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+00026bb0: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ │ +00026bc0: 5f74 6573 7475 7469 6c73 2623 3435 3b26 _testutils-& │ │ │ │ +00026bd0: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ │ +00026be0: 6f6d 6163 735f 6770 755f 7574 696c 733c omacs_gpu_utils< │ │ │ │ +00026bf0: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>..... │ │ │ │ +00026d50: 3c2f 7376 673e 0a . │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/page_modulegraph.xhtml │ │ │ │ @@ -74,15 +74,15 @@ │ │ │ │ │ │ │ │

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Module dependency graph
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The graph below shows the dependencies between the source code modules, computed from include statements in the code. For documented modules (those that do not have a gray background), clicking on the module takes you to the module documentation. Legend for the graph can be found below the graph.

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│ │ │ │ Legend

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The graph below annotates the colors and line styles used in the module dependency graph above. More detailed textual annotation is below the graph.

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Node colors:

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gray background
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_10.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -105,16 +105,16 @@ │ │ │ │ │ ['makeperturbedlj14params_74', ['makePerturbedLJ14Params', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02topsort_8cpp_03.xhtml#a219912ab4897d2bd79841029e509036f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{topsort.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['makeplan_75', ['makePlan', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02gpu__3dfft__sycl__rocfft_8cpp_03.xhtml#aac2d74bc36d942b818b853a7a2fe0819', 1, 'gmx::anonymous_namespace{gpu_3dfft_sycl_rocfft.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['makepreprocessoroptions_76', ['makePreprocessorOptions', ['../ocl__compiler_8cpp.xhtml#a153ca6bd9b7d0c8003b267169ab0b0e1', 1, 'gmx::ocl']]], │ │ │ │ │ ['makeprogramfromcache_77', ['makeProgramFromCache', ['../ocl__caching_8cpp.xhtml#a9f9b1fc653bcb02f7f46e5bd6bb2f05d', 1, 'gmx::ocl']]], │ │ │ │ │ ['makerandomseed_78', ['makeRandomSeed', ['../namespacegmx.xhtml#a36cfc66dfee3ab6a934e04486bbf05e6', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['makerandomseedinternal_79', ['makeRandomSeedInternal', ['../namespacegmx.xhtml#ab08f1195b83d7128d3c4000aa22ba0e8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['makerealstrides_80', ['makeRealStrides', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02gpu__3dfft__sycl__rocfft_8cpp_03.xhtml#a0c29c98856bc6245820f6bd5ca830bba', 1, 'gmx::anonymous_namespace{gpu_3dfft_sycl_rocfft.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['makerefdatafilename_81', ['makerefdatafilename', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a186c4a54149691e05141d4bd2355a861', 1, 'gmx::test::makeRefDataFileName()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03.xhtml#af070fa4b5e37706561c293db35d39f1f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::makeRefDataFileName()'] │ │ │ │ │ + ['makerefdatafilename_81', ['makerefdatafilename', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03.xhtml#af070fa4b5e37706561c293db35d39f1f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::makeRefDataFileName()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a186c4a54149691e05141d4bd2355a861', 1, 'gmx::test::makeRefDataFileName()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['makereffrompointer_82', ['makeRefFromPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a0c88c8ee70d81b75a8377ee38ed659b9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['makervecarray_83', ['makeRvecArray', ['../state_8h.xhtml#aa69dfdec392ef5ac146b0b4f508ee9d9', 1, 'state.cpp']]], │ │ │ │ │ ['makesimpletopology_84', ['makeSimpleTopology', ['../classanonymous__namespace_02indexutil_8cpp_03_1_1IndexBlockTest.xhtml#ae2a783ea7f644aec26c5c36688e73c0b', 1, 'anonymous_namespace{indexutil.cpp}::IndexBlockTest']]], │ │ │ │ │ ['makesimulationinput_85', ['makeSimulationInput', ['../group__module__mdrun.xhtml#gae18c40e552af59d3ac816c1b943a57bc', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['makesolvekernel_86', ['makeSolveKernel', ['../pme__solve__sycl_8cpp.xhtml#a64e706e97c6587265b3b42ceace902ce', 1, 'pme_solve_sycl.cpp']]], │ │ │ │ │ ['makespreadkernel_87', ['makeSpreadKernel', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02densityfittingforceprovider_8cpp_03.xhtml#a71d9cb1e033ddafcc72c5c7285386360', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfittingforceprovider.cpp}']]], │ │ │ │ │ @@ -127,17 +127,17 @@ │ │ │ │ │ ['makeunperturbedlj14params_94', ['makeUnperturbedLJ14Params', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02topsort_8cpp_03.xhtml#a1a653dc65c6030e9a3825cf07c884f22', 1, 'gmx::anonymous_namespace{topsort.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['makeupdategroupingspermoleculetype_95', ['makeupdategroupingspermoleculetype', ['../namespacegmx.xhtml#aa51b331e6dc5454e57b96838b2d503af', 1, 'gmx::makeUpdateGroupingsPerMoleculeType(const gmx_moltype_t &moltype, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparams)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a716fe4766d0dbb653552d9287feb563f', 1, 'gmx::makeUpdateGroupingsPerMoleculeType(const gmx_mtop_t &mtop)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['makeupdategroups_96', ['makeUpdateGroups', ['../namespacegmx.xhtml#a2dc1261c727390c49373b57c3581f1af', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['makevendorflavorchoice_97', ['makeVendorFlavorChoice', ['../ocl__compiler_8cpp.xhtml#ab7da5ff7c4af27a4a1789dbd342a8966', 1, 'gmx::ocl']]], │ │ │ │ │ ['makevirtualsiteshandler_98', ['makeVirtualSitesHandler', ['../namespacegmx.xhtml#ad59dd2687a751a26481a0a774f51146a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['malloc_99', ['malloc', ['../classgmx_1_1PageAlignedAllocationPolicy.xhtml#aefa29138219cff2f879abf3e92d2aa20', 1, 'gmx::PageAlignedAllocationPolicy::malloc()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#abea041287228e8b33c288bd9b3713b6c', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy::malloc()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AlignedAllocationPolicy.xhtml#ae8815b9093593a20638c4071395a1ca6', 1, 'gmx::AlignedAllocationPolicy::malloc()'] │ │ │ │ │ + ['malloc_99', ['malloc', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#abea041287228e8b33c288bd9b3713b6c', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy::malloc()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AlignedAllocationPolicy.xhtml#ae8815b9093593a20638c4071395a1ca6', 1, 'gmx::AlignedAllocationPolicy::malloc()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PageAlignedAllocationPolicy.xhtml#aefa29138219cff2f879abf3e92d2aa20', 1, 'gmx::PageAlignedAllocationPolicy::malloc()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mallocimpl_100', ['mallocImpl', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02alignedallocator_8cpp_03.xhtml#a824a99e0446104045db4c13ac052f953', 1, 'gmx::anonymous_namespace{alignedallocator.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['manage_5fthreading_2ecpp_101', ['manage_threading.cpp', ['../manage__threading_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['manage_5fthreading_2eh_102', ['manage_threading.h', ['../manage__threading_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['managedevelopmentfeatures_103', ['manageDevelopmentFeatures', ['../namespacegmx.xhtml#a4543c745531b85d84f1da8d06d1b82a8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['managegeneratedoutputfile_104', ['manageGeneratedOutputFile', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileManager.xhtml#af0ffc0ec6e12b37178c20f775d58c10f', 1, 'gmx::test::TestFileManager']]], │ │ │ │ │ ['management_105', ['Data management', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md39', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -152,35 +152,35 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#a83daffc3bbc78602b537d5968aa89fb2', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::managers_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['managesyncwithppcoordinatesendergpu_111', ['manageSyncWithPpCoordinateSenderGpu', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#accf882be0b30fca6ededabd9470cfbc7', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['manualoutputfile_112', ['ManualOutputFile', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02extract__cluster_8cpp_03_1_1ManualOutputFile.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{extract_cluster.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['many_5fauto_5fcorrel_113', ['many_auto_correl', ['../manyautocorrelation_8h.xhtml#ad3b9966ff6279f6316c3c898e31f0dee', 1, 'many_auto_correl(std::vector< std::vector< real > > *c): manyautocorrelation.cpp'], │ │ │ │ │ ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml#ad3b9966ff6279f6316c3c898e31f0dee', 1, 'many_auto_correl(std::vector< std::vector< real > > *c): manyautocorrelation.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['many_5fcross_5fcorr_114', ['many_cross_corr', ['../crosscorr_8h.xhtml#a953d512f8171310c10a4d0f4121d1a33', 1, 'many_cross_corr(int nFunc, int *nData, real **f, real **g, real **corr): crosscorr.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../crosscorr_8cpp.xhtml#a953d512f8171310c10a4d0f4121d1a33', 1, 'many_cross_corr(int nFunc, int *nData, real **f, real **g, real **corr): crosscorr.cpp'] │ │ │ │ │ + ['many_5fcross_5fcorr_114', ['many_cross_corr', ['../crosscorr_8cpp.xhtml#a953d512f8171310c10a4d0f4121d1a33', 1, 'many_cross_corr(int nFunc, int *nData, real **f, real **g, real **corr): crosscorr.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../crosscorr_8h.xhtml#a953d512f8171310c10a4d0f4121d1a33', 1, 'many_cross_corr(int nFunc, int *nData, real **f, real **g, real **corr): crosscorr.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['manyautocorrelation_2ecpp_115', ['manyautocorrelation.cpp', ['../tests_2manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['manyautocorrelation_2ecpp_115', ['manyautocorrelation.cpp', ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['manyautocorrelation_2eh_116', ['manyautocorrelation.h', ['../manyautocorrelation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['map_117', ['map', ['../structt__matrix.xhtml#a4cfcb489019e79bf56990ce36cefe00f', 1, 't_matrix']]], │ │ │ │ │ ['mapb_118', ['mapb', ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#aabf74268915bc1a13aaaa95c236d5e08', 1, 'gmx_ana_indexmap_t']]], │ │ │ │ │ ['mapconstiterator_119', ['MapConstIterator', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a5b3ca67a8497cc2cf77f3c0da771fa95', 1, 'gmx::EnergyFrame']]], │ │ │ │ │ ['mapgridtodatagrid_120', ['mapGridToDataGrid', ['../namespacegmx.xhtml#ad49aba237e75034450c40885fccde22c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mapid_121', ['mapid', ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#a2675a18d204f864f94da0d616c115884', 1, 'gmx_ana_indexmap_t']]], │ │ │ │ │ ['mappedid_122', ['mappedId', ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a9b2a183cd94c03a9aabe10c89e73648b', 1, 'gmx::SelectionPosition']]], │ │ │ │ │ ['mappedids_123', ['mappedIds', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a44d2c2cd4db4eade34cac95f5916a2a0', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ │ ['mappedunionfinder_124', ['MappedUnionFinder', ['../classgmx_1_1MappedUnionFinder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['mapping_125', ['mapping', ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#ad632683c77288c28df614ea7915917ce', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml', 1, 'gmx::layout_right::mapping< Extents >'], │ │ │ │ │ + ['mapping_125', ['mapping', ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#ad632683c77288c28df614ea7915917ce', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping(const mapping &) noexcept=default'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a7aa3312a770a6a3946d60a7e23cb2002', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping(const Extents &ext) noexcept'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a80905ecdaf35273d7f7c303e7d2ff909', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping() noexcept=default'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#afc7b2299be673f6d37d0a570e061da72', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping(mapping &&) noexcept=default'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a7aa3312a770a6a3946d60a7e23cb2002', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping(const Extents &ext) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a02c710cacde0166f1c5f4c67b9971cee', 1, 'gmx::basic_mdspan::mapping() const noexcept'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a02c710cacde0166f1c5f4c67b9971cee', 1, 'gmx::basic_mdspan::mapping()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml', 1, 'gmx::layout_right::mapping< Extents >'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mapping_5ftype_126', ['mapping_type', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a41c0126e07c9b922b4b838b578af7888', 1, 'gmx::basic_mdspan']]], │ │ │ │ │ ['maptoframeatoms_5f_127', ['mapToFrameAtoms_', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection_1_1Impl.xhtml#a028b638ac6bf4c5c76f4c78819d94cff', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::Impl']]], │ │ │ │ │ ['maptype_128', ['MapType', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#ae7cbc6aabfeacd2447563d8f137045f4', 1, 'gmx::EnergyFrame']]], │ │ │ │ │ ['mark_5fsubexpr_5fdynamic_129', ['mark_subexpr_dynamic', ['../compiler_8cpp.xhtml#a2ce676e6caff3877910cd9cfc27cb955', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['mark_5fsurface_5fcovered_130', ['mark_surface_covered', ['../sm__insolidangle_8cpp.xhtml#ad016ba6ae3e4a77948222f08f4004e4f', 1, 'sm_insolidangle.cpp']]], │ │ │ │ │ ['markasreadytoreduce_131', ['markAsReadyToReduce', ['../classgmx_1_1ObservablesReducer.xhtml#aa76fb912aca1c30275e567685626f515', 1, 'gmx::ObservablesReducer']]], │ │ │ │ │ @@ -734,16 +734,16 @@ │ │ │ │ │ ['mpisetupvalid_457', ['mpiSetupValid', ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#aed91522d2a8bd6ddc44d716a07ed6a07', 1, 'gmx::test::MultiSimTest']]], │ │ │ │ │ ['mpitest_2ecpp_458', ['mpitest.cpp', ['../mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mpitest_2eh_459', ['mpitest.h', ['../mpitest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mrcdatamode_460', ['MrcDataMode', ['../namespacegmx.xhtml#a4355a7e0f393d42cbb5b2a47aefea966', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mrcdatastatistics_461', ['MrcDataStatistics', ['../structgmx_1_1MrcDataStatistics.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['mrcdensitymap_2ecpp_462', ['mrcdensitymap.cpp', ['../mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mrcdensitymap_2ecpp_462', ['mrcdensitymap.cpp', ['../tests_2mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymap_2eh_463', ['mrcdensitymap.h', ['../mrcdensitymap_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_464', ['MrcDensityMapHeader', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_2ecpp_465', ['mrcdensitymapheader.cpp', ['../tests_2mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_2eh_466', ['mrcdensitymapheader.h', ['../mrcdensitymapheader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_11.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -460,63 +460,63 @@ │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#abab20f57d9df210c6b3f6384c54f7212a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aa9e7df55e017bd726d027d65551bbd0ca6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'None: pme.h'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aab37976982b986b87613d521381fcb6aa334c4a4c42fdb79d7ebc3e73b517e6f8', 1, 'gmx::none'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nonexistent_286', ['Nonexistent', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888a4ae5e9809862b352a35922a5bcb1bdf3', 1, 'device_information.h']]], │ │ │ │ │ ['nonfunctional_287', ['NonFunctional', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888a836c1376187303303ffb10b26f2a4422', 1, 'device_information.h']]], │ │ │ │ │ - ['nonlinear_288', ['nonlinear', ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::NonLinear'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::NonLinear'] │ │ │ │ │ + ['nonlinear_288', ['nonlinear', ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::NonLinear'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::NonLinear'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nonlocal_289', ['nonlocal', ['../namespacegmx.xhtml#a84de1dccdfb142b80c42b0b19f8c6548aedf6f2af1e5ce85c8f9ff667192169d0', 1, 'gmx::NonLocal'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a8593d10460a38e0d418692d63f962521aedf6f2af1e5ce85c8f9ff667192169d0', 1, 'gmx::NonLocal'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nonlocal_5fdone_290', ['nonlocal_done', ['../structNbnxmGpu.xhtml#a7c7aea1f8edd8460d24b4a36d07f1984', 1, 'NbnxmGpu']]], │ │ │ │ │ ['nooptionaloutput_291', ['NoOptionalOutput', ['../classgmx_1_1test_1_1NoOptionalOutput.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['nopbcjumps_292', ['NoPBCJumps', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a3c9450d09d1b92477398f1a26bbb11bf', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['norder_293', ['nOrder', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a916d6e0a08223001ef38a5b74043ab38', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ - ['norm_294', ['norm', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#aad63bfd2384a9d1f876b925ee95de1dc', 1, 'gmx::BasicVector::norm()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ac4968e669f258a20e94e885b49ef2934', 1, 'gmx::norm(BasicVector< ValueType > v)'], │ │ │ │ │ + ['norm_294', ['norm', ['../namespacegmx.xhtml#ac4968e669f258a20e94e885b49ef2934', 1, 'gmx::norm()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#aad63bfd2384a9d1f876b925ee95de1dc', 1, 'gmx::BasicVector::norm()'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#abfc89b990a48f86125d9437b6050be46', 1, 'gmx::norm(T *v)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['norm2_295', ['norm2', ['../namespacegmx.xhtml#a9e1713a0b402535e1f59ebd7cf4d1b5b', 1, 'gmx::norm2()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#aac10162bd5e4aeae070a245d55404164', 1, 'gmx::BasicVector::norm2()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['norm_5fand_5fscale_5fvectors_296', ['norm_and_scale_vectors', ['../autocorr_8cpp.xhtml#ae225e0667d9a6856ba697f31ecc40ade', 1, 'autocorr.cpp']]], │ │ │ │ │ ['normal_297', ['Normal', ['../device__stream_8h.xhtml#a745c3a25d092600ae45b68d7e73d8319a960b44c579bc2f6818d2daaf9e4c16f0', 1, 'device_stream.h']]], │ │ │ │ │ - ['normaldistribution_298', ['normaldistribution', ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a06215348b437434202cda73d44de8c99', 1, 'gmx::NormalDistribution::NormalDistribution(const param_type &param)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a96caccdbb3d6390fcb152f6f6a38a2e1', 1, 'gmx::NormalDistribution::NormalDistribution(result_type mean=0.0, result_type stddev=1.0)'], │ │ │ │ │ + ['normaldistribution_298', ['normaldistribution', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a473f1363f6af80b169a66c49e0806794', 1, 'UmbrellaOptions::normalDistribution'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a96caccdbb3d6390fcb152f6f6a38a2e1', 1, 'gmx::NormalDistribution::NormalDistribution()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml', 1, 'gmx::NormalDistribution< RealType >'], │ │ │ │ │ - ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a473f1363f6af80b169a66c49e0806794', 1, 'UmbrellaOptions::normalDistribution'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a06215348b437434202cda73d44de8c99', 1, 'gmx::NormalDistribution::NormalDistribution()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['normaldistribution_2ecpp_299', ['normaldistribution.cpp', ['../normaldistribution_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['normaldistribution_2eh_300', ['normaldistribution.h', ['../normaldistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['normalization_301', ['normalization', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#ga8dc818a96d0962c8bcb8f3c080d565c8', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::Normalization'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440b', 1, 'gmx::Normalization'] │ │ │ │ │ + ['normalization_301', ['normalization', ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440b', 1, 'gmx::Normalization'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#ga8dc818a96d0962c8bcb8f3c080d565c8', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::Normalization'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['normalizationtype_5f_302', ['normalizationType_', ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml#a13a7cdfa3b51a59d927b3a6dc101bb48', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock']]], │ │ │ │ │ ['normalizationvalue_5f_303', ['normalizationValue_', ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml#ad7c3727d885b1c8276f38bcb8d770dd4', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock']]], │ │ │ │ │ ['normalize_5facf_304', ['normalize_acf', ['../autocorr_8cpp.xhtml#a415d5aa1ec90e0366c9754df28f3e180', 1, 'autocorr.cpp']]], │ │ │ │ │ ['normalizeblock_305', ['normalizeBlock', ['../namespacegmx.xhtml#a70bac9d01a06d35dc45d86a6bdba4f06', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['normalizedensities_5f_306', ['normalizeDensities_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#a108b0f7f69ade1010f60a941430e1434', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]], │ │ │ │ │ ['normalizefreeenergyandpmfsum_307', ['normalizefreeenergyandpmfsum', ['../namespacegmx.xhtml#ac1a9213632dd1a11d0ad5eb64eb211cc', 1, 'gmx::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a9734176eb05174d67c84c4f6c1d44a6d', 1, 'gmx::PointState::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['normalizeprobability_308', ['normalizeProbability', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#abc1ff464523654b5de9dd88ee7c036b4', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ │ ['normalizereferencedensity_309', ['normalizeReferenceDensity', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#aba089e24c17d4a809955ccb7fbcadd74', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup']]], │ │ │ │ │ ['normalizesumpositivevaluestounity_310', ['normalizeSumPositiveValuesToUnity', ['../namespacegmx.xhtml#a327f10cbb6dad34a7a108b93d3f5d4e1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['normalizevalue_311', ['normalizevalue', ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#a714ef64c0797beedd1ffe8193b7b35a8', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::normalizeValue()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a7b800b3a96308ce591b6ae34cf5817b6', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::normalizeValue()'] │ │ │ │ │ + ['normalizevalue_311', ['normalizevalue', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a7b800b3a96308ce591b6ae34cf5817b6', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::normalizeValue()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#a714ef64c0797beedd1ffe8193b7b35a8', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::normalizeValue()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['normalizevalues_312', ['normalizevalues', ['../classanonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a41d05ec823b0c59328fe0272416509cf', 1, 'anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#afa99b6a8d6f5e06151d7f3b0f8817cfa', 1, 'gmx::OptionInfo::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a238bb8bb4773156da77fc2828453773e', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ + ['normalizevalues_312', ['normalizevalues', ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#afa99b6a8d6f5e06151d7f3b0f8817cfa', 1, 'gmx::OptionInfo::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml#acfb88582bb18c5a1876b8299e3097bc3', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionStorage.xhtml#a3ae5bffb43f83750b8784665cafed6c2', 1, 'gmx::SelectionFileOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a24fb31501a4f2bcc6b4f8f4308b9737c', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::normalizeValues()'] │ │ │ │ │ + ['../classanonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a41d05ec823b0c59328fe0272416509cf', 1, 'anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a24fb31501a4f2bcc6b4f8f4308b9737c', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a238bb8bb4773156da77fc2828453773e', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::normalizeValues()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['normalmodes_2ecpp_313', ['normalmodes.cpp', ['../normalmodes_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['normalmodestest_314', ['NormalModesTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02normalmodes_8cpp_03_1_1NormalModesTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{normalmodes.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['nosehoover_5fvxi_315', ['nosehoover_vxi', ['../classt__state.xhtml#a349969aa77c689a1aa3d2a3f903ad2b3', 1, 't_state::nosehoover_vxi'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a6af6f95f1d4a30e290f6b724f0a313af', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nosehoover_vxi'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nosehoover_5fxi_316', ['nosehoover_xi', ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a611790ef9fc3907feed3c81b1c29b1db', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nosehoover_xi'], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_12.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -535,53 +535,53 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Options.xhtml', 1, 'gmx::Options'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['options_20options_174', ['Extensible Handling of Options (options)', ['../group__module__options.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['options_2ecpp_175', ['options.cpp', ['../options_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['options_2eh_176', ['options.h', ['../api_2legacy_2include_2gromacs_2options_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../src_2gromacs_2domdec_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['options_5f_177', ['options_', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter_1_1Impl.xhtml#a9baa833f1ccfd071e838765eb5de135e', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::Impl::options_'], │ │ │ │ │ + ['options_5f_177', ['options_', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a82e46f05bb9b7b80b013b6c614089228', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::options_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter_1_1Impl.xhtml#a9baa833f1ccfd071e838765eb5de135e', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::Impl::options_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1FlagTest.xhtml#af80844cb3a58c500effbefef505aab8b', 1, 'gmx::test::FlagTest::options_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a461bcb33bd4d0aed73b9a02f46963ba4', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::options_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#aa0b581c60a66865d20e59c0b7734729c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::options_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#a292a0c6cfed7148f01a99b95d8f8d7f4', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl::options_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a82e46f05bb9b7b80b013b6c614089228', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::options_'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a461bcb33bd4d0aed73b9a02f46963ba4', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::options_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#aa0b581c60a66865d20e59c0b7734729c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::options_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['options_5fimpl_2eh_178', ['options_impl.h', ['../options__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['optionsadapter_179', ['optionsadapter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml#a1f9a304d7b9fb1e0ecf1e1241be78a04', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter::OptionsAdapter()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsassigner_180', ['optionsassigner', ['../classgmx_1_1Options.xhtml#a597cdff9412b378552b0419beb08fb2f', 1, 'gmx::Options::OptionsAssigner'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml', 1, 'gmx::OptionsAssigner'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a1ec73dc8457bd1a10e4542b0617aac2c', 1, 'gmx::OptionsAssigner::OptionsAssigner()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsassigner_2ecpp_181', ['optionsassigner.cpp', ['../tests_2optionsassigner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../optionsassigner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsassigner_2eh_182', ['optionsassigner.h', ['../optionsassigner_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['optionsbehaviorcollection_183', ['optionsbehaviorcollection', ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a74526a586cd629ef3cf99fea463e57f1', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::OptionsBehaviorCollection()'] │ │ │ │ │ + ['optionsbehaviorcollection_183', ['optionsbehaviorcollection', ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a74526a586cd629ef3cf99fea463e57f1', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::OptionsBehaviorCollection()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsbehaviorpointer_184', ['OptionsBehaviorPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a059233e5e29d17f821d7f56ef3faa7e4', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['optionsection_185', ['optionsection', ['../classgmx_1_1OptionSection.xhtml', 1, 'gmx::OptionSection'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionSection.xhtml#a74841a5d684ddb79e48ced3904fc87c2', 1, 'gmx::OptionSection::OptionSection()'] │ │ │ │ │ + ['optionsection_185', ['optionsection', ['../classgmx_1_1OptionSection.xhtml#a74841a5d684ddb79e48ced3904fc87c2', 1, 'gmx::OptionSection::OptionSection()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionSection.xhtml', 1, 'gmx::OptionSection'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsection_2eh_186', ['optionsection.h', ['../optionsection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['optionsectionhandle_187', ['optionsectionhandle', ['../classgmx_1_1OptionSectionHandle.xhtml', 1, 'gmx::OptionSectionHandle'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionSectionHandle.xhtml#a45e7721f3ce03848210e7ca441a14aac', 1, 'gmx::OptionSectionHandle::OptionSectionHandle()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['optionsectionimpl_188', ['optionsectionimpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#ad732e164448081e172643b2e192e1d68', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::OptionSectionImpl()'] │ │ │ │ │ + ['optionsectionimpl_188', ['optionsectionimpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#ad732e164448081e172643b2e192e1d68', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::OptionSectionImpl()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsfilter_189', ['optionsfilter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsFilter.xhtml#aacaefce8572e2ffc40493686194daf32', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsFilter::OptionsFilter()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsFilter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsFilter'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsfinished_190', ['optionsfinished', ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a39dbf3ae0c6cd27e41260525cdc81934', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ac18e2436bac7d70a0a973166150b3683', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#afa3457cc922f1d16c4c19cec740e0442', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ac18e2436bac7d70a0a973166150b3683', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IOptionsBehavior.xhtml#a0e51c68861417e488fcb2a61b425887a', 1, 'gmx::IOptionsBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml#a03b3e6895e314ca7ea90359ed0a3fedd', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#gad6e3bdf7096e4c88b9ff8cf4e1ad9739', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::Rdf::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a96e859a1f8ceb6bd4c430944a4f3faaa', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ICommandLineOptionsModule.xhtml#ace80320e3379cc01c79e52c2a51e4e56', 1, 'gmx::ICommandLineOptionsModule::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1Msd.xhtml#a0b40f3faf4d88711bbabac660aa3f597', 1, 'gmx::analysismodules::Msd::optionsFinished()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -603,16 +603,16 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsmodifyingtypevisitor_196', ['OptionsModifyingTypeVisitor', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingTypeVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionsmodifyingtypevisitor_3c_20floatingpointoptioninfo_20_3e_197', ['OptionsModifyingTypeVisitor< FloatingPointOptionInfo >', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingTypeVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionsmodifyingvisitor_198', ['OptionsModifyingVisitor', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionsmodulesettings_5f_199', ['optionsModuleSettings_', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings_1_1Impl.xhtml#aa30802598cfbc0bfa82a65579e47651a', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::Impl']]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_200', ['optionstoragetemplate', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate< T >'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a141155fc18064e65d14e23f2c26f8b6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const AbstractOption &settings, StorePointer store)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a979a7a8f2176df65f7ba26e52e67da6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const OptionTemplate< T, U > &settings, OptionFlags staticFlags=OptionFlags())'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a979a7a8f2176df65f7ba26e52e67da6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const OptionTemplate< T, U > &settings, OptionFlags staticFlags=OptionFlags())'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a141155fc18064e65d14e23f2c26f8b6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const AbstractOption &settings, StorePointer store)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_2eh_201', ['optionstoragetemplate.h', ['../optionstoragetemplate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20bool_20_3e_202', ['OptionStorageTemplate< bool >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20double_20_3e_203', ['OptionStorageTemplate< double >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20float_20_3e_204', ['OptionStorageTemplate< float >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20int_20_3e_205', ['OptionStorageTemplate< int >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20int64_5ft_20_3e_206', ['OptionStorageTemplate< int64_t >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -720,24 +720,24 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputadaptercontainer_2ecpp_282', ['outputadaptercontainer.cpp', ['../tests_2outputadaptercontainer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../outputadaptercontainer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputadaptercontainer_2eh_283', ['outputadaptercontainer.h', ['../outputadaptercontainer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['outputadapterpointer_284', ['OutputAdapterPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a931d7c3f10f668b68f3307c9a23aac82', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['outputadapters_2ecpp_285', ['outputadapters.cpp', ['../outputadapters_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['outputadapters_2eh_286', ['outputadapters.h', ['../outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['outputadapters_2eh_286', ['outputadapters.h', ['../tests_2outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputenv_5f_287', ['outputEnv_', ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml#aa1aa20355975f59f3a92ff3e3b6926e3', 1, 'gmx::SimulatorEnv']]], │ │ │ │ │ - ['outputfile_288', ['outputfile', ['../classOutputFile.xhtml#ac7a960d433c068b45d1a4d69db2afab4', 1, 'OutputFile::OutputFile()'], │ │ │ │ │ - ['../classOutputFile.xhtml', 1, 'OutputFile'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a80e635f1f2b0eac13821b49a09a16936', 1, 'gmx::FileNameOption::outputFile()'], │ │ │ │ │ + ['outputfile_288', ['outputfile', ['../structNbnxm_1_1KernelBenchOptions.xhtml#a214605a5677c2524264285417d0e4a6b', 1, 'Nbnxm::KernelBenchOptions::outputFile'], │ │ │ │ │ + ['../classOutputFile.xhtml#ac7a960d433c068b45d1a4d69db2afab4', 1, 'OutputFile::OutputFile()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a655c0f595a738d56078de302e756840d', 1, 'gmx::HelpWriterContext::outputFile()'], │ │ │ │ │ + ['../classOutputFile.xhtml', 1, 'OutputFile'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryFileOpener.xhtml#a95a59e0ec86cab7744c655097d17b211', 1, 'gmx::TrajectoryFileOpener::outputFile()'], │ │ │ │ │ - ['../structNbnxm_1_1KernelBenchOptions.xhtml#a214605a5677c2524264285417d0e4a6b', 1, 'Nbnxm::KernelBenchOptions::outputFile'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a80e635f1f2b0eac13821b49a09a16936', 1, 'gmx::FileNameOption::outputFile()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputfiles_289', ['outputFiles', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02handlerestart_8cpp_03_1_1StartingBehaviorHandler.xhtml#a9e9db68654dfa6a3ab2e55fc02a5457f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{handlerestart.cpp}::StartingBehaviorHandler']]], │ │ │ │ │ ['outputfiles_2ecpp_290', ['outputfiles.cpp', ['../outputfiles_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['outputfilestestparams_291', ['OutputFilesTestParams', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02outputfiles_8cpp_03.xhtml#a8a8f20526e2ec669992bc40c061b1045', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{outputfiles.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['outputfiletype_292', ['OutputFileType', ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a0d9fdb0da3e9c99ad58a3e02bcd01fbc', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['outputforces_293', ['outputForces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a52c053d2f484872840df51fd76eb07d1', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['outputformat_294', ['outputFormat', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a6a6f292ac89470c9070141d96ce46213', 1, 'gmx::HelpWriterContext']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_13.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -2,42 +2,42 @@ │ │ │ │ │ ['p_0', ['p', ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#af8e621e3296236f51d768438758b7cfe', 1, 'gmx_ana_poscalc_t::p'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selvalue__t.xhtml#a5ac7ec54e9c4bd24a4e1c525eb8ab996', 1, 'gmx_ana_selvalue_t::p'], │ │ │ │ │ ['../structt__methoddata__distance.xhtml#a4e60cc193bb2b70b0a199f573006cc2f', 1, 't_methoddata_distance::p'], │ │ │ │ │ ['../structpartition.xhtml#ae07c240cf01bfd862cd8233bb978e308', 1, 'partition::p'], │ │ │ │ │ ['../structt__methoddata__kweval.xhtml#a4652f5688fe92e8903f34b55572b6dd6', 1, 't_methoddata_kweval::p'], │ │ │ │ │ ['../structmethoddata__permute.xhtml#ab2ba3a38c146ec2ddf26bbade9938bdb', 1, 'methoddata_permute::p'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['p1_1', ['p1', ['../namespacegmx.xhtml#a6e4ce54343e36af1edaf514bd298959fa5f2b9323c39ee3c861a7b382d205c3d3', 1, 'gmx::P1'], │ │ │ │ │ - ['../structmethoddata__merge.xhtml#a4cfa6a26abef34e7898cb95313808995', 1, 'methoddata_merge::p1'] │ │ │ │ │ + ['p1_1', ['p1', ['../structmethoddata__merge.xhtml#a4cfa6a26abef34e7898cb95313808995', 1, 'methoddata_merge::p1'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a6e4ce54343e36af1edaf514bd298959fa5f2b9323c39ee3c861a7b382d205c3d3', 1, 'gmx::P1'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['p2_2', ['p2', ['../structmethoddata__merge.xhtml#a3b289de286d8a69f4d02910c3a246460', 1, 'methoddata_merge']]], │ │ │ │ │ ['package_3', ['Package', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Package.xhtml', 1, 'gmx::HardwareTopology']]], │ │ │ │ │ ['packageidinmachine_4', ['packageIdInMachine', ['../structgmx_1_1CpuInfo_1_1LogicalProcessor.xhtml#a4f9fa92734944301901b1dcd85093254', 1, 'gmx::CpuInfo::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ │ ['packagerankintopology_5', ['packageRankInTopology', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#a1b9ad69ea5aa8aca7f5595c889df2e7c', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ │ ['packages_6', ['packages', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Machine.xhtml#a74871628a052ed8f5cb82d2d53cd7c97', 1, 'gmx::HardwareTopology::Machine']]], │ │ │ │ │ ['packed_20j_20clusters_20of_20warps_7', ['of packed j clusters * # of warps', ['../structNbnxm_1_1gpu__plist.xhtml#autotoc_md108', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['packedboundingboxes_8', ['packedBoundingBoxes', ['../classNbnxm_1_1Grid.xhtml#a353b04469531e9ab020abdd48aa0e351', 1, 'Nbnxm::Grid']]], │ │ │ │ │ ['packedjclusterlist_9', ['PackedJClusterList', ['../classPackedJClusterList.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['packhaloexternal_10', ['PackHaloExternal', ['../classPackHaloExternal.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['packhalointernal_11', ['PackHaloInternal', ['../classPackHaloInternal.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paddedarrayref_12', ['paddedArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#af96cdc4e2ae79fc9e3de0a7ac3291b1f', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['paddedconstarrayref_13', ['paddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a3b87c53ddcde85eccd59b62fafc2fec3', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ - ['paddedhostvector_14', ['paddedhostvector', ['../state_8h.xhtml#ac8c51716c19f5f58463e856c19b39acb', 1, 'PaddedHostVector: state.h'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a5ec47a61b30ffcc249cc27ae5ea47da8', 1, 'gmx::PaddedHostVector'] │ │ │ │ │ + ['paddedhostvector_14', ['paddedhostvector', ['../namespacegmx.xhtml#a5ec47a61b30ffcc249cc27ae5ea47da8', 1, 'gmx::PaddedHostVector'], │ │ │ │ │ + ['../state_8h.xhtml#ac8c51716c19f5f58463e856c19b39acb', 1, 'PaddedHostVector: state.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['paddednumatomsincolumn_15', ['paddedNumAtomsInColumn', ['../classNbnxm_1_1Grid.xhtml#a95f443a30f4a01b8cb23197a95e51443', 1, 'Nbnxm::Grid']]], │ │ │ │ │ ['paddedsize_16', ['paddedSize', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#aa3d1b552af6106d1bb61426b4605add3', 1, 'gmx::PaddedVector']]], │ │ │ │ │ - ['paddedvector_17', ['paddedvector', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#ae8d292225db685d912d5be8f26d32d2d', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(size_type count, const allocator_type &allocator=Allocator())'], │ │ │ │ │ + ['paddedvector_17', ['paddedvector', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#aae517037a7e2a04806a72deffe661437', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(std::initializer_list< value_type > const &il)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#ae8d292225db685d912d5be8f26d32d2d', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(size_type count, const allocator_type &allocator=Allocator())'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx::PaddedVector< T, Allocator >'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#ac090f26229cc0e5ca4cf4f70d500dd9e', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(size_type count, value_type const &v, const allocator_type &allocator=Allocator())'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a8a5f5975b2207677f1e956060b02c1d2', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(allocator_type const &allocator)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#aae517037a7e2a04806a72deffe661437', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(std::initializer_list< value_type > const &il)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a1455b09f0cb0dd2b5f6ff5b092ecea08', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector const &o)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a99f036b6e7ea821ab24604474748c8f6', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector &&o) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#af634e58ae15af112df64a6e9f42a5460', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector &&o, const Allocator &alloc) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx::PaddedVector< T, Allocator >'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#af634e58ae15af112df64a6e9f42a5460', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector &&o, const Allocator &alloc) noexcept'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_2ecpp_18', ['paddedvector.cpp', ['../paddedvector_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_2eh_19', ['paddedvector.h', ['../paddedvector_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20gmx_3a_3abasicvector_20_3e_20', ['PaddedVector< gmx::BasicVector >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20real_20_3e_21', ['PaddedVector< real >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20rvec_20_3e_22', ['PaddedVector< RVec >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['paddedvectortest_23', ['PaddedVectorTest', ['../classgmx_1_1test_1_1PaddedVectorTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ @@ -84,53 +84,53 @@ │ │ │ │ │ ['pairlistset_2ecpp_51', ['pairlistset.cpp', ['../pairlistset_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistset_2eh_52', ['pairlistset.h', ['../pairlistset_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistsets_53', ['pairlistsets', ['../classPairlistSets.xhtml', 1, 'PairlistSets'], │ │ │ │ │ ['../classPairlistSets.xhtml#aff659b5683c9ee577e14d59d00d54633', 1, 'PairlistSets::PairlistSets()'], │ │ │ │ │ ['../structnonbonded__verlet__t.xhtml#aa57ad98496e4e60d07e2f2ef32dd483d', 1, 'nonbonded_verlet_t::pairlistSets()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairlistsets_2eh_54', ['pairlistsets.h', ['../pairlistsets_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pairlisttype_55', ['pairlisttype', ['../structPairlistParams.xhtml#a75f3a17ab82a7f2507529b6f178a57ef', 1, 'PairlistParams::pairlistType'], │ │ │ │ │ - ['../pairlistparams_8h.xhtml#a624e06b7bd2338b346b59aba9650f6d0', 1, 'PairlistType: pairlistparams.h'] │ │ │ │ │ + ['pairlisttype_55', ['pairlisttype', ['../pairlistparams_8h.xhtml#a624e06b7bd2338b346b59aba9650f6d0', 1, 'PairlistType: pairlistparams.h'], │ │ │ │ │ + ['../structPairlistParams.xhtml#a75f3a17ab82a7f2507529b6f178a57ef', 1, 'PairlistParams::pairlistType'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairlistwork_2ecpp_56', ['pairlistwork.cpp', ['../pairlistwork_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistwork_2eh_57', ['pairlistwork.h', ['../pairlistwork_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairs_58', ['Pairs', ['../classListedForces.xhtml#a73e4fa54dfd332da42036d5ae893da47aa07a589a90362b3346324844a3ad87ff', 1, 'ListedForces']]], │ │ │ │ │ - ['pairs_2ecpp_59', ['pairs.cpp', ['../pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pairs_2ecpp_59', ['pairs.cpp', ['../tests_2pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairs_2eh_60', ['pairs.h', ['../pairs_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pairsearch_61', ['pairsearch', ['../classPairSearch.xhtml', 1, 'PairSearch'], │ │ │ │ │ - ['../classPairSearch.xhtml#a65dadfe6bac46af5c17defee9a328a28', 1, 'PairSearch::PairSearch()'] │ │ │ │ │ + ['pairsearch_61', ['pairsearch', ['../classPairSearch.xhtml#a65dadfe6bac46af5c17defee9a328a28', 1, 'PairSearch::PairSearch()'], │ │ │ │ │ + ['../classPairSearch.xhtml', 1, 'PairSearch'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairsearch_2ecpp_62', ['pairsearch.cpp', ['../pairsearch_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairsearch_2eh_63', ['pairsearch.h', ['../pairsearch_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairsearchcoordinates_64', ['pairSearchCoordinates', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#af18643a5c0d8729b32e688d45fd7f8ca', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator']]], │ │ │ │ │ ['pairsearchwork_65', ['PairsearchWork', ['../structPairsearchWork.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paragraphbreak_66', ['paragraphBreak', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a6c24ca1470b3addda69ae236a6ea66b2', 1, 'gmx::HelpWriterContext']]], │ │ │ │ │ ['parallel_5f3dfft_5fexecute_5fgpu_5fwrapper_67', ['parallel_3dfft_execute_gpu_wrapper', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a13b15b5d3a7003ff0dfdba02aadbc97e', 1, 'pme_gpu.cpp']]], │ │ │ │ │ ['parallelconsistencyerror_68', ['parallelconsistencyerror', ['../classgmx_1_1ParallelConsistencyError.xhtml#a30850fa25d3059fa861607dd0eb20bd2', 1, 'gmx::ParallelConsistencyError::ParallelConsistencyError()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ParallelConsistencyError.xhtml', 1, 'gmx::ParallelConsistencyError'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['paralleldatastarted_69', ['paralleldatastarted', ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a3d06d76f51b9e41e945a997b21efd392', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ + ['paralleldatastarted_69', ['paralleldatastarted', ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#aeca0c095b7f31aec0f58643bed0e0895', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#af4720264b81a508876c8e21731585ab0', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#aef9b177d826d8afe625be7056ef2c607', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#ae58dd25d11bc02bd4af8b7f36df62edf', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#aeca0c095b7f31aec0f58643bed0e0895', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#af4720264b81a508876c8e21731585ab0', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::parallelDataStarted()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a3d06d76f51b9e41e945a997b21efd392', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#ae58dd25d11bc02bd4af8b7f36df62edf', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::parallelDataStarted()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['parallelizable_20handling_20of_20output_20data_20analysisdata_70', ['Parallelizable Handling of Output Data (analysisdata)', ['../group__module__analysisdata.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelization_71', ['Parallelization', ['../page_analysisdata.xhtml#section_analysisdata_parallelization', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelization_20over_20mpi_72', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelizationfactor_73', ['parallelizationFactor', ['../classgmx_1_1AnalysisDataParallelOptions.xhtml#ad581353e29513839c7ab04f429f50b61', 1, 'gmx::AnalysisDataParallelOptions']]], │ │ │ │ │ ['paralleloptions_2eh_74', ['paralleloptions.h', ['../paralleloptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelselection_75', ['parallelSelection', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a4e23dbf4cfd2554ac011664b49c1c7e0', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']]], │ │ │ │ │ ['parallelselections_76', ['parallelSelections', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a4ffe3dec6ef34ae7e6af7a46b9fc7d0b', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']]], │ │ │ │ │ - ['param_77', ['param', ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#adaa8c7d5f4803f33e80d1811aa0af1f8', 1, 'gmx::NormalDistribution::param()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a267faab6d4cd2e017603fe0f73500c38', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param()'], │ │ │ │ │ + ['param_77', ['param', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a267faab6d4cd2e017603fe0f73500c38', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ace6c727298fe514a14a114f41d00e206', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a843c35d5997b5075c35125a57cd6b937', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#adaa8c7d5f4803f33e80d1811aa0af1f8', 1, 'gmx::NormalDistribution::param()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#a35f0e16a9da71056786953c5095ae334', 1, 'gmx::GammaDistribution::param()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a0b4956164b6ed61094a550099fa90d3b', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::param'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#afd48ccc940b2c37d46c65bbeb5fb7ff3', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::param'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#ac5071065401d78716721b2d8512b9f75', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param() const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['param_5ftype_78', ['param_type', ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::ExponentialDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::GammaDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ │ @@ -395,16 +395,16 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmalloc_2ecpp_241', ['pmalloc.cpp', ['../pmalloc_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmalloc_2eh_242', ['pmalloc.h', ['../pmalloc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmalloc_5fsycl_2ecpp_243', ['pmalloc_sycl.cpp', ['../pmalloc__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_244', ['pme', ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5a4792b2e853b980eb284e82db5ad5f4d5', 1, 'gmx::Pme'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a6efc2e8f104eb3699bc82c2b8984cedba4792b2e853b980eb284e82db5ad5f4d5', 1, 'gmx::Pme'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_2ecpp_245', ['pme.cpp', ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pme_2ecpp_245', ['pme.cpp', ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_2eh_246', ['pme.h', ['../pme_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcalc_5fpidx_247', ['pme_calc_pidx', ['../pme__redistribute_8cpp.xhtml#a7ecc9aef79380a045871dc5e00190695', 1, 'pme_redistribute.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcalc_5fpidx_5fwrapper_248', ['pme_calc_pidx_wrapper', ['../pme__redistribute_8cpp.xhtml#a91aacccf9c8906e7a5d4e26131820302', 1, 'pme_redistribute.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_2eh_249', ['pme_coordinate_receiver_gpu.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2ecpp_250', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.cpp', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2eh_251', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -421,82 +421,82 @@ │ │ │ │ │ ['../pme_8cpp.xhtml#ace2ad200713ffbae9c71d92d92a83d6f', 1, 'pme_get_pinning_policy(): pme.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_2ecpp_262', ['pme_gpu.cpp', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5f3dfft_263', ['pme_gpu_3dfft', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a903364732f9d5fe033039714e4aef8dc', 1, 'pme_gpu_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_fft_direction dir, const int grid_index): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a63b83c7907c118ec820a554d4d1e9968', 1, 'pme_gpu_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu, enum gmx_fft_direction direction, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5factive_264', ['pme_gpu_active', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a06b866a69f90c5f4b92716d25944e480', 1, 'pme_gpu.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5falloc_5fenergy_5fvirial_265', ['pme_gpu_alloc_energy_virial', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6857d534c4c31a5f768838378c691464', 1, 'pme_gpu_alloc_energy_virial(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6857d534c4c31a5f768838378c691464', 1, 'pme_gpu_alloc_energy_virial(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5falloc_5fenergy_5fvirial_265', ['pme_gpu_alloc_energy_virial', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6857d534c4c31a5f768838378c691464', 1, 'pme_gpu_alloc_energy_virial(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6857d534c4c31a5f768838378c691464', 1, 'pme_gpu_alloc_energy_virial(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcalculate_5fsplines_2eh_266', ['pme_gpu_calculate_splines.h', ['../pme__gpu__calculate__splines_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcalculate_5fsplines_5fsycl_2eh_267', ['pme_gpu_calculate_splines_sycl.h', ['../pme__gpu__calculate__splines__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcheck_5frestrictions_268', ['pme_gpu_check_restrictions', ['../pme_8cpp.xhtml#a30f29ab01f4617cea28a55ee8552ee6a', 1, 'pme.