The GenomicFeatures package implements the TxDb container for
│ │ │ │ storing transcript metadata for a given organism. A TxDb object
│ │ │ │ stores the genomic positions of the 5’ and 3’ untranslated regions
│ │ │ │ (UTRs), protein coding sequences (CDSs), and exons for a set of mRNA
│ │ │ │ @@ -563,15 +563,15 @@
│ │ │ │ ## Matrix products: default
│ │ │ │ ## BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.12.0
│ │ │ │ ## LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.12.0
│ │ │ │ ##
│ │ │ │ ## locale:
│ │ │ │ ## [1] C
│ │ │ │ ##
│ │ │ │ -## time zone: /usr/share/zoneinfo/Etc/GMT+12
│ │ │ │ +## time zone: /usr/share/zoneinfo/Etc/GMT-14
│ │ │ │ ## tzcode source: system (glibc)
│ │ │ │ ##
│ │ │ │ ## attached base packages:
│ │ │ │ ## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
│ │ │ │ ##
│ │ │ │ ## other attached packages:
│ │ │ │ ## [1] markdown_1.12 knitr_1.49
│ │ │ │ ├── html2text {}
│ │ │ │ │ @@ -1,12 +1,12 @@
│ │ │ │ │ ************ OObbttaaiinniinngg aanndd UUttiilliizziinngg TTxxDDbb OