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+000275f0: 3138 3333 2e36 322c 2d37 3139 2e32 3620 1833.62,-719.26 │ │ │ │ +00027600: 3138 3233 2e35 342c 2d37 3232 2e35 3220 1823.54,-722.52 │ │ │ │ +00027610: 3138 3333 2e34 352c 2d37 3236 2e32 3620 1833.45,-726.26 │ │ │ │ +00027620: 3138 3333 2e36 322c 2d37 3139 2e32 3622 1833.62,-719.26" │ │ │ │ +00027630: 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c2f 673e 0a3c 2f73 />.... │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/page_modulegraph.xhtml │ │ │ │ @@ -74,15 +74,15 @@ │ │ │ │ │ │ │ │

│ │ │ │
Module dependency graph
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The graph below shows the dependencies between the source code modules, computed from include statements in the code. For documented modules (those that do not have a gray background), clicking on the module takes you to the module documentation. Legend for the graph can be found below the graph.

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│ │ │ │ Legend

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The graph below annotates the colors and line styles used in the module dependency graph above. More detailed textual annotation is below the graph.

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Node colors:

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gray background
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_10.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -105,16 +105,16 @@ │ │ │ │ │ ['makeperturbedlj14params_74', ['makePerturbedLJ14Params', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02topsort_8cpp_03.xhtml#a219912ab4897d2bd79841029e509036f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{topsort.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['makeplan_75', ['makePlan', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02gpu__3dfft__sycl__rocfft_8cpp_03.xhtml#aac2d74bc36d942b818b853a7a2fe0819', 1, 'gmx::anonymous_namespace{gpu_3dfft_sycl_rocfft.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['makepreprocessoroptions_76', ['makePreprocessorOptions', ['../ocl__compiler_8cpp.xhtml#a153ca6bd9b7d0c8003b267169ab0b0e1', 1, 'gmx::ocl']]], │ │ │ │ │ ['makeprogramfromcache_77', ['makeProgramFromCache', ['../ocl__caching_8cpp.xhtml#a9f9b1fc653bcb02f7f46e5bd6bb2f05d', 1, 'gmx::ocl']]], │ │ │ │ │ ['makerandomseed_78', ['makeRandomSeed', ['../namespacegmx.xhtml#a36cfc66dfee3ab6a934e04486bbf05e6', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['makerandomseedinternal_79', ['makeRandomSeedInternal', ['../namespacegmx.xhtml#ab08f1195b83d7128d3c4000aa22ba0e8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['makerealstrides_80', ['makeRealStrides', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02gpu__3dfft__sycl__rocfft_8cpp_03.xhtml#a0c29c98856bc6245820f6bd5ca830bba', 1, 'gmx::anonymous_namespace{gpu_3dfft_sycl_rocfft.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['makerefdatafilename_81', ['makerefdatafilename', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a186c4a54149691e05141d4bd2355a861', 1, 'gmx::test::makeRefDataFileName()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03.xhtml#af070fa4b5e37706561c293db35d39f1f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::makeRefDataFileName()'] │ │ │ │ │ + ['makerefdatafilename_81', ['makerefdatafilename', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03.xhtml#af070fa4b5e37706561c293db35d39f1f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::makeRefDataFileName()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a186c4a54149691e05141d4bd2355a861', 1, 'gmx::test::makeRefDataFileName()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['makereffrompointer_82', ['makeRefFromPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a0c88c8ee70d81b75a8377ee38ed659b9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['makervecarray_83', ['makeRvecArray', ['../state_8h.xhtml#aa69dfdec392ef5ac146b0b4f508ee9d9', 1, 'state.cpp']]], │ │ │ │ │ ['makesimpletopology_84', ['makeSimpleTopology', ['../classanonymous__namespace_02indexutil_8cpp_03_1_1IndexBlockTest.xhtml#ae2a783ea7f644aec26c5c36688e73c0b', 1, 'anonymous_namespace{indexutil.cpp}::IndexBlockTest']]], │ │ │ │ │ ['makesimulationinput_85', ['makeSimulationInput', ['../group__module__mdrun.xhtml#gae18c40e552af59d3ac816c1b943a57bc', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['makesolvekernel_86', ['makeSolveKernel', ['../pme__solve__sycl_8cpp.xhtml#a64e706e97c6587265b3b42ceace902ce', 1, 'pme_solve_sycl.cpp']]], │ │ │ │ │ ['makespreadkernel_87', ['makeSpreadKernel', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02densityfittingforceprovider_8cpp_03.xhtml#a71d9cb1e033ddafcc72c5c7285386360', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfittingforceprovider.cpp}']]], │ │ │ │ │ @@ -127,17 +127,17 @@ │ │ │ │ │ ['makeunperturbedlj14params_94', ['makeUnperturbedLJ14Params', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02topsort_8cpp_03.xhtml#a1a653dc65c6030e9a3825cf07c884f22', 1, 'gmx::anonymous_namespace{topsort.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['makeupdategroupingspermoleculetype_95', ['makeupdategroupingspermoleculetype', ['../namespacegmx.xhtml#aa51b331e6dc5454e57b96838b2d503af', 1, 'gmx::makeUpdateGroupingsPerMoleculeType(const gmx_moltype_t &moltype, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparams)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a716fe4766d0dbb653552d9287feb563f', 1, 'gmx::makeUpdateGroupingsPerMoleculeType(const gmx_mtop_t &mtop)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['makeupdategroups_96', ['makeUpdateGroups', ['../namespacegmx.xhtml#a2dc1261c727390c49373b57c3581f1af', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['makevendorflavorchoice_97', ['makeVendorFlavorChoice', ['../ocl__compiler_8cpp.xhtml#ab7da5ff7c4af27a4a1789dbd342a8966', 1, 'gmx::ocl']]], │ │ │ │ │ ['makevirtualsiteshandler_98', ['makeVirtualSitesHandler', ['../namespacegmx.xhtml#ad59dd2687a751a26481a0a774f51146a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['malloc_99', ['malloc', ['../classgmx_1_1PageAlignedAllocationPolicy.xhtml#aefa29138219cff2f879abf3e92d2aa20', 1, 'gmx::PageAlignedAllocationPolicy::malloc()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#abea041287228e8b33c288bd9b3713b6c', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy::malloc()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AlignedAllocationPolicy.xhtml#ae8815b9093593a20638c4071395a1ca6', 1, 'gmx::AlignedAllocationPolicy::malloc()'] │ │ │ │ │ + ['malloc_99', ['malloc', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#abea041287228e8b33c288bd9b3713b6c', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy::malloc()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AlignedAllocationPolicy.xhtml#ae8815b9093593a20638c4071395a1ca6', 1, 'gmx::AlignedAllocationPolicy::malloc()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PageAlignedAllocationPolicy.xhtml#aefa29138219cff2f879abf3e92d2aa20', 1, 'gmx::PageAlignedAllocationPolicy::malloc()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mallocimpl_100', ['mallocImpl', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02alignedallocator_8cpp_03.xhtml#a824a99e0446104045db4c13ac052f953', 1, 'gmx::anonymous_namespace{alignedallocator.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['manage_5fthreading_2ecpp_101', ['manage_threading.cpp', ['../manage__threading_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['manage_5fthreading_2eh_102', ['manage_threading.h', ['../manage__threading_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['managedevelopmentfeatures_103', ['manageDevelopmentFeatures', ['../namespacegmx.xhtml#a4543c745531b85d84f1da8d06d1b82a8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['managegeneratedoutputfile_104', ['manageGeneratedOutputFile', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileManager.xhtml#af0ffc0ec6e12b37178c20f775d58c10f', 1, 'gmx::test::TestFileManager']]], │ │ │ │ │ ['management_105', ['Data management', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md39', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -152,35 +152,35 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionsImpl.xhtml#ac6b12c0ab7bd35f3223562488836479f', 1, 'gmx::internal::OptionsImpl::managers_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['managesyncwithppcoordinatesendergpu_111', ['manageSyncWithPpCoordinateSenderGpu', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#accf882be0b30fca6ededabd9470cfbc7', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['manualoutputfile_112', ['ManualOutputFile', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02extract__cluster_8cpp_03_1_1ManualOutputFile.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{extract_cluster.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['many_5fauto_5fcorrel_113', ['many_auto_correl', ['../manyautocorrelation_8h.xhtml#ad3b9966ff6279f6316c3c898e31f0dee', 1, 'many_auto_correl(std::vector< std::vector< real > > *c): manyautocorrelation.cpp'], │ │ │ │ │ ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml#ad3b9966ff6279f6316c3c898e31f0dee', 1, 'many_auto_correl(std::vector< std::vector< real > > *c): manyautocorrelation.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['many_5fcross_5fcorr_114', ['many_cross_corr', ['../crosscorr_8h.xhtml#a953d512f8171310c10a4d0f4121d1a33', 1, 'many_cross_corr(int nFunc, int *nData, real **f, real **g, real **corr): crosscorr.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../crosscorr_8cpp.xhtml#a953d512f8171310c10a4d0f4121d1a33', 1, 'many_cross_corr(int nFunc, int *nData, real **f, real **g, real **corr): crosscorr.cpp'] │ │ │ │ │ + ['many_5fcross_5fcorr_114', ['many_cross_corr', ['../crosscorr_8cpp.xhtml#a953d512f8171310c10a4d0f4121d1a33', 1, 'many_cross_corr(int nFunc, int *nData, real **f, real **g, real **corr): crosscorr.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../crosscorr_8h.xhtml#a953d512f8171310c10a4d0f4121d1a33', 1, 'many_cross_corr(int nFunc, int *nData, real **f, real **g, real **corr): crosscorr.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['manyautocorrelation_2ecpp_115', ['manyautocorrelation.cpp', ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['manyautocorrelation_2eh_116', ['manyautocorrelation.h', ['../manyautocorrelation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['map_117', ['map', ['../structt__matrix.xhtml#a4cfcb489019e79bf56990ce36cefe00f', 1, 't_matrix']]], │ │ │ │ │ ['mapb_118', ['mapb', ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#aabf74268915bc1a13aaaa95c236d5e08', 1, 'gmx_ana_indexmap_t']]], │ │ │ │ │ ['mapconstiterator_119', ['MapConstIterator', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a5b3ca67a8497cc2cf77f3c0da771fa95', 1, 'gmx::EnergyFrame']]], │ │ │ │ │ ['mapgridtodatagrid_120', ['mapGridToDataGrid', ['../namespacegmx.xhtml#ad49aba237e75034450c40885fccde22c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mapid_121', ['mapid', ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#a2675a18d204f864f94da0d616c115884', 1, 'gmx_ana_indexmap_t']]], │ │ │ │ │ ['mappedid_122', ['mappedId', ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a9b2a183cd94c03a9aabe10c89e73648b', 1, 'gmx::SelectionPosition']]], │ │ │ │ │ ['mappedids_123', ['mappedIds', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a44d2c2cd4db4eade34cac95f5916a2a0', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ │ ['mappedunionfinder_124', ['MappedUnionFinder', ['../classgmx_1_1MappedUnionFinder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['mapping_125', ['mapping', ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#ad632683c77288c28df614ea7915917ce', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml', 1, 'gmx::layout_right::mapping< Extents >'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a80905ecdaf35273d7f7c303e7d2ff909', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping() noexcept=default'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#afc7b2299be673f6d37d0a570e061da72', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping(mapping &&) noexcept=default'], │ │ │ │ │ + ['mapping_125', ['mapping', ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml', 1, 'gmx::layout_right::mapping< Extents >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#ad632683c77288c28df614ea7915917ce', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a02c710cacde0166f1c5f4c67b9971cee', 1, 'gmx::basic_mdspan::mapping()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a7aa3312a770a6a3946d60a7e23cb2002', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping(const Extents &ext) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a02c710cacde0166f1c5f4c67b9971cee', 1, 'gmx::basic_mdspan::mapping() const noexcept'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#afc7b2299be673f6d37d0a570e061da72', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping(mapping &&) noexcept=default'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a80905ecdaf35273d7f7c303e7d2ff909', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping() noexcept=default'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mapping_5ftype_126', ['mapping_type', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a41c0126e07c9b922b4b838b578af7888', 1, 'gmx::basic_mdspan']]], │ │ │ │ │ ['maptoframeatoms_5f_127', ['mapToFrameAtoms_', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection_1_1Impl.xhtml#a028b638ac6bf4c5c76f4c78819d94cff', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::Impl']]], │ │ │ │ │ ['maptype_128', ['MapType', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#ae7cbc6aabfeacd2447563d8f137045f4', 1, 'gmx::EnergyFrame']]], │ │ │ │ │ ['mark_5fsubexpr_5fdynamic_129', ['mark_subexpr_dynamic', ['../compiler_8cpp.xhtml#a2ce676e6caff3877910cd9cfc27cb955', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['mark_5fsurface_5fcovered_130', ['mark_surface_covered', ['../sm__insolidangle_8cpp.xhtml#ad016ba6ae3e4a77948222f08f4004e4f', 1, 'sm_insolidangle.cpp']]], │ │ │ │ │ ['markasreadytoreduce_131', ['markAsReadyToReduce', ['../classgmx_1_1ObservablesReducer.xhtml#aa76fb912aca1c30275e567685626f515', 1, 'gmx::ObservablesReducer']]], │ │ │ │ │ @@ -754,16 +754,16 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatReader.xhtml', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatReader'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapoffloatwriter_469', ['mrcdensitymapoffloatwriter', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatWriter.xhtml#aaed6893c7ae8d1df0d7950d0d22e2d03', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatWriter::MrcDensityMapOfFloatWriter()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatWriter.xhtml', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatWriter'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensityskewdata_470', ['MrcDensitySkewData', ['../structgmx_1_1MrcDensitySkewData.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mrcheaderissane_471', ['mrcHeaderIsSane', ['../namespacegmx.xhtml#ae0952e5f8ebf3384064550e3a74596f2', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['mrcserializer_2ecpp_472', ['mrcserializer.cpp', ['../mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mrcserializer_2ecpp_472', ['mrcserializer.cpp', ['../tests_2mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcserializer_2eh_473', ['mrcserializer.h', ['../mrcserializer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mrcunitstonm_474', ['mrcUnitsToNm', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a2c88f65071129ab9ec7530cc3ce4458c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['ms_475', ['ms', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#a0dca275a1044093cee09ab07b74262c8', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator']]], │ │ │ │ │ ['ms_5f_476', ['ms_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a44fde7ee1ab975eac60d5232f7d8e023', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ ['msd_477', ['Msd', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1Msd.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules']]], │ │ │ │ │ ['msd_2ecpp_478', ['msd.cpp', ['../modules_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_11.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -460,63 +460,63 @@ │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#abab20f57d9df210c6b3f6384c54f7212a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aa9e7df55e017bd726d027d65551bbd0ca6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440ba6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nonexistent_286', ['Nonexistent', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888a4ae5e9809862b352a35922a5bcb1bdf3', 1, 'device_information.h']]], │ │ │ │ │ ['nonfunctional_287', ['NonFunctional', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888a836c1376187303303ffb10b26f2a4422', 1, 'device_information.h']]], │ │ │ │ │ - ['nonlinear_288', ['nonlinear', ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::NonLinear'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::NonLinear'] │ │ │ │ │ + ['nonlinear_288', ['nonlinear', ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::NonLinear'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::NonLinear'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nonlocal_289', ['nonlocal', ['../namespacegmx.xhtml#a84de1dccdfb142b80c42b0b19f8c6548aedf6f2af1e5ce85c8f9ff667192169d0', 1, 'gmx::NonLocal'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a8593d10460a38e0d418692d63f962521aedf6f2af1e5ce85c8f9ff667192169d0', 1, 'gmx::NonLocal'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nonlocal_5fdone_290', ['nonlocal_done', ['../structNbnxmGpu.xhtml#a7c7aea1f8edd8460d24b4a36d07f1984', 1, 'NbnxmGpu']]], │ │ │ │ │ ['nooptionaloutput_291', ['NoOptionalOutput', ['../classgmx_1_1test_1_1NoOptionalOutput.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['nopbcjumps_292', ['NoPBCJumps', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a3c9450d09d1b92477398f1a26bbb11bf', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['norder_293', ['nOrder', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a916d6e0a08223001ef38a5b74043ab38', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ - ['norm_294', ['norm', ['../namespacegmx.xhtml#ac4968e669f258a20e94e885b49ef2934', 1, 'gmx::norm()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#aad63bfd2384a9d1f876b925ee95de1dc', 1, 'gmx::BasicVector::norm()'], │ │ │ │ │ + ['norm_294', ['norm', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#aad63bfd2384a9d1f876b925ee95de1dc', 1, 'gmx::BasicVector::norm()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ac4968e669f258a20e94e885b49ef2934', 1, 'gmx::norm(BasicVector< ValueType > v)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#abfc89b990a48f86125d9437b6050be46', 1, 'gmx::norm(T *v)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['norm2_295', ['norm2', ['../namespacegmx.xhtml#a9e1713a0b402535e1f59ebd7cf4d1b5b', 1, 'gmx::norm2()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#aac10162bd5e4aeae070a245d55404164', 1, 'gmx::BasicVector::norm2()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['norm_5fand_5fscale_5fvectors_296', ['norm_and_scale_vectors', ['../autocorr_8cpp.xhtml#ae225e0667d9a6856ba697f31ecc40ade', 1, 'autocorr.cpp']]], │ │ │ │ │ ['normal_297', ['Normal', ['../device__stream_8h.xhtml#a745c3a25d092600ae45b68d7e73d8319a960b44c579bc2f6818d2daaf9e4c16f0', 1, 'device_stream.h']]], │ │ │ │ │ - ['normaldistribution_298', ['normaldistribution', ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a96caccdbb3d6390fcb152f6f6a38a2e1', 1, 'gmx::NormalDistribution::NormalDistribution(result_type mean=0.0, result_type stddev=1.0)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a06215348b437434202cda73d44de8c99', 1, 'gmx::NormalDistribution::NormalDistribution(const param_type &param)'], │ │ │ │ │ + ['normaldistribution_298', ['normaldistribution', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a473f1363f6af80b169a66c49e0806794', 1, 'UmbrellaOptions::normalDistribution'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a06215348b437434202cda73d44de8c99', 1, 'gmx::NormalDistribution::NormalDistribution()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml', 1, 'gmx::NormalDistribution< RealType >'], │ │ │ │ │ - ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a473f1363f6af80b169a66c49e0806794', 1, 'UmbrellaOptions::normalDistribution'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a96caccdbb3d6390fcb152f6f6a38a2e1', 1, 'gmx::NormalDistribution::NormalDistribution()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['normaldistribution_2ecpp_299', ['normaldistribution.cpp', ['../normaldistribution_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['normaldistribution_2eh_300', ['normaldistribution.h', ['../normaldistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['normalization_301', ['normalization', ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440b', 1, 'gmx::Normalization'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#ga8dc818a96d0962c8bcb8f3c080d565c8', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::Normalization'] │ │ │ │ │ + ['normalization_301', ['normalization', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#ga8dc818a96d0962c8bcb8f3c080d565c8', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::Normalization'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440b', 1, 'gmx::Normalization'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['normalizationtype_5f_302', ['normalizationType_', ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml#a13a7cdfa3b51a59d927b3a6dc101bb48', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock']]], │ │ │ │ │ ['normalizationvalue_5f_303', ['normalizationValue_', ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml#ad7c3727d885b1c8276f38bcb8d770dd4', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock']]], │ │ │ │ │ ['normalize_5facf_304', ['normalize_acf', ['../autocorr_8cpp.xhtml#a415d5aa1ec90e0366c9754df28f3e180', 1, 'autocorr.cpp']]], │ │ │ │ │ ['normalizeblock_305', ['normalizeBlock', ['../namespacegmx.xhtml#a70bac9d01a06d35dc45d86a6bdba4f06', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['normalizedensities_5f_306', ['normalizeDensities_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#a108b0f7f69ade1010f60a941430e1434', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]], │ │ │ │ │ ['normalizefreeenergyandpmfsum_307', ['normalizefreeenergyandpmfsum', ['../namespacegmx.xhtml#ac1a9213632dd1a11d0ad5eb64eb211cc', 1, 'gmx::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a9734176eb05174d67c84c4f6c1d44a6d', 1, 'gmx::PointState::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['normalizeprobability_308', ['normalizeProbability', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#abc1ff464523654b5de9dd88ee7c036b4', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ │ ['normalizereferencedensity_309', ['normalizeReferenceDensity', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#aba089e24c17d4a809955ccb7fbcadd74', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup']]], │ │ │ │ │ ['normalizesumpositivevaluestounity_310', ['normalizeSumPositiveValuesToUnity', ['../namespacegmx.xhtml#a327f10cbb6dad34a7a108b93d3f5d4e1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['normalizevalue_311', ['normalizevalue', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a7b800b3a96308ce591b6ae34cf5817b6', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::normalizeValue()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#a714ef64c0797beedd1ffe8193b7b35a8', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::normalizeValue()'] │ │ │ │ │ + ['normalizevalue_311', ['normalizevalue', ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#a714ef64c0797beedd1ffe8193b7b35a8', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::normalizeValue()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a7b800b3a96308ce591b6ae34cf5817b6', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::normalizeValue()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['normalizevalues_312', ['normalizevalues', ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#afa99b6a8d6f5e06151d7f3b0f8817cfa', 1, 'gmx::OptionInfo::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ + ['normalizevalues_312', ['normalizevalues', ['../classanonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a41d05ec823b0c59328fe0272416509cf', 1, 'anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#afa99b6a8d6f5e06151d7f3b0f8817cfa', 1, 'gmx::OptionInfo::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a238bb8bb4773156da77fc2828453773e', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml#acfb88582bb18c5a1876b8299e3097bc3', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionStorage.xhtml#a3ae5bffb43f83750b8784665cafed6c2', 1, 'gmx::SelectionFileOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ - ['../classanonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a41d05ec823b0c59328fe0272416509cf', 1, 'anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a24fb31501a4f2bcc6b4f8f4308b9737c', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a238bb8bb4773156da77fc2828453773e', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::normalizeValues()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a24fb31501a4f2bcc6b4f8f4308b9737c', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::normalizeValues()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['normalmodes_2ecpp_313', ['normalmodes.cpp', ['../normalmodes_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['normalmodestest_314', ['NormalModesTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02normalmodes_8cpp_03_1_1NormalModesTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{normalmodes.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['nosehoover_5fvxi_315', ['nosehoover_vxi', ['../classt__state.xhtml#a349969aa77c689a1aa3d2a3f903ad2b3', 1, 't_state::nosehoover_vxi'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a6af6f95f1d4a30e290f6b724f0a313af', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nosehoover_vxi'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nosehoover_5fxi_316', ['nosehoover_xi', ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a611790ef9fc3907feed3c81b1c29b1db', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nosehoover_xi'], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_13.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -2,42 +2,42 @@ │ │ │ │ │ ['p_0', ['p', ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#af8e621e3296236f51d768438758b7cfe', 1, 'gmx_ana_poscalc_t::p'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selvalue__t.xhtml#a5ac7ec54e9c4bd24a4e1c525eb8ab996', 1, 'gmx_ana_selvalue_t::p'], │ │ │ │ │ ['../structt__methoddata__distance.xhtml#a4e60cc193bb2b70b0a199f573006cc2f', 1, 't_methoddata_distance::p'], │ │ │ │ │ ['../structpartition.xhtml#ae07c240cf01bfd862cd8233bb978e308', 1, 'partition::p'], │ │ │ │ │ ['../structt__methoddata__kweval.xhtml#a4652f5688fe92e8903f34b55572b6dd6', 1, 't_methoddata_kweval::p'], │ │ │ │ │ ['../structmethoddata__permute.xhtml#ab2ba3a38c146ec2ddf26bbade9938bdb', 1, 'methoddata_permute::p'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['p1_1', ['p1', ['../namespacegmx.xhtml#a6e4ce54343e36af1edaf514bd298959fa5f2b9323c39ee3c861a7b382d205c3d3', 1, 'gmx::P1'], │ │ │ │ │ - ['../structmethoddata__merge.xhtml#a4cfa6a26abef34e7898cb95313808995', 1, 'methoddata_merge::p1'] │ │ │ │ │ + ['p1_1', ['p1', ['../structmethoddata__merge.xhtml#a4cfa6a26abef34e7898cb95313808995', 1, 'methoddata_merge::p1'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a6e4ce54343e36af1edaf514bd298959fa5f2b9323c39ee3c861a7b382d205c3d3', 1, 'gmx::P1'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['p2_2', ['p2', ['../structmethoddata__merge.xhtml#a3b289de286d8a69f4d02910c3a246460', 1, 'methoddata_merge']]], │ │ │ │ │ ['package_3', ['Package', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Package.xhtml', 1, 'gmx::HardwareTopology']]], │ │ │ │ │ ['packageidinmachine_4', ['packageIdInMachine', ['../structgmx_1_1CpuInfo_1_1LogicalProcessor.xhtml#a4f9fa92734944301901b1dcd85093254', 1, 'gmx::CpuInfo::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ │ ['packagerankintopology_5', ['packageRankInTopology', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#a1b9ad69ea5aa8aca7f5595c889df2e7c', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ │ ['packages_6', ['packages', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Machine.xhtml#a74871628a052ed8f5cb82d2d53cd7c97', 1, 'gmx::HardwareTopology::Machine']]], │ │ │ │ │ ['packed_20j_20clusters_20of_20warps_7', ['of packed j clusters * # of warps', ['../structNbnxm_1_1gpu__plist.xhtml#autotoc_md108', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['packedboundingboxes_8', ['packedBoundingBoxes', ['../classNbnxm_1_1Grid.xhtml#a353b04469531e9ab020abdd48aa0e351', 1, 'Nbnxm::Grid']]], │ │ │ │ │ ['packedjclusterlist_9', ['PackedJClusterList', ['../classPackedJClusterList.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['packhaloexternal_10', ['PackHaloExternal', ['../classPackHaloExternal.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['packhalointernal_11', ['PackHaloInternal', ['../classPackHaloInternal.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paddedarrayref_12', ['paddedArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#af96cdc4e2ae79fc9e3de0a7ac3291b1f', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['paddedconstarrayref_13', ['paddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a3b87c53ddcde85eccd59b62fafc2fec3', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ - ['paddedhostvector_14', ['paddedhostvector', ['../state_8h.xhtml#ac8c51716c19f5f58463e856c19b39acb', 1, 'PaddedHostVector: state.h'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a5ec47a61b30ffcc249cc27ae5ea47da8', 1, 'gmx::PaddedHostVector'] │ │ │ │ │ + ['paddedhostvector_14', ['paddedhostvector', ['../namespacegmx.xhtml#a5ec47a61b30ffcc249cc27ae5ea47da8', 1, 'gmx::PaddedHostVector'], │ │ │ │ │ + ['../state_8h.xhtml#ac8c51716c19f5f58463e856c19b39acb', 1, 'PaddedHostVector: state.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['paddednumatomsincolumn_15', ['paddedNumAtomsInColumn', ['../classNbnxm_1_1Grid.xhtml#a95f443a30f4a01b8cb23197a95e51443', 1, 'Nbnxm::Grid']]], │ │ │ │ │ ['paddedsize_16', ['paddedSize', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#aa3d1b552af6106d1bb61426b4605add3', 1, 'gmx::PaddedVector']]], │ │ │ │ │ - ['paddedvector_17', ['paddedvector', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#ae8d292225db685d912d5be8f26d32d2d', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(size_type count, const allocator_type &allocator=Allocator())'], │ │ │ │ │ + ['paddedvector_17', ['paddedvector', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#aae517037a7e2a04806a72deffe661437', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(std::initializer_list< value_type > const &il)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#ae8d292225db685d912d5be8f26d32d2d', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(size_type count, const allocator_type &allocator=Allocator())'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx::PaddedVector< T, Allocator >'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#ac090f26229cc0e5ca4cf4f70d500dd9e', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(size_type count, value_type const &v, const allocator_type &allocator=Allocator())'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a8a5f5975b2207677f1e956060b02c1d2', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(allocator_type const &allocator)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#aae517037a7e2a04806a72deffe661437', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(std::initializer_list< value_type > const &il)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a1455b09f0cb0dd2b5f6ff5b092ecea08', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector const &o)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a99f036b6e7ea821ab24604474748c8f6', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector &&o) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#af634e58ae15af112df64a6e9f42a5460', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector &&o, const Allocator &alloc) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx::PaddedVector< T, Allocator >'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#af634e58ae15af112df64a6e9f42a5460', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector &&o, const Allocator &alloc) noexcept'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_2ecpp_18', ['paddedvector.cpp', ['../paddedvector_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_2eh_19', ['paddedvector.h', ['../paddedvector_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20gmx_3a_3abasicvector_20_3e_20', ['PaddedVector< gmx::BasicVector >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20real_20_3e_21', ['PaddedVector< real >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20rvec_20_3e_22', ['PaddedVector< RVec >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['paddedvectortest_23', ['PaddedVectorTest', ['../classgmx_1_1test_1_1PaddedVectorTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ @@ -84,53 +84,53 @@ │ │ │ │ │ ['pairlistset_2ecpp_51', ['pairlistset.cpp', ['../pairlistset_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistset_2eh_52', ['pairlistset.h', ['../pairlistset_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistsets_53', ['pairlistsets', ['../classPairlistSets.xhtml', 1, 'PairlistSets'], │ │ │ │ │ ['../classPairlistSets.xhtml#aff659b5683c9ee577e14d59d00d54633', 1, 'PairlistSets::PairlistSets()'], │ │ │ │ │ ['../structnonbonded__verlet__t.xhtml#aa57ad98496e4e60d07e2f2ef32dd483d', 1, 'nonbonded_verlet_t::pairlistSets()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairlistsets_2eh_54', ['pairlistsets.h', ['../pairlistsets_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pairlisttype_55', ['pairlisttype', ['../structPairlistParams.xhtml#a75f3a17ab82a7f2507529b6f178a57ef', 1, 'PairlistParams::pairlistType'], │ │ │ │ │ - ['../pairlistparams_8h.xhtml#a624e06b7bd2338b346b59aba9650f6d0', 1, 'PairlistType: pairlistparams.h'] │ │ │ │ │ + ['pairlisttype_55', ['pairlisttype', ['../pairlistparams_8h.xhtml#a624e06b7bd2338b346b59aba9650f6d0', 1, 'PairlistType: pairlistparams.h'], │ │ │ │ │ + ['../structPairlistParams.xhtml#a75f3a17ab82a7f2507529b6f178a57ef', 1, 'PairlistParams::pairlistType'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairlistwork_2ecpp_56', ['pairlistwork.cpp', ['../pairlistwork_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistwork_2eh_57', ['pairlistwork.h', ['../pairlistwork_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairs_58', ['Pairs', ['../classListedForces.xhtml#a73e4fa54dfd332da42036d5ae893da47aa07a589a90362b3346324844a3ad87ff', 1, 'ListedForces']]], │ │ │ │ │ - ['pairs_2ecpp_59', ['pairs.cpp', ['../pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pairs_2ecpp_59', ['pairs.cpp', ['../tests_2pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairs_2eh_60', ['pairs.h', ['../pairs_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pairsearch_61', ['pairsearch', ['../classPairSearch.xhtml', 1, 'PairSearch'], │ │ │ │ │ - ['../classPairSearch.xhtml#a65dadfe6bac46af5c17defee9a328a28', 1, 'PairSearch::PairSearch()'] │ │ │ │ │ + ['pairsearch_61', ['pairsearch', ['../classPairSearch.xhtml#a65dadfe6bac46af5c17defee9a328a28', 1, 'PairSearch::PairSearch()'], │ │ │ │ │ + ['../classPairSearch.xhtml', 1, 'PairSearch'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairsearch_2ecpp_62', ['pairsearch.cpp', ['../pairsearch_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairsearch_2eh_63', ['pairsearch.h', ['../pairsearch_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairsearchcoordinates_64', ['pairSearchCoordinates', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#af18643a5c0d8729b32e688d45fd7f8ca', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator']]], │ │ │ │ │ ['pairsearchwork_65', ['PairsearchWork', ['../structPairsearchWork.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paragraphbreak_66', ['paragraphBreak', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a6c24ca1470b3addda69ae236a6ea66b2', 1, 'gmx::HelpWriterContext']]], │ │ │ │ │ ['parallel_5f3dfft_5fexecute_5fgpu_5fwrapper_67', ['parallel_3dfft_execute_gpu_wrapper', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a13b15b5d3a7003ff0dfdba02aadbc97e', 1, 'pme_gpu.cpp']]], │ │ │ │ │ ['parallelconsistencyerror_68', ['parallelconsistencyerror', ['../classgmx_1_1ParallelConsistencyError.xhtml#a30850fa25d3059fa861607dd0eb20bd2', 1, 'gmx::ParallelConsistencyError::ParallelConsistencyError()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ParallelConsistencyError.xhtml', 1, 'gmx::ParallelConsistencyError'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['paralleldatastarted_69', ['paralleldatastarted', ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a3d06d76f51b9e41e945a997b21efd392', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ + ['paralleldatastarted_69', ['paralleldatastarted', ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#aeca0c095b7f31aec0f58643bed0e0895', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#af4720264b81a508876c8e21731585ab0', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#aef9b177d826d8afe625be7056ef2c607', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#ae58dd25d11bc02bd4af8b7f36df62edf', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#aeca0c095b7f31aec0f58643bed0e0895', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#af4720264b81a508876c8e21731585ab0', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::parallelDataStarted()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a3d06d76f51b9e41e945a997b21efd392', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#ae58dd25d11bc02bd4af8b7f36df62edf', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::parallelDataStarted()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['parallelizable_20handling_20of_20output_20data_20analysisdata_70', ['Parallelizable Handling of Output Data (analysisdata)', ['../group__module__analysisdata.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelization_71', ['Parallelization', ['../page_analysisdata.xhtml#section_analysisdata_parallelization', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelization_20over_20mpi_72', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelizationfactor_73', ['parallelizationFactor', ['../classgmx_1_1AnalysisDataParallelOptions.xhtml#ad581353e29513839c7ab04f429f50b61', 1, 'gmx::AnalysisDataParallelOptions']]], │ │ │ │ │ ['paralleloptions_2eh_74', ['paralleloptions.h', ['../paralleloptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelselection_75', ['parallelSelection', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a4e23dbf4cfd2554ac011664b49c1c7e0', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']]], │ │ │ │ │ ['parallelselections_76', ['parallelSelections', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a4ffe3dec6ef34ae7e6af7a46b9fc7d0b', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']]], │ │ │ │ │ - ['param_77', ['param', ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#adaa8c7d5f4803f33e80d1811aa0af1f8', 1, 'gmx::NormalDistribution::param()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a267faab6d4cd2e017603fe0f73500c38', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param()'], │ │ │ │ │ + ['param_77', ['param', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a267faab6d4cd2e017603fe0f73500c38', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ace6c727298fe514a14a114f41d00e206', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a843c35d5997b5075c35125a57cd6b937', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#adaa8c7d5f4803f33e80d1811aa0af1f8', 1, 'gmx::NormalDistribution::param()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#a35f0e16a9da71056786953c5095ae334', 1, 'gmx::GammaDistribution::param()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a0b4956164b6ed61094a550099fa90d3b', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::param'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#afd48ccc940b2c37d46c65bbeb5fb7ff3', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::param'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#ac5071065401d78716721b2d8512b9f75', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param() const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['param_5ftype_78', ['param_type', ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::ExponentialDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::GammaDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ │ @@ -846,38 +846,38 @@ │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a49a356bfb08d78cfe5e4a9e31b96367e', 1, 'gmx::EnumerationArray::pointer'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a7d3b7bcef0b244efc5d3da2fe2278390', 1, 'gmx::ArrayRef::pointer'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointers_2ecpp_504', ['pointers.cpp', ['../pointers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointers_2eh_505', ['pointers.h', ['../pointers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['points_506', ['points', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a3ac116746718cc0af400eb6c49e23e8b', 1, 'gmx::BiasState']]], │ │ │ │ │ ['pointsadded_507', ['pointsadded', ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#a1f5b2dbab42eb4ca8ce85d8324432824', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ada35de8665d5e2514f9b742fa668e3a2', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#ad17650bcebc55264c9fc8dcfc4e35e3d', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#a76d3359cbb6ec62060a543b03ef18509', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#a59635a206ddc8987538955f3a36c5cd9', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#abd4b1bd4f780c858218c2ed853002b20', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#af7097e86905c7133ccfd2242fbca9ad0', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a26723206e33708251bbba70eed673f44', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#a5b851f02915d11a13791ce5e7d49ab9d', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#aa73d00aa098a1f4dff8d9ab52c1b7400', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#ace93b671432df57c1f885d82c2fa2818', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#ad17650bcebc55264c9fc8dcfc4e35e3d', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ad0b6d871e1cae3cb49af5b5c3329e3eb', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a86f6a46cf64108dbab34f4faff53d011', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ada35de8665d5e2514f9b742fa668e3a2', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#aa5bc505d9b2c6f4e28b2ae8279dc9635', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#adcf1de40fc5879c1a12532635e81d479', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#abd4b1bd4f780c858218c2ed853002b20', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#a76d3359cbb6ec62060a543b03ef18509', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#a59635a206ddc8987538955f3a36c5cd9', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotModule.xhtml#a32ac3ced4c11a10e20775a32ee5d349b', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotModule::pointsAdded()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointsalonglambdaaxis_508', ['pointsAlongLambdaAxis', ['../namespacegmx.xhtml#aff07c7a9ebdd29aa1584af5d8820afcc', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pointset_509', ['pointset', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a98d9a081734b5a125b0f8d72013e5de6', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSet()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a780adb8176b23a810eb167b70723a8d9', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSet()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ad2e8bad8fb18c4e8a73342323bae7278', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSet(int index) const'] │ │ │ │ │ - ]], │ │ │ │ │ - ['pointsetcount_510', ['pointsetcount', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ac9c5ce5f1cf9f40a432a04e95c41b373', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSetCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a61c2ee6ccfc1bc2d0d53023676a18fba', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSetCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a6e0a2eb1e875073499c25f0d692e728c', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSetCount()'] │ │ │ │ │ + ['pointset_509', ['pointset', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a780adb8176b23a810eb167b70723a8d9', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSet()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ad2e8bad8fb18c4e8a73342323bae7278', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSet()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a98d9a081734b5a125b0f8d72013e5de6', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSet(int index) const'] │ │ │ │ │ + ]], │ │ │ │ │ + ['pointsetcount_510', ['pointsetcount', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a6e0a2eb1e875073499c25f0d692e728c', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSetCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ac9c5ce5f1cf9f40a432a04e95c41b373', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSetCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a61c2ee6ccfc1bc2d0d53023676a18fba', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSetCount()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointshavedifferentlambda_511', ['pointsHaveDifferentLambda', ['../namespacegmx.xhtml#aae9bf2b5e56f777f3c61fddadcbb78cb', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pointstate_512', ['pointstate', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a2141bf32d5fe8de87bd0769221d9d831', 1, 'gmx::PointState::PointState()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PointState.xhtml', 1, 'gmx::PointState'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointstate_2ecpp_513', ['pointstate.cpp', ['../pointstate_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointstate_2eh_514', ['pointstate.h', ['../pointstate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -887,77 +887,77 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1KeyValueTreePath.xhtml#a6a499eede7dbd2c0df803d06f7a2fb1d', 1, 'gmx::KeyValueTreePath::pop_back()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pop_5flast_518', ['pop_last', ['../classgmx_1_1KeyValueTreePath.xhtml#a3d56878a0b33dd289ae7046d0ef86bd6', 1, 'gmx::KeyValueTreePath']]], │ │ │ │ │ ['populatemoleculetype_519', ['populateMoleculeType', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02com_8cpp_03.xhtml#aa7970a5640bd23bc600abb150f6e9691', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{com.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['port_520', ['port', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a1583187db4ad04a5c7ea5fbb8c58758a', 1, 'gmx::ImdSession::Impl::port'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1ImdOptions.xhtml#a6d9afb10ab4e701009c11db4875e1056', 1, 'gmx::ImdOptions::port'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pos_521', ['pos', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#ace1a860f95c6d3af285244aa15d3d172', 1, 't_UmbrellaWindow::pos'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#ac78b536909e9843043af491cc3df4775', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::pos'] │ │ │ │ │ + ['pos_521', ['pos', ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#ac78b536909e9843043af491cc3df4775', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::pos'], │ │ │ │ │ + ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#ace1a860f95c6d3af285244aa15d3d172', 1, 't_UmbrellaWindow::pos'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pos_5fall_522', ['POS_ALL', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2a48ca90dd084e7d893fc320f2269a50d3', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fall_5fpbc_523', ['POS_ALL_PBC', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2ad65f5f38fe21e3709ffa21fadf007fd7', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fatom_524', ['POS_ATOM', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2a91ffdb6964763d88b5a784de222833d8', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fcomplmax_525', ['POS_COMPLMAX', ['../poscalc_8h.xhtml#a51ff971fa79e81dad91a94091995de8a', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fcomplwhole_526', ['POS_COMPLWHOLE', ['../poscalc_8h.xhtml#acb6721f6727690335c169552fcc860f5', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fdynamic_527', ['POS_DYNAMIC', ['../poscalc_8h.xhtml#a62eb7b0a0896e61e43ad4345ee3bb2dd', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fforces_528', ['POS_FORCES', ['../poscalc_8h.xhtml#a1d2128603326a76171d1d3c0e2cd2f44', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fmaskonly_529', ['POS_MASKONLY', ['../poscalc_8h.xhtml#a3586daeaab8b4ff970ae759b3677e7fd', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fmass_530', ['POS_MASS', ['../poscalc_8h.xhtml#ae2fb2ab85a6006e1061ed6af99c1f39f', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fmol_531', ['POS_MOL', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2a832073c54a9cb1a05ae87c25315fcd7e', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fres_532', ['POS_RES', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2a6e4eae73e805ce492df6c75c55ab712a', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fvalue_533', ['POS_VALUE', ['../selvalue_8h.xhtml#a70b42b87d434580bf1493591857b8beca31a47fbfbc85ad1472ce3d2a168fd1ec', 1, 'selvalue.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fvelocities_534', ['POS_VELOCITIES', ['../poscalc_8h.xhtml#a809bf5cbef405aeb9bc497aa54f3c5f0', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ - ['poscalc_2ecpp_535', ['poscalc.cpp', ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['poscalc_2ecpp_535', ['poscalc.cpp', ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['poscalc_2eh_536', ['poscalc.h', ['../poscalc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['poscount_537', ['poscount', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#aad49c4ea69ef0cc81207383b4ba5cfb5', 1, 'gmx::internal::SelectionData::posCount()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#ac01e4247bdc9f727b4dffc28cf423f3c', 1, 'gmx::Selection::posCount() const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['position_538', ['position', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a7b9d71d9e03043491c475a683f73587b', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ │ ['position_20swapping_20swap_539', ['"Computational Electrophysiology" position swapping (swap)', ['../group__module__swap.