol_1_1Impl.xhtml#af7ddcd8e154325050ba01fb2287d2687', 1, 'gmx::SelectionParserSymbol::Impl::type_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['typeb_508', ['typeB', ['../classSimulationParticle.xhtml#a003a0feecfee293c7263652b27a4d5a6', 1, 'SimulationParticle']]],
│ │ │ │ │ ['typecasts_2ecpp_509', ['typecasts.cpp', ['../typecasts_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['typecasts_5fcuda_5fhip_2eh_510', ['typecasts_cuda_hip.h', ['../typecasts__cuda__hip_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['typecasts_5frunner_2eh_511', ['typecasts_runner.h', ['../typecasts__runner_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['typecasts_5frunner_5fhip_2ecpp_512', ['typecasts_runner_hip.cpp', ['../typecasts__runner__hip_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['typeenumvalues_513', ['typeEnumValues', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#a52fb34bb89be3c2ab61ae5cf8c81f73e', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection']]],
│ │ │ │ │ ['typefromenum_514', ['typeFromEnum', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#a2b4d3ed7b451df9c31dd6c7ed66e2df9', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection']]],
│ │ │ │ │ ['typehwithlj_515', ['typeHWithLJ', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testsystem_8cpp_03.xhtml#a8e8aaa55df029cf3f5d8634d3728db7b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testsystem.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['typehwithoutlj_516', ['typeHWithoutLJ', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testsystem_8cpp_03.xhtml#ad2a152e2f5d73cdf560b183d14f6bb3a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testsystem.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['typehydrogen_517', ['typeHydrogen', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02bench__system_8cpp_03.xhtml#ac8e4c25b706db9e589ede4e3c2a99913', 1, 'gmx::anonymous_namespace{bench_system.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['typemin_518', ['typeMin', ['../structt__oriresdata.xhtml#a01dfd0bcea7c1e796a91a2c0acd50887', 1, 't_oriresdata']]],
│ │ │ │ │ ['typeo_519', ['typeO', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testsystem_8cpp_03.xhtml#adc6b6354def4246b2c600161062558fb', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testsystem.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['typeoxygen_520', ['typeOxygen', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02bench__system_8cpp_03.xhtml#a83228abea8bb08ae3cc1e14b128a800a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{bench_system.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['typestring_521', ['typestring', ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#afb1c21967402630081f139aeb617dc8c', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::typeString()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml#acd7d397b20ba1a51fa557f8959746867', 1, 'gmx::StringOptionStorage::typeString()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml#a74b969858be72238d5b4be18cfe1ce04', 1, 'gmx::FloatOptionStorage::typeString()'],
│ │ │ │ │ + ['typestring_521', ['typestring', ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml#ac88ee7295a5e0290a783fe5c759fcef0', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage::typeString()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#afeb08415a46508f7f2b7130ea6996d2c', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::typeString()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DoubleOptionStorage.xhtml#ad213bd50677fcb9e8441cb5bd5837672', 1, 'gmx::DoubleOptionStorage::typeString()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Int64OptionStorage.xhtml#a716143a31d873007239394ad9439501f', 1, 'gmx::Int64OptionStorage::typeString()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a8009608167f2d2a04ba7335008773516', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::typeString()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionStorage.xhtml#ab62eb8be981dc1f7f113b2ae5787ca97', 1, 'gmx::SelectionFileOptionStorage::typeString()'],
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│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BooleanOptionStorage.xhtml#a6cd0a1ca660bbf9093bf6efdcca00729', 1, 'gmx::BooleanOptionStorage::typeString()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IntegerOptionStorage.xhtml#af5c254299c0bb6d17fa5ad868779c9be', 1, 'gmx::IntegerOptionStorage::typeString()'],
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│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DoubleOptionStorage.xhtml#ad213bd50677fcb9e8441cb5bd5837672', 1, 'gmx::DoubleOptionStorage::typeString()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a8009608167f2d2a04ba7335008773516', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::typeString()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml#a74b969858be72238d5b4be18cfe1ce04', 1, 'gmx::FloatOptionStorage::typeString()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml#acd7d397b20ba1a51fa557f8959746867', 1, 'gmx::StringOptionStorage::typeString()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#afb1c21967402630081f139aeb617dc8c', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::typeString()']
│ │ │ │ │ ]],
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│ │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_2eh_15', ['uniformrealdistribution.h', ['../uniformrealdistribution_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_3c_20real_20_3e_16', ['UniformRealDistribution< real >', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['unionfind_2ecpp_17', ['unionfind.cpp', ['../unionfind_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['unionfind_2eh_18', ['unionfind.h', ['../unionfind_8h.xhtml', 1, '']]],
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│ │ │ │ │ ['unique_5fcptr_20', ['unique_cptr', ['../namespacegmx.xhtml#a89d1da25b1e1f9331f1fe99b15072eac', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['unique_5fcptr_2eh_21', ['unique_cptr.h', ['../unique__cptr_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['uniquedeviceid_22', ['uniquedeviceid', ['../device__management_8h.xhtml#ab7595ed839026b4d41d8eb72701a80eb', 1, 'uniqueDeviceId(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_common.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../device__management__common_8cpp.xhtml#ab7595ed839026b4d41d8eb72701a80eb', 1, 'uniqueDeviceId(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_common.cpp']
│ │ │ │ │ + ['uniquedeviceid_22', ['uniquedeviceid', ['../device__management__common_8cpp.xhtml#ab7595ed839026b4d41d8eb72701a80eb', 1, 'uniqueDeviceId(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_common.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../device__management_8h.xhtml#ab7595ed839026b4d41d8eb72701a80eb', 1, 'uniqueDeviceId(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_common.cpp']
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│ │ │ │ │ ['unit_23', ['unit', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#ae5d2dca38270c084eb3386aa26b9b959', 1, 'UmbrellaOptions::unit'],
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│ │ │ │ │ ['../structUnitCellInfo.xhtml', 1, 'UnitCellInfo']
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│ │ │ │ │ @@ -482,16 +482,16 @@
│ │ │ │ │ ['analysisdata_2ecpp_292', ['analysisdata.cpp', ['../analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
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│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ae68db8d9759911b2a903e2918c471771', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::AnalysisDataBinAverageModule(const AnalysisHistogramSettings &settings)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ae68db8d9759911b2a903e2918c471771', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::AnalysisDataBinAverageModule()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['analysisdatabinaveragemodulepointer_297', ['AnalysisDataBinAverageModulePointer', ['../namespacegmx.xhtml#a2832966f8a1d1e01888448ce10faa595', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['analysisdatadisplacementmodule_298', ['AnalysisDataDisplacementModule', ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['analysisdatadisplacementmodulepointer_299', ['AnalysisDataDisplacementModulePointer', ['../namespacegmx.xhtml#aa5dd79fb2cd906b55b386b64084543b9', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['analysisdataframeaveragemodule_300', ['AnalysisDataFrameAverageModule', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['analysisdataframeaveragemodulepointer_301', ['AnalysisDataFrameAverageModulePointer', ['../namespacegmx.xhtml#ad580f7f69fb3536c9cba722587e77e49', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['analysisdataframeaverager_302', ['AnalysisDataFrameAverager', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ @@ -888,41 +888,41 @@
│ │ │ │ │ ['arrayrefwithpadding_2eh_516', ['arrayrefwithpadding.h', ['../arrayrefwithpadding_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['arrayrefwithpadding_3c_20gmx_3a_3abasicvector_20_3e_517', ['ArrayRefWithPadding< gmx::BasicVector >', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml', 1, 'gmx']]],
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│ │ │ │ │ ['arraytype_519', ['arrayType', ['../structgmx_1_1PlanSetupData.xhtml#aa6392db2e4f96a2530d516427eae240d', 1, 'gmx::PlanSetupData']]],
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│ │ │ │ │ ['as_521', ['as', ['../structt__methoddata__same.xhtml#aab39d3304710c617c29aab8e2cbfbc5a', 1, 't_methoddata_same']]],
│ │ │ │ │ ['as_20a_20library_522', ['Using GROMACS as a library', ['../page_usinglibrary.xhtml', 1, 'index']]],
│ │ │ │ │ - ['as_5fdvec_5farray_523', ['as_dvec_array', ['../namespacegmx.xhtml#ac635996b6d78ada40405ba91310641f7', 1, 'gmx::as_dvec_array(DVec *x)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ab435e743af1b412558e429022580056b', 1, 'gmx::as_dvec_array(const DVec *x)']
│ │ │ │ │ + ['as_5fdvec_5farray_523', ['as_dvec_array', ['../namespacegmx.xhtml#ab435e743af1b412558e429022580056b', 1, 'gmx::as_dvec_array(const DVec *x)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ac635996b6d78ada40405ba91310641f7', 1, 'gmx::as_dvec_array(DVec *x)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['as_5fivec_5farray_524', ['as_ivec_array', ['../namespacegmx.xhtml#a169687020d64e828f0120aa553c4240b', 1, 'gmx::as_ivec_array(const IVec *x)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ab7d47f82fdb0dceddb28d228ecc926f2', 1, 'gmx::as_ivec_array(IVec *x)']
│ │ │ │ │ + ['as_5fivec_5farray_524', ['as_ivec_array', ['../namespacegmx.xhtml#ab7d47f82fdb0dceddb28d228ecc926f2', 1, 'gmx::as_ivec_array(IVec *x)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a169687020d64e828f0120aa553c4240b', 1, 'gmx::as_ivec_array(const IVec *x)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['as_5frvec_5farray_525', ['as_rvec_array', ['../namespacegmx.xhtml#aede03a44c13df763bdd1d8d9d0887dda', 1, 'gmx::as_rvec_array(const RVec *x)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ac36e90ef229d4fc88ba16409aef0b759', 1, 'gmx::as_rvec_array(RVec *x)']
│ │ │ │ │ + ['as_5frvec_5farray_525', ['as_rvec_array', ['../namespacegmx.xhtml#ac36e90ef229d4fc88ba16409aef0b759', 1, 'gmx::as_rvec_array(RVec *x)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aede03a44c13df763bdd1d8d9d0887dda', 1, 'gmx::as_rvec_array(const RVec *x)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['as_5fs_5fsorted_526', ['as_s_sorted', ['../structt__methoddata__same.xhtml#a8e60d150d29d86b285a3e90c249f6b8e', 1, 't_methoddata_same']]],
│ │ │ │ │ ['as_5fvec_527', ['as_vec', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a751f212c63603b0c310ea931453c3531', 1, 'gmx::BasicVector::as_vec()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a096b39d916263bc829f56ac184f176a9', 1, 'gmx::BasicVector::as_vec() const']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['as_5fvec_5farray_528', ['as_vec_array', ['../namespacegmx.xhtml#af1a995d2d5d21983a662ab3e79e2b2e3', 1, 'gmx::as_vec_array(const BasicVector< ValueType > *x)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#adbccce10168efa3d28a2f7d3b644df37', 1, 'gmx::as_vec_array(BasicVector< ValueType > *x)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['asabsolute_529', ['asAbsolute', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#a1256c4a2e308cddc83601e72d07ea9ff', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference']]],
│ │ │ │ │ ['asconstview_530', ['asConstView', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a5dd95fca66f9da9723365d7bbe9df05a', 1, 'gmx::MultiDimArray']]],
│ │ │ │ │ ['asfloat3_531', ['asfloat3', ['../typecasts__cuda__hip_8h.xhtml#a907e7d1b77f6ed53ba9aee03de2e104e', 1, 'asFloat3(gmx::RVec *in): typecasts_cuda_hip.h'],
│ │ │ │ │ ['../typecasts__cuda__hip_8h.xhtml#a5b3b274c6d609569eeb80fdcbe90793b', 1, 'asFloat3(const gmx::RVec *in): typecasts_cuda_hip.h']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['asfloat3pointer_532', ['asfloat3pointer', ['../typecasts__cuda__hip_8h.xhtml#a11a331229d7c98f7483574dec7798425', 1, 'asFloat3Pointer(gmx::RVec **in): typecasts_cuda_hip.h'],
│ │ │ │ │ - ['../typecasts__cuda__hip_8h.xhtml#ab65b218556c9108ce68d7332f0a801f8', 1, 'asFloat3Pointer(const gmx::RVec *const *in): typecasts_cuda_hip.h']
│ │ │ │ │ + ['asfloat3pointer_532', ['asfloat3pointer', ['../typecasts__cuda__hip_8h.xhtml#ab65b218556c9108ce68d7332f0a801f8', 1, 'asFloat3Pointer(const gmx::RVec *const *in): typecasts_cuda_hip.h'],
│ │ │ │ │ + ['../typecasts__cuda__hip_8h.xhtml#a11a331229d7c98f7483574dec7798425', 1, 'asFloat3Pointer(gmx::RVec **in): typecasts_cuda_hip.h']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['asgenericfloat3pointer_533', ['asgenericfloat3pointer', ['../namespacegmx.xhtml#a61d1fa4d0073e932d5ea53fd4ec968e9', 1, 'gmx::asGenericFloat3Pointer(C &in)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a7cf8c0c79ed50d630c676a108cff651e', 1, 'gmx::asGenericFloat3Pointer(T *in)'],
│ │ │ │ │ + ['asgenericfloat3pointer_533', ['asgenericfloat3pointer', ['../namespacegmx.xhtml#a7cf8c0c79ed50d630c676a108cff651e', 1, 'gmx::asGenericFloat3Pointer(T *in)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a790f4239e154b040ddbcef4a1d3122ae', 1, 'gmx::asGenericFloat3Pointer(const T *in)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a61d1fa4d0073e932d5ea53fd4ec968e9', 1, 'gmx::asGenericFloat3Pointer(C &in)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a1b0b8846fcb8364fafd83a5592f12108', 1, 'gmx::asGenericFloat3Pointer(const C &in)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['asin_534', ['asin', ['../namespacegmx.xhtml#a3d5120df9c0bf437e64c806a7cfdad02', 1, 'gmx::asin(float x)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ab02c7d47595f11074fbfedff40145544', 1, 'gmx::asin(double x)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['asinsingleaccuracy_535', ['asinSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a98465e562d7b1b24755bc693db04c8f5', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['asize_536', ['asize', ['../group__module__utility.xhtml#ga2f549c8a29e4b43b862a96314a66a5fa', 1, 'arraysize.h']]],
│ │ │ │ │ @@ -951,159 +951,159 @@
│ │ │ │ │ ['assignpositionrestraintsforatom_557', ['assignPositionRestraintsForAtom', ['../localtopology_8cpp.xhtml#afb4fa529774cf67304776e604b9879fd', 1, 'localtopology.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['assignvsitestosingletask_558', ['assignVsitesToSingleTask', ['../namespacegmx.xhtml#a1eee8bc37f540f65a107fa21a102c09d', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['assignvsitestothread_559', ['assignVsitesToThread', ['../namespacegmx.xhtml#a8ff9857961193a9bd5fbd1fb027ba44f', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['associativity_560', ['associativity', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Cache.xhtml#ad5a56cc20c9ca27eb6276374e411a430', 1, 'gmx::HardwareTopology::Cache']]],
│ │ │ │ │ ['asulps_561', ['asUlps', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#a64f20cf7b256513aa8bdda6c142f7dae', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference']]],
│ │ │ │ │ ['asview_562', ['asView', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a23a1fb8f2c0045928c48ccb88ef85632', 1, 'gmx::MultiDimArray']]],
│ │ │ │ │ ['async_563', ['Async', ['../gpu__utils_8h.xhtml#aed6d99acc2a7b8495f08fa2d9d2277eba24aa4117da86c41684ad25742832dfa6', 1, 'gpu_utils.h']]],
│ │ │ │ │ - ['at_564', ['at', ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#a49d32c6ff1a5eca209be358475e05713', 1, 'gmx::ListOfLists::at()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#adc8ea4073c94eb246b0027c4bd7d01da', 1, 'gmx::ArrayRef::at()'],
│ │ │ │ │ - ['../classStringTable.xhtml#adcc938ba043e0c531773e64d87d00827', 1, 'StringTable::at()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a438cb41d4f31da753c8d7d36256c0c41', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::at(size_type n)'],
│ │ │ │ │ + ['at_564', ['at', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a73ace4971cafa88adaceea02aea4646e', 1, 'gmx::EnergyFrame::at()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx__ga2la__t.xhtml#ad8f304cbe18bbec9715f837fd1e2aa93', 1, 'gmx_ga2la_t::at()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a7a5d2f452d79950647ced1d370628f76', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::at(size_type n) const'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a73ace4971cafa88adaceea02aea4646e', 1, 'gmx::EnergyFrame::at()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx__ga2la__t.xhtml#ad8f304cbe18bbec9715f837fd1e2aa93', 1, 'gmx_ga2la_t::at()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a438cb41d4f31da753c8d7d36256c0c41', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::at(size_type n)'],
│ │ │ │ │ + ['../classStringTable.xhtml#adcc938ba043e0c531773e64d87d00827', 1, 'StringTable::at()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#adc8ea4073c94eb246b0027c4bd7d01da', 1, 'gmx::ArrayRef::at()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#a49d32c6ff1a5eca209be358475e05713', 1, 'gmx::ListOfLists::at()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['at_5fend_565', ['at_end', ['../structgmx__domdec__specat__comm__t.xhtml#acfc1ad88275feb891d5eaf41e6fe31b6', 1, 'gmx_domdec_specat_comm_t']]],
│ │ │ │ │ ['at_5fstart_566', ['at_start', ['../structgmx__domdec__specat__comm__t.xhtml#a55cac48fb79ab129c6e54ecd71b10d66', 1, 'gmx_domdec_specat_comm_t']]],
│ │ │ │ │ ['atan_567', ['atan', ['../namespacegmx.xhtml#a1afbc2ada56f899a8d3dc5c61530e28b', 1, 'gmx::atan(float x)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#af15e6f3962e035d69013bd91621fd9f8', 1, 'gmx::atan(double x)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['atan2_568', ['atan2', ['../namespacegmx.xhtml#aed8336a58abddcdb6afa7835138ecf46', 1, 'gmx::atan2(float y, float x)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa70a1aa5e9c161a2770d0f9b7eca1805', 1, 'gmx::atan2(double y, double x)']
│ │ │ │ │ + ['atan2_568', ['atan2', ['../namespacegmx.xhtml#aa70a1aa5e9c161a2770d0f9b7eca1805', 1, 'gmx::atan2(double y, double x)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aed8336a58abddcdb6afa7835138ecf46', 1, 'gmx::atan2(float y, float x)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['atan2singleaccuracy_569', ['atan2SingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a2552094c1be29e087e1e85ae02fb0c7a', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['atansingleaccuracy_570', ['atanSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a44ca54cb014d2f33b98f3d523d90a2f5', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['atdat_571', ['atdat', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#ac977a0cf05953a53ff1df8cd01d06853', 1, 'gmx::NbnxmGpu::atdat'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1GpuTimers.xhtml#ae992b44d7d09dcf79d1347f9219d3402', 1, 'gmx::GpuTimers::atdat']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['atf_572', ['atf', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a0c17addba5fc06083dd777639123fbee', 1, 'gmx::Lincs']]],
│ │ │ │ │ ['atnr_573', ['atnr', ['../structgmx__ffparams__t.xhtml#a0bbf906344980fc3d5af5872db5b8ff4', 1, 'gmx_ffparams_t::atnr'],
│ │ │ │ │ ['../structt__idef.xhtml#ac0de032c9fe33bc65755c359d7724d71', 1, 't_idef::atnr']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['atom_574', ['atom', ['../classAtomProxy.xhtml#a74dd8b9d35b876b3cf4a3b4a8e772cfc', 1, 'AtomProxy::atom()'],
│ │ │ │ │ - ['../structt__nblist_1_1JEntry.xhtml#a41ea68a69e0699cbc7a9809dbcf739ec', 1, 't_nblist::JEntry::atom'],
│ │ │ │ │ - ['../structPreprocessResidue.xhtml#acb4af191ced642266b5124549f2bb90e', 1, 'PreprocessResidue::atom'],
│ │ │ │ │ - ['../structMoleculePatch.xhtml#a1d1bc0e0e73fa1aed4ca493c981fb464', 1, 'MoleculePatch::atom'],
│ │ │ │ │ + ['atom_574', ['atom', ['../structt__nblist_1_1JEntry.xhtml#a41ea68a69e0699cbc7a9809dbcf739ec', 1, 't_nblist::JEntry::atom'],
│ │ │ │ │ + ['../classAtomProxy.xhtml#a74dd8b9d35b876b3cf4a3b4a8e772cfc', 1, 'AtomProxy::atom()'],
│ │ │ │ │ + ['../structt__nblist_1_1IEntry.xhtml#a159a337c3a0dff382aa71c1d327272bf', 1, 't_nblist::IEntry::atom'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1AtomIndex.xhtml#a86c46467c265c752b180d28dac63910e', 1, 'gmx::AtomIndex::atom'],
│ │ │ │ │ - ['../structt__nblist_1_1IEntry.xhtml#a159a337c3a0dff382aa71c1d327272bf', 1, 't_nblist::IEntry::atom']
│ │ │ │ │ + ['../structMoleculePatch.xhtml#a1d1bc0e0e73fa1aed4ca493c981fb464', 1, 'MoleculePatch::atom'],
│ │ │ │ │ + ['../structPreprocessResidue.xhtml#acb4af191ced642266b5124549f2bb90e', 1, 'PreprocessResidue::atom']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['atom_20cluster_20non_20bonded_20algorithm_575', ['The NxM atom-cluster non-bonded algorithm', ['../page_nbnxm.xhtml', 1, 'index']]],
│ │ │ │ │ - ['atom1_576', ['atom1', ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteBond.xhtml#aa1b18c7a3742b0f0a0dc5c16c0fd4f63', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteBond::atom1'],
│ │ │ │ │ - ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteAngle.xhtml#af57ae380179f35813f7df5fbfc9974e6', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteAngle::atom1']
│ │ │ │ │ + ['atom1_576', ['atom1', ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteAngle.xhtml#af57ae380179f35813f7df5fbfc9974e6', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteAngle::atom1'],
│ │ │ │ │ + ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteBond.xhtml#aa1b18c7a3742b0f0a0dc5c16c0fd4f63', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteBond::atom1']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['atom2_577', ['atom2', ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteBond.xhtml#ab9f07b4bfbc4fdfab7cb68c97b07d65f', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteBond::atom2'],
│ │ │ │ │ ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteAngle.xhtml#a4e6b102e3e81587c06285605cadb6cf2', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteAngle::atom2']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['atom2constraints_5fmoltype_578', ['atom2constraints_moltype', ['../classgmx_1_1Constraints.xhtml#ae549351ff9c0499f19c9973ce201a447', 1, 'gmx::Constraints']]],
│ │ │ │ │ ['atom2settle_5fmoltype_579', ['atom2settle_moltype', ['../classgmx_1_1Constraints.xhtml#a7661c09da92e38f1b6bb66aa92b5f13b', 1, 'gmx::Constraints']]],
│ │ │ │ │ ['atom2vsitebond_580', ['Atom2VsiteBond', ['../structAtom2VsiteBond.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['atom3_581', ['atom3', ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteAngle.xhtml#a13def359d1298b31a803c856da142ec7', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteAngle']]],
│ │ │ │ │ ['atom_5fto_5fx_5findex_582', ['atom_to_x_index', ['../namespacegmx.xhtml#ad564a95065204fd06ea7ef304a1a8065', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['atomareas_5f_583', ['atomAreas_', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02sasa_8cpp_03_1_1SasaModuleData.xhtml#aaa6a3ef895fa4220cf874abbd824ad79', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{sasa.cpp}::SasaModuleData']]],
│ │ │ │ │ ['atomchargefromatomtype_584', ['atomChargeFromAtomType', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#ad6069bc68554bcd536f6194b46064710', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]],
│ │ │ │ │ ['atomcharges_585', ['atomCharges', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#ae6a04829cb46b787647a09486bad0fc9', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor']]],
│ │ │ │ │ ['atomcount_586', ['atomcount', ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a77cd685c296f9544a7d9945faf93e851', 1, 'gmx::SelectionPosition::atomCount()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#ab38cecc3514bb8bf51f6578855d9c991', 1, 'gmx::Selection::atomCount()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MoleculeData.xhtml#af3eee2e624cdef793147e6f1e2658af7', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MoleculeData::atomCount']
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MoleculeData.xhtml#af3eee2e624cdef793147e6f1e2658af7', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MoleculeData::atomCount'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#ab38cecc3514bb8bf51f6578855d9c991', 1, 'gmx::Selection::atomCount()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['atomdata_587', ['AtomData', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1AtomData.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['atomdata_2eh_588', ['atomdata.h', ['../atomdata_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['atomdata_5fadd_5fnbat_5ff_5fto_5ff_589', ['atomdata_add_nbat_f_to_f', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a03491ccd95e5a3134f583a4aaadfe472', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]],
│ │ │ │ │ ['atomdata_5finit_5fcopy_5fx_5fto_5fnbat_5fx_5fgpu_590', ['atomdata_init_copy_x_to_nbat_x_gpu', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a53aa5937052b8f5ce0af68e3565cd8bb', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]],
│ │ │ │ │ ['atomdensity_591', ['atomDensity', ['../structgmx_1_1GridDimensions.xhtml#a0ae1a87155a32c1a6f8f8ef77d2bb8d4', 1, 'gmx::GridDimensions']]],
│ │ │ │ │ ['atomdistribution_592', ['atomdistribution', ['../structAtomDistribution.xhtml', 1, 'AtomDistribution'],
│ │ │ │ │ ['../structAtomDistribution.xhtml#a3e78846a5179ea068294babefa37ca6b', 1, 'AtomDistribution::AtomDistribution()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['atomdistribution_2eh_593', ['atomdistribution.h', ['../atomdistribution_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['atomgroups_594', ['atomgroups', ['../structAtomDistribution_1_1DomainAtomGroups.xhtml#a338e43266916f1208029118ca3d5dc3d', 1, 'AtomDistribution::DomainAtomGroups::atomGroups'],
│ │ │ │ │ - ['../structAtomDistribution.xhtml#aa1dd38e0aa002a1f4a3327f96aa5aae2', 1, 'AtomDistribution::atomGroups']
│ │ │ │ │ + ['atomgroups_594', ['atomgroups', ['../structAtomDistribution.xhtml#aa1dd38e0aa002a1f4a3327f96aa5aae2', 1, 'AtomDistribution::atomGroups'],
│ │ │ │ │ + ['../structAtomDistribution_1_1DomainAtomGroups.xhtml#a338e43266916f1208029118ca3d5dc3d', 1, 'AtomDistribution::DomainAtomGroups::atomGroups']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['atomi_595', ['atomI', ['../structgmx_1_1PairDistValue.xhtml#a8482d232744791dc31a692003bd67d62', 1, 'gmx::PairDistValue']]],
│ │ │ │ │ ['atomicfetchadd_596', ['atomicFetchAdd', ['../sycl__kernel__utils_8h.xhtml#ab32ce116d944b1678fa1f97ade42d9f0', 1, 'sycl_kernel_utils.h']]],
│ │ │ │ │ ['atomicload_597', ['atomicLoad', ['../sycl__kernel__utils_8h.xhtml#a1045cf95c711aff53b808c7c979cc90b', 1, 'sycl_kernel_utils.h']]],
│ │ │ │ │ ['atomicnumber_598', ['atomicNumber', ['../structgmx_1_1AtomicStructureFactor.xhtml#a75ab5159ae8f73dcc1e7c0fd958a5eae', 1, 'gmx::AtomicStructureFactor']]],
│ │ │ │ │ ['atomicstructurefactor_599', ['AtomicStructureFactor', ['../structgmx_1_1AtomicStructureFactor.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['atomidx_600', ['atomIdx', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02virtualsites_8cpp_03_1_1VirtualSiteTest_1_1VirtualSite.xhtml#a66cfd5f218566bc8748eaf18b2a569d9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{virtualsites.cpp}::VirtualSiteTest::VirtualSite']]],
│ │ │ │ │ - ['atomindex_601', ['atomindex', ['../structgmx_1_1InterdependentTask.xhtml#a06faa691e7ecce89e8a2696eb774348a', 1, 'gmx::InterdependentTask::atomIndex'],
│ │ │ │ │ - ['../structMolecularTopologyAtomIndices.xhtml#a8c3458a3d2c257300d1b4ba2b346f52f', 1, 'MolecularTopologyAtomIndices::atomIndex'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1AtomIndex.xhtml', 1, 'gmx::AtomIndex']
│ │ │ │ │ + ['atomindex_601', ['atomindex', ['../structgmx_1_1AtomIndex.xhtml', 1, 'gmx::AtomIndex'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1InterdependentTask.xhtml#a06faa691e7ecce89e8a2696eb774348a', 1, 'gmx::InterdependentTask::atomIndex'],
│ │ │ │ │ + ['../structMolecularTopologyAtomIndices.xhtml#a8c3458a3d2c257300d1b4ba2b346f52f', 1, 'MolecularTopologyAtomIndices::atomIndex']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['atomindexend_602', ['atomIndexEnd', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#a7026620fb902263d25df55da519f55aa', 1, 'gmx::Grid']]],
│ │ │ │ │ ['atomindexextremes_603', ['AtomIndexExtremes', ['../structgmx_1_1AtomIndexExtremes.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['atomindexinmolecule_604', ['atomIndexInMolecule', ['../structAtomInMolblock.xhtml#a6af5c0bc1705b09415154d8c5c3124d5', 1, 'AtomInMolblock']]],
│ │ │ │ │ ['atomindexset_605', ['AtomIndexSet', ['../structAtomIndexSet.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['atomindices_606', ['atomindices', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#aa371653434aeec6b42f47188587d1f11', 1, 'gmx::NbnxmGpu::atomIndices'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GridSet.xhtml#a0114bc69b6192fbcf7288db255eca7c5', 1, 'gmx::GridSet::atomIndices()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#af799b0ed5353376b8dc2bb5978a05c27', 1, 'gmx::Selection::atomIndices()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#ae4124f9eafffda2144a6e9fd9cfa2374', 1, 'gmx::SelectionPosition::atomIndices()'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1GridSetData.xhtml#a4704d0c7134843f5da92764f606aca60', 1, 'gmx::GridSetData::atomIndices'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a44dda1a1c09e3bdcf2a584619339b9cd', 1, 'gmx::NbnxmGpu::atomIndices'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#af799b0ed5353376b8dc2bb5978a05c27', 1, 'gmx::Selection::atomIndices()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GridSet.xhtml#a0114bc69b6192fbcf7288db255eca7c5', 1, 'gmx::GridSet::atomIndices()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#ae4124f9eafffda2144a6e9fd9cfa2374', 1, 'gmx::SelectionPosition::atomIndices()'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aa1992b14265329250b7e14d817e7bb92a089d104a67ffd73d16005dffe94c1d6a', 1, 'gmx::AtomIndices']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['atomindicessize_607', ['atomIndicesSize', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#aa494ec4adf0517fb977b4c4d441f3a5d', 1, 'gmx::NbnxmGpu']]],
│ │ │ │ │ ['atomindicessize_5falloc_608', ['atomIndicesSize_alloc', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#aefc0567e8d1837c77669c922c102abea', 1, 'gmx::NbnxmGpu']]],
│ │ │ │ │ - ['atominfo_609', ['atominfo', ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml#abb7481765ad68b16ca6a83e462b85ac0', 1, 'gmx::test::TestSystem::atomInfo'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1AtomInfoWithinMoleculeBlock.xhtml#a515463fe81f8df4a3feff8a09b539574', 1, 'gmx::AtomInfoWithinMoleculeBlock::atomInfo']
│ │ │ │ │ + ['atominfo_609', ['atominfo', ['../structgmx_1_1AtomInfoWithinMoleculeBlock.xhtml#a515463fe81f8df4a3feff8a09b539574', 1, 'gmx::AtomInfoWithinMoleculeBlock::atomInfo'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml#abb7481765ad68b16ca6a83e462b85ac0', 1, 'gmx::test::TestSystem::atomInfo']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['atominfo_2eh_610', ['atominfo.h', ['../atominfo_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['atominfoallvdw_611', ['atomInfoAllVdw', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#aaaf72720a26151bec939e3c04a46270d', 1, 'gmx::BenchmarkSystem']]],
│ │ │ │ │ ['atominfooxygenvdw_612', ['atomInfoOxygenVdw', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a6289ac83c686d1b2a69db47ade349c5a', 1, 'gmx::BenchmarkSystem']]],
│ │ │ │ │ ['atominfowithinmoleculeblock_613', ['AtomInfoWithinMoleculeBlock', ['../structgmx_1_1AtomInfoWithinMoleculeBlock.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['atominmolblock_614', ['AtomInMolblock', ['../structAtomInMolblock.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['atominmolblockfromglobalatomnr_615', ['atomInMolblockFromGlobalAtomnr', ['../localtopology_8cpp.xhtml#a1f902c679cbc7b7d2a72c24b0ad5c6c8', 1, 'localtopology.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['atomisperturbed_616', ['atomIsPerturbed', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#ad7936de5e5fe35a7a98def5f00ab062f', 1, 'gmx::Grid']]],
│ │ │ │ │ - ['atomiterator_617', ['atomiterator', ['../classAtomIterator.xhtml', 1, 'AtomIterator'],
│ │ │ │ │ - ['../classAtomIterator.xhtml#a7d1083a911d0da57dd871933e9d370ee', 1, 'AtomIterator::AtomIterator()']
│ │ │ │ │ + ['atomiterator_617', ['atomiterator', ['../classAtomIterator.xhtml#a7d1083a911d0da57dd871933e9d370ee', 1, 'AtomIterator::AtomIterator()'],
│ │ │ │ │ + ['../classAtomIterator.xhtml', 1, 'AtomIterator']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['atomj_618', ['atomJ', ['../structgmx_1_1PairDistValue.xhtml#afbe84cd5655490f6ed35254c0ca0ed80', 1, 'gmx::PairDistValue']]],
│ │ │ │ │ ['atomlinkrule_619', ['AtomLinkRule', ['../reversetopology_8h.xhtml#a967d347b322a694e357095f81ceb48ef', 1, 'reversetopology.h']]],
│ │ │ │ │ ['atomlocality_620', ['AtomLocality', ['../namespacegmx.xhtml#a8593d10460a38e0d418692d63f962521', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['atommassfromatomtype_621', ['atomMassFromAtomType', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#a55f8057264e507415ece959c49fb6457', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]],
│ │ │ │ │ - ['atomname_622', ['atomname', ['../structPreprocessResidue.xhtml#aab90aef93c6f3a87568b177a84551fe9', 1, 'PreprocessResidue::atomname'],
│ │ │ │ │ - ['../classPdbAtomEntry.xhtml#af47d4c9050f6064da68e8a4a4c72c2ee', 1, 'PdbAtomEntry::atomName()'],
│ │ │ │ │ + ['atomname_622', ['atomname', ['../structBaseEntry.xhtml#abb7a3d380a46110cf70fe228d83a2945', 1, 'BaseEntry::atomName'],
│ │ │ │ │ ['../classAtomProxy.xhtml#aa3c0142ad5d7584c7d1132ee9edf4099', 1, 'AtomProxy::atomName()'],
│ │ │ │ │ - ['../structBaseEntry.xhtml#abb7a3d380a46110cf70fe228d83a2945', 1, 'BaseEntry::atomName']
│ │ │ │ │ + ['../classPdbAtomEntry.xhtml#af47d4c9050f6064da68e8a4a4c72c2ee', 1, 'PdbAtomEntry::atomName()'],
│ │ │ │ │ + ['../structPreprocessResidue.xhtml#aab90aef93c6f3a87568b177a84551fe9', 1, 'PreprocessResidue::atomname']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['atomnamefromatomtype_623', ['atomNameFromAtomType', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#a98984eb2cdca7be34c5dc5ee2706b129', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]],
│ │ │ │ │ ['atomnamefrombondatomtype_624', ['atomNameFromBondAtomType', ['../classPreprocessingBondAtomType.xhtml#a4821c3a23a8bd54d7a54422feb315a1d', 1, 'PreprocessingBondAtomType']]],
│ │ │ │ │ ['atomnonbondedparamfromatomtype_625', ['atomNonBondedParamFromAtomType', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#aca7cd139fd9bcba6492bd62ef7451d0d', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]],
│ │ │ │ │ ['atomnumber_626', ['atomnumber', ['../classSimulationParticle.xhtml#ace1d77b12f6bb87a989625a49d949676', 1, 'SimulationParticle::atomnumber()'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1ExclusionBlock.xhtml#addf7774c1ffe38713048028cb3796082', 1, 'gmx::ExclusionBlock::atomNumber']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['atomnumberfromatomtype_627', ['atomNumberFromAtomType', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#ac293048742cb9444772266de8e558a4d', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]],
│ │ │ │ │ ['atomnumberfromelement_628', ['atomNumberFromElement', ['../classAtomProperties.xhtml#a076037cf4e1ac19d1dbab8bd405895e1', 1, 'AtomProperties']]],
│ │ │ │ │ ['atomnumberinmol_629', ['atomNumberInMol', ['../classAtomProxy.xhtml#abaf90133ea6d64b59a9549765d8362ea', 1, 'AtomProxy']]],
│ │ │ │ │ ['atomnumbers_630', ['atomNumbers', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#ad2a2f0d2148996c5af7fca867752c898', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor']]],
│ │ │ │ │ ['atomnumbers_5f_631', ['atomNumbers_', ['../structgmx_1_1QMMMParameters.xhtml#abddd266e05bdf80ce369ff8c0b8c7fb7', 1, 'gmx::QMMMParameters']]],
│ │ │ │ │ - ['atompair_632', ['atompair', ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1AtomPair.xhtml#a89c262d8eaebc89514e1899a7689b3a6', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::AtomPair::AtomPair()'],
│ │ │ │ │ - ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1AtomPair.xhtml', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::AtomPair'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1AtomPair.xhtml', 1, 'gmx::AtomPair']
│ │ │ │ │ + ['atompair_632', ['atompair', ['../structgmx_1_1AtomPair.xhtml', 1, 'gmx::AtomPair'],
│ │ │ │ │ + ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1AtomPair.xhtml#a89c262d8eaebc89514e1899a7689b3a6', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::AtomPair::AtomPair()'],
│ │ │ │ │ + ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1AtomPair.xhtml', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::AtomPair']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['atomparticletypefromatomtype_633', ['atomParticleTypeFromAtomType', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#afc92961583d62873cf2425c8358ae058', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]],
│ │ │ │ │ ['atomproperties_634', ['atomproperties', ['../classAtomProperties.xhtml', 1, 'AtomProperties'],
│ │ │ │ │ ['../classAtomProperties.xhtml#ad64303952465a4f57d45d3e21492bf2a', 1, 'AtomProperties::AtomProperties()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['atomproperty_635', ['AtomProperty', ['../structAtomProperty.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['atomproxy_636', ['atomproxy', ['../classAtomProxy.xhtml#a0111c6a6587121c282a7d25084c3f6d7', 1, 'AtomProxy::AtomProxy()'],
│ │ │ │ │ - ['../classAtomProxy.xhtml', 1, 'AtomProxy']
│ │ │ │ │ + ['atomproxy_636', ['atomproxy', ['../classAtomProxy.xhtml', 1, 'AtomProxy'],
│ │ │ │ │ + ['../classAtomProxy.xhtml#a0111c6a6587121c282a7d25084c3f6d7', 1, 'AtomProxy::AtomProxy()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['atomrange_637', ['atomrange', ['../classgmx_1_1DomainCommForward.xhtml#a705d085a92df7a62f9ac228e28bb8f43', 1, 'gmx::DomainCommForward::atomRange()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DomdecZones.xhtml#a69a162ff7d8cb2f72e6c44b005ab7580', 1, 'gmx::DomdecZones::atomRange()'],
│ │ │ │ │ ['../classAtomRange.xhtml#ae32ca9f8a73424bb69be2089c87e71f8', 1, 'AtomRange::AtomRange()'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1PpCommManager.xhtml#ac1663dc738d4cccc43cef6604118894f', 1, 'gmx::PpCommManager::atomRange'],
│ │ │ │ │ ['../classAtomRange.xhtml', 1, 'AtomRange']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['atoms_638', ['atoms', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#ad3e28873f1ac35bce5ef018bb41e4266', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::atoms'],
│ │ │ │ │ + ['atoms_638', ['atoms', ['../structgmx__moltype__t.xhtml#af760b3a13193bf60232fae7b1b97281c', 1, 'gmx_moltype_t::atoms'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TopologyInformation.xhtml#a2b692eec7c082de3720fa9db81d5a904', 1, 'gmx::TopologyInformation::atoms()'],
│ │ │ │ │ ['../classInteractionOfType.xhtml#aeefd6a9f6a417922b22da2a2eb832214', 1, 'InteractionOfType::atoms() const'],
│ │ │ │ │ ['../classInteractionOfType.xhtml#aee64fc0c531cf2927e6ecea7589fb1fc', 1, 'InteractionOfType::atoms()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx__moltype__t.xhtml#af760b3a13193bf60232fae7b1b97281c', 1, 'gmx_moltype_t::atoms'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a03429867af6d9915bfeb40b4efb74564', 1, 'gmx::Lincs::atoms'],
│ │ │ │ │ ['../structMoleculeInformation.xhtml#ab7e1213db185145af368daafdd5b6e41', 1, 'MoleculeInformation::atoms'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#ad3e28873f1ac35bce5ef018bb41e4266', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::atoms'],
│ │ │ │ │ ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#a8371b686607add45cf897b7d0abb6ccd', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase::atoms'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml#ac8291af3501052b5e375abd0f34f15ce', 1, 'gmx::OutputRequirements::atoms']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['atoms_2ecpp_639', ['atoms.cpp', ['../tests_2atoms_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['atoms_5f_640', ['atoms_', ['../structgmx_1_1NNPotParameters.xhtml#a8b38cb7b9d9cf4f48b08585bba45a76c', 1, 'gmx::NNPotParameters']]],
│ │ │ │ │ ['atoms_5fto_5fconstraints_641', ['atoms_to_constraints', ['../domdec__constraints_8cpp.xhtml#a891804a827cbded2fbf727ea2cba8279', 1, 'domdec_constraints.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['atoms_5fto_5fsettles_642', ['atoms_to_settles', ['../domdec__constraints_8cpp.xhtml#afe9f0ac7cf0967b945a83a6c4cd570f6', 1, 'domdec_constraints.cpp']]],
│ │ │ │ │ @@ -1118,33 +1118,33 @@
│ │ │ │ │ ['atomsetdata_5f_649', ['atomSetData_', ['../classgmx_1_1LocalAtomSetManager_1_1Impl.xhtml#a389aedb2b2399ba0655636c290a5be4f', 1, 'gmx::LocalAtomSetManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['atomsinbox_650', ['AtomsInBox', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a969ce89895bcf331f6781d44516d0214', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['atomtoatomintodomaintodomaincutoff_651', ['atomToAtomIntoDomainToDomainCutoff', ['../domdec_2utility_8h.xhtml#a348cc51cf67fa4a05a780abdf4643c69', 1, 'utility.h']]],
│ │ │ │ │ ['atomtocluster_652', ['atomToCluster', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#af929b7ef61bcccf98afd76ec43232f92', 1, 'gmx::Grid']]],
│ │ │ │ │ ['atomtointeractionlocality_653', ['atomToInteractionLocality', ['../namespacegmx.xhtml#a91652a54a4d24b77f5af5bf91893acb8', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['atomtype_654', ['atomtype', ['../structVirtualSiteConfiguration.xhtml#abebc8e3159b10365fb9128d7ea9f336f', 1, 'VirtualSiteConfiguration']]],
│ │ │ │ │ ['atomtypefromname_655', ['atomTypeFromName', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#a090d8271a1507ac7d51d0c81dfbf9d0e', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]],
│ │ │ │ │ - ['atomtypes_656', ['atomtypes', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a41fe865d22956545b9d2b3ba73c18e66', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::atomTypes'],
│ │ │ │ │ + ['atomtypes_656', ['atomtypes', ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml#aa9482c598b42db4acfab5908c20c42b9', 1, 'gmx::test::TestSystem::atomTypes'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NBAtomDataGpu.xhtml#a576a787d23e52da39489927a9f69523a', 1, 'gmx::NBAtomDataGpu::atomTypes'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml#aa9482c598b42db4acfab5908c20c42b9', 1, 'gmx::test::TestSystem::atomTypes']
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a41fe865d22956545b9d2b3ba73c18e66', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::atomTypes']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['author_657', ['author', ['../classgmx_1_1H5md.xhtml#a442132f595286cb8095261dace23a32c', 1, 'gmx::H5md']]],
│ │ │ │ │ ['auto_658', ['auto', ['../namespacegmx.xhtml#afd6f3326407d61e4364f4bfeeebe5f03a06b9281e396db002010bde1de57262eb', 1, 'gmx::Auto'],
│ │ │ │ │ ['../md__enums_8h.xhtml#a97f75ea42eaef8b5f42e1ebc8143677da06b9281e396db002010bde1de57262eb', 1, 'Auto: md_enums.h']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['autocorr_2ecpp_659', ['autocorr.cpp', ['../tests_2autocorr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../autocorr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['autocorr_2ecpp_659', ['autocorr.cpp', ['../autocorr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2autocorr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['autocorr_2eh_660', ['autocorr.h', ['../autocorr_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['automated_20checking_661', ['Automated checking', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md69', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['available_662', ['available', ['../txtdump_8h.xhtml#ae238112c35f9365dea81fcc6a93d85ad', 1, 'txtdump.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['aver_663', ['aver', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#a761fb336b9511567f04023c5dd340219', 1, 't_UmbrellaWindow']]],
│ │ │ │ │ - ['average_664', ['average', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#ae261c5a75fa1c55507798631058dd98aab1897515d548a960afe49ecf66a29021', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::Average'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#a12396e50589a3601c7ebcf0a44ab303c', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::average()'],
│ │ │ │ │ + ['average_664', ['average', ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#a12396e50589a3601c7ebcf0a44ab303c', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::average()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#a731796b828190c1936023f4fd9012f97', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::average()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a1621a026474b2a73a50576d9fd0302cb', 1, 'gmx::EnergyTerm::average()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#a731796b828190c1936023f4fd9012f97', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::average()']
│ │ │ │ │ + ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#ae261c5a75fa1c55507798631058dd98aab1897515d548a960afe49ecf66a29021', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::Average']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['average_2ecpp_665', ['average.cpp', ['../tests_2average_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../modules_2average_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['average_2eh_666', ['average.h', ['../average_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['average_5facf_667', ['average_acf', ['../autocorr_8cpp.xhtml#ac53da98a385ba51e429626625bdd07f0', 1, 'autocorr.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['averagehistogrampointer_668', ['AverageHistogramPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a06c190fcdacd0ca64e4e9026213483cb', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ @@ -1154,17 +1154,17 @@
│ │ │ │ │ ['averagemsds_672', ['averageMsds', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdData.xhtml#a55d0f0d4969af71c090439e0e7b2c32a', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdData']]],
│ │ │ │ │ ['averager_673', ['averager', ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a2b0e98a3d198fbb4786bb9dc900322d0', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::averager()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a986b16ec1c9d07cadaf841c9e673aa77', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::averager()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['averager_5f_674', ['averager_', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml#a2482629fa76a781025784fab2d03f7f8', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl']]],
│ │ │ │ │ ['averagesigma_675', ['averageSigma', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a89d78dd46e28736d8345d4b81f7d2169', 1, 'gmx_wham.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['awh_676', ['awh', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md0', 1, 'Accelerating sampling with AWH'],
│ │ │ │ │ - ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a0d9fdb0da3e9c99ad58a3e02bcd01fbca023bb350e48d08ed5220beb0575b1e35', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}::Awh'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81a023bb350e48d08ed5220beb0575b1e35', 1, 'gmx::Awh'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#a7bb33226c0d260d387d3d612f7f39835', 1, 'gmx::Awh::Awh()'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81a023bb350e48d08ed5220beb0575b1e35', 1, 'gmx::Awh'],
│ │ │ │ │ + ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a0d9fdb0da3e9c99ad58a3e02bcd01fbca023bb350e48d08ed5220beb0575b1e35', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}::Awh'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Awh.xhtml', 1, 'gmx::Awh'],
│ │ │ │ │ ['../page_awh.xhtml', 1, 'The accelerated weight histogram method (AWH)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['awh_20in_20mdrun_677', ['Use of AWH in mdrun', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md2', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['awh_20method_678', ['Accelerated weight histogram (AWH) method', ['../group__module__awh.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['awh_20module_679', ['Design of the AWH module', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md1', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['awh_2ecpp_680', ['awh.cpp', ['../awh_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -1173,38 +1173,38 @@
│ │ │ │ │ ['awh_5fdvec_683', ['awh_dvec', ['../namespacegmx.xhtml#a079fa4aee8e4c6663f35aa1d0f4bac4b', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['awh_5fhistory_2ecpp_684', ['awh_history.cpp', ['../awh__history_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['awh_5fhistory_2eh_685', ['awh_history.h', ['../awh__history_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['awh_5fivec_686', ['awh_ivec', ['../namespacegmx.xhtml#a74baae008f9132c5e0daf2a02b122b3b', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['awh_5fparams_2eh_687', ['awh_params.h', ['../awh__params_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['awhbiasing_688', ['AwhBiasing', ['../namespacegmx.xhtml#a73202d646d57bcc963d8afd5a16015f0a447fab9cec8aab189be326d1cc099a3c', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['awhbiasparams_689', ['awhbiasparams', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a8adde8f75f6475ecef5e857cdbce4c51', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#aabd2a266526d16dde0fdf0af95e79674', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams(size_t idx) const'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6bb33930ef2abaadc9032a928fc5768e', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams(size_t idx)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#af63363b376c94238200328f6168bc055', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams() const'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6bb33930ef2abaadc9032a928fc5768e', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams(size_t idx)']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#aabd2a266526d16dde0fdf0af95e79674', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams(size_t idx) const']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['awhbiasparamserialized_690', ['awhBiasParamSerialized', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a998486e08e0b0fe4acafbd73f9fdf7cb', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['awhcoordinateprovidertype_691', ['AwhCoordinateProviderType', ['../namespacegmx.xhtml#aeb14e0effdd405359c83ae16aeeb793c', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['awhdimparamserialized_692', ['awhDimParamSerialized', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a4d5bf1039f14c127b02ba30266da9f58', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['awhenergyblock_693', ['awhenergyblock', ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml#a6bbd97f1811e916158787bbac63826c8', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock::AwhEnergyBlock()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['awhgraphselection_694', ['AwhGraphSelection', ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a600536d6baf212ecc56d278f2a0e3e59', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['awhhasfeplambdadimension_695', ['awhHasFepLambdaDimension', ['../namespacegmx.xhtml#a30a906d1af5b69038a334aaf38d931a9', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['awhhistogramgrowthtype_696', ['AwhHistogramGrowthType', ['../namespacegmx.xhtml#a235a1399a9c27bee96a294c9ff97b681', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['awhhistory_697', ['awhHistory', ['../classt__state.xhtml#a842d4b9027024c85320833630ad51b85', 1, 't_state']]],
│ │ │ │ │ ['awhoutputentrytype_698', ['AwhOutputEntryType', ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['awhoutputfile_699', ['awhOutputFile', ['../structBiasOutputSetup.xhtml#a3fad3430c709ac7372b824bc4754ed39', 1, 'BiasOutputSetup']]],
│ │ │ │ │ ['awhoutputmetadata_700', ['AwhOutputMetaData', ['../namespacegmx.xhtml#aa78c6481d10a93316c155ffdf021e581', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['awhparams_701', ['awhparams', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6fd2aa8c74f224fb6e53397b58bc15fe', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(const AwhParams &)=delete'],
│ │ │ │ │ + ['awhparams_701', ['awhparams', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml', 1, 'gmx::AwhParams'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6fd2aa8c74f224fb6e53397b58bc15fe', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(const AwhParams &)=delete'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a519e977b6c6670668924cfd6327a9af8', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(std::vector< t_inpfile > *inp, WarningHandler *wi)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#aafd50ea61bd26591921b1985de149ceb', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(AwhParams &&)=default'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a09e550d9c6945d3c75d8d29340484007', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(ISerializer *serializer, bool tprWithoutGrowthFactor, bool tprWithoutTargetMetricScaling)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a519e977b6c6670668924cfd6327a9af8', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(std::vector< t_inpfile > *inp, WarningHandler *wi)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#aa3c6b8ff3fd739d5d978ca12aaaebeef', 1, 'gmx::test::BiasTest::awhParams()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a03dd18f5fd05b9db8c42c45bdc46a959', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::awhParams'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml', 1, 'gmx::AwhParams']
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a03dd18f5fd05b9db8c42c45bdc46a959', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::awhParams']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['awhparamserialized_702', ['awhParamSerialized', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#af078039984b97ba0b128d3aba3e70d14', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['awhpotentialtype_703', ['AwhPotentialType', ['../namespacegmx.xhtml#afa8b60e32b5a7392796aee7679bc10f3', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['awhreader_704', ['awhreader', ['../classAwhReader.xhtml#ae1df0ae333e0241b166ac5a09229d2b1', 1, 'AwhReader::AwhReader()'],
│ │ │ │ │ ['../classAwhReader.xhtml', 1, 'AwhReader']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['awhtargettype_705', ['AwhTargetType', ['../namespacegmx.xhtml#a36747ae7b7009cef0a2227911862c3c9', 1, 'gmx']]],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_5.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -62,28 +62,28 @@
│ │ │ │ │ ['../structBaseEntry.xhtml#a2401e50e491660cddeb73b3a72a94e69', 1, 'BaseEntry::BaseEntry()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['baseid_26', ['baseid', ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#ae07c26738181ffe6a413e57ed6e5bd64', 1, 'gmx_ana_poscalc_t']]],
│ │ │ │ │ ['baselatency_27', ['baseLatency', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Numa.xhtml#ae5953a3434aa195be6ec0af0c98461d0', 1, 'gmx::HardwareTopology::Numa']]],
│ │ │ │ │ ['basenetwork_2eh_28', ['basenetwork.h', ['../basenetwork_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['baseversion_2eh_29', ['baseversion.h', ['../baseversion_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['baseversion_5fgen_2eh_30', ['baseversion_gen.h', ['../baseversion__gen_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['basic_31', ['basic', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8a972e73b7a882d0802a4e3a16946a2f94', 1, 'gmx::HardwareTopology::Basic'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7a972e73b7a882d0802a4e3a16946a2f94', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl::Basic']
│ │ │ │ │ + ['basic_31', ['basic', ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7a972e73b7a882d0802a4e3a16946a2f94', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl::Basic'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8a972e73b7a882d0802a4e3a16946a2f94', 1, 'gmx::HardwareTopology::Basic']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['basic_5fmdspan_32', ['basic_mdspan', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a96da2575cb94ba65feb904f78a2bb5eb', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const U &other)'],
│ │ │ │ │ + ['basic_5fmdspan_32', ['basic_mdspan', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a1af35e8aadb8ddbe4a239879e3db6238', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const basic_mdspan< OtherElementType, OtherExtents, OtherLayoutPolicy, OtherAccessor > &rhs) noexcept'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a96da2575cb94ba65feb904f78a2bb5eb', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const U &other)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#aaff0fad86e9316fd92ad9ed713522e62', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(U &&other)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a869a9eefe1ee5fdbe009f0970533b6c4', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const mapping_type &m, const accessor_type &a) noexcept'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#ad98e5109d35223338f274e3bdd850622', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const mapping_type &m) noexcept'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx::basic_mdspan< ElementType, Extents, LayoutPolicy, AccessorPolicy >'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a7c22975cf4760a9f66be3e20d83e1e39', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const std::array< ptrdiff_t, extents_type::rank_dynamic()> &dynamic_extents)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#af91e1c5db6aa3eb085defcaf777c6fd3', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, IndexType... DynamicExtents) noexcept'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a1af35e8aadb8ddbe4a239879e3db6238', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const basic_mdspan< OtherElementType, OtherExtents, OtherLayoutPolicy, OtherAccessor > &rhs) noexcept'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a869a9eefe1ee5fdbe009f0970533b6c4', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const mapping_type &m, const accessor_type &a) noexcept'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#aaff0fad86e9316fd92ad9ed713522e62', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(U &&other)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx::basic_mdspan< ElementType, Extents, LayoutPolicy, AccessorPolicy >'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a3fb425dfe9f5d47d8575a3a5ffe15356', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const basic_mdspan &other) noexcept=default'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a023bf1df41290714a1eb67ee9a952ef0', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan() noexcept'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#aee5fbcbcd53cd39660f4a224aa28055b', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(basic_mdspan &&other) noexcept=default'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a023bf1df41290714a1eb67ee9a952ef0', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan() noexcept']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a3fb425dfe9f5d47d8575a3a5ffe15356', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const basic_mdspan &other) noexcept=default']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20dynamic_5fextents_5ftype_2c_20layout_5fright_20_3e_33', ['basic_mdspan< value_type, dynamic_extents_type, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20extents_2c_20layout_5fright_20_3e_34', ['basic_mdspan< value_type, Extents, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20gmx_3a_3aextents_2c_20layout_5fright_20_3e_35', ['basic_mdspan< value_type, gmx::extents, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20gmx_3a_3aextents_3c_204_2c_203_20_3e_2c_20layout_5fright_20_3e_36', ['basic_mdspan< value_type, gmx::extents< 4, 3 >, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20gmx_3a_3aextents_3c_20dynamic_5fextent_2c_20dynamic_5fextent_20_3e_2c_20layout_5fright_20_3e_37', ['basic_mdspan< value_type, gmx::extents< dynamic_extent, dynamic_extent >, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20static_5fextents_5ftype_2c_20layout_5fright_20_3e_38', ['basic_mdspan< value_type, static_extents_type, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ @@ -128,42 +128,42 @@
│ │ │ │ │ ['bcycl_67', ['bCycl', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a1f8b14c587e7cce219441aac02aa5f66', 1, 'UmbrellaOptions']]],
│ │ │ │ │ ['bdataproperty_5f_68', ['bDataProperty_', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#a12b9fab82a72fdb6d521944c6fab4eab', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['bdebugmode_69', ['bDebugMode', ['../fatalerror_8h.xhtml#aeceaa87707ac5c2c96e224de90dd481c', 1, 'fatalerror.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['bdiscrete_70', ['bDiscrete', ['../structt__matrix.xhtml#a6ca5a8d5f5d4be235502f83ffac2586c', 1, 't_matrix']]],
│ │ │ │ │ ['bdotime_71', ['bDoTime', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a3d617d678246cce64ceda64d6358cc0c', 1, 'gmx::NbnxmGpu']]],
│ │ │ │ │ ['bdynamicbox_72', ['bDynamicBox', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#afaf048710cbf2887f36a734d8707078f', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]],
│ │ │ │ │ ['becool_73', ['beCool', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02coolstuff_8cpp_03.xhtml#a67229d8062fb466b5be7cb8bed125f1a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{coolstuff.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['begin_74', ['begin', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a8c6171058dd1a26721f4af8df12b7a10', 1, 'gmx::EnergyFrame::begin()'],
│ │ │ │ │ + ['begin_74', ['begin', ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a52348f625a07e17a873cf943882510f9', 1, 'gmx::ArrayRef::begin()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a4b930e14cacc91c16a0c6e59fb48ea58', 1, 'gmx::EnergyTerm::begin()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IntegerBox.xhtml#a4bdda1928d7845c8e5c5c3ef2918a466', 1, 'gmx::IntegerBox::begin()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#ab4801001dba830e69c9984d97e9c4932', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::begin()'],
│ │ │ │ │ + ['../classAtomRange.xhtml#afc17642be8cc592f6f47fdd9d86aa408', 1, 'AtomRange::begin()'],
│ │ │ │ │ + ['../classIListRange.xhtml#a7526befe10a07f17dbc35e704d01aeea', 1, 'IListRange::begin()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a8c6171058dd1a26721f4af8df12b7a10', 1, 'gmx::EnergyFrame::begin()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a93f0ea6236ab2cc8e924025646f8d87b', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin() const noexcept'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a453e4185086abe32f76359d79e5df439', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin() noexcept'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnumerationWrapper.xhtml#abf496f9dcaab55be1b9cbe93f05312d9', 1, 'gmx::EnumerationWrapper::begin()'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a4a2f5be2695dfa8cbac551742c15d771', 1, 'gmx::EnumerationArray::begin()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Range.xhtml#a242b3517477cdd07a73a702f360f5b46', 1, 'gmx::Range::begin()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a52348f625a07e17a873cf943882510f9', 1, 'gmx::ArrayRef::begin()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnumerationWrapper.xhtml#abf496f9dcaab55be1b9cbe93f05312d9', 1, 'gmx::EnumerationWrapper::begin()'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aaf0716c8ca857b1a8877fc94463b5850', 1, 'gmx::begin(const MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a636719700df07fe8736fa19bb12c29dd', 1, 'gmx::begin(MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a9fd99e24e163158545296b3f791b0ee8', 1, 'gmx::begin(const BasicMdspan &basicMdspan)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a4b930e14cacc91c16a0c6e59fb48ea58', 1, 'gmx::EnergyTerm::begin()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a453e4185086abe32f76359d79e5df439', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin() noexcept'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a93f0ea6236ab2cc8e924025646f8d87b', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin() const noexcept'],
│ │ │ │ │ - ['../classIListRange.xhtml#a7526befe10a07f17dbc35e704d01aeea', 1, 'IListRange::begin()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IntegerBox.xhtml#a4bdda1928d7845c8e5c5c3ef2918a466', 1, 'gmx::IntegerBox::begin()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#ab4801001dba830e69c9984d97e9c4932', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::begin()'],
│ │ │ │ │ - ['../classAtomRange.xhtml#afc17642be8cc592f6f47fdd9d86aa408', 1, 'AtomRange::begin()']
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a9fd99e24e163158545296b3f791b0ee8', 1, 'gmx::begin(const BasicMdspan &basicMdspan)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['begin_5faction_75', ['BEGIN_ACTION', ['../parser__internal_8h.xhtml#adc0616ed62829750149da924ee4176a9', 1, 'parser_internal.h']]],
│ │ │ │ │ ['beginiterator_76', ['beginIterator', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml#a6301d2be458f368de68f404d9dff17f7', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable']]],
│ │ │ │ │ ['behaviorcollection_2ecpp_77', ['behaviorcollection.cpp', ['../behaviorcollection_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['behaviorcollection_2eh_78', ['behaviorcollection.h', ['../behaviorcollection_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['bench_79', ['bench', ['../namespacegmx.xhtml#a7b53184fadd094f5c7ac05ba75d70cef', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['bench_5fcoords_2eh_80', ['bench_coords.h', ['../bench__coords_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['bench_5fsetup_2ecpp_81', ['bench_setup.cpp', ['../bench__setup_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['bench_5fsetup_2eh_82', ['bench_setup.h', ['../bench__setup_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['bench_5fsystem_2ecpp_83', ['bench_system.cpp', ['../bench__system_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['bench_5fsystem_2eh_84', ['bench_system.h', ['../bench__system_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['benchmarksystem_85', ['benchmarksystem', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a75dfe958cd7d70bdb5e90f2ec642a77b', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::BenchmarkSystem()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml', 1, 'gmx::BenchmarkSystem']
│ │ │ │ │ + ['benchmarksystem_85', ['benchmarksystem', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml', 1, 'gmx::BenchmarkSystem'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a75dfe958cd7d70bdb5e90f2ec642a77b', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::BenchmarkSystem()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['bend_86', ['Bend', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0cadcef3e264a0eecc2a9eadd4478c67a1f', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['bequil_87', ['bEquil', ['../structdf__history__t.xhtml#a2800c69caa7fcce2c14cb537c4909bc3', 1, 'df_history_t']]],
│ │ │ │ │ ['berendsentemperaturecoupling_88', ['BerendsenTemperatureCoupling', ['../classgmx_1_1BerendsenTemperatureCoupling.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['bestvertex_89', ['bestVertex', ['../classgmx_1_1NelderMeadSimplex.xhtml#a766a1b22213cf4e5a7a10ee4130afd6f', 1, 'gmx::NelderMeadSimplex']]],
│ │ │ │ │ ['beta_90', ['beta', ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a3f4c1a9b2610aa00392d66d2c4b183ea', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::beta'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1DimParams_1_1FepDimParams.xhtml#ad3aa1edaec7f13643c5038ccc2a01a78', 1, 'gmx::DimParams::FepDimParams::beta']
│ │ │ │ │ @@ -182,44 +182,44 @@
│ │ │ │ │ ['bgeneratehh14interactions_102', ['bGenerateHH14Interactions', ['../structPreprocessResidue.xhtml#a7ef40e3704969bcd360c3d5d94ee264b', 1, 'PreprocessResidue']]],
│ │ │ │ │ ['bgroups_103', ['bGroups', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a5bf6b14ef14775f440cd6a150acf22b0', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]],
│ │ │ │ │ ['bharmonic_104', ['bHarmonic', ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__edflood.xhtml#ad3c168d4052e3bc5a77dea8ff3a877fe', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_edflood']]],
│ │ │ │ │ ['bhelix_105', ['bHelix', ['../structt__bb.xhtml#a48c50f40d59ad266202feb100567d843', 1, 't_bb']]],
│ │ │ │ │ ['bhidden_5f_106', ['bHidden_', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext_1_1Impl.xhtml#a1a012091fc0390f509fcc3c55bd97092', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['bhistonly_107', ['bHistOnly', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#acdf67a7adadf17543b0433c028aa387a', 1, 'UmbrellaOptions']]],
│ │ │ │ │ ['bhost_5funused_108', ['bhost_UNUSED', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#aef8c2b80e340df183cde5c1946fc64e5', 1, 'CheckpointHeaderContents']]],
│ │ │ │ │ - ['bias_109', ['bias', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a051fc887a154fd8e8429f772006ff597', 1, 'gmx::PointState::bias()'],
│ │ │ │ │ + ['bias_109', ['bias', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#a6ea05d388c5983d92b1e4f9216ec3c07', 1, 'gmx::Bias::Bias()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Bias.xhtml', 1, 'gmx::Bias'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344a4ad6b9e6418fd2d739906bd47e887ae3', 1, 'gmx::Bias'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#a6ea05d388c5983d92b1e4f9216ec3c07', 1, 'gmx::Bias::Bias()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Bias.xhtml', 1, 'gmx::Bias']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a051fc887a154fd8e8429f772006ff597', 1, 'gmx::PointState::bias()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['bias_2ecpp_110', ['bias.cpp', ['../bias_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['bias_2eh_111', ['bias.h', ['../bias_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['bias_5f_112', ['bias_', ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml#a915eb82b66d861dd5377036383b654f0', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem::bias_'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#af4806c866b09dce06db386eb0dcea407', 1, 'gmx::test::BiasTest::bias_'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1BiasFepLambdaStateTest.xhtml#ae7e39eda7a77d998b80c658f65fb9074', 1, 'gmx::test::BiasFepLambdaStateTest::bias_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['biascorrectedaverage_113', ['biasCorrectedAverage', ['../classgmx_1_1ExponentialMovingAverage.xhtml#a83f79db8f50129497cc5349b972ecabb', 1, 'gmx::ExponentialMovingAverage']]],
│ │ │ │ │ - ['biascoupledtosystem_114', ['biascoupledtosystem', ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml#a0d55bb29484a8c71778a4bf70a3ddfd0', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem::BiasCoupledToSystem()']
│ │ │ │ │ + ['biascoupledtosystem_114', ['biascoupledtosystem', ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml#a0d55bb29484a8c71778a4bf70a3ddfd0', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem::BiasCoupledToSystem()'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['biasedlogweightfrompoint_115', ['biasedLogWeightFromPoint', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02biasstate_8cpp_03.xhtml#a154728ee54b770144eeaee8650142f3f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{biasstate.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['biasesarecompatibleforsharingbetweensimulations_116', ['biasesAreCompatibleForSharingBetweenSimulations', ['../namespacegmx.xhtml#a161ff1b8f4e89a7136264bf0130c8627', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['biasfeplambdastatetest_117', ['BiasFepLambdaStateTest', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasFepLambdaStateTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['biasgrid_118', ['biasgrid', ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml', 1, 'gmx::BiasGrid'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml#a79cd36dafbb90c36bf2d88dd5c8d8171', 1, 'gmx::BiasGrid::BiasGrid()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['biasgrid_2ecpp_119', ['biasgrid.cpp', ['../biasgrid_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['biasgrid_2eh_120', ['biasgrid.h', ['../biasgrid_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['biasindex_121', ['biasIndex', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aaa9ddb42d042542e30e4374487dd3198', 1, 'gmx::Bias']]],
│ │ │ │ │ ['biasindex_5f_122', ['biasIndex_', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a4713cfcee75b921b834d234b3e775304', 1, 'gmx::BiasParams']]],
│ │ │ │ │ ['biasoutputsetup_123', ['biasoutputsetup', ['../structBiasOutputSetup.xhtml#a510f3876df7545def34fa6c6a1fe9856', 1, 'BiasOutputSetup::BiasOutputSetup()'],
│ │ │ │ │ ['../structBiasOutputSetup.xhtml', 1, 'BiasOutputSetup']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['biasparams_124', ['biasparams', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a34258b327dcbfe7690e74b992b938aae', 1, 'gmx::BiasParams::BiasParams()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml', 1, 'gmx::BiasParams']
│ │ │ │ │ + ['biasparams_124', ['biasparams', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml', 1, 'gmx::BiasParams'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a34258b327dcbfe7690e74b992b938aae', 1, 'gmx::BiasParams::BiasParams()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['biasparams_2ecpp_125', ['biasparams.cpp', ['../biasparams_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['biasparams_2eh_126', ['biasparams.h', ['../biasparams_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['biassharing_2ecpp_127', ['biassharing.cpp', ['../biassharing_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['biassharing_2eh_128', ['biassharing.h', ['../biassharing_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['biasstate_129', ['biasstate', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml', 1, 'gmx::BiasState'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a9016d9554dd11c56652b0fcf472a4bdb', 1, 'gmx::BiasState::BiasState()']
│ │ │ │ │ @@ -231,34 +231,34 @@
│ │ │ │ │ ['biastest_134', ['BiasTest', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['biastestparameters_135', ['BiasTestParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ac4fc5532ea0af7793e9f4aae8775d018', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['biaswriter_136', ['biaswriter', ['../classgmx_1_1BiasWriter.xhtml', 1, 'gmx::BiasWriter'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BiasWriter.xhtml#a4bb9304155a81113722a4c27e8c9e403', 1, 'gmx::BiasWriter::BiasWriter()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['biaswriter_2eh_137', ['biaswriter.h', ['../biaswriter_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['bigendian_138', ['bigEndian', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a6888ef2c8d9143b3bd73b4d98b97fb37a166ce9f503b168215d0bd9548513f29a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['bin_139', ['bin', ['../structt__partition__item.xhtml#ab2e078f256401b8d964d49a699bc3135', 1, 't_partition_item::bin'],
│ │ │ │ │ - ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a5221c5d6aed705d530874412bffe96dc', 1, 'methoddata_insolidangle::bin']
│ │ │ │ │ + ['bin_139', ['bin', ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a5221c5d6aed705d530874412bffe96dc', 1, 'methoddata_insolidangle::bin'],
│ │ │ │ │ + ['../structt__partition__item.xhtml#ab2e078f256401b8d964d49a699bc3135', 1, 't_partition_item::bin']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['binary_20implementation_140', ['Wrapper binary implementation', ['../page_wrapperbinary.xhtml', 1, 'index']]],
│ │ │ │ │ ['binaryinformation_2ecpp_141', ['binaryinformation.cpp', ['../binaryinformation_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['binaryinformation_2eh_142', ['binaryinformation.h', ['../binaryinformation_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['binaryinformationsettings_143', ['BinaryInformationSettings', ['../classgmx_1_1BinaryInformationSettings.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['binaryinfosettings_144', ['binaryInfoSettings', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#abe5e48659711cf4d2136ad20a06941ea', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]],
│ │ │ │ │ ['binaryname_5f_145', ['binaryName_', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#a028a2d0df873e04a43d7c8fd2a31f527', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['binaveragemoduletest_146', ['BinAverageModuleTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02histogram_8cpp_03.xhtml#af02c97d917ba01cd3fb4ec8da996bc0b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{histogram.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['bincount_147', ['bincount', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettings.xhtml#a7beb3355e37a25e2966b146f407d0405', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettings::binCount()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#a063cdb946def66b482701dd91dc7017c', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer::binCount()']
│ │ │ │ │ + ['bincount_147', ['bincount', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#a063cdb946def66b482701dd91dc7017c', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer::binCount()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettings.xhtml#a7beb3355e37a25e2966b146f407d0405', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettings::binCount()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['bind_148', ['bind', ['../classgmx_1_1RepeatingOptionSectionHandle.xhtml#a82c29b61d7fa7b9bacb6c644ddd1e439', 1, 'gmx::RepeatingOptionSectionHandle']]],
│ │ │ │ │ ['bindsession_149', ['bindSession', ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#a259009e3075a7e486e434f799125877e', 1, 'gmx::IRestraintPotential']]],
│ │ │ │ │ ['binit_5f_150', ['bInit_', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection_1_1Impl.xhtml#a60024cd4d6d109f21d8c30665521fd5a', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['binitpotbyintegration_151', ['bInitPotByIntegration', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a300317da5dd0f69c7c01e47cc81e00d7', 1, 'UmbrellaOptions']]],
│ │ │ │ │ ['binputcheckingdisabled_5f_152', ['bInputCheckingDisabled_', ['../classgmx_1_1FileNameOptionManager_1_1Impl.xhtml#a7cd2a4a1fd3c7e2d716acef2c8e6f871', 1, 'gmx::FileNameOptionManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ - ['bins_153', ['bins', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a6e4eac2a452db3b73109094936d921a9', 1, 'UmbrellaOptions::bins'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TestParticleInsertion.xhtml#aea7501db300437f517614fdbac3a381d', 1, 'gmx::TestParticleInsertion::bins()']
│ │ │ │ │ + ['bins_153', ['bins', ['../classgmx_1_1TestParticleInsertion.xhtml#aea7501db300437f517614fdbac3a381d', 1, 'gmx::TestParticleInsertion::bins()'],
│ │ │ │ │ + ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a6e4eac2a452db3b73109094936d921a9', 1, 'UmbrellaOptions::bins']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['binuse_5f_154', ['bInUse_', ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a4ec16f5bca468bf76020234d9f2db510', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl']]],
│ │ │ │ │ ['binwidth_155', ['binwidth', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettings.xhtml#af927ef5703f2e7aceac66d8bf912b1e9', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettings::binWidth()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#add437ddf91989778860826153c6b636c', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer::binWidth()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['bir_156', ['bIr', ['../structTpxFileHeader.xhtml#a2c041ee5b81c0e8056c7ad6f848c24b8', 1, 'TpxFileHeader']]],
│ │ │ │ │ ['bitmask_2eh_157', ['bitmask.h', ['../tests_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ @@ -281,31 +281,31 @@
│ │ │ │ │ ['bitsone_172', ['bitsOne', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02threefry_8cpp_03.xhtml#ac28af5f36df89ee6ff045d87e2063912', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{threefry.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['bitspi_173', ['bitsPi', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02threefry_8cpp_03.xhtml#aef23c846a68baade7e8b1f458e60e031', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{threefry.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['bitszero_174', ['bitsZero', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02threefry_8cpp_03.xhtml#ad07248f1818be5c6407ebe56636aa8ee', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{threefry.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['bkeepallgenerateddihedrals_175', ['bKeepAllGeneratedDihedrals', ['../structPreprocessResidue.xhtml#ac6bf4b23eb4841aeba900478f82c7469', 1, 'PreprocessResidue']]],
│ │ │ │ │ ['blbnb_176', ['blbnb', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a521d2ee5435381e5c5a4525de63766d6', 1, 'gmx::Lincs']]],
│ │ │ │ │ ['blc_177', ['blc', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a0869b658ede5d956b5d47cfc5ea9b55f', 1, 'gmx::Lincs']]],
│ │ │ │ │ ['blc1_178', ['blc1', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a348d78d1c99366e604a2bfb689f0b1fc', 1, 'gmx::Lincs']]],
│ │ │ │ │ - ['blend_179', ['blend', ['../group__module__simd.xhtml#gafa1d01238ab3305ab17f301f73eaeaa1', 1, 'gmx::blend(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4DBool sel)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a174859a095e84b4a4ee3214547fe8f13', 1, 'gmx::blend(std::int32_t a, std::int32_t b, bool sel)'],
│ │ │ │ │ + ['blend_179', ['blend', ['../namespacegmx.xhtml#a97f9e21174d44695b53626648515c4b4', 1, 'gmx::blend(float a, float b, bool sel)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a069393b3673bd0df6aefc16f8379cf96', 1, 'gmx::blend(double a, double b, bool sel)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a97f9e21174d44695b53626648515c4b4', 1, 'gmx::blend(float a, float b, bool sel)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga3f3f322cbf3a7d646003849046028f65', 1, 'gmx::blend(SimdFInt32 a, SimdFInt32 b, SimdFIBool sel)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga443be80edc7822ae0582bc5a4d4da34c', 1, 'gmx::blend(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFBool sel)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a174859a095e84b4a4ee3214547fe8f13', 1, 'gmx::blend(std::int32_t a, std::int32_t b, bool sel)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga897cd563974628f57a983656bc4f0be5', 1, 'gmx::blend(SimdDInt32 a, SimdDInt32 b, SimdDIBool sel)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaa089539a35e39d68f6c8b40421e0a68e', 1, 'gmx::blend(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDBool sel)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga9a3c7493047defc21bf934ca9fc39476', 1, 'gmx::blend(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4FBool sel)']
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga9a3c7493047defc21bf934ca9fc39476', 1, 'gmx::blend(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4FBool sel)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gafa1d01238ab3305ab17f301f73eaeaa1', 1, 'gmx::blend(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4DBool sel)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['bllen_180', ['bllen', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a730d195d0cb333e53d6495f81e515127', 1, 'gmx::Lincs']]],
│ │ │ │ │ ['bllen0_181', ['bllen0', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a3ee9e49ac0a6313229d124226e2a4f94', 1, 'gmx::Lincs']]],
│ │ │ │ │ ['blmf_182', ['blmf', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a25ca95bfe854044a505e3311622146b2', 1, 'gmx::Lincs']]],
│ │ │ │ │ ['blmf1_183', ['blmf1', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a901a4826f9964e940971a90fe4309251', 1, 'gmx::Lincs']]],
│ │ │ │ │ ['blnr_184', ['blnr', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a9ed82f15cc64475ffe441bb1012a7cb6', 1, 'gmx::Lincs']]],
│ │ │ │ │ - ['block_185', ['block', ['../classgmx_1_1RangePartitioning.xhtml#a9040a23b8b8ab2a2ed08584694726004', 1, 'gmx::RangePartitioning::block(int blockIndex) const'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RangePartitioning.xhtml#a7871c8f88afcd806c7c4e0c7e48395dc', 1, 'gmx::RangePartitioning::Block']
│ │ │ │ │ + ['block_185', ['block', ['../classgmx_1_1RangePartitioning.xhtml#a7871c8f88afcd806c7c4e0c7e48395dc', 1, 'gmx::RangePartitioning::Block'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RangePartitioning.xhtml#a9040a23b8b8ab2a2ed08584694726004', 1, 'gmx::RangePartitioning::block(int blockIndex) const']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['block_5fbc_186', ['block_bc', ['../broadcaststructs_8h.xhtml#a36c362559cdcf8bad6858762ff83ad83', 1, 'broadcaststructs.h']]],
│ │ │ │ │ ['blocka_5f_187', ['blocka_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02indexutil_8cpp_03_1_1IndexBlockTest.xhtml#a150f51127f9b87eee651581adf705ade', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{indexutil.cpp}::IndexBlockTest']]],
│ │ │ │ │ ['blockatoexclusionblocks_188', ['blockaToExclusionBlocks', ['../namespacegmx.xhtml#acf80d4b6d1ceda2954d2a866c1c87c4b', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['blockconnect_189', ['blockConnect', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a33da580aa665c8be3bbe37a5c450d5fc', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['blockdatalist_190', ['blockDataList', ['../classgmx_1_1CorrelationTensor.xhtml#ae6dce6182c0c27d2c67ba76983f5906c', 1, 'gmx::CorrelationTensor']]],
│ │ │ │ │ ['blockdatalistsize_191', ['blockDataListSize', ['../classgmx_1_1CorrelationGrid.xhtml#ac8d1562185b92edad82c3f75958cd19e', 1, 'gmx::CorrelationGrid']]],
│ │ │ │ │ @@ -364,31 +364,31 @@
│ │ │ │ │ ['boolean_20elements_240', ['boolean elements', ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree_bool', 1, 'Boolean elements'],
│ │ │ │ │ ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree_bool', 1, 'Boolean elements']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['boolean_20values_241', ['Boolean values', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md62', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['booleanoption_242', ['booleanoption', ['../classgmx_1_1BooleanOption.xhtml#a580fa621b14b47b0631f613e00f2f3bf', 1, 'gmx::BooleanOption::BooleanOption()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BooleanOption.xhtml', 1, 'gmx::BooleanOption']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['booleanoptioninfo_243', ['booleanoptioninfo', ['../classgmx_1_1BooleanOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::BooleanOptionInfo'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BooleanOptionInfo.xhtml#aaa90f1e16e75120b323b3dcbe7f5d843', 1, 'gmx::BooleanOptionInfo::BooleanOptionInfo()']
│ │ │ │ │ + ['booleanoptioninfo_243', ['booleanoptioninfo', ['../classgmx_1_1BooleanOptionInfo.xhtml#aaa90f1e16e75120b323b3dcbe7f5d843', 1, 'gmx::BooleanOptionInfo::BooleanOptionInfo()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BooleanOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::BooleanOptionInfo']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['booleanoptionstorage_244', ['booleanoptionstorage', ['../classgmx_1_1BooleanOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::BooleanOptionStorage'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BooleanOptionStorage.xhtml#a2a5e82c1584d43c3564ad498785beb11', 1, 'gmx::BooleanOptionStorage::BooleanOptionStorage()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['booleanvaluetostring_245', ['booleanValueToString', ['../md__enums_8h.xhtml#a671fe972ddca1d763b5a13513c04ebc5', 1, 'md_enums.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['boolfromenvironmentordefault_246', ['boolFromEnvironmentOrDefault', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02gpu__3dfft__heffte_8cpp_03.xhtml#a29697dccb0406307c20b8c833995b97d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{gpu_3dfft_heffte.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['boolfromstring_247', ['boolFromString', ['../group__module__utility.xhtml#ga584d812bf08f88312df77eace2eab219', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['boolt_248', ['boolt', ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a5681faa349b7dd17efe8c2bcdaac9804', 1, 'gmx::SelectionTreeElement']]],
│ │ │ │ │ ['booltostring_249', ['boolToString', ['../group__module__utility.xhtml#ga3b3b96bfb0ebff9b47f011ab058ceef9', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['booltype_250', ['booltype', ['../structgmx_1_1BoolType.xhtml#ac9aa09c4375a5bb245c289f07f989e59', 1, 'gmx::BoolType::BoolType()'],
│ │ │ │ │ ['../structScalarDataTypes.xhtml#af8788be3633b2d57b2cc963f1a272396', 1, 'ScalarDataTypes::BoolType'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1BoolType.xhtml', 1, 'gmx::BoolType']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['booltype_2ecpp_251', ['booltype.cpp', ['../booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['booltype_2ecpp_251', ['booltype.cpp', ['../tests_2booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['booltype_2eh_252', ['booltype.h', ['../booltype_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['bootstrap_5floadstore_2ecpp_253', ['bootstrap_loadstore.cpp', ['../bootstrap__loadstore_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['bound_254', ['bound', ['../classWorkDivision.xhtml#aa82c09e978f422dffb9d59add9dfbd06', 1, 'WorkDivision']]],
│ │ │ │ │ ['boundingbox_255', ['BoundingBox', ['../structgmx_1_1BoundingBox.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['boundingbox_2eh_256', ['boundingbox.h', ['../boundingbox_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['boundingbox1d_257', ['BoundingBox1D', ['../structgmx_1_1BoundingBox1D.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ @@ -434,16 +434,16 @@
│ │ │ │ │ ['boxutilities_2ecpp_280', ['boxutilities.cpp', ['../boxutilities_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['boxv_281', ['boxv', ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a4c2d1a71d37029718be8c54307162a06', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::boxv'],
│ │ │ │ │ ['../classt__state.xhtml#a032e2e984b1748f12db76af1e28aced5', 1, 't_state::boxv']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['boxvelocities_282', ['boxvelocities', ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#a5b228254b0be438ac4acb297bb84b8c6', 1, 'gmx::MttkData::boxVelocities()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ParrinelloRahmanBarostat.xhtml#a3c571c0a321a5d2933c16202be603609', 1, 'gmx::ParrinelloRahmanBarostat::boxVelocities()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['boxvolume_283', ['boxvolume', ['../structSolveKernelParams.xhtml#a5e8afcfd4d7b88917cde0cc236a92309', 1, 'SolveKernelParams::boxVolume'],
│ │ │ │ │ - ['../structPmeGpuDynamicParams.xhtml#adf60ffcfa3c2c87c9cd38e5365b27a20', 1, 'PmeGpuDynamicParams::boxVolume']
│ │ │ │ │ + ['boxvolume_283', ['boxvolume', ['../structPmeGpuDynamicParams.xhtml#adf60ffcfa3c2c87c9cd38e5365b27a20', 1, 'PmeGpuDynamicParams::boxVolume'],
│ │ │ │ │ + ['../structSolveKernelParams.xhtml#a5e8afcfd4d7b88917cde0cc236a92309', 1, 'SolveKernelParams::boxVolume']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['boxxx_284', ['boxXX', ['../structPbcAiuc.xhtml#af4ecbce3844b3a0fe21687cc2190901a', 1, 'PbcAiuc']]],
│ │ │ │ │ ['boxyx_285', ['boxYX', ['../structPbcAiuc.xhtml#afc5bf808bc74fe927d6cf0268263dc30', 1, 'PbcAiuc']]],
│ │ │ │ │ ['boxyy_286', ['boxYY', ['../structPbcAiuc.xhtml#a38f559419387b5aede8ff8c38a5ce44b', 1, 'PbcAiuc']]],
│ │ │ │ │ ['boxzx_287', ['boxZX', ['../structPbcAiuc.xhtml#a81d695f0aacdc48f8c4817ef54cab494', 1, 'PbcAiuc']]],
│ │ │ │ │ ['boxzy_288', ['boxZY', ['../structPbcAiuc.xhtml#a994062b0c308f30a31c0d29e35ea27e3', 1, 'PbcAiuc']]],
│ │ │ │ │ ['boxzz_289', ['boxZZ', ['../structPbcAiuc.xhtml#ae9e369adfc2110366224ec91b05de2fd', 1, 'PbcAiuc']]],
│ │ │ │ │ @@ -496,45 +496,45 @@
│ │ │ │ │ ['btaskdep_330', ['bTaskDep', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a7b6edf63690018fde9156adca635ae4a', 1, 'gmx::Lincs']]],
│ │ │ │ │ ['btaskdeptri_331', ['bTaskDepTri', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a3f08edf4cf895f4768fe46f74abd7ed7', 1, 'gmx::Lincs']]],
│ │ │ │ │ ['bterminatable_332', ['bTerminatable', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#ab42bd4b673638392a018e930a4b92b93', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['btime_5funused_333', ['btime_UNUSED', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#af8e14457d8c8abfb6aaa0b814f7a6e25', 1, 'CheckpointHeaderContents']]],
│ │ │ │ │ ['btop_334', ['bTop', ['../structTpxFileHeader.xhtml#a6ba88c0a16b04768e9ada01b06f699bd', 1, 'TpxFileHeader']]],
│ │ │ │ │ ['bucket_5fcount_335', ['bucket_count', ['../classgmx_1_1HashedMap.xhtml#a5bca3de288135bcd8d9e6294591294df', 1, 'gmx::HashedMap']]],
│ │ │ │ │ ['buf_336', ['buf', ['../structt__symbuf.xhtml#af5e12357ba1aa1677d365ff5a8dc5e77', 1, 't_symbuf']]],
│ │ │ │ │ - ['buffer_337', ['buffer', ['../structgmx__sel__mempool__t.xhtml#a27639e0126ed758352f20b27e9db9507', 1, 'gmx_sel_mempool_t::buffer'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a705f00803cda152ad8a26aebda19b2c2', 1, 'gmx_sel_lexer_t::buffer']
│ │ │ │ │ + ['buffer_337', ['buffer', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a705f00803cda152ad8a26aebda19b2c2', 1, 'gmx_sel_lexer_t::buffer'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx__sel__mempool__t.xhtml#a27639e0126ed758352f20b27e9db9507', 1, 'gmx_sel_mempool_t::buffer']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['buffer_5fflags_338', ['buffer_flags', ['../structgmx_1_1PairsearchWork.xhtml#a44df785724e35dbe7e4b4fabe863e052', 1, 'gmx::PairsearchWork']]],
│ │ │ │ │ ['bufferflags_339', ['bufferFlags', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#a06eaf8b9d41d052958e48e5fe9cd8afb', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]],
│ │ │ │ │ ['bufferptr_340', ['bufferPtr', ['../structSystemMomentum.xhtml#a282ccc7c09a751b66ed1ab97acaaacbb', 1, 'SystemMomentum']]],
│ │ │ │ │ - ['bufsize_341', ['bufsize', ['../structgmx__enfrot.xhtml#a7b99109d5925ba567701673220ad1aef', 1, 'gmx_enfrot::bufsize'],
│ │ │ │ │ - ['../structt__symbuf.xhtml#aa8f31f81bf5b1bf0ef41b4e0f9e9ec11', 1, 't_symbuf::bufsize']
│ │ │ │ │ + ['bufsize_341', ['bufsize', ['../structt__symbuf.xhtml#aa8f31f81bf5b1bf0ef41b4e0f9e9ec11', 1, 't_symbuf::bufsize'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx__enfrot.xhtml#a7b99109d5925ba567701673220ad1aef', 1, 'gmx_enfrot::bufsize']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['bugs_5f_342', ['bugs_', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter_1_1Impl.xhtml#a8cd5b602c32aafdb77685f35f3b4baf9', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::Impl']]],
│ │ │ │ │ - ['build_343', ['build', ['../classgmx_1_1MdrunnerBuilder.xhtml#aecd68f5f31329a879701df615ffe3e60', 1, 'gmx::MdrunnerBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#aed2705e5715909981598a15db2d9173d', 1, 'gmx::MttkData::build()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkPropagatorConnection.xhtml#a56b529a5e2afa320582d829e8c4814a3', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnection::build()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NoseHooverChainsData.xhtml#a129745177ea82e30e210d2d09f74278d', 1, 'gmx::NoseHooverChainsData::build()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SignallerBuilder.xhtml#a86560504d2fbfc2967b665a96b5569c0', 1, 'gmx::SignallerBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilder.xhtml#a42e70612f8da3c0fd9a440f008feced0', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TopologyHolder_1_1Builder.xhtml#a62ac315554d76f15623a6f75dfb855ed', 1, 'gmx::TopologyHolder::Builder::build()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryElementBuilder.xhtml#a72307de0ffad1726bf4f2ca5b4dd31f6', 1, 'gmx::TrajectoryElementBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CheckpointHelperBuilder.xhtml#a2e6e159d8828dcb424214712f0727200', 1, 'gmx::CheckpointHelperBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ + ['build_343', ['build', ['../classgmx_1_1CheckpointHelperBuilder.xhtml#a2e6e159d8828dcb424214712f0727200', 1, 'gmx::CheckpointHelperBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ObservablesReducerBuilder.xhtml#a82586bff09c0e26faac7091930bbf6c4', 1, 'gmx::ObservablesReducerBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimulatorBuilder.xhtml#a0fd7afd45f90e900ca5118cbd9a4b7f9', 1, 'gmx::SimulatorBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1KeyValueTreeValueBuilder.xhtml#af73f43443f086964a025d305ee07b6e3', 1, 'gmx::KeyValueTreeValueBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TopologyHolder_1_1Builder.xhtml#a62ac315554d76f15623a6f75dfb855ed', 1, 'gmx::TopologyHolder::Builder::build()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryElementBuilder.xhtml#a72307de0ffad1726bf4f2ca5b4dd31f6', 1, 'gmx::TrajectoryElementBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#aed2705e5715909981598a15db2d9173d', 1, 'gmx::MttkData::build()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilder.xhtml#a42e70612f8da3c0fd9a440f008feced0', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SignallerBuilder.xhtml#a86560504d2fbfc2967b665a96b5569c0', 1, 'gmx::SignallerBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NoseHooverChainsData.xhtml#a129745177ea82e30e210d2d09f74278d', 1, 'gmx::NoseHooverChainsData::build()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkPropagatorConnection.xhtml#a56b529a5e2afa320582d829e8c4814a3', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnection::build()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SignallerBuilder.xhtml#ae0085a568a9d5e1bb2b9c87890c76bdd', 1, 'gmx::SignallerBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MdrunnerBuilder.xhtml#aecd68f5f31329a879701df615ffe3e60', 1, 'gmx::MdrunnerBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a6116cb1c8ab92576bb0f96587bd915b2', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::build()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder.xhtml#ad616fa54c96ef39243a6851ea787120a', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GpuTaskAssignmentsBuilder.xhtml#a0acbacc6e462368d2d37824ced80607a', 1, 'gmx::GpuTaskAssignmentsBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SignallerBuilder.xhtml#a5e0d2462c0ce9a65f385f96c9b9e3d02', 1, 'gmx::SignallerBuilder::build(Args &&... args)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SignallerBuilder.xhtml#ae0085a568a9d5e1bb2b9c87890c76bdd', 1, 'gmx::SignallerBuilder::build(Args &&... args)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1KeyValueTreeBuilder.xhtml#aa762b0ff28aab6acec916d30c69bb8ee', 1, 'gmx::KeyValueTreeBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ - ['../classStringTableBuilder.xhtml#a83d6bf705d7b0f294b9cbc124d84f1d2', 1, 'StringTableBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1KeyValueTreeValueBuilder.xhtml#af73f43443f086964a025d305ee07b6e3', 1, 'gmx::KeyValueTreeValueBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LoggerBuilder.xhtml#aff6003351ad3607565bf516313d6a1cd', 1, 'gmx::LoggerBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DomDecHelperBuilder.xhtml#a18aff6c967d840880abe301ddba6b0ee', 1, 'gmx::DomDecHelperBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LoggerBuilder.xhtml#aff6003351ad3607565bf516313d6a1cd', 1, 'gmx::LoggerBuilder::build()']
│ │ │ │ │ + ['../classStringTableBuilder.xhtml#a83d6bf705d7b0f294b9cbc124d84f1d2', 1, 'StringTableBuilder::build()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SignallerBuilder.xhtml#a5e0d2462c0ce9a65f385f96c9b9e3d02', 1, 'gmx::SignallerBuilder::build()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['buildboxdeformation_344', ['buildBoxDeformation', ['../namespacegmx.xhtml#ad1507004fe5f5f7b6fb3d49cbb1d9282', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['buildcoordinates_345', ['buildCoordinates', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdCoordinateManager.xhtml#a4a63367612f875da18a0bbccd3accade', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdCoordinateManager']]],
│ │ │ │ │ ['builder_346', ['builder', ['../classgmx_1_1TopologyHolder_1_1Builder.xhtml', 1, 'gmx::TopologyHolder::Builder'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1ObservablesReducerIntegrationTest_1_1RankData.xhtml#a2a3e68293ff61d730ca5f8115cc115e6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::ObservablesReducerIntegrationTest::RankData::builder'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a0518c2b24627c9bd51e8afd3a5a1a22a', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::builder()'],
│ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md38', 1, 'Simulator algorithm builder']
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_6.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -144,17 +144,17 @@
│ │ │ │ │ ['c_5fnbnxnlistsizefactorgpu_113', ['c_nbnxnListSizeFactorGPU', ['../namespacegmx.xhtml#af6d5e72407fa960b131ac2b97cc5c1ef', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fnbnxnlistsizefactorintelxeonphi_114', ['c_nbnxnListSizeFactorIntelXeonPhi', ['../namespacegmx.xhtml#a66502134e5eb3aeccaa92d5fd5c3107d', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fnbnxnlistsizefactormargin_115', ['c_nbnxnListSizeFactorMargin', ['../namespacegmx.xhtml#a5a22f8b4faac5d466c4f02b158b5a361', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fnbnxnmindistancesquared_116', ['c_nbnxnMinDistanceSquared', ['../namespacegmx.xhtml#a7ecc092df63d887998b03ebf9b041fee', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fnmtomrcunits_117', ['c_nmToMrcUnits', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a084c836f7f75cc97b5c92d3fa400dc70', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fnnpotmodulename_118', ['c_nnpotModuleName', ['../namespacegmx.xhtml#a29db5676487ac7189bbe96691b95cc6d', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fnormalizationnames_119', ['c_normalizationNames', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#gafe9e3ae6c83f2aeb21e0ad8841e3b0e2', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['c_5fnumatoms_120', ['c_numatoms', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02wholemoleculetransform_8cpp_03.xhtml#a4a0a79bb04de0656b32b35e3d13fac9c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{wholemoleculetransform.cpp}::c_numAtoms'],
│ │ │ │ │ + ['c_5fnumatoms_120', ['c_numatoms', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#a60f4b0f65ad59fda745897b8764dae0a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::c_numAtoms'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03.xhtml#ab0d16511710d3d446c4ebe139a1a93d8', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::c_numAtoms'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#a60f4b0f65ad59fda745897b8764dae0a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::c_numAtoms'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02wholemoleculetransform_8cpp_03.xhtml#a4a0a79bb04de0656b32b35e3d13fac9c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{wholemoleculetransform.cpp}::c_numAtoms'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03.xhtml#a9e6451d690e56d5db0395022cefa888c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::c_numAtoms']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['c_5fnumbonds_121', ['c_numBonds', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02wholemoleculetransform_8cpp_03.xhtml#ae110a0f5e65d4f5cf02206f0df72a038', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{wholemoleculetransform.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fnumboundingboxbounds1d_122', ['c_numBoundingBoxBounds1D', ['../namespacegmx.xhtml#a991d17595deb2abcd922d96aec69d1db', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fnumcorrelationblocks_123', ['c_numCorrelationBlocks', ['../classgmx_1_1CorrelationTensor.xhtml#a3bacb906f9931328bddd22c8e218c9d4', 1, 'gmx::CorrelationTensor']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fnumeigenrealsperexperiment_124', ['c_numEigenRealsPerExperiment', ['../structt__oriresdata.xhtml#a19c8ceb03fed76dc54909c852ea83321', 1, 't_oriresdata']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fnumelectypes_125', ['c_numElecTypes', ['../namespacegmx.xhtml#a3865067eb3fb992ca03ab7795d6fa30a', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ @@ -166,17 +166,17 @@
│ │ │ │ │ ['c_5fnumvdwtypes_131', ['c_numVdwTypes', ['../namespacegmx.xhtml#ada638ee301fadbf7bd44c8b107888b80', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fnvshmemthreadsperblock_132', ['c_nvshmemThreadsPerBlock', ['../structgmx_1_1nvshmemHaloExchangeOps.xhtml#a22e6540428666f369082aa85111f0114', 1, 'gmx::nvshmemHaloExchangeOps']]],
│ │ │ │ │ ['c_5foldestsupportedmagicnumber_133', ['c_oldestSupportedMagicNumber', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#afb8f8255516cbf4c08e51ee7cface65b', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['c_5foldestunsupportedmagicnumber_134', ['c_oldestUnsupportedMagicNumber', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#a3d1dc11b4252282579382b89abd9d815', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['c_5foptions_135', ['c_options', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a1555a48dc2e0847fe505724fda04fc66', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fpackx4_136', ['c_packX4', ['../namespacegmx.xhtml#ac45b5012104199741d668a224b136db1', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fpackx8_137', ['c_packX8', ['../namespacegmx.xhtml#aeed0b85513edbdaa3190b188faa6aede', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['c_5fpbcfortests_138', ['c_pbcfortests', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#a3f98f7220875de5238f25cb8ef1a380e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{position_restraints.cpp}::c_pbcForTests'],
│ │ │ │ │ + ['c_5fpbcfortests_138', ['c_pbcfortests', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#a8716925dfcab1e34ee190aa91b188f0a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::c_pbcForTests'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03.xhtml#a4e60b5e4d9d4e96d420da062cdd7136f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::c_pbcForTests'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#a8716925dfcab1e34ee190aa91b188f0a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::c_pbcForTests']
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#a3f98f7220875de5238f25cb8ef1a380e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{position_restraints.cpp}::c_pbcForTests']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['c_5fpbctypenames_139', ['c_pbcTypeNames', ['../pbc_8cpp.xhtml#a7be910db7d0fa30ca5568f9cbc332ee9', 1, 'pbc.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fpdbatomstypenames_140', ['c_pdbAtomsTypeNames', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03.xhtml#a04755ce557be547fa02a3bd3486e70f5', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fpmeatomdatablocksize_141', ['c_pmeAtomDataBlockSize', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a9751dab48d98743b36ad4d6eee89aab6', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fpmegpuorder_142', ['c_pmeGpuOrder', ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml#a8027cdc3ec057297fa567378562d892e', 1, 'pme_gpu_constants.h']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fppstretchesnames_143', ['c_PPStretchesNames', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#acd7005765b5321aa2e84a1efa94e4804', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fprecisiontolerance_144', ['c_precisionTolerance', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#a0f59870a0c42c6116a428c706af0d0e7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]],
│ │ │ │ │ @@ -188,16 +188,16 @@
│ │ │ │ │ ['c_5fpullgroupsmallgroupthreshold_150', ['c_pullGroupSmallGroupThreshold', ['../pull_8h.xhtml#ae5981861a54303677a7841cb8146ad1b', 1, 'pull.h']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fpullmaxnumlocalatomssinglethreaded_151', ['c_pullMaxNumLocalAtomsSingleThreaded', ['../pull__internal_8h.xhtml#ad00c367c39da602d9a06dae3e78e3906', 1, 'pull_internal.h']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fqmmmcp2kmodulename_152', ['c_qmmmCP2KModuleName', ['../namespacegmx.xhtml#a2dc5d75b30933ef685d2af785d491f84', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fqmmmqmmethodnames_153', ['c_qmmmQMMethodNames', ['../namespacegmx.xhtml#afc6d6c1e63e76316db42e69f486d058f', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['c_5frefcoordscalingfortests_154', ['c_refCoordScalingForTests', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#a3420204ff48374d1304ea0440d3fb0b9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fregexstringstoskip_155', ['c_regexStringsToSkip', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pdb2gmx_8cpp_03.xhtml#ae31eabd72e6bdd29eb10117291c65c32', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pdb2gmx.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fresiduenumberingtypenames_156', ['c_residueNumberingTypeNames', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03.xhtml#aacce3e6b8a3d818ebca234f667803dd9', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['c_5frf_157', ['c_rf', ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a3ba2156cdbb0c7d0358e8b1002780761', 1, 'gmx::NBParamGpu::c_rf'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#aa54200c2e4ec6177f3a251edaeb0d353', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::c_rf']
│ │ │ │ │ + ['c_5frf_157', ['c_rf', ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#aa54200c2e4ec6177f3a251edaeb0d353', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::c_rf'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a3ba2156cdbb0c7d0358e8b1002780761', 1, 'gmx::NBParamGpu::c_rf']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['c_5frocffterrorstrings_158', ['c_rocfftErrorStrings', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02rocfft__common__utils_8cpp_03.xhtml#a6373b7862093ab913f235868db5ce4be', 1, 'gmx::anonymous_namespace{rocfft_common_utils.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['c_5frootnodename_159', ['c_RootNodeName', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__xml_8cpp_03.xhtml#af8fced14cf0f669ed507c1d04af58fe2', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_xml.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fsampleforcesfull_160', ['c_sampleForcesFull', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03.xhtml#a096c0d45afd6872145063fb37bfca485', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fscihistogramsize_161', ['c_sciHistogramSize', ['../namespacegmx.xhtml#a101d7d798419e95938f1b02034f92af4', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fscisortingthreadsperblock_162', ['c_sciSortingThreadsPerBlock', ['../namespacegmx.xhtml#afbb6400bc4724a357e26564e35fa996b', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fscopecutoff_163', ['c_scopeCutoff', ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml#a2b80702808a1424d0200d74d20eec40d', 1, 'gmx::BiasGrid']]],
│ │ │ │ │ @@ -226,16 +226,16 @@
│ │ │ │ │ ['c_5ftimeunitscalefactors_184', ['c_timeUnitScaleFactors', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02timeunitmanager_8cpp_03.xhtml#a2da99611f34b50289998efa9853ad393', 1, 'gmx::anonymous_namespace{timeunitmanager.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['c_5ftrimsize_185', ['c_trimSize', ['../symtab_8cpp.xhtml#a74545f5cb6cc89f617f17fc2ec35485c', 1, 'symtab.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['c_5funknown_186', ['c_unknown', ['../namespaceanonymous__namespace_02sysinfo_8cpp_03.xhtml#ad4a20f207d75277ec8c8f9d8cef88fd3', 1, 'anonymous_namespace{sysinfo.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fusedelayedwait_187', ['c_useDelayedWait', ['../pme__pp_8cpp.xhtml#a2e369172045aa7262c8f217f3eb9c35a', 1, 'pme_pp.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fversiondeclarationstring_188', ['c_VersionDeclarationString', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__xml_8cpp_03.xhtml#a1339168f3e2f4e9e7ef6d237af203de5', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_xml.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fvirialandenergycount_189', ['c_virialAndEnergyCount', ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml#ae4da821cb02bbd25f4258668abf9996c', 1, 'pme_gpu_constants.h']]],
│ │ │ │ │ ['c_5fwaterpositions_190', ['c_waterPositions', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a9329c087051c3222ed27a5029278ac90', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ - ['c_5fxvgformatnames_191', ['c_xvgformatnames', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03.xhtml#afe48c42da00d80d1811918be03801c87', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::c_xvgFormatNames'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ab9bc40c2a1ef7bbf8b7cd0671702f720', 1, 'gmx::c_xvgFormatNames']
│ │ │ │ │ + ['c_5fxvgformatnames_191', ['c_xvgformatnames', ['../namespacegmx.xhtml#ab9bc40c2a1ef7bbf8b7cd0671702f720', 1, 'gmx::c_xvgFormatNames'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03.xhtml#afe48c42da00d80d1811918be03801c87', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::c_xvgFormatNames']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['ca_192', ['CA', ['../structt__bb.xhtml#aabd0ee2d5ea08bc62412d45cdf0f1861', 1, 't_bb']]],
│ │ │ │ │ ['cacceleration_5f_193', ['cAcceleration_', ['../classUpdate_1_1Impl.xhtml#a2ea432dff674fba9ed4e774ca65e65d6', 1, 'Update::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['cache_194', ['Cache', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Cache.xhtml', 1, 'gmx::HardwareTopology']]],
│ │ │ │ │ ['cachelinealignedflag_195', ['cachelinealignedflag', ['../namespacegmx.xhtml#a2646bbaac4cce11ceca6af4a76bf2754', 1, 'gmx::CacheLineAlignedFlag'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1CacheLineAlignedFlag.xhtml', 1, 'gmx::CacheLineAlignedFlag']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ @@ -527,39 +527,39 @@
│ │ │ │ │ ['checkdevicestatus_395', ['checkDeviceStatus', ['../device__management__hip_8cpp.xhtml#a8c4e708e014dad9c42b27631fb15a2f6', 1, 'device_management_hip.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['checkdimparams_396', ['checkDimParams', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02read__params_8cpp_03.xhtml#a0c7004b635297739011c1ead0f751dbb', 1, 'gmx::anonymous_namespace{read_params.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['checkdoesnotfind_397', ['checkDoesNotFind', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02hashedmap_8cpp_03.xhtml#ae6311e6c2808805b2be061e18fb5a36a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{hashedmap.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['checkdouble_398', ['checkDouble', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a013b30438e09bf0d448d7ca13a9a86e2', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]],
│ │ │ │ │ ['checkedrfile_399', ['checkEdrFile', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#aeff97f1aedd3b6ca8e3abd5902e281c2', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest']]],
│ │ │ │ │ ['checkemptysequence_400', ['checkEmptySequence', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a1cdbbfcc92ee5207704250631542eeb7', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]],
│ │ │ │ │ ['checkenergies_401', ['checkEnergies', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml#af7eb6f4c08404ac6364d3e6784057031', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::PmeTest']]],
│ │ │ │ │ - ['checkenergiesagainstreferencedata_402', ['checkenergiesagainstreferencedata', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#abcc471341e432bea98026181285e866d', 1, 'gmx::test::checkEnergiesAgainstReferenceData(const std::string &energyFilename, const EnergyTermsToCompare &energyTermsToCompare, TestReferenceChecker *checker)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a2ef781eb5182de267fafe8ec325fd36e', 1, 'gmx::test::checkEnergiesAgainstReferenceData(const std::string &energyFilename, const EnergyTermsToCompare &energyTermsToCompare, TestReferenceChecker *checker, MaxNumFrames maxNumEnergyFrames)']
│ │ │ │ │ + ['checkenergiesagainstreferencedata_402', ['checkenergiesagainstreferencedata', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a2ef781eb5182de267fafe8ec325fd36e', 1, 'gmx::test::checkEnergiesAgainstReferenceData(const std::string &energyFilename, const EnergyTermsToCompare &energyTermsToCompare, TestReferenceChecker *checker, MaxNumFrames maxNumEnergyFrames)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#abcc471341e432bea98026181285e866d', 1, 'gmx::test::checkEnergiesAgainstReferenceData(const std::string &energyFilename, const EnergyTermsToCompare &energyTermsToCompare, TestReferenceChecker *checker)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['checkenergycaluclationfrequency_403', ['checkEnergyCaluclationFrequency', ['../classgmx_1_1DensityFittingOptions.xhtml#a64787eff57d350cee2e13b2c1097270d', 1, 'gmx::DensityFittingOptions']]],
│ │ │ │ │ ['checkenergygroups_404', ['checkEnergyGroups', ['../classgmx_1_1TestParticleInsertion.xhtml#a35bb780b31122e7bc2a7a66c3385dadb', 1, 'gmx::TestParticleInsertion']]],
│ │ │ │ │ ['checkentry_405', ['checkEntry', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#a3d4c6475215f072bcf39a1025094468f', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['checkequalcaseinsensitive_406', ['checkEqualCaseInsensitive', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02stringutil_8cpp_03.xhtml#ac8f1f81f4e3436b8691a3238729715f6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{stringutil.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['checker_407', ['checker', ['../classgmx_1_1test_1_1StringTestBase.xhtml#a2d4aa9337d64971715800e1e512973ca', 1, 'gmx::test::StringTestBase']]],
│ │ │ │ │ - ['checker_5f_408', ['checker_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a0f800c418ac71536bcab6e51b55969c1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::checker_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02settle_8cpp_03_1_1SettleTest.xhtml#ae2589ff8601387d0f2479932d9b50493', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{settle.cpp}::SettleTest::checker_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02leapfrog_8cpp_03_1_1LeapFrogTest.xhtml#a37cb94f8b6bb6f4ef3a786fa6a3e6b65', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTest::checker_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTest.xhtml#a5eaf86aea40062609d53d82d17b4cd4d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTest::checker_']
│ │ │ │ │ + ['checker_5f_408', ['checker_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02leapfrog_8cpp_03_1_1LeapFrogTest.xhtml#a37cb94f8b6bb6f4ef3a786fa6a3e6b65', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTest::checker_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a0f800c418ac71536bcab6e51b55969c1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::checker_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTest.xhtml#a5eaf86aea40062609d53d82d17b4cd4d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTest::checker_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02settle_8cpp_03_1_1SettleTest.xhtml#ae2589ff8601387d0f2479932d9b50493', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{settle.cpp}::SettleTest::checker_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['checkexternalgroups_409', ['checkExternalGroups', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02selectioncollection_8cpp_03.xhtml#a48b801436e4436783f4215cee575efe0', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selectioncollection.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['checkfeplambdadimdecouplingconsistency_410', ['checkFepLambdaDimDecouplingConsistency', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02read__params_8cpp_03.xhtml#a6f3130dffe6f1eb12ce1769a34b72051', 1, 'gmx::anonymous_namespace{read_params.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['checkfeplambdadimparams_411', ['checkFepLambdaDimParams', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02read__params_8cpp_03.xhtml#ad1a0a4652d3ca338454dca1333927702', 1, 'gmx::anonymous_namespace{read_params.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['checkfile_412', ['checkFile', ['../classgmx_1_1test_1_1IFileMatcher.xhtml#a07f0a63071505e63beb658705acd6f41', 1, 'gmx::test::IFileMatcher']]],
│ │ │ │ │ ['checkfilecontents_413', ['checkFileContents', ['../classgmx_1_1test_1_1StringTestBase.xhtml#a890552744d2ffc0d98563eadc6f3fe7d', 1, 'gmx::test::StringTestBase']]],
│ │ │ │ │ ['checkfinalpositions_414', ['checkFinalPositions', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02settle_8cpp_03_1_1SettleTest.xhtml#aa5a148b7c240f75603006a1762e90396', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{settle.cpp}::SettleTest']]],
│ │ │ │ │ ['checkfinalvelocities_415', ['checkFinalVelocities', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02settle_8cpp_03_1_1SettleTest.xhtml#aa8da7b35432e349fb41e93d9726a13c4', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{settle.cpp}::SettleTest']]],
│ │ │ │ │ ['checkfinds_416', ['checkFinds', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02hashedmap_8cpp_03.xhtml#aa7c6e9e7ce64e221c97cbd3ee960e1af', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{hashedmap.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['checkfloat_417', ['checkFloat', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a31ba9bdb3e27ca53dff300346ada68aa', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]],
│ │ │ │ │ ['checkforcesagainstreference_418', ['checkForcesAgainstReference', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a578d74e6b2e47f9ce2e9fab1f81b280b', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ - ['checkforseparatepmeranks_419', ['checkforseparatepmeranks', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#abea3f9ee4e00310dbe1d1312c68f9f5e', 1, 'checkForSeparatePmeRanks(const gmx::MDModulesNotifiers &notifiers, const DomdecOptions &options, int numRanksRequested, bool useGpuForNonbonded, bool useGpuForPme, bool canUseGpuPmeDecomposition): domdec_setup.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../domdec__setup_8h.xhtml#af1353f4ea0011741695cb578cb3dae76', 1, 'checkForSeparatePmeRanks(const gmx::MDModulesNotifiers &notifiers, const gmx::DomdecOptions &options, int numRanksRequested, bool useGpuForNonbonded, bool useGpuForPme, bool canUseGpuPmeDecomposition): domdec_setup.cpp']
│ │ │ │ │ + ['checkforseparatepmeranks_419', ['checkforseparatepmeranks', ['../domdec__setup_8h.xhtml#af1353f4ea0011741695cb578cb3dae76', 1, 'checkForSeparatePmeRanks(const gmx::MDModulesNotifiers &notifiers, const gmx::DomdecOptions &options, int numRanksRequested, bool useGpuForNonbonded, bool useGpuForPme, bool canUseGpuPmeDecomposition): domdec_setup.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#abea3f9ee4e00310dbe1d1312c68f9f5e', 1, 'checkForSeparatePmeRanks(const gmx::MDModulesNotifiers &notifiers, const DomdecOptions &options, int numRanksRequested, bool useGpuForNonbonded, bool useGpuForPme, bool canUseGpuPmeDecomposition): domdec_setup.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['checkforunknownoptionsinkeyvaluetree_420', ['checkForUnknownOptionsInKeyValueTree', ['../group__module__options.xhtml#ga7c18bea4ebc5cb035834d3f117906952', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['checkforvalidrankcountrequests_421', ['checkforvalidrankcountrequests', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#aed2618a87839573af9df2e83420750ce', 1, 'checkForValidRankCountRequests(const int numRanksRequested, const bool usingPme, const int numPmeRanksRequested, const gmx::SeparatePmeRanksPermitted &separatePmeRanksPermitted, const bool checkForLargePrimeFactors): domdec_setup.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../domdec__setup_8h.xhtml#aad075b3a3e31c174bccf7d2e31ede565', 1, 'checkForValidRankCountRequests(int numRanksRequested, bool usingPme, int numPmeRanksRequested, const gmx::SeparatePmeRanksPermitted &separatePmeRanksPermitted, bool checkForLargePrimeFactors): domdec_setup.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['checkframe_422', ['checkFrame', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03.xhtml#a12c94937d1b66aa12c1f1e34affe5866', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['checkgpu_423', ['checkGpu', ['../namespacegmx.xhtml#a7ae7d9258116984d71d4ba590adefd1c', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ @@ -576,53 +576,53 @@
│ │ │ │ │ ['checkinteger_434', ['checkInteger', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#abb8d0f46f835599778fa12d12a28acf9', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]],
│ │ │ │ │ ['checkkernelsetup_435', ['checkKernelSetup', ['../namespacegmx.xhtml#a9af859e99a0de1ce603d94d97447210d', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['checkkeyvaluetreeobject_436', ['checkKeyValueTreeObject', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#aadb0319268d598086d62cc3f382be5a6', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]],
│ │ │ │ │ ['checkkeyvaluetreevalue_437', ['checkKeyValueTreeValue', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#add618bba4d39cbc41711da43418324ca', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]],
│ │ │ │ │ ['checklogicalprocessor_438', ['checkLogicalProcessor', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mockhardwaretopology_8cpp_03.xhtml#a7404c1100695ed0bf1f5c0118be797b0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mockhardwaretopology.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['checkmachine_439', ['checkMachine', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mockhardwaretopology_8cpp_03.xhtml#ae0ef6cae2955d46224d11e3142be62d2', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mockhardwaretopology.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['checkmap_440', ['checkMap', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mockhardwaretopology_8cpp_03.xhtml#afbe67a80d052967f14c5d9fa29be3724', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mockhardwaretopology.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['checkmdrun_441', ['checkmdrun', ['../classgmx_1_1test_1_1DensityFittingTest.xhtml#a7571ad0d5ecf73b42780b21aae5a93b2', 1, 'gmx::test::DensityFittingTest::checkMdrun()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1BondedInteractionsTest.xhtml#aa31fa5008e7d3dda56c2018fb2f3de78', 1, 'gmx::test::BondedInteractionsTest::checkMdrun()']
│ │ │ │ │ + ['checkmdrun_441', ['checkmdrun', ['../classgmx_1_1test_1_1BondedInteractionsTest.xhtml#aa31fa5008e7d3dda56c2018fb2f3de78', 1, 'gmx::test::BondedInteractionsTest::checkMdrun()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1DensityFittingTest.xhtml#a7571ad0d5ecf73b42780b21aae5a93b2', 1, 'gmx::test::DensityFittingTest::checkMdrun()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['checkmoduleproperties_442', ['checkModuleProperties', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#acf281841353a4e82b5532b7c7ede04b7', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['checkmoduleproperty_443', ['checkModuleProperty', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#a1737c33d590dbda6b33707e32d843fb6', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['checkmpicudaawaresupport_444', ['checkMpiCudaAwareSupport', ['../namespacegmx.xhtml#aa4aa18316458b9837f41b40a4d997243', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['checkmpihipawaresupport_445', ['checkMpiHipAwareSupport', ['../namespacegmx.xhtml#ac38e0326b581ae6ef55106eb193d6102', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['checkmpizeawaresupport_446', ['checkMpiZEAwareSupport', ['../namespacegmx.xhtml#a0be49c74d8346fa9f804a1eb893cc079', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['checkmtsconsistency_447', ['checkMtsConsistency', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02read__params_8cpp_03.xhtml#a287b7de97b2cc6df4a0b68fd75fcfc18', 1, 'gmx::anonymous_namespace{read_params.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['checkmtsinterval_448', ['checkMtsInterval', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02multipletimestepping_8cpp_03.xhtml#a823d145982ecf32da116d92cbebbf805', 1, 'gmx::anonymous_namespace{multipletimestepping.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['checkmtsrequirements_449', ['checkMtsRequirements', ['../namespacegmx.xhtml#a2e38a14714bf12072a97722e7e0283de', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['checkmultibodydistance_450', ['checkMultiBodyDistance', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1DistanceCalculationInfo.xhtml#aa686e4b3570569a9ab3c8f326b92926a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::DistanceCalculationInfo']]],
│ │ │ │ │ - ['checkoutput_451', ['checkoutput', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03.xhtml#acd60d304c0aec2a167837346c7f8b59d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::checkOutput()'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#a3ad0e5acaaf6853eaedad167c77b1b5e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::checkOutput()'],
│ │ │ │ │ + ['checkoutput_451', ['checkoutput', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#a3ad0e5acaaf6853eaedad167c77b1b5e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::checkOutput()'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03.xhtml#acd60d304c0aec2a167837346c7f8b59d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::checkOutput()'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03.xhtml#a8f6efb4f1b93d0ef5503066d1f8dafc0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::checkOutput()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['checkoutputfile_452', ['checkOutputFile', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02handlerestart_8cpp_03.xhtml#a4722c398737a57532ac4dee489f859c9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{handlerestart.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['checkoutputfiles_453', ['checkoutputfiles', ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLineTestHelper.xhtml#a4a9ea58f9c4b65df35452d5a640416f0', 1, 'gmx::test::CommandLineTestHelper::checkOutputFiles()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLineTestBase.xhtml#a264d07b5eac2f200136e1238268f15fd', 1, 'gmx::test::CommandLineTestBase::checkOutputFiles()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['checkpackage_454', ['checkPackage', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mockhardwaretopology_8cpp_03.xhtml#a3387c77476eeaec51d2390db1bbe17c2', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mockhardwaretopology.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['checkpendingdeviceerrorbetweensteps_455', ['checkpendingdeviceerrorbetweensteps', ['../gpu__utils_8h.xhtml#ab937dc6d3bcdc40cbebc923a200823c3', 1, 'checkPendingDeviceErrorBetweenSteps(): gpu_utils_hip.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../gpu__utils__hip_8cpp.xhtml#ab937dc6d3bcdc40cbebc923a200823c3', 1, 'checkPendingDeviceErrorBetweenSteps(): gpu_utils_hip.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../gpu__utils__impl_8cpp.xhtml#ab937dc6d3bcdc40cbebc923a200823c3', 1, 'checkPendingDeviceErrorBetweenSteps(): gpu_utils_impl.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['checkpoint_2ecpp_456', ['checkpoint.cpp', ['../gromacs_2fileio_2tests_2checkpoint_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../programs_2mdrun_2tests_2checkpoint_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['checkpointdata_457', ['checkpointdata', ['../classgmx_1_1ReadCheckpointDataHolder.xhtml#aa936b2ff015565992412f7b6d7cb911d', 1, 'gmx::ReadCheckpointDataHolder::checkpointData()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1WriteCheckpointDataHolder.xhtml#a68e115c68a7f9e55d495c84d104cf699', 1, 'gmx::WriteCheckpointDataHolder::checkpointData()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CheckpointData.xhtml', 1, 'gmx::CheckpointData< operation >']
│ │ │ │ │ + ['checkpointdata_457', ['checkpointdata', ['../classgmx_1_1WriteCheckpointDataHolder.xhtml#a68e115c68a7f9e55d495c84d104cf699', 1, 'gmx::WriteCheckpointDataHolder::checkpointData()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CheckpointData.xhtml', 1, 'gmx::CheckpointData< operation >'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ReadCheckpointDataHolder.xhtml#aa936b2ff015565992412f7b6d7cb911d', 1, 'gmx::ReadCheckpointDataHolder::checkpointData()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['checkpointdata_2ecpp_458', ['checkpointdata.cpp', ['../checkpointdata_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['checkpointdata_2eh_459', ['checkpointdata.h', ['../checkpointdata_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['checkpointdataoperation_460', ['CheckpointDataOperation', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gabb7ceb8d8304529be41677ede2f9b40c', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['checkpointdatatest_461', ['CheckpointDataTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02checkpointdata_8cpp_03_1_1CheckpointDataTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{checkpointdata.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['checkpointeddata_5f_462', ['checkpointedData_', ['../structgmx_1_1MDModulesCheckpointReadingDataOnMain.xhtml#aa5e134e843fc9b37d2c758ad89a1f5a3', 1, 'gmx::MDModulesCheckpointReadingDataOnMain']]],
│ │ │ │ │ - ['checkpointerror_463', ['checkpointerror', ['../classgmx_1_1CheckpointError.xhtml', 1, 'gmx::CheckpointError'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga9c22b8b5f95575b0ead65c36ea4927e5', 1, 'gmx::CheckpointError::CheckpointError()']
│ │ │ │ │ + ['checkpointerror_463', ['checkpointerror', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga9c22b8b5f95575b0ead65c36ea4927e5', 1, 'gmx::CheckpointError::CheckpointError()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CheckpointError.xhtml', 1, 'gmx::CheckpointError']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['checkpointhandler_464', ['checkpointhandler', ['../classgmx_1_1CheckpointHandler.xhtml', 1, 'gmx::CheckpointHandler'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CheckpointHandler.xhtml#a2385df0eebf7dc0a755d54795556760c', 1, 'gmx::CheckpointHandler::CheckpointHandler()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['checkpointhandler_2ecpp_465', ['checkpointhandler.cpp', ['../checkpointhandler_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['checkpointhandler_2eh_466', ['checkpointhandler.h', ['../checkpointhandler_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['checkpointheadercontents_467', ['CheckpointHeaderContents', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -936,20 +936,20 @@
│ │ │ │ │ ['cmap_5fsetup_5fgrid_5findex_620', ['cmap_setup_grid_index', ['../namespaceanonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#ab633656da7c571ef07545dc40d63e57c', 1, 'anonymous_namespace{bonded.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['cmapatomtypes_621', ['cmapAtomTypes', ['../structInteractionsOfType.xhtml#a6bded5f13e80427d245ffd81766e75b6', 1, 'InteractionsOfType']]],
│ │ │ │ │ ['cmapdata_622', ['cmapdata', ['../structgmx__cmap__t.xhtml#aa9e7f26ea95886d0fa833eed83cae1ca', 1, 'gmx_cmap_t']]],
│ │ │ │ │ ['cmapgridspacing_5f_623', ['cmapGridSpacing_', ['../structInteractionsOfType.xhtml#aa077cc69502b2f3f0faaa718059cc71c', 1, 'InteractionsOfType']]],
│ │ │ │ │ ['cmaprestypes_5f_624', ['cmapResTypes_', ['../structInteractionsOfType.xhtml#a1d8c4755ad9aa601d01712f8497cffd6', 1, 'InteractionsOfType']]],
│ │ │ │ │ ['cmdlinehelpcontext_2ecpp_625', ['cmdlinehelpcontext.cpp', ['../cmdlinehelpcontext_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['cmdlinehelpcontext_2eh_626', ['cmdlinehelpcontext.h', ['../cmdlinehelpcontext_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['cmdlinehelpmodule_2ecpp_627', ['cmdlinehelpmodule.cpp', ['../tests_2cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['cmdlinehelpmodule_2ecpp_627', ['cmdlinehelpmodule.cpp', ['../cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['cmdlinehelpmodule_2eh_628', ['cmdlinehelpmodule.h', ['../cmdlinehelpmodule_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['cmdlinehelpwriter_2ecpp_629', ['cmdlinehelpwriter.cpp', ['../tests_2cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['cmdlinehelpwriter_2ecpp_629', ['cmdlinehelpwriter.cpp', ['../cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['cmdlinehelpwriter_2eh_630', ['cmdlinehelpwriter.h', ['../cmdlinehelpwriter_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['cmdlineinit_2ecpp_631', ['cmdlineinit.cpp', ['../cmdlineinit_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['cmdlineinit_2eh_632', ['cmdlineinit.h', ['../cmdlineinit_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['cmdlinemodule_2ecpp_633', ['cmdlinemodule.cpp', ['../cmdlinemodule_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['cmdlinemodule_2eh_634', ['cmdlinemodule.h', ['../cmdlinemodule_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanager_2ecpp_635', ['cmdlinemodulemanager.cpp', ['../cmdlinemodulemanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ @@ -1039,16 +1039,16 @@
│ │ │ │ │ ['columnlist_695', ['ColumnList', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a0043d139b3d909e5253fb471db83dec2', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['columnrowsectionstart_5f_696', ['columnRowSectionStart_', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml#ac1e9b0d0a9ab44e2d5dbcaa7aff81516', 1, 'gmx::MrcDensityMapHeader']]],
│ │ │ │ │ ['columnrowsectiontoxyz_5f_697', ['columnRowSectionToXyz_', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml#a8b4274c85240707c9b56f65a33c2219b', 1, 'gmx::MrcDensityMapHeader']]],
│ │ │ │ │ ['columns_5f_698', ['columns_', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a38cb6aa1525b0eb729f1a24c19c63d34', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['columnsreceived_699', ['columnsReceived', ['../classgmx_1_1DomainCommForward.xhtml#a916effaa33e6231586c4b961b0b13dad', 1, 'gmx::DomainCommForward']]],
│ │ │ │ │ ['columnstosend_700', ['columnsToSend', ['../classgmx_1_1DomainCommBackward.xhtml#a2f11af96a78e031f85db11e9baff4f66', 1, 'gmx::DomainCommBackward']]],
│ │ │ │ │ ['colvarproxy_5fgromacs_5fversion_2eh_701', ['colvarproxy_gromacs_version.h', ['../colvarproxy__gromacs__version_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['colvarproxygromacs_702', ['colvarproxygromacs', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#a49f8b4229e2fce33c20747250e043610', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs::ColvarProxyGromacs()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs']
│ │ │ │ │ + ['colvarproxygromacs_702', ['colvarproxygromacs', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#a49f8b4229e2fce33c20747250e043610', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs::ColvarProxyGromacs()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['colvarproxygromacs_2ecpp_703', ['colvarproxygromacs.cpp', ['../colvarproxygromacs_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['colvarproxygromacs_2eh_704', ['colvarproxygromacs.h', ['../colvarproxygromacs_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['colvars_2ecpp_705', ['colvars.cpp', ['../colvars_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['colvarsatomcoords_706', ['colvarsAtomCoords', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a698f69c97138efa82e6dcbe5c46cab83', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]],
│ │ │ │ │ ['colvarsconfigcontent_707', ['colvarsConfigContent', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a2f4da1bfb7f70104ae4e0f04326f4c92', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]],
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│ │ │ │ │ ['combineljparams_739', ['combineLJParams', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testsystem_8cpp_03.xhtml#a78b6c94d2cfb87ebc471c374d6984bb0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testsystem.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['combinemtsforces_740', ['combineMtsForces', ['../namespacegmx.xhtml#afcfd8574060f00e6f0c1478a909344f1', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['combinemtsforcesbeforehaloexchange_741', ['combineMtsForcesBeforeHaloExchange', ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#aca5466bb9091d7aeb943d22f6aecb041', 1, 'gmx::StepWorkload']]],
│ │ │ │ │ ['cominplacetest_742', ['COMInPlaceTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02com_8cpp_03_1_1COMInPlaceTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{com.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['comm_743', ['comm', ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a1d3d022d33edbc2380cc837aaeb8ca33', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters']]],
│ │ │ │ │ ['comm_5f_744', ['comm_', ['../classgmx_1_1PhysicalNodeCommunicator.xhtml#a90b1846bc1595985aaca7ab49096395a', 1, 'gmx::PhysicalNodeCommunicator']]],
│ │ │ │ │ - ['comm_5fbox_5ffrac_745', ['comm_box_frac', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a7405fb13df3d4fd4fc95eeb703890eed', 1, 'comm_box_frac(const gmx::IVec &dd_nc, real cutoff, const gmx_ddbox_t &ddbox): domdec_setup.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../domdec__setup_8h.xhtml#a7405fb13df3d4fd4fc95eeb703890eed', 1, 'comm_box_frac(const gmx::IVec &dd_nc, real cutoff, const gmx_ddbox_t &ddbox): domdec_setup.cpp']
│ │ │ │ │ + ['comm_5fbox_5ffrac_745', ['comm_box_frac', ['../domdec__setup_8h.xhtml#a7405fb13df3d4fd4fc95eeb703890eed', 1, 'comm_box_frac(const gmx::IVec &dd_nc, real cutoff, const gmx_ddbox_t &ddbox): domdec_setup.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a7405fb13df3d4fd4fc95eeb703890eed', 1, 'comm_box_frac(const gmx::IVec &dd_nc, real cutoff, const gmx_ddbox_t &ddbox): domdec_setup.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['comm_5fcost_5fest_746', ['comm_cost_est', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#ae96afaac6a68e3a9bb9532b58ca5ebbc', 1, 'domdec_setup.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['comm_5fdd_5fns_5fcell_5fsizes_747', ['comm_dd_ns_cell_sizes', ['../partition_8cpp.xhtml#a208779ee480ab7e34e0fb18f7a7aa8e3', 1, 'partition.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['comm_5fpme_5fcost_5fvol_748', ['comm_pme_cost_vol', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a20163d5f7438af0d9178e5a056ad928d', 1, 'domdec_setup.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['command_20line_20help_749', ['Command line help', ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md73', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['command_20line_20manager_750', ['Command line manager', ['../page_wrapperbinary.xhtml#section_wrapperbinary_manager', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['command_20line_20modules_751', ['Command line modules', ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md72', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -1129,16 +1129,16 @@
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLine.xhtml#ad6b75c47633726d843527314031c3627', 1, 'gmx::test::CommandLine::CommandLine(const ArrayRef< const std::string > &cmdline)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLineTestBase.xhtml#aba2831a576c464327206ea473da28142', 1, 'gmx::test::CommandLineTestBase::commandLine()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLine.xhtml', 1, 'gmx::test::CommandLine'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#a394e045e3ea7eddeffb6c8ff17de390c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::commandLine()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['commandlinecommonoptionsholder_755', ['CommandLineCommonOptionsHolder', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['commandlineformdrun_5f_756', ['commandLineForMdrun_', ['../classgmx_1_1test_1_1DensityFittingTest.xhtml#abe7c342f1f88e7d465277c6f6507bbf0', 1, 'gmx::test::DensityFittingTest']]],
│ │ │ │ │ - ['commandlinehelpcontext_757', ['commandlinehelpcontext', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#ab8207805a678bb8af28415fb50d1dea0', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(const HelpWriterContext &writerContext)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#a11a70b944da6e9349d44672830782d0d', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(TextWriter *writer, HelpOutputFormat format, const HelpLinks *links, const std::string &programName)'],
│ │ │ │ │ + ['commandlinehelpcontext_757', ['commandlinehelpcontext', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#a11a70b944da6e9349d44672830782d0d', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(TextWriter *writer, HelpOutputFormat format, const HelpLinks *links, const std::string &programName)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#ab8207805a678bb8af28415fb50d1dea0', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(const HelpWriterContext &writerContext)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#ad7f9fbd02b30848a7a1e01594e42b02a', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(ShellCompletionWriter *writer)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#a727823bb084a68767593e9640fd6f564', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(const CommandLineHelpContext &other)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#aed5e0742de34e9852b1756419533a084', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(CommandLineHelpContext &&other) noexcept'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['commandlinehelpmodule_758', ['commandlinehelpmodule', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml#a5a9d0730865fd24ceeac309fe74ec279', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule::CommandLineHelpModule()']
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_7.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -455,78 +455,78 @@
│ │ │ │ │ ['densityfittingamplitudelookup_2ecpp_279', ['densityfittingamplitudelookup.cpp', ['../tests_2densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingamplitudelookup_2eh_280', ['densityfittingamplitudelookup.h', ['../densityfittingamplitudelookup_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingamplitudemethod_281', ['DensityFittingAmplitudeMethod', ['../namespacegmx.xhtml#ab0ad78613a262a1d4fcce5d18525099f', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingforce_282', ['densityfittingforce', ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#acf7150b3a47e6878c27e70500c221d4a', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce(const GaussianSpreadKernelParameters::Shape &kernelShapeParameters)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#a4515397cbc5ab594e8e9066302e02eca', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce(const DensityFittingForce &other)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml', 1, 'gmx::DensityFittingForce'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#a3eab6d07afa82b211179207e74072ff0', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#a3eab6d07afa82b211179207e74072ff0', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce(DensityFittingForce &&other) noexcept'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml', 1, 'gmx::DensityFittingForce']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['densityfittingforce_2ecpp_283', ['densityfittingforce.cpp', ['../densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['densityfittingforce_2ecpp_283', ['densityfittingforce.cpp', ['../tests_2densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingforce_2eh_284', ['densityfittingforce.h', ['../densityfittingforce_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingforceprovider_285', ['densityfittingforceprovider', ['../classgmx_1_1DensityFittingForceProvider.xhtml#a99f34ce28c7c4b269fe7b9cc0c61c255', 1, 'gmx::DensityFittingForceProvider::DensityFittingForceProvider()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingForceProvider.xhtml', 1, 'gmx::DensityFittingForceProvider']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['densityfittingforceprovider_2ecpp_286', ['densityfittingforceprovider.cpp', ['../densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['densityfittingforceprovider_2ecpp_286', ['densityfittingforceprovider.cpp', ['../tests_2densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingforceprovider_2eh_287', ['densityfittingforceprovider.h', ['../densityfittingforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingforceproviderstate_288', ['DensityFittingForceProviderState', ['../structgmx_1_1DensityFittingForceProviderState.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingmdptransformfromstring_289', ['densityfittingMdpTransformFromString', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02densityfittingoptions_8cpp_03.xhtml#ad01120df989f6892f2b3716de8220d89', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfittingoptions.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingmodule_2ecpp_290', ['densityfittingmodule.cpp', ['../densityfittingmodule_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingmoduleinfo_291', ['DensityFittingModuleInfo', ['../structgmx_1_1DensityFittingModuleInfo.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingoptions_292', ['DensityFittingOptions', ['../classgmx_1_1DensityFittingOptions.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['densityfittingoptions_2ecpp_293', ['densityfittingoptions.cpp', ['../densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['densityfittingoptions_2ecpp_293', ['densityfittingoptions.cpp', ['../tests_2densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingoptions_2eh_294', ['densityfittingoptions.h', ['../densityfittingoptions_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingoutputprovider_295', ['DensityFittingOutputProvider', ['../classgmx_1_1DensityFittingOutputProvider.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingoutputprovider_2ecpp_296', ['densityfittingoutputprovider.cpp', ['../densityfittingoutputprovider_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingoutputprovider_2eh_297', ['densityfittingoutputprovider.h', ['../densityfittingoutputprovider_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingparameters_298', ['DensityFittingParameters', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingparameters_2eh_299', ['densityfittingparameters.h', ['../densityfittingparameters_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingsimulationparametersetup_300', ['DensityFittingSimulationParameterSetup', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingtest_301', ['DensityFittingTest', ['../classgmx_1_1test_1_1DensityFittingTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['densitysimilaritycrosscorrelation_302', ['densitysimilaritycrosscorrelation', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityCrossCorrelation.xhtml#a4ee22cb21ab72112c8abf3e587e5eccd', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityCrossCorrelation::DensitySimilarityCrossCorrelation()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityCrossCorrelation.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityCrossCorrelation']
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│ │ │ │ │ - ['densitysimilarityinnerproduct_303', ['densitysimilarityinnerproduct', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityInnerProduct.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityInnerProduct'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityInnerProduct.xhtml#a96f37a060eef783e6c336578c6b17ffa', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityInnerProduct::DensitySimilarityInnerProduct()']
│ │ │ │ │ + ['densitysimilarityinnerproduct_303', ['densitysimilarityinnerproduct', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityInnerProduct.xhtml#a96f37a060eef783e6c336578c6b17ffa', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityInnerProduct::DensitySimilarityInnerProduct()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityInnerProduct.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityInnerProduct']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['densitysimilaritymeasure_304', ['densitysimilaritymeasure', ['../classgmx_1_1DensitySimilarityMeasure.xhtml#a188a695f4f6981e8e79736214b2dffed', 1, 'gmx::DensitySimilarityMeasure::DensitySimilarityMeasure(DensitySimilarityMeasureMethod method, density referenceDensity)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DensitySimilarityMeasure.xhtml#af093604e59c0ae7d7a00cc06d254b7de', 1, 'gmx::DensitySimilarityMeasure::DensitySimilarityMeasure(DensitySimilarityMeasure &&other) noexcept'],
│ │ │ │ │ + ['densitysimilaritymeasure_304', ['densitysimilaritymeasure', ['../classgmx_1_1DensitySimilarityMeasure.xhtml#a188a695f4f6981e8e79736214b2dffed', 1, 'gmx::DensitySimilarityMeasure::DensitySimilarityMeasure()'],
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│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DensitySimilarityMeasure.xhtml#aa928209c9b6274f37b3feb27487982e0', 1, 'gmx::DensitySimilarityMeasure::DensitySimilarityMeasure()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensitySimilarityMeasure.xhtml#af093604e59c0ae7d7a00cc06d254b7de', 1, 'gmx::DensitySimilarityMeasure::DensitySimilarityMeasure(DensitySimilarityMeasure &&other) noexcept'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensitySimilarityMeasure.xhtml#aa928209c9b6274f37b3feb27487982e0', 1, 'gmx::DensitySimilarityMeasure::DensitySimilarityMeasure(const DensitySimilarityMeasure &other)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['densitysimilaritymeasuremethod_305', ['DensitySimilarityMeasureMethod', ['../namespacegmx.xhtml#a659cc27006f5ed7f2ecb076126f0857f', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['densitysimilarityrelativeentropy_306', ['densitysimilarityrelativeentropy', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityRelativeEntropy.xhtml#a74837f6fde669bc6fb1acf9467aa6135', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityRelativeEntropy::DensitySimilarityRelativeEntropy()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityRelativeEntropy.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityRelativeEntropy']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['dependency_20graph_307', ['Module dependency graph', ['../page_modulegraph.xhtml', 1, 'index']]],