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fclear_5fenergy_5fvirial_269', ['pme_gpu_clear_energy_virial', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a409d3aa62caba5140ad6fed223eb2707', 1, 'pme_gpu_clear_energy_virial(const PmeGpu *pmeGpu, bool gpuGraphWithSeparatePmeRank): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a0ba3a7ad94f1ef0b322c0f86c5022e67', 1, 'pme_gpu_clear_energy_virial(const PmeGpu *pmeGpu, const bool gpuGraphWithSeparatePmeRank): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fclear_5fgrids_270', ['pme_gpu_clear_grids', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fclear_5fgrids_270', ['pme_gpu_clear_grids', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fconstants_2eh_271', ['pme_gpu_constants.h', ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5fcommon_5fdata_5ffrom_272', ['pme_gpu_copy_common_data_from', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a96a23ba273d3788baab82d8c71854663', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ - 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['pme_5fgpu_5fcopy_5finput_5fgather_5fgrid_275', ['pme_gpu_copy_input_gather_grid', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a81cfe2ee3d481faa62f8bb0c19e7d576', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_grid(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_grid, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aee24c48e3382216a39464d7737472dba', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_grid(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_grid, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fcopy_5finput_5fgather_5fgrid_275', ['pme_gpu_copy_input_gather_grid', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aee24c48e3382216a39464d7737472dba', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_grid(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_grid, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a81cfe2ee3d481faa62f8bb0c19e7d576', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_grid(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_grid, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fforces_276', ['pme_gpu_copy_output_forces', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fforces_276', ['pme_gpu_copy_output_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fspread_5fatom_5fdata_277', ['pme_gpu_copy_output_spread_atom_data', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a8367e50be41bc42df58802095d615091', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_atom_data(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a8367e50be41bc42df58802095d615091', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_atom_data(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fspread_5fgrid_278', ['pme_gpu_copy_output_spread_grid', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a3a2ac9f347d7bdd0bb806cdc26a570f0', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu, float *h_grid, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a04419748e0f03bdc420c0a03df335ea6', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu, float *h_grid, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fdestroy_279', ['pme_gpu_destroy', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a7e5ef8957b2366acbb1eb097aa06d755', 1, 'pme_gpu_destroy(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7e5ef8957b2366acbb1eb097aa06d755', 1, 'pme_gpu_destroy(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fdestroy_5f3dfft_280', ['pme_gpu_destroy_3dfft', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a04c25cffa052c81d0c7b201e40da4010', 1, 'pme_gpu_destroy_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a04c25cffa052c81d0c7b201e40da4010', 1, 'pme_gpu_destroy_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffetch_5ftiming_5fevent_281', ['pme_gpu_fetch_timing_event', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6796958266d860e837119e6a0d4e6b99', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ - 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['pme_5fgpu_5fget_5fkernelparam_5fforces_299', ['pme_gpu_get_kernelparam_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fkernelparam_5fforces_299', ['pme_gpu_get_kernelparam_forces', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5freal_5fgrid_5fsizes_300', ['pme_gpu_get_real_grid_sizes', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a7ba882d2de50fa957af00828162dd06e', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *pmeGpu, gmx::IVec *gridSize, gmx::IVec *paddedGridSize): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7ba882d2de50fa957af00828162dd06e', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *pmeGpu, gmx::IVec *gridSize, gmx::IVec *paddedGridSize): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5freal_5fgrid_5fsizes_300', ['pme_gpu_get_real_grid_sizes', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7ba882d2de50fa957af00828162dd06e', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *pmeGpu, gmx::IVec *gridSize, gmx::IVec *paddedGridSize): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a7ba882d2de50fa957af00828162dd06e', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *pmeGpu, gmx::IVec *gridSize, gmx::IVec *paddedGridSize): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5ftimings_301', ['pme_gpu_get_timings', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#aadcdbd368ce25a9899c3cab4ec895cba', 1, 'pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t *pme, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8h.xhtml#aadcdbd368ce25a9899c3cab4ec895cba', 1, 'pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t *pme, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5ftimings_301', ['pme_gpu_get_timings', ['../pme_8h.xhtml#aadcdbd368ce25a9899c3cab4ec895cba', 1, 'pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t *pme, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#aadcdbd368ce25a9899c3cab4ec895cba', 1, 'pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t *pme, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#ac600d44fbeb29e467155b1b193410908', 1, 'pme_gpu_get_timings(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac600d44fbeb29e467155b1b193410908', 1, 'pme_gpu_get_timings(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fgetenergyandvirial_302', ['pme_gpu_getenergyandvirial', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ad805493968044b8ea20ca896df57cee6', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &pme, const float lambda, PmeOutput *output): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a24c100588326826423d72c10d7d6a51a', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &pme, float lambda, PmeOutput *output): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fgetforceoutput_303', ['pme_gpu_getForceOutput', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a05a1d81709288e6ef5b2e6ad93fdd117', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -556,16 +556,16 @@ │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_2ecpp_319', ['pme_gpu_program_impl.cpp', ['../pme__gpu__program__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_2eh_320', ['pme_gpu_program_impl.h', ['../pme__gpu__program__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_5focl_2ecpp_321', ['pme_gpu_program_impl_ocl.cpp', ['../pme__gpu__program__impl__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_5fsycl_2ecpp_322', ['pme_gpu_program_impl_sycl.cpp', ['../pme__gpu__program__impl__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5fbspline_5fvalues_323', ['pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a2c7a5b7bfca0d09110c6956bf28cd819', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aca7595bc703f478dcd681ffd7bc1429a', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5ffract_5fshifts_324', ['pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#abd6254378ab90de1dff115c61d0c9931', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#abd6254378ab90de1dff115c61d0c9931', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5ffract_5fshifts_324', ['pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#abd6254378ab90de1dff115c61d0c9931', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#abd6254378ab90de1dff115c61d0c9931', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5finput_5fcoefficients_325', ['pme_gpu_realloc_and_copy_input_coefficients', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aa8dd08c09a068f579a0b7fc93d4d50e6', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_input_coefficients(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_coefficients, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a67eb2fb88a118b6e01b2cbf034066b13', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_input_coefficients(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_coefficients, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fforces_326', ['pme_gpu_realloc_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5272eaf88e7b1110676df6cf6acc95e3', 1, 'pme_gpu_realloc_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5272eaf88e7b1110676df6cf6acc95e3', 1, 'pme_gpu_realloc_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -589,109 +589,109 @@ │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a4df33a26719ac64f61e94b5ce01160a9', 1, 'pme_gpu_reinit_atoms(PmeGpu *pmeGpu, const int nAtoms, const real *chargesA, const real *chargesB): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5fcomputation_334', ['pme_gpu_reinit_computation', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a481cc886c2112861c0e1c0c89571ec78', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const gmx_pme_t *pme, const bool gpuGraphWithSeparatePmeRank, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a69066d5a6d2bd3cfd48c22a7da4fd88b', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.h'], │ │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#a41dcb7d9217379d8ad3e87f9a7cd5fa0', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const gmx_pme_t *pme, bool gpuGraphWithSeparatePmeRank, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5fgrids_335', ['pme_gpu_reinit_grids', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a0f87f8ca2058ea113ad2bc7287682576', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5freinit_5fhaloexchange_336', ['pme_gpu_reinit_haloexchange', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a07838cae9a4635ee6df663e4bee521c8', 1, 'pme_gpu_reinit_haloexchange(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a07838cae9a4635ee6df663e4bee521c8', 1, 'pme_gpu_reinit_haloexchange(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5freinit_5fhaloexchange_336', ['pme_gpu_reinit_haloexchange', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a07838cae9a4635ee6df663e4bee521c8', 1, 'pme_gpu_reinit_haloexchange(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a07838cae9a4635ee6df663e4bee521c8', 1, 'pme_gpu_reinit_haloexchange(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5freinit_5ftimings_337', ['pme_gpu_reinit_timings', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#aa77fc00ad1c62f0e0acb03b644e2bc1a', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#aa77fc00ad1c62f0e0acb03b644e2bc1a', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5freinit_5ftimings_337', ['pme_gpu_reinit_timings', ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#aa77fc00ad1c62f0e0acb03b644e2bc1a', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#aa77fc00ad1c62f0e0acb03b644e2bc1a', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freset_5ftimings_338', ['pme_gpu_reset_timings', ['../pme_8h.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fselect_5fbest_5fperforming_5fpme_5fspreadgather_5fkernels_339', ['pme_gpu_select_best_performing_pme_spreadgather_kernels', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a9d51e813ca855b79f0c51e2afb0210f7', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fset_5fdevice_5fx_340', ['pme_gpu_set_device_x', ['../pme_8h.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fset_5fkernelparam_5fcoordinates_341', ['pme_gpu_set_kernelparam_coordinates', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a87c93dac2b9eaf3cd5b42b4ada227dad', 1, 'pme_gpu_set_kernelparam_coordinates(const PmeGpu *pmeGpu, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a87c93dac2b9eaf3cd5b42b4ada227dad', 1, 'pme_gpu_set_kernelparam_coordinates(const PmeGpu *pmeGpu, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fset_5ftesting_342', ['pme_gpu_set_testing', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a09e861258a4869a92963dd6c30147491', 1, 'pme_gpu_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fsettings_343', ['pme_gpu_settings', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#adf2d698f4198c98ac05fe914a77bc044', 1, 'pme_gpu_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fsettings_2eh_344', ['pme_gpu_settings.h', ['../pme__gpu__settings_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsolve_345', ['pme_gpu_solve', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ae36b22f324578c90b40a66b330f36875', 1, 'pme_gpu_solve(const PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a2f9e42c9a0110755b2129acc15860faa', 1, 'pme_gpu_solve(const PmeGpu *pmeGpu, const int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsolve_345', ['pme_gpu_solve', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a2f9e42c9a0110755b2129acc15860faa', 1, 'pme_gpu_solve(const PmeGpu *pmeGpu, const int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ae36b22f324578c90b40a66b330f36875', 1, 'pme_gpu_solve(const PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fspread_346', ['pme_gpu_spread', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a0b329fda65fc2fc06dc1be5351e5f7f1', 1, 'pme_gpu_spread(const PmeGpu *pmeGpu, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, real **h_grids, gmx_parallel_3dfft_t *fftSetup, bool computeSplines, bool spreadCharges, const real lambda, const bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, const bool useMdGpuGraph, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aede2cc1fa9babc057f7bc86ecb47f7bc', 1, 'pme_gpu_spread(const PmeGpu *pmeGpu, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, float **h_grids, gmx_parallel_3dfft_t *fftSetup, bool computeSplines, bool spreadCharges, real lambda, bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, bool useMdGpuGraph, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstaging_347', ['pme_gpu_staging', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6e629f5c49b775b9adc2e2c381204bb1', 1, 'pme_gpu_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstaging_2eh_348', ['pme_gpu_staging.h', ['../pme__gpu__staging_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fstart_5ftiming_349', ['pme_gpu_start_timing', ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#a8308340f6593537a2bf44a914057e48e', 1, 'pme_gpu_start_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#a8308340f6593537a2bf44a914057e48e', 1, 'pme_gpu_start_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fstart_5ftiming_349', ['pme_gpu_start_timing', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#a8308340f6593537a2bf44a914057e48e', 1, 'pme_gpu_start_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#a8308340f6593537a2bf44a914057e48e', 1, 'pme_gpu_start_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstop_5ftiming_350', ['pme_gpu_stop_timing', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#a3051e4da1cc1d9645997959b60fd30b0', 1, 'pme_gpu_stop_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#a3051e4da1cc1d9645997959b60fd30b0', 1, 'pme_gpu_stop_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstream_5fquery_351', ['pme_gpu_stream_query', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aded614c4f44ad3c29689336a46f06c00', 1, 'pme_gpu_stream_query(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aded614c4f44ad3c29689336a46f06c00', 1, 'pme_gpu_stream_query(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fsupports_5fbuild_352', ['pme_gpu_supports_build', ['../pme_8h.xhtml#a8c1a3fa279f72a26deffce255bb374d9', 1, 'pme_gpu_supports_build(std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme_8cpp.xhtml#a8c1a3fa279f72a26deffce255bb374d9', 1, 'pme_gpu_supports_build(std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsupports_5finput_353', ['pme_gpu_supports_input', ['../pme_8h.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsupports_5finput_353', ['pme_gpu_supports_input', ['../pme_8cpp.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsync_5fspread_5fgrid_354', ['pme_gpu_sync_spread_grid', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsync_5fspread_5fgrid_354', ['pme_gpu_sync_spread_grid', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsynchronize_355', ['pme_gpu_synchronize', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsynchronize_355', ['pme_gpu_synchronize', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftask_5fenabled_356', ['pme_gpu_task_enabled', ['../pme_8h.xhtml#a9faddde52f5a636410141f52cc95d3e1', 1, 'pme.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftimings_2ecpp_357', ['pme_gpu_timings.cpp', ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftimings_2eh_358', ['pme_gpu_timings.h', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['pme_5floadbal_5fdone_377', ['pme_loadbal_done', ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#acb67e42228333b60cd1e7353b5da382e', 1, 'pme_loadbal_done(pme_load_balancing_t *pme_lb, FILE *fplog, const gmx::MDLogger &mdlog, gmx_bool bNonBondedOnGPU): pme_load_balancing.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#acb67e42228333b60cd1e7353b5da382e', 1, 'pme_loadbal_done(pme_load_balancing_t *pme_lb, FILE *fplog, const gmx::MDLogger &mdlog, gmx_bool bNonBondedOnGPU): pme_load_balancing.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5floadbal_5fdone_377', ['pme_loadbal_done', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#acb67e42228333b60cd1e7353b5da382e', 1, 'pme_loadbal_done(pme_load_balancing_t *pme_lb, FILE *fplog, const gmx::MDLogger &mdlog, gmx_bool bNonBondedOnGPU): pme_load_balancing.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#acb67e42228333b60cd1e7353b5da382e', 1, 'pme_loadbal_done(pme_load_balancing_t *pme_lb, FILE *fplog, const gmx::MDLogger &mdlog, gmx_bool bNonBondedOnGPU): pme_load_balancing.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5floadbal_5fend_378', ['pme_loadbal_end', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a08ba9fd9752caab7ff2c6518736c8684', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5floadbal_5fincrease_5fcutoff_379', ['pme_loadbal_increase_cutoff', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a8eed547e08152be03e8ea355219fd699', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ │ - 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['pme_5frun_5fmode_397', ['pme_run_mode', ['../pme_8h.xhtml#a9cfbe9fa691aabaf1a9e10fa06858c96', 1, 'pme_run_mode(const gmx_pme_t *pme): pme.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml#a9cfbe9fa691aabaf1a9e10fa06858c96', 1, 'pme_run_mode(const gmx_pme_t *pme): pme.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5frun_5fmode_397', ['pme_run_mode', ['../pme_8cpp.xhtml#a9cfbe9fa691aabaf1a9e10fa06858c96', 1, 'pme_run_mode(const gmx_pme_t *pme): pme.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a9cfbe9fa691aabaf1a9e10fa06858c96', 1, 'pme_run_mode(const gmx_pme_t *pme): pme.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fsetup_5ft_398', ['pme_setup_t', ['../structpme__setup__t.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fsolve_5fsycl_2ecpp_399', ['pme_solve_sycl.cpp', ['../pme__solve__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fsolve_5fsycl_2eh_400', ['pme_solve_sycl.h', ['../pme__solve__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fspread_5fsycl_2ecpp_401', ['pme_spread_sycl.cpp', ['../pme__spread__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fspread_5fsycl_2eh_402', ['pme_spread_sycl.h', ['../pme__spread__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmebsplinemodulicorrectnesstest_403', ['PmeBSplineModuliCorrectnessTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmebsplinetest_8cpp_03.xhtml#aae2cba1d8c60d3dc833dad483bf8d4a9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmebsplinetest.cpp}']]], │ │ │ │ │ @@ -718,21 +718,21 @@ │ │ │ │ │ ['pmebsplinetest_2ecpp_406', ['pmebsplinetest.cpp', ['../pmebsplinetest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmecoordinatereceivergpu_407', ['pmeCoordinateReceiverGpu', ['../structgmx__pme__pp.xhtml#ab5fd71197d4208338fc3f0813b101a4b', 1, 'gmx_pme_pp']]], │ │ │ │ │ ['pmecorrderivative_408', ['pmeCorrDerivative', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03.xhtml#aa55c95a78da4580a45257fd774637fbb', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['pmecorrf_409', ['pmeCorrF', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a78398641d19e7a3660111fb3cd10b1aa', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['pmecorrfunction_410', ['pmeCorrFunction', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03.xhtml#a114b7bdef1d5775f3aee743a549c9d08', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['pmedata_411', ['pmedata', ['../structpme__setup__t.xhtml#a24d77a179605be8e30e0042930172072', 1, 'pme_setup_t']]], │ │ │ │ │ ['pmefinalizetest_412', ['pmeFinalizeTest', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a1edd6d8cc0e4fa820be454dbf3877f4f', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['pmeforcecorrection_413', ['pmeforcecorrection', ['../namespacegmx.xhtml#a5275f264f1c6da2502ec03e8fbf855a4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(double z2)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a1e5b1230d0301fa6760e34d7641ca7e4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(float z2)'] │ │ │ │ │ + ['pmeforcecorrection_413', ['pmeforcecorrection', ['../namespacegmx.xhtml#a1e5b1230d0301fa6760e34d7641ca7e4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(float z2)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a5275f264f1c6da2502ec03e8fbf855a4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(double z2)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmeforcecorrectionsingleaccuracy_414', ['pmeForceCorrectionSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#abd18f07b8fd19f03f12442211982db53', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pmeforcesendergpu_415', ['pmeforcesendergpu', ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml#adebce74b420495046e8211be15c53bae', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::PmeForceSenderGpu()'], │ │ │ │ │ + ['pmeforcesendergpu_415', ['pmeforcesendergpu', ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a23d50db5d4950d91a794b4ffb101b531', 1, 'gmx_pme_pp::pmeForceSenderGpu'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a23d50db5d4950d91a794b4ffb101b531', 1, 'gmx_pme_pp::pmeForceSenderGpu'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml#adebce74b420495046e8211be15c53bae', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::PmeForceSenderGpu()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmeforcesready_416', ['pmeForcesReady', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#ab767da2851abd9a401e9a83101176230', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ │ ['pmegatherkernel_417', ['pmeGatherKernel', ['../pme__gather__sycl_8cpp.xhtml#aa72cdc234e8e46990c97e36ded8fa09b', 1, 'pme_gather_sycl.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pmegathertest_2ecpp_418', ['pmegathertest.cpp', ['../pmegathertest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegetcomplexgrid_419', ['pmeGetComplexGrid', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a2787a8ad9629a010c0afae83e1fe7f28', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmegetcomplexgridinternal_420', ['pmeGetComplexGridInternal', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a7873f8bb5de35a1338ccb9334906e960', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmegetcomplexgridsizesinternal_421', ['pmeGetComplexGridSizesInternal', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a611b81b5fa91c5af3a1d55f0dcccd403', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ @@ -751,30 +751,30 @@ │ │ │ │ │ ['pmegpu_434', ['PmeGpu', ['../structPmeGpu.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpuatomparams_435', ['PmeGpuAtomParams', ['../structPmeGpuAtomParams.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpucheckatomcharge_436', ['pmeGpuCheckAtomCharge', ['../pme__gpu__calculate__splines__sycl_8h.xhtml#a2bcd422ff33a51339b82bf55019590e2', 1, 'pme_gpu_calculate_splines_sycl.h']]], │ │ │ │ │ ['pmegpuconstparams_437', ['PmeGpuConstParams', ['../structPmeGpuConstParams.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpucreategrid_438', ['pmeGpuCreateGrid', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ae10d979ffdf2422ac3e11f5dc6fa7d3c', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pmegpudynamicparams_439', ['PmeGpuDynamicParams', ['../structPmeGpuDynamicParams.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpugridhaloexchange_440', ['pmegpugridhaloexchange', ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#a27a826956f0aa8c1927c8fe235f017a3', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *, gmx_wallcycle *): pme_gpu_ocl_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#a05b62ebd1ff27542d4e71e53753ecf20', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#a05b62ebd1ff27542d4e71e53753ecf20', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#a05b62ebd1ff27542d4e71e53753ecf20', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#a05b62ebd1ff27542d4e71e53753ecf20', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmegpugridhaloexchangereverse_441', ['pmegpugridhaloexchangereverse', ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#ada9b801da508de001dfc4d1a72c9526c', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#ada9b801da508de001dfc4d1a72c9526c', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#a6b2310ae91449944562c827d41a60841', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *, gmx_wallcycle *): pme_gpu_ocl_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmegpugridparams_442', ['PmeGpuGridParams', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpuhaloexchange_443', ['PmeGpuHaloExchange', ['../structPmeGpuHaloExchange.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpukernelparams_444', ['PmeGpuKernelParams', ['../pme__gpu__types__host_8h.xhtml#a90fa9b88804bde8212648c88b6420060', 1, 'pme_gpu_types_host.h']]], │ │ │ │ │ ['pmegpukernelparamsbase_445', ['PmeGpuKernelParamsBase', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pmegpuprogram_446', ['pmegpuprogram', ['../classPmeGpuProgram.xhtml', 1, 'PmeGpuProgram'], │ │ │ │ │ - ['../classPmeGpuProgram.xhtml#aa7e861bd577b2173e248c5bf9fb5ef0e', 1, 'PmeGpuProgram::PmeGpuProgram()'] │ │ │ │ │ + ['pmegpuprogram_446', ['pmegpuprogram', ['../classPmeGpuProgram.xhtml#aa7e861bd577b2173e248c5bf9fb5ef0e', 1, 'PmeGpuProgram::PmeGpuProgram()'], │ │ │ │ │ + ['../classPmeGpuProgram.xhtml', 1, 'PmeGpuProgram'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pmegpuprogramimpl_447', ['pmegpuprogramimpl', ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml#aaa32b034422bc8368663a7399f35780e', 1, 'PmeGpuProgramImpl::PmeGpuProgramImpl()'], │ │ │ │ │ - ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml', 1, 'PmeGpuProgramImpl'] │ │ │ │ │ + ['pmegpuprogramimpl_447', ['pmegpuprogramimpl', ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml', 1, 'PmeGpuProgramImpl'], │ │ │ │ │ + ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml#aaa32b034422bc8368663a7399f35780e', 1, 'PmeGpuProgramImpl::PmeGpuProgramImpl()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmegpuprogramstorage_448', ['PmeGpuProgramStorage', ['../pme__gpu__program_8h.xhtml#a97971c4f6d1aaf179563e021309fe680', 1, 'pme_gpu_program.h']]], │ │ │ │ │ ['pmegpusettings_449', ['PmeGpuSettings', ['../structPmeGpuSettings.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpuspecific_450', ['pmegpuspecific', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml', 1, 'PmeGpuSpecific'], │ │ │ │ │ ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a1bee1e0810c2c0eb7b06c953416e193f', 1, 'PmeGpuSpecific::PmeGpuSpecific()'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__types__host_8h.xhtml#a13767aeede40e21d6edf8d835df9705f', 1, 'PmeGpuSpecific: pme_gpu_types_host.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -797,16 +797,16 @@ │ │ │ │ │ ['pmeperformgather_465', ['pmePerformGather', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b568c9ce545ed5b81aab09b839307ad', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmeperformsolve_466', ['pmePerformSolve', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aaf397294cc77a33540b53c4d12b2303d', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmeperformsplineandspread_467', ['pmePerformSplineAndSpread', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a1ca32a3032115f7d3287676d2c0e6f17', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmepotentialcorrection_468', ['pmepotentialcorrection', ['../namespacegmx.xhtml#ac54e81f11cb53c7d68ff7dab05bd6afd', 1, 'gmx::pmePotentialCorrection(float z2)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#acba0166c05fec69dd4a2624ed8dcff95', 1, 'gmx::pmePotentialCorrection(double z2)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmepotentialcorrectionsingleaccuracy_469', ['pmePotentialCorrectionSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#ab8004b2507f7192ead653fcdcb6735fe', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pmeppcommgpu_470', ['pmeppcommgpu', ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml#ad6faf3fc85e8c1881e3f16d5e6a7ed34', 1, 'gmx::PmePpCommGpu::PmePpCommGpu()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmePpCommGpu'] │ │ │ │ │ + ['pmeppcommgpu_470', ['pmeppcommgpu', ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmePpCommGpu'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml#ad6faf3fc85e8c1881e3f16d5e6a7ed34', 1, 'gmx::PmePpCommGpu::PmePpCommGpu()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmepptransfer_471', ['PmePpTransfer', ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5a13b8e77399a0dac4074b4f84806d814d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pmeprinting_472', ['pmePrinting', ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml#a8436afe7313d62bd16fa218ba9d23f06', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper']]], │ │ │ │ │ ['pmeranks_5f_473', ['pmeRanks_', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a0c90cc0bff9a1ecf03219470420d6605', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl']]], │ │ │ │ │ ['pmeremotecpuforceptr_474', ['pmeRemoteCpuForcePtr', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#ac494c801f14e07badc7b3cb1723a9e5e', 1, 'gmx::PpForceCommManager']]], │ │ │ │ │ ['pmeremotegpuforceptr_475', ['pmeRemoteGpuForcePtr', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#ae85beb1a3a77948cb972ef832cecdbcc', 1, 'gmx::PpForceCommManager']]], │ │ │ │ │ ['pmerunmode_476', ['PmeRunMode', ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791', 1, 'pme.h']]], │ │ │ │ │ @@ -834,54 +834,54 @@ │ │ │ │ │ ['pmf_498', ['pmf', ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344a84c75a906e1e7548f6df1e4e3aa3af52', 1, 'gmx::Pmf'], │ │ │ │ │ ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a600536d6baf212ecc56d278f2a0e3e59a84c75a906e1e7548f6df1e4e3aa3af52', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}::Pmf'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['point_499', ['point', ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml#a9580f519d30dc81342ad890187d13edc', 1, 'gmx::BiasGrid']]], │ │ │ │ │ ['point_20data_500', ['Floating-point data', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md60', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['point_20values_501', ['Integers corresponding to floating-point values', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md61', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointdistancealongaxis_502', ['pointDistanceAlongAxis', ['../namespacegmx.xhtml#a9980e0f1eac7ff209652d8cecb1eca36', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pointer_503', ['pointer', ['../classgmx_1_1accessor__basic.xhtml#af82d407a1ceb60e6c53ba95587199719', 1, 'gmx::accessor_basic::pointer'], │ │ │ │ │ + ['pointer_503', ['pointer', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ae5525f7b3c732a93f675b4280cc10e7d', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::pointer'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#afcdc192280a9292909fdc9517e323090', 1, 'gmx::basic_mdspan::pointer'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1accessor__basic.xhtml#af82d407a1ceb60e6c53ba95587199719', 1, 'gmx::accessor_basic::pointer'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a3e88ccc15552d68e12105aebcbf1b7f9', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::pointer'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a06373345a99c67a2e0d12372a13f2a91', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::pointer'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a7d3b7bcef0b244efc5d3da2fe2278390', 1, 'gmx::ArrayRef::pointer'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a49a356bfb08d78cfe5e4a9e31b96367e', 1, 'gmx::EnumerationArray::pointer'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ae5525f7b3c732a93f675b4280cc10e7d', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::pointer'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a49a356bfb08d78cfe5e4a9e31b96367e', 1, 'gmx::EnumerationArray::pointer'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointers_2ecpp_504', ['pointers.cpp', ['../pointers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointers_2eh_505', ['pointers.h', ['../pointers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['points_506', ['points', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a3ac116746718cc0af400eb6c49e23e8b', 1, 'gmx::BiasState']]], │ │ │ │ │ - ['pointsadded_507', ['pointsadded', ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ada35de8665d5e2514f9b742fa668e3a2', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['pointsadded_507', ['pointsadded', ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ad0b6d871e1cae3cb49af5b5c3329e3eb', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a86f6a46cf64108dbab34f4faff53d011', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ada35de8665d5e2514f9b742fa668e3a2', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#aa5bc505d9b2c6f4e28b2ae8279dc9635', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a26723206e33708251bbba70eed673f44', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#ad17650bcebc55264c9fc8dcfc4e35e3d', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#adcf1de40fc5879c1a12532635e81d479', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotModule.xhtml#a32ac3ced4c11a10e20775a32ee5d349b', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#a1f5b2dbab42eb4ca8ce85d8324432824', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#ace93b671432df57c1f885d82c2fa2818', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#aa73d00aa098a1f4dff8d9ab52c1b7400', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#a5b851f02915d11a13791ce5e7d49ab9d', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a26723206e33708251bbba70eed673f44', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#af7097e86905c7133ccfd2242fbca9ad0', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#abd4b1bd4f780c858218c2ed853002b20', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#a59635a206ddc8987538955f3a36c5cd9', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#a76d3359cbb6ec62060a543b03ef18509', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a86f6a46cf64108dbab34f4faff53d011', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ad0b6d871e1cae3cb49af5b5c3329e3eb', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#ad17650bcebc55264c9fc8dcfc4e35e3d', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#ace93b671432df57c1f885d82c2fa2818', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#a59635a206ddc8987538955f3a36c5cd9', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::pointsAdded()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#abd4b1bd4f780c858218c2ed853002b20', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#af7097e86905c7133ccfd2242fbca9ad0', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::pointsAdded()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointsalonglambdaaxis_508', ['pointsAlongLambdaAxis', ['../namespacegmx.xhtml#aff07c7a9ebdd29aa1584af5d8820afcc', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pointset_509', ['pointset', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a98d9a081734b5a125b0f8d72013e5de6', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSet()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ad2e8bad8fb18c4e8a73342323bae7278', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSet()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a780adb8176b23a810eb167b70723a8d9', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSet()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a780adb8176b23a810eb167b70723a8d9', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSet(int index) const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pointsetcount_510', ['pointsetcount', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a6e0a2eb1e875073499c25f0d692e728c', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSetCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ac9c5ce5f1cf9f40a432a04e95c41b373', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSetCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a61c2ee6ccfc1bc2d0d53023676a18fba', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSetCount()'] │ │ │ │ │ + ['pointsetcount_510', ['pointsetcount', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a61c2ee6ccfc1bc2d0d53023676a18fba', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSetCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a6e0a2eb1e875073499c25f0d692e728c', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSetCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ac9c5ce5f1cf9f40a432a04e95c41b373', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSetCount()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointshavedifferentlambda_511', ['pointsHaveDifferentLambda', ['../namespacegmx.xhtml#aae9bf2b5e56f777f3c61fddadcbb78cb', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pointstate_512', ['pointstate', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml', 1, 'gmx::PointState'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a2141bf32d5fe8de87bd0769221d9d831', 1, 'gmx::PointState::PointState()'] │ │ │ │ │ + ['pointstate_512', ['pointstate', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a2141bf32d5fe8de87bd0769221d9d831', 1, 'gmx::PointState::PointState()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PointState.xhtml', 1, 'gmx::PointState'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointstate_2ecpp_513', ['pointstate.cpp', ['../pointstate_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointstate_2eh_514', ['pointstate.h', ['../pointstate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['polynomials_2ecpp_515', ['polynomials.cpp', ['../polynomials_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['polynomials_2eh_516', ['polynomials.h', ['../polynomials_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pop_5fback_517', ['pop_back', ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a50e574db06ef95937cd3e9c47186ab23', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::pop_back()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1KeyValueTreePath.xhtml#a6a499eede7dbd2c0df803d06f7a2fb1d', 1, 'gmx::KeyValueTreePath::pop_back()'] │ │ │ │ │ @@ -915,21 +915,21 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#aad49c4ea69ef0cc81207383b4ba5cfb5', 1, 'gmx::internal::SelectionData::posCount()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['position_538', ['position', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a7b9d71d9e03043491c475a683f73587b', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ │ ['position_20swapping_20swap_539', ['"Computational Electrophysiology" position swapping (swap)', ['../group__module__swap.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_2ecpp_540', ['position.cpp', ['../position_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_2eh_541', ['position.h', ['../position_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_5fdistance_542', ['position_distance', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#a14f11157569bf72288adc0fe5768e5fc', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs']]], │ │ │ │ │ - ['position_5frestraints_2ecpp_543', ['position_restraints.cpp', ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['position_5frestraints_2ecpp_543', ['position_restraints.cpp', ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['position_5frestraints_2eh_544', ['position_restraints.h', ['../position__restraints_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['positionandamplitude_545', ['PositionAndAmplitude', ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters_1_1PositionAndAmplitude.xhtml', 1, 'gmx::GaussianSpreadKernelParameters']]], │ │ │ │ │ - ['positioncalculationcollection_546', ['positioncalculationcollection', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#aef3a4272761b50e6f351a53360d89a3d', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::PositionCalculationCollection()'] │ │ │ │ │ + ['positioncalculationcollection_546', ['positioncalculationcollection', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#aef3a4272761b50e6f351a53360d89a3d', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::PositionCalculationCollection()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['positionoffset_547', ['positionOffset', ['../structgmx_1_1MttkPropagatorConnectionDetails.xhtml#aea7d4003b9200b259afe520937dbfe3c', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnectionDetails']]], │ │ │ │ │ ['positions_548', ['positions', ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796ca3160eb21973806e4291c3979d4aa242e', 1, 'gmx::Positions'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02updategroupscog_8cpp_03.xhtml#a73274bf23d08bc07d6dd330b2f60ef3e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{updategroupscog.cpp}::positions'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['positionsandvelocities_549', ['PositionsAndVelocities', ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796cad3b078b311589ad4f94c755832ef725e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['positionscalingcallback_550', ['positionScalingCallback', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#ac9a40ecf45c6079ba2b3468daefb435f', 1, 'gmx::Propagator']]], │ │ │ │ │ @@ -939,25 +939,25 @@ │ │ │ │ │ ['positionsview_554', ['positionsView', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#af6c40b68aabb89ee5233dbabebf98864', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ │ ['positionsymbol_555', ['PositionSymbol', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol.xhtml#ae1aa823f90fa95c285240878c93d295fad0f3a23ad1e73286b34f61ee68672b3e', 1, 'gmx::SelectionParserSymbol']]], │ │ │ │ │ ['posres_556', ['posres', ['../namespaceanonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#adf00beae35a89f37c0d53ca985e23fe0', 1, 'anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['posres_5fdx_557', ['posres_dx', ['../namespaceanonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#a00f0403928b33d3323871b31dd1ac732', 1, 'anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['posres_5fwrapper_558', ['posres_wrapper', ['../position__restraints_8h.xhtml#a58f967e206a57fa6e6396d8b533f898f', 1, 'posres_wrapper(t_nrnb *nrnb, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec *x, gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ │ ['../position__restraints_8cpp.xhtml#a58f967e206a57fa6e6396d8b533f898f', 1, 'posres_wrapper(t_nrnb *nrnb, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec *x, gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['posres_5fwrapper_5flambda_559', ['posres_wrapper_lambda', ['../position__restraints_8h.xhtml#ace8b83a624153c4898d9d18c0f87e887', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../position__restraints_8cpp.xhtml#ace8b83a624153c4898d9d18c0f87e887', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ │ + ['posres_5fwrapper_5flambda_559', ['posres_wrapper_lambda', ['../position__restraints_8cpp.xhtml#ace8b83a624153c4898d9d18c0f87e887', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../position__restraints_8h.xhtml#ace8b83a624153c4898d9d18c0f87e887', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['posres_5fxa_560', ['posres_xA', ['../structgmx__molblock__t.xhtml#a91f1775f42ddf8a37ad39b0b7459d267', 1, 'gmx_molblock_t']]], │ │ │ │ │ ['posres_5fxb_561', ['posres_xB', ['../structgmx__molblock__t.xhtml#a5b3613d862d2a95219d7777ee428a636', 1, 'gmx_molblock_t']]], │ │ │ │ │ ['postprocess_5fitem_5fsubexpressions_562', ['postprocess_item_subexpressions', ['../compiler_8cpp.xhtml#a794bd695ad208084dc7018e4c90735c1', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['potanglefit_563', ['PotAngleFit', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#a4cc2873968b4ca417ed95b384e0071f6', 1, 'gmx_enfrotgrp']]], │ │ │ │ │ ['potential_564', ['potential', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#acb463578c26791ab925cbccf9b80a54c', 1, 'gmx::AwhParams']]], │ │ │ │ │ ['potentialenergytoleranceforsystem_5fg_565', ['potentialEnergyToleranceForSystem_g', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02minimize_8cpp_03.xhtml#ad5974d97a10a30cde5ab5fd313209934', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{minimize.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['potentialpointdata_566', ['potentialpointdata', ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#a8e8485dce1b281d718953552e9d53f6b', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#ac14487f6eed0c13f63ae059a67475ea9', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData(const Vector &f, const real e)'], │ │ │ │ │ + ['potentialpointdata_566', ['potentialpointdata', ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#ac14487f6eed0c13f63ae059a67475ea9', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData(const Vector &f, const real e)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#a8e8485dce1b281d718953552e9d53f6b', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml', 1, 'gmx::PotentialPointData'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['potentialswitchfunction_567', ['potentialSwitchFunction', ['../namespacegmx.xhtml#a590bff027abbf17255630f3832bdf0d5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['potentialswitchfunctionderivative_568', ['potentialSwitchFunctionDerivative', ['../namespacegmx.xhtml#a76be08d6aa10394167c1f800488e5e86', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power12_569', ['power12', ['../namespacegmx.xhtml#a800ac84e9ee71a2dc0eedda74bea1513', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power3_570', ['power3', ['../namespacegmx.xhtml#abda6daf50f5129fb74816db29e411497', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power4_571', ['power4', ['../namespacegmx.xhtml#a304b15bae3a2a8277f686d4dfc9fa946', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -968,16 +968,16 @@ │ │ │ │ │ ['pp_5fpme_5fcharge_576', ['PP_PME_CHARGE', ['../pme__pp__communication_8h.xhtml#a32f4ec122146ec951b8c703d4d52d7fa', 1, 'pme_pp_communication.h']]], │ │ │ │ │ ['ppcommatomrange_577', ['ppCommAtomRange', ['../classgmx_1_1PmeCoordinateReceiverGpu_1_1Impl.xhtml#a16bd136f94b01aba41e3b5b499bbd5b0', 1, 'gmx::PmeCoordinateReceiverGpu::Impl']]], │ │ │ │ │ ['ppcommmanager_578', ['PpCommManager', ['../structgmx_1_1PpCommManager.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['ppcommnumsenderranks_579', ['ppCommNumSenderRanks', ['../classgmx_1_1PmeCoordinateReceiverGpu_1_1Impl.xhtml#ae25743ae912d43d5b2369bc1c677c514', 1, 'gmx::PmeCoordinateReceiverGpu::Impl']]], │ │ │ │ │ ['ppcommstream_580', ['ppCommStream', ['../classgmx_1_1PmeCoordinateReceiverGpu_1_1Impl.xhtml#a1ba294387ac23ae6d78f441f078c20c8', 1, 'gmx::PmeCoordinateReceiverGpu::Impl']]], │ │ │ │ │ ['ppforcecommmanager_581', ['PpForceCommManager', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pprank_582', ['ppRank', ['../structgmx_1_1PpCommManager.xhtml#a3498b02875fbf9c448340c71b6b6d49b', 1, 'gmx::PpCommManager']]], │ │ │ │ │ - ['ppranks_583', ['ppranks', ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a7b7bc15efb30ccf455406e59dc2b15e4', 1, 'gmx_pme_pp::ppRanks'], │ │ │ │ │ - ['../structPpRanks.xhtml', 1, 'PpRanks'] │ │ │ │ │ + ['ppranks_583', ['ppranks', ['../structPpRanks.xhtml', 1, 'PpRanks'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a7b7bc15efb30ccf455406e59dc2b15e4', 1, 'gmx_pme_pp::ppRanks'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['ppranksinfo_584', ['ppRanksInfo', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#a4e32ba26163edea7d0da469b9f6902cb', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase']]], │ │ │ │ │ ['ppranksinfosize_585', ['ppRanksInfoSize', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#af168d2fdc3f5d03de719f520d5d99520', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase']]], │ │ │ │ │ ['pprankssendfinfo_586', ['PpRanksSendFInfo', ['../structPpRanksSendFInfo.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pprms2_587', ['pprms2', ['../structt__bb.xhtml#a78c15709cb11b2e62bf13c01ecbb6368', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ │ ['ppstretches_588', ['PPStretches', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a5df6b8fc0f4c6414509ef1e78ca01105', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['pr_5fbeta_589', ['pr_beta', ['../gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp.xhtml#a11905527ebdf5178023ac299ade77c44', 1, 'minimize.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -1007,81 +1007,81 @@ │ │ │ │ │ ['prepare_5fverlet_5fscheme_611', ['prepare_verlet_scheme', ['../runner_8cpp.xhtml#aa4b15c064f765093c1c3b0e45a18aa98', 1, 'runner.cpp']]], │ │ │ │ │ ['prepareandtransformcoordinates_612', ['prepareAndTransformCoordinates', ['../classgmx_1_1ProcessFrameConversion.xhtml#a5405e7fd418257241a6d0e400058b96a', 1, 'gmx::ProcessFrameConversion']]], │ │ │ │ │ ['prepareandwriteframe_613', ['prepareAndWriteFrame', ['../classgmx_1_1TrajectoryFrameWriter.xhtml#acc5edf13582d28d697d901486876ea1a', 1, 'gmx::TrajectoryFrameWriter']]], │ │ │ │ │ ['prepareawhmodule_614', ['prepareAwhModule', ['../namespacegmx.xhtml#a0f0dc8801f18ac6085f049b6053eaee5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['preparedefaultmdpfieldvalues_615', ['prepareDefaultMdpFieldValues', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02simulationdatabase_8cpp_03.xhtml#ae1d7e98e184a23dde3294e0a9ee38ed9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{simulationdatabase.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['prepareforappending_616', ['prepareForAppending', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02handlerestart_8cpp_03.xhtml#ad50fb84ccce6088fa1650a09a3ea513c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{handlerestart.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['prepareforpositionassembly_617', ['prepareForPositionAssembly', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a3bb55b11c345deed80ca37875c54e260', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['preparegpukernelargument_618', ['preparegpukernelargument', ['../oclutils_8h.xhtml#a2880665aed29367c17b0b3b71dcd9049', 1, 'prepareGpuKernelArgument(cl_kernel kernel, const KernelLaunchConfig &config, size_t argIndex, const CurrentArg *argPtr, const RemainingArgs *... otherArgsPtrs): oclutils.h'], │ │ │ │ │ - ['../oclutils_8h.xhtml#ae38b731b0072ddca1ef4f6bf43fc0dcb', 1, 'prepareGpuKernelArgument(cl_kernel kernel, const KernelLaunchConfig &config, size_t argIndex): oclutils.h'] │ │ │ │ │ + ['preparegpukernelargument_618', ['preparegpukernelargument', ['../oclutils_8h.xhtml#ae38b731b0072ddca1ef4f6bf43fc0dcb', 1, 'prepareGpuKernelArgument(cl_kernel kernel, const KernelLaunchConfig &config, size_t argIndex): oclutils.h'], │ │ │ │ │ + ['../oclutils_8h.xhtml#a2880665aed29367c17b0b3b71dcd9049', 1, 'prepareGpuKernelArgument(cl_kernel kernel, const KernelLaunchConfig &config, size_t argIndex, const CurrentArg *argPtr, const RemainingArgs *... otherArgsPtrs): oclutils.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['preparegpukernelarguments_619', ['prepareGpuKernelArguments', ['../oclutils_8h.xhtml#afb415b764fcd0224dcb9b3750a5da322', 1, 'oclutils.h']]], │ │ │ │ │ ['preparelogappending_620', ['prepareLogAppending', ['../namespacegmx.xhtml#a9a0da1437953d9dd6d9a685efc3399b3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['preparelogfile_621', ['prepareLogFile', ['../namespacegmx.xhtml#a812e83599ed7963934847a43e90a7137', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['preparemainsocket_622', ['prepareMainSocket', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a6e51274da748e498bb67501157c9302e', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['preparemdforces_623', ['prepareMDForces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a03f5ab9408fb6dad83684176cc59606c', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['preparemdpfieldvalues_624', ['preparemdpfieldvalues', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a8ea7ab62b4b7d9964ef94142afe88ac8', 1, 'gmx::test::prepareMdpFieldValues(const char *simulationName, const char *integrator, const char *tcoupl, const char *pcoupl, MdpParameterDatabase additionalMdpParameters=MdpParameterDatabase::Default)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a343998f7ef7f6fad4d1a090e7f0ef4d7', 1, 'gmx::test::prepareMdpFieldValues(const std::string &simulationName, const std::string &integrator, const std::string &tcoupl, const std::string &pcoupl, MdpParameterDatabase additionalMdpParameters=MdpParameterDatabase::Default)'] │ │ │ │ │ + ['preparemdpfieldvalues_624', ['preparemdpfieldvalues', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a343998f7ef7f6fad4d1a090e7f0ef4d7', 1, 'gmx::test::prepareMdpFieldValues(const std::string &simulationName, const std::string &integrator, const std::string &tcoupl, const std::string &pcoupl, MdpParameterDatabase additionalMdpParameters=MdpParameterDatabase::Default)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a8ea7ab62b4b7d9964ef94142afe88ac8', 1, 'gmx::test::prepareMdpFieldValues(const char *simulationName, const char *integrator, const char *tcoupl, const char *pcoupl, MdpParameterDatabase additionalMdpParameters=MdpParameterDatabase::Default)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['preparemdpfilecontents_625', ['prepareMdpFileContents', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#af8be2536ce3f2c2e3867fa80d7f06680', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['preparemoleculesinimdgroup_626', ['prepareMoleculesInImdGroup', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a1300648ecce669b42b3158908573b291', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['prepareprevsteppullcom_627', ['preparePrevStepPullCom', ['../pull_8h.xhtml#ace0e8cabf9ba2e4c466681267fe30616', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ │ ['prepareprevsteppullcomnewsimulation_628', ['preparePrevStepPullComNewSimulation', ['../pull_8h.xhtml#aaf91fb3c6408dd4d40dcbc60b8f3346e', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['preparereferencedata_629', ['prepareReferenceData', ['../classgmx_1_1test_1_1PeriodicActionsTest.xhtml#aaf17a8df8c6213ad4bd4632c538e0d9d', 1, 'gmx::test::PeriodicActionsTest']]], │ │ │ │ │ ['preparererunstate_630', ['prepareRerunState', ['../gromacs_2mdrun_2rerun_8cpp.xhtml#a3a61805a1314c7094d6985f312b796d3', 1, 'rerun.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['preparetest_631', ['preparetest', ['../classgmx_1_1test_1_1SetPrecisionUnSupportedFiles.xhtml#a8d07c06ca5994941a6b0d53eaf71afb6', 1, 'gmx::test::SetPrecisionUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ + ['preparetest_631', ['preparetest', ['../classgmx_1_1test_1_1SetVelocityUnSupportedFiles.xhtml#a8fefeae96caffc87c2c27abf1dd7751e', 1, 'gmx::test::SetVelocityUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetPrecisionSupportedFiles.xhtml#ae99227b78afd7add07d701841a056e35', 1, 'gmx::test::SetPrecisionSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SetForceUnSupportedFiles.xhtml#ad6fca57625ab6f39c8854f457c40858e', 1, 'gmx::test::SetForceUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SetForceSupportedFiles.xhtml#ad959f70a7f9a9268ddcb28b607d27888', 1, 'gmx::test::SetForceSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SetPrecisionUnSupportedFiles.xhtml#a8d07c06ca5994941a6b0d53eaf71afb6', 1, 'gmx::test::SetPrecisionUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1OutputSelectorDeathTest.xhtml#ab2c7e9ee595f837c1677769522c9707f', 1, 'gmx::test::OutputSelectorDeathTest::prepareTest()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SetVelocityUnSupportedFiles.xhtml#a8fefeae96caffc87c2c27abf1dd7751e', 1, 'gmx::test::SetVelocityUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SetVelocitySupportedFiles.xhtml#a5c721c58a519211d2984f31306d591bd', 1, 'gmx::test::SetVelocitySupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1NoOptionalOutput.xhtml#a75b0b89f9b03980e5efa151f10747fb0', 1, 'gmx::test::NoOptionalOutput::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1AnyOutputSupportedFiles.xhtml#abd33db6ae6c7bb966a3cf70d93eed90e', 1, 'gmx::test::AnyOutputSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsUnSupportedFiles.xhtml#a1472dda69601bf20c6af26c8970863d7', 1, 'gmx::test::SetAtomsUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsSupportedFiles.xhtml#a55a125582f82a0bef2e0be090626569e', 1, 'gmx::test::SetAtomsSupportedFiles::prepareTest()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SetVelocitySupportedFiles.xhtml#a5c721c58a519211d2984f31306d591bd', 1, 'gmx::test::SetVelocitySupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SetForceSupportedFiles.xhtml#ad959f70a7f9a9268ddcb28b607d27888', 1, 'gmx::test::SetForceSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SetForceUnSupportedFiles.xhtml#ad6fca57625ab6f39c8854f457c40858e', 1, 'gmx::test::SetForceUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsSupportedFiles.xhtml#a55a125582f82a0bef2e0be090626569e', 1, 'gmx::test::SetAtomsSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsUnSupportedFiles.xhtml#a1472dda69601bf20c6af26c8970863d7', 1, 'gmx::test::SetAtomsUnSupportedFiles::prepareTest()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['preparevmdforces_632', ['prepareVmdForces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a17780bb21381fe37591b6c612b30fe76', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['prependcontext_633', ['prependcontext', ['../classgmx_1_1GromacsException.xhtml#a1bd116912e67c096ae949ddae85afe06', 1, 'gmx::GromacsException::prependContext()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02exceptions_8cpp_03_1_1ErrorMessage.xhtml#a35872d2133a1587fde1aac5580bddbab', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}::ErrorMessage::prependContext()'] │ │ │ │ │ + ['prependcontext_633', ['prependcontext', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02exceptions_8cpp_03_1_1ErrorMessage.xhtml#a35872d2133a1587fde1aac5580bddbab', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}::ErrorMessage::prependContext()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GromacsException.xhtml#a1bd116912e67c096ae949ddae85afe06', 1, 'gmx::GromacsException::prependContext()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['preprocess_634', ['preprocess', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#a62a8eb1d8ab64aca76d9c1c6fbf53530', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor']]], │ │ │ │ │ - ['preprocessingatomtypes_635', ['preprocessingatomtypes', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml', 1, 'PreprocessingAtomTypes'], │ │ │ │ │ - ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#ab564e1e5edd0850f93716d5d8b56e7b9', 1, 'PreprocessingAtomTypes::PreprocessingAtomTypes()'] │ │ │ │ │ + ['preprocessingatomtypes_635', ['preprocessingatomtypes', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#ab564e1e5edd0850f93716d5d8b56e7b9', 1, 'PreprocessingAtomTypes::PreprocessingAtomTypes()'], │ │ │ │ │ + ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml', 1, 'PreprocessingAtomTypes'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['preprocessingbondatomtype_636', ['PreprocessingBondAtomType', ['../classPreprocessingBondAtomType.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['preprocessingnotifier_5f_637', ['preProcessingNotifier_', ['../structgmx_1_1MDModulesNotifiers.xhtml#a491f3247b6bc681d6b97dc9db91028a1', 1, 'gmx::MDModulesNotifiers']]], │ │ │ │ │ ['preprocessor_20macros_638', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['preprocessresidue_639', ['PreprocessResidue', ['../structPreprocessResidue.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pres_640', ['pres', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#a4727f9623b6a6995110132c968cb2165', 1, 'gmx_repl_ex']]], │ │ │ │ │ ['pres_5fprev_641', ['pres_prev', ['../classt__state.xhtml#affdc7fa00e6e77e6f80cb7e8457e777d', 1, 't_state']]], │ │ │ │ │ ['present_642', ['present', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputPointSet.xhtml#ace934e632ac88246da704f878ee85b5c', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputPointSet::present()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a69f1255e4e4115a9b183f7be0be7760c', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::present()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a4e9e2e103711b6302c6e82121ec8eef3', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::present()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a4e9e2e103711b6302c6e82121ec8eef3', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::present()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a69f1255e4e4115a9b183f7be0be7760c', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::present()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['presentalldata_643', ['presentAllData', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestFixture.xhtml#ab07eb7b9cb4b5e0fb8fc85c196223f06', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestFixture']]], │ │ │ │ │ ['presentdata_644', ['presentData', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#a58d11e5cb995d8ee2a8b150b80e96015', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['presentdataframe_645', ['presentDataFrame', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestFixture.xhtml#a89e3f46a66165f59608fb91cdec5257c', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestFixture']]], │ │ │ │ │ ['preserveboxshape_646', ['preserveBoxShape', ['../state_8h.xhtml#a0f2e4adc7362d30d4ecfab4f23f25de5', 1, 'state.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pressure_647', ['pressure', ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a0bb52df1038789c62a164a849698f2b5', 1, 'gmx::EnergyData::pressure()'], │ │ │ │ │ - ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a92a3c13d5a3f1ca5d2b3598b5409def7', 1, 'DispersionCorrection::Correction::pressure'] │ │ │ │ │ + ['pressure_647', ['pressure', ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a92a3c13d5a3f1ca5d2b3598b5409def7', 1, 'DispersionCorrection::Correction::pressure'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a0bb52df1038789c62a164a849698f2b5', 1, 'gmx::EnergyData::pressure()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pressure_5f_648', ['pressure_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a3e21f62fdd4229953fe526ba7c74a9f1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest']]], │ │ │ │ │ ['pressurecoupling_649', ['PressureCoupling', ['../md__enums_8h.xhtml#a75403865033b1e929fe40f0119cabfb3', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['pressurecouplingscheme_650', ['pressureCouplingScheme', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTestParameters.xhtml#a5461cc0b111fbe5cf8fe059573a0601c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTestParameters']]], │ │ │ │ │ ['pressurecouplingtype_651', ['PressureCouplingType', ['../md__enums_8h.xhtml#ab9101457c43f890d83e2f61b04c80b88', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['pressurematrixtype_652', ['PressureMatrixType', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbea', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['pressuretoleranceforsystem_5fg_653', ['pressuretoleranceforsystem_g', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02simple__mdrun_8cpp_03.xhtml#a77688ce9e31c88375be56e73eb51a93e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{simple_mdrun.cpp}::pressureToleranceForSystem_g'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pull_8cpp_03.xhtml#ad201e05951ee032ea6a136d25a92307e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pull.cpp}::pressureToleranceForSystem_g'] │ │ │ │ │ + ['pressuretoleranceforsystem_5fg_653', ['pressuretoleranceforsystem_g', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pull_8cpp_03.xhtml#ad201e05951ee032ea6a136d25a92307e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pull.cpp}::pressureToleranceForSystem_g'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02simple__mdrun_8cpp_03.xhtml#a77688ce9e31c88375be56e73eb51a93e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{simple_mdrun.cpp}::pressureToleranceForSystem_g'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['prev_654', ['prev', ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#add154e847d0a1cf20abc00871b9ce9f3', 1, 'gmx_ana_poscalc_t']]], │ │ │ │ │ ['prev_5fpos_5fkw_655', ['prev_pos_kw', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a2d1f374ebc06436e028d3e248c61de94', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]], │ │ │ │ │ ['previousblockindex_656', ['previousBlockIndex', ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml#a6df8388b897c0558a3bf787cbba19bad', 1, 'gmx::CorrelationBlockData']]], │ │ │ │ │ - ['previousbox_657', ['previousbox', ['../structPmeShared.xhtml#ab9b6225eeb3328d7aac146cbf5f2fd70', 1, 'PmeShared::previousBox'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#a501f9b5921e1f474301d6aacb6c2cdc1', 1, 'gmx::StatePropagatorData::previousBox()'] │ │ │ │ │ + ['previousbox_657', ['previousbox', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#a501f9b5921e1f474301d6aacb6c2cdc1', 1, 'gmx::StatePropagatorData::previousBox()'], │ │ │ │ │ + ['../structPmeShared.xhtml#ab9b6225eeb3328d7aac146cbf5f2fd70', 1, 'PmeShared::previousBox'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['previouspositionsview_658', ['previousPositionsView', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#ac6140a3c4f36b27e1e659ec4b7ab898b', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ │ ['prevresi_5f_659', ['prevResi_', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1ResInfo.xhtml#a6ed227e2b87836e5127d5cc4fdf3c360', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::ResInfo']]], │ │ │ │ │ ['prevsteppullcom_660', ['prevStepPullCom', ['../pull_8h.xhtml#a89919ab1b48afac22537d6a93869d2f3', 1, 'pullutil.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5fand_5fintegrate_661', ['print_and_integrate', ['../integrate_8h.xhtml#a6efd3fb6110b8a9030675e2190993233', 1, 'integrate.