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_2ecpp_540', ['position.cpp', ['../position_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_2eh_541', ['position.h', ['../position_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_5fdistance_542', ['position_distance', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#a14f11157569bf72288adc0fe5768e5fc', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs']]], │ │ │ │ │ - ['position_5frestraints_2ecpp_543', ['position_restraints.cpp', ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['position_5frestraints_2ecpp_543', ['position_restraints.cpp', ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['position_5frestraints_2eh_544', ['position_restraints.h', ['../position__restraints_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['positionandamplitude_545', ['PositionAndAmplitude', ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters_1_1PositionAndAmplitude.xhtml', 1, 'gmx::GaussianSpreadKernelParameters']]], │ │ │ │ │ ['positioncalculationcollection_546', ['positioncalculationcollection', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#aef3a4272761b50e6f351a53360d89a3d', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::PositionCalculationCollection()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['positionoffset_547', ['positionOffset', ['../structgmx_1_1MttkPropagatorConnectionDetails.xhtml#aea7d4003b9200b259afe520937dbfe3c', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnectionDetails']]], │ │ │ │ │ - ['positions_548', ['positions', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02updategroupscog_8cpp_03.xhtml#a73274bf23d08bc07d6dd330b2f60ef3e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{updategroupscog.cpp}::positions'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796ca3160eb21973806e4291c3979d4aa242e', 1, 'gmx::Positions'] │ │ │ │ │ + ['positions_548', ['positions', ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796ca3160eb21973806e4291c3979d4aa242e', 1, 'gmx::Positions'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02updategroupscog_8cpp_03.xhtml#a73274bf23d08bc07d6dd330b2f60ef3e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{updategroupscog.cpp}::positions'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['positionsandvelocities_549', ['PositionsAndVelocities', ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796cad3b078b311589ad4f94c755832ef725e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['positionscalingcallback_550', ['positionScalingCallback', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#ac9a40ecf45c6079ba2b3468daefb435f', 1, 'gmx::Propagator']]], │ │ │ │ │ ['positionsdatabase_5f_551', ['positionsDatabase_', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02shake_8cpp_03_1_1ShakeTest.xhtml#a3769054ae45b43a80c37182af391ae95', 1, 'gmx::anonymous_namespace{shake.cpp}::ShakeTest']]], │ │ │ │ │ ['positionsfromstatepointer_552', ['positionsFromStatePointer', ['../state_8h.xhtml#a22b7ca0d7d3996a20a72968938a80ba6', 1, 'state.h']]], │ │ │ │ │ ['positionsonly_553', ['PositionsOnly', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290aa8c00c1476cfbfe7441cf0f15fa06bc1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['positionsview_554', ['positionsView', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#af6c40b68aabb89ee5233dbabebf98864', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ │ ['positionsymbol_555', ['PositionSymbol', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol.xhtml#ae1aa823f90fa95c285240878c93d295fad0f3a23ad1e73286b34f61ee68672b3e', 1, 'gmx::SelectionParserSymbol']]], │ │ │ │ │ ['posres_556', ['posres', ['../namespaceanonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#adf00beae35a89f37c0d53ca985e23fe0', 1, 'anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['posres_5fdx_557', ['posres_dx', ['../namespaceanonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#a00f0403928b33d3323871b31dd1ac732', 1, 'anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['posres_5fwrapper_558', ['posres_wrapper', ['../position__restraints_8cpp.xhtml#a58f967e206a57fa6e6396d8b533f898f', 1, 'posres_wrapper(t_nrnb *nrnb, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec *x, gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ │ ['../position__restraints_8h.xhtml#a58f967e206a57fa6e6396d8b533f898f', 1, 'posres_wrapper(t_nrnb *nrnb, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec *x, gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['posres_5fwrapper_5flambda_559', ['posres_wrapper_lambda', ['../position__restraints_8cpp.xhtml#ace8b83a624153c4898d9d18c0f87e887', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../position__restraints_8h.xhtml#ace8b83a624153c4898d9d18c0f87e887', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ │ + ['posres_5fwrapper_5flambda_559', ['posres_wrapper_lambda', ['../position__restraints_8h.xhtml#ace8b83a624153c4898d9d18c0f87e887', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../position__restraints_8cpp.xhtml#ace8b83a624153c4898d9d18c0f87e887', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['posres_5fxa_560', ['posres_xA', ['../structgmx__molblock__t.xhtml#a91f1775f42ddf8a37ad39b0b7459d267', 1, 'gmx_molblock_t']]], │ │ │ │ │ ['posres_5fxb_561', ['posres_xB', ['../structgmx__molblock__t.xhtml#a5b3613d862d2a95219d7777ee428a636', 1, 'gmx_molblock_t']]], │ │ │ │ │ ['postprocess_5fitem_5fsubexpressions_562', ['postprocess_item_subexpressions', ['../compiler_8cpp.xhtml#a794bd695ad208084dc7018e4c90735c1', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['potanglefit_563', ['PotAngleFit', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#a4cc2873968b4ca417ed95b384e0071f6', 1, 'gmx_enfrotgrp']]], │ │ │ │ │ ['potential_564', ['potential', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#acb463578c26791ab925cbccf9b80a54c', 1, 'gmx::AwhParams']]], │ │ │ │ │ ['potentialenergytoleranceforsystem_5fg_565', ['potentialEnergyToleranceForSystem_g', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02minimize_8cpp_03.xhtml#ad5974d97a10a30cde5ab5fd313209934', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{minimize.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['potentialpointdata_566', ['potentialpointdata', ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml', 1, 'gmx::PotentialPointData'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#ac14487f6eed0c13f63ae059a67475ea9', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData(const Vector &f, const real e)'], │ │ │ │ │ + ['potentialpointdata_566', ['potentialpointdata', ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#ac14487f6eed0c13f63ae059a67475ea9', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml', 1, 'gmx::PotentialPointData'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#a8e8485dce1b281d718953552e9d53f6b', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['potentialswitchfunction_567', ['potentialSwitchFunction', ['../namespacegmx.xhtml#a590bff027abbf17255630f3832bdf0d5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['potentialswitchfunctionderivative_568', ['potentialSwitchFunctionDerivative', ['../namespacegmx.xhtml#a76be08d6aa10394167c1f800488e5e86', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power12_569', ['power12', ['../namespacegmx.xhtml#a800ac84e9ee71a2dc0eedda74bea1513', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power3_570', ['power3', ['../namespacegmx.xhtml#abda6daf50f5129fb74816db29e411497', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power4_571', ['power4', ['../namespacegmx.xhtml#a304b15bae3a2a8277f686d4dfc9fa946', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -1296,45 +1296,45 @@ │ │ │ │ │ ['pullcheckpbcwithingroup_809', ['pullCheckPbcWithinGroup', ['../pull_8h.xhtml#ab09591734914d2d04d712aebfbf23972', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['pullcheckpbcwithingroups_810', ['pullCheckPbcWithinGroups', ['../pull_8h.xhtml#a22765fba515ab711be631bbbe08310e7', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['pullcoordexpressionparser_811', ['pullcoordexpressionparser', ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml#a69a4582d47f4dbbfdee1fff7be371bb0', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser::PullCoordExpressionParser()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pullcoordexpressionparser_2eh_812', ['pullcoordexpressionparser.h', ['../pullcoordexpressionparser_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullcoordindex_5f_813', ['pullCoordIndex_', ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml#a2af1237e8b1f71f4130b923bd2ed1c7d', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem']]], │ │ │ │ │ - ['pulldimparams_814', ['pulldimparams', ['../structgmx_1_1DimParams_1_1PullDimParams.xhtml', 1, 'gmx::DimParams::PullDimParams'], │ │ │ │ │ + ['pulldimparams_814', ['pulldimparams', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#ae85515d4f2dbadb5f05849791cf7aa2c', 1, 'gmx::DimParams::pullDimParams() const'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a2bca3ab6e4db03bd35113c1f95f5df80', 1, 'gmx::DimParams::pullDimParams(double conversionFactor, double forceConstant, double beta)'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#ae85515d4f2dbadb5f05849791cf7aa2c', 1, 'gmx::DimParams::pullDimParams() const'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DimParams_1_1PullDimParams.xhtml', 1, 'gmx::DimParams::PullDimParams'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pullelement_815', ['pullelement', ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#ad0a8fb319d8d31c9233ed736f4f5675e', 1, 'gmx::PullElement::PullElement()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml', 1, 'gmx::PullElement'] │ │ │ │ │ + ['pullelement_815', ['pullelement', ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml', 1, 'gmx::PullElement'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#ad0a8fb319d8d31c9233ed736f4f5675e', 1, 'gmx::PullElement::PullElement()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pullelement_2ecpp_816', ['pullelement.cpp', ['../pullelement_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullelement_2eh_817', ['pullelement.h', ['../pullelement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullgroupgeometry_818', ['PullGroupGeometry', ['../md__enums_8h.xhtml#a3c39678b5ca68fa66b7f12615f9c2d22', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['pullhistory_819', ['pullHistory', ['../structObservablesHistory.xhtml#a97a66d7379fb71dfb6799ee15528f2a4', 1, 'ObservablesHistory']]], │ │ │ │ │ ['pullhistory_2eh_820', ['pullhistory.h', ['../pullhistory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullingalgorithm_821', ['PullingAlgorithm', ['../md__enums_8h.xhtml#a07879277b22cbe7bbee52b15e64f79c8', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['pullintegrationtest_822', ['PullIntegrationTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pull_8cpp_03_1_1PullIntegrationTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pull.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['pullwork_5f_823', ['pullWork_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a8c851007cc9b4141a269a726a13085b6', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ ['pupdate_824', ['pupdate', ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#a1c5c0b8aa5193ea0b329a649a9e166e7', 1, 'gmx_ana_selmethod_t']]], │ │ │ │ │ ['push_5fback_825', ['push_back', ['../classPackedJClusterList.xhtml#a92768b447afa8c44186ea869b3c58c0c', 1, 'PackedJClusterList::push_back()'], │ │ │ │ │ - ['../classJClusterList.xhtml#a4b24dd3bf53c0253b5f669d06d20bf0c', 1, 'JClusterList::push_back()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a7f467c55adb55be93e945db68d21c7c9', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::push_back()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a7f467c55adb55be93e945db68d21c7c9', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::push_back()'], │ │ │ │ │ + ['../classJClusterList.xhtml#a4b24dd3bf53c0253b5f669d06d20bf0c', 1, 'JClusterList::push_back()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pushback_826', ['pushBack', ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#ae18ce1449394739fcece544b581cb276', 1, 'gmx::ListOfLists']]], │ │ │ │ │ ['pushbacklistofsize_827', ['pushBackListOfSize', ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#a5cc2f517914ce460fbbc72fe7abd4c72', 1, 'gmx::ListOfLists']]], │ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5fbox_828', ['put_atoms_in_box', ['../pbc_8cpp.xhtml#a610564f01ba42ba37b644eec1bb8d3df', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5fbox_5fomp_829', ['put_atoms_in_box_omp', ['../pbc_8cpp.xhtml#a40a33ad9c319d581155eba31d9d26b17', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5fcompact_5funitcell_830', ['put_atoms_in_compact_unitcell', ['../pbc_8cpp.xhtml#a428ad6fc47d5d0b15c96ca4c1b6cb903', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5ftriclinic_5funitcell_831', ['put_atoms_in_triclinic_unitcell', ['../pbc_8cpp.xhtml#a55aaad77afec7b9eaebb70b687754d03', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['put_5fsymtab_832', ['put_symtab', ['../symtab_8cpp.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../symtab_8h.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ + ['put_5fsymtab_832', ['put_symtab', ['../symtab_8h.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../symtab_8cpp.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['putatomsinbox_833', ['putAtomsInBox', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a16e9acd28f4b4c994840404345c7e850', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['putatomsongrid_834', ['putAtomsOnGrid', ['../structnonbonded__verlet__t.xhtml#a7cde7e49fcded68b8e9538db340db2c4', 1, 'nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ - ['putongrid_835', ['putongrid', ['../classPairSearch.xhtml#ac76544e7e256954a6c0acc8d71314956', 1, 'PairSearch::putOnGrid()'], │ │ │ │ │ - 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['qmmminputgenerator_2ecpp_20', ['qmmminputgenerator.cpp', ['../tests_2qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['qmmminputgenerator_2ecpp_20', ['qmmminputgenerator.cpp', ['../qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmminputgenerator_2eh_21', ['qmmminputgenerator.h', ['../qmmminputgenerator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmmdptransformfromstring_22', ['QMMMMdpTransformFromString', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02qmmmoptions_8cpp_03.xhtml#a704afcf71de3ae29cf3c3a260c8e8e0c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmmoptions.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['qmmmmoduleinfo_23', ['QMMMModuleInfo', ['../structgmx_1_1QMMMModuleInfo.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['qmmmoptions_24', ['QMMMOptions', ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['qmmmoptions_2ecpp_25', ['qmmmoptions.cpp', ['../qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['qmmmoptions_2ecpp_25', ['qmmmoptions.cpp', ['../tests_2qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmmoptions_2eh_26', ['qmmmoptions.h', ['../qmmmoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmoutputprovider_27', ['QMMMOutputProvider', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMMOutputProvider.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['qmmmparameters_28', ['qmmmparameters', ['../structgmx_1_1QMMMParameters.xhtml#a275f36e517da6e79cc9b029dca05e559', 1, 'gmx::QMMMParameters::QMMMParameters()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1QMMMParameters.xhtml', 1, 'gmx::QMMMParameters'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmmqmmethod_29', ['QMMMQMMethod', ['../namespacegmx.xhtml#ae35b2c8b377f35030a2b9dfb697e2ea3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['qmmmsimulationparametersetup_30', ['QMMMSimulationParameterSetup', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMMSimulationParameterSetup.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['qmmmtopologyinfo_31', ['QMMMTopologyInfo', ['../structgmx_1_1QMMMTopologyInfo.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['qmmmtopologypreprocessor_32', ['qmmmtopologypreprocessor', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#a9cbf3dfe9cc1e591acdb6bf5723d54a8', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor::QMMMTopologyPreprocessor()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['qmmmtopologypreprocessor_2ecpp_33', ['qmmmtopologypreprocessor.cpp', ['../qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['qmmmtopologypreprocessor_2ecpp_33', ['qmmmtopologypreprocessor.cpp', ['../tests_2qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmmtopologypreprocessor_2eh_34', ['qmmmtopologypreprocessor.h', ['../qmmmtopologypreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmtypes_2eh_35', ['qmmmtypes.h', ['../qmmmtypes_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmultiplicity_5f_36', ['qmMultiplicity_', ['../structgmx_1_1QMMMParameters.xhtml#a7a6462874d94f1796438498baf316205', 1, 'gmx::QMMMParameters']]], │ │ │ │ │ ['qmpdb_5f_37', ['qmPdb_', ['../structgmx_1_1QMMMParameters.xhtml#aa744e90d045c43378c79f232ad5569df', 1, 'gmx::QMMMParameters']]], │ │ │ │ │ ['qmtrans_38', ['qmTrans', ['../classgmx_1_1QMMMInputGenerator.xhtml#afe2a5eef7dcb5e0bb01b2cf091fb54b7', 1, 'gmx::QMMMInputGenerator']]], │ │ │ │ │ ['qmtrans_5f_39', ['qmTrans_', ['../structgmx_1_1QMMMParameters.xhtml#a8e2f8f012ba8f6d14a7acc0a6e7fa12a', 1, 'gmx::QMMMParameters']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_15.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -84,16 +84,16 @@ │ │ │ │ │ ['../structNBParamGpu.xhtml#a093f588a05a481f1622bc106386c7df5', 1, 'NBParamGpu::rcoulomb_sq'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rcp_50', ['rcp', ['../group__module__simd.xhtml#ga48cb29271cf7ac44a06cfe20e5c29dc2', 1, 'gmx::rcp(SimdFloat x)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga4c2c3eae5c42d898373ec6e90dd99064', 1, 'gmx::rcp(SimdDouble x)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rcut_5fcoulomb_51', ['rcut_coulomb', ['../structpme__setup__t.xhtml#a10b26bc4762a645db835d9e55df7324c', 1, 'pme_setup_t']]], │ │ │ │ │ ['rdf_52', ['Rdf', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02rdf_8cpp_03_1_1Rdf.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['rdf_2ecpp_53', ['rdf.cpp', ['../modules_2rdf_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2rdf_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['rdf_2ecpp_53', ['rdf.cpp', ['../tests_2rdf_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../modules_2rdf_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rdf_2eh_54', ['rdf.h', ['../rdf_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['rdfmoduledata_55', ['rdfmoduledata', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02rdf_8cpp_03_1_1RdfModuleData.xhtml#a1aaa209e9ec17919e6ed89cd2ba508d6', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::RdfModuleData::RdfModuleData()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02rdf_8cpp_03_1_1RdfModuleData.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::RdfModuleData'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rdfmoduletest_56', ['RdfModuleTest', ['../namespaceanonymous__namespace_02rdf_8cpp_03.xhtml#a557aa8a9fd514da1eb74ebecb02e01a5', 1, 'anonymous_namespace{rdf.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['reactionfieldexclusioncorrection_57', ['reactionFieldExclusionCorrection', ['../tpi_8cpp.xhtml#ab106b4dcf8da8736674dd5ad709e82e6', 1, 'tpi.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -106,31 +106,31 @@ │ │ │ │ │ ['read_5ftpr_5fheader_64', ['read_tpr_header', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a7722683aae4a7fbeca3de229f7efedab', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ ['read_5ftpr_5fpullxf_5ffiles_65', ['read_tpr_pullxf_files', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a9adfb4b234ea6645e67a85f6b1503fc5', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ ['read_5fwham_5fin_66', ['read_wham_in', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a2b227e67bccc413b5352a9011f9dd2ce', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ ['readall_67', ['readAll', ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a0fe2f628d9f57041bd5c14a712e5c0b1', 1, 'gmx::TextReader']]], │ │ │ │ │ ['readatomicstructurefactors_68', ['readAtomicStructureFactors', ['../namespacegmx.xhtml#a2a8d393afe70146222257f8bb955b627', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['readcharbufferfromfile_69', ['readCharBufferFromFile', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcdensitymap_8cpp_03.xhtml#a251ae26a44272d5cd9fcf0f78898d0aa', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcdensitymap.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['readcheckpoint_70', ['readcheckpoint', ['../classgmx_1_1ITemperatureCouplingImpl.xhtml#a94f280e3751b37b4b109a5ff63054b74', 1, 'gmx::ITemperatureCouplingImpl::readCheckpoint()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1VRescaleTemperatureCoupling.xhtml#a90f8b87a5b2b0416bab500aebe63a996', 1, 'gmx::VRescaleTemperatureCoupling::readCheckpoint()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NoseHooverTemperatureCoupling.xhtml#ad15e911e803e015e6473f7c1eb7f281c', 1, 'gmx::NoseHooverTemperatureCoupling::readCheckpoint()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BerendsenTemperatureCoupling.xhtml#aa01f54a2056e9aa0a6fa87d52c4d027f', 1, 'gmx::BerendsenTemperatureCoupling::readCheckpoint()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NoseHooverTemperatureCoupling.xhtml#ad15e911e803e015e6473f7c1eb7f281c', 1, 'gmx::NoseHooverTemperatureCoupling::readCheckpoint()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VRescaleTemperatureCoupling.xhtml#a90f8b87a5b2b0416bab500aebe63a996', 1, 'gmx::VRescaleTemperatureCoupling::readCheckpoint()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readcheckpointdata_71', ['ReadCheckpointData', ['../namespacegmx.xhtml#abd9cf155c3e31c8c699051ad1dea3d3b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['readcheckpointdataholder_72', ['ReadCheckpointDataHolder', ['../classgmx_1_1ReadCheckpointDataHolder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['readcheckpointtotrxframe_73', ['readcheckpointtotrxframe', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#a333328298283d95aa84be76408da4a7f', 1, 'gmx::StatePropagatorData::readCheckpointToTrxFrame()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ModularSimulator.xhtml#a14f99d57fa6ff26d83990460b8e0e097', 1, 'gmx::ModularSimulator::readCheckpointToTrxFrame()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData.xhtml#a7dd83b0ad9158a757e111837bc404731', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::readCheckpointToTrxFrame()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData.xhtml#a7dd83b0ad9158a757e111837bc404731', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::readCheckpointToTrxFrame()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ModularSimulator.xhtml#a14f99d57fa6ff26d83990460b8e0e097', 1, 'gmx::ModularSimulator::readCheckpointToTrxFrame()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readchildentries_74', ['readChildEntries', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__xml_8cpp_03.xhtml#a69a563fe5bf6aca78b09435324e5fa06', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_xml.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['readcommand_75', ['readCommand', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a05320ddc33e42dbdd61c7b87eeca7f4b', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['readdouble_76', ['readDouble', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a18e0f91a26a44eba0461f0b29db52b3a', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ ['readedvecwithreferenceprojection_77', ['readEdVecWithReferenceProjection', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#ac6f9e82412778fba12ba7c87e6be5636', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['readentry_78', ['readEntry', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__xml_8cpp_03.xhtml#aff99e1e654b284a758c0a54737bb2171', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_xml.cpp}']]], │ │ │ │ │ - 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['readkvtcheckpointvalue_91', ['readkvtcheckpointvalue', ['../namespacegmx.xhtml#a868475d2fdb19a816c1170bd8a7e923f', 1, 'gmx::readKvtCheckpointValue(compat::not_null< ValueType * > value, const std::string &name, const std::string &identifier, const KeyValueTreeObject &kvt)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#acf49b322c7346edb9b5d2e5cbbff100c', 1, 'gmx::readKvtCheckpointValue(compat::not_null< std::int64_t * > value, const std::string &name, const std::string &identifier, const KeyValueTreeObject &kvt)'], │ │ │ │ │ + ['readkvtcheckpointvalue_91', ['readkvtcheckpointvalue', ['../namespacegmx.xhtml#acf49b322c7346edb9b5d2e5cbbff100c', 1, 'gmx::readKvtCheckpointValue(compat::not_null< std::int64_t * > value, const std::string &name, const std::string &identifier, const KeyValueTreeObject &kvt)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a868475d2fdb19a816c1170bd8a7e923f', 1, 'gmx::readKvtCheckpointValue(compat::not_null< ValueType * > value, const std::string &name, const std::string &identifier, const KeyValueTreeObject &kvt)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a05084482777d678a18da8a32b7410fba', 1, 'gmx::readKvtCheckpointValue(compat::not_null< real * > value, const std::string &name, const std::string &identifier, const KeyValueTreeObject &kvt)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readline_92', ['readline', ['../classgmx_1_1StandardInputStream.xhtml#a1c31a636987618552b18e9ec72c77400', 1, 'gmx::StandardInputStream::readLine()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml#a22384d24f47f270203e74d1b8f765234', 1, 'gmx::TextInputFile::readLine()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextInputStream.xhtml#addd5947a5b6f6065db02467d8f3c5137', 1, 'gmx::TextInputStream::readLine()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a8a4578260ea39592894870109d92e723', 1, 'gmx::TextReader::readLine()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextInputStream.xhtml#addd5947a5b6f6065db02467d8f3c5137', 1, 'gmx::TextInputStream::readLine()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StringInputStream.xhtml#a5312438a2d0d1ff527c027a4d7b5181d', 1, 'gmx::StringInputStream::readLine()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readlineimpl_93', ['readLineImpl', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02filestream_8cpp_03.xhtml#a790ebb9ff1c047f07a40d8e253abc7e5', 1, 'gmx::anonymous_namespace{filestream.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['readnextframe_94', ['readnextframe', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml#a42ea08dac69a6d50fa38b84ec3ce513e', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon::readNextFrame()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyFrameReader.xhtml#a518629ed972ceaf34296efab0fa3876e', 1, 'gmx::test::EnergyFrameReader::readNextFrame()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameReader.xhtml#a63117177e0d578d9a15c12db7bb9f680', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameReader::readNextFrame()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -163,16 +163,16 @@ │ │ │ │ │ ['readreferencedatafile_96', ['readReferenceDataFile', ['../group__module__testutils.xhtml#gaca906b8c921bc54965ffa4750d6bfbc9', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['readreferencedensityfromfile_97', ['readReferenceDensityFromFile', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#ad4e222142529fd47f5bef11ea129fc7f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup']]], │ │ │ │ │ ['readresiduedatabase_98', ['readResidueDatabase', ['../resall_8h.xhtml#a50a12a882cf1a437fca36c47ce6d23d1', 1, 'resall.cpp']]], │ │ │ │ │ ['readstate_99', ['readstate', ['../structgmx_1_1ColvarsForceProviderState.xhtml#a14e15e0a9533b3a6d71508a927f0e5bd', 1, 'gmx::ColvarsForceProviderState::readState()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1DensityFittingForceProviderState.xhtml#a2911de3619c7d463438ddd52813ffde5', 1, 'gmx::DensityFittingForceProviderState::readState()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readstring_100', ['readString', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a38fcda0cfed63c609eeffe629101ce42', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ - 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['selectioncollection_2ecpp_220', ['selectioncollection.cpp', ['../selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['selectioncollection_2ecpp_220', ['selectioncollection.cpp', ['../tests_2selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectioncollection_2eh_221', ['selectioncollection.h', ['../selectioncollection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selectioncollection_5fimpl_2eh_222', ['selectioncollection_impl.h', ['../selectioncollection__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selectiondata_223', ['selectiondata', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#a1424b17d6e37e120fe5f8f0eb74a99e7', 1, 'gmx::internal::SelectionData::SelectionData()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml', 1, 'gmx::internal::SelectionData'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectiondatalist_224', ['SelectionDataList', ['../namespacegmx.xhtml#ab5559201ddf8596d12d99a3c3e45e989', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -360,47 +360,47 @@ │ │ │ │ │ ['selectionoption_237', ['selectionoption', ['../classgmx_1_1SelectionOption.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOption'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOption.xhtml#a3b7fd0aeff67eb82d3e42adfe912ee4d', 1, 'gmx::SelectionOption::SelectionOption()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionoption_2ecpp_238', ['selectionoption.cpp', ['../selectionoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2selectionoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionoption_2eh_239', ['selectionoption.h', ['../selectionoption_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['selectionoptionmanager_244', ['selectionoptionmanager', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager.xhtml#abfcd429376957cf60d31daed35726a85', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::SelectionOptionManager()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionManager'] │ │ │ │ │ + ['selectionoptionmanager_244', ['selectionoptionmanager', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionManager'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager.xhtml#abfcd429376957cf60d31daed35726a85', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::SelectionOptionManager()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionoptionmanager_2ecpp_245', ['selectionoptionmanager.cpp', ['../selectionoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selectionoptionmanager_2eh_246', ['selectionoptionmanager.h', ['../selectionoptionmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['selectionoptionstorage_247', ['selectionoptionstorage', ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage'], │ │ │ │ │ + ['selectionoptionstorage_247', ['selectionoptionstorage', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a3dd781afa3dc217f65462ce050a61552', 1, 'gmx::Selection::SelectionOptionStorage'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml#aecf586e2202f78eaf691bfda3ce76ce3', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage::SelectionOptionStorage()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager.xhtml#a3dd781afa3dc217f65462ce050a61552', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::SelectionOptionStorage'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a3dd781afa3dc217f65462ce050a61552', 1, 'gmx::Selection::SelectionOptionStorage'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOption.xhtml#a3dd781afa3dc217f65462ce050a61552', 1, 'gmx::SelectionOption::SelectionOptionStorage'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionoptionstorage_2eh_248', ['selectionoptionstorage.h', ['../selectionoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selectionoptiontest_249', ['SelectionOptionTest', ['../namespaceanonymous__namespace_02selectionoption_8cpp_03.xhtml#ad99a9b270cf6de85ac410309df322590', 1, 'anonymous_namespace{selectionoption.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['selectionparserparameter_250', ['SelectionParserParameter', ['../classgmx_1_1SelectionParserParameter.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionparserparameterlist_251', ['SelectionParserParameterList', ['../namespacegmx.xhtml#a2000e8454576fcfcd5a8fdc5d060da4e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionparserparameterlistpointer_252', ['SelectionParserParameterListPointer', ['../namespacegmx.xhtml#af69a9fb56d051d95e77a90d57a9fa42e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionparsersymbol_253', ['SelectionParserSymbol', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionparsersymboliterator_254', ['selectionparsersymboliterator', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolIterator.xhtml', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolIterator'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml#a52ff44641590304f3b65ae1e3ecf1ebf', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable::SelectionParserSymbolIterator'], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolIterator.xhtml#a6f47492a3d07b5596df7c88528a15e1c', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolIterator::SelectionParserSymbolTable'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml#a0e527683bcbb13c1ccf66187e380c3a6', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable::SelectionParserSymbolTable()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionparservalue_256', ['SelectionParserValue', ['../classgmx_1_1SelectionParserValue.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionparservaluelist_257', ['SelectionParserValueList', ['../namespacegmx.xhtml#aec46c9561c55f7595677160ee727395d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionparservaluelistpointer_258', ['SelectionParserValueListPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a043953ace26fa6e1f17f90245e3a29bd', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionposition_259', ['selectionposition', ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml', 1, 'gmx::SelectionPosition'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a367587f7e23b341a85ae5d308b8a0ef8', 1, 'gmx::SelectionPosition::SelectionPosition()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -412,45 +412,45 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selections_20selection_262', ['Parsing and Evaluation of Analysis Selections (selection)', ['../group__module__selection.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selections_5f_263', ['selections_', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData_1_1Impl.xhtml#af3968be6c04b57f731909d51b2244441', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData::Impl']]], │ │ │ │ │ ['selectionstringmatchtype_264', ['SelectionStringMatchType', ['../group__module__selection.xhtml#ga2ab58eea84794341a35ac67e9b2dd229', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectiontext_265', ['selectiontext', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a710edcc0520d725ae7e90a5030427698', 1, 'gmx::Selection::selectionText()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#a4f2c61f76602dd1dcfb45e9258191279', 1, 'gmx::internal::SelectionData::selectionText()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['selectiontopologyproperties_266', ['selectiontopologyproperties', ['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml#a14d9462c691bb3660355f479b50c6498', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties::SelectionTopologyProperties(bool needsTopology, bool needsMasses)'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml#af834c076cd9cbc2c57b89250727bfbe3', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties::SelectionTopologyProperties()'] │ │ │ │ │ + ['selectiontopologyproperties_266', ['selectiontopologyproperties', ['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml#a14d9462c691bb3660355f479b50c6498', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties::SelectionTopologyProperties(bool needsTopology, bool needsMasses)'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml#af834c076cd9cbc2c57b89250727bfbe3', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties::SelectionTopologyProperties()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectiontreeelement_267', ['selectiontreeelement', ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a23c50625ee174eb9b7cd96cf292c0a97', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::SelectionTreeElement()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml', 1, 'gmx::SelectionTreeElement'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectiontreeelementpointer_268', ['SelectionTreeElementPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a2804c9c82f2a9bd0ec94d3c2f1003f42', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectiontypeoption_269', ['SelectionTypeOption', ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml#af294f433688c52289ed05459d453dc34', 1, 'gmx::SelectionCollection']]], │ │ │ │ │ ['selectmoduletest_270', ['SelectModuleTest', ['../namespaceanonymous__namespace_02select_8cpp_03.xhtml#a09ac3d90cb8f628ef8bcfb584a8ab2d6', 1, 'anonymous_namespace{select.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['selectprunekernel_271', ['selectPruneKernel', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a13759301368d62d361ad2e543cb68fff', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['selectsinglefromarray_272', ['selectSingleFromArray', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodPositions.xhtml#ab7bfbb8eba303c38bff880fc78688e93', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodPositions']]], │ │ │ │ │ ['selectsplineandspreadkernelptr_273', ['selectSplineAndSpreadKernelPtr', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aecfebe55042dd51c6c0a96a2c89b0f57', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['selectsplinekernelptr_274', ['selectSplineKernelPtr', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#abf494874acbbf5b70e1e33e008698fc1', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['selectspreadkernelptr_275', ['selectSpreadKernelPtr', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a8eeee450b2b1ed42c53912d7975eee9b', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['selelem_2ecpp_276', ['selelem.cpp', ['../selelem_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selelem_2eh_277', ['selelem.h', ['../selelem_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['settle_2ecpp_593', ['settle.cpp', ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['settle_2ecpp_593', ['settle.cpp', ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['settle_2eh_594', ['settle.h', ['../settle_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2ecpp_595', ['settle_gpu.cpp', ['../settle__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2eh_596', ['settle_gpu.h', ['../settle__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_2eh_597', ['settle_gpu_internal.h', ['../settle__gpu__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_5fsycl_2ecpp_598', ['settle_gpu_internal_sycl.cpp', ['../settle__gpu__internal__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fproj_599', ['settle_proj', ['../namespacegmx.xhtml#a09c8c8b32e854edef0cc12bb5c87b9f1', 1, 'gmx']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_18.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -7,40 +7,40 @@ │ │ │ │ │ ['uint8_1', ['uInt8', ['../namespacegmx.xhtml#a4355a7e0f393d42cbb5b2a47aefea966ab0cffa75aa037e628ccfdf46bcc086ac', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['ulptol_5f_2', ['ulpTol_', ['../classgmx_1_1test_1_1SimdBaseTest.xhtml#a9e2abac54e05356364ecdb0751e8665b', 1, 'gmx::test::SimdBaseTest']]], │ │ │ │ │ ['ulptolerance_3', ['ulpTolerance', ['../group__module__testutils.xhtml#gaba89bc71f24fe31ec8f9c07835a245fc', 1, 'gmx::test::FloatingPointTolerance']]], │ │ │ │ │ ['umbrellagridpoint_4', ['umbrellaGridpoint', ['../classgmx_1_1CoordState.xhtml#a714530cf26b77af8bff5d1318c129b11', 1, 'gmx::CoordState']]], │ │ │ │ │ ['umbrellaoptions_5', ['UmbrellaOptions', ['../structUmbrellaOptions.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unavailable_6', ['Unavailable', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888a453e6aa38d87b28ccae545967c53004f', 1, 'device_information.h']]], │ │ │ │ │ ['unconstrainedsystemstotest_5fg_7', ['unconstrainedSystemsToTest_g', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02minimize_8cpp_03.xhtml#ab01bb0a722ccdd5edb87a7c898af7615', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{minimize.cpp}']]], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a09808fada94acf89dc12c30310afaeda', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::UniformIntDistribution(const param_type &param)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml', 1, 'gmx::UniformIntDistribution< IntType >'] │ │ │ │ │ + ['uniformintdistribution_10', ['uniformintdistribution', ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a790697adc208c8ecf2e9164ea00cf24b', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::UniformIntDistribution()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml', 1, 'gmx::UniformIntDistribution< IntType >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a09808fada94acf89dc12c30310afaeda', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::UniformIntDistribution()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['uniformintdistribution_2ecpp_11', ['uniformintdistribution.cpp', ['../uniformintdistribution_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['uniformintdistribution_2eh_12', ['uniformintdistribution.h', ['../uniformintdistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['uniformrealdistribution_13', ['uniformrealdistribution', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx::UniformRealDistribution< RealType >'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a8a58a25b5bc17882dfc3671530d1aad3', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution(const param_type &param)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#abf980964b1ce2f1fade69a0578b25e33', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution(result_type a=0.0, result_type b=1.0)'] │ │ │ │ │ + ['uniformrealdistribution_13', ['uniformrealdistribution', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a8a58a25b5bc17882dfc3671530d1aad3', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx::UniformRealDistribution< RealType >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#abf980964b1ce2f1fade69a0578b25e33', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_2ecpp_14', ['uniformrealdistribution.cpp', ['../uniformrealdistribution_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_2eh_15', ['uniformrealdistribution.h', ['../uniformrealdistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unionfind_2ecpp_16', ['unionfind.cpp', ['../unionfind_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unionfind_2eh_17', ['unionfind.h', ['../unionfind_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unionfinder_18', ['UnionFinder', ['../classgmx_1_1UnionFinder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unique_5fcptr_19', ['unique_cptr', ['../namespacegmx.xhtml#a89d1da25b1e1f9331f1fe99b15072eac', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unique_5fcptr_2eh_20', ['unique_cptr.h', ['../unique__cptr_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unit_21', ['unit', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#ae5d2dca38270c084eb3386aa26b9b959', 1, 'UmbrellaOptions::unit'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#aef5ad0000c2fbbc74c57f0b5e0ddb409', 1, 'gmx::EnergyTerm::unit()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['unitcellinfo_22', ['unitcellinfo', ['../structUnitCellInfo.xhtml#a9d3636ef8212130c876d2cbd16dcc69a', 1, 'UnitCellInfo::UnitCellInfo()'], │ │ │ │ │ - ['../structUnitCellInfo.xhtml', 1, 'UnitCellInfo'] │ │ │ │ │ + ['unitcellinfo_22', ['unitcellinfo', ['../structUnitCellInfo.xhtml', 1, 'UnitCellInfo'], │ │ │ │ │ + ['../structUnitCellInfo.xhtml#a9d3636ef8212130c876d2cbd16dcc69a', 1, 'UnitCellInfo::UnitCellInfo()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unitcelliscompact_23', ['UnitCellIsCompact', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9ad4d785ddf0c77e7b697efd2b5ec376e1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcellisrectangular_24', ['UnitCellIsRectangular', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a8e7bda81ce54b8cf90c3b856c83e7d9f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcellistriclinic_25', ['UnitCellIsTriclinic', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a99285c8187fb87e756f127435045dc3f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltype_26', ['UnitCellType', ['../namespacegmx.xhtml#af897bff42be729e6eaf3c4dc6e199722', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltypenames_27', ['unitCellTypeNames', ['../namespacegmx.xhtml#ae81efb97e81499b750d906d26a29ce18', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unittest_5fmain_2ecpp_28', ['unittest_main.cpp', ['../unittest__main_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -99,16 +99,16 @@ │ │ │ │ │ ['updateglobalstate_72', ['updateGlobalState', ['../namespacegmx.xhtml#a109fb025f86dc445f7b53afb3f9af2b3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['updategroups_73', ['updategroups', ['../classgmx_1_1UpdateGroups.xhtml', 1, 'gmx::UpdateGroups'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UpdateGroups.xhtml#ae953f890b3234f0a98247d77201f2c5e', 1, 'gmx::UpdateGroups::UpdateGroups(std::vector< RangePartitioning > &&updateGroupingPerMoleculeType, real maxUpdateGroupRadius)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UpdateGroups.xhtml#aec6aff66b1a4e1d52f8c164e99579b85', 1, 'gmx::UpdateGroups::UpdateGroups()=default'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['updategroups_2ecpp_74', ['updategroups.cpp', ['../tests_2updategroups_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['updategroups_2eh_75', ['updategroups.h', ['../updategroups_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['updategroupscog_76', ['updategroupscog', ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml#a2d5ea1c35c8fa0fa09a22a4924306974', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog::UpdateGroupsCog()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog'] │ │ │ │ │ + ['updategroupscog_76', ['updategroupscog', ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml#a2d5ea1c35c8fa0fa09a22a4924306974', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog::UpdateGroupsCog()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['updategroupscog_2eh_77', ['updategroupscog.h', ['../updategroupscog_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['updategroupstest_78', ['UpdateGroupsTest', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02updategroups_8cpp_03_1_1UpdateGroupsTest.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{updategroups.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['updatehaveinteractions_79', ['updateHaveInteractions', ['../classgmx_1_1ListedForcesGpu_1_1Impl.xhtml#a6d0d913fb45e71390d6104f908de3c71', 1, 'gmx::ListedForcesGpu::Impl']]], │ │ │ │ │ ['updatehistory_80', ['updatehistory', ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#ad138cec7cc1fefd7c1787d5f94279494', 1, 'gmx::Awh::updateHistory()'], │ │ │ │ │ ['../structt__oriresdata.xhtml#a7806904b5f7dcb25d5dec4555be7b5ac', 1, 't_oriresdata::updateHistory()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#ae2bb3f5ea0a91001ddcbf01dbedbe396', 1, 'gmx::Bias::updateHistory()'], │ │ │ │ │ @@ -120,32 +120,32 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a065a3c65957021f231760e63f62b0382', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl::updateMismatchingEntries_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['updatepmfunvisited_84', ['updatePmfUnvisited', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#aabd90b7ac4e2ce2db311e22aabddc811', 1, 'gmx::PointState']]], │ │ │ │ │ ['updatepositions_85', ['updatePositions', ['../namespacegmx.xhtml#a5d079b5d5fedb7c55a119e1342cb7fd8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['updateprevsteppullcom_86', ['updatePrevStepPullCom', ['../pull_8h.xhtml#a95ef443e2830253d2aef461a2f811c4e', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['updateprobabilityweightsandconvolvedbias_87', ['updateProbabilityWeightsAndConvolvedBias', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a9f7401159d5f59b63c09e34829643156', 1, 'gmx::BiasState']]], │ │ │ │ │ ['updatereferencetemperature_88', ['updatereferencetemperature', ['../classgmx_1_1NoseHooverGroup.xhtml#aa3d71e0bea4cfdf3b6120a0cb1993acc', 1, 'gmx::NoseHooverGroup::updateReferenceTemperature()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StatePropagatorData_1_1ReferenceTemperatureHelper.xhtml#af1c1de5aaf87c8f24affe49bde37603b', 1, 'gmx::StatePropagatorData::ReferenceTemperatureHelper::updateReferenceTemperature()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#aee30a9b7c159fb0a9bf500e79c5b36ad', 1, 'gmx::StatePropagatorData::updateReferenceTemperature()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#aee30a9b7c159fb0a9bf500e79c5b36ad', 1, 'gmx::StatePropagatorData::updateReferenceTemperature()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StatePropagatorData_1_1ReferenceTemperatureHelper.xhtml#af1c1de5aaf87c8f24affe49bde37603b', 1, 'gmx::StatePropagatorData::ReferenceTemperatureHelper::updateReferenceTemperature()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['updatereferencetemperatureandintegral_89', ['updatereferencetemperatureandintegral', ['../classgmx_1_1ITemperatureCouplingImpl.xhtml#a67d316d4990f6b3e3b91d4293102da71', 1, 'gmx::ITemperatureCouplingImpl::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1VRescaleTemperatureCoupling.xhtml#ab4efc16ccfe24d5c4a080b6ef9027250', 1, 'gmx::VRescaleTemperatureCoupling::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'], │ │ │ │ │ + ['updatereferencetemperatureandintegral_89', ['updatereferencetemperatureandintegral', ['../classgmx_1_1NoseHooverTemperatureCoupling.xhtml#a19f20b178c4f10eb2de9ec991438d9f5', 1, 'gmx::NoseHooverTemperatureCoupling::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BerendsenTemperatureCoupling.xhtml#ad79e818a438bda7940ddf37e004c8a82', 1, 'gmx::BerendsenTemperatureCoupling::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NoseHooverTemperatureCoupling.xhtml#a19f20b178c4f10eb2de9ec991438d9f5', 1, 'gmx::NoseHooverTemperatureCoupling::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VRescaleTemperatureCoupling.xhtml#ab4efc16ccfe24d5c4a080b6ef9027250', 1, 'gmx::VRescaleTemperatureCoupling::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ITemperatureCouplingImpl.xhtml#a67d316d4990f6b3e3b91d4293102da71', 1, 'gmx::ITemperatureCouplingImpl::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['updatesharedcorrelationtensortimeintegral_90', ['updateSharedCorrelationTensorTimeIntegral', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#ab7dfefc2c90ee279effebe810c485dbc', 1, 'gmx::BiasState']]], │ │ │ │ │ ['updatetargetweight_91', ['updateTargetWeight', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a1d57397ae942af129a982a9f333fef51', 1, 'gmx::PointState']]], │ │ │ │ │ - ['updatevelocities_92', ['updatevelocities', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02settle_8cpp_03_1_1SettleTestParameters.xhtml#aaaeba6d14001c6c245e8af771389df3c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{settle.cpp}::SettleTestParameters::updateVelocities'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a2b97181f1d88633664f339242db99d74', 1, 'gmx::updateVelocities()'] │ │ │ │ │ + ['updatevelocities_92', ['updatevelocities', ['../namespacegmx.xhtml#a2b97181f1d88633664f339242db99d74', 1, 'gmx::updateVelocities()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02settle_8cpp_03_1_1SettleTestParameters.xhtml#aaaeba6d14001c6c245e8af771389df3c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{settle.cpp}::SettleTestParameters::updateVelocities'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['updateweight_93', ['updateWeight', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a0592d5d3d02e79af3d0cd4ee7346a981', 1, 'gmx::BiasParams']]], │ │ │ │ │ ['updatewithdatapoint_94', ['updateWithDataPoint', ['../classgmx_1_1ExponentialMovingAverage.xhtml#a5293fc09bb63cc379eed9ca1fa20c760', 1, 'gmx::ExponentialMovingAverage']]], │ │ │ │ │ ['updatewithnewsampling_95', ['updateWithNewSampling', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a9d33b40718ee061fac006ee0829d59f0', 1, 'gmx::PointState']]], │ │ │ │ │ - ['upper_96', ['upper', ['../structNbnxm_1_1BoundingBox.xhtml#a3ddf5a630382be02a95f35446b931e59', 1, 'Nbnxm::BoundingBox::upper'], │ │ │ │ │ - ['../structNbnxm_1_1BoundingBox1D.xhtml#a928ea1f9f899c74370ded36f3a1a2332', 1, 'Nbnxm::BoundingBox1D::upper'] │ │ │ │ │ + ['upper_96', ['upper', ['../structNbnxm_1_1BoundingBox1D.xhtml#a928ea1f9f899c74370ded36f3a1a2332', 1, 'Nbnxm::BoundingBox1D::upper'], │ │ │ │ │ + ['../structNbnxm_1_1BoundingBox.xhtml#a3ddf5a630382be02a95f35446b931e59', 1, 'Nbnxm::BoundingBox::upper'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['uppercorner_97', ['upperCorner', ['../structNbnxm_1_1Grid_1_1Dimensions.xhtml#a594a110364df1aa0fd8b43dbb7f08192', 1, 'Nbnxm::Grid::Dimensions']]], │ │ │ │ │ ['upstring_98', ['upstring', ['../cstringutil_8h.xhtml#a74173c7afe5600452edf4956ae58bbe8', 1, 'cstringutil.cpp']]], │ │ │ │ │ ['usage_99', ['Usage', ['../page_analysisnbsearch.xhtml#autotoc_md78', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['use_100', ['use', ['../structgmx_1_1InterdependentTask.xhtml#afbdcad38692a5a9b5590f3731023d98d', 1, 'gmx::InterdependentTask']]], │ │ │ │ │ ['use_20in_20practice_101', ['The subset you should use in practice', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md63', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['use_20of_20awh_20in_20mdrun_102', ['Use of AWH in mdrun', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md2', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_4.