│ │ │ │ │ - ['derivative_308', ['derivative', ['../structgmx_1_1NumericalSplineTableInput.xhtml#a5a62dd0e8d27284c17e59cd4a6e2f1b5', 1, 'gmx::NumericalSplineTableInput::derivative'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1AnalyticalSplineTableInput.xhtml#a5163c472ec0200cd6c48dbe7075fb5f7', 1, 'gmx::AnalyticalSplineTableInput::derivative']
│ │ │ │ │ + ['derivative_308', ['derivative', ['../structgmx_1_1AnalyticalSplineTableInput.xhtml#a5163c472ec0200cd6c48dbe7075fb5f7', 1, 'gmx::AnalyticalSplineTableInput::derivative'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NumericalSplineTableInput.xhtml#a5a62dd0e8d27284c17e59cd4a6e2f1b5', 1, 'gmx::NumericalSplineTableInput::derivative']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['desc_309', ['desc', ['../structt__pargs.xhtml#a6ad8807f446b68a6c8d764ecb394feaa', 1, 't_pargs::desc'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NumericalSplineTableInput.xhtml#aba3ffc19198b0d92459e38438108c8a7', 1, 'gmx::NumericalSplineTableInput::desc'],
│ │ │ │ │ - ['../structt__mapping.xhtml#a278fea1aa037831886bdbe5edbb46a21', 1, 't_mapping::desc'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1AnalyticalSplineTableInput.xhtml#ad7e66e1eeabef358ddca2a3a2e61a014', 1, 'gmx::AnalyticalSplineTableInput::desc']
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1AnalyticalSplineTableInput.xhtml#ad7e66e1eeabef358ddca2a3a2e61a014', 1, 'gmx::AnalyticalSplineTableInput::desc'],
│ │ │ │ │ + ['../structt__mapping.xhtml#a278fea1aa037831886bdbe5edbb46a21', 1, 't_mapping::desc']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['describenegationto_310', ['describenegationto', ['../classgmx_1_1test_1_1RVecMatcher.xhtml#ab02df23c3cd9e32c6254e8ad62748005', 1, 'gmx::test::RVecMatcher::DescribeNegationTo()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#a8cbd9361625afc3b74009bbcb416fbb4', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::DescribeNegationTo()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['describeto_311', ['describeto', ['../classgmx_1_1test_1_1RVecMatcher.xhtml#ac3354c999725b25550a018becd653f1b', 1, 'gmx::test::RVecMatcher::DescribeTo()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#aa882969bb93bebe25b7c701c0a947e26', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::DescribeTo()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['description_312', ['description', ['../structgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl_1_1SelectionRequest.xhtml#a6777db2e9afb678f3ff6ac689de39250', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::SelectionRequest::description()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a93759b48e9bcea7a890ae6f2bf850ff5', 1, 'gmx::OptionTemplate::description()'],
│ │ │ │ │ + ['description_312', ['description', ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a08320dd95f482581101dcf84bcef3ebe', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::description()'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl_1_1SelectionRequest.xhtml#a6777db2e9afb678f3ff6ac689de39250', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::SelectionRequest::description()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#af1fb2dc1689e264a1f3966d30d62e8a9', 1, 'gmx::test::TestDevice::description()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a08320dd95f482581101dcf84bcef3ebe', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::description()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a93759b48e9bcea7a890ae6f2bf850ff5', 1, 'gmx::OptionTemplate::description()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['descriptionwithoptiondetails_313', ['descriptionWithOptionDetails', ['../group__module__commandline.xhtml#gafaaf978f9092c4e61c8413eb51388ced', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['deserialize_314', ['deserialize', ['../classgmx_1_1ReadCheckpointDataHolder.xhtml#a573409925bc2f6892828dc2d554f880f', 1, 'gmx::ReadCheckpointDataHolder']]],
│ │ │ │ │ ['deserializedeviceinformations_315', ['deserializedeviceinformations', ['../device__management__common_8cpp.xhtml#ac3e3321880ed36de04c55efebb5fcbef', 1, 'deserializeDeviceInformations(gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../device__management_8h.xhtml#ac3e3321880ed36de04c55efebb5fcbef', 1, 'deserializeDeviceInformations(gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['deserializefepstatevalue_316', ['deserializefepstatevalue', ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a6bab98176abca317035cb40cf361903e', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::deserializeFEPStateValue(gmx::ISerializer *serializer, FEPStateValue< NameHolder > *value, const StringTable &table)'],
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│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -266,28 +266,28 @@
│ │ │ │ │ ['enableexternalfepstatesetting_163', ['enableexternalfepstatesetting', ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData.xhtml#a8aab439423afb11beab47abb9201f6bc', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::enableExternalFepStateSetting()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#a8d891ed09cdc529b8b91023c5fe54ac7', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::enableExternalFepStateSetting()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['enablefpexceptions_164', ['enableFPExceptions', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#afffd8e4835ea5a633d3a6ab2b9c62ae7', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]],
│ │ │ │ │ ['enablegpupmedecomposition_165', ['enableGpuPmeDecomposition', ['../structgmx_1_1DevelopmentFeatureFlags.xhtml#a04cfda43ef27edf7b7843ba78f183a81', 1, 'gmx::DevelopmentFeatureFlags']]],
│ │ │ │ │ ['enablenvshmem_166', ['enableNvshmem', ['../structgmx_1_1DevelopmentFeatureFlags.xhtml#ae0c857b2cd89caa0d9c6b0da311083a7', 1, 'gmx::DevelopmentFeatureFlags']]],
│ │ │ │ │ ['encodedvalue_167', ['encodedValue', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02haloexchange__mpi_8cpp_03.xhtml#a777c050279cadf1f42c3145b123bd13c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{haloexchange_mpi.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['end_168', ['end', ['../classWorkDivision.xhtml#a55b972ca8118361804f650ae4fd70f77', 1, 'WorkDivision::end()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Range.xhtml#a5f692bf991d88d90ed8e33cc29a1cc51', 1, 'gmx::Range::end()'],
│ │ │ │ │ + ['end_168', ['end', ['../classgmx_1_1Range.xhtml#a5f692bf991d88d90ed8e33cc29a1cc51', 1, 'gmx::Range::end()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#ad78963af3304f05b7afb61f3d2d3c682', 1, 'gmx::ArrayRef::end()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a0ce73444d0fb3143d0af6a5f8b3ab1c1', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::end() noexcept'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a1950a5a0fa86373664dd67fa2b7341f1', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::end() const noexcept'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a822dc495870d6ced6e1e3bf3dd12b001', 1, 'gmx::EnergyFrame::end()'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#adc38f264fbd12f7c458acaa006bafc23', 1, 'gmx::end(const BasicMdspan &basicMdspan)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a052781576fbbc1c6970be93d67899ed6', 1, 'gmx::end(MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ad27509079b48f39c3f4fab22fd1a7796', 1, 'gmx::end(const MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'],
│ │ │ │ │ ['../classIListRange.xhtml#af63fb2ced09ef9eccb0e88fbc7b26b09', 1, 'IListRange::end()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#ac9ab5be006073499a3fc86511b7fb2da', 1, 'gmx::EnergyTerm::end()'],
│ │ │ │ │ + ['../classWorkDivision.xhtml#a55b972ca8118361804f650ae4fd70f77', 1, 'WorkDivision::end()'],
│ │ │ │ │ ['../classAtomRange.xhtml#a61e27abc7881206f14ae2dd2af0e97f3', 1, 'AtomRange::end()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#aa5d327c9a3459a9130dca36a084625c7', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::end()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IntegerBox.xhtml#a88b65fffe1dd2f10b4283ce6c7c0881f', 1, 'gmx::IntegerBox::end()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#ac9ab5be006073499a3fc86511b7fb2da', 1, 'gmx::EnergyTerm::end()'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ad27509079b48f39c3f4fab22fd1a7796', 1, 'gmx::end(const MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a052781576fbbc1c6970be93d67899ed6', 1, 'gmx::end(MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#adc38f264fbd12f7c458acaa006bafc23', 1, 'gmx::end(const BasicMdspan &basicMdspan)']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#aa5d327c9a3459a9130dca36a084625c7', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::end()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['end_5f_169', ['end_', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolIterator_1_1Impl.xhtml#adaad6e3477afb09f0ebce0ad91d3bd6d', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolIterator::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['end_5faction_170', ['END_ACTION', ['../parser__internal_8h.xhtml#a8cff21a873fa69df9a845af194a2bb38', 1, 'parser_internal.h']]],
│ │ │ │ │ ['end_5faction_5ftoplevel_171', ['END_ACTION_TOPLEVEL', ['../parser__internal_8h.xhtml#ac78a505847a3259da9fdc0ab88fd97f2', 1, 'parser_internal.h']]],
│ │ │ │ │ ['endianswapbehavior_172', ['EndianSwapBehavior', ['../namespacegmx.xhtml#a9dcfc375435eb5edc0e45544fd43e655', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['endindex_173', ['endIndex', ['../structgmx_1_1SelectionLocation.xhtml#a41e340847acbb630e084602422793e99', 1, 'gmx::SelectionLocation']]],
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│ │ │ │ │ ['expectnoentries_567', ['expectNoEntries', ['../classgmx_1_1test_1_1LoggerTestHelper.xhtml#ab37b82522f455fb9160bde3f1feb9c07', 1, 'gmx::test::LoggerTestHelper']]],
│ │ │ │ │ ['expects_568', ['Expects', ['../pointers_8h.xhtml#a128eed9cc242b5e850cf1391744bf099', 1, 'pointers.h']]],
│ │ │ │ │ ['expectvalidstreams_569', ['expectValidStreams', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02device__stream__manager_8cpp_03.xhtml#aa936e46ecfe3ed2d8bcab86c45c687a1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{device_stream_manager.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['expfit_2ecpp_570', ['expfit.cpp', ['../tests_2expfit_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../expfit_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
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│ │ │ │ │ ['expfit_2eh_571', ['expfit.h', ['../expfit_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['exponentialdistribution_572', ['exponentialdistribution', ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#ac05671078f935d10e725ea3a28e97892', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::ExponentialDistribution(const param_type &param)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#a5343846298b8a4472dca16925ecfea72', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::ExponentialDistribution(result_type lambda=1.0)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml', 1, 'gmx::ExponentialDistribution< RealType >']
│ │ │ │ │ + ['exponentialdistribution_572', ['exponentialdistribution', ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#ac05671078f935d10e725ea3a28e97892', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::ExponentialDistribution()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml', 1, 'gmx::ExponentialDistribution< RealType >'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#a5343846298b8a4472dca16925ecfea72', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::ExponentialDistribution()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['exponentialdistribution_2ecpp_573', ['exponentialdistribution.cpp', ['../exponentialdistribution_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['exponentialdistribution_2eh_574', ['exponentialdistribution.h', ['../exponentialdistribution_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['exponentialmovingaverage_575', ['exponentialmovingaverage', ['../classgmx_1_1ExponentialMovingAverage.xhtml#a2c184672771f47615b67e3b72dd79423', 1, 'gmx::ExponentialMovingAverage::ExponentialMovingAverage()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialMovingAverage.xhtml', 1, 'gmx::ExponentialMovingAverage']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['exponentialmovingaverage_2ecpp_576', ['exponentialmovingaverage.cpp', ['../exponentialmovingaverage_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2exponentialmovingaverage_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['exponentialmovingaverage_2ecpp_576', ['exponentialmovingaverage.cpp', ['../tests_2exponentialmovingaverage_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../exponentialmovingaverage_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['exponentialmovingaverage_2eh_577', ['exponentialmovingaverage.h', ['../exponentialmovingaverage_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['exponentialmovingaveragestate_578', ['ExponentialMovingAverageState', ['../structgmx_1_1ExponentialMovingAverageState.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['exponentialmovingaveragestate_5f_579', ['exponentialMovingAverageState_', ['../structgmx_1_1DensityFittingForceProviderState.xhtml#a6f14bf9ea662f145cfa4cfc01b15bb97', 1, 'gmx::DensityFittingForceProviderState']]],
│ │ │ │ │ ['exponentialmovingaveragestateaskeyvaluetree_580', ['exponentialMovingAverageStateAsKeyValueTree', ['../namespacegmx.xhtml#a4fb56f226b415783122e3717d943e47e', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['exponentialmovingaveragestatefromkeyvaluetree_581', ['exponentialMovingAverageStateFromKeyValueTree', ['../namespacegmx.xhtml#a89ca8039bafc56d60c8bbce0d33960ae', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['exponentialmovingaveragestatename_5f_582', ['exponentialMovingAverageStateName_', ['../structgmx_1_1DensityFittingForceProviderState.xhtml#ad2650124e0f716fd6c9119f7d72efe0e', 1, 'gmx::DensityFittingForceProviderState']]],
│ │ │ │ │ ['exporthelp_583', ['exportHelp', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1RootHelpTopic.xhtml#aaba76314773f5237155d1dbb8cac5119', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::RootHelpTopic']]],
│ │ │ │ │ ['exportmodulegroup_584', ['exportmodulegroup', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1IHelpExport.xhtml#abc034447077075a849bb3d54c68f5ab4', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::IHelpExport::exportModuleGroup()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportReStructuredText.xhtml#aea5e6168d251f13a66a760b83cae4532', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportReStructuredText::exportModuleGroup()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportCompletion.xhtml#a68e20b13c026872660502619604bb59e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportCompletion::exportModuleGroup()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['exportmodulehelp_585', ['exportmodulehelp', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1IHelpExport.xhtml#a59d32b9ce16f83ac1a6cd73f28335ad1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::IHelpExport::exportModuleHelp()'],
│ │ │ │ │ + ['exportmodulehelp_585', ['exportmodulehelp', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportReStructuredText.xhtml#adeb369035b111925b96427a1bca05eed', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportReStructuredText::exportModuleHelp()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportCompletion.xhtml#a21f20a0154660bbdf5582ee3d3179c8c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportCompletion::exportModuleHelp()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportReStructuredText.xhtml#adeb369035b111925b96427a1bca05eed', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportReStructuredText::exportModuleHelp()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1IHelpExport.xhtml#a59d32b9ce16f83ac1a6cd73f28335ad1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::IHelpExport::exportModuleHelp(const ICommandLineModule &module, const std::string &tag, const std::string &displayName)=0']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['exporttopic_586', ['exporttopic', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1IHelpExport.xhtml#a7e75e2ac885b55cb0abf221a1cb9026c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::IHelpExport::exportTopic()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportReStructuredText.xhtml#a97a8b0f7adf830711332cd74f837609f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportReStructuredText::exportTopic()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportCompletion.xhtml#a1adc2670c9496de8730ec43402266148', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportCompletion::exportTopic()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['expr_587', ['expr', ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a2dbcd27c063161511f0fbb3159be2892', 1, 'gmx::SelectionTreeElement']]],
│ │ │ │ │ ['expr_5f_588', ['expr_', ['../classgmx_1_1SelectionParserValue.xhtml#a164e477ccf3a9e3e34f475955d50baf0', 1, 'gmx::SelectionParserValue']]],
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│ │ │ │ │ - ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a088fcdaa020b75c5bc1bdf201ad55c32', 1, 'gmx_pme_pp::f'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#af691cb2adb40e7a78bd1f4adb11d3aa8', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::OutputQuantities::f'],
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│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a19f390325ead8081d3d9ac186423f093', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::OutputQuantities::f'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a40c5846035582d03adff0ba71ff8815d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::OutputQuantities::f'],
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│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__output__t.xhtml#a73fe83acac93d2c811ed989768503a13', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_output_t::f'],
│ │ │ │ │ ['../structem__state.xhtml#a62614e0a1cc0cd8a8c4699f7198894d8', 1, 'em_state::f'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02leapfrog_8cpp_03_1_1LeapFrogTestParameters.xhtml#a51116a387cf09088f366f4dba556acb7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTestParameters::f'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTestParameters.xhtml#a0d034e86457fa48c4ed969b68aeff3da', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTestParameters::f']
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTestParameters.xhtml#a0d034e86457fa48c4ed969b68aeff3da', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTestParameters::f'],
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│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['f_5fdvdl_5ftemperature_1', ['F_DVDL_TEMPERATURE', ['../ifunc_8h.xhtml#a098384b0034af0daa7c9c5c82b563567a2e410d3299f7cefbd047ce3aebcc670c', 1, 'ifunc.h']]],
│ │ │ │ │ ['f_5find_2', ['f_ind', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#ac4bf850f3fc3b86d4dd7d95e34fe37e0', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['f_5fnre_3', ['F_NRE', ['../ifunc_8h.xhtml#a098384b0034af0daa7c9c5c82b563567a619bce9d967702fd746289c3f61269f2', 1, 'ifunc.h']]],
│ │ │ │ │ ['f_5frot_5floc_4', ['f_rot_loc', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#a7315a01f64703f5b8fc100d76f6a6588', 1, 'gmx_enfrotgrp']]],
│ │ │ │ │ ['factorize_5', ['factorize', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a16e508bed9b154f301b87efa8a1ab1f4', 1, 'domdec_setup.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['factorymethod_6', ['FactoryMethod', ['../classgmx_1_1ICommandLineOptionsModule.xhtml#a600f22ce0fca3bca1aaf672395e4778e', 1, 'gmx::ICommandLineOptionsModule']]],
│ │ │ │ │ @@ -25,50 +25,50 @@
│ │ │ │ │ ['family_9', ['family', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#abbbaab9822a699512000154c7ffb951f', 1, 'gmx::CpuInfo']]],
│ │ │ │ │ ['family_20treatments_20of_20long_20ranged_20forces_10', ['Ewald-family treatments of long-ranged forces', ['../group__module__ewald.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['fargs_11', ['FARGS', ['../fatalerror_8h.xhtml#ad420b10b269f0310c1ace73100fb5aad', 1, 'fatalerror.h']]],
│ │ │ │ │ ['fastvector_12', ['FastVector', ['../namespacegmx.xhtml#a5f67df7b3d9b255cd080ab2855ef7dd2', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['fatalerror_2eh_13', ['fatalerror.h', ['../fatalerror_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['fbox_5fdiag_14', ['fbox_diag', ['../structt__pbc.xhtml#a80f61f863ae0f86d1096f317afbf232f', 1, 't_pbc']]],
│ │ │ │ │ ['fbposres_15', ['fbposres', ['../namespaceanonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#a43972af0b71f550e9b44bf8aaec34664', 1, 'anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['fbposres_5fwrapper_16', ['fbposres_wrapper', ['../position__restraints_8h.xhtml#a49ca1c053c4bd609b84cc739e9df0bfa', 1, 'fbposres_wrapper(gmx::ArrayRef< const int > iatoms, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparamsFBPosres, const t_pbc &pbc, const rvec *x, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< rvec4 > forces, gmx::RVec *virial): position_restraints.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../position__restraints_8cpp.xhtml#a49ca1c053c4bd609b84cc739e9df0bfa', 1, 'fbposres_wrapper(gmx::ArrayRef< const int > iatoms, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparamsFBPosres, const t_pbc &pbc, const rvec *x, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< rvec4 > forces, gmx::RVec *virial): position_restraints.cpp']
│ │ │ │ │ + ['fbposres_5fwrapper_16', ['fbposres_wrapper', ['../position__restraints_8cpp.xhtml#a49ca1c053c4bd609b84cc739e9df0bfa', 1, 'fbposres_wrapper(gmx::ArrayRef< const int > iatoms, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparamsFBPosres, const t_pbc &pbc, const rvec *x, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< rvec4 > forces, gmx::RVec *virial): position_restraints.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../position__restraints_8h.xhtml#a49ca1c053c4bd609b84cc739e9df0bfa', 1, 'fbposres_wrapper(gmx::ArrayRef< const int > iatoms, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparamsFBPosres, const t_pbc &pbc, const rvec *x, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< rvec4 > forces, gmx::RVec *virial): position_restraints.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fc_17', ['fc', ['../structt__oriresdata.xhtml#a3f53eeced8bb470f9e6744c13094cb4a', 1, 't_oriresdata']]],
│ │ │ │ │ ['fclose_5fwrapper_18', ['fclose_wrapper', ['../namespacegmx.xhtml#a2d82b9b01f203ad5d99eaa11afb0e2fb', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['fclosewrapper_19', ['fclosewrapper', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02ebin_8cpp_03.xhtml#a254383541735412e65db96fd868c6a31', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{ebin.cpp}::fcloseWrapper()'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03.xhtml#a322edc57107adfbd9f0d8c1d838a05a5', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::fcloseWrapper()']
│ │ │ │ │ + ['fclosewrapper_19', ['fclosewrapper', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03.xhtml#a322edc57107adfbd9f0d8c1d838a05a5', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::fcloseWrapper()'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02ebin_8cpp_03.xhtml#a254383541735412e65db96fd868c6a31', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{ebin.cpp}::fcloseWrapper()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fcoords_20', ['FCoords', ['../namespacegmx.xhtml#aa72f45c17038ea5aae00ba6b17cab901a3450af452b893d21b872bbf8683b7df8', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['feature_21', ['feature', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#a634410a544ba8fb20dfd94f53e7cb27f', 1, 'gmx::CpuInfo::feature(Feature f) const'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#ac8981fb299411577dccba90b335a9085', 1, 'gmx::CpuInfo::Feature']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['features_22', ['Features', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#a07f2b126c9ee81ac1577b49b18b0bed6a98f770b0af18ca763421bac22b4b6805', 1, 'gmx::CpuInfo']]],
│ │ │ │ │ ['featureset_23', ['featureSet', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#ac826abf4d614f73e5d8c7d2958ce30e6', 1, 'gmx::CpuInfo']]],
│ │ │ │ │ ['featurestring_24', ['featureString', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#a261a17115d44f8e4e866ec920da62b67', 1, 'gmx::CpuInfo']]],
│ │ │ │ │ - ['fep_25', ['fep', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a3984084d8090abf3c5b0805c5ff7ca9e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::ListInput::fep'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#aa0cfe0cf8a902a682bd67e199cc7483b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput::fep']
│ │ │ │ │ + ['fep_25', ['fep', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#aa0cfe0cf8a902a682bd67e199cc7483b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput::fep'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a3984084d8090abf3c5b0805c5ff7ca9e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::ListInput::fep']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fep_5flist_5fnew_5fnri_5fcopy_26', ['fep_list_new_nri_copy', ['../namespacegmx.xhtml#a6143ca1c271ab9670850e2ff87b9f21c', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['fep_5fstate_27', ['fep_state', ['../structTpxFileHeader.xhtml#a3e6d181da70f5976a240943c94d74969', 1, 'TpxFileHeader::fep_state'],
│ │ │ │ │ ['../classt__state.xhtml#a1a50c4a421790dc5a2bec971c4fccca4', 1, 't_state::fep_state']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fep_5fstate_5fa_28', ['FEP_STATE_A', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6e686cf9fadaac1ce39b08416f7614da', 1, 'pme_gpu_internal.h']]],
│ │ │ │ │ ['fep_5fstate_5fb_29', ['FEP_STATE_B', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ae6dd68494c14b66f86ff58a5e0a1aa93', 1, 'pme_gpu_internal.h']]],
│ │ │ │ │ ['fepbits_30', ['fepBits', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#a412edebcf3d180397f2647d03f04fa60', 1, 'gmx::Grid']]],
│ │ │ │ │ - ['fepdimparams_31', ['fepdimparams', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#aaddac033528c91ab831c36981ad0bf12', 1, 'gmx::DimParams::fepDimParams() const'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1DimParams_1_1FepDimParams.xhtml', 1, 'gmx::DimParams::FepDimParams']
│ │ │ │ │ + ['fepdimparams_31', ['fepdimparams', ['../structgmx_1_1DimParams_1_1FepDimParams.xhtml', 1, 'gmx::DimParams::FepDimParams'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#aaddac033528c91ab831c36981ad0bf12', 1, 'gmx::DimParams::fepDimParams() const']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['feplambdadimparams_32', ['fepLambdaDimParams', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a7dc64a12c8e1081550e64f355b5a0682', 1, 'gmx::DimParams']]],
│ │ │ │ │ ['feplambdastate_33', ['fepLambdaState', ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#adfc3a70dde1b72c20abe5688cf98d4ba', 1, 'gmx::Awh']]],
│ │ │ │ │ ['feplists_34', ['fepLists', ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml#a2f86424e43ae14d1334dc9485c40b876', 1, 'gmx::PairlistSet']]],
│ │ │ │ │ ['fepstatesetting_35', ['FepStateSetting', ['../classgmx_1_1FepStateSetting.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['fepstatevalue_36', ['fepstatevalue', ['../structFEPStateValue.xhtml#ad203d2ae99649841dd5ecd72f015167a', 1, 'FEPStateValue::FEPStateValue()'],
│ │ │ │ │ - ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, 'FEPStateValue< T >'],
│ │ │ │ │ + ['fepstatevalue_36', ['fepstatevalue', ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, 'FEPStateValue< T >'],
│ │ │ │ │ ['../structFEPStateValue.xhtml#a638b5206f78383252ae56f4a257fb922', 1, 'FEPStateValue::FEPStateValue()=default'],
│ │ │ │ │ - ['../structFEPStateValue.xhtml#ae45c0dca25a0b1b48a68c10767d59483', 1, 'FEPStateValue::FEPStateValue(T value)']
│ │ │ │ │ + ['../structFEPStateValue.xhtml#ae45c0dca25a0b1b48a68c10767d59483', 1, 'FEPStateValue::FEPStateValue(T value)'],
│ │ │ │ │ + ['../structFEPStateValue.xhtml#ad203d2ae99649841dd5ecd72f015167a', 1, 'FEPStateValue::FEPStateValue(T valueA, T valueB)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fepstatevalue_3c_20nameholder_20_3e_37', ['FEPStateValue< NameHolder >', ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['fepstatevalue_3c_20real_20_3e_38', ['FEPStateValue< real >', ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['fepstatevalue_3c_20unsigned_20short_20_3e_39', ['FEPStateValue< unsigned short >', ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['fetchcoulombforcer_40', ['fetchCoulombForceR', ['../namespacegmx.xhtml#af4358df7df7ec8c2d2ad3014049c9ff0', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['fetchfromparamlookuptable_41', ['fetchFromParamLookupTable', ['../hip__kernel__utils_8h.xhtml#a7ad14d6bc00ea67ddd8c5435c07a8881', 1, 'hip_kernel_utils.h']]],
│ │ │ │ │ ['fetchnextevent_42', ['fetchnextevent', ['../classGpuRegionTimerImpl.xhtml#ace9b9965e5b0dec64d5d74af36035a63', 1, 'GpuRegionTimerImpl::fetchNextEvent()'],
│ │ │ │ │ @@ -96,89 +96,89 @@
│ │ │ │ │ ['fftbackend_62', ['FftBackend', ['../namespacegmx.xhtml#aad56f475765c1a78ee7f33e143e717bb', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['fftdirection_63', ['FftDirection', ['../namespacegmx.xhtml#a3b8adf5cda6c87a7130079f61f4b7e72', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['fftsetup_64', ['fftSetup', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#aad82d2b99a94ed427226076d786a5886', 1, 'PmeGpuSpecific']]],
│ │ │ │ │ ['ffwrite_65', ['ffWRITE', ['../group__module__commandline.xhtml#ga7631b25f5be9959c84dd7acc96bc04dd', 1, 'filenm.h']]],
│ │ │ │ │ ['ffwrmult_66', ['ffWRMULT', ['../group__module__commandline.xhtml#ga0a9ba9e80fcdc4a36537189bf0b2e092', 1, 'filenm.h']]],
│ │ │ │ │ ['fgets2_67', ['fgets2', ['../cstringutil_8h.xhtml#a1fcfed3fad308bcf16440a6712bf3bb6', 1, 'cstringutil.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['fgets3_68', ['fgets3', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#ac2c0038d4b482362a1568f5b08767b6b', 1, 'gmx_wham.cpp']]],
│ │ │ │ │ - ['file_69', ['file', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b76a571a22b4c47f7dab283e6674154a0b27918290ff5323bea1e3b78a9cf04e', 1, 'gmx::test::File'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1ThrowLocation.xhtml#a8346a1ead40423ed29d2f2786ad80a80', 1, 'gmx::ThrowLocation::file']
│ │ │ │ │ + ['file_69', ['file', ['../structgmx_1_1ThrowLocation.xhtml#a8346a1ead40423ed29d2f2786ad80a80', 1, 'gmx::ThrowLocation::file'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b76a571a22b4c47f7dab283e6674154a0b27918290ff5323bea1e3b78a9cf04e', 1, 'gmx::test::File']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['file_20organization_70', ['File organization', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md58', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['file_5f_71', ['file_', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl_1_1SharedState.xhtml#ac3ef14a847add39489a2807ec25a4706', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl::SharedState']]],
│ │ │ │ │ ['file_5fversion_72', ['file_version', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#aa30be23ce197759be9ace7e076d116bf', 1, 'CheckpointHeaderContents']]],
│ │ │ │ │ ['filebase_73', ['filebase', ['../structMoleculePatchDatabase.xhtml#ae19967539edd91c420f87eb820136971', 1, 'MoleculePatchDatabase::filebase'],
│ │ │ │ │ ['../structPreprocessResidue.xhtml#ae814d77fe9dc87042f21aacc06cadbcf', 1, 'PreprocessResidue::filebase']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['fileexists_74', ['fileexists', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02fileredirector_8cpp_03_1_1DefaultInputRedirector.xhtml#a9f8e883f93e991222d5d6090ea789831', 1, 'gmx::anonymous_namespace{fileredirector.cpp}::DefaultInputRedirector::fileExists()'],
│ │ │ │ │ + ['fileexists_74', ['fileexists', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileInputRedirector.xhtml#a0e57297bb9ca78465d3d1fab981edc52', 1, 'gmx::test::TestFileInputRedirector::fileExists()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IFileInputRedirector.xhtml#ada681906817a3597190bc682ebd3dfe0', 1, 'gmx::IFileInputRedirector::fileExists()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileInputRedirector.xhtml#a0e57297bb9ca78465d3d1fab981edc52', 1, 'gmx::test::TestFileInputRedirector::fileExists()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02fileredirector_8cpp_03_1_1DefaultInputRedirector.xhtml#a9f8e883f93e991222d5d6090ea789831', 1, 'gmx::anonymous_namespace{fileredirector.cpp}::DefaultInputRedirector::fileExists()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['filegeneration_75', ['fileGeneration', ['../structTpxFileHeader.xhtml#a84a10ca670608eb96c039d20d61e334b', 1, 'TpxFileHeader']]],
│ │ │ │ │ ['fileindex_76', ['fileIndex', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#ab4c81c07ccaef47d2bcf6dcee4b921ac', 1, 'gmx::EnergyTerm']]],
│ │ │ │ │ - ['fileioerror_77', ['fileioerror', ['../classgmx_1_1FileIOError.xhtml#a24a714cd22c57b8cb91fa2c5f37fafe9', 1, 'gmx::FileIOError::FileIOError()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileIOError.xhtml', 1, 'gmx::FileIOError']
│ │ │ │ │ + ['fileioerror_77', ['fileioerror', ['../classgmx_1_1FileIOError.xhtml', 1, 'gmx::FileIOError'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileIOError.xhtml#a24a714cd22c57b8cb91fa2c5f37fafe9', 1, 'gmx::FileIOError::FileIOError()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['fileioxdrserializer_78', ['fileioxdrserializer', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a91b67e0ad48c2cb8908fbd70bfcb61ed', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer::FileIOXdrSerializer()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']
│ │ │ │ │ + ['fileioxdrserializer_78', ['fileioxdrserializer', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a91b67e0ad48c2cb8908fbd70bfcb61ed', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer::FileIOXdrSerializer()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fileioxdrserializer_2ecpp_79', ['fileioxdrserializer.cpp', ['../fileioxdrserializer_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['filemanager_80', ['fileManager', ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLineTestBase.xhtml#a5899f9f12453f75da2a4af840a1c4b59', 1, 'gmx::test::CommandLineTestBase']]],
│ │ │ │ │ - ['filemanager_5f_81', ['filemanager_', ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#a00ccab41b824db52825528838326ae91', 1, 'gmx::test::MultiSimTest::fileManager_'],
│ │ │ │ │ + ['filemanager_5f_81', ['filemanager_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a6739c595dc4466b69220fdf1dfbe3d71', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::fileManager_'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1MdrunTestFixture.xhtml#a2141d1eeae99b891fdd4aabc9de3dccb', 1, 'gmx::test::MdrunTestFixture::fileManager_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a6739c595dc4466b69220fdf1dfbe3d71', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::fileManager_']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#a00ccab41b824db52825528838326ae91', 1, 'gmx::test::MultiSimTest::fileManager_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['filematcherpointer_82', ['FileMatcherPointer', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a96729fee4a52b37c0ae0784af1e9eaa3', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['filematchers_2ecpp_83', ['filematchers.cpp', ['../filematchers_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['filematchers_2eh_84', ['filematchers.h', ['../filematchers_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['filemd5_2ecpp_85', ['filemd5.cpp', ['../filemd5_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['filename_86', ['filename', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02extract__cluster_8cpp_03_1_1ManualOutputFile.xhtml#a7277965d1f059e01d997e98b270af2bb', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{extract_cluster.cpp}::ManualOutputFile']]],
│ │ │ │ │ ['filenamelist_87', ['FileNameList', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileManager_1_1Impl.xhtml#a00100912857556c2a0467cd7e0591282', 1, 'gmx::test::TestFileManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['filenameoption_88', ['filenameoption', ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml', 1, 'gmx::FileNameOption'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a4057766b5851a4d02b3913f1984b3891', 1, 'gmx::FileNameOption::FileNameOption()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['filenameoption_2ecpp_89', ['filenameoption.cpp', ['../tests_2filenameoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../filenameoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['filenameoption_2eh_90', ['filenameoption.h', ['../filenameoption_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['filenameoptioninfo_91', ['filenameoptioninfo', ['../classgmx_1_1FileNameOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::FileNameOptionInfo'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileNameOptionInfo.xhtml#a90b3bff35cc93cf1efeedb70532f9f87', 1, 'gmx::FileNameOptionInfo::FileNameOptionInfo()']
│ │ │ │ │ + ['filenameoptioninfo_91', ['filenameoptioninfo', ['../classgmx_1_1FileNameOptionInfo.xhtml#a90b3bff35cc93cf1efeedb70532f9f87', 1, 'gmx::FileNameOptionInfo::FileNameOptionInfo()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileNameOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::FileNameOptionInfo']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['filenameoptionmanager_92', ['FileNameOptionManager', ['../classgmx_1_1FileNameOptionManager.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['filenameoptionmanager_2ecpp_93', ['filenameoptionmanager.cpp', ['../tests_2filenameoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../filenameoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['filenameoptionmanager_2eh_94', ['filenameoptionmanager.h', ['../filenameoptionmanager_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['filenameoptionstorage_95', ['filenameoptionstorage', ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage'],
│ │ │ │ │ + ['filenameoptionstorage_95', ['filenameoptionstorage', ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#ae371defde227f55e1b6a4753301bcc5d', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::FileNameOptionStorage()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a6d331375fa7933f89616320d8eca541a', 1, 'gmx::FileNameOption::FileNameOptionStorage'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#ae371defde227f55e1b6a4753301bcc5d', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::FileNameOptionStorage()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['filenameoptionstorage_2eh_96', ['filenameoptionstorage.h', ['../filenameoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['filenames_97', ['filenames', ['../classgmx_1_1LegacyMdrunOptions.xhtml#ad47992ef4d71e8e86457d08c848086d3', 1, 'gmx::LegacyMdrunOptions::filenames'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LegacyInput.xhtml#aa04f9d2fe5eed622d5ca3caccde7af1d', 1, 'gmx::LegacyInput::filenames'],
│ │ │ │ │ - ['../structt__filenm.xhtml#a22c974341584ea450fff878b56c94fb5', 1, 't_filenm::filenames']
│ │ │ │ │ + ['../structt__filenm.xhtml#a22c974341584ea450fff878b56c94fb5', 1, 't_filenm::filenames'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LegacyInput.xhtml#aa04f9d2fe5eed622d5ca3caccde7af1d', 1, 'gmx::LegacyInput::filenames']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['filenm_2ecpp_98', ['filenm.cpp', ['../tests_2filenm_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['filenm_2eh_99', ['filenm.h', ['../filenm_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['filenmtooptions_100', ['filenmToOptions', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml#ac1a3bfed6848a6f9cb6fa3d94f1f1823', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter']]],
│ │ │ │ │ ['fileoptionflagsasstring_101', ['fileOptionFlagsAsString', ['../group__module__commandline.xhtml#ga154ea0c7090cb0af81ce284fcec7a65a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['fileptr_102', ['FilePtr', ['../namespacegmx.xhtml#aa65a24af4ce301e20bbdc59e4df859e5', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['fileptr_2eh_103', ['fileptr.h', ['../fileptr_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['fileredirector_2ecpp_104', ['fileredirector.cpp', ['../fileredirector_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['fileredirector_2eh_105', ['fileredirector.h', ['../fileredirector_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['files_106', ['Handling of writing new coordinate files', ['../group__module__coordinateio.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['files_5f_107', ['files_', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileManager_1_1Impl.xhtml#ae75836af2816dab131f5392dbcaae130', 1, 'gmx::test::TestFileManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['filestream_2ecpp_108', ['filestream.cpp', ['../filestream_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['filestream_2eh_109', ['filestream.h', ['../filestream_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['filetype_110', ['filetype', ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a87a724f8f040dc29668e33f39bb2d86b', 1, 'gmx::FileNameOption']]],
│ │ │ │ │ - ['filetypehandler_111', ['filetypehandler', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02filenameoption_8cpp_03_1_1FileTypeHandler.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{filenameoption.cpp}::FileTypeHandler'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__options.xhtml#ga20dcd0d5550324aeeda083b2a8668738', 1, 'gmx::anonymous_namespace{filenameoption.cpp}::FileTypeHandler::FileTypeHandler()']
│ │ │ │ │ + ['filetypehandler_111', ['filetypehandler', ['../group__module__options.xhtml#ga20dcd0d5550324aeeda083b2a8668738', 1, 'gmx::anonymous_namespace{filenameoption.cpp}::FileTypeHandler::FileTypeHandler()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02filenameoption_8cpp_03_1_1FileTypeHandler.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{filenameoption.cpp}::FileTypeHandler']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['filetypes_112', ['filetypes', ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#a1b61c36814aad7322173285da5e37d1b', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::fileTypes()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileNameOptionInfo.xhtml#a98a2d80a7a45e091f4c8e878c39b812e', 1, 'gmx::FileNameOptionInfo::fileTypes()']
│ │ │ │ │ + ['filetypes_112', ['filetypes', ['../classgmx_1_1FileNameOptionInfo.xhtml#a98a2d80a7a45e091f4c8e878c39b812e', 1, 'gmx::FileNameOptionInfo::fileTypes()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#a1b61c36814aad7322173285da5e37d1b', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::fileTypes()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['filetypes_2ecpp_113', ['filetypes.cpp', ['../tests_2filetypes_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['fileversion_114', ['fileVersion', ['../structTpxFileHeader.xhtml#a232fb93201729fafbaed4bec99f6e0b4', 1, 'TpxFileHeader']]],
│ │ │ │ │ ['fill_115', ['fill', ['../classChainIdFiller.xhtml#af51fb0a017e609e0022b88f47046b6f6', 1, 'ChainIdFiller']]],
│ │ │ │ │ ['fill_5fheader_116', ['fill_header', ['../namespacegmx.xhtml#a7fa2cf8264f7ec7fcc97f67a5a9e3848', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['fillddfztabledata_117', ['fillDdfzTableData', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02quadraticsplinetable_8cpp_03.xhtml#a705c3b5a5b17db1214fbb25535fa210b', 1, 'gmx::anonymous_namespace{quadraticsplinetable.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['fillexclusionblock_118', ['fillExclusionBlock', ['../namespacegmx_1_1testing_1_1anonymous__namespace_02exclusionblocks_8cpp_03.xhtml#a3f785f41f8e6dbcee50f12b57fc77fba', 1, 'gmx::testing::anonymous_namespace{exclusionblocks.cpp}']]],
│ │ │ │ │ @@ -187,193 +187,193 @@
│ │ │ │ │ ['fillin_5focl_5fstructures_121', ['fillin_ocl_structures', ['../namespacegmx.xhtml#a56e97acff3d77a9c8af5c81eabc2ec3f', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['fillinputcontents_122', ['fillinputcontents', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a30db1fbee6c2e1aef6cc660c5721633d', 1, 'gmx::test::fillInputContents(ArrayRef< T > inputRef, int scaleFactorForElements)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a8f28df47a684d12680f6f7303106e712', 1, 'gmx::test::fillInputContents(ArrayRef< BasicVector< T > > inputRef, int scaleFactorForElements)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['filllegacymatrix_123', ['fillLegacyMatrix', ['../namespacegmx.xhtml#a8bae8caa96f9c62785289d6363f0a202', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['fillmultiplexedtabledata_124', ['fillMultiplexedTableData', ['../namespacegmx_1_1internal.xhtml#ae671e4e4da364f994bc18e7bb086c99d', 1, 'gmx::internal']]],
│ │ │ │ │ ['fillnameifmissing_125', ['fillNameIfMissing', ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a5cb314af4ffcd9792f5b7e9e4991e977', 1, 'gmx::SelectionTreeElement']]],
│ │ │ │ │ - ['fillsinglecubicsplinetabledata_126', ['fillsinglecubicsplinetabledata', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02cubicsplinetable_8cpp_03.xhtml#a1db81d6fb29487b4c19a5ebfe7616f49', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cubicsplinetable.cpp}::fillSingleCubicSplineTableData(const std::function< double(double)> &function, const std::function< double(double)> &derivative, const std::pair< real, real > &range, double spacing, std::vector< real > *yfghTableData)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02cubicsplinetable_8cpp_03.xhtml#a0eab27279af0179178309f0d40220712', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cubicsplinetable.cpp}::fillSingleCubicSplineTableData(ArrayRef< const double > function, ArrayRef< const double > derivative, double inputSpacing, const std::pair< real, real > &range, double spacing, std::vector< real > *yfghTableData)']
│ │ │ │ │ + ['fillsinglecubicsplinetabledata_126', ['fillsinglecubicsplinetabledata', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02cubicsplinetable_8cpp_03.xhtml#a0eab27279af0179178309f0d40220712', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cubicsplinetable.cpp}::fillSingleCubicSplineTableData(ArrayRef< const double > function, ArrayRef< const double > derivative, double inputSpacing, const std::pair< real, real > &range, double spacing, std::vector< real > *yfghTableData)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02cubicsplinetable_8cpp_03.xhtml#a1db81d6fb29487b4c19a5ebfe7616f49', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cubicsplinetable.cpp}::fillSingleCubicSplineTableData(const std::function< double(double)> &function, const std::function< double(double)> &derivative, const std::pair< real, real > &range, double spacing, std::vector< real > *yfghTableData)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['fillsinglequadraticsplinetabledata_127', ['fillsinglequadraticsplinetabledata', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02quadraticsplinetable_8cpp_03.xhtml#a5a48dbea365d3570b1ed291742aa601d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{quadraticsplinetable.cpp}::fillSingleQuadraticSplineTableData(const std::function< double(double)> &function, const std::function< double(double)> &derivative, const std::pair< real, real > &range, double spacing, std::vector< real > *functionTableData, std::vector< real > *derivativeTableData)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02quadraticsplinetable_8cpp_03.xhtml#a9e8fb23dddecf8c59d01a7b286de69c5', 1, 'gmx::anonymous_namespace{quadraticsplinetable.cpp}::fillSingleQuadraticSplineTableData(ArrayRef< const double > function, ArrayRef< const double > derivative, double inputSpacing, const std::pair< real, real > &range, double spacing, std::vector< real > *functionTableData, std::vector< real > *derivativeTableData)']
│ │ │ │ │ + ['fillsinglequadraticsplinetabledata_127', ['fillsinglequadraticsplinetabledata', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02quadraticsplinetable_8cpp_03.xhtml#a9e8fb23dddecf8c59d01a7b286de69c5', 1, 'gmx::anonymous_namespace{quadraticsplinetable.cpp}::fillSingleQuadraticSplineTableData(ArrayRef< const double > function, ArrayRef< const double > derivative, double inputSpacing, const std::pair< real, real > &range, double spacing, std::vector< real > *functionTableData, std::vector< real > *derivativeTableData)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02quadraticsplinetable_8cpp_03.xhtml#a5a48dbea365d3570b1ed291742aa601d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{quadraticsplinetable.cpp}::fillSingleQuadraticSplineTableData(const std::function< double(double)> &function, const std::function< double(double)> &derivative, const std::pair< real, real > &range, double spacing, std::vector< real > *functionTableData, std::vector< real > *derivativeTableData)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fillsupportedsubgroupsizes_128', ['fillSupportedSubGroupSizes', ['../namespacegmx.xhtml#a585f1c8fa9add76e48c23725ae766dc4', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['filteringexacttextmatch_129', ['filteringexacttextmatch', ['../classgmx_1_1test_1_1FilteringExactTextMatch.xhtml', 1, 'gmx::test::FilteringExactTextMatch'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FilteringExactTextMatch.xhtml#aa77872418c2d07cd8911756ceeafdd6a', 1, 'gmx::test::FilteringExactTextMatch::FilteringExactTextMatch()']
│ │ │ │ │ + ['filteringexacttextmatch_129', ['filteringexacttextmatch', ['../classgmx_1_1test_1_1FilteringExactTextMatch.xhtml#aa77872418c2d07cd8911756ceeafdd6a', 1, 'gmx::test::FilteringExactTextMatch::FilteringExactTextMatch()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FilteringExactTextMatch.xhtml', 1, 'gmx::test::FilteringExactTextMatch']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['filtertype_130', ['FilterType', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsFilter.xhtml#a8ee47bd0bf41f3f93d98db5567cae4dd', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsFilter']]],
│ │ │ │ │ - ['finalize_131', ['finalize', ['../group__module__utility.xhtml#gaa0a90b2770cb4b69e16229daa271a1af', 1, 'gmx::finalize()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MimicCommunicator.xhtml#adf0d9eb6f0347a11fb5af10a09eed245', 1, 'gmx::MimicCommunicator::finalize()']
│ │ │ │ │ + ['finalize_131', ['finalize', ['../classgmx_1_1MimicCommunicator.xhtml#adf0d9eb6f0347a11fb5af10a09eed245', 1, 'gmx::MimicCommunicator::finalize()'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__utility.xhtml#gaa0a90b2770cb4b69e16229daa271a1af', 1, 'gmx::finalize()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['finalizeanalysis_132', ['finalizeAnalysis', ['../classgmx_1_1IEnergyAnalysis.xhtml#a8c873c80e8d01b94091ef3e5dde5eabc', 1, 'gmx::IEnergyAnalysis']]],
│ │ │ │ │ ['finalizeforcommandline_133', ['finalizeForCommandLine', ['../group__module__commandline.xhtml#ga49311a4a4e3f3ec07a9ae925fb63151f', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['finalizekineticcontributions_134', ['finalizeKineticContributions', ['../classForeignLambdaTerms.xhtml#a7a0ff75f8a9ef2a63fc80dc36e09ee29', 1, 'ForeignLambdaTerms']]],
│ │ │ │ │ ['finalizepotentialcontributions_135', ['finalizePotentialContributions', ['../classForeignLambdaTerms.xhtml#ad361d53a064b2a0cb174298a9f2c7947', 1, 'ForeignLambdaTerms']]],
│ │ │ │ │ ['finalizesignals_136', ['finalizeSignals', ['../classgmx_1_1SimulationSignaller.xhtml#a463c3a2ae5e2736ae29aff055aa37c6e', 1, 'gmx::SimulationSignaller']]],
│ │ │ │ │ ['finalizetestutils_137', ['finalizeTestUtils', ['../group__module__testutils.xhtml#ga0f8b604e149c4e61e08f62898b710c63', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ - ['find_138', ['find', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a09d751c67ebebb20b8c0877b31e8e0d5', 1, 'gmx::EnergyFrame::find()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HashedMap.xhtml#a38dcd51081a427ed838ba28d9e2906ff', 1, 'gmx::HashedMap::find(int key) const'],
│ │ │ │ │ + ['find_138', ['find', ['../classgmx__ga2la__t.xhtml#a87ad5c62a8002e72cca0fc9ff6275d1b', 1, 'gmx_ga2la_t::find()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HashedMap.xhtml#ae60ea2aa1badf4b74e5bb99b72d9b032', 1, 'gmx::HashedMap::find(int key)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx__ga2la__t.xhtml#a87ad5c62a8002e72cca0fc9ff6275d1b', 1, 'gmx_ga2la_t::find()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HashedMap.xhtml#a38dcd51081a427ed838ba28d9e2906ff', 1, 'gmx::HashedMap::find(int key) const'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a09d751c67ebebb20b8c0877b31e8e0d5', 1, 'gmx::EnergyFrame::find()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['find_5fpackage_20gromacs_20tt_20details_139', ['CMake <tt>find_package(GROMACS)</tt> details', ['../page_usinglibrary.xhtml#autotoc_md104', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['find_5fpartition_5fbin_140', ['find_partition_bin', ['../sm__insolidangle_8cpp.xhtml#a1324da71f63606aa2bb4220409c9c5fc', 1, 'sm_insolidangle.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['find_5fsurface_5fbin_141', ['find_surface_bin', ['../sm__insolidangle_8cpp.xhtml#a6ded2bc422fdb91cb94466a5db45c886', 1, 'sm_insolidangle.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['findallgputasks_2ecpp_142', ['findallgputasks.cpp', ['../findallgputasks_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['findallgputasks_2eh_143', ['findallgputasks.h', ['../findallgputasks_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['findallgputasksonthisnode_144', ['findAllGpuTasksOnThisNode', ['../namespacegmx.xhtml#a992eaecdb52b0a4ed0896e5980300fb7', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['findbin_145', ['findBin', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettings.xhtml#a91eb6da31c4c02096175a1a735fa467a', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettings']]],
│ │ │ │ │ ['findcgrouppath_146', ['findCgroupPath', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02hardwaretopology_8cpp_03.xhtml#a518b3eb5864f0691e17038f1410d9be6', 1, 'gmx::anonymous_namespace{hardwaretopology.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['finddevices_147', ['finddevices', ['../device__management_8cpp.xhtml#a0579937ac9ed3975d887a3d976d94899', 1, 'findDevices(): device_management.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['finddevices_147', ['finddevices', ['../device__management__hip_8cpp.xhtml#a0579937ac9ed3975d887a3d976d94899', 1, 'findDevices(): device_management_hip.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../device__management_8h.xhtml#a0579937ac9ed3975d887a3d976d94899', 1, 'findDevices(): device_management.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../device__management__sycl_8cpp.xhtml#a0579937ac9ed3975d887a3d976d94899', 1, 'findDevices(): device_management_sycl.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../device__management_8cpp.xhtml#a0579937ac9ed3975d887a3d976d94899', 1, 'findDevices(): device_management.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../device__management__ocl_8cpp.xhtml#a0579937ac9ed3975d887a3d976d94899', 1, 'findDevices(): device_management_ocl.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../device__management__hip_8cpp.xhtml#a0579937ac9ed3975d887a3d976d94899', 1, 'findDevices(): device_management_hip.cpp']
│ │ │ │ │ + ['../device__management__sycl_8cpp.xhtml#a0579937ac9ed3975d887a3d976d94899', 1, 'findDevices(): device_management_sycl.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['findentry_148', ['findEntry', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#aab12899826f8cf641570e3fa3ef6133d', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['findentrybyname_149', ['findEntryByName', ['../classStringTableBuilder.xhtml#ab70d72c1f7a86bdb2741ed1cc553303a', 1, 'StringTableBuilder']]],
│ │ │ │ │ ['findenumvalue_150', ['findEnumValue', ['../group__module__options.xhtml#ga67ee9d3615f40c9fd753b7c184d171c3', 1, 'anonymous_namespace{basicoptions.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['findexistingextension_151', ['findExistingExtension', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02filenameoptionmanager_8cpp_03.xhtml#a0e361be246f63214e5a8df842f944a0e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{filenameoptionmanager.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['findfallbackinstallationprefixpath_152', ['findFallbackInstallationPrefixPath', ['../group__module__commandline.xhtml#ga86c77ed33184c6d34ae82fe45356ef10', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlineprogramcontext.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['findfile_153', ['findFile', ['../classgmx_1_1DataFileFinder.xhtml#ade82d320bbf4f1430dd915f7ce95b80e', 1, 'gmx::DataFileFinder']]],
│ │ │ │ │ ['findframe_154', ['findFrame', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#ad578a0fb3d13c95e8010976bda7c934e', 1, 'gmx::EnergyTerm']]],
│ │ │ │ │ ['findfullbinarypath_155', ['findFullBinaryPath', ['../group__module__commandline.xhtml#ga931953ca4549d5b28580b21a5f20134d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlineprogramcontext.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['findgputasksonthisrank_156', ['findGpuTasksOnThisRank', ['../namespacegmx.xhtml#a512ca5b0ca3c95b965afe24802285576', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['findhome_157', ['findHome', ['../classgmx__ga2la__t.xhtml#ad77c14321f2aaa9b13bb28162127d4ec', 1, 'gmx_ga2la_t']]],
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│ │ │ │ │ - ['../gromacs_2mdrunutility_2multisim_8cpp.xhtml#ac27fe007c9b401fca922e89fb11dc96c', 1, 'findIsSimulationMainRank(const gmx_multisim_t *ms, MPI_Comm communicator): multisim.cpp']
│ │ │ │ │ + ['findissimulationmainrank_159', ['findissimulationmainrank', ['../gromacs_2mdrunutility_2multisim_8cpp.xhtml#ac27fe007c9b401fca922e89fb11dc96c', 1, 'findIsSimulationMainRank(const gmx_multisim_t *ms, MPI_Comm communicator): multisim.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../multisim_8h.xhtml#ac27fe007c9b401fca922e89fb11dc96c', 1, 'findIsSimulationMainRank(const gmx_multisim_t *ms, MPI_Comm communicator): multisim.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['findlibraryfile_160', ['findLibraryFile', ['../namespacegmx.xhtml#a5304af4182202825278a7ad8232adee3', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['findmodulebyname_161', ['findModuleByName', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#a01bb355ffddcb0fa5d46200f2904f98e', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['findmpilibraryversionstring_162', ['findMpiLibraryVersionString', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mpiinfo_8cpp_03.xhtml#a48ba0511df39d9e7b404b091348154fa', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mpiinfo.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['findnextline_163', ['findnextline', ['../classgmx_1_1TextLineWrapper.xhtml#aab542906568cabbc821fe4f64c6dfde5', 1, 'gmx::TextLineWrapper::findNextLine(const std::string &input, size_t lineStart) const'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextLineWrapper.xhtml#abf25e022d3a08c894458b7d40b689b8c', 1, 'gmx::TextLineWrapper::findNextLine(const char *input, size_t lineStart) const']
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│ │ │ │ │ ['findnextpair_164', ['findNextPair', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodPairSearch.xhtml#a81be6dbaf5dc3d8d0f8276c70c4cf042', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodPairSearch']]],
│ │ │ │ │ ['findoption_165', ['findoption', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#a71aa99f850fbca0c46c4ca9ad39838da', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl::findOption()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#ad9592e51eacc9f921637befd453dea9a', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::findOption()']
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│ │ │ │ │ ['findorcreateentry_166', ['findOrCreateEntry', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#ad5d12e4244fbbb53904562aa7d6e4ec3', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['findsection_167', ['findSection', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#a60541b30774c27ef0c878b87299b85a4', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]],
│ │ │ │ │ - ['findsmallestquotientoffunctionandsecondderivative_168', ['findsmallestquotientoffunctionandsecondderivative', ['../namespacegmx_1_1internal.xhtml#a5cd4438648f0d8b7f4fda76fda90733c', 1, 'gmx::internal::findSmallestQuotientOfFunctionAndSecondDerivative(const std::function< double(double)> &f, const std::pair< real, real > &range)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1internal.xhtml#a18b94ecee47c00ff772c4558ec9de9f8', 1, 'gmx::internal::findSmallestQuotientOfFunctionAndSecondDerivative(ArrayRef< const double > function, double inputSpacing, const std::pair< real, real > &range)']
│ │ │ │ │ + ['findsmallestquotientoffunctionandsecondderivative_168', ['findsmallestquotientoffunctionandsecondderivative', ['../namespacegmx_1_1internal.xhtml#a18b94ecee47c00ff772c4558ec9de9f8', 1, 'gmx::internal::findSmallestQuotientOfFunctionAndSecondDerivative(ArrayRef< const double > function, double inputSpacing, const std::pair< real, real > &range)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1internal.xhtml#a5cd4438648f0d8b7f4fda76fda90733c', 1, 'gmx::internal::findSmallestQuotientOfFunctionAndSecondDerivative(const std::function< double(double)> &f, const std::pair< real, real > &range)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['findsmallestquotientoffunctionandthirdderivative_169', ['findsmallestquotientoffunctionandthirdderivative', ['../namespacegmx_1_1internal.xhtml#afa91a1483ec637aeb3608ae2ba3d9c86', 1, 'gmx::internal::findSmallestQuotientOfFunctionAndThirdDerivative(const std::function< double(double)> &f, const std::pair< real, real > &range)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1internal.xhtml#ac97262613788ed1e55e38baf4c66940f', 1, 'gmx::internal::findSmallestQuotientOfFunctionAndThirdDerivative(ArrayRef< const double > function, double inputSpacing, const std::pair< real, real > &range)']
│ │ │ │ │ + ['findsmallestquotientoffunctionandthirdderivative_169', ['findsmallestquotientoffunctionandthirdderivative', ['../namespacegmx_1_1internal.xhtml#ac97262613788ed1e55e38baf4c66940f', 1, 'gmx::internal::findSmallestQuotientOfFunctionAndThirdDerivative(ArrayRef< const double > function, double inputSpacing, const std::pair< real, real > &range)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1internal.xhtml#afa91a1483ec637aeb3608ae2ba3d9c86', 1, 'gmx::internal::findSmallestQuotientOfFunctionAndThirdDerivative(const std::function< double(double)> &f, const std::pair< real, real > &range)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['findsubtopic_170', ['findsubtopic', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1ModuleHelpTopic.xhtml#a8ebfddcc458e6aa2114bd4717c0b357a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::ModuleHelpTopic::findSubTopic()'],
│ │ │ │ │ + ['findsubtopic_170', ['findsubtopic', ['../classgmx_1_1AbstractCompositeHelpTopic.xhtml#ad87216fe74634951e3c0a5c4e328f3ab', 1, 'gmx::AbstractCompositeHelpTopic::findSubTopic()'],
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│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1ModuleHelpTopic.xhtml#a8ebfddcc458e6aa2114bd4717c0b357a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::ModuleHelpTopic::findSubTopic()'],
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│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractCompositeHelpTopic.xhtml#ad87216fe74634951e3c0a5c4e328f3ab', 1, 'gmx::AbstractCompositeHelpTopic::findSubTopic()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IHelpTopic.xhtml#a44feea61f19a7da9a4956bb6ab457a0e', 1, 'gmx::IHelpTopic::findSubTopic()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1CommandsHelpTopic.xhtml#abe7268322092466948211bbaa9a51bc7', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::CommandsHelpTopic::findSubTopic()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IHelpTopic.xhtml#a44feea61f19a7da9a4956bb6ab457a0e', 1, 'gmx::IHelpTopic::findSubTopic()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['findsuffixfromnoappendposition_171', ['findSuffixFromNoAppendPosition', ['../namespaceanonymous__namespace_02filenm_8cpp_03.xhtml#a95245e71861866458a2fae0d62ae003d', 1, 'anonymous_namespace{filenm.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['findsymbol_172', ['findSymbol', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml#ae7f0ca8102bd034e16691c2a01a9c4a9', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable']]],
│ │ │ │ │ ['findtasktarget_173', ['findTaskTarget', ['../namespacegmx.xhtml#ac20deb1b7598a29356dc21eaee062425', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['finish_174', ['finish', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#ac566763e9c8b1ce938a453da564d88f2', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::finish()'],
│ │ │ │ │ + ['finish_174', ['finish', ['../classgmx_1_1Options.xhtml#a3316f3681c71daa04098696d4417f2f9', 1, 'gmx::Options::finish()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#ac566763e9c8b1ce938a453da564d88f2', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::finish()'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__commandline.xhtml#ga467e446cb4b381c3a02ef8d20e0aee05', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::SynopsisFormatter::finish()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#ac0ddac0898462d8aae5d55d5c2919963', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::finish()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#a0de3e8c5f68921831ace69a796f44b8c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::finish()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a814e05651270014df2210981e8da24ba', 1, 'gmx::OptionsAssigner::finish()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02analysismodule_8cpp_03_1_1TrajectoryAnalysisModuleDataBasic.xhtml#a0ca66a89f936a1fe4f5d4f08071d5533', 1, 'gmx::anonymous_namespace{analysismodule.cpp}::TrajectoryAnalysisModuleDataBasic::finish()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistanceModuleData.xhtml#ae88c6f7a6f8c8fc396eb387f4abf8d12', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}::PairDistanceModuleData::finish()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02sasa_8cpp_03_1_1SasaModuleData.xhtml#aff1d157e5373150e4452948bd83576e1', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{sasa.cpp}::SasaModuleData::finish()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02rdf_8cpp_03_1_1RdfModuleData.xhtml#a9b8733b6f6cece84546286a9100404ba', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::RdfModuleData::finish()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Options.xhtml#a3316f3681c71daa04098696d4417f2f9', 1, 'gmx::Options::finish()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02sasa_8cpp_03_1_1SasaModuleData.xhtml#aff1d157e5373150e4452948bd83576e1', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{sasa.cpp}::SasaModuleData::finish()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a5760c7d0ef360a9c0f95accadb3a5364', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData::finish()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['finish_5fem_175', ['finish_em', ['../gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp.xhtml#a0c209570efe43a0eea4ea64e560a44f1', 1, 'minimize.cpp']]],
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│ │ │ │ │ ['finish_5frun_177', ['finish_run', ['../namespacegmx.xhtml#a03a3f4d63b1a016f8bdae00d42672e34', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['finish_5fswapcoords_178', ['finish_swapcoords', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#a5a6ba54e3bb30f694792a72fe983d415', 1, 'finish_swapcoords(t_swap *s): swapcoords.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../swapcoords_8h.xhtml#a5a6ba54e3bb30f694792a72fe983d415', 1, 'finish_swapcoords(t_swap *s): swapcoords.cpp']
│ │ │ │ │ + ['finish_5fswapcoords_178', ['finish_swapcoords', ['../swapcoords_8h.xhtml#a5a6ba54e3bb30f694792a72fe983d415', 1, 'finish_swapcoords(t_swap *s): swapcoords.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#a5a6ba54e3bb30f694792a72fe983d415', 1, 'finish_swapcoords(t_swap *s): swapcoords.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['finish_5fupdate_179', ['finish_update', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#ae1b1ff8cd3846a15589fd77bc0942d75', 1, 'gmx::Update']]],
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│ │ │ │ │ - ['../classAnalysisTemplate.xhtml#ae041eaddc628f03387dab1c217442606', 1, 'AnalysisTemplate::finishAnalysis()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#a3b9d902a262ba124be565eca5b714e4b', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::finishAnalysis()'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#ga1cdd32ecd42b4b7f1e93151f77da532d', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{sasa.cpp}::Sasa::finishAnalysis()'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#ga7469f46733e3fb7446b7326c9415f7d0', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::Rdf::finishAnalysis()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1Msd.xhtml#a8cc64e639d59f2947e5b4990ccf2a5ab', 1, 'gmx::analysismodules::Msd::finishAnalysis()'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#gaddd6c495b886b02edcf9b5f48458898d', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}::PairDistance::finishAnalysis()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1Msd.xhtml#a8cc64e639d59f2947e5b4990ccf2a5ab', 1, 'gmx::analysismodules::Msd::finishAnalysis()']
│ │ │ │ │ + ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#ga7469f46733e3fb7446b7326c9415f7d0', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::Rdf::finishAnalysis()'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#ga1cdd32ecd42b4b7f1e93151f77da532d', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{sasa.cpp}::Sasa::finishAnalysis()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#a3b9d902a262ba124be565eca5b714e4b', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::finishAnalysis()'],
│ │ │ │ │ + ['../classAnalysisTemplate.xhtml#ae041eaddc628f03387dab1c217442606', 1, 'AnalysisTemplate::finishAnalysis()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['finishcontext_181', ['finishContext', ['../classgmx_1_1MessageStringCollector.xhtml#a20a43aff23aeabd1c8da9ef466738f67', 1, 'gmx::MessageStringCollector']]],
│ │ │ │ │ - ['finishdata_182', ['finishdata', ['../classgmx_1_1AnalysisDataHandle.xhtml#a58f3f261400bea1983004e6589ee1fb0', 1, 'gmx::AnalysisDataHandle::finishData()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisData.xhtml#a0187a7640e5af29dd67a7f7064b16bf4', 1, 'gmx::AnalysisData::finishData()']
│ │ │ │ │ + ['finishdata_182', ['finishdata', ['../classgmx_1_1AnalysisData.xhtml#a0187a7640e5af29dd67a7f7064b16bf4', 1, 'gmx::AnalysisData::finishData()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataHandle.xhtml#a58f3f261400bea1983004e6589ee1fb0', 1, 'gmx::AnalysisDataHandle::finishData()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['finishdatahandles_183', ['finishDataHandles', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#ae4cc5f36cd255c175678f9d7d737e937', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']]],
│ │ │ │ │ ['finishdatastorage_184', ['finishDataStorage', ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorage.xhtml#ae53f2e2ecb9b51fd57076e174ddb3b29', 1, 'gmx::AnalysisDataStorage']]],
│ │ │ │ │ - ['finishframe_185', ['finishframe', ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorage.xhtml#a27fcfa486e9f6c02da548b5af097c34a', 1, 'gmx::AnalysisDataStorage::finishFrame()'],
│ │ │ │ │ + ['finishframe_185', ['finishframe', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a3d239070af46fd7e864d6b12d5d436ae', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::finishFrame()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorage.xhtml#a27fcfa486e9f6c02da548b5af097c34a', 1, 'gmx::AnalysisDataStorage::finishFrame()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorageFrame.xhtml#a0e9f6a09788573f6f53c777d1d63b5ba', 1, 'gmx::AnalysisDataStorageFrame::finishFrame()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#aafcfa834aaaba5e7b1ba2f8943516034', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl::finishFrame()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a3d239070af46fd7e864d6b12d5d436ae', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::finishFrame()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataHandle.xhtml#a8120b1806873a1d0c8a175c5fd46cc97', 1, 'gmx::AnalysisDataHandle::finishFrame()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorageFrame.xhtml#a0e9f6a09788573f6f53c777d1d63b5ba', 1, 'gmx::AnalysisDataStorageFrame::finishFrame()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataHandle.xhtml#a8120b1806873a1d0c8a175c5fd46cc97', 1, 'gmx::AnalysisDataHandle::finishFrame()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['finishframes_186', ['finishFrames', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#a9d14bf1683086d3fafdb11e23e003de4', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule']]],
│ │ │ │ │ - ['finishframeserial_187', ['finishframeserial', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#ad7311431fe3d33d4d59add9bc4c93956', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::finishFrameSerial()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#aeebcf9ed0d5804730eb2b01bacae9db2', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl::finishFrameSerial()'],
│ │ │ │ │ + ['finishframeserial_187', ['finishframeserial', ['../classgmx_1_1AnalysisData.xhtml#a54e98fd211473c7cfe750e2b49517d96', 1, 'gmx::AnalysisData::finishFrameSerial()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorage.xhtml#aacdfffeac9d6a692e2f65a0027f77e60', 1, 'gmx::AnalysisDataStorage::finishFrameSerial()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisData.xhtml#a54e98fd211473c7cfe750e2b49517d96', 1, 'gmx::AnalysisData::finishFrameSerial()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#aeebcf9ed0d5804730eb2b01bacae9db2', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl::finishFrameSerial()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#ad7311431fe3d33d4d59add9bc4c93956', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::finishFrameSerial()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['finishmoduleexport_188', ['finishmoduleexport', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1IHelpExport.xhtml#a5558bc504bd6cdbce7fb2f5749464e49', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::IHelpExport::finishModuleExport()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportReStructuredText.xhtml#ac6c2333efec2cedc6f8be8375d2bb164', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportReStructuredText::finishModuleExport()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportCompletion.xhtml#a491c79f64a713475b1c49e17fdaf21a0', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportCompletion::finishModuleExport()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['finishmodulegroupexport_189', ['finishmodulegroupexport', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1IHelpExport.xhtml#a4a9c2e08ca3f97f74e7760ebc99817f3', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::IHelpExport::finishModuleGroupExport()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportReStructuredText.xhtml#a2256dd377f5bf7fbe3e048fe506d2f88', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportReStructuredText::finishModuleGroupExport()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportCompletion.xhtml#a97745dc2060e357b34625fd3aa037649', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportCompletion::finishModuleGroupExport()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['finishoption_190', ['finishOption', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a68105d6ec074fca97162a236eb749bd7', 1, 'gmx::OptionsAssigner']]],
│ │ │ │ │ ['finishoptions_191', ['finishOptions', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#ad59b80189fe8dfad9d1137bc3cf8d3b2', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]],
│ │ │ │ │ - ['finishoutput_192', ['finishoutput', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMMOutputProvider.xhtml#af1e0e4688b94629eb51b4244639959ed', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMMOutputProvider::finishOutput()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IMDOutputProvider.xhtml#af377d260cb3b2db23f2d4f3ce10ace2c', 1, 'gmx::IMDOutputProvider::finishOutput()'],
│ │ │ │ │ + ['finishoutput_192', ['finishoutput', ['../classgmx_1_1IMDOutputProvider.xhtml#af377d260cb3b2db23f2d4f3ce10ace2c', 1, 'gmx::IMDOutputProvider::finishOutput()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMMOutputProvider.xhtml#af1e0e4688b94629eb51b4244639959ed', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMMOutputProvider::finishOutput()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02electricfield_8cpp_03_1_1ElectricField.xhtml#a91166d609465655b2cf8dd57a9da7c99', 1, 'gmx::anonymous_namespace{electricfield.cpp}::ElectricField::finishOutput()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingOutputProvider.xhtml#a1221b930c92c1a16ff3be6d944d3e857', 1, 'gmx::DensityFittingOutputProvider::finishOutput()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['finishpointset_193', ['finishpointset', ['../classgmx_1_1AnalysisDataHandle.xhtml#ab79731d8525b93fe56eef43709d1c0eb', 1, 'gmx::AnalysisDataHandle::finishPointSet()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorageFrame.xhtml#a12fa5fc11e6826ccf0e6f0a25fb2e1cf', 1, 'gmx::AnalysisDataStorageFrame::finishPointSet()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['finishreferenceframe_194', ['finishReferenceFrame', ['../classgmx_1_1test_1_1MockAnalysisDataModule_1_1Impl.xhtml#aea107a284d9431220ff531d34278c0a2', 1, 'gmx::test::MockAnalysisDataModule::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['finishreferenceframeserial_195', ['finishReferenceFrameSerial', ['../classgmx_1_1test_1_1MockAnalysisDataModule_1_1Impl.xhtml#a271144de3479da0240b3b52c6175dfc7', 1, 'gmx::test::MockAnalysisDataModule::Impl']]],
│ │ │ │ │ - ['finishsection_196', ['finishsection', ['../classgmx_1_1RepeatingOptionSectionStorage.xhtml#a6b404be46701b7e55a8901c7e405442b', 1, 'gmx::RepeatingOptionSectionStorage::finishSection()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a762b97d8ab538ae83a610db1f428a01e', 1, 'gmx::OptionsAssigner::finishSection()'],
│ │ │ │ │ + ['finishsection_196', ['finishsection', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a762b97d8ab538ae83a610db1f428a01e', 1, 'gmx::OptionsAssigner::finishSection()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsListFormatter.xhtml#a5bc08654ab1ee89b35633f63c1aacab0', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter::finishSection()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IOptionSectionStorage.xhtml#a8fb7207909908f5de4b24103dcdc63f6', 1, 'gmx::IOptionSectionStorage::finishSection()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsListFormatter.xhtml#a5bc08654ab1ee89b35633f63c1aacab0', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter::finishSection()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RepeatingOptionSectionStorage.xhtml#a6b404be46701b7e55a8901c7e405442b', 1, 'gmx::RepeatingOptionSectionStorage::finishSection()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['finishset_197', ['finishSet', ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a2ea3148553e7b8da30b9b50f17f89a94', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage']]],
│ │ │ │ │ ['first_5f_198', ['first_', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection_1_1Impl.xhtml#aa3a6994a0c198eb9de33b5e9d11e8ad2', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::Impl']]],
│ │ │ │ │ - ['firstatom_199', ['firstatom', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#a088a677acb7532806e4fdc7a19aabe2d', 1, 'gmx_enfrotgrp::firstatom'],
│ │ │ │ │ - ['../reversetopology_8h.xhtml#a967d347b322a694e357095f81ceb48efa9eeb6918922dcfebd16738aeda075944', 1, 'FirstAtom: reversetopology.h']
│ │ │ │ │ + ['firstatom_199', ['firstatom', ['../reversetopology_8h.xhtml#a967d347b322a694e357095f81ceb48efa9eeb6918922dcfebd16738aeda075944', 1, 'FirstAtom: reversetopology.h'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#a088a677acb7532806e4fdc7a19aabe2d', 1, 'gmx_enfrotgrp::firstatom']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['firstatomincolumn_200', ['firstAtomInColumn', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#aeeeebec930ee63b4346a01eb4a3eacf6', 1, 'gmx::Grid']]],
│ │ │ │ │ ['firstcellincolumn_201', ['firstCellInColumn', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#a849dfb944b75f36b59fc1618b8eea23c', 1, 'gmx::Grid']]],
│ │ │ │ │ - ['firstcolumn_202', ['firstcolumn', ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a06985146bcd40270e2c9f1542a562168', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::firstColumn()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputPointSet.xhtml#aafeb72cc4db4d3e4b5444dfa4746d046', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputPointSet::firstColumn()']
│ │ │ │ │ + ['firstcolumn_202', ['firstcolumn', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputPointSet.xhtml#aafeb72cc4db4d3e4b5444dfa4746d046', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputPointSet::firstColumn()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a06985146bcd40270e2c9f1542a562168', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::firstColumn()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['firstcolumnindent_5f_203', ['firstColumnIndent_', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a87f5ddb8993a41ab022b4198ddb4f200', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['firstedge_204', ['firstEdge', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettings.xhtml#aecd5d488103a0187cecce36f1f3ddda0', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettings']]],
│ │ │ │ │ ['firstframelocation_5f_205', ['firstFrameLocation_', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#ab03605ee86c30840cba9ed1f16d20ca2', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]],
│ │ │ │ │ ['firstline_206', ['firstLine', ['../structgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl_1_1ColumnData.xhtml#afd3fa7d7122c4a6fd89be941205669d1', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData']]],
│ │ │ │ │ ['firstline_5f_207', ['firstLine_', ['../structgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl_1_1ColumnData.xhtml#ac310c452402633efd7927edae9f5b967', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData']]],
│ │ │ │ │ - ['firstlineindent_208', ['firstlineindent', ['../classgmx_1_1TextLineWrapperSettings.xhtml#a1134f4857fbab3c08709fbdafb44a960', 1, 'gmx::TextLineWrapperSettings::firstLineIndent()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RstParagraphIterator.xhtml#ab68de293a3d491cfccaf58b39353ad19', 1, 'gmx::RstParagraphIterator::firstLineIndent()']
│ │ │ │ │ + ['firstlineindent_208', ['firstlineindent', ['../classgmx_1_1RstParagraphIterator.xhtml#ab68de293a3d491cfccaf58b39353ad19', 1, 'gmx::RstParagraphIterator::firstLineIndent()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextLineWrapperSettings.xhtml#a1134f4857fbab3c08709fbdafb44a960', 1, 'gmx::TextLineWrapperSettings::firstLineIndent()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['firstorderpressurecoupling_209', ['firstorderpressurecoupling', ['../classgmx_1_1FirstOrderPressureCoupling.xhtml#a98852c3d9c44d9c2c2696f4a0ef47f6f', 1, 'gmx::FirstOrderPressureCoupling::FirstOrderPressureCoupling()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FirstOrderPressureCoupling.xhtml', 1, 'gmx::FirstOrderPressureCoupling']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['firstorderpressurecoupling_2ecpp_210', ['firstorderpressurecoupling.cpp', ['../firstorderpressurecoupling_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['firstorderpressurecoupling_2eh_211', ['firstorderpressurecoupling.h', ['../firstorderpressurecoupling_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['firststoredindex_212', ['firstStoredIndex', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#a5b898b9879ca5a6930bcd564a23b63a6', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]],
│ │ │ │ │ ['firstunnotifiedindex_213', ['firstUnnotifiedIndex', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#a8a36411d69eae136699725eada39e195', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]],
│ │ │ │ │ ['firstunnotifiedindex_5f_214', ['firstUnnotifiedIndex_', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#a8ca736b9c2eaaa64a9812da0b8d01260', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]],
│ │ │ │ │ ['firstx_5f_215', ['firstx_', ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule_1_1Impl.xhtml#aafe935e9a03d704cca76906d6eee908b', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::Impl']]],
│ │ │ │ │ - ['fit_5facf_216', ['fit_acf', ['../expfit_8h.xhtml#a560ea7d97277b9e0576776ec695fb9b3', 1, 'fit_acf(int ncorr, int fitfn, const gmx_output_env_t *oenv, gmx_bool bVerbose, real tbeginfit, real tendfit, real dt, real c1[], real *fit): expfit.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../expfit_8cpp.xhtml#a560ea7d97277b9e0576776ec695fb9b3', 1, 'fit_acf(int ncorr, int fitfn, const gmx_output_env_t *oenv, gmx_bool bVerbose, real tbeginfit, real tendfit, real dt, real c1[], real *fit): expfit.cpp']
│ │ │ │ │ + ['fit_5facf_216', ['fit_acf', ['../expfit_8cpp.xhtml#a560ea7d97277b9e0576776ec695fb9b3', 1, 'fit_acf(int ncorr, int fitfn, const gmx_output_env_t *oenv, gmx_bool bVerbose, real tbeginfit, real tendfit, real dt, real c1[], real *fit): expfit.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../expfit_8h.xhtml#a560ea7d97277b9e0576776ec695fb9b3', 1, 'fit_acf(int ncorr, int fitfn, const gmx_output_env_t *oenv, gmx_bool bVerbose, real tbeginfit, real tendfit, real dt, real c1[], real *fit): expfit.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fit_5ffunction_217', ['fit_function', ['../expfit_8cpp.xhtml#a22c8e7646cd3811775f2a02a66799964', 1, 'fit_function(const int eFitFn, const double parm[], const double x): expfit.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../expfit_8h.xhtml#ae692971b7b98f403bbc8faf87a406cb1', 1, 'fit_function(int eFitFn, const double parm[], double x): expfit.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fitglobalatomindices_218', ['fitGlobalAtomIndices', ['../namespaceanonymous__namespace_02orires_8cpp_03.xhtml#a0ec6569dfeaac01ec96fe422235f0950', 1, 'anonymous_namespace{orires.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['fitlocalatomset_219', ['fitLocalAtomSet', ['../structt__oriresdata.xhtml#acaed00feb198519e16bbebbcd63cd59b', 1, 't_oriresdata']]],
│ │ │ │ │ ['fitmasses_220', ['fitMasses', ['../structt__oriresdata.xhtml#a807dd902a536e301ff9cd731090e0c99', 1, 't_oriresdata']]],
│ │ │ │ │ @@ -393,86 +393,86 @@
│ │ │ │ │ ['fixedcapacityvector_3c_20int_2c_2010_20_3e_232', ['FixedCapacityVector< int, 10 >', ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['flag_233', ['flag', ['../structt__filenm.xhtml#a5229ed45472d5edf342bff402715f286', 1, 't_filenm::flag'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#a188171eb67bf21e0ea1be21ded6c1c19', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::Flag']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['flagatom_234', ['flagAtom', ['../namespacegmx.xhtml#ab047b3abbcaf39b9b82f6d8fd5838e23', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['flagcellsforbondcomm_235', ['flagCellsForBondcomm', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02haloexchangesetup_8cpp_03.xhtml#af43970d53a1989eea44018f8c8fcad90', 1, 'gmx::anonymous_namespace{haloexchangesetup.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['flaginteractionsfortype_236', ['flagInteractionsForType', ['../namespacegmx.xhtml#a392a5df66db49d223a4a182e18c956bb', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['flags_237', ['flags', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#a80c2e6f371b648efba2668ade27e2577', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::flags()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a75545b0019848cbf6a3c58ed99de20c8', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::flags()'],
│ │ │ │ │ - ['../classt__state.xhtml#a0247bf095914b93668bb40c34671b9c5', 1, 't_state::flags()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#a74dd680a91fb5b58eb8ef7b17299d1e2', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::flags()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#afa2983f2300095d7f5eeff11635ce2e9', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::flags()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a931ff369d13c9271f401462d3150b193', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::flags()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#a0f751a6c178ce8838031b503903944d1', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::flags()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#a768b7781807c3e30729185cc73b3ba54', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::flags()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#a107d360ece9bb01463a6a818c9eb575e', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::flags()'],
│ │ │ │ │ + ['flags_237', ['flags', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#a107d360ece9bb01463a6a818c9eb575e', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::flags()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a1676cd5b57f628eaf5236fb1c54a6ea2', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::flags()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#a95508cf31f713c4892bfc228d2846456', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::flags()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#a768b7781807c3e30729185cc73b3ba54', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::flags()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#a0f751a6c178ce8838031b503903944d1', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::flags()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a931ff369d13c9271f401462d3150b193', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::flags()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#afa2983f2300095d7f5eeff11635ce2e9', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::flags()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#a74dd680a91fb5b58eb8ef7b17299d1e2', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::flags()'],
│ │ │ │ │ + ['../classt__state.xhtml#a0247bf095914b93668bb40c34671b9c5', 1, 't_state::flags()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#a80c2e6f371b648efba2668ade27e2577', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::flags()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#a721d3f21b8efc3434d31aa0f13072f6c', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::flags()'],
│ │ │ │ │ ['../structt__interaction__function.xhtml#a7a68a69acdb07e83aac489b8a9f00287', 1, 't_interaction_function::flags'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings_1_1Impl.xhtml#aab079bb80ee7b106b81ef85f99bcb235', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::Impl::flags'],
│ │ │ │ │ ['../structt__methoddata__pos.xhtml#ab099252fc0459bdbbc9ed29536b9ad82', 1, 't_methoddata_pos::flags'],
│ │ │ │ │ ['../structt__compare__value.xhtml#a9078ebf90cf6e21a0edac98dec351e96', 1, 't_compare_value::flags'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selparam__t.xhtml#a930d49c12a78b6824e4793179b37bc02', 1, 'gmx_ana_selparam_t::flags'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#a9ded7613b2752ddc1067766cd37af922', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::flags'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#ae1d4776443f7193597655f14415aabab', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::flags'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#a2f28c7133614840ed0cc44ae8ef7413e', 1, 'gmx_ana_poscalc_t::flags'],
│ │ │ │ │ ['../structt__compiler__data.xhtml#aca709f984aa145cd081a0da4a5c47ecc', 1, 't_compiler_data::flags'],
│ │ │ │ │ ['../structt__matrix.xhtml#abcfcc4494b84c1a4675f173fce6c02b0', 1, 't_matrix::flags'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx__pme__comm__n__box__t.xhtml#aa1ef0a507e38d53a3a0e7f3e355b36b1', 1, 'gmx_pme_comm_n_box_t::flags'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#a95508cf31f713c4892bfc228d2846456', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::flags()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a75545b0019848cbf6a3c58ed99de20c8', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::flags()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#a9c3245b0a872aca163011d859b3140d6', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::flags()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#a5ea219fa114b211cec6397643a7a8462', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::flags()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#a8ecb1b1d5690dde34ecc6634514d82c2', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::flags()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#a9e085fdceb8524342f010e237242e455', 1, 'gmx::internal::SelectionData::flags()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings.xhtml#aad269d81386271261c2330ed75d0cb4b', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::flags()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#a9c3245b0a872aca163011d859b3140d6', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::flags()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings.xhtml#aad269d81386271261c2330ed75d0cb4b', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::flags()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['flags_2eh_238', ['flags.h', ['../flags_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['flags_5f_239', ['flags_', ['../classgmx_1_1test_1_1MockAnalysisDataModule_1_1Impl.xhtml#ae75f062aad3b6bf59392153ddccdabc2', 1, 'gmx::test::MockAnalysisDataModule::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['flags_5fawhh_240', ['flags_awhh', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#ab296f01755439e83e4426f37f9c18a21', 1, 'CheckpointHeaderContents']]],
│ │ │ │ │ ['flags_5fdfh_241', ['flags_dfh', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#ac3b4411dff035c366807684744317d89', 1, 'CheckpointHeaderContents']]],
│ │ │ │ │ ['flags_5feks_242', ['flags_eks', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a7127a113c2f2a8c8211c3b58bce25a18', 1, 'CheckpointHeaderContents']]],
│ │ │ │ │ ['flags_5fenh_243', ['flags_enh', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a394107ca75fc9adf170dcfcec8999581', 1, 'CheckpointHeaderContents']]],
│ │ │ │ │ ['flags_5fstate_244', ['flags_state', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a7de6c6b79d8c5dfdeabe5342aa0d66cb', 1, 'CheckpointHeaderContents']]],
│ │ │ │ │ ['flagspullhistory_245', ['flagsPullHistory', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a71eadec2e1412268efff32a51e536401', 1, 'CheckpointHeaderContents']]],
│ │ │ │ │ - ['flagstemplate_246', ['flagstemplate', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#afa1c4d9ef7ddb6633638c737436def55', 1, 'gmx::FlagsTemplate::FlagsTemplate()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml', 1, 'gmx::FlagsTemplate< FlagType >'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#ae614534e2e0fccb3aa6f71ae4e431f83', 1, 'gmx::FlagsTemplate::FlagsTemplate()']
│ │ │ │ │ + ['flagstemplate_246', ['flagstemplate', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#ae614534e2e0fccb3aa6f71ae4e431f83', 1, 'gmx::FlagsTemplate::FlagsTemplate()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#afa1c4d9ef7ddb6633638c737436def55', 1, 'gmx::FlagsTemplate::FlagsTemplate(FlagType flag)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml', 1, 'gmx::FlagsTemplate< FlagType >']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['flagstemplate_3c_20flag_20_3e_247', ['FlagsTemplate< Flag >', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['flagstemplate_3c_20optionflag_20_3e_248', ['FlagsTemplate< OptionFlag >', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['flagstemplate_3c_20selectionflag_20_3e_249', ['FlagsTemplate< SelectionFlag >', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['flagstemplate_3c_20testflag_20_3e_250', ['FlagsTemplate< TestFlag >', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['flagtest_251', ['FlagTest', ['../classgmx_1_1test_1_1FlagTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['flatjlist_252', ['flatJList', ['../classt__nblist.xhtml#a3dec951da1db3d73f8d9c7d501002d10', 1, 't_nblist']]],
│ │ │ │ │ ['flavor_253', ['Flavor', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02naming_8cpp_03.xhtml#a3472b7f9c9e1626d26a708d6bf09a52c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{naming.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['flexibleconstrainttreatment_254', ['flexibleconstrainttreatment', ['../namespacegmx.xhtml#afccc61da0126d4d5d626a4c824340911', 1, 'gmx::flexibleConstraintTreatment(bool haveDynamicsIntegrator)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ad269e22f3416b5eda461e67d28d3e2a7', 1, 'gmx::FlexibleConstraintTreatment']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['flexibleethaneua_255', ['flexibleEthaneUA', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02updategroups_8cpp_03.xhtml#a69382fb0c05a23855a2720e92fed8185', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{updategroups.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['float2_256', ['float2', ['../gputraits__hip_8h.xhtml#ad8b3ba6211e4900cdc2d6c6b7baa0860', 1, 'Float2: gputraits_hip.h'],
│ │ │ │ │ + ['float2_256', ['float2', ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a954bc2a65d404fd6187bae6ae5d16a21', 1, 'Float2: gputraits_sycl.h'],
│ │ │ │ │ ['../gputraits__ocl_8h.xhtml#a749587288ae48c14770d6e7e7366b8fa', 1, 'Float2: gputraits_ocl.h'],
│ │ │ │ │ - ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a954bc2a65d404fd6187bae6ae5d16a21', 1, 'Float2: gputraits_sycl.h']
│ │ │ │ │ + ['../gputraits__hip_8h.xhtml#ad8b3ba6211e4900cdc2d6c6b7baa0860', 1, 'Float2: gputraits_hip.h']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['float3_257', ['float3', ['../gputraits__hip_8h.xhtml#aa9eb334cd148a36b4290f59c09ff5287', 1, 'Float3: gputraits_hip.h'],
│ │ │ │ │ ['../gputraits__ocl_8h.xhtml#aa9eb334cd148a36b4290f59c09ff5287', 1, 'Float3: gputraits_ocl.h'],
│ │ │ │ │ ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#aa9eb334cd148a36b4290f59c09ff5287', 1, 'Float3: gputraits_sycl.h']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['float32_258', ['float32', ['../namespacegmx.xhtml#a4355a7e0f393d42cbb5b2a47aefea966ad33ec2b0bbea6d471a4706cea030e1e3', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['float4_259', ['float4', ['../gputraits__hip_8h.xhtml#a31763ac230f284d52fc8e0df20fdb4f9', 1, 'Float4: gputraits_hip.h'],
│ │ │ │ │ - ['../gputraits__ocl_8h.xhtml#a5ae56814f37655fa5e77662fad93e937', 1, 'Float4: gputraits_ocl.h'],
│ │ │ │ │ - ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a5ada0bb63765b0c24aa9bb24d2961b7b', 1, 'Float4: gputraits_sycl.h']
│ │ │ │ │ + ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a5ada0bb63765b0c24aa9bb24d2961b7b', 1, 'Float4: gputraits_sycl.h'],
│ │ │ │ │ + ['../gputraits__ocl_8h.xhtml#a5ae56814f37655fa5e77662fad93e937', 1, 'Float4: gputraits_ocl.h']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['floateq_260', ['FloatEq', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a4462138316a50981f22521a95a0c0fa8', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['floatfromstring_261', ['floatFromString', ['../group__module__utility.xhtml#gacd75bf727a02cb09d6aeed2d00a791cc', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['floating_20point_20data_262', ['Floating-point data', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md60', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['floating_20point_20values_263', ['Integers corresponding to floating-point values', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md61', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['floatingpointdifference_264', ['floatingpointdifference', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#adfd406b0260ff46289e325fdd4300840', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference::FloatingPointDifference()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#a2f5a9722f4f06dd046ffe1c5d655c348', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference::FloatingPointDifference()']
│ │ │ │ │ + ['floatingpointdifference_264', ['floatingpointdifference', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#a2f5a9722f4f06dd046ffe1c5d655c348', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference::FloatingPointDifference(double ref, double value)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#adfd406b0260ff46289e325fdd4300840', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference::FloatingPointDifference(float ref, float value)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['floatingpointtobiasedinteger_265', ['floatingPointToBiasedInteger', ['../group__module__testutils.xhtml#gaba1bbfd312d869f520e140c8970cbe04', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testasserts.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['floatingpointtolerance_266', ['floatingpointtolerance', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointTolerance.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatingPointTolerance'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointTolerance.xhtml#aea341924296949e82c2b57cfe5c32839', 1, 'gmx::test::FloatingPointTolerance::FloatingPointTolerance()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['floatoption_267', ['floatoption', ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml', 1, 'gmx::FloatOption'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml#aa7ae5a55395c981060274773ebda40b5', 1, 'gmx::FloatOption::FloatOption()']
│ │ │ │ │ @@ -480,55 +480,55 @@
│ │ │ │ │ ['floatoptioninfo_268', ['floatoptioninfo', ['../classgmx_1_1FloatOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::FloatOptionInfo'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FloatOptionInfo.xhtml#a56d27f92c0cffbd7b148ad626581bc4a', 1, 'gmx::FloatOptionInfo::FloatOptionInfo()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['floatoptionstorage_269', ['floatoptionstorage', ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::FloatOptionStorage'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml#a128b881ed6dc5c9144478747527f0f02', 1, 'gmx::FloatOptionStorage::FloatOptionStorage()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml#a9737ae8c8d40af054a7e8680ebb04856', 1, 'gmx::FloatOption::FloatOptionStorage']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['floattoler_270', ['floattoler', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a004e5e8bdf0447d1694d70558d49fa32', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::ListInput::floatToler'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#ad83dd3751d1e1866fe0f858204d6fc2d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::floatToler']
│ │ │ │ │ + ['floattoler_270', ['floattoler', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#ad83dd3751d1e1866fe0f858204d6fc2d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::floatToler'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a004e5e8bdf0447d1694d70558d49fa32', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::ListInput::floatToler']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['floattypematcher_271', ['floattypematcher', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#a349d8c2cfc013ef8e63a9eab29df4c44', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::FloatTypeMatcher()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher< FloatType >']
│ │ │ │ │ + ['floattypematcher_271', ['floattypematcher', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher< FloatType >'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#a349d8c2cfc013ef8e63a9eab29df4c44', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::FloatTypeMatcher()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['flood_5fblowup_272', ['flood_blowup', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa027c1bd075c6b731318b7e4787b7cb9', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['flooding_273', ['Flooding', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa2d5ea43ccd104c8b0f1f2e7b8cad0c4ac244d080617e096f13d28a4fdf82b8d9', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['flush_274', ['flush', ['../classgmx_1_1H5md.xhtml#abd7f76a350d35c40723a6eca5c1b7757', 1, 'gmx::H5md']]],
│ │ │ │ │ ['fluxfromatob_275', ['fluxfromAtoB', ['../structswap__group.xhtml#a7a42dc9ddd2ea5f6b175b13f6f66e366', 1, 'swap_group']]],
│ │ │ │ │ ['fluxleak_276', ['fluxleak', ['../structt__swap.xhtml#a32bdda08730e7830c060235c17dd72e2', 1, 't_swap']]],
│ │ │ │ │ - ['fma_277', ['fma', ['../group__module__simd.xhtml#ga68d608d0650ac219cb4c0d3034ee855f', 1, 'gmx::fma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'],
│ │ │ │ │ + ['fma_277', ['fma', ['../namespacegmx.xhtml#a183d89182d418bb66a668104978af5bf', 1, 'gmx::fma(float a, float b, float c)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga68d608d0650ac219cb4c0d3034ee855f', 1, 'gmx::fma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaa2db026253ce788e7f136326089e8a77', 1, 'gmx::fma(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga3b86949473ebaef8ccbd4d2852947839', 1, 'gmx::fma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga6969c0baf1592d7a5fec29636a85628f', 1, 'gmx::fma(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a183d89182d418bb66a668104978af5bf', 1, 'gmx::fma(float a, float b, float c)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a79e2ba07938cafa28c0988ba52874f46', 1, 'gmx::fma(double a, double b, double c)']
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a79e2ba07938cafa28c0988ba52874f46', 1, 'gmx::fma(double a, double b, double c)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga6969c0baf1592d7a5fec29636a85628f', 1, 'gmx::fma(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fmax_278', ['fmax', ['../structem__state.xhtml#aab39c5b16c1d58a45a5c973133e5ffc5', 1, 'em_state']]],
│ │ │ │ │ ['fms_279', ['fms', ['../group__module__simd.xhtml#gafb3861a4cc7cae530fcf5bf83955da1b', 1, 'gmx::fms(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#abcb2c8942d173c6a9964940f90c55b2a', 1, 'gmx::fms(double a, double b, double c)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#afad947f51589a3a9eef2f8364ab62c19', 1, 'gmx::fms(float a, float b, float c)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga075eeabb5171e4f74cdd74e2f97bab5c', 1, 'gmx::fms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga86c14cb73d3484b0a5e01e74640a4ee3', 1, 'gmx::fms(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga78a3204bd78e9122ba1998e985d1a5bd', 1, 'gmx::fms(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)']
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga78a3204bd78e9122ba1998e985d1a5bd', 1, 'gmx::fms(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga075eeabb5171e4f74cdd74e2f97bab5c', 1, 'gmx::fms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#afad947f51589a3a9eef2f8364ab62c19', 1, 'gmx::fms(float a, float b, float c)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#abcb2c8942d173c6a9964940f90c55b2a', 1, 'gmx::fms(double a, double b, double c)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fn_280', ['fn', ['../structt__filenm.xhtml#a72019255079f0fc2a11bd80f4341ab60', 1, 't_filenm']]],
│ │ │ │ │ ['fnm_5f_281', ['fnm_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a4647ed87898459d84908b057760d5c00', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]],
│ │ │ │ │ ['fnma_282', ['fnma', ['../group__module__simd.xhtml#gae9ec59669729860c9efd1b9c70f3911b', 1, 'gmx::fnma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaaf4df87eca51bb2f57ffe0bcb1c9de02', 1, 'gmx::fnma(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaaeca5c242a059145a90dc091db78ad57', 1, 'gmx::fnma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#adcf7849c8ce1bbbe3e2fecffedfc05e8', 1, 'gmx::fnma(double a, double b, double c)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga6be2e3e5adbdf49e6468c8a2d638658d', 1, 'gmx::fnma(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a55183d689ab9328c18c3b3f819bd7266', 1, 'gmx::fnma(float a, float b, float c)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#adcf7849c8ce1bbbe3e2fecffedfc05e8', 1, 'gmx::fnma(double a, double b, double c)']
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaaeca5c242a059145a90dc091db78ad57', 1, 'gmx::fnma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['fnms_283', ['fnms', ['../group__module__simd.xhtml#gaf8fe2e25414c377f8ed03d5c23f84963', 1, 'gmx::fnms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga44d26f7a7b8d6088d41be0b646f71543', 1, 'gmx::fnms(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa6e6950597f4833fa93b09a94e7b0e16', 1, 'gmx::fnms(float a, float b, float c)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ad9bd8328d5cbdb7f6a054b877183f277', 1, 'gmx::fnms(double a, double b, double c)'],
│ │ │ │ │ + ['fnms_283', ['fnms', ['../namespacegmx.xhtml#ad9bd8328d5cbdb7f6a054b877183f277', 1, 'gmx::fnms(double a, double b, double c)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gac7afe2f2f840c1de18cb7c61917ba11c', 1, 'gmx::fnms(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gace0a9be42a2c83de88e9de207cd82e80', 1, 'gmx::fnms(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)']
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gace0a9be42a2c83de88e9de207cd82e80', 1, 'gmx::fnms(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga44d26f7a7b8d6088d41be0b646f71543', 1, 'gmx::fnms(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaf8fe2e25414c377f8ed03d5c23f84963', 1, 'gmx::fnms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa6e6950597f4833fa93b09a94e7b0e16', 1, 'gmx::fnms(float a, float b, float c)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fnorm_284', ['fnorm', ['../structem__state.xhtml#a43339ea26f0470b9588c0b8cc1dc105f', 1, 'em_state']]],
│ │ │ │ │ ['fnpullx_285', ['fnPullx', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#ad5da6a328592ff1ada6dee0fb0f6e65a', 1, 'UmbrellaOptions']]],
│ │ │ │ │ ['foldlastcolumntonextlineindent_5f_286', ['foldLastColumnToNextLineIndent_', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a907f18626541d09143f1ac920fb93c84', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['foo_287', ['foo', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02stringtoenumvalueconverter_8cpp_03.xhtml#a7893f1175e4db78b5f13f613a9e596fa', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{stringtoenumvalueconverter.cpp}::Foo'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02enumerationhelpers_8cpp_03.xhtml#abc8627bfe739a62d46f22fdc0e0e86d0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{enumerationhelpers.cpp}::Foo']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ @@ -538,102 +538,102 @@
│ │ │ │ │ ['for_20online_20help_20onlinehelp_291', ['Help Formatting for Online Help (onlinehelp)', ['../group__module__onlinehelp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['for_20parallelization_20over_20mpi_292', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['for_20simulation_20functionality_293', ['Modules for simulation functionality', ['../group__group__mdrun.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['for_20table_20interpolation_294', ['Classes for table interpolation', ['../group__module__tables.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['for_20trajectory_20analysis_295', ['Framework for trajectory analysis', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml', 1, 'index']]],
│ │ │ │ │ ['for_20trajectory_20analysis_20trajectoryanalysis_296', ['Framework for Trajectory Analysis (trajectoryanalysis)', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['for_20writing_20trajectory_20analysis_20tools_297', ['Example code for writing trajectory analysis tools', ['../page_analysistemplate.xhtml', 1, 'page_trajectoryanalysisframework']]],
│ │ │ │ │ - ['force_298', ['force', ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldTabulated_01_4.xhtml#aa5ee50c3018d666bc34a40aaada3fdda', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated >::force()'],
│ │ │ │ │ + ['force_298', ['force', ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1RF_01_4.xhtml#a8368ed9391852766220fbcc15f0cfa4b', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF >::force()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldTabulated_01_4.xhtml#aa5ee50c3018d666bc34a40aaada3fdda', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated >::force()'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml#af7887fe29814bb6c293caab071825e5c', 1, 'gmx::OutputRequirements::force'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1InterdependentTask.xhtml#ab2cd1e5146ad30158e6064f65654035f', 1, 'gmx::InterdependentTask::force'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#a6c7b261cec1253b0b6c948f93e9c9f9e', 1, 'gmx::PotentialPointData::force'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a0effcf1ae82ec7bd85d78284a6015212', 1, 'gmx::ForceBuffersView::force() const'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#ad7c5a0f7375ecac77c5a53edbf44c4cc', 1, 'gmx::ForceBuffersView::force()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#a8f445fcff4ac77e2d1a8f30549d0c9db', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::force()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#add3a9163642b6d9de3fcbde97a915367', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::force() const'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#add3a9163642b6d9de3fcbde97a915367', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::force()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceWithVirial.xhtml#ad25910af0c94cb815ea449a8abc98bb6', 1, 'gmx::ForceWithVirial::force()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1RF_01_4.xhtml#a8368ed9391852766220fbcc15f0cfa4b', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF >::force()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#a8f445fcff4ac77e2d1a8f30549d0c9db', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::force()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#ad7c5a0f7375ecac77c5a53edbf44c4cc', 1, 'gmx::ForceBuffersView::force()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a0effcf1ae82ec7bd85d78284a6015212', 1, 'gmx::ForceBuffersView::force() const']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['force_5f_299', ['force_', ['../classgmx_1_1ForceWithVirial.xhtml#abfd100d928a758bfa73ab4a4f799bdc0', 1, 'gmx::ForceWithVirial']]],
│ │ │ │ │ ['force_5fenv_5ft_300', ['force_env_t', ['../namespacegmx.xhtml#a9c7c01b19ef2cbfafccf48919ed40c0e', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['forceandcorrectionenergy_301', ['forceandcorrectionenergy', ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldTabulated_01_4.xhtml#a0f088963f891c0aa832937898b85b79c', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated >::forceAndCorrectionEnergy()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1RF_01_4.xhtml#a44357acf0cd6a68b00f2e983e562bfa0', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF >::forceAndCorrectionEnergy()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldAnalytical_01_4.xhtml#aa60db83ade23a3480f4384659c5fe5db', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldAnalytical >::forceAndCorrectionEnergy()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldAnalytical_01_4.xhtml#aa60db83ade23a3480f4384659c5fe5db', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldAnalytical >::forceAndCorrectionEnergy()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1RF_01_4.xhtml#a44357acf0cd6a68b00f2e983e562bfa0', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF >::forceAndCorrectionEnergy()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['forceav_302', ['forceAv', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#a7fe31ae860a78930c63fd3f1cc5410bf', 1, 't_UmbrellaWindow']]],
│ │ │ │ │ ['forcebuffer_303', ['forceBuffer', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a77f61130c736184b12a25f5ed580b38e', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]],
│ │ │ │ │ ['forcebufferfordirectvirialcontributions_304', ['forceBufferForDirectVirialContributions', ['../classForceHelperBuffers.xhtml#a083fa66a7eb616ec2f3e01532bcb868a', 1, 'ForceHelperBuffers']]],
│ │ │ │ │ - ['forcebuffers_305', ['forcebuffers', ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#ace368bdb63c723367e8de41ff03e6ef2', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml', 1, 'gmx::ForceBuffers'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#a1854ef7ef3e6623ab2cfa73e07597d4a', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers()'],
│ │ │ │ │ + ['forcebuffers_305', ['forcebuffers', ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#ace368bdb63c723367e8de41ff03e6ef2', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers(ForceBuffers &&o)=delete'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#af3eccf5e0a3d50fd46117dcf8310d43d', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers(const ForceBuffers &o)=delete'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#a097cb3fed169c66c986820121462b0c1', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers(bool useForceMtsCombined, PinningPolicy pinningPolicy)'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#af3eccf5e0a3d50fd46117dcf8310d43d', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers(const ForceBuffers &o)=delete']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml', 1, 'gmx::ForceBuffers'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#a1854ef7ef3e6623ab2cfa73e07597d4a', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['forcebuffers_2ecpp_306', ['forcebuffers.cpp', ['../tests_2forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['forcebuffers_2eh_307', ['forcebuffers.h', ['../forcebuffers_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['forcebuffersview_308', ['forcebuffersview', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml', 1, 'gmx::ForceBuffersView'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a3590d4fc647af93ab0f6092f85ed7b1f', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(const ArrayRefWithPadding< RVec > &force, const ArrayRefWithPadding< RVec > &forceMtsCombined, const bool useForceMtsCombined)'],
│ │ │ │ │ + ['forcebuffersview_308', ['forcebuffersview', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a3590d4fc647af93ab0f6092f85ed7b1f', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(const ArrayRefWithPadding< RVec > &force, const ArrayRefWithPadding< RVec > &forceMtsCombined, const bool useForceMtsCombined)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a75e5dfcac0461da9e1ba0671b99e2e19', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(const ForceBuffersView &o)=delete'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a38b40421ab657108d222878f50f54f99', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(ForceBuffersView &&o)=delete']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a38b40421ab657108d222878f50f54f99', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(ForceBuffersView &&o)=delete'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml', 1, 'gmx::ForceBuffersView']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['forcebufferwithpadding_309', ['forceBufferWithPadding', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a7f7008c15c676d8f80f80e3e0d8bf170', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]],
│ │ │ │ │ - ['forcec6c12_310', ['forcec6c12', ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01false_00_01InteractionModifiers_1_1PotShift_01_4.xhtml#ad62d1898885d0433bc488d42783e0f9c', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< false, InteractionModifiers::PotShift >::forceC6C12()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1PotSwitch_01_4.xhtml#a91dad0c034142604295dc9120c1700b0', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::PotSwitch >::forceC6C12()'],
│ │ │ │ │ + ['forcec6c12_310', ['forcec6c12', ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1PotSwitch_01_4.xhtml#a91dad0c034142604295dc9120c1700b0', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::PotSwitch >::forceC6C12()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1ForceSwitch_01_4.xhtml#a369a611a138c28c564072449a87c9f74', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::ForceSwitch >::forceC6C12()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01true_00_01InteractionModifiers_1_1PotShift_01_4.xhtml#afc8e334301a5dc5758c76ca667eead87', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< true, InteractionModifiers::PotShift >::forceC6C12()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01true_00_01InteractionModifiers_1_1PotShift_01_4.xhtml#afc8e334301a5dc5758c76ca667eead87', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< true, InteractionModifiers::PotShift >::forceC6C12()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01false_00_01InteractionModifiers_1_1PotShift_01_4.xhtml#ad62d1898885d0433bc488d42783e0f9c', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< false, InteractionModifiers::PotShift >::forceC6C12()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['forceconstant_5f_311', ['forceConstant_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#a9b0d093a5950b44c54d24ce7f0518db4', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]],
│ │ │ │ │ ['forcecorrelationgrid_312', ['forceCorrelationGrid', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#ac0027507979084064f22282d59336983', 1, 'gmx::Bias']]],
│ │ │ │ │ ['forced_313', ['Forced', ['../namespacegmx.xhtml#a6b0776e8436cb38e80d66f0de7c870d8adc2eb84d1f952ad0e6b58014aabd616a', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['forceelement_314', ['forceelement', ['../classgmx_1_1ForceElement.xhtml', 1, 'gmx::ForceElement'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceElement.xhtml#a5f70589ab35436446dd9bca932b3d7ab', 1, 'gmx::ForceElement::ForceElement()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['forceelement_20tt_20and_20tt_20shellfcelement_20tt_315', ['<tt>ForceElement</tt> and <tt>ShellFCElement</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md25', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['forceelement_2ecpp_316', ['forceelement.cpp', ['../forceelement_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['forceelement_2eh_317', ['forceelement.h', ['../forceelement_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['forcegroupmtslevel_318', ['forceGroupMtsLevel', ['../namespacegmx.xhtml#ab8fbde2d7241b5d59575b7e74d55cde8', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['forcegroups_319', ['forceGroups', ['../structgmx_1_1MtsLevel.xhtml#ab82f13e89321ad0837c790edab1fac90', 1, 'gmx::MtsLevel']]],
│ │ │ │ │ - ['forcehelperbuffers_320', ['forcehelperbuffers', ['../classForceHelperBuffers.xhtml', 1, 'ForceHelperBuffers'],
│ │ │ │ │ - ['../classForceHelperBuffers.xhtml#a9e1b51ce0db37268d210cbbc40c2691e', 1, 'ForceHelperBuffers::ForceHelperBuffers()']
│ │ │ │ │ + ['forcehelperbuffers_320', ['forcehelperbuffers', ['../classForceHelperBuffers.xhtml#a9e1b51ce0db37268d210cbbc40c2691e', 1, 'ForceHelperBuffers::ForceHelperBuffers()'],
│ │ │ │ │ + ['../classForceHelperBuffers.xhtml', 1, 'ForceHelperBuffers']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['forcemtscombined_321', ['forcemtscombined', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a6c291c3c289aecea56104b7e79325558', 1, 'gmx::ForceBuffersView::forceMtsCombined()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a166f7af032d4e40035ffec7b665ed572', 1, 'gmx::ForceBuffersView::forceMtsCombined() const']
│ │ │ │ │ + ['forcemtscombined_321', ['forcemtscombined', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a166f7af032d4e40035ffec7b665ed572', 1, 'gmx::ForceBuffersView::forceMtsCombined() const'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a6c291c3c289aecea56104b7e79325558', 1, 'gmx::ForceBuffersView::forceMtsCombined()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['forcemtscombinedwithpadding_322', ['forceMtsCombinedWithPadding', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a297d8a01836b387a5ab1be510aed44fa', 1, 'gmx::ForceBuffersView']]],
│ │ │ │ │ ['forceoutput_2eh_323', ['forceoutput.h', ['../forceoutput_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['forceoutputs_324', ['forceoutputs', ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml', 1, 'gmx::ForceOutputs'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml#abd589c42af0e81e787dd76f03d020187', 1, 'gmx::ForceOutputs::ForceOutputs()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['forceparam_325', ['forceparam', ['../classInteractionOfType.xhtml#a6baea034eb73978879f0a9d1fe80d938', 1, 'InteractionOfType::forceParam()'],
│ │ │ │ │ - ['../classInteractionOfType.xhtml#a9377381fa12dd22697c3e1b256cd8cf3', 1, 'InteractionOfType::forceParam() const']
│ │ │ │ │ + ['forceparam_325', ['forceparam', ['../classInteractionOfType.xhtml#a9377381fa12dd22697c3e1b256cd8cf3', 1, 'InteractionOfType::forceParam() const'],
│ │ │ │ │ + ['../classInteractionOfType.xhtml#a6baea034eb73978879f0a9d1fe80d938', 1, 'InteractionOfType::forceParam()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['forceprovider_5f_326', ['forceProvider_', ['../classgmx_1_1RestraintMDModuleImpl.xhtml#aac64fca138727a4dee6675d4a0f05919', 1, 'gmx::RestraintMDModuleImpl']]],
│ │ │ │ │ ['forceproviderinput_327', ['forceproviderinput', ['../classgmx_1_1ForceProviderInput.xhtml', 1, 'gmx::ForceProviderInput'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceProviderInput.xhtml#a2f7907d0aae391014935b848ac4f3561', 1, 'gmx::ForceProviderInput::ForceProviderInput()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['forceprovideroutput_328', ['forceprovideroutput', ['../classgmx_1_1ForceProviderOutput.xhtml#a462f088782c665aa46acd9a7492853df', 1, 'gmx::ForceProviderOutput::ForceProviderOutput()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceProviderOutput.xhtml', 1, 'gmx::ForceProviderOutput']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['forceproviders_329', ['forceproviders', ['../classgmx_1_1ForceProviders.xhtml#a4847a5d5f691d861a59cd61e8c3d45d8', 1, 'gmx::ForceProviders::ForceProviders()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceProviders.xhtml', 1, 'gmx::ForceProviders']
│ │ │ │ │ + ['forceproviders_329', ['forceproviders', ['../classgmx_1_1ForceProviders.xhtml', 1, 'gmx::ForceProviders'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceProviders.xhtml#a4847a5d5f691d861a59cd61e8c3d45d8', 1, 'gmx::ForceProviders::ForceProviders()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['forcerec_330', ['forceRec', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a534bb21016f5b35597ffc2470da7bdf5', 1, 'gmx::BenchmarkSystem']]],
│ │ │ │ │ ['forcerec_5f_331', ['forceRec_', ['../classgmx_1_1LegacyInput.xhtml#ab5f30c00289b7ca566dfbd2bcb114c81', 1, 'gmx::LegacyInput']]],
│ │ │ │ │ ['forces_332', ['forces', ['../group__module__ewald.xhtml', 1, 'Ewald-family treatments of long-ranged forces'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a02f9b69ac0c98fe3a7c857917e220da4', 1, 'gmx::Selection::forces()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['forces_5f_333', ['forces_', ['../classgmx_1_1test_1_1FrictionMetricTest.xhtml#a2eaf2cdae0eaba0fbb05e298892c01f2', 1, 'gmx::test::FrictionMetricTest']]],
│ │ │ │ │ ['forces_5fcartesian_334', ['forces_cartesian', ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__edflood.xhtml#ac71ff0ff5077145336f7286aa07f1e5e', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_edflood']]],
│ │ │ │ │ ['forcesandenergy_335', ['ForcesAndEnergy', ['../bonded_8h.xhtml#aacdbef16553b9b562a9a05e7b8c135f1aa00644de02a06dd261b599ddc63f3234', 1, 'bonded.h']]],
│ │ │ │ │ ['forcesandvirialandenergy_336', ['ForcesAndVirialAndEnergy', ['../bonded_8h.xhtml#aacdbef16553b9b562a9a05e7b8c135f1ae8e1203cbd97d9a274adbad82b0fb438', 1, 'bonded.h']]],
│ │ │ │ │ ['forcescomparison_337', ['forcesComparison', ['../structgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameMatchSettings.xhtml#ab06919813101eb02e938703e6a016919', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameMatchSettings']]],
│ │ │ │ │ - ['forcesigmaepsilon_338', ['forcesigmaepsilon', ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1ForceSwitch_01_4.xhtml#a69e68d046877a3a0af951b89d5fa2c02', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::ForceSwitch >::forceSigmaEpsilon()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1PotSwitch_01_4.xhtml#a86272df0ac3631f0b5bb5a83d7be3624', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::PotSwitch >::forceSigmaEpsilon()']
│ │ │ │ │ + ['forcesigmaepsilon_338', ['forcesigmaepsilon', ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1PotSwitch_01_4.xhtml#a86272df0ac3631f0b5bb5a83d7be3624', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::PotSwitch >::forceSigmaEpsilon()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1ForceSwitch_01_4.xhtml#a69e68d046877a3a0af951b89d5fa2c02', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::ForceSwitch >::forceSigmaEpsilon()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['forcesnosimd_339', ['ForcesNoSimd', ['../bonded_8h.xhtml#aacdbef16553b9b562a9a05e7b8c135f1a8917e450c056da6d8461932eb69740ab', 1, 'bonded.h']]],
│ │ │ │ │ ['forcesreadynvshmemflags_340', ['forcesReadyNvshmemFlags', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#a38710950be6d527750e17ac2c4e6f4e6', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase']]],
│ │ │ │ │ ['forcesreadynvshmemflagscounter_341', ['forcesReadyNvshmemFlagsCounter', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#ab0effa252977d3ad9184360988f68f00', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase']]],
│ │ │ │ │ ['forcessimdwhenavailable_342', ['ForcesSimdWhenAvailable', ['../bonded_8h.xhtml#aacdbef16553b9b562a9a05e7b8c135f1a5fc0f529c3ea0688814b93b143afe101', 1, 'bonded.h']]],
│ │ │ │ │ ['forcessize_343', ['forcesSize', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a4c72957ef5653404a6159d636ba53832', 1, 'PmeGpuSpecific']]],
│ │ │ │ │ ['forcessizealloc_344', ['forcesSizeAlloc', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a1fbba838609544ad9809fa3268e04a92', 1, 'PmeGpuSpecific']]],
│ │ │ │ │ @@ -648,47 +648,47 @@
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['forcewithvirial_351', ['forcewithvirial', ['../classgmx_1_1ForceWithVirial.xhtml#a374f64bbbf84c95d901d9675e338f32a', 1, 'gmx::ForceWithVirial::ForceWithVirial()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml#af0df6cc91687d6a941b6555cc08899ef', 1, 'gmx::ForceOutputs::forceWithVirial()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceWithVirial.xhtml', 1, 'gmx::ForceWithVirial']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['forcewithvirial_5f_352', ['forceWithVirial_', ['../classgmx_1_1ForceProviderOutput.xhtml#ac1ae21b316927482ad471fc2d1a29673', 1, 'gmx::ForceProviderOutput']]],
│ │ │ │ │ ['foreignlambdas_353', ['foreignLambdas', ['../classForeignLambdaTerms.xhtml#a930d11432e2ecb7d4c60f5e4d260dd41', 1, 'ForeignLambdaTerms']]],
│ │ │ │ │ - ['foreignlambdaterms_354', ['foreignlambdaterms', ['../structgmx__enerdata__t.xhtml#a9534fb2fe6e22e92ad6d1dfb9648d2ec', 1, 'gmx_enerdata_t::foreignLambdaTerms'],
│ │ │ │ │ + ['foreignlambdaterms_354', ['foreignlambdaterms', ['../classForeignLambdaTerms.xhtml#a2b917fbff4b49eba344b3cff96e381cb', 1, 'ForeignLambdaTerms::ForeignLambdaTerms()'],
│ │ │ │ │ ['../classForeignLambdaTerms.xhtml', 1, 'ForeignLambdaTerms'],
│ │ │ │ │ - ['../classForeignLambdaTerms.xhtml#a2b917fbff4b49eba344b3cff96e381cb', 1, 'ForeignLambdaTerms::ForeignLambdaTerms()']
│ │ │ │ │ + ['../structgmx__enerdata__t.xhtml#a9534fb2fe6e22e92ad6d1dfb9648d2ec', 1, 'gmx_enerdata_t::foreignLambdaTerms']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['foreignlambdaworkdivision_355', ['foreignLambdaWorkDivision', ['../structbonded__threading__t.xhtml#aef2b9dccebdab85f830955f722f5ff98', 1, 'bonded_threading_t']]],
│ │ │ │ │ - ['format_5f_356', ['format_', ['../structt__forcetable.xhtml#a198e414c2e2fec929e389d5e47c7a919', 1, 't_forcetable::format_'],
│ │ │ │ │ + ['format_5f_356', ['format_', ['../classgmx_1_1HelpLinks_1_1Impl.xhtml#ae464fc9106482eadbe2f6126719631b5', 1, 'gmx::HelpLinks::Impl::format_'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl_1_1SharedState.xhtml#af87b493d18a69322609dc013b0e3082f', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl::SharedState::format_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HelpLinks_1_1Impl.xhtml#ae464fc9106482eadbe2f6126719631b5', 1, 'gmx::HelpLinks::Impl::format_']
│ │ │ │ │ + ['../structt__forcetable.xhtml#a198e414c2e2fec929e389d5e47c7a919', 1, 't_forcetable::format_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['formatandjoin_357', ['formatandjoin', ['../group__module__utility.xhtml#ga8e151e320e4072b2cc254b653077bb68', 1, 'gmx::formatAndJoin(const ContainerType &container, const char *separator, const FormatterType &formatter)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__utility.xhtml#gaa21c247b747e12412da58cb9f6d500ef', 1, 'gmx::formatAndJoin(InputIterator begin, InputIterator end, const char *separator, const FormatterType &formatter)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['formatbugs_358', ['formatBugs', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter_1_1Impl.xhtml#a8f93f1eafa8598fd1e6c0ddcdeab8336', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['formatcurrenterrorcontext_359', ['formatCurrentErrorContext', ['../namespaceanonymous__namespace_02parsetree_8cpp_03.xhtml#a308da93483b3a0c7607f6bf24b17fd84', 1, 'anonymous_namespace{parsetree.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['formatdescription_360', ['formatDescription', ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a1d08fd40c1f2ffd8c2bd159ab24f4526', 1, 'gmx::OptionInfo']]],
│ │ │ │ │ ['formatentrypath_361', ['formatEntryPath', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata_8cpp_03.xhtml#a230afe1c375ddd73107a60cb8191ac33', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['formatexceptionmessageinternal_362', ['formatExceptionMessageInternal', ['../group__module__utility.xhtml#ga0daef1df8f52f7496d4dad800f560502', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['formatexceptionmessagetofile_363', ['formatExceptionMessageToFile', ['../group__module__utility.xhtml#gac5e6f6ec944fb2484d6f273c9a0ff495', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['formatexceptionmessagetostring_364', ['formatExceptionMessageToString', ['../group__module__utility.xhtml#gac7703ad35b606758d2d12edc0a3d5217', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['formatexceptionmessagetowriter_365', ['formatExceptionMessageToWriter', ['../group__module__utility.xhtml#gaacf6bfb81220e44ed1bf73f0a44d9926', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['formatextradescription_366', ['formatextradescription', ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#a4f8945f1cf5470c09761a8414cbfa963', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::formatExtraDescription()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a3bb8e55599d98488478acbb5d541e8bd', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::formatExtraDescription()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#aff97fa85150fdfc45ea71b433f3d5c71', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::formatExtraDescription()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml#a11abe9826729a2f2a39a3f1b4d46f98e', 1, 'gmx::StringOptionStorage::formatExtraDescription()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml#a11abe9826729a2f2a39a3f1b4d46f98e', 1, 'gmx::StringOptionStorage::formatExtraDescription()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a3bb8e55599d98488478acbb5d541e8bd', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::formatExtraDescription()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['formatfunctorforint_367', ['FormatFunctorForInt', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02naming_8cpp_03_1_1FormatFunctorForInt.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{naming.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['formatidentifier_5f_368', ['formatIdentifier_', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml#a07b35ec0d53363bf5d7fc8190d19a86c', 1, 'gmx::MrcDensityMapHeader']]],
│ │ │ │ │ ['formatline_369', ['formatLine', ['../classgmx_1_1TextLineWrapper.xhtml#a866d5098cb45b336ff963522f6b65f80', 1, 'gmx::TextLineWrapper']]],
│ │ │ │ │ ['formatlistsetup_370', ['formatListSetup', ['../namespacegmx.xhtml#a918e665676c3f637701bc27158854e87', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['formatnamefromparam_371', ['formatNameFromParam', ['../naming_8h.xhtml#a2fb74aadc08477b4a5f2a78a85593458', 1, 'gmx::test::detail']]],
│ │ │ │ │ ['formatoption_372', ['formatoption', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1IOptionsFormatter.xhtml#a3035ef8ba9640e3d63f33de007f9dd71', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::IOptionsFormatter::formatOption()'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__commandline.xhtml#ga5b12d69664ce762e9111dce4a8ee7ea1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::SynopsisFormatter::formatOption()'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__commandline.xhtml#gaedc7a4deda2f830f5c4bd3eb6f03a18e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter::formatOption()']
│ │ │ │ │ + ['../group__module__commandline.xhtml#gaedc7a4deda2f830f5c4bd3eb6f03a18e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter::formatOption()'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__commandline.xhtml#ga5b12d69664ce762e9111dce4a8ee7ea1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::SynopsisFormatter::formatOption()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['formatoptionnameandvalue_373', ['formatOptionNameAndValue', ['../group__module__commandline.xhtml#ga3ddcb033e8cd6b9c9f70781eb6881145', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['formatrow_374', ['formatRow', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter.xhtml#a315d06a112412cbb8e95dce6d959f33b', 1, 'gmx::TextTableFormatter']]],
│ │ │ │ │ ['formats_375', ['Help in other formats', ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md74', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['formatselected_376', ['formatSelected', ['../group__module__commandline.xhtml#gafda0e4db6ceac953ba387938fb1dae15', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsFilter']]],
│ │ │ │ │ ['formatsequenceentrypath_377', ['formatSequenceEntryPath', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata_8cpp_03.xhtml#ac74b2b3d571937e84f64701c0371a59b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['formatsinglevalue_378', ['formatsinglevalue', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#aba54f7d43ae5ec873428ba0d56b39b06', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::formatSingleValue()'],
│ │ │ │ │ @@ -701,139 +701,139 @@
│ │ │ │ │ ['formattervariant_382', ['FormatterVariant', ['../structgmx_1_1test_1_1detail_1_1FormatterVariant.xhtml', 1, 'gmx::test::detail']]],
│ │ │ │ │ ['formattervariant_3c_20enum_2c_20typename_20std_3a_3aenable_5fif_5ft_3c_20std_3a_3ais_5fenum_5fv_3c_20enum_20_3e_20_3e_20_3e_383', ['FormatterVariant< Enum, typename std::enable_if_t< std::is_enum_v< Enum > > >', ['../structgmx_1_1test_1_1detail_1_1FormatterVariant_3_01Enum_00_01typename_01std_1_1enable__if__t_3_acb6dee1ce56d1306a9910143bc22f09.xhtml', 1, 'gmx::test::detail']]],
│ │ │ │ │ ['formatting_384', ['Help formatting', ['../page_onlinehelp.xhtml', 1, 'index']]],
│ │ │ │ │ ['formatting_20for_20online_20help_20onlinehelp_385', ['Help Formatting for Online Help (onlinehelp)', ['../group__module__onlinehelp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['formatting_20markup_386', ['Formatting markup', ['../page_onlinehelp.xhtml#autotoc_md91', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['formatvector_387', ['formatVector', ['../namespaceanonymous__namespace_02nbsearch_8cpp_03.xhtml#a0670966abf7b502de5601d466268f96d', 1, 'anonymous_namespace{nbsearch.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['forsequence_388', ['ForSequence', ['../naming_8h.xhtml#a07b2ed47240f40b59f878e96fad7ff1d', 1, 'gmx::test::detail']]],
│ │ │ │ │ - ['forward_389', ['forward', ['../classgmx_1_1DomainPairComm.xhtml#a8f45dac11467a61cd989de6195707c7c', 1, 'gmx::DomainPairComm::forward() const'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DomainPairComm.xhtml#a8fd7c0b5c77272bbe6c51a186ce0aa0b', 1, 'gmx::DomainPairComm::forward()']
│ │ │ │ │ + ['forward_389', ['forward', ['../classgmx_1_1DomainPairComm.xhtml#a8fd7c0b5c77272bbe6c51a186ce0aa0b', 1, 'gmx::DomainPairComm::forward()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DomainPairComm.xhtml#a8f45dac11467a61cd989de6195707c7c', 1, 'gmx::DomainPairComm::forward() const']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fplog_390', ['fplog', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#a5debba3e82468b3171d21b8ad593080d', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator']]],
│ │ │ │ │ - ['fplog_5f_391', ['fplog_', ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml#a2ea4c0e8098edd8df12755db78471c3e', 1, 'gmx::SimulatorEnv::fplog_'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#ab36ab8a334be1cae77e90216d92bbc7d', 1, 'gmx::LegacySimulatorData::fpLog_']
│ │ │ │ │ + ['fplog_5f_391', ['fplog_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#ab36ab8a334be1cae77e90216d92bbc7d', 1, 'gmx::LegacySimulatorData::fpLog_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml#a2ea4c0e8098edd8df12755db78471c3e', 1, 'gmx::SimulatorEnv::fplog_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fpout_392', ['fpout', ['../structt__swap.xhtml#aef475974c5d0c7d7df5581ef92747f41', 1, 't_swap']]],
│ │ │ │ │ ['fprog_393', ['fprog', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a0b479d690774a28bfb3bd8dbdca9e39e', 1, 'CheckpointHeaderContents']]],
│ │ │ │ │ ['fproj_394', ['fproj', ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__eigvec.xhtml#a3df60113bea0e6abd782d68aee77c860', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_eigvec']]],
│ │ │ │ │ - ['fr_395', ['fr', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#afb13d4e80b61e8b4bc289176052ea8b6', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator::fr'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx__sel__evaluate__t.xhtml#a42a5d14474c3e7a66eca0c9663476846', 1, 'gmx_sel_evaluate_t::fr']
│ │ │ │ │ + ['fr_395', ['fr', ['../structgmx__sel__evaluate__t.xhtml#a42a5d14474c3e7a66eca0c9663476846', 1, 'gmx_sel_evaluate_t::fr'],
│ │ │ │ │ + ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#afb13d4e80b61e8b4bc289176052ea8b6', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator::fr']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['fr_5f_396', ['fr_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a506301732c4f0ad96dfe72420a2ef6a3', 1, 'gmx::LegacySimulatorData::fr_'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1SelMethodEvalContext.xhtml#a79e0fd288c3bca2f3fa5ac88e333d9b6', 1, 'gmx::SelMethodEvalContext::fr_']
│ │ │ │ │ + ['fr_5f_396', ['fr_', ['../structgmx_1_1SelMethodEvalContext.xhtml#a79e0fd288c3bca2f3fa5ac88e333d9b6', 1, 'gmx::SelMethodEvalContext::fr_'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a506301732c4f0ad96dfe72420a2ef6a3', 1, 'gmx::LegacySimulatorData::fr_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fractshiftstabletexture_397', ['fractShiftsTableTexture', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#a5fde90a4484740b9462410a1a9db278a', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase']]],
│ │ │ │ │ ['frame_398', ['frame', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInput.xhtml#aadc8659470104ed78c8b5a608b445502', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInput::frame()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetBothTimeTest.xhtml#af9e5f0a619966cd5b00356f63519554f', 1, 'gmx::test::SetBothTimeTest::frame()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameReader.xhtml#aae44f28460581714eb910e5e7d8d14b3', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameReader::frame()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyFrameReader.xhtml#ac4d6d4fc361e4f4b4bcc3fa9526f04a9', 1, 'gmx::test::EnergyFrameReader::frame()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml#aa7ba461b2838abf74c04c0a205da1e7f', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon::frame()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetStartTimeTest.xhtml#aab6696581ba65d946cef450b5ae9fb66', 1, 'gmx::test::SetStartTimeTest::frame()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SetTimeStepTest.xhtml#aec901f237c3282bb19f6bdf5c9efa79a', 1, 'gmx::test::SetTimeStepTest::frame()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SetTimeStepTest.xhtml#aec901f237c3282bb19f6bdf5c9efa79a', 1, 'gmx::test::SetTimeStepTest::frame()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml#aa7ba461b2838abf74c04c0a205da1e7f', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon::frame()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyFrameReader.xhtml#ac4d6d4fc361e4f4b4bcc3fa9526f04a9', 1, 'gmx::test::EnergyFrameReader::frame()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameReader.xhtml#aae44f28460581714eb910e5e7d8d14b3', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameReader::frame()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['frameaveragemoduletest_399', ['FrameAverageModuleTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02average_8cpp_03.xhtml#a08d63a8eaa88dce647bfbec8413aa1ba', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{average.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['frameaverager_2ecpp_400', ['frameaverager.cpp', ['../frameaverager_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['frameaverager_2eh_401', ['frameaverager.h', ['../frameaverager_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['framebuilderlist_402', ['FrameBuilderList', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#a1d95ed4cbefa7cb90dec3e817b807e18', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]],
│ │ │ │ │ ['framechecker_5f_403', ['frameChecker_', ['../classgmx_1_1test_1_1MockAnalysisDataModule_1_1Impl.xhtml#a58fdcd1a2400d8f0b1b2e8a43759eb4b', 1, 'gmx::test::MockAnalysisDataModule::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['frameconverter_2eh_404', ['frameconverter.h', ['../frameconverter_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['frameconverterenums_2eh_405', ['frameconverterenums.h', ['../frameconverterenums_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['frameconverterflags_406', ['FrameConverterFlags', ['../group__module__coordinateio.xhtml#gae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['frameconverterpointer_407', ['FrameConverterPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a80239df34c27bda854e6165bc195e6ac', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['framecount_408', ['framecount', ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#a0850f6005df44698eee9f251eeafa446', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::frameCount()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a8c0b1ef1f1ab6db23ab458b5cce418e5', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::frameCount()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#aad7c13d78993049dae5f9dd2c3f6d8ad', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::frameCount()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#a2b5676395bcae977877ff4bf99c9cc7b', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::frameCount()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisArrayData.xhtml#aa1f35d2999d9a3c01a173527faba9189', 1, 'gmx::AbstractAnalysisArrayData::frameCount()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisData.xhtml#aee1953e47aaba2b7a4481d26e237b209', 1, 'gmx::AnalysisData::frameCount()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a49ff8cb5c6087a8081f72b436b9824e7', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::frameCount()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInput.xhtml#a5f5ed4e55143871fb5172b6dbbbb04b6', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInput::frameCount()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorage.xhtml#a92348ce54ab5452e7b5445e8661aeb03', 1, 'gmx::AnalysisDataStorage::frameCount()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameLocalData.xhtml#a410124f109f1a2a45b1ed77bb3b78135', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameLocalData::frameCount()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorage.xhtml#a92348ce54ab5452e7b5445e8661aeb03', 1, 'gmx::AnalysisDataStorage::frameCount()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInput.xhtml#a5f5ed4e55143871fb5172b6dbbbb04b6', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInput::frameCount()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a49ff8cb5c6087a8081f72b436b9824e7', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::frameCount()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisData.xhtml#aee1953e47aaba2b7a4481d26e237b209', 1, 'gmx::AnalysisData::frameCount()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisArrayData.xhtml#aa1f35d2999d9a3c01a173527faba9189', 1, 'gmx::AbstractAnalysisArrayData::frameCount()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#a2b5676395bcae977877ff4bf99c9cc7b', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::frameCount()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#aad7c13d78993049dae5f9dd2c3f6d8ad', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::frameCount()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a8c0b1ef1f1ab6db23ab458b5cce418e5', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::frameCount()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['framecount_5f_409', ['frameCount_', ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule_1_1Impl.xhtml#a89858ff0c5822ca7dd99842985a8f521', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['framedata_410', ['frameData', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameLocalData.xhtml#aeddcdf6456cc478cf591b0aa343650b8', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameLocalData']]],
│ │ │ │ │ ['framedataset_411', ['frameDataSet', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameLocalData.xhtml#a9825d32803a7b36a8dabd6312221db2b', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameLocalData']]],
│ │ │ │ │ ['framefinished_412', ['framefinished', ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#aab173eecc3f97c84895c775d40f2a844', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::frameFinished()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#aaede10834f51be7f6f3d74f37d7cfb1b', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::frameFinished()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#a9e5456c1e16f170f37602f2852c8c4d6', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::frameFinished()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#a3b86988fceec220e3913d4600fc12fa4', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::frameFinished()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#a48084b66729d504226fe97e660e93f0c', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::frameFinished()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a6fdb64d7e7cca7f1f1ffec00c25c1372', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::frameFinished()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#a63e7210ef4127ae7003b43efd7aeaa76', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::frameFinished()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#abef70a1c861c1617d771fb04cfe58428', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::frameFinished()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#aa9c7682f09e515d11370802089ca980f', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::frameFinished()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#a5adae8dc24a56333b51a44c134d77d36', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::frameFinished()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ab1cbb22aba69ae35890b719fe24249be', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::frameFinished()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#a11560a4ca0927424112e920950779f06', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::frameFinished()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#aaf5a5d3148bfa22813b7a34db977fca1', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::frameFinished()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#afa505ea40be0cdde247429e2803455be', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::frameFinished()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#a11560a4ca0927424112e920950779f06', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::frameFinished()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#a9e5456c1e16f170f37602f2852c8c4d6', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::frameFinished()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['framefinishedserial_413', ['framefinishedserial', ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#aad86494faa70150b38a9e6deb4c59407', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::frameFinishedSerial()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#a96bba5a7f2b92aaa49d73accdcc3891a', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::frameFinishedSerial()'],
│ │ │ │ │ + ['framefinishedserial_413', ['framefinishedserial', ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#a96bba5a7f2b92aaa49d73accdcc3891a', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::frameFinishedSerial()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#a803d7992f7d0723103c61727f80938bd', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::frameFinishedSerial()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#acf712fef9cc0e909731fc906ba821f63', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::frameFinishedSerial()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ad3e993e8a1a87fb7c90bbc5a3d2e20c3', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::frameFinishedSerial()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ad3e993e8a1a87fb7c90bbc5a3d2e20c3', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::frameFinishedSerial()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#aad86494faa70150b38a9e6deb4c59407', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::frameFinishedSerial()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['framehandle_414', ['FrameHandle', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameLocalData.xhtml#a030ab1f37cb4a603253ec83ededa239e', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameLocalData']]],
│ │ │ │ │ ['frameindex_415', ['frameindex', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#ae0eddbf713d39cbc0b52f0c078a82af9', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::frameIndex()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#ac9bc8b414174576afc2c718a169af82b', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::frameIndex()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a96c4dc4e35f55b864eca81dc63f03a79', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::frameIndex()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['frameindex_5f_416', ['frameIndex_', ['../classgmx_1_1test_1_1MockAnalysisDataModule_1_1Impl.xhtml#ab0c28eda9e5ba16c576e3a4c659fcef0', 1, 'gmx::test::MockAnalysisDataModule::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['framelist_417', ['FrameList', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#a1b2af19109dfb91fb162696e97139eeb', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]],
│ │ │ │ │ - ['framelocaldata_418', ['framelocaldata', ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule_1_1Impl.xhtml#af73e29efb4e19ba1668249dc92bc5b12', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::Impl::FrameLocalData'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule_1_1Impl.xhtml#a17fd5860537f4c08d545ce576f8b3f9a', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::Impl::FrameLocalData']
│ │ │ │ │ + ['framelocaldata_418', ['framelocaldata', ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule_1_1Impl.xhtml#a17fd5860537f4c08d545ce576f8b3f9a', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::Impl::FrameLocalData'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule_1_1Impl.xhtml#af73e29efb4e19ba1668249dc92bc5b12', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::Impl::FrameLocalData']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['framelocaldata_2eh_419', ['framelocaldata.h', ['../framelocaldata_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['framename_420', ['framename', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a75c748ad56a9efa7328967d0cb76db91', 1, 'gmx::EnergyFrame::frameName()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml#a2ff2f7b61d1c4a69f6afec3bbbf7e42b', 1, 'gmx::TrajectoryFrame::frameName()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['framenumber_5f_421', ['framenumber_', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02hbond_8cpp_03_1_1HbondStorageFrame.xhtml#a068084e963a2d0aeb9407ac944251a0e', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{hbond.cpp}::HbondStorageFrame::frameNumber_'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1DsspStorageFrame.xhtml#aea758fddfcb31fd9f253be85293b0b6d', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::DsspStorageFrame::frameNumber_']
│ │ │ │ │ + ['framenumber_5f_421', ['framenumber_', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1DsspStorageFrame.xhtml#aea758fddfcb31fd9f253be85293b0b6d', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::DsspStorageFrame::frameNumber_'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02hbond_8cpp_03_1_1HbondStorageFrame.xhtml#a068084e963a2d0aeb9407ac944251a0e', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{hbond.cpp}::HbondStorageFrame::frameNumber_']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['framepairmanager_422', ['framepairmanager', ['../classgmx_1_1test_1_1FramePairManager.xhtml#afa9faadc9d89bc8d29252d1e43244154', 1, 'gmx::test::FramePairManager::FramePairManager()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1FramePairManager.xhtml', 1, 'gmx::test::FramePairManager< FrameReader >']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['framepointer_423', ['FramePointer', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#a608a9be580bd62fd9a5edff2f5156e3d', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]],
│ │ │ │ │ ['framereaderptr_424', ['framereaderptr', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02exactcontinuation_8cpp_03_1_1ContinuationFramePairManager.xhtml#a72b84ffd38be92c654a31e89a5c10dbd', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{exactcontinuation.cpp}::ContinuationFramePairManager::FrameReaderPtr'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1FramePairManager.xhtml#af4251cceb013385a6eda846583308814', 1, 'gmx::test::FramePairManager::FrameReaderPtr']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['framereference_425', ['frameReference', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a5a93e37a779d437174936597c740ddb5', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData']]],
│ │ │ │ │ ['frames_426', ['frames', ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md85', 1, 'Analyzing the frames'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdGroupData.xhtml#ade628beaad983a94a4f825cf6a5fe2bd', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdGroupData::frames']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['frames_5f_427', ['frames_', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#af7d3268f5be4c5ad4eaa1bc42ab8d7f8', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]],
│ │ │ │ │ ['framestarted_428', ['framestarted', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a7634403555751ac41215cc84d14b1e7d', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#aaf2b3ccd643ed14dff417b3fabbfa683', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#a091e920cb197cbfbb3afb423a1d06f0e', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#ad418c0781f503080bd5faa359c94de13', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#a7636ee79c974c9931a40ce197f469000', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a83b88fcd8d0df7b6ffb6ba7487d75a5d', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#abf8e2f30fdd18450ecfd3e31b049568d', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#a770fae23fbc5719c083237fde04e7e2a', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#ac7d503e1eba423cd1852269ab195b565', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#a92b808f78977cd95d334a876b45b7953', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#ad350e974a7c7a64fd4353c026a01cc23', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#a42236b921cd7e55b8834d893625f1bd2', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#accc0e201b66eac5cf398d9034e66bd85', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ad3662692728542fdf5276761dff90124', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#ad350e974a7c7a64fd4353c026a01cc23', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#a091e920cb197cbfbb3afb423a1d06f0e', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#aaf2b3ccd643ed14dff417b3fabbfa683', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::frameStarted()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#accc0e201b66eac5cf398d9034e66bd85', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a83b88fcd8d0df7b6ffb6ba7487d75a5d', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#a92b808f78977cd95d334a876b45b7953', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#ac7d503e1eba423cd1852269ab195b565', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#a770fae23fbc5719c083237fde04e7e2a', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#abf8e2f30fdd18450ecfd3e31b049568d', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::frameStarted()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#a7636ee79c974c9931a40ce197f469000', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::frameStarted()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['frametime_429', ['frameTime', ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml#a299cd4022f598cf00a89a66e01278b62', 1, 'gmx::OutputRequirements']]],
│ │ │ │ │ - ['framework_430', ['framework', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md98', 1, 'High-level framework'],
│ │ │ │ │ - ['../page_energyanalysisframework.xhtml#autotoc_md89', 1, 'High-level framework']
│ │ │ │ │ + ['framework_430', ['framework', ['../page_energyanalysisframework.xhtml#autotoc_md89', 1, 'High-level framework'],
│ │ │ │ │ + ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md98', 1, 'High-level framework']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['framework_20for_20energy_20analysis_431', ['Framework for energy analysis', ['../page_energyanalysisframework.xhtml', 1, 'index']]],
│ │ │ │ │ ['framework_20for_20energy_20analysis_20energyanalysis_432', ['Framework for Energy Analysis (energyanalysis)', ['../group__module__energyanalysis.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['framework_20for_20trajectory_20analysis_433', ['Framework for trajectory analysis', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml', 1, 'index']]],
│ │ │ │ │ ['framework_20for_20trajectory_20analysis_20trajectoryanalysis_434', ['Framework for Trajectory Analysis (trajectoryanalysis)', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['free_435', ['free', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#ae9eebd779172275fb09af48d4985fb4d', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy::free()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AlignedAllocationPolicy.xhtml#ab2b367b4dc3db979ef59a95d11a9ec53', 1, 'gmx::AlignedAllocationPolicy::free()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PageAlignedAllocationPolicy.xhtml#ae99be9d7da11270b02aaf8be2749e29f', 1, 'gmx::PageAlignedAllocationPolicy::free()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#ab375b67bff103a6cb59cd2e365014a14', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::free']
│ │ │ │ │ + ['free_435', ['free', ['../classgmx_1_1PageAlignedAllocationPolicy.xhtml#ae99be9d7da11270b02aaf8be2749e29f', 1, 'gmx::PageAlignedAllocationPolicy::free()'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#ab375b67bff103a6cb59cd2e365014a14', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::free'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#ae9eebd779172275fb09af48d4985fb4d', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy::free()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AlignedAllocationPolicy.xhtml#ab2b367b4dc3db979ef59a95d11a9ec53', 1, 'gmx::AlignedAllocationPolicy::free()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['free_5fdata_5fcommon_436', ['free_data_common', ['../sm__distance_8cpp.xhtml#ace636d704508fe0bbce861590a57cd22', 1, 'sm_distance.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['free_5fdata_5fcompare_437', ['free_data_compare', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#aa72d1a8a8f2afb1fc226cf082c051125', 1, 'sm_compare.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['free_5fdata_5finsolidangle_438', ['free_data_insolidangle', ['../sm__insolidangle_8cpp.xhtml#ace8d18e823d61441a945964ef2ada14a', 1, 'sm_insolidangle.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['free_5fdata_5fkweval_439', ['free_data_kweval', ['../sm__keywords_8cpp.xhtml#afb431a02b31e29f46c9c0ecde1c4f047', 1, 'sm_keywords.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['free_5fdata_5fkwstr_440', ['free_data_kwstr', ['../sm__keywords_8cpp.xhtml#adfd7b9eff695b277a310ca6f00761a9f', 1, 'sm_keywords.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['free_5fdata_5fmerge_441', ['free_data_merge', ['../sm__merge_8cpp.xhtml#aa30b596961469aba89545f5f87781132', 1, 'sm_merge.cpp']]],
│ │ │ │ │ @@ -841,16 +841,16 @@
│ │ │ │ │ ['free_5fdata_5fpos_443', ['free_data_pos', ['../sm__position_8cpp.xhtml#ae0d4c18c7e4c28285bfdaa6a99ee07da', 1, 'sm_position.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['free_5fdata_5fsame_444', ['free_data_same', ['../sm__same_8cpp.xhtml#a605725250aa8db4ed7a34b1ef9031725', 1, 'sm_same.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['free_5fenergy_5fevaluate_5fsingle_445', ['free_energy_evaluate_single', ['../pairs_8cpp.xhtml#ae1ff92c6c49709262e401f3498499f2d', 1, 'pairs.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['free_5fitem_5fcompilerdata_446', ['free_item_compilerdata', ['../compiler_8cpp.xhtml#a69e743f49e37da9b7fc2d0cef6613523', 1, 'compiler.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['free_5fkernel_447', ['free_kernel', ['../namespacegmx.xhtml#a2f86e52792812eadad5321d7c913c032', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['free_5fkernels_448', ['free_kernels', ['../namespacegmx.xhtml#aeb8cabfbe157513b220ec166f83ba7ef', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['free_5fsurface_5fpoints_449', ['free_surface_points', ['../sm__insolidangle_8cpp.xhtml#a469087daddb33e03c9f378345d625d39', 1, 'sm_insolidangle.cpp']]],
│ │ │ │ │ - ['free_5fsymtab_450', ['free_symtab', ['../symtab_8h.xhtml#afe75b1d1a3c6ca738b0b464ab9d0c01a', 1, 'free_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../symtab_8cpp.xhtml#afe75b1d1a3c6ca738b0b464ab9d0c01a', 1, 'free_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp']
│ │ │ │ │ + ['free_5fsymtab_450', ['free_symtab', ['../symtab_8cpp.xhtml#afe75b1d1a3c6ca738b0b464ab9d0c01a', 1, 'free_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../symtab_8h.xhtml#afe75b1d1a3c6ca738b0b464ab9d0c01a', 1, 'free_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['free_5fwrapper_451', ['free_wrapper', ['../namespacegmx.xhtml#a3650e68b5247515adc7f919894173c34', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['freecompilerdata_452', ['freeCompilerData', ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a1f3df8ba32bc39724757412bdbde3045', 1, 'gmx::SelectionTreeElement']]],
│ │ │ │ │ ['freedevicebuffer_453', ['freedevicebuffer', ['../devicebuffer__hip_8h.xhtml#a4edc97964700d1735cbd97d4a76e67b2', 1, 'freeDeviceBuffer(DeviceBuffer *buffer): devicebuffer_hip.h'],
│ │ │ │ │ ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a4edc97964700d1735cbd97d4a76e67b2', 1, 'freeDeviceBuffer(DeviceBuffer *buffer): devicebuffer_ocl.h'],
│ │ │ │ │ ['../devicebuffer__sycl_8h.xhtml#ab6c3352b296ae2561279634a13396bf5', 1, 'freeDeviceBuffer(DeviceBuffer< ValueType > *buffer): devicebuffer_sycl.h']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ @@ -900,46 +900,46 @@
│ │ │ │ │ ['freezegroups_2ecpp_485', ['freezegroups.cpp', ['../freezegroups_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['freezegrouptestparams_486', ['FreezeGroupTestParams', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02freezegroups_8cpp_03.xhtml#adf16d01adbfbe692c680923d42bcff39', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{freezegroups.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['frequency_487', ['frequency', ['../classgmx_1_1AndersenTemperatureCoupling.xhtml#a4be5317bb27910438c62fe1dbabe5dcb', 1, 'gmx::AndersenTemperatureCoupling']]],
│ │ │ │ │ ['frewind_488', ['frewind', ['../futil_8h.xhtml#a97d171ba8393365df315e678061376c0', 1, 'futil.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['frexp_489', ['frexp', ['../group__module__simd.xhtml#gab50c0412c85cddc74dafca8e28224098', 1, 'gmx::frexp(SimdDouble value, SimdDInt32 *exponent)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gad54cc86d43695c86682321d5a6533e79', 1, 'gmx::frexp(SimdFloat value, SimdFInt32 *exponent)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['frflags_490', ['frflags', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings_1_1Impl.xhtml#a4c2b4c939a1f131c7c2df551572c3f6e', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::Impl::frflags'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings.xhtml#aa718686f399fdf49aa3f37a0ec1855f1', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::frflags()']
│ │ │ │ │ + ['frflags_490', ['frflags', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings.xhtml#aa718686f399fdf49aa3f37a0ec1855f1', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::frflags()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings_1_1Impl.xhtml#a4c2b4c939a1f131c7c2df551572c3f6e', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::Impl::frflags']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['frhelper_491', ['frHelper', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a5276ffa94be2fe8e84e9f895050131ee', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput']]],
│ │ │ │ │ ['friction_492', ['Friction', ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a0d9fdb0da3e9c99ad58a3e02bcd01fbca6513892a7d1f1a327b2d4de2b8f69b89', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['frictionmetrictest_493', ['FrictionMetricTest', ['../classgmx_1_1test_1_1FrictionMetricTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['frictionoutputfile_494', ['frictionOutputFile', ['../structBiasOutputSetup.xhtml#a98191a7f0646ffe8ec73747639315934', 1, 'BiasOutputSetup']]],
│ │ │ │ │ ['from_495', ['from', ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder.xhtml#ac058ac9fdb21ef404ba42b2420647473', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder']]],
│ │ │ │ │ ['fromdefaultdir_5f_496', ['fromDefaultDir_', ['../structgmx_1_1DataFileInfo.xhtml#ab9872762008333d63e3ad5d450fc37e3', 1, 'gmx::DataFileInfo']]],
│ │ │ │ │ ['fromstdstring_497', ['fromStdString', ['../group__module__utility.xhtml#ga6c905b14db2a3f47fd2591b8d4803be6', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['fromstring_498', ['fromstring', ['../group__module__utility.xhtml#gabcacd9e636f3ab99601eb09400636d63', 1, 'gmx::fromString(const char *str)'],
│ │ │ │ │ - ['../group__module__utility.xhtml#ga2369817c8fa86a26ae8b19e718112eef', 1, 'gmx::fromString(const std::string &str)']
│ │ │ │ │ + ['fromstring_498', ['fromstring', ['../group__module__utility.xhtml#ga2369817c8fa86a26ae8b19e718112eef', 1, 'gmx::fromString(const std::string &str)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__utility.xhtml#gabcacd9e636f3ab99601eb09400636d63', 1, 'gmx::fromString(const char *str)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fromstring_3c_20bool_20_3e_499', ['fromString< bool >', ['../group__module__utility.xhtml#ga7e7b1ee3138d30c68c064a7c0c550b4e', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['fromstring_3c_20double_20_3e_500', ['fromString< double >', ['../group__module__utility.xhtml#ga634bae9f6215c786e8ac11fc3bd3e112', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['fromstring_3c_20float_20_3e_501', ['fromString< float >', ['../group__module__utility.xhtml#gab7fc4630057b1c3c1e8460583c55833d', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['fromstring_3c_20int_20_3e_502', ['fromString< int >', ['../group__module__utility.xhtml#gafd80f7c52bd5a58574a9262618a47657', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['fromstring_3c_20int64_5ft_20_3e_503', ['fromString< int64_t >', ['../group__module__utility.xhtml#gadb2b61c2360b3c7209b653e67f300738', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['front_504', ['front', ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a484fe75bd7eb0fef58a29a2592387175', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::front()'],
│ │ │ │ │ + ['front_504', ['front', ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a9048553f11dd0f4812a6fc2d3d657468', 1, 'gmx::ArrayRef::front()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#a7c4ead9435fec89ff4d63739d5487f4c', 1, 'gmx::ListOfLists::front()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a9048553f11dd0f4812a6fc2d3d657468', 1, 'gmx::ArrayRef::front()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a97af9c4bc16af33f2862726f2a13ecde', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::front() const noexcept'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a59ac380179e68ec70c50c12af1df2795', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::front() noexcept']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a59ac380179e68ec70c50c12af1df2795', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::front() noexcept'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a484fe75bd7eb0fef58a29a2592387175', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::front()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fsh_505', ['fsh', ['../structPmeShared.xhtml#aa2d0920872687acc371ce2fb41795ebe', 1, 'PmeShared']]],
│ │ │ │ │ - ['fshift_506', ['fshift', ['../structgmx_1_1VsiteThread.xhtml#afea7090ba8d0b10a7c9005fda11ec923', 1, 'gmx::VsiteThread::fshift'],
│ │ │ │ │ + ['fshift_506', ['fshift', ['../structgmx_1_1NBStagingData.xhtml#a37f0c92d1e5001f6665c00a1d6779414', 1, 'gmx::NBStagingData::fShift'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NBAtomDataGpu.xhtml#a070a3073ba8c1e0a7d6f1820ff5ca425', 1, 'gmx::NBAtomDataGpu::fShift'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a8bb1b4a18bb2ce1bea30c746b5ee0ccc', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::OutputQuantities::fshift'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1VsiteThread.xhtml#afea7090ba8d0b10a7c9005fda11ec923', 1, 'gmx::VsiteThread::fshift'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__output__t.xhtml#a62ec4664e64c4e4dfc07121f9bb017ec', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_output_t::fshift'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#aba750d8f96b18d8ca845b40f49d610b2', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::OutputQuantities::fShift'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a560c5f8b28f1d5546c314463325d9519', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::OutputQuantities::fShift'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1NBStagingData.xhtml#a37f0c92d1e5001f6665c00a1d6779414', 1, 'gmx::NBStagingData::fShift'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1NBAtomDataGpu.xhtml#a070a3073ba8c1e0a7d6f1820ff5ca425', 1, 'gmx::NBAtomDataGpu::fShift'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a8bb1b4a18bb2ce1bea30c746b5ee0ccc', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::OutputQuantities::fshift']
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#aba750d8f96b18d8ca845b40f49d610b2', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::OutputQuantities::fShift']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fstride_507', ['fstride', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#a1775e8c97d5893edc91b7077e6e5de92', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]],
│ │ │ │ │ ['fswitch_508', ['FSwitch', ['../namespacegmx.xhtml#af59447472dd31d8f7c7c14843837b6d6a1856c2e8e54a83f9fbec0b0d50f30747', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['ftime_509', ['ftime', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#abce4b45a81f169febd5e78203e898f46', 1, 'CheckpointHeaderContents']]],
│ │ │ │ │ ['ftoler_510', ['ftoler', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#a054274d0e58032bb38e137333e9f97dd', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput']]],
│ │ │ │ │ ['ftp_511', ['ftp', ['../structt__filenm.xhtml#acf045291fceda287a4e9fe4758812195', 1, 't_filenm']]],
│ │ │ │ │ ['ftp2bset_512', ['ftp2bset', ['../group__module__commandline.xhtml#ga5565e3a4b910cf54ee4312511235a5dd', 1, 'ftp2bSet(int ftp, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp'],
│ │ │ │ │ @@ -955,65 +955,65 @@
│ │ │ │ │ ['ftp2fns_516', ['ftp2fns', ['../group__module__commandline.xhtml#ga59579cb605335276a9822c2c0b920749', 1, 'ftp2fns(int ftp, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__commandline.xhtml#ga59579cb605335276a9822c2c0b920749', 1, 'ftp2fns(int ftp, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['ftp2path_5foptional_517', ['ftp2path_optional', ['../group__module__commandline.xhtml#ga0618d9d43df93348aa3e4f9abb91f193', 1, 'ftp2path_optional(int ftp, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__commandline.xhtml#ga0618d9d43df93348aa3e4f9abb91f193', 1, 'ftp2path_optional(int ftp, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['ftype_518', ['ftype', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#a44c3bec4aa1b89b11a7833b799fde1b9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput::ftype'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a874310b6741303068fae0ac72ed223e6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::fType'],
│ │ │ │ │ + ['../structilist__data__t.xhtml#a3c67f762f33fad313846542f9845124b', 1, 'ilist_data_t::ftype'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#afba0d93b9684ea1a2b2effa885d3dde6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::ListInput::fType'],
│ │ │ │ │ - ['../structilist__data__t.xhtml#a3c67f762f33fad313846542f9845124b', 1, 'ilist_data_t::ftype']
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a874310b6741303068fae0ac72ed223e6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::fType']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['ftype_5f_519', ['ftype_', ['../structVsiteBondParameter.xhtml#acb7fe56af5a69cd596fed4af09777026', 1, 'VsiteBondParameter']]],
│ │ │ │ │ ['ftype_5fis_5fbonded_5fpotential_520', ['ftype_is_bonded_potential', ['../src_2gromacs_2listed__forces_2utilities_8h.xhtml#a02435a07d79c82f6d260d8a2dcc82b90', 1, 'utilities.h']]],
│ │ │ │ │ - ['ftypehasperturbedentries_521', ['ftypehasperturbedentries', ['../manage__threading_8cpp.xhtml#a79ac1dc2a314e469dda66faddb4c07a6', 1, 'ftypeHasPerturbedEntries(): manage_threading.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a59d3481a010b082f799dc57c26e5f42c', 1, 'gmx::fTypeHasPerturbedEntries()']
│ │ │ │ │ + ['ftypehasperturbedentries_521', ['ftypehasperturbedentries', ['../namespacegmx.xhtml#a59d3481a010b082f799dc57c26e5f42c', 1, 'gmx::fTypeHasPerturbedEntries()'],
│ │ │ │ │ + ['../manage__threading_8cpp.xhtml#a79ac1dc2a314e469dda66faddb4c07a6', 1, 'ftypeHasPerturbedEntries(const InteractionDefinitions &idef, int ftype): manage_threading.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['ftypeislistedpotential_522', ['ftypeIsListedPotential', ['../src_2gromacs_2listed__forces_2utilities_8h.xhtml#aba08e75fc4e249fb9ee806cf08781ff5', 1, 'utilities.h']]],
│ │ │ │ │ ['ftypesongpu_523', ['fTypesOnGpu', ['../namespacegmx.xhtml#a6d6c381e98563c4dc8432171f4437ac9', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['fudgeqq_524', ['fudgeQQ', ['../structgmx__ffparams__t.xhtml#aad03f8442f30116654a9b6e7c8b155f5', 1, 'gmx_ffparams_t']]],
│ │ │ │ │ ['fujitsu_525', ['Fujitsu', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a053f42c6bae3432cae270ea978f7e638', 1, 'gmx::CpuInfo']]],
│ │ │ │ │ ['fujitsu_5fhpcace_526', ['Fujitsu_HpcAce', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#ac8981fb299411577dccba90b335a9085a069e00567050f3e5b804844ed7155bdd', 1, 'gmx::CpuInfo']]],
│ │ │ │ │ ['full_527', ['full', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8abbd47109890259c0127154db1af26c75', 1, 'gmx::HardwareTopology::Full'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7abbd47109890259c0127154db1af26c75', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl::Full']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fullbinarypath_528', ['fullbinarypath', ['../group__module__commandline.xhtml#ga55aefc8ef38a184088dbc6ac8e61980e', 1, 'gmx::CommandLineProgramContext::fullBinaryPath()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IProgramContext.xhtml#a28a8ec2f5bb48b89821241989de50e82', 1, 'gmx::IProgramContext::fullBinaryPath()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02programcontext_8cpp_03_1_1DefaultProgramContext.xhtml#a38a4c58d5c082f02f896799f79df7386', 1, 'gmx::anonymous_namespace{programcontext.cpp}::DefaultProgramContext::fullBinaryPath()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#a76bc9c3c711248bb999089853172bfe4', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::fullBinaryPath()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02programcontext_8cpp_03_1_1DefaultProgramContext.xhtml#a38a4c58d5c082f02f896799f79df7386', 1, 'gmx::anonymous_namespace{programcontext.cpp}::DefaultProgramContext::fullBinaryPath()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IProgramContext.xhtml#a28a8ec2f5bb48b89821241989de50e82', 1, 'gmx::IProgramContext::fullBinaryPath()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fullcleanup_529', ['fullCleanUp', ['../structMoleculeInformation.xhtml#ab52405266323064234f3d71965069de9', 1, 'MoleculeInformation']]],
│ │ │ │ │ ['fullfilename_5f_530', ['fullFilename_', ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a857526bb6ff8e1a71fdaab8961208e0d', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl']]],
│ │ │ │ │ ['fullfilepath_531', ['fullFilepath', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02extract__cluster_8cpp_03_1_1ManualOutputFile.xhtml#a288a341336e557b00e0e70576d7cff6e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{extract_cluster.cpp}::ManualOutputFile']]],
│ │ │ │ │ ['fullnameoftest_532', ['fullnameoftest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmesplinespreadtest_8cpp_03.xhtml#aaad713b130120b1825fa97733c20ea8c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmesplinespreadtest.cpp}::fullNameOfTest()'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmesolvetest_8cpp_03.xhtml#ac8f29c7c469e4a3e9cfeb5dfbc8dc87e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmesolvetest.cpp}::fullNameOfTest()'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03.xhtml#a75bbdaeee4388df8e07e904804b1a014', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::fullNameOfTest()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['fullrange_533', ['fullRange', ['../classgmx_1_1RangePartitioning.xhtml#a2f0494995bd1d8a9f16a798d926eee13', 1, 'gmx::RangePartitioning']]],
│ │ │ │ │ ['fullwithdevices_534', ['FullWithDevices', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8a1f7e618d8d85d1bac95daf820ac3d499', 1, 'gmx::HardwareTopology']]],
│ │ │ │ │ - ['func_535', ['func', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Device.xhtml#a5f0dbf39e8a425b603c5c188a646bdc1', 1, 'gmx::HardwareTopology::Device::func'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02enumerationhelpers_8cpp_03.xhtml#a19a06b515ed135d177307a3c68d6e679', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{enumerationhelpers.cpp}::func()'],
│ │ │ │ │ + ['func_535', ['func', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02enumerationhelpers_8cpp_03.xhtml#a19a06b515ed135d177307a3c68d6e679', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{enumerationhelpers.cpp}::func()'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Device.xhtml#a5f0dbf39e8a425b603c5c188a646bdc1', 1, 'gmx::HardwareTopology::Device::func'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1ThrowLocation.xhtml#ae3016b790d2af3836d97857e1e0f9770', 1, 'gmx::ThrowLocation::func']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['function_536', ['function', ['../structgmx_1_1AnalyticalSplineTableInput.xhtml#a6496cdef770acdcd7067a5cdf5c758ec', 1, 'gmx::AnalyticalSplineTableInput::function'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NumericalSplineTableInput.xhtml#a65052cb21901a2b6fb8b18d1c71a1a64', 1, 'gmx::NumericalSplineTableInput::function']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['function_20naming_537', ['Function naming', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md68', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['functionality_538', ['functionality', ['../group__module__mdrunutility.xhtml', 1, 'Implementation of mdrun utility functionality'],
│ │ │ │ │ ['../group__group__mdrun.xhtml', 1, 'Modules for simulation functionality']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['functions_539', ['functions', ['../group__module__correlationfunctions.xhtml', 1, 'Correlation functions'],
│ │ │ │ │ ['../page_wrapperbinary.xhtml#section_wrapperbinary_cmain', 1, 'Handling C main() functions']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['functions_2ecpp_540', ['functions.cpp', ['../tests_2functions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../functions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['functions_2ecpp_540', ['functions.cpp', ['../functions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2functions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['functions_2eh_541', ['functions.h', ['../functions_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['functiontype_542', ['functiontype', ['../classVsiteAtomMapping.xhtml#a1bea71c3ab68845ebbcf848e175998f4', 1, 'VsiteAtomMapping::functionType()'],
│ │ │ │ │ - ['../structInteractionListHandle.xhtml#a586e639df551ca3ae2f279b0a8c3ba92', 1, 'InteractionListHandle::functionType']
│ │ │ │ │ + ['functiontype_542', ['functiontype', ['../structInteractionListHandle.xhtml#a586e639df551ca3ae2f279b0a8c3ba92', 1, 'InteractionListHandle::functionType'],
│ │ │ │ │ + ['../classVsiteAtomMapping.xhtml#a1bea71c3ab68845ebbcf848e175998f4', 1, 'VsiteAtomMapping::functionType()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['functionvalue_5f_543', ['functionValue_', ['../structgmx_1_1OptimisationResult.xhtml#a87ff2e094633e12ed133e06783ec467b', 1, 'gmx::OptimisationResult']]],
│ │ │ │ │ ['functor_5fwrapper_544', ['functor_wrapper', ['../structgmx_1_1functor__wrapper.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['functype_545', ['functype', ['../structgmx__ffparams__t.xhtml#a5e4d369677d9cd5c748122db2d650032', 1, 'gmx_ffparams_t::functype'],
│ │ │ │ │ ['../classInteractionDefinitions.xhtml#a4a41cd37d983534f3f24665aa4aa86ed', 1, 'InteractionDefinitions::functype'],
│ │ │ │ │ ['../structt__idef.xhtml#a7fc0916a55c3efac672c91946972cbbc', 1, 't_idef::functype']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_a.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -1270,16 +1270,16 @@
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fis_5fx86_5f32_910', ['GMX_IS_X86_32', ['../architecture_8h.xhtml#a965bb789642e63d96bbba0c303109a68', 1, 'architecture.h']]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fis_5fx86_5f64_911', ['GMX_IS_X86_64', ['../architecture_8h.xhtml#a5049871d3b2298b99b58e3663ee8cd49', 1, 'architecture.h']]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fkernel_5ftiming_5fdata_5ft_912', ['gmx_kernel_timing_data_t', ['../structgmx__kernel__timing__data__t.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5flapack_2eh_913', ['gmx_lapack.h', ['../gmx__lapack_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5flmcurve_2ecpp_914', ['gmx_lmcurve.cpp', ['../gmx__lmcurve_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5flmcurve_2eh_915', ['gmx_lmcurve.h', ['../gmx__lmcurve_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['gmx_5flocaltop_5ft_916', ['gmx_localtop_t', ['../structgmx__localtop__t.xhtml', 1, 'gmx_localtop_t'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx__localtop__t.xhtml#a2f121c6b35f3d2084cfe4ec5bf591d50', 1, 'gmx_localtop_t::gmx_localtop_t()']
│ │ │ │ │ + ['gmx_5flocaltop_5ft_916', ['gmx_localtop_t', ['../structgmx__localtop__t.xhtml#a2f121c6b35f3d2084cfe4ec5bf591d50', 1, 'gmx_localtop_t::gmx_localtop_t()'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx__localtop__t.xhtml', 1, 'gmx_localtop_t']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5flog_917', ['GMX_LOG', ['../group__module__utility.xhtml#gae729bb685d65e62bab6be8c4fe02ae87', 1, 'logger.h']]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fmaketables_5f14only_918', ['GMX_MAKETABLES_14ONLY', ['../forcetable_8h.xhtml#a262e67f146de0f1c633369c5a83e0143', 1, 'forcetable.h']]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fmaketables_5fforceuser_919', ['GMX_MAKETABLES_FORCEUSER', ['../forcetable_8h.xhtml#ace31315b29cf61f66321946e6ac7a140', 1, 'forcetable.h']]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fmany_5ffft_5fdestroy_920', ['gmx_many_fft_destroy', ['../fft_8h.xhtml#a77912d06d42876247642873eb98a523d', 1, 'fft.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fmdrun_921', ['gmx_mdrun', ['../namespacegmx.xhtml#ac0404a0a89f646b81b966ace5810944d', 1, 'gmx::gmx_mdrun(MPI_Comm communicator, const gmx_hw_info_t &hwinfo, int argc, char *argv[])'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a4a29b533acb47eb890641baab3fc0468', 1, 'gmx::gmx_mdrun(int argc, char *argv[])']
│ │ │ │ │ @@ -1289,16 +1289,16 @@
│ │ │ │ │ ['gmx_5fmoltype_5ft_924', ['gmx_moltype_t', ['../structgmx__moltype__t.xhtml', 1, 'gmx_moltype_t'],
│ │ │ │ │ ['../structgmx__moltype__t.xhtml#a49862bbe7823fc1fc73c37a0f3619fef', 1, 'gmx_moltype_t::gmx_moltype_t()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fmpi_5finitialized_925', ['gmx_mpi_initialized', ['../basenetwork_8h.xhtml#a0be63511ea9391dd2049b56d43a9e6a1', 1, 'basenetwork.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fmpi_5freal_926', ['GMX_MPI_REAL', ['../real_8h.xhtml#ae18e2415b9611d106ac74cc16db021db', 1, 'real.h']]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fmpi_5ftest_927', ['GMX_MPI_TEST', ['../group__module__testutils.xhtml#gafbc53c38b8ac829c402d849bfcc33bd5', 1, 'mpitest.h']]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fmpi_5ftest_5finner_928', ['GMX_MPI_TEST_INNER', ['../mpitest_8h.xhtml#ab9cff9e4704809e3294c7d541bb97629', 1, 'mpitest.h']]],
│ │ │ │ │ - ['gmx_5fmultisim_5ft_929', ['gmx_multisim_t', ['../structgmx__multisim__t.xhtml#ac1f27c4a7eda351db996870f9e34265a', 1, 'gmx_multisim_t::gmx_multisim_t()'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx__multisim__t.xhtml', 1, 'gmx_multisim_t']
│ │ │ │ │ + ['gmx_5fmultisim_5ft_929', ['gmx_multisim_t', ['../structgmx__multisim__t.xhtml', 1, 'gmx_multisim_t'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx__multisim__t.xhtml#ac1f27c4a7eda351db996870f9e34265a', 1, 'gmx_multisim_t::gmx_multisim_t()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fnbnxm_5fenable_5fpacked_5ffloat3_930', ['GMX_NBNXM_ENABLE_PACKED_FLOAT3', ['../nbnxm__sycl__kernel__body_8h.xhtml#ad54c701a0649f77d7b9d54c4aaf437a6', 1, 'nbnxm_sycl_kernel_body.h']]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fnbnxn_5fprune_5fkernel_5fjpacked_5fconcurrency_931', ['gmx_nbnxn_prune_kernel_jpacked_concurrency', ['../nbnxm__ocl__consts_8h.xhtml#a8b5794d7c4cf16c945fa83089717d210', 1, 'GMX_NBNXN_PRUNE_KERNEL_JPACKED_CONCURRENCY: nbnxm_ocl_consts.h'],
│ │ │ │ │ ['../gpu__types__common_8h.xhtml#a8b5794d7c4cf16c945fa83089717d210', 1, 'GMX_NBNXN_PRUNE_KERNEL_JPACKED_CONCURRENCY: gpu_types_common.h']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fno_5fwcmatch_932', ['GMX_NO_WCMATCH', ['../cstringutil_8h.xhtml#a21836ee214b24d91bf3911c0d99f707b', 1, 'cstringutil.h']]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fnode_5fnum_933', ['gmx_node_num', ['../basenetwork_8h.xhtml#a14a308edeb82077575a8920de4c89fc8', 1, 'basenetwork.cpp']]],
│ │ │ │ │ @@ -1323,37 +1323,37 @@
│ │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#af28e0ce531d0251546501a7f192f25f2', 1, 'gmx_pme_calc_energy(gmx_pme_t *pme, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx::ArrayRef< const real > q): pme.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fpme_5fcheck_5frestrictions_944', ['gmx_pme_check_restrictions', ['../pme_8cpp.xhtml#a5c4fecfcddcabc83d73c85042c935f96', 1, 'gmx_pme_check_restrictions(int pme_order, int nkx, int nky, int nkz, int numPmeDomainsAlongX, int numPmeDomainsAlongY, int extendedHaloRegion, bool useGpuPme, bool useThreads, bool errorsAreFatal): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#a5c4fecfcddcabc83d73c85042c935f96', 1, 'gmx_pme_check_restrictions(int pme_order, int nkx, int nky, int nkz, int numPmeDomainsAlongX, int numPmeDomainsAlongY, int extendedHaloRegion, bool useGpuPme, bool useThreads, bool errorsAreFatal): pme.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fpme_5fcomm_5fn_5fbox_5ft_945', ['gmx_pme_comm_n_box_t', ['../structgmx__pme__comm__n__box__t.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fpme_5fcomm_5fvir_5fene_5ft_946', ['gmx_pme_comm_vir_ene_t', ['../structgmx__pme__comm__vir__ene__t.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['gmx_5fpme_5fdestroy_947', ['gmx_pme_destroy', ['../pme_8h.xhtml#afb9db2681fc072d6b4176febca9831c6', 1, 'gmx_pme_destroy(gmx_pme_t *pme, bool destroyGpuData): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme_8h.xhtml#ac5a75a2d477885fcb0260908f6e7b2f2', 1, 'gmx_pme_destroy(gmx_pme_t *pme): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['gmx_5fpme_5fdestroy_947', ['gmx_pme_destroy', ['../pme_8cpp.xhtml#ac5a75a2d477885fcb0260908f6e7b2f2', 1, 'gmx_pme_destroy(gmx_pme_t *pme): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme_8cpp.xhtml#afb9db2681fc072d6b4176febca9831c6', 1, 'gmx_pme_destroy(gmx_pme_t *pme, bool destroyGpuData): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml#ac5a75a2d477885fcb0260908f6e7b2f2', 1, 'gmx_pme_destroy(gmx_pme_t *pme): pme.cpp']
│ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#ac5a75a2d477885fcb0260908f6e7b2f2', 1, 'gmx_pme_destroy(gmx_pme_t *pme): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#afb9db2681fc072d6b4176febca9831c6', 1, 'gmx_pme_destroy(gmx_pme_t *pme, bool destroyGpuData): pme.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['gmx_5fpme_5fdo_948', ['gmx_pme_do', ['../pme_8h.xhtml#ae9d5a3c227bbe220bd732be51ec92d9b', 1, 'gmx_pme_do(struct gmx_pme_t *pme, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > coordinates, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > forces, gmx::ArrayRef< const real > chargeA, gmx::ArrayRef< const real > chargeB, gmx::ArrayRef< const real > c6A, gmx::ArrayRef< const real > c6B, gmx::ArrayRef< const real > sigmaA, gmx::ArrayRef< const real > sigmaB, const matrix box, const t_commrec *cr, int maxshift_x, int maxshift_y, t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle *wcycle, matrix vir_q, matrix vir_lj, real *energy_q, real *energy_lj, real lambda_q, real lambda_lj, real *dvdlambda_q, real *dvdlambda_lj, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml#ae9d5a3c227bbe220bd732be51ec92d9b', 1, 'gmx_pme_do(struct gmx_pme_t *pme, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > coordinates, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > forces, gmx::ArrayRef< const real > chargeA, gmx::ArrayRef< const real > chargeB, gmx::ArrayRef< const real > c6A, gmx::ArrayRef< const real > c6B, gmx::ArrayRef< const real > sigmaA, gmx::ArrayRef< const real > sigmaB, const matrix box, const t_commrec *cr, int maxshift_x, int maxshift_y, t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle *wcycle, matrix vir_q, matrix vir_lj, real *energy_q, real *energy_lj, real lambda_q, real lambda_lj, real *dvdlambda_q, real *dvdlambda_lj, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme.cpp']
│ │ │ │ │ + ['gmx_5fpme_5fdo_948', ['gmx_pme_do', ['../pme_8cpp.xhtml#ae9d5a3c227bbe220bd732be51ec92d9b', 1, 'gmx_pme_do(struct gmx_pme_t *pme, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > coordinates, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > forces, gmx::ArrayRef< const real > chargeA, gmx::ArrayRef< const real > chargeB, gmx::ArrayRef< const real > c6A, gmx::ArrayRef< const real > c6B, gmx::ArrayRef< const real > sigmaA, gmx::ArrayRef< const real > sigmaB, const matrix box, const t_commrec *cr, int maxshift_x, int maxshift_y, t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle *wcycle, matrix vir_q, matrix vir_lj, real *energy_q, real *energy_lj, real lambda_q, real lambda_lj, real *dvdlambda_q, real *dvdlambda_lj, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#ae9d5a3c227bbe220bd732be51ec92d9b', 1, 'gmx_pme_do(struct gmx_pme_t *pme, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > coordinates, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > forces, gmx::ArrayRef< const real > chargeA, gmx::ArrayRef< const real > chargeB, gmx::ArrayRef< const real > c6A, gmx::ArrayRef< const real > c6B, gmx::ArrayRef< const real > sigmaA, gmx::ArrayRef< const real > sigmaB, const matrix box, const t_commrec *cr, int maxshift_x, int maxshift_y, t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle *wcycle, matrix vir_q, matrix vir_lj, real *energy_q, real *energy_lj, real lambda_q, real lambda_lj, real *dvdlambda_q, real *dvdlambda_lj, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['gmx_5fpme_5fgrid_5fmatches_949', ['gmx_pme_grid_matches', ['../pme_8cpp.xhtml#a90e8466d51fc7f91409cce40287f1d14', 1, 'gmx_pme_grid_matches(const gmx_pme_t &pme, const ivec grid_size): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme_8h.xhtml#a90e8466d51fc7f91409cce40287f1d14', 1, 'gmx_pme_grid_matches(const gmx_pme_t &pme, const ivec grid_size): pme.cpp']
│ │ │ │ │ + ['gmx_5fpme_5fgrid_5fmatches_949', ['gmx_pme_grid_matches', ['../pme_8h.xhtml#a90e8466d51fc7f91409cce40287f1d14', 1, 'gmx_pme_grid_matches(const gmx_pme_t &pme, const ivec grid_size): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme_8cpp.xhtml#a90e8466d51fc7f91409cce40287f1d14', 1, 'gmx_pme_grid_matches(const gmx_pme_t &pme, const ivec grid_size): pme.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['gmx_5fpme_5finit_950', ['gmx_pme_init', ['../pme_8cpp.xhtml#a39e800d9a258e0c8a553fa7b71e10dcf', 1, 'gmx_pme_init(const t_commrec *cr, const NumPmeDomains &numPmeDomains, const t_inputrec *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, PmeGpu *pmeGpu, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const gmx::MDLogger &mdlog, std::shared_ptr< PmeGridsStorage > pmeGridsStoragePtr): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme_8h.xhtml#a39e800d9a258e0c8a553fa7b71e10dcf', 1, 'gmx_pme_init(const t_commrec *cr, const NumPmeDomains &numPmeDomains, const t_inputrec *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, PmeGpu *pmeGpu, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const gmx::MDLogger &mdlog, std::shared_ptr< PmeGridsStorage > pmeGridsStoragePtr): pme.cpp']
│ │ │ │ │ + ['gmx_5fpme_5finit_950', ['gmx_pme_init', ['../pme_8h.xhtml#a39e800d9a258e0c8a553fa7b71e10dcf', 1, 'gmx_pme_init(const t_commrec *cr, const NumPmeDomains &numPmeDomains, const t_inputrec *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, PmeGpu *pmeGpu, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const gmx::MDLogger &mdlog, std::shared_ptr< PmeGridsStorage > pmeGridsStoragePtr): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme_8cpp.xhtml#a39e800d9a258e0c8a553fa7b71e10dcf', 1, 'gmx_pme_init(const t_commrec *cr, const NumPmeDomains &numPmeDomains, const t_inputrec *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, PmeGpu *pmeGpu, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const gmx::MDLogger &mdlog, std::shared_ptr< PmeGridsStorage > pmeGridsStoragePtr): pme.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fpme_5fpp_951', ['gmx_pme_pp', ['../structgmx__pme__pp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['gmx_5fpme_5freceive_5ff_952', ['gmx_pme_receive_f', ['../pme__pp_8cpp.xhtml#ac80dc53aeed084dcf80cf5a3581df28b', 1, 'gmx_pme_receive_f(gmx::PmePpCommGpu *pmePpCommGpu, const t_commrec *cr, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, real *energy_q, real *energy_lj, real *dvdlambda_q, real *dvdlambda_lj, bool useGpuPmePpComms, bool receivePmeForceToGpu, float *pme_cycles): pme_pp.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme__pp_8h.xhtml#ac80dc53aeed084dcf80cf5a3581df28b', 1, 'gmx_pme_receive_f(gmx::PmePpCommGpu *pmePpCommGpu, const t_commrec *cr, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, real *energy_q, real *energy_lj, real *dvdlambda_q, real *dvdlambda_lj, bool useGpuPmePpComms, bool receivePmeForceToGpu, float *pme_cycles): pme_pp.cpp']
│ │ │ │ │ + ['gmx_5fpme_5freceive_5ff_952', ['gmx_pme_receive_f', ['../pme__pp_8h.xhtml#ac80dc53aeed084dcf80cf5a3581df28b', 1, 'gmx_pme_receive_f(gmx::PmePpCommGpu *pmePpCommGpu, const t_commrec *cr, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, real *energy_q, real *energy_lj, real *dvdlambda_q, real *dvdlambda_lj, bool useGpuPmePpComms, bool receivePmeForceToGpu, float *pme_cycles): pme_pp.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme__pp_8cpp.xhtml#ac80dc53aeed084dcf80cf5a3581df28b', 1, 'gmx_pme_receive_f(gmx::PmePpCommGpu *pmePpCommGpu, const t_commrec *cr, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, real *energy_q, real *energy_lj, real *dvdlambda_q, real *dvdlambda_lj, bool useGpuPmePpComms, bool receivePmeForceToGpu, float *pme_cycles): pme_pp.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['gmx_5fpme_5freinit_953', ['gmx_pme_reinit', ['../pme_8h.xhtml#addb051f62c492eb3a5720c8cbf4332c6', 1, 'gmx_pme_reinit(gmx_pme_t **pmedata, const t_commrec *cr, gmx_pme_t *pme_src, const t_inputrec *ir, const ivec grid_size, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml#ab1d5c3f2e6e75de3f38107c0acd92c6d', 1, 'gmx_pme_reinit(struct gmx_pme_t **pmedata, const t_commrec *cr, struct gmx_pme_t *pme_src, const t_inputrec *ir, const ivec grid_size, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj): pme.cpp']
│ │ │ │ │ + ['gmx_5fpme_5freinit_953', ['gmx_pme_reinit', ['../pme_8cpp.xhtml#ab1d5c3f2e6e75de3f38107c0acd92c6d', 1, 'gmx_pme_reinit(struct gmx_pme_t **pmedata, const t_commrec *cr, struct gmx_pme_t *pme_src, const t_inputrec *ir, const ivec grid_size, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#addb051f62c492eb3a5720c8cbf4332c6', 1, 'gmx_pme_reinit(gmx_pme_t **pmedata, const t_commrec *cr, gmx_pme_t *pme_src, const t_inputrec *ir, const ivec grid_size, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj): pme.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['gmx_5fpme_5freinit_5fatoms_954', ['gmx_pme_reinit_atoms', ['../pme_8h.xhtml#a05afbf020b612d12ae1007b79a737edb', 1, 'gmx_pme_reinit_atoms(gmx_pme_t *pme, int numAtoms, gmx::ArrayRef< const real > chargesA, gmx::ArrayRef< const real > chargesB): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml#a1502bc293ce8fb854adf4648a1d2d4c7', 1, 'gmx_pme_reinit_atoms(gmx_pme_t *pme, const int numAtoms, gmx::ArrayRef< const real > chargesA, gmx::ArrayRef< const real > chargesB): pme.cpp']
│ │ │ │ │ + ['gmx_5fpme_5freinit_5fatoms_954', ['gmx_pme_reinit_atoms', ['../pme_8cpp.xhtml#a1502bc293ce8fb854adf4648a1d2d4c7', 1, 'gmx_pme_reinit_atoms(gmx_pme_t *pme, const int numAtoms, gmx::ArrayRef< const real > chargesA, gmx::ArrayRef< const real > chargesB): pme.cpp'],
│ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a05afbf020b612d12ae1007b79a737edb', 1, 'gmx_pme_reinit_atoms(gmx_pme_t *pme, int numAtoms, gmx::ArrayRef< const real > chargesA, gmx::ArrayRef< const real > chargesB): pme.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fpme_5fsend_5fcoeffs_5fcoords_955', ['gmx_pme_send_coeffs_coords', ['../pme__pp_8cpp.xhtml#a810bd87c033d0b7544a243693e1b53d2', 1, 'pme_pp.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fpme_5fsend_5fcoeffs_5fcoords_5fwait_956', ['gmx_pme_send_coeffs_coords_wait', ['../pme__pp_8cpp.xhtml#a8b23b61fb70dc499495370bccce186fe', 1, 'pme_pp.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fpme_5fsend_5fcoordinates_957', ['gmx_pme_send_coordinates', ['../pme__pp_8cpp.xhtml#ab646bb77e2d8189a87259663e98a3aac', 1, 'gmx_pme_send_coordinates(t_forcerec *fr, const t_commrec *cr, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, real lambda_q, real lambda_lj, bool computeEnergyAndVirial, int64_t step, bool useGpuPmePpComms, bool receiveCoordinateAddressFromPme, bool sendCoordinatesFromGpu, bool receiveForcesToGpu, GpuEventSynchronizer *coordinatesReadyOnDeviceEvent, bool useMdGpuGraph, gmx_wallcycle *wcycle): pme_pp.cpp'],
│ │ │ │ │ ['../pme__pp_8h.xhtml#a56a70e5ba4d08896460c86b77914dfb3', 1, 'gmx_pme_send_coordinates(t_forcerec *fr, const t_commrec *cr, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, real lambda_q, real lambda_lj, bool computeEnergyAndVirial, int64_t step, bool useGpuPmePpComms, bool reinitGpuPmePpComms, bool sendCoordinatesFromGpu, bool receiveForcesToGpu, GpuEventSynchronizer *coordinatesReadyOnDeviceEvent, bool useMdGpuGraph, gmx_wallcycle *wcycle): pme_pp.cpp']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gmx_5fpme_5fsend_5ffinish_958', ['gmx_pme_send_finish', ['../pme__pp_8cpp.xhtml#a4daff17a719886efa0309286a8278bcc', 1, 'gmx_pme_send_finish(const t_commrec *cr): pme_pp.cpp'],
│ │ │ │ │ @@ -1541,16 +1541,16 @@
│ │ │ │ │ ['gpp_5fatomtype_2eh_1116', ['gpp_atomtype.h', ['../gpp__atomtype_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gpp_5fbond_5fatomtype_2ecpp_1117', ['gpp_bond_atomtype.cpp', ['../tests_2gpp__bond__atomtype_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gpp_5fbond_5fatomtype_2eh_1118', ['gpp_bond_atomtype.h', ['../gpp__bond__atomtype_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gpu_1119', ['gpu', ['../namespacegmx.xhtml#a3f42ed0b9f4da1face257003c06bfddba3432ca64f06615abf07ab44c10cada38', 1, 'gmx::Gpu'],
│ │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791a52f9ec21735243ad9917cda3ca077d32', 1, 'GPU: pme.h'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a12502ff6638f23aeff85ad081f6a0a1ca52f9ec21735243ad9917cda3ca077d32', 1, 'gmx::test::GPU']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['gpu3dfft_1120', ['gpu3dfft', ['../classgmx_1_1Gpu3dFft.xhtml', 1, 'gmx::Gpu3dFft'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft.xhtml#a601de47c00396f7f8bb2df3fb91a65f0', 1, 'gmx::Gpu3dFft::Gpu3dFft()']
│ │ │ │ │ + ['gpu3dfft_1120', ['gpu3dfft', ['../classgmx_1_1Gpu3dFft.xhtml#a601de47c00396f7f8bb2df3fb91a65f0', 1, 'gmx::Gpu3dFft::Gpu3dFft()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft.xhtml', 1, 'gmx::Gpu3dFft']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5f3dfft_2ecpp_1121', ['gpu_3dfft.cpp', ['../gpu__3dfft_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5f3dfft_2eh_1122', ['gpu_3dfft.h', ['../gpu__3dfft_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5f3dfft_5fcufft_2eh_1123', ['gpu_3dfft_cufft.h', ['../gpu__3dfft__cufft_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5f3dfft_5fcufftmp_2ecpp_1124', ['gpu_3dfft_cufftmp.cpp', ['../gpu__3dfft__cufftmp_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5f3dfft_5fcufftmp_2eh_1125', ['gpu_3dfft_cufftmp.h', ['../gpu__3dfft__cufftmp_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5f3dfft_5fheffte_2ecpp_1126', ['gpu_3dfft_heffte.cpp', ['../gpu__3dfft__heffte_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -1575,37 +1575,37 @@
│ │ │ │ │ ['gpu_5f3dfft_5fsycl_5frocfft_2eh_1145', ['gpu_3dfft_sycl_rocfft.h', ['../gpu__3dfft__sycl__rocfft_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5f3dfft_5fsycl_5fvkfft_2ecpp_1146', ['gpu_3dfft_sycl_vkfft.cpp', ['../gpu__3dfft__sycl__vkfft_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5f3dfft_5fsycl_5fvkfft_2eh_1147', ['gpu_3dfft_sycl_vkfft.h', ['../gpu__3dfft__sycl__vkfft_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5faccumulate_5ftimings_1148', ['gpu_accumulate_timings', ['../namespacegmx.xhtml#ac59e98cb9d0f58b6a86541d252a1f6db', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5fclear_5foutputs_1149', ['gpu_clear_outputs', ['../namespacegmx.xhtml#a7ce8d46cf4d31f5615aafa09502b9885', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5fcommon_2eh_1150', ['gpu_common.h', ['../gpu__common_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5fcommon_5futils_2eh_1151', ['gpu_common_utils.h', ['../gpu__common__utils_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['gpu_5fcopy_5fxq_5fto_5fgpu_1152', ['gpu_copy_xq_to_gpu', ['../namespacegmx.xhtml#ab38729f4217d6e32d04e32b877e8c3c6', 1, 'gmx::gpu_copy_xq_to_gpu(NbnxmGpu gmx_unused *nb, const struct nbnxn_atomdata_t gmx_unused *nbdata, AtomLocality gmx_unused aloc)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a81682a6299331fb76b415a8fd0d6bb4c', 1, 'gmx::gpu_copy_xq_to_gpu(NbnxmGpu *nb, const nbnxn_atomdata_t *nbatom, const AtomLocality atomLocality)']
│ │ │ │ │ + ['gpu_5fcopy_5fxq_5fto_5fgpu_1152', ['gpu_copy_xq_to_gpu', ['../namespacegmx.xhtml#a81682a6299331fb76b415a8fd0d6bb4c', 1, 'gmx::gpu_copy_xq_to_gpu(NbnxmGpu *nb, const nbnxn_atomdata_t *nbatom, const AtomLocality atomLocality)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ab38729f4217d6e32d04e32b877e8c3c6', 1, 'gmx::gpu_copy_xq_to_gpu(NbnxmGpu gmx_unused *nb, const struct nbnxn_atomdata_t gmx_unused *nbdata, AtomLocality gmx_unused aloc)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5fdata_5fmgmt_2eh_1153', ['gpu_data_mgmt.h', ['../gpu__data__mgmt_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5ffree_1154', ['gpu_free', ['../namespacegmx.xhtml#af96be16f42d67a9ddb29abe7810a48ba', 1, 'gmx::gpu_free(NbnxmGpu gmx_unused *nb)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ac31ed3e4c02494575fe3d85683ed95a4', 1, 'gmx::gpu_free(NbnxmGpu *nb)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5ffree_5fplatform_5fspecific_1155', ['gpu_free_platform_specific', ['../namespacegmx.xhtml#a0c9945e49d8977c64f9514ab048fffb7', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5fget_5ff_1156', ['gpu_get_f', ['../namespacegmx.xhtml#a3f4aa560b48378f9e8ab275ff326b4da', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['gpu_5fget_5ftimings_1157', ['gpu_get_timings', ['../namespacegmx.xhtml#ab7a59287bd253fd4feccbc55b49dd6c7', 1, 'gmx::gpu_get_timings(NbnxmGpu gmx_unused *nb)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#adc6c6fd8f6ed6f95bf9137379d020b76', 1, 'gmx::gpu_get_timings(NbnxmGpu *nb)']
│ │ │ │ │ + ['gpu_5fget_5ftimings_1157', ['gpu_get_timings', ['../namespacegmx.xhtml#adc6c6fd8f6ed6f95bf9137379d020b76', 1, 'gmx::gpu_get_timings(NbnxmGpu *nb)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ab7a59287bd253fd4feccbc55b49dd6c7', 1, 'gmx::gpu_get_timings(NbnxmGpu gmx_unused *nb)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5finit_1158', ['gpu_init', ['../namespacegmx.xhtml#ab372371672d176090085a7d51bfa0fe8', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5finit_5fatomdata_1159', ['gpu_init_atomdata', ['../namespacegmx.xhtml#aed87fa557eeacefe44d14a79f92a13e5', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['gpu_5finit_5fpairlist_1160', ['gpu_init_pairlist', ['../namespacegmx.xhtml#acd25525982179407dd080639bb19f06d', 1, 'gmx::gpu_init_pairlist(NbnxmGpu gmx_unused *nb, const struct NbnxnPairlistGpu gmx_unused *h_nblist, InteractionLocality gmx_unused iloc)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a76b7889defa44d4b0e3c97d5ce6a4988', 1, 'gmx::gpu_init_pairlist(NbnxmGpu *nb, const NbnxnPairlistGpu *h_plist, const InteractionLocality iloc)']
│ │ │ │ │ + ['gpu_5finit_5fpairlist_1160', ['gpu_init_pairlist', ['../namespacegmx.xhtml#a76b7889defa44d4b0e3c97d5ce6a4988', 1, 'gmx::gpu_init_pairlist(NbnxmGpu *nb, const NbnxnPairlistGpu *h_plist, const InteractionLocality iloc)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#acd25525982179407dd080639bb19f06d', 1, 'gmx::gpu_init_pairlist(NbnxmGpu gmx_unused *nb, const struct NbnxnPairlistGpu gmx_unused *h_nblist, InteractionLocality gmx_unused iloc)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5finit_5fplatform_5fspecific_1161', ['gpu_init_platform_specific', ['../namespacegmx.xhtml#a103fd146a3d324aaa3f78d11d51d312d', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5fis_5fkernel_5fewald_5fanalytical_1162', ['gpu_is_kernel_ewald_analytical', ['../namespacegmx.xhtml#a366c2a577ce32bcf2ebe44221c22c9a7', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5fjit_5fsupport_2eh_1163', ['gpu_jit_support.h', ['../gpu__jit__support_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5fkernel_5futils_2eh_1164', ['gpu_kernel_utils.h', ['../gpu__kernel__utils_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['gpu_5flaunch_5fcpyback_1165', ['gpu_launch_cpyback', ['../namespacegmx.xhtml#a7f597489a21ec7526af49e30af3dd413', 1, 'gmx::gpu_launch_cpyback(NbnxmGpu *nb, struct nbnxn_atomdata_t *nbatom, const StepWorkload &stepWork, const AtomLocality atomLocality)'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a7e44b47b3129712b572de33e51614622', 1, 'gmx::gpu_launch_cpyback(NbnxmGpu gmx_unused *nb, nbnxn_atomdata_t gmx_unused *nbatom, const StepWorkload gmx_unused &stepWork, AtomLocality gmx_unused aloc)']
│ │ │ │ │ + ['gpu_5flaunch_5fcpyback_1165', ['gpu_launch_cpyback', ['../namespacegmx.xhtml#a7e44b47b3129712b572de33e51614622', 1, 'gmx::gpu_launch_cpyback(NbnxmGpu gmx_unused *nb, nbnxn_atomdata_t gmx_unused *nbatom, const StepWorkload gmx_unused &stepWork, AtomLocality gmx_unused aloc)'],
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a7f597489a21ec7526af49e30af3dd413', 1, 'gmx::gpu_launch_cpyback(NbnxmGpu *nb, struct nbnxn_atomdata_t *nbatom, const StepWorkload &stepWork, const AtomLocality atomLocality)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5flaunch_5fkernel_1166', ['gpu_launch_kernel', ['../namespacegmx.xhtml#a723c08560acc1da48993827cb2329fe2', 1, 'gmx::gpu_launch_kernel(NbnxmGpu gmx_unused *nb, const StepWorkload gmx_unused &stepWork, InteractionLocality gmx_unused iloc)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aeb2f9e9167216ea83e7c738b8fec38e3', 1, 'gmx::gpu_launch_kernel(NbnxmGpu *nb, const gmx::StepWorkload &stepWork, const InteractionLocality iloc)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gpu_5flaunch_5fkernel_5fpruneonly_1167', ['gpu_launch_kernel_pruneonly', ['../namespacegmx.xhtml#a265dfa2c107a06f8e50dab59e6719258', 1, 'gmx::gpu_launch_kernel_pruneonly(NbnxmGpu gmx_unused *nb, InteractionLocality gmx_unused iloc, int gmx_unused numParts)'],
│ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a36f047b90a00b500a201854cfc3afeea', 1, 'gmx::gpu_launch_kernel_pruneonly(NbnxmGpu *nb, const InteractionLocality iloc, const int numParts)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ @@ -1702,52 +1702,52 @@
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensitySimilarityMeasure.xhtml#a695fef9b730f4e653f43abb2247f84aa', 1, 'gmx::DensitySimilarityMeasure::gradient()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['graph_1228', ['Module dependency graph', ['../page_modulegraph.xhtml', 1, 'index']]],
│ │ │ │ │ ['graphiscapturingthisstep_1229', ['graphIsCapturingThisStep', ['../classgmx_1_1MdGpuGraph_1_1Impl.xhtml#ab56ed8da0231e7f6b26e990ee8090dcb', 1, 'gmx::MdGpuGraph::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['graphstate_1230', ['GraphState', ['../namespacegmx.xhtml#a936952a1a6d4f2d24c06259e1b03647b', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['greatestcommondivisor_1231', ['greatestCommonDivisor', ['../namespacegmx.xhtml#a87a820e81baebe1c30a4190eb2aa2a64', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['gref_1232', ['gref', ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a64f582fc2e944f96cac7137a7d9ebe93', 1, 'gmx::SelectionTreeElement']]],
│ │ │ │ │ - ['grid_1233', ['grid', ['../classgmx_1_1GridSet.xhtml#a9a5d13e20a107e66f6dbe4f84adc7a5e', 1, 'gmx::GridSet::grid()'],
│ │ │ │ │ - ['../structpme__setup__t.xhtml#a802011c5154d75f85f8350703a3cc57a', 1, 'pme_setup_t::grid'],
│ │ │ │ │ - ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#aaf6a2003a41a087df8b48308103d4f65', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase::grid'],
│ │ │ │ │ + ['grid_1233', ['grid', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#aaf6a2003a41a087df8b48308103d4f65', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase::grid'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#af86034f1ac6c91d92ca3c9d24118246f', 1, 'gmx::Grid::Grid()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Grid.xhtml', 1, 'gmx::Grid']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Grid.xhtml', 1, 'gmx::Grid'],
│ │ │ │ │ + ['../structpme__setup__t.xhtml#a802011c5154d75f85f8350703a3cc57a', 1, 'pme_setup_t::grid'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GridSet.xhtml#a9a5d13e20a107e66f6dbe4f84adc7a5e', 1, 'gmx::GridSet::grid()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['grid_2ecpp_1234', ['grid.cpp', ['../grid_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['grid_2eh_1235', ['grid.h', ['../grid_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['grid_5fefficiency_1236', ['grid_efficiency', ['../structpme__setup__t.xhtml#af9bc7fe8d120a9ce09fb34dbb13c5e02', 1, 'pme_setup_t']]],
│ │ │ │ │ ['grid_5fjump_5flimit_1237', ['grid_jump_limit', ['../cellsizes_8h.xhtml#af6352e0cf904a7706ee1bfa26da92fd1', 1, 'cellsizes.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['grid_5fsize_1238', ['grid_size', ['../structgmx__pme__comm__n__box__t.xhtml#ab5017f2825236c1b6b25bae434c54285', 1, 'gmx_pme_comm_n_box_t']]],
│ │ │ │ │ ['grid_5fspacing_1239', ['grid_spacing', ['../structgmx__cmap__t.xhtml#a33fff24fdd8af811e3cab88f85a684d4', 1, 'gmx_cmap_t']]],
│ │ │ │ │ ['gridatomdensity_1240', ['gridAtomDensity', ['../namespacegmx.xhtml#a24ee8f0a42321d5cc9b56695d1104851', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['gridaxis_1241', ['gridaxis', ['../classgmx_1_1GridAxis.xhtml#ac25fe4a7ae54ee244af76de43849981a', 1, 'gmx::GridAxis::GridAxis()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GridAxis.xhtml', 1, 'gmx::GridAxis'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GridAxis.xhtml#a02a3470e94373965d0384ec553def815', 1, 'gmx::GridAxis::GridAxis()']
│ │ │ │ │ + ['gridaxis_1241', ['gridaxis', ['../classgmx_1_1GridAxis.xhtml#ac25fe4a7ae54ee244af76de43849981a', 1, 'gmx::GridAxis::GridAxis(double origin, double end, double period, int numPoints, bool isFepLambdaAxis)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GridAxis.xhtml#a02a3470e94373965d0384ec553def815', 1, 'gmx::GridAxis::GridAxis(double origin, double end, double period, double pointDensity)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GridAxis.xhtml', 1, 'gmx::GridAxis']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gridcolumns_1242', ['GridColumns', ['../namespacegmx.xhtml#aa1992b14265329250b7e14d817e7bb92a8b6df887946357351b1d8e05660d1eea', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['gridconverter_1243', ['GridConverter', ['../classGridConverter.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['griddimensions_1244', ['griddimensions', ['../structgmx_1_1GridDimensions.xhtml', 1, 'gmx::GridDimensions'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa1992b14265329250b7e14d817e7bb92a989dff161ffe2f1603b6508fd3ce5be9', 1, 'gmx::GridDimensions']
│ │ │ │ │ + ['griddimensions_1244', ['griddimensions', ['../namespacegmx.xhtml#aa1992b14265329250b7e14d817e7bb92a989dff161ffe2f1603b6508fd3ce5be9', 1, 'gmx::GridDimensions'],
│ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1GridDimensions.xhtml', 1, 'gmx::GridDimensions']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['griddimx_5f_1245', ['gridDimX_', ['../structgmx_1_1nvshmemHaloExchangeOps.xhtml#a042f4f0d3108190438aac4d3682784b5', 1, 'gmx::nvshmemHaloExchangeOps']]],
│ │ │ │ │ ['gridhalo_1246', ['gridHalo', ['../structPmeShared.xhtml#aaf3451df7d0cc668d77d528d6b5faa7a', 1, 'PmeShared']]],
│ │ │ │ │ ['gridlineindices_1247', ['gridLineIndices', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1TestSystem.xhtml#ae3f59f14fe82da742d0c9a3421992d91', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::TestSystem']]],
│ │ │ │ │ ['gridlineindicessize_1248', ['gridlineIndicesSize', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a247c98c89be390d46866794581b48a85', 1, 'PmeGpuSpecific']]],
│ │ │ │ │ ['gridlineindicessizealloc_1249', ['gridlineIndicesSizeAlloc', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#ab74e57d8c216e197a7b975b4c3db3cc0', 1, 'PmeGpuSpecific']]],
│ │ │ │ │ ['gridlineindicestabletexture_1250', ['gridlineIndicesTableTexture', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#a3691d83fd3e630b2e0fbe6164fc585ed', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase']]],
│ │ │ │ │ ['gridlineindicesvector_1251', ['GridLineIndicesVector', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a1767f5a0dc16317f3850673f9dcb2774', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['gridordering_1252', ['GridOrdering', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a68be0dbcc0dc3960694fc024c5996d79', 1, 'pme_gpu_internal.h']]],
│ │ │ │ │ ['gridpoint_1253', ['GridPoint', ['../structgmx_1_1GridPoint.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['gridpointindex_1254', ['gridpointIndex', ['../classgmx_1_1CoordState.xhtml#a0e9bd167b43dd6d3a80babaf588b8952', 1, 'gmx::CoordState']]],
│ │ │ │ │ ['gridpointsscalefactor_1255', ['gridpointsScaleFactor', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#ac64134c8b30aafc2d8b58015b998586e', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['gridpointvaluestring_1256', ['gridPointValueString', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02biasstate_8cpp_03.xhtml#a10f5abe6e41fdca2972f2b8f461483cc', 1, 'gmx::anonymous_namespace{biasstate.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['grids_1257', ['grids', ['../classgmx_1_1GridSet.xhtml#aea347c9d831801e363fab59cfd2e4a45', 1, 'gmx::GridSet']]],
│ │ │ │ │ - ['gridset_1258', ['gridset', ['../classgmx_1_1PairSearch.xhtml#a9a2e96afcf5b46048f3af516949fc838', 1, 'gmx::PairSearch::gridSet()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GridSet.xhtml#a9c99b919b71c2d3b740cf85d0c026b1b', 1, 'gmx::GridSet::GridSet()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GridSet.xhtml', 1, 'gmx::GridSet']
│ │ │ │ │ + ['gridset_1258', ['gridset', ['../classgmx_1_1GridSet.xhtml', 1, 'gmx::GridSet'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PairSearch.xhtml#a9a2e96afcf5b46048f3af516949fc838', 1, 'gmx::PairSearch::gridSet()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GridSet.xhtml#a9c99b919b71c2d3b740cf85d0c026b1b', 1, 'gmx::GridSet::GridSet()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gridset_2ecpp_1259', ['gridset.cpp', ['../gridset_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gridset_2eh_1260', ['gridset.h', ['../gridset_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gridsetdata_1261', ['GridSetData', ['../structgmx_1_1GridSetData.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['gridsetdata_2eh_1262', ['gridsetdata.h', ['../gridsetdata_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gridsize_1263', ['gridsize', ['../structgmx_1_1GridDimensions.xhtml#a745bf70fcdd7bcb1e850f328be33b622', 1, 'gmx::GridDimensions::gridSize'],
│ │ │ │ │ ['../structKernelLaunchConfig.xhtml#a3624b5c69309eb75970d57a6b80b6dae', 1, 'KernelLaunchConfig::gridSize']
│ │ │ │ │ @@ -1760,16 +1760,16 @@
│ │ │ │ │ ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md88', 1, 'Tools within GROMACS']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['gromacs_20api_1269', ['Notes on GROMACS API', ['../page_usinglibrary.xhtml#autotoc_md105', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gromacs_20as_20a_20library_1270', ['Using GROMACS as a library', ['../page_usinglibrary.xhtml', 1, 'index']]],
│ │ │ │ │ ['gromacs_20simd_20module_1271', ['Design of the GROMACS SIMD module', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md57', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gromacs_20specific_20markup_1272', ['GROMACS-specific markup', ['../page_onlinehelp.xhtml#autotoc_md93', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gromacs_20tt_20details_1273', ['CMake <tt>find_package(GROMACS)</tt> details', ['../page_usinglibrary.xhtml#autotoc_md104', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['gromacsexception_1274', ['gromacsexception', ['../classgmx_1_1GromacsException.xhtml#a1a17194de13545be2ae61aa7d95479e6', 1, 'gmx::GromacsException::GromacsException()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GromacsException.xhtml', 1, 'gmx::GromacsException']
│ │ │ │ │ + ['gromacsexception_1274', ['gromacsexception', ['../classgmx_1_1GromacsException.xhtml', 1, 'gmx::GromacsException'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GromacsException.xhtml#a1a17194de13545be2ae61aa7d95479e6', 1, 'gmx::GromacsException::GromacsException()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['grompp_2ecpp_1275', ['grompp.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2grompp_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['grompp_5fdirectives_2ecpp_1276', ['grompp_directives.cpp', ['../grompp__directives_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['gromppmtsopts_1277', ['GromppMtsOpts', ['../structgmx_1_1GromppMtsOpts.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['grompptest_1278', ['GromppTest', ['../classanonymous__namespace_02grompp_8cpp_03_1_1GromppTest.xhtml', 1, 'anonymous_namespace{grompp.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['group_1279', ['group', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group'],
│ │ │ │ │ ['../structt__swap.xhtml#af0e6b20db96ad286ce8b2669c43815e2', 1, 't_swap::group'],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_b.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -180,16 +180,16 @@
│ │ │ │ │ ['haveppdomaindecomposition_136', ['havePpDomainDecomposition', ['../classgmx_1_1SimulationWorkload.xhtml#ae838b35257293e428d5c8d64006e8607', 1, 'gmx::SimulationWorkload']]],
│ │ │ │ │ ['haveppdomaindecomposition_5f_137', ['havePpDomainDecomposition_', ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager_1_1Impl.xhtml#ac5838ece3cc4aa5534d85d0d59f31d39', 1, 'gmx::DeviceStreamManager::Impl']]],
│ │ │ │ │ ['haverestraints_138', ['haveRestraints', ['../classListedForces.xhtml#a56ae47b0b9044b2c489298ea1578f15c', 1, 'ListedForces']]],
│ │ │ │ │ ['havescrewpbc_139', ['haveScrewPBC', ['../structUnitCellInfo.xhtml#ab5bba3c375df6499381d7020eb2449bb', 1, 'UnitCellInfo']]],
│ │ │ │ │ ['havesecondupdatetask_140', ['haveSecondUpdateTask', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a556346e605d7c18a225864f73ab21d3d', 1, 'gmx::Lincs']]],
│ │ │ │ │ ['haveseparatepmerank_141', ['haveSeparatePmeRank', ['../classgmx_1_1SimulationWorkload.xhtml#ab6ef46d7f69a25aa972254019686dccc', 1, 'gmx::SimulationWorkload']]],
│ │ │ │ │ ['havesoftcore_142', ['haveSoftCore', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02freeenergydispatch_8cpp_03.xhtml#a01bfead00417e4b79b79ebb4689da981', 1, 'gmx::anonymous_namespace{freeenergydispatch.cpp}']]],
│ │ │ │ │ - ['havespecialforces_143', ['havespecialforces', ['../classgmx_1_1DomainLifetimeWorkload.xhtml#a488c257ad510afcf326eb547c203db9c', 1, 'gmx::DomainLifetimeWorkload::haveSpecialForces'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a07f20c896237b9d81d54c391c0a79573', 1, 'gmx::haveSpecialForces()']
│ │ │ │ │ + ['havespecialforces_143', ['havespecialforces', ['../namespacegmx.xhtml#a07f20c896237b9d81d54c391c0a79573', 1, 'gmx::haveSpecialForces()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DomainLifetimeWorkload.xhtml#a488c257ad510afcf326eb547c203db9c', 1, 'gmx::DomainLifetimeWorkload::haveSpecialForces']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['havespreadvsiteforces_144', ['haveSpreadVsiteForces', ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#a0797be6859a3e138c94eb6b4388c2de0', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces']]],
│ │ │ │ │ ['havestreamtaskscompleted_145', ['haveStreamTasksCompleted', ['../oclutils_8h.xhtml#aa88a1dbdaeaeccfae95990dc6cd5bdc7', 1, 'oclutils.h']]],
│ │ │ │ │ ['havesubscribers_146', ['haveSubscribers', ['../classgmx_1_1MDModulesNotifier.xhtml#a9fe2eaf34ecce424aed585cd6101b1c3', 1, 'gmx::MDModulesNotifier']]],
│ │ │ │ │ ['havetype_147', ['haveType', ['../classSimulationParticle.xhtml#ad945ae525cf340063d00bf48bdb990da', 1, 'SimulationParticle']]],
│ │ │ │ │ ['havevalidmtssetup_148', ['haveValidMtsSetup', ['../namespacegmx.xhtml#aa7f6a95d43d5e8db2b95967553c93432', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['havework_149', ['havework', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a9dcea3095a20935487ecc9134b404ee0', 1, 'gmx::NbnxmGpu::haveWork'],
│ │ │ │ │ @@ -221,16 +221,16 @@
│ │ │ │ │ ['heffte_5fsycl_5frocfft_164', ['HeFFTe_Sycl_Rocfft', ['../namespacegmx.xhtml#aad56f475765c1a78ee7f33e143e717bbae4dc8a36b2a94b284bdb29a5fc6c0af7', 1, 'gmx']]],
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│ │ │ │ │ ['helix_5f4_166', ['Helix_4', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0caf0f421db295b9f5cbee24ea4fe7b202e', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['helix_5f5_167', ['Helix_5', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0ca2196e9a842c0e57906d5e242eb8df770', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]],
│ │ │ │ │ ['helix_5fpp_168', ['Helix_PP', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0ca77e4b5d7ba41232f4d3d01f8860ffb41', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]],
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│ │ │ │ │ ['help_170', ['help', ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md73', 1, 'Command line help'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#ae7d6f1b14964a172d4d9ed38e50426a4', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::help'],
│ │ │ │ │ - ['../structgmx__ana__selmethod__help__t.xhtml#ac0d1505d6da8c1912a5a3aab37927e7f', 1, 'gmx_ana_selmethod_help_t::help']
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│ │ │ │ │ + ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#ae7d6f1b14964a172d4d9ed38e50426a4', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::help']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['help_20formatting_171', ['Help formatting', ['../page_onlinehelp.xhtml', 1, 'index']]],
│ │ │ │ │ ['help_20formatting_20for_20online_20help_20onlinehelp_172', ['Help Formatting for Online Help (onlinehelp)', ['../group__module__onlinehelp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['help_20in_20other_20formats_173', ['Help in other formats', ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md74', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['help_5fatomname_174', ['help_atomname', ['../sm__simple_8cpp.xhtml#a29a0e2cf7b47229a76d97109c02345ae', 1, 'sm_simple.cpp']]],
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│ │ │ │ │ ['helpexportrestructuredtext_183', ['helpexportrestructuredtext', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportReStructuredText.xhtml#a7beb511be591b985e3b0ead22dfbe66d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportReStructuredText::HelpExportReStructuredText()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportReStructuredText.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportReStructuredText']
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│ │ │ │ │ - ['../tests_2helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
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│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractCompositeHelpTopic.xhtml#ab94bb5f1964de89ddb4da358aae48116', 1, 'gmx::AbstractCompositeHelpTopic::helpText()'],
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│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CompositeHelpTopic.xhtml#a7452b0c48cc5fed19150f672bebf1646', 1, 'gmx::CompositeHelpTopic::helpText()']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CompositeHelpTopic.xhtml#a7452b0c48cc5fed19150f672bebf1646', 1, 'gmx::CompositeHelpTopic::helpText()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02selhelp_8cpp_03_1_1KeywordDetailsHelpTopic.xhtml#aa3cfab4bcc96ceda1c81456f1f6cbc3f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selhelp.cpp}::KeywordDetailsHelpTopic::helpText()']
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│ │ │ │ │ ['helptopic_2eh_201', ['helptopic.h', ['../helptopic_8h.xhtml', 1, '']]],
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│ │ │ │ │ - ['helpwritercontext_203', ['helpwritercontext', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml', 1, 'gmx::HelpWriterContext'],
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│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a9cc36f78e38c772e52c4cdc73cf18d7c', 1, 'gmx::HelpWriterContext::HelpWriterContext(TextWriter *writer, HelpOutputFormat format, const HelpLinks *links)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#ae1e18511b3fea03259da87cceb160ef0', 1, 'gmx::HelpWriterContext::HelpWriterContext(const HelpWriterContext &other)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml', 1, 'gmx::HelpWriterContext']
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│ │ │ │ │ ['helpwritercontext_2ecpp_204', ['helpwritercontext.cpp', ['../helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
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│ │ │ │ │ - ['helpwriting_2ecpp_206', ['helpwriting.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
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│ │ │ │ │ + ['helpwriting_2ecpp_206', ['helpwriting.cpp', ['../gromacs_2tools_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../programs_2mdrun_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
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│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HistogramSize.xhtml#ac1c0ea80231544919c124024db5b2203', 1, 'gmx::HistogramSize::HistogramSize()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#aa9f45bf3772811b41c2263d8d7985c72', 1, 'gmx::BiasState::histogramSize()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HistogramSize.xhtml#a114eca6ee210c4f957fb5f1850b4ae3f', 1, 'gmx::HistogramSize::histogramSize() const'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HistogramSize.xhtml#ac1c0ea80231544919c124024db5b2203', 1, 'gmx::HistogramSize::HistogramSize(const AwhBiasParams &awhBiasParams, double histogramSizeInitial)']
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HistogramSize.xhtml#a114eca6ee210c4f957fb5f1850b4ae3f', 1, 'gmx::HistogramSize::histogramSize()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['histogramsize_2ecpp_226', ['histogramsize.cpp', ['../histogramsize_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['histogramsize_2eh_227', ['histogramsize.h', ['../histogramsize_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['history_5ft_228', ['history_t', ['../classhistory__t.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['hostallocationpolicy_229', ['hostallocationpolicy', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#ae21acc5cb9c70ea92fce07cb0d6e2947', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy::HostAllocationPolicy()'],
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│ │ │ │ │ - ['hostallocator_2ecpp_231', ['hostallocator.cpp', ['../tests_2hostallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../hostallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['hostallocator_2ecpp_231', ['hostallocator.cpp', ['../hostallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2hostallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['hostallocator_2eh_232', ['hostallocator.h', ['../hostallocator_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['hostallocatortest_233', ['HostAllocatorTest', ['../structgmx_1_1test_1_1HostAllocatorTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['hostallocatortestcopyable_234', ['HostAllocatorTestCopyable', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#af4467ed419f6f86b5167681787e399a2', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['hostallocatortestnomem_235', ['HostAllocatorTestNoMem', ['../structgmx_1_1test_1_1HostAllocatorTestNoMem.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
│ │ │ │ │ ['hostallocatortestnomemcopyable_236', ['HostAllocatorTestNoMemCopyable', ['../structgmx_1_1test_1_1HostAllocatorTestNoMemCopyable.xhtml', 1, 'gmx::test']]],
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│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_f.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
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│ │ │ │ │ ['loadu_229', ['loadU', ['../namespacegmx.xhtml#a6109fa6f9e2a3ab52d681c1d65999049', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['loadu1dualhsimd_230', ['loadu1dualhsimd', ['../group__module__simd.xhtml#ga037b15ee8ff585453423ae4c8e061d7c', 1, 'gmx::loadU1DualHsimd(const double *m)'],
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│ │ │ │ │ ['loadu4noffset_231', ['loadu4noffset', ['../group__module__simd.xhtml#gab1a44fb0caec534f45b42611ca598b3a', 1, 'gmx::loadU4NOffset(const double *m, int offset)'],
│ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga5d2166ee15a19367373fdbe5ca180dc4', 1, 'gmx::loadU4NOffset(const float *m, int offset)']
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│ │ │ │ │ - ['loadunduplicate4_232', ['loadunduplicate4', ['../group__module__simd.xhtml#ga2c940b444e69a8b8ace1f4edb676712b', 1, 'gmx::loadUNDuplicate4(const float *m)'],
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│ │ │ │ │ + ['loadunduplicate4_232', ['loadunduplicate4', ['../group__module__simd.xhtml#ga48240220eea9e0812731ec802ffec596', 1, 'gmx::loadUNDuplicate4(const double *m)'],
│ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga2c940b444e69a8b8ace1f4edb676712b', 1, 'gmx::loadUNDuplicate4(const float *m)']
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│ │ │ │ │ - ['local_233', ['local', ['../structAtomIndexSet.xhtml#afff60fdcd71337e0d1741f135dd914d9', 1, 'AtomIndexSet::local'],
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│ │ │ │ │ + ['../structAtomIndexSet.xhtml#afff60fdcd71337e0d1741f135dd914d9', 1, 'AtomIndexSet::local']
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│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['localatomset_2ecpp_236', ['localatomset.cpp', ['../localatomset_8cpp.xhtml', 1, '']]],
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│ │ │ │ │ - ['localatomsetmanager_2ecpp_241', ['localatomsetmanager.cpp', ['../localatomsetmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2localatomsetmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['localatomsetmanager_2ecpp_241', ['localatomsetmanager.cpp', ['../tests_2localatomsetmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../localatomsetmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['localatomsetmanager_2eh_242', ['localatomsetmanager.h', ['../localatomsetmanager_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['localcomplexgridsize_243', ['localComplexGridSize', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml#aa89412c89b24d489e7b1e2a7429372ee', 1, 'PmeGpuGridParams']]],
│ │ │ │ │ ['localcomplexgridsizepadded_244', ['localComplexGridSizePadded', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml#a94db264056f3f813dd3c2400f2a01583', 1, 'PmeGpuGridParams']]],
│ │ │ │ │ ['localforceptr_245', ['localForcePtr', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#a694fd2c44f7e429a3115a9269a64d5f7', 1, 'gmx::PpForceCommManager']]],
│ │ │ │ │ ['localindex_246', ['localIndex', ['../classgmx_1_1LocalAtomSet.xhtml#a1a9f534d6e92a54e0e818d058d81f68d', 1, 'gmx::LocalAtomSet']]],
│ │ │ │ │ ['locality_2eh_247', ['locality.h', ['../locality_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_0.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -5,35 +5,35 @@
│ │ │ │ │ ['abstractoption_2eh_3', ['abstractoption.h', ['../abstractoption_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['abstractoptionstorage_2ecpp_4', ['abstractoptionstorage.cpp', ['../abstractoptionstorage_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['abstractoptionstorage_2eh_5', ['abstractoptionstorage.h', ['../abstractoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['abstractsection_2ecpp_6', ['abstractsection.cpp', ['../abstractsection_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['abstractsection_2eh_7', ['abstractsection.h', ['../abstractsection_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['accessor_5fpolicy_2ecpp_8', ['accessor_policy.cpp', ['../accessor__policy_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['accessor_5fpolicy_2eh_9', ['accessor_policy.h', ['../accessor__policy_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['alignedallocator_2ecpp_10', ['alignedallocator.cpp', ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['alignedallocator_2ecpp_10', ['alignedallocator.cpp', ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['alignedallocator_2eh_11', ['alignedallocator.h', ['../alignedallocator_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['alignedallocator_5fimpl_2eh_12', ['alignedallocator_impl.h', ['../alignedallocator__impl_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['allocator_2eh_13', ['allocator.h', ['../allocator_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['analysisdata_2ecpp_14', ['analysisdata.cpp', ['../analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['analysisdata_2ecpp_14', ['analysisdata.cpp', ['../tests_2analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['analysisdata_2eh_15', ['analysisdata.h', ['../analysisdata_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['analysismodule_2ecpp_16', ['analysismodule.cpp', ['../analysismodule_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['analysismodule_2eh_17', ['analysismodule.h', ['../api_2legacy_2include_2gromacs_2trajectoryanalysis_2analysismodule_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../src_2gromacs_2energyanalysis_2analysismodule_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
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│ │ │ │ │ ['analysissettings_2ecpp_18', ['analysissettings.cpp', ['../analysissettings_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['analysissettings_2eh_19', ['analysissettings.h', ['../analysissettings_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['analysissettings_5fimpl_2eh_20', ['analysissettings_impl.h', ['../analysissettings__impl_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['andersentemperaturecoupling_2ecpp_21', ['andersentemperaturecoupling.cpp', ['../andersentemperaturecoupling_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['andersentemperaturecoupling_2eh_22', ['andersentemperaturecoupling.h', ['../andersentemperaturecoupling_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['angle_2ecpp_23', ['angle.cpp', ['../tests_2angle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
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│ │ │ │ │ + ['angle_2ecpp_23', ['angle.cpp', ['../modules_2angle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2angle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['angle_2eh_24', ['angle.h', ['../angle_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['any_2ecpp_25', ['any.cpp', ['../any_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['any_2eh_26', ['any.h', ['../any_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['architecture_2eh_27', ['architecture.h', ['../architecture_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['arraydata_2ecpp_28', ['arraydata.cpp', ['../tests_2arraydata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
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│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -40,16 +40,16 @@
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│ │ │ │ │ + ['../programs_2mdrun_2tests_2boxdeformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
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│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_10.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -15,33 +15,33 @@
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│ │ │ │ │ + ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
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│ │ │ │ │ + ['../gromacs_2mdrun_2replicaexchange_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
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│ │ │ │ │ @@ -1,10 +1,10 @@
│ │ │ │ │ var searchData = [
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│ │ │ │ │ @@ -20,16 +20,16 @@
│ │ │ │ │ ]],
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│ │ │ │ │ ['scatteringfactors_2eh_17', ['scatteringfactors.h', ['../scatteringfactors_8h.xhtml', 1, '']]],
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│ │ │ │ │ + ['../tests_2select_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
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│ │ │ │ │ ['selection_2eh_24', ['selection.h', ['../selection_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['selectioncollection_2ecpp_25', ['selectioncollection.cpp', ['../tests_2selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
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│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ @@ -52,16 +52,16 @@
│ │ │ │ │ ['selhelp_2ecpp_40', ['selhelp.cpp', ['../selhelp_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['selhelp_2eh_41', ['selhelp.h', ['../selhelp_8h.xhtml', 1, '']]],
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│ │ │ │ │ ['selparam_2eh_44', ['selparam.h', ['../selparam_8h.xhtml', 1, '']]],
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│ │ │ │ │ - ['setatoms_2ecpp_47', ['setatoms.cpp', ['../tests_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../outputadapters_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['setatoms_2ecpp_47', ['setatoms.cpp', ['../outputadapters_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['setatoms_2eh_48', ['setatoms.h', ['../setatoms_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['setbothtime_2ecpp_49', ['setbothtime.cpp', ['../setbothtime_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['setbox_2eh_50', ['setbox.h', ['../setbox_8h.xhtml', 1, '']]],
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│ │ │ │ │ ['setforces_2ecpp_52', ['setforces.cpp', ['../setforces_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['setforces_2eh_53', ['setforces.h', ['../setforces_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -92,16 +92,16 @@
│ │ │ │ │ ['setvelocities_2eh_72', ['setvelocities.h', ['../setvelocities_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['shake_2ecpp_73', ['shake.cpp', ['../shake_8cpp.xhtml', 1, '']]],
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│ │ │ │ │ ['shellcompletions_2eh_76', ['shellcompletions.h', ['../shellcompletions_8h.xhtml', 1, '']]],
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│ │ │ │ │ + ['../tests_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simd4_2eh_80', ['simd4.h', ['../simd4_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_5fenergy_5faccumulator_2ecpp_81', ['simd_energy_accumulator.cpp', ['../tests_2simd__energy__accumulator_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_5fkernel_2eh_82', ['simd_kernel.h', ['../simd__kernel_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_5fload_5fstore_5ffunctions_2eh_83', ['simd_load_store_functions.h', ['../simd__load__store__functions_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_5fmath_2eh_84', ['simd_math.h', ['../simd__math_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_5fmemory_2ecpp_85', ['simd_memory.cpp', ['../simd__memory_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -112,16 +112,16 @@
│ │ │ │ │ ['simple_5fmdrun_2ecpp_90', ['simple_mdrun.cpp', ['../simple__mdrun_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulation_5fworkload_2eh_91', ['simulation_workload.h', ['../simulation__workload_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulationcontext_2eh_92', ['simulationcontext.h', ['../simulationcontext_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulationdatabase_2ecpp_93', ['simulationdatabase.cpp', ['../simulationdatabase_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulationdatabase_2eh_94', ['simulationdatabase.h', ['../simulationdatabase_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulationinput_2eh_95', ['simulationinput.h', ['../simulationinput_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulationinputhandle_2eh_96', ['simulationinputhandle.h', ['../simulationinputhandle_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['simulationsignal_2ecpp_97', ['simulationsignal.cpp', ['../tests_2simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['simulationsignal_2ecpp_97', ['simulationsignal.cpp', ['../simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simulationsignal_2eh_98', ['simulationsignal.h', ['../simulationsignal_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulator_2ecpp_99', ['simulator.cpp', ['../simulator_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulatoralgorithm_2ecpp_100', ['simulatoralgorithm.cpp', ['../simulatoralgorithm_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulatoralgorithm_2eh_101', ['simulatoralgorithm.h', ['../simulatoralgorithm_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulatorbuilder_2ecpp_102', ['simulatorbuilder.cpp', ['../simulatorbuilder_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simulatorcomparison_2ecpp_103', ['simulatorcomparison.cpp', ['../simulatorcomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_12.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -49,16 +49,16 @@
│ │ │ │ │ ['thermochemistry_2eh_43', ['thermochemistry.h', ['../thermochemistry_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['threadaffinity_2eh_44', ['threadaffinity.h', ['../threadaffinity_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['threaded_5fforce_5fbuffer_2ecpp_45', ['threaded_force_buffer.cpp', ['../threaded__force__buffer_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['threaded_5fforce_5fbuffer_2eh_46', ['threaded_force_buffer.h', ['../threaded__force__buffer_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['threefry_2ecpp_47', ['threefry.cpp', ['../threefry_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['threefry_2eh_48', ['threefry.h', ['../threefry_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['timecontrol_2ecpp_49', ['timecontrol.cpp', ['../tests_2timecontrol_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['timeunitmanager_2ecpp_50', ['timeunitmanager.cpp', ['../timeunitmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2timeunitmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['timeunitmanager_2ecpp_50', ['timeunitmanager.cpp', ['../tests_2timeunitmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../timeunitmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['timeunitmanager_2eh_51', ['timeunitmanager.h', ['../timeunitmanager_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['timing_2ecpp_52', ['timing.cpp', ['../timing_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['tngio_2ecpp_53', ['tngio.cpp', ['../tests_2tngio_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['topdirs_2ecpp_54', ['topdirs.cpp', ['../tests_2topdirs_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['topologyhelpers_2ecpp_55', ['topologyhelpers.cpp', ['../topologyhelpers_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['topologyhelpers_2eh_56', ['topologyhelpers.h', ['../topologyhelpers_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -85,16 +85,16 @@
│ │ │ │ │ ['trajectorycomparison_2ecpp_73', ['trajectorycomparison.cpp', ['../trajectorycomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['trajectorycomparison_2eh_74', ['trajectorycomparison.h', ['../trajectorycomparison_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryelement_2ecpp_75', ['trajectoryelement.cpp', ['../trajectoryelement_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryelement_2eh_76', ['trajectoryelement.h', ['../trajectoryelement_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryreader_2ecpp_77', ['trajectoryreader.cpp', ['../trajectoryreader_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['trajectoryreader_2eh_78', ['trajectoryreader.h', ['../trajectoryreader_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['transformationcoordinate_2eh_79', ['transformationcoordinate.h', ['../transformationcoordinate_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['treesupport_2ecpp_80', ['treesupport.cpp', ['../treesupport_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2treesupport_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['treesupport_2ecpp_80', ['treesupport.cpp', ['../tests_2treesupport_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../treesupport_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['treesupport_2eh_81', ['treesupport.h', ['../treesupport_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['trjconv_2ecpp_82', ['trjconv.cpp', ['../tests_2trjconv_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['trotterhelperfunctions_2eh_83', ['trotterhelperfunctions.h', ['../trotterhelperfunctions_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['txtdump_2eh_84', ['txtdump.h', ['../txtdump_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['typecasts_2ecpp_85', ['typecasts.cpp', ['../typecasts_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['typecasts_5fcuda_5fhip_2eh_86', ['typecasts_cuda_hip.h', ['../typecasts__cuda__hip_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_13.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -20,11 +20,11 @@
│ │ │ │ │ ['../usergpuids_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['usergpuids_2eh_18', ['usergpuids.h', ['../usergpuids_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['utilities_2eh_19', ['utilities.h', ['../src_2gromacs_2mimic_2utilities_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../src_2gromacs_2listed__forces_2utilities_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['utility_2ecpp_20', ['utility.cpp', ['../utility_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['utility_2eh_21', ['utility.h', ['../utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../domdec_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['utility_2eh_21', ['utility.h', ['../domdec_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]]
│ │ │ │ │ ];
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_2.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -69,16 +69,16 @@
│ │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_2ecpp_49', ['colvarsMDModule.cpp', ['../colvarsMDModule_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_2eh_50', ['colvarsMDModule.h', ['../colvarsMDModule_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_5fstub_2ecpp_51', ['colvarsMDModule_stub.cpp', ['../colvarsMDModule__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['colvarsoptions_2ecpp_52', ['colvarsoptions.cpp', ['../tests_2colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['colvarsoptions_2eh_53', ['colvarsoptions.h', ['../colvarsoptions_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['colvarspreprocessor_2ecpp_54', ['colvarspreprocessor.cpp', ['../tests_2colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['colvarspreprocessor_2ecpp_54', ['colvarspreprocessor.cpp', ['../colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_2eh_55', ['colvarspreprocessor.h', ['../colvarspreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2ecpp_56', ['colvarssimulationsparameters.cpp', ['../colvarssimulationsparameters_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2eh_57', ['colvarssimulationsparameters.h', ['../colvarssimulationsparameters_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['com_2ecpp_58', ['com.cpp', ['../com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../tests_2com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ @@ -95,41 +95,41 @@
│ │ │ │ │ ['computeglobalselement_2eh_69', ['computeglobalselement.h', ['../computeglobalselement_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['computemultibodycutoffs_2ecpp_70', ['computemultibodycutoffs.cpp', ['../computemultibodycutoffs_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['computemultibodycutoffs_2eh_71', ['computemultibodycutoffs.h', ['../computemultibodycutoffs_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['confio_2ecpp_72', ['confio.cpp', ['../tests_2confio_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['conftest_2ecpp_73', ['conftest.cpp', ['../conftest_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['conftest_2eh_74', ['conftest.h', ['../conftest_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['constantacceleration_2ecpp_75', ['constantacceleration.cpp', ['../constantacceleration_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['constr_2ecpp_76', ['constr.cpp', ['../constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['constr_2ecpp_76', ['constr.cpp', ['../tests_2constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['constr_2eh_77', ['constr.h', ['../constr_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['constraintelement_2ecpp_78', ['constraintelement.cpp', ['../constraintelement_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['constraintelement_2eh_79', ['constraintelement.h', ['../constraintelement_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['constrtestdata_2ecpp_80', ['constrtestdata.cpp', ['../constrtestdata_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['constrtestdata_2eh_81', ['constrtestdata.h', ['../constrtestdata_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['constrtestrunners_2ecpp_82', ['constrtestrunners.cpp', ['../constrtestrunners_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['constrtestrunners_2eh_83', ['constrtestrunners.h', ['../constrtestrunners_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['constrtestrunners_5fgpu_2ecpp_84', ['constrtestrunners_gpu.cpp', ['../constrtestrunners__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['convert_2dtpr_2dfixture_2eh_85', ['convert-tpr-fixture.h', ['../convert-tpr-fixture_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['convert_2dtpr_2dwith_2dleaks_2ecpp_86', ['convert-tpr-with-leaks.cpp', ['../convert-tpr-with-leaks_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['convert_2dtpr_2ecpp_87', ['convert-tpr.cpp', ['../convert-tpr_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['convert_5ftrj_2ecpp_88', ['convert_trj.cpp', ['../tests_2convert__trj_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../modules_2convert__trj_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['convert_5ftrj_2ecpp_88', ['convert_trj.cpp', ['../modules_2convert__trj_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2convert__trj_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['convert_5ftrj_2eh_89', ['convert_trj.h', ['../convert__trj_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['convparm_2ecpp_90', ['convparm.cpp', ['../tests_2convparm_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['coolstuff_2ecpp_91', ['coolstuff.cpp', ['../coolstuff_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['coolstuff_2eh_92', ['coolstuff.h', ['../coolstuff_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['coordinate_5ftest_2eh_93', ['coordinate_test.h', ['../coordinate__test_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['coordinatefile_2ecpp_94', ['coordinatefile.cpp', ['../coordinatefile_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['coordinatefile_2eh_95', ['coordinatefile.h', ['../coordinatefile_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['coordinatefileenums_2eh_96', ['coordinatefileenums.h', ['../coordinatefileenums_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['coordinatetransformation_2ecpp_97', ['coordinatetransformation.cpp', ['../coordinatetransformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2coordinatetransformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['coordinatetransformation_2ecpp_97', ['coordinatetransformation.cpp', ['../tests_2coordinatetransformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../coordinatetransformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['coordinatetransformation_2eh_98', ['coordinatetransformation.h', ['../coordinatetransformation_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['coordstate_2ecpp_99', ['coordstate.cpp', ['../coordstate_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['coordstate_2eh_100', ['coordstate.h', ['../coordstate_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['correlationdataset_2ecpp_101', ['correlationdataset.cpp', ['../correlationdataset_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['correlationdataset_2eh_102', ['correlationdataset.h', ['../correlationdataset_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['correlationgrid_2ecpp_103', ['correlationgrid.cpp', ['../correlationgrid_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_3.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -20,27 +20,27 @@
│ │ │ │ │ ['decidesimulationworkload_2eh_18', ['decidesimulationworkload.h', ['../decidesimulationworkload_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['defaultinitializationallocator_2ecpp_19', ['defaultinitializationallocator.cpp', ['../defaultinitializationallocator_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['defaultinitializationallocator_2eh_20', ['defaultinitializationallocator.h', ['../defaultinitializationallocator_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['densityfit_2ecpp_21', ['densityfit.cpp', ['../densityfit_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../tests_2densityfit_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['densityfit_2eh_22', ['densityfit.h', ['../densityfit_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['densityfitting_2ecpp_23', ['densityfitting.cpp', ['../densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['densityfitting_2ecpp_23', ['densityfitting.cpp', ['../tests_2densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingamplitudelookup_2ecpp_24', ['densityfittingamplitudelookup.cpp', ['../tests_2densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingamplitudelookup_2eh_25', ['densityfittingamplitudelookup.h', ['../densityfittingamplitudelookup_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['densityfittingforce_2ecpp_26', ['densityfittingforce.cpp', ['../tests_2densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['densityfittingforce_2ecpp_26', ['densityfittingforce.cpp', ['../densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingforce_2eh_27', ['densityfittingforce.h', ['../densityfittingforce_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['densityfittingforceprovider_2ecpp_28', ['densityfittingforceprovider.cpp', ['../tests_2densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['densityfittingforceprovider_2ecpp_28', ['densityfittingforceprovider.cpp', ['../densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingforceprovider_2eh_29', ['densityfittingforceprovider.h', ['../densityfittingforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingmodule_2ecpp_30', ['densityfittingmodule.cpp', ['../densityfittingmodule_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingoptions_2ecpp_31', ['densityfittingoptions.cpp', ['../tests_2densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['densityfittingoptions_2eh_32', ['densityfittingoptions.h', ['../densityfittingoptions_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_4.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -7,22 +7,22 @@
│ │ │ │ │ ['electricfield_2eh_3', ['electricfield.h', ['../electricfield_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['enerdata_2ecpp_4', ['enerdata.cpp', ['../enerdata_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['energyanalysisframe_2eh_5', ['energyanalysisframe.h', ['../energyanalysisframe_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['energycomparison_2ecpp_6', ['energycomparison.cpp', ['../energycomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['energycomparison_2eh_7', ['energycomparison.h', ['../energycomparison_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['energydata_2ecpp_8', ['energydata.cpp', ['../energydata_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['energydata_2eh_9', ['energydata.h', ['../energydata_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['energydrifttracker_2ecpp_10', ['energydrifttracker.cpp', ['../energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['energydrifttracker_2ecpp_10', ['energydrifttracker.cpp', ['../tests_2energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['energydrifttracker_2eh_11', ['energydrifttracker.h', ['../energydrifttracker_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['energyframe_2ecpp_12', ['energyframe.cpp', ['../energyframe_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['energyhistory_2eh_13', ['energyhistory.h', ['../energyhistory_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['energyoutput_2ecpp_14', ['energyoutput.cpp', ['../tests_2energyoutput_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../energyoutput_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['energyoutput_2ecpp_14', ['energyoutput.cpp', ['../energyoutput_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2energyoutput_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['energyoutput_2eh_15', ['energyoutput.h', ['../energyoutput_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['energyreader_2ecpp_16', ['energyreader.cpp', ['../energyreader_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['energyreader_2eh_17', ['energyreader.h', ['../energyreader_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['energyterm_2ecpp_18', ['energyterm.cpp', ['../tests_2energyterm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../energyterm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_5.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -40,16 +40,16 @@
│ │ │ │ │ ['forceoutput_2eh_32', ['forceoutput.h', ['../forceoutput_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['forcetable_2eh_33', ['forcetable.h', ['../forcetable_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['frameaverager_2ecpp_34', ['frameaverager.cpp', ['../frameaverager_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['frameaverager_2eh_35', ['frameaverager.h', ['../frameaverager_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['frameconverter_2eh_36', ['frameconverter.h', ['../frameconverter_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['frameconverterenums_2eh_37', ['frameconverterenums.h', ['../frameconverterenums_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['framelocaldata_2eh_38', ['framelocaldata.h', ['../framelocaldata_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['freeenergy_2ecpp_39', ['freeenergy.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2freeenergy_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../gromacs_2mdrunutility_2freeenergy_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['freeenergy_2ecpp_39', ['freeenergy.cpp', ['../gromacs_2mdrunutility_2freeenergy_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../programs_2mdrun_2tests_2freeenergy_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['freeenergy_2eh_40', ['freeenergy.h', ['../freeenergy_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['freeenergydispatch_2eh_41', ['freeenergydispatch.h', ['../freeenergydispatch_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['freeenergyparameters_2ecpp_42', ['freeenergyparameters.cpp', ['../tests_2freeenergyparameters_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../freeenergyparameters_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['freeenergyparameters_2eh_43', ['freeenergyparameters.h', ['../freeenergyparameters_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_7.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -3,48 +3,48 @@
│ │ │ │ │ ['hackblock_2eh_1', ['hackblock.h', ['../hackblock_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['haloexchange_2ecpp_2', ['haloexchange.cpp', ['../haloexchange_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['haloexchange_2eh_3', ['haloexchange.h', ['../haloexchange_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['haloexchange_5fmpi_2ecpp_4', ['haloexchange_mpi.cpp', ['../haloexchange__mpi_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['haloexchangesetup_2ecpp_5', ['haloexchangesetup.cpp', ['../haloexchangesetup_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['handlerestart_2ecpp_6', ['handlerestart.cpp', ['../handlerestart_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['handlerestart_2eh_7', ['handlerestart.h', ['../handlerestart_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['hardwaretopology_2ecpp_8', ['hardwaretopology.cpp', ['../tests_2hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['hardwaretopology_2ecpp_8', ['hardwaretopology.cpp', ['../hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['hardwaretopology_2eh_9', ['hardwaretopology.h', ['../hardwaretopology_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['hashedmap_2ecpp_10', ['hashedmap.cpp', ['../hashedmap_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['hashedmap_2eh_11', ['hashedmap.h', ['../hashedmap_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['hbond_2ecpp_12', ['hbond.cpp', ['../tests_2hbond_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../modules_2hbond_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['hbond_2ecpp_12', ['hbond.cpp', ['../modules_2hbond_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2hbond_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['hbond_2eh_13', ['hbond.h', ['../hbond_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['helpformat_2ecpp_14', ['helpformat.cpp', ['../tests_2helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['helpformat_2ecpp_14', ['helpformat.cpp', ['../helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['helpformat_2eh_15', ['helpformat.h', ['../helpformat_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['helpmanager_2ecpp_16', ['helpmanager.cpp', ['../tests_2helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['helpmanager_2ecpp_16', ['helpmanager.cpp', ['../helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['helpmanager_2eh_17', ['helpmanager.h', ['../helpmanager_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['helptopic_2ecpp_18', ['helptopic.cpp', ['../helptopic_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['helptopic_2eh_19', ['helptopic.h', ['../helptopic_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['helpwritercontext_2ecpp_20', ['helpwritercontext.cpp', ['../helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../tests_2helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['helpwritercontext_2eh_21', ['helpwritercontext.h', ['../helpwritercontext_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['helpwriting_2ecpp_22', ['helpwriting.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../gromacs_2tools_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['helpwriting_2ecpp_22', ['helpwriting.cpp', ['../gromacs_2tools_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../programs_2mdrun_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['hip_5fkernel_5futils_2eh_23', ['hip_kernel_utils.h', ['../hip__kernel__utils_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['hip_5fsycl_5fkernel_5futils_2eh_24', ['hip_sycl_kernel_utils.h', ['../hip__sycl__kernel__utils_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['histogram_2ecpp_25', ['histogram.cpp', ['../tests_2histogram_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../modules_2histogram_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['histogram_2eh_26', ['histogram.h', ['../histogram_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['histogramsize_2ecpp_27', ['histogramsize.cpp', ['../histogramsize_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['histogramsize_2eh_28', ['histogramsize.h', ['../histogramsize_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['hostallocator_2ecpp_29', ['hostallocator.cpp', ['../hostallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2hostallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['hostallocator_2ecpp_29', ['hostallocator.cpp', ['../tests_2hostallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../hostallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['hostallocator_2eh_30', ['hostallocator.h', ['../hostallocator_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['hsimd_5fdeclarations_2eh_31', ['hsimd_declarations.h', ['../hsimd__declarations_8h.xhtml', 1, '']]]
│ │ │ │ │ ];
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_b.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -3,16 +3,16 @@
│ │ │ │ │ ['makebondedlinks_2ecpp_1', ['makebondedlinks.cpp', ['../makebondedlinks_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['makebondedlinks_2eh_2', ['makebondedlinks.h', ['../makebondedlinks_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['makeconstraints_2eh_3', ['makeconstraints.h', ['../makeconstraints_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['manage_5fthreading_2ecpp_4', ['manage_threading.cpp', ['../manage__threading_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['manage_5fthreading_2eh_5', ['manage_threading.h', ['../manage__threading_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['manager_2ecpp_6', ['manager.cpp', ['../manager_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['manager_2eh_7', ['manager.h', ['../manager_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['manyautocorrelation_2ecpp_8', ['manyautocorrelation.cpp', ['../tests_2manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['manyautocorrelation_2ecpp_8', ['manyautocorrelation.cpp', ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['manyautocorrelation_2eh_9', ['manyautocorrelation.h', ['../manyautocorrelation_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['matio_2ecpp_10', ['matio.cpp', ['../tests_2matio_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['matrix_2ecpp_11', ['matrix.cpp', ['../math_2tests_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../math_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['matrix_2eh_12', ['matrix.h', ['../math_2include_2gromacs_2math_2matrix_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -36,16 +36,16 @@
│ │ │ │ │ ['mdspan_2eh_30', ['mdspan.h', ['../mdspan_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mempool_2ecpp_31', ['mempool.cpp', ['../mempool_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mempool_2eh_32', ['mempool.h', ['../mempool_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['message_5fstring_5fcollector_2ecpp_33', ['message_string_collector.cpp', ['../tests_2message__string__collector_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../message__string__collector_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['message_5fstring_5fcollector_2eh_34', ['message_string_collector.h', ['../message__string__collector_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['mimic_2ecpp_35', ['mimic.cpp', ['../gromacs_2mdrun_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../programs_2mdrun_2tests_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['mimic_2ecpp_35', ['mimic.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../gromacs_2mdrun_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['minimize_2ecpp_36', ['minimize.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2minimize_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['misc_2ecpp_37', ['misc.cpp', ['../misc_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mock_5fdatamodule_2ecpp_38', ['mock_datamodule.cpp', ['../mock__datamodule_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mock_5fdatamodule_2eh_39', ['mock_datamodule.h', ['../mock__datamodule_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -53,40 +53,40 @@
│ │ │ │ │ ['mock_5fhelptopic_2eh_41', ['mock_helptopic.h', ['../mock__helptopic_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mockhardwaretopology_2ecpp_42', ['mockhardwaretopology.cpp', ['../mockhardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['modularsimulator_2ecpp_43', ['modularsimulator.cpp', ['../modularsimulator_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['modularsimulator_2eh_44', ['modularsimulator.h', ['../modularsimulator_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['modularsimulatorinterfaces_2eh_45', ['modularsimulatorinterfaces.h', ['../modularsimulatorinterfaces_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['modules_2ecpp_46', ['modules.cpp', ['../modules_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['modules_2eh_47', ['modules.h', ['../modules_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['moduletest_2ecpp_48', ['moduletest.cpp', ['../gromacs_2trajectoryanalysis_2tests_2moduletest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../programs_2mdrun_2tests_2moduletest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['moduletest_2ecpp_48', ['moduletest.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2moduletest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../gromacs_2trajectoryanalysis_2tests_2moduletest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['moduletest_2eh_49', ['moduletest.h', ['../gromacs_2trajectoryanalysis_2tests_2moduletest_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../programs_2mdrun_2tests_2moduletest_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['mp11_2eh_50', ['mp11.h', ['../mp11_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mpi_5fprinter_2eh_51', ['mpi_printer.h', ['../mpi__printer_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['mpitest_2ecpp_52', ['mpitest.cpp', ['../mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['mpitest_2ecpp_52', ['mpitest.cpp', ['../tests_2mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['mpitest_2eh_53', ['mpitest.h', ['../mpitest_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['mrcdensitymap_2ecpp_54', ['mrcdensitymap.cpp', ['../mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['mrcdensitymap_2ecpp_54', ['mrcdensitymap.cpp', ['../tests_2mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['mrcdensitymap_2eh_55', ['mrcdensitymap.h', ['../mrcdensitymap_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_2ecpp_56', ['mrcdensitymapheader.cpp', ['../tests_2mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_2eh_57', ['mrcdensitymapheader.h', ['../mrcdensitymapheader_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mrcserializer_2ecpp_58', ['mrcserializer.cpp', ['../mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../tests_2mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['mrcserializer_2eh_59', ['mrcserializer.h', ['../mrcserializer_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['msd_2ecpp_60', ['msd.cpp', ['../modules_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['msd_2ecpp_60', ['msd.cpp', ['../tests_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../modules_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['msd_2eh_61', ['msd.h', ['../msd_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mshift_2ecpp_62', ['mshift.cpp', ['../tests_2mshift_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mtop_2ecpp_63', ['mtop.cpp', ['../mtop_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mtop_5fatomloops_2eh_64', ['mtop_atomloops.h', ['../mtop__atomloops_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mtop_5flookup_2eh_65', ['mtop_lookup.h', ['../mtop__lookup_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['mttk_2ecpp_66', ['mttk.cpp', ['../mttk_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_c.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -59,16 +59,16 @@
│ │ │ │ │ ['nbsearch_2eh_55', ['nbsearch.h', ['../nbsearch_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['neldermead_2ecpp_56', ['neldermead.cpp', ['../neldermead_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../tests_2neldermead_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['neldermead_2eh_57', ['neldermead.h', ['../neldermead_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['niceheader_2ecpp_58', ['niceheader.cpp', ['../niceheader_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['niceheader_2eh_59', ['niceheader.h', ['../niceheader_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['nnpot_2ecpp_60', ['nnpot.cpp', ['../tests_2nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['nnpot_2ecpp_60', ['nnpot.cpp', ['../nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nnpot_2eh_61', ['nnpot.h', ['../nnpot_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['nnpotforceprovider_2ecpp_62', ['nnpotforceprovider.cpp', ['../tests_2nnpotforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../nnpotforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nnpotforceprovider_2eh_63', ['nnpotforceprovider.h', ['../nnpotforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['nnpotforceprovider_5fstub_2ecpp_64', ['nnpotforceprovider_stub.cpp', ['../nnpotforceprovider__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -78,16 +78,16 @@
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nnpotoptions_2eh_67', ['nnpotoptions.h', ['../nnpotoptions_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessor_2ecpp_68', ['nnpottopologypreprocessor.cpp', ['../tests_2nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessor_2eh_69', ['nnpottopologypreprocessor.h', ['../nnpottopologypreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['nodelete_2eh_70', ['nodelete.h', ['../nodelete_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['nonbonded_5fbench_2ecpp_71', ['nonbonded_bench.cpp', ['../tests_2nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['nonbonded_5fbench_2ecpp_71', ['nonbonded_bench.cpp', ['../nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['nonbonded_5fbench_2eh_72', ['nonbonded_bench.h', ['../nonbonded__bench_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['normaldistribution_2ecpp_73', ['normaldistribution.cpp', ['../normaldistribution_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['normaldistribution_2eh_74', ['normaldistribution.h', ['../normaldistribution_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['normalmodes_2ecpp_75', ['normalmodes.cpp', ['../normalmodes_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['nosehooverchains_2ecpp_76', ['nosehooverchains.cpp', ['../nosehooverchains_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['nosehooverchains_2eh_77', ['nosehooverchains.h', ['../nosehooverchains_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_e.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -1,12 +1,12 @@
│ │ │ │ │ var searchData = [
│ │ │ │ │ ['paddedvector_2ecpp_0', ['paddedvector.cpp', ['../paddedvector_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['paddedvector_2eh_1', ['paddedvector.h', ['../paddedvector_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['pairdist_2ecpp_2', ['pairdist.cpp', ['../modules_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['pairdist_2ecpp_2', ['pairdist.cpp', ['../tests_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../modules_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pairdist_2eh_3', ['pairdist.h', ['../pairdist_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pairlist_2ecpp_4', ['pairlist.cpp', ['../tests_2pairlist_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pairlist_5fimask_2eh_5', ['pairlist_imask.h', ['../pairlist__imask_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pairlist_5fsimd_5fkernel_2ecpp_6', ['pairlist_simd_kernel.cpp', ['../pairlist__simd__kernel_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pairlist_5fsimd_5fkernel_2eh_7', ['pairlist_simd_kernel.h', ['../pairlist__simd__kernel_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pairlist_5ftuning_2ecpp_8', ['pairlist_tuning.cpp', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -31,27 +31,27 @@
│ │ │ │ │ ['parrinellorahmanbarostat_2ecpp_25', ['parrinellorahmanbarostat.cpp', ['../parrinellorahmanbarostat_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['parrinellorahmanbarostat_2eh_26', ['parrinellorahmanbarostat.h', ['../parrinellorahmanbarostat_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['parser_5finternal_2eh_27', ['parser_internal.h', ['../parser__internal_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['parsetree_2ecpp_28', ['parsetree.cpp', ['../parsetree_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['parsetree_2eh_29', ['parsetree.h', ['../parsetree_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['partition_2ecpp_30', ['partition.cpp', ['../partition_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['partition_2eh_31', ['partition.h', ['../partition_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['path_2ecpp_32', ['path.cpp', ['../path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['path_2ecpp_32', ['path.cpp', ['../tests_2path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['path_2eh_33', ['path.h', ['../path_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pbc_2ecpp_34', ['pbc.cpp', ['../tests_2pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pbc_5faiuc_2eh_35', ['pbc_aiuc.h', ['../pbc__aiuc_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pbc_5faiuc_5fsycl_2eh_36', ['pbc_aiuc_sycl.h', ['../pbc__aiuc__sycl_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pbc_5fsimd_2ecpp_37', ['pbc_simd.cpp', ['../pbc__simd_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pbc_5fsimd_2eh_38', ['pbc_simd.h', ['../pbc__simd_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['pbcenums_2ecpp_39', ['pbcenums.cpp', ['../tests_2pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['pbcenums_2ecpp_39', ['pbcenums.cpp', ['../pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pbcenums_2eh_40', ['pbcenums.h', ['../pbcenums_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pdb2gmx_2ecpp_41', ['pdb2gmx.cpp', ['../tests_2pdb2gmx_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['periodicactions_2ecpp_42', ['periodicactions.cpp', ['../periodicactions_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['periodicactions_2eh_43', ['periodicactions.h', ['../periodicactions_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['periodicactions_5fbasic_2ecpp_44', ['periodicactions_basic.cpp', ['../periodicactions__basic_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['periodicactions_5fconstraints_2ecpp_45', ['periodicactions_constraints.cpp', ['../periodicactions__constraints_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -74,16 +74,16 @@
│ │ │ │ │ ['plumedoptions_2eh_60', ['plumedOptions.h', ['../plumedOptions_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['plumedtestutils_2ecpp_61', ['plumedTestUtils.cpp', ['../plumedTestUtils_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['plumedtestutils_2eh_62', ['plumedTestUtils.h', ['../plumedTestUtils_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmalloc_2ecpp_63', ['pmalloc.cpp', ['../pmalloc_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmalloc_2eh_64', ['pmalloc.h', ['../pmalloc_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmalloc_5fhip_2ecpp_65', ['pmalloc_hip.cpp', ['../pmalloc__hip_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pmalloc_5fsycl_2ecpp_66', ['pmalloc_sycl.cpp', ['../pmalloc__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['pme_2ecpp_67', ['pme.cpp', ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['pme_2ecpp_67', ['pme.cpp', ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['pme_2eh_68', ['pme.h', ['../pme_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_2eh_69', ['pme_coordinate_receiver_gpu.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2ecpp_70', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.cpp', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2eh_71', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_5fgpu_2ecpp_72', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl_gpu.cpp', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['pme_5fforce_5fsender_5fgpu_2eh_73', ['pme_force_sender_gpu.h', ['../pme__force__sender__gpu_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ @@ -153,16 +153,16 @@
│ │ │ │ │ ['polynomials_2eh_137', ['polynomials.h', ['../polynomials_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['poscalc_2ecpp_138', ['poscalc.cpp', ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['poscalc_2eh_139', ['poscalc.h', ['../poscalc_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['position_2ecpp_140', ['position.cpp', ['../position_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['position_2eh_141', ['position.h', ['../position_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['position_5frestraints_2ecpp_142', ['position_restraints.cpp', ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['position_5frestraints_2ecpp_142', ['position_restraints.cpp', ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['position_5frestraints_2eh_143', ['position_restraints.h', ['../position__restraints_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['printtime_2eh_144', ['printtime.h', ['../printtime_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['programcontext_2ecpp_145', ['programcontext.cpp', ['../programcontext_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['programcontext_2eh_146', ['programcontext.h', ['../programcontext_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['propagator_2ecpp_147', ['propagator.cpp', ['../propagator_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['propagator_2eh_148', ['propagator.h', ['../propagator_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_f.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -1,14 +1,14 @@
│ │ │ │ │ var searchData = [
│ │ │ │ │ ['qmmm_2ecpp_0', ['qmmm.cpp', ['../tests_2qmmm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../qmmm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['qmmm_2eh_1', ['qmmm.h', ['../qmmm_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['qmmmforceprovider_2ecpp_2', ['qmmmforceprovider.cpp', ['../tests_2qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['qmmmforceprovider_2ecpp_2', ['qmmmforceprovider.cpp', ['../qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../tests_2qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_2eh_3', ['qmmmforceprovider.h', ['../qmmmforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_5fstub_2ecpp_4', ['qmmmforceprovider_stub.cpp', ['../qmmmforceprovider__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['qmmminputgenerator_2ecpp_5', ['qmmminputgenerator.cpp', ['../qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ ['../tests_2qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['qmmminputgenerator_2eh_6', ['qmmminputgenerator.h', ['../qmmminputgenerator_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/todo.xhtml
│ │ │ │ @@ -477,15 +477,15 @@
│ │ │ │ <dd><p class="startdd"><a class="anchor" id="_todo000270"></a>Eventually t_trxframe should be replaced by a class such as this. Currently we need to introduce BoxMatrix so that we can have a normal C++ getter that returns the contents of a box matrix, since you cannot use a real[DIM][DIM] as a function return type.</p>
│ │ │ │ <p class="enddd"><a class="anchor" id="_todo000271"></a>Consider a std::optional work-alike type for expressing that a field may or may not have content. </p>
│ │ │ │ </dd>
│ │ │ │ <dt>Struct <a class="el" href="structgmx__hw__opt__t.xhtml">gmx_hw_opt_t</a> </dt>
│ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000065"></a>During mdrunner(), if the user has left any of these values at their defaults (which tends to mean "choose automatically"), then those values are over-written with the result of such automation. This creates problems for the subsequent code in knowing what was done, why, and reporting correctly to the user. Find a way to improve this. </dd>
│ │ │ │ <dt>Struct <a class="el" href="structgmx__multisim__t.xhtml">gmx_multisim_t</a> </dt>
│ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000152"></a>Change this to class </dd>
│ │ │ │ -<dt>Member <a class="el" href="pme_8cpp.xhtml#a39e800d9a258e0c8a553fa7b71e10dcf">gmx_pme_init</a> (const t_commrec *cr, const <a class="el" href="structNumPmeDomains.xhtml" title="Struct for passing around the number of PME domains.">NumPmeDomains</a> &numPmeDomains, const t_inputrec *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, <a class="el" href="structPmeGpu.xhtml" title="The main PME GPU host structure, included in the PME CPU structure by pointer.">PmeGpu</a> *pmeGpu, const DeviceContext *deviceContext, const <a class="el" href="classDeviceStream.xhtml" title="Declaration of platform-agnostic device stream/queue.">DeviceStream</a> *deviceStream, const <a class="el" href="classPmeGpuProgram.xhtml" title="Stores PME data derived from the GPU context or devices.">PmeGpuProgram</a> *pmeGpuProgram, const <a class="el" href="classgmx_1_1MDLogger.xhtml" title="Declares a logging interface.">gmx::MDLogger</a> &mdlog, std::shared_ptr< PmeGridsStorage > pmeGridsStoragePtr)</dt>
│ │ │ │ +<dt>Member <a class="el" href="pme_8h.xhtml#a39e800d9a258e0c8a553fa7b71e10dcf">gmx_pme_init</a> (const t_commrec *cr, const <a class="el" href="structNumPmeDomains.xhtml" title="Struct for passing around the number of PME domains.">NumPmeDomains</a> &numPmeDomains, const t_inputrec *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, <a class="el" href="structPmeGpu.xhtml" title="The main PME GPU host structure, included in the PME CPU structure by pointer.">PmeGpu</a> *pmeGpu, const DeviceContext *deviceContext, const <a class="el" href="classDeviceStream.xhtml" title="Declaration of platform-agnostic device stream/queue.">DeviceStream</a> *deviceStream, const <a class="el" href="classPmeGpuProgram.xhtml" title="Stores PME data derived from the GPU context or devices.">PmeGpuProgram</a> *pmeGpuProgram, const <a class="el" href="classgmx_1_1MDLogger.xhtml" title="Declares a logging interface.">gmx::MDLogger</a> &mdlog, std::shared_ptr< PmeGridsStorage > pmeGridsStoragePtr)</dt>
│ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000024"></a>We should evolve something like a <code>GpuManager</code> that holds <code>DeviceInformation*</code> and <code>PmeGpuProgram*</code> and perhaps other related things whose lifetime can/should exceed that of a task (or perhaps task manager). See Issue #2522. </dd>
│ │ │ │ <dt>Member <a class="el" href="group__module__utility.xhtml#ga33e34477bae2bbb86c4d9af1823e3fd0">GMX_UNUSED_VALUE</a> (value)</dt>
│ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000275"></a>Deprecated - use gmx_unused </dd>
│ │ │ │ <dt>File <a class="el" href="programs_2mdrun_2tests_2grompp_8cpp.xhtml">grompp.cpp</a> </dt>
│ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000233"></a>Refactor SimulationRunner to split off SimulationPreparer, so that integration tests of grompp can stand apart from tests of mdrun. </dd>
│ │ │ │ <dt>File <a class="el" href="haloexchange__mpi_8cpp.xhtml">haloexchange_mpi.cpp</a> </dt>
│ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000020"></a>Add 3D case </dd>
│ │ │ │ @@ -565,15 +565,15 @@
│ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000032"></a>Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: – <a class="el" href="structPmeGpuSettings.xhtml" title="The PME GPU settings structure, included in the main PME GPU structure by value.">PmeGpuSettings</a> -> PmeGpuTasks </dd>
│ │ │ │ <dt>File <a class="el" href="pme__gpu__staging_8h.xhtml">pme_gpu_staging.h</a> </dt>
│ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000033"></a>Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: – bringing the function names up to guidelines – <a class="el" href="structPmeGpuSettings.xhtml" title="The PME GPU settings structure, included in the main PME GPU structure by value.">PmeGpuSettings</a> -> PmeGpuTasks – refining GPU notation application (#2053) – renaming coefficients to charges (?) </dd>
│ │ │ │ <dt>Member <a class="el" href="pme_8h.xhtml#a9faddde52f5a636410141f52cc95d3e1">pme_gpu_task_enabled</a> (const gmx_pme_t *pme)</dt>
│ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000026"></a>This is a rather static data that should be managed by the hardware assignment manager. For now, it is synonymous with the active PME codepath (in the absence of dynamic switching). </dd>
│ │ │ │ <dt>File <a class="el" href="pme__gpu__types__host_8h.xhtml">pme_gpu_types_host.h</a> </dt>
│ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000034"></a>Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: – bringing the function names up to guidelines – <a class="el" href="structPmeGpuSettings.xhtml" title="The PME GPU settings structure, included in the main PME GPU structure by value.">PmeGpuSettings</a> -> PmeGpuTasks – refining GPU notation application (#2053) – renaming coefficients to charges (?) </dd>
│ │ │ │ -<dt>Member <a class="el" href="pme_8cpp.xhtml#a9cfbe9fa691aabaf1a9e10fa06858c96">pme_run_mode</a> (const gmx_pme_t *pme)</dt>
│ │ │ │ +<dt>Member <a class="el" href="pme_8h.xhtml#a9cfbe9fa691aabaf1a9e10fa06858c96">pme_run_mode</a> (const gmx_pme_t *pme)</dt>
│ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000025"></a>This is a rather static data that should be managed by the higher level task scheduler. </dd>
│ │ │ │ <dt>Member <a class="el" href="structPmeGpu.xhtml#a592a545094c1ba0847e5e5223c981cc9">PmeGpu::kernelParams</a> </dt>
│ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000036"></a>Test whether this should be copied to the constant GPU memory once for each computation (or even less often with no box updates) instead of being an argument. </dd>
│ │ │ │ <dt>Struct <a class="el" href="structPmeGpuProgramImpl.xhtml">PmeGpuProgramImpl</a> </dt>
│ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000031"></a>In future if we would need to react to either user input or auto-tuning to compile different kernels, then we might wish to revisit the number of kernels we pre-compile, and/or the management of their lifetime. </dd>
│ │ │ │ <dt>Member <a class="el" href="pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791">PmeRunMode</a> </dt>
│ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000023"></a>: make this enum class with gmx_pme_t C++ refactoring </dd>
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/search/all_15.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -595,22 +595,22 @@
│ │ │ │ │ ['simd_20intrinsics_20interface_20simd_392', ['SIMD intrinsics interface (simd)', ['../group__module__simd.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_20math_20library_393', ['The SIMD math library', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md70', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_20module_394', ['Design of the GROMACS SIMD module', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md57', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_20preprocessor_20macros_395', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_2eh_396', ['simd.h', ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd4_20implementation_397', ['SIMD4 implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md64', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd4bool_398', ['Simd4Bool', ['../namespacegmx.xhtml#acb6a84be080be397c2c09cda9f315037', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['simd4dbool_399', ['simd4dbool', ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4DBool'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml#a428de6b27a42a06dd0fd632660b3ae9d', 1, 'gmx::Simd4DBool::Simd4DBool()']
│ │ │ │ │ + ['simd4dbool_399', ['simd4dbool', ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml#a428de6b27a42a06dd0fd632660b3ae9d', 1, 'gmx::Simd4DBool::Simd4DBool()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4DBool']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['simd4double_400', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()']
│ │ │ │ │ + ['simd4double_400', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['simd4fbool_401', ['simd4fbool', ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4FBool'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml#ad64754cbb774d9cab1ed08c49a6e28bc', 1, 'gmx::Simd4FBool::Simd4FBool()']
│ │ │ │ │ + ['simd4fbool_401', ['simd4fbool', ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml#ad64754cbb774d9cab1ed08c49a6e28bc', 1, 'gmx::Simd4FBool::Simd4FBool()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4FBool']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simd4float_402', ['simd4float', ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml#a4d61d22b9955c0f6fa78804562704cbe', 1, 'gmx::Simd4Float::Simd4Float()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Float']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simd4n_20implementation_403', ['SIMD4N implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md65', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd4real_404', ['Simd4Real', ['../namespacegmx.xhtml#a37686b0c2ec48a361d6c4473c1fdb70c', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['simd4setzerod_405', ['simd4SetZeroD', ['../group__module__simd.xhtml#gac88aa19e4c856c2333bf814c3521c488', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ @@ -618,16 +618,16 @@
│ │ │ │ │ ['simd_5fmath_2eh_407', ['simd_math.h', ['../simd__math_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_5fmemory_2eh_408', ['simd_memory.h', ['../simd__memory_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_5fsupport_2eh_409', ['simd_support.h', ['../simd__support_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['simd_5fwidth_410', ['simd_width', ['../namespacegmx.xhtml#ad2defc5df98b53733b2d299c76788b05', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['simdbitmask_411', ['SimdBitMask', ['../namespacegmx.xhtml#afb42c13ecb6e9bac5d3b89e89143257f', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['simdbool_412', ['SimdBool', ['../namespacegmx.xhtml#a307172d59a1a7c9ed87bc2cb4df83efa', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['simdcheck_413', ['simdCheck', ['../namespacegmx.xhtml#a3dfaae36144016a6b9ef7524dfbbb815', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['simddbool_414', ['simddbool', ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdDBool'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml#ad4d8f87a8e48ad39d6600c271dc37a02', 1, 'gmx::SimdDBool::SimdDBool()']
│ │ │ │ │ + ['simddbool_414', ['simddbool', ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml#ad4d8f87a8e48ad39d6600c271dc37a02', 1, 'gmx::SimdDBool::SimdDBool()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdDBool']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simddibool_415', ['simddibool', ['../classgmx_1_1SimdDIBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdDIBool'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimdDIBool.xhtml#a9b76cf7d82509f3f7adeac5d7f1b1477', 1, 'gmx::SimdDIBool::SimdDIBool()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['simddint32_416', ['simddint32', ['../classgmx_1_1SimdDInt32.xhtml', 1, 'gmx::SimdDInt32'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimdDInt32.xhtml#a4107f8bf681a5cfe0abd34bffd5d952b', 1, 'gmx::SimdDInt32::SimdDInt32()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/search/all_17.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -22,30 +22,30 @@
│ │ │ │ │ ['uniquedeviceid_14', ['uniqueDeviceId', ['../device__management_8h.xhtml#ab7595ed839026b4d41d8eb72701a80eb', 1, 'device_management_common.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['unit_15', ['unit', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#aef5ad0000c2fbbc74c57f0b5e0ddb409', 1, 'gmx::EnergyTerm']]],
│ │ │ │ │ ['unitcelliscompact_16', ['UnitCellIsCompact', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9ad4d785ddf0c77e7b697efd2b5ec376e1', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['unitcellisrectangular_17', ['UnitCellIsRectangular', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a8e7bda81ce54b8cf90c3b856c83e7d9f', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['unitcellistriclinic_18', ['UnitCellIsTriclinic', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a99285c8187fb87e756f127435045dc3f', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['unitcelltype_19', ['UnitCellType', ['../namespacegmx.xhtml#af897bff42be729e6eaf3c4dc6e199722', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['unitcelltypenames_20', ['unitCellTypeNames', ['../namespacegmx.xhtml#ae81efb97e81499b750d906d26a29ce18', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['unitvector_21', ['unitvector', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a2fc805de143df5ecfe38f2cb50d84e6c', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a53215047e2f488dfbf48164090c07b40', 1, 'gmx::unitVector(const VectorType &v)']
│ │ │ │ │ + ['unitvector_21', ['unitvector', ['../namespacegmx.xhtml#a53215047e2f488dfbf48164090c07b40', 1, 'gmx::unitVector()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a2fc805de143df5ecfe38f2cb50d84e6c', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['unity_22', ['Unity', ['../namespacegmx.xhtml#ab0ad78613a262a1d4fcce5d18525099fa82dd98f1d663acc318e6a8ec4ab69b7a', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['unknown_23', ['unknown', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::CpuInfo::Unknown'],
│ │ │ │ │ - ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508ca88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'Unknown: device_information.h'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown']
│ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown'],
│ │ │ │ │ + ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508ca88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'Unknown: device_information.h']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['unpackrecvbufkernel_24', ['unpackRecvBufKernel', ['../namespacegmx.xhtml#a704128fa72f8ce7dcf08d0063a166036', 1, 'gmx']]],
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│ │ │ │ │ ['unpaddedconstarrayref_26', ['unpaddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a2c3f73497c6bc71264ae1af84b6522ae', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]],
│ │ │ │ │ ['unset_27', ['Unset', ['../md__enums_8h.xhtml#a1df3eedfba9424ae3e518284a453d95cac9f88e098f6fe4e4e112eeb05ccb9671', 1, 'md_enums.h']]],
│ │ │ │ │ ['unsignedchartostring_28', ['unsignedCharToString', ['../group__module__utility.xhtml#ga78b462191d8dbe81225e12d64cdd55a3', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['update_29', ['update', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#afcb4065ad13efba2d3aa9b5225125e6f', 1, 'gmx::Update::Update()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Update.xhtml', 1, 'gmx::Update'],
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│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#a6bc44212f005dbc7a03acf9a76b1074d', 1, 'gmx::IRestraintPotential::update()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Update.xhtml', 1, 'gmx::Update']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['update_5fconstrain_5fgpu_2eh_30', ['update_constrain_gpu.h', ['../update__constrain__gpu_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['update_5fcoords_31', ['update_coords', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#a07bb5e84363cbcb95a10bc97647526e9', 1, 'gmx::Update']]],
│ │ │ │ │ ['update_5fdisres_5fhistory_32', ['update_disres_history', ['../disre_8h.xhtml#a80a6326aadca6d0b6f6f4753e63648e7', 1, 'disre.cpp']]],
│ │ │ │ │ ['update_5ffor_5fconstraint_5fvirial_33', ['update_for_constraint_virial', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#acbd679269aa6945d6922c029770e8a84', 1, 'gmx::Update']]],
│ │ │ │ │ ['update_5fsd_5fsecond_5fhalf_34', ['update_sd_second_half', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#ab0206e61c30553bd8aa268891c466509', 1, 'gmx::Update']]],
│ │ │ │ │ ['update_5ftemperature_5fconstants_35', ['update_temperature_constants', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#afa5d8919006df7093a2224fbc2f9fd4c', 1, 'gmx::Update']]],
│ │ │ │ │ @@ -65,16 +65,16 @@
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│ │ │ │ │ ['updategroups_2eh_48', ['updategroups.h', ['../updategroups_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['updategroupscog_49', ['updategroupscog', ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml#af4073554edea0cc98542003e47f7dccd', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog::UpdateGroupsCog()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['updategroupscog_2eh_50', ['updategroupscog.h', ['../updategroupscog_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['updatehistory_51', ['updatehistory', ['../structt__oriresdata.xhtml#a7806904b5f7dcb25d5dec4555be7b5ac', 1, 't_oriresdata::updateHistory()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#ad138cec7cc1fefd7c1787d5f94279494', 1, 'gmx::Awh::updateHistory()']
│ │ │ │ │ + ['updatehistory_51', ['updatehistory', ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#ad138cec7cc1fefd7c1787d5f94279494', 1, 'gmx::Awh::updateHistory()'],
│ │ │ │ │ + ['../structt__oriresdata.xhtml#a7806904b5f7dcb25d5dec4555be7b5ac', 1, 't_oriresdata::updateHistory()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['updatepositions_52', ['updatePositions', ['../namespacegmx.xhtml#a5d079b5d5fedb7c55a119e1342cb7fd8', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['updateprevsteppullcom_53', ['updatePrevStepPullCom', ['../pull_8h.xhtml#a95ef443e2830253d2aef461a2f811c4e', 1, 'pull.h']]],
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│ │ │ │ │ ['updatewithdatapoint_55', ['updateWithDataPoint', ['../classgmx_1_1ExponentialMovingAverage.xhtml#a5293fc09bb63cc379eed9ca1fa20c760', 1, 'gmx::ExponentialMovingAverage']]],
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│ │ │ │ │ ['upstring_57', ['upstring', ['../cstringutil_8h.xhtml#a74173c7afe5600452edf4956ae58bbe8', 1, 'cstringutil.cpp']]],
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│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -34,16 +34,16 @@
│ │ │ │ │ ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, 'FEPStateValue< T >']
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│ │ │ │ │ ['fepstatevalue_3c_20nameholder_20_3e_23', ['FEPStateValue< NameHolder >', ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['fepstatevalue_3c_20real_20_3e_24', ['FEPStateValue< real >', ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['fepstatevalue_3c_20unsigned_20short_20_3e_25', ['FEPStateValue< unsigned short >', ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['fetchcoulombforcer_26', ['fetchCoulombForceR', ['../namespacegmx.xhtml#af4358df7df7ec8c2d2ad3014049c9ff0', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['fetchfromparamlookuptable_27', ['fetchFromParamLookupTable', ['../hip__kernel__utils_8h.xhtml#a7ad14d6bc00ea67ddd8c5435c07a8881', 1, 'hip_kernel_utils.h']]],
│ │ │ │ │ - ['fetchnextevent_28', ['fetchnextevent', ['../classGpuRegionTimerWrapper.xhtml#ae595ce381d09845166643647caf6b539', 1, 'GpuRegionTimerWrapper::fetchNextEvent()'],
│ │ │ │ │ - ['../classGpuRegionTimerImpl.xhtml#ace9b9965e5b0dec64d5d74af36035a63', 1, 'GpuRegionTimerImpl::fetchNextEvent()']
│ │ │ │ │ + ['fetchnextevent_28', ['fetchnextevent', ['../classGpuRegionTimerImpl.xhtml#ace9b9965e5b0dec64d5d74af36035a63', 1, 'GpuRegionTimerImpl::fetchNextEvent()'],
│ │ │ │ │ + ['../classGpuRegionTimerWrapper.xhtml#ae595ce381d09845166643647caf6b539', 1, 'GpuRegionTimerWrapper::fetchNextEvent()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['ffallow_5fmissing_29', ['ffALLOW_MISSING', ['../group__module__commandline.xhtml#gaae8f2f42809cc00c087b4359507abb81', 1, 'filenm.h']]],
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│ │ │ │ │ ['fflibrd_32', ['ffLIBRD', ['../group__module__commandline.xhtml#ga70443d67e488b39409b37d98b9d2f8b8', 1, 'filenm.h']]],
│ │ │ │ │ ['ffmult_33', ['ffMULT', ['../group__module__commandline.xhtml#ga50cb2de9aec8429fb44074a1bfdb19b2', 1, 'filenm.h']]],
│ │ │ │ │ ['ffopt_34', ['ffOPT', ['../group__module__commandline.xhtml#ga070f4190c2bc4a6af08333851ddf42ac', 1, 'filenm.h']]],
│ │ │ │ │ @@ -348,19 +348,19 @@
│ │ │ │ │ ['../classForceHelperBuffers.xhtml', 1, 'ForceHelperBuffers']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['forcemtscombined_201', ['forcemtscombined', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a166f7af032d4e40035ffec7b665ed572', 1, 'gmx::ForceBuffersView::forceMtsCombined() const'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a6c291c3c289aecea56104b7e79325558', 1, 'gmx::ForceBuffersView::forceMtsCombined()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['forcemtscombinedwithpadding_202', ['forceMtsCombinedWithPadding', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a297d8a01836b387a5ab1be510aed44fa', 1, 'gmx::ForceBuffersView']]],
│ │ │ │ │ ['forceoutput_2eh_203', ['forceoutput.h', ['../forceoutput_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['forceoutputs_204', ['forceoutputs', ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml#abd589c42af0e81e787dd76f03d020187', 1, 'gmx::ForceOutputs::ForceOutputs()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml', 1, 'gmx::ForceOutputs']
│ │ │ │ │ + ['forceoutputs_204', ['forceoutputs', ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml', 1, 'gmx::ForceOutputs'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml#abd589c42af0e81e787dd76f03d020187', 1, 'gmx::ForceOutputs::ForceOutputs()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ - ['forceparam_205', ['forceparam', ['../classInteractionOfType.xhtml#a9377381fa12dd22697c3e1b256cd8cf3', 1, 'InteractionOfType::forceParam() const'],
│ │ │ │ │ - ['../classInteractionOfType.xhtml#a6baea034eb73978879f0a9d1fe80d938', 1, 'InteractionOfType::forceParam()']
│ │ │ │ │ + ['forceparam_205', ['forceparam', ['../classInteractionOfType.xhtml#a6baea034eb73978879f0a9d1fe80d938', 1, 'InteractionOfType::forceParam()'],
│ │ │ │ │ + ['../classInteractionOfType.xhtml#a9377381fa12dd22697c3e1b256cd8cf3', 1, 'InteractionOfType::forceParam() const']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['forceproviderinput_206', ['forceproviderinput', ['../classgmx_1_1ForceProviderInput.xhtml#a2f7907d0aae391014935b848ac4f3561', 1, 'gmx::ForceProviderInput::ForceProviderInput()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceProviderInput.xhtml', 1, 'gmx::ForceProviderInput']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['forceprovideroutput_207', ['forceprovideroutput', ['../classgmx_1_1ForceProviderOutput.xhtml#a462f088782c665aa46acd9a7492853df', 1, 'gmx::ForceProviderOutput::ForceProviderOutput()'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceProviderOutput.xhtml', 1, 'gmx::ForceProviderOutput']
│ │ │ │ │ ]],
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│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -83,16 +83,16 @@
│ │ │ │ │ ['referencecoordinates_55', ['referenceCoordinates', ['../structt__oriresdata.xhtml#af77d3bc2cdec9b240c667f8075237a8a', 1, 't_oriresdata']]],
│ │ │ │ │ ['referencetemperaturecallback_56', ['ReferenceTemperatureCallback', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga00d43387a13cded843d155f43add55f2', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['refid_57', ['refid', ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#a36f6687375c680532b55396ac1d2dc5e', 1, 'gmx_ana_indexmap_t::refid'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a927c30a6001be41a8af890006c40bac0', 1, 'gmx::SelectionPosition::refId()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['refids_58', ['refIds', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a14558d886a11842e39a1f93dfd1db358', 1, 'gmx::Selection']]],
│ │ │ │ │ ['refindex_59', ['refIndex', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodPair.xhtml#a713650494eafbd30a66902c2971f16fe', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodPair']]],
│ │ │ │ │ - ['register_2ecpp_60', ['register.cpp', ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ - ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ + ['register_2ecpp_60', ['register.cpp', ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'],
│ │ │ │ │ + ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['register_2eh_61', ['register.h', ['../register_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['registeranalysisdataset_62', ['registerAnalysisDataset', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#a86b3b5cd87518e988e8b5452b39a3ad1', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule']]],
│ │ │ │ │ ['registerbasicdataset_63', ['registerBasicDataset', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#ad946d2af4c8e284ef349f2cd816495bb', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule']]],
│ │ │ │ │ ['registerdomdeccallback_64', ['registerDomDecCallback', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gafbccf39923b2a69b05bc61d185671e47', 1, 'gmx::IDomDecHelperClient']]],
│ │ │ │ │ ['registerenergycallback_65', ['registerEnergyCallback', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gaf0c4df1d5e6640192354e47e19d66021', 1, 'gmx::IEnergySignallerClient']]],
│ │ │ │ │ ['registerlaststepcallback_66', ['registerLastStepCallback', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gaa6daae642dd3763973e4581f0a9f820c', 1, 'gmx::ILastStepSignallerClient']]],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_17.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -2,29 +2,29 @@
│ │ │ │ │ ['u_0', ['u', ['../structt__pargs.xhtml#a9896c617087886506822e9a67795e651', 1, 't_pargs']]],
│ │ │ │ │ ['uint8_1', ['uInt8', ['../namespacegmx.xhtml#a4355a7e0f393d42cbb5b2a47aefea966ab0cffa75aa037e628ccfdf46bcc086ac', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['uniformintdistribution_2', ['uniformintdistribution', ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a09808fada94acf89dc12c30310afaeda', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::UniformIntDistribution(const param_type &param)'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a790697adc208c8ecf2e9164ea00cf24b', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::UniformIntDistribution(result_type a=0, result_type b=std::numeric_limits< result_type >::max())'],
│ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml', 1, 'gmx::UniformIntDistribution< IntType >']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['uniformintdistribution_2eh_3', ['uniformintdistribution.h', ['../uniformintdistribution_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ - ['uniformrealdistribution_4', ['uniformrealdistribution', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a8a58a25b5bc17882dfc3671530d1aad3', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution()'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx::UniformRealDistribution< RealType >'],
│ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#abf980964b1ce2f1fade69a0578b25e33', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution()']
│ │ │ │ │ + ['uniformrealdistribution_4', ['uniformrealdistribution', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx::UniformRealDistribution< RealType >'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a8a58a25b5bc17882dfc3671530d1aad3', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution(const param_type &param)'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#abf980964b1ce2f1fade69a0578b25e33', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution(result_type a=0.0, result_type b=1.0)']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_2eh_5', ['uniformrealdistribution.h', ['../uniformrealdistribution_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_3c_20real_20_3e_6', ['UniformRealDistribution< real >', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['unique_5fcptr_7', ['unique_cptr', ['../namespacegmx.xhtml#a89d1da25b1e1f9331f1fe99b15072eac', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['unique_5fcptr_2eh_8', ['unique_cptr.h', ['../unique__cptr_8h.xhtml', 1, '']]],
│ │ │ │ │ ['unitcelliscompact_9', ['UnitCellIsCompact', ['../namespacegmx.xhtml#ae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9ad4d785ddf0c77e7b697efd2b5ec376e1', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['unitcellisrectangular_10', ['UnitCellIsRectangular', ['../namespacegmx.xhtml#ae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a8e7bda81ce54b8cf90c3b856c83e7d9f', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['unitcellistriclinic_11', ['UnitCellIsTriclinic', ['../namespacegmx.xhtml#ae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a99285c8187fb87e756f127435045dc3f', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['unitcelltype_12', ['UnitCellType', ['../namespacegmx.xhtml#af897bff42be729e6eaf3c4dc6e199722', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['unitcelltypenames_13', ['unitCellTypeNames', ['../namespacegmx.xhtml#ae81efb97e81499b750d906d26a29ce18', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ - ['unitvector_14', ['unitvector', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a2fc805de143df5ecfe38f2cb50d84e6c', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'],
│ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a53215047e2f488dfbf48164090c07b40', 1, 'gmx::unitVector(const VectorType &v)']
│ │ │ │ │ + ['unitvector_14', ['unitvector', ['../namespacegmx.xhtml#a53215047e2f488dfbf48164090c07b40', 1, 'gmx::unitVector()'],
│ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a2fc805de143df5ecfe38f2cb50d84e6c', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()']
│ │ │ │ │ ]],
│ │ │ │ │ ['unity_15', ['Unity', ['../namespacegmx.xhtml#ab0ad78613a262a1d4fcce5d18525099fa82dd98f1d663acc318e6a8ec4ab69b7a', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['unknown_16', ['Unknown', ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['unpackrecvbufkernel_17', ['unpackRecvBufKernel', ['../namespacegmx.xhtml#a704128fa72f8ce7dcf08d0063a166036', 1, 'gmx']]],
│ │ │ │ │ ['unpaddedarrayref_18', ['unpaddedArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ad5b878ca7749f5b8f52e006269fbfc2f', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]],
│ │ │ │ │ ['unpaddedconstarrayref_19', ['unpaddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a2c3f73497c6bc71264ae1af84b6522ae', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]],
│ │ │ │ │ ['unset_20', ['Unset', ['../md__enums_8h.xhtml#a1df3eedfba9424ae3e518284a453d95cac9f88e098f6fe4e4e112eeb05ccb9671', 1, 'md_enums.h']]],
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/index.xml.gz
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│ │ │ │ │ │┄ Ordering differences only
│ │ │ │ │ │ @@ -76316,19 +76316,19 @@
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│ │ │ │ │ │ - <name>arraydata.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="analysisdata_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>analysisdata.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2arraydata_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>arraydata.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2analysisdata_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>analysisdata.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="dataframe_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>dataframe.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="datamodule_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>datamodule.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ @@ -76349,95 +76349,83 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="datastorage_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>datastorage.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="framelocaldata_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>framelocaldata.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="modules_2average_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>average.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2average_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>average.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="displacement_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>displacement.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="frameaverager_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>frameaverager.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="frameaverager_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>frameaverager.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="modules_2histogram_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>histogram.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2histogram_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>histogram.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="modules_2lifetime_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>lifetime.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2lifetime_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>lifetime.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="plot_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>plot.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="paralleloptions_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>paralleloptions.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="analysisdata_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>analysisdata.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="arraydata_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>arraydata.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2analysisdata_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>analysisdata.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2arraydata_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>arraydata.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="modules_2average_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>average.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2average_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>average.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="datatest_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>datatest.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="datatest_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>datatest.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="modules_2histogram_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>histogram.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2histogram_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>histogram.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="modules_2lifetime_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>lifetime.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2lifetime_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>lifetime.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="mock__datamodule_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>mock_datamodule.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="mock__datamodule_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>mock_datamodule.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="awh_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>awh.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="awh_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>awh.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="bias_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>bias.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2bias_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>bias.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="bias_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>bias.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="biasgrid_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>biasgrid.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="biasparams_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>biasparams.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="biasparams_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>biasparams.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="biassharing_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>biassharing.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2biassharing_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>biassharing.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="biassharing_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>biassharing.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="biasstate_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>biasstate.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="biaswriter_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ @@ -76493,23 +76481,35 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="awh__setup_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>awh_setup.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="awh__setup_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>awh_setup.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="bias_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>bias.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2bias_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>bias.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="bias__fep__lambda__state_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>bias_fep_lambda_state.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="biasgrid_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>biasgrid.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2biasgrid_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>biasgrid.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="biassharing_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>biassharing.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2biassharing_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>biassharing.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="biasstate_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>biasstate.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2biasstate_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>biasstate.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="friction__metric_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ @@ -76541,20 +76541,14 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="colvarsMDModule_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>colvarsMDModule.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="colvarsMDModule__stub_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>colvarsMDModule_stub.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="colvarsoptions_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>colvarsoptions.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2colvarsoptions_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>colvarsoptions.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="colvarsoptions_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>colvarsoptions.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="colvarspreprocessor_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>colvarspreprocessor.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="colvarssimulationsparameters_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ @@ -76562,40 +76556,40 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="colvarssimulationsparameters_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>colvarssimulationsparameters.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="colvars_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>colvars.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="colvarsoptions_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>colvarsoptions.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2colvarsoptions_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>colvarsoptions.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="colvarspreprocessor_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>colvarspreprocessor.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2colvarspreprocessor_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>colvarspreprocessor.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="densityfitting_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>densityfitting.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="densityfittingamplitudelookup_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>densityfittingamplitudelookup.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2densityfittingamplitudelookup_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>densityfittingamplitudelookup.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="densityfittingamplitudelookup_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>densityfittingamplitudelookup.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="densityfittingforceprovider_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>densityfittingforceprovider.h</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="densityfittingforceprovider_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>densityfittingforceprovider.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="densityfittingoptions_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>densityfittingoptions.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2densityfittingforceprovider_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>densityfittingforceprovider.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2densityfittingoptions_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>densityfittingoptions.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="densityfittingforceprovider_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>densityfittingforceprovider.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="densityfittingoptions_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>densityfittingoptions.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="densityfittingoutputprovider_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>densityfittingoutputprovider.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ @@ -76610,29 +76604,41 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="densityfitting_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>densityfitting.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2densityfitting_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>densityfitting.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="densityfittingforceprovider_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>densityfittingforceprovider.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="densityfittingamplitudelookup_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>densityfittingamplitudelookup.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2densityfittingforceprovider_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>densityfittingforceprovider.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2densityfittingamplitudelookup_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>densityfittingamplitudelookup.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="densityfittingoptions_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>densityfittingoptions.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2densityfittingoptions_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>densityfittingoptions.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="electricfield_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>electricfield.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2electricfield_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>electricfield.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="electricfield_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>electricfield.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="nnpot_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>nnpot.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2nnpot_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>nnpot.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="nnpot_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>nnpot.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="nnpotforceprovider_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>nnpotforceprovider.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2nnpotforceprovider_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ @@ -76643,38 +76649,32 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="nnpotforceprovider__stub_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>nnpotforceprovider_stub.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="nnpotmodel_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>nnpotmodel.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="nnpotoptions_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>nnpotoptions.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2nnpotoptions_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>nnpotoptions.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="nnpotoptions_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>nnpotoptions.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="nnpottopologypreprocessor_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>nnpottopologypreprocessor.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2nnpottopologypreprocessor_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>nnpottopologypreprocessor.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="nnpottopologypreprocessor_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>nnpottopologypreprocessor.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="nnpot_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>nnpot.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2nnpot_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>nnpot.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="nnpotoptions_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>nnpotoptions.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2nnpotoptions_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>nnpotoptions.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="torchmodel_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>torchmodel.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="torchmodel_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>torchmodel.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="plumedforceprovider_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ @@ -76754,79 +76754,79 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="plumedTestUtils_8cpp_1a3afda5ad9d6235fca464c3b0cb422e81" kind="define">
│ │ │ │ │ │ <name>__PLUMED_HAS_DLOPEN</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="plumedTestUtils_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>plumedTestUtils.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="qmmm_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>qmmm.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2qmmm_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>qmmm.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="qmmm_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>qmmm.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="qmmmforceprovider_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>qmmmforceprovider.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2qmmmforceprovider_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>qmmmforceprovider.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="qmmmforceprovider_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>qmmmforceprovider.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="qmmmforceprovider__stub_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>qmmmforceprovider_stub.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="qmmminputgenerator_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>qmmminputgenerator.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="qmmmoptions_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>qmmmoptions.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="qmmmtopologypreprocessor_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>qmmmtopologypreprocessor.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2qmmmtopologypreprocessor_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>qmmmtopologypreprocessor.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="qmmmtopologypreprocessor_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>qmmmtopologypreprocessor.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="qmmmtypes_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>qmmmtypes.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="qmmm_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>qmmm.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2qmmm_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>qmmm.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="qmmmforceprovider_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>qmmmforceprovider.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2qmmmforceprovider_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>qmmmforceprovider.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="qmmminputgenerator_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>qmmminputgenerator.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2qmmminputgenerator_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>qmmminputgenerator.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="qmmmoptions_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>qmmmoptions.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2qmmmoptions_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>qmmmoptions.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="qmmmtopologypreprocessor_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>qmmmtopologypreprocessor.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2qmmmtopologypreprocessor_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>qmmmtopologypreprocessor.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="cmdlinehelpcontext_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>cmdlinehelpcontext.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="cmdlinehelpcontext_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>cmdlinehelpcontext.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="cmdlinehelpmodule_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>cmdlinehelpmodule.h</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="cmdlinehelpmodule_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>cmdlinehelpmodule.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="cmdlinehelpwriter_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>cmdlinehelpwriter.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2cmdlinehelpmodule_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>cmdlinehelpmodule.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2cmdlinehelpwriter_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>cmdlinehelpwriter.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="cmdlinehelpmodule_8h" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="cmdlinehelpwriter_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>cmdlinehelpwriter.h</name>
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│ │ │ │ │ │ <name>add_suffix_to_output_names</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
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│ │ │ │ │ │ - <name>pargs.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="group__module__commandline_1ga0a74f7c7945af63c38f88e41b4313d58" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>nenum</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ <name>PCA_CAN_BEGIN</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -77084,19 +77054,19 @@
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="cmdlinemodulemanagertest_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>cmdlinemodulemanagertest.h</name>
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│ │ │ │ │ │ @@ -77159,14 +77129,44 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="group__module__commandline_1gaf48efa6fc3e0ba73fcca2634b991d481" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>add_suffix_to_output_names</name>
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│ │ │ │ │ │ + <name>nenum</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="group__module__commandline_1ga2ab323b1fe839d8675911091bcf7cf26" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ + <member refid="group__module__commandline_1ga5da29413f972652c840665204254ee83" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ + </member>
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│ │ │ │ │ │ + <member refid="group__module__commandline_1ga406d3a2398e332c6a3d139f64316bfa6" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ <name>canViewFileType</name>
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│ │ │ │ │ │ <name>numberOfPossibleFiles</name>
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│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="coordinatefileenums_8h" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ </compound>
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│ │ │ │ │ │ @@ -77234,14 +77240,20 @@
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│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="autocorr_8cpp_1a99fb83031ce9923c84392b4e92f956b5a6b76e7c24363b381b6ce46760fa5d05e" kind="enumvalue">
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="autocorr_8cpp_1a99fb83031ce9923c84392b4e92f956b5a33afc5230a7ca178fd16be2e8d0c79e1" kind="enumvalue">
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="autocorr_8cpp_1aa37e36f81330624944fe74dbf2fae518" kind="variable">
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="autocorr_8cpp_1a5b7826027fef61b286a2a6c6e7e02615" kind="variable">
│ │ │ │ │ │ - <name>acf</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="autocorr_8cpp_1ae902094ccffe99ee5e65f18316a45c0b" kind="variable">
│ │ │ │ │ │ - <name>Leg</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="autocorr_8cpp_1ac9aea735d8ca2f250d38416aecb6bbee" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>low_do_four_core</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="autocorr_8cpp_1a31962f60a4cacc06d974905180d537f2" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="autocorr_8cpp_1a415d5aa1ec90e0366c9754df28f3e180" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="autocorr_8cpp_1ac53da98a385ba51e429626625bdd07f0" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="autocorr_8cpp_1ae225e0667d9a6856ba697f31ecc40ade" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>norm_and_scale_vectors</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="autocorr_8cpp_1a4ae8fea2b75675da74a2c1962078d381" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="autocorr_8cpp_1a90153908d36e77fda644d11cfc95b5fd" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="autocorr_8cpp_1a432989a3b51095ed4fb0264152633459" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>low_do_autocorr</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="autocorr_8cpp_1afc2f3037d35ef085a7cbeb54f6f1f2ac" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>add_acf_pargs</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="autocorr_8cpp_1ae559575d61ab253f6f81ffbcb318dcd1" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>do_autocorr</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="autocorr_8cpp_1a6ffe718811a1de496d0d03c2110907ca" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>get_acfnout</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="autocorr_8cpp_1ae8203eca8a282a6a6c3193eb7434e740" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>get_acffitfn</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2autocorr_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>autocorr.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="autocorr_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>autocorr.h</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="autocorr_8h_1ac286f7100cec1b937d55710988ae68ed" kind="define">
│ │ │ │ │ │ <name>eacNormal</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="autocorr_8h_1a19575f12ab2de3575d91455dc15b3fce" kind="define">
│ │ │ │ │ │ <name>eacCos</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -77657,14 +77591,23 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="integrate_8h_1a6efd3fb6110b8a9030675e2190993233" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>print_and_integrate</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="integrate_8h_1a38e20dac9ec9e663be10d6c3668d1cbc" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>evaluate_integral</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="manyautocorrelation_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>manyautocorrelation.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="manyautocorrelation_8cpp_1ad3b9966ff6279f6316c3c898e31f0dee" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>many_auto_correl</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2manyautocorrelation_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>manyautocorrelation.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="manyautocorrelation_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>manyautocorrelation.h</name>
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│ │ │ │ │ │ <member refid="checkpoint_8h_1a06c41f89c137b533bf730a92a01ed125" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ <member refid="genrestr_8h_1a7dd6a5abe3df85f079b33ae2f2fc0511" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="gmxcpp_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ @@ -90629,14 +90074,23 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="gmxcpp_8h_1a9927ed498f6afa10dbb75b5dac721487" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>cpp_error</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
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│ │ │ │ │ │ - <name>calcPosresCom</name>
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│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2gmxpreprocess_2grompp_8cpp_1abf49f1a613ed3f5e0300fcf21e570f58" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>gmx_grompp</name>
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│ │ │ │ │ │ <member refid="hizzie_8h_1ad6b814c4d960705e883d310a16052162" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ + <member refid="insert__molecules_8cpp_1afb167a33d6f304f452de0183f0dc19e3" kind="variable">
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│ │ │ │ │ │ <name>print_resall</name>
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│ │ │ │ │ │ + <member refid="solvate_8cpp_1a796ba2efb645a93a7eec5fe232fd6d23" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ + <member refid="solvate_8cpp_1a7d26b6109ee27ace95e17c74708785aa" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ + <member refid="solvate_8cpp_1af65b3ad1749f4e133c73f169fd077e5d" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ + <member refid="solvate_8cpp_1ad4104480307f22a6f0c1374c9a7e7870" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ <member refid="solvate_8h_1a455eb9d4dd00278b9c05c9aaacc81ad6" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ <name>filter_ter</name>
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│ │ │ │ │ │ <name>choose_ter</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>convparm.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="convparm_8cpp_1afcbb621f42dd404d755889586608e0cb" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ + <name>editconf.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="editconf_8cpp_1ab70d4725699c0935e4847676027e7820" kind="define">
│ │ │ │ │ │ + <name>NPA</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="convparm_8cpp_1a8ff8fcbe6ff15a6dfa1565a2cff5c07c" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>set_ljparams</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="editconf_8cpp_1a8485f4e81de2537e6a0935626167a775" kind="define">
│ │ │ │ │ │ + <name>NFILE</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="convparm_8cpp_1a8eba9d3de3d2622ea37512003116365e" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>assign_param</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="editconf_8cpp_1a38ee046e27d6491e61b2012c65581607" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>calc_mass</name>
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="convparm_8cpp_1ab7ae27970184042a7b31d25cd5533521" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>enter_params</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="editconf_8cpp_1a8a975d712753737b20f3afa3f7d61747" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ - <name>append_interaction</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>enter_function</name>
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│ │ │ │ │ │ </member>
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│ │ │ │ │ │ - <name>convertInteractionsOfType</name>
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│ │ │ │ │ │ + <name>set_pdb_conf_bfac</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="editconf_8cpp_1afdba71eabcffba604feeaac044086614" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>pdb_legend</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="editconf_8cpp_1a7bde7a0e244468e79890c2dea9699105" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>visualize_images</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="editconf_8cpp_1ad7de6e9d8031e7a850de33e06750f993" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>visualize_box</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="editconf_8cpp_1ae75d224efa73d7c06756d4e258b907f0" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>calc_rotmatrix</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="editconf_8cpp_1a0574a5727dc7f2a0c7f905c4281aa283" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>renum_resnr</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="editconf_8cpp_1aac7d76da29a5aa9d25ad34662c59bcea" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>gmx_editconf</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2convparm_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>convparm.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2editconf_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>editconf.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="genconf_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>genconf.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="genconf_8cpp_1a8485f4e81de2537e6a0935626167a775" kind="define">
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="genion_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>genion.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="genion_8cpp_1a8485f4e81de2537e6a0935626167a775" kind="define">
│ │ │ │ │ │ <name>NFILE</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="genconf_8cpp_1a22f27a20d6a7f343aa7298a4883864ab" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>rand_rot</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="genion_8cpp_1a34d5f00766619bdb7693dc6903c10a76" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>groupsCloserThanCutoffWithPbc</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="genconf_8cpp_1a1871b9d701e329734f0bb8b82b16ab09" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>gmx_genconf</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="genion_8cpp_1a9620908c96f01a54de6801be59e81960" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>solventMoleculeIndices</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="genion_8cpp_1ad0e4fca72d0601f69f79b1950ce02008" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>insert_ion</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="genion_8cpp_1a592b661f8e6a4fc3120cc7b459226a8f" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>aname</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="genion_8cpp_1a9ebc45f9635d35efc7b1d2fb36642330" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>sort_ions</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="genion_8cpp_1a0c1156ade60e4ab57ba686e75364f09f" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>update_topol</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="genion_8cpp_1a712596338c1cb9bbb5d950530125ed57" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>invertIndexGroup</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="genion_8cpp_1a0029a4995091766f1b6f8bc43a9545ae" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>gmx_genion</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2genconf_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>genconf.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2genion_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>genion.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="gpp__atomtype_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>gpp_atomtype.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gpp__atomtype_8cpp_1a2ab48fac86e5c852d32e3b9703002843" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>search_atomtypes</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="genrestr_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>genrestr.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="genrestr_8cpp_1a991ca54733f8b2ab497f259dece78179" kind="define">
│ │ │ │ │ │ + <name>npargs</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="genrestr_8cpp_1a8485f4e81de2537e6a0935626167a775" kind="define">
│ │ │ │ │ │ + <name>NFILE</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="genrestr_8cpp_1a7dd6a5abe3df85f079b33ae2f2fc0511" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>gmx_genrestr</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2gpp__atomtype_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>gpp_atomtype.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2genrestr_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>genrestr.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="gpp__bond__atomtype_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>gpp_bond_atomtype.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2gpp__bond__atomtype_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>gpp_bond_atomtype.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="grompp__directives_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>grompp_directives.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="insert__molecules_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>insert_molecules.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="insert__molecules_8cpp_1a2c7700557eccb4d31ef2c21fc354e31d" kind="enum">
│ │ │ │ │ │ - <name>RotationType</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="insert__molecules_8cpp_1a2c7700557eccb4d31ef2c21fc354e31dae65075d550f9b5bf9992fa1d71a131be" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ - <name>XYZ</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="insert__molecules_8cpp_1a2c7700557eccb4d31ef2c21fc354e31da21c2e59531c8710156d34a3c30ac81d5" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ - <name>Z</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="insert__molecules_8cpp_1a2c7700557eccb4d31ef2c21fc354e31da6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ - <name>None</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="insert__molecules_8cpp_1a2c7700557eccb4d31ef2c21fc354e31dae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ - <name>Count</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="insert__molecules_8cpp_1afb167a33d6f304f452de0183f0dc19e3" kind="variable">
│ │ │ │ │ │ - <name>c_rotationTypeNames</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="insert__molecules_8cpp_1a84bff43823fda0e3866a54c3c5f7cf7f" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>center_molecule</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tomorse_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>tomorse.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="tomorse_8cpp_1a49f9ac0e0b195dafac44f351d83be82c" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>read_dissociation_energies</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="insert__molecules_8cpp_1a68d664a59971a52d7f958e6c936bc1ad" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>generate_trial_conf</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="tomorse_8cpp_1a91e540f22f3a8a313122518d3f3b7410" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>nequal</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="insert__molecules_8cpp_1a77e7cdb7f79eb11a941af7630e7394a1" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>isInsertionAllowed</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="tomorse_8cpp_1aaa0ec48841102f0ed7c10d8f4cdf2d06" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>search_e_diss</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="insert__molecules_8cpp_1a6cfda6d1753fa4b4713242bfee5b9d72" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>insert_mols</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="tomorse_8cpp_1a2ce5bfd86cd943ae5baa72962c79585a" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>convert_harmonics</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2insert__molecules_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>insert_molecules.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="solvate_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>solvate.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="solvate_8cpp_1a8485f4e81de2537e6a0935626167a775" kind="define">
│ │ │ │ │ │ - <name>NFILE</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="solvate_8cpp_1a796ba2efb645a93a7eec5fe232fd6d23" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>sort_molecule</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="solvate_8cpp_1aa6b5d5c072fdb10c595058cb5391945f" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>rm_res_pbc</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="solvate_8cpp_1a7d26b6109ee27ace95e17c74708785aa" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>replicateSolventBox</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="solvate_8cpp_1a044979f032705894fdcd99296c7728c3" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>removeSolventBoxOverlap</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="solvate_8cpp_1af65b3ad1749f4e133c73f169fd077e5d" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>removeSolventOutsideShell</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="solvate_8cpp_1ad4104480307f22a6f0c1374c9a7e7870" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>removeSolventOverlappingWithSolute</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="solvate_8cpp_1aa09a33d876ff90e57e6f5f80462749f9" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>removeExtraSolventMolecules</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="solvate_8cpp_1a136dcaa996fc7900a54a1c6a20db392e" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>add_solv</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="solvate_8cpp_1aa203e60ce9cba1b23a3c2477abf906b9" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>update_top</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="solvate_8cpp_1a455eb9d4dd00278b9c05c9aaacc81ad6" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>gmx_solvate</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tomorse_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>tomorse.h</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="tomorse_8h_1a2ce5bfd86cd943ae5baa72962c79585a" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>convert_harmonics</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2solvate_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>solvate.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2topdirs_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>topdirs.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="topdirs_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>topdirs.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="topdirs_8cpp_1a71dd50e50b9b14886d041f466048841f" kind="enum">
│ │ │ │ │ │ <name>DeprecatedDirectives</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -91901,35 +91307,14 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="topdirs_8cpp_1ac7319c2107ed153afacfc2c707aa9a1b" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>DS_Search</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="topdirs_8cpp_1ad4c8fd4cc14cd62151bb6b149038cfb2" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>DS_Check_Order</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tomorse_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>tomorse.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="tomorse_8cpp_1a49f9ac0e0b195dafac44f351d83be82c" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>read_dissociation_energies</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="tomorse_8cpp_1a91e540f22f3a8a313122518d3f3b7410" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>nequal</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="tomorse_8cpp_1aaa0ec48841102f0ed7c10d8f4cdf2d06" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>search_e_diss</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="tomorse_8cpp_1a2ce5bfd86cd943ae5baa72962c79585a" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>convert_harmonics</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tomorse_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>tomorse.h</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="tomorse_8h_1a2ce5bfd86cd943ae5baa72962c79585a" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>convert_harmonics</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="topdirs_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>topdirs.h</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="topdirs_8h_1a742010a2348e265ddaa0b9ee879abd94" kind="enum">
│ │ │ │ │ │ <name>Directive</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="topdirs_8h_1a742010a2348e265ddaa0b9ee879abd94a207894b5945342926a356d70c263bfe1" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ <name>d_defaults</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -92558,20 +91943,14 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="device__stream__hip_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>device_stream_hip.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="device__stream__hip_8cpp_1a58108380208933afeae64749e1aec3ea" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>issueClFlushInStream</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="device__stream__manager_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>device_stream_manager.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2device__stream__manager_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>device_stream_manager.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="device__stream__manager_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>device_stream_manager.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="device__stream__ocl_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>device_stream_ocl.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="device__stream__ocl_8cpp_1ab205e2ed9bd8ee2182dd6ec5ab106eb4" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>issueClFlushInStream</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -93251,14 +92630,20 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="device__availability_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>device_availability.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="device__buffer_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>device_buffer.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="device__stream__manager_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>device_stream_manager.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2device__stream__manager_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>device_stream_manager.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="devicetransfers_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>devicetransfers.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="devicetransfers_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>devicetransfers.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="devicetransfers__hip_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ @@ -94124,14 +93509,32 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="sparsematrix_8cpp_1ac3c58041a48f0f821ef71da0d6fbe0fd" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>gmx_sparsematrix_compress</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="sparsematrix_8cpp_1ab40559ebd7a3776e2eee14084687b406" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>gmx_sparsematrix_vector_multiply</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="bonded_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>bonded.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="bonded_8cpp_1a59c50b0351a0f40c27aa54bfc04e67b9" kind="variable">
│ │ │ │ │ │ + <name>c_bondedKernelFlavorStrings</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
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│ │ │ │ │ │ <name>ForcesSimdWhenAvailable</name>
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│ │ │ │ │ │ <name>manage_threading.h</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="manage__threading_8h_1a53cbbeac7f25beebc5e0d330faf9b99a" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ - <name>extendStateWithOriresHistory</name>
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2listed__forces_2orires_8cpp_1abc65ee6ebe3564f33fe99c2fdad0e2e8" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>diagonalize_orires_tensors</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2listed__forces_2orires_8cpp_1a558c2a0b81d1976025f8f0efd51af375" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2listed__forces_2orires_8cpp_1af640ad43880fdfefd15ff0973179ce02" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ <name>extendStateWithOriresHistory</name>
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│ │ │ │ │ │ <member refid="orires_8h_1a2b16a53b629c7226f966c3c75791e8c9" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>calc_orires_dev</name>
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│ │ │ │ │ │ <name>compute_factors_restrdihs</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="restcbt_8h_1a96465d7ce23b11c49d9ae466eb68b179" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>compute_factors_cbtdihs</name>
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│ │ │ │ │ │ </compound>
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│ │ │ │ │ │ - <name>c_bondedKernelFlavorStrings</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="bonded_8cpp_1aa5ccd16bc6fca5281ec8404a2fb64037" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="bonded_8cpp_1abd8025bf61c1e8168c1b7c1505431cb9" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>nrnbIndex</name>
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│ │ │ │ │ │ <member refid="position__restraints_8cpp_1a1c4990a93b04b1744b635492a3be9c22" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="position__restraints_8cpp_1a4e01c646def2d038cc374a83bf721751" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>posres_wrapper_lambda</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -94481,14 +93845,59 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="position__restraints_8cpp_1a49ca1c053c4bd609b84cc739e9df0bfa" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>fbposres_wrapper</name>
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2position__restraints_8cpp" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ + <member refid="api_2legacy_2include_2gromacs_2math_2utilities_8h_1a1ec29a11264be6ff399bb9409b7e6e69" kind="enum">
│ │ │ │ │ │ + <name>MathOptimization</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="api_2legacy_2include_2gromacs_2math_2utilities_8h_1a1ec29a11264be6ff399bb9409b7e6e69ac6eea0560cd6f377e78dff2c85cc9122" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>Safe</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="api_2legacy_2include_2gromacs_2math_2utilities_8h_1a1ec29a11264be6ff399bb9409b7e6e69ad3d57868b6ff9839eff631d2cc8acbce" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>Unsafe</name>
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│ │ │ │ │ │ + <member refid="api_2legacy_2include_2gromacs_2math_2utilities_8h_1a7afe8845680ffc6114c5c9e2ad8b2b2f" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ + </member>
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│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="api_2legacy_2include_2gromacs_2math_2utilities_8h_1af6675d24ca9e67e919812680ee2d0ea9" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="api_2legacy_2include_2gromacs_2math_2utilities_8h_1a193723fbd35bf265e210c8bff4228412" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="api_2legacy_2include_2gromacs_2math_2utilities_8h_1aedcd399b089c89c5859f3f1aaadfd8cd" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>gmxShouldEnableFPExceptions</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="src_2gromacs_2listed__forces_2utilities_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>utilities.h</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="src_2gromacs_2listed__forces_2utilities_8h_1aba08e75fc4e249fb9ee806cf08781ff5" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>ftypeIsListedPotential</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="src_2gromacs_2listed__forces_2utilities_8h_1a02435a07d79c82f6d260d8a2dcc82b90" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>ftype_is_bonded_potential</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="src_2gromacs_2mimic_2utilities_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>utilities.h</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="src_2gromacs_2mimic_2utilities_8h_1ac8c92f4d2b6d6276c25ae95682de13aa" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>genQmmmIndices</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="3dtransforms_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>3dtransforms.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="3dtransforms_8cpp_1a0240ac851181b84ac374872dc5434ee4" kind="define">
│ │ │ │ │ │ <name>N</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="3dtransforms_8cpp_1aba548083baf78d5645b0f083def8658c" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>gmx_mat4_copy</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -94511,20 +93920,14 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="3dtransforms_8cpp_1a5644ccc2ea40e66febf9c9d9a080f835" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>gmx_mat4_print</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="3dtransforms_8cpp_1a756743e383efb2ae716f895fe3ea1e3d" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>gmx_vec4_print</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="densityfit_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>densityfit.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2densityfit_8cpp" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2densityfittingforce_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>densityfittingforce.cpp</name>
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="do__fit_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ @@ -94556,14 +93959,26 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="do__fit_8cpp_1a8b81550df594bffb9e3e65cf604c9267" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>reset_x_ndim</name>
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│ │ │ │ │ │ <member refid="do__fit_8cpp_1a93bccc9720b471d0a9cd62ed72a970ac" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>reset_x</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
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│ │ │ │ │ │ + <name>exponentialmovingaverage.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2exponentialmovingaverage_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>exponentialmovingaverage.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
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│ │ │ │ │ │ + </compound>
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│ │ │ │ │ │ + <name>functions.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="3dtransforms_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>3dtransforms.h</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="3dtransforms_8h_1a7cd92fc1ac4aeb2dc1d8e50bf61e661e" kind="define">
│ │ │ │ │ │ <name>WW</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="3dtransforms_8h_1a6a41fa5ed8bfdf8468a9554d6b1f450c" kind="typedef">
│ │ │ │ │ │ <name>vec4</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -94736,19 +94151,19 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="vecdump_8h_1a6d924c37256aba65e5067df0647d6a65" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>pr_rvecs</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="vecdump_8h_1a59dda941f52b146e8fd6aee4a7560d25" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>prRVecs</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="invertmatrix_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>invertmatrix.cpp</name>
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│ │ │ │ │ │ + <name>neldermead.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2invertmatrix_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>invertmatrix.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2neldermead_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>neldermead.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="nrjac_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>nrjac.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="nrjac_8cpp_1a6d6cb647c2567a5697787f3220473eb1" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>do_rotate</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="nrjac_8cpp_1ae0b8142935e3a21104a6a44011de071b" kind="function">
│ │ │ │ │ │ @@ -94781,35 +94196,35 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="coordinatetransformation_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>coordinatetransformation.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2coordinatetransformation_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>coordinatetransformation.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="dofit_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>dofit.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="exponentialmovingaverage_8cpp" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2exponentialmovingaverage_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>exponentialmovingaverage.cpp</name>
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│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="functions_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>functions.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2densityfit_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>densityfit.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2functions_8cpp" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ + <name>dofit.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="gausstransform_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>gausstransform.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2gausstransform_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>gausstransform.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
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│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2invertmatrix_8cpp" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="linearalgebra_2matrix_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>matrix.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="linearalgebra_2matrix_8cpp_1acf3c0b0cb652c237d43ce39b2d3815a4" kind="define">
│ │ │ │ │ │ <name>DEBUG_MATRIX</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="linearalgebra_2matrix_8cpp_1ac5f4dfe020d9a79c3306a3aab9ad95c2" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>alloc_matrix</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -94835,29 +94250,50 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="math_2tests_2matrix_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>matrix.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="multidimarray_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>multidimarray.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="neldermead_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>neldermead.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2neldermead_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>neldermead.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="paddedvector_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>paddedvector.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
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│ │ │ │ │ │ <name>testarrayrefs.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="vectypes_8cpp" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="math_2utilities_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>utilities.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="math_2utilities_8cpp_1a7afe8845680ffc6114c5c9e2ad8b2b2f" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>gmx_within_tol</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="math_2utilities_8cpp_1a9273cc4767e2ed010fa467146b4dae1b" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>gmx_numzero</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="math_2utilities_8cpp_1a9725aef965535877de71f30fb100ebb1" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>check_int_multiply_for_overflow</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="math_2utilities_8cpp_1af6675d24ca9e67e919812680ee2d0ea9" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>gmx_feenableexcept</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="math_2utilities_8cpp_1a193723fbd35bf265e210c8bff4228412" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>gmx_fedisableexcept</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="math_2utilities_8cpp_1aedcd399b089c89c5859f3f1aaadfd8cd" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>gmxShouldEnableFPExceptions</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="mimic_2utilities_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>utilities.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="mimic_2utilities_8cpp_1ac8c92f4d2b6d6276c25ae95682de13aa" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>genQmmmIndices</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="veccompare_8cpp" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ - <name>computeEffectiveAtomDensity</name>
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a4624143f4e06669a7a956eeb38f8094f" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>getForceDerivatives</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>pressureError</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>calcVerletBufferSize</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a1a97c568437252f618967eaf4e12b4f7" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>verletBufferPressureError</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ - <name>minCellSizeFromPairlistBuffer</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ - <name>chanceOfAtomCrossingCell</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ - <name>getAtomConstraintProps</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>chanceOfUpdateGroupCrossingCell</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ - <name>chanceOfUpdateGroupCrossingCell</name>
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a9a05b6ec12bf1576a3d79072c3c06e0a" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>minCellSizeForAtomDisplacement</name>
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│ │ │ │ │ │ <member refid="calcvir_8cpp_1a7fbc6150a900516fe08f3d1d78d10a3a" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>upd_vir</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="calcvir_8cpp_1ab782b5c8d1d54de0f2dc73816c34e69e" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>calc_x_times_f</name>
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│ │ │ │ │ │ <member refid="constrtestrunners_8h_1ae18dc737d962baeb9ec208574ff725a9" kind="define">
│ │ │ │ │ │ <name>GPU_CONSTRAINTS_SUPPORTED</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
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│ │ │ │ │ │ <name>constrtestrunners_gpu.cpp</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>energydrifttracker.cpp</name>
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│ │ │ │ │ │ + <name>ebin.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="ebin_8cpp_1ac12bac52fd1d34d837270bb685da4362" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>mk_ebin</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="ebin_8cpp_1a34e4fcb6892846757e2d0696150b9868" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>done_ebin</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="ebin_8cpp_1a8ce9fb2bc0ff647e46e27004f15d37d8" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>get_ebin_space</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="ebin_8cpp_1a0d2f222119cf01dde362e73e8cab24cc" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>add_ebin</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="ebin_8cpp_1aabfff7a7974e7cd2510d218026ad7763" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>add_ebin_indexed</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="ebin_8cpp_1a5a9a1c3a2803bfb618c59ba80a483eb8" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>ebin_increase_count</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="ebin_8cpp_1a9dccf9e8847ae2b7c90f1757f181edd3" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>reset_ebin_sums</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="ebin_8cpp_1a0e53b24a8f43d4ca9afcee637a2bf66a" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>pr_ebin</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2energydrifttracker_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>energydrifttracker.cpp</name>
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="energyoutput_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>energyoutput.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="energyoutput_8cpp_1ae702283029010214686db86ebefd064f" kind="variable">
│ │ │ │ │ │ <name>conrmsd_nm</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="energyoutput_8cpp_1af9a5df1cc0f79e30cd549d9390190ae8" kind="variable">
│ │ │ │ │ │ @@ -96878,62 +96320,35 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="settletestrunners_8h_1a1c3e3e64bd28ea88fa2ca78148f17e38" kind="define">
│ │ │ │ │ │ <name>GPU_SETTLE_SUPPORTED</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="settletestrunners__gpu_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>settletestrunners_gpu.cpp</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>shake.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
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│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2simulationsignal_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>simulationsignal.cpp</name>
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│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2updategroupscog_8cpp" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2updategroups_8cpp" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ - <name>updategroupscog.cpp</name>
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│ │ │ │ │ │ + <name>updategroups.cpp</name>
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="watersystem_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>watersystem.h</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>wholemoleculetransform.cpp</name>
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="tgroup_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>tgroup.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="tgroup_8cpp_1a929fa811913497707b0e6c26a9e5f90f" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>sum_ekin</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tgroup_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>tgroup.h</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="tgroup_8h_1a1bbff5a4b7ef479ab93618f4185ea77a" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>sum_ekin</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
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│ │ │ │ │ │ - <name>trajectory_writing.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdlib_2trajectory__writing_8cpp_1a4bea5f5cea08742a8c5fdeec55f76663" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>do_md_trajectory_writing</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
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│ │ │ │ │ │ <name>trajectory_writing.h</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="trajectory__writing_8h_1ac5103b82c853ff2f28708cd501568649" kind="enum">
│ │ │ │ │ │ <name>EkindataState</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="trajectory__writing_8h_1ac5103b82c853ff2f28708cd501568649ac61bd16b5a4b0116254f503c2a93947d" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ <name>NotUsed</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -97130,23 +96545,23 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="update__vv_8h_1a0651e9a62ab3f26c47a449c665ebe23a" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>integrateVVFirstStep</name>
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│ │ │ │ │ │ <member refid="update__vv_8h_1a73535f458b491a6e94ea3e7fec5146ff" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>integrateVVSecondStep</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2updategroups_8cpp" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="updategroupscog_8h" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ <name>vcm.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="vcm_8cpp_1ae28a47942148c5a7d3960cc7b88ce36d" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>enumValueToString</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -97217,14 +96632,20 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="wall_8h_1a1115ad539d487137add026c12f41ec0d" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>make_wall_tables</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="wall_8h_1af022aa180f9fc027e9a76597dc6364b6" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>do_walls</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
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│ │ │ │ │ │ + </compound>
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│ │ │ │ │ │ + </compound>
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│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="legacymdrunoptions_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ @@ -97250,110 +96671,17 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="membedholder_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>membedholder.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="membedholder_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>membedholder.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="gromacs_2mdrun_2mimic_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>mimic.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="programs_2mdrun_2tests_2mimic_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>mimic.cpp</name>
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│ │ │ │ │ │ - <compound refid="gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>minimize.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp_1a582991203d60046972a17f6c13e75834" kind="typedef">
│ │ │ │ │ │ - <name>em_state_t</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp_1af261d4a38f0f3fb248d2b19c32e285de" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>print_em_start</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp_1a86531642cc5248fd492d0ea16ebb9e38" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>em_time_end</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp_1a5e140c107e83745273ceaf34723462b6" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>sp_header</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp_1a361b6af6297e6bf489fe1e2190b9fa1a" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ - <name>print_converged</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp_1a3b0d6970428583789ac2d3866db0d311" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>get_f_norm_max</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp_1a23699473bd2831abaa740414edb895df" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>get_state_f_norm_max</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp_1a728851a65abcc1210e4201c9ed73c92c" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>init_em</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp_1a0c209570efe43a0eea4ea64e560a44f1" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>finish_em</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp_1a5e0bc03996fcf464597dabc54a7ac81b" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>write_em_traj</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp_1a110140afe658d2ca234147ae62c8e567" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>do_em_step</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>em_dd_partition_system</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ - <name>reorder_partsum</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp_1a11905527ebdf5178023ac299ade77c44" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>pr_beta</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="programs_2mdrun_2tests_2minimize_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>minimize.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
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│ │ │ │ │ │ <name>minimize.h</name>
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│ │ │ │ │ │ - <compound refid="gromacs_2mdrun_2replicaexchange_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>replicaexchange.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2replicaexchange_8cpp_1a4a056331eb6b07b989dba65973c4ebc9" kind="define">
│ │ │ │ │ │ - <name>MSRANK</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2replicaexchange_8cpp_1a4496671c16420f61b0fa515e22721327" kind="enum">
│ │ │ │ │ │ - <name>ReplicaExchangeType</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2replicaexchange_8cpp_1a4496671c16420f61b0fa515e22721327aee7a8e262285ed49ea1b4e4ae11525bd" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ - <name>Temperature</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2replicaexchange_8cpp_1a4496671c16420f61b0fa515e22721327a04a7da3c5b04cad85da1eebb92315b8b" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ - <name>Lambda</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2replicaexchange_8cpp_1a4496671c16420f61b0fa515e22721327a02f089ffaca3e8efe9b989c4f95312cf" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ - <name>EndSingle</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2replicaexchange_8cpp_1a4496671c16420f61b0fa515e22721327adb7ad77ed23f51a4458d9ecfbd66c394" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ - <name>TemperatureLambda</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2replicaexchange_8cpp_1a4496671c16420f61b0fa515e22721327ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ - <name>Count</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2mdrun_2replicaexchange_8cpp_1a2d93a4cbce2ecbf52299220907da5024" kind="variable">
│ │ │ │ │ │ - <name>c_probabilityCutoff</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>isMainSimMainRank</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>MathOptimization</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>Safe</name>
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="api_2legacy_2include_2gromacs_2math_2utilities_8h_1a1ec29a11264be6ff399bb9409b7e6e69ad3d57868b6ff9839eff631d2cc8acbce" kind="enumvalue">
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="api_2legacy_2include_2gromacs_2math_2utilities_8h_1a7afe8845680ffc6114c5c9e2ad8b2b2f" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>gmx_within_tol</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>gmx_numzero</name>
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="api_2legacy_2include_2gromacs_2math_2utilities_8h_1af6675d24ca9e67e919812680ee2d0ea9" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ - <name>gmxShouldEnableFPExceptions</name>
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="src_2gromacs_2listed__forces_2utilities_8h_1a02435a07d79c82f6d260d8a2dcc82b90" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>ftype_is_bonded_potential</name>
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="src_2gromacs_2mimic_2utilities_8h_1ac8c92f4d2b6d6276c25ae95682de13aa" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>genQmmmIndices</name>
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│ │ │ │ │ │ <name>epruneRolling</name>
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│ │ │ │ │ │ <member refid="nbnxm__ocl__types_8h_1ac25d3305b20adbcba038d1b0c71c9787af63fe644ad195c8f8b61837b6426c701" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ <name>ePruneNR</name>
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│ │ │ │ │ │ - <compound refid="pairlist_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>pairlist.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="pairlist_8cpp_1ad2c916f0430c8d399b770b199b7f627d" kind="define">
│ │ │ │ │ │ - <name>PRUNE_LIST_CPU_ONE</name>
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="pairlist_8cpp_1af0cdf2cec51c5eb2f62d3ce6cf515d14" kind="define">
│ │ │ │ │ │ - <name>PRUNE_LIST_CPU_ALL</name>
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="pairlist_8cpp_1a41d2a4c723e728aa374bff96917a2a69" kind="define">
│ │ │ │ │ │ - <name>NBNXN_REFCODE</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2pairlist_8cpp" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ + <member refid="mshift_8cpp_1a40ea4497406b5c8665a23631625504ad" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="mshift_8cpp_1ab7da45577478c69d6b58ecd7c8d88fc1" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ + </member>
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│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="mshift_8cpp_1a25151935ed0dd8dd8469fd82f1ea8af8" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="mshift_8cpp_1a8e9817c5a5f2ac5c3b69089de459f0b1" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="mshift_8cpp_1a263491f8215ebfb3f4bdf24c220198be" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>shift_self</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="mshift_8cpp_1a792546657709ffd253406ee59767e7f6" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ + <member refid="mshift_8cpp_1a90e20cd98356ad19d61bdd21eae2e53b" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ <member refid="pbc_8cpp_1afb730582952b7ceec73d7dc9bf7bef39" kind="enum">
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│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="pbc_8cpp_1afb730582952b7ceec73d7dc9bf7bef39af2b844981d774b134182c86882d3e913" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ <name>epbcdxRECTANGULAR</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -100499,20 +99773,14 @@
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│ │ │ │ │ │ <name>pbc_simd.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="pbc__simd_8cpp_1aee24df3284f90cb78860cfdaab7089ab" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ <name>pbcmethods.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="pbcmethods_8cpp_1a52f8059b0986fb05e15fd0035fdc6a2b" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>calc_pbc_cluster</name>
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│ │ │ │ │ │ <member refid="pbcmethods_8cpp_1a8ec2afb0ca5771a6cdf44732d633d96f" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>put_molecule_com_in_box</name>
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│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="mshift_8cpp_1aa6dd05891d05cc30dee1096497a73109" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>mk_igraph</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="mshift_8cpp_1ac0060106b6f75c7491d76a73e33f5e43" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>g_error</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="mshift_8cpp_1ab9a64654fca362ee70c889e286117a64" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>p_graph</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="mshift_8cpp_1a40ea4497406b5c8665a23631625504ad" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>convertGraph</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="mshift_8cpp_1ab7da45577478c69d6b58ecd7c8d88fc1" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>determine_graph_parts</name>
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="mshift_8cpp_1ab046cdae63528be599af4b4de843d0a9" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="mshift_8cpp_1abb80ca2d810b8e4c81002752308ebf64" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="pull_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>pull.h</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="pull_8h_1a98f772136c45528b8d405dd8e13d00b0" kind="variable">
│ │ │ │ │ │ <name>c_pullGroupPbcMargin</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="pull_8h_1ae5981861a54303677a7841cb8146ad1b" kind="variable">
│ │ │ │ │ │ @@ -100823,236 +100019,14 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="pull__internal_8h_1ac60670d3d3d71942793df19f788f11f2" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>setPrevStepPullComFromState</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="pull__internal_8h_1a528c09b9706d79a41c12c489832df13a" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>allocStatePrevStepPullCom</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="gromacs_2pulling_2pull__rotation_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>pull_rotation.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2pulling_2pull__rotation_8cpp_1a93e7c8a1443894a56eaeaff166d88f1e" kind="define">
│ │ │ │ │ │ - <name>WEIGHT_MIN</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2pulling_2pull__rotation_8cpp_1ae82fdb8d6d03c6fb9bf86a4095b2cd7f" kind="define">
│ │ │ │ │ │ - <name>PRINT_FORCE_J</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2pulling_2pull__rotation_8cpp_1a456f6d8f59f0d405df29febb517c024b" kind="define">
│ │ │ │ │ │ - <name>PRINT_POT_TAU</name>
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2pulling_2pull__rotation_8cpp_1a748b6d01aa1011d9f496c771520d221a" kind="define">
│ │ │ │ │ │ - <name>ISFLEX</name>
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│ │ │ │ │ │ <member refid="keywords_8h_1ab093a0fba0b0fb9c255e7dc9a8236f9e" kind="variable">
│ │ │ │ │ │ <name>sm_compare</name>
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│ │ │ │ │ │ <member refid="keywords_8h_1a0cb118351cf0454feae0c495427ac22b" kind="variable">
│ │ │ │ │ │ <name>sm_keyword_int</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -102356,14 +101312,20 @@
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="selectionfileoption_8h" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="selectionoptionstorage_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ @@ -103457,146 +102419,14 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="symrec_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>symrec.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="symrec_8h" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="indexutil_8cpp_1a7c52fc07ccfa2796785a9ca0463a28e9" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="indexutil_8cpp_1a2e58b81f252d8d791993878fd486affb" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>gmx_ana_indexgrps_find</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="indexutil_8cpp_1a95fdac296eb9b2f1e57b3efbe18c221d" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>gmx_ana_indexgrps_print</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="indexutil_8cpp_1a084e5e78e92e2035a834bf7958a45b20" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ - <name>gmx_ana_index_make_block</name>
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="indexutil_8cpp_1a0a96e2df924f1a95a111bc062d49e71b" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>gmx_ana_index_has_full_blocks</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>is_at_residue_boundary</name>
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│ │ │ │ │ │ <member refid="poscalc_8cpp_1a1a26d01f91edcd50ef43e3a7d2e1e1ef" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>index_type_for_poscalc</name>
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│ │ │ │ │ │ <member refid="poscalc_8cpp_1af0c51ef47d58fb366b02c678c4dc8de8" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>set_poscalc_maxindex</name>
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="selectioncollection_8cpp" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ </compound>
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│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2selectionoption_8cpp" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="hsimd__declarations_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ @@ -103817,50 +102641,14 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
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│ │ │ │ │ │ </compound>
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│ │ │ │ │ │ - </compound>
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│ │ │ │ │ │ - <name>base.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="base_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>base.h</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="base_8h_1ac0824259807000bc715ae859f7d0bdff" kind="define">
│ │ │ │ │ │ - <name>GMX_SIMD_ACCURACY_BITS_REAL</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="bootstrap__loadstore_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>bootstrap_loadstore.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="data_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>data.h</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="scalar_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>scalar.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="scalar__math_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>scalar_math.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
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│ │ │ │ │ │ - <name>scalar_util.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="simd_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>simd.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="include_2gromacs_2simd_2simd_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>simd.h</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="group__module__simd_1ga1578fccdb327f36a2bea338457cbf883" kind="define">
│ │ │ │ │ │ <name>GMX_SIMD_HAVE_REAL</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="group__module__simd_1ga586ccc19c21a1d5e9c97e15b70822fba" kind="define">
│ │ │ │ │ │ <name>GMX_SIMD_REAL_WIDTH</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -103901,14 +102689,50 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="include_2gromacs_2simd_2simd_8h_1a189844f1c8b104833734513c2ae480a9" kind="define">
│ │ │ │ │ │ <name>GMX_SIMD4N_REAL_WIDTH</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2simd_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>simd.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="simd__math_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>simd_math.h</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
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│ │ │ │ │ │ + <name>simd_memory.h</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
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│ │ │ │ │ │ + <name>vector_operations.h</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
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│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="base_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>base.h</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="base_8h_1ac0824259807000bc715ae859f7d0bdff" kind="define">
│ │ │ │ │ │ + <name>GMX_SIMD_ACCURACY_BITS_REAL</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="bootstrap__loadstore_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>bootstrap_loadstore.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="data_8h" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ + </compound>
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│ │ │ │ │ │ <name>lsq_y_ax_b_error</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>None</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp_1ae01f464ab62b2ac1e58970652af170aea3c29d0a0f4968daa1791ffa1d4beea9f" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ - <name>Ch0</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>Ch1</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>Count</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>t_swapgrp</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>sortMoleculesIntoCompartments</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>getRequestedChargeImbalance</name>
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│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp_1a1fa7ca9014ca6b09094e24146e4f7139" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp_1aee789cd0e8c00d7ea9bbc4ca285cb993" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>get_index_of_distant_atom</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp_1af85436adf396ea680ef5b6707a65a6f5" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>translate_positions</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp_1af426484af74eda2d806a103064d8c11b" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>apply_modified_positions</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp_1ac6ec8dd8a6224b7af40e455a3f7c148b" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>do_swapcoords</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="programs_2mdrun_2tests_2swapcoords_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>swapcoords.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="swapcoords_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>swapcoords.h</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="swapcoords_8h_1aec2c7bf817aaf8d24aeb2a1c9ebd238c" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ <member refid="swapcoords_8h_1a5a6ba54e3bb30f694792a72fe983d415" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>finish_swapcoords</name>
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│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2dump_8cpp_1a1bd82c86c0d8c32a9ee429e70eaaa803" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>write_dd_pdb</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
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│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tools_2tests_2dump_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>dump.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="domdec_2dump_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>dump.h</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="domdec_2dump_8h_1a24ad4a51109a28e8e9c62508b9e42647" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>write_dd_grid_pdb</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="domdec_2dump_8h_1a1bd82c86c0d8c32a9ee429e70eaaa803" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>write_dd_pdb</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -105437,35 +104126,14 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="convert-tpr-with-leaks_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>convert-tpr-with-leaks.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="convert-tpr_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>convert-tpr.cpp</name>
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│ │ │ │ │ │ - <compound refid="domdec_2dump_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>dump.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="domdec_2dump_8cpp_1a24ad4a51109a28e8e9c62508b9e42647" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>write_dd_grid_pdb</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="domdec_2dump_8cpp_1a1bd82c86c0d8c32a9ee429e70eaaa803" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>write_dd_pdb</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tools_2dump_8cpp" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ - </compound>
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│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="make__ndx_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>make_ndx.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="make__ndx_8cpp_1aa647bd959b8a3f6d4254e1e2c2295d44" kind="define">
│ │ │ │ │ │ <name>MAXNAMES</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="make__ndx_8cpp_1a4853f6c25c8394fd57c4d99f61d5cd89" kind="define">
│ │ │ │ │ │ <name>NAME_LEN</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -105569,47 +104237,14 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="report__methods_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>report_methods.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
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│ │ │ │ │ │ - <name>trjconv.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="trjconv_8cpp_1ab70d4725699c0935e4847676027e7820" kind="define">
│ │ │ │ │ │ - <name>NPA</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="trjconv_8cpp_1a8485f4e81de2537e6a0935626167a775" kind="define">
│ │ │ │ │ │ - <name>NFILE</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="trjconv_8cpp_1a629269f9c37c238d6eeac864c6b95457" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>mk_filenm</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="trjconv_8cpp_1a604e80a6138465ebed83fc0fa2c28426" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>check_trr</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="trjconv_8cpp_1a188a4a4c725191dbdff64a6cf6f86319" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>do_trunc</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ - <name>read_mtop_for_tng</name>
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="trjconv_8cpp_1aede11562e4aafe998dcb33e023c3a0b7" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ - <member refid="trjconv_8cpp_1ac91dc616983ac214a56e67853755d456" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ <name>TIME_CONTINUE</name>
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│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="trjconv_8cpp_1a038540cdbed36105ee2e83581665b579" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
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│ │ │ │ │ │ <name>trjconv.h</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="trjconv_8h_1a038540cdbed36105ee2e83581665b579" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>gmx_trjconv</name>
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│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tune__pme_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ @@ -105872,14 +104540,104 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="atomprop_8cpp_1a98adebc1f31dc5c54e960bb506a67960" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>printWarning</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="atomprop_8cpp_1a8dc03f52fe7faa07eb762bb30fc1f7ab" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>printvdwWarning</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
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│ │ │ │ │ │ + <name>atoms.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="atoms_8cpp_1a4683ddef9ca07453dbb6788cd3b8cc10" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>enumValueToString</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="atoms_8cpp_1a45e317fdc10e918e3ae81b7760df5eac" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="atoms_8cpp_1ad8e7620f2d8e2ffd5b9e28a5baa03528" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>done_atom</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="atoms_8cpp_1a50b96a544daedd437b795c373c5ab4a5" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>done_and_delete_atoms</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="atoms_8cpp_1a04e594b2f8f9b5172468b5a8ec4e1651" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>add_t_atoms</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="atoms_8cpp_1a53cbf4221917816cd7628662efcc9243" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>init_t_atoms</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="atoms_8cpp_1a170f5b1a73b7d2351454dc78d872dc4d" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>gmx_pdbinfo_init_default</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="atoms_8cpp_1a33af6f505ee2e0a895e888afb8035062" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>copy_t_atoms</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="atoms_8cpp_1a116580117b48c16f896c4b93fd51e137" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>t_atoms_set_resinfo</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="atoms_8cpp_1a9bfb044402619f7d1840b3089c93ed9f" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>pr_atom</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="atoms_8cpp_1a2e6424fe053537314ba1bf126adf75ce" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>pr_strings2</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="atoms_8cpp_1aa73f7ba81f2d102a7930a8fcbb1bee02" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>pr_resinfo</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="atoms_8cpp_1a5f09470bbb8ec525be90bfd951569219" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>pr_atoms</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="atoms_8cpp_1a3213859c25d60afb33cd58f565b83634" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>compareAtom</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="atoms_8cpp_1a292907c8988a3f21e8ea3e9db08f93fe" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>compareResinfo</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="atoms_8cpp_1a7889db57d3728c6e1fa6b63789f61240" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>comparePdbinfo</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="atoms_8cpp_1a3f72e0af135e3dcf4bb5e1a1811177a4" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>compareAtoms</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="atoms_8cpp_1a30b46098b87cc9acc199408e7367959f" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>atomsSetMassesBasedOnNames</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
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│ │ │ │ │ │ + <name>atoms.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="tests_2atoms_8cpp_1a6bee599ce9c0874fb5eb1a27deb95bde" kind="typedef">
│ │ │ │ │ │ + <name>SimulationParticleTestParameters</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="tests_2atoms_8cpp_1a148cc28e060ef3637b69ab6ac61a3b7f" kind="variable">
│ │ │ │ │ │ + <name>testParticleMassOneState</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="tests_2atoms_8cpp_1ab70c94a78383731636815d207186c987" kind="variable">
│ │ │ │ │ │ + <name>testParticleMassTwoState</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="tests_2atoms_8cpp_1a1d95d44c0bc5e755aef7f25e8dbbce93" kind="variable">
│ │ │ │ │ │ + <name>testParticleChargeOneState</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="tests_2atoms_8cpp_1a1d48865e2903e05f3a0ecf1ddd63fc79" kind="variable">
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│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="tests_2atoms_8cpp_1afd7b081426ef6c0dc23a8cc5288e6898" kind="variable">
│ │ │ │ │ │ + <name>testParticleTypeValueOneState</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="tests_2atoms_8cpp_1a670191bdca72444579f4df0f0797dd4b" kind="variable">
│ │ │ │ │ │ + <name>testParticleTypeValueTwoState</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="tests_2atoms_8cpp_1a0f5c32c6d9fd4fd74d4795ab038958d6" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>checkParticleValue</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="tests_2atoms_8cpp_1ac984d6f1dbcb60c6fa842bd8c4a55658" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>checkParticleMiscInfo</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="tests_2atoms_8cpp_1ad9e44707c02fd6a04cd8e16bfeeffeae" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>checkParticle</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
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│ │ │ │ │ │ <name>atomsbuilder.cpp</name>
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="block_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>block.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="block_8cpp_1a2034af172a6b4c89aa4c0115e247d5a9" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>init_block</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -105911,14 +104669,20 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="block_8cpp_1a2cda05b62627d8c37359c27712068be8" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>pr_blocka</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="block_8cpp_1a738788bcfe971e6dd3f11cf202aeb3c1" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>pr_listoflists</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="exclusionblocks_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>exclusionblocks.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2exclusionblocks_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>exclusionblocks.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="forcefieldparameters_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>forcefieldparameters.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="forcefieldparameters_8cpp_1ae00c8c49a9f19126211ba38ea94519dd" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>pr_cmap</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="forcefieldparameters_8cpp_1a6d318b70cd78b782f837e40ae624fba0" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>pr_ffparams</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -106136,95 +104900,14 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="topsort_8h_1a061625a49410931fb2cfce96d1624bfb" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>gmx_mtop_bondeds_free_energy</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="topsort_8h_1ad0af318a722dc224c16f8ba0200915d0" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>gmx_sort_ilist_fe</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="index_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>index.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1a2e0f10ad5bc6f3fa6207822ba138aab2" kind="typedef">
│ │ │ │ │ │ - <name>t_gmx_help_make_index_group</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1adac980840e629a3e4cee75210ac855db" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>gmx_ask_yesno</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1a8e772d96d0d1d46abf5144f48545c95b" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>write_index</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1afa247aa9c0aee82c1d9d0b28c6d958ae" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>grp_cmp</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1a5cb954dcc6d4c9f783a6a9311047104f" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>printMoleculeCategoryResidueCounts</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1a1867d4c2341272aae1dba498cae6cfbe" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>mk_aid</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1a924ffdc9df8600d1ba0f54247f922813" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>analyse_other</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1a21ca884ab0fca06ca58c9892ecfa8cf3" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>analyse_prot</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1a777113ddc3ae87dac07fba68989e0800" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>analyse</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1a729121861bd15ca4b4bc0721d10b81f3" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>check_index</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1aca665a059613f23bef8f50aa2bb51838" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>init_index</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1aa51a237929e3d21c8134ceab8abfa540" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>init_index</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1af1d48a46b9afb614fb8dd91a5583de64" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>minstring</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1a22dccab89e65e3a087fb17a2afbb6033" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>indexGroupName</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1ad0859c1abf601852cc3a3a47d97ee19b" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>indexGroupName</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1ae5ac1ccd0aea9ba91598c1aa93e22440" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>findGroupTemplated</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1abe8eead7cc8889a6f452a44d10955c65" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ - <name>find_group</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1a76c7e38fd7b61edbf2d8332069157628" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>qgroup</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1a7b37cae368e9541296837f52e70be6ff" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>rd_groups</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1a809713a2e966188a8399629d01302b5d" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>rd_index</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1a74f12914da571c5d0f945bfc86426a52" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>rd_index</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1a02719d0d4f2edc19091be3a80d732916" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>get_index</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1ac2ff5d431ca92b6a0e40399fe7e63e6c" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>get_index</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="index_8cpp_1adfcd255b01bdfe962224474b313f2408" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>cluster_index</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2index_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>index.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="invblock_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>invblock.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="invblock_8cpp_1ad02cdde604b11c63ada9f9c4980a2bdf" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>make_invblock</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="mtop__atomloops_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ @@ -106361,113 +105044,14 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="residuetypes_8cpp_1ab4795aadf08f108272506fa3623a7d75" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>namedResidueHasType</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="residuetypes_8cpp_1a168496e61d8f3f46126f9b618331ecfd" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>typeOfNamedDatabaseResidue</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="atoms_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>atoms.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="atoms_8cpp_1a4683ddef9ca07453dbb6788cd3b8cc10" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>enumValueToString</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="atoms_8cpp_1a45e317fdc10e918e3ae81b7760df5eac" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>init_atom</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="atoms_8cpp_1ad8e7620f2d8e2ffd5b9e28a5baa03528" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>done_atom</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="atoms_8cpp_1a50b96a544daedd437b795c373c5ab4a5" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ <name>freevolume.cpp</name>
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│ │ │ │ │ │ - <name>freevolume.h</name>
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│ │ │ │ │ │ - </compound>
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│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="modules_2surfacearea_8cpp_1a83c02b844032ef31fa33734ef2863cf1" kind="define">
│ │ │ │ │ │ <name>UNSP_ICO_ARC</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -106856,79 +105557,70 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="modules_2surfacearea_8cpp_1aad4293a54b7228501349dd503558a918" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>nsc_dclm_pbc</name>
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│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="surfacearea_8h_1aebb716976b6554f9d8b2d988d6560a15" kind="define">
│ │ │ │ │ │ - <name>FLAG_VOLUME</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
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│ │ │ │ │ │ - <compound refid="programs_2mdrun_2tests_2moduletest_8h" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ - <name>main</name>
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│ │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1ad8be86df1243f4c4cf275e130ca8c6df" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>isDlbOn</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1ad57e700f3ebb0a127187ca3d1b0e8211" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>isDlbDisabled</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1a0e6754210d3da6c83df0026fac81c8d7" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>dim2char</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1a6f8a7f243efd91fe9555ab433ec54564" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>make_tric_corr_matrix</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1abf5bf826810f43d008e33df3fb2bdf1f" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>check_screw_box</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1a155480532c8a0a96130c1751c53cc868" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>ddGetAtomInfo</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1add55e8ee06aa3b942947af95265badec" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>dd_load_count</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1affcd5680a909d4f7e36a42b0c53c0a3b" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>dd_resize_atominfo_and_state</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1a348cc51cf67fa4a05a780abdf4643c69" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>atomToAtomIntoDomainToDomainCutoff</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1a5d94f58e6d190b2f9e30012f41cb65c2" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>domainToDomainIntoAtomToDomainCutoff</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="topologyinformation_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>topologyinformation.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="utility_8h" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ </compound>
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│ │ │ │ │ │ <name>alignedallocator.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2alignedallocator_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>alignedallocator.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ @@ -106988,20 +105680,14 @@
│ │ │ │ │ │ <member refid="group__module__utility_1gaf01d1c3ad5c53222b309237e14009b97" kind="variable">
│ │ │ │ │ │ <name>gmxSourceDoiString</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="binaryinformation_8cpp" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2booltype_8cpp" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="compare_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>compare.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="compare_8cpp_1a1e519a5d570e44d59de87a99c1850319" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>cmp_int</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="compare_8cpp_1a3b847f3e43f4505e069444afc4d9afa0" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>cmp_int64</name>
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│ │ │ │ │ │ <member refid="basenetwork_8h_1a856663c2fa6ff9a42b99facd16ecba7f" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>gmx_abort</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="binaryinformation_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>binaryinformation.h</name>
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│ │ │ │ │ │ + <compound refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>bitmask.h</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1ac010424c8bddcebd86a1b763e4b45b1e" kind="define">
│ │ │ │ │ │ + <name>BITMASK_SIZE</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a36d974770db6f000fa22d11ec2e703ae" kind="typedef">
│ │ │ │ │ │ + <name>gmx_bitmask_t</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a18f53c59e5ef4fe3f1b1a649da01fd0a" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>bitmask_clear</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a5168231ad0b5853459cb773289746f17" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>bitmask_set_bit</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1ac5dd57fcf554ecadf7f009008e33be8b" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>bitmask_init_bit</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a7ff662ac524c3f80cfa909c40e337eec" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>bitmask_init_low_bits</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a0393c9b4ae7479b8a94175ca824da638" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>bitmask_is_set</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a8f44d71faaedd70fca3d13deeb28e184" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>bitmask_is_disjoint</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1aaa9e0bc87b7c9a5c374df77c89c1a831" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>bitmask_is_equal</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a401f50b66873e8949399a4a4a7e5a7e0" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>bitmask_is_zero</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a493dcf3cd86ca6ae1bdb530c1e1da513" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>bitmask_union</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a9779f1aa514f38cfb6c4fa651ab0cf85" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>to_hex_string</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a205d4d90d896181906c7ee156f92d905" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>to_hex_string</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1abc49e90631d64a92cf4e3e3bc8961abc" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>to_hex_string</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2bitmask_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>bitmask.h</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="tests_2bitmask_8h_1aa4a16ee87fdc3d8eec077e2ee58cfd8c" kind="define">
│ │ │ │ │ │ + <name>BITMASK_CLASSNAME_</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="tests_2bitmask_8h_1ae98c2c3acbcaf4cebce8326e3ad682cb" kind="define">
│ │ │ │ │ │ + <name>BITMASK_CLASSNAME</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="tests_2bitmask_8h_1ac9fd19466a21d6fe2ef034facd484683" kind="define">
│ │ │ │ │ │ + <name>BITMASK_TEST_P_</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="tests_2bitmask_8h_1a11f46d475da3b27c761458a85876ed82" kind="define">
│ │ │ │ │ │ + <name>BITMASK_TEST_P</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="booltype_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>booltype.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="compare_8h" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ <member refid="compare_8h_1ad40ca9a553b3ccef4e8b0333186bab03" kind="function">
│ │ │ │ │ │ <name>equal_real</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -107750,26 +106496,53 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="keyvaluetree_8cpp" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ <compound refid="keyvaluetreemdpwriter_8cpp" kind="file">
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│ │ │ │ │ │ + <member refid="keyvaluetreeserializer_8cpp_1ad48ff27bd039835178a6bd8f572c831f" kind="define">
│ │ │ │ │ │ + <name>SERIALIZER</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2keyvaluetreeserializer_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>keyvaluetreeserializer.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="keyvaluetreetransform_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>keyvaluetreetransform.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2keyvaluetreetransform_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>keyvaluetreetransform.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="loggerbuilder_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>loggerbuilder.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="message__string__collector_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>message_string_collector.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2message__string__collector_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>message_string_collector.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="mpiinfo_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>mpiinfo.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="niceheader_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>niceheader.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="nodelete_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>nodelete.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="path_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>path.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2path_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>path.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="pleasecite_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>pleasecite.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="pleasecite_8cpp_1a32d93b9a0ad6e541b08f40f64bda5f4b" kind="define">
│ │ │ │ │ │ <name>NSTR</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="pleasecite_8cpp_1a330fea445f643d2b44bd1c08022d1cb1" kind="variable">
│ │ │ │ │ │ <name>sc_lineWidth</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -107873,74 +106646,14 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="alignedallocator__impl_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>alignedallocator_impl.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="arrayref_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>arrayref.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>bitmask.h</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1ac010424c8bddcebd86a1b763e4b45b1e" kind="define">
│ │ │ │ │ │ - <name>BITMASK_SIZE</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a36d974770db6f000fa22d11ec2e703ae" kind="typedef">
│ │ │ │ │ │ - <name>gmx_bitmask_t</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a18f53c59e5ef4fe3f1b1a649da01fd0a" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>bitmask_clear</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a5168231ad0b5853459cb773289746f17" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>bitmask_set_bit</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1ac5dd57fcf554ecadf7f009008e33be8b" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>bitmask_init_bit</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a7ff662ac524c3f80cfa909c40e337eec" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>bitmask_init_low_bits</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a0393c9b4ae7479b8a94175ca824da638" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>bitmask_is_set</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a8f44d71faaedd70fca3d13deeb28e184" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>bitmask_is_disjoint</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1aaa9e0bc87b7c9a5c374df77c89c1a831" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>bitmask_is_equal</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a401f50b66873e8949399a4a4a7e5a7e0" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>bitmask_is_zero</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a493dcf3cd86ca6ae1bdb530c1e1da513" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>bitmask_union</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a9779f1aa514f38cfb6c4fa651ab0cf85" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>to_hex_string</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a205d4d90d896181906c7ee156f92d905" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>to_hex_string</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1abc49e90631d64a92cf4e3e3bc8961abc" kind="function">
│ │ │ │ │ │ - <name>to_hex_string</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2bitmask_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>bitmask.h</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="tests_2bitmask_8h_1aa4a16ee87fdc3d8eec077e2ee58cfd8c" kind="define">
│ │ │ │ │ │ - <name>BITMASK_CLASSNAME_</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="tests_2bitmask_8h_1ae98c2c3acbcaf4cebce8326e3ad682cb" kind="define">
│ │ │ │ │ │ - <name>BITMASK_CLASSNAME</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="tests_2bitmask_8h_1ac9fd19466a21d6fe2ef034facd484683" kind="define">
│ │ │ │ │ │ - <name>BITMASK_TEST_P_</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="tests_2bitmask_8h_1a11f46d475da3b27c761458a85876ed82" kind="define">
│ │ │ │ │ │ - <name>BITMASK_TEST_P</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="bitmask128_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>bitmask128.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="bitmask128_8cpp_1ac010424c8bddcebd86a1b763e4b45b1e" kind="define">
│ │ │ │ │ │ <name>BITMASK_SIZE</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="bitmask32_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ @@ -107951,14 +106664,20 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="bitmask64_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>bitmask64.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="bitmask64_8cpp_1ac010424c8bddcebd86a1b763e4b45b1e" kind="define">
│ │ │ │ │ │ <name>BITMASK_SIZE</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="booltype_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>booltype.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2booltype_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>booltype.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="cstringutil_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>cstringutil.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ <member refid="cstringutil_8cpp_1a15be34a1d7b93d10f581b60833afca7a" kind="define">
│ │ │ │ │ │ <name>COMMENTSIGN</name>
│ │ │ │ │ │ </member>
│ │ │ │ │ │ <member refid="cstringutil_8cpp_1a929ed36fc580abd4984ae5500adbf9c3" kind="variable">
│ │ │ │ │ │ <name>gmx_string_hash_init</name>
│ │ │ │ │ │ @@ -108029,50 +106748,23 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="enumerationhelpers_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>enumerationhelpers.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="fixedcapacityvector_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>fixedcapacityvector.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="keyvaluetreeserializer_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>keyvaluetreeserializer.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - <member refid="keyvaluetreeserializer_8cpp_1ad48ff27bd039835178a6bd8f572c831f" kind="define">
│ │ │ │ │ │ - <name>SERIALIZER</name>
│ │ │ │ │ │ - </member>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2keyvaluetreeserializer_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>keyvaluetreeserializer.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="keyvaluetreetransform_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>keyvaluetreetransform.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2keyvaluetreetransform_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>keyvaluetreetransform.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="listoflists_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>listoflists.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="logger_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>logger.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2logger_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>logger.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="message__string__collector_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>message_string_collector.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2message__string__collector_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>message_string_collector.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="path_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>path.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2path_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>path.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="physicalnodecommunicator_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>physicalnodecommunicator.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2physicalnodecommunicator_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>physicalnodecommunicator.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="physicalnodecommunicator__mpi_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ @@ -108185,17 +106877,497 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="mdrun_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>mdrun.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="mdrun__main_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>mdrun_main.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="nonbonded__bench_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>nonbonded_bench.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2nonbonded__bench_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>nonbonded_bench.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="nonbonded__bench_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>nonbonded_bench.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="gromacs_2mdlib_2boxdeformation_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>boxdeformation.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="programs_2mdrun_2tests_2boxdeformation_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>boxdeformation.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>checkpoint.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1ad13ea8dd0f029db3b5ee54a68b5432b7" kind="define">
│ │ │ │ │ │ + <name>CPT_MAGIC1</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a7333f5776c8fdd1f8a16a1194af131e8" kind="define">
│ │ │ │ │ │ + <name>CPT_MAGIC2</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a05f1ec6fa27dc2a0a5ee4387bb7dc6c3" kind="enum">
│ │ │ │ │ │ + <name>StateKineticEntry</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a05f1ec6fa27dc2a0a5ee4387bb7dc6c3a27ef5705f8a969824c179b5970d08405" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>EkinNumber</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a05f1ec6fa27dc2a0a5ee4387bb7dc6c3a5b7a65e81f8e4730818f83879da7407d" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>EkinHalfStep</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a05f1ec6fa27dc2a0a5ee4387bb7dc6c3ad9ac37d7d8f5e16e6606ee438c1b6890" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>DEkinDLambda</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a05f1ec6fa27dc2a0a5ee4387bb7dc6c3a3f0023ff4d0517844e57c3f597e89e5c" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>Mvcos</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a05f1ec6fa27dc2a0a5ee4387bb7dc6c3ae2a54c8f3ef26ca127ccc978291bdc87" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>EkinFullStep</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a05f1ec6fa27dc2a0a5ee4387bb7dc6c3ae05d17534d77810a674c71640914fe88" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>EkinHalfStepOld</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a05f1ec6fa27dc2a0a5ee4387bb7dc6c3a7260d6187945883d199d723d0ffa4f33" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>EkinNoseHooverScaleFullStep</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a05f1ec6fa27dc2a0a5ee4387bb7dc6c3a65f563ff31e26aeb56d9fa11f2406b06" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>EkinNoseHooverScaleHalfStep</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a05f1ec6fa27dc2a0a5ee4387bb7dc6c3a6036906764f517fdc1f9dd5740e474ae" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>VelocityScale</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a05f1ec6fa27dc2a0a5ee4387bb7dc6c3a50bbcc179bc3dc5005547bbae36fe3f7" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>EkinTotal</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a05f1ec6fa27dc2a0a5ee4387bb7dc6c3ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>Count</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a541cbdc00795a54b156d1a5ceb136ba1" kind="enum">
│ │ │ │ │ │ + <name>StateEnergyEntry</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a541cbdc00795a54b156d1a5ceb136ba1a8d9c307cb7f3c4a32822a51922d1ceaa" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>N</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a541cbdc00795a54b156d1a5ceb136ba1a9c7675fc5b7e41590daab93510cf2158" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>Aver</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a541cbdc00795a54b156d1a5ceb136ba1aa0ec87054b5e5b7847d0d8780a01a3d5" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>Sum</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a541cbdc00795a54b156d1a5ceb136ba1a3beac49fb295d48651889865e1dd8747" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>NumSum</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a541cbdc00795a54b156d1a5ceb136ba1aa8fcc8c81bbffb512a5f6ca0e8ca0806" kind="enumvalue">
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│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a541cbdc00795a54b156d1a5ceb136ba1a713755b81666d639d1c2951c82fca840" kind="enumvalue">
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│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a541cbdc00795a54b156d1a5ceb136ba1a4d23c1adf1689d6dc2f9827778015e26" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>NumSteps</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a541cbdc00795a54b156d1a5ceb136ba1aab0d7b2abd1011e1ca4a9fb2e9c8dcba" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>NumStepsSim</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a541cbdc00795a54b156d1a5ceb136ba1a9bf6c4b93058a7ec4121d594e4c5c5ed" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>DeltaHNN</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a541cbdc00795a54b156d1a5ceb136ba1a6ef1d25c6a2e3db5d51ac22311214dff" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>DeltaHList</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a541cbdc00795a54b156d1a5ceb136ba1a35ab56d87d8b944420232c041a49c011" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>DeltaHStartTime</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2fileio_2checkpoint_8cpp_1a541cbdc00795a54b156d1a5ceb136ba1a4c10f63ed617d2be0ef9a798a39dfa47" kind="enumvalue">
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│ │ │ │ │ │ + <name>Count</name>
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│ │ │ │ │ │ + </member>
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│ │ │ │ │ │ + <name>Lock</name>
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│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2mdrun_2replicaexchange_8cpp_1a4496671c16420f61b0fa515e22721327ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9" kind="enumvalue">
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│ │ │ │ │ │ <name>replicaexchange_equivalence.cpp</name>
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│ │ │ │ │ │ + </member>
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│ │ │ │ │ │ + <name>None</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp_1ae01f464ab62b2ac1e58970652af170aea3c29d0a0f4968daa1791ffa1d4beea9f" kind="enumvalue">
│ │ │ │ │ │ + <name>Ch0</name>
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│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp_1ae01f464ab62b2ac1e58970652af170aea936a4642564d32e01bb76bc0419b46b0" kind="enumvalue">
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│ │ │ │ │ │ + <name>Domain</name>
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│ │ │ │ │ │ + </member>
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│ │ │ │ │ │ + <name>Count</name>
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│ │ │ │ │ │ + </member>
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│ │ │ │ │ │ + </member>
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│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp_1af85436adf396ea680ef5b6707a65a6f5" kind="function">
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│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp_1ac6ec8dd8a6224b7af40e455a3f7c148b" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>do_swapcoords</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="programs_2mdrun_2tests_2swapcoords_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>swapcoords.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tabulated__bonded__interactions_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>tabulated_bonded_interactions.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="termination_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>termination.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="terminationhelper_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ @@ -108308,14 +108299,23 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="terminationhelper_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>terminationhelper.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tpitest_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>tpitest.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="gromacs_2mdlib_2trajectory__writing_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>trajectory_writing.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + <member refid="gromacs_2mdlib_2trajectory__writing_8cpp_1a4bea5f5cea08742a8c5fdeec55f76663" kind="function">
│ │ │ │ │ │ + <name>do_md_trajectory_writing</name>
│ │ │ │ │ │ + </member>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="programs_2mdrun_2tests_2trajectory__writing_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>trajectory_writing.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="trajectorycomparison_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>trajectorycomparison.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="trajectorycomparison_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>trajectorycomparison.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="virtualsites_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ @@ -108473,14 +108473,20 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="trajectoryreader_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>trajectoryreader.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="xvgtest_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>xvgtest.h</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="interactivetest_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>interactivetest.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2interactivetest_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ + <name>interactivetest.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ + </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="loggertest_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>loggertest.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="mpi__printer_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>mpi_printer.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="mpi__printer_8h" kind="file">
│ │ │ │ │ │ @@ -108530,20 +108536,14 @@
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="testmatchers_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>testmatchers.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="testoptions_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>testoptions.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="interactivetest_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>interactivetest.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2interactivetest_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ - <name>interactivetest.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ - </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="mpitest_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>mpitest.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2mpitest_8cpp" kind="file">
│ │ │ │ │ │ <name>mpitest.cpp</name>
│ │ │ │ │ │ </compound>
│ │ │ │ │ │ <compound refid="naming_8cpp" kind="file">
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/todo.xml.gz
│ │ │ │ ├── todo.xml
│ │ │ │ │ ├── todo.xml
│ │ │ │ │ │ @@ -2663,15 +2663,15 @@
│ │ │ │ │ │ <anchor id="todo_1_todo000152"/>
│ │ │ │ │ │ Change this to class
│ │ │ │ │ │ </para>
│ │ │ │ │ │ </listitem>
│ │ │ │ │ │ <varlistentry>
│ │ │ │ │ │ <term>
│ │ │ │ │ │ Member
│ │ │ │ │ │ - <ref refid="pme_8cpp_1a39e800d9a258e0c8a553fa7b71e10dcf" kindref="member">gmx_pme_init</ref>
│ │ │ │ │ │ + <ref refid="pme_8h_1a39e800d9a258e0c8a553fa7b71e10dcf" kindref="member">gmx_pme_init</ref>
│ │ │ │ │ │ (const
│ │ │ │ │ │ <ref refid="structt__commrec" kindref="compound">t_commrec</ref>
│ │ │ │ │ │ *cr, const
│ │ │ │ │ │ <ref refid="structNumPmeDomains" kindref="compound">NumPmeDomains</ref>
│ │ │ │ │ │ &numPmeDomains, const
│ │ │ │ │ │ <ref refid="structt__inputrec" kindref="compound">t_inputrec</ref>
│ │ │ │ │ │ *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode,
│ │ │ │ │ │ @@ -3202,15 +3202,15 @@
│ │ │ │ │ │ <ndash/>
│ │ │ │ │ │ renaming coefficients to charges (?)
│ │ │ │ │ │ </para>
│ │ │ │ │ │ </listitem>
│ │ │ │ │ │ <varlistentry>
│ │ │ │ │ │ <term>
│ │ │ │ │ │ Member
│ │ │ │ │ │ - <ref refid="pme_8cpp_1a9cfbe9fa691aabaf1a9e10fa06858c96" kindref="member">pme_run_mode</ref>
│ │ │ │ │ │ + <ref refid="pme_8h_1a9cfbe9fa691aabaf1a9e10fa06858c96" kindref="member">pme_run_mode</ref>
│ │ │ │ │ │ (const gmx_pme_t *pme)
│ │ │ │ │ │ </term>
│ │ │ │ │ │ </varlistentry>
│ │ │ │ │ │ <listitem>
│ │ │ │ │ │ <para>
│ │ │ │ │ │ <anchor id="todo_1_todo000025"/>
│ │ │ │ │ │ This is a rather static data that should be managed by the higher level task scheduler.
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/manual-2025.1-Debian_2025.1_1.pdf
│ │ │ │ ├── pdftotext {} -
│ │ │ │ │ @@ -17658,15 +17658,15 @@
│ │ │ │ │ Lindahl, Erik Marklund, Pieter Meulenhoff, Teemu Murtola, Sander Pronk, Alfons Sijbers, Balint Soproni, David
│ │ │ │ │ van der Spoel, Peter Tieleman, Carsten Uphoff, Jon Vincent, Teemu Virolainen, Christian Wennberg, Maarten
│ │ │ │ │ Wolf, Artem Zhmurov
│ │ │ │ │ Project leaders: Berk Hess, Erik Lindahl
│ │ │ │ │ © 1991 – 2000:
│ │ │ │ │ Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen. Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen,
│ │ │ │ │ The Netherlands.
│ │ │ │ │ -© 2001 – 2026:
│ │ │ │ │ +© 2001 – 2025:
│ │ │ │ │ The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology and Uppsala University,
│ │ │ │ │ Sweden.
│ │ │ │ │ This manual is not complete and has no pretension to be so, due to lack of time of the contributors – our first
│ │ │ │ │ priority is to improve the software. It is worked on continuously, which in some cases might mean the information
│ │ │ │ │ is not entirely correct.
│ │ │ │ │ Comments on form and content are welcome, please send them to the user discussion forum or the developer
│ │ │ │ │ discussion forum (see our webpage or this section on how to contribute (page 596)), or open an issue on our issue
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/reference-manual/preface.html
│ │ │ │ @@ -4457,15 +4457,15 @@
│ │ │ │ 00011680: 6973 7472 792c 2055 6e69 7665 7273 6974 istry, Universit
│ │ │ │ 00011690: 7920 6f66 2047 726f 6e69 6e67 656e 2e0a y of Groningen..
│ │ │ │ 000116a0: 4e69 6a65 6e62 6f72 6768 2034 2c20 3937 Nijenborgh 4, 97
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│ │ │ │ 000116c0: 2054 6865 204e 6574 6865 726c 616e 6473 The Netherlands
│ │ │ │ 000116d0: 2e3c 2f70 3e0a 3c2f 6469 763e 3c2f 626c .</p>.</div></bl
│ │ │ │ 000116e0: 6f63 6b71 756f 7465 3e0a 3c70 3ec2 a920 ockquote>.<p>..
│ │ │ │ -000116f0: 3230 3031 20e2 8093 2032 3032 363a 3c2f 2001 ... 2026:</
│ │ │ │ +000116f0: 3230 3031 20e2 8093 2032 3032 353a 3c2f 2001 ... 2025:</
│ │ │ │ 00011700: 703e 0a3c 626c 6f63 6b71 756f 7465 3e0a p>.<blockquote>.
│ │ │ │ 00011710: 3c64 6976 3e3c 703e 5468 6520 4752 4f4d <div><p>The GROM
│ │ │ │ 00011720: 4143 5320 6465 7665 6c6f 706d 656e 7420 ACS development
│ │ │ │ 00011730: 7465 616d 7320 6174 2074 6865 2052 6f79 teams at the Roy
│ │ │ │ 00011740: 616c 2049 6e73 7469 7475 7465 206f 6620 al Institute of
│ │ │ │ 00011750: 5465 6368 6e6f 6c6f 6779 2061 6e64 0a55 Technology and.U
│ │ │ │ 00011760: 7070 7361 6c61 2055 6e69 7665 7273 6974 ppsala Universit
│ │ │ │ ├── html2text {}
│ │ │ │ │ @@ -457,15 +457,15 @@
│ │ │ │ │ Lindahl, Erik Marklund, Pieter Meulenhoff, Teemu Murtola, Sander Pronk, Alfons
│ │ │ │ │ Sijbers, Balint Soproni, David van der Spoel, Peter Tieleman, Carsten Uphoff,
│ │ │ │ │ Jon Vincent, Teemu Virolainen, Christian Wennberg, Maarten Wolf, Artem Zhmurov
│ │ │ │ │ Project leaders: Berk Hess, Erik Lindahl
│ │ │ │ │ © 1991 – 2000:
│ │ │ │ │ Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen.
│ │ │ │ │ Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, The Netherlands.
│ │ │ │ │ -© 2001 – 2026:
│ │ │ │ │ +© 2001 – 2025:
│ │ │ │ │ The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology
│ │ │ │ │ and Uppsala University, Sweden.
│ │ │ │ │ This manual is not complete and has no pretension to be so, due to lack of time
│ │ │ │ │ of the contributors – our first priority is to improve the software. It is
│ │ │ │ │ worked on continuously, which in some cases might mean the information is not
│ │ │ │ │ entirely correct.
│ │ │ │ │ Comments on form and content are welcome, please send them to the _u_s_e_r
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/searchindex.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -11088,15 +11088,15 @@
│ │ │ │ │ "2019": [30, 38, 193, 204, 239, 240, 241, 242, 259, 265, 266, 267, 268, 269, 282, 294, 371],
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│ │ │ │ │ "2021": [38, 193, 266, 269, 270, 291, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 311, 326, 371],
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│ │ │ │ │ "2025": [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 268, 269, 270, 271, 272, 273, 274, 275, 276, 277, 278, 279, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308, 309, 310, 311, 312, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337, 338, 339, 340, 341, 342, 343, 344, 346, 347, 349, 350, 351, 352, 353, 354, 355, 357, 358, 359, 360, 361, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 373, 374, 375],
│ │ │ │ │ - "2026": [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 268, 269, 270, 271, 272, 273, 274, 275, 276, 277, 278, 279, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308, 309, 310, 311, 312, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337, 338, 339, 340, 341, 342, 343, 344, 345, 346, 347, 348, 349, 350, 351, 352, 353, 354, 355, 356, 357, 358, 359, 360, 361, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 373, 374, 375],
│ │ │ │ │ + "2026": [249, 356],
│ │ │ │ │ "2027": 249,
│ │ │ │ │ "2028": 249,
│ │ │ │ │ "2029": 223,
│ │ │ │ │ "2031": 242,
│ │ │ │ │ "2032": [49, 193, 242],
│ │ │ │ │ "2033": 223,
│ │ │ │ │ "2037": [223, 239, 250],