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5fbbsizes_5fsimple_662', ['print_bbsizes_simple', ['../namespaceNbnxm.xhtml#ab157daa725cf20aa829b014f9333aa60', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['print_5fbbsizes_5fsupersub_663', ['print_bbsizes_supersub', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a7e42292bc2214e4a1c7d8a80f48a1cb0', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ @@ -1104,18 +1104,18 @@ │ │ │ │ │ ['print_5forires_5flog_680', ['print_orires_log', ['../orires_8h.xhtml#a558c2a0b81d1976025f8f0efd51af375', 1, 'orires.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5fpme_5floadbal_5fsetting_681', ['print_pme_loadbal_setting', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a34ad2116d0baa736e0d155ba956bf062', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5fpme_5floadbal_5fsettings_682', ['print_pme_loadbal_settings', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a738403c89c46ba35701c160e156915fa', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5freplica_5fexchange_5fstatistics_683', ['print_replica_exchange_statistics', ['../replicaexchange_8h.xhtml#ac242f2189cc51aa6ffb4a1b5768eab7d', 1, 'replicaexchange.h']]], │ │ │ │ │ ['print_5fresall_684', ['print_resall', ['../resall_8h.xhtml#afbd28b7c0e308005c53b31f428715e5e', 1, 'resall.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5fstart_685', ['print_start', ['../printtime_8h.xhtml#a6cf8ede86906fc405824ad5ba33578ff', 1, 'printtime.h']]], │ │ │ │ │ ['print_5ftime_686', ['print_time', ['../printtime_8h.xhtml#a2b2cf213aae64f2f3992ac2fee167bb7', 1, 'printtime.h']]], │ │ │ │ │ - ['printbinaryinformation_687', ['printbinaryinformation', ['../namespacegmx.xhtml#a0ea11527285a0547aafa0ee27c4f4817', 1, 'gmx::printBinaryInformation()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BinaryInformationSettings.xhtml#ae1ca1f3759dfd30915c86eb6461c35f8', 1, 'gmx::BinaryInformationSettings::printBinaryInformation'], │ │ │ │ │ + ['printbinaryinformation_687', ['printbinaryinformation', ['../namespacegmx.xhtml#aff67fcd64bdaa64a3823cc1a322a6783', 1, 'gmx::printBinaryInformation(FILE *fp, const IProgramContext &programContext)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ad0c6bc3dc4ee812f31a6076c7d4f42a9', 1, 'gmx::printBinaryInformation(FILE *fp, const IProgramContext &programContext, const BinaryInformationSettings &settings)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aff67fcd64bdaa64a3823cc1a322a6783', 1, 'gmx::printBinaryInformation(FILE *fp, const IProgramContext &programContext)'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a0ea11527285a0547aafa0ee27c4f4817', 1, 'gmx::printBinaryInformation(TextWriter *writer, const IProgramContext &programContext, const BinaryInformationSettings &settings)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BinaryInformationSettings.xhtml#ae1ca1f3759dfd30915c86eb6461c35f8', 1, 'gmx::BinaryInformationSettings::printBinaryInformation'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['printcurrentstatus_688', ['printCurrentStatus', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02selectioncollection_8cpp_03.xhtml#ab287e09e32b67a7d8eb6c426cbea825e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selectioncollection.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['printcycles_689', ['printCycles', ['../structSearchCycleCounting.xhtml#ad6789164e4b7071c5d6b0248095aff5f', 1, 'SearchCycleCounting']]], │ │ │ │ │ ['printdebuginfo_690', ['printDebugInfo', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a83cdc66c0202739e8e7dd1c1add3492b', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ │ ['printfatalerrorfooter_691', ['printFatalErrorFooter', ['../group__module__utility.xhtml#gadcb892c734184fade6b913a4d3a66aa7', 1, 'gmx::internal']]], │ │ │ │ │ ['printfatalerrorheader_692', ['printFatalErrorHeader', ['../group__module__utility.xhtml#ga34257490d770efb0f6a87adeef2629c6', 1, 'gmx::internal']]], │ │ │ │ │ ['printfatalerrormessage_693', ['printFatalErrorMessage', ['../group__module__utility.xhtml#gac6287dc8a550a2d54429e44994e00e58', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -1131,54 +1131,54 @@ │ │ │ │ │ ['printnbnxmpressureerror_701', ['printnbnxmpressureerror', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml#ae483876431a02eddeedc14fec3d7c698', 1, 'printNbnxmPressureError(const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &inputrec, const gmx_mtop_t &mtop, const real effectiveAtomDensity, const PairlistParams &listParams): pairlist_tuning.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pairlist__tuning_8h.xhtml#af995d5b87337af64a10418c62b4949d6', 1, 'printNbnxmPressureError(const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &inputrec, const gmx_mtop_t &mtop, real effectiveAtomDensity, const PairlistParams &listParams): pairlist_tuning.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['printreplicaexchangeparameterstostring_702', ['PrintReplicaExchangeParametersToString', ['../structgmx_1_1test_1_1PrintReplicaExchangeParametersToString.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['printstringtablestoragetofile_703', ['printStringTableStorageToFile', ['../classStringTable.xhtml#a43471fd15acff612e6fbf75df17328f3', 1, 'StringTable']]], │ │ │ │ │ ['printthanks_704', ['printThanks', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#a05cae832d1e990febdd2035ed4dae99c', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['printtime_2eh_705', ['printtime.h', ['../printtime_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['printto_706', ['printto', ['../tests_2confio_8cpp.xhtml#ae9ec9498ed69d6298c4cec343dbf6eea', 1, 'PrintTo(): confio.cpp'], │ │ │ │ │ + ['printto_706', ['printto', ['../namespacegmx.xhtml#a48139736d8f5906f2262d2219909e972', 1, 'gmx::PrintTo(const RVec &value, std::ostream *os)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a8cc01a6cbd2e745e2859c1c597de99f0', 1, 'gmx::PrintTo(const PaddedVector< RVec > &vector, std::ostream *os)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a48139736d8f5906f2262d2219909e972', 1, 'gmx::PrintTo(const RVec &value, std::ostream *os)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2constr_8cpp.xhtml#ad8707751bcf9b7561997be4d4509f919', 1, 'PrintTo(): constr.cpp'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02constr_8cpp_03.xhtml#a146ac5d0721d0bbff854d6b43bd3c594', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{constr.cpp}::PrintTo()'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2constr_8cpp.xhtml#ad8707751bcf9b7561997be4d4509f919', 1, 'PrintTo(): constr.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../tests_2confio_8cpp.xhtml#ae9ec9498ed69d6298c4cec343dbf6eea', 1, 'PrintTo(): confio.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['printtree_707', ['printtree', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#ab4cb9e76c9189929571b6120c02fdb15', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::printTree()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml#af818d2c18b1f062f98535ea2310cf9d6', 1, 'gmx::SelectionCollection::printTree(FILE *fp, bool bValues) const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['printxvgrinfo_708', ['printXvgrInfo', ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml#a258632c31196a32960eac628c9ccd7f9', 1, 'gmx::SelectionCollection']]], │ │ │ │ │ ['prob_709', ['prob', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#a3f7ac1e9d6c7f8aa5c82ae73d8e82435', 1, 'gmx_repl_ex']]], │ │ │ │ │ ['prob_5fsum_710', ['prob_sum', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#afe91de4fe29e4757a00af03b1d4da003', 1, 'gmx_repl_ex']]], │ │ │ │ │ ['process_711', ['process', ['../classgmx_1_1OutputRequirementOptionDirector.xhtml#a5d9f95e01fdd6500433f72b54963cf65', 1, 'gmx::OutputRequirementOptionDirector']]], │ │ │ │ │ ['process_5fconst_712', ['process_const', ['../compiler_8cpp.xhtml#a3a79847d59f377e50695756feae2818d', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['processall_713', ['processall', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a9415930b33cf36ebc49d2040b3df1ed1', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::processAll()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a1ed3015bac2e5a4af9631fb8fef8cd39', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::processAll()'] │ │ │ │ │ + ['processall_713', ['processall', ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a1ed3015bac2e5a4af9631fb8fef8cd39', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::processAll()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a9415930b33cf36ebc49d2040b3df1ed1', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::processAll()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['processatomsredistributedsignal_714', ['processAtomsRedistributedSignal', ['../classgmx_1_1ColvarsForceProvider.xhtml#a7e4338e0cff17f65c590c5e188d55d5f', 1, 'gmx::ColvarsForceProvider']]], │ │ │ │ │ ['processawhframe_715', ['processAwhFrame', ['../classAwhReader.xhtml#a2daf556d976fa7b201ba3f74c8400c8b', 1, 'AwhReader']]], │ │ │ │ │ ['processcommonoptions_716', ['processCommonOptions', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#a98689b63c70ad2e9a03104894fa94fe3', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['processcoordinates_717', ['processcoordinates', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a8f46ded54da0f0bd0824a2ef1e4ab87d', 1, 'gmx::ColvarsOptions::processCoordinates()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml#a6b4615a64c4e8b468cf26b5862e47ca2', 1, 'gmx::QMMMOptions::processCoordinates()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['processedrfilename_718', ['processEdrFilename', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a1fb943de3010cf577bc68ff8f88f88f5', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ │ ['processexceptionasfatalerror_719', ['processExceptionAsFatalError', ['../group__module__utility.xhtml#ga13076c5bb17dd3bf90f683af835b8b62', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['processexceptionatexit_720', ['processExceptionAtExit', ['../group__module__utility.xhtml#ga5a45f49e157fa8e1059d24243283e248', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['processexceptionatexitforcommandline_721', ['processExceptionAtExitForCommandLine', ['../namespacegmx.xhtml#ad8fe34835a6e197f2731e7d604f28992', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['processexpectedexception_722', ['processExpectedException', ['../testasserts_8h.xhtml#a70e5df8e89a760f1a7b0b729ae79d9e9', 1, 'gmx::test::internal']]], │ │ │ │ │ - ['processframe_723', ['processframe', ['../classgmx_1_1SetPrecision.xhtml#aa0c17362c51113f315d3985a1b87db43', 1, 'gmx::SetPrecision::processFrame()'], │ │ │ │ │ + ['processframe_723', ['processframe', ['../classgmx_1_1SetAtoms.xhtml#aa2ca3ec1cd6987c1af76bf3eaed208d1', 1, 'gmx::SetAtoms::processFrame()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SetBox.xhtml#ad4fb823cdc838cbe1253f1b720659552', 1, 'gmx::SetBox::processFrame()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IOutputAdapter.xhtml#a0600c39ab0392347654f7e4984fe55b0', 1, 'gmx::IOutputAdapter::processFrame()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SetForces.xhtml#ab6b102111de37f9de56baa55b54e9d4c', 1, 'gmx::SetForces::processFrame()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SetPrecision.xhtml#aa0c17362c51113f315d3985a1b87db43', 1, 'gmx::SetPrecision::processFrame()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SetStartTime.xhtml#a1a0e96a360061ca80d4c1021b428d18f', 1, 'gmx::SetStartTime::processFrame()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SetVelocities.xhtml#a8e040a226a533cf085ecf264f4bcbb39', 1, 'gmx::SetVelocities::processFrame()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SetTimeStep.xhtml#a94ffdac361572d0d678595faa5ca34f7', 1, 'gmx::SetTimeStep::processFrame()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SetStartTime.xhtml#a1a0e96a360061ca80d4c1021b428d18f', 1, 'gmx::SetStartTime::processFrame()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SetForces.xhtml#ab6b102111de37f9de56baa55b54e9d4c', 1, 'gmx::SetForces::processFrame()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SetBox.xhtml#ad4fb823cdc838cbe1253f1b720659552', 1, 'gmx::SetBox::processFrame()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SetAtoms.xhtml#aa2ca3ec1cd6987c1af76bf3eaed208d1', 1, 'gmx::SetAtoms::processFrame()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#a18b9cfa903a2140d038b85e44f0d728b', 1, 'gmx::OutputSelector::processFrame()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IOutputAdapter.xhtml#a0600c39ab0392347654f7e4984fe55b0', 1, 'gmx::IOutputAdapter::processFrame()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#a18b9cfa903a2140d038b85e44f0d728b', 1, 'gmx::OutputSelector::processFrame()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['processframeconversion_724', ['processframeconversion', ['../classgmx_1_1ProcessFrameConversion.xhtml#ac312a6f913f3b4c10b1b4506dc3992b4', 1, 'gmx::ProcessFrameConversion::ProcessFrameConversion()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ProcessFrameConversion.xhtml', 1, 'gmx::ProcessFrameConversion'] │ │ │ │ │ + ['processframeconversion_724', ['processframeconversion', ['../classgmx_1_1ProcessFrameConversion.xhtml', 1, 'gmx::ProcessFrameConversion'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ProcessFrameConversion.xhtml#ac312a6f913f3b4c10b1b4506dc3992b4', 1, 'gmx::ProcessFrameConversion::ProcessFrameConversion()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['processframeconversionpointer_725', ['ProcessFrameConversionPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a738d561c427ed33793a987d6624c16fd', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['processid_726', ['processId', ['../classgmx_1_1BinaryInformationSettings.xhtml#abaf2e86d7516dee9612672fbb5c8c661', 1, 'gmx::BinaryInformationSettings']]], │ │ │ │ │ ['processing_20modules_727', ['Provided data processing modules', ['../page_analysisdata.xhtml#autotoc_md77', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['processingunit_728', ['ProcessingUnit', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1ProcessingUnit.xhtml', 1, 'gmx::HardwareTopology']]], │ │ │ │ │ ['processingunitrankincore_729', ['processingUnitRankInCore', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#ace41f39d285eb357ca9cc2f6ee2a2790', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ │ ['processingunits_730', ['processingunits', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Core.xhtml#a8fdfecad6961986891247c462ab06979', 1, 'gmx::HardwareTopology::Core::processingUnits'], │ │ │ │ │ @@ -1192,16 +1192,16 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['processsetvalues_735', ['processSetValues', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#ac2087a4d9de673881807396fe394319c', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate']]], │ │ │ │ │ ['processtemperature_736', ['processTemperature', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a293c9daa9381534b897ed0a0e2c807cd', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ │ ['processtopology_737', ['processTopology', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#af8368195ed33a203effbe19f32d7ced3', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ │ ['processtprfilename_738', ['processTprFilename', ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml#a5c846f75b4fa34240c3be20473ebb653', 1, 'gmx::QMMMOptions']]], │ │ │ │ │ ['processvalue_739', ['processValue', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a816a646cd0e1b9160ad0d49cb7927096', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple']]], │ │ │ │ │ ['prof_5fnormalization_5fand_5funit_740', ['prof_normalization_and_unit', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a353807786a39c0095c354018e954af1d', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['profiling_741', ['profiling', ['../classgmx_1_1Profiling.xhtml#a825ce2f3fd77ed8a6ad01ad13277e094', 1, 'gmx::Profiling::Profiling()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Profiling.xhtml', 1, 'gmx::Profiling'] │ │ │ │ │ + ['profiling_741', ['profiling', ['../classgmx_1_1Profiling.xhtml', 1, 'gmx::Profiling'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Profiling.xhtml#a825ce2f3fd77ed8a6ad01ad13277e094', 1, 'gmx::Profiling::Profiling()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['program_742', ['program', ['../structgmx__device__runtime__data__t.xhtml#a131c6f5f31ef679933d8530db2aec912', 1, 'gmx_device_runtime_data_t']]], │ │ │ │ │ ['program_20management_20commandline_743', ['Command Line Program Management (commandline)', ['../group__module__commandline.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['programcontext_2ecpp_744', ['programcontext.cpp', ['../programcontext_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['programcontext_2eh_745', ['programcontext.h', ['../programcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['programcontext_5f_746', ['programContext_', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#aec22308f1e2209f756a894dd672f0123', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['programhandle_5f_747', ['programHandle_', ['../structPmeGpu.xhtml#a6b8587b3b55775d271f0a05b2377ea0d', 1, 'PmeGpu']]], │ │ │ │ │ @@ -1209,31 +1209,31 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02programcontext_8cpp_03_1_1DefaultProgramContext.xhtml#abef54ace7516fc4bf108cd185be5f13d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{programcontext.cpp}::DefaultProgramContext::programName()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#a7d7ab243fabe9ee53b7a261b6508c0c6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::programName()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IProgramContext.xhtml#af7114ce30502138b830c6ab1ebe7218a', 1, 'gmx::IProgramContext::programName()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['project_5fto_5feigvectors_749', ['project_to_eigvectors', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#afe413df193477fd5579ba5dc476af94a', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['projectx_750', ['projectx', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#a51dbf031e475b6a7db752e30fd49d772', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['promptline_751', ['promptLine', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02selectioncollection_8cpp_03.xhtml#a4725dbb58fb88906d3e3f60fabad6903', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selectioncollection.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['prop_752', ['prop', ['../classAtomProperties_1_1Impl.xhtml#ae053674382c8aba1e9672a462aa46a34', 1, 'AtomProperties::Impl::prop'], │ │ │ │ │ - ['../classAtomProperties.xhtml#a989a1bbdaf2caddb0696947bfa9419a7', 1, 'AtomProperties::prop()'] │ │ │ │ │ + ['prop_752', ['prop', ['../classAtomProperties.xhtml#a989a1bbdaf2caddb0696947bfa9419a7', 1, 'AtomProperties::prop()'], │ │ │ │ │ + ['../classAtomProperties_1_1Impl.xhtml#ae053674382c8aba1e9672a462aa46a34', 1, 'AtomProperties::Impl::prop'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['propagate_5fon_5fcontainer_5fcopy_5fassignment_753', ['propagate_on_container_copy_assignment', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#af118f1bf88de184a1b6a3655df879591', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]], │ │ │ │ │ ['propagate_5fon_5fcontainer_5fmove_5fassignment_754', ['propagate_on_container_move_assignment', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#ad784820686c118595c511a1c323ada53', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]], │ │ │ │ │ ['propagate_5fon_5fcontainer_5fswap_755', ['propagate_on_container_swap', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#afd1941ab26a2198c5395d662cbe56e9e', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]], │ │ │ │ │ ['propagationparameters_756', ['PropagationParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a774ca3fa5df95b1187890bf92a0e0cd8', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['propagationparameterswithconstraints_757', ['propagationParametersWithConstraints', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a6193e70ad283d80177391e3d3bf79522', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['propagationparameterswithcoupling_758', ['propagationParametersWithCoupling', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ae287683c1974989b18151e1147f2b39d', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['propagator_759', ['propagator', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml', 1, 'gmx::Propagator< integrationStage >'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#a0be3f787956d64b6f1db5686085d3791', 1, 'gmx::Propagator::Propagator()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['propagator_20tt_760', ['<tt>Propagator</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md27', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['propagator_2ecpp_761', ['propagator.cpp', ['../propagator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['propagator_2eh_762', ['propagator.h', ['../propagator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['propagatorcallback_763', ['propagatorcallback', ['../classgmx_1_1MttkPropagatorConnection.xhtml#a667942f1bbef424b2716da739030ad2e', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnection::propagatorCallback()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#abe7883668ad32a364fb2289b060a1468', 1, 'gmx::MttkData::propagatorCallback()'], │ │ │ │ │ + ['propagatorcallback_763', ['propagatorcallback', ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#abe7883668ad32a364fb2289b060a1468', 1, 'gmx::MttkData::propagatorCallback()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkPropagatorConnection.xhtml#a667942f1bbef424b2716da739030ad2e', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnection::propagatorCallback()'], │ │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga3396e7f07a04e8c8d3ce40cbfa022c4c', 1, 'gmx::PropagatorCallback'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['propagatorconnection_764', ['PropagatorConnection', ['../structgmx_1_1PropagatorConnection.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['propagatortag_765', ['propagatortag', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gae5429b9c01d5a4d3e399efca641aa2c9', 1, 'gmx::PropagatorTag::PropagatorTag()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1PropagatorTag.xhtml', 1, 'gmx::PropagatorTag'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['propagatortagpostposition_766', ['propagatorTagPostPosition', ['../structgmx_1_1MttkPropagatorConnectionDetails.xhtml#a30ea53994cc965ef3a04dffab77a99b5', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnectionDetails']]], │ │ │ │ │ @@ -1248,17 +1248,17 @@ │ │ │ │ │ ['prscalingcallback_775', ['prScalingCallback', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#a8290753edff543fc7792f05aa682fef2', 1, 'gmx::Propagator']]], │ │ │ │ │ ['prune_5fk_776', ['prune_k', ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#ae0285bc3874f69de77c0a571fe8a750e', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction']]], │ │ │ │ │ ['prunetime_777', ['pruneTime', ['../structgmx__wallclock__gpu__nbnxn__t.xhtml#af892e5f3a38c3ea077d7c2fc9f3875aa', 1, 'gmx_wallclock_gpu_nbnxn_t']]], │ │ │ │ │ ['pselstr_778', ['pselstr', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a9903897e32d34014698a94545ccb7c6b', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]], │ │ │ │ │ ['psi_779', ['psi', ['../structt__bb.xhtml#a147862a6ed22146e070c8237288331e2', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ │ ['pswitch_780', ['PSwitch', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a147ad5ea41195b2ed33d63f460dde01ead4d20db2a8cc5234ee00e37cdf487c5b', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['ptcouplingarrays_781', ['PTCouplingArrays', ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['ptr_782', ['ptr', ['../structgmx__sel__mempool__block__t.xhtml#add25c5d49d8ff2d9655b80cdbb9ffb84', 1, 'gmx_sel_mempool_block_t::ptr'], │ │ │ │ │ + ['ptr_782', ['ptr', ['../structNbnxm_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#a856a84a3b730b2aebc2270e27a972d61', 1, 'Nbnxm::BoundingBox::Corner::ptr()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__sel__mempool__block__t.xhtml#add25c5d49d8ff2d9655b80cdbb9ffb84', 1, 'gmx_sel_mempool_block_t::ptr'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selvalue__t.xhtml#a12b279f9954e6c83e9e9957fcde06e81', 1, 'gmx_ana_selvalue_t::ptr'], │ │ │ │ │ - ['../structNbnxm_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#a856a84a3b730b2aebc2270e27a972d61', 1, 'Nbnxm::BoundingBox::Corner::ptr() const'], │ │ │ │ │ ['../structNbnxm_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#af586e5b6e9fe3ddc1303e2e67f6f3951', 1, 'Nbnxm::BoundingBox::Corner::ptr()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['ptype_783', ['ptype', ['../classSimulationParticle.xhtml#adfbadc49e08a3567f287bf57779863c0', 1, 'SimulationParticle']]], │ │ │ │ │ ['public_20api_784', ['Public API', ['../group__group__publicapi.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['puid_785', ['puId', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#a61aefff6555da4373cb8b84122e196d4', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ │ ['puidincore_786', ['puIdInCore', ['../structgmx_1_1CpuInfo_1_1LogicalProcessor.xhtml#ac3478cc96129471d97e408f93aad07d9', 1, 'gmx::CpuInfo::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ │ ['pull_787', ['pull', ['../structgmx_1_1ImdOptions.xhtml#a23ce7753d3bfbdc5d7570f09e45371fd', 1, 'gmx::ImdOptions::pull'], │ │ │ │ │ @@ -1270,68 +1270,68 @@ │ │ │ │ │ ['pull_2eh_789', ['pull.h', ['../pull_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fapply_5fforces_790', ['pull_apply_forces', ['../pull_8h.xhtml#a30e2e9144fd25485f1fb82a056fe4a1d', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fcalc_5fcoms_791', ['pull_calc_coms', ['../pull_8h.xhtml#aef1eab47f2cd04327609d835c6b90387', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fcom_5fprev_5fstep_792', ['pull_com_prev_step', ['../classt__state.xhtml#aa8ea2dcddf844a3b53ea8465096e24bf', 1, 't_state']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fconstraint_793', ['pull_constraint', ['../pull_8h.xhtml#a35cb315618e4d4ccaf25b54737681afb', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fconversion_5ffactor_5finternal2userinput_794', ['pull_conversion_factor_internal2userinput', ['../pull_8h.xhtml#aee0faab178e24c4b71e7b90a6765cbdf', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fconversion_5ffactor_5fuserinput2internal_795', ['pull_conversion_factor_userinput2internal', ['../pull_8h.xhtml#abbcce19ba40736561060cfe98198e6ab', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pull_5fcoord_5fwork_5ft_796', ['pull_coord_work_t', ['../structpull__coord__work__t.xhtml', 1, 'pull_coord_work_t'], │ │ │ │ │ - ['../structpull__coord__work__t.xhtml#ad17022eb80139d753a6ad23b839320b1', 1, 'pull_coord_work_t::pull_coord_work_t()'] │ │ │ │ │ + ['pull_5fcoord_5fwork_5ft_796', ['pull_coord_work_t', ['../structpull__coord__work__t.xhtml#ad17022eb80139d753a6ad23b839320b1', 1, 'pull_coord_work_t::pull_coord_work_t()'], │ │ │ │ │ + ['../structpull__coord__work__t.xhtml', 1, 'pull_coord_work_t'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pull_5fcoordinate_5funits_797', ['pull_coordinate_units', ['../pull_8h.xhtml#a07b69ebef9690b06dd028041c31cf533', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pull_5fgroup_5fwork_5ft_798', ['pull_group_work_t', ['../structpull__group__work__t.xhtml#a5691fbeae1e947dad0ed28bd352cbf74', 1, 'pull_group_work_t::pull_group_work_t()'], │ │ │ │ │ - ['../structpull__group__work__t.xhtml', 1, 'pull_group_work_t'] │ │ │ │ │ + ['pull_5fgroup_5fwork_5ft_798', ['pull_group_work_t', ['../structpull__group__work__t.xhtml', 1, 'pull_group_work_t'], │ │ │ │ │ + ['../structpull__group__work__t.xhtml#a5691fbeae1e947dad0ed28bd352cbf74', 1, 'pull_group_work_t::pull_group_work_t()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pull_5fhave_5fconstraint_799', ['pull_have_constraint', ['../pull_8h.xhtml#a566ce120c039a41fd0bb770a8c3c6724', 1, 'pull_have_constraint(const pull_t &pull): pull.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pull_8h.xhtml#a6aa45e79faa7a773a9d33ec602edb4f6', 1, 'pull_have_constraint(const pull_params_t &pullParameters): pull.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pull_5fhave_5fconstraint_799', ['pull_have_constraint', ['../pull_8h.xhtml#a6aa45e79faa7a773a9d33ec602edb4f6', 1, 'pull_have_constraint(const pull_params_t &pullParameters): pull.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pull_8h.xhtml#a566ce120c039a41fd0bb770a8c3c6724', 1, 'pull_have_constraint(const pull_t &pull): pull.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pull_5fhave_5fpotential_800', ['pull_have_potential', ['../pull_8h.xhtml#ae6af89f849fd30d51ca83d0a083f55c7', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pull_5finternal_2eh_801', ['pull_internal.h', ['../pull__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fparams_2eh_802', ['pull_params.h', ['../pull__params_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fpotential_803', ['pull_potential', ['../pull_8h.xhtml#a8399fff13e16cff4521431248dd371ce', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fprint_5foutput_804', ['pull_print_output', ['../output_8h.xhtml#a03a31b1f513efb311037d8520ddb62d5', 1, 'output.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pull_5frotation_2ecpp_805', ['pull_rotation.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2pull__rotation_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5frotation_2eh_806', ['pull_rotation.h', ['../pull__rotation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5ftype_807', ['pull_type', ['../structt__pullcoord.xhtml#a3659723b352a0c351b5525011edfe521', 1, 't_pullcoord']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fwork_808', ['pull_work', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#a75047e8a44584fcb4e0f2bb662723254', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator']]], │ │ │ │ │ ['pullcheckpbcwithingroup_809', ['pullCheckPbcWithinGroup', ['../pull_8h.xhtml#ab09591734914d2d04d712aebfbf23972', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['pullcheckpbcwithingroups_810', ['pullCheckPbcWithinGroups', ['../pull_8h.xhtml#a22765fba515ab711be631bbbe08310e7', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ - ['pullcoordexpressionparser_811', ['pullcoordexpressionparser', ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml#a69a4582d47f4dbbfdee1fff7be371bb0', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser::PullCoordExpressionParser()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser'] │ │ │ │ │ + ['pullcoordexpressionparser_811', ['pullcoordexpressionparser', ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml#a69a4582d47f4dbbfdee1fff7be371bb0', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser::PullCoordExpressionParser()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pullcoordexpressionparser_2eh_812', ['pullcoordexpressionparser.h', ['../pullcoordexpressionparser_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullcoordindex_5f_813', ['pullCoordIndex_', ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml#a2af1237e8b1f71f4130b923bd2ed1c7d', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem']]], │ │ │ │ │ - ['pulldimparams_814', ['pulldimparams', ['../structgmx_1_1DimParams_1_1PullDimParams.xhtml', 1, 'gmx::DimParams::PullDimParams'], │ │ │ │ │ - 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['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml#a14d9462c691bb3660355f479b50c6498', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties::SelectionTopologyProperties(bool needsTopology, bool needsMasses)'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml#af834c076cd9cbc2c57b89250727bfbe3', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties::SelectionTopologyProperties()'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml#af834c076cd9cbc2c57b89250727bfbe3', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties::SelectionTopologyProperties()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml#a14d9462c691bb3660355f479b50c6498', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties::SelectionTopologyProperties(bool needsTopology, bool needsMasses)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectiontreeelement_267', ['selectiontreeelement', ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a23c50625ee174eb9b7cd96cf292c0a97', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::SelectionTreeElement()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml', 1, 'gmx::SelectionTreeElement'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectiontreeelementpointer_268', ['SelectionTreeElementPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a2804c9c82f2a9bd0ec94d3c2f1003f42', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectiontypeoption_269', ['SelectionTypeOption', ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml#af294f433688c52289ed05459d453dc34', 1, 'gmx::SelectionCollection']]], │ │ │ │ │ ['selectmoduletest_270', ['SelectModuleTest', ['../namespaceanonymous__namespace_02select_8cpp_03.xhtml#a09ac3d90cb8f628ef8bcfb584a8ab2d6', 1, 'anonymous_namespace{select.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['selectprunekernel_271', ['selectPruneKernel', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a13759301368d62d361ad2e543cb68fff', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['selectsinglefromarray_272', ['selectSingleFromArray', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodPositions.xhtml#ab7bfbb8eba303c38bff880fc78688e93', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodPositions']]], │ │ │ │ │ ['selectsplineandspreadkernelptr_273', ['selectSplineAndSpreadKernelPtr', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aecfebe55042dd51c6c0a96a2c89b0f57', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['selectsplinekernelptr_274', ['selectSplineKernelPtr', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#abf494874acbbf5b70e1e33e008698fc1', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['selectspreadkernelptr_275', ['selectSpreadKernelPtr', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a8eeee450b2b1ed42c53912d7975eee9b', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['selelem_2ecpp_276', ['selelem.cpp', ['../selelem_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selelem_2eh_277', ['selelem.h', ['../selelem_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a745fdcc1e0a8b9364ff6df20862a33ce', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::serializeValue(gmx::ISerializer *serializer, unsigned short *value)'], │ │ │ │ │ - ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a3157b99b1bedcfe7b4265f83cb6bc3f4', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::serializeValue(gmx::ISerializer *serializer, NameHolder *value)'] │ │ │ │ │ + ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a745fdcc1e0a8b9364ff6df20862a33ce', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::serializeValue(gmx::ISerializer *serializer, unsigned short *value)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['serializevaluetype_316', ['serializeValueType', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02keyvaluetreeserializer_8cpp_03.xhtml#ae6763d0fe0a3afb9c9d057f76a41e2d5', 1, 'gmx::anonymous_namespace{keyvaluetreeserializer.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['series_5fsinhx_317', ['series_sinhx', ['../namespacegmx.xhtml#a92d3eb4aaecff5c613995ed4bce22a0a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['sessionpossible_318', ['sessionPossible', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a2a520cd67703dbad9a08fa372e88cdf3', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ - 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['set_5fddbox_5fcr_329', ['set_ddbox_cr', ['../box_8h.xhtml#a3426a030bf63c5646cf33348243c3b6a', 1, 'set_ddbox_cr(DDRole ddRole, MPI_Comm communicator, const ivec *dd_nc, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_ddbox_t *ddbox): box.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../box_8cpp.xhtml#a3426a030bf63c5646cf33348243c3b6a', 1, 'set_ddbox_cr(DDRole ddRole, MPI_Comm communicator, const ivec *dd_nc, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_ddbox_t *ddbox): box.cpp'] │ │ │ │ │ + ['set_5fddbox_5fcr_329', ['set_ddbox_cr', ['../box_8cpp.xhtml#a3426a030bf63c5646cf33348243c3b6a', 1, 'set_ddbox_cr(DDRole ddRole, MPI_Comm communicator, const ivec *dd_nc, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_ddbox_t *ddbox): box.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../box_8h.xhtml#a3426a030bf63c5646cf33348243c3b6a', 1, 'set_ddbox_cr(DDRole ddRole, MPI_Comm communicator, const ivec *dd_nc, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_ddbox_t *ddbox): box.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['set_5fdlb_5flimits_330', ['set_dlb_limits', ['../dlb_8h.xhtml#afaf4f569d865a98d3fa62b86aecc8e77', 1, 'set_dlb_limits(gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../dlb_8cpp.xhtml#afaf4f569d865a98d3fa62b86aecc8e77', 1, 'set_dlb_limits(gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp'] │ │ │ │ │ + ['set_5fdlb_5flimits_330', ['set_dlb_limits', ['../dlb_8cpp.xhtml#afaf4f569d865a98d3fa62b86aecc8e77', 1, 'set_dlb_limits(gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../dlb_8h.xhtml#afaf4f569d865a98d3fa62b86aecc8e77', 1, 'set_dlb_limits(gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['set_5fempty_331', ['set_empty', ['../parser__internal_8h.xhtml#a0340e95b333de1fa7bf551b2a87448e7', 1, 'parser_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['set_5fevaluation_5ffunction_332', ['set_evaluation_function', ['../compiler_8cpp.xhtml#a35320786c5039f3728adb84d85bd4c2b', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['set_5fexpr_5fvalue_5fstore_333', ['set_expr_value_store', ['../params_8cpp.xhtml#a5da3b2e33fb571c3956ee81d257a8fc1', 1, 'params.cpp']]], │ │ │ │ │ ['set_5flincs_334', ['set_lincs', ['../namespacegmx.xhtml#a66c73ae3682645bd6b70e117f0ff663c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['set_5flincs_5fmatrix_335', ['set_lincs_matrix', ['../namespacegmx.xhtml#a01158803d65280f63cb12b005154a78e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['set_5flincs_5fmatrix_5ftask_336', ['set_lincs_matrix_task', ['../namespacegmx.xhtml#a5e8aa4417f91360f99e68a85523b2ef1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -542,34 +542,34 @@ │ │ │ │ │ ['set_5frefpos_5ftype_346', ['set_refpos_type', ['../parsetree_8cpp.xhtml#a57baca0c38204cd51a3d1a433936599e', 1, 'parsetree.cpp']]], │ │ │ │ │ ['set_5ftric_5fdir_347', ['set_tric_dir', ['../box_8cpp.xhtml#a3d4137e7c143e70fe0970f1ac15dcf7d', 1, 'box.cpp']]], │ │ │ │ │ ['set_5funit_5fsystem_348', ['set_unit_system', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#affa600110ea56d0c552bfd70b97ed047', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs']]], │ │ │ │ │ ['set_5fzones_5fnumhomeatoms_349', ['set_zones_numHomeAtoms', ['../partition_8cpp.xhtml#a5787e45151f6c1cad8ed341da6a2654a', 1, 'partition.cpp']]], │ │ │ │ │ ['set_5fzones_5fsize_350', ['set_zones_size', ['../partition_8cpp.xhtml#a8bb919736f713b479516d9225d2c103d', 1, 'partition.cpp']]], │ │ │ │ │ ['setabstol_351', ['setAbsTol', ['../classgmx_1_1test_1_1SimdBaseTest.xhtml#aba2dcd7ec0563e05aafd6c176fb286c4', 1, 'gmx::test::SimdBaseTest']]], │ │ │ │ │ ['setacceptbooleannoprefix_352', ['setAcceptBooleanNoPrefix', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a56938380411404494b76c1170f7ceb7f', 1, 'gmx::OptionsAssigner']]], │ │ │ │ │ - ['setactivedevice_353', ['setactivedevice', ['../device__management__sycl_8cpp.xhtml#a2151c2e4fcc6447a9d753c00748b0aa0', 1, 'setActiveDevice(const DeviceInformation &): device_management_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../device__management_8cpp.xhtml#a2151c2e4fcc6447a9d753c00748b0aa0', 1, 'setActiveDevice(const DeviceInformation &): device_management.cpp'], │ │ │ │ │ + ['setactivedevice_353', ['setactivedevice', ['../device__management_8cpp.xhtml#a2151c2e4fcc6447a9d753c00748b0aa0', 1, 'setActiveDevice(const DeviceInformation &): device_management.cpp'], │ │ │ │ │ ['../device__management_8h.xhtml#a48173236bcd8e9fc7af6ae4472e04b95', 1, 'setActiveDevice(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../device__management__ocl_8cpp.xhtml#a48173236bcd8e9fc7af6ae4472e04b95', 1, 'setActiveDevice(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_ocl.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../device__management__ocl_8cpp.xhtml#a48173236bcd8e9fc7af6ae4472e04b95', 1, 'setActiveDevice(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_ocl.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../device__management__sycl_8cpp.xhtml#a2151c2e4fcc6447a9d753c00748b0aa0', 1, 'setActiveDevice(const DeviceInformation &): device_management_sycl.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setallowedvaluecount_354', ['setAllowedValueCount', ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml#ad9f9dafcb85d5d4097716ec4a1b47771', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage']]], │ │ │ │ │ ['setalternatesteppptaskcompletionevent_355', ['setAlternateStepPpTaskCompletionEvent', ['../classgmx_1_1MdGpuGraph_1_1Impl.xhtml#a0dda5a4c6c0ce568851edff2d8a1a607', 1, 'gmx::MdGpuGraph::Impl']]], │ │ │ │ │ ['setandcheckmtslevels_356', ['setAndCheckMtsLevels', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02multipletimestepping_8cpp_03.xhtml#ab30ddb3d9552135e7cdf3f409ca7e440', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{multipletimestepping.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['setanharmpolarization_357', ['setAnharmPolarization', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#a453466f2383839a833488037e97e52aa', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput']]], │ │ │ │ │ ['setanyvalue_358', ['setAnyValue', ['../classgmx_1_1KeyValueTreeValueBuilder.xhtml#abd61d2d2bf304166dcfb182e05aa661a', 1, 'gmx::KeyValueTreeValueBuilder']]], │ │ │ │ │ ['setarg_359', ['setArg', ['../classPmeSolveKernel.xhtml#a07aa5e26d538be61b129be6752a4aba7', 1, 'PmeSolveKernel']]], │ │ │ │ │ ['setatomproperties_360', ['setAtomProperties', ['../structnonbonded__verlet__t.xhtml#a5be8252cb38bc85746236d57648ae341', 1, 'nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ ['setatomproperty_361', ['setAtomProperty', ['../classAtomProperties.xhtml#a739d39a4fa53255266ada2df41fa7544', 1, 'AtomProperties']]], │ │ │ │ │ - ['setatoms_362', ['setatoms', ['../classgmx_1_1SetAtoms.xhtml#a80c1dc4a5976db3daa93602215fb6e04', 1, 'gmx::SetAtoms::SetAtoms(ChangeAtomsType atomFlag, AtomsDataPtr inputAtoms)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SetAtoms.xhtml#acfbc067f9a1b885b52204c156077c712', 1, 'gmx::SetAtoms::SetAtoms(SetAtoms &&old) noexcept'], │ │ │ │ │ + ['setatoms_362', ['setatoms', ['../classgmx_1_1SetAtoms.xhtml#acfbc067f9a1b885b52204c156077c712', 1, 'gmx::SetAtoms::SetAtoms(SetAtoms &&old) noexcept'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SetAtoms.xhtml#a80c1dc4a5976db3daa93602215fb6e04', 1, 'gmx::SetAtoms::SetAtoms(ChangeAtomsType atomFlag, AtomsDataPtr inputAtoms)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsTest.xhtml#ae8e6ba12468592edc3e51ce31449532f', 1, 'gmx::test::SetAtomsTest::setAtoms()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SetAtoms.xhtml', 1, 'gmx::SetAtoms'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['setatoms_2ecpp_363', ['setatoms.cpp', ['../tests_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../outputadapters_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['setatoms_2ecpp_363', ['setatoms.cpp', ['../outputadapters_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setatoms_2eh_364', ['setatoms.h', ['../setatoms_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setatomspointer_365', ['SetAtomsPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a88c729a1b6597fd1b7d0ed0e62d4971b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['setatomssupported_366', ['setAtomsSupported', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ace67bfa1326428a4e92b52de892d709e', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['setatomssupportedfiles_367', ['SetAtomsSupportedFiles', ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsSupportedFiles.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['setatomstest_368', ['setatomstest', ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsTest.xhtml#a551e80ccc16781970f15eba160df0ada', 1, 'gmx::test::SetAtomsTest::SetAtomsTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsTest.xhtml', 1, 'gmx::test::SetAtomsTest'] │ │ │ │ │ @@ -577,17 +577,17 @@ │ │ │ │ │ ['setatomsunsupported_369', ['setAtomsUnSupported', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a3569a6de4661c4a371d670b6245d677e', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['setatomsunsupportedfiles_370', ['SetAtomsUnSupportedFiles', ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsUnSupportedFiles.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['setaveragedatasets_371', ['setAverageDataSets', ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#adc61ba269b01d93120060e48fc023ff1', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule']]], │ │ │ │ │ ['setbinwidth_372', ['setBinWidth', ['../classgmx_1_1ComputeDebyeScattering.xhtml#aa568dd95930b2b962e024245211dcb2d', 1, 'gmx::ComputeDebyeScattering']]], │ │ │ │ │ ['setbothtime_2ecpp_373', ['setbothtime.cpp', ['../setbothtime_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setbothtimetest_374', ['SetBothTimeTest', ['../classgmx_1_1test_1_1SetBothTimeTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['setbound_375', ['setBound', ['../classWorkDivision.xhtml#a12b91800bf19728fc05be324c7ffea0e', 1, 'WorkDivision']]], │ │ │ │ │ - ['setbox_376', ['setbox', ['../classgmx_1_1SetBox.xhtml', 1, 'gmx::SetBox'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SetBox.xhtml#adbcab8f895beb3b0e5c68d863d3af126', 1, 'gmx::SetBox::SetBox(const matrix box)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SetBox.xhtml#a01c71c64b0378c966ba4f5e0d13330ff', 1, 'gmx::SetBox::SetBox(SetBox &&old) noexcept'] │ │ │ │ │ + ['setbox_376', ['setbox', ['../classgmx_1_1SetBox.xhtml#adbcab8f895beb3b0e5c68d863d3af126', 1, 'gmx::SetBox::SetBox(const matrix box)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SetBox.xhtml#a01c71c64b0378c966ba4f5e0d13330ff', 1, 'gmx::SetBox::SetBox(SetBox &&old) noexcept'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SetBox.xhtml', 1, 'gmx::SetBox'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setbox_2eh_377', ['setbox.h', ['../setbox_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setboxdeformationflowmatrix_378', ['setBoxDeformationFlowMatrix', ['../namespacegmx.xhtml#ae3d1f9a9e87d6719c47db93113724135', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['setboxdeformationrate_379', ['setBoxDeformationRate', ['../pbc_8cpp.xhtml#a6d40eaad92c0f593734446b2b457bb62', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['setboxpointer_380', ['SetBoxPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a021da0b3e5cf2f954fa5cc64178f442c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['setbreak_381', ['setBreak', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1SecondaryStructuresData.xhtml#aaba4dce8e835eaf0acf9017de3bedcb4', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::SecondaryStructuresData']]], │ │ │ │ │ ['setbridge_382', ['setBridge', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1SecondaryStructuresData.xhtml#aba09829bded4d155760fde46569e835b', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::SecondaryStructuresData']]], │ │ │ │ │ @@ -915,16 +915,16 @@ │ │ │ │ │ ['settholepolarization_581', ['setTholePolarization', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#ae41384a73ad20eb83fbb282c60c88767', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput']]], │ │ │ │ │ ['settimestep_582', ['settimestep', ['../classgmx_1_1SetTimeStep.xhtml#a08505b5bfad73c7afea9ca3a758ee938', 1, 'gmx::SetTimeStep::SetTimeStep(SetTimeStep &&old) noexcept=default'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SetTimeStep.xhtml#a7174cb5369c7faf8cc51f02487a39ddc', 1, 'gmx::SetTimeStep::SetTimeStep(real timeStep)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetTimeStepTest.xhtml#a1c1a71c091c17f25cbd590e324ae1334', 1, 'gmx::test::SetTimeStepTest::setTimeStep()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SetTimeStep.xhtml', 1, 'gmx::SetTimeStep'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetBothTimeTest.xhtml#aa0fddc2fab5fa20eeb6b99430fc4f999', 1, 'gmx::test::SetBothTimeTest::setTimeStep()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['settimestep_2ecpp_583', ['settimestep.cpp', ['../outputadapters_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['settimestep_2ecpp_583', ['settimestep.cpp', ['../tests_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../outputadapters_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['settimestep_2eh_584', ['settimestep.h', ['../settimestep_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settimesteppointer_585', ['SetTimeStepPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a5d563d919db266cb4cdd3cecedefec5d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['settimesteptest_586', ['SetTimeStepTest', ['../classgmx_1_1test_1_1SetTimeStepTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['settimeunit_587', ['settimeunit', ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotSettings.xhtml#ab3900746c3f558d239ee57403559500c', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotSettings::setTimeUnit()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TimeUnitManager.xhtml#ad39df799df8c1dcbf6b0006f247aa11f', 1, 'gmx::TimeUnitManager::setTimeUnit()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a393890269cb7a4cc6dc8bb97682f704d', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::setTimeUnit(TimeUnit unit)'] │ │ │ │ │ @@ -941,16 +941,16 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#aeb49b8f5f5882936cdd6dfb32380a198', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::settings()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextLineWrapper.xhtml#acfebeecce32fc98e39ca40d97969a0bf', 1, 'gmx::TextLineWrapper::settings()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['settings_5f_591', ['settings_', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml#a54026d5b9aeaa1cd702a34756a4c1ce9', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl']]], │ │ │ │ │ ['settitle_592', ['settitle', ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#a942f8789698391ed24e252a950a1fa13', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::setTitle(const char *title)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#ad8e6594e8a2a8864595cd2eacfd8840b', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::setTitle(const std::string &title)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['settle_2ecpp_593', ['settle.cpp', ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['settle_2ecpp_593', ['settle.cpp', ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['settle_2eh_594', ['settle.h', ['../settle_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2ecpp_595', ['settle_gpu.cpp', ['../settle__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2eh_596', ['settle_gpu.h', ['../settle__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_2eh_597', ['settle_gpu_internal.h', ['../settle__gpu__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_5fsycl_2ecpp_598', ['settle_gpu_internal_sycl.cpp', ['../settle__gpu__internal__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fproj_599', ['settle_proj', ['../namespacegmx.xhtml#a09c8c8b32e854edef0cc12bb5c87b9f1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -1019,21 +1019,21 @@ │ │ │ │ │ ['../domdec__specatomcomm_8h.xhtml#aae903ef4e88cd446e0df4f445d6cd271', 1, 'setup_specat_communication(gmx_domdec_t *dd, std::vector< int > *ireq, gmx_domdec_specat_comm_t *spac, gmx::HashedMap< int > *ga2la_specat, int at_start, int vbuf_fac, const char *specat_type, const char *add_err): domdec_specatomcomm.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setup_5ftab_636', ['setup_tab', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a59bca5a0d46375b7c594ef87a0754613', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ ['setupandruninstance_637', ['setupAndRunInstance', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a7cd4cb2fd6e5f0a94f949ad4286f8c4e', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['setuparraydata_638', ['setupArrayData', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestFixture.xhtml#ab6d21da208c94e97df257919cc89b3e1', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestFixture']]], │ │ │ │ │ ['setupdataobject_639', ['setupDataObject', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestFixture.xhtml#a0cb8a329321fa6694d70cb2366b54ba6', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestFixture']]], │ │ │ │ │ ['setupdomainlifetimeworkload_640', ['setupDomainLifetimeWorkload', ['../namespacegmx.xhtml#ad69054c2571d5b823cda7282af0af92d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['setupdynamicpairlistpruning_641', ['setupdynamicpairlistpruning', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml#a34b6a0d06d27615d6433cbe4603f5472', 1, 'setupDynamicPairlistPruning(const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &inputrec, const gmx_mtop_t &mtop, const real effectiveAtomDensity, const interaction_const_t &interactionConst, PairlistParams *listParams): pairlist_tuning.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pairlist__tuning_8h.xhtml#a31f0f5dec632d6e9d9d2d98dd02db4cb', 1, 'setupDynamicPairlistPruning(const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &inputrec, const gmx_mtop_t &mtop, real effectiveAtomDensity, const interaction_const_t &interactionConst, PairlistParams *listParams): pairlist_tuning.cpp'] │ │ │ │ │ + ['setupdynamicpairlistpruning_641', ['setupdynamicpairlistpruning', ['../pairlist__tuning_8h.xhtml#a31f0f5dec632d6e9d9d2d98dd02db4cb', 1, 'setupDynamicPairlistPruning(const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &inputrec, const gmx_mtop_t &mtop, real effectiveAtomDensity, const interaction_const_t &interactionConst, PairlistParams *listParams): pairlist_tuning.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml#a34b6a0d06d27615d6433cbe4603f5472', 1, 'setupDynamicPairlistPruning(const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &inputrec, const gmx_mtop_t &mtop, const real effectiveAtomDensity, const interaction_const_t &interactionConst, PairlistParams *listParams): pairlist_tuning.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setupfepthreadedforcebuffer_642', ['setupFepThreadedForceBuffer', ['../classFreeEnergyDispatch.xhtml#a0efe5152f2c3aaa0517679327fd8fa27', 1, 'FreeEnergyDispatch']]], │ │ │ │ │ ['setupgpudevicepeeraccess_643', ['setupGpuDevicePeerAccess', ['../gpu__utils_8h.xhtml#a6a6086ad2b13982b14c59037ef4e9195', 1, 'gpu_utils.h']]], │ │ │ │ │ - ['setupgpushortrangework_644', ['setupgpushortrangework', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a6646f7ca480ef72303d47807123110ca', 1, 'Nbnxm::setupGpuShortRangeWork()'], │ │ │ │ │ - ['../structnonbonded__verlet__t.xhtml#a9e309467d7971713a4122fe1edc41448', 1, 'nonbonded_verlet_t::setupGpuShortRangeWork()'] │ │ │ │ │ + ['setupgpushortrangework_644', ['setupgpushortrangework', ['../structnonbonded__verlet__t.xhtml#a9e309467d7971713a4122fe1edc41448', 1, 'nonbonded_verlet_t::setupGpuShortRangeWork()'], │ │ │ │ │ + ['../namespaceNbnxm.xhtml#a6646f7ca480ef72303d47807123110ca', 1, 'Nbnxm::setupGpuShortRangeWork()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setupgrompp_645', ['setupgrompp', ['../classgmx_1_1test_1_1BondedInteractionsTest.xhtml#a1c70859152f6c0aab7b21bc098491cdb', 1, 'gmx::test::BondedInteractionsTest::setupGrompp()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1MimicTest.xhtml#ab2be2f96d18c088950ed500f386957d8', 1, 'gmx::test::MimicTest::setupGrompp()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setupinteractionconst_646', ['setupinteractionconst', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a040a1dd1335d0b6f449df1e511cdba0f', 1, 'Nbnxm::setupInteractionConst()'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03.xhtml#a86e80879435c6f53bacd402e30a5b69f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::setupInteractionConst()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -1041,34 +1041,34 @@ │ │ │ │ │ ['setupmtslevels_648', ['setupMtsLevels', ['../namespacegmx.xhtml#aa2b61cc81d9d3853a84e93bafab47703', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['setupnbnxmforbenchinstance_649', ['setupnbnxmforbenchinstance', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a76d47a53ccc9a64529a5b242042a0c39', 1, 'Nbnxm::setupNbnxmForBenchInstance()'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03.xhtml#a8e24982ba3624ea4b9932b87326fb06d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::setupNbnxmForBenchInstance()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setupreduction_650', ['setupReduction', ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml#a26400d7948f76caebda11ba098907b01', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer']]], │ │ │ │ │ ['setuprerun_651', ['setupRerun', ['../classgmx_1_1test_1_1MimicTest.xhtml#ab4d211f5d6204f0520eb5babd29cc64f', 1, 'gmx::test::MimicTest']]], │ │ │ │ │ ['setupstepworkload_652', ['setupStepWorkload', ['../namespacegmx.xhtml#aeb72a7fe4c0333d40e05ebcde04950b5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['setuptestsuite_653', ['setuptestsuite', ['../classanonymous__namespace_02domain__decomposition_8cpp_03_1_1DomDecSpecialCasesTest.xhtml#aebcfde721e3ba51c4fb1a9d2a7ecd929', 1, 'anonymous_namespace{domain_decomposition.cpp}::DomDecSpecialCasesTest::SetUpTestSuite()'], │ │ │ │ │ + ['setuptestsuite_653', ['setuptestsuite', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml#af013a1b13b2edf0529e9e77bb8bfc34c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::PmeTest::SetUpTestSuite()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1MdrunTestFixtureBase.xhtml#a430dca87cb0b34262ced1be16f3ccea5', 1, 'gmx::test::MdrunTestFixtureBase::SetUpTestSuite()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml#af013a1b13b2edf0529e9e77bb8bfc34c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::PmeTest::SetUpTestSuite()'] │ │ │ │ │ + ['../classanonymous__namespace_02domain__decomposition_8cpp_03_1_1DomDecSpecialCasesTest.xhtml#aebcfde721e3ba51c4fb1a9d2a7ecd929', 1, 'anonymous_namespace{domain_decomposition.cpp}::DomDecSpecialCasesTest::SetUpTestSuite()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setureybradley_654', ['setureybradley', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#a201f892751ba45de3cb1790446630100', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput::setUreyBradley(real thetaA, real kthetaA, real r13A, real kUBA, real thetaB, real kthetaB, real r13B, real kUBB)'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#a4ec76d9cb5f7f33bd6764972d1e3357c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput::setUreyBradley(real thetaA, real kthetaA, real r13A, real kUBA)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setusedgraphlaststep_655', ['setUsedGraphLastStep', ['../classgmx_1_1MdGpuGraph_1_1Impl.xhtml#a50637907e1dca0a2c43fef2f04cd565b', 1, 'gmx::MdGpuGraph::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['setvalue_656', ['setvalue', ['../classgmx_1_1AnalysisDataValue.xhtml#ad3af9ad3bf8fda7639c33d46069499b1', 1, 'gmx::AnalysisDataValue::setValue(real value, real error, bool bPresent=true)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataValue.xhtml#a7b92014cb0f96bdb997209b937bc7f66', 1, 'gmx::AnalysisDataValue::setValue(real value, bool bPresent=true)'], │ │ │ │ │ + ['setvalue_656', ['setvalue', ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorageFrame.xhtml#a4cbac25bbd8601dbd85941bc2aef17a7', 1, 'gmx::AnalysisDataStorageFrame::setValue()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1KeyValueTreeValueBuilder.xhtml#a6a8b9dcefe64617d859cb667d8ae7202', 1, 'gmx::KeyValueTreeValueBuilder::setValue()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorageFrame.xhtml#a4cbac25bbd8601dbd85941bc2aef17a7', 1, 'gmx::AnalysisDataStorageFrame::setValue(int column, real value, real error, bool bPresent=true)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorageFrame.xhtml#aa60ee680f74b4b229e8e4e95b0d9c598', 1, 'gmx::AnalysisDataStorageFrame::setValue(int column, real value, bool bPresent=true)'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataValue.xhtml#a7b92014cb0f96bdb997209b937bc7f66', 1, 'gmx::AnalysisDataValue::setValue(real value, bool bPresent=true)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataValue.xhtml#ad3af9ad3bf8fda7639c33d46069499b1', 1, 'gmx::AnalysisDataValue::setValue(real value, real error, bool bPresent=true)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorageFrame.xhtml#aa60ee680f74b4b229e8e4e95b0d9c598', 1, 'gmx::AnalysisDataStorageFrame::setValue()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setvaluecount_657', ['setvaluecount', ['../classgmx_1_1AbstractOption.xhtml#a37a58bcd44964145cff4119ee2b36d01', 1, 'gmx::AbstractOption::setValueCount()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionInfo.xhtml#a88c31664e9617210e861f5e877c29b40', 1, 'gmx::SelectionOptionInfo::setValueCount()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setvector_658', ['setVector', ['../classgmx_1_1AbstractOption.xhtml#ab7833e4048807e6a41ef144bdd2ec6b1', 1, 'gmx::AbstractOption']]], │ │ │ │ │ - ['setvelocities_659', ['setvelocities', ['../classgmx_1_1SetVelocities.xhtml#a79610a9c6200f9f2210710ca33056f43', 1, 'gmx::SetVelocities::SetVelocities(ChangeSettingType velocity)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SetVelocities.xhtml#a59e290470e396d2457ffbd1c1406152c', 1, 'gmx::SetVelocities::SetVelocities(SetVelocities &&old) noexcept=default'], │ │ │ │ │ + ['setvelocities_659', ['setvelocities', ['../classgmx_1_1SetVelocities.xhtml#a59e290470e396d2457ffbd1c1406152c', 1, 'gmx::SetVelocities::SetVelocities(SetVelocities &&old) noexcept=default'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SetVelocities.xhtml#a79610a9c6200f9f2210710ca33056f43', 1, 'gmx::SetVelocities::SetVelocities(ChangeSettingType velocity)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SetVelocities.xhtml', 1, 'gmx::SetVelocities'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setvelocities_2ecpp_660', ['setvelocities.cpp', ['../setvelocities_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setvelocities_2eh_661', ['setvelocities.h', ['../setvelocities_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setvelocitiespointer_662', ['SetVelocitiesPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a71e8e003512f8ce773b8d5c26a042aa9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['setvelocityscaling_663', ['setVelocityScaling', ['../classgmx_1_1MttkPropagatorConnection.xhtml#a9e84ed81010b111c9d5b292360aa2120', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnection']]], │ │ │ │ │ ['setvelocitysupported_664', ['setVelocitySupported', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ac597dcb74e250a922e5ad3bdd161e849', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ @@ -1082,22 +1082,22 @@ │ │ │ │ │ ['setwarninp_669', ['setWarninp', ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml#a1f3ef5b6077c109d64fcb9ede06b0139', 1, 'gmx::QMMMOptions']]], │ │ │ │ │ ['setwaterpolarization_670', ['setWaterPolarization', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#a2a42e78f1434e70ce8c85b43b3aa2191', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput']]], │ │ │ │ │ ['setwritemask_671', ['setWriteMask', ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#a903b703158b18c41583d228a391ae625', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule']]], │ │ │ │ │ ['setwritenorm_672', ['setWriteNorm', ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#ab8f56f25695d40e158a66c4a597f1644', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule']]], │ │ │ │ │ ['setwritex_673', ['setWriteX', ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#ae3025bee3f35dd846d9f30edd2171f5c', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule']]], │ │ │ │ │ ['setwritey_674', ['setWriteY', ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#a3f36c802272e4af090b8823d6e776395', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule']]], │ │ │ │ │ ['setwritez_675', ['setWriteZ', ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#a3f7383891ee63e564630a8992b9db441', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule']]], │ │ │ │ │ - ['setxaxis_676', ['setxaxis', ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisArrayData.xhtml#a1567466ca2b078de7d9d48263b0aacae', 1, 'gmx::AbstractAnalysisArrayData::setXAxis()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisArrayData.xhtml#a1567466ca2b078de7d9d48263b0aacae', 1, 'gmx::AnalysisArrayData::setXAxis()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#a1567466ca2b078de7d9d48263b0aacae', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::setXAxis()'] │ │ │ │ │ + ['setxaxis_676', ['setxaxis', ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#a1567466ca2b078de7d9d48263b0aacae', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::setXAxis()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisArrayData.xhtml#a1567466ca2b078de7d9d48263b0aacae', 1, 'gmx::AbstractAnalysisArrayData::setXAxis()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisArrayData.xhtml#a1567466ca2b078de7d9d48263b0aacae', 1, 'gmx::AnalysisArrayData::setXAxis()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setxaxisistime_677', ['setXAxisIsTime', ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#a2b5357ddea14f2dbdf885fd810c4cda6', 1, 'gmx::AbstractPlotModule']]], │ │ │ │ │ - ['setxaxisvalue_678', ['setxaxisvalue', ['../classgmx_1_1AnalysisArrayData.xhtml#ac9719d23d0ff751f7d60ef833d4d791a', 1, 'gmx::AnalysisArrayData::setXAxisValue()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#ac9719d23d0ff751f7d60ef833d4d791a', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::setXAxisValue()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisArrayData.xhtml#ac9719d23d0ff751f7d60ef833d4d791a', 1, 'gmx::AbstractAnalysisArrayData::setXAxisValue()'] │ │ │ │ │ + ['setxaxisvalue_678', ['setxaxisvalue', ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisArrayData.xhtml#ac9719d23d0ff751f7d60ef833d4d791a', 1, 'gmx::AbstractAnalysisArrayData::setXAxisValue()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisArrayData.xhtml#ac9719d23d0ff751f7d60ef833d4d791a', 1, 'gmx::AnalysisArrayData::setXAxisValue()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#ac9719d23d0ff751f7d60ef833d4d791a', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::setXAxisValue()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setxformat_679', ['setXFormat', ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#a473060c20ae5fcc775ade2a51d121529', 1, 'gmx::AbstractPlotModule']]], │ │ │ │ │ ['setxlabel_680', ['setXLabel', ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#a59fb11bacf51311647359ba53588af08', 1, 'gmx::AbstractPlotModule']]], │ │ │ │ │ ['setxymode_681', ['setXYMode', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhood.xhtml#a18c591047be90232f7c8053b287b6a3b', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhood']]], │ │ │ │ │ ['setyformat_682', ['setYFormat', ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#ad941b81118b2b89002aed0835141cb49', 1, 'gmx::AbstractPlotModule']]], │ │ │ │ │ ['setylabel_683', ['setYLabel', ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#af07e171a313545c8b9b3859a09da30a3', 1, 'gmx::AbstractPlotModule']]], │ │ │ │ │ ['setzero_684', ['setzero', ['../namespacegmx.xhtml#aaf69af368b1967c4e4a52bb5f740b3c3', 1, 'gmx::setZero()'], │ │ │ │ │ @@ -1207,16 +1207,16 @@ │ │ │ │ │ ['signallerbuilder_3c_20gmx_3a_3aneighborsearchsignaller_20_3e_751', ['SignallerBuilder< gmx::NeighborSearchSignaller >', ['../classgmx_1_1SignallerBuilder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['signallerbuilder_3c_20gmx_3a_3atrajectorysignaller_20_3e_752', ['SignallerBuilder< gmx::TrajectorySignaller >', ['../classgmx_1_1SignallerBuilder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['signallerbuilder_3c_20laststepsignaller_20_3e_753', ['SignallerBuilder< LastStepSignaller >', ['../classgmx_1_1LastStepSignaller.xhtml#a331564ef92b5842c5e20d3ecbaea3d66', 1, 'gmx::LastStepSignaller']]], │ │ │ │ │ ['signallerbuilder_3c_20loggingsignaller_20_3e_754', ['SignallerBuilder< LoggingSignaller >', ['../classgmx_1_1LoggingSignaller.xhtml#a02b49738b7999d2eda13086f9e4330fb', 1, 'gmx::LoggingSignaller']]], │ │ │ │ │ ['signallerbuilder_3c_20neighborsearchsignaller_20_3e_755', ['SignallerBuilder< NeighborSearchSignaller >', ['../classgmx_1_1NeighborSearchSignaller.xhtml#a7585fd1656ef46900c6c573373e43c91', 1, 'gmx::NeighborSearchSignaller']]], │ │ │ │ │ ['signallerbuilder_3c_20trajectorysignaller_20_3e_756', ['SignallerBuilder< TrajectorySignaller >', ['../classgmx_1_1TrajectorySignaller.xhtml#a610f3308c6b17d257b5826d498ef62be', 1, 'gmx::TrajectorySignaller']]], │ │ │ │ │ ['signallercallback_757', ['SignallerCallback', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gae93f2a0669590fb0fd22d7093f6e73f9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['signallers_758', ['signallers', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md12', 1, 'Signallers'], │ │ │ │ │ - ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md21', 1, 'Signallers'] │ │ │ │ │ + ['signallers_758', ['signallers', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md21', 1, 'Signallers'], │ │ │ │ │ + ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md12', 1, 'Signallers'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['signallers_2ecpp_759', ['signallers.cpp', ['../signallers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['signallers_2eh_760', ['signallers.h', ['../signallers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['signals_5f_761', ['signals_', ['../classgmx_1_1test_1_1SignalTest.xhtml#aa872e622a28df8240e6f862391e7713d', 1, 'gmx::test::SignalTest']]], │ │ │ │ │ ['signalsettingstep_762', ['signalSettingStep', ['../classgmx_1_1FepStateSetting.xhtml#a941af748ebc1087b353ffff66cd4b5e9', 1, 'gmx::FepStateSetting']]], │ │ │ │ │ ['signaltest_763', ['SignalTest', ['../classgmx_1_1test_1_1SignalTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['signfactor_5f_764', ['signFactor_', ['../structAtomsAdjacencyListElement.xhtml#a2c2730ab6bc7c48614658845a1cf7fbe', 1, 'AtomsAdjacencyListElement']]], │ │ │ │ │ @@ -1389,16 +1389,16 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#af0831b9af2065b67f10a8e69c4dfe565', 1, 'gmx::test::SimulationRunner::SimulationRunner()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simulationrunnermdpsource_858', ['SimulationRunnerMdpSource', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b76a571a22b4c47f7dab283e6674154', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['simulationsetupnotifier_5f_859', ['simulationSetupNotifier_', ['../structgmx_1_1MDModulesNotifiers.xhtml#aeb905f6d4e5bfc06d6c317e3e4f77331', 1, 'gmx::MDModulesNotifiers']]], │ │ │ │ │ ['simulationsignal_860', ['simulationsignal', ['../classgmx_1_1SimulationSignal.xhtml#a36d4d0dbe3747f21c0f1762fb4a6b100', 1, 'gmx::SimulationSignal::SimulationSignal()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimulationSignal.xhtml', 1, 'gmx::SimulationSignal'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['simulationsignal_2ecpp_861', ['simulationsignal.cpp', ['../tests_2simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['simulationsignal_2ecpp_861', ['simulationsignal.cpp', ['../simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simulationsignal_2eh_862', ['simulationsignal.h', ['../simulationsignal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulationsignaller_863', ['simulationsignaller', ['../classgmx_1_1SimulationSignaller.xhtml#acf0b6f070504a11f2cc8c6ca80124d6d', 1, 'gmx::SimulationSignaller::SimulationSignaller()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimulationSignaller.xhtml', 1, 'gmx::SimulationSignaller'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simulationsignals_864', ['simulationsignals', ['../classgmx_1_1GlobalCommunicationHelper.xhtml#a87c8417f09e55b0ff94dc5d77fcf8f25', 1, 'gmx::GlobalCommunicationHelper::simulationSignals()'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a2c0facebaa27d417dcf4d032f2a5725a', 1, 'gmx::SimulationSignals'] │ │ │ │ │ @@ -1976,17 +1976,17 @@ │ │ │ │ │ ['str_5fvalue_1233', ['STR_VALUE', ['../selvalue_8h.xhtml#a70b42b87d434580bf1493591857b8beca6f2f1fe9592d96990c9ac690c355bd08', 1, 'selvalue.h']]], │ │ │ │ │ ['strand_1234', ['Strand', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0ca3c027078bb3e8e6fa9af0c17f09a74c4', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['strconvert_2ecpp_1235', ['strconvert.cpp', ['../tests_2strconvert_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../strconvert_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['strconvert_2eh_1236', ['strconvert.h', ['../strconvert_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['strdb_2eh_1237', ['strdb.h', ['../strdb_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['stream_1238', ['stream', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#a4abcacb1a254a9ff3e23ee0d8a43cf87', 1, 'gmx::PpForceCommManager::stream'], │ │ │ │ │ + ['stream_1238', ['stream', ['../structgmx_1_1PpCommManager.xhtml#a7dc204d25bd58ae52bbc35d9c7068f61', 1, 'gmx::PpCommManager::stream'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#a4abcacb1a254a9ff3e23ee0d8a43cf87', 1, 'gmx::PpForceCommManager::stream'], │ │ │ │ │ ['../classDeviceStream.xhtml#a833b326727b4c091bd7e2d345a0c3e32', 1, 'DeviceStream::stream()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1PpCommManager.xhtml#a7dc204d25bd58ae52bbc35d9c7068f61', 1, 'gmx::PpCommManager::stream'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml#a94c92fd5ac86430ea1dc56a9b09fc807', 1, 'gmx::DeviceStreamManager::stream()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['stream_5f_1239', ['stream_', ['../classgmx_1_1TextReader_1_1Impl.xhtml#a5b095aeedfb9f58c15c413797b349d46', 1, 'gmx::TextReader::Impl']]], │ │ │ │ │ ['streamisvalid_1240', ['streamIsValid', ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml#a7603e29c180bfd40e2df0b6d92ac48b6', 1, 'gmx::DeviceStreamManager']]], │ │ │ │ │ ['streams_5f_1241', ['streams_', ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager_1_1Impl.xhtml#a548526002e51eb68687b6ccf4351d205', 1, 'gmx::DeviceStreamManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['stride_1242', ['stride', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a9218f03613a50b23d76f6c5c45c8dc3f', 1, 'gmx::basic_mdspan::stride()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a0cc2dd468dac41257321123d93ffbf6f', 1, 'gmx::layout_right::mapping::stride()'], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_17.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -427,16 +427,16 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['timeunitasstring_268', ['timeUnitAsString', ['../classgmx_1_1TimeUnitManager.xhtml#a4f9fcf6d46d7b2d9d534f083b301c8ae', 1, 'gmx::TimeUnitManager']]], │ │ │ │ │ ['timeunitbehavior_269', ['TimeUnitBehavior', ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['timeunitmanager_270', ['timeunitmanager', ['../classgmx_1_1TimeUnitManager.xhtml#ac1f08cab7f0f68500ffe6cbe94695164', 1, 'gmx::TimeUnitManager::TimeUnitManager(TimeUnit unit)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TimeUnitManager.xhtml#a726dac3a92cf59e002165ba0db37f5d2', 1, 'gmx::TimeUnitManager::TimeUnitManager()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TimeUnitManager.xhtml', 1, 'gmx::TimeUnitManager'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['timeunitmanager_2ecpp_271', ['timeunitmanager.cpp', ['../tests_2timeunitmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../timeunitmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['timeunitmanager_2ecpp_271', ['timeunitmanager.cpp', ['../timeunitmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2timeunitmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['timeunitmanager_2eh_272', ['timeunitmanager.h', ['../timeunitmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['timevalue_273', ['timevalue', ['../classgmx_1_1DoubleOption.xhtml#a430a6a0b3b7752ad235843e7da58b653', 1, 'gmx::DoubleOption::timeValue()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml#a1e9cd8943aa71dfc4ab26b4465b8f7c3', 1, 'gmx::FloatOption::timeValue()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['timing_274', ['timing', ['../structgmx__wallclock__gpu__pme__t.xhtml#a607e29d4505f8c0bfafdd16acc013695', 1, 'gmx_wallclock_gpu_pme_t']]], │ │ │ │ │ ['timing_2ecpp_275', ['timing.cpp', ['../timing_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -699,16 +699,16 @@ │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaba67dbea2a790730dfa78999209959b2', 1, 'gmx::transposeScatterStoreU(float *base, const std::int32_t offset[], SimdFloat v0, SimdFloat v1, SimdFloat v2)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaa23e5431ddc22611d3304ac96c461cc5', 1, 'gmx::transposeScatterStoreU(double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble v0, SimdDouble v1, SimdDouble v2)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['trate_428', ['TRate', ['../namespacegmx.xhtml#aa72f45c17038ea5aae00ba6b17cab901ad64053ef9562fdf23d2a7d362506b72a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['treatments_20of_20long_20ranged_20forces_429', ['Ewald-family treatments of long-ranged forces', ['../group__module__ewald.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['tree_20after_20compilation_430', ['Element tree after compilation', ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['tree_20constructed_20by_20the_20parser_431', ['Element tree constructed by the parser', ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['treesupport_2ecpp_432', ['treesupport.cpp', ['../tests_2treesupport_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../treesupport_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['treesupport_2ecpp_432', ['treesupport.cpp', ['../treesupport_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2treesupport_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['treesupport_2eh_433', ['treesupport.h', ['../treesupport_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['tri_5fbits_434', ['tri_bits', ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1Task.xhtml#a08e29a3da67c469503db5367026a3b5e', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::Task']]], │ │ │ │ │ ['triangle_435', ['triangle', ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1Task.xhtml#a4d905df48a5b9cbc202c6b20e0c0ee4d', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::Task']]], │ │ │ │ │ ['triatommoleculesystem_436', ['triAtomMoleculeSystem', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02wholemoleculetransform_8cpp_03.xhtml#aae3140b252486021e202ecc2cd9b6ea2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{wholemoleculetransform.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['tric_5fshift_437', ['tric_shift', ['../structt__pbc.xhtml#aa6b6c1f9145e9390d0032360f78aac9c', 1, 't_pbc']]], │ │ │ │ │ ['tric_5fvec_438', ['tric_vec', ['../structt__pbc.xhtml#adaecb54e65fbd93bf0c820f03c877922', 1, 't_pbc']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_18.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -31,41 +31,41 @@ │ │ │ │ │ ['unionfind_2eh_17', ['unionfind.h', ['../unionfind_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unionfinder_18', ['UnionFinder', ['../classgmx_1_1UnionFinder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unique_5fcptr_19', ['unique_cptr', ['../namespacegmx.xhtml#a89d1da25b1e1f9331f1fe99b15072eac', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unique_5fcptr_2eh_20', ['unique_cptr.h', ['../unique__cptr_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unit_21', ['unit', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#ae5d2dca38270c084eb3386aa26b9b959', 1, 'UmbrellaOptions::unit'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#aef5ad0000c2fbbc74c57f0b5e0ddb409', 1, 'gmx::EnergyTerm::unit()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['unitcellinfo_22', ['unitcellinfo', ['../structUnitCellInfo.xhtml', 1, 'UnitCellInfo'], │ │ │ │ │ - ['../structUnitCellInfo.xhtml#a9d3636ef8212130c876d2cbd16dcc69a', 1, 'UnitCellInfo::UnitCellInfo()'] │ │ │ │ │ + ['unitcellinfo_22', ['unitcellinfo', ['../structUnitCellInfo.xhtml#a9d3636ef8212130c876d2cbd16dcc69a', 1, 'UnitCellInfo::UnitCellInfo()'], │ │ │ │ │ + ['../structUnitCellInfo.xhtml', 1, 'UnitCellInfo'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unitcelliscompact_23', ['UnitCellIsCompact', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9ad4d785ddf0c77e7b697efd2b5ec376e1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcellisrectangular_24', ['UnitCellIsRectangular', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a8e7bda81ce54b8cf90c3b856c83e7d9f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcellistriclinic_25', ['UnitCellIsTriclinic', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a99285c8187fb87e756f127435045dc3f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltype_26', ['UnitCellType', ['../namespacegmx.xhtml#af897bff42be729e6eaf3c4dc6e199722', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltypenames_27', ['unitCellTypeNames', ['../namespacegmx.xhtml#ae81efb97e81499b750d906d26a29ce18', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unittest_5fmain_2ecpp_28', ['unittest_main.cpp', ['../unittest__main_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unitvector_29', ['unitvector', ['../namespacegmx.xhtml#a5bc71ede59923e4d25b11a995139970a', 1, 'gmx::unitVector()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a4e7218ba6cbb3bc735e31a43597ec7a9', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unity_30', ['Unity', ['../namespacegmx.xhtml#ab0ad78613a262a1d4fcce5d18525099fa82dd98f1d663acc318e6a8ec4ab69b7a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['unknown_31', ['unknown', ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown'], │ │ │ │ │ - ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508ca88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'Unknown: device_information.h'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::CpuInfo::Unknown'] │ │ │ │ │ + ['unknown_31', ['unknown', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::CpuInfo::Unknown'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown'], │ │ │ │ │ + ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508ca88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'Unknown: device_information.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unpackandaddhalointernal_32', ['UnpackAndAddHaloInternal', ['../classUnpackAndAddHaloInternal.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unpackhaloexternal_33', ['UnpackHaloExternal', ['../classUnpackHaloExternal.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unpackrecvbufkernel_34', ['unpackRecvBufKernel', ['../namespacegmx.xhtml#a704128fa72f8ce7dcf08d0063a166036', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedarrayref_35', ['unpaddedArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ad5b878ca7749f5b8f52e006269fbfc2f', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedconstarrayref_36', ['unpaddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a2c3f73497c6bc71264ae1af84b6522ae', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['unset_37', ['Unset', ['../md__enums_8h.xhtml#a1df3eedfba9424ae3e518284a453d95cac9f88e098f6fe4e4e112eeb05ccb9671', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ - ['update_38', ['update', ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#a6bc44212f005dbc7a03acf9a76b1074d', 1, 'gmx::IRestraintPotential::update()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#a18d9fe0bff35116b4e12cc63c381fb47', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::update'], │ │ │ │ │ + ['update_38', ['update', ['../classgmx_1_1Update.xhtml', 1, 'gmx::Update'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Update.xhtml#afcb4065ad13efba2d3aa9b5225125e6f', 1, 'gmx::Update::Update()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Update.xhtml', 1, 'gmx::Update'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#a18d9fe0bff35116b4e12cc63c381fb47', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::update'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#a6bc44212f005dbc7a03acf9a76b1074d', 1, 'gmx::IRestraintPotential::update()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['update_5fconstrain_5fgpu_2eh_39', ['update_constrain_gpu.h', ['../update__constrain__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['update_5fconstrain_5fgpu_5fimpl_2ecpp_40', ['update_constrain_gpu_impl.cpp', ['../update__constrain__gpu__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['update_5fconstrain_5fgpu_5fimpl_2eh_41', ['update_constrain_gpu_impl.h', ['../update__constrain__gpu__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['update_5fconstrain_5fgpu_5fimpl_5fstubs_2ecpp_42', ['update_constrain_gpu_impl_stubs.cpp', ['../update__constrain__gpu__impl__stubs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['update_5fconstrain_5fgpu_5finternal_2eh_43', ['update_constrain_gpu_internal.h', ['../update__constrain__gpu__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['update_5fconstrain_5fgpu_5finternal_5fsycl_2ecpp_44', ['update_constrain_gpu_internal_sycl.cpp', ['../update__constrain__gpu__internal__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -188,16 +188,16 @@ │ │ │ │ │ ['usegpuxhalo_134', ['useGpuXHalo', ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#a7622d96f0775a98b3201b2b9a4f857e3', 1, 'gmx::StepWorkload']]], │ │ │ │ │ ['usegraphthisstep_135', ['useGraphThisStep', ['../classgmx_1_1MdGpuGraph_1_1Impl.xhtml#a0288f84c257204ca982afad98c9d7758', 1, 'gmx::MdGpuGraph::Impl']]], │ │ │ │ │ ['usegrofromdatabase_136', ['useGroFromDatabase', ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#a5f4af4c5eaeffc6f64bcd77e547977ef', 1, 'gmx::test::SimulationRunner']]], │ │ │ │ │ ['usehalfljoptimization_137', ['useHalfLJOptimization', ['../structNbnxm_1_1KernelBenchOptions.xhtml#a56f10a2c7fa5739d34283b34ec2999ce', 1, 'Nbnxm::KernelBenchOptions']]], │ │ │ │ │ ['useinterdependenttask_138', ['useInterdependentTask', ['../structgmx_1_1VsiteThread.xhtml#a4e60c652ec3496741b43ce9be1f64e60', 1, 'gmx::VsiteThread']]], │ │ │ │ │ ['useljcombrule_139', ['useLjCombRule', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a4e114b889870c41c6ee9afa76847b0e4', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['useljpme_140', ['useLJPme', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelOptions.xhtml#ab17bfbb74b089a36773ad0e2f56b704f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelOptions']]], │ │ │ │ │ - ['usemdgpugraph_141', ['usemdgpugraph', ['../classgmx_1_1SimulationWorkload.xhtml#a76cb5c0c6b1dcb6f85e381dfbfc5046f', 1, 'gmx::SimulationWorkload::useMdGpuGraph'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a5ca26c02e2042980d7262c36a11b41ae', 1, 'gmx_pme_pp::useMdGpuGraph'] │ │ │ │ │ + ['usemdgpugraph_141', ['usemdgpugraph', ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a5ca26c02e2042980d7262c36a11b41ae', 1, 'gmx_pme_pp::useMdGpuGraph'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimulationWorkload.xhtml#a76cb5c0c6b1dcb6f85e381dfbfc5046f', 1, 'gmx::SimulationWorkload::useMdGpuGraph'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['usemolpbc_5f_142', ['useMolPbc_', ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml#a0be60b2e021896a2f0a40b1107a3bf61', 1, 'gmx::DomainInfo']]], │ │ │ │ │ ['usemts_143', ['useMts', ['../classgmx_1_1SimulationWorkload.xhtml#ac585c3fa9df3937cb8ae629aa07df131', 1, 'gmx::SimulationWorkload']]], │ │ │ │ │ ['usendxfromdatabase_144', ['useNdxFromDatabase', ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#a138218ca058abe7950f5bf9a5b30b0f7', 1, 'gmx::test::SimulationRunner']]], │ │ │ │ │ ['usenvshmem_145', ['usenvshmem', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#a3d2ccf4da28abf4f9b7c7105413f31a3', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase::useNvshmem'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__pme__pp.xhtml#ab6ada3585bcb5d11417e20579c9842bd', 1, 'gmx_pme_pp::useNvshmem'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimulationWorkload.xhtml#ac092afa60701acf7cdcb00032c48172f', 1, 'gmx::SimulationWorkload::useNvshmem'] │ │ │ │ │ @@ -213,16 +213,16 @@ │ │ │ │ │ ['usergpuids_2eh_152', ['usergpuids.h', ['../usergpuids_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['usergputaskassignment_153', ['userGpuTaskAssignment', ['../structgmx__hw__opt__t.xhtml#aa385ff3c0e1cad123e457fa57756f6d9', 1, 'gmx_hw_opt_t']]], │ │ │ │ │ ['userinputerror_154', ['userinputerror', ['../classgmx_1_1UserInputError.xhtml#a07ae9dc1612508d54e18079cebdc4316', 1, 'gmx::UserInputError::UserInputError()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UserInputError.xhtml', 1, 'gmx::UserInputError'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['userinputtest_155', ['UserInputTest', ['../classgmx_1_1test_1_1UserInputTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['usesimd_156', ['useSimd', ['../classgmx_1_1SettleData.xhtml#a6f48e1b037af7f441ccf2119bc5a3d21', 1, 'gmx::SettleData']]], │ │ │ │ │ - ['usestringasmdpfile_157', ['usestringasmdpfile', ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#accfb15b5d82dd09daa6b25b2e0c14846', 1, 'gmx::test::SimulationRunner::useStringAsMdpFile(const std::string &mdpString)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#a75fa0a10a94033d78afcbbcb871df72d', 1, 'gmx::test::SimulationRunner::useStringAsMdpFile(const char *mdpString)'] │ │ │ │ │ + ['usestringasmdpfile_157', ['usestringasmdpfile', ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#a75fa0a10a94033d78afcbbcb871df72d', 1, 'gmx::test::SimulationRunner::useStringAsMdpFile(const char *mdpString)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#accfb15b5d82dd09daa6b25b2e0c14846', 1, 'gmx::test::SimulationRunner::useStringAsMdpFile(const std::string &mdpString)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['usestringasndxfile_158', ['useStringAsNdxFile', ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#a4af0a2fa669b9b49dbe8e31baa96ab8c', 1, 'gmx::test::SimulationRunner']]], │ │ │ │ │ ['usetabulatedewaldcorr_159', ['useTabulatedEwaldCorr', ['../structNbnxm_1_1KernelBenchOptions.xhtml#a14fa358454fb18a2f9975cb463b9ffbd', 1, 'Nbnxm::KernelBenchOptions']]], │ │ │ │ │ ['usetiming_160', ['useTiming', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#ad6bbbf827e5b002605a8de3625eb4e46', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ │ ['usetopg96andndxfromdatabase_161', ['useTopG96AndNdxFromDatabase', ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#acfd69f53927124bfdee2effd375fc9bd', 1, 'gmx::test::SimulationRunner']]], │ │ │ │ │ ['usetopgroandmdpfromfeptestdatabase_162', ['useTopGroAndMdpFromFepTestDatabase', ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#a5c4e09317af5dad88cde39c19402fed3', 1, 'gmx::test::SimulationRunner']]], │ │ │ │ │ ['usetopgroandndxfromdatabase_163', ['useTopGroAndNdxFromDatabase', ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#aa46bb4573ffe549cc7f4ee67172d0594', 1, 'gmx::test::SimulationRunner']]], │ │ │ │ │ @@ -243,12 +243,12 @@ │ │ │ │ │ ['utilities_2eh_178', ['utilities.h', ['../src_2gromacs_2listed__forces_2utilities_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../src_2gromacs_2mimic_2utilities_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['utility_179', ['Low-Level Utilities (utility)', ['../group__module__utility.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['utility_20functionality_180', ['Implementation of mdrun utility functionality', ['../group__module__mdrunutility.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['utility_20modules_181', ['Utility Modules', ['../group__group__utilitymodules.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['utility_2ecpp_182', ['utility.cpp', ['../utility_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['utility_2eh_183', ['utility.h', ['../domdec_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../compat_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['utility_2eh_183', ['utility.h', ['../utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../domdec_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../compat_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]] │ │ │ │ │ ]; │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_4.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -360,16 +360,16 @@ │ │ │ │ │ ['../page_nbnxm.xhtml', 1, 'The NxM atom-cluster non-bonded algorithm'], │ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md14', 1, 'The simulator algorithm'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['algorithm_20builder_221', ['Simulator algorithm builder', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md38', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['align_5fstep_222', ['ALIGN_STEP', ['../mempool_8cpp.xhtml#a0cd40f06d30a789ea4b0a86f1bb08e20', 1, 'mempool.cpp']]], │ │ │ │ │ ['alignedallocationpolicy_223', ['AlignedAllocationPolicy', ['../classgmx_1_1AlignedAllocationPolicy.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['alignedallocator_224', ['AlignedAllocator', ['../namespacegmx.xhtml#ac3ca6adcfda5170180c2140c7b2f9d47', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['alignedallocator_2ecpp_225', ['alignedallocator.cpp', ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['alignedallocator_2ecpp_225', ['alignedallocator.cpp', ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['alignedallocator_2eh_226', ['alignedallocator.h', ['../alignedallocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['alignedallocator_5fimpl_2eh_227', ['alignedallocator_impl.h', ['../alignedallocator__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['alignedarray_3c_20double_2c_20n_20_3e_228', ['AlignedArray< double, N >', ['../structgmx_1_1AlignedArray_3_01double_00_01N_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['alignedarray_3c_20float_2c_20n_20_3e_229', ['AlignedArray< float, N >', ['../structgmx_1_1AlignedArray_3_01float_00_01N_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['alignedfreegeneric_230', ['alignedFreeGeneric', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02alignedallocator_8cpp_03.xhtml#ac11fa1cae95de1d83f00000c40f0cfde', 1, 'gmx::anonymous_namespace{alignedallocator.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['alignedmallocgeneric_231', ['alignedMallocGeneric', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02alignedallocator_8cpp_03.xhtml#ad8983444d03b6578afb5e28f9ad8dfa8', 1, 'gmx::anonymous_namespace{alignedallocator.cpp}']]], │ │ │ │ │ @@ -501,16 +501,16 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['analysisdataframeref_302', ['analysisdataframeref', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a61b34b109b209a406ece871172a35dad', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::AnalysisDataFrameRef(const AnalysisDataFrameHeader &header, const AnalysisDataValuesRef &values, const AnalysisDataPointSetInfosRef &pointSets)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a67859d5abb02b418438ea1c4996eb237', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::AnalysisDataFrameRef()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#ae66108d9c0c62be929140cdcd2a45bf6', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::AnalysisDataFrameRef(const AnalysisDataFrameHeader &header, const std::vector< AnalysisDataValue > &values, const std::vector< AnalysisDataPointSetInfo > &pointSets)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a8f4388d83a1cc84f4451465ce9b7bfda', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::AnalysisDataFrameRef(const AnalysisDataFrameRef &frame, int firstColumn, int columnCount)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['analysisdatahandle_303', ['analysisdatahandle', ['../classgmx_1_1AnalysisDataHandle.xhtml', 1, 'gmx::AnalysisDataHandle'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataHandle.xhtml#a190268b57cb524964d600b5ccf0c1edf', 1, 'gmx::AnalysisDataHandle::AnalysisDataHandle()'] │ │ │ │ │ + ['analysisdatahandle_303', ['analysisdatahandle', ['../classgmx_1_1AnalysisDataHandle.xhtml#a190268b57cb524964d600b5ccf0c1edf', 1, 'gmx::AnalysisDataHandle::AnalysisDataHandle()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataHandle.xhtml', 1, 'gmx::AnalysisDataHandle'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['analysisdatahandleimpl_304', ['analysisdatahandleimpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataHandleImpl.xhtml', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataHandleImpl'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataHandleImpl.xhtml#ae6762fe4df653b9efa3985a91c9fc17e', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataHandleImpl::AnalysisDataHandleImpl()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['analysisdatalifetimemodule_305', ['AnalysisDataLifetimeModule', ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['analysisdatalifetimemodulepointer_306', ['AnalysisDataLifetimeModulePointer', ['../namespacegmx.xhtml#af036d959995ac12973db1da85b720bf6', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['analysisdatamodulemanager_307', ['AnalysisDataModuleManager', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_5.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -69,17 +69,17 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a96da2575cb94ba65feb904f78a2bb5eb', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const U &other)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a3fb425dfe9f5d47d8575a3a5ffe15356', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const basic_mdspan &other) noexcept=default'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#aaff0fad86e9316fd92ad9ed713522e62', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(U &&other)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a869a9eefe1ee5fdbe009f0970533b6c4', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const mapping_type &m, const accessor_type &a) noexcept'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#ad98e5109d35223338f274e3bdd850622', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const mapping_type &m) noexcept'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a7c22975cf4760a9f66be3e20d83e1e39', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const std::array< ptrdiff_t, extents_type::rank_dynamic()> &dynamic_extents)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a023bf1df41290714a1eb67ee9a952ef0', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan() noexcept'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx::basic_mdspan< ElementType, Extents, LayoutPolicy, AccessorPolicy >'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a1af35e8aadb8ddbe4a239879e3db6238', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const basic_mdspan< OtherElementType, OtherExtents, OtherLayoutPolicy, OtherAccessor > &rhs) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#af91e1c5db6aa3eb085defcaf777c6fd3', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, IndexType... DynamicExtents) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx::basic_mdspan< ElementType, Extents, LayoutPolicy, AccessorPolicy >'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#af91e1c5db6aa3eb085defcaf777c6fd3', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, IndexType... DynamicExtents) noexcept'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20dynamic_5fextents_5ftype_2c_20layout_5fright_20_3e_32', ['basic_mdspan< value_type, dynamic_extents_type, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20extents_2c_20layout_5fright_20_3e_33', ['basic_mdspan< value_type, Extents, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20gmx_3a_3aextents_2c_20layout_5fright_20_3e_34', ['basic_mdspan< value_type, gmx::extents, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20gmx_3a_3aextents_3c_20dynamic_5fextent_2c_20dynamic_5fextent_20_3e_2c_20layout_5fright_20_3e_35', ['basic_mdspan< value_type, gmx::extents< dynamic_extent, dynamic_extent >, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20static_5fextents_5ftype_2c_20layout_5fright_20_3e_36', ['basic_mdspan< value_type, static_extents_type, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['basicaveragehistogrammodule_37', ['basicaveragehistogrammodule', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule'], │ │ │ │ │ @@ -253,16 +253,16 @@ │ │ │ │ │ ['binputcheckingdisabled_5f_153', ['bInputCheckingDisabled_', ['../classgmx_1_1FileNameOptionManager_1_1Impl.xhtml#a7cd2a4a1fd3c7e2d716acef2c8e6f871', 1, 'gmx::FileNameOptionManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['bins_154', ['bins', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a6e4eac2a452db3b73109094936d921a9', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ │ ['binuse_5f_155', ['bInUse_', ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a4ec16f5bca468bf76020234d9f2db510', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl']]], │ │ │ │ │ ['binwidth_156', ['binwidth', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#add437ddf91989778860826153c6b636c', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer::binWidth()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettings.xhtml#af927ef5703f2e7aceac66d8bf912b1e9', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettings::binWidth()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['bir_157', ['bIr', ['../structTpxFileHeader.xhtml#a2c041ee5b81c0e8056c7ad6f848c24b8', 1, 'TpxFileHeader']]], │ │ │ │ │ - ['bitmask_2eh_158', ['bitmask.h', ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['bitmask_2eh_158', ['bitmask.h', ['../tests_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['bitmask_5fclassname_159', ['BITMASK_CLASSNAME', ['../tests_2bitmask_8h.xhtml#ae98c2c3acbcaf4cebce8326e3ad682cb', 1, 'bitmask.h']]], │ │ │ │ │ ['bitmask_5fclassname_5f_160', ['BITMASK_CLASSNAME_', ['../tests_2bitmask_8h.xhtml#aa4a16ee87fdc3d8eec077e2ee58cfd8c', 1, 'bitmask.h']]], │ │ │ │ │ ['bitmask_5fclear_161', ['bitmask_clear', ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml#a18f53c59e5ef4fe3f1b1a649da01fd0a', 1, 'bitmask.h']]], │ │ │ │ │ ['bitmask_5finit_5fbit_162', ['bitmask_init_bit', ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml#ac5dd57fcf554ecadf7f009008e33be8b', 1, 'bitmask.h']]], │ │ │ │ │ ['bitmask_5finit_5flow_5fbits_163', ['bitmask_init_low_bits', ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml#a7ff662ac524c3f80cfa909c40e337eec', 1, 'bitmask.h']]], │ │ │ │ │ ['bitmask_5fis_5fdisjoint_164', ['bitmask_is_disjoint', ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml#a8f44d71faaedd70fca3d13deeb28e184', 1, 'bitmask.h']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_6.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -831,16 +831,16 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a3777ada9336d3fd52068a9929b6fb3b8', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::clearSet()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['clearsymboltable_582', ['clearSymbolTable', ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#ab674dda1a30837dcbacb7a043f339a19', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl']]], │ │ │ │ │ ['cleartaskforcebufferusedelements_583', ['clearTaskForceBufferUsedElements', ['../namespacegmx.xhtml#a9c65d4e61132e4ba154b1b1e8d772483', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['clfftinitializer_584', ['clfftinitializer', ['../classgmx_1_1ClfftInitializer.xhtml', 1, 'gmx::ClfftInitializer'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ClfftInitializer.xhtml#a8e52d5eb9696dbfff76e6bdc9d56353b', 1, 'gmx::ClfftInitializer::ClfftInitializer()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['clfftinitializer_2ecpp_585', ['clfftinitializer.cpp', ['../clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['clfftinitializer_2ecpp_585', ['clfftinitializer.cpp', ['../tests_2clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['clfftinitializer_2eh_586', ['clfftinitializer.h', ['../clfftinitializer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['clhandle_587', ['clhandle', ['../classgmx_1_1ClHandle.xhtml#a506140fa32d43652bcffc0dc2f95c366', 1, 'gmx::ClHandle::ClHandle(ClHandle &&) noexcept=default'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ClHandle.xhtml#a2dce49849ee0051ee05990c651f0b56a', 1, 'gmx::ClHandle::ClHandle(const ClHandle &)=delete'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ClHandle.xhtml#afa26827973b650e659cec6b3fdb90a1c', 1, 'gmx::ClHandle::ClHandle()=delete'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ClHandle.xhtml#a27f1a3d671ccf77c8c5c724d2c38d0db', 1, 'gmx::ClHandle::ClHandle(cl_type handle)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ClHandle.xhtml', 1, 'gmx::ClHandle< cl_type >'] │ │ │ │ │ @@ -881,74 +881,74 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextOutputStream.xhtml#a8c624ae9199c3bfd37bc35a1beb7852f', 1, 'gmx::TextOutputStream::close()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['close_5fsymtab_594', ['close_symtab', ['../symtab_8h.xhtml#ac1312ed27b85821cdccb3980d81f8026', 1, 'symtab.h']]], │ │ │ │ │ ['closeafterforcecomputationcpu_595', ['closeAfterForceComputationCpu', ['../classDDBalanceRegionHandler.xhtml#a9bc7829dd33672815fe2aedb19c9e694', 1, 'DDBalanceRegionHandler']]], │ │ │ │ │ ['closeafterforcecomputationgpu_596', ['closeAfterForceComputationGpu', ['../classDDBalanceRegionHandler.xhtml#abadc78a643b88af716117f0b46ba5473', 1, 'DDBalanceRegionHandler']]], │ │ │ │ │ ['closelogfile_597', ['closeLogFile', ['../namespacegmx.xhtml#a3f56998ae7a3341da06ae004304cf59a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['closestintegerpoint_598', ['closestIntegerPoint', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02gausstransform_8cpp_03.xhtml#ac925f65cbdb7cead0786b53978e1b525', 1, 'gmx::anonymous_namespace{gausstransform.cpp}']]], │ │ │ │ │ - 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['clusterdistancekerneltype.h', ['../clusterdistancekerneltype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['clusterflags_603', ['clusterFlags', ['../classNbnxm_1_1Grid.xhtml#a25b73d71c3c4250ca3f4940f16343cca', 1, 'Nbnxm::Grid']]], │ │ │ │ │ ['clusterisperturbed_604', ['clusterIsPerturbed', ['../classNbnxm_1_1Grid.xhtml#a3bd7de7b1ee5ff89acfbc6971d520d98', 1, 'Nbnxm::Grid']]], │ │ │ │ │ ['clusters_20of_20warps_605', ['of packed j clusters * # of warps', ['../structNbnxm_1_1gpu__plist.xhtml#autotoc_md108', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['clustsize_2ecpp_606', ['clustsize.cpp', ['../clustsize_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['cmaincommandlinemodule_607', ['cmaincommandlinemodule', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinemodulemanager_8cpp_03_1_1CMainCommandLineModule.xhtml#a6f18d9768b76bfe7baa2d7edded17697', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule::CMainCommandLineModule()'], │ │ │ │ │ - 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['colvarspreprocessor_2ecpp_715', ['colvarspreprocessor.cpp', ['../colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_2eh_716', ['colvarspreprocessor.h', ['../colvarspreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarsseed_717', ['colvarsSeed', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a99f2e73ec955d68ec64e441312641f2b', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_718', ['ColvarsSimulationsParameters', ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2ecpp_719', ['colvarssimulationsparameters.cpp', ['../colvarssimulationsparameters_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2eh_720', ['colvarssimulationsparameters.h', ['../colvarssimulationsparameters_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarstatefile_5f_721', ['colvarStateFile_', 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│ │ - ['../classgmx_1_1IProgramContext.xhtml#aa2a3f00e52e7ef163a122b71051c853d', 1, 'gmx::IProgramContext::commandLine()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IProgramContext.xhtml#aa2a3f00e52e7ef163a122b71051c853d', 1, 'gmx::IProgramContext::commandLine()'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__commandline.xhtml#gaa102b867171888b43acb07b91c84ecb2', 1, 'gmx::CommandLineProgramContext::commandLine()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['commandlinecommonoptionsholder_743', ['CommandLineCommonOptionsHolder', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['commandlineformdrun_5f_744', ['commandLineForMdrun_', ['../classgmx_1_1test_1_1DensityFittingTest.xhtml#abe7c342f1f88e7d465277c6f6507bbf0', 1, 'gmx::test::DensityFittingTest']]], │ │ │ │ │ ['commandlinehelpcontext_745', ['commandlinehelpcontext', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#ad7f9fbd02b30848a7a1e01594e42b02a', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext()'], │ │ │ │ │ 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['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#a11a70b944da6e9349d44672830782d0d', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(TextWriter *writer, HelpOutputFormat format, const HelpLinks *links, const std::string &programName)'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#aed5e0742de34e9852b1756419533a084', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(CommandLineHelpContext &&other) noexcept'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['commandlinehelpmodule_746', ['commandlinehelpmodule', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml#a5a9d0730865fd24ceeac309fe74ec279', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule::CommandLineHelpModule()'] │ │ │ │ │ + ['commandlinehelpmodule_746', ['commandlinehelpmodule', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml#a5a9d0730865fd24ceeac309fe74ec279', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule::CommandLineHelpModule()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['commandlinehelpmoduletest_747', ['CommandLineHelpModuleTest', ['../namespaceanonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03.xhtml#a3a941781b686bb991cec028e3666a1b6', 1, 'anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['commandlinehelpwriter_748', ['commandlinehelpwriter', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter.xhtml#ac17d0cb5bda85d09dec3a4878e1780fe', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::CommandLineHelpWriter()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter.xhtml', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['commandlinemodulegroup_749', ['commandlinemodulegroup', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleGroup.xhtml#ae2a8a32699c5b6ae6ab3f3316cdc1117', 1, 'gmx::CommandLineModuleGroup::CommandLineModuleGroup()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineModuleGroup.xhtml', 1, 'gmx::CommandLineModuleGroup'] │ │ │ │ │ @@ -1306,48 +1306,48 @@ │ │ │ │ │ ['computepmeonseparaterank_879', ['computePmeOnSeparateRank', ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#af445de8293bc54c529c0d4d19066fec0', 1, 'gmx::StepWorkload']]], │ │ │ │ │ ['computepotentialswitchvariables_880', ['computePotentialSwitchVariables', ['../namespacegmx.xhtml#aff445accc66deb902dbd55073b4626b6', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['computeqmboxvec_881', ['computeQMBoxVec', ['../namespacegmx.xhtml#abb71f3276bbb0ca5cf40dab45d65d2d3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['computeslowforces_882', ['computeSlowForces', ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#ae7214bc29d33096dccd324091a6e520b', 1, 'gmx::StepWorkload']]], │ │ │ │ │ ['computestoragelocation_883', ['computeStorageLocation', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#adf9f4982e4e5e17be6e6f4aaa0377747', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]], │ │ │ │ │ ['computetotalsize_884', ['computeTotalSize', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02gpu__3dfft__sycl__rocfft_8cpp_03.xhtml#a0982244e267938780eb2b117eb6ad91e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{gpu_3dfft_sycl_rocfft.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['computevirial_885', ['computevirial', ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#a80bb0c94f2ec35c9d1769072f57acba4', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::computeVirial()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#a18115e7da5622e20447ca1aed24737c6', 1, 'gmx::StepWorkload::computeVirial'], │ │ │ │ │ - ['../bonded_8h.xhtml#a661a79f66ada68bb68dbf7a5ebef4962', 1, 'computeVirial(): bonded.h'] │ │ │ │ │ + ['../bonded_8h.xhtml#a661a79f66ada68bb68dbf7a5ebef4962', 1, 'computeVirial(): bonded.h'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#a18115e7da5622e20447ca1aed24737c6', 1, 'gmx::StepWorkload::computeVirial'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['computevirial_5f_886', ['computeVirial_', ['../classgmx_1_1ForceWithVirial.xhtml#a74ea72df5f78f28d500c025823b41a6a', 1, 'gmx::ForceWithVirial']]], │ │ │ │ │ ['computevirialandenergy_887', ['computeVirialAndEnergy', ['../structNbnxm_1_1KernelBenchOptions.xhtml#a4d9a111b15ce4d6c93648372c6e077f2', 1, 'Nbnxm::KernelBenchOptions']]], │ │ │ │ │ ['comremovalalgorithm_888', ['ComRemovalAlgorithm', ['../md__enums_8h.xhtml#ae09d92158fd87994ea82c559fe2573c7', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['comshifttype_889', ['COMShiftType', ['../namespacegmx.xhtml#a1f8b7fe17ca1b3ee74799d1291e9ce75', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['con_5findex_890', ['con_index', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a081ea051fc910200fdb46cde1ae21dbf', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['concatenatebeforeextension_891', ['concatenateBeforeExtension', ['../namespacegmx.xhtml#af93730785cfcb80c0e4c1771a56f3f4f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['conditionsatisfied_892', ['conditionsatisfied', ['../classgmx_1_1test_1_1AllowAnyRankCount.xhtml#ac186dae968696b86d3e5550dfc27a5eb', 1, 'gmx::test::AllowAnyRankCount::conditionSatisfied()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02threadaffinity__mpi_8cpp_03_1_1RequireEvenRankCountWithAtLeastFourRanks.xhtml#a41083b5d88474aa3f328a0c73a04aff3', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{threadaffinity_mpi.cpp}::RequireEvenRankCountWithAtLeastFourRanks::conditionSatisfied()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1RequireMinimumRankCount.xhtml#a98fc41bbe6baffa6638f25db3727e242', 1, 'gmx::test::RequireMinimumRankCount::conditionSatisfied()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1RequireRankCount.xhtml#a77d71c0bf294864e4ee3830005e9e1a5', 1, 'gmx::test::RequireRankCount::conditionSatisfied()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02threadaffinity__mpi_8cpp_03_1_1RequireEvenRankCountWithAtLeastFourRanks.xhtml#a41083b5d88474aa3f328a0c73a04aff3', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{threadaffinity_mpi.cpp}::RequireEvenRankCountWithAtLeastFourRanks::conditionSatisfied()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1RequireRankCount.xhtml#a77d71c0bf294864e4ee3830005e9e1a5', 1, 'gmx::test::RequireRankCount::conditionSatisfied()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['confio_2ecpp_893', ['confio.cpp', ['../tests_2confio_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['confmatch_894', ['ConfMatch', ['../classgmx_1_1test_1_1ConfMatch.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['conftest_2ecpp_895', ['conftest.cpp', ['../conftest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['conftest_2eh_896', ['conftest.h', ['../conftest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['connectwithmatchingpropagator_897', ['connectwithmatchingpropagator', ['../classgmx_1_1ParrinelloRahmanBarostat.xhtml#aaab38766e4e309351c08ade4aeb8befa', 1, 'gmx::ParrinelloRahmanBarostat::connectWithMatchingPropagator()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1VelocityScalingTemperatureCoupling.xhtml#aa289bb2174ab79ec9e096ed51539f4de', 1, 'gmx::VelocityScalingTemperatureCoupling::connectWithMatchingPropagator()'] │ │ │ │ │ + ['connectwithmatchingpropagator_897', ['connectwithmatchingpropagator', ['../classgmx_1_1VelocityScalingTemperatureCoupling.xhtml#aa289bb2174ab79ec9e096ed51539f4de', 1, 'gmx::VelocityScalingTemperatureCoupling::connectWithMatchingPropagator()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ParrinelloRahmanBarostat.xhtml#aaab38766e4e309351c08ade4aeb8befa', 1, 'gmx::ParrinelloRahmanBarostat::connectWithMatchingPropagator()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['connectwithpropagator_898', ['connectwithpropagator', ['../classgmx_1_1NoseHooverTemperatureCoupling.xhtml#a580d0ec27bb2d5156bfef3c463959fd1', 1, 'gmx::NoseHooverTemperatureCoupling::connectWithPropagator()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BerendsenTemperatureCoupling.xhtml#acdd9237bf61e91614433d687b933cb49', 1, 'gmx::BerendsenTemperatureCoupling::connectWithPropagator()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1VRescaleTemperatureCoupling.xhtml#a23c1462bce5eb17958494ef7cf833d0a', 1, 'gmx::VRescaleTemperatureCoupling::connectWithPropagator()'], │ │ │ │ │ + ['connectwithpropagator_898', ['connectwithpropagator', ['../classgmx_1_1NoseHooverChainsElement.xhtml#a5a9f15ddd96660c2745a5400441740d1', 1, 'gmx::NoseHooverChainsElement::connectWithPropagator()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ITemperatureCouplingImpl.xhtml#a0c8c2ca8a506ea52abf768db18aea5b5', 1, 'gmx::ITemperatureCouplingImpl::connectWithPropagator()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NoseHooverChainsElement.xhtml#a5a9f15ddd96660c2745a5400441740d1', 1, 'gmx::NoseHooverChainsElement::connectWithPropagator()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VRescaleTemperatureCoupling.xhtml#a23c1462bce5eb17958494ef7cf833d0a', 1, 'gmx::VRescaleTemperatureCoupling::connectWithPropagator()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BerendsenTemperatureCoupling.xhtml#acdd9237bf61e91614433d687b933cb49', 1, 'gmx::BerendsenTemperatureCoupling::connectWithPropagator()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NoseHooverTemperatureCoupling.xhtml#a580d0ec27bb2d5156bfef3c463959fd1', 1, 'gmx::NoseHooverTemperatureCoupling::connectWithPropagator()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['connolly_5fplot_899', ['connolly_plot', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#ga39d5a5fbdb37e5464603b1a8c105d906', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{sasa.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['conrmsd_5fnm_900', ['conrmsd_nm', ['../energyoutput_8cpp.xhtml#ae702283029010214686db86ebefd064f', 1, 'energyoutput.cpp']]], │ │ │ │ │ ['consoleoptionsformatter_901', ['consoleOptionsFormatter', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl_1_1SharedState.xhtml#af1313e6f8cd5941820f4b0519282d6e9', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl::SharedState']]], │ │ │ │ │ - ['const_5fiterator_902', ['const_iterator', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ade2423b0b388433acfaa315c3499425b', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::const_iterator'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#ae562c294a5d1fb9f9a26c7fdc21380ae', 1, 'gmx::MultiDimArray::const_iterator'], │ │ │ │ │ + ['const_5fiterator_902', ['const_iterator', ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a6a4a25aeda71614be109cb33ddf990be', 1, 'gmx::ArrayRef::const_iterator'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a699f7c5d95c661e25039f56cae35a5f1', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::const_iterator'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a6a4a25aeda71614be109cb33ddf990be', 1, 'gmx::ArrayRef::const_iterator'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ade2423b0b388433acfaa315c3499425b', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::const_iterator'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#ae562c294a5d1fb9f9a26c7fdc21380ae', 1, 'gmx::MultiDimArray::const_iterator'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['const_5fpointer_903', ['const_pointer', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#adce03acf519869a9210f197a51ef984e', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::const_pointer'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a1d775f4a9023732fd0616efb0b537198', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::const_pointer'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a813d9d7b5e1974c2062e990e096aca62', 1, 'gmx::ArrayRef::const_pointer'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['const_5freference_904', ['const_reference', ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#aa523e3e573d94dfb5f1c72b884c4174b', 1, 'gmx::ArrayRef::const_reference'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#aabb8e717db826313fd50c1f6a8f6f009', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::const_reference'], │ │ │ │ │ @@ -1361,29 +1361,29 @@ │ │ │ │ │ ['constant_20elements_908', ['constant elements', ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree_const', 1, 'Constant elements'], │ │ │ │ │ ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree_const', 1, 'Constant elements'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['constantacceleration_2ecpp_909', ['constantacceleration.cpp', ['../constantacceleration_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constantensembletemperature_5f_910', ['constantEnsembleTemperature_', ['../structgmx_1_1EnsembleTemperature.xhtml#a0914fc5a9e08d5f0ed3d25a9c89524c6', 1, 'gmx::EnsembleTemperature']]], │ │ │ │ │ ['constants_911', ['constants', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#ad55c3a5b42f236c8f8a5da38da2b23bf', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase']]], │ │ │ │ │ ['constarrayreffromarray_912', ['constArrayRefFromArray', ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a3ad7566d3e99e1e1b3f6360d3ae89314', 1, 'gmx::ArrayRef']]], │ │ │ │ │ - ['constarrayrefwithpadding_913', ['constarrayrefwithpadding', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#ae34a3b3aea722ed626b5a0d4445fc6df', 1, 'gmx::PaddedVector::constArrayRefWithPadding()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a058381c9ca672c46aef5137127be1eec', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::constArrayRefWithPadding()'] │ │ │ │ │ + ['constarrayrefwithpadding_913', ['constarrayrefwithpadding', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a058381c9ca672c46aef5137127be1eec', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::constArrayRefWithPadding()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#ae34a3b3aea722ed626b5a0d4445fc6df', 1, 'gmx::PaddedVector::constArrayRefWithPadding()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['constbox_914', ['constBox', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#ae535bc232a862c20a2dec0725d317117', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ │ ['constefl_915', ['constEfl', ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__edflood.xhtml#a2f9ff5b4df57cfd8327044fee28ca4d3', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_edflood']]], │ │ │ │ │ ['constforcesview_916', ['constForcesView', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#a7dafca0d4c82920541ecf5ef07e6f2c2', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ │ ['constlambdaview_917', ['constLambdaView', ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData.xhtml#a6dd7a68a6e5856f798dc9230b9491cf6', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData']]], │ │ │ │ │ ['constpositionsview_918', ['constPositionsView', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#a2cbb668beb0a815b6ab7f57b4baddbeb', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ │ ['constpreviousbox_919', ['constPreviousBox', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#a9b130ea219f39ae168dd8d5b639c50ac', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ │ ['constpreviouspositionsview_920', ['constPreviousPositionsView', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#ae06f462b94adbaa6f38223627dad37dd', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ │ - ['constr_921', ['constr', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#a09333c1c6c67abf71a2f863072ee1d44', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator::constr'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ConstraintsParam.xhtml#a140db9e4bbecbef0395d63453dd1e33b', 1, 'gmx::ConstraintsParam::constr'] │ │ │ │ │ + ['constr_921', ['constr', ['../classgmx_1_1ConstraintsParam.xhtml#a140db9e4bbecbef0395d63453dd1e33b', 1, 'gmx::ConstraintsParam::constr'], │ │ │ │ │ + ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#a09333c1c6c67abf71a2f863072ee1d44', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator::constr'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['constr_2ecpp_922', ['constr.cpp', ['../constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['constr_2ecpp_922', ['constr.cpp', ['../tests_2constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../constr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['constr_2eh_923', ['constr.h', ['../constr_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constr_5f_924', ['constr_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a0c9ee16eccef11cf0565b2727913d0aa', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ ['constr_5fiatomptr_925', ['constr_iatomptr', ['../namespacegmx.xhtml#ad75e7b86fde60f53dc2b09967a994c2c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['constr_5fr_5fmax_926', ['constr_r_max', ['../namespacegmx.xhtml#a481219a0ea0b270f8ab8f680bb8bf7b7', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['constr_5fr_5fmax_5fmoltype_927', ['constr_r_max_moltype', ['../namespacegmx.xhtml#a11d78b8c61663de23b5719c3873835f4', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['constr_5frecur_928', ['constr_recur', ['../namespacegmx.xhtml#a9fb1a7820bdf3161f3dc12391f812489', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -1398,32 +1398,32 @@ │ │ │ │ │ ['constraintelement_20tt_937', ['<tt>ConstraintElement</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md26', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constraintelement_2ecpp_938', ['constraintelement.cpp', ['../constraintelement_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constraintelement_2eh_939', ['constraintelement.h', ['../constraintelement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constraintgroupradius_940', ['constraintGroupRadius', ['../namespacegmx.xhtml#a1315d7137233902e1b3e16c2206b6032', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['constraintrmsdeviation_941', ['constraintRmsDeviation', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a829a37fa7f99405e1a0d7484c6c22d25', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['constraints_942', ['Constraints', ['../classgmx_1_1Constraints.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['constraints_5f_943', ['constraints_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#aa68aa57180331331e43de22bf51ec57d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest']]], │ │ │ │ │ - ['constraintselement_944', ['constraintselement', ['../classgmx_1_1ConstraintsElement.xhtml', 1, 'gmx::ConstraintsElement< variable >'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ConstraintsElement.xhtml#a056b8b75edbf92982efa996eca3093f7', 1, 'gmx::ConstraintsElement::ConstraintsElement()'] │ │ │ │ │ + ['constraintselement_944', ['constraintselement', ['../classgmx_1_1ConstraintsElement.xhtml#a056b8b75edbf92982efa996eca3093f7', 1, 'gmx::ConstraintsElement::ConstraintsElement()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ConstraintsElement.xhtml', 1, 'gmx::ConstraintsElement< variable >'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['constraintsparam_945', ['constraintsparam', ['../classgmx_1_1ConstraintsParam.xhtml', 1, 'gmx::ConstraintsParam'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ConstraintsParam.xhtml#a190dccc8f26886bd081c1db7d43e5926', 1, 'gmx::ConstraintsParam::ConstraintsParam()'] │ │ │ │ │ + ['constraintsparam_945', ['constraintsparam', ['../classgmx_1_1ConstraintsParam.xhtml#a190dccc8f26886bd081c1db7d43e5926', 1, 'gmx::ConstraintsParam::ConstraintsParam()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ConstraintsParam.xhtml', 1, 'gmx::ConstraintsParam'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['constraintstest_946', ['ConstraintsTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02constr_8cpp_03_1_1ConstraintsTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{constr.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['constraintstride_947', ['constraintStride', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02shake_8cpp_03.xhtml#ab6123ea71d2ef0a27876e23e65bfa37d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{shake.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['constraintvariable_948', ['ConstraintVariable', ['../namespacegmx.xhtml#adf0082b4644c3e1bec84eeb8e7328cab', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['constraintvirial_949', ['constraintVirial', ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a7622cec50e1cd69a250424a37352a254', 1, 'gmx::EnergyData']]], │ │ │ │ │ ['constrtestdata_2ecpp_950', ['constrtestdata.cpp', ['../constrtestdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestdata_2eh_951', ['constrtestdata.h', ['../constrtestdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestrunners_2ecpp_952', ['constrtestrunners.cpp', ['../constrtestrunners_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestrunners_2eh_953', ['constrtestrunners.h', ['../constrtestrunners_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestrunners_5fgpu_2ecpp_954', ['constrtestrunners_gpu.cpp', ['../constrtestrunners__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['construct_955', ['construct', ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler_1_1Impl.xhtml#a2f1e45ab588659fa6728723727d84de9', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::Impl::construct()'], │ │ │ │ │ + ['construct_955', ['construct', ['../classgmx_1_1DefaultInitializationAllocator.xhtml#a0dd33fe8ace35e948f8866fba3f2153a', 1, 'gmx::DefaultInitializationAllocator::construct()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler_1_1Impl.xhtml#a2f1e45ab588659fa6728723727d84de9', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::Impl::construct()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#ac1f0d29a9ee94b2b52c914c1aa08e633', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::construct()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DefaultInitializationAllocator.xhtml#a0dd33fe8ace35e948f8866fba3f2153a', 1, 'gmx::DefaultInitializationAllocator::construct()'], │ │ │ │ │ ['../classPairlistSets.xhtml#aa43d95f50c1ebfb2da06807234ea3039', 1, 'PairlistSets::construct()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DefaultInitializationAllocator.xhtml#a5ad587ffa8f1e148b74ca33a32439313', 1, 'gmx::DefaultInitializationAllocator::construct()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['construct_5fvsites_956', ['construct_vsites', ['../namespacegmx.xhtml#a6001f47639fd23ba7e3a7416b5d814d3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['construct_5fvsites_5fthread_957', ['construct_vsites_thread', ['../namespacegmx.xhtml#ad7231a58e8029ba430aee223a45befb7', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['constructed_20by_20the_20parser_958', ['Element tree constructed by the parser', ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constructgpuhaloexchange_959', ['constructGpuHaloExchange', ['../domdec_8h.xhtml#ad281395404e44cc286365d86935410cb', 1, 'domdec.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -1431,21 +1431,21 @@ │ │ │ │ │ ['construction_961', ['Construction', ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md82', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constructlocalatomset_962', ['constructLocalAtomSet', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml#a3938ce64c8a981853d9bbfc8d89855f8', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting']]], │ │ │ │ │ ['constructpairlist_963', ['constructPairlist', ['../structnonbonded__verlet__t.xhtml#abc83d949d72e2827df2db456155ebfdc', 1, 'nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ ['constructpairlists_964', ['constructPairlists', ['../classPairlistSet.xhtml#a86a7f4b6b1a0b731f0cd43fda7d6e542', 1, 'PairlistSet']]], │ │ │ │ │ ['constructvirtualsites_965', ['constructVirtualSites', ['../namespacegmx.xhtml#a611ed883c9cb1e8617196276349b4606', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['constructvirtualsitesglobal_966', ['constructVirtualSitesGlobal', ['../namespacegmx.xhtml#ada81d297fde33e6be3133e7e81729c74', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['constvelocitiesview_967', ['constVelocitiesView', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#a68bb9f3867970a2719a7c5f243d6833f', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ │ - ['constview_968', ['constview', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatReader.xhtml#a766d0e2492b17e27c5f2508257075a1b', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatReader::constView()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GaussTransform3D.xhtml#a11f8ff23098dfc25e9e2628ba800a20d', 1, 'gmx::GaussTransform3D::constView()'] │ │ │ │ │ + ['constview_968', ['constview', ['../classgmx_1_1GaussTransform3D.xhtml#a11f8ff23098dfc25e9e2628ba800a20d', 1, 'gmx::GaussTransform3D::constView()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatReader.xhtml#a766d0e2492b17e27c5f2508257075a1b', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatReader::constView()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['container_969', ['Container', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02textreader_8cpp_03.xhtml#acaeeb0653a1f086bbc5f4dbd4f0b7770', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{textreader.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['contains_970', ['contains', ['../group__module__utility.xhtml#gac0bef974d105fbfcc7e5362111eafed5', 1, 'gmx::contains()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLine.xhtml#a003456934d4b8e1e53637f996233df8c', 1, 'gmx::test::CommandLine::contains()'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__utility.xhtml#ga5d6c1daa93bf46a2c397d179e007e3e8', 1, 'gmx::contains()'] │ │ │ │ │ + ['contains_970', ['contains', ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLine.xhtml#a003456934d4b8e1e53637f996233df8c', 1, 'gmx::test::CommandLine::contains()'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__utility.xhtml#ga5d6c1daa93bf46a2c397d179e007e3e8', 1, 'gmx::contains(const std::string &str, const char *substr)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__utility.xhtml#gac0bef974d105fbfcc7e5362111eafed5', 1, 'gmx::contains(const std::string &str, const std::string &substr)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['containsgroupname_971', ['containsGroupName', ['../classgmx_1_1IndexGroupsAndNames.xhtml#a96ab37e104761778680c5704edc7596a', 1, 'gmx::IndexGroupsAndNames']]], │ │ │ │ │ ['context_972', ['context', ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml#afc0091deb9ff3e30ff90c56562f1e542', 1, 'gmx::DeviceStreamManager']]], │ │ │ │ │ ['context_5f_973', ['context_', ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager_1_1Impl.xhtml#a3e4dfb6fc307ceb9f08de7cf557f4d15', 1, 'gmx::DeviceStreamManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['continuationframepairmanager_974', ['continuationframepairmanager', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02exactcontinuation_8cpp_03_1_1ContinuationFramePairManager.xhtml#a464d51dc03809043f57a02af67741a0f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{exactcontinuation.cpp}::ContinuationFramePairManager::ContinuationFramePairManager()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02exactcontinuation_8cpp_03_1_1ContinuationFramePairManager.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{exactcontinuation.cpp}::ContinuationFramePairManager< FrameReader >'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -1463,117 +1463,117 @@ │ │ │ │ │ ['convert_5ftrj_2eh_984', ['convert_trj.h', ['../convert__trj_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['convert_5fvalue_985', ['convert_value', ['../params_8cpp.xhtml#a19d2834cd3672d8cfb1456e0a2df8611', 1, 'params.cpp']]], │ │ │ │ │ ['convert_5fvalues_986', ['convert_values', ['../params_8cpp.xhtml#aafea70a206f143024f09d4dd6cecc0c6', 1, 'params.cpp']]], │ │ │ │ │ ['convertcoordinates_987', ['convertCoordinates', ['../structnonbonded__verlet__t.xhtml#a40d709b6df01aae554ca37a6b0e1666a', 1, 'nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ ['convertcoordinatesgpu_988', ['convertCoordinatesGpu', ['../structnonbonded__verlet__t.xhtml#a11fb4777a99d3266ba87102be4b6ac48', 1, 'nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ ['convertdoublereferencevalue_989', ['convertDoubleReferenceValue', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a6a434d56bea5a70c7b33f04a2d2370ef', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['convertertype_990', ['ConverterType', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#aca653c01fae2d871082daf9c01380236', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple']]], │ │ │ │ │ - ['convertflag_991', ['convertflag', ['../namespacegmx.xhtml#a461c2fb6da1c99d8c37e1018d8c9b279', 1, 'gmx::convertFlag(FrameConverterFlags flag)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a4beffab47e3d8fd5c14812b987d4ea0b', 1, 'gmx::convertFlag(CoordinateFileFlags flag)'] │ │ │ │ │ + ['convertflag_991', ['convertflag', ['../namespacegmx.xhtml#a4beffab47e3d8fd5c14812b987d4ea0b', 1, 'gmx::convertFlag(CoordinateFileFlags flag)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a461c2fb6da1c99d8c37e1018d8c9b279', 1, 'gmx::convertFlag(FrameConverterFlags flag)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['convertframe_992', ['convertframe', ['../classgmx_1_1IFrameConverter.xhtml#afe55301a7da778107dbf0a70ec7c72c4', 1, 'gmx::IFrameConverter::convertFrame()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ProcessFrameConversion.xhtml#ad82c69e3a6436599961e0d911c7ec951', 1, 'gmx::ProcessFrameConversion::convertFrame()'] │ │ │ │ │ + ['convertframe_992', ['convertframe', ['../classgmx_1_1ProcessFrameConversion.xhtml#ad82c69e3a6436599961e0d911c7ec951', 1, 'gmx::ProcessFrameConversion::convertFrame()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IFrameConverter.xhtml#afe55301a7da778107dbf0a70ec7c72c4', 1, 'gmx::IFrameConverter::convertFrame()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['convertfromstringarrayref_993', ['convertFromStringArrayRef', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02cmdlinetest_8cpp_03.xhtml#a6a5f1dfeb869fc5bc5809318b7140a2b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{cmdlinetest.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['convertilisttonbnxnorder_994', ['convertIlistToNbnxnOrder', ['../namespacegmx.xhtml#a7656ab1400e22553781433915fe98c1f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['convertkernel_995', ['convertKernel', ['../classGridConverter.xhtml#ab9717d644112f48204931e5685944aeb', 1, 'GridConverter']]], │ │ │ │ │ ['convertoldtonewgroupformat_996', ['convertOldToNewGroupFormat', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#a2403a53b125b6939029cab9e2bfa79b1', 1, 'swapcoords.cpp']]], │ │ │ │ │ ['convertoptionvalue_997', ['convertOptionValue', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager.xhtml#a89e3f776167a202203ce8a0883008ad9', 1, 'gmx::SelectionOptionManager']]], │ │ │ │ │ ['convertparameters_998', ['convertParameters', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02electricfield_8cpp_03.xhtml#aa8ef231ccc106c1ff3e72f76b3d53c4d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{electricfield.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['convertpmegridtofftgrid_999', ['convertpmegridtofftgrid', ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#a366e48ba7c29335b7dde9f362e88c635', 1, 'convertPmeGridToFftGrid(const PmeGpu *pmeGpu, float *h_fftRealGrid, gmx_parallel_3dfft_t *fftSetup, int gridIndex): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#a628873119d33d5f1024be5f083a7edf8', 1, 'convertPmeGridToFftGrid(const PmeGpu *pmeGpu, DeviceBuffer< float > *d_fftRealGrid, int gridIndex): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#add22ae48787ce6b2c2bb4e5211f0d755', 1, 'convertPmeGridToFftGrid(const PmeGpu *pmeGpu, float *h_fftRealGrid, gmx_parallel_3dfft_t *fftSetup, const int gridIndex): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ + ['convertpmegridtofftgrid_999', ['convertpmegridtofftgrid', ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#ad0ad39d47f34ad637289939ed2f9ea20', 1, 'convertPmeGridToFftGrid(const PmeGpu *, float *, gmx_parallel_3dfft_t *, const int): pme_gpu_ocl_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#afd0074b499fbdb6a7c6eb61725ab50b1', 1, 'convertPmeGridToFftGrid(const PmeGpu *, DeviceBuffer< float > *, const int): pme_gpu_ocl_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#ad0f0ee112a6d07185755841b1f74c807', 1, 'convertPmeGridToFftGrid(const PmeGpu *pmeGpu, DeviceBuffer< float > *d_fftRealGrid, const int gridIndex): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#ad0ad39d47f34ad637289939ed2f9ea20', 1, 'convertPmeGridToFftGrid(const PmeGpu *, float *, gmx_parallel_3dfft_t *, const int): pme_gpu_ocl_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#afd0074b499fbdb6a7c6eb61725ab50b1', 1, 'convertPmeGridToFftGrid(const PmeGpu *, DeviceBuffer< float > *, const int): pme_gpu_ocl_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#add22ae48787ce6b2c2bb4e5211f0d755', 1, 'convertPmeGridToFftGrid(const PmeGpu *pmeGpu, float *h_fftRealGrid, gmx_parallel_3dfft_t *fftSetup, const int gridIndex): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#a628873119d33d5f1024be5f083a7edf8', 1, 'convertPmeGridToFftGrid(const PmeGpu *pmeGpu, DeviceBuffer< float > *d_fftRealGrid, int gridIndex): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#a366e48ba7c29335b7dde9f362e88c635', 1, 'convertPmeGridToFftGrid(const PmeGpu *pmeGpu, float *h_fftRealGrid, gmx_parallel_3dfft_t *fftSetup, int gridIndex): pme_gpu_grid_sycl.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['convertrvectofloat3ondevice_1000', ['convertRVecToFloat3OnDevice', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aca935d8d60b16cf7be62a4ecf611dcf5', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['convertrvectofloat3onhost_1001', ['convertRVecToFloat3OnHost', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#abf95d2cdd62cf09055011d82aef58b62', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['convertsigmaepsilontoc6c12_1002', ['convertSigmaEpsilonToC6C12', ['../namespaceNbnxm.xhtml#aa8d5a3b10fb552e236bb17a796d5d827', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['converttocheckpointsignal_1003', ['convertToCheckpointSignal', ['../namespacegmx.xhtml#a534f177784a0b1985a0d19aa93d397b6', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['converttoresetsignal_1004', ['convertToResetSignal', ['../namespacegmx.xhtml#a50b80e9fb3d6baa7c626a8565a811b02', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['converttostopsignal_1005', ['convertToStopSignal', ['../namespacegmx.xhtml#a40f71e31a8ec5882276b1226e78a0ee0', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['converttprinfo_1006', ['ConvertTprInfo', ['../classgmx_1_1ConvertTprInfo.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['converttrjmoduletest_1007', ['ConvertTrjModuleTest', ['../namespaceanonymous__namespace_02convert__trj_8cpp_03.xhtml#ad193ec6c553be6a920ac60480dfd62cc', 1, 'anonymous_namespace{convert_trj.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['convertvalue_1008', ['convertvalue', ['../classanonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a7f31a76968c28e050247c61308ad664d', 1, 'anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::convertValue()'], │ │ │ │ │ + ['convertvalue_1008', ['convertvalue', ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#aae11efffb6cc22876a5bfe3aa97db8fb', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::convertValue()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a7f3485d509c110981e66f4fa97074bf5', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::convertValue()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#aae11efffb6cc22876a5bfe3aa97db8fb', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::convertValue()'] │ │ │ │ │ + ['../classanonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a7f31a76968c28e050247c61308ad664d', 1, 'anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::convertValue()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['convolveforce_1009', ['convolveForce', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a45598bd3d7d1fdb654b70ea0b731fd94', 1, 'gmx::BiasParams']]], │ │ │ │ │ ['coolstuff_2ecpp_1010', ['coolstuff.cpp', ['../coolstuff_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['coolstuff_2eh_1011', ['coolstuff.h', ['../coolstuff_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['coord_5funit_1012', ['coord_unit', ['../structt__pullcoord.xhtml#a7231cfd9b9e497ee43dab28ee4521798', 1, 't_pullcoord']]], │ │ │ │ │ ['coorddata_1013', ['coorddata', ['../structgmx_1_1CorrelationBlockData_1_1CoordData.xhtml#a808c9b7d3d8968f51788ecbd1dbd58cc', 1, 'gmx::CorrelationBlockData::CoordData::CoordData()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1CorrelationBlockData_1_1CoordData.xhtml', 1, 'gmx::CorrelationBlockData::CoordData'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml#ad40bec22c752f8a1252d03edce5c8835', 1, 'gmx::CorrelationBlockData::coordData() const'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml#ad40bec22c752f8a1252d03edce5c8835', 1, 'gmx::CorrelationBlockData::coordData() const'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1CorrelationBlockData_1_1CoordData.xhtml', 1, 'gmx::CorrelationBlockData::CoordData'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['coordinate_1014', ['Coordinate', ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440bac7c60dd55c0cd4692587f5e9dc114ae9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['coordinate_20data_20output_1015', ['Coordinate data output', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md101', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['coordinate_20files_1016', ['Handling of writing new coordinate files', ['../group__module__coordinateio.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['coordinate_5f_1017', ['coordinate_', ['../structgmx_1_1RealFunctionvalueAtCoordinate.xhtml#a67cba0e4a8bfdd250f51a24bae2eb652', 1, 'gmx::RealFunctionvalueAtCoordinate::coordinate_'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters_1_1PositionAndAmplitude.xhtml#a5d31e8646d2e8b56c5bab5f7aeecf0fd', 1, 'gmx::GaussianSpreadKernelParameters::PositionAndAmplitude::coordinate_'] │ │ │ │ │ + ['coordinate_5f_1017', ['coordinate_', ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters_1_1PositionAndAmplitude.xhtml#a5d31e8646d2e8b56c5bab5f7aeecf0fd', 1, 'gmx::GaussianSpreadKernelParameters::PositionAndAmplitude::coordinate_'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1RealFunctionvalueAtCoordinate.xhtml#a67cba0e4a8bfdd250f51a24bae2eb652', 1, 'gmx::RealFunctionvalueAtCoordinate::coordinate_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['coordinate_5ftest_2eh_1018', ['coordinate_test.h', ['../coordinate__test_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['coordinatefile_2ecpp_1019', ['coordinatefile.cpp', ['../coordinatefile_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['coordinatefile_2eh_1020', ['coordinatefile.h', ['../coordinatefile_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['coordinatefileenums_2eh_1021', ['coordinatefileenums.h', ['../coordinatefileenums_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['coordinatefileflags_1022', ['CoordinateFileFlags', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ga3b3ecc36ead08ea2c31b70f0b85b30d6', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['coordinatemanager_5f_1023', ['coordinateManager_', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdGroupData.xhtml#a50743fb63ea314dad3aea8abfe28fc7b', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdGroupData']]], │ │ │ │ │ - ['coordinates_1024', ['coordinates', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#ac3e4001179cd58cb190528e3c0ebe9e7', 1, 'gmx::Selection::coordinates()'], │ │ │ │ │ + ['coordinates_1024', ['coordinates', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a1b85395927aa10a901f2f43a28b1949d', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::coordinates'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1TestSystem.xhtml#ad73276486a12f59894bfad12966c0383', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::TestSystem::coordinates'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a1b85395927aa10a901f2f43a28b1949d', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::coordinates'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mshift_8cpp_03.xhtml#ae7430e2e7553c14375dc86f4509025c7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mshift.cpp}::coordinates()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1TestSystem.xhtml#a9a7b7e9fa2e3bd956e47b339c58bade4', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::TestSystem::coordinates'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1TestSystem.xhtml#a9a7b7e9fa2e3bd956e47b339c58bade4', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::TestSystem::coordinates'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#ac3e4001179cd58cb190528e3c0ebe9e7', 1, 'gmx::Selection::coordinates()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mshift_8cpp_03.xhtml#ae7430e2e7553c14375dc86f4509025c7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mshift.cpp}::coordinates()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['coordinates1000_1025', ['coordinates1000', ['../bench__coords_8h.xhtml#ae305dffdf971f24b9f44642fd64e3564', 1, 'bench_coords.h']]], │ │ │ │ │ ['coordinates_5f_1026', ['coordinates_', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#a522eab0e8e6d369f8960261870cc5511', 1, 'gmx::test::BiasTest::coordinates_'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1OptimisationResult.xhtml#ac876a8e4238f62617f321305d85fed81', 1, 'gmx::OptimisationResult::coordinates_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FrictionMetricTest.xhtml#a076afd97656572f8dd065b5c1c283a3b', 1, 'gmx::test::FrictionMetricTest::coordinates_'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FrictionMetricTest.xhtml#a076afd97656572f8dd065b5c1c283a3b', 1, 'gmx::test::FrictionMetricTest::coordinates_'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1OptimisationResult.xhtml#ac876a8e4238f62617f321305d85fed81', 1, 'gmx::OptimisationResult::coordinates_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['coordinatesandboxpreprocessed_1027', ['CoordinatesAndBoxPreprocessed', ['../structgmx_1_1CoordinatesAndBoxPreprocessed.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['coordinatescomparison_1028', ['coordinatesComparison', ['../structgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameMatchSettings.xhtml#a9f5d81c89deebd8c041c0ced6cd57350', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameMatchSettings']]], │ │ │ │ │ ['coordinatesvector_1029', ['CoordinatesVector', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a92d5f4a0dfe0e7321256dfe596b6f7bc', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['coordinateswhole_1030', ['coordinatesWhole', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mshift_8cpp_03.xhtml#a4e36af5bb18cd8ae95414fb93deb5696', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mshift.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['coordinatetransformation_2ecpp_1031', ['coordinatetransformation.cpp', ['../coordinatetransformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2coordinatetransformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['coordinatetransformation_2eh_1032', ['coordinatetransformation.h', ['../coordinatetransformation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['coordsel_1033', ['coordsel', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a198e29bd4616b0ba01608dc2cd50092d', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ │ ['coordsendbuf_1034', ['coordsendbuf', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a4a168def8ea8fe0a311cf790fbd01332', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['coordstate_1035', ['coordstate', ['../classgmx_1_1CoordState.xhtml#a7718d205b5fc1756af8980a7a5e17433', 1, 'gmx::CoordState::CoordState()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a7bcfdaa34543b06cde4c9a5027d980ab', 1, 'gmx::BiasState::coordState()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CoordState.xhtml', 1, 'gmx::CoordState'] │ │ │ │ │ + ['coordstate_1035', ['coordstate', ['../classgmx_1_1CoordState.xhtml', 1, 'gmx::CoordState'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CoordState.xhtml#a7718d205b5fc1756af8980a7a5e17433', 1, 'gmx::CoordState::CoordState()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a7bcfdaa34543b06cde4c9a5027d980ab', 1, 'gmx::BiasState::coordState()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['coordstate_2ecpp_1036', ['coordstate.cpp', ['../coordstate_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['coordstate_2eh_1037', ['coordstate.h', ['../coordstate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['coordvalue_1038', ['coordvalue', ['../classgmx_1_1CoordState.xhtml#a3ef9d2d1caeddb0b1d9a27cbf894391c', 1, 'gmx::CoordState::coordValue()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344a720c5bc3c2ea29a296e3461990c4899b', 1, 'gmx::CoordValue'], │ │ │ │ │ + ['coordvalue_1038', ['coordvalue', ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344a720c5bc3c2ea29a296e3461990c4899b', 1, 'gmx::CoordValue'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CoordState.xhtml#a3ef9d2d1caeddb0b1d9a27cbf894391c', 1, 'gmx::CoordState::coordValue()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1GridPoint.xhtml#aa45a9b758e75aa992b6dd8da15e30507', 1, 'gmx::GridPoint::coordValue'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['copy_5fpullgrp_5fto_5fsynthwindow_1039', ['copy_pullgrp_to_synthwindow', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a5e10c5f5fe4283e35146096e4fd4516d', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ ['copy_5frvec_5fto_5fnbat_5freal_1040', ['copy_rvec_to_nbat_real', ['../atomdata_8h.xhtml#a0a7d5b588ee693cea267bf05fefb118b', 1, 'atomdata.cpp']]], │ │ │ │ │ ['copyalloutputs_1041', ['copyAllOutputs', ['../structPmeGpuSettings.xhtml#ae7801c4bcdb0f159490372ff07ef38c0', 1, 'PmeGpuSettings']]], │ │ │ │ │ ['copyatoms_1042', ['copyAtoms', ['../classgmx_1_1TopologyInformation.xhtml#a556f8e1b047acb7951e305c2daced10d', 1, 'gmx::TopologyInformation']]], │ │ │ │ │ - ['copybetweendevicebuffers_1043', ['copybetweendevicebuffers', ['../devicebuffer__sycl_8h.xhtml#ae898499d876650ebd90a3430f3cfe28e', 1, 'copyBetweenDeviceBuffers(DeviceBuffer< ValueType > *destinationDeviceBuffer, DeviceBuffer< ValueType > *sourceDeviceBuffer, size_t numValues, const DeviceStream &deviceStream, GpuApiCallBehavior transferKind, CommandEvent *gmx_unused timingEvent): devicebuffer_sycl.h'], │ │ │ │ │ - ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a6ca27fdf97598d4da5ce89e263c9aa21', 1, 'copyBetweenDeviceBuffers(DeviceBuffer< ValueType > *, DeviceBuffer< ValueType > *, size_t, const DeviceStream &, GpuApiCallBehavior, CommandEvent *): devicebuffer_ocl.h'] │ │ │ │ │ + ['copybetweendevicebuffers_1043', ['copybetweendevicebuffers', ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a6ca27fdf97598d4da5ce89e263c9aa21', 1, 'copyBetweenDeviceBuffers(DeviceBuffer< ValueType > *, DeviceBuffer< ValueType > *, size_t, const DeviceStream &, GpuApiCallBehavior, CommandEvent *): devicebuffer_ocl.h'], │ │ │ │ │ + ['../devicebuffer__sycl_8h.xhtml#ae898499d876650ebd90a3430f3cfe28e', 1, 'copyBetweenDeviceBuffers(DeviceBuffer< ValueType > *destinationDeviceBuffer, DeviceBuffer< ValueType > *sourceDeviceBuffer, size_t numValues, const DeviceStream &deviceStream, GpuApiCallBehavior transferKind, CommandEvent *gmx_unused timingEvent): devicebuffer_sycl.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['copycontents_1044', ['copyContents', ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisArrayData.xhtml#a7f1df6c2ad2e84ae68d8ab3c4fc520e9', 1, 'gmx::AbstractAnalysisArrayData']]], │ │ │ │ │ ['copyfromdevicebuffer_1045', ['copyfromdevicebuffer', ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#ab28f18684ad06206ed22e2be2254ce16', 1, 'copyFromDeviceBuffer(ValueType *hostBuffer, DeviceBuffer< ValueType > *buffer, size_t startingOffset, size_t numValues, const DeviceStream &deviceStream, GpuApiCallBehavior transferKind, CommandEvent *timingEvent): devicebuffer_ocl.h'], │ │ │ │ │ ['../devicebuffer__sycl_8h.xhtml#a0e14446686c28153b3b762682ad8b148', 1, 'copyFromDeviceBuffer(ValueType *hostBuffer, DeviceBuffer< ValueType > *buffer, size_t startingOffset, size_t numValues, const DeviceStream &deviceStream, GpuApiCallBehavior transferKind, CommandEvent *gmx_unused timingEvent): devicebuffer_sycl.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['copyindicestogroup_1046', ['copyIndicesToGroup', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#adcd57560b49e78e2dc2f401c4e6d84df', 1, 'swapcoords.cpp']]], │ │ │ │ │ ['copymodificationblocks_1047', ['copyModificationBlocks', ['../hackblock_8h.xhtml#aea975516b97e6f3ca2dcad36ded7b0e2', 1, 'hackblock.cpp']]], │ │ │ │ │ ['copyof_1048', ['copyOf', ['../group__module__utility.xhtml#ga66208a660cf34ab29f1cd7a2c8a8c37d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['copypreprocessresidues_1049', ['copyPreprocessResidues', ['../hackblock_8h.xhtml#aecbab27ca8905331266d9ea02f925137', 1, 'hackblock.cpp']]], │ │ │ │ │ ['copyright_1050', ['copyright', ['../classgmx_1_1BinaryInformationSettings.xhtml#a9d4b0b49a9e8bba30ea9159d4fd21f70', 1, 'gmx::BinaryInformationSettings']]], │ │ │ │ │ ['copysign_1051', ['copysign', ['../namespacegmx.xhtml#af6cfb56189c360e005911247ebf5fd42', 1, 'gmx::copysign(double x, double y)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a8ef5f6af06e493a4ae2d47109ee0e723', 1, 'gmx::copysign(float x, float y)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['copytodevicebuffer_1052', ['copytodevicebuffer', ['../devicebuffer__sycl_8h.xhtml#a37a3d8b239914d7eecce45bfe469c163', 1, 'copyToDeviceBuffer(DeviceBuffer< ValueType > *buffer, const ValueType *hostBuffer, size_t startingOffset, size_t numValues, const DeviceStream &deviceStream, GpuApiCallBehavior transferKind, CommandEvent *gmx_unused timingEvent): devicebuffer_sycl.h'], │ │ │ │ │ - ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a11c7bd38cb50be2bc496e731abc86fbc', 1, 'copyToDeviceBuffer(DeviceBuffer< ValueType > *buffer, const ValueType *hostBuffer, size_t startingOffset, size_t numValues, const DeviceStream &deviceStream, GpuApiCallBehavior transferKind, CommandEvent *timingEvent): devicebuffer_ocl.h'] │ │ │ │ │ + ['copytodevicebuffer_1052', ['copytodevicebuffer', ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a11c7bd38cb50be2bc496e731abc86fbc', 1, 'copyToDeviceBuffer(DeviceBuffer< ValueType > *buffer, const ValueType *hostBuffer, size_t startingOffset, size_t numValues, const DeviceStream &deviceStream, GpuApiCallBehavior transferKind, CommandEvent *timingEvent): devicebuffer_ocl.h'], │ │ │ │ │ + ['../devicebuffer__sycl_8h.xhtml#a37a3d8b239914d7eecce45bfe469c163', 1, 'copyToDeviceBuffer(DeviceBuffer< ValueType > *buffer, const ValueType *hostBuffer, size_t startingOffset, size_t numValues, const DeviceStream &deviceStream, GpuApiCallBehavior transferKind, CommandEvent *gmx_unused timingEvent): devicebuffer_sycl.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['copytolegacysymtab_1053', ['copyToLegacySymtab', ['../classStringTable.xhtml#ad2bb2f66d00f6b366601f1c0d8c0f432', 1, 'StringTable']]], │ │ │ │ │ ['copytomdforces_1054', ['copyToMDForces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#ac339b65f52f604713934782e5b741a10', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['copyvalues_1055', ['copyValues', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml#a9a6884ab8bfbf25b711ba2db31e781ad', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter']]], │ │ │ │ │ ['core_1056', ['Core', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Core.xhtml', 1, 'gmx::HardwareTopology']]], │ │ │ │ │ ['core_20selection_20engine_1057', ['Core selection engine', ['../page_selections.xhtml#autotoc_md96', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['core_5fpinning_5foffset_1058', ['core_pinning_offset', ['../structgmx__hw__opt__t.xhtml#a9890b8d5e4db45f609f61a17f2823939', 1, 'gmx_hw_opt_t']]], │ │ │ │ │ @@ -1584,16 +1584,16 @@ │ │ │ │ │ ['cores_1063', ['cores', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Package.xhtml#a449b6be91136d3220111870c8f2c2443', 1, 'gmx::HardwareTopology::Package']]], │ │ │ │ │ ['corner_1064', ['Corner', ['../structNbnxm_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml', 1, 'Nbnxm::BoundingBox']]], │ │ │ │ │ ['correct_5fbox_1065', ['correct_box', ['../pbc_8cpp.xhtml#a075ad9a1145c4e095c64829bd7ba928e', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['correct_5fbox_5felem_1066', ['correct_box_elem', ['../pbc_8cpp.xhtml#afd11f3652e316778cedc23da8f0edf9b', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['correction_1067', ['Correction', ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml', 1, 'DispersionCorrection']]], │ │ │ │ │ ['correctvirial_1068', ['correctVirial', ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a102bd0cea8b762b3f3f8446f5a7f08e5', 1, 'DispersionCorrection::Correction']]], │ │ │ │ │ ['correlation_20functions_1069', ['Correlation functions', ['../group__module__correlationfunctions.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['correlationblockdata_1070', ['correlationblockdata', ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml', 1, 'gmx::CorrelationBlockData'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml#a6fd73f0881d6375f4828a80ce9c25f11', 1, 'gmx::CorrelationBlockData::CorrelationBlockData()'] │ │ │ │ │ + ['correlationblockdata_1070', ['correlationblockdata', ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml#a6fd73f0881d6375f4828a80ce9c25f11', 1, 'gmx::CorrelationBlockData::CorrelationBlockData()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml', 1, 'gmx::CorrelationBlockData'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['correlationdataset_2ecpp_1071', ['correlationdataset.cpp', ['../correlationdataset_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['correlationdataset_2eh_1072', ['correlationdataset.h', ['../correlationdataset_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['correlationdatasetpointer_1073', ['CorrelationDataSetPointer', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02autocorr_8cpp_03.xhtml#adf952af52f620000bd88fb76fe539d7f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{autocorr.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['correlationgrid_1074', ['correlationgrid', ['../classgmx_1_1CorrelationGrid.xhtml', 1, 'gmx::CorrelationGrid'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CorrelationGrid.xhtml#acec7eb249437a93357b94078a7fe6bda', 1, 'gmx::CorrelationGrid::CorrelationGrid()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -1612,86 +1612,86 @@ │ │ │ │ │ ['cos_1085', ['cos', ['../namespacegmx.xhtml#a16c6356a58f3d2c2fe6d2f50afc0c686', 1, 'gmx::cos(float x)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aeda573e9aa3efa5d223c9fe39f682cfd', 1, 'gmx::cos(double x)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cos_5fangle_1086', ['cos_angle', ['../listed__forces__gpu__internal__sycl_8cpp.xhtml#a4f1719c2973ddaa5ace8e4ff323caa9b', 1, 'listed_forces_gpu_internal_sycl.cpp']]], │ │ │ │ │ ['cossingleaccuracy_1087', ['cosSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a2e717707cf40d6bbacf8752cf28de422', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['coulomb_1088', ['Coulomb', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aae704855e34974fe284f44e80a0cfadda3ebf69400847360a2fce3bed2e99f8d7', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['coulomb_5ftab_1089', ['coulomb_tab', ['../structNBParamGpu.xhtml#a47814dfb5ade22024fa66b976b0570ab', 1, 'NBParamGpu']]], │ │ │ │ │ - ['coulomb_5ftab_5fscale_1090', ['coulomb_tab_scale', ['../structcl__nbparam__params.xhtml#abd96ce5952b48ee38f1ad28009d459de', 1, 'cl_nbparam_params::coulomb_tab_scale'], │ │ │ │ │ - ['../structNBParamGpu.xhtml#a46bd816ca6a0be9a5cf31468bde91c36', 1, 'NBParamGpu::coulomb_tab_scale'] │ │ │ │ │ + ['coulomb_5ftab_5fscale_1090', ['coulomb_tab_scale', ['../structNBParamGpu.xhtml#a46bd816ca6a0be9a5cf31468bde91c36', 1, 'NBParamGpu::coulomb_tab_scale'], │ │ │ │ │ + ['../structcl__nbparam__params.xhtml#abd96ce5952b48ee38f1ad28009d459de', 1, 'cl_nbparam_params::coulomb_tab_scale'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['coulomb_5ftab_5ftexobj_1091', ['coulomb_tab_texobj', ['../structNBParamGpu.xhtml#abff3c0589b7a14bddf3f18b44be6fd80', 1, 'NBParamGpu']]], │ │ │ │ │ ['coulombcalculator_1092', ['CoulombCalculator', ['../classgmx_1_1CoulombCalculator.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['coulombcalculator_3c_20kernelcoulombtype_3a_3aewaldanalytical_20_3e_1093', ['CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldAnalytical >', ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldAnalytical_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['coulombcalculator_3c_20kernelcoulombtype_3a_3aewaldtabulated_20_3e_1094', ['CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated >', ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldTabulated_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['coulombcalculator_3c_20kernelcoulombtype_3a_3arf_20_3e_1095', ['CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF >', ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1RF_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['coulombderivative_1096', ['coulombDerivative', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03.xhtml#a6cd903de80ff5c65ccbf7e3d02bc8e5a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['coulombfunction_1097', ['coulombFunction', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03.xhtml#ab03fb36779831ce4ba78f5f39f35085e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['coulombinteractiontype_1098', ['coulombinteractiontype', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03.xhtml#afead5bf08b60e8fc1d0f584b61ed811f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::coulombInteractionType()'], │ │ │ │ │ - ['../md__enums_8h.xhtml#a6e2d2e953e06bede2b56753b29318cc4', 1, 'CoulombInteractionType: md_enums.h'] │ │ │ │ │ + ['coulombinteractiontype_1098', ['coulombinteractiontype', ['../md__enums_8h.xhtml#a6e2d2e953e06bede2b56753b29318cc4', 1, 'CoulombInteractionType: md_enums.h'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03.xhtml#afead5bf08b60e8fc1d0f584b61ed811f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::coulombInteractionType()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['coulombkerneltype_1099', ['coulombkerneltype', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelInputParameters.xhtml#a9462aff92eb467285bee6bc330d3b9b5', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelInputParameters::coulombKernelType'], │ │ │ │ │ ['../kernel__common_8h.xhtml#a2f4a6e7cff8b9ed0ba00f85c8863c901', 1, 'CoulombKernelType: kernel_common.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['coulombtype_1100', ['coulombtype', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelOptions.xhtml#a4aaa3edc258ee75667427704e5c5acc6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelOptions::coulombType'], │ │ │ │ │ - ['../structNbnxm_1_1KernelBenchOptions.xhtml#a28724eee04ea9f3a559afedba581180b', 1, 'Nbnxm::KernelBenchOptions::coulombType'] │ │ │ │ │ + ['coulombtype_1100', ['coulombtype', ['../structNbnxm_1_1KernelBenchOptions.xhtml#a28724eee04ea9f3a559afedba581180b', 1, 'Nbnxm::KernelBenchOptions::coulombType'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelOptions.xhtml#a4aaa3edc258ee75667427704e5c5acc6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelOptions::coulombType'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['count_1101', ['count', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ - ['../namespaceNbnxm.xhtml#af4a400bd061f7bfdcd3038f8635c4237ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Nbnxm::Count'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga7c3572ad84e8f86df4c131e95518c058ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahmanbarostat_8cpp_03.xhtml#a70b3272f1486e960005379ee968ea92dae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{parrinellorahmanbarostat.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ac8f59b82a88d690750974cad2ecb2d4dae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a65a4da1c9de2e9bed752f8b8a3f9f536ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mttk_8cpp_03.xhtml#a92e9ed6b9d7f661f9fec27c29e4c499bae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mttk.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02pullelement_8cpp_03.xhtml#a49706a1e5adbedcb9c3a48f24357b5a4ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pullelement.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#adadf1e691df16814192e634d58c70b5eae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ - ['../atomdata_8h.xhtml#a545339c6bb2aa8f6195b8ac73569cbf8ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: atomdata.h'], │ │ │ │ │ - ['../namespaceanonymous__namespace_02state_8cpp_03.xhtml#aca9f63e010462c6b148d5775119e17c5ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'anonymous_namespace{state.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__testutils.xhtml#gga973016f1f714be0d0eb5599877dcfee8ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::test::Count'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbeaae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ - ['../namespaceNbnxm.xhtml#a147ad5ea41195b2ed33d63f460dde01eae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Nbnxm::Count'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#acae779a4433c059b8816709407cd27b3ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__ana__pos__t.xhtml#ae76df0e39b7a568adc2692836d5c76e6', 1, 'gmx_ana_pos_t::count()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl_1_1SelectionRequest.xhtml#aacfbff5ae2bd67c07947f8dd03cb8995', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::SelectionRequest::count()'], │ │ │ │ │ - ['../classnbnxn__cycle__t.xhtml#a6165633f9a1308f5708eed65311b74c5', 1, 'nbnxn_cycle_t::count()'], │ │ │ │ │ - ['../structpme__setup__t.xhtml#a3b42714e7433639d924b45d6ee89dffa', 1, 'pme_setup_t::count'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02awh__history_8cpp_03.xhtml#a814dae4efedbf68f1bb49c8843992402ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{awh_history.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl::Count'], │ │ │ │ │ - ['../classListedForces.xhtml#a73e4fa54dfd332da42036d5ae893da47ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'ListedForces::Count'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02freeenergyperturbationdata_8cpp_03.xhtml#a16223b1e031e2a5f6f4a59e19c47464bae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{freeenergyperturbationdata.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a8593d10460a38e0d418692d63f962521ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a84de1dccdfb142b80c42b0b19f8c6548ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ + ['count_1101', ['count', ['../md__enums_8h.xhtml#a97f75ea42eaef8b5f42e1ebc8143677dae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: md_enums.h'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796cae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ + ['../namespaceanonymous__namespace_02state_8cpp_03.xhtml#aca9f63e010462c6b148d5775119e17c5ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'anonymous_namespace{state.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ ['../namespaceanonymous__namespace_02state_8cpp_03.xhtml#ad907cd999a1c8a40aae08a0ed7bd6e6dae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'anonymous_namespace{state.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02energydata_8cpp_03.xhtml#a0272f05820504778ca78330db0139135ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{energydata.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02expandedensembleelement_8cpp_03.xhtml#a2886ad1c7dc0da75477a9289a94f4b0bae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{expandedensembleelement.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02firstorderpressurecoupling_8cpp_03.xhtml#a659bffbc7e788e762e9a82dd82259734ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{firstorderpressurecoupling.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ - ['../bonded_8h.xhtml#aacdbef16553b9b562a9a05e7b8c135f1ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: bonded.h'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a6efc2e8f104eb3699bc82c2b8984cedbae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa72f45c17038ea5aae00ba6b17cab901ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ - ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508cae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: device_information.h'], │ │ │ │ │ - ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: device_information.h'], │ │ │ │ │ - ['../gpu__utils_8h.xhtml#aed6d99acc2a7b8495f08fa2d9d2277ebae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: gpu_utils.h'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa78c6481d10a93316c155ffdf021e581ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02freeenergyperturbationdata_8cpp_03.xhtml#a16223b1e031e2a5f6f4a59e19c47464bae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{freeenergyperturbationdata.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mttk_8cpp_03.xhtml#a92e9ed6b9d7f661f9fec27c29e4c499bae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mttk.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a65a4da1c9de2e9bed752f8b8a3f9f536ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ac8f59b82a88d690750974cad2ecb2d4dae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a12502ff6638f23aeff85ad081f6a0a1cae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::test::Count'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__testutils.xhtml#gga973016f1f714be0d0eb5599877dcfee8ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::test::Count'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b76a571a22b4c47f7dab283e6674154ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::test::Count'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a9dcfc375435eb5edc0e45544fd43e655ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0cae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a6efc2e8f104eb3699bc82c2b8984cedbae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahmanbarostat_8cpp_03.xhtml#a70b3272f1486e960005379ee968ea92dae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{parrinellorahmanbarostat.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ + ['../namespaceNbnxm.xhtml#a147ad5ea41195b2ed33d63f460dde01eae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Nbnxm::Count'], │ │ │ │ │ + ['../namespaceNbnxm.xhtml#af4a400bd061f7bfdcd3038f8635c4237ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Nbnxm::Count'], │ │ │ │ │ + ['../atomdata_8h.xhtml#a545339c6bb2aa8f6195b8ac73569cbf8ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: atomdata.h'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#adadf1e691df16814192e634d58c70b5eae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02pullelement_8cpp_03.xhtml#a49706a1e5adbedcb9c3a48f24357b5a4ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pullelement.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga7c3572ad84e8f86df4c131e95518c058ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a8593d10460a38e0d418692d63f962521ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ + ['../classListedForces.xhtml#a73e4fa54dfd332da42036d5ae893da47ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'ListedForces::Count'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl::Count'], │ │ │ │ │ + ['../structpme__setup__t.xhtml#a3b42714e7433639d924b45d6ee89dffa', 1, 'pme_setup_t::count'], │ │ │ │ │ + ['../classnbnxn__cycle__t.xhtml#a6165633f9a1308f5708eed65311b74c5', 1, 'nbnxn_cycle_t::count()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl_1_1SelectionRequest.xhtml#aacfbff5ae2bd67c07947f8dd03cb8995', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::SelectionRequest::count()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__ana__pos__t.xhtml#ae76df0e39b7a568adc2692836d5c76e6', 1, 'gmx_ana_pos_t::count()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa78c6481d10a93316c155ffdf021e581ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ ['../group__module__coordinateio.xhtml#gga3b3ecc36ead08ea2c31b70f0b85b30d6ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a9b2fd966c924499613d71524e3d69471ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#af2ca01657023e02580baaaf0c011a60cae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml#a3906f1a6891bba7e415ad2b7d3c4cef0ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: pme_gpu_constants.h'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aae704855e34974fe284f44e80a0cfaddae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::test::Count'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ + ['../gpu__utils_8h.xhtml#aed6d99acc2a7b8495f08fa2d9d2277ebae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: gpu_utils.h'], │ │ │ │ │ + ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: device_information.h'], │ │ │ │ │ + ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508cae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: device_information.h'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa72f45c17038ea5aae00ba6b17cab901ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ + ['../bonded_8h.xhtml#aacdbef16553b9b562a9a05e7b8c135f1ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: bonded.h'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#abab20f57d9df210c6b3f6384c54f7212ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a84de1dccdfb142b80c42b0b19f8c6548ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02awh__history_8cpp_03.xhtml#a814dae4efedbf68f1bb49c8843992402ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{awh_history.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ ['../device__stream_8h.xhtml#a745c3a25d092600ae45b68d7e73d8319ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: device_stream.h'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aae704855e34974fe284f44e80a0cfaddae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::test::Count'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a12502ff6638f23aeff85ad081f6a0a1cae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::test::Count'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml#a3906f1a6891bba7e415ad2b7d3c4cef0ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: pme_gpu_constants.h'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0cae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a936952a1a6d4f2d24c06259e1b03647bae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ - ['../md__enums_8h.xhtml#a97f75ea42eaef8b5f42e1ebc8143677dae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: md_enums.h'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#abab20f57d9df210c6b3f6384c54f7212ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#acae779a4433c059b8816709407cd27b3ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796cae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbeaae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}::Count'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a936952a1a6d4f2d24c06259e1b03647bae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['count_5ftriangle_5fconstraints_1102', ['count_triangle_constraints', ['../namespacegmx.xhtml#a18b9743f6aed3e7d5603365d288fbe28', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['countandsortexclusions_1103', ['countAndSortExclusions', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02exclusionblocks_8cpp_03.xhtml#aadc616c7b0b80c285388ffae3e15c8f4', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exclusionblocks.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['countarray_5f_1104', ['countArray_', 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['countwords_1117', ['countwords', ['../group__module__utility.xhtml#gaea61e0b5bfc1f24f51a9eb5272b51603', 1, 'gmx::countWords(const char *s)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__utility.xhtml#gae837a92609acdf559a6b8587e9233008', 1, 'gmx::countWords(const std::string &str)'] │ │ │ │ │ + ['countwords_1117', ['countwords', ['../group__module__utility.xhtml#gae837a92609acdf559a6b8587e9233008', 1, 'gmx::countWords(const std::string &str)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__utility.xhtml#gaea61e0b5bfc1f24f51a9eb5272b51603', 1, 'gmx::countWords(const char *s)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['couplingtime_1118', ['couplingTime', ['../structgmx_1_1TemperatureCouplingData.xhtml#a1ec14c8ee430ab6311f7903fcc1150e2', 1, 'gmx::TemperatureCouplingData']]], │ │ │ │ │ ['couplingtimestep_1119', ['couplingTimeStep', ['../structgmx_1_1TemperatureCouplingData.xhtml#a6c314836e6d81e151a3a02b4ac1dc3c1', 1, 'gmx::TemperatureCouplingData']]], │ │ │ │ │ ['covariance_1120', ['covariance', 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'PairsearchWork::cp0'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['cp1_1125', ['cp1', ['../structNbnxnPairlistCpu.xhtml#ae788177b92717c50774f65f6d3e45dc5', 1, 'NbnxnPairlistCpu::cp1'], │ │ │ │ │ + ['cp1_1125', ['cp1', ['../structPairsearchWork.xhtml#acbb4745491624e301ce75c3cff31e6b9', 1, 'PairsearchWork::cp1'], │ │ │ │ │ ['../structNbnxnPairlistCpuWork.xhtml#a12963bb202a97f93b4eecfb2371883a9', 1, 'NbnxnPairlistCpuWork::cp1'], │ │ │ │ │ - ['../structPairsearchWork.xhtml#acbb4745491624e301ce75c3cff31e6b9', 1, 'PairsearchWork::cp1'] │ │ │ │ │ + ['../structNbnxnPairlistCpu.xhtml#ae788177b92717c50774f65f6d3e45dc5', 1, 'NbnxnPairlistCpu::cp1'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cpathseparator_1126', ['cPathSeparator', ['../namespaceanonymous__namespace_02path_8cpp_03.xhtml#aed15e473d695a5ef57fb6a8bfffc6f6e', 1, 'anonymous_namespace{path.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['cprev_1127', ['Cprev', ['../structt__bb.xhtml#a749999610903f9c2549749129930b9bf', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ │ - ['cpu_1128', ['cpu', ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791a2b55387dd066c5bac646ac61543d152d', 1, 'CPU: pme.h'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a12502ff6638f23aeff85ad081f6a0a1ca2b55387dd066c5bac646ac61543d152d', 1, 'gmx::test::CPU'] │ │ │ │ │ + ['cpu_1128', ['cpu', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a12502ff6638f23aeff85ad081f6a0a1ca2b55387dd066c5bac646ac61543d152d', 1, 'gmx::test::CPU'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791a2b55387dd066c5bac646ac61543d152d', 1, 'CPU: pme.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cpuinfo_1129', ['CpuInfo', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['cpuinfo_2ecpp_1130', ['cpuinfo.cpp', ['../cpuinfo_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2cpuinfo_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cpuinfo_2ecpp_1130', ['cpuinfo.cpp', ['../tests_2cpuinfo_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../cpuinfo_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cpuinfo_2eh_1131', ['cpuinfo.h', ['../cpuinfo_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cpuisamdzen1_1132', ['cpuIsAmdZen1', ['../namespacegmx.xhtml#ae327244ad8efdb365d8005ae7536e45c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['cpuisx86nehalem_1133', ['cpuIsX86Nehalem', ['../namespacegmx.xhtml#af536d7a23a442f3c0876b05ac20d7d40', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['cpulimit_1134', ['cpuLimit', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#ae1bae645b3bf0e7562c3c006a57874a0', 1, 'gmx::HardwareTopology']]], │ │ │ │ │ ['cpulists_1135', ['cpuLists', ['../classPairlistSet.xhtml#ae032f887739e1540add0e12d9f720bb5', 1, 'PairlistSet']]], │ │ │ │ │ ['cpuplainc_1136', ['CpuPlainC', ['../clusterdistancekerneltype_8h.xhtml#a6d74049ae6c72289649a7de671a92068ad93b32814b8714c619ced160ce30692e', 1, 'clusterdistancekerneltype.h']]], │ │ │ │ │ ['cpusimd_5f2xmm_1137', ['CpuSimd_2xMM', ['../clusterdistancekerneltype_8h.xhtml#a6d74049ae6c72289649a7de671a92068afb4378deef24d81abb6ab8e4c70fdb60', 1, 'clusterdistancekerneltype.h']]], │ │ │ │ │ ['cpusimd_5f4xm_1138', ['CpuSimd_4xM', ['../clusterdistancekerneltype_8h.xhtml#a6d74049ae6c72289649a7de671a92068ac759a87db02a9404d3df285f5de3637b', 1, 'clusterdistancekerneltype.h']]], │ │ │ │ │ ['cquarticangles_1139', ['cQuarticAngles', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#aa70716c144ad046c54f5500457e87949', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['cr_1140', ['cr', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#a8e3a1feb4a75a02ceb9765542d392fa8', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator']]], │ │ │ │ │ ['cr0_1141', ['cr0', ['../structdd__corners__t.xhtml#aba389aeb3fabf156a3b8e02bd1be0159', 1, 'dd_corners_t']]], │ │ │ │ │ ['cr1_1142', ['cr1', ['../structdd__corners__t.xhtml#a5f5f84610ade2c8926f615e0a679fc49', 1, 'dd_corners_t']]], │ │ │ │ │ - ['cr_5f_1143', ['cr_', ['../classgmx_1_1ForceProviderInput.xhtml#ae21b80e7efd4ed62acce2bd796048f25', 1, 'gmx::ForceProviderInput::cr_'], │ │ │ │ │ - ['../classExclusionChecker_1_1Impl.xhtml#a11d635ee2472d8465e08b35174b19d11', 1, 'ExclusionChecker::Impl::cr_'], │ │ │ │ │ + ['cr_5f_1143', ['cr_', ['../classExclusionChecker_1_1Impl.xhtml#a11d635ee2472d8465e08b35174b19d11', 1, 'ExclusionChecker::Impl::cr_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceProviderInput.xhtml#ae21b80e7efd4ed62acce2bd796048f25', 1, 'gmx::ForceProviderInput::cr_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#ab203c2f46cc0a85325801a4f523d8cc6', 1, 'gmx::LegacySimulatorData::cr_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a649232cf591255789adafd9eebccd0f2', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::cr_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#aeb6b28d3d0777ed092eafcd8cf2248da', 1, 'gmx::ImdSession::Impl::cr_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LocalTopologyChecker_1_1Impl.xhtml#a76b8a1b130b9f8de9c13996ec63d30f6', 1, 'gmx::LocalTopologyChecker::Impl::cr_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a0299e3882fb30e945a9c9ee94acdd296', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::cr_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['crattle_1144', ['crattle', ['../namespacegmx.xhtml#a4512a1c816dfe074e4a8748e6f5b5e21', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['crealnodename_1145', ['cRealNodeName', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#a02ceb833b0070968c2a2fbcba782b951', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['create_1146', ['create', ['../classgmx_1_1Any.xhtml#a199cf458b4e83843736b0558124ca9fe', 1, 'gmx::Any::create()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1DensityFittingModuleInfo.xhtml#a3a9921f9d7ab88eb66cc32b98c21a2d4', 1, 'gmx::DensityFittingModuleInfo::create()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1QMMMModuleInfo.xhtml#a4cb1ceff7987c034751b43f374065deb', 1, 'gmx::QMMMModuleInfo::create()'], │ │ │ │ │ + ['create_1146', ['create', ['../classgmx_1_1NonbondedBenchmarkInfo.xhtml#a44f636a86c628cc9d5f207f6681f549c', 1, 'gmx::NonbondedBenchmarkInfo::create()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlineprogramcontext_8cpp_03_1_1DefaultExecutableEnvironment.xhtml#a1b96a3cfe10f5e5952b2ed951ec32747', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlineprogramcontext.cpp}::DefaultExecutableEnvironment::create()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1QMMMModuleInfo.xhtml#a4cb1ceff7987c034751b43f374065deb', 1, 'gmx::QMMMModuleInfo::create()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DensityFittingModuleInfo.xhtml#a3a9921f9d7ab88eb66cc32b98c21a2d4', 1, 'gmx::DensityFittingModuleInfo::create()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1ColvarsModuleInfo.xhtml#aac658c9702272c8c039809c9528de244', 1, 'gmx::ColvarsModuleInfo::create()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1RestraintMDModule.xhtml#af6b5e9a92e6051b52c2b9ca23a305ec7', 1, 'gmx::RestraintMDModule::create()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionParserParameter.xhtml#aec32b8eb072b6e292217fd242bcc50e6', 1, 'gmx::SelectionParserParameter::create(const char *name, SelectionParserValueListPointer values, const SelectionLocation &location)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionParserParameter.xhtml#ac68750b463464e88ed4ceee522b91ab8', 1, 'gmx::SelectionParserParameter::create(const std::string &name, SelectionParserValueListPointer values, const SelectionLocation &location)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionParserParameter.xhtml#af04c2ebdc4efe26978d2e1b1d13f2732', 1, 'gmx::SelectionParserParameter::create(const char *name, const SelectionParserValue &value, const SelectionLocation &location)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ConvertTprInfo.xhtml#aa388655854807778b0590fb24d35dd1f', 1, 'gmx::ConvertTprInfo::create()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Any.xhtml#a0542ac103d31ac04c9c0d3f53af24d85', 1, 'gmx::Any::create()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NonbondedBenchmarkInfo.xhtml#a44f636a86c628cc9d5f207f6681f549c', 1, 'gmx::NonbondedBenchmarkInfo::create()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1ColvarsModuleInfo.xhtml#aac658c9702272c8c039809c9528de244', 1, 'gmx::ColvarsModuleInfo::create()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Any.xhtml#a199cf458b4e83843736b0558124ca9fe', 1, 'gmx::Any::create(const T &value)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Any.xhtml#a0542ac103d31ac04c9c0d3f53af24d85', 1, 'gmx::Any::create(T &&value)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['create_5fsimple_5fbase_1147', ['create_simple_base', ['../poscalc_8cpp.xhtml#a2da116d4d292823b4214a005164903c5', 1, 'poscalc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['create_5fsubexpression_5fname_1148', ['create_subexpression_name', ['../compiler_8cpp.xhtml#afb7640851913553c83b6469e356ef038', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['create_5fsynthetic_5fhisto_1149', ['create_synthetic_histo', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#ac29995658d79b3c5e87bf323ce8da2ce', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ ['create_5funique_5fwith_5fdeleter_1150', ['create_unique_with_deleter', ['../namespacegmx.xhtml#a4ea80cb8e97b367813af8c0e36e4b37a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['createarray_1151', ['createArray', ['../classgmx_1_1KeyValueTreeValueBuilder.xhtml#ac84a78c8d5aa516f82f42163ab241b95', 1, 'gmx::KeyValueTreeValueBuilder']]], │ │ │ │ │ ['createcalculation_1152', ['createcalculation', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection_1_1Impl.xhtml#a4963fca76ffa113405cb6c6a44d3892d', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::Impl::createCalculation()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#af66ebe71f6c64b07521b1d50f899c995', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::createCalculation(e_poscalc_t type, int flags)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['createcalculationfromenum_1153', ['createCalculationFromEnum', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#ac3e5cda45f55c8d43c2d65c4d51b326a', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection']]], │ │ │ │ │ ['createelectricfieldmodule_1154', ['createElectricFieldModule', ['../namespacegmx.xhtml#a71df1e05c861d1f59d7185d9577e7944', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['createempty_1155', ['createEmpty', ['../structgmx_1_1SelectionLocation.xhtml#a53e0bfe976cacf89f86b6e4cc00f6cd6', 1, 'gmx::SelectionLocation']]], │ │ │ │ │ - ['createentry_1156', ['createentry', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#a77786aa6f3d10d66275ba3687b9075a6', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl::createEntry()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__xml_8cpp_03.xhtml#a0b4502be1c41a7301844e1ee24ceef8f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_xml.cpp}::createEntry()'] │ │ │ │ │ + ['createentry_1156', ['createentry', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__xml_8cpp_03.xhtml#a0b4502be1c41a7301844e1ee24ceef8f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_xml.cpp}::createEntry()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#a77786aa6f3d10d66275ba3687b9075a6', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl::createEntry()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['createenumoptionstorage_1157', ['createEnumOptionStorage', ['../group__module__options.xhtml#ga7e5d1cbac0a4a9b84c5713825947d440', 1, 'gmx::internal']]], │ │ │ │ │ ['createexecutablegraph_1158', ['createExecutableGraph', ['../classgmx_1_1MdGpuGraph_1_1Impl.xhtml#aef8fd38c2278e3821ac274792838ee32', 1, 'gmx::MdGpuGraph::Impl']]], │ │ │ │ │ ['createexpr_1159', ['createExpr', ['../classgmx_1_1SelectionParserValue.xhtml#a2ce3adabb5f903539e0181f8a607e2db', 1, 'gmx::SelectionParserValue']]], │ │ │ │ │ ['createfilematcher_1160', ['createfilematcher', ['../classgmx_1_1test_1_1IFileMatcherSettings.xhtml#a3aa68abd00622be69b69e2d14c508f23', 1, 'gmx::test::IFileMatcherSettings::createFileMatcher()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TextFileMatch.xhtml#a8c3300ab763d2580c7b66608a1174e1b', 1, 'gmx::test::TextFileMatch::createFileMatcher()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1NoContentsMatch.xhtml#a9a371d91985a0d1d66dc129efad8f4aa', 1, 'gmx::test::NoContentsMatch::createFileMatcher()'] │ │ │ │ │ @@ -1802,53 +1802,53 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1NoTextMatch.xhtml#ac66dd8765de0e444a1d3e9aea001284b', 1, 'gmx::test::NoTextMatch::createMatcher()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1FilteringExactTextMatch.xhtml#a39de2f789867666ae36fc95f229af7d1', 1, 'gmx::test::FilteringExactTextMatch::createMatcher()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1XvgMatch.xhtml#a7c2d3e7d320e0222946f7f75b6683dac', 1, 'gmx::test::XvgMatch::createMatcher()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['creatematrix3x3fromlegacymatrix_1167', ['createMatrix3x3FromLegacyMatrix', ['../namespacegmx.xhtml#a7037a5d669e466b1f0f762db6ca35afc', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['createminimaltrajectoryframewriter_1168', ['createMinimalTrajectoryFrameWriter', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a03c30bb805c86e1771de0d3dcc909da5', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['createmissing_1169', ['CreateMissing', ['../group__module__testutils.xhtml#gga973016f1f714be0d0eb5599877dcfee8af83cba87ce2abce965c0b0c852f3418a', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['createmodule_1170', ['createmodule', 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['../densityfit_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfitting_267', ['densityfitting', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml#aa9839e3720a234577932dd8d647294c7', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting::DensityFitting()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['densityfitting_2ecpp_268', ['densityfitting.cpp', ['../densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['densityfitting_2ecpp_268', ['densityfitting.cpp', ['../tests_2densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['densityfittingamplitudelookup_269', ['densityfittingamplitudelookup', 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['densityfittingforceprovider', ['../classgmx_1_1DensityFittingForceProvider.xhtml#a99f34ce28c7c4b269fe7b9cc0c61c255', 1, 'gmx::DensityFittingForceProvider::DensityFittingForceProvider()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingForceProvider.xhtml', 1, 'gmx::DensityFittingForceProvider'] │ │ │ │ │ @@ -492,48 +492,48 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityRelativeEntropy.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityRelativeEntropy'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dependency_20graph_298', ['Module dependency graph', ['../page_modulegraph.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ ['derivative_299', ['derivative', ['../structgmx_1_1AnalyticalSplineTableInput.xhtml#a5163c472ec0200cd6c48dbe7075fb5f7', 1, 'gmx::AnalyticalSplineTableInput::derivative'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NumericalSplineTableInput.xhtml#a5a62dd0e8d27284c17e59cd4a6e2f1b5', 1, 'gmx::NumericalSplineTableInput::derivative'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ 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['description_303', ['description', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02gpu__3dfft__sycl__rocfft_8cpp_03_1_1RocfftPlan.xhtml#a2ce7c036a12aa1982e980ae1e12c64e2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{gpu_3dfft_sycl_rocfft.cpp}::RocfftPlan::description'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a08320dd95f482581101dcf84bcef3ebe', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::description()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl_1_1SelectionRequest.xhtml#a6777db2e9afb678f3ff6ac689de39250', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::SelectionRequest::description()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a93759b48e9bcea7a890ae6f2bf850ff5', 1, 'gmx::OptionTemplate::description()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#af1fb2dc1689e264a1f3966d30d62e8a9', 1, 'gmx::test::TestDevice::description()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a93759b48e9bcea7a890ae6f2bf850ff5', 1, 'gmx::OptionTemplate::description()'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl_1_1SelectionRequest.xhtml#a6777db2e9afb678f3ff6ac689de39250', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::SelectionRequest::description()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['descriptionwithoptiondetails_304', ['descriptionWithOptionDetails', ['../group__module__commandline.xhtml#gafaaf978f9092c4e61c8413eb51388ced', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['deserialize_305', ['deserialize', ['../classgmx_1_1ReadCheckpointDataHolder.xhtml#a573409925bc2f6892828dc2d554f880f', 1, 'gmx::ReadCheckpointDataHolder']]], │ │ │ │ │ - ['deserializedeviceinformations_306', ['deserializedeviceinformations', ['../device__management__common_8cpp.xhtml#ac3e3321880ed36de04c55efebb5fcbef', 1, 'deserializeDeviceInformations(gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../device__management_8h.xhtml#ac3e3321880ed36de04c55efebb5fcbef', 1, 'deserializeDeviceInformations(gmx::ISerializer 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1, 'gmx_repl_ex']]], │ │ │ │ │ - ['destroyparamlookuptable_314', ['destroyparamlookuptable', ['../devicebuffer__sycl_8h.xhtml#a6845da322375b65f6c5402b4cccf17dd', 1, 'destroyParamLookupTable(DeviceBuffer< ValueType > *deviceBuffer, DeviceTexture *): devicebuffer_sycl.h'], │ │ │ │ │ - ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a008d8a7fc47c0b7d231d7b7ca91e928f', 1, 'destroyParamLookupTable(DeviceBuffer< ValueType > *deviceBuffer, const DeviceTexture &): devicebuffer_ocl.h'] │ │ │ │ │ + ['destroyparamlookuptable_314', ['destroyparamlookuptable', ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a008d8a7fc47c0b7d231d7b7ca91e928f', 1, 'destroyParamLookupTable(DeviceBuffer< ValueType > *deviceBuffer, const DeviceTexture &): devicebuffer_ocl.h'], │ │ │ │ │ + ['../devicebuffer__sycl_8h.xhtml#a6845da322375b65f6c5402b4cccf17dd', 1, 'destroyParamLookupTable(DeviceBuffer< ValueType > *deviceBuffer, DeviceTexture *): devicebuffer_sycl.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['details_315', ['details', ['../page_usinglibrary.xhtml#autotoc_md104', 1, 'CMake <tt>find_package(GROMACS)</tt> details'], │ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md43', 1, 'Implementation details'], │ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md20', 1, 'Signaller and element details'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['detect_316', ['detect', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#a8da17cbedfcbc71ca857ff58cdafd4df', 1, 'gmx::HardwareTopology::detect()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#ab39e3eb5227a07cf048b337c47f77c97', 1, 'gmx::CpuInfo::detect()'] │ │ │ │ │ @@ -577,16 +577,16 @@ │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fcommon_2ecpp_351', ['device_management_common.cpp', ['../device__management__common_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5focl_2ecpp_352', ['device_management_ocl.cpp', ['../device__management__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_2ecpp_353', ['device_management_sycl.cpp', ['../device__management__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_5fintel_5fdevice_5fids_2ecpp_354', ['device_management_sycl_intel_device_ids.cpp', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_5fintel_5fdevice_5fids_2eh_355', ['device_management_sycl_intel_device_ids.h', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fstream_2ecpp_356', ['device_stream.cpp', ['../device__stream_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fstream_2eh_357', ['device_stream.h', ['../device__stream_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['device_5fstream_5fmanager_2ecpp_358', ['device_stream_manager.cpp', ['../tests_2device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['device_5fstream_5fmanager_2ecpp_358', ['device_stream_manager.cpp', ['../device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['device_5fstream_5fmanager_2eh_359', ['device_stream_manager.h', ['../device__stream__manager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fstream_5focl_2ecpp_360', ['device_stream_ocl.cpp', ['../device__stream__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fstream_5fsycl_2ecpp_361', ['device_stream_sycl.cpp', ['../device__stream__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['devicebuffer_362', ['DeviceBuffer', ['../devicebuffer__datatype_8h.xhtml#a650389f353ffbcf47d81d8eb59c093a6', 1, 'devicebuffer_datatype.h']]], │ │ │ │ │ ['devicebuffer_2eh_363', ['devicebuffer.h', ['../devicebuffer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['devicebuffer_5fdatatype_2eh_364', ['devicebuffer_datatype.h', ['../devicebuffer__datatype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -598,16 +598,16 @@ │ │ │ │ │ ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a2cfc9ed1971e758d743666d0927298a4', 1, 'PmeGpuSpecific::deviceContext_'], │ │ │ │ │ ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml#a66a06da4b90e1190c0655dcca3a17601', 1, 'PmeGpuProgramImpl::deviceContext_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['devicedetectionresult_370', ['DeviceDetectionResult', ['../structgmx_1_1DeviceDetectionResult.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['devicedetectionwarnings_5f_371', ['deviceDetectionWarnings_', ['../structgmx_1_1DeviceDetectionResult.xhtml#a3fd6f9092f6ee7dc883486122ec291ff', 1, 'gmx::DeviceDetectionResult']]], │ │ │ │ │ ['deviceid_372', ['deviceId', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Device.xhtml#ae55290832a54a102c9817da6d278c499', 1, 'gmx::HardwareTopology::Device']]], │ │ │ │ │ ['deviceid_5f_373', ['deviceId_', ['../structgmx_1_1GpuTaskMapping.xhtml#a6698a58bd0f0fab98684b98650fd250d', 1, 'gmx::GpuTaskMapping']]], │ │ │ │ │ - ['deviceidiscompatible_374', ['deviceidiscompatible', ['../device__management_8h.xhtml#a18842fc46a07885afa6447974760fb74', 1, 'deviceIdIsCompatible(gmx::ArrayRef< const std::unique_ptr< DeviceInformation > > deviceInfoList, int deviceId): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../device__management__common_8cpp.xhtml#a1f2e8f81e5eede997aecb392dfbfbe94', 1, 'deviceIdIsCompatible(gmx::ArrayRef< const std::unique_ptr< DeviceInformation > > deviceInfoList, const int deviceId): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ │ + ['deviceidiscompatible_374', ['deviceidiscompatible', ['../device__management__common_8cpp.xhtml#a1f2e8f81e5eede997aecb392dfbfbe94', 1, 'deviceIdIsCompatible(gmx::ArrayRef< const std::unique_ptr< DeviceInformation > > deviceInfoList, const int deviceId): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../device__management_8h.xhtml#a18842fc46a07885afa6447974760fb74', 1, 'deviceIdIsCompatible(gmx::ArrayRef< const std::unique_ptr< DeviceInformation > > deviceInfoList, int deviceId): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['deviceidsassigned_375', ['deviceIdsAssigned', ['../classgmx_1_1GpuTaskAssignments.xhtml#a182dcb4cc1793357f701cd74bcd05123', 1, 'gmx::GpuTaskAssignments']]], │ │ │ │ │ ['deviceinfo_376', ['deviceinfo', ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml#a21700ae423b68176d4a0646800c34d05', 1, 'gmx::DeviceStreamManager::deviceInfo()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#ad96628ae2830b0e68cdc64eb4ab332ce', 1, 'gmx::test::TestDevice::deviceInfo()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['deviceinfolist_5f_377', ['deviceInfoList_', ['../structgmx_1_1DeviceDetectionResult.xhtml#a70ea01a606765254475f43b92a678218', 1, 'gmx::DeviceDetectionResult']]], │ │ │ │ │ ['deviceinformation_378', ['DeviceInformation', ['../structDeviceInformation.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -622,23 +622,23 @@ │ │ │ │ │ ['devicestreammanager_384', ['devicestreammanager', ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml#af4af89575a6d318fe0d107f74df07122', 1, 'gmx::DeviceStreamManager::DeviceStreamManager()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml', 1, 'gmx::DeviceStreamManager'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['devicestreammanagertest_385', ['DeviceStreamManagerTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02device__stream__manager_8cpp_03_1_1DeviceStreamManagerTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{device_stream_manager.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['devicestreampriority_386', ['DeviceStreamPriority', ['../device__stream_8h.xhtml#a745c3a25d092600ae45b68d7e73d8319', 1, 'device_stream.h']]], │ │ │ │ │ ['devicestreams_387', ['deviceStreams', ['../structNbnxmGpu.xhtml#ad744a8ed17f666335812b98b2dd6091d', 1, 'NbnxmGpu']]], │ │ │ │ │ ['devicestreamtype_388', ['DeviceStreamType', ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['devicetexture_389', ['devicetexture', ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a960fcf6fb2fa8586385940071cfaa2fa', 1, 'DeviceTexture: gputraits_sycl.h'], │ │ │ │ │ - ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a960fcf6fb2fa8586385940071cfaa2fa', 1, 'DeviceTexture: devicebuffer_ocl.h'] │ │ │ │ │ + ['devicetexture_389', ['devicetexture', ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a960fcf6fb2fa8586385940071cfaa2fa', 1, 'DeviceTexture: devicebuffer_ocl.h'], │ │ │ │ │ + ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a960fcf6fb2fa8586385940071cfaa2fa', 1, 'DeviceTexture: gputraits_sycl.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['devicetransfers_2ecpp_390', ['devicetransfers.cpp', ['../devicetransfers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['devicetransfers_2eh_391', ['devicetransfers.h', ['../devicetransfers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['devicetransfers_5focl_2ecpp_392', ['devicetransfers_ocl.cpp', ['../devicetransfers__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['devicetransfers_5fsycl_2ecpp_393', ['devicetransfers_sycl.cpp', ['../devicetransfers__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['devicevendor_394', ['devicevendor', ['../structDeviceInformation.xhtml#af4bb0f772e111410d33b2d1a72b3743f', 1, 'DeviceInformation::deviceVendor'], │ │ │ │ │ - ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508c', 1, 'DeviceVendor: device_information.h'] │ │ │ │ │ + ['devicevendor_394', ['devicevendor', ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508c', 1, 'DeviceVendor: device_information.h'], │ │ │ │ │ + ['../structDeviceInformation.xhtml#af4bb0f772e111410d33b2d1a72b3743f', 1, 'DeviceInformation::deviceVendor'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['df_5fhistory_5ft_395', ['df_history_t', ['../structdf__history__t.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['dfhist_396', ['dfhist', ['../classt__state.xhtml#a633fea391482c8de4656566cebc251d8', 1, 't_state']]], │ │ │ │ │ ['dfhistorycheckpointversion_397', ['DFHistoryCheckpointVersion', ['../namespaceanonymous__namespace_02state_8cpp_03.xhtml#ad907cd999a1c8a40aae08a0ed7bd6e6d', 1, 'anonymous_namespace{state.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['dg2_5fg10_5fa0_398', ['DG2_G10_A0', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662a18e5a83ee4a8ff824e5eeb2926001289', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]], │ │ │ │ │ ['dg2_5fg10_5fa1_399', ['DG2_G10_A1', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662a8e63387e3d5f2f0e89ca8e17e7322a13', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]], │ │ │ │ │ ['dg2_5fg11_5fb0_400', ['DG2_G11_B0', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662ae09fd3b617353bdf43dbce8ad65f8c03', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -647,37 +647,37 @@ │ │ │ │ │ ['dhbten_403', ['dhbtEN', ['../energyoutput_8h.xhtml#a394b3903fbf00ba2b6243f60689a5a5fa28cb7eec2509e9cc44115ff9ffc53dba', 1, 'energyoutput.h']]], │ │ │ │ │ ['dhbtexpanded_404', ['dhbtEXPANDED', ['../energyoutput_8h.xhtml#a394b3903fbf00ba2b6243f60689a5a5faa51b9318bdfc6027223e5cb77711824c', 1, 'energyoutput.h']]], │ │ │ │ │ ['dhbtnr_405', ['dhbtNR', ['../energyoutput_8h.xhtml#a394b3903fbf00ba2b6243f60689a5a5fab0f151c2996a68b552ac15bdaa8a8058', 1, 'energyoutput.h']]], │ │ │ │ │ ['dhbtpv_406', ['dhbtPV', ['../energyoutput_8h.xhtml#a394b3903fbf00ba2b6243f60689a5a5faf5b4abfa0e08cd2f65d3b62b46137e57', 1, 'energyoutput.h']]], │ │ │ │ │ ['dhdlambda_407', ['dhdlambda', ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1Task.xhtml#a848a88c89203306196dc760f55273a4a', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::Task']]], │ │ │ │ │ ['dhdlderivativecalculation_408', ['DhDlDerivativeCalculation', ['../md__enums_8h.xhtml#ac22e7b086f4d255a1887ff2c3bfe0239', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['dhh_409', ['dHH', ['../structSettleWaterTopology.xhtml#a29b9c0744ef6727ab5cc9ca38fb33f81', 1, 'SettleWaterTopology']]], │ │ │ │ │ - ['diagonal_410', ['diagonal', ['../namespacegmx.xhtml#aa9e3f7f78027230bbd448acd70c6efcd', 1, 'gmx::diagonal()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbeaa9ac677ee4eec25d9e59707a661d2c5e1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}::Diagonal'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5c5a9708579f420d64688aaea88c2885a9ac677ee4eec25d9e59707a661d2c5e1', 1, 'gmx::Diagonal'] │ │ │ │ │ + ['diagonal_410', ['diagonal', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5c5a9708579f420d64688aaea88c2885a9ac677ee4eec25d9e59707a661d2c5e1', 1, 'gmx::Diagonal'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa9e3f7f78027230bbd448acd70c6efcd', 1, 'gmx::diagonal(const BasicMatrix3x3< ElementType > &m)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbeaa9ac677ee4eec25d9e59707a661d2c5e1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}::Diagonal'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['diagonal_5f2xnn_5fj_5fminus_5fi_411', ['diagonal_2xnn_j_minus_i', ['../structnbnxn__atomdata__t_1_1SimdMasks.xhtml#a8f0d9761d672a03af589a581cc0ceb36', 1, 'nbnxn_atomdata_t::SimdMasks']]], │ │ │ │ │ ['diagonal_5f4xn_5fj_5fminus_5fi_412', ['diagonal_4xn_j_minus_i', ['../structnbnxn__atomdata__t_1_1SimdMasks.xhtml#a2c74c80638913db2741959a98eb58922', 1, 'nbnxn_atomdata_t::SimdMasks']]], │ │ │ │ │ ['diagonalize_5forires_5ftensors_413', ['diagonalize_orires_tensors', ['../orires_8h.xhtml#abc65ee6ebe3564f33fe99c2fdad0e2e8', 1, 'orires.cpp']]], │ │ │ │ │ ['diagonalmasker_414', ['DiagonalMasker', ['../classgmx_1_1DiagonalMasker.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['diagonalmasker_3c_20nr_2c_20kernellayout_2c_20kernellayoutclusterratio_3a_3ajsizeequalsisize_20_3e_415', ['DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeEqualsISize >', ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeEqualsISize_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['diagonalmasker_3c_20nr_2c_20kernellayout_2c_20kernellayoutclusterratio_3a_3ajsizeisdoubleisize_20_3e_416', ['DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsDoubleISize >', ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeIsDoubleISize_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['diagonalmasker_3c_20nr_2c_20kernellayout_2c_20kernellayoutclusterratio_3a_3ajsizeishalfisize_20_3e_417', ['DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsHalfISize >', ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeIsHalfISize_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['diagonalmatrix_418', ['diagonalMatrix', ['../namespacegmx.xhtml#a3f41d15665fe05ad3742c644d6fa5374', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['diagonalpairlist_419', ['diagonalPairlist', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02exclusions_8cpp_03.xhtml#a4b30520f12482698c8c9aabbed335312', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{exclusions.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['diagrams_420', ['Sequence diagrams', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md15', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['didoutput_421', ['didOutput', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter.xhtml#a59ca86a65680755b9a222df87f8d7ce4', 1, 'gmx::TextTableFormatter']]], │ │ │ │ │ - ['didpairlisth2d_422', ['didpairlisth2d', ['../structNbnxmGpu.xhtml#a5af467500177df026afeb19f1a1a53be', 1, 'NbnxmGpu::didPairlistH2D'], │ │ │ │ │ - ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#ab13a10ff790d7eafd2dfec156df1b324', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction::didPairlistH2D'] │ │ │ │ │ + ['didpairlisth2d_422', ['didpairlisth2d', ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#ab13a10ff790d7eafd2dfec156df1b324', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction::didPairlistH2D'], │ │ │ │ │ + ['../structNbnxmGpu.xhtml#a5af467500177df026afeb19f1a1a53be', 1, 'NbnxmGpu::didPairlistH2D'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['didprune_423', ['didprune', ['../structNbnxmGpu.xhtml#a3a6efc6decf53a5ba00cb4fc647fc94c', 1, 'NbnxmGpu::didPrune'], │ │ │ │ │ - ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a25fd89d258010621ddf2df1bba33194c', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction::didPrune'] │ │ │ │ │ + ['didprune_423', ['didprune', ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a25fd89d258010621ddf2df1bba33194c', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction::didPrune'], │ │ │ │ │ + ['../structNbnxmGpu.xhtml#a3a6efc6decf53a5ba00cb4fc647fc94c', 1, 'NbnxmGpu::didPrune'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['didrollingprune_424', ['didrollingprune', ['../structNbnxmGpu.xhtml#a6dc82dd999b44abcb26b7945129d12d5', 1, 'NbnxmGpu::didRollingPrune'], │ │ │ │ │ - ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a3472e57d1d49f96599f56dd5d88013b0', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction::didRollingPrune'] │ │ │ │ │ + ['didrollingprune_424', ['didrollingprune', ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a3472e57d1d49f96599f56dd5d88013b0', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction::didRollingPrune'], │ │ │ │ │ + ['../structNbnxmGpu.xhtml#a6dc82dd999b44abcb26b7945129d12d5', 1, 'NbnxmGpu::didRollingPrune'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['difference_5ftype_425', ['difference_type', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a64142278cc045a381bb1b1dfedfa73d5', 1, 'gmx::basic_mdspan::difference_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#aa63e91ba0deaea694f85e59d12b1468e', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::difference_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#aa3f867aedb5b7ca9e328d2d67dcc1572', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::difference_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a8895b8b6139fe648d37ea4e7e6bab050', 1, 'gmx::ArrayRef::difference_type'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['diffusioncoefficient_426', ['diffusioncoefficient', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MoleculeData.xhtml#a204cee06965a9ed5eaf5d2922fcdc52b', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MoleculeData::diffusionCoefficient'], │ │ │ │ │ @@ -767,20 +767,20 @@ │ │ │ │ │ ['distancetype_483', ['DistanceType', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#ga77ce81c4fed1390b735d4b95330dedfa', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['distarray_5f_484', ['distArray_', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistanceModuleData.xhtml#a3d03773fa56451e10594429d38f38420', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}::PairDistanceModuleData']]], │ │ │ │ │ ['distccut_485', ['distccut', ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#afc5ac466d72534a26ed0612e499d8289', 1, 'methoddata_insolidangle']]], │ │ │ │ │ ['distribute_2eh_486', ['distribute.h', ['../distribute_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['distributestate_487', ['distributeState', ['../distribute_8h.xhtml#a25b0c9b444ade4a22f4e2fdbba713151', 1, 'distribute.cpp']]], │ │ │ │ │ ['distributetransformationpullcoordforce_488', ['distributeTransformationPullCoordForce', ['../namespacegmx.xhtml#af55526e2d56c7517beae6247230f7bc7', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['distribution_489', ['Distribution', ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440baf0bac093bb884df2891d32385d053788', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['distribution_5ftype_490', ['distribution_type', ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml#abb6d0eac9d0e5934ab0445f277370e87', 1, 'gmx::GammaDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml#a360aa68a34a8d5d8245f9b8cc1df8ae0', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ │ + ['distribution_5ftype_490', ['distribution_type', ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml#aef25eb026f40f91dcb75009fef98e9c6', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml#abb6d0eac9d0e5934ab0445f277370e87', 1, 'gmx::GammaDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a065166a4865578f9e5d45eef4b51ecdf', 1, 'gmx::NormalDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml#aa32aadb37efbdbf47f3281594659dd96', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml#ae29e38c48c9840a6cc7391ec87f68ae9', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml#aef25eb026f40f91dcb75009fef98e9c6', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param_type::distribution_type'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml#a360aa68a34a8d5d8245f9b8cc1df8ae0', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param_type::distribution_type'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['distributions_20random_491', ['Random engines and distributions (random)', ['../group__module__random.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['div_5fround_5fup_492', ['div_round_up', ['../pme_8cpp.xhtml#a1c99073294c93f3840e0802b05a8acd8', 1, 'pme.cpp']]], │ │ │ │ │ ['div_5fup_493', ['div_up', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#ade2070381dc6febed7d537244ee565e5', 1, 'domdec_setup.cpp']]], │ │ │ │ │ ['divide_5fbondeds_5fby_5flocality_494', ['divide_bondeds_by_locality', ['../manage__threading_8cpp.xhtml#aae75035e941faeb2f96b2ea60f90fb42', 1, 'manage_threading.cpp']]], │ │ │ │ │ ['divide_5fbondeds_5fover_5fthreads_495', ['divide_bondeds_over_threads', ['../manage__threading_8cpp.xhtml#ab839024db9b2da71606e37f3c0b9c449', 1, 'manage_threading.cpp']]], │ │ │ │ │ ['divideelementwise_496', ['divideElementwise', ['../namespacegmx.xhtml#ac1e88a871e2b0ffdf68519ab1d2bb206', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -811,67 +811,67 @@ │ │ │ │ │ ['do_5flinacc_515', ['do_linacc', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#a90ba951bd868342fb5e12fe71f45f48a', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['do_5flincs_516', ['do_lincs', ['../namespacegmx.xhtml#a48b618e1d06c08dff33f6f789a5ade1b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['do_5flincsp_517', ['do_lincsp', ['../namespacegmx.xhtml#a0233d831a9a4457fb58fc1395c8c7d03', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['do_5flinfix_518', ['do_linfix', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#a8fde1728c12f11061c33fc0b3372833c', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['do_5flmfit_519', ['do_lmfit', ['../expfit_8h.xhtml#a2d6fa41a60d6682a8ae04e199d862613', 1, 'do_lmfit(int ndata, const real c1[], real sig[], real dt, const real *x0, real begintimefit, real endtimefit, const gmx_output_env_t *oenv, gmx_bool bVerbose, int eFitFn, double fitparms[], int fix, const char *fn_fitted): expfit.cpp'], │ │ │ │ │ ['../expfit_8cpp.xhtml#a2d6fa41a60d6682a8ae04e199d862613', 1, 'do_lmfit(int ndata, const real c1[], real sig[], real dt, const real *x0, real begintimefit, real endtimefit, const gmx_output_env_t *oenv, gmx_bool bVerbose, int eFitFn, double fitparms[], int fix, const char *fn_fitted): expfit.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['do_5fpairs_520', ['do_pairs', ['../pairs_8h.xhtml#ace5a086b59154b99c7d2f5c4c91a4117', 1, 'do_pairs(int ftype, int nbonds, const t_iatom iatoms[], const t_iparams iparams[], const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, const real *lambda, real *dvdl, gmx::ArrayRef< const real > chargeA, gmx::ArrayRef< const real > chargeB, gmx::ArrayRef< const bool > atomIsPerturbed, gmx::ArrayRef< const unsigned short > cENER, int numEnergyGroups, const t_forcerec *fr, bool havePerturbedPairs, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_grppairener_t *grppener, int *global_atom_index): pairs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pairs_8cpp.xhtml#a22308eced2305dcd0b36750636c6e8f6', 1, 'do_pairs(int ftype, int nbonds, const t_iatom iatoms[], const t_iparams iparams[], const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, const real *lambda, real *dvdl, gmx::ArrayRef< const real > chargeA, gmx::ArrayRef< const real > chargeB, gmx::ArrayRef< const bool > atomIsPerturbed, gmx::ArrayRef< const unsigned short > cENER, const int numEnergyGroups, const t_forcerec *fr, const bool havePerturbedInteractions, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_grppairener_t *grppener, int *global_atom_index): pairs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['do_5fpairs_520', ['do_pairs', ['../pairs_8cpp.xhtml#a22308eced2305dcd0b36750636c6e8f6', 1, 'do_pairs(int ftype, int nbonds, const t_iatom iatoms[], const t_iparams iparams[], const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, const real *lambda, real *dvdl, gmx::ArrayRef< const real > chargeA, gmx::ArrayRef< const real > chargeB, gmx::ArrayRef< const bool > atomIsPerturbed, gmx::ArrayRef< const unsigned short > cENER, const int numEnergyGroups, const t_forcerec *fr, const bool havePerturbedInteractions, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_grppairener_t *grppener, int *global_atom_index): pairs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pairs_8h.xhtml#ace5a086b59154b99c7d2f5c4c91a4117', 1, 'do_pairs(int ftype, int nbonds, const t_iatom iatoms[], const t_iparams iparams[], const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, const real *lambda, real *dvdl, gmx::ArrayRef< const real > chargeA, gmx::ArrayRef< const real > chargeB, gmx::ArrayRef< const bool > atomIsPerturbed, gmx::ArrayRef< const unsigned short > cENER, int numEnergyGroups, const t_forcerec *fr, bool havePerturbedPairs, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_grppairener_t *grppener, int *global_atom_index): pairs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['do_5fpairs_5fgeneral_521', ['do_pairs_general', ['../pairs_8cpp.xhtml#a593986c41a792f43a51528646a52f7af', 1, 'pairs.cpp']]], │ │ │ │ │ ['do_5fpairs_5fsimple_522', ['do_pairs_simple', ['../pairs_8cpp.xhtml#addf0ef957e30aea59c4c50608f224e00', 1, 'pairs.cpp']]], │ │ │ │ │ ['do_5fpbc_5ffirst_5fmtop_523', ['do_pbc_first_mtop', ['../pbc_8cpp.xhtml#ab2d73c141bca2f34ce5a2299d94896ee', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['do_5fpbc_5fmtop_524', ['do_pbc_mtop', ['../pbc_8cpp.xhtml#ae3e3fc740d5c1bbc408f93cfb70585f3', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['do_5fq_525', ['DO_Q', ['../pme__internal_8h.xhtml#a3f0c4a14ac2958c6a0ebeaf618a1e6a1', 1, 'pme_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['do_5fredist_5fpos_5fcoeffs_526', ['do_redist_pos_coeffs', ['../pme__redistribute_8cpp.xhtml#ae582259603d2904ca3f96e425bfd7c52', 1, 'do_redist_pos_coeffs(struct gmx_pme_t *pme, const t_commrec *cr, gmx_bool bFirst, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx::ArrayRef< const real > data): pme_redistribute.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__redistribute_8h.xhtml#ae582259603d2904ca3f96e425bfd7c52', 1, 'do_redist_pos_coeffs(struct gmx_pme_t *pme, const t_commrec *cr, gmx_bool bFirst, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx::ArrayRef< const real > data): pme_redistribute.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['do_5frotation_527', ['do_rotation', ['../pull__rotation_8h.xhtml#ab71b464ea02ed0ff84b28abfeab47cbb', 1, 'pull_rotation.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['do_5fswapcoords_528', ['do_swapcoords', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#ac6ec8dd8a6224b7af40e455a3f7c148b', 1, 'do_swapcoords(t_commrec *cr, int64_t step, double t, const t_inputrec *ir, t_swap *s, gmx_wallcycle *wcycle, rvec x[], matrix box, gmx_bool bVerbose, gmx_bool bRerun): swapcoords.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../swapcoords_8h.xhtml#ac6ec8dd8a6224b7af40e455a3f7c148b', 1, 'do_swapcoords(t_commrec *cr, int64_t step, double t, const t_inputrec *ir, t_swap *s, gmx_wallcycle *wcycle, rvec x[], matrix box, gmx_bool bVerbose, gmx_bool bRerun): swapcoords.cpp'] │ │ │ │ │ + ['do_5fswapcoords_528', ['do_swapcoords', ['../swapcoords_8h.xhtml#ac6ec8dd8a6224b7af40e455a3f7c148b', 1, 'do_swapcoords(t_commrec *cr, int64_t step, double t, const t_inputrec *ir, t_swap *s, gmx_wallcycle *wcycle, rvec x[], matrix box, gmx_bool bVerbose, gmx_bool bRerun): swapcoords.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#ac6ec8dd8a6224b7af40e455a3f7c148b', 1, 'do_swapcoords(t_commrec *cr, int64_t step, double t, const t_inputrec *ir, t_swap *s, gmx_wallcycle *wcycle, rvec x[], matrix box, gmx_bool bVerbose, gmx_bool bRerun): swapcoords.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['do_5fview_529', ['do_view', ['../viewit_8h.xhtml#a4b557b656195c88aee1d8e74323df0cb', 1, 'viewit.cpp']]], │ │ │ │ │ ['doall_530', ['doAll', ['../structNbnxm_1_1KernelBenchOptions.xhtml#a92fd69930a5d0ef3f6e3aa4723e0f337', 1, 'Nbnxm::KernelBenchOptions']]], │ │ │ │ │ ['dobool_531', ['dobool', ['../classgmx_1_1ISerializer.xhtml#a44bc0c7f7b4dda59fcf4db484a610c96', 1, 'gmx::ISerializer::doBool()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a8fc5646512eb1aeaf2f6d31808034fbf', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer::doBool()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['doboolarray_532', ['doBoolArray', ['../classgmx_1_1ISerializer.xhtml#a897c4b24cf07857ef33625d4e11ccfbb', 1, 'gmx::ISerializer']]], │ │ │ │ │ ['dochar_533', ['doChar', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#adae21f482838b9c31c68efc8a62d8c7e', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['dochararray_534', ['doCharArray', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a2571a9b5b0d7f6c9976e380261c2f527', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ - ['docheckpoint_535', ['docheckpoint', ['../classgmx_1_1NoseHooverGroup.xhtml#a8d2bae6f3a1b7b4d4eb174bf00e296e7', 1, 'gmx::NoseHooverGroup::doCheckpoint()'], │ │ │ │ │ + ['docheckpoint_535', ['docheckpoint', ['../classekinstate__t.xhtml#a2ee67d4251b907f6b3142bc13aeeb819', 1, 'ekinstate_t::doCheckpoint()'], │ │ │ │ │ ['../structdf__history__t.xhtml#a6f1ab6b1420176f271553885984f84bd', 1, 'df_history_t::doCheckpoint()'], │ │ │ │ │ - ['../classekinstate__t.xhtml#a2ee67d4251b907f6b3142bc13aeeb819', 1, 'ekinstate_t::doCheckpoint()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NoseHooverGroup.xhtml#a8d2bae6f3a1b7b4d4eb174bf00e296e7', 1, 'gmx::NoseHooverGroup::doCheckpoint()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['docheckpointdata_536', ['doCheckpointData', ['../classgmx_1_1NoseHooverTemperatureCoupling.xhtml#ad233c46cdfa1303832de31feda328bbd', 1, 'gmx::NoseHooverTemperatureCoupling']]], │ │ │ │ │ ['dodevicetransfers_537', ['doDeviceTransfers', ['../namespacegmx.xhtml#ad4795a26f1238920274a52385f95aaef', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['dodouble_538', ['doDouble', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a258ecdc04fe01d926c9a2c04285dd7ce', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['doenumarrayasint_539', ['doEnumArrayAsInt', ['../classgmx_1_1ISerializer.xhtml#a794acfe842d1ac653c7739a37345e69b', 1, 'gmx::ISerializer']]], │ │ │ │ │ ['doenumasint_540', ['doEnumAsInt', ['../classgmx_1_1ISerializer.xhtml#a92da8e65866a89dae22e903ed0e0cfc8', 1, 'gmx::ISerializer']]], │ │ │ │ │ ['dofit_2ecpp_541', ['dofit.cpp', ['../dofit_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['dofloat_542', ['doFloat', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a3fd26e31b108bb5c4e9ff3cf46e60245', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['doh_543', ['dOH', ['../structSettleWaterTopology.xhtml#a4fe21cf6227b589e3619da4f211eb1ff', 1, 'SettleWaterTopology']]], │ │ │ │ │ ['doint_544', ['doInt', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#ad18b93507130111911db7048d8278598', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['doint32_545', ['doInt32', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a1f3fcee617241ce334d2938b431590e1', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['doint64_546', ['doInt64', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a16b376e5b3c425be7be83c107c8e4fbb', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['doivec_547', ['doIvec', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#ad1fe1310f00745d2d0df9d672f19810e', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['dolistedforcessorting_548', ['doListedForcesSorting', ['../classgmx__reverse__top__t.xhtml#a631f038e6db9ee54df86e4e0f6d3904e', 1, 'gmx_reverse_top_t']]], │ │ │ │ │ - ['domain_549', ['domain', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#ab5bbfba4c5cbac801412d67d38f15fe6', 1, 'Domain: swapcoords.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Device.xhtml#a45a9ca5ad620d5c2bbb2e022c6c5d69f', 1, 'gmx::HardwareTopology::Device::domain'] │ │ │ │ │ + ['domain_549', ['domain', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Device.xhtml#a45a9ca5ad620d5c2bbb2e022c6c5d69f', 1, 'gmx::HardwareTopology::Device::domain'], │ │ │ │ │ + ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#ab5bbfba4c5cbac801412d67d38f15fe6', 1, 'Domain: swapcoords.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['domain_20decomposition_20for_20parallelization_20over_20mpi_550', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['domain_5fdecomposition_2ecpp_551', ['domain_decomposition.cpp', ['../domain__decomposition_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['domainatomgroups_552', ['DomainAtomGroups', ['../structAtomDistribution_1_1DomainAtomGroups.xhtml', 1, 'AtomDistribution']]], │ │ │ │ │ - ['domaindecompositionbuilder_553', ['domaindecompositionbuilder', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder.xhtml#a128bbb8c8823d7ba12461b63d17b4130', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::DomainDecompositionBuilder()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder.xhtml', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder'] │ │ │ │ │ + ['domaindecompositionbuilder_553', ['domaindecompositionbuilder', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder.xhtml', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder.xhtml#a128bbb8c8823d7ba12461b63d17b4130', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::DomainDecompositionBuilder()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['domaingroups_554', ['domainGroups', ['../structAtomDistribution.xhtml#a54310497f4a786bc93a33846a3f16c01', 1, 'AtomDistribution']]], │ │ │ │ │ - ['domaininfo_555', ['domaininfo', ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml', 1, 'gmx::DomainInfo'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml#a98019766fd4e7f6913173f9c56f1e557', 1, 'gmx::DomainInfo::DomainInfo(PbcType pbcType, bool haveInterUpdateGroupVirtualSites, gmx_domdec_t *domdec)'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml#a295aad169ffe38dcd5e240ef0546a747', 1, 'gmx::DomainInfo::DomainInfo()=default'] │ │ │ │ │ + ['domaininfo_555', ['domaininfo', ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml#a98019766fd4e7f6913173f9c56f1e557', 1, 'gmx::DomainInfo::DomainInfo()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml', 1, 'gmx::DomainInfo'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml#a295aad169ffe38dcd5e240ef0546a747', 1, 'gmx::DomainInfo::DomainInfo()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['domainlifetimeworkload_556', ['DomainLifetimeWorkload', ['../classgmx_1_1DomainLifetimeWorkload.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['domainsetup_557', ['domainsetup', ['../structNbnxm_1_1GridSet_1_1DomainSetup.xhtml#a10356769577496bc797ef2567e7b54c6', 1, 'Nbnxm::GridSet::DomainSetup::DomainSetup()'], │ │ │ │ │ ['../classNbnxm_1_1GridSet.xhtml#a1372b1ab65a3bc0bf8f5e0e877c98f1e', 1, 'Nbnxm::GridSet::domainSetup() const'], │ │ │ │ │ ['../structNbnxm_1_1GridSet_1_1DomainSetup.xhtml', 1, 'Nbnxm::GridSet::DomainSetup'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['domainstring_558', ['DomainString', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#a8d3219f51d6dd4f57663baf7139a72a0', 1, 'swapcoords.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -907,41 +907,41 @@ │ │ │ │ │ ['domdecspecialcasestestparameters_583', ['DomDecSpecialCasesTestParameters', ['../namespaceanonymous__namespace_02domain__decomposition_8cpp_03.xhtml#ad6458dbf4c993aa0d73d1dd8d4b9f70f', 1, 'anonymous_namespace{domain_decomposition.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['domdrun_584', ['doMdrun', ['../classgmx_1_1test_1_1PeriodicActionsTest.xhtml#ab7ba9cd40beb21d4ce4243e2622a4ac0', 1, 'gmx::test::PeriodicActionsTest']]], │ │ │ │ │ ['domembed_585', ['doMembed', ['../classgmx_1_1MembedHolder.xhtml#a1c064399ab9168ab98adbaf2611f0259', 1, 'gmx::MembedHolder']]], │ │ │ │ │ ['domrcdensitymapheader_586', ['doMrcDensityMapHeader', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#afb90995b12dd1ec23633fb751a0b4fff', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['done_587', ['done', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#a5f0af02380a46894e20e09682ee63443', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ │ ['done_5fenxframe_588', ['done_enxframe', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aba30b242a0aed11e08b4c7f57dbac8e9', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['done_5flincs_589', ['done_lincs', ['../namespacegmx.xhtml#ae909fe116240bc4a5ed3cea1229d79f6', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['done_5fsymtab_590', ['done_symtab', ['../symtab_8h.xhtml#ab909195909d6dcccfdd0c94964751286', 1, 'done_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../symtab_8cpp.xhtml#ab909195909d6dcccfdd0c94964751286', 1, 'done_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ + ['done_5fsymtab_590', ['done_symtab', ['../symtab_8cpp.xhtml#ab909195909d6dcccfdd0c94964751286', 1, 'done_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../symtab_8h.xhtml#ab909195909d6dcccfdd0c94964751286', 1, 'done_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['done_5ftrxframe_591', ['done_trxframe', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a38e926a71822704ecee2753eec73d8e5', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['doneighborsearch_592', ['doNeighborSearch', ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#afccd5279abfd7745e61c1a446f7a26b8', 1, 'gmx::StepWorkload']]], │ │ │ │ │ ['donor_5f_593', ['donor_', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1ResInfo.xhtml#aa74b74465cdab77070e3ba2b5d72ac24', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::ResInfo']]], │ │ │ │ │ ['donorenergy_5f_594', ['donorEnergy_', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1ResInfo.xhtml#a95d9f7a7790a17a468d5cbc9ac0682ed', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::ResInfo']]], │ │ │ │ │ ['donotswap_595', ['DoNotSwap', ['../namespacegmx.xhtml#a9dcfc375435eb5edc0e45544fd43e655a3448d668bf42d8cc9f35c9fe803c3633', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['doopaque_596', ['doOpaque', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a7829dc6ba05456a40792ade1b6be89bf', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['doparsing_5f_597', ['doParsing_', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#a624c6ed59f247cfdcfd73b7490ed8426', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs']]], │ │ │ │ │ ['dopmeloadbalancing_598', ['doPmeLoadBalancing', ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml#a3189ea7c1efbcd9338c142d4eb566941', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper']]], │ │ │ │ │ ['doreal_599', ['doReal', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a5c8acb8221df38dab275ef1e2dcc7397', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['dorerun_5f_600', ['doRerun_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a40b583b331b2748f1e560b220e02d70b', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ ['dorvec_601', ['doRvec', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a6d503490844a963e5483b39fc795d01a', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['dorvecarray_602', ['doRvecArray', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a9d526b6b199ace368ef0bee8c15784cc', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['dosimulationwork_603', ['doSimulationWork', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1Subscriber.xhtml#aaa8afdabf81cf6dc7b90eec664bc02b0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::Subscriber']]], │ │ │ │ │ - ['doskippedupdatesforallpoints_604', ['doskippedupdatesforallpoints', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aaee34334a377527804c3aeeab3406a50', 1, 'gmx::Bias::doSkippedUpdatesForAllPoints()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#ac082fcce52b440dfa32ef11064ad225e', 1, 'gmx::BiasState::doSkippedUpdatesForAllPoints(const BiasParams &params)'] │ │ │ │ │ + ['doskippedupdatesforallpoints_604', ['doskippedupdatesforallpoints', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#ac082fcce52b440dfa32ef11064ad225e', 1, 'gmx::BiasState::doSkippedUpdatesForAllPoints()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aaee34334a377527804c3aeeab3406a50', 1, 'gmx::Bias::doSkippedUpdatesForAllPoints()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['doskippedupdatesinneighborhood_605', ['doSkippedUpdatesInNeighborhood', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#acd35b79b577951639c50399bd67a84e1', 1, 'gmx::BiasState']]], │ │ │ │ │ ['dostring_606', ['doString', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#abb12da363c569960f6c8803f38d36f5b', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ - ['dot_607', ['dot', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#afa05719af34a30136f366a5536b0c2a7', 1, 'gmx::BasicVector::dot()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a445258e6434a67d7555f760817bd81c0', 1, 'gmx::dot()'] │ │ │ │ │ + ['dot_607', ['dot', ['../namespacegmx.xhtml#a445258e6434a67d7555f760817bd81c0', 1, 'gmx::dot()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#afa05719af34a30136f366a5536b0c2a7', 1, 'gmx::BasicVector::dot()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dotestparticleinsertion_5f_608', ['doTestParticleInsertion_', ['../structNbnxm_1_1GridSet_1_1DomainSetup.xhtml#a7a268b47c38fe73f8f6f99c379316c00', 1, 'Nbnxm::GridSet::DomainSetup']]], │ │ │ │ │ - ['dotproduct_609', ['dotproduct', ['../group__module__simd.xhtml#ga48eb5014bfc9c6c43e9e21bf8c87ecc4', 1, 'gmx::dotProduct(Simd4Double a, Simd4Double b)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gac0420b0ba8ce5c0bbdf94d69c67ab563', 1, 'gmx::dotProduct(Simd4Float a, Simd4Float b)'] │ │ │ │ │ + ['dotproduct_609', ['dotproduct', ['../group__module__simd.xhtml#gac0420b0ba8ce5c0bbdf94d69c67ab563', 1, 'gmx::dotProduct(Simd4Float a, Simd4Float b)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga48eb5014bfc9c6c43e9e21bf8c87ecc4', 1, 'gmx::dotProduct(Simd4Double a, Simd4Double b)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['double_5fprec_610', ['double_prec', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#add346a15ab9b843b1677cdd96aeefc83', 1, 'CheckpointHeaderContents']]], │ │ │ │ │ ['doubleblocklength_611', ['doubleBlockLength', ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml#ae321c86ec475fdf0064d79607881b3b5', 1, 'gmx::CorrelationBlockData']]], │ │ │ │ │ ['doubleeq_612', ['DoubleEq', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a31850ebc0f2718da5134382dca912a63', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['doublefromstring_613', ['doubleFromString', ['../group__module__utility.xhtml#gaf035067f7637ae310fe1246ba6c19111', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['doubleoption_614', ['doubleoption', ['../classgmx_1_1DoubleOption.xhtml#a7f8f5370185e452c6a0b5e8e99c6641f', 1, 'gmx::DoubleOption::DoubleOption()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DoubleOption.xhtml', 1, 'gmx::DoubleOption'] │ │ │ │ │ @@ -958,71 +958,71 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['doubletostring_618', ['doubleToString', ['../group__module__utility.xhtml#gadd11829c264b9d9b89a68a0baf26a7bd', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['douchar_619', ['doUChar', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a0a3c7b45d828e8a5dc31094d2e23aa19', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['douchararray_620', ['doUCharArray', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a0e2f90a62f8aaf7f554f41725fb8ee4b', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['doushort_621', ['doUShort', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#aa1efcd8ea6bc77333af3390821a00590', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ │ ['dsaupd_622', ['dsaupd', ['../gmx__arpack_8h.xhtml#aede26434dc7f4a1ae472eca9d5b7bf65', 1, 'gmx_arpack.h']]], │ │ │ │ │ ['dseupd_623', ['dseupd', ['../gmx__arpack_8h.xhtml#aab6c14c639569f6bf80e7226979cb514', 1, 'gmx_arpack.h']]], │ │ │ │ │ - ['dssp_2ecpp_624', ['dssp.cpp', ['../tests_2dssp_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../modules_2dssp_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['dssp_2ecpp_624', ['dssp.cpp', ['../modules_2dssp_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2dssp_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dssp_2eh_625', ['dssp.h', ['../dssp_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['dsspdata_5f_626', ['dsspData_', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1DsspStorageFrame.xhtml#a8399a04649caede9f20a0c8146faf1b1', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::DsspStorageFrame']]], │ │ │ │ │ ['dsspmoduletestdsspnb_627', ['DsspModuleTestDsspNB', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1DsspModuleTestDsspNB.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['dsspmoduletestdsspnonb_628', ['DsspModuleTestDsspNoNB', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1DsspModuleTestDsspNoNB.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['dsspmoduletestgromacsnb_629', ['DsspModuleTestGromacsNB', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1DsspModuleTestGromacsNB.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['dsspmoduletestgromacsnonb_630', ['DsspModuleTestGromacsNoNB', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1DsspModuleTestGromacsNoNB.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['dsspstorage_631', ['DsspStorage', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1DsspStorage.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['dsspstorageframe_632', ['DsspStorageFrame', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1DsspStorageFrame.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['dt_633', ['dt', ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule_1_1Impl.xhtml#a0b85349df47f8c8d3124856e5e09ddd2', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::Impl::dt'], │ │ │ │ │ + ['dt_633', ['dt', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#ac064764d5dbb0550e6b2e8567bb4de3b', 1, 't_UmbrellaWindow::dt'], │ │ │ │ │ + ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__edflood.xhtml#a7423f88558649a94f82975208726be33', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_edflood::dt'], │ │ │ │ │ ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a42ca5cc7be9c7f922258d701a44fed59', 1, 'UmbrellaOptions::dt'], │ │ │ │ │ - ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#ac064764d5dbb0550e6b2e8567bb4de3b', 1, 't_UmbrellaWindow::dt'], │ │ │ │ │ - ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__edflood.xhtml#a7423f88558649a94f82975208726be33', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_edflood::dt'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule_1_1Impl.xhtml#a0b85349df47f8c8d3124856e5e09ddd2', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::Impl::dt'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dtensors_634', ['DTensors', ['../structt__oriresdata.xhtml#a4fba669e95d42c39c974af2dd5e170e7', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['dtensorsensembleav_635', ['DTensorsEnsembleAv', ['../structt__oriresdata.xhtml#a051af0ff512dd4233d82e71b36399bba', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['dtensorstimeandensembleav_636', ['DTensorsTimeAndEnsembleAv', ['../structt__oriresdata.xhtml#a40801f401582cbe436fe6b30a01d6aea', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['dtensorstimeaveragedhistory_637', ['DTensorsTimeAveragedHistory', ['../structt__oriresdata.xhtml#a4cdd323eefc04da20fb6a9726830982c', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['dtoler_638', ['dtoler', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#ad91e9ccace64b48ef5d74515d770f4de', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput']]], │ │ │ │ │ ['dtsample_5f_639', ['dtSample_', ['../classgmx_1_1CorrelationGrid.xhtml#ae2d1a1db7c90ff9b5d6ef325162d7df6', 1, 'gmx::CorrelationGrid']]], │ │ │ │ │ ['dummy_640', ['dummy', ['../structgmx__cache__protect__t.xhtml#a0b75c08cd19480c1994187c4cd59fcf7', 1, 'gmx_cache_protect_t']]], │ │ │ │ │ ['dummyconverterpointer_641', ['DummyConverterPointer', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a045885840f37e8b63d82ff9519d0795e', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['dummymass_642', ['dummyMass', ['../structVirtualSiteConfiguration.xhtml#a86c56dfa2a3ae3d2233025dd0211e6d4', 1, 'VirtualSiteConfiguration']]], │ │ │ │ │ ['dummyselection_5f_643', ['dummySelection_', ['../classgmx_1_1test_1_1ModuleTest.xhtml#a2cfbedd95ba40db846e9f764e1a1bcd7', 1, 'gmx::test::ModuleTest']]], │ │ │ │ │ ['dummytopology_5f_644', ['dummyTopology_', ['../classgmx_1_1test_1_1ModuleTest.xhtml#af0b4bb7693f875571daa0e8ae25156d3', 1, 'gmx::test::ModuleTest']]], │ │ │ │ │ ['dump_645', ['dump', ['../classgmx_1_1ReadCheckpointDataHolder.xhtml#aec87b8d67956c15834da54bd0737623a', 1, 'gmx::ReadCheckpointDataHolder']]], │ │ │ │ │ ['dump_2ecpp_646', ['dump.cpp', ['../tools_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tools_2tests_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../domdec_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['../domdec_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tools_2tests_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dump_2eh_647', ['dump.h', ['../domdec_2dump_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['dump_5fconfs_648', ['dump_confs', ['../namespacegmx.xhtml#a44f3c2f294d726a6ffc41f0303f8a05e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['dump_5fpbc_649', ['dump_pbc', ['../pbc_8cpp.xhtml#a04742edf90899bcb8f2ece6c28d8c89e', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['dump_5ftmp_650', ['dump_tmp', ['../autocorr_8cpp.xhtml#a9674f8059c2757e6e40d1842fcaf7b45', 1, 'autocorr.cpp']]], │ │ │ │ │ ['dumpkeyvaluetree_651', ['dumpKeyValueTree', ['../group__module__utility.xhtml#ga58d8eb0b9eaeda93709f534a9387c110', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['duplicatesymtab_652', ['duplicatesymtab', ['../symtab_8h.xhtml#a7a219947903b65355a4a3b5ab00079b4', 1, 'duplicateSymtab(const t_symtab *symtab): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ ['../symtab_8cpp.xhtml#a7a219947903b65355a4a3b5ab00079b4', 1, 'duplicateSymtab(const t_symtab *symtab): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['during_20setup_20and_20simulation_653', ['Callbacks to modules during setup and simulation', ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md6', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['dv_654', ['dv', ['../structpull__group__work__t.xhtml#ac9c50575cc36ce1b48b9f16de3aafe6e', 1, 'pull_group_work_t']]], │ │ │ │ │ - ['dvdl_655', ['dvdl', ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a4324e5a5c5989def28d750cf36b3841c', 1, 'DispersionCorrection::Correction::dvdl'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a4e705e51155aefd182f2a045219f4225', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer::dvdl()'] │ │ │ │ │ + ['dvdl_655', ['dvdl', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a4e705e51155aefd182f2a045219f4225', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer::dvdl()'], │ │ │ │ │ + ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a4324e5a5c5989def28d750cf36b3841c', 1, 'DispersionCorrection::Correction::dvdl'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dvdl_5flin_656', ['dvdl_lin', ['../structgmx__enerdata__t.xhtml#a4910d2820e77119dab2ff7685dfc5662', 1, 'gmx_enerdata_t']]], │ │ │ │ │ ['dvdl_5fnonlin_657', ['dvdl_nonlin', ['../structgmx__enerdata__t.xhtml#ac5a92c8d6ccb9b8090f6ae7969d8f89f', 1, 'gmx_enerdata_t']]], │ │ │ │ │ - ['dvdlambda_658', ['dvdlambda', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a32655be2259ba4f7480178a0583dba4d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::OutputQuantities::dvdLambda'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a7f3afe1a5098e8ad64f332942342f965', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::OutputQuantities::dvdlambda'], │ │ │ │ │ + ['dvdlambda_658', ['dvdlambda', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a7f3afe1a5098e8ad64f332942342f965', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::OutputQuantities::dvdlambda'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a32655be2259ba4f7480178a0583dba4d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::OutputQuantities::dvdLambda'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a476b5aecaa03554b62df8121666f67ca', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::OutputQuantities::dvdLambda'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dvec_659', ['dvec', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__tests_8cpp_03.xhtml#a144a175fd4f2ba211fe0a601de35171f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_tests.cpp}::dvec'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#af170c8362781745386ddba8d2e57f48e', 1, 'gmx::DVec'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['dx_660', ['dx', ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a3f0e8ec50bdbd80871f9cc2cd4349bfa', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::dx()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodPair.xhtml#aefa53017545652a402bd9e0968b507df', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodPair::dx()'], │ │ │ │ │ + ['dx_660', ['dx', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodPair.xhtml#aefa53017545652a402bd9e0968b507df', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodPair::dx()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a0725c3abcc7ae178eda3407d39aacda1', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::dx()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a3f0e8ec50bdbd80871f9cc2cd4349bfa', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::dx()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameHeader.xhtml#a065aa01eeeab9ba850f8259f7412f6ca', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameHeader::dx()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ae8587c11f3d50bf34a91d56cedc18f91', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::dx()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dxdf_661', ['dxdf', ['../structgmx_1_1VsiteThread.xhtml#a7863cbdd28bb823cb22b35ab5e9efdcd', 1, 'gmx::VsiteThread']]], │ │ │ │ │ ['dy_662', ['dy', ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a8e86a3e5096f9386779898f1cee84ab0', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::dy()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a6646724080a7ccbe85d52eafdfbc23bf', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::dy()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_8.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -336,16 +336,16 @@ │ │ │ │ │ ['energycomparison_197', ['energycomparison', ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyComparison.xhtml#aafb2df8ef9a36c6a3cffc8ac57cf2645', 1, 'gmx::test::EnergyComparison::EnergyComparison()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyComparison.xhtml', 1, 'gmx::test::EnergyComparison'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energycomparison_2ecpp_198', ['energycomparison.cpp', ['../energycomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energycomparison_2eh_199', ['energycomparison.h', ['../energycomparison_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energycomparison_5f_200', ['energyComparison_', ['../classgmx_1_1test_1_1PeriodicActionsTest.xhtml#accffb92e7241f0a2b319173bcc6e239a', 1, 'gmx::test::PeriodicActionsTest']]], │ │ │ │ │ ['energycontribution_201', ['EnergyContribution', ['../namespacegmx.xhtml#a41036212ab3b994374d2c2f02772427c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['energydata_202', ['energydata', ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a15119585f028d3e0501e51fd4ab690b2', 1, 'gmx::EnergyData::EnergyData()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml', 1, 'gmx::EnergyData'] │ │ │ │ │ + ['energydata_202', ['energydata', ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml', 1, 'gmx::EnergyData'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a15119585f028d3e0501e51fd4ab690b2', 1, 'gmx::EnergyData::EnergyData()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energydata_20tt_203', ['<tt>EnergyData</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md36', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energydata_2ecpp_204', ['energydata.cpp', ['../energydata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energydata_2eh_205', ['energydata.h', ['../energydata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energydata_3a_3aelement_20tt_206', ['<tt>EnergyData::Element</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md32', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energydrift_207', ['energyDrift', ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml#af7dcf448940396b29c3ffb9e935fee66', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker']]], │ │ │ │ │ ['energydriftstring_208', ['energyDriftString', ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml#ae353361ca2765e1c7655c1862fb49723', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker']]], │ │ │ │ │ @@ -392,47 +392,47 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml', 1, 'gmx::EnergyTerm'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energyterm_2ecpp_239', ['energyterm.cpp', ['../energyterm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2energyterm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energyterm_2eh_240', ['energyterm.h', ['../energyterm_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energyterms_241', ['energyTerms', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#ae52c88e06141af7de45ebecff8c19a20', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]], │ │ │ │ │ - ['energytermstocompare_242', ['energytermstocompare', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a056216f540aefb2f70b364c8b2e00f97', 1, 'gmx::test::EnergyTermsToCompare'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02multiple__time__stepping_8cpp_03.xhtml#a915652ae453ba50d5e559b86f6cbeacb', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{multiple_time_stepping.cpp}::energyTermsToCompare()'] │ │ │ │ │ + ['energytermstocompare_242', ['energytermstocompare', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02multiple__time__stepping_8cpp_03.xhtml#a915652ae453ba50d5e559b86f6cbeacb', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{multiple_time_stepping.cpp}::energyTermsToCompare()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a056216f540aefb2f70b364c8b2e00f97', 1, 'gmx::test::EnergyTermsToCompare'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energytoleranceforsystem_5fg_243', ['energytoleranceforsystem_g', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02simple__mdrun_8cpp_03.xhtml#a3f78f55bf7cb5756bd09c850bbfd89b0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{simple_mdrun.cpp}::energyToleranceForSystem_g'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pull_8cpp_03.xhtml#a9f73a5c8a28387aae8dfd965c6168fbd', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pull.cpp}::energyToleranceForSystem_g'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energyunit_244', ['energyunit', ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a8115d9ae9fd5dc87f4c1dad0b1e1d93a', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}::EnergyUnit'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1EnergyNameUnit.xhtml#aff6098299b44754d8386a4da340f8005', 1, 'gmx::EnergyNameUnit::energyUnit'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energyvarianceovernumsteps_245', ['energyVarianceOverNumSteps', ['../classgmx_1_1EnergyAnalysisFrame.xhtml#a8bb8badbeee7465ccaa1618dff091c3e', 1, 'gmx::EnergyAnalysisFrame']]], │ │ │ │ │ ['enforcedrotation_246', ['enforcedRotation', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#a3655ca8aad2c88b15d885fc08cccf4b2', 1, 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['filenameoptionmanager_2ecpp_87', ['filenameoptionmanager.cpp', ['../filenameoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2filenameoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['filenameoptionmanager_2ecpp_87', ['filenameoptionmanager.cpp', ['../tests_2filenameoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../filenameoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filenameoptionmanager_2eh_88', ['filenameoptionmanager.h', ['../filenameoptionmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['filenameoptionstorage_89', ['filenameoptionstorage', ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a6d331375fa7933f89616320d8eca541a', 1, 'gmx::FileNameOption::FileNameOptionStorage'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#ae371defde227f55e1b6a4753301bcc5d', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::FileNameOptionStorage()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filenameoptionstorage_2eh_90', ['filenameoptionstorage.h', ['../filenameoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_a.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -54,67 +54,67 @@ │ │ │ │ │ ['gammadistribution_39', ['gammadistribution', ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#a504c8a74cfe78791b6e0fb1549aa95aa', 1, 'gmx::GammaDistribution::GammaDistribution(result_type alpha=1.0, result_type theta=1.0)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#a3e85f1c638a75a3add4e42730d104696', 1, 'gmx::GammaDistribution::GammaDistribution(const param_type &param)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml', 1, 'gmx::GammaDistribution< RealType >'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gammadistribution_2ecpp_40', ['gammadistribution.cpp', ['../gammadistribution_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gammadistribution_2eh_41', ['gammadistribution.h', ['../gammadistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gatherinputparameters_42', ['GatherInputParameters', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03.xhtml#a362d4e2b7aca10df5d1f78cba9d1c235', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}']]], │ │ │ │ │ - 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['gatherloadtranspose_45', ['gatherloadtranspose', ['../group__module__simd.xhtml#gad1b51d9220213996033e5dce938c926f', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble *v0, SimdDouble *v1)'], │ │ │ │ │ + ['gatherloadtranspose_45', ['gatherloadtranspose', ['../group__module__simd.xhtml#ga0f9f9c71226ae1d2f0065dd66e1027f0', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const float *base, const std::int32_t offset[], SimdFloat *v0, SimdFloat *v1, SimdFloat *v2, SimdFloat *v3)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga725596b415f4bca94e71321b6845bed4', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble *v0, SimdDouble *v1, SimdDouble *v2, SimdDouble *v3)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga0f9f9c71226ae1d2f0065dd66e1027f0', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const float *base, const std::int32_t offset[], SimdFloat *v0, SimdFloat *v1, SimdFloat *v2, SimdFloat *v3)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gad1b51d9220213996033e5dce938c926f', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble *v0, SimdDouble *v1)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga6823a0b3cbc43eee3918b137d2b18384', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const float *base, const std::int32_t offset[], SimdFloat *v0, SimdFloat *v1)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aba7ff3639534a22d4b9c7a834d7584fd', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const float *base, const std::int32_t offset[], float *v0, float *v1, float *v2, float *v3)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a4c0cda66eba19ad12a50e48f848f268f', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const float *base, const std::int32_t offset[], float *v0, float *v1)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a94e990607fd4d48ca160fbc380597f5a', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const double *base, const std::int32_t offset[], double *v0, double *v1, double *v2, double *v3)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a0c464ebd492587005bb4baefb4293072', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const double *base, const std::int32_t offset[], double *v0, double *v1)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gatherloadtransposehsimd_46', ['gatherloadtransposehsimd', ['../group__module__simd.xhtml#gaf571e52121cd544effd263751636c974', 1, 'gmx::gatherLoadTransposeHsimd(const double *base0, const double *base1, const std::int32_t offset[], SimdDouble *v0, SimdDouble *v1)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga11666cd65bdfee331799b2c1dc732c60', 1, 'gmx::gatherLoadTransposeHsimd(const float *base0, const float *base1, const std::int32_t offset[], SimdFloat *v0, SimdFloat *v1)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - 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['gatherloadutranspose_48', ['gatherloadutranspose', ['../namespacegmx.xhtml#a0502844193d9fcf13648a4165a67a1a3', 1, 'gmx::gatherLoadUTranspose(const double *base, const std::int32_t offset[], double *v0, double *v1, double *v2)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#acfefc291c66a8404f2aad767af91cb21', 1, 'gmx::gatherLoadUTranspose(const float *base, const std::int32_t offset[], float *v0, float *v1, float *v2)'], │ │ │ │ │ + ['gatherloadutranspose_48', ['gatherloadutranspose', ['../group__module__simd.xhtml#gaafc4e2f213c40bba66c83e6524445523', 1, 'gmx::gatherLoadUTranspose(const double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble *v0, SimdDouble *v1, SimdDouble *v2)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaa5581add75787fa1304acdac5af0ad7d', 1, 'gmx::gatherLoadUTranspose(const float *base, const std::int32_t offset[], SimdFloat *v0, SimdFloat *v1, SimdFloat *v2)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaafc4e2f213c40bba66c83e6524445523', 1, 'gmx::gatherLoadUTranspose(const double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble *v0, SimdDouble *v1, SimdDouble *v2)'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#acfefc291c66a8404f2aad767af91cb21', 1, 'gmx::gatherLoadUTranspose(const float *base, const std::int32_t offset[], float *v0, float *v1, float *v2)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a0502844193d9fcf13648a4165a67a1a3', 1, 'gmx::gatherLoadUTranspose(const double *base, const std::int32_t offset[], double *v0, double *v1, double *v2)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gathertest_49', ['GatherTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1GatherTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['gathertestbody_50', ['gathertestbody', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1GatherTestBody.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::GatherTestBody'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1GatherTestBody.xhtml#aaa55fb4d0672671e335a3c17c1647494', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::GatherTestBody::GatherTestBody()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gatherunusedentries_51', ['gatherUnusedEntries', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata_8cpp_03.xhtml#ac879386ac1155f762b4b88ba2a2e529a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['gatherworkgroupsize_52', ['gatherWorkGroupSize', ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml#a4d0940f01c689f58f6a836319e0ecdf6', 1, 'PmeGpuProgramImpl']]], │ │ │ │ │ ['gauss1d_5f_53', ['gauss1d_', ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#a728c7adc2d3941d37833a368c751afee', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl::gauss1d_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#aaca18108ef67ba8911fc95d61f6306f2', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::gauss1d_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['gaussianon1dlattice_54', ['gaussianon1dlattice', ['../classgmx_1_1GaussianOn1DLattice.xhtml#af09f3b97db4e8868a08a0df75a1ba4e6', 1, 'gmx::GaussianOn1DLattice::GaussianOn1DLattice(GaussianOn1DLattice &&other) noexcept'], │ │ │ │ │ + ['gaussianon1dlattice_54', ['gaussianon1dlattice', ['../classgmx_1_1GaussianOn1DLattice.xhtml', 1, 'gmx::GaussianOn1DLattice'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GaussianOn1DLattice.xhtml#af09f3b97db4e8868a08a0df75a1ba4e6', 1, 'gmx::GaussianOn1DLattice::GaussianOn1DLattice(GaussianOn1DLattice &&other) noexcept'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GaussianOn1DLattice.xhtml#aec1491a190cf9652955a6d46bd303699', 1, 'gmx::GaussianOn1DLattice::GaussianOn1DLattice(const GaussianOn1DLattice &other)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GaussianOn1DLattice.xhtml#afeb725d6952b76a212df5461e1a257dd', 1, 'gmx::GaussianOn1DLattice::GaussianOn1DLattice(int numGridPointsForSpreadingHalfWidth, real sigma)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GaussianOn1DLattice.xhtml', 1, 'gmx::GaussianOn1DLattice'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GaussianOn1DLattice.xhtml#afeb725d6952b76a212df5461e1a257dd', 1, 'gmx::GaussianOn1DLattice::GaussianOn1DLattice(int numGridPointsForSpreadingHalfWidth, real sigma)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gaussianspreadkernelparameters_55', ['GaussianSpreadKernelParameters', ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['gaussiantransformspreadingrangeinmultiplesofwidth_5f_56', ['gaussianTransformSpreadingRangeInMultiplesOfWidth_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#aa8ccc2a6b16cbba79f8efe4f19482a04', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]], │ │ │ │ │ ['gaussiantransformspreadingwidth_5f_57', ['gaussianTransformSpreadingWidth_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#a0d3e3cf451f5343422ad4f191b527ec0', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]], │ │ │ │ │ - ['gausstransform_2ecpp_58', ['gausstransform.cpp', ['../gausstransform_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2gausstransform_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['gausstransform_2ecpp_58', ['gausstransform.cpp', ['../tests_2gausstransform_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../gausstransform_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gausstransform_2eh_59', ['gausstransform.h', ['../gausstransform_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gausstransform3d_60', ['gausstransform3d', ['../classgmx_1_1GaussTransform3D.xhtml', 1, 'gmx::GaussTransform3D'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GaussTransform3D.xhtml#ac80b1a8a0699bc7726fac2e834c1efa1', 1, 'gmx::GaussTransform3D::GaussTransform3D(GaussTransform3D &&other) noexcept'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GaussTransform3D.xhtml#a4bebacbd34dce204e961a8ec72c90108', 1, 'gmx::GaussTransform3D::GaussTransform3D(const GaussTransform3D &other)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GaussTransform3D.xhtml#a927125c027d861b21174c07b0a22286a', 1, 'gmx::GaussTransform3D::GaussTransform3D(const dynamicExtents3D &extent, const GaussianSpreadKernelParameters::Shape &globalParameters)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_b.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -48,16 +48,16 @@ │ │ │ │ │ ['hardware_20taskassignment_35', ['Assigning simulation tasks to hardware (taskassignment)', ['../group__module__taskassignment.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['hardwaredetectiontestparams_36', ['HardwareDetectionTestParams', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mockhardwaretopology_8cpp_03.xhtml#a9f7fd9aa2aadb2fb12e381db86cf3753', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mockhardwaretopology.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['hardwaretopology_37', ['hardwaretopology', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aef31c2ebd09d5d67b1b981af385e0e62', 1, 'gmx::HardwareTopology::HardwareTopology()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml', 1, 'gmx::HardwareTopology'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#a524b02638d5644ffc59a0576364bcfa7', 1, 'gmx::HardwareTopology::HardwareTopology(int logicalProcessorCount)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#a4d802133ee88be4fa18d0b76fdba0196', 1, 'gmx::HardwareTopology::HardwareTopology(const std::string &filesystemRoot, const std::vector< int > &allowedProcessors)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['hardwaretopology_2ecpp_38', ['hardwaretopology.cpp', ['../tests_2hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['hardwaretopology_2ecpp_38', ['hardwaretopology.cpp', ['../hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['hardwaretopology_2eh_39', ['hardwaretopology.h', ['../hardwaretopology_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['hasall_40', ['hasAll', ['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml#af8a7de4259caaa6fae5eb6e4fb12fbeb', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties']]], │ │ │ │ │ ['hasany_41', ['hasAny', ['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml#a8f3322ffdccb62ca531f8e9bf66cb4eb', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties']]], │ │ │ │ │ ['hasbox_42', ['hasBox', ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml#a7460a889a7f6f45edb514dca72e984c7', 1, 'gmx::TrajectoryFrame']]], │ │ │ │ │ ['hasbreaks_43', ['hasBreaks', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1SecondaryStructuresData.xhtml#a85b888a0425d0e7ea1a678bce38350a4', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::SecondaryStructuresData']]], │ │ │ │ │ ['hasbridges_44', ['hasBridges', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1SecondaryStructuresData.xhtml#a4bab808db0709f69205b569bcd4f3c6b', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::SecondaryStructuresData']]], │ │ │ │ │ @@ -223,32 +223,32 @@ │ │ │ │ │ ['helpexportrestructuredtext_168', ['helpexportrestructuredtext', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportReStructuredText.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportReStructuredText'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1HelpExportReStructuredText.xhtml#a7beb511be591b985e3b0ead22dfbe66d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::HelpExportReStructuredText::HelpExportReStructuredText()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['helpformat_2ecpp_169', ['helpformat.cpp', ['../helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2helpformat_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['helpformat_2eh_170', ['helpformat.h', ['../helpformat_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['helplinks_171', ['helplinks', ['../classgmx_1_1HelpLinks.xhtml', 1, 'gmx::HelpLinks'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HelpLinks.xhtml#a8be2854c046e14440fc5da7ebfb04767', 1, 'gmx::HelpLinks::HelpLinks()'] │ │ │ │ │ + ['helplinks_171', ['helplinks', ['../classgmx_1_1HelpLinks.xhtml#a8be2854c046e14440fc5da7ebfb04767', 1, 'gmx::HelpLinks::HelpLinks()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HelpLinks.xhtml', 1, 'gmx::HelpLinks'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['helpmanager_172', ['helpmanager', ['../classgmx_1_1HelpManager.xhtml', 1, 'gmx::HelpManager'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HelpManager.xhtml#a0578951cf2928a59819c0589065c4a5c', 1, 'gmx::HelpManager::HelpManager()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['helpmanager_2ecpp_173', ['helpmanager.cpp', ['../tests_2helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['helpmanager_2ecpp_173', ['helpmanager.cpp', ['../helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['helpmanager_2eh_174', ['helpmanager.h', ['../helpmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['helpmanagertest_175', ['HelpManagerTest', ['../namespaceanonymous__namespace_02helpmanager_8cpp_03.xhtml#a185e06a567d499a776617c3ecfbc1798', 1, 'anonymous_namespace{helpmanager.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['helpmodule_5f_176', ['helpModule_', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#a8b5a1258815add1b14dca4d8ff8998c4', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['helpoutputformat_177', ['HelpOutputFormat', ['../namespacegmx.xhtml#adc6936f6090da8e4cf7801c8e71ee37f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - 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['localatomsetmanager_223', ['localatomsetmanager', ['../classgmx_1_1LocalAtomSetManager.xhtml', 1, 'gmx::LocalAtomSetManager'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a34afd04735705f6200b8ae831dd1d458', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters::localAtomSetManager()'] │ │ │ │ │ + ['localatomsetmanager_223', ['localatomsetmanager', ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a34afd04735705f6200b8ae831dd1d458', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters::localAtomSetManager()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LocalAtomSetManager.xhtml', 1, 'gmx::LocalAtomSetManager'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['localatomsetmanager_2ecpp_224', ['localatomsetmanager.cpp', ['../tests_2localatomsetmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../localatomsetmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['localatomsetmanager_2eh_225', ['localatomsetmanager.h', ['../localatomsetmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['localcomplexgridsize_226', ['localComplexGridSize', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml#aa89412c89b24d489e7b1e2a7429372ee', 1, 'PmeGpuGridParams']]], │ │ │ │ │ ['localcomplexgridsizepadded_227', ['localComplexGridSizePadded', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml#a94db264056f3f813dd3c2400f2a01583', 1, 'PmeGpuGridParams']]], │ │ │ │ │ @@ -343,20 +343,20 @@ │ │ │ │ │ ['localrealgridsize_234', ['localRealGridSize', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a5dcbdd63f8f51cbe2a32479de9dd53b4', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ │ ['localrealgridsizepadded_235', ['localRealGridSizePadded', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a4f9d4b62a181b53eca290a7a83dfe026', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ │ ['localsettledata_236', ['LocalSettleData', ['../structLocalSettleData.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['localstate_5f_237', ['localState_', ['../classgmx_1_1LocalTopologyChecker_1_1Impl.xhtml#a60706914c73dae1f3b60d4044c9bd89e', 1, 'gmx::LocalTopologyChecker::Impl']]], │ │ │ │ │ ['localstate_5fp_238', ['localState_p', ['../structgmx_1_1SimulatorStateData.xhtml#aee41bc2c165a0237828aeba86ee4bce7', 1, 'gmx::SimulatorStateData']]], │ │ │ │ │ ['localtopology_2ecpp_239', ['localtopology.cpp', ['../localtopology_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['localtopology_2eh_240', ['localtopology.h', ['../localtopology_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['localtopology_5f_241', ['localtopology_', ['../classgmx_1_1LocalTopologyChecker_1_1Impl.xhtml#a427e585878423e446d362865f25bca32', 1, 'gmx::LocalTopologyChecker::Impl::localTopology_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TopologyData.xhtml#a7fa72da6fd216820f6041bfd63464486', 1, 'gmx::TopologyData::localTopology_'] │ │ │ │ │ + ['localtopology_5f_241', ['localtopology_', ['../classgmx_1_1TopologyData.xhtml#a7fa72da6fd216820f6041bfd63464486', 1, 'gmx::TopologyData::localTopology_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LocalTopologyChecker_1_1Impl.xhtml#a427e585878423e446d362865f25bca32', 1, 'gmx::LocalTopologyChecker::Impl::localTopology_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['localtopologychecker_242', ['localtopologychecker', ['../classgmx_1_1LocalTopologyChecker.xhtml#afbf4b761e93e75613df28774bae828b8', 1, 'gmx::LocalTopologyChecker::LocalTopologyChecker(const MDLogger &mdlog, const t_commrec *cr, const gmx_mtop_t &mtop, DDBondedChecking ddBondedChecking, const gmx_localtop_t &localTopology, const t_state &localState, bool useUpdateGroups, ObservablesReducerBuilder *observablesReducerBuilder)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LocalTopologyChecker.xhtml#a410b2198a2fcfc75045ac8c724f676c1', 1, 'gmx::LocalTopologyChecker::LocalTopologyChecker(LocalTopologyChecker &&other) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LocalTopologyChecker.xhtml', 1, 'gmx::LocalTopologyChecker'] │ │ │ │ │ + ['localtopologychecker_242', ['localtopologychecker', ['../classgmx_1_1LocalTopologyChecker.xhtml#a410b2198a2fcfc75045ac8c724f676c1', 1, 'gmx::LocalTopologyChecker::LocalTopologyChecker()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LocalTopologyChecker.xhtml', 1, 'gmx::LocalTopologyChecker'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LocalTopologyChecker.xhtml#afbf4b761e93e75613df28774bae828b8', 1, 'gmx::LocalTopologyChecker::LocalTopologyChecker()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['localtopologychecker_2ecpp_243', ['localtopologychecker.cpp', ['../localtopologychecker_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['localtopologychecker_2eh_244', ['localtopologychecker.h', ['../localtopologychecker_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['localweights_245', ['localWeights', ['../structpull__group__work__t.xhtml#a493a60c48a16568c697d89236dbb062c', 1, 'pull_group_work_t']]], │ │ │ │ │ ['localweightscaling_246', ['localWeightScaling', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#afada61a4e15bafed5aa2a02978e8b55b', 1, 'gmx::BiasParams']]], │ │ │ │ │ ['localweightsum_247', ['localWeightSum', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a42c85c7025b9f88ccfb845042f681817', 1, 'gmx::PointState']]], │ │ │ │ │ ['location_248', ['location', ['../classgmx_1_1SelectionParserValue.xhtml#af55fc99681393cc6c242dff24b87785a', 1, 'gmx::SelectionParserValue::location()'], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_0.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -5,22 +5,22 @@ │ │ │ │ │ ['abstractoption_2eh_3', ['abstractoption.h', ['../abstractoption_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractoptionstorage_2ecpp_4', ['abstractoptionstorage.cpp', ['../abstractoptionstorage_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractoptionstorage_2eh_5', ['abstractoptionstorage.h', ['../abstractoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractsection_2ecpp_6', ['abstractsection.cpp', ['../abstractsection_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractsection_2eh_7', ['abstractsection.h', ['../abstractsection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['accessor_5fpolicy_2ecpp_8', ['accessor_policy.cpp', ['../accessor__policy_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['accessor_5fpolicy_2eh_9', ['accessor_policy.h', ['../accessor__policy_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['alignedallocator_2ecpp_10', ['alignedallocator.cpp', ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['alignedallocator_2ecpp_10', ['alignedallocator.cpp', ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['alignedallocator_2eh_11', ['alignedallocator.h', ['../alignedallocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['alignedallocator_5fimpl_2eh_12', ['alignedallocator_impl.h', ['../alignedallocator__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['allocator_2eh_13', ['allocator.h', ['../allocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['analysisdata_2ecpp_14', ['analysisdata.cpp', ['../analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['analysisdata_2ecpp_14', ['analysisdata.cpp', ['../tests_2analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['analysisdata_2eh_15', ['analysisdata.h', ['../analysisdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['analysismodule_2ecpp_16', ['analysismodule.cpp', ['../analysismodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['analysismodule_2eh_17', ['analysismodule.h', ['../api_2legacy_2include_2gromacs_2trajectoryanalysis_2analysismodule_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../src_2gromacs_2energyanalysis_2analysismodule_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['analysissettings_2ecpp_18', ['analysissettings.cpp', ['../analysissettings_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_1.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -38,16 +38,16 @@ │ │ │ │ │ ['../tests_2booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['booltype_2eh_32', ['booltype.h', ['../booltype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bootstrap_5floadstore_2ecpp_33', ['bootstrap_loadstore.cpp', ['../bootstrap__loadstore_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['boundingboxes_2eh_34', ['boundingboxes.h', ['../boundingboxes_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['box_2ecpp_35', ['box.cpp', ['../box_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['box_2eh_36', ['box.h', ['../box_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['boxdeformation_2ecpp_37', ['boxdeformation.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2boxdeformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../gromacs_2mdlib_2boxdeformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['boxdeformation_2ecpp_37', ['boxdeformation.cpp', ['../gromacs_2mdlib_2boxdeformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../programs_2mdrun_2tests_2boxdeformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['boxdeformation_2eh_38', ['boxdeformation.h', ['../boxdeformation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['boxmatrix_2ecpp_39', ['boxmatrix.cpp', ['../boxmatrix_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['boxmatrix_2eh_40', ['boxmatrix.h', ['../boxmatrix_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['boxutilities_2ecpp_41', ['boxutilities.cpp', ['../boxutilities_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['broadcaststructs_2eh_42', ['broadcaststructs.h', ['../broadcaststructs_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['builder_2ecpp_43', ['builder.cpp', ['../builder_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_10.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -15,30 +15,30 @@ │ │ │ │ │ ['refdata_5fcheckers_2eh_11', ['refdata_checkers.h', ['../refdata__checkers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['refdata_5fimpl_2eh_12', ['refdata_impl.h', ['../refdata__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['refdata_5ftests_2ecpp_13', ['refdata_tests.cpp', ['../refdata__tests_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['refdata_5fxml_2ecpp_14', ['refdata_xml.cpp', ['../refdata__xml_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['refdata_5fxml_2eh_15', ['refdata_xml.h', ['../refdata__xml_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['referencetemperaturemanager_2ecpp_16', ['referencetemperaturemanager.cpp', ['../referencetemperaturemanager_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['referencetemperaturemanager_2eh_17', ['referencetemperaturemanager.h', ['../referencetemperaturemanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['register_2ecpp_18', ['register.cpp', ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['register_2ecpp_18', ['register.cpp', ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['register_2eh_19', ['register.h', ['../register_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['repeatingsection_2ecpp_20', ['repeatingsection.cpp', ['../repeatingsection_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['repeatingsection_2eh_21', ['repeatingsection.h', ['../repeatingsection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['replicaexchange_2ecpp_22', ['replicaexchange.cpp', ['../gromacs_2mdrun_2replicaexchange_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../programs_2mdrun_2tests_2replicaexchange_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['replicaexchange_2eh_23', ['replicaexchange.h', ['../replicaexchange_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['replicaexchange_5fequivalence_2ecpp_24', ['replicaexchange_equivalence.cpp', ['../replicaexchange__equivalence_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['report_5fmethods_2ecpp_25', ['report_methods.cpp', ['../tests_2report__methods_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['reportgpuusage_2ecpp_26', ['reportgpuusage.cpp', ['../reportgpuusage_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['reportgpuusage_2eh_27', ['reportgpuusage.h', ['../reportgpuusage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['requirements_2ecpp_28', ['requirements.cpp', ['../tests_2requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['requirements_2ecpp_28', ['requirements.cpp', ['../requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['requirements_2eh_29', ['requirements.h', ['../requirements_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2requirements_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rerun_2ecpp_30', ['rerun.cpp', ['../gromacs_2mdrun_2rerun_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../programs_2mdrun_2tests_2rerun_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_11.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -62,16 +62,16 @@ │ │ │ │ │ ['setbothtime_2ecpp_48', ['setbothtime.cpp', ['../setbothtime_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setbox_2eh_49', ['setbox.h', ['../setbox_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setenv_2eh_50', ['setenv.h', ['../setenv_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setforces_2ecpp_51', ['setforces.cpp', ['../setforces_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setforces_2eh_52', ['setforces.h', ['../setforces_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setprecision_2ecpp_53', ['setprecision.cpp', ['../setprecision_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setprecision_2eh_54', ['setprecision.h', ['../setprecision_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['setstarttime_2ecpp_55', ['setstarttime.cpp', ['../outputadapters_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['setstarttime_2ecpp_55', ['setstarttime.cpp', ['../tests_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../outputadapters_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setstarttime_2eh_56', ['setstarttime.h', ['../setstarttime_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settimestep_2ecpp_57', ['settimestep.cpp', ['../outputadapters_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['settimestep_2eh_58', ['settimestep.h', ['../settimestep_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_2ecpp_59', ['settle.cpp', ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ @@ -91,16 +91,16 @@ │ │ │ │ │ ['setvelocities_2eh_71', ['setvelocities.h', ['../setvelocities_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shake_2ecpp_72', ['shake.cpp', ['../shake_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shake_2eh_73', ['shake.h', ['../shake_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shellcompletions_2ecpp_74', ['shellcompletions.cpp', ['../shellcompletions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shellcompletions_2eh_75', ['shellcompletions.h', ['../shellcompletions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['signallers_2ecpp_76', ['signallers.cpp', ['../signallers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['signallers_2eh_77', ['signallers.h', ['../signallers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['simd_2eh_78', ['simd.h', ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['simd_2eh_78', ['simd.h', ['../tests_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simd4_2eh_79', ['simd4.h', ['../simd4_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fkernel_2eh_80', ['simd_kernel.h', ['../simd__kernel_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fload_5fstore_5ffunctions_2eh_81', ['simd_load_store_functions.h', ['../simd__load__store__functions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fmath_2eh_82', ['simd_math.h', ['../simd__math_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fmemory_2ecpp_83', ['simd_memory.cpp', ['../simd__memory_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fmemory_2eh_84', ['simd_memory.h', ['../simd__memory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_13.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -20,12 +20,12 @@ │ │ │ │ │ ['../usergpuids_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['usergpuids_2eh_18', ['usergpuids.h', ['../usergpuids_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['utilities_2eh_19', ['utilities.h', ['../src_2gromacs_2mimic_2utilities_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../src_2gromacs_2listed__forces_2utilities_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['utility_2ecpp_20', ['utility.cpp', ['../utility_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['utility_2eh_21', ['utility.h', ['../utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['utility_2eh_21', ['utility.h', ['../compat_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../domdec_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../compat_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['../utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]] │ │ │ │ │ ]; │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_2.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -47,16 +47,16 @@ │ │ │ │ │ ['../tests_2cmdlineparser_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlineparser_2eh_35', ['cmdlineparser.h', ['../cmdlineparser_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlineprogramcontext_2ecpp_36', ['cmdlineprogramcontext.cpp', ['../cmdlineprogramcontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2cmdlineprogramcontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlineprogramcontext_2eh_37', ['cmdlineprogramcontext.h', ['../cmdlineprogramcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['cmdlinerunner_2ecpp_38', ['cmdlinerunner.cpp', ['../tests_2cmdlinerunner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../cmdlinerunner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cmdlinerunner_2ecpp_38', ['cmdlinerunner.cpp', ['../cmdlinerunner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2cmdlinerunner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlinerunner_2eh_39', ['cmdlinerunner.h', ['../cmdlinerunner_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinetest_2ecpp_40', ['cmdlinetest.cpp', ['../cmdlinetest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinetest_2eh_41', ['cmdlinetest.h', ['../cmdlinetest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['collect_2eh_42', ['collect.h', ['../collect_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarproxy_5fgromacs_5fversion_2eh_43', ['colvarproxy_gromacs_version.h', ['../colvarproxy__gromacs__version_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarproxygromacs_2ecpp_44', ['colvarproxygromacs.cpp', ['../colvarproxygromacs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -106,16 +106,16 @@ │ │ │ │ │ ['constraintelement_2eh_78', ['constraintelement.h', ['../constraintelement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestdata_2ecpp_79', ['constrtestdata.cpp', ['../constrtestdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestdata_2eh_80', ['constrtestdata.h', ['../constrtestdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestrunners_2ecpp_81', ['constrtestrunners.cpp', ['../constrtestrunners_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestrunners_2eh_82', ['constrtestrunners.h', ['../constrtestrunners_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestrunners_5fgpu_2ecpp_83', ['constrtestrunners_gpu.cpp', ['../constrtestrunners__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['convert_2dtpr_2ecpp_84', ['convert-tpr.cpp', ['../convert-tpr_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['convert_5ftrj_2ecpp_85', ['convert_trj.cpp', ['../modules_2convert__trj_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2convert__trj_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['convert_5ftrj_2ecpp_85', ['convert_trj.cpp', ['../tests_2convert__trj_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../modules_2convert__trj_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['convert_5ftrj_2eh_86', ['convert_trj.h', ['../convert__trj_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['coolstuff_2ecpp_87', ['coolstuff.cpp', ['../coolstuff_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['coolstuff_2eh_88', ['coolstuff.h', ['../coolstuff_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['coordinate_5ftest_2eh_89', ['coordinate_test.h', ['../coordinate__test_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['coordinatefile_2ecpp_90', ['coordinatefile.cpp', ['../coordinatefile_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['coordinatefile_2eh_91', ['coordinatefile.h', ['../coordinatefile_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_3.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -23,29 +23,29 @@ │ │ │ │ │ ['densityfit_2ecpp_21', ['densityfit.cpp', ['../densityfit_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2densityfit_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfit_2eh_22', ['densityfit.h', ['../densityfit_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfitting_2ecpp_23', ['densityfitting.cpp', ['../densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['densityfittingamplitudelookup_2ecpp_24', ['densityfittingamplitudelookup.cpp', ['../tests_2densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['densityfittingamplitudelookup_2ecpp_24', ['densityfittingamplitudelookup.cpp', ['../densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingamplitudelookup_2eh_25', ['densityfittingamplitudelookup.h', ['../densityfittingamplitudelookup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['densityfittingforce_2ecpp_26', ['densityfittingforce.cpp', ['../densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['densityfittingforce_2ecpp_26', ['densityfittingforce.cpp', ['../tests_2densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingforce_2eh_27', ['densityfittingforce.h', ['../densityfittingforce_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['densityfittingforceprovider_2ecpp_28', ['densityfittingforceprovider.cpp', ['../tests_2densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['densityfittingforceprovider_2ecpp_28', ['densityfittingforceprovider.cpp', ['../densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingforceprovider_2eh_29', ['densityfittingforceprovider.h', ['../densityfittingforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingmodule_2ecpp_30', ['densityfittingmodule.cpp', ['../densityfittingmodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['densityfittingoptions_2ecpp_31', ['densityfittingoptions.cpp', ['../densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['densityfittingoptions_2ecpp_31', ['densityfittingoptions.cpp', ['../tests_2densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingoptions_2eh_32', ['densityfittingoptions.h', ['../densityfittingoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingoutputprovider_2ecpp_33', ['densityfittingoutputprovider.cpp', ['../densityfittingoutputprovider_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingoutputprovider_2eh_34', ['densityfittingoutputprovider.h', ['../densityfittingoutputprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingparameters_2eh_35', ['densityfittingparameters.h', ['../densityfittingparameters_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5favailability_2ecpp_36', ['device_availability.cpp', ['../device__availability_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fbuffer_2ecpp_37', ['device_buffer.cpp', ['../device__buffer_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -112,17 +112,17 @@ │ │ │ │ │ ['domdec_5fspecatomcomm_2ecpp_92', ['domdec_specatomcomm.cpp', ['../domdec__specatomcomm_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['domdec_5fspecatomcomm_2eh_93', ['domdec_specatomcomm.h', ['../domdec__specatomcomm_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['domdec_5fstruct_2eh_94', ['domdec_struct.h', ['../domdec__struct_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['domdec_5fvsite_2ecpp_95', ['domdec_vsite.cpp', ['../domdec__vsite_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['domdec_5fvsite_2eh_96', ['domdec_vsite.h', ['../domdec__vsite_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['domdechelper_2ecpp_97', ['domdechelper.cpp', ['../domdechelper_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['domdechelper_2eh_98', ['domdechelper.h', ['../domdechelper_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['dssp_2ecpp_99', ['dssp.cpp', ['../modules_2dssp_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2dssp_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['dssp_2ecpp_99', ['dssp.cpp', ['../tests_2dssp_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../modules_2dssp_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dssp_2eh_100', ['dssp.h', ['../dssp_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['dump_2ecpp_101', ['dump.cpp', ['../domdec_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['dump_2ecpp_101', ['dump.cpp', ['../tools_2tests_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tools_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tools_2tests_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['../domdec_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['dump_2eh_102', ['dump.h', ['../domdec_2dump_8h.xhtml', 1, '']]] │ │ │ │ │ ]; │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_7.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -19,16 +19,16 @@ │ │ │ │ │ ['helpformat_2eh_11', ['helpformat.h', ['../helpformat_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['helpmanager_2ecpp_12', ['helpmanager.cpp', ['../helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['helpmanager_2eh_13', ['helpmanager.h', ['../helpmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['helptopic_2ecpp_14', ['helptopic.cpp', ['../helptopic_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['helptopic_2eh_15', ['helptopic.h', ['../helptopic_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['helpwritercontext_2ecpp_16', ['helpwritercontext.cpp', ['../helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['helpwritercontext_2ecpp_16', ['helpwritercontext.cpp', ['../tests_2helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['helpwritercontext_2eh_17', ['helpwritercontext.h', ['../helpwritercontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['helpwriting_2ecpp_18', ['helpwriting.cpp', ['../gromacs_2tools_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../programs_2mdrun_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['histogram_2ecpp_19', ['histogram.cpp', ['../tests_2histogram_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../modules_2histogram_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_e.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -29,27 +29,27 @@ │ │ │ │ │ ['parrinellorahmanbarostat_2ecpp_23', ['parrinellorahmanbarostat.cpp', ['../parrinellorahmanbarostat_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parrinellorahmanbarostat_2eh_24', ['parrinellorahmanbarostat.h', ['../parrinellorahmanbarostat_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parser_5finternal_2eh_25', ['parser_internal.h', ['../parser__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parsetree_2ecpp_26', ['parsetree.cpp', ['../parsetree_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parsetree_2eh_27', ['parsetree.h', ['../parsetree_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['partition_2ecpp_28', ['partition.cpp', ['../partition_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['partition_2eh_29', ['partition.h', ['../partition_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['path_2ecpp_30', ['path.cpp', ['../path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['path_2ecpp_30', ['path.cpp', ['../tests_2path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['path_2eh_31', ['path.h', ['../path_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pbc_2ecpp_32', ['pbc.cpp', ['../pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pbc_2ecpp_32', ['pbc.cpp', ['../tests_2pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pbc_5faiuc_2eh_33', ['pbc_aiuc.h', ['../pbc__aiuc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pbc_5faiuc_5fsycl_2eh_34', ['pbc_aiuc_sycl.h', ['../pbc__aiuc__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pbc_5fsimd_2ecpp_35', ['pbc_simd.cpp', ['../pbc__simd_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pbc_5fsimd_2eh_36', ['pbc_simd.h', ['../pbc__simd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pbcenums_2ecpp_37', ['pbcenums.cpp', ['../pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pbcenums_2ecpp_37', ['pbcenums.cpp', ['../tests_2pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pbcenums_2eh_38', ['pbcenums.h', ['../pbcenums_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pdb2gmx_2ecpp_39', ['pdb2gmx.cpp', ['../tests_2pdb2gmx_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_2ecpp_40', ['periodicactions.cpp', ['../periodicactions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_2eh_41', ['periodicactions.h', ['../periodicactions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_5fbasic_2ecpp_42', ['periodicactions_basic.cpp', ['../periodicactions__basic_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_5fconstraints_2ecpp_43', ['periodicactions_constraints.cpp', ['../periodicactions__constraints_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -130,16 +130,16 @@ │ │ │ │ │ ['pmetestcommon_2eh_116', ['pmetestcommon.h', ['../pmetestcommon_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointers_2ecpp_117', ['pointers.cpp', ['../pointers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointers_2eh_118', ['pointers.h', ['../pointers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointstate_2ecpp_119', ['pointstate.cpp', ['../pointstate_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointstate_2eh_120', ['pointstate.h', ['../pointstate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['polynomials_2ecpp_121', ['polynomials.cpp', ['../polynomials_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['polynomials_2eh_122', ['polynomials.h', ['../polynomials_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['poscalc_2ecpp_123', ['poscalc.cpp', ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['poscalc_2ecpp_123', ['poscalc.cpp', ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['poscalc_2eh_124', ['poscalc.h', ['../poscalc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_2ecpp_125', ['position.cpp', ['../position_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_2eh_126', ['position.h', ['../position_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_5frestraints_2ecpp_127', ['position_restraints.cpp', ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_f.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -12,15 +12,15 @@ │ │ │ │ │ ['../tests_2qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmminputgenerator_2eh_6', ['qmmminputgenerator.h', ['../qmmminputgenerator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmoptions_2ecpp_7', ['qmmmoptions.cpp', ['../qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmmoptions_2eh_8', ['qmmmoptions.h', ['../qmmmoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['qmmmtopologypreprocessor_2ecpp_9', ['qmmmtopologypreprocessor.cpp', ['../qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['qmmmtopologypreprocessor_2ecpp_9', ['qmmmtopologypreprocessor.cpp', ['../tests_2qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmmtopologypreprocessor_2eh_10', ['qmmmtopologypreprocessor.h', ['../qmmmtopologypreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmtypes_2eh_11', ['qmmmtypes.h', ['../qmmmtypes_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['quadraticsplinetable_2ecpp_12', ['quadraticsplinetable.cpp', ['../quadraticsplinetable_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['quadraticsplinetable_2eh_13', ['quadraticsplinetable.h', ['../quadraticsplinetable_8h.xhtml', 1, '']]] │ │ │ │ │ ]; │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/todo.xhtml │ │ │ │ @@ -154,15 +154,15 @@ │ │ │ │
One of the major bottlenecks for selection performance is that all the evaluation is carried out for atoms. There are several cases when the evaluation could be done for residues or molecules instead, including keywords that select by residue and cases where residue centers are used as reference positions. Implementing this would require a mechanism for recognizing whether something can be evaluated by residue/molecule instead by atom, and converting selections by residue/molecule into selections by atom when necessary.
│ │ │ │
File exactcontinuation.cpp
│ │ │ │
Extend the coverage to the appending case.
│ │ │ │
File expanded.cpp
│ │ │ │
Add more tests as the expanded ensemble implementation gets more modular (#3848).
│ │ │ │
Member findDevices ()
│ │ │ │
: Check if errors do propagate in OpenCL as they do in CUDA and whether there is a mechanism to "clear" them.
│ │ │ │ -
Member fit_acf (int ncorr, int fitfn, const gmx_output_env_t *oenv, gmx_bool bVerbose, real tbeginfit, real tendfit, real dt, real c1[], real *fit)
│ │ │ │ +
Member fit_acf (int ncorr, int fitfn, const gmx_output_env_t *oenv, gmx_bool bVerbose, real tbeginfit, real tendfit, real dt, real c1[], real *fit)
│ │ │ │
check parameters
│ │ │ │
Member ftype_is_bonded_potential (int ftype)
│ │ │ │
This function could go away when idef is not a big bucket of everything.
│ │ │ │
Member getDeviceComputeUnitFactor (const DeviceInformation &deviceInfo)
│ │ │ │
: Handled AMD RDNA?
│ │ │ │
Class gmx::AbstractAnalysisArrayData
│ │ │ │
Add support for multiple data sets.
│ │ │ │ @@ -475,15 +475,15 @@ │ │ │ │

Eventually t_trxframe should be replaced by a class such as this. Currently we need to introduce BoxMatrix so that we can have a normal C++ getter that returns the contents of a box matrix, since you cannot use a real[DIM][DIM] as a function return type.

│ │ │ │

Consider a std::optional work-alike type for expressing that a field may or may not have content.

│ │ │ │
│ │ │ │
Struct gmx_hw_opt_t
│ │ │ │
During mdrunner(), if the user has left any of these values at their defaults (which tends to mean "choose automatically"), then those values are over-written with the result of such automation. This creates problems for the subsequent code in knowing what was done, why, and reporting correctly to the user. Find a way to improve this.
│ │ │ │
Struct gmx_multisim_t
│ │ │ │
Change this to class
│ │ │ │ -
Member gmx_pme_init (const t_commrec *cr, const NumPmeDomains &numPmeDomains, const t_inputrec *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, PmeGpu *pmeGpu, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const gmx::MDLogger &mdlog)
│ │ │ │ +
Member gmx_pme_init (const t_commrec *cr, const NumPmeDomains &numPmeDomains, const t_inputrec *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, PmeGpu *pmeGpu, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const gmx::MDLogger &mdlog)
│ │ │ │
We should evolve something like a GpuManager that holds DeviceInformation* and PmeGpuProgram* and perhaps other related things whose lifetime can/should exceed that of a task (or perhaps task manager). See Issue #2522.
│ │ │ │
Member GMX_UNUSED_VALUE (value)
│ │ │ │
Deprecated - use gmx_unused
│ │ │ │
File grompp.cpp
│ │ │ │
Refactor SimulationRunner to split off SimulationPreparer, so that integration tests of grompp can stand apart from tests of mdrun.
│ │ │ │
File haloexchange_mpi.cpp
│ │ │ │
Add 3D case
│ │ │ │ @@ -563,15 +563,15 @@ │ │ │ │
Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: – PmeGpuSettings -> PmeGpuTasks
│ │ │ │
File pme_gpu_staging.h
│ │ │ │
Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: – bringing the function names up to guidelines – PmeGpuSettings -> PmeGpuTasks – refining GPU notation application (#2053) – renaming coefficients to charges (?)
│ │ │ │
Member pme_gpu_task_enabled (const gmx_pme_t *pme)
│ │ │ │
This is a rather static data that should be managed by the hardware assignment manager. For now, it is synonymous with the active PME codepath (in the absence of dynamic switching).
│ │ │ │
File pme_gpu_types_host.h
│ │ │ │
Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: – bringing the function names up to guidelines – PmeGpuSettings -> PmeGpuTasks – refining GPU notation application (#2053) – renaming coefficients to charges (?)
│ │ │ │ -
Member pme_run_mode (const gmx_pme_t *pme)
│ │ │ │ +
Member pme_run_mode (const gmx_pme_t *pme)
│ │ │ │
This is a rather static data that should be managed by the higher level task scheduler.
│ │ │ │
Member PmeGpu::kernelParams
│ │ │ │
Test whether this should be copied to the constant GPU memory once for each computation (or even less often with no box updates) instead of being an argument.
│ │ │ │
Struct PmeGpuProgramImpl
│ │ │ │
In future if we would need to react to either user input or auto-tuning to compile different kernels, then we might wish to revisit the number of kernels we pre-compile, and/or the management of their lifetime.
│ │ │ │
Member PmeRunMode
│ │ │ │
: make this enum class with gmx_pme_t C++ refactoring
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/search/all_15.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -549,16 +549,16 @@ │ │ │ │ │ ['simd_20preprocessor_20macros_352', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_2eh_353', ['simd.h', ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd4_20implementation_354', ['SIMD4 implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md64', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd4bool_355', ['Simd4Bool', ['../namespacegmx.xhtml#acb6a84be080be397c2c09cda9f315037', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simd4dbool_356', ['simd4dbool', ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml#a428de6b27a42a06dd0fd632660b3ae9d', 1, 'gmx::Simd4DBool::Simd4DBool()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4DBool'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['simd4double_357', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'] │ │ │ │ │ + ['simd4double_357', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simd4fbool_358', ['simd4fbool', ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml#ad64754cbb774d9cab1ed08c49a6e28bc', 1, 'gmx::Simd4FBool::Simd4FBool()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4FBool'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simd4float_359', ['simd4float', ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml#a4d61d22b9955c0f6fa78804562704cbe', 1, 'gmx::Simd4Float::Simd4Float()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Float'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/search/all_17.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -20,29 +20,29 @@ │ │ │ │ │ ['unique_5fcptr_2eh_12', ['unique_cptr.h', ['../unique__cptr_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unit_13', ['unit', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#aef5ad0000c2fbbc74c57f0b5e0ddb409', 1, 'gmx::EnergyTerm']]], │ │ │ │ │ ['unitcelliscompact_14', ['UnitCellIsCompact', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9ad4d785ddf0c77e7b697efd2b5ec376e1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcellisrectangular_15', ['UnitCellIsRectangular', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a8e7bda81ce54b8cf90c3b856c83e7d9f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcellistriclinic_16', ['UnitCellIsTriclinic', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a99285c8187fb87e756f127435045dc3f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltype_17', ['UnitCellType', ['../namespacegmx.xhtml#af897bff42be729e6eaf3c4dc6e199722', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltypenames_18', ['unitCellTypeNames', ['../namespacegmx.xhtml#ae81efb97e81499b750d906d26a29ce18', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['unitvector_19', ['unitvector', ['../namespacegmx.xhtml#a5bc71ede59923e4d25b11a995139970a', 1, 'gmx::unitVector()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a4e7218ba6cbb3bc735e31a43597ec7a9', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'] │ │ │ │ │ + ['unitvector_19', ['unitvector', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a4e7218ba6cbb3bc735e31a43597ec7a9', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a5bc71ede59923e4d25b11a995139970a', 1, 'gmx::unitVector(const VectorType &v)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unity_20', ['Unity', ['../namespacegmx.xhtml#ab0ad78613a262a1d4fcce5d18525099fa82dd98f1d663acc318e6a8ec4ab69b7a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['unknown_21', ['unknown', ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown'], │ │ │ │ │ + ['unknown_21', ['unknown', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::CpuInfo::Unknown'], │ │ │ │ │ ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508ca88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'Unknown: device_information.h'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::CpuInfo::Unknown'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unpackrecvbufkernel_22', ['unpackRecvBufKernel', ['../namespacegmx.xhtml#a704128fa72f8ce7dcf08d0063a166036', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedarrayref_23', ['unpaddedArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ad5b878ca7749f5b8f52e006269fbfc2f', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedconstarrayref_24', ['unpaddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a2c3f73497c6bc71264ae1af84b6522ae', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['unset_25', ['Unset', ['../md__enums_8h.xhtml#a1df3eedfba9424ae3e518284a453d95cac9f88e098f6fe4e4e112eeb05ccb9671', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ - ['update_26', ['update', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#afcb4065ad13efba2d3aa9b5225125e6f', 1, 'gmx::Update::Update()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#a6bc44212f005dbc7a03acf9a76b1074d', 1, 'gmx::IRestraintPotential::update()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Update.xhtml', 1, 'gmx::Update'] │ │ │ │ │ + ['update_26', ['update', ['../classgmx_1_1Update.xhtml', 1, 'gmx::Update'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Update.xhtml#afcb4065ad13efba2d3aa9b5225125e6f', 1, 'gmx::Update::Update()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#a6bc44212f005dbc7a03acf9a76b1074d', 1, 'gmx::IRestraintPotential::update()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['update_5fconstrain_5fgpu_2eh_27', ['update_constrain_gpu.h', ['../update__constrain__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['update_5fcoords_28', ['update_coords', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#a07bb5e84363cbcb95a10bc97647526e9', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ │ ['update_5fdisres_5fhistory_29', ['update_disres_history', ['../disre_8h.xhtml#a80a6326aadca6d0b6f6f4753e63648e7', 1, 'disre.cpp']]], │ │ │ │ │ ['update_5ffor_5fconstraint_5fvirial_30', ['update_for_constraint_virial', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#acbd679269aa6945d6922c029770e8a84', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ │ ['update_5fsd_5fsecond_5fhalf_31', ['update_sd_second_half', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#ab0206e61c30553bd8aa268891c466509', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ │ ['update_5ftemperature_5fconstants_32', ['update_temperature_constants', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#afa5d8919006df7093a2224fbc2f9fd4c', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ │ @@ -129,11 +129,11 @@ │ │ │ │ │ ['utilities_104', ['Integration test utilities', ['../group__module__mdrun__integration__tests.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['utilities_20testutils_105', ['Testing Utilities (testutils)', ['../group__module__testutils.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['utilities_20utility_106', ['Low-Level Utilities (utility)', ['../group__module__utility.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['utilities_2eh_107', ['utilities.h', ['../src_2gromacs_2mimic_2utilities_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['utility_108', ['Low-Level Utilities (utility)', ['../group__module__utility.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['utility_20functionality_109', ['Implementation of mdrun utility functionality', ['../group__module__mdrunutility.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['utility_20modules_110', ['Utility Modules', ['../group__group__utilitymodules.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['utility_2eh_111', ['utility.h', ['../compat_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['utility_2eh_111', ['utility.h', ['../utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../compat_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]] │ │ │ │ │ ]; │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_11.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -245,31 +245,31 @@ │ │ │ │ │ ['orientationstimeandensembleavbuffer_103', ['orientationsTimeAndEnsembleAvBuffer', ['../structt__oriresdata.xhtml#a9ca5caaf9f175ebf180358fffc6972db', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['other_104', ['Other', ['../namespacegmx.xhtml#a73202d646d57bcc963d8afd5a16015f0a6311ae17c1ee52b36e68aaf4ad066387', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['output_105', ['output', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md26', 1, 'Coordinate data output'], │ │ │ │ │ ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md11', 1, 'Output'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['output_20data_20analysisdata_106', ['Parallelizable Handling of Output Data (analysisdata)', ['../group__module__analysisdata.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['output_20data_20handling_107', ['output data handling', ['../page_analysisdata.xhtml', 1, 'Analysis output data handling'], │ │ │ │ │ - ['../page_energyanalysisframework.xhtml#autotoc_md15', 1, 'Output data handling'], │ │ │ │ │ - ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md25', 1, 'Output data handling'] │ │ │ │ │ + ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md25', 1, 'Output data handling'], │ │ │ │ │ + ['../page_energyanalysisframework.xhtml#autotoc_md15', 1, 'Output data handling'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputadaptercontainer_2eh_108', ['outputadaptercontainer.h', ['../outputadaptercontainer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['outputadapterpointer_109', ['OutputAdapterPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a931d7c3f10f668b68f3307c9a23aac82', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['outputadapters_2eh_110', ['outputadapters.h', ['../tests_2outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['outputadapters_2eh_110', ['outputadapters.h', ['../outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputenv_5f_111', ['outputEnv_', ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml#aa1aa20355975f59f3a92ff3e3b6926e3', 1, 'gmx::SimulatorEnv']]], │ │ │ │ │ - ['outputfile_112', ['outputfile', ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a80e635f1f2b0eac13821b49a09a16936', 1, 'gmx::FileNameOption::outputFile()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryFileOpener.xhtml#a95a59e0ec86cab7744c655097d17b211', 1, 'gmx::TrajectoryFileOpener::outputFile()'] │ │ │ │ │ + ['outputfile_112', ['outputfile', ['../classgmx_1_1TrajectoryFileOpener.xhtml#a95a59e0ec86cab7744c655097d17b211', 1, 'gmx::TrajectoryFileOpener::outputFile()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a80e635f1f2b0eac13821b49a09a16936', 1, 'gmx::FileNameOption::outputFile()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputrequirementoptiondirector_113', ['OutputRequirementOptionDirector', ['../classgmx_1_1OutputRequirementOptionDirector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['outputrequirements_114', ['OutputRequirements', ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['outputselector_115', ['outputselector', ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml', 1, 'gmx::OutputSelector'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#af79a9c1cb189a56a816f564b2ab506d6', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(OutputSelector &&old) noexcept=default'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#adfdcfbbeb5cbf85a8ec3cd2c0c92ab69', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(const Selection &sel)'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#adfdcfbbeb5cbf85a8ec3cd2c0c92ab69', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(const Selection &sel)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#af79a9c1cb189a56a816f564b2ab506d6', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(OutputSelector &&old) noexcept=default'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputselector_2eh_116', ['outputselector.h', ['../outputselector_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['outputselectorpointer_117', ['OutputSelectorPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a139b5367368caa9a3189d367ecb2ba36', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['over_20mpi_118', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['over_5falloc_5fdd_119', ['over_alloc_dd', ['../smalloc_8h.xhtml#af1533c63c1d40c5bb9bfaaa6d898369a', 1, 'smalloc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['over_5falloc_5ffac_120', ['OVER_ALLOC_FAC', ['../smalloc_8h.xhtml#a49ab20d4d965f7279f9f90dd5300ef46', 1, 'smalloc.h']]], │ │ │ │ │ ['over_5falloc_5flarge_121', ['over_alloc_large', ['../smalloc_8h.xhtml#af01b4882f613834c3da2433b37ed5753', 1, 'smalloc.h']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/index.xml.gz │ │ │ │ ├── index.xml │ │ │ │ │ ├── index.xml │ │ │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ │ │ @@ -72359,19 +72359,19 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ main │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ abstractdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - arraydata.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + analysisdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - arraydata.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + analysisdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dataframe.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ datamodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -72407,19 +72407,19 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ plot.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ paralleloptions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - analysisdata.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + arraydata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - analysisdata.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + arraydata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ average.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ average.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -72617,14 +72617,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfitting.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingamplitudelookup.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingforceprovider.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingoptions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -72647,29 +72653,35 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingamplitudelookup.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingamplitudelookup.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingoptions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingoptions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + electricfield.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + electricfield.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ electricfield.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + qmmm.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + qmmm.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmm.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -72689,20 +72701,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmtopologypreprocessor.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmtypes.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - qmmm.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - qmmm.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmminputgenerator.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmminputgenerator.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -72713,20 +72719,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmtopologypreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmtopologypreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - electricfield.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - electricfield.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpcontext.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpcontext.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -72734,20 +72734,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpmodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpmodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlinehelpwriter.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlinehelpwriter.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpwriter.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlineinit.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_run_cmain │ │ │ │ │ │ @@ -72779,17 +72773,35 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlineoptionsmodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlineoptionsmodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlineparser.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlineparser.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlineparser.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlineprogramcontext.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlineprogramcontext.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + EXECUTABLE_EXTENSION │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + TEST_SYMLINKS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlineprogramcontext.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filenm.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ffSET │ │ │ │ │ │ @@ -72950,38 +72962,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ shellcompletions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ shellcompletions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlinehelpwriter.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlinehelpwriter.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodulemanagertest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodulemanagertest.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlineparser.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlineparser.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlineprogramcontext.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlineprogramcontext.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - EXECUTABLE_EXTENSION │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - TEST_SYMLINKS │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filenm.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ IS_SET │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ IS_OPT │ │ │ │ │ │ @@ -73118,38 +73118,44 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ coordinatefileenums.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ frameconverterenums.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + register.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + register.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ register.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ iframeconverter.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ioutputadapter.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ outputadaptercontainer.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - outputadapters.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - outputadapters.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ outputselector.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ outputselector.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setatoms.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setatoms.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setatoms.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setbox.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -73160,32 +73166,38 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setprecision.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setprecision.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setstarttime.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setstarttime.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setstarttime.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + settimestep.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + settimestep.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settimestep.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setvelocities.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setvelocities.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - requirements.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - requirements.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ builder.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ coordinate_test.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -73196,119 +73208,41 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ outputadaptercontainer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ outputadapters.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - register.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + outputadapters.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - register.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + outputadapters.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + requirements.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + requirements.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ requirements.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ requirements.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setatoms.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setatoms.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setbothtime.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setstarttime.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setstarttime.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - settimestep.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - settimestep.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ testmodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ testmodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - autocorr.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - MODE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enNorm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enCos │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enSin │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bACFinit │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - acf │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Leg │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - low_do_four_core │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_ac_core │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - normalize_acf │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - average_acf │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - norm_and_scale_vectors │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump_tmp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_four_core │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - low_do_autocorr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_acf_pargs │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_autocorr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_acfnout │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_acffitfn │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - autocorr.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ autocorr.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eacNormal │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eacCos │ │ │ │ │ │ @@ -73376,14 +73310,98 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cross_corr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ many_cross_corr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + expfit.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nfp_ffn │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + s_ffn │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + longs_ffn │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + lmcurves │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + effnNparams │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + effnDescription │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sffn2effn │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + myexp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + lmc_erffit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + safe_exp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + safe_expm1 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + lmc_exp_one_parm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + lmc_exp_two_parm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + lmc_exp_exp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + lmc_exp_5_parm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + lmc_exp_7_parm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + lmc_exp_9_parm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + lmc_pres_6_parm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + lmc_vac_2_parm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + lmc_errest_3_parm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + fit_function │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + initiate_fit_params │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + extract_fit_params │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + print_chi2_params │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_lmfit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + fit_acf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + expfit.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ expfit.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ effnNONE │ │ │ │ │ │ @@ -73475,14 +73493,23 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ print_and_integrate │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ evaluate_integral │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + manyautocorrelation.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + many_auto_correl │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + manyautocorrelation.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ manyautocorrelation.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ many_auto_correl │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -73493,112 +73520,85 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ polynomials.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ LegendreP │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - correlationdataset.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - correlationdataset.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - expfit.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nfp_ffn │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - s_ffn │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - longs_ffn │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - lmcurves │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - effnNparams │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - effnDescription │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sffn2effn │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + autocorr.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + MODE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - myexp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - lmc_erffit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enNorm │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - safe_exp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enCos │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - safe_expm1 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enSin │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - lmc_exp_one_parm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bACFinit │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - lmc_exp_two_parm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + acf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - lmc_exp_exp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Leg │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - lmc_exp_5_parm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + low_do_four_core │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - lmc_exp_7_parm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_ac_core │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - lmc_exp_9_parm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + normalize_acf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - lmc_pres_6_parm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + average_acf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - lmc_vac_2_parm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + norm_and_scale_vectors │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - lmc_errest_3_parm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump_tmp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - fit_function │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_four_core │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - initiate_fit_params │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + low_do_autocorr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - extract_fit_params │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_acf_pargs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - print_chi2_params │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_autocorr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_lmfit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_acfnout │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - fit_acf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_acffitfn │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - expfit.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + autocorr.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - manyautocorrelation.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - many_auto_correl │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + correlationdataset.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - manyautocorrelation.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + correlationdataset.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ atomdistribution.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ numRanks │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -74564,41 +74564,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dd_make_local_vsites │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ init_domdec_vsites │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_dd_grid_pdb │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_dd_pdb │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_dd_grid_pdb │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_dd_pdb │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ga2la.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ directListIsFaster │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -74636,14 +74609,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ localatomsetdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ localatomsetdata.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + localatomsetmanager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + localatomsetmanager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ localatomsetmanager.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ localtopology.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ atomInMolblockFromGlobalAtomnr │ │ │ │ │ │ @@ -74990,20 +74969,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ haloexchange_mpi.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hashedmap.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - localatomsetmanager.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - localatomsetmanager.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ utility.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dim2char │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ make_tric_corr_matrix │ │ │ │ │ │ @@ -75011,74 +74984,35 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ check_screw_box │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dd_resize_atominfo_and_state │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utility.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utility.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - isDlbOn │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - isDlbDisabled │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dim2char │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - make_tric_corr_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_screw_box │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ddGetAtomInfo │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dd_load_count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dd_resize_atominfo_and_state │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - atomToAtomIntoDomainToDomainCutoff │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - domainToDomainIntoAtomToDomainCutoff │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utility.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ analysismodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ analysismodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energyanalysisframe.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - energyterm.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - energyterm.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energyterm.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ienergyanalysis.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + energyterm.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + energyterm.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ legacyenergy.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ edsam.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ t_edpar │ │ │ │ │ │ @@ -75326,14 +75260,98 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ long_range_correction.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ewald_LRcorrection │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmxCacheLineSize │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme_gpu_supports_build │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme_gpu_supports_input │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme_gpu_mixed_mode_supports_input │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme_gpu_check_restrictions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme_run_mode │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme_get_pinning_policy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setup_coordinate_communication │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mult_up │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + estimate_pme_load_imbalance │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_overlap_comm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + minimalPmeGridSize │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + numGridLinesForExtendedHaloRegion │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getGridSpacingFromBox │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_check_restrictions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + div_round_up │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_init │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_reinit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_calc_energy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_initial_lb_coeffs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_next_lb_coeffs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_do │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_destroy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_destroy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_reinit_atoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_grid_matches │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pme.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_SUM_GRID_FORWARD │ │ │ │ │ │ @@ -76928,98 +76946,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ spline_vectors.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ splinevec │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmxCacheLineSize │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme_gpu_supports_build │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme_gpu_supports_input │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme_gpu_mixed_mode_supports_input │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme_gpu_check_restrictions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme_run_mode │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme_get_pinning_policy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setup_coordinate_communication │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mult_up │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - estimate_pme_load_imbalance │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_overlap_comm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - minimalPmeGridSize │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - numGridLinesForExtendedHaloRegion │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getGridSpacingFromBox │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_check_restrictions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - div_round_up │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_init │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_reinit │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_calc_energy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_initial_lb_coeffs │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_next_lb_coeffs │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_do │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_destroy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_destroy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_reinit_atoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_grid_matches │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pmebsplinetest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pmegathertest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -77054,14 +76988,41 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calcgrid.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calcFftGrid │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + fft.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_many_fft_t │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_init_many_1d │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_init_many_1d_real │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_many_1d │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_many_1d_real │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_many_fft_destroy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_transpose_2d │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + fft.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fft.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_fft_direction │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_FFT_FORWARD │ │ │ │ │ │ @@ -77474,41 +77435,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_parallel_3dfft_execute │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_parallel_3dfft_destroy │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - fft.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_many_fft_t │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_init_many_1d │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_init_many_1d_real │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_many_1d │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_many_1d_real │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_many_fft_destroy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_transpose_2d │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - fft.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fft_mpi.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ checkpoint.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_IGNORE_FSYNC_FAILURE_ENV │ │ │ │ │ │ @@ -77612,14 +77546,53 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ read_checkpoint_part_and_step │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ read_checkpoint_simulation_part_and_filenames │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + confio.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_sto_conf_indexed │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_sto_conf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_sto_conf_mtop │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_stx_coordnum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + makeChainIdentifiersAfterTprReading │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + tpx_make_chain_identifiers │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_stx_conf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + readConfAndAtoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + readConfAndTopology │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_tps_conf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + confio.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + PrintTo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enxio.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enx_version │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enx_block_id_name │ │ │ │ │ │ @@ -77852,14 +77825,119 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ get_espresso_coordnum │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ write_espresso_conf_indexed │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + filetypes.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NTRXS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NTRCOMPRESSED │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NTROS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NTRNS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NSTOS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NSTXS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NTPSS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + eftASC │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + eftXDR │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + eftTNG │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + eftGEN │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + eftNR │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + trxs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + trcompressed │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + tros │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + trns │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + stos │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + stxs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + tpss │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + deffile │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2ext │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2ext_generic │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2ext_with_dot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2generic_count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2generic_list │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2desc │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp_is_text │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp_is_xdr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2defnm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2defopt │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + fn2ftp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + fn2ftp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + filetypes.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ g96io.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ CHAR_SHIFT │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ read_g96_pos │ │ │ │ │ │ @@ -79073,14 +79151,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_md5_finish │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mrcdensitymap.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcdensitymapheader.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcdensitymapheader.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mrcdensitymapheader.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mrcserializer.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -79244,89 +79328,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_conect_generate │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_fprintf_pdb_atomline │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - readinp.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_inpfile │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - flatKeyValueTreeFromInpFile │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sort_inp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_inpfile │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - replace_inp_entry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - search_einp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mark_einp_set │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_einp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eint64 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eint64 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_ereal │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_ereal │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_estr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_estr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eeenum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eeenum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eenum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - printStringNewline │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - printStringNoNewline │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setStringEntry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setStringEntry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - readinp.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ readinp.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ WriteMdpHeader │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ no │ │ │ │ │ │ @@ -79403,181 +79412,157 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setStringEntry │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rgb.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - confio.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_sto_conf_indexed │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_sto_conf │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_sto_conf_mtop │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_stx_coordnum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - makeChainIdentifiersAfterTprReading │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - tpx_make_chain_identifiers │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_stx_conf │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - readConfAndAtoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - readConfAndTopology │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_tps_conf │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - confio.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - PrintTo │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fileioxdrserializer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filemd5.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - filetypes.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NTRXS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcserializer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcserializer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + readinp.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_inpfile │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NTRCOMPRESSED │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + flatKeyValueTreeFromInpFile │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NTROS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sort_inp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NTRNS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_inpfile │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NSTOS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + replace_inp_entry │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NSTXS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + search_einp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NTPSS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mark_einp_set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_einp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - eftASC │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eint │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - eftXDR │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eint │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - eftTNG │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eint64 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - eftGEN │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eint64 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - eftNR │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_ereal │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - trxs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_ereal │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - trcompressed │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_estr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - tros │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_estr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - trns │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eeenum │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - stos │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eeenum │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - stxs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eenum │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - tpss │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + printStringNewline │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - deffile │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + printStringNoNewline │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2ext │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setStringEntry │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2ext_generic │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setStringEntry │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2ext_with_dot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + readinp.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + xvgio.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + timecontrol.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + timecontrol.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + timecontrol │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2generic_count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + g_timeControlMutex │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2generic_list │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + timeValue │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2desc │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setTimeValue │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp_is_text │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + unsetTimeValue │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp_is_xdr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + timecontrol.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + TimeControl │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2defnm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Begin │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2defopt │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + End │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - fn2ftp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Delta │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - fn2ftp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + timeValue │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setTimeValue │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + unsetTimeValue │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - filetypes.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcdensitymapheader.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcdensitymapheader.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcserializer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcserializer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tngio.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tngio.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -79631,65 +79616,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_tng_get_box_output_interval │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_tng_get_lambda_output_interval │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - xvgio.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - timecontrol.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - timecontrol.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - timecontrol │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - g_timeControlMutex │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - timeValue │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setTimeValue │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - unsetTimeValue │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - timecontrol.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - TimeControl │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Begin │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - End │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Delta │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - timeValue │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setTimeValue │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - unsetTimeValue │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tngio.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_tng_trajectory_t │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_tng_open │ │ │ │ │ │ @@ -83456,14 +83390,62 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ process_tcaf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_tcaf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_traj.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + low_print_data │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + average_data │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + print_data │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_trx_x │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + make_legend │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ekrot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ektrans │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + temp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + remove_jump │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_pdb_bfac │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + update_histo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + print_histo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_traj │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_traj.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_trjorder.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NFILE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ order │ │ │ │ │ │ @@ -84512,62 +84494,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_mindist │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_mindist.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_traj.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - low_print_data │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - average_data │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - print_data │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_trx_x │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - make_legend │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ekrot │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ektrans │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - temp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - remove_jump │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_pdb_bfac │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - update_histo │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - print_histo │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_traj │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_traj.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ thermochemistry.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eigval_to_frequency │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calcZeroPointEnergy │ │ │ │ │ │ @@ -84698,53 +84632,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ opt2fn_main │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_fatal_collective │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nb_free_energy.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_nb_free_energy_kernel │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nb_softcore.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - quadraticApproximationCoulomb │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - reactionFieldQuadraticPotential │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ewaldQuadraticPotential │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - lennardJonesQuadraticPotential │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nonbonded.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - GMX_NONBONDED_DO_FORCE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - GMX_NONBONDED_DO_SHIFTFORCE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - GMX_NONBONDED_DO_FOREIGNLAMBDA │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - GMX_NONBONDED_DO_POTENTIAL │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - GMX_NONBONDED_DO_SR │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nb_free_energy.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ STATE_A │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ STATE_B │ │ │ │ │ │ @@ -84854,14 +84749,53 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_nb_free_energy_kernel │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nb_free_energy.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nb_free_energy.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_nb_free_energy_kernel │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nb_softcore.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + quadraticApproximationCoulomb │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + reactionFieldQuadraticPotential │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ewaldQuadraticPotential │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + lennardJonesQuadraticPotential │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nonbonded.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + GMX_NONBONDED_DO_FORCE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + GMX_NONBONDED_DO_SHIFTFORCE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + GMX_NONBONDED_DO_FOREIGNLAMBDA │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + GMX_NONBONDED_DO_POTENTIAL │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + GMX_NONBONDED_DO_SR │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nrnb.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nbdata │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_two │ │ │ │ │ │ @@ -85571,14 +85505,32 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gen_ad.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gen_pad │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gen_maxwell_velocities.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + low_mspeed │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + maxwell_speed │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_cm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + stop_cm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gen_maxwell_velocities.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gen_maxwell_velocities.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ maxwell_speed │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ stop_cm │ │ │ │ │ │ @@ -85727,14 +85679,29 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_vsites │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_h_mass │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genconf.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rand_rot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_genconf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genconf.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ genconf.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_genconf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -85922,22 +85889,25 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cpp_error │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ checkAndWarnForUnusedDefines │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gpp_atomtype.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gpp_atomtype.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + search_atomtypes │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gpp_bond_atomtype.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gpp_atomtype.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gpp_bond_atomtype.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gpp_atomtype.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gpp_bond_atomtype.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gpp_nextnb.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -86174,14 +86144,50 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hizzie.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ set_histp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + insert_molecules.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + RotationType │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + XYZ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Z │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + None │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + c_rotationTypeNames │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + center_molecule │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + generate_trial_conf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + isInsertionAllowed │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + insert_mols │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + insert_molecules.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ insert_molecules.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ makeexclusiondistances.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ makeExclusionDistances │ │ │ │ │ │ @@ -86189,14 +86195,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ makeexclusiondistances.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ makeExclusionDistances │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + massrepartitioning.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + massrepartitioning.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ massrepartitioning.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nm2type.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ prev │ │ │ │ │ │ @@ -86249,14 +86261,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ notset.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NOTSET │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pdb2gmx.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pdb2gmx.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pdb2gmx.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pdb2top.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NUM_CMAP_ATOMS │ │ │ │ │ │ @@ -86777,14 +86795,53 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ readResidueDatabase │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ print_resall │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + solvate.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sort_molecule │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rm_res_pbc │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + replicateSolventBox │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + removeSolventBoxOverlap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + removeSolventOutsideShell │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + removeSolventOverlappingWithSolute │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + removeExtraSolventMolecules │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_solv │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + update_top │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_solvate │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + solvate.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ solvate.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_solvate │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -86921,47 +86978,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_editconf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ editconf.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gen_maxwell_velocities.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - low_mspeed │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - maxwell_speed │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_cm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - stop_cm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gen_maxwell_velocities.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genconf.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rand_rot │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_genconf │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genconf.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ genion.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NFILE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ groupsCloserThanCutoffWithPbc │ │ │ │ │ │ @@ -87002,113 +87026,44 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_genrestr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ genrestr.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gpp_atomtype.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - search_atomtypes │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gpp_bond_atomtype.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gpp_atomtype.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gpp_bond_atomtype.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ grompp_directives.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - insert_molecules.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - RotationType │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - XYZ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Z │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - None │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - c_rotationTypeNames │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - center_molecule │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + tomorse.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_dissociation_energies │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - generate_trial_conf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nequal │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - isInsertionAllowed │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + search_e_diss │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - insert_mols │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + convert_harmonics │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - insert_molecules.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - massrepartitioning.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - massrepartitioning.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pdb2gmx.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pdb2gmx.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - solvate.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sort_molecule │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rm_res_pbc │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - replicateSolventBox │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - removeSolventBoxOverlap │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - removeSolventOutsideShell │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - removeSolventOverlappingWithSolute │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - removeExtraSolventMolecules │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_solv │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - update_top │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_solvate │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + tomorse.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + convert_harmonics │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - solvate.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ topdirs.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ topdirs.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ DeprecatedDirectives │ │ │ │ │ │ @@ -87161,35 +87116,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ DS_Search │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ DS_Check_Order │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - tomorse.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_dissociation_energies │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nequal │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - search_e_diss │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - convert_harmonics │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - tomorse.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - convert_harmonics │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ topdirs.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Directive │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ d_defaults │ │ │ │ │ │ @@ -87752,20 +87686,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ xlate.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rename_atoms │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - clfftinitializer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - clfftinitializer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ clfftinitializer.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_context.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -88139,14 +88067,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Float3 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Float2 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + hostallocator.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + hostallocator.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hostallocator.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nvshmem_utils.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -88277,14 +88211,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ subGroupBarrier │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ syclutils.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + clfftinitializer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + clfftinitializer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_availability.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_buffer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -88304,20 +88244,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ devicetransfers_sycl.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gpueventsynchronizer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - hostallocator.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - hostallocator.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nvshmem_test.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pinnedmemorychecker.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -88712,14 +88646,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_management_sycl_intel_device_ids.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ getIntelHardwareVersionFromPciExpressID │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + hardwaretopology.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + hardwaretopology.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hardwaretopology.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hw_info.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ThreadAffinity │ │ │ │ │ │ @@ -88799,20 +88739,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ isDeviceDetectionFunctional │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_management.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - hardwaretopology.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - hardwaretopology.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mockhardwaretopology.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ imd.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -88865,35 +88799,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eigensolver │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sparse_eigensolver │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - alloc_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - free_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix_multiply │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix_invert │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - multi_regression │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sparsematrix.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_entry_t │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_t │ │ │ │ │ │ @@ -88916,44 +88829,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_compress │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_vector_multiply │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - DEBUG_MATRIX │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - alloc_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - free_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix_multiply │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix_invert │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - multi_regression │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sparsematrix.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_init │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_destroy │ │ │ │ │ │ @@ -88973,14 +88856,35 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_compress │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_vector_multiply │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bonded.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + c_bondedKernelFlavorStrings │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + make_dp_periodic │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmap_dihs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calculateSimpleBond │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nrnbIndex │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bonded.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ bonded.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ BondedKernelFlavor │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ForcesSimdWhenAvailable │ │ │ │ │ │ @@ -89207,14 +89111,41 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ print_orires_log │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ orires │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pairs.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + warning_rlimit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + evaluate_single │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sixthRoot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + free_energy_evaluate_single │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_pairs_general │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_pairs_simple │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_pairs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pairs.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pairs.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_pairs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -89249,76 +89180,70 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compute_factors_restrdihs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compute_factors_cbtdihs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bonded.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - c_bondedKernelFlavorStrings │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - make_dp_periodic │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmap_dihs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + position_restraints.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + posres_wrapper │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calculateSimpleBond │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + posres_wrapper_lambda │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nrnbIndex │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + fbposres_wrapper │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bonded.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + position_restraints.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pairs.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - warning_rlimit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utilities.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + MathOptimization │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - evaluate_single │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Safe │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sixthRoot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Unsafe │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - free_energy_evaluate_single │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_within_tol │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_pairs_general │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_numzero │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_pairs_simple │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_int_multiply_for_overflow │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_pairs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_feenableexcept │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pairs.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - position_restraints.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - posres_wrapper │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fedisableexcept │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - posres_wrapper_lambda │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmxShouldEnableFPExceptions │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - fbposres_wrapper │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utilities.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftype_is_bonded_potential │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - position_restraints.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utilities.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genQmmmIndices │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ 3dtransforms.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ N │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -89381,19 +89306,25 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ reset_x_ndim │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ reset_x │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gausstransform.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + exponentialmovingaverage.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gausstransform.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + exponentialmovingaverage.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + functions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + functions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ 3dtransforms.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ WW │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -89480,14 +89411,35 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ operator!= │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ invertmatrix.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + alloc_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + free_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix_multiply │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix_invert │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + multi_regression │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ multidimarray.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ neldermead.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -89540,14 +89492,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_dvec │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_rvecs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + neldermead.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + neldermead.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nrjac.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_rotate │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ jacobi │ │ │ │ │ │ @@ -89558,14 +89516,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ jacobi │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ m_inv_gen │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + optimization.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + optimization.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ arrayrefwithpadding.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ boxmatrix.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -89579,56 +89543,95 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfit.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dofit.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - exponentialmovingaverage.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - exponentialmovingaverage.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - functions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gausstransform.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - functions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gausstransform.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ invertmatrix.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ invertmatrix.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - multidimarray.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - neldermead.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + DEBUG_MATRIX │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + alloc_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + free_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix_multiply │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix_invert │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + multi_regression │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - neldermead.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - optimization.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - optimization.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + multidimarray.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ paddedvector.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ testarrayrefs.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ vectypes.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utilities.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_within_tol │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_numzero │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_int_multiply_for_overflow │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_feenableexcept │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fedisableexcept │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmxShouldEnableFPExceptions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utilities.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genQmmmIndices │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ veccompare.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmp_rvec │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmp_ivec │ │ │ │ │ │ @@ -89900,14 +89903,23 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compute_io.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compute_io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + constr.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + constr.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + PrintTo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ constr.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ constraint_gpu_helpers.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ countCoupled │ │ │ │ │ │ @@ -90281,14 +90293,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ accumulatePotentialEnergies │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ accumulateKineticLambdaComponents │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energydrifttracker.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energyoutput.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -90446,14 +90464,56 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cutoff_inf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ init_forcerec │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + forcerec.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + makeNonBondedParameterLists │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + makeLJPmeC6GridCorrectionParameters │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + forcerec_set_ranges │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_interaction_const_tables │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_forcerec │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + forcerec.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + GMX_CUTOFF_INF │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + C6 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + C12 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BHAMC │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BHAMA │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BHAMB │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cutoff_inf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ freeenergyparameters.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_omp_nthreads.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ modth │ │ │ │ │ │ @@ -91163,14 +91223,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rf_util.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calc_rffac │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + settle.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + settle.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settle.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settle_gpu.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -91358,14 +91424,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ doPairSearch │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_force │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simulationsignal.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simulationsignal.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simulationsignal.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eglsCHKPT │ │ │ │ │ │ @@ -91463,23 +91535,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ f_calc_vir │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calcvir.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - constr.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - constr.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - PrintTo │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ constrtestdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ constrtestdata.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -91520,20 +91583,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_ebin │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ebin.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energyoutput.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ conrmsd_nm │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ boxs_nm │ │ │ │ │ │ @@ -91649,20 +91706,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mdgpugraph.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ parrinellorahman.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - settle.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - settle.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settletestdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settletestdata.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -91673,32 +91724,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GPU_SETTLE_SUPPORTED │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settletestrunners_gpu.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simulationsignal.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simulationsignal.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ updategroups.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ updategroups.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - updategroupscog.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - updategroupscog.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ watersystem.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tgroup.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sum_ekin │ │ │ │ │ │ @@ -91913,14 +91952,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ integrateVVSecondStep │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ updategroups.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + updategroupscog.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + updategroupscog.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ updategroupscog.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ vcm.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enumValueToString │ │ │ │ │ │ @@ -92348,14 +92393,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ awh_history.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ awh_params.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + checkpointdata.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + checkpointdata.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ checkpointdata.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ commrec.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -92483,56 +92534,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ forcebuffers.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ forceoutput.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - forcerec.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - makeNonBondedParameterLists │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - makeLJPmeC6GridCorrectionParameters │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - forcerec_set_ranges │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_interaction_const_tables │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_forcerec │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - forcerec.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - GMX_CUTOFF_INF │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - C6 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - C12 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BHAMC │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BHAMA │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BHAMB │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cutoff_inf │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ group.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ group.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GID │ │ │ │ │ │ @@ -93155,20 +93164,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ swaphistory.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ swaphistory_t │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - checkpointdata.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - checkpointdata.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enerdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ forcebuffers.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -93197,83 +93200,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ communicator.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ communicator_stub.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utilities.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_within_tol │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_numzero │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_int_multiply_for_overflow │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_feenableexcept │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fedisableexcept │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmxShouldEnableFPExceptions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utilities.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genQmmmIndices │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utilities.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - MathOptimization │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Safe │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Unsafe │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_within_tol │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_numzero │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_int_multiply_for_overflow │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_feenableexcept │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fedisableexcept │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmxShouldEnableFPExceptions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utilities.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftype_is_bonded_potential │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utilities.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genQmmmIndices │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ andersentemperaturecoupling.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ andersentemperaturecoupling.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -95525,56 +95459,56 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ spc27Box │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ spc27Coordinates │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + helpformat.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + helpformat.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helpformat.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helpmanager.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helptopic.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helptopic.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + helpwritercontext.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + helpwritercontext.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helpwritercontext.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ihelptopic.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rstparser.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rstparser.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - helpformat.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - helpformat.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helpmanager.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helpmanager.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - helpwritercontext.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - helpwritercontext.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mock_helptopic.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mock_helptopic.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -95600,14 +95534,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ behaviorcollection.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ behaviorcollection.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + filenameoptionmanager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + filenameoptionmanager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filenameoptionstorage.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ isectionstorage.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -95615,14 +95555,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ options.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ options_impl.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + optionsassigner.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + optionsassigner.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ optionsassigner.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ optionsection.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -95645,44 +95591,32 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filenameoption.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filenameoption.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - filenameoptionmanager.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - filenameoptionmanager.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ option.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - optionsassigner.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - optionsassigner.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ repeatingsection.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - treesupport.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - treesupport.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ timeunitmanager.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ timeunitmanager.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + treesupport.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + treesupport.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ treesupport.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ valueconverter.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -95849,71 +95783,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_rmpbc_trxfr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rm_gropbc │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pbc_simd.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - set_pbc_simd │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pbcmethods.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_pbc_cluster │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - put_molecule_com_in_box │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - put_residue_com_in_box │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - center_x │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rmpbc.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_rmpbc_get_graph │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_rmpbc_init │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_rmpbc_init │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_rmpbc_done │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_rmpbc_ePBC │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_rmpbc_apply │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_rmpbc_copy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_rmpbc_trxfr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rm_gropbc │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - com.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - com.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mshift.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GCHECK │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mk_igraph │ │ │ │ │ │ @@ -96119,14 +95996,71 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setBoxDeformationRate │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pbc.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pbc_simd.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + set_pbc_simd │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pbcmethods.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_pbc_cluster │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + put_molecule_com_in_box │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + put_residue_com_in_box │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + center_x │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rmpbc.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_rmpbc_get_graph │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_rmpbc_init │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_rmpbc_init │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_rmpbc_done │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_rmpbc_ePBC │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_rmpbc_apply │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_rmpbc_copy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_rmpbc_trxfr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rm_gropbc │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + com.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + com.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pbcenums.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pbcenums.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -96839,14 +96773,146 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ _gmx_sel_evaluate_and │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ _gmx_sel_evaluate_or │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + indexutil.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexgrps_init │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexgrps_free │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexgrps_extract │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexgrps_find │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexgrps_print │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_reserve │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_squeeze │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_clear │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_set │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_init_simple │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_deinit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_copy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_dump │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_get_max_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_check_sorted │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_check_range │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_sort │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_remove_duplicates │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_equals │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_contains │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_intersection │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_difference │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_difference_size │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_partition │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_union │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_union_unsorted │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_merge │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + next_group_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_make_block │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_has_full_blocks │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_has_full_ablocks │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + is_at_residue_boundary │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_has_complete_elems │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_clear │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_reserve │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_init │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_init_orgid_group │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_set_static │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_copy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + set_atoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_update │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_deinit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + indexutil.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ keywords.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sm_compare │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sm_keyword_int │ │ │ │ │ │ @@ -96935,14 +97001,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ _gmx_sel_mempool_alloc_group │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ _gmx_sel_mempool_free_group │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nbsearch.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nbsearch.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ params.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_ana_selparam_find │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert_value │ │ │ │ │ │ @@ -98576,152 +98648,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ symrec.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ symrec.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - indexutil.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexgrps_init │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexgrps_free │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexgrps_extract │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexgrps_find │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexgrps_print │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_reserve │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_squeeze │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_clear │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_set │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_init_simple │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_deinit │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_copy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_dump │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_get_max_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_check_sorted │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_check_range │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_sort │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_remove_duplicates │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_equals │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_contains │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_intersection │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_difference │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_difference_size │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_partition │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_union │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_union_unsorted │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_merge │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - next_group_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_make_block │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_has_full_blocks │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_has_full_ablocks │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - is_at_residue_boundary │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_has_complete_elems │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_clear │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_reserve │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_init │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_init_orgid_group │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_set_static │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_copy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - set_atoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_update │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_deinit │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - indexutil.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nbsearch.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nbsearch.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ poscalc.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ index_type_for_poscalc │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ set_poscalc_maxindex │ │ │ │ │ │ @@ -98936,50 +98870,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ scalar_math.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ scalar_util.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simd_math.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simd_memory.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - vector_operations.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - base.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - base.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - GMX_SIMD_ACCURACY_BITS_REAL │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bootstrap_loadstore.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - data.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scalar.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scalar_math.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scalar_util.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simd.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_SIMD_HAVE_REAL │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_SIMD_REAL_WIDTH │ │ │ │ │ │ @@ -99020,14 +98918,50 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_SIMD4N_REAL_WIDTH │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simd_math.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simd_memory.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + vector_operations.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + base.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + base.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + GMX_SIMD_ACCURACY_BITS_REAL │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bootstrap_loadstore.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + data.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scalar.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scalar_math.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scalar_util.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simd.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd4.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd4.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -100184,14 +100118,41 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ print_runtime_info │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert_tpr.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_dd_grid_pdb │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_dd_pdb │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_dd_grid_pdb │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_dd_pdb │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eneconv.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ TIME_EXPLICIT │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ TIME_CONTINUE │ │ │ │ │ │ @@ -100460,47 +100421,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ report_methods.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ report_methods.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - trjconv.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - trjconv.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NPA │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mk_filenm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_trr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_trunc │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_mtop_for_tng │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - copyTrxframeDeeply │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - swapFrames │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_trjconv │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trjcat.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ TIME_EXPLICIT │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ TIME_CONTINUE │ │ │ │ │ │ @@ -100538,14 +100466,47 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trjcat.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_trjcat │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + trjconv.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + trjconv.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NPA │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mk_filenm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_trr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_trunc │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_mtop_for_tng │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + copyTrxframeDeeply │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + swapFrames │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_trjconv │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trjconv.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_trjconv │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -100907,14 +100868,44 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_cmap │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_ffparams │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + idef.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + printHarmonicInteraction │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pr_iparams │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + printInteractionParameters │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + printIlist │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pr_ilist │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pr_idef │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_idef │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + done_idef │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + idef.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ifunc.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ interaction_function │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ def_bonded │ │ │ │ │ │ @@ -101237,43 +101228,64 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ namedResidueHasType │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ typeOfNamedDatabaseResidue │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - idef.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - printHarmonicInteraction │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + symtab.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + c_trimSize │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pr_iparams │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + c_maxBufSize │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - printInteractionParameters │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + readStringTableEntry │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - printIlist │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + trim_string │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pr_ilist │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + lookup_symtab │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pr_idef │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_symtab_handle │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_idef │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + new_symbuf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - done_idef │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enter_buf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + put_symtab │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + open_symtab │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + close_symtab │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + duplicateSymtab │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + done_symtab │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + free_symtab │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pr_symtab │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - idef.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + symtab.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ index.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ t_gmx_help_make_index_group │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -101342,65 +101354,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ index.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mtop.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - symtab.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - c_trimSize │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - c_maxBufSize │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - readStringTableEntry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - trim_string │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - lookup_symtab │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_symtab_handle │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - new_symbuf │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enter_buf │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - put_symtab │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - open_symtab │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - close_symtab │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - duplicateSymtab │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - done_symtab │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - free_symtab │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pr_symtab │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - symtab.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ topsort.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ topsort.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ip_pert │ │ │ │ │ │ @@ -101792,14 +101753,59 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trajectory.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ unionfind.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utility.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utility.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + isDlbOn │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + isDlbDisabled │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dim2char │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + make_tric_corr_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_screw_box │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ddGetAtomInfo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dd_load_count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dd_resize_atominfo_and_state │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + atomToAtomIntoDomainToDomainCutoff │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + domainToDomainIntoAtomToDomainCutoff │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utility.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + alignedallocator.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + alignedallocator.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ any.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ basenetwork.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_mpi_initialized │ │ │ │ │ │ @@ -101852,20 +101858,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmxSourceDoiString │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ binaryinformation.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - booltype.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - booltype.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compare.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmp_int │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmp_int64 │ │ │ │ │ │ @@ -101900,83 +101900,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmp_double │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ coolstuff.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cstringutil.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - COMMENTSIGN │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_string_hash_init │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - continuing │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - fgets2 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - strip_comment │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - upstring │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ltrim │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rtrim │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - trim │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_strcasecmp_min │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_strncasecmp_min │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_strcasecmp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_strncasecmp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_strdup │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_strndup │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_string_fullhash_func │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_string_hash_func │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_wcmatch │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - wrap_lines │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - str_to_int64_t │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_step_str │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cstringutil.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cuda_version_information.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ datafilefinder.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -102215,14 +102146,74 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_abort │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ binaryinformation.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_bitmask_t │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_clear │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_set_bit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_init_bit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_init_low_bits │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_is_set │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_is_disjoint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_is_equal │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_is_zero │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_union │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + to_hex_string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + to_hex_string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + to_hex_string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_CLASSNAME_ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_CLASSNAME │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_TEST_P_ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_TEST_P │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ booltype.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compare.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ equal_real │ │ │ │ │ │ @@ -102659,43 +102650,70 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ typetraits.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ init.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + inmemoryserializer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + inmemoryserializer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ int64_to_int.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ int64_to_int │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ keyvaluetree.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ keyvaluetreemdpwriter.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + keyvaluetreeserializer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + SERIALIZER │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + keyvaluetreeserializer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + keyvaluetreetransform.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + keyvaluetreetransform.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ loggerbuilder.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + message_string_collector.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + message_string_collector.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mpiinfo.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ niceheader.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nodelete.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - physicalnodecommunicator.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + path.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - physicalnodecommunicator.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + path.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pleasecite.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NSTR │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -102794,154 +102812,136 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_format_current_time │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_set_nice │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - alignedallocator.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - alignedallocator.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ alignedallocator_impl.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ arrayref.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask128.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_bitmask_t │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask32.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_clear │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask64.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_set_bit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + booltype.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + booltype.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cstringutil.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + COMMENTSIGN │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_init_bit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_string_hash_init │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_init_low_bits │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + continuing │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_is_set │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + fgets2 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_is_disjoint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + strip_comment │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_is_equal │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + upstring │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_is_zero │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ltrim │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_union │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rtrim │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - to_hex_string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + trim │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - to_hex_string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_strcasecmp_min │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - to_hex_string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_strncasecmp_min │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_CLASSNAME_ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_strcasecmp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_CLASSNAME │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_strncasecmp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_TEST_P_ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_strdup │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_TEST_P │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_strndup │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask128.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_string_fullhash_func │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask32.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_string_hash_func │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask64.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_wcmatch │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + wrap_lines │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + str_to_int64_t │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_step_str │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cstringutil.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ defaultinitializationallocator.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enumerationhelpers.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fixedcapacityvector.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - inmemoryserializer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - inmemoryserializer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - keyvaluetreeserializer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - SERIALIZER │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - keyvaluetreeserializer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - keyvaluetreetransform.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - keyvaluetreetransform.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ listoflists.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ logger.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ logger.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - message_string_collector.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - message_string_collector.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - path.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + physicalnodecommunicator.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - path.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + physicalnodecommunicator.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ physicalnodecommunicator_mpi.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ range.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -103046,14 +103046,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mdrun.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mdrun_main.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nonbonded_bench.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nonbonded_bench.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nonbonded_bench.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ boxdeformation.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -103808,20 +103814,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ multisimtest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ multisimtest.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nonbonded_bench.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nonbonded_bench.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ normalmodes.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ orires.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ extendStateWithOriresHistory │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/todo.xml.gz │ │ │ │ ├── todo.xml │ │ │ │ │ ├── todo.xml │ │ │ │ │ │ @@ -446,15 +446,15 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ : Check if errors do propagate in OpenCL as they do in CUDA and whether there is a mechanism to "clear" them. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Member │ │ │ │ │ │ - fit_acf │ │ │ │ │ │ + fit_acf │ │ │ │ │ │ (int ncorr, int fitfn, const │ │ │ │ │ │ gmx_output_env_t │ │ │ │ │ │ *oenv, gmx_bool bVerbose, real tbeginfit, real tendfit, real dt, real c1[], real *fit) │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -2628,15 +2628,15 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Change this to class │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Member │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_init │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_init │ │ │ │ │ │ (const │ │ │ │ │ │ t_commrec │ │ │ │ │ │ *cr, const │ │ │ │ │ │ NumPmeDomains │ │ │ │ │ │ &numPmeDomains, const │ │ │ │ │ │ t_inputrec │ │ │ │ │ │ *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, │ │ │ │ │ │ @@ -3198,15 +3198,15 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ renaming coefficients to charges (?) │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Member │ │ │ │ │ │ - pme_run_mode │ │ │ │ │ │ + pme_run_mode │ │ │ │ │ │ (const gmx_pme_t *pme) │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ This is a rather static data that should be managed by the higher level task scheduler. │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/manual-2024.3-Debian_2024.3_2.pdf │ │ │ │ ├── pdftotext {} - │ │ │ │ │ @@ -17643,15 +17643,15 @@ │ │ │ │ │ Dimitrios Karkoulis, Peter Kasson, Sebastian Kehl, Sebastian Keller, Jiri Kraus, Per Larsson, Viveca Lindahl, │ │ │ │ │ Erik Marklund, Pieter Meulenhoff, Teemu Murtola, Sander Pronk, Michael Shirts, Alfons Sijbers, Balint Soproni, David van der Spoel, Peter Tieleman, Carsten Uphoff, Jon Vincent, Teemu Virolainen, Christian Wennberg, │ │ │ │ │ Maarten Wolf, Artem Zhmurov │ │ │ │ │ Project leaders: Berk Hess, Erik Lindahl │ │ │ │ │ © 1991 – 2000: │ │ │ │ │ Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen. Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, │ │ │ │ │ The Netherlands. │ │ │ │ │ -© 2001 – 2025: │ │ │ │ │ +© 2001 – 2024: │ │ │ │ │ The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology and Uppsala University, │ │ │ │ │ Sweden. │ │ │ │ │ This manual is not complete and has no pretension to be so due to lack of time of the contributors – our first │ │ │ │ │ priority is to improve the software. It is worked on continuously, which in some cases might mean the information │ │ │ │ │ is not entirely correct. │ │ │ │ │ Comments on form and content are welcome, please send them to the user discussion forum or the developer │ │ │ │ │ discussion forum (see our webpage or this section on how to contribute (page 621)), or open an issue on our issue │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/reference-manual/preface.html │ │ │ │ @@ -4345,15 +4345,15 @@ │ │ │ │ 00010f80: 7472 792c 2055 6e69 7665 7273 6974 7920 try, University │ │ │ │ 00010f90: 6f66 2047 726f 6e69 6e67 656e 2e0a 4e69 of Groningen..Ni │ │ │ │ 00010fa0: 6a65 6e62 6f72 6768 2034 2c20 3937 3437 jenborgh 4, 9747 │ │ │ │ 00010fb0: 2041 4720 4772 6f6e 696e 6765 6e2c 2054 AG Groningen, T │ │ │ │ 00010fc0: 6865 204e 6574 6865 726c 616e 6473 2e3c he Netherlands.< │ │ │ │ 00010fd0: 2f70 3e0a 3c2f 6469 763e 3c2f 626c 6f63 /p>.
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.. 20 │ │ │ │ -00010ff0: 3031 20e2 8093 2032 3032 353a 3c2f 703e 01 ... 2025:

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The GROMAC │ │ │ │ 00011020: 5320 6465 7665 6c6f 706d 656e 7420 7465 S development te │ │ │ │ 00011030: 616d 7320 6174 2074 6865 2052 6f79 616c ams at the Royal │ │ │ │ 00011040: 2049 6e73 7469 7475 7465 206f 6620 5465 Institute of Te │ │ │ │ 00011050: 6368 6e6f 6c6f 6779 2061 6e64 0a55 7070 chnology and.Upp │ │ │ │ 00011060: 7361 6c61 2055 6e69 7665 7273 6974 792c sala University, │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -441,15 +441,15 @@ │ │ │ │ │ Pieter Meulenhoff, Teemu Murtola, Sander Pronk, Michael Shirts, Alfons Sijbers, │ │ │ │ │ Balint Soproni, David van der Spoel, Peter Tieleman, Carsten Uphoff, Jon │ │ │ │ │ Vincent, Teemu Virolainen, Christian Wennberg, Maarten Wolf, Artem Zhmurov │ │ │ │ │ Project leaders: Berk Hess, Erik Lindahl │ │ │ │ │ © 1991 – 2000: │ │ │ │ │ Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen. │ │ │ │ │ Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, The Netherlands. │ │ │ │ │ -© 2001 – 2025: │ │ │ │ │ +© 2001 – 2024: │ │ │ │ │ The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology │ │ │ │ │ and Uppsala University, Sweden. │ │ │ │ │ This manual is not complete and has no pretension to be so due to lack of time │ │ │ │ │ of the contributors – our first priority is to improve the software. 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