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -360,16 +360,16 @@ │ │ │ │ │ ['../page_nbnxm.xhtml', 1, 'The NxM atom-cluster non-bonded algorithm'], │ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md14', 1, 'The simulator algorithm'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['algorithm_20builder_221', ['Simulator algorithm builder', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md38', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['align_5fstep_222', ['ALIGN_STEP', ['../mempool_8cpp.xhtml#a0cd40f06d30a789ea4b0a86f1bb08e20', 1, 'mempool.cpp']]], │ │ │ │ │ ['alignedallocationpolicy_223', ['AlignedAllocationPolicy', ['../classgmx_1_1AlignedAllocationPolicy.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['alignedallocator_224', ['AlignedAllocator', ['../namespacegmx.xhtml#ac3ca6adcfda5170180c2140c7b2f9d47', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['alignedallocator_2ecpp_225', ['alignedallocator.cpp', ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['alignedallocator_2ecpp_225', ['alignedallocator.cpp', ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['alignedallocator_2eh_226', ['alignedallocator.h', ['../alignedallocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['alignedallocator_5fimpl_2eh_227', ['alignedallocator_impl.h', ['../alignedallocator__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['alignedarray_3c_20double_2c_20n_20_3e_228', ['AlignedArray< double, N >', ['../structgmx_1_1AlignedArray_3_01double_00_01N_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['alignedarray_3c_20float_2c_20n_20_3e_229', ['AlignedArray< float, N >', ['../structgmx_1_1AlignedArray_3_01float_00_01N_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['alignedfreegeneric_230', ['alignedFreeGeneric', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02alignedallocator_8cpp_03.xhtml#ac11fa1cae95de1d83f00000c40f0cfde', 1, 'gmx::anonymous_namespace{alignedallocator.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['alignedmallocgeneric_231', ['alignedMallocGeneric', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02alignedallocator_8cpp_03.xhtml#ad8983444d03b6578afb5e28f9ad8dfa8', 1, 'gmx::anonymous_namespace{alignedallocator.cpp}']]], │ │ │ │ │ @@ -469,73 +469,73 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['analysisdata_2ecpp_284', ['analysisdata.cpp', ['../analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['analysisdata_2eh_285', ['analysisdata.h', ['../analysisdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['analysisdataaveragemodule_286', ['AnalysisDataAverageModule', ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['analysisdataaveragemodulepointer_287', ['AnalysisDataAverageModulePointer', ['../namespacegmx.xhtml#a87e4f5152c736da50dd59275f423a7a3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['basicaveragehistogrammodule_37', ['basicaveragehistogrammodule', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#a54f473e0e65a37bafd96e64187ff3737', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::BasicAverageHistogramModule()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['basicaveragehistogrammodulepointer_38', ['BasicAverageHistogramModulePointer', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml#a5339c7bb7559827e38bb63f8d824a276', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl']]], │ │ │ │ │ - ['basichistogramimpl_39', ['basichistogramimpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml#acd3fd16453a6ce448dc27f6be4d29c69', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl::BasicHistogramImpl()'] │ │ │ │ │ + ['basichistogramimpl_39', ['basichistogramimpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml#acd3fd16453a6ce448dc27f6be4d29c69', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl::BasicHistogramImpl()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['basicmatrix3x3_40', ['BasicMatrix3x3', ['../namespacegmx.xhtml#a6ec53a17a29b3d233fdfbdc4e273d08d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['basicoptions_2ecpp_41', ['basicoptions.cpp', ['../basicoptions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['basicoptions_2eh_42', ['basicoptions.h', ['../basicoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['basicoptionstorage_2eh_43', ['basicoptionstorage.h', ['../basicoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['basictest_44', ['basicTest', ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameWriterTest.xhtml#af60c02f3ca19494613898ebe603da1b0', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameWriterTest']]], │ │ │ │ │ - ['basicvector_45', ['basicvector', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a0770c51feab30c509deb6d9596222fb5', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a537d03f84068abce7af6b63290f8841e', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(ValueType x, ValueType y, ValueType z)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a59c820c73b78d45df306861d89a875aa', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(const RawArray x)'], │ │ │ │ │ + ['basicvector_45', ['basicvector', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a59c820c73b78d45df306861d89a875aa', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(const RawArray x)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a952f7b52f33c8d0fd75deda75cc5293a', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(const BasicVector &src)=default'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a1d3608d65677e2aa992df4a2f209a7da', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(BasicVector &&src) noexcept=default'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml', 1, 'gmx::BasicVector< ValueType >'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml', 1, 'gmx::BasicVector< ValueType >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a0770c51feab30c509deb6d9596222fb5', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a537d03f84068abce7af6b63290f8841e', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(ValueType x, ValueType y, ValueType z)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['basicvector_3c_20double_20_3e_46', ['BasicVector< double >', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['basicvector_3c_20int_20_3e_47', ['BasicVector< int >', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['basicvector_3c_20real_20_3e_48', ['BasicVector< real >', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['bauto_49', ['bAuto', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a495f27b8e9cfb0ac6aa0c5a650eb54a6', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ │ ['bb_50', ['bb', ['../structNbnxnPairlistCpuWork_1_1IClusterData.xhtml#a8e4ed09c1eda9ba3122e66f2bd659032', 1, 'NbnxnPairlistCpuWork::IClusterData']]], │ │ │ │ │ ['bboolno_51', ['bBoolNo', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a51c1565a9c7e67f715d28109b6a91489', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]], │ │ │ │ │ @@ -123,45 +123,45 @@ │ │ │ │ │ ['bcycl_65', ['bCycl', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a1f8b14c587e7cce219441aac02aa5f66', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ │ ['bdataproperty_5f_66', ['bDataProperty_', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#a12b9fab82a72fdb6d521944c6fab4eab', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['bdebugmode_67', ['bDebugMode', ['../fatalerror_8h.xhtml#aeceaa87707ac5c2c96e224de90dd481c', 1, 'fatalerror.cpp']]], │ │ │ │ │ ['bdiscrete_68', ['bDiscrete', ['../structt__matrix.xhtml#a6ca5a8d5f5d4be235502f83ffac2586c', 1, 't_matrix']]], │ │ │ │ │ ['bdotime_69', ['bDoTime', ['../structNbnxmGpu.xhtml#a1de4ad8bb7a72156331022911da91fb3', 1, 'NbnxmGpu']]], │ │ │ │ │ ['bdynamicbox_70', ['bDynamicBox', ['../structnbnxn__atomdata__t.xhtml#ae77b34a2c51cda08b6614469d056d29b', 1, 'nbnxn_atomdata_t']]], │ │ │ │ │ ['becool_71', ['beCool', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02coolstuff_8cpp_03.xhtml#a67229d8062fb466b5be7cb8bed125f1a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{coolstuff.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['begin_72', ['begin', ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a93f0ea6236ab2cc8e924025646f8d87b', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin()'], │ │ │ │ │ + ['begin_72', ['begin', ['../classgmx_1_1Range.xhtml#a242b3517477cdd07a73a702f360f5b46', 1, 'gmx::Range::begin()'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a636719700df07fe8736fa19bb12c29dd', 1, 'gmx::begin(MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aaf0716c8ca857b1a8877fc94463b5850', 1, 'gmx::begin(const MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a9fd99e24e163158545296b3f791b0ee8', 1, 'gmx::begin(const BasicMdspan &basicMdspan)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a453e4185086abe32f76359d79e5df439', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aaf0716c8ca857b1a8877fc94463b5850', 1, 'gmx::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Range.xhtml#a242b3517477cdd07a73a702f360f5b46', 1, 'gmx::Range::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a4a2f5be2695dfa8cbac551742c15d771', 1, 'gmx::EnumerationArray::begin()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnumerationWrapper.xhtml#abf496f9dcaab55be1b9cbe93f05312d9', 1, 'gmx::EnumerationWrapper::begin()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a52348f625a07e17a873cf943882510f9', 1, 'gmx::ArrayRef::begin()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a4a2f5be2695dfa8cbac551742c15d771', 1, 'gmx::EnumerationArray::begin()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a4b930e14cacc91c16a0c6e59fb48ea58', 1, 'gmx::EnergyTerm::begin()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IntegerBox.xhtml#a4bdda1928d7845c8e5c5c3ef2918a466', 1, 'gmx::IntegerBox::begin()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#ab4801001dba830e69c9984d97e9c4932', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::begin()'], │ │ │ │ │ ['../classAtomRange.xhtml#afc17642be8cc592f6f47fdd9d86aa408', 1, 'AtomRange::begin()'], │ │ │ │ │ ['../classIListRange.xhtml#a7526befe10a07f17dbc35e704d01aeea', 1, 'IListRange::begin()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a8c6171058dd1a26721f4af8df12b7a10', 1, 'gmx::EnergyFrame::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a52348f625a07e17a873cf943882510f9', 1, 'gmx::ArrayRef::begin()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a93f0ea6236ab2cc8e924025646f8d87b', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['begin_5faction_73', ['BEGIN_ACTION', ['../parser__internal_8h.xhtml#adc0616ed62829750149da924ee4176a9', 1, 'parser_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['beginiterator_74', ['beginIterator', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml#a6301d2be458f368de68f404d9dff17f7', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable']]], │ │ │ │ │ ['behaviorcollection_2ecpp_75', ['behaviorcollection.cpp', ['../behaviorcollection_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['behaviorcollection_2eh_76', ['behaviorcollection.h', ['../behaviorcollection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bench_77', ['bench', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a94b5fe0aba252ce26a4cb2763c268980', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['bench_5fcoords_2eh_78', ['bench_coords.h', ['../bench__coords_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bench_5fsetup_2ecpp_79', ['bench_setup.cpp', ['../bench__setup_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bench_5fsetup_2eh_80', ['bench_setup.h', ['../bench__setup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bench_5fsystem_2ecpp_81', ['bench_system.cpp', ['../bench__system_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bench_5fsystem_2eh_82', ['bench_system.h', ['../bench__system_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['benchmarkcombrule_83', ['BenchMarkCombRule', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a2b0931ea4b2302d010810175754f8981', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['benchmarkcoulomb_84', ['BenchMarkCoulomb', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a30c80bf36a688c1633e86eb7e607792f', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['benchmarkkernels_85', ['BenchMarkKernels', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a6cd9801a8e78c975ed0ebe45c63b7715', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ - ['benchmarksystem_86', ['benchmarksystem', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml', 1, 'gmx::BenchmarkSystem'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a75dfe958cd7d70bdb5e90f2ec642a77b', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::BenchmarkSystem()'] │ │ │ │ │ + ['benchmarksystem_86', ['benchmarksystem', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a75dfe958cd7d70bdb5e90f2ec642a77b', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::BenchmarkSystem()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml', 1, 'gmx::BenchmarkSystem'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['bend_87', ['Bend', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0cadcef3e264a0eecc2a9eadd4478c67a1f', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['bequil_88', ['bEquil', ['../structdf__history__t.xhtml#a2800c69caa7fcce2c14cb537c4909bc3', 1, 'df_history_t']]], │ │ │ │ │ ['berendsentemperaturecoupling_89', ['BerendsenTemperatureCoupling', ['../classgmx_1_1BerendsenTemperatureCoupling.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['bestvertex_90', ['bestVertex', ['../classgmx_1_1NelderMeadSimplex.xhtml#a766a1b22213cf4e5a7a10ee4130afd6f', 1, 'gmx::NelderMeadSimplex']]], │ │ │ │ │ ['beta_91', ['beta', ['../structgmx_1_1DimParams_1_1FepDimParams.xhtml#ad3aa1edaec7f13643c5038ccc2a01a78', 1, 'gmx::DimParams::FepDimParams::beta'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a3f4c1a9b2610aa00392d66d2c4b183ea', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::beta'] │ │ │ │ │ @@ -180,28 +180,28 @@ │ │ │ │ │ ['bgeneratehh14interactions_103', ['bGenerateHH14Interactions', ['../structPreprocessResidue.xhtml#a7ef40e3704969bcd360c3d5d94ee264b', 1, 'PreprocessResidue']]], │ │ │ │ │ ['bgroups_104', ['bGroups', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a5bf6b14ef14775f440cd6a150acf22b0', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]], │ │ │ │ │ ['bharmonic_105', ['bHarmonic', ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__edflood.xhtml#ad3c168d4052e3bc5a77dea8ff3a877fe', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_edflood']]], │ │ │ │ │ ['bhelix_106', ['bHelix', ['../structt__bb.xhtml#a48c50f40d59ad266202feb100567d843', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ │ ['bhidden_5f_107', ['bHidden_', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext_1_1Impl.xhtml#a1a012091fc0390f509fcc3c55bd97092', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::Impl']]], │ │ │ │ │ ['bhistonly_108', ['bHistOnly', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#acdf67a7adadf17543b0433c028aa387a', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ │ ['bhost_5funused_109', ['bhost_UNUSED', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#aef8c2b80e340df183cde5c1946fc64e5', 1, 'CheckpointHeaderContents']]], │ │ │ │ │ - ['bias_110', ['bias', ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344a4ad6b9e6418fd2d739906bd47e887ae3', 1, 'gmx::Bias'], │ │ │ │ │ + ['bias_110', ['bias', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml', 1, 'gmx::Bias'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344a4ad6b9e6418fd2d739906bd47e887ae3', 1, 'gmx::Bias'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a051fc887a154fd8e8429f772006ff597', 1, 'gmx::PointState::bias()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#a6ea05d388c5983d92b1e4f9216ec3c07', 1, 'gmx::Bias::Bias()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Bias.xhtml', 1, 'gmx::Bias'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#a6ea05d388c5983d92b1e4f9216ec3c07', 1, 'gmx::Bias::Bias()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['bias_2ecpp_111', ['bias.cpp', ['../bias_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bias_2eh_112', ['bias.h', ['../bias_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bias_5f_113', ['bias_', ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml#a915eb82b66d861dd5377036383b654f0', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem::bias_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1BiasFepLambdaStateTest.xhtml#ae7e39eda7a77d998b80c658f65fb9074', 1, 'gmx::test::BiasFepLambdaStateTest::bias_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#af4806c866b09dce06db386eb0dcea407', 1, 'gmx::test::BiasTest::bias_'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#af4806c866b09dce06db386eb0dcea407', 1, 'gmx::test::BiasTest::bias_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1BiasFepLambdaStateTest.xhtml#ae7e39eda7a77d998b80c658f65fb9074', 1, 'gmx::test::BiasFepLambdaStateTest::bias_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['biascorrectedaverage_114', ['biasCorrectedAverage', ['../classgmx_1_1ExponentialMovingAverage.xhtml#a83f79db8f50129497cc5349b972ecabb', 1, 'gmx::ExponentialMovingAverage']]], │ │ │ │ │ - ['biascoupledtosystem_115', ['biascoupledtosystem', ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml#a0d55bb29484a8c71778a4bf70a3ddfd0', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem::BiasCoupledToSystem()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem'] │ │ │ │ │ + ['biascoupledtosystem_115', ['biascoupledtosystem', ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml#a0d55bb29484a8c71778a4bf70a3ddfd0', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem::BiasCoupledToSystem()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['biasedlogweightfrompoint_116', ['biasedLogWeightFromPoint', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02biasstate_8cpp_03.xhtml#a154728ee54b770144eeaee8650142f3f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{biasstate.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['biasesarecompatibleforsharingbetweensimulations_117', ['biasesAreCompatibleForSharingBetweenSimulations', ['../namespacegmx.xhtml#a161ff1b8f4e89a7136264bf0130c8627', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['biasfeplambdastatetest_118', ['BiasFepLambdaStateTest', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasFepLambdaStateTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['biasgrid_119', ['biasgrid', ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml#a79cd36dafbb90c36bf2d88dd5c8d8171', 1, 'gmx::BiasGrid::BiasGrid()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml', 1, 'gmx::BiasGrid'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -229,16 +229,16 @@ │ │ │ │ │ ['biastest_135', ['BiasTest', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['biastestparameters_136', ['BiasTestParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ac4fc5532ea0af7793e9f4aae8775d018', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['biaswriter_137', ['biaswriter', ['../classgmx_1_1BiasWriter.xhtml', 1, 'gmx::BiasWriter'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BiasWriter.xhtml#a4bb9304155a81113722a4c27e8c9e403', 1, 'gmx::BiasWriter::BiasWriter()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['biaswriter_2eh_138', ['biaswriter.h', ['../biaswriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bigendian_139', ['bigEndian', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a6888ef2c8d9143b3bd73b4d98b97fb37a166ce9f503b168215d0bd9548513f29a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['bin_140', ['bin', ['../structt__partition__item.xhtml#ab2e078f256401b8d964d49a699bc3135', 1, 't_partition_item::bin'], │ │ │ │ │ - ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a5221c5d6aed705d530874412bffe96dc', 1, 'methoddata_insolidangle::bin'] │ │ │ │ │ + ['bin_140', ['bin', ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a5221c5d6aed705d530874412bffe96dc', 1, 'methoddata_insolidangle::bin'], │ │ │ │ │ + ['../structt__partition__item.xhtml#ab2e078f256401b8d964d49a699bc3135', 1, 't_partition_item::bin'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['binary_20implementation_141', ['Wrapper binary implementation', ['../page_wrapperbinary.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ ['binaryinformation_2ecpp_142', ['binaryinformation.cpp', ['../binaryinformation_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['binaryinformation_2eh_143', 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['../group__module__simd.xhtml#ga897cd563974628f57a983656bc4f0be5', 1, 'gmx::blend(SimdDInt32 a, SimdDInt32 b, SimdDIBool sel)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaa089539a35e39d68f6c8b40421e0a68e', 1, 'gmx::blend(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDBool sel)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga443be80edc7822ae0582bc5a4d4da34c', 1, 'gmx::blend(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFBool sel)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga3f3f322cbf3a7d646003849046028f65', 1, 'gmx::blend(SimdFInt32 a, SimdFInt32 b, SimdFIBool sel)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a97f9e21174d44695b53626648515c4b4', 1, 'gmx::blend(float a, float b, bool sel)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a069393b3673bd0df6aefc16f8379cf96', 1, 'gmx::blend(double a, double b, bool sel)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a174859a095e84b4a4ee3214547fe8f13', 1, 'gmx::blend(std::int32_t a, std::int32_t b, bool sel)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['bllen_181', ['bllen', 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['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinemodulemanager_8cpp_03_1_1CMainCommandLineModule.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinemodulemanager_8cpp_03_1_1CMainCommandLineModule.xhtml#a6f18d9768b76bfe7baa2d7edded17697', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule::CMainCommandLineModule(const char *name, const char *shortDescription, CMainFunction mainFunction, InitSettingsFunction settingsFunction)'] │ │ │ │ │ + ['cmaincommandlinemodule_607', ['cmaincommandlinemodule', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinemodulemanager_8cpp_03_1_1CMainCommandLineModule.xhtml#a6f18d9768b76bfe7baa2d7edded17697', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule::CMainCommandLineModule()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinemodulemanager_8cpp_03_1_1CMainCommandLineModule.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['cmainfunction_608', ['cmainfunction', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinemodulemanager_8cpp_03_1_1CMainCommandLineModule.xhtml#aa280311ece46f8039e8f85c4a4ab069a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule::CMainFunction'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager.xhtml#a68f43fb951aeecbeb60c81dd8701f921', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::CMainFunction'] │ │ │ │ │ + ['cmainfunction_608', ['cmainfunction', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager.xhtml#a68f43fb951aeecbeb60c81dd8701f921', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::CMainFunction'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinemodulemanager_8cpp_03_1_1CMainCommandLineModule.xhtml#aa280311ece46f8039e8f85c4a4ab069a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule::CMainFunction'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmake_20tt_20find_5fpackage_20gromacs_20tt_20details_609', ['CMake <tt>find_package(GROMACS)</tt> details', ['../page_usinglibrary.xhtml#autotoc_md104', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmakegridspacing_610', ['cmakeGridSpacing', ['../structInteractionsOfType.xhtml#aa31e593a7781145976ce9a0dbeff4707', 1, 'InteractionsOfType']]], │ │ │ │ │ ['cmap_611', ['cmap', ['../structInteractionsOfType.xhtml#a5f0efc5bc0b4fc4e1340124ba018be82', 1, 'InteractionsOfType']]], │ │ │ │ │ ['cmap_5fcoeff_5fmatrix_612', ['cmap_coeff_matrix', ['../namespaceanonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#a190c75eabdb2aee14d27ec1e104e40b4', 1, 'anonymous_namespace{bonded.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['cmap_5fdihs_613', ['cmap_dihs', ['../bonded_8h.xhtml#aa5ccd16bc6fca5281ec8404a2fb64037', 1, 'cmap_dihs(int nbonds, const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[], const gmx_cmap_t *cmap_grid, const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda, gmx::ArrayRef< const real >, t_fcdata gmx_unused *fcd, t_disresdata gmx_unused *disresdata, t_oriresdata gmx_unused *oriresdata, int gmx_unused *global_atom_index): bonded.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../bonded_8cpp.xhtml#aa5ccd16bc6fca5281ec8404a2fb64037', 1, 'cmap_dihs(int nbonds, const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[], const gmx_cmap_t *cmap_grid, const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda, gmx::ArrayRef< const real >, t_fcdata gmx_unused *fcd, t_disresdata gmx_unused *disresdata, t_oriresdata gmx_unused *oriresdata, int gmx_unused *global_atom_index): bonded.cpp'] │ │ │ │ │ + ['cmap_5fdihs_613', ['cmap_dihs', ['../bonded_8cpp.xhtml#aa5ccd16bc6fca5281ec8404a2fb64037', 1, 'cmap_dihs(int nbonds, const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[], const gmx_cmap_t *cmap_grid, const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda, gmx::ArrayRef< const real >, t_fcdata gmx_unused *fcd, t_disresdata gmx_unused *disresdata, t_oriresdata gmx_unused *oriresdata, int gmx_unused *global_atom_index): bonded.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../bonded_8h.xhtml#aa5ccd16bc6fca5281ec8404a2fb64037', 1, 'cmap_dihs(int nbonds, const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[], const gmx_cmap_t *cmap_grid, const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda, gmx::ArrayRef< const real >, t_fcdata gmx_unused *fcd, t_disresdata gmx_unused *disresdata, t_oriresdata gmx_unused *oriresdata, int gmx_unused *global_atom_index): bonded.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmap_5fgrid_614', ['cmap_grid', ['../structgmx__ffparams__t.xhtml#ac2e74e19f8bfd1f20b5bba03606e8784', 1, 'gmx_ffparams_t']]], │ │ │ │ │ ['cmap_5fsetup_5fgrid_5findex_615', ['cmap_setup_grid_index', ['../namespaceanonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#ab633656da7c571ef07545dc40d63e57c', 1, 'anonymous_namespace{bonded.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['cmapangles_616', ['cmapAngles', ['../structInteractionsOfType.xhtml#af6f6506e959d239c2ca71de66cfbd3a0', 1, 'InteractionsOfType']]], │ │ │ │ │ ['cmapatomtypes_617', ['cmapAtomTypes', ['../structInteractionsOfType.xhtml#a6bded5f13e80427d245ffd81766e75b6', 1, 'InteractionsOfType']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpcontext_2ecpp_618', ['cmdlinehelpcontext.cpp', ['../cmdlinehelpcontext_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpcontext_2eh_619', ['cmdlinehelpcontext.h', ['../cmdlinehelpcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['cmdlinehelpmodule_2ecpp_620', ['cmdlinehelpmodule.cpp', ['../cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cmdlinehelpmodule_2ecpp_620', ['cmdlinehelpmodule.cpp', ['../tests_2cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpmodule_2eh_621', ['cmdlinehelpmodule.h', ['../cmdlinehelpmodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpwriter_2ecpp_622', ['cmdlinehelpwriter.cpp', ['../cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpwriter_2eh_623', ['cmdlinehelpwriter.h', ['../cmdlinehelpwriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlineinit_2ecpp_624', ['cmdlineinit.cpp', ['../cmdlineinit_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlineinit_2eh_625', ['cmdlineinit.h', ['../cmdlineinit_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodule_2ecpp_626', ['cmdlinemodule.cpp', ['../cmdlinemodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodule_2eh_627', ['cmdlinemodule.h', ['../cmdlinemodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['cmdlinemodulemanager_2ecpp_628', ['cmdlinemodulemanager.cpp', ['../cmdlinemodulemanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2cmdlinemodulemanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cmdlinemodulemanager_2ecpp_628', ['cmdlinemodulemanager.cpp', ['../tests_2cmdlinemodulemanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../cmdlinemodulemanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanager_2eh_629', ['cmdlinemodulemanager.h', ['../cmdlinemodulemanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanager_5fimpl_2eh_630', ['cmdlinemodulemanager_impl.h', ['../cmdlinemodulemanager__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanagertest_2ecpp_631', ['cmdlinemodulemanagertest.cpp', ['../cmdlinemodulemanagertest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanagertest_2eh_632', ['cmdlinemodulemanagertest.h', ['../cmdlinemodulemanagertest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlineoptionsmodule_2ecpp_633', ['cmdlineoptionsmodule.cpp', ['../cmdlineoptionsmodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlineoptionsmodule_2eh_634', ['cmdlineoptionsmodule.h', ['../cmdlineoptionsmodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['cmdlineparser_2ecpp_635', ['cmdlineparser.cpp', ['../tests_2cmdlineparser_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../cmdlineparser_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cmdlineparser_2ecpp_635', ['cmdlineparser.cpp', ['../cmdlineparser_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2cmdlineparser_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlineparser_2eh_636', ['cmdlineparser.h', ['../cmdlineparser_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['cmdlineprogramcontext_2ecpp_637', ['cmdlineprogramcontext.cpp', ['../cmdlineprogramcontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2cmdlineprogramcontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cmdlineprogramcontext_2ecpp_637', ['cmdlineprogramcontext.cpp', ['../tests_2cmdlineprogramcontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../cmdlineprogramcontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlineprogramcontext_2eh_638', ['cmdlineprogramcontext.h', ['../cmdlineprogramcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['cmdlinerunner_2ecpp_639', ['cmdlinerunner.cpp', ['../cmdlinerunner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2cmdlinerunner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cmdlinerunner_2ecpp_639', ['cmdlinerunner.cpp', ['../tests_2cmdlinerunner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../cmdlinerunner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlinerunner_2eh_640', ['cmdlinerunner.h', ['../cmdlinerunner_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinetest_2ecpp_641', ['cmdlinetest.cpp', ['../cmdlinetest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinetest_2eh_642', ['cmdlinetest.h', ['../cmdlinetest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmp_5fallocint_643', ['CMP_ALLOCINT', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a4f4ba35b0b3b93173ad262cd7b6d59cb', 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'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ │ ['constr_921', ['constr', ['../classgmx_1_1ConstraintsParam.xhtml#a140db9e4bbecbef0395d63453dd1e33b', 1, 'gmx::ConstraintsParam::constr'], │ │ │ │ │ ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#a09333c1c6c67abf71a2f863072ee1d44', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator::constr'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['constr_2ecpp_922', ['constr.cpp', ['../constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['constr_2ecpp_922', ['constr.cpp', ['../tests_2constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['constr_2eh_923', ['constr.h', ['../constr_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constr_5f_924', ['constr_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a0c9ee16eccef11cf0565b2727913d0aa', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ ['constr_5fiatomptr_925', ['constr_iatomptr', ['../namespacegmx.xhtml#ad75e7b86fde60f53dc2b09967a994c2c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['constr_5fr_5fmax_926', ['constr_r_max', ['../namespacegmx.xhtml#a481219a0ea0b270f8ab8f680bb8bf7b7', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['constr_5fr_5fmax_5fmoltype_927', ['constr_r_max_moltype', ['../namespacegmx.xhtml#a11d78b8c61663de23b5719c3873835f4', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['constr_5frecur_928', ['constr_recur', ['../namespacegmx.xhtml#a9fb1a7820bdf3161f3dc12391f812489', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -1721,16 +1721,16 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cpathseparator_1126', ['cPathSeparator', ['../namespaceanonymous__namespace_02path_8cpp_03.xhtml#aed15e473d695a5ef57fb6a8bfffc6f6e', 1, 'anonymous_namespace{path.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['cprev_1127', ['Cprev', ['../structt__bb.xhtml#a749999610903f9c2549749129930b9bf', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ │ ['cpu_1128', ['cpu', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a12502ff6638f23aeff85ad081f6a0a1ca2b55387dd066c5bac646ac61543d152d', 1, 'gmx::test::CPU'], │ │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791a2b55387dd066c5bac646ac61543d152d', 1, 'CPU: pme.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cpuinfo_1129', ['CpuInfo', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['cpuinfo_2ecpp_1130', ['cpuinfo.cpp', ['../tests_2cpuinfo_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../cpuinfo_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cpuinfo_2ecpp_1130', ['cpuinfo.cpp', ['../cpuinfo_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2cpuinfo_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cpuinfo_2eh_1131', ['cpuinfo.h', ['../cpuinfo_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cpuisamdzen1_1132', ['cpuIsAmdZen1', ['../namespacegmx.xhtml#ae327244ad8efdb365d8005ae7536e45c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['cpuisx86nehalem_1133', ['cpuIsX86Nehalem', ['../namespacegmx.xhtml#af536d7a23a442f3c0876b05ac20d7d40', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['cpulimit_1134', ['cpuLimit', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#ae1bae645b3bf0e7562c3c006a57874a0', 1, 'gmx::HardwareTopology']]], │ │ │ │ │ ['cpulists_1135', ['cpuLists', ['../classPairlistSet.xhtml#ae032f887739e1540add0e12d9f720bb5', 1, 'PairlistSet']]], │ │ │ │ │ ['cpuplainc_1136', ['CpuPlainC', ['../clusterdistancekerneltype_8h.xhtml#a6d74049ae6c72289649a7de671a92068ad93b32814b8714c619ced160ce30692e', 1, 'clusterdistancekerneltype.h']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_7.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -287,16 +287,16 @@ │ │ │ │ │ ['ddcellindex_5f_163', ['ddCellIndex_', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a102dec18a3918be269417ea2fcdbb481', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl']]], │ │ │ │ │ ['dddimensions_164', ['ddDimensions', ['../structDDGridSetup.xhtml#a59cdc4d9758766e953abab84320803b4', 1, 'DDGridSetup']]], │ │ │ │ │ ['ddgetatominfo_165', ['ddGetAtomInfo', ['../domdec_2utility_8h.xhtml#a155480532c8a0a96130c1751c53cc868', 1, 'utility.h']]], │ │ │ │ │ ['ddglatnr_166', ['ddglatnr', ['../domdec_8h.xhtml#a70ac1da1701259851d5c21c733196097', 1, 'domdec.cpp']]], │ │ │ │ │ ['ddgridsetup_167', ['DDGridSetup', ['../structDDGridSetup.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['ddgridsetup_5f_168', ['ddGridSetup_', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a4639d4e85f45dafe34dc33a8f6ed32e5', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl']]], │ │ │ │ │ ['ddist_169', ['ddist', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a0fc142a5b0b472519332eb5360c4dce4', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ - ['ddmain_170', ['ddmain', ['../domdec__struct_8h.xhtml#afc22561cfcc8cc698df33a9a9f95dcdf', 1, 'DDMAIN(const gmx_domdec_t *dd): domdec_struct.h'], │ │ │ │ │ - ['../domdec__struct_8h.xhtml#a95a945afe4a10023a43212167976cbe7', 1, 'DDMAIN(const gmx_domdec_t &dd): domdec_struct.h'] │ │ │ │ │ + ['ddmain_170', ['ddmain', ['../domdec__struct_8h.xhtml#a95a945afe4a10023a43212167976cbe7', 1, 'DDMAIN(const gmx_domdec_t &dd): domdec_struct.h'], │ │ │ │ │ + ['../domdec__struct_8h.xhtml#afc22561cfcc8cc698df33a9a9f95dcdf', 1, 'DDMAIN(const gmx_domdec_t *dd): domdec_struct.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['ddmainrank_171', ['DDMAINRANK', ['../domdec__network_8cpp.xhtml#ada792d6e90ffaa2bda1705b837d66c1f', 1, 'domdec_network.cpp']]], │ │ │ │ │ ['ddp_5fcount_172', ['ddp_count', ['../classt__state.xhtml#a16d8fbbde860871a552cd45c1d97aece', 1, 't_state']]], │ │ │ │ │ ['ddp_5fcount_5fcg_5fgl_173', ['ddp_count_cg_gl', ['../classt__state.xhtml#af356c56c20ca98911e9dbe927bacd488', 1, 't_state']]], │ │ │ │ │ ['ddpairinteractionranges_174', ['DDPairInteractionRanges', ['../structDDPairInteractionRanges.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['ddpcountpairsearch_175', ['ddpCountPairSearch', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#abade9224d4cd94ec258e7a382684c401', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator']]], │ │ │ │ │ ['ddrankorder_176', ['DdRankOrder', ['../namespacegmx.xhtml#a9b2fd966c924499613d71524e3d69471', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -402,20 +402,20 @@ │ │ │ │ │ ['define2dhalowith1pulseineachdim_244', ['define2dHaloWith1PulseInEachDim', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02haloexchange__mpi_8cpp_03.xhtml#ae96abac5713f4a3485a68332aea35818', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{haloexchange_mpi.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['define2dhalowith2pulsesindim1_245', ['define2dHaloWith2PulsesInDim1', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02haloexchange__mpi_8cpp_03.xhtml#ad71878f2ea271f402286a45b0a6e0a5a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{haloexchange_mpi.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['define2dranktopology_246', ['define2dRankTopology', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02haloexchange__mpi_8cpp_03.xhtml#a4b9107a64b196c60562ef8e3fa59e7ec', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{haloexchange_mpi.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['defining_20parameters_247', ['Defining parameters', ['../page_module_selection_custom.xhtml#selmethods_params', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['defining_5fatomnames_248', ['defining_atomnames', ['../structgmx__help__make__index__group.xhtml#ad6a6a6ab8817f747bddfcb55cbd370f1', 1, 'gmx_help_make_index_group']]], │ │ │ │ │ ['definition_20of_20main_249', ['Definition of main()', ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md87', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['definitions_250', ['Global definitions', ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md80', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['deform_251', ['deform', ['../classgmx_1_1BoxDeformationHandle.xhtml#a3880b40eec79e95d0361da2cdd0bf6ab', 1, 'gmx::BoxDeformationHandle::deform'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Update.xhtml#a14740b23785220c74619a511c8797da5', 1, 'gmx::Update::deform()'] │ │ │ │ │ + ['deform_251', ['deform', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#a14740b23785220c74619a511c8797da5', 1, 'gmx::Update::deform()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BoxDeformationHandle.xhtml#a3880b40eec79e95d0361da2cdd0bf6ab', 1, 'gmx::BoxDeformationHandle::deform'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['deform_5f_252', ['deform_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#adf07f26c7bde560e1f57f16b1337ece7', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ - ['degangle_253', ['degangle', ['../structgmx__potfit.xhtml#a2a8438cb2c51067eba63303629530384', 1, 'gmx_potfit::degangle'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#a2b250cf3d95bdc8811084fe558db99ba', 1, 'gmx_enfrotgrp::degangle'] │ │ │ │ │ + ['degangle_253', ['degangle', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#a2b250cf3d95bdc8811084fe558db99ba', 1, 'gmx_enfrotgrp::degangle'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__potfit.xhtml#a2a8438cb2c51067eba63303629530384', 1, 'gmx_potfit::degangle'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dekindl_254', ['dekindl', ['../classekinstate__t.xhtml#ac501ff85da4e6e774e195195cde0f2f4', 1, 'ekinstate_t']]], │ │ │ │ │ ['delete_255', ['Delete', ['../hackblock_8h.xhtml#ab96ef77f5bc6d24fdd272b55f5206016af2a6c498fb90ee345d997f888fce3b18', 1, 'hackblock.h']]], │ │ │ │ │ ['delta_256', ['delta', ['../structgmx_1_1shakedata.xhtml#ada6e3fa62160ae084f062119c19edea0', 1, 'gmx::shakedata']]], │ │ │ │ │ ['delta_5ft_257', ['delta_t', ['../structgmx_1_1SimulationTimeStep.xhtml#a055feb75c2e4d57dd6ffd93a9b76a40e', 1, 'gmx::SimulationTimeStep']]], │ │ │ │ │ ['deltaf_258', ['deltaF', ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__edflood.xhtml#ac47eaa589ac996758135ea626493d11d', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_edflood']]], │ │ │ │ │ ['deltaf0_259', ['deltaF0', ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__edflood.xhtml#a7d9a5161da847e2b9c6d52781093c247', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_edflood']]], │ │ │ │ │ @@ -430,21 +430,21 @@ │ │ │ │ │ ['densityfit_2eh_266', ['densityfit.h', ['../densityfit_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfitting_267', ['densityfitting', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml#aa9839e3720a234577932dd8d647294c7', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting::DensityFitting()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfitting_2ecpp_268', ['densityfitting.cpp', ['../densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['densityfittingamplitudelookup_269', ['densityfittingamplitudelookup', ['../classgmx_1_1DensityFittingAmplitudeLookup.xhtml#aa1d2f04d8d7aae3d5622cd859a201cbb', 1, 'gmx::DensityFittingAmplitudeLookup::DensityFittingAmplitudeLookup()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DensityFittingAmplitudeLookup.xhtml', 1, 'gmx::DensityFittingAmplitudeLookup'], │ │ │ │ │ + ['densityfittingamplitudelookup_269', ['densityfittingamplitudelookup', ['../classgmx_1_1DensityFittingAmplitudeLookup.xhtml#aa1d2f04d8d7aae3d5622cd859a201cbb', 1, 'gmx::DensityFittingAmplitudeLookup::DensityFittingAmplitudeLookup(const DensityFittingAmplitudeLookup &other)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensityFittingAmplitudeLookup.xhtml#ab390de4a90d3b122cc6d54862bfc158f', 1, 'gmx::DensityFittingAmplitudeLookup::DensityFittingAmplitudeLookup(DensityFittingAmplitudeLookup &&other) noexcept'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingAmplitudeLookup.xhtml#a59fc899181bcc2e39969fa553087444d', 1, 'gmx::DensityFittingAmplitudeLookup::DensityFittingAmplitudeLookup(const DensityFittingAmplitudeMethod &method)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DensityFittingAmplitudeLookup.xhtml#ab390de4a90d3b122cc6d54862bfc158f', 1, 'gmx::DensityFittingAmplitudeLookup::DensityFittingAmplitudeLookup(DensityFittingAmplitudeLookup &&other) noexcept'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensityFittingAmplitudeLookup.xhtml', 1, 'gmx::DensityFittingAmplitudeLookup'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['densityfittingamplitudelookup_2ecpp_270', ['densityfittingamplitudelookup.cpp', ['../densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['densityfittingamplitudelookup_2ecpp_270', ['densityfittingamplitudelookup.cpp', ['../tests_2densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingamplitudelookup_2eh_271', ['densityfittingamplitudelookup.h', ['../densityfittingamplitudelookup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingamplitudemethod_272', ['DensityFittingAmplitudeMethod', ['../namespacegmx.xhtml#ab0ad78613a262a1d4fcce5d18525099f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingforce_273', ['densityfittingforce', ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#a3eab6d07afa82b211179207e74072ff0', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce(DensityFittingForce &&other) noexcept'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#a4515397cbc5ab594e8e9066302e02eca', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce(const DensityFittingForce &other)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#acf7150b3a47e6878c27e70500c221d4a', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce(const GaussianSpreadKernelParameters::Shape &kernelShapeParameters)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml', 1, 'gmx::DensityFittingForce'] │ │ │ │ │ @@ -492,48 +492,48 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityRelativeEntropy.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityRelativeEntropy'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dependency_20graph_298', ['Module dependency graph', ['../page_modulegraph.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ ['derivative_299', ['derivative', ['../structgmx_1_1AnalyticalSplineTableInput.xhtml#a5163c472ec0200cd6c48dbe7075fb5f7', 1, 'gmx::AnalyticalSplineTableInput::derivative'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NumericalSplineTableInput.xhtml#a5a62dd0e8d27284c17e59cd4a6e2f1b5', 1, 'gmx::NumericalSplineTableInput::derivative'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['desc_300', ['desc', ['../structgmx_1_1NumericalSplineTableInput.xhtml#aba3ffc19198b0d92459e38438108c8a7', 1, 'gmx::NumericalSplineTableInput::desc'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1AnalyticalSplineTableInput.xhtml#ad7e66e1eeabef358ddca2a3a2e61a014', 1, 'gmx::AnalyticalSplineTableInput::desc'], │ │ │ │ │ + ['../structt__pargs.xhtml#a6ad8807f446b68a6c8d764ecb394feaa', 1, 't_pargs::desc'], │ │ │ │ │ ['../structt__mapping.xhtml#a54274cff3328fdfdfdbaf6d8ffc5a5f4', 1, 't_mapping::desc'], │ │ │ │ │ - ['../structt__pargs.xhtml#a6ad8807f446b68a6c8d764ecb394feaa', 1, 't_pargs::desc'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1AnalyticalSplineTableInput.xhtml#ad7e66e1eeabef358ddca2a3a2e61a014', 1, 'gmx::AnalyticalSplineTableInput::desc'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['describenegationto_301', ['describenegationto', ['../classgmx_1_1test_1_1RVecMatcher.xhtml#ab02df23c3cd9e32c6254e8ad62748005', 1, 'gmx::test::RVecMatcher::DescribeNegationTo()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#a8cbd9361625afc3b74009bbcb416fbb4', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::DescribeNegationTo(::std::ostream *os) const override'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#a8cbd9361625afc3b74009bbcb416fbb4', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::DescribeNegationTo()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['describeto_302', ['describeto', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#aa882969bb93bebe25b7c701c0a947e26', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::DescribeTo()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1RVecMatcher.xhtml#ac3354c999725b25550a018becd653f1b', 1, 'gmx::test::RVecMatcher::DescribeTo()'] │ │ │ │ │ + ['describeto_302', ['describeto', ['../classgmx_1_1test_1_1RVecMatcher.xhtml#ac3354c999725b25550a018becd653f1b', 1, 'gmx::test::RVecMatcher::DescribeTo()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#aa882969bb93bebe25b7c701c0a947e26', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::DescribeTo()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['description_303', ['description', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02gpu__3dfft__sycl__rocfft_8cpp_03_1_1RocfftPlan.xhtml#a2ce7c036a12aa1982e980ae1e12c64e2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{gpu_3dfft_sycl_rocfft.cpp}::RocfftPlan::description'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a08320dd95f482581101dcf84bcef3ebe', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::description()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl_1_1SelectionRequest.xhtml#a6777db2e9afb678f3ff6ac689de39250', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::SelectionRequest::description()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a93759b48e9bcea7a890ae6f2bf850ff5', 1, 'gmx::OptionTemplate::description()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#af1fb2dc1689e264a1f3966d30d62e8a9', 1, 'gmx::test::TestDevice::description()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a93759b48e9bcea7a890ae6f2bf850ff5', 1, 'gmx::OptionTemplate::description()'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl_1_1SelectionRequest.xhtml#a6777db2e9afb678f3ff6ac689de39250', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::SelectionRequest::description()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['descriptionwithoptiondetails_304', ['descriptionWithOptionDetails', ['../group__module__commandline.xhtml#gafaaf978f9092c4e61c8413eb51388ced', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['deserialize_305', ['deserialize', ['../classgmx_1_1ReadCheckpointDataHolder.xhtml#a573409925bc2f6892828dc2d554f880f', 1, 'gmx::ReadCheckpointDataHolder']]], │ │ │ │ │ - ['deserializedeviceinformations_306', ['deserializedeviceinformations', ['../device__management__common_8cpp.xhtml#ac3e3321880ed36de04c55efebb5fcbef', 1, 'deserializeDeviceInformations(gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../device__management_8h.xhtml#ac3e3321880ed36de04c55efebb5fcbef', 1, 'deserializeDeviceInformations(gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ │ + ['deserializedeviceinformations_306', ['deserializedeviceinformations', ['../device__management_8h.xhtml#ac3e3321880ed36de04c55efebb5fcbef', 1, 'deserializeDeviceInformations(gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../device__management__common_8cpp.xhtml#ac3e3321880ed36de04c55efebb5fcbef', 1, 'deserializeDeviceInformations(gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['deserializefepstatevalue_307', ['deserializefepstatevalue', ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a6bab98176abca317035cb40cf361903e', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::deserializeFEPStateValue(gmx::ISerializer *serializer, FEPStateValue< NameHolder > *value, const StringTable &table)'], │ │ │ │ │ ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a59732844e878078ee4146a748ab22ce4', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::deserializeFEPStateValue(gmx::ISerializer *serializer, FEPStateValue< T > *value)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['deserializekeyvaluetree_308', ['deserializeKeyValueTree', ['../group__module__utility.xhtml#ga2fb8e5a4a76a06a352f73bf5b3dc4613', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['deserializemrcdensitymapheader_309', ['deserializeMrcDensityMapHeader', ['../namespacegmx.xhtml#af217931e090e4e83f4b82e75d6c1a6e9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['design_310', ['design', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md45', 1, 'Modular simulator design'], │ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md46', 1, 'Notes about the modular simulator checkpointing design'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['design_20of_20the_20awh_20module_311', ['Design of the AWH module', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md1', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['design_20of_20the_20gromacs_20simd_20module_312', ['Design of the GROMACS SIMD module', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md57', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['destinations_313', ['destinations', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#aefaa81351b3b7c2c0f4bde100077b8bc', 1, 'gmx_repl_ex']]], │ │ │ │ │ - ['destroyparamlookuptable_314', ['destroyparamlookuptable', ['../devicebuffer__sycl_8h.xhtml#a6845da322375b65f6c5402b4cccf17dd', 1, 'destroyParamLookupTable(DeviceBuffer< ValueType > *deviceBuffer, DeviceTexture *): devicebuffer_sycl.h'], │ │ │ │ │ - ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a008d8a7fc47c0b7d231d7b7ca91e928f', 1, 'destroyParamLookupTable(DeviceBuffer< ValueType > *deviceBuffer, const DeviceTexture &): devicebuffer_ocl.h'] │ │ │ │ │ + ['destroyparamlookuptable_314', ['destroyparamlookuptable', ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a008d8a7fc47c0b7d231d7b7ca91e928f', 1, 'destroyParamLookupTable(DeviceBuffer< ValueType > *deviceBuffer, const DeviceTexture &): devicebuffer_ocl.h'], │ │ │ │ │ + ['../devicebuffer__sycl_8h.xhtml#a6845da322375b65f6c5402b4cccf17dd', 1, 'destroyParamLookupTable(DeviceBuffer< ValueType > *deviceBuffer, DeviceTexture *): devicebuffer_sycl.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['details_315', ['details', ['../page_usinglibrary.xhtml#autotoc_md104', 1, 'CMake <tt>find_package(GROMACS)</tt> details'], │ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md43', 1, 'Implementation details'], │ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md20', 1, 'Signaller and element details'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['detect_316', ['detect', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#a8da17cbedfcbc71ca857ff58cdafd4df', 1, 'gmx::HardwareTopology::detect()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#ab39e3eb5227a07cf048b337c47f77c97', 1, 'gmx::CpuInfo::detect()'] │ │ │ │ │ @@ -566,16 +566,16 @@ │ │ │ │ │ ['device_5fcontext_2eh_342', ['device_context.h', ['../device__context_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fcontext_5focl_2ecpp_343', ['device_context_ocl.cpp', ['../device__context__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fcontext_5fsycl_2ecpp_344', ['device_context_sycl.cpp', ['../device__context__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fevent_2eh_345', ['device_event.h', ['../device__event_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fevent_5focl_2eh_346', ['device_event_ocl.h', ['../device__event__ocl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fevent_5fsycl_2eh_347', ['device_event_sycl.h', ['../device__event__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5finformation_2eh_348', ['device_information.h', ['../device__information_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['device_5fmanagement_2ecpp_349', ['device_management.cpp', ['../tests_2device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['device_5fmanagement_2ecpp_349', ['device_management.cpp', ['../device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_2eh_350', ['device_management.h', ['../device__management_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fcommon_2ecpp_351', ['device_management_common.cpp', ['../device__management__common_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5focl_2ecpp_352', ['device_management_ocl.cpp', ['../device__management__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_2ecpp_353', ['device_management_sycl.cpp', ['../device__management__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_5fintel_5fdevice_5fids_2ecpp_354', ['device_management_sycl_intel_device_ids.cpp', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_5fintel_5fdevice_5fids_2eh_355', ['device_management_sycl_intel_device_ids.h', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -598,47 +598,47 @@ │ │ │ │ │ ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a2cfc9ed1971e758d743666d0927298a4', 1, 'PmeGpuSpecific::deviceContext_'], │ │ │ │ │ ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml#a66a06da4b90e1190c0655dcca3a17601', 1, 'PmeGpuProgramImpl::deviceContext_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['devicedetectionresult_370', ['DeviceDetectionResult', ['../structgmx_1_1DeviceDetectionResult.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['devicedetectionwarnings_5f_371', ['deviceDetectionWarnings_', ['../structgmx_1_1DeviceDetectionResult.xhtml#a3fd6f9092f6ee7dc883486122ec291ff', 1, 'gmx::DeviceDetectionResult']]], │ │ │ │ │ ['deviceid_372', ['deviceId', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Device.xhtml#ae55290832a54a102c9817da6d278c499', 1, 'gmx::HardwareTopology::Device']]], │ │ │ │ │ ['deviceid_5f_373', ['deviceId_', ['../structgmx_1_1GpuTaskMapping.xhtml#a6698a58bd0f0fab98684b98650fd250d', 1, 'gmx::GpuTaskMapping']]], │ │ │ │ │ - ['deviceidiscompatible_374', ['deviceidiscompatible', ['../device__management_8h.xhtml#a18842fc46a07885afa6447974760fb74', 1, 'deviceIdIsCompatible(gmx::ArrayRef< const std::unique_ptr< DeviceInformation > > deviceInfoList, int deviceId): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../device__management__common_8cpp.xhtml#a1f2e8f81e5eede997aecb392dfbfbe94', 1, 'deviceIdIsCompatible(gmx::ArrayRef< const std::unique_ptr< DeviceInformation > > deviceInfoList, const int deviceId): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ │ + ['deviceidiscompatible_374', ['deviceidiscompatible', ['../device__management__common_8cpp.xhtml#a1f2e8f81e5eede997aecb392dfbfbe94', 1, 'deviceIdIsCompatible(gmx::ArrayRef< const std::unique_ptr< DeviceInformation > > deviceInfoList, const int deviceId): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../device__management_8h.xhtml#a18842fc46a07885afa6447974760fb74', 1, 'deviceIdIsCompatible(gmx::ArrayRef< const std::unique_ptr< DeviceInformation > > deviceInfoList, int deviceId): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['deviceidsassigned_375', ['deviceIdsAssigned', ['../classgmx_1_1GpuTaskAssignments.xhtml#a182dcb4cc1793357f701cd74bcd05123', 1, 'gmx::GpuTaskAssignments']]], │ │ │ │ │ ['deviceinfo_376', ['deviceinfo', ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml#a21700ae423b68176d4a0646800c34d05', 1, 'gmx::DeviceStreamManager::deviceInfo()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#ad96628ae2830b0e68cdc64eb4ab332ce', 1, 'gmx::test::TestDevice::deviceInfo()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['deviceinfolist_5f_377', ['deviceInfoList_', ['../structgmx_1_1DeviceDetectionResult.xhtml#a70ea01a606765254475f43b92a678218', 1, 'gmx::DeviceDetectionResult']]], │ │ │ │ │ ['deviceinformation_378', ['DeviceInformation', ['../structDeviceInformation.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['devicenottargeted_379', ['DeviceNotTargeted', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888ae0a8f15beccf0777dc0db7d1596b1e02', 1, 'device_information.h']]], │ │ │ │ │ ['devices_380', ['devices', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Machine.xhtml#a2e5f16d9ac9b2a7e020450a8bbde0c67', 1, 'gmx::HardwareTopology::Machine']]], │ │ │ │ │ ['devicesselectedbyuser_381', ['devicesSelectedByUser', ['../structgmx__hw__opt__t.xhtml#afcd054472cdb483614394e44d8526ac2', 1, 'gmx_hw_opt_t']]], │ │ │ │ │ ['devicestatus_382', ['DeviceStatus', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888', 1, 'device_information.h']]], │ │ │ │ │ - ['devicestream_383', ['devicestream', ['../classDeviceStream.xhtml#acec1cd32716673fce69738e57e3b4ccb', 1, 'DeviceStream::DeviceStream()'], │ │ │ │ │ + ['devicestream_383', ['devicestream', ['../classDeviceStream.xhtml', 1, 'DeviceStream'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#afa7d5d2194cded2f8d2717fe85eb47de', 1, 'gmx::test::TestDevice::deviceStream()'], │ │ │ │ │ - ['../classDeviceStream.xhtml', 1, 'DeviceStream'] │ │ │ │ │ + ['../classDeviceStream.xhtml#acec1cd32716673fce69738e57e3b4ccb', 1, 'DeviceStream::DeviceStream()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['devicestreammanager_384', ['devicestreammanager', ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml#af4af89575a6d318fe0d107f74df07122', 1, 'gmx::DeviceStreamManager::DeviceStreamManager()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml', 1, 'gmx::DeviceStreamManager'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['devicestreammanagertest_385', ['DeviceStreamManagerTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02device__stream__manager_8cpp_03_1_1DeviceStreamManagerTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{device_stream_manager.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['devicestreampriority_386', ['DeviceStreamPriority', ['../device__stream_8h.xhtml#a745c3a25d092600ae45b68d7e73d8319', 1, 'device_stream.h']]], │ │ │ │ │ ['devicestreams_387', ['deviceStreams', ['../structNbnxmGpu.xhtml#ad744a8ed17f666335812b98b2dd6091d', 1, 'NbnxmGpu']]], │ │ │ │ │ ['devicestreamtype_388', ['DeviceStreamType', ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['devicetexture_389', ['devicetexture', ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a960fcf6fb2fa8586385940071cfaa2fa', 1, 'DeviceTexture: devicebuffer_ocl.h'], │ │ │ │ │ - ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a960fcf6fb2fa8586385940071cfaa2fa', 1, 'DeviceTexture: gputraits_sycl.h'] │ │ │ │ │ + ['devicetexture_389', ['devicetexture', ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a960fcf6fb2fa8586385940071cfaa2fa', 1, 'DeviceTexture: gputraits_sycl.h'], │ │ │ │ │ + ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a960fcf6fb2fa8586385940071cfaa2fa', 1, 'DeviceTexture: devicebuffer_ocl.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['devicetransfers_2ecpp_390', ['devicetransfers.cpp', ['../devicetransfers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['devicetransfers_2eh_391', ['devicetransfers.h', ['../devicetransfers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['devicetransfers_5focl_2ecpp_392', ['devicetransfers_ocl.cpp', ['../devicetransfers__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['devicetransfers_5fsycl_2ecpp_393', ['devicetransfers_sycl.cpp', ['../devicetransfers__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['devicevendor_394', ['devicevendor', ['../structDeviceInformation.xhtml#af4bb0f772e111410d33b2d1a72b3743f', 1, 'DeviceInformation::deviceVendor'], │ │ │ │ │ - ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508c', 1, 'DeviceVendor: device_information.h'] │ │ │ │ │ + ['devicevendor_394', ['devicevendor', ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508c', 1, 'DeviceVendor: device_information.h'], │ │ │ │ │ + ['../structDeviceInformation.xhtml#af4bb0f772e111410d33b2d1a72b3743f', 1, 'DeviceInformation::deviceVendor'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['df_5fhistory_5ft_395', ['df_history_t', ['../structdf__history__t.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['dfhist_396', ['dfhist', ['../classt__state.xhtml#a633fea391482c8de4656566cebc251d8', 1, 't_state']]], │ │ │ │ │ ['dfhistorycheckpointversion_397', ['DFHistoryCheckpointVersion', ['../namespaceanonymous__namespace_02state_8cpp_03.xhtml#ad907cd999a1c8a40aae08a0ed7bd6e6d', 1, 'anonymous_namespace{state.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['dg2_5fg10_5fa0_398', ['DG2_G10_A0', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662a18e5a83ee4a8ff824e5eeb2926001289', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]], │ │ │ │ │ ['dg2_5fg10_5fa1_399', ['DG2_G10_A1', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662a8e63387e3d5f2f0e89ca8e17e7322a13', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]], │ │ │ │ │ ['dg2_5fg11_5fb0_400', ['DG2_G11_B0', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662ae09fd3b617353bdf43dbce8ad65f8c03', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -647,37 +647,37 @@ │ │ │ │ │ ['dhbten_403', ['dhbtEN', ['../energyoutput_8h.xhtml#a394b3903fbf00ba2b6243f60689a5a5fa28cb7eec2509e9cc44115ff9ffc53dba', 1, 'energyoutput.h']]], │ │ │ │ │ ['dhbtexpanded_404', ['dhbtEXPANDED', ['../energyoutput_8h.xhtml#a394b3903fbf00ba2b6243f60689a5a5faa51b9318bdfc6027223e5cb77711824c', 1, 'energyoutput.h']]], │ │ │ │ │ ['dhbtnr_405', ['dhbtNR', ['../energyoutput_8h.xhtml#a394b3903fbf00ba2b6243f60689a5a5fab0f151c2996a68b552ac15bdaa8a8058', 1, 'energyoutput.h']]], │ │ │ │ │ ['dhbtpv_406', ['dhbtPV', ['../energyoutput_8h.xhtml#a394b3903fbf00ba2b6243f60689a5a5faf5b4abfa0e08cd2f65d3b62b46137e57', 1, 'energyoutput.h']]], │ │ │ │ │ ['dhdlambda_407', ['dhdlambda', ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1Task.xhtml#a848a88c89203306196dc760f55273a4a', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::Task']]], │ │ │ │ │ ['dhdlderivativecalculation_408', ['DhDlDerivativeCalculation', ['../md__enums_8h.xhtml#ac22e7b086f4d255a1887ff2c3bfe0239', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['dhh_409', ['dHH', ['../structSettleWaterTopology.xhtml#a29b9c0744ef6727ab5cc9ca38fb33f81', 1, 'SettleWaterTopology']]], │ │ │ │ │ - ['diagonal_410', ['diagonal', ['../namespacegmx.xhtml#aa9e3f7f78027230bbd448acd70c6efcd', 1, 'gmx::diagonal()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbeaa9ac677ee4eec25d9e59707a661d2c5e1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}::Diagonal'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5c5a9708579f420d64688aaea88c2885a9ac677ee4eec25d9e59707a661d2c5e1', 1, 'gmx::Diagonal'] │ │ │ │ │ + ['diagonal_410', ['diagonal', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5c5a9708579f420d64688aaea88c2885a9ac677ee4eec25d9e59707a661d2c5e1', 1, 'gmx::Diagonal'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa9e3f7f78027230bbd448acd70c6efcd', 1, 'gmx::diagonal(const BasicMatrix3x3< ElementType > &m)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbeaa9ac677ee4eec25d9e59707a661d2c5e1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}::Diagonal'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['diagonal_5f2xnn_5fj_5fminus_5fi_411', ['diagonal_2xnn_j_minus_i', ['../structnbnxn__atomdata__t_1_1SimdMasks.xhtml#a8f0d9761d672a03af589a581cc0ceb36', 1, 'nbnxn_atomdata_t::SimdMasks']]], │ │ │ │ │ ['diagonal_5f4xn_5fj_5fminus_5fi_412', ['diagonal_4xn_j_minus_i', ['../structnbnxn__atomdata__t_1_1SimdMasks.xhtml#a2c74c80638913db2741959a98eb58922', 1, 'nbnxn_atomdata_t::SimdMasks']]], │ │ │ │ │ ['diagonalize_5forires_5ftensors_413', ['diagonalize_orires_tensors', ['../orires_8h.xhtml#abc65ee6ebe3564f33fe99c2fdad0e2e8', 1, 'orires.cpp']]], │ │ │ │ │ ['diagonalmasker_414', ['DiagonalMasker', ['../classgmx_1_1DiagonalMasker.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['diagonalmasker_3c_20nr_2c_20kernellayout_2c_20kernellayoutclusterratio_3a_3ajsizeequalsisize_20_3e_415', ['DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeEqualsISize >', ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeEqualsISize_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['diagonalmasker_3c_20nr_2c_20kernellayout_2c_20kernellayoutclusterratio_3a_3ajsizeisdoubleisize_20_3e_416', ['DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsDoubleISize >', ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeIsDoubleISize_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['diagonalmasker_3c_20nr_2c_20kernellayout_2c_20kernellayoutclusterratio_3a_3ajsizeishalfisize_20_3e_417', ['DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsHalfISize >', ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeIsHalfISize_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['diagonalmatrix_418', ['diagonalMatrix', ['../namespacegmx.xhtml#a3f41d15665fe05ad3742c644d6fa5374', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['diagonalpairlist_419', ['diagonalPairlist', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02exclusions_8cpp_03.xhtml#a4b30520f12482698c8c9aabbed335312', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{exclusions.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['diagrams_420', ['Sequence diagrams', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md15', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['didoutput_421', ['didOutput', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter.xhtml#a59ca86a65680755b9a222df87f8d7ce4', 1, 'gmx::TextTableFormatter']]], │ │ │ │ │ - ['didpairlisth2d_422', ['didpairlisth2d', ['../structNbnxmGpu.xhtml#a5af467500177df026afeb19f1a1a53be', 1, 'NbnxmGpu::didPairlistH2D'], │ │ │ │ │ - ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#ab13a10ff790d7eafd2dfec156df1b324', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction::didPairlistH2D'] │ │ │ │ │ + ['didpairlisth2d_422', ['didpairlisth2d', ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#ab13a10ff790d7eafd2dfec156df1b324', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction::didPairlistH2D'], │ │ │ │ │ + ['../structNbnxmGpu.xhtml#a5af467500177df026afeb19f1a1a53be', 1, 'NbnxmGpu::didPairlistH2D'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['didprune_423', ['didprune', ['../structNbnxmGpu.xhtml#a3a6efc6decf53a5ba00cb4fc647fc94c', 1, 'NbnxmGpu::didPrune'], │ │ │ │ │ - ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a25fd89d258010621ddf2df1bba33194c', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction::didPrune'] │ │ │ │ │ + ['didprune_423', ['didprune', ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a25fd89d258010621ddf2df1bba33194c', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction::didPrune'], │ │ │ │ │ + ['../structNbnxmGpu.xhtml#a3a6efc6decf53a5ba00cb4fc647fc94c', 1, 'NbnxmGpu::didPrune'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['didrollingprune_424', ['didrollingprune', ['../structNbnxmGpu.xhtml#a6dc82dd999b44abcb26b7945129d12d5', 1, 'NbnxmGpu::didRollingPrune'], │ │ │ │ │ - ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a3472e57d1d49f96599f56dd5d88013b0', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction::didRollingPrune'] │ │ │ │ │ + ['didrollingprune_424', ['didrollingprune', ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a3472e57d1d49f96599f56dd5d88013b0', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction::didRollingPrune'], │ │ │ │ │ + ['../structNbnxmGpu.xhtml#a6dc82dd999b44abcb26b7945129d12d5', 1, 'NbnxmGpu::didRollingPrune'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['difference_5ftype_425', ['difference_type', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a64142278cc045a381bb1b1dfedfa73d5', 1, 'gmx::basic_mdspan::difference_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#aa63e91ba0deaea694f85e59d12b1468e', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::difference_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#aa3f867aedb5b7ca9e328d2d67dcc1572', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::difference_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a8895b8b6139fe648d37ea4e7e6bab050', 1, 'gmx::ArrayRef::difference_type'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['diffusioncoefficient_426', ['diffusioncoefficient', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MoleculeData.xhtml#a204cee06965a9ed5eaf5d2922fcdc52b', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MoleculeData::diffusionCoefficient'], │ │ │ │ │ @@ -767,20 +767,20 @@ │ │ │ │ │ ['distancetype_483', ['DistanceType', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#ga77ce81c4fed1390b735d4b95330dedfa', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['distarray_5f_484', ['distArray_', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistanceModuleData.xhtml#a3d03773fa56451e10594429d38f38420', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}::PairDistanceModuleData']]], │ │ │ │ │ ['distccut_485', ['distccut', ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#afc5ac466d72534a26ed0612e499d8289', 1, 'methoddata_insolidangle']]], │ │ │ │ │ ['distribute_2eh_486', ['distribute.h', ['../distribute_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['distributestate_487', ['distributeState', ['../distribute_8h.xhtml#a25b0c9b444ade4a22f4e2fdbba713151', 1, 'distribute.cpp']]], │ │ │ │ │ ['distributetransformationpullcoordforce_488', ['distributeTransformationPullCoordForce', ['../namespacegmx.xhtml#af55526e2d56c7517beae6247230f7bc7', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['distribution_489', ['Distribution', ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440baf0bac093bb884df2891d32385d053788', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['distribution_5ftype_490', ['distribution_type', ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml#abb6d0eac9d0e5934ab0445f277370e87', 1, 'gmx::GammaDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml#a360aa68a34a8d5d8245f9b8cc1df8ae0', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ │ + ['distribution_5ftype_490', ['distribution_type', ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml#aef25eb026f40f91dcb75009fef98e9c6', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml#abb6d0eac9d0e5934ab0445f277370e87', 1, 'gmx::GammaDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a065166a4865578f9e5d45eef4b51ecdf', 1, 'gmx::NormalDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml#aa32aadb37efbdbf47f3281594659dd96', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml#ae29e38c48c9840a6cc7391ec87f68ae9', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml#aef25eb026f40f91dcb75009fef98e9c6', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param_type::distribution_type'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml#a360aa68a34a8d5d8245f9b8cc1df8ae0', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param_type::distribution_type'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['distributions_20random_491', ['Random engines and distributions (random)', ['../group__module__random.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['div_5fround_5fup_492', ['div_round_up', ['../pme_8cpp.xhtml#a1c99073294c93f3840e0802b05a8acd8', 1, 'pme.cpp']]], │ │ │ │ │ ['div_5fup_493', ['div_up', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#ade2070381dc6febed7d537244ee565e5', 1, 'domdec_setup.cpp']]], │ │ │ │ │ ['divide_5fbondeds_5fby_5flocality_494', ['divide_bondeds_by_locality', ['../manage__threading_8cpp.xhtml#aae75035e941faeb2f96b2ea60f90fb42', 1, 'manage_threading.cpp']]], │ │ │ │ │ ['divide_5fbondeds_5fover_5fthreads_495', ['divide_bondeds_over_threads', ['../manage__threading_8cpp.xhtml#ab839024db9b2da71606e37f3c0b9c449', 1, 'manage_threading.cpp']]], │ │ │ │ │ ['divideelementwise_496', ['divideElementwise', ['../namespacegmx.xhtml#ac1e88a871e2b0ffdf68519ab1d2bb206', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -811,67 +811,67 @@ │ │ │ │ │ ['do_5flinacc_515', ['do_linacc', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#a90ba951bd868342fb5e12fe71f45f48a', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['do_5flincs_516', ['do_lincs', ['../namespacegmx.xhtml#a48b618e1d06c08dff33f6f789a5ade1b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['do_5flincsp_517', ['do_lincsp', ['../namespacegmx.xhtml#a0233d831a9a4457fb58fc1395c8c7d03', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['do_5flinfix_518', ['do_linfix', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#a8fde1728c12f11061c33fc0b3372833c', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['do_5flmfit_519', ['do_lmfit', ['../expfit_8h.xhtml#a2d6fa41a60d6682a8ae04e199d862613', 1, 'do_lmfit(int ndata, const real c1[], real sig[], real dt, const real *x0, real begintimefit, real endtimefit, const gmx_output_env_t *oenv, gmx_bool bVerbose, int eFitFn, double fitparms[], int fix, const char *fn_fitted): expfit.cpp'], │ │ │ │ │ ['../expfit_8cpp.xhtml#a2d6fa41a60d6682a8ae04e199d862613', 1, 'do_lmfit(int ndata, const real c1[], real sig[], real dt, const real *x0, real begintimefit, real endtimefit, const gmx_output_env_t *oenv, gmx_bool bVerbose, int eFitFn, double fitparms[], int fix, const char *fn_fitted): expfit.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['do_5fpairs_520', ['do_pairs', ['../pairs_8h.xhtml#ace5a086b59154b99c7d2f5c4c91a4117', 1, 'do_pairs(int ftype, int nbonds, const t_iatom iatoms[], const t_iparams iparams[], const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, const real *lambda, real *dvdl, gmx::ArrayRef< const real > chargeA, gmx::ArrayRef< const real > chargeB, gmx::ArrayRef< const bool > atomIsPerturbed, gmx::ArrayRef< const unsigned short > cENER, int numEnergyGroups, const t_forcerec *fr, bool havePerturbedPairs, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_grppairener_t *grppener, int *global_atom_index): pairs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pairs_8cpp.xhtml#a22308eced2305dcd0b36750636c6e8f6', 1, 'do_pairs(int ftype, int nbonds, const t_iatom iatoms[], const t_iparams iparams[], const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, const real *lambda, real *dvdl, gmx::ArrayRef< const real > chargeA, gmx::ArrayRef< const real > chargeB, gmx::ArrayRef< const bool > atomIsPerturbed, gmx::ArrayRef< const unsigned short > cENER, const int numEnergyGroups, const t_forcerec *fr, const bool havePerturbedInteractions, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_grppairener_t *grppener, int *global_atom_index): pairs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['do_5fpairs_520', ['do_pairs', ['../pairs_8cpp.xhtml#a22308eced2305dcd0b36750636c6e8f6', 1, 'do_pairs(int ftype, int nbonds, const t_iatom iatoms[], const t_iparams iparams[], const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, const real *lambda, real *dvdl, gmx::ArrayRef< const real > chargeA, gmx::ArrayRef< const real > chargeB, gmx::ArrayRef< const bool > atomIsPerturbed, gmx::ArrayRef< const unsigned short > cENER, const int numEnergyGroups, const t_forcerec *fr, const bool havePerturbedInteractions, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_grppairener_t *grppener, int *global_atom_index): pairs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pairs_8h.xhtml#ace5a086b59154b99c7d2f5c4c91a4117', 1, 'do_pairs(int ftype, int nbonds, const t_iatom iatoms[], const t_iparams iparams[], const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, const real *lambda, real *dvdl, gmx::ArrayRef< const real > chargeA, gmx::ArrayRef< const real > chargeB, gmx::ArrayRef< const bool > atomIsPerturbed, gmx::ArrayRef< const unsigned short > cENER, int numEnergyGroups, const t_forcerec *fr, bool havePerturbedPairs, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_grppairener_t *grppener, int *global_atom_index): pairs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['do_5fpairs_5fgeneral_521', ['do_pairs_general', ['../pairs_8cpp.xhtml#a593986c41a792f43a51528646a52f7af', 1, 'pairs.cpp']]], │ │ │ │ │ ['do_5fpairs_5fsimple_522', ['do_pairs_simple', ['../pairs_8cpp.xhtml#addf0ef957e30aea59c4c50608f224e00', 1, 'pairs.cpp']]], │ │ │ │ │ ['do_5fpbc_5ffirst_5fmtop_523', ['do_pbc_first_mtop', ['../pbc_8cpp.xhtml#ab2d73c141bca2f34ce5a2299d94896ee', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['do_5fpbc_5fmtop_524', ['do_pbc_mtop', ['../pbc_8cpp.xhtml#ae3e3fc740d5c1bbc408f93cfb70585f3', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['do_5fq_525', ['DO_Q', ['../pme__internal_8h.xhtml#a3f0c4a14ac2958c6a0ebeaf618a1e6a1', 1, 'pme_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['do_5fredist_5fpos_5fcoeffs_526', ['do_redist_pos_coeffs', ['../pme__redistribute_8cpp.xhtml#ae582259603d2904ca3f96e425bfd7c52', 1, 'do_redist_pos_coeffs(struct gmx_pme_t *pme, const t_commrec *cr, gmx_bool bFirst, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx::ArrayRef< const real > data): pme_redistribute.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__redistribute_8h.xhtml#ae582259603d2904ca3f96e425bfd7c52', 1, 'do_redist_pos_coeffs(struct gmx_pme_t *pme, const t_commrec *cr, gmx_bool bFirst, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx::ArrayRef< const real > data): pme_redistribute.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['do_5frotation_527', ['do_rotation', ['../pull__rotation_8h.xhtml#ab71b464ea02ed0ff84b28abfeab47cbb', 1, 'pull_rotation.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['do_5fswapcoords_528', ['do_swapcoords', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#ac6ec8dd8a6224b7af40e455a3f7c148b', 1, 'do_swapcoords(t_commrec *cr, int64_t step, double t, const t_inputrec *ir, t_swap *s, gmx_wallcycle *wcycle, rvec x[], matrix box, gmx_bool bVerbose, gmx_bool bRerun): swapcoords.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../swapcoords_8h.xhtml#ac6ec8dd8a6224b7af40e455a3f7c148b', 1, 'do_swapcoords(t_commrec *cr, int64_t step, double t, const t_inputrec *ir, t_swap *s, gmx_wallcycle *wcycle, rvec x[], matrix box, gmx_bool bVerbose, gmx_bool bRerun): swapcoords.cpp'] │ │ │ │ │ + ['do_5fswapcoords_528', ['do_swapcoords', ['../swapcoords_8h.xhtml#ac6ec8dd8a6224b7af40e455a3f7c148b', 1, 'do_swapcoords(t_commrec *cr, int64_t step, double t, const t_inputrec *ir, t_swap *s, gmx_wallcycle *wcycle, rvec x[], matrix box, gmx_bool bVerbose, gmx_bool bRerun): swapcoords.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#ac6ec8dd8a6224b7af40e455a3f7c148b', 1, 'do_swapcoords(t_commrec *cr, int64_t step, double t, const t_inputrec *ir, t_swap *s, gmx_wallcycle *wcycle, rvec x[], matrix box, gmx_bool bVerbose, gmx_bool bRerun): swapcoords.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['do_5fview_529', ['do_view', ['../viewit_8h.xhtml#a4b557b656195c88aee1d8e74323df0cb', 1, 'viewit.cpp']]], │ │ │ │ │ ['doall_530', ['doAll', ['../structNbnxm_1_1KernelBenchOptions.xhtml#a92fd69930a5d0ef3f6e3aa4723e0f337', 1, 'Nbnxm::KernelBenchOptions']]], │ │ │ │ │ ['dobool_531', ['dobool', ['../classgmx_1_1ISerializer.xhtml#a44bc0c7f7b4dda59fcf4db484a610c96', 1, 'gmx::ISerializer::doBool()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a8fc5646512eb1aeaf2f6d31808034fbf', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer::doBool()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['doboolarray_532', ['doBoolArray', ['../classgmx_1_1ISerializer.xhtml#a897c4b24cf07857ef33625d4e11ccfbb', 1, 'gmx::ISerializer']]], │ │ │ │ │ ['dochar_533', ['doChar', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#adae21f482838b9c31c68efc8a62d8c7e', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['dochararray_534', ['doCharArray', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a2571a9b5b0d7f6c9976e380261c2f527', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ - ['docheckpoint_535', ['docheckpoint', ['../classgmx_1_1NoseHooverGroup.xhtml#a8d2bae6f3a1b7b4d4eb174bf00e296e7', 1, 'gmx::NoseHooverGroup::doCheckpoint()'], │ │ │ │ │ + ['docheckpoint_535', ['docheckpoint', ['../classekinstate__t.xhtml#a2ee67d4251b907f6b3142bc13aeeb819', 1, 'ekinstate_t::doCheckpoint()'], │ │ │ │ │ ['../structdf__history__t.xhtml#a6f1ab6b1420176f271553885984f84bd', 1, 'df_history_t::doCheckpoint()'], │ │ │ │ │ - ['../classekinstate__t.xhtml#a2ee67d4251b907f6b3142bc13aeeb819', 1, 'ekinstate_t::doCheckpoint()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NoseHooverGroup.xhtml#a8d2bae6f3a1b7b4d4eb174bf00e296e7', 1, 'gmx::NoseHooverGroup::doCheckpoint()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['docheckpointdata_536', ['doCheckpointData', ['../classgmx_1_1NoseHooverTemperatureCoupling.xhtml#ad233c46cdfa1303832de31feda328bbd', 1, 'gmx::NoseHooverTemperatureCoupling']]], │ │ │ │ │ ['dodevicetransfers_537', ['doDeviceTransfers', ['../namespacegmx.xhtml#ad4795a26f1238920274a52385f95aaef', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['dodouble_538', ['doDouble', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a258ecdc04fe01d926c9a2c04285dd7ce', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['doenumarrayasint_539', ['doEnumArrayAsInt', ['../classgmx_1_1ISerializer.xhtml#a794acfe842d1ac653c7739a37345e69b', 1, 'gmx::ISerializer']]], │ │ │ │ │ ['doenumasint_540', ['doEnumAsInt', ['../classgmx_1_1ISerializer.xhtml#a92da8e65866a89dae22e903ed0e0cfc8', 1, 'gmx::ISerializer']]], │ │ │ │ │ ['dofit_2ecpp_541', ['dofit.cpp', ['../dofit_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['dofloat_542', ['doFloat', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a3fd26e31b108bb5c4e9ff3cf46e60245', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['doh_543', ['dOH', ['../structSettleWaterTopology.xhtml#a4fe21cf6227b589e3619da4f211eb1ff', 1, 'SettleWaterTopology']]], │ │ │ │ │ ['doint_544', ['doInt', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#ad18b93507130111911db7048d8278598', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['doint32_545', ['doInt32', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a1f3fcee617241ce334d2938b431590e1', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['doint64_546', ['doInt64', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a16b376e5b3c425be7be83c107c8e4fbb', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['doivec_547', ['doIvec', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#ad1fe1310f00745d2d0df9d672f19810e', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['dolistedforcessorting_548', ['doListedForcesSorting', ['../classgmx__reverse__top__t.xhtml#a631f038e6db9ee54df86e4e0f6d3904e', 1, 'gmx_reverse_top_t']]], │ │ │ │ │ - ['domain_549', ['domain', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#ab5bbfba4c5cbac801412d67d38f15fe6', 1, 'Domain: swapcoords.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Device.xhtml#a45a9ca5ad620d5c2bbb2e022c6c5d69f', 1, 'gmx::HardwareTopology::Device::domain'] │ │ │ │ │ + ['domain_549', ['domain', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Device.xhtml#a45a9ca5ad620d5c2bbb2e022c6c5d69f', 1, 'gmx::HardwareTopology::Device::domain'], │ │ │ │ │ + ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#ab5bbfba4c5cbac801412d67d38f15fe6', 1, 'Domain: swapcoords.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['domain_20decomposition_20for_20parallelization_20over_20mpi_550', ['Spatial domain decomposition (for parallelization 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]], │ │ │ │ │ ['domaingroups_554', ['domainGroups', ['../structAtomDistribution.xhtml#a54310497f4a786bc93a33846a3f16c01', 1, 'AtomDistribution']]], │ │ │ │ │ - ['domaininfo_555', ['domaininfo', ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml', 1, 'gmx::DomainInfo'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml#a98019766fd4e7f6913173f9c56f1e557', 1, 'gmx::DomainInfo::DomainInfo(PbcType pbcType, bool haveInterUpdateGroupVirtualSites, gmx_domdec_t *domdec)'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml#a295aad169ffe38dcd5e240ef0546a747', 1, 'gmx::DomainInfo::DomainInfo()=default'] │ │ │ │ │ + ['domaininfo_555', ['domaininfo', ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml#a98019766fd4e7f6913173f9c56f1e557', 1, 'gmx::DomainInfo::DomainInfo()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml', 1, 'gmx::DomainInfo'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml#a295aad169ffe38dcd5e240ef0546a747', 1, 'gmx::DomainInfo::DomainInfo()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['domainlifetimeworkload_556', ['DomainLifetimeWorkload', ['../classgmx_1_1DomainLifetimeWorkload.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['domainsetup_557', ['domainsetup', ['../structNbnxm_1_1GridSet_1_1DomainSetup.xhtml#a10356769577496bc797ef2567e7b54c6', 1, 'Nbnxm::GridSet::DomainSetup::DomainSetup()'], │ │ │ │ │ ['../classNbnxm_1_1GridSet.xhtml#a1372b1ab65a3bc0bf8f5e0e877c98f1e', 1, 'Nbnxm::GridSet::domainSetup() const'], │ │ │ │ │ ['../structNbnxm_1_1GridSet_1_1DomainSetup.xhtml', 1, 'Nbnxm::GridSet::DomainSetup'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['domainstring_558', ['DomainString', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#a8d3219f51d6dd4f57663baf7139a72a0', 1, 'swapcoords.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -907,41 +907,41 @@ │ │ │ │ │ ['domdecspecialcasestestparameters_583', ['DomDecSpecialCasesTestParameters', ['../namespaceanonymous__namespace_02domain__decomposition_8cpp_03.xhtml#ad6458dbf4c993aa0d73d1dd8d4b9f70f', 1, 'anonymous_namespace{domain_decomposition.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['domdrun_584', ['doMdrun', ['../classgmx_1_1test_1_1PeriodicActionsTest.xhtml#ab7ba9cd40beb21d4ce4243e2622a4ac0', 1, 'gmx::test::PeriodicActionsTest']]], │ │ │ │ │ ['domembed_585', ['doMembed', ['../classgmx_1_1MembedHolder.xhtml#a1c064399ab9168ab98adbaf2611f0259', 1, 'gmx::MembedHolder']]], │ │ │ │ │ ['domrcdensitymapheader_586', ['doMrcDensityMapHeader', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#afb90995b12dd1ec23633fb751a0b4fff', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['done_587', ['done', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#a5f0af02380a46894e20e09682ee63443', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ │ ['done_5fenxframe_588', ['done_enxframe', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aba30b242a0aed11e08b4c7f57dbac8e9', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['done_5flincs_589', ['done_lincs', ['../namespacegmx.xhtml#ae909fe116240bc4a5ed3cea1229d79f6', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['done_5fsymtab_590', ['done_symtab', ['../symtab_8h.xhtml#ab909195909d6dcccfdd0c94964751286', 1, 'done_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../symtab_8cpp.xhtml#ab909195909d6dcccfdd0c94964751286', 1, 'done_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ + ['done_5fsymtab_590', ['done_symtab', ['../symtab_8cpp.xhtml#ab909195909d6dcccfdd0c94964751286', 1, 'done_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../symtab_8h.xhtml#ab909195909d6dcccfdd0c94964751286', 1, 'done_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['done_5ftrxframe_591', ['done_trxframe', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a38e926a71822704ecee2753eec73d8e5', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['doneighborsearch_592', ['doNeighborSearch', ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#afccd5279abfd7745e61c1a446f7a26b8', 1, 'gmx::StepWorkload']]], │ │ │ │ │ ['donor_5f_593', ['donor_', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1ResInfo.xhtml#aa74b74465cdab77070e3ba2b5d72ac24', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::ResInfo']]], │ │ │ │ │ ['donorenergy_5f_594', ['donorEnergy_', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1ResInfo.xhtml#a95d9f7a7790a17a468d5cbc9ac0682ed', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::ResInfo']]], │ │ │ │ │ ['donotswap_595', ['DoNotSwap', ['../namespacegmx.xhtml#a9dcfc375435eb5edc0e45544fd43e655a3448d668bf42d8cc9f35c9fe803c3633', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['doopaque_596', ['doOpaque', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a7829dc6ba05456a40792ade1b6be89bf', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['doparsing_5f_597', ['doParsing_', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#a624c6ed59f247cfdcfd73b7490ed8426', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs']]], │ │ │ │ │ ['dopmeloadbalancing_598', ['doPmeLoadBalancing', ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml#a3189ea7c1efbcd9338c142d4eb566941', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper']]], │ │ │ │ │ ['doreal_599', ['doReal', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a5c8acb8221df38dab275ef1e2dcc7397', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['dorerun_5f_600', ['doRerun_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a40b583b331b2748f1e560b220e02d70b', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ ['dorvec_601', ['doRvec', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a6d503490844a963e5483b39fc795d01a', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['dorvecarray_602', ['doRvecArray', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a9d526b6b199ace368ef0bee8c15784cc', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['dosimulationwork_603', ['doSimulationWork', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1Subscriber.xhtml#aaa8afdabf81cf6dc7b90eec664bc02b0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::Subscriber']]], │ │ │ │ │ - ['doskippedupdatesforallpoints_604', ['doskippedupdatesforallpoints', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aaee34334a377527804c3aeeab3406a50', 1, 'gmx::Bias::doSkippedUpdatesForAllPoints()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#ac082fcce52b440dfa32ef11064ad225e', 1, 'gmx::BiasState::doSkippedUpdatesForAllPoints(const BiasParams &params)'] │ │ │ │ │ + ['doskippedupdatesforallpoints_604', ['doskippedupdatesforallpoints', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#ac082fcce52b440dfa32ef11064ad225e', 1, 'gmx::BiasState::doSkippedUpdatesForAllPoints()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aaee34334a377527804c3aeeab3406a50', 1, 'gmx::Bias::doSkippedUpdatesForAllPoints()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['doskippedupdatesinneighborhood_605', ['doSkippedUpdatesInNeighborhood', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#acd35b79b577951639c50399bd67a84e1', 1, 'gmx::BiasState']]], │ │ │ │ │ ['dostring_606', ['doString', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#abb12da363c569960f6c8803f38d36f5b', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ - ['dot_607', ['dot', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#afa05719af34a30136f366a5536b0c2a7', 1, 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Simd4Float b)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga48eb5014bfc9c6c43e9e21bf8c87ecc4', 1, 'gmx::dotProduct(Simd4Double a, Simd4Double b)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['double_5fprec_610', ['double_prec', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#add346a15ab9b843b1677cdd96aeefc83', 1, 'CheckpointHeaderContents']]], │ │ │ │ │ ['doubleblocklength_611', ['doubleBlockLength', ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml#ae321c86ec475fdf0064d79607881b3b5', 1, 'gmx::CorrelationBlockData']]], │ │ │ │ │ ['doubleeq_612', ['DoubleEq', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a31850ebc0f2718da5134382dca912a63', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['doublefromstring_613', ['doubleFromString', ['../group__module__utility.xhtml#gaf035067f7637ae310fe1246ba6c19111', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['doubleoption_614', ['doubleoption', ['../classgmx_1_1DoubleOption.xhtml#a7f8f5370185e452c6a0b5e8e99c6641f', 1, 'gmx::DoubleOption::DoubleOption()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DoubleOption.xhtml', 1, 'gmx::DoubleOption'] │ │ 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['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1DsspModuleTestGromacsNoNB.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['dsspstorage_631', ['DsspStorage', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1DsspStorage.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['dsspstorageframe_632', ['DsspStorageFrame', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1DsspStorageFrame.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['dt_633', ['dt', ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule_1_1Impl.xhtml#a0b85349df47f8c8d3124856e5e09ddd2', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::Impl::dt'], │ │ │ │ │ + ['dt_633', ['dt', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#ac064764d5dbb0550e6b2e8567bb4de3b', 1, 't_UmbrellaWindow::dt'], │ │ │ │ │ + ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__edflood.xhtml#a7423f88558649a94f82975208726be33', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_edflood::dt'], │ │ │ │ │ ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a42ca5cc7be9c7f922258d701a44fed59', 1, 'UmbrellaOptions::dt'], │ │ │ │ │ - ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#ac064764d5dbb0550e6b2e8567bb4de3b', 1, 't_UmbrellaWindow::dt'], │ │ │ │ │ - ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__edflood.xhtml#a7423f88558649a94f82975208726be33', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_edflood::dt'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule_1_1Impl.xhtml#a0b85349df47f8c8d3124856e5e09ddd2', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::Impl::dt'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dtensors_634', ['DTensors', ['../structt__oriresdata.xhtml#a4fba669e95d42c39c974af2dd5e170e7', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['dtensorsensembleav_635', ['DTensorsEnsembleAv', ['../structt__oriresdata.xhtml#a051af0ff512dd4233d82e71b36399bba', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['dtensorstimeandensembleav_636', ['DTensorsTimeAndEnsembleAv', 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['../structVirtualSiteConfiguration.xhtml#a86c56dfa2a3ae3d2233025dd0211e6d4', 1, 'VirtualSiteConfiguration']]], │ │ │ │ │ ['dummyselection_5f_643', ['dummySelection_', ['../classgmx_1_1test_1_1ModuleTest.xhtml#a2cfbedd95ba40db846e9f764e1a1bcd7', 1, 'gmx::test::ModuleTest']]], │ │ │ │ │ ['dummytopology_5f_644', ['dummyTopology_', ['../classgmx_1_1test_1_1ModuleTest.xhtml#af0b4bb7693f875571daa0e8ae25156d3', 1, 'gmx::test::ModuleTest']]], │ │ │ │ │ ['dump_645', ['dump', ['../classgmx_1_1ReadCheckpointDataHolder.xhtml#aec87b8d67956c15834da54bd0737623a', 1, 'gmx::ReadCheckpointDataHolder']]], │ │ │ │ │ - ['dump_2ecpp_646', ['dump.cpp', ['../tools_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['dump_2ecpp_646', ['dump.cpp', ['../domdec_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tools_2tests_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../domdec_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['../tools_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dump_2eh_647', ['dump.h', ['../domdec_2dump_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['dump_5fconfs_648', ['dump_confs', ['../namespacegmx.xhtml#a44f3c2f294d726a6ffc41f0303f8a05e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['dump_5fpbc_649', ['dump_pbc', ['../pbc_8cpp.xhtml#a04742edf90899bcb8f2ece6c28d8c89e', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['dump_5ftmp_650', ['dump_tmp', ['../autocorr_8cpp.xhtml#a9674f8059c2757e6e40d1842fcaf7b45', 1, 'autocorr.cpp']]], │ │ │ │ │ ['dumpkeyvaluetree_651', ['dumpKeyValueTree', ['../group__module__utility.xhtml#ga58d8eb0b9eaeda93709f534a9387c110', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['duplicatesymtab_652', ['duplicatesymtab', ['../symtab_8h.xhtml#a7a219947903b65355a4a3b5ab00079b4', 1, 'duplicateSymtab(const t_symtab *symtab): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ ['../symtab_8cpp.xhtml#a7a219947903b65355a4a3b5ab00079b4', 1, 'duplicateSymtab(const t_symtab *symtab): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['during_20setup_20and_20simulation_653', ['Callbacks to modules during setup and simulation', ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md6', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['dv_654', ['dv', ['../structpull__group__work__t.xhtml#ac9c50575cc36ce1b48b9f16de3aafe6e', 1, 'pull_group_work_t']]], │ │ │ │ │ - ['dvdl_655', ['dvdl', ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a4324e5a5c5989def28d750cf36b3841c', 1, 'DispersionCorrection::Correction::dvdl'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a4e705e51155aefd182f2a045219f4225', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer::dvdl()'] │ │ │ │ │ + ['dvdl_655', ['dvdl', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a4e705e51155aefd182f2a045219f4225', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer::dvdl()'], │ │ │ │ │ + ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a4324e5a5c5989def28d750cf36b3841c', 1, 'DispersionCorrection::Correction::dvdl'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dvdl_5flin_656', ['dvdl_lin', ['../structgmx__enerdata__t.xhtml#a4910d2820e77119dab2ff7685dfc5662', 1, 'gmx_enerdata_t']]], │ │ │ │ │ ['dvdl_5fnonlin_657', ['dvdl_nonlin', ['../structgmx__enerdata__t.xhtml#ac5a92c8d6ccb9b8090f6ae7969d8f89f', 1, 'gmx_enerdata_t']]], │ │ │ │ │ - ['dvdlambda_658', ['dvdlambda', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a476b5aecaa03554b62df8121666f67ca', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::OutputQuantities::dvdLambda'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a32655be2259ba4f7480178a0583dba4d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::OutputQuantities::dvdLambda'], │ │ │ │ │ + ['dvdlambda_658', ['dvdlambda', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a32655be2259ba4f7480178a0583dba4d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::OutputQuantities::dvdLambda'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a476b5aecaa03554b62df8121666f67ca', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::OutputQuantities::dvdLambda'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a7f3afe1a5098e8ad64f332942342f965', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::OutputQuantities::dvdlambda'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dvec_659', ['dvec', ['../namespacegmx.xhtml#af170c8362781745386ddba8d2e57f48e', 1, 'gmx::DVec'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__tests_8cpp_03.xhtml#a144a175fd4f2ba211fe0a601de35171f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_tests.cpp}::dvec'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['dx_660', ['dx', ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a3f0e8ec50bdbd80871f9cc2cd4349bfa', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::dx()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodPair.xhtml#aefa53017545652a402bd9e0968b507df', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodPair::dx()'], │ │ │ │ │ + ['dx_660', ['dx', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodPair.xhtml#aefa53017545652a402bd9e0968b507df', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodPair::dx()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a0725c3abcc7ae178eda3407d39aacda1', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::dx()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a3f0e8ec50bdbd80871f9cc2cd4349bfa', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::dx()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameHeader.xhtml#a065aa01eeeab9ba850f8259f7412f6ca', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameHeader::dx()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ae8587c11f3d50bf34a91d56cedc18f91', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::dx()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dxdf_661', ['dxdf', ['../structgmx_1_1VsiteThread.xhtml#a7863cbdd28bb823cb22b35ab5e9efdcd', 1, 'gmx::VsiteThread']]], │ │ │ │ │ ['dy_662', ['dy', ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a8e86a3e5096f9386779898f1cee84ab0', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::dy()'], │ │ │ │ │ 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│ │ │ - ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree_const', 1, 'Constant elements'], │ │ │ │ │ ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree_const', 1, 'Constant elements'], │ │ │ │ │ + ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree_const', 1, 'Constant elements'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1KeyValueTreePath.xhtml#a1d86be1f4183f54eb6783f04b4a4e4fa', 1, 'gmx::KeyValueTreePath::elements()'], │ │ │ │ │ ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree_method', 1, 'Method evaluation elements'], │ │ │ │ │ ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree_method', 1, 'Method evaluation elements'], │ │ │ │ │ ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree_root', 1, 'Root elements'], │ │ │ │ │ ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree_root', 1, 'Root elements'], │ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md11', 1, 'Simulator elements'], │ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md22', 1, 'Simulator 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'gmx::anonymous_namespace{gpu_3dfft_sycl_rocfft.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['fftsetup_58', ['fftSetup', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#aad82d2b99a94ed427226076d786a5886', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ │ ['ffwrite_59', ['ffWRITE', ['../group__module__commandline.xhtml#ga7631b25f5be9959c84dd7acc96bc04dd', 1, 'filenm.h']]], │ │ │ │ │ ['ffwrmult_60', ['ffWRMULT', ['../group__module__commandline.xhtml#ga0a9ba9e80fcdc4a36537189bf0b2e092', 1, 'filenm.h']]], │ │ │ │ │ ['fgets2_61', ['fgets2', ['../cstringutil_8h.xhtml#a1fcfed3fad308bcf16440a6712bf3bb6', 1, 'cstringutil.cpp']]], │ │ │ │ │ ['fgets3_62', ['fgets3', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#ac2c0038d4b482362a1568f5b08767b6b', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['file_63', ['file', ['../structgmx_1_1ThrowLocation.xhtml#a8346a1ead40423ed29d2f2786ad80a80', 1, 'gmx::ThrowLocation::file'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b76a571a22b4c47f7dab283e6674154a0b27918290ff5323bea1e3b78a9cf04e', 1, 'gmx::test::File'] │ │ │ │ │ + ['file_63', ['file', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b76a571a22b4c47f7dab283e6674154a0b27918290ff5323bea1e3b78a9cf04e', 1, 'gmx::test::File'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1ThrowLocation.xhtml#a8346a1ead40423ed29d2f2786ad80a80', 1, 'gmx::ThrowLocation::file'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['file_20organization_64', ['File organization', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md58', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['file_5f_65', ['file_', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl_1_1SharedState.xhtml#ac3ef14a847add39489a2807ec25a4706', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl::SharedState']]], │ │ │ │ │ ['file_5fversion_66', ['file_version', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#aa30be23ce197759be9ace7e076d116bf', 1, 'CheckpointHeaderContents']]], │ │ │ │ │ ['filebase_67', ['filebase', ['../structPreprocessResidue.xhtml#ae814d77fe9dc87042f21aacc06cadbcf', 1, 'PreprocessResidue::filebase'], │ │ │ │ │ ['../structMoleculePatchDatabase.xhtml#ae19967539edd91c420f87eb820136971', 1, 'MoleculePatchDatabase::filebase'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fileexists_68', ['fileexists', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02fileredirector_8cpp_03_1_1DefaultInputRedirector.xhtml#a9f8e883f93e991222d5d6090ea789831', 1, 'gmx::anonymous_namespace{fileredirector.cpp}::DefaultInputRedirector::fileExists()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IFileInputRedirector.xhtml#ada681906817a3597190bc682ebd3dfe0', 1, 'gmx::IFileInputRedirector::fileExists()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileInputRedirector.xhtml#a0e57297bb9ca78465d3d1fab981edc52', 1, 'gmx::test::TestFileInputRedirector::fileExists()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileInputRedirector.xhtml#a0e57297bb9ca78465d3d1fab981edc52', 1, 'gmx::test::TestFileInputRedirector::fileExists()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IFileInputRedirector.xhtml#ada681906817a3597190bc682ebd3dfe0', 1, 'gmx::IFileInputRedirector::fileExists()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filegeneration_69', ['fileGeneration', ['../structTpxFileHeader.xhtml#a84a10ca670608eb96c039d20d61e334b', 1, 'TpxFileHeader']]], │ │ │ │ │ ['fileindex_70', ['fileIndex', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#ab4c81c07ccaef47d2bcf6dcee4b921ac', 1, 'gmx::EnergyTerm']]], │ │ │ │ │ - ['fileioerror_71', ['fileioerror', ['../classgmx_1_1FileIOError.xhtml', 1, 'gmx::FileIOError'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileIOError.xhtml#a24a714cd22c57b8cb91fa2c5f37fafe9', 1, 'gmx::FileIOError::FileIOError()'] │ │ │ │ │ + ['fileioerror_71', ['fileioerror', ['../classgmx_1_1FileIOError.xhtml#a24a714cd22c57b8cb91fa2c5f37fafe9', 1, 'gmx::FileIOError::FileIOError()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileIOError.xhtml', 1, 'gmx::FileIOError'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['fileioxdrserializer_72', ['fileioxdrserializer', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a91b67e0ad48c2cb8908fbd70bfcb61ed', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer::FileIOXdrSerializer()'] │ │ │ │ │ + ['fileioxdrserializer_72', ['fileioxdrserializer', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a91b67e0ad48c2cb8908fbd70bfcb61ed', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer::FileIOXdrSerializer()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fileioxdrserializer_2ecpp_73', ['fileioxdrserializer.cpp', ['../fileioxdrserializer_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['filemanager_74', ['fileManager', ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLineTestBase.xhtml#a5899f9f12453f75da2a4af840a1c4b59', 1, 'gmx::test::CommandLineTestBase']]], │ │ │ │ │ - ['filemanager_5f_75', ['filemanager_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a6739c595dc4466b69220fdf1dfbe3d71', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::fileManager_'], │ │ │ │ │ + ['filemanager_5f_75', ['filemanager_', ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#a00ccab41b824db52825528838326ae91', 1, 'gmx::test::MultiSimTest::fileManager_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1MdrunTestFixture.xhtml#a2141d1eeae99b891fdd4aabc9de3dccb', 1, 'gmx::test::MdrunTestFixture::fileManager_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#a00ccab41b824db52825528838326ae91', 1, 'gmx::test::MultiSimTest::fileManager_'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a6739c595dc4466b69220fdf1dfbe3d71', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::fileManager_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filematcherpointer_76', ['FileMatcherPointer', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a96729fee4a52b37c0ae0784af1e9eaa3', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['filematchers_2ecpp_77', ['filematchers.cpp', ['../filematchers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['filematchers_2eh_78', ['filematchers.h', ['../filematchers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['filemd5_2ecpp_79', ['filemd5.cpp', ['../filemd5_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['filename_80', ['filename', 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['../tests_2filenameoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../filenameoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filenameoption_2eh_84', ['filenameoption.h', ['../filenameoption_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['filenameoptioninfo_85', ['filenameoptioninfo', ['../classgmx_1_1FileNameOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::FileNameOptionInfo'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileNameOptionInfo.xhtml#a90b3bff35cc93cf1efeedb70532f9f87', 1, 'gmx::FileNameOptionInfo::FileNameOptionInfo()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filenameoptionmanager_86', ['FileNameOptionManager', ['../classgmx_1_1FileNameOptionManager.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['filenameoptionmanager_2ecpp_87', ['filenameoptionmanager.cpp', ['../filenameoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2filenameoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['filenameoptionmanager_2ecpp_87', ['filenameoptionmanager.cpp', ['../tests_2filenameoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../filenameoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filenameoptionmanager_2eh_88', ['filenameoptionmanager.h', ['../filenameoptionmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['filenameoptionstorage_89', ['filenameoptionstorage', ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a6d331375fa7933f89616320d8eca541a', 1, 'gmx::FileNameOption::FileNameOptionStorage'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#ae371defde227f55e1b6a4753301bcc5d', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::FileNameOptionStorage()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filenameoptionstorage_2eh_90', ['filenameoptionstorage.h', ['../filenameoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['filenames_91', ['filenames', ['../structt__filenm.xhtml#a22c974341584ea450fff878b56c94fb5', 1, 't_filenm::filenames'], │ │ │ │ │ - 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't_compiler_data::flags'], │ │ │ │ │ ['../structt__matrix.xhtml#abcfcc4494b84c1a4675f173fce6c02b0', 1, 't_matrix::flags'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a75545b0019848cbf6a3c58ed99de20c8', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::flags()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#a9c3245b0a872aca163011d859b3140d6', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::flags()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#a5ea219fa114b211cec6397643a7a8462', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::flags()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#a8ecb1b1d5690dde34ecc6634514d82c2', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::flags()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#a9e085fdceb8524342f010e237242e455', 1, 'gmx::internal::SelectionData::flags()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings.xhtml#aad269d81386271261c2330ed75d0cb4b', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::flags()'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx__pme__comm__n__box__t.xhtml#aa1ef0a507e38d53a3a0e7f3e355b36b1', 1, 'gmx_pme_comm_n_box_t::flags'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['flags_2eh_230', ['flags.h', ['../flags_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['flags_5f_231', ['flags_', ['../classgmx_1_1test_1_1MockAnalysisDataModule_1_1Impl.xhtml#ae75f062aad3b6bf59392153ddccdabc2', 1, 'gmx::test::MockAnalysisDataModule::Impl']]], │ │ │ │ │ ['flags_5fawhh_232', ['flags_awhh', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#ab296f01755439e83e4426f37f9c18a21', 1, 'CheckpointHeaderContents']]], │ │ │ │ │ ['flags_5fdfh_233', ['flags_dfh', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#ac3b4411dff035c366807684744317d89', 1, 'CheckpointHeaderContents']]], │ │ │ │ │ ['flags_5feks_234', ['flags_eks', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a7127a113c2f2a8c8211c3b58bce25a18', 1, 'CheckpointHeaderContents']]], │ │ │ │ │ ['flags_5fenh_235', ['flags_enh', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a394107ca75fc9adf170dcfcec8999581', 1, 'CheckpointHeaderContents']]], │ │ │ │ │ @@ -425,16 +425,16 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#afa1c4d9ef7ddb6633638c737436def55', 1, 'gmx::FlagsTemplate::FlagsTemplate()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['flagstemplate_3c_20flag_20_3e_239', ['FlagsTemplate< Flag >', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['flagstemplate_3c_20optionflag_20_3e_240', ['FlagsTemplate< OptionFlag >', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['flagstemplate_3c_20selectionflag_20_3e_241', ['FlagsTemplate< SelectionFlag >', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['flagstemplate_3c_20testflag_20_3e_242', ['FlagsTemplate< TestFlag >', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['flagtest_243', ['FlagTest', ['../classgmx_1_1test_1_1FlagTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['flexibleconstrainttreatment_244', ['flexibleconstrainttreatment', ['../namespacegmx.xhtml#ad269e22f3416b5eda461e67d28d3e2a7', 1, 'gmx::FlexibleConstraintTreatment'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#afccc61da0126d4d5d626a4c824340911', 1, 'gmx::flexibleConstraintTreatment(bool haveDynamicsIntegrator)'] │ │ │ │ │ + ['flexibleconstrainttreatment_244', ['flexibleconstrainttreatment', ['../namespacegmx.xhtml#afccc61da0126d4d5d626a4c824340911', 1, 'gmx::flexibleConstraintTreatment(bool haveDynamicsIntegrator)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ad269e22f3416b5eda461e67d28d3e2a7', 1, 'gmx::FlexibleConstraintTreatment'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['flexibleethaneua_245', ['flexibleEthaneUA', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02updategroups_8cpp_03.xhtml#abd64e83868e4cf010738450162f29b92', 1, 'gmx::anonymous_namespace{updategroups.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['float2_246', ['float2', ['../gputraits__ocl_8h.xhtml#a749587288ae48c14770d6e7e7366b8fa', 1, 'Float2: gputraits_ocl.h'], │ │ │ │ │ ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a954bc2a65d404fd6187bae6ae5d16a21', 1, 'Float2: gputraits_sycl.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['float3_247', ['float3', ['../gputraits__ocl_8h.xhtml#aa9eb334cd148a36b4290f59c09ff5287', 1, 'Float3: gputraits_ocl.h'], │ │ │ │ │ ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#aa9eb334cd148a36b4290f59c09ff5287', 1, 'Float3: gputraits_sycl.h'] │ │ │ │ │ @@ -443,72 +443,72 @@ │ │ │ │ │ ['float4_249', ['float4', ['../gputraits__ocl_8h.xhtml#a5ae56814f37655fa5e77662fad93e937', 1, 'Float4: gputraits_ocl.h'], │ │ │ │ │ ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a5ada0bb63765b0c24aa9bb24d2961b7b', 1, 'Float4: gputraits_sycl.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['floateq_250', ['FloatEq', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a4462138316a50981f22521a95a0c0fa8', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['floatfromstring_251', ['floatFromString', ['../group__module__utility.xhtml#gacd75bf727a02cb09d6aeed2d00a791cc', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['floating_20point_20data_252', ['Floating-point data', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md60', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['floating_20point_20values_253', ['Integers corresponding to floating-point values', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md61', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['floatingpointdifference_254', ['floatingpointdifference', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#adfd406b0260ff46289e325fdd4300840', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference::FloatingPointDifference()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#a2f5a9722f4f06dd046ffe1c5d655c348', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference::FloatingPointDifference()'] │ │ │ │ │ + ['floatingpointdifference_254', ['floatingpointdifference', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#a2f5a9722f4f06dd046ffe1c5d655c348', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference::FloatingPointDifference(double ref, double value)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#adfd406b0260ff46289e325fdd4300840', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference::FloatingPointDifference(float ref, float value)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['floatingpointtobiasedinteger_255', ['floatingPointToBiasedInteger', ['../group__module__testutils.xhtml#gaba1bbfd312d869f520e140c8970cbe04', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testasserts.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['floatingpointtolerance_256', ['floatingpointtolerance', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointTolerance.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatingPointTolerance'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointTolerance.xhtml#aea341924296949e82c2b57cfe5c32839', 1, 'gmx::test::FloatingPointTolerance::FloatingPointTolerance()'] │ │ │ │ │ + ['floatingpointtolerance_256', ['floatingpointtolerance', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointTolerance.xhtml#aea341924296949e82c2b57cfe5c32839', 1, 'gmx::test::FloatingPointTolerance::FloatingPointTolerance()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointTolerance.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatingPointTolerance'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['floatoption_257', ['floatoption', ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml#aa7ae5a55395c981060274773ebda40b5', 1, 'gmx::FloatOption::FloatOption()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml', 1, 'gmx::FloatOption'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['floatoptioninfo_258', ['floatoptioninfo', ['../classgmx_1_1FloatOptionInfo.xhtml#a56d27f92c0cffbd7b148ad626581bc4a', 1, 'gmx::FloatOptionInfo::FloatOptionInfo()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FloatOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::FloatOptionInfo'] │ │ │ │ │ + ['floatoptioninfo_258', ['floatoptioninfo', ['../classgmx_1_1FloatOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::FloatOptionInfo'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FloatOptionInfo.xhtml#a56d27f92c0cffbd7b148ad626581bc4a', 1, 'gmx::FloatOptionInfo::FloatOptionInfo()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['floatoptionstorage_259', ['floatoptionstorage', ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml#a128b881ed6dc5c9144478747527f0f02', 1, 'gmx::FloatOptionStorage::FloatOptionStorage()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml#a9737ae8c8d40af054a7e8680ebb04856', 1, 'gmx::FloatOption::FloatOptionStorage'], │ │ │ │ │ + ['floatoptionstorage_259', ['floatoptionstorage', ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml#a9737ae8c8d40af054a7e8680ebb04856', 1, 'gmx::FloatOption::FloatOptionStorage'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml#a128b881ed6dc5c9144478747527f0f02', 1, 'gmx::FloatOptionStorage::FloatOptionStorage()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::FloatOptionStorage'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['floattoler_260', ['floattoler', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#ad83dd3751d1e1866fe0f858204d6fc2d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::floatToler'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a004e5e8bdf0447d1694d70558d49fa32', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::ListInput::floatToler'] │ │ │ │ │ + ['floattoler_260', ['floattoler', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a004e5e8bdf0447d1694d70558d49fa32', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::ListInput::floatToler'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#ad83dd3751d1e1866fe0f858204d6fc2d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::floatToler'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['floattypematcher_261', ['floattypematcher', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#a349d8c2cfc013ef8e63a9eab29df4c44', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::FloatTypeMatcher()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher< FloatType >'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['flood_5fblowup_262', ['flood_blowup', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa027c1bd075c6b731318b7e4787b7cb9', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['flooding_263', ['Flooding', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa2d5ea43ccd104c8b0f1f2e7b8cad0c4ac244d080617e096f13d28a4fdf82b8d9', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['fluxfromatob_264', ['fluxfromAtoB', ['../structswap__group.xhtml#a7a42dc9ddd2ea5f6b175b13f6f66e366', 1, 'swap_group']]], │ │ │ │ │ ['fluxleak_265', ['fluxleak', ['../structt__swap.xhtml#a32bdda08730e7830c060235c17dd72e2', 1, 't_swap']]], │ │ │ │ │ - ['fma_266', ['fma', ['../namespacegmx.xhtml#a183d89182d418bb66a668104978af5bf', 1, 'gmx::fma(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga68d608d0650ac219cb4c0d3034ee855f', 1, 'gmx::fma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ + ['fma_266', ['fma', ['../group__module__simd.xhtml#ga68d608d0650ac219cb4c0d3034ee855f', 1, 'gmx::fma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaa2db026253ce788e7f136326089e8a77', 1, 'gmx::fma(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga3b86949473ebaef8ccbd4d2852947839', 1, 'gmx::fma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga6969c0baf1592d7a5fec29636a85628f', 1, 'gmx::fma(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a183d89182d418bb66a668104978af5bf', 1, 'gmx::fma(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a79e2ba07938cafa28c0988ba52874f46', 1, 'gmx::fma(double a, double b, double c)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fmax_267', ['fmax', ['../structem__state.xhtml#aab39c5b16c1d58a45a5c973133e5ffc5', 1, 'em_state']]], │ │ │ │ │ - ['fms_268', ['fms', ['../namespacegmx.xhtml#abcb2c8942d173c6a9964940f90c55b2a', 1, 'gmx::fms(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#afad947f51589a3a9eef2f8364ab62c19', 1, 'gmx::fms(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga075eeabb5171e4f74cdd74e2f97bab5c', 1, 'gmx::fms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ │ + ['fms_268', ['fms', ['../namespacegmx.xhtml#afad947f51589a3a9eef2f8364ab62c19', 1, 'gmx::fms(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga78a3204bd78e9122ba1998e985d1a5bd', 1, 'gmx::fms(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga86c14cb73d3484b0a5e01e74640a4ee3', 1, 'gmx::fms(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gafb3861a4cc7cae530fcf5bf83955da1b', 1, 'gmx::fms(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga86c14cb73d3484b0a5e01e74640a4ee3', 1, 'gmx::fms(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#abcb2c8942d173c6a9964940f90c55b2a', 1, 'gmx::fms(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga075eeabb5171e4f74cdd74e2f97bab5c', 1, 'gmx::fms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fn_269', ['fn', ['../structt__filenm.xhtml#a72019255079f0fc2a11bd80f4341ab60', 1, 't_filenm']]], │ │ │ │ │ ['fnm_5f_270', ['fnm_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a4647ed87898459d84908b057760d5c00', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ - ['fnma_271', ['fnma', ['../group__module__simd.xhtml#ga6be2e3e5adbdf49e6468c8a2d638658d', 1, 'gmx::fnma(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a55183d689ab9328c18c3b3f819bd7266', 1, 'gmx::fnma(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#adcf7849c8ce1bbbe3e2fecffedfc05e8', 1, 'gmx::fnma(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaaeca5c242a059145a90dc091db78ad57', 1, 'gmx::fnma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ │ + ['fnma_271', ['fnma', ['../group__module__simd.xhtml#gae9ec59669729860c9efd1b9c70f3911b', 1, 'gmx::fnma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaaf4df87eca51bb2f57ffe0bcb1c9de02', 1, 'gmx::fnma(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gae9ec59669729860c9efd1b9c70f3911b', 1, 'gmx::fnma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaaeca5c242a059145a90dc091db78ad57', 1, 'gmx::fnma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga6be2e3e5adbdf49e6468c8a2d638658d', 1, 'gmx::fnma(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a55183d689ab9328c18c3b3f819bd7266', 1, 'gmx::fnma(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#adcf7849c8ce1bbbe3e2fecffedfc05e8', 1, 'gmx::fnma(double a, double b, double c)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['fnms_272', ['fnms', ['../group__module__simd.xhtml#gaf8fe2e25414c377f8ed03d5c23f84963', 1, 'gmx::fnms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga44d26f7a7b8d6088d41be0b646f71543', 1, 'gmx::fnms(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ │ + ['fnms_272', ['fnms', ['../group__module__simd.xhtml#gac7afe2f2f840c1de18cb7c61917ba11c', 1, 'gmx::fnms(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gace0a9be42a2c83de88e9de207cd82e80', 1, 'gmx::fnms(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gac7afe2f2f840c1de18cb7c61917ba11c', 1, 'gmx::fnms(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ad9bd8328d5cbdb7f6a054b877183f277', 1, 'gmx::fnms(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa6e6950597f4833fa93b09a94e7b0e16', 1, 'gmx::fnms(float a, float b, float c)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga44d26f7a7b8d6088d41be0b646f71543', 1, 'gmx::fnms(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaf8fe2e25414c377f8ed03d5c23f84963', 1, 'gmx::fnms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa6e6950597f4833fa93b09a94e7b0e16', 1, 'gmx::fnms(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ad9bd8328d5cbdb7f6a054b877183f277', 1, 'gmx::fnms(double a, double b, double c)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fnorm_273', ['fnorm', ['../structem__state.xhtml#a43339ea26f0470b9588c0b8cc1dc105f', 1, 'em_state']]], │ │ │ │ │ ['fnpullx_274', ['fnPullx', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#ad5da6a328592ff1ada6dee0fb0f6e65a', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ │ ['foldlastcolumntonextlineindent_5f_275', ['foldLastColumnToNextLineIndent_', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a907f18626541d09143f1ac920fb93c84', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl']]], │ │ │ │ │ ['foo_276', ['foo', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02stringtoenumvalueconverter_8cpp_03.xhtml#ac9efbaada62fd6f0d560a14a84a06bb9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{stringtoenumvalueconverter.cpp}::Foo'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02enumerationhelpers_8cpp_03.xhtml#a54be60bd9dba6f5e49ff371f004cab9a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{enumerationhelpers.cpp}::Foo'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -518,53 +518,53 @@ │ │ │ │ │ ['for_20online_20help_20onlinehelp_280', ['Help Formatting for Online Help (onlinehelp)', ['../group__module__onlinehelp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['for_20parallelization_20over_20mpi_281', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['for_20simulation_20functionality_282', ['Modules for simulation functionality', ['../group__group__mdrun.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['for_20table_20interpolation_283', ['Classes for table interpolation', ['../group__module__tables.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ 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['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#a6c7b261cec1253b0b6c948f93e9c9f9e', 1, 'gmx::PotentialPointData::force'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a0effcf1ae82ec7bd85d78284a6015212', 1, 'gmx::ForceBuffersView::force() const'], │ │ │ │ │ + ['force_287', ['force', ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#a8f445fcff4ac77e2d1a8f30549d0c9db', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::force()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#ad7c5a0f7375ecac77c5a53edbf44c4cc', 1, 'gmx::ForceBuffersView::force()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#a8f445fcff4ac77e2d1a8f30549d0c9db', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::force()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#add3a9163642b6d9de3fcbde97a915367', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::force() const'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldTabulated_01_4.xhtml#aa5ee50c3018d666bc34a40aaada3fdda', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated 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['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml#af7887fe29814bb6c293caab071825e5c', 1, 'gmx::OutputRequirements::force'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['force_5f_288', ['force_', ['../classgmx_1_1ForceWithVirial.xhtml#abfd100d928a758bfa73ab4a4f799bdc0', 1, 'gmx::ForceWithVirial']]], │ │ │ │ │ ['force_5fenv_5ft_289', ['force_env_t', ['../namespacegmx.xhtml#a9c7c01b19ef2cbfafccf48919ed40c0e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['forceandcorrectionenergy_290', ['forceandcorrectionenergy', ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1RF_01_4.xhtml#a44357acf0cd6a68b00f2e983e562bfa0', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF >::forceAndCorrectionEnergy()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldAnalytical_01_4.xhtml#aa60db83ade23a3480f4384659c5fe5db', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldAnalytical >::forceAndCorrectionEnergy()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldTabulated_01_4.xhtml#a0f088963f891c0aa832937898b85b79c', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated >::forceAndCorrectionEnergy()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forceav_291', ['forceAv', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#a7fe31ae860a78930c63fd3f1cc5410bf', 1, 't_UmbrellaWindow']]], │ │ │ │ │ ['forcebuffer_292', ['forceBuffer', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a77f61130c736184b12a25f5ed580b38e', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]], │ │ │ │ │ ['forcebufferfordirectvirialcontributions_293', ['forceBufferForDirectVirialContributions', ['../classForceHelperBuffers.xhtml#a083fa66a7eb616ec2f3e01532bcb868a', 1, 'ForceHelperBuffers']]], │ │ │ │ │ - ['forcebuffers_294', ['forcebuffers', ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#af3eccf5e0a3d50fd46117dcf8310d43d', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml', 1, 'gmx::ForceBuffers'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#a1854ef7ef3e6623ab2cfa73e07597d4a', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers()'], │ │ │ │ │ + ['forcebuffers_294', ['forcebuffers', ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#ace368bdb63c723367e8de41ff03e6ef2', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers(ForceBuffers &&o)=delete'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#af3eccf5e0a3d50fd46117dcf8310d43d', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers(const ForceBuffers &o)=delete'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#a097cb3fed169c66c986820121462b0c1', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers(bool useForceMtsCombined, PinningPolicy pinningPolicy)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#ace368bdb63c723367e8de41ff03e6ef2', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers(ForceBuffers &&o)=delete'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#a1854ef7ef3e6623ab2cfa73e07597d4a', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml', 1, 'gmx::ForceBuffers'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['forcebuffers_2ecpp_295', ['forcebuffers.cpp', ['../forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['forcebuffers_2ecpp_295', ['forcebuffers.cpp', ['../tests_2forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forcebuffers_2eh_296', ['forcebuffers.h', ['../forcebuffers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['forcebuffersview_297', ['forcebuffersview', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml', 1, 'gmx::ForceBuffersView'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a3590d4fc647af93ab0f6092f85ed7b1f', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(const ArrayRefWithPadding< RVec > &force, const ArrayRefWithPadding< RVec > &forceMtsCombined, const bool useForceMtsCombined)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a75e5dfcac0461da9e1ba0671b99e2e19', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(const ForceBuffersView &o)=delete'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a38b40421ab657108d222878f50f54f99', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(ForceBuffersView &&o)=delete'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forcebufferwithpadding_298', ['forceBufferWithPadding', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a7f7008c15c676d8f80f80e3e0d8bf170', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]], │ │ │ │ │ - ['forcec6c12_299', ['forcec6c12', ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01false_00_01InteractionModifiers_1_1PotShift_01_4.xhtml#ad62d1898885d0433bc488d42783e0f9c', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< false, InteractionModifiers::PotShift >::forceC6C12()'], │ │ │ │ │ + ['forcec6c12_299', ['forcec6c12', ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1PotSwitch_01_4.xhtml#a91dad0c034142604295dc9120c1700b0', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::PotSwitch >::forceC6C12()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01false_00_01InteractionModifiers_1_1PotShift_01_4.xhtml#ad62d1898885d0433bc488d42783e0f9c', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< false, InteractionModifiers::PotShift >::forceC6C12()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01true_00_01InteractionModifiers_1_1PotShift_01_4.xhtml#afc8e334301a5dc5758c76ca667eead87', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< true, InteractionModifiers::PotShift >::forceC6C12()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1ForceSwitch_01_4.xhtml#a369a611a138c28c564072449a87c9f74', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::ForceSwitch >::forceC6C12()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1PotSwitch_01_4.xhtml#a91dad0c034142604295dc9120c1700b0', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::PotSwitch >::forceC6C12()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1ForceSwitch_01_4.xhtml#a369a611a138c28c564072449a87c9f74', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::ForceSwitch >::forceC6C12()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forceconstant_5f_300', ['forceConstant_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#a9b0d093a5950b44c54d24ce7f0518db4', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]], │ │ │ │ │ ['forcecorrelationgrid_301', ['forceCorrelationGrid', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#ac0027507979084064f22282d59336983', 1, 'gmx::Bias']]], │ │ │ │ │ ['forced_302', ['Forced', ['../namespacegmx.xhtml#a6b0776e8436cb38e80d66f0de7c870d8adc2eb84d1f952ad0e6b58014aabd616a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['forceelement_303', ['forceelement', ['../classgmx_1_1ForceElement.xhtml', 1, 'gmx::ForceElement'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceElement.xhtml#a5f70589ab35436446dd9bca932b3d7ab', 1, 'gmx::ForceElement::ForceElement()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ 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['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml#ab44c69ccabe92ea8bdbdde55e4beb0fc', 1, 'gmx::ForceOutputs::forceWithShiftForces()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forcewithvirial_340', ['forcewithvirial', ['../classgmx_1_1ForceWithVirial.xhtml#a374f64bbbf84c95d901d9675e338f32a', 1, 'gmx::ForceWithVirial::ForceWithVirial()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceWithVirial.xhtml', 1, 'gmx::ForceWithVirial'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml#af0df6cc91687d6a941b6555cc08899ef', 1, 'gmx::ForceOutputs::forceWithVirial()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml#af0df6cc91687d6a941b6555cc08899ef', 1, 'gmx::ForceOutputs::forceWithVirial()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceWithVirial.xhtml', 1, 'gmx::ForceWithVirial'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forcewithvirial_5f_341', ['forceWithVirial_', ['../classgmx_1_1ForceProviderOutput.xhtml#ac1ae21b316927482ad471fc2d1a29673', 1, 'gmx::ForceProviderOutput']]], │ │ │ │ │ ['foreignlambdas_342', ['foreignLambdas', 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InputIterator end, const char *separator, const FormatterType &formatter)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__utility.xhtml#ga8e151e320e4072b2cc254b653077bb68', 1, 'gmx::formatAndJoin(const ContainerType &container, const char *separator, const FormatterType &formatter)'] │ │ │ │ │ + ['formatandjoin_346', ['formatandjoin', ['../group__module__utility.xhtml#ga8e151e320e4072b2cc254b653077bb68', 1, 'gmx::formatAndJoin(const ContainerType &container, const char *separator, const FormatterType &formatter)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__utility.xhtml#gaa21c247b747e12412da58cb9f6d500ef', 1, 'gmx::formatAndJoin(InputIterator begin, InputIterator end, const char *separator, const FormatterType &formatter)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['formatbugs_347', ['formatBugs', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter_1_1Impl.xhtml#a8f93f1eafa8598fd1e6c0ddcdeab8336', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::Impl']]], │ │ │ │ │ ['formatcurrenterrorcontext_348', ['formatCurrentErrorContext', 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'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::SynopsisFormatter::formatOption()'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__commandline.xhtml#gaedc7a4deda2f830f5c4bd3eb6f03a18e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter::formatOption()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['formatoptionnameandvalue_360', ['formatOptionNameAndValue', ['../group__module__commandline.xhtml#ga3ddcb033e8cd6b9c9f70781eb6881145', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['formatrow_361', ['formatRow', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter.xhtml#a315d06a112412cbb8e95dce6d959f33b', 1, 'gmx::TextTableFormatter']]], │ │ │ │ │ ['formats_362', ['Help in other formats', ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md74', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['formatselected_363', ['formatSelected', ['../group__module__commandline.xhtml#gafda0e4db6ceac953ba387938fb1dae15', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsFilter']]], │ │ │ │ │ ['formatsequenceentrypath_364', 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['FrameConverterFlags', ['../group__module__coordinateio.xhtml#gae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['frameconverterpointer_390', ['FrameConverterPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a80239df34c27bda854e6165bc195e6ac', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['framecount_391', ['framecount', ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a8c0b1ef1f1ab6db23ab458b5cce418e5', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::frameCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameLocalData.xhtml#a410124f109f1a2a45b1ed77bb3b78135', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameLocalData::frameCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#aad7c13d78993049dae5f9dd2c3f6d8ad', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::frameCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#a2b5676395bcae977877ff4bf99c9cc7b', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::frameCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisArrayData.xhtml#aa1f35d2999d9a3c01a173527faba9189', 1, 'gmx::AbstractAnalysisArrayData::frameCount()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisData.xhtml#aee1953e47aaba2b7a4481d26e237b209', 1, 'gmx::AnalysisData::frameCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#aad7c13d78993049dae5f9dd2c3f6d8ad', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::frameCount()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a49ff8cb5c6087a8081f72b436b9824e7', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::frameCount()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInput.xhtml#a5f5ed4e55143871fb5172b6dbbbb04b6', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInput::frameCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameLocalData.xhtml#a410124f109f1a2a45b1ed77bb3b78135', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameLocalData::frameCount()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorage.xhtml#a92348ce54ab5452e7b5445e8661aeb03', 1, 'gmx::AnalysisDataStorage::frameCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#a0850f6005df44698eee9f251eeafa446', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::frameCount()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#a0850f6005df44698eee9f251eeafa446', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::frameCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#a2b5676395bcae977877ff4bf99c9cc7b', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::frameCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisArrayData.xhtml#aa1f35d2999d9a3c01a173527faba9189', 1, 'gmx::AbstractAnalysisArrayData::frameCount()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['framecount_5f_392', ['frameCount_', ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule_1_1Impl.xhtml#a89858ff0c5822ca7dd99842985a8f521', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::Impl']]], │ │ │ │ │ ['framedata_393', ['frameData', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameLocalData.xhtml#aeddcdf6456cc478cf591b0aa343650b8', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameLocalData']]], │ │ │ │ │ ['framedataset_394', ['frameDataSet', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameLocalData.xhtml#a9825d32803a7b36a8dabd6312221db2b', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameLocalData']]], │ │ │ │ │ - ['framefinished_395', ['framefinished', ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#a11560a4ca0927424112e920950779f06', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#aaede10834f51be7f6f3d74f37d7cfb1b', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#aab173eecc3f97c84895c775d40f2a844', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#a9e5456c1e16f170f37602f2852c8c4d6', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#aaf5a5d3148bfa22813b7a34db977fca1', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ab1cbb22aba69ae35890b719fe24249be', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#a5adae8dc24a56333b51a44c134d77d36', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#aa9c7682f09e515d11370802089ca980f', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#abef70a1c861c1617d771fb04cfe58428', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#a63e7210ef4127ae7003b43efd7aeaa76', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::frameFinished()'], │ │ │ │ │ + ['framefinished_395', ['framefinished', ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#aab173eecc3f97c84895c775d40f2a844', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::frameFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a6fdb64d7e7cca7f1f1ffec00c25c1372', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#a3b86988fceec220e3913d4600fc12fa4', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#a63e7210ef4127ae7003b43efd7aeaa76', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::frameFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#abef70a1c861c1617d771fb04cfe58428', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#aa9c7682f09e515d11370802089ca980f', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#a5adae8dc24a56333b51a44c134d77d36', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ab1cbb22aba69ae35890b719fe24249be', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#aaf5a5d3148bfa22813b7a34db977fca1', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#a9e5456c1e16f170f37602f2852c8c4d6', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#afa505ea40be0cdde247429e2803455be', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#a48084b66729d504226fe97e660e93f0c', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::frameFinished()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#a11560a4ca0927424112e920950779f06', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#a48084b66729d504226fe97e660e93f0c', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#a3b86988fceec220e3913d4600fc12fa4', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::frameFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#aaede10834f51be7f6f3d74f37d7cfb1b', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::frameFinished()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['framefinishedserial_396', ['framefinishedserial', ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ad3e993e8a1a87fb7c90bbc5a3d2e20c3', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::frameFinishedSerial()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#a96bba5a7f2b92aaa49d73accdcc3891a', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::frameFinishedSerial()'], │ │ │ │ │ + ['framefinishedserial_396', ['framefinishedserial', ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#a96bba5a7f2b92aaa49d73accdcc3891a', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::frameFinishedSerial()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#a803d7992f7d0723103c61727f80938bd', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::frameFinishedSerial()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#aad86494faa70150b38a9e6deb4c59407', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::frameFinishedSerial()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#acf712fef9cc0e909731fc906ba821f63', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::frameFinishedSerial()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#acf712fef9cc0e909731fc906ba821f63', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::frameFinishedSerial()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ad3e993e8a1a87fb7c90bbc5a3d2e20c3', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::frameFinishedSerial()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#aad86494faa70150b38a9e6deb4c59407', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::frameFinishedSerial()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['framehandle_397', ['FrameHandle', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameLocalData.xhtml#a030ab1f37cb4a603253ec83ededa239e', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameLocalData']]], │ │ │ │ │ ['frameindex_398', ['frameindex', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#ae0eddbf713d39cbc0b52f0c078a82af9', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::frameIndex()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#ac9bc8b414174576afc2c718a169af82b', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::frameIndex()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a96c4dc4e35f55b864eca81dc63f03a79', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::frameIndex()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a96c4dc4e35f55b864eca81dc63f03a79', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::frameIndex()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#ac9bc8b414174576afc2c718a169af82b', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::frameIndex()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['frameindex_5f_399', ['frameIndex_', ['../classgmx_1_1test_1_1MockAnalysisDataModule_1_1Impl.xhtml#ab0c28eda9e5ba16c576e3a4c659fcef0', 1, 'gmx::test::MockAnalysisDataModule::Impl']]], │ │ │ │ │ ['framelist_400', ['FrameList', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#a1b2af19109dfb91fb162696e97139eeb', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]], │ │ │ │ │ ['framelocaldata_401', ['framelocaldata', ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule_1_1Impl.xhtml#af73e29efb4e19ba1668249dc92bc5b12', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::Impl::FrameLocalData'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule_1_1Impl.xhtml#a17fd5860537f4c08d545ce576f8b3f9a', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::Impl::FrameLocalData'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['framelocaldata_2eh_402', ['framelocaldata.h', 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'gmx::test::anonymous_namespace{exactcontinuation.cpp}::ContinuationFramePairManager::FrameReaderPtr'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['framereference_408', ['frameReference', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a5a93e37a779d437174936597c740ddb5', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData']]], │ │ │ │ │ ['frames_409', ['frames', ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md85', 1, 'Analyzing the frames'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdGroupData.xhtml#a348bffa1a1fabc33aa609de05dfb8d41', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdGroupData::frames'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['frames_5f_410', ['frames_', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#af7d3268f5be4c5ad4eaa1bc42ab8d7f8', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]], │ │ │ │ │ - ['framestarted_411', ['framestarted', ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#ad418c0781f503080bd5faa359c94de13', 1, 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['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8abbd47109890259c0127154db1af26c75', 1, 'gmx::HardwareTopology::Full'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7abbd47109890259c0127154db1af26c75', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl::Full'] │ │ │ │ │ + ['full_508', ['full', ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7abbd47109890259c0127154db1af26c75', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl::Full'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8abbd47109890259c0127154db1af26c75', 1, 'gmx::HardwareTopology::Full'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['fullbinarypath_509', ['fullbinarypath', ['../group__module__commandline.xhtml#ga55aefc8ef38a184088dbc6ac8e61980e', 1, 'gmx::CommandLineProgramContext::fullBinaryPath()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02programcontext_8cpp_03_1_1DefaultProgramContext.xhtml#a38a4c58d5c082f02f896799f79df7386', 1, 'gmx::anonymous_namespace{programcontext.cpp}::DefaultProgramContext::fullBinaryPath()'], │ │ │ │ │ + ['fullbinarypath_509', ['fullbinarypath', ['../classgmx_1_1IProgramContext.xhtml#a28a8ec2f5bb48b89821241989de50e82', 1, 'gmx::IProgramContext::fullBinaryPath()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#a76bc9c3c711248bb999089853172bfe4', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::fullBinaryPath()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IProgramContext.xhtml#a28a8ec2f5bb48b89821241989de50e82', 1, 'gmx::IProgramContext::fullBinaryPath()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02programcontext_8cpp_03_1_1DefaultProgramContext.xhtml#a38a4c58d5c082f02f896799f79df7386', 1, 'gmx::anonymous_namespace{programcontext.cpp}::DefaultProgramContext::fullBinaryPath()'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__commandline.xhtml#ga55aefc8ef38a184088dbc6ac8e61980e', 1, 'gmx::CommandLineProgramContext::fullBinaryPath()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fullcleanup_510', ['fullCleanUp', ['../structMoleculeInformation.xhtml#ab52405266323064234f3d71965069de9', 1, 'MoleculeInformation']]], │ │ │ │ │ ['fullfilename_5f_511', ['fullFilename_', ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a857526bb6ff8e1a71fdaab8961208e0d', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl']]], │ │ │ │ │ ['fullfilepath_512', ['fullFilepath', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02extract__cluster_8cpp_03_1_1ManualOutputFile.xhtml#a288a341336e557b00e0e70576d7cff6e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{extract_cluster.cpp}::ManualOutputFile']]], │ │ │ │ │ - ['fullnameoftest_513', ['fullnameoftest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03.xhtml#a75bbdaeee4388df8e07e904804b1a014', 1, 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['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmesolvetest_8cpp_03.xhtml#ac8f29c7c469e4a3e9cfeb5dfbc8dc87e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmesolvetest.cpp}::fullNameOfTest()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03.xhtml#a75bbdaeee4388df8e07e904804b1a014', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::fullNameOfTest()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fullrange_514', ['fullRange', ['../classgmx_1_1RangePartitioning.xhtml#a2f0494995bd1d8a9f16a798d926eee13', 1, 'gmx::RangePartitioning']]], │ │ │ │ │ ['fullwithdevices_515', ['FullWithDevices', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8a1f7e618d8d85d1bac95daf820ac3d499', 1, 'gmx::HardwareTopology']]], │ │ │ │ │ ['func_516', ['func', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02enumerationhelpers_8cpp_03.xhtml#a57d12eb0976bd635d1b637073338e490', 1, 'gmx::anonymous_namespace{enumerationhelpers.cpp}::func()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Device.xhtml#a5f0dbf39e8a425b603c5c188a646bdc1', 1, 'gmx::HardwareTopology::Device::func'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1ThrowLocation.xhtml#ae3016b790d2af3836d97857e1e0f9770', 1, 'gmx::ThrowLocation::func'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1ThrowLocation.xhtml#ae3016b790d2af3836d97857e1e0f9770', 1, 'gmx::ThrowLocation::func'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Device.xhtml#a5f0dbf39e8a425b603c5c188a646bdc1', 1, 'gmx::HardwareTopology::Device::func'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['function_517', ['function', ['../structgmx_1_1NumericalSplineTableInput.xhtml#a65052cb21901a2b6fb8b18d1c71a1a64', 1, 'gmx::NumericalSplineTableInput::function'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1AnalyticalSplineTableInput.xhtml#a6496cdef770acdcd7067a5cdf5c758ec', 1, 'gmx::AnalyticalSplineTableInput::function'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['function_20naming_518', ['Function naming', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md68', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['functionality_519', ['functionality', ['../group__module__mdrunutility.xhtml', 1, 'Implementation of mdrun utility functionality'], │ │ │ │ │ ['../group__group__mdrun.xhtml', 1, 'Modules for simulation functionality'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['functions_520', ['functions', ['../group__module__correlationfunctions.xhtml', 1, 'Correlation functions'], │ │ │ │ │ ['../page_wrapperbinary.xhtml#section_wrapperbinary_cmain', 1, 'Handling C main() functions'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['functions_2ecpp_521', ['functions.cpp', ['../functions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2functions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['functions_2ecpp_521', ['functions.cpp', ['../tests_2functions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../functions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['functions_2eh_522', ['functions.h', ['../functions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['functiontype_523', ['functiontype', ['../structInteractionListHandle.xhtml#a586e639df551ca3ae2f279b0a8c3ba92', 1, 'InteractionListHandle::functionType'], │ │ │ │ │ ['../classVsiteAtomMapping.xhtml#a1bea71c3ab68845ebbcf848e175998f4', 1, 'VsiteAtomMapping::functionType()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['functionvalue_5f_524', ['functionValue_', ['../structgmx_1_1OptimisationResult.xhtml#a87ff2e094633e12ed133e06783ec467b', 1, 'gmx::OptimisationResult']]], │ │ │ │ │ ['functor_5fwrapper_525', ['functor_wrapper', ['../structgmx_1_1functor__wrapper.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_a.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -133,29 +133,29 @@ │ │ │ │ │ ['generatediagonalmasks_73', ['generateDiagonalMasks', ['../namespacegmx.xhtml#a75902569a0fdfb00cfa10f4d063eed7d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['generateewaldcorrectiontables_74', ['generateEwaldCorrectionTables', ['../forcetable_8h.xhtml#a09f7b6c414c61fe59569916d4106beb2', 1, 'forcetable.cpp']]], │ │ │ │ │ ['generic_75', ['Generic', ['../namespacegmx.xhtml#aa9e7df55e017bd726d027d65551bbd0ca8045a0a6c688b0635e3caccc408a1446', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['genion_2ecpp_76', ['genion.cpp', ['../tests_2genion_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['genqmmmindices_77', ['genQmmmIndices', ['../src_2gromacs_2mimic_2utilities_8h.xhtml#ac8c92f4d2b6d6276c25ae95682de13aa', 1, 'utilities.cpp']]], │ │ │ │ │ ['genrestr_2ecpp_78', ['genrestr.cpp', ['../tests_2genrestr_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['geometric_79', ['Geometric', ['../atomdata_8h.xhtml#a545339c6bb2aa8f6195b8ac73569cbf8aadf9f772a73f364e4ce6c52b9fae740d', 1, 'atomdata.h']]], │ │ │ │ │ - ['geometry_80', ['geometry', ['../structNbnxm_1_1Grid_1_1Geometry.xhtml#a8d9a96a8fdb5462123ab8b2a872d2010', 1, 'Nbnxm::Grid::Geometry::Geometry()'], │ │ │ │ │ + ['geometry_80', ['geometry', ['../structNbnxm_1_1Grid_1_1Geometry.xhtml', 1, 'Nbnxm::Grid::Geometry'], │ │ │ │ │ + ['../structNbnxm_1_1Grid_1_1Geometry.xhtml#a8d9a96a8fdb5462123ab8b2a872d2010', 1, 'Nbnxm::Grid::Geometry::Geometry()'], │ │ │ │ │ ['../structt__pullcoord.xhtml#ab8bb3edab80d37b6b59871a5687f3957', 1, 't_pullcoord::geometry'], │ │ │ │ │ - ['../classNbnxm_1_1Grid.xhtml#a6fa53ffa6e33e4a900ff246131cc0972', 1, 'Nbnxm::Grid::geometry() const'], │ │ │ │ │ - ['../structNbnxm_1_1Grid_1_1Geometry.xhtml', 1, 'Nbnxm::Grid::Geometry'] │ │ │ │ │ + ['../classNbnxm_1_1Grid.xhtml#a6fa53ffa6e33e4a900ff246131cc0972', 1, 'Nbnxm::Grid::geometry()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['get_81', ['get', ['../parser__internal_8h.xhtml#a0c1fffb107955e3a6c98e6a8d44bc66b', 1, 'get(): parser_internal.h'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GlobalCommandLineHelpContext.xhtml#aaea9dd06988d683d99e633f946d7ad6e', 1, 'gmx::GlobalCommandLineHelpContext::get()'], │ │ │ │ │ + ['get_81', ['get', ['../classgmx_1_1GlobalCommandLineHelpContext.xhtml#aaea9dd06988d683d99e633f946d7ad6e', 1, 'gmx::GlobalCommandLineHelpContext::get()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1compat_1_1not__null.xhtml#a71e17ffb21e59c1bd4317025e353e85d', 1, 'gmx::compat::not_null::get()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimulationInputHandle.xhtml#a9a5f2eeb74fc6dd0cad1ab613c5ffe55', 1, 'gmx::SimulationInputHandle::get()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionManagerContainer.xhtml#aa4ccc4fe6ad95d34d0ac3ad64c99f3dd', 1, 'gmx::OptionManagerContainer::get()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionManagerContainer.xhtml#aa4ccc4fe6ad95d34d0ac3ad64c99f3dd', 1, 'gmx::OptionManagerContainer::get()'], │ │ │ │ │ + ['../parser__internal_8h.xhtml#a0c1fffb107955e3a6c98e6a8d44bc66b', 1, 'get(ValueType *src): parser_internal.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['get_5f2log_82', ['get_2log', ['../nbnxm__geometry_8h.xhtml#a8395e4ac753290707b9f0089b712c287', 1, 'nbnxm_geometry.h']]], │ │ │ │ │ ['get_5fa_5fline_83', ['get_a_line', ['../strdb_8h.xhtml#a0cd472153523204686e891341870765e', 1, 'strdb.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['get_5facffitfn_84', ['get_acffitfn', ['../autocorr_8cpp.xhtml#ae8203eca8a282a6a6c3193eb7434e740', 1, 'get_acffitfn(): autocorr.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../autocorr_8h.xhtml#ae8203eca8a282a6a6c3193eb7434e740', 1, 'get_acffitfn(): autocorr.cpp'] │ │ │ │ │ + ['get_5facffitfn_84', ['get_acffitfn', ['../autocorr_8h.xhtml#ae8203eca8a282a6a6c3193eb7434e740', 1, 'get_acffitfn(): autocorr.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../autocorr_8cpp.xhtml#ae8203eca8a282a6a6c3193eb7434e740', 1, 'get_acffitfn(): autocorr.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['get_5facfnout_85', ['get_acfnout', ['../autocorr_8h.xhtml#a6ffe718811a1de496d0d03c2110907ca', 1, 'get_acfnout(): autocorr.cpp'], │ │ │ │ │ ['../autocorr_8cpp.xhtml#a6ffe718811a1de496d0d03c2110907ca', 1, 'get_acfnout(): autocorr.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['get_5fallocator_86', ['get_allocator', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a0bae42a82df682e19ac61bc89a6a022a', 1, 'gmx::PaddedVector']]], │ │ │ │ │ ['get_5fcenter_87', ['get_center', ['../groupcoord_8h.xhtml#ac732a95420f31b9a44c7a4abfc371357', 1, 'groupcoord.cpp']]], │ │ │ │ │ ['get_5fcenter_5fcomm_88', ['get_center_comm', 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['get_5fnthreads_5fmpi_101', ['get_nthreads_mpi', ['../resourcedivision_8cpp.xhtml#a6469a412f67d5ae5b8dddad1b49c1760', 1, 'get_nthreads_mpi(const gmx_hw_info_t *hwinfo, gmx_hw_opt_t *hw_opt, const int numDevicesToUse, bool nonbondedOnGpu, bool pmeOnGpu, const t_inputrec *inputrec, const gmx_mtop_t &mtop, const gmx::MDLogger &mdlog, bool doMembed): resourcedivision.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../resourcedivision_8h.xhtml#a66226e873ab77ec209707cc33ad9870c', 1, 'get_nthreads_mpi(const gmx_hw_info_t *hwinfo, gmx_hw_opt_t *hw_opt, int numDevicesToUse, bool nonbondedOnGpu, bool pmeOnGpu, const t_inputrec *inputrec, const gmx_mtop_t &mtop, const gmx::MDLogger &mdlog, bool doMembed): resourcedivision.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['get_5fpme_5fddranks_102', ['get_pme_ddranks', ['../domdec_8h.xhtml#a714c31f22cc831f99d57429e1318a98b', 1, 'domdec.cpp']]], │ │ │ │ │ ['get_5fpull_5fcoord_5fperiod_103', ['get_pull_coord_period', ['../namespacegmx.xhtml#a3fbbd26eeea7fa3fe68cec28833d769a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['get_5fpull_5fcoord_5fvalue_104', ['get_pull_coord_value', ['../pull_8h.xhtml#a14d101ec0687b9a06ab451974cb11565', 1, 'get_pull_coord_value(pull_t *pull, int coordIndex, const t_pbc &pbc): pull.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pull_8h.xhtml#a61e53982ac9cc752ddb8f7128a614fb7', 1, 'get_pull_coord_value(pull_t *pull, int coordIndex, const t_pbc &pbc, double t): pull.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['get_5fstate_5ff_5fnorm_5fmax_105', ['get_state_f_norm_max', ['../gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp.xhtml#a23699473bd2831abaa740414edb895df', 1, 'minimize.cpp']]], │ │ │ │ │ ['get_5fsum_5fof_5fpositions_106', ['get_sum_of_positions', ['../groupcoord_8h.xhtml#a5dd8cc38de6142734f8f7ea30a75d192', 1, 'groupcoord.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['get_5fsymtab_5fhandle_107', ['get_symtab_handle', ['../symtab_8h.xhtml#a8a1d044b280872eae269d4482a4f9c25', 1, 'get_symtab_handle(t_symtab *symtab, int index): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../symtab_8cpp.xhtml#a93dd26914c3871561eeee41a50634a9e', 1, 'get_symtab_handle(t_symtab *symtab, int name): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ + ['get_5fsymtab_5fhandle_107', ['get_symtab_handle', ['../symtab_8cpp.xhtml#a93dd26914c3871561eeee41a50634a9e', 1, 'get_symtab_handle(t_symtab *symtab, int name): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../symtab_8h.xhtml#a8a1d044b280872eae269d4482a4f9c25', 1, 'get_symtab_handle(t_symtab *symtab, int index): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['get_5ftmpi_5fomp_5fthread_5fdivision_108', ['get_tmpi_omp_thread_division', ['../resourcedivision_8cpp.xhtml#aeaaeaf817243af7a71a9d73bf0003d89', 1, 'resourcedivision.cpp']]], │ │ │ │ │ ['get_5fzone_5fpulse_5fgroups_109', ['get_zone_pulse_groups', ['../partition_8cpp.xhtml#a06a53f0dd4d8e35e2626e157095a1f9f', 1, 'partition.cpp']]], │ │ │ │ │ ['getadapters_110', ['getAdapters', ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#a2b47d075acb351480698317588de9973', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer']]], │ │ │ │ │ ['getandersenrandomizegroup_111', ['getAndersenRandomizeGroup', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#abf212e8923e69307e50782802c65aa3d', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ │ ['getangleindices_112', ['getAngleIndices', ['../namespacegmx.xhtml#a3ba035f8e8a15443a11a30d74eb001e4', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['getatomcount_113', ['getAtomCount', ['../classgmx_1_1ITopologyProvider.xhtml#a81d60993ea70526c014ff8d2ba99e197', 1, 'gmx::ITopologyProvider']]], │ │ │ │ │ @@ -1414,16 +1414,16 @@ │ │ │ │ │ ['gnth_995', ['gnth', ['../structomp__module__nthreads__t.xhtml#a74584a24b817803878e0e046ff1fb327', 1, 'omp_module_nthreads_t']]], │ │ │ │ │ ['gnth_5fpme_996', ['gnth_pme', ['../structomp__module__nthreads__t.xhtml#a84a7847560c9b6b7d7ce57935e587f1e', 1, 'omp_module_nthreads_t']]], │ │ │ │ │ ['go_997', ['Go', ['../namespacegmx.xhtml#aa72f45c17038ea5aae00ba6b17cab901a5f075ae3e1f9d0382bb8c4632991f96f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['gpp_5fatomtype_2ecpp_998', ['gpp_atomtype.cpp', ['../tests_2gpp__atomtype_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpp_5fatomtype_2eh_999', ['gpp_atomtype.h', ['../gpp__atomtype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpp_5fbond_5fatomtype_2ecpp_1000', ['gpp_bond_atomtype.cpp', ['../tests_2gpp__bond__atomtype_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpp_5fbond_5fatomtype_2eh_1001', ['gpp_bond_atomtype.h', ['../gpp__bond__atomtype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['gpu_1002', ['gpu', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a12502ff6638f23aeff85ad081f6a0a1ca52f9ec21735243ad9917cda3ca077d32', 1, 'gmx::test::GPU'], │ │ │ │ │ - ['../clusterdistancekerneltype_8h.xhtml#a6d74049ae6c72289649a7de671a92068a3432ca64f06615abf07ab44c10cada38', 1, 'Gpu: clusterdistancekerneltype.h'], │ │ │ │ │ + ['gpu_1002', ['gpu', ['../clusterdistancekerneltype_8h.xhtml#a6d74049ae6c72289649a7de671a92068a3432ca64f06615abf07ab44c10cada38', 1, 'Gpu: clusterdistancekerneltype.h'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a12502ff6638f23aeff85ad081f6a0a1ca52f9ec21735243ad9917cda3ca077d32', 1, 'gmx::test::GPU'], │ │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791a52f9ec21735243ad9917cda3ca077d32', 1, 'GPU: pme.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gpu3dfft_1003', ['gpu3dfft', ['../classgmx_1_1Gpu3dFft.xhtml#a601de47c00396f7f8bb2df3fb91a65f0', 1, 'gmx::Gpu3dFft::Gpu3dFft()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Gpu3dFft.xhtml', 1, 'gmx::Gpu3dFft'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gpu_5f3dfft_2ecpp_1004', ['gpu_3dfft.cpp', ['../gpu__3dfft_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5f3dfft_2eh_1005', ['gpu_3dfft.h', ['../gpu__3dfft_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -1448,16 +1448,16 @@ │ │ │ │ │ ['gpu_5f3dfft_5fsycl_5frocfft_2eh_1024', ['gpu_3dfft_sycl_rocfft.h', ['../gpu__3dfft__sycl__rocfft_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5f3dfft_5fsycl_5fvkfft_2ecpp_1025', ['gpu_3dfft_sycl_vkfft.cpp', ['../gpu__3dfft__sycl__vkfft_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5f3dfft_5fsycl_5fvkfft_2eh_1026', ['gpu_3dfft_sycl_vkfft.h', ['../gpu__3dfft__sycl__vkfft_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5faccumulate_5ftimings_1027', ['gpu_accumulate_timings', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a2d3096195938f2b449db6229daaec598', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5fclear_5foutputs_1028', ['gpu_clear_outputs', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a0265ef6de04acc0eb2541af1553ed62c', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5fcommon_2eh_1029', ['gpu_common.h', ['../gpu__common_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5fcommon_5futils_2eh_1030', ['gpu_common_utils.h', ['../gpu__common__utils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['gpu_5fcopy_5fxq_5fto_5fgpu_1031', ['gpu_copy_xq_to_gpu', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a47baf14d693cf498e962c60359837101', 1, 'Nbnxm::gpu_copy_xq_to_gpu(NbnxmGpu gmx_unused *nb, const struct nbnxn_atomdata_t gmx_unused *nbdata, gmx::AtomLocality gmx_unused aloc)'], │ │ │ │ │ - ['../namespaceNbnxm.xhtml#a6ab6c8201335eac27131707a6207cd23', 1, 'Nbnxm::gpu_copy_xq_to_gpu(NbnxmGpu *nb, const nbnxn_atomdata_t *nbatom, const AtomLocality atomLocality)'] │ │ │ │ │ + ['gpu_5fcopy_5fxq_5fto_5fgpu_1031', ['gpu_copy_xq_to_gpu', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a6ab6c8201335eac27131707a6207cd23', 1, 'Nbnxm::gpu_copy_xq_to_gpu(NbnxmGpu *nb, const nbnxn_atomdata_t *nbatom, const AtomLocality atomLocality)'], │ │ │ │ │ + ['../namespaceNbnxm.xhtml#a47baf14d693cf498e962c60359837101', 1, 'Nbnxm::gpu_copy_xq_to_gpu(NbnxmGpu gmx_unused *nb, const struct nbnxn_atomdata_t gmx_unused *nbdata, gmx::AtomLocality gmx_unused aloc)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gpu_5fdata_5fmgmt_2eh_1032', ['gpu_data_mgmt.h', ['../gpu__data__mgmt_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5ffree_1033', ['gpu_free', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a4f5fa9f54b0226a99024cfc1b5f8317a', 1, 'Nbnxm::gpu_free(NbnxmGpu *nb)'], │ │ │ │ │ ['../namespaceNbnxm.xhtml#a32826de04a785e08587c6769fa37718e', 1, 'Nbnxm::gpu_free(NbnxmGpu gmx_unused *nb)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gpu_5ffree_5fplatform_5fspecific_1034', ['gpu_free_platform_specific', ['../namespaceNbnxm.xhtml#ad0148ef44930e91b5950100e6ba1bce2', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5fget_5ff_1035', ['gpu_get_f', ['../namespaceNbnxm.xhtml#abac2dba93430f43bac48391a09aa6f10', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_b.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -48,16 +48,16 @@ │ │ │ │ │ ['hardware_20taskassignment_35', ['Assigning simulation tasks to hardware (taskassignment)', ['../group__module__taskassignment.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['hardwaredetectiontestparams_36', ['HardwareDetectionTestParams', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mockhardwaretopology_8cpp_03.xhtml#a9f7fd9aa2aadb2fb12e381db86cf3753', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mockhardwaretopology.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['hardwaretopology_37', ['hardwaretopology', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#a4d802133ee88be4fa18d0b76fdba0196', 1, 'gmx::HardwareTopology::HardwareTopology()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml', 1, 'gmx::HardwareTopology'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#a524b02638d5644ffc59a0576364bcfa7', 1, 'gmx::HardwareTopology::HardwareTopology(int logicalProcessorCount)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aef31c2ebd09d5d67b1b981af385e0e62', 1, 'gmx::HardwareTopology::HardwareTopology(const std::map< int, std::array< int, 3 > > &logicalProcessorIdMap, const std::string &filesystemRoot)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['hardwaretopology_2ecpp_38', ['hardwaretopology.cpp', ['../tests_2hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['hardwaretopology_2ecpp_38', ['hardwaretopology.cpp', ['../hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['hardwaretopology_2eh_39', ['hardwaretopology.h', ['../hardwaretopology_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['hasall_40', ['hasAll', ['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml#af8a7de4259caaa6fae5eb6e4fb12fbeb', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties']]], │ │ │ │ │ ['hasany_41', ['hasAny', ['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml#a8f3322ffdccb62ca531f8e9bf66cb4eb', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties']]], │ │ │ │ │ ['hasbox_42', ['hasBox', ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml#a7460a889a7f6f45edb514dca72e984c7', 1, 'gmx::TrajectoryFrame']]], │ │ │ │ │ ['hasbreaks_43', ['hasBreaks', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1SecondaryStructuresData.xhtml#a85b888a0425d0e7ea1a678bce38350a4', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::SecondaryStructuresData']]], │ │ │ │ │ ['hasbridges_44', ['hasBridges', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1SecondaryStructuresData.xhtml#a4bab808db0709f69205b569bcd4f3c6b', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::SecondaryStructuresData']]], │ │ │ │ │ @@ -227,19 +227,19 @@ │ │ │ │ │ ['helpformat_2ecpp_170', ['helpformat.cpp', ['../helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['helpformat_2eh_171', ['helpformat.h', ['../helpformat_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['helplinks_172', ['helplinks', ['../classgmx_1_1HelpLinks.xhtml', 1, 'gmx::HelpLinks'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HelpLinks.xhtml#a8be2854c046e14440fc5da7ebfb04767', 1, 'gmx::HelpLinks::HelpLinks()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['helpmanager_173', ['helpmanager', ['../classgmx_1_1HelpManager.xhtml#a0578951cf2928a59819c0589065c4a5c', 1, 'gmx::HelpManager::HelpManager()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HelpManager.xhtml', 1, 'gmx::HelpManager'] │ │ │ │ │ + ['helpmanager_173', ['helpmanager', ['../classgmx_1_1HelpManager.xhtml', 1, 'gmx::HelpManager'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HelpManager.xhtml#a0578951cf2928a59819c0589065c4a5c', 1, 'gmx::HelpManager::HelpManager()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['helpmanager_2ecpp_174', ['helpmanager.cpp', ['../tests_2helpmanager_8cpp.xhtml', 1, 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['../classgmx_1_1CompositeHelpTopic.xhtml#a7452b0c48cc5fed19150f672bebf1646', 1, 'gmx::CompositeHelpTopic::helpText()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02selhelp_8cpp_03_1_1KeywordDetailsHelpTopic.xhtml#aa3cfab4bcc96ceda1c81456f1f6cbc3f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selhelp.cpp}::KeywordDetailsHelpTopic::helpText()'], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_0.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -5,16 +5,16 @@ │ │ │ │ │ ['abstractoption_2eh_3', ['abstractoption.h', ['../abstractoption_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractoptionstorage_2ecpp_4', ['abstractoptionstorage.cpp', ['../abstractoptionstorage_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractoptionstorage_2eh_5', ['abstractoptionstorage.h', ['../abstractoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractsection_2ecpp_6', ['abstractsection.cpp', ['../abstractsection_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractsection_2eh_7', ['abstractsection.h', ['../abstractsection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['accessor_5fpolicy_2ecpp_8', ['accessor_policy.cpp', ['../accessor__policy_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['accessor_5fpolicy_2eh_9', ['accessor_policy.h', ['../accessor__policy_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['alignedallocator_2ecpp_10', ['alignedallocator.cpp', ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['alignedallocator_2ecpp_10', ['alignedallocator.cpp', ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['alignedallocator_2eh_11', ['alignedallocator.h', ['../alignedallocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['alignedallocator_5fimpl_2eh_12', ['alignedallocator_impl.h', ['../alignedallocator__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['allocator_2eh_13', ['allocator.h', ['../allocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['analysisdata_2ecpp_14', ['analysisdata.cpp', ['../analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_1.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -26,16 +26,16 @@ │ │ │ │ │ ['biasstate_2eh_24', ['biasstate.h', ['../biasstate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['biaswriter_2eh_25', ['biaswriter.h', ['../biaswriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['binaryinformation_2ecpp_26', ['binaryinformation.cpp', ['../binaryinformation_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['binaryinformation_2eh_27', ['binaryinformation.h', ['../binaryinformation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bitmask_2eh_28', ['bitmask.h', ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['bonded_2ecpp_29', ['bonded.cpp', ['../bonded_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2bonded_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['bonded_2ecpp_29', ['bonded.cpp', ['../tests_2bonded_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../bonded_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['bonded_2eh_30', ['bonded.h', ['../bonded_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['booltype_2ecpp_31', ['booltype.cpp', ['../tests_2booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['booltype_2eh_32', ['booltype.h', ['../booltype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bootstrap_5floadstore_2ecpp_33', ['bootstrap_loadstore.cpp', ['../bootstrap__loadstore_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_10.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -21,16 +21,16 @@ │ │ │ │ │ ['referencetemperaturemanager_2eh_17', ['referencetemperaturemanager.h', ['../referencetemperaturemanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['register_2ecpp_18', ['register.cpp', ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['register_2eh_19', ['register.h', ['../register_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['repeatingsection_2ecpp_20', ['repeatingsection.cpp', ['../repeatingsection_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['repeatingsection_2eh_21', ['repeatingsection.h', ['../repeatingsection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['replicaexchange_2ecpp_22', ['replicaexchange.cpp', ['../gromacs_2mdrun_2replicaexchange_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../programs_2mdrun_2tests_2replicaexchange_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['replicaexchange_2ecpp_22', ['replicaexchange.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2replicaexchange_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../gromacs_2mdrun_2replicaexchange_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['replicaexchange_2eh_23', ['replicaexchange.h', ['../replicaexchange_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['replicaexchange_5fequivalence_2ecpp_24', ['replicaexchange_equivalence.cpp', ['../replicaexchange__equivalence_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['report_5fmethods_2ecpp_25', ['report_methods.cpp', ['../tests_2report__methods_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['reportgpuusage_2ecpp_26', ['reportgpuusage.cpp', ['../reportgpuusage_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['reportgpuusage_2eh_27', ['reportgpuusage.h', ['../reportgpuusage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['requirements_2ecpp_28', ['requirements.cpp', ['../requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_11.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -1,10 +1,10 @@ │ │ │ │ │ var searchData = [ │ │ │ │ │ - ['sasa_2ecpp_0', ['sasa.cpp', ['../modules_2sasa_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2sasa_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['sasa_2ecpp_0', ['sasa.cpp', ['../tests_2sasa_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../modules_2sasa_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['sasa_2eh_1', ['sasa.h', ['../sasa_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scalar_2eh_2', ['scalar.h', ['../scalar_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scalar_5fmath_2eh_3', ['scalar_math.h', ['../scalar__math_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scalar_5futil_2eh_4', ['scalar_util.h', ['../scalar__util_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scanner_2eh_5', ['scanner.h', ['../scanner_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scanner_5finternal_2ecpp_6', ['scanner_internal.cpp', ['../scanner__internal_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -51,35 +51,35 @@ │ │ │ │ │ ['selhelp_2ecpp_39', ['selhelp.cpp', ['../selhelp_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selhelp_2eh_40', ['selhelp.h', ['../selhelp_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selmethod_2ecpp_41', ['selmethod.cpp', ['../selmethod_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selmethod_2eh_42', ['selmethod.h', ['../selmethod_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selparam_2eh_43', ['selparam.h', ['../selparam_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selvalue_2ecpp_44', ['selvalue.cpp', ['../selvalue_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selvalue_2eh_45', ['selvalue.h', ['../selvalue_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['setatoms_2ecpp_46', ['setatoms.cpp', ['../tests_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../outputadapters_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['setatoms_2ecpp_46', ['setatoms.cpp', ['../outputadapters_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setatoms_2eh_47', ['setatoms.h', ['../setatoms_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setbothtime_2ecpp_48', ['setbothtime.cpp', ['../setbothtime_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setbox_2eh_49', ['setbox.h', ['../setbox_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setenv_2eh_50', ['setenv.h', ['../setenv_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setforces_2ecpp_51', ['setforces.cpp', ['../setforces_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setforces_2eh_52', ['setforces.h', ['../setforces_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setprecision_2ecpp_53', ['setprecision.cpp', ['../setprecision_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setprecision_2eh_54', ['setprecision.h', ['../setprecision_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['setstarttime_2ecpp_55', ['setstarttime.cpp', ['../tests_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../outputadapters_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['setstarttime_2ecpp_55', ['setstarttime.cpp', ['../outputadapters_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setstarttime_2eh_56', ['setstarttime.h', ['../setstarttime_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settimestep_2ecpp_57', ['settimestep.cpp', ['../outputadapters_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['settimestep_2eh_58', ['settimestep.h', ['../settimestep_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['settle_2ecpp_59', ['settle.cpp', ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['settle_2ecpp_59', ['settle.cpp', ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['settle_2eh_60', ['settle.h', ['../settle_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2ecpp_61', ['settle_gpu.cpp', ['../settle__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2eh_62', ['settle_gpu.h', ['../settle__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_2eh_63', ['settle_gpu_internal.h', ['../settle__gpu__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_5fsycl_2ecpp_64', ['settle_gpu_internal_sycl.cpp', ['../settle__gpu__internal__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settletestdata_2ecpp_65', ['settletestdata.cpp', ['../settletestdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_2.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -65,16 +65,16 @@ │ │ │ │ │ ['colvarsforceprovider_2ecpp_47', ['colvarsforceprovider.cpp', ['../tests_2colvarsforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../colvarsforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['colvarsforceprovider_2eh_48', ['colvarsforceprovider.h', ['../colvarsforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_2ecpp_49', ['colvarsMDModule.cpp', ['../colvarsMDModule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_2eh_50', ['colvarsMDModule.h', ['../colvarsMDModule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_5fstub_2ecpp_51', ['colvarsMDModule_stub.cpp', ['../colvarsMDModule__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['colvarsoptions_2ecpp_52', ['colvarsoptions.cpp', ['../tests_2colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['colvarsoptions_2ecpp_52', ['colvarsoptions.cpp', ['../colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['colvarsoptions_2eh_53', ['colvarsoptions.h', ['../colvarsoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_2ecpp_54', ['colvarspreprocessor.cpp', ['../tests_2colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_2eh_55', ['colvarspreprocessor.h', ['../colvarspreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2ecpp_56', ['colvarssimulationsparameters.cpp', ['../colvarssimulationsparameters_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -94,16 +94,16 @@ │ │ │ │ │ ['computeglobalselement_2eh_68', ['computeglobalselement.h', ['../computeglobalselement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['computemultibodycutoffs_2ecpp_69', ['computemultibodycutoffs.cpp', ['../computemultibodycutoffs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['computemultibodycutoffs_2eh_70', ['computemultibodycutoffs.h', ['../computemultibodycutoffs_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['confio_2ecpp_71', ['confio.cpp', ['../tests_2confio_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['conftest_2ecpp_72', ['conftest.cpp', ['../conftest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['conftest_2eh_73', ['conftest.h', ['../conftest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constantacceleration_2ecpp_74', ['constantacceleration.cpp', ['../constantacceleration_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['constr_2ecpp_75', ['constr.cpp', ['../constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['constr_2ecpp_75', ['constr.cpp', ['../tests_2constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['constr_2eh_76', ['constr.h', ['../constr_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constraintelement_2ecpp_77', ['constraintelement.cpp', ['../constraintelement_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constraintelement_2eh_78', ['constraintelement.h', ['../constraintelement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestdata_2ecpp_79', ['constrtestdata.cpp', ['../constrtestdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestdata_2eh_80', ['constrtestdata.h', ['../constrtestdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestrunners_2ecpp_81', ['constrtestrunners.cpp', ['../constrtestrunners_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -130,16 +130,16 @@ │ │ │ │ │ ['correlationdataset_2eh_98', ['correlationdataset.h', ['../correlationdataset_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['correlationgrid_2ecpp_99', ['correlationgrid.cpp', ['../correlationgrid_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['correlationgrid_2eh_100', ['correlationgrid.h', ['../correlationgrid_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['correlationhistory_2ecpp_101', ['correlationhistory.cpp', ['../correlationhistory_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['correlationhistory_2eh_102', ['correlationhistory.h', ['../correlationhistory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['correlationtensor_2ecpp_103', ['correlationtensor.cpp', ['../correlationtensor_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['correlationtensor_2eh_104', ['correlationtensor.h', ['../correlationtensor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['cpuinfo_2ecpp_105', ['cpuinfo.cpp', ['../tests_2cpuinfo_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../cpuinfo_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cpuinfo_2ecpp_105', ['cpuinfo.cpp', ['../cpuinfo_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2cpuinfo_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cpuinfo_2eh_106', ['cpuinfo.h', ['../cpuinfo_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['crosscorr_2ecpp_107', ['crosscorr.cpp', ['../crosscorr_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['crosscorr_2eh_108', ['crosscorr.h', ['../crosscorr_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cstringutil_2ecpp_109', ['cstringutil.cpp', ['../tests_2cstringutil_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cstringutil_2eh_110', ['cstringutil.h', ['../cstringutil_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cubicsplinetable_2ecpp_111', ['cubicsplinetable.cpp', ['../cubicsplinetable_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_3.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -16,31 +16,31 @@ │ │ │ │ │ ['datatest_2eh_14', ['datatest.h', ['../datatest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['decidegpuusage_2ecpp_15', ['decidegpuusage.cpp', ['../decidegpuusage_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['decidegpuusage_2eh_16', ['decidegpuusage.h', ['../decidegpuusage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['decidesimulationworkload_2ecpp_17', ['decidesimulationworkload.cpp', ['../decidesimulationworkload_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['decidesimulationworkload_2eh_18', ['decidesimulationworkload.h', ['../decidesimulationworkload_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['defaultinitializationallocator_2ecpp_19', ['defaultinitializationallocator.cpp', ['../defaultinitializationallocator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['defaultinitializationallocator_2eh_20', ['defaultinitializationallocator.h', ['../defaultinitializationallocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['densityfit_2ecpp_21', ['densityfit.cpp', ['../tests_2densityfit_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../densityfit_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['densityfit_2ecpp_21', ['densityfit.cpp', ['../densityfit_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2densityfit_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfit_2eh_22', ['densityfit.h', ['../densityfit_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['densityfitting_2ecpp_23', ['densityfitting.cpp', ['../tests_2densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['densityfitting_2ecpp_23', ['densityfitting.cpp', ['../densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingamplitudelookup_2ecpp_24', ['densityfittingamplitudelookup.cpp', ['../densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingamplitudelookup_2eh_25', ['densityfittingamplitudelookup.h', ['../densityfittingamplitudelookup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['densityfittingforce_2ecpp_26', ['densityfittingforce.cpp', ['../tests_2densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['densityfittingforce_2ecpp_26', ['densityfittingforce.cpp', ['../densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingforce_2eh_27', ['densityfittingforce.h', ['../densityfittingforce_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['densityfittingforceprovider_2ecpp_28', ['densityfittingforceprovider.cpp', ['../tests_2densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['densityfittingforceprovider_2ecpp_28', ['densityfittingforceprovider.cpp', ['../densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingforceprovider_2eh_29', ['densityfittingforceprovider.h', ['../densityfittingforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingmodule_2ecpp_30', ['densityfittingmodule.cpp', ['../densityfittingmodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingoptions_2ecpp_31', ['densityfittingoptions.cpp', ['../densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingoptions_2eh_32', ['densityfittingoptions.h', ['../densityfittingoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -53,27 +53,27 @@ │ │ │ │ │ ['device_5fcontext_2eh_39', ['device_context.h', ['../device__context_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fcontext_5focl_2ecpp_40', ['device_context_ocl.cpp', ['../device__context__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fcontext_5fsycl_2ecpp_41', ['device_context_sycl.cpp', ['../device__context__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fevent_2eh_42', ['device_event.h', ['../device__event_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fevent_5focl_2eh_43', ['device_event_ocl.h', ['../device__event__ocl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fevent_5fsycl_2eh_44', ['device_event_sycl.h', ['../device__event__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5finformation_2eh_45', ['device_information.h', ['../device__information_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['device_5fmanagement_2ecpp_46', ['device_management.cpp', ['../tests_2device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['device_5fmanagement_2ecpp_46', ['device_management.cpp', ['../device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_2eh_47', ['device_management.h', ['../device__management_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fcommon_2ecpp_48', ['device_management_common.cpp', ['../device__management__common_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5focl_2ecpp_49', ['device_management_ocl.cpp', ['../device__management__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_2ecpp_50', ['device_management_sycl.cpp', ['../device__management__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_5fintel_5fdevice_5fids_2ecpp_51', ['device_management_sycl_intel_device_ids.cpp', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_5fintel_5fdevice_5fids_2eh_52', ['device_management_sycl_intel_device_ids.h', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fstream_2ecpp_53', ['device_stream.cpp', ['../device__stream_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fstream_2eh_54', ['device_stream.h', ['../device__stream_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['device_5fstream_5fmanager_2ecpp_55', ['device_stream_manager.cpp', ['../device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['device_5fstream_5fmanager_2ecpp_55', ['device_stream_manager.cpp', ['../tests_2device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['device_5fstream_5fmanager_2eh_56', ['device_stream_manager.h', ['../device__stream__manager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fstream_5focl_2ecpp_57', ['device_stream_ocl.cpp', ['../device__stream__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fstream_5fsycl_2ecpp_58', ['device_stream_sycl.cpp', ['../device__stream__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['devicebuffer_2eh_59', ['devicebuffer.h', ['../devicebuffer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['devicebuffer_5fdatatype_2eh_60', ['devicebuffer_datatype.h', ['../devicebuffer__datatype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['devicebuffer_5focl_2eh_61', ['devicebuffer_ocl.h', ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -116,13 +116,13 @@ │ │ │ │ │ ['domdec_5fvsite_2eh_96', ['domdec_vsite.h', ['../domdec__vsite_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['domdechelper_2ecpp_97', ['domdechelper.cpp', ['../domdechelper_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['domdechelper_2eh_98', ['domdechelper.h', ['../domdechelper_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['dssp_2ecpp_99', ['dssp.cpp', ['../tests_2dssp_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../modules_2dssp_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dssp_2eh_100', ['dssp.h', ['../dssp_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['dump_2ecpp_101', ['dump.cpp', ['../domdec_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['dump_2ecpp_101', ['dump.cpp', ['../tools_2tests_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tools_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tools_2tests_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['../domdec_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dump_2eh_102', ['dump.h', ['../domdec_2dump_8h.xhtml', 1, '']]] │ │ │ │ │ ]; │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_7.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -9,30 +9,30 @@ │ │ │ │ │ ['hardwaretopology_2eh_5', ['hardwaretopology.h', ['../hardwaretopology_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['hashedmap_2ecpp_6', ['hashedmap.cpp', ['../hashedmap_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['hashedmap_2eh_7', ['hashedmap.h', ['../hashedmap_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['hbond_2ecpp_8', ['hbond.cpp', ['../tests_2hbond_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../modules_2hbond_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['hbond_2eh_9', ['hbond.h', ['../hbond_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['helpformat_2ecpp_10', ['helpformat.cpp', ['../tests_2helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['helpformat_2ecpp_10', ['helpformat.cpp', ['../helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['helpformat_2eh_11', ['helpformat.h', ['../helpformat_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['helpmanager_2ecpp_12', ['helpmanager.cpp', ['../helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['helpmanager_2ecpp_12', ['helpmanager.cpp', ['../tests_2helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['helpmanager_2eh_13', ['helpmanager.h', ['../helpmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['helptopic_2ecpp_14', ['helptopic.cpp', ['../helptopic_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['helptopic_2eh_15', ['helptopic.h', ['../helptopic_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['helpwritercontext_2ecpp_16', ['helpwritercontext.cpp', ['../helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['helpwritercontext_2eh_17', ['helpwritercontext.h', ['../helpwritercontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['helpwriting_2ecpp_18', ['helpwriting.cpp', ['../gromacs_2tools_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../programs_2mdrun_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['helpwriting_2ecpp_18', ['helpwriting.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../gromacs_2tools_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['histogram_2ecpp_19', ['histogram.cpp', ['../modules_2histogram_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2histogram_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['histogram_2eh_20', ['histogram.h', ['../histogram_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['histogramsize_2ecpp_21', ['histogramsize.cpp', ['../histogramsize_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['histogramsize_2eh_22', ['histogramsize.h', ['../histogramsize_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_b.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -3,16 +3,16 @@ │ │ │ │ │ ['makebondedlinks_2ecpp_1', ['makebondedlinks.cpp', ['../makebondedlinks_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['makebondedlinks_2eh_2', ['makebondedlinks.h', ['../makebondedlinks_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['makeconstraints_2eh_3', ['makeconstraints.h', ['../makeconstraints_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['manage_5fthreading_2ecpp_4', ['manage_threading.cpp', ['../manage__threading_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['manage_5fthreading_2eh_5', ['manage_threading.h', ['../manage__threading_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['manager_2ecpp_6', ['manager.cpp', ['../manager_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['manager_2eh_7', ['manager.h', ['../manager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['manyautocorrelation_2ecpp_8', ['manyautocorrelation.cpp', ['../tests_2manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['manyautocorrelation_2ecpp_8', ['manyautocorrelation.cpp', ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['manyautocorrelation_2eh_9', ['manyautocorrelation.h', ['../manyautocorrelation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['matrix_2ecpp_10', ['matrix.cpp', ['../math_2tests_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../math_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['matrix_2eh_11', ['matrix.h', ['../math_2include_2gromacs_2math_2matrix_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['md_2ecpp_12', ['md.cpp', ['../md_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -30,16 +30,16 @@ │ │ │ │ │ ['mdrun_5fmain_2eh_24', ['mdrun_main.h', ['../mdrun__main_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mdrunoptions_2eh_25', ['mdrunoptions.h', ['../mdrunoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mdsetup_2eh_26', ['mdsetup.h', ['../mdsetup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mdspan_2ecpp_27', ['mdspan.cpp', ['../mdspan_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mdspan_2eh_28', ['mdspan.h', ['../mdspan_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mempool_2ecpp_29', ['mempool.cpp', ['../mempool_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mempool_2eh_30', ['mempool.h', ['../mempool_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['message_5fstring_5fcollector_2ecpp_31', ['message_string_collector.cpp', ['../message__string__collector_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2message__string__collector_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['message_5fstring_5fcollector_2ecpp_31', ['message_string_collector.cpp', ['../tests_2message__string__collector_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../message__string__collector_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['message_5fstring_5fcollector_2eh_32', ['message_string_collector.h', ['../message__string__collector_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mimic_2ecpp_33', ['mimic.cpp', ['../gromacs_2mdrun_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../programs_2mdrun_2tests_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['minimize_2ecpp_34', ['minimize.cpp', ['../gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../programs_2mdrun_2tests_2minimize_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ @@ -63,20 +63,20 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mp11_2eh_48', ['mp11.h', ['../mp11_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mpi_5fprinter_2eh_49', ['mpi_printer.h', ['../mpi__printer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mpitest_2ecpp_50', ['mpitest.cpp', ['../mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mpitest_2eh_51', ['mpitest.h', ['../mpitest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['mrcdensitymap_2ecpp_52', ['mrcdensitymap.cpp', ['../tests_2mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mrcdensitymap_2ecpp_52', ['mrcdensitymap.cpp', ['../mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymap_2eh_53', ['mrcdensitymap.h', ['../mrcdensitymap_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['mrcdensitymapheader_2ecpp_54', ['mrcdensitymapheader.cpp', ['../mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mrcdensitymapheader_2ecpp_54', ['mrcdensitymapheader.cpp', ['../tests_2mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_2eh_55', ['mrcdensitymapheader.h', ['../mrcdensitymapheader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mrcserializer_2ecpp_56', ['mrcserializer.cpp', ['../mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcserializer_2eh_57', ['mrcserializer.h', ['../mrcserializer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['msd_2ecpp_58', ['msd.cpp', ['../modules_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_e.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -145,16 +145,16 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['position_5frestraints_2eh_128', ['position_restraints.h', ['../position__restraints_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['printtime_2eh_129', ['printtime.h', ['../printtime_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['programcontext_2ecpp_130', ['programcontext.cpp', ['../programcontext_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['programcontext_2eh_131', ['programcontext.h', ['../programcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['propagator_2ecpp_132', ['propagator.cpp', ['../propagator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['propagator_2eh_133', ['propagator.h', ['../propagator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pull_2ecpp_134', ['pull.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2pull_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../gromacs_2pulling_2tests_2pull_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pull_2ecpp_134', ['pull.cpp', ['../gromacs_2pulling_2tests_2pull_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../programs_2mdrun_2tests_2pull_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pull_2eh_135', ['pull.h', ['../pull_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5finternal_2eh_136', ['pull_internal.h', ['../pull__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fparams_2eh_137', ['pull_params.h', ['../pull__params_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5frotation_2ecpp_138', ['pull_rotation.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2pull__rotation_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5frotation_2eh_139', ['pull_rotation.h', ['../pull__rotation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullcoordexpressionparser_2eh_140', ['pullcoordexpressionparser.h', ['../pullcoordexpressionparser_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_f.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -12,15 +12,15 @@ │ │ │ │ │ ['../tests_2qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmminputgenerator_2eh_6', ['qmmminputgenerator.h', ['../qmmminputgenerator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmoptions_2ecpp_7', ['qmmmoptions.cpp', ['../qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmmoptions_2eh_8', ['qmmmoptions.h', ['../qmmmoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['qmmmtopologypreprocessor_2ecpp_9', ['qmmmtopologypreprocessor.cpp', ['../qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['qmmmtopologypreprocessor_2ecpp_9', ['qmmmtopologypreprocessor.cpp', ['../tests_2qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmmtopologypreprocessor_2eh_10', ['qmmmtopologypreprocessor.h', ['../qmmmtopologypreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmtypes_2eh_11', ['qmmmtypes.h', ['../qmmmtypes_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['quadraticsplinetable_2ecpp_12', ['quadraticsplinetable.cpp', ['../quadraticsplinetable_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['quadraticsplinetable_2eh_13', ['quadraticsplinetable.h', ['../quadraticsplinetable_8h.xhtml', 1, '']]] │ │ │ │ │ ]; │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/search/all_15.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -549,16 +549,16 @@ │ │ │ │ │ ['simd_20preprocessor_20macros_352', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_2eh_353', ['simd.h', ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd4_20implementation_354', ['SIMD4 implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md64', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd4bool_355', ['Simd4Bool', ['../namespacegmx.xhtml#acb6a84be080be397c2c09cda9f315037', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simd4dbool_356', ['simd4dbool', ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml#a428de6b27a42a06dd0fd632660b3ae9d', 1, 'gmx::Simd4DBool::Simd4DBool()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4DBool'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['simd4double_357', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'] │ │ │ │ │ + ['simd4double_357', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simd4fbool_358', ['simd4fbool', ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml#ad64754cbb774d9cab1ed08c49a6e28bc', 1, 'gmx::Simd4FBool::Simd4FBool()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4FBool'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simd4float_359', ['simd4float', ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml#a4d61d22b9955c0f6fa78804562704cbe', 1, 'gmx::Simd4Float::Simd4Float()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Float'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/search/all_17.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -25,16 +25,16 @@ │ │ │ │ │ ['unitcelltype_17', ['UnitCellType', 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['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::CpuInfo::Unknown'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unpackrecvbufkernel_22', ['unpackRecvBufKernel', ['../namespacegmx.xhtml#a704128fa72f8ce7dcf08d0063a166036', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedarrayref_23', ['unpaddedArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ad5b878ca7749f5b8f52e006269fbfc2f', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedconstarrayref_24', ['unpaddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a2c3f73497c6bc71264ae1af84b6522ae', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['unset_25', ['Unset', ['../md__enums_8h.xhtml#a1df3eedfba9424ae3e518284a453d95cac9f88e098f6fe4e4e112eeb05ccb9671', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['unsignedchartostring_26', ['unsignedCharToString', ['../group__module__utility.xhtml#ga78b462191d8dbe81225e12d64cdd55a3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['update_27', ['update', ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#a6bc44212f005dbc7a03acf9a76b1074d', 1, 'gmx::IRestraintPotential::update()'], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/index.xml.gz │ │ │ │ ├── index.xml │ │ │ │ │ ├── index.xml │ │ │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ │ │ @@ -72347,14 +72347,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ main │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ abstractdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + arraydata.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + arraydata.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dataframe.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ datamodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -72413,20 +72419,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ analysisdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ analysisdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - arraydata.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - arraydata.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ datatest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ datatest.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -72437,26 +72437,38 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ awh.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ awh.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bias.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bias.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ bias.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasgrid.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasparams.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasparams.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + biassharing.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + biassharing.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biassharing.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasstate.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -72512,35 +72524,23 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ awh_setup.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ awh_setup.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bias.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bias.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ bias_fep_lambda_state.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasgrid.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasgrid.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - biassharing.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - biassharing.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasstate.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasstate.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -72572,14 +72572,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarsMDModule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarsMDModule_stub.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + colvarsoptions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + colvarsoptions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarsoptions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarspreprocessor.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -72587,47 +72593,41 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarssimulationsparameters.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvars.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - colvarsoptions.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - colvarsoptions.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarspreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarspreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfitting.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfitting.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfitting.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingamplitudelookup.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingamplitudelookup.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingamplitudelookup.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingamplitudelookup.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingforceprovider.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingoptions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingoptions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingoptions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingoutputprovider.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -72635,25 +72635,31 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingparameters.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingparameters.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingamplitudelookup.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfitting.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingamplitudelookup.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfitting.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingoptions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingoptions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + electricfield.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + electricfield.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ electricfield.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmm.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -72665,14 +72671,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmminputgenerator.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmoptions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + qmmmtopologypreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + qmmmtopologypreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmtopologypreprocessor.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmtypes.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -72695,35 +72707,29 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmoptions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmoptions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - qmmmtopologypreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - qmmmtopologypreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - electricfield.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - electricfield.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpcontext.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpcontext.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpmodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlinehelpwriter.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlinehelpwriter.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpwriter.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlineinit.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_run_cmain │ │ │ │ │ │ @@ -72737,26 +72743,38 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlinemodulemanager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlinemodulemanager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodulemanager.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodulemanager_impl.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlineoptionsmodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlineoptionsmodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlineparser.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlineparser.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlineparser.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlineprogramcontext.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -72767,71 +72785,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ TEST_SYMLINKS │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlineprogramcontext.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - filenm.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - IS_SET │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - IS_OPT │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getFileOption │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - opt2fn │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - opt2fns │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - opt2fnsIfOptionSet │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2fn │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2fns │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2bSet │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - opt2bSet │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - opt2fn_null │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2fn_null │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - is_optional │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - is_output │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - is_set │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - hasSuffixFromNoAppend │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_suffix_to_output_names │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - filenm.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filenm.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ffSET │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ffREAD │ │ │ │ │ │ @@ -73025,37 +72986,76 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpmodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpmodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlinehelpwriter.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlinehelpwriter.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlinemodulemanager.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlinemodulemanager.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodulemanagertest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodulemanagertest.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlineparser.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + filenm.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + IS_SET │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + IS_OPT │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getFileOption │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + opt2fn │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + opt2fns │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + opt2fnsIfOptionSet │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2fn │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2fns │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2bSet │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + opt2bSet │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + opt2fn_null │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2fn_null │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + is_optional │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + is_output │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + is_set │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + hasSuffixFromNoAppend │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_suffix_to_output_names │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlineparser.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + filenm.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ viewit.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ canViewFileType │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -74552,41 +74552,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dd_make_local_vsites │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ init_domdec_vsites │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_dd_grid_pdb │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_dd_pdb │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_dd_grid_pdb │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_dd_pdb │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ga2la.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ directListIsFaster │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -75047,26 +75020,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ analysismodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energyanalysisframe.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - energyterm.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - energyterm.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energyterm.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ienergyanalysis.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + energyterm.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + energyterm.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ legacyenergy.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ edsam.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ t_edpar │ │ │ │ │ │ @@ -77042,41 +77015,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calcgrid.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calcFftGrid │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - fft.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_many_fft_t │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_init_many_1d │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_init_many_1d_real │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_many_1d │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_many_1d_real │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_many_fft_destroy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_transpose_2d │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - fft.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fft.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_fft_direction │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_FFT_FORWARD │ │ │ │ │ │ @@ -77489,14 +77435,41 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_parallel_3dfft_execute │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_parallel_3dfft_destroy │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + fft.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_many_fft_t │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_init_many_1d │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_init_many_1d_real │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_many_1d │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_many_1d_real │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_many_fft_destroy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_transpose_2d │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + fft.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fft_mpi.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ checkpoint.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_IGNORE_FSYNC_FAILURE_ENV │ │ │ │ │ │ @@ -79058,20 +79031,38 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_md5_append │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_md5_finish │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mrcdensitymap.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcdensitymapheader.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcdensitymapheader.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mrcdensitymapheader.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcserializer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcserializer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mrcserializer.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mtxio.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_MTXIO_MAGIC_NUMBER │ │ │ │ │ │ @@ -79232,14 +79223,89 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_conect_generate │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_fprintf_pdb_atomline │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + readinp.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_inpfile │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + flatKeyValueTreeFromInpFile │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sort_inp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_inpfile │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + replace_inp_entry │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + search_einp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mark_einp_set │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_einp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eint64 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eint64 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_ereal │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_ereal │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_estr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_estr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eeenum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eeenum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eenum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + printStringNewline │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + printStringNoNewline │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setStringEntry │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setStringEntry │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + readinp.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ readinp.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ WriteMdpHeader │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ no │ │ │ │ │ │ @@ -79931,107 +79997,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fn2ftp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filetypes.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcdensitymapheader.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcdensitymapheader.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcserializer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcserializer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - readinp.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_inpfile │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - flatKeyValueTreeFromInpFile │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sort_inp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_inpfile │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - replace_inp_entry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - search_einp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mark_einp_set │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_einp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eint64 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eint64 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_ereal │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_ereal │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_estr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_estr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eeenum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eeenum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eenum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - printStringNewline │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - printStringNoNewline │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setStringEntry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setStringEntry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - readinp.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ timecontrol.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ timecontrol.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ timecontrol │ │ │ │ │ │ @@ -82349,80 +82322,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dump_axes │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_bundle │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_chi.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - INDEX │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NKKKPHI │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NKKKPSI │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NKKKCHI │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NJC │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NLEG │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bAllowed │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - make_chi_ind │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_dihcorr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - copy_dih_data │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump_em_all │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - reset_one │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - reset_em_all │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - histogramming │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rama_file │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_rama │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - print_transitions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - order_params │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_chi │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_chi.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_cluster.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NFILE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ lo_ffprintf │ │ │ │ │ │ @@ -83480,14 +83387,47 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tot_nmat │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_mdmat │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_mindist.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NSHIFT_MAX │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + periodic_dist │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + periodic_mindist_plot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_dist │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dist_plot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + find_residues │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump_res │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_mindist │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_mindist.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_nmeig.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NFILE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cv_corr │ │ │ │ │ │ @@ -83978,14 +83918,62 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ process_tcaf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_tcaf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_traj.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + low_print_data │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + average_data │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + print_data │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_trx_x │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + make_legend │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ekrot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ektrans │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + temp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + remove_jump │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_pdb_bfac │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + update_histo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + print_histo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_traj │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_traj.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_trjorder.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NFILE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ order │ │ │ │ │ │ @@ -84935,94 +84923,79 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compute_scattering_factor_table │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ entropy.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_mindist.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NSHIFT_MAX │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - periodic_dist │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - periodic_mindist_plot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_chi.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + INDEX │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_dist │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NKKKPHI │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dist_plot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NKKKPSI │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - find_residues │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NKKKCHI │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump_res │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NJC │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_mindist │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NLEG │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_mindist.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_traj.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ NFILE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - low_print_data │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bAllowed │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - average_data │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + make_chi_ind │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - print_data │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_dihcorr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_trx_x │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + copy_dih_data │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - make_legend │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump_em_all │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ekrot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + reset_one │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ektrans │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + reset_em_all │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - temp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + histogramming │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - remove_jump │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rama_file │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_pdb_bfac │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_rama │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - update_histo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + print_transitions │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - print_histo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + order_params │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_traj │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_chi │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_traj.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_chi.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ thermochemistry.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eigenvalueToFrequency │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -86078,14 +86051,32 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gen_ad.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gen_pad │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gen_maxwell_velocities.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + low_mspeed │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + maxwell_speed │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_cm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + stop_cm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gen_maxwell_velocities.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gen_maxwell_velocities.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ maxwell_speed │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ stop_cm │ │ │ │ │ │ @@ -86282,20 +86273,68 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ genhydro.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ add_h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genion.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + groupsCloserThanCutoffWithPbc │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + solventMoleculeIndices │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + insert_ion │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + aname │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sort_ions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + update_topol │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + invertIndexGroup │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_genion │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genion.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ genion.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_genion │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genrestr.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + npargs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_genrestr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genrestr.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ genrestr.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_genrestr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -86792,14 +86831,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ makeexclusiondistances.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ makeExclusionDistances │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + massrepartitioning.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + massrepartitioning.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ massrepartitioning.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nm2type.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ prev │ │ │ │ │ │ @@ -86852,14 +86897,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ notset.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NOTSET │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pdb2gmx.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pdb2gmx.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pdb2gmx.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pdb2top.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NUM_CMAP_ATOMS │ │ │ │ │ │ @@ -87029,14 +87080,161 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ search_atom │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ search_res_atom │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + readir.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NOGID │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + CHECK │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + GroupCoverage │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + All │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + AllGenerateRest │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Partial │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + OneGroup │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + inputrecStrings │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + constraints │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + couple_lam │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_inputrec_strings │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + done_inputrec_strings │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getSimTemps │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + _low_check │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_nst │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + process_interaction_modifier │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_ir │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + parse_n_real │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_fep_params │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_simtemp_params │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + convertInts │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + convertReals │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + convertRvecs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_wall_params │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_wall_energrps │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_expandedparams │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + couple_lambda_has_vdw_on │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_ir │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getGroupIndex │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + atomGroupRangeValidation │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_numbering │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_nrdf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_egp_flag │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + make_swap_groups │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + make_IMD_group │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + checkAndUpdateVcmFreezeGroupConsistency │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + processEnsembleTemperature │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_disre │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + haveAbsoluteReference │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + havePositionRestraints │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_combination_rule_differences │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_combination_rules │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + allTrue │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + checksForFepLambaLargerOne │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + triple_check │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + double_check │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + readir.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ readir.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eshNONE │ │ │ │ │ │ @@ -87329,32 +87527,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filter_ter │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ choose_ter │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gen_maxwell_velocities.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - low_mspeed │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - maxwell_speed │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_cm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - stop_cm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gen_maxwell_velocities.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ genconf.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NFILE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rand_rot │ │ │ │ │ │ @@ -87362,62 +87542,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_genconf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ genconf.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genion.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - groupsCloserThanCutoffWithPbc │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - solventMoleculeIndices │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - insert_ion │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - aname │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sort_ions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - update_topol │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - invertIndexGroup │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_genion │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genion.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genrestr.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - npargs │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_genrestr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genrestr.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gpp_atomtype.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ search_atomtypes │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -87464,173 +87596,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ insert_mols │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ insert_molecules.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - massrepartitioning.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - massrepartitioning.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pdb2gmx.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pdb2gmx.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - readir.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NOGID │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - CHECK │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - GroupCoverage │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - All │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - AllGenerateRest │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Partial │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - OneGroup │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - inputrecStrings │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - constraints │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - couple_lam │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_inputrec_strings │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - done_inputrec_strings │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getSimTemps │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - _low_check │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_nst │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - process_interaction_modifier │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_ir │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - parse_n_real │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_fep_params │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_simtemp_params │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - convertInts │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - convertReals │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - convertRvecs │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_wall_params │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_wall_energrps │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_expandedparams │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - couple_lambda_has_vdw_on │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_ir │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getGroupIndex │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - atomGroupRangeValidation │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_numbering │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_nrdf │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_egp_flag │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - make_swap_groups │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - make_IMD_group │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - checkAndUpdateVcmFreezeGroupConsistency │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - processEnsembleTemperature │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_disre │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - haveAbsoluteReference │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - havePositionRestraints │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_combination_rule_differences │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_combination_rules │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - allTrue │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - checksForFepLambaLargerOne │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - triple_check │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - double_check │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - readir.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ solvate.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NFILE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sort_molecule │ │ │ │ │ │ @@ -88892,20 +88865,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_IS_X86_32 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_IS_X86_64 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cpuinfo.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cpuinfo.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cpuinfo.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ detecthardware.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -89279,14 +89246,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_management_sycl_intel_device_ids.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ getIntelHardwareVersionFromPciExpressID │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + hardwaretopology.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + hardwaretopology.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hardwaretopology.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hw_info.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ThreadAffinity │ │ │ │ │ │ @@ -89339,14 +89312,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd_support.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd_support.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cpuinfo.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cpuinfo.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_management.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ findDevices │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setActiveDevice │ │ │ │ │ │ @@ -89360,20 +89339,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ isDeviceDetectionFunctional │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_management.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - hardwaretopology.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - hardwaretopology.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mockhardwaretopology.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ imd.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -89426,35 +89399,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eigensolver │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sparse_eigensolver │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - alloc_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - free_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix_multiply │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix_invert │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - multi_regression │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sparsematrix.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_entry_t │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_t │ │ │ │ │ │ @@ -89477,44 +89429,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_compress │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_vector_multiply │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - DEBUG_MATRIX │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - alloc_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - free_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix_multiply │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix_invert │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - multi_regression │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sparsematrix.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_init │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_destroy │ │ │ │ │ │ @@ -89789,34 +89711,46 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ print_orires_log │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ orires │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pairs.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_pairs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pairs.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + warning_rlimit │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - position_restraints.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - posres_wrapper │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + evaluate_single │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - posres_wrapper_lambda │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sixthRoot │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - fbposres_wrapper │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + free_energy_evaluate_single │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_pairs_general │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_pairs_simple │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_pairs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - position_restraints.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pairs.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pairs.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_pairs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ position_restraints.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ posres_wrapper │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -89867,82 +89801,28 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nrnbIndex │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ bonded.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pairs.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - warning_rlimit │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - evaluate_single │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sixthRoot │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - free_energy_evaluate_single │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_pairs_general │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_pairs_simple │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_pairs │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pairs.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utilities.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - MathOptimization │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Safe │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Unsafe │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_within_tol │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_numzero │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_int_multiply_for_overflow │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_feenableexcept │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fedisableexcept │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + position_restraints.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + posres_wrapper │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmxShouldEnableFPExceptions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + posres_wrapper_lambda │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utilities.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftype_is_bonded_potential │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + fbposres_wrapper │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utilities.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genQmmmIndices │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + position_restraints.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ 3dtransforms.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ N │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -89966,14 +89846,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_mat4_print │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_vec4_print │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfit.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfit.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingforce.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingforce.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_fit.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calc_similar_ind │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rmsdev_ind │ │ │ │ │ │ @@ -89999,20 +89891,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ reset_x_ndim │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ reset_x │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - functions.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - functions.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ 3dtransforms.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ WW │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ vec4 │ │ │ │ │ │ @@ -90098,14 +89984,35 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ operator!= │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ invertmatrix.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + alloc_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + free_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix_multiply │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix_invert │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + multi_regression │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ multidimarray.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ neldermead.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -90158,19 +90065,19 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_dvec │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_rvecs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - neldermead.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + invertmatrix.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - neldermead.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + invertmatrix.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nrjac.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_rotate │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -90200,86 +90107,83 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ coordinatetransformation.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ coordinatetransformation.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfit.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfit.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingforce.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingforce.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dofit.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ exponentialmovingaverage.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ exponentialmovingaverage.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + functions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + functions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gausstransform.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gausstransform.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - invertmatrix.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + DEBUG_MATRIX │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + alloc_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + free_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix_multiply │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix_invert │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + multi_regression │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - invertmatrix.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ multidimarray.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + neldermead.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + neldermead.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ paddedvector.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ testarrayrefs.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ vectypes.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utilities.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_within_tol │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_numzero │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_int_multiply_for_overflow │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_feenableexcept │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fedisableexcept │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmxShouldEnableFPExceptions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utilities.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genQmmmIndices │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ veccompare.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmp_rvec │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmp_ivec │ │ │ │ │ │ @@ -90368,107 +90272,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ broadcastStateWithoutDynamics │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ init_parallel │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_verletbuf.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - verletbufGetListSetup │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - verletbufGetSafeListSetup │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getMass │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_vsite_masses │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getResolutions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getVerletBufferAtomtypes │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - constrained_atom_sigma2 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_atom_sigma2 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - approx_2dof │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - energyDriftAtomPair │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - energyDrift │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - surface_frac │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - md3_force_switch │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getVdwDerivatives │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getElecDerivatives │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - displacementVariance │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - maxSigma │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - computeEffectiveAtomDensity │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - computeEffectiveAtomDensity │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getForceDerivatives │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pressureError │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calcVerletBufferSize │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - verletBufferPressureError │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - minCellSizeFromPairlistBuffer │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - chanceOfAtomCrossingCell │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getAtomConstraintProps │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - chanceOfUpdateGroupCrossingCell │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - chanceOfUpdateGroupCrossingCell │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - minCellSizeForAtomDisplacement │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_verletbuf.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calc_verletbuf.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ChanceTarget │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Atom │ │ │ │ │ │ @@ -90557,14 +90368,23 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compute_io.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compute_io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + constr.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + constr.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + PrintTo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ constr.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ constraint_gpu_helpers.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ countCoupled │ │ │ │ │ │ @@ -90854,14 +90674,44 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ addCorrectionBeyondCutoff │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dispersioncorrection.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ebin.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mk_ebin │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + done_ebin │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_ebin_space │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_ebin │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_ebin_indexed │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ebin_increase_count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + reset_ebin_sums │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pr_ebin │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ebin.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ebin.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eprNORMAL │ │ │ │ │ │ @@ -90938,20 +90788,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ accumulatePotentialEnergies │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ accumulateKineticLambdaComponents │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energydrifttracker.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energyoutput.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -91868,14 +91712,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rf_util.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calc_rffac │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + settle.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + settle.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settle.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settle_gpu.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -92144,14 +91994,107 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ stophandler.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ stophandler.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_verletbuf.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + verletbufGetListSetup │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + verletbufGetSafeListSetup │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getMass │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_vsite_masses │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getResolutions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getVerletBufferAtomtypes │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + constrained_atom_sigma2 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_atom_sigma2 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + approx_2dof │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + energyDriftAtomPair │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + energyDrift │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + surface_frac │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + md3_force_switch │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getVdwDerivatives │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getElecDerivatives │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + displacementVariance │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + maxSigma │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + computeEffectiveAtomDensity │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + computeEffectiveAtomDensity │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getForceDerivatives │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pressureError │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calcVerletBufferSize │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + verletBufferPressureError │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + minCellSizeFromPairlistBuffer │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + chanceOfAtomCrossingCell │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getAtomConstraintProps │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + chanceOfUpdateGroupCrossingCell │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + chanceOfUpdateGroupCrossingCell │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + minCellSizeForAtomDisplacement │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_verletbuf.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calcvir.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ upd_vir │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calc_x_times_f │ │ │ │ │ │ @@ -92162,23 +92105,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ f_calc_vir │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calcvir.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - constr.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - constr.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - PrintTo │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ constrtestdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ constrtestdata.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -92189,43 +92123,19 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GPU_CONSTRAINTS_SUPPORTED │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ constrtestrunners_gpu.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ebin.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mk_ebin │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - done_ebin │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_ebin_space │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_ebin │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_ebin_indexed │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ebin_increase_count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - reset_ebin_sums │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pr_ebin │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ebin.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energyoutput.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ conrmsd_nm │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -92342,20 +92252,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mdgpugraph.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ parrinellorahman.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - settle.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - settle.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settletestdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settletestdata.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -92378,20 +92282,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simulationsignal.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simulationsignal.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - updategroups.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - updategroups.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ updategroupscog.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ updategroupscog.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -92624,14 +92522,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ integrateVVFirstStep │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ integrateVVSecondStep │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + updategroups.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + updategroups.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ updategroups.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ updategroupscog.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -93344,14 +93248,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rvec5 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ t_disresdata │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + forcebuffers.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + forcebuffers.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ forcebuffers.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ forceoutput.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -93779,14 +93689,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ t_mdatoms │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mdrunoptions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + multipletimestepping.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + multipletimestepping.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ multipletimestepping.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nblist.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -93989,26 +93905,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ swaphistory_t │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enerdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - forcebuffers.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - forcebuffers.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - multipletimestepping.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - multipletimestepping.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ threaded_force_buffer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ threaded_force_buffer.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -94016,14 +93920,83 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ communicator.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ communicator_stub.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utilities.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_within_tol │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_numzero │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_int_multiply_for_overflow │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_feenableexcept │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fedisableexcept │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmxShouldEnableFPExceptions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utilities.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genQmmmIndices │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utilities.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + MathOptimization │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Safe │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Unsafe │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_within_tol │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_numzero │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_int_multiply_for_overflow │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_feenableexcept │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fedisableexcept │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmxShouldEnableFPExceptions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utilities.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftype_is_bonded_potential │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utilities.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genQmmmIndices │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ andersentemperaturecoupling.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ andersentemperaturecoupling.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -96275,55 +96248,55 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ spc27Box │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ spc27Coordinates │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - helpformat.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + helpformat.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - helpmanager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + helpformat.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - helpmanager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + helpformat.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helpmanager.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helptopic.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helptopic.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + helpwritercontext.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + helpwritercontext.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helpwritercontext.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ihelptopic.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rstparser.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rstparser.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - helpformat.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - helpformat.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - helpwritercontext.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + helpmanager.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - helpwritercontext.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + helpmanager.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mock_helptopic.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mock_helptopic.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -96350,19 +96323,19 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ behaviorcollection.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ behaviorcollection.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - filenameoptionmanager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + filenameoption.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - filenameoptionmanager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + filenameoption.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filenameoptionstorage.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ isectionstorage.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -96401,19 +96374,19 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ repeatingsection.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ abstractoptionstorage.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - filenameoption.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + filenameoptionmanager.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - filenameoption.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + filenameoptionmanager.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ option.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ repeatingsection.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -96740,14 +96713,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pbc_simd.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ set_pbc_simd │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pbcenums.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pbcenums.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pbcmethods.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calc_pbc_cluster │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ put_molecule_com_in_box │ │ │ │ │ │ @@ -96869,20 +96848,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ unshift_self │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mshift.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pbcenums.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pbcenums.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pull.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ c_pullGroupPbcMargin │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ c_pullGroupSmallGroupThreshold │ │ │ │ │ │ @@ -97031,164 +97004,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pull_print_output │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ initPullHistory │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Lock │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sc_isAngleType │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - registrationMutex │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - groupPbcFromParams │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_coordinate_is_directional │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_coordinate_units │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_conversion_factor_userinput2internal │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_conversion_factor_internal2userinput │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - apply_forces_grp_part │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - apply_forces_grp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - apply_forces_cyl_grp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - apply_forces_vec_torque │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - apply_forces_coord │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - max_pull_distance2 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - low_get_pull_coord_dr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_pull_coord_dr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - make_periodic_2pi │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sanitizePullCoordReferenceValue │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - updatePullCoordReferenceValue │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_dihedral_angle_coord │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_pull_coord_distance │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_pull_coord_deviation │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_pull_coord_value │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_pull_coord_value │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - clear_pull_forces │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_constraint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_virial_coord_dr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_virial_coord │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_pull_coord_scalar_force_and_potential │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calculateVectorForces │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - register_external_pull_potential │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_external_potential_registration │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - apply_external_pull_coord_force │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_pull_pot_coord │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_potential │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_apply_forces │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_constraint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dd_make_local_pull_groups │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_pull_group_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_pull │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - destroy_pull │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - preparePrevStepPullComNewSimulation │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - preparePrevStepPullCom │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - finish_pull │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_have_potential │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_have_constraint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_have_constraint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pull_internal.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ epgrppbcNONE │ │ │ │ │ │ @@ -97517,14 +97340,164 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ allocStatePrevStepPullCom │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ initPullComFromPrevStep │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Lock │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sc_isAngleType │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + registrationMutex │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + groupPbcFromParams │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_coordinate_is_directional │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_coordinate_units │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_conversion_factor_userinput2internal │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_conversion_factor_internal2userinput │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + apply_forces_grp_part │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + apply_forces_grp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + apply_forces_cyl_grp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + apply_forces_vec_torque │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + apply_forces_coord │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + max_pull_distance2 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + low_get_pull_coord_dr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_pull_coord_dr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + make_periodic_2pi │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sanitizePullCoordReferenceValue │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + updatePullCoordReferenceValue │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_dihedral_angle_coord │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_pull_coord_distance │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_pull_coord_deviation │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_pull_coord_value │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_pull_coord_value │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + clear_pull_forces │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_constraint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_virial_coord_dr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_virial_coord │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_pull_coord_scalar_force_and_potential │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calculateVectorForces │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + register_external_pull_potential │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_external_potential_registration │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + apply_external_pull_coord_force │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_pull_pot_coord │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_potential │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_apply_forces │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_constraint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dd_make_local_pull_groups │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_pull_group_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_pull │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + destroy_pull │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + preparePrevStepPullComNewSimulation │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + preparePrevStepPullCom │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + finish_pull │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_have_potential │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_have_constraint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_have_constraint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ transformationcoordinate.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ transformationcoordinate.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -98057,14 +98030,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ _gmx_sel_mempool_alloc_group │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ _gmx_sel_mempool_free_group │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nbsearch.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nbsearch.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ params.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_ana_selparam_find │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert_value │ │ │ │ │ │ @@ -98591,20 +98570,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selectionfileoption.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selectionfileoptionstorage.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - selectionoption.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - selectionoption.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selectionoptionbehavior.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selectionoptionmanager.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -99830,20 +99803,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_ana_indexmap_deinit │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ indexutil.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nbsearch.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nbsearch.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ poscalc.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ index_type_for_poscalc │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ set_poscalc_maxindex │ │ │ │ │ │ @@ -99890,14 +99857,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selectioncollection.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selectioncollection.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + selectionoption.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + selectionoption.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ toputils.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ toputils.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -100058,14 +100031,50 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ scalar_math.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ scalar_util.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simd_math.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simd_memory.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + vector_operations.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + base.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + base.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + GMX_SIMD_ACCURACY_BITS_REAL │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bootstrap_loadstore.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + data.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scalar.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scalar_math.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scalar_util.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simd.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_SIMD_HAVE_REAL │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_SIMD_REAL_WIDTH │ │ │ │ │ │ @@ -100106,50 +100115,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_SIMD4N_REAL_WIDTH │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simd_math.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simd_memory.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - vector_operations.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - base.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - base.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - GMX_SIMD_ACCURACY_BITS_REAL │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bootstrap_loadstore.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - data.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scalar.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scalar_math.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scalar_util.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simd.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd4.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd4.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -101456,14 +101429,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ print_runtime_info │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert_tpr.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_dd_grid_pdb │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_dd_pdb │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eneconv.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ TIME_EXPLICIT │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ TIME_CONTINUE │ │ │ │ │ │ @@ -101615,26 +101600,35 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pme_error.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_pme_error │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - report_methods.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - report_methods.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ report_methods.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert-tpr.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_dd_grid_pdb │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_dd_pdb │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helpwriting.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helpwriting.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -101738,14 +101732,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_make_ndx │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ make_ndx.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + report_methods.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + report_methods.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trjconv.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trjconv.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NPA │ │ │ │ │ │ @@ -102305,14 +102305,86 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_mtop_bondeds_free_energy │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sort_ilist_fe │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + index.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + t_gmx_help_make_index_group │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ask_yesno │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + grp_cmp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + printMoleculeCategoryResidueCounts │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mk_aid │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + analyse_other │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + analyse_prot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + analyse │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + minstring │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + indexGroupName │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + indexGroupName │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + findGroupTemplated │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + find_group │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + find_group │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + qgroup │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rd_groups │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rd_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cluster_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + index.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ invblock.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ make_invblock │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -102545,86 +102617,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ exclusionblocks.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ exclusionblocks.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - index.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - t_gmx_help_make_index_group │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ask_yesno │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - grp_cmp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - printMoleculeCategoryResidueCounts │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mk_aid │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - analyse_other │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - analyse_prot │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - analyse │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - minstring │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - indexGroupName │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - indexGroupName │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - findGroupTemplated │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - find_group │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - find_group │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - qgroup │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rd_groups │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rd_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cluster_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - index.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mtop.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ symtab.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ c_trimSize │ │ │ │ │ │ @@ -102671,14 +102671,32 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_symtab │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ symtab.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + topsort.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + topsort.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ip_pert │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + hasPerturbedCharge │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_mtop_bondeds_free_energy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_sort_ilist_fe │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ topology.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ shortName │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_mtop_maxresnr │ │ │ │ │ │ @@ -102767,32 +102785,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ getGroupType │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ copy_moltype │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - topsort.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - topsort.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ip_pert │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - hasPerturbedCharge │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_mtop_bondeds_free_energy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_sort_ilist_fe │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energyframe.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energyframe.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -103082,14 +103082,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ topologyinformation.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ topologyinformation.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + alignedallocator.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + alignedallocator.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ any.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ basenetwork.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_mpi_initialized │ │ │ │ │ │ @@ -103436,74 +103442,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_abort │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ binaryinformation.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_bitmask_t │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_clear │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_set_bit │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_init_bit │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_init_low_bits │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_is_set │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_is_disjoint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_is_equal │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_is_zero │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_union │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - to_hex_string │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - to_hex_string │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - to_hex_string │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_CLASSNAME_ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_CLASSNAME │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_TEST_P_ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_TEST_P │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ booltype.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compare.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ equal_real │ │ │ │ │ │ @@ -103940,14 +103886,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ typetraits.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ init.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + inmemoryserializer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + inmemoryserializer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ int64_to_int.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ int64_to_int │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -104069,26 +104021,80 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_format_current_time │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_set_nice │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - alignedallocator.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - alignedallocator.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ alignedallocator_impl.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ arrayref.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_bitmask_t │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_clear │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_set_bit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_init_bit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_init_low_bits │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_is_set │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_is_disjoint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_is_equal │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_is_zero │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_union │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + to_hex_string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + to_hex_string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + to_hex_string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_CLASSNAME_ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_CLASSNAME │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_TEST_P_ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_TEST_P │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ bitmask128.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -104177,20 +104183,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enumerationhelpers.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fixedcapacityvector.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - inmemoryserializer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - inmemoryserializer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ keyvaluetreeserializer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ SERIALIZER │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/manual-2024.4-Debian_2024.4_1.pdf │ │ │ │ ├── pdftotext {} - │ │ │ │ │ @@ -17645,15 +17645,15 @@ │ │ │ │ │ Dimitrios Karkoulis, Peter Kasson, Sebastian Kehl, Sebastian Keller, Jiri Kraus, Per Larsson, Viveca Lindahl, │ │ │ │ │ Erik Marklund, Pieter Meulenhoff, Teemu Murtola, Sander Pronk, Michael Shirts, Alfons Sijbers, Balint Soproni, David van der Spoel, Peter Tieleman, Carsten Uphoff, Jon Vincent, Teemu Virolainen, Christian Wennberg, │ │ │ │ │ Maarten Wolf, Artem Zhmurov │ │ │ │ │ Project leaders: Berk Hess, Erik Lindahl │ │ │ │ │ © 1991 – 2000: │ │ │ │ │ Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen. Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, │ │ │ │ │ The Netherlands. │ │ │ │ │ -© 2001 – 2024: │ │ │ │ │ +© 2001 – 2026: │ │ │ │ │ The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology and Uppsala University, │ │ │ │ │ Sweden. │ │ │ │ │ This manual is not complete and has no pretension to be so due to lack of time of the contributors – our first │ │ │ │ │ priority is to improve the software. It is worked on continuously, which in some cases might mean the information │ │ │ │ │ is not entirely correct. │ │ │ │ │ Comments on form and content are welcome, please send them to the user discussion forum or the developer │ │ │ │ │ discussion forum (see our webpage or this section on how to contribute (page 621)), or open an issue on our issue │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/reference-manual/preface.html │ │ │ │ @@ -4353,15 +4353,15 @@ │ │ │ │ 00011000: 656d 6973 7472 792c 2055 6e69 7665 7273 emistry, Univers │ │ │ │ 00011010: 6974 7920 6f66 2047 726f 6e69 6e67 656e ity of Groningen │ │ │ │ 00011020: 2e0a 4e69 6a65 6e62 6f72 6768 2034 2c20 ..Nijenborgh 4, │ │ │ │ 00011030: 3937 3437 2041 4720 4772 6f6e 696e 6765 9747 AG Groninge │ │ │ │ 00011040: 6e2c 2054 6865 204e 6574 6865 726c 616e n, The Netherlan │ │ │ │ 00011050: 6473 2e3c 2f70 3e0a 3c2f 6469 763e 3c2f ds.

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. │ │ │ │ -00011070: a920 3230 3031 20e2 8093 2032 3032 343a . 2001 ... 2024: │ │ │ │ +00011070: a920 3230 3031 20e2 8093 2032 3032 363a . 2001 ... 2026: │ │ │ │ 00011080: 3c2f 703e 0a3c 626c 6f63 6b71 756f 7465

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The GR │ │ │ │ 000110a0: 4f4d 4143 5320 6465 7665 6c6f 706d 656e OMACS developmen │ │ │ │ 000110b0: 7420 7465 616d 7320 6174 2074 6865 2052 t teams at the R │ │ │ │ 000110c0: 6f79 616c 2049 6e73 7469 7475 7465 206f oyal Institute o │ │ │ │ 000110d0: 6620 5465 6368 6e6f 6c6f 6779 2061 6e64 f Technology and │ │ │ │ 000110e0: 0a55 7070 7361 6c61 2055 6e69 7665 7273 .Uppsala Univers │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -442,15 +442,15 @@ │ │ │ │ │ Pieter Meulenhoff, Teemu Murtola, Sander Pronk, Michael Shirts, Alfons Sijbers, │ │ │ │ │ Balint Soproni, David van der Spoel, Peter Tieleman, Carsten Uphoff, Jon │ │ │ │ │ Vincent, Teemu Virolainen, Christian Wennberg, Maarten Wolf, Artem Zhmurov │ │ │ │ │ Project leaders: Berk Hess, Erik Lindahl │ │ │ │ │ © 1991 – 2000: │ │ │ │ │ Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen. │ │ │ │ │ Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, The Netherlands. │ │ │ │ │ -© 2001 – 2024: │ │ │ │ │ +© 2001 – 2026: │ │ │ │ │ The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology │ │ │ │ │ and Uppsala University, Sweden. │ │ │ │ │ This manual is not complete and has no pretension to be so due to lack of time │ │ │ │ │ of the contributors – our first priority is to improve the software. It is │ │ │ │ │ worked on continuously, which in some cases might mean the information is not │ │ │ │ │ entirely correct. │ │ │ │ │ Comments on form and content are welcome, please send them to the _u_s_e_r │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/searchindex.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -10871,15 +10871,15 @@ │ │ │ │ │ "2019": [31, 39, 194, 205, 238, 239, 240, 241, 258, 264, 265, 266, 267, 268, 281, 293, 357], │ │ │ │ │ "2020": [4, 11, 15, 17, 29, 39, 194, 254, 274, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 310, 334, 357], │ │ │ │ │ "2021": [39, 194, 265, 268, 269, 290, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 310, 325, 357], │ │ │ │ │ "2022": [0, 17, 28, 29, 39, 270, 284, 285, 306, 312, 313, 314, 315, 316, 317, 326, 357], │ │ │ │ │ "2023": [38, 39, 123, 194, 286, 300, 301, 322, 328, 329, 330, 331, 357], │ │ │ │ │ "2024": [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 268, 269, 270, 271, 272, 273, 274, 275, 276, 277, 278, 279, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308, 309, 310, 311, 312, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 332, 333, 335, 336, 337, 338, 339, 340, 341, 343, 344, 345, 346, 347, 348, 349, 350, 351, 352, 353, 354, 355, 356, 357, 358, 359, 360, 361], │ │ │ │ │ "2025": [222, 342], │ │ │ │ │ - "2026": 248, │ │ │ │ │ + "2026": [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 268, 269, 270, 271, 272, 273, 274, 275, 276, 277, 278, 279, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308, 309, 310, 311, 312, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337, 338, 339, 340, 341, 342, 343, 344, 345, 346, 347, 348, 349, 350, 351, 352, 353, 354, 355, 356, 357, 358, 359, 360, 361], │ │ │ │ │ "2027": 248, │ │ │ │ │ "2028": 248, │ │ │ │ │ "2029": 222, │ │ │ │ │ "2031": 241, │ │ │ │ │ "2032": [50, 194, 241], │ │ │ │ │ "2033": 222, │ │ │ │ │ "2037": [222, 238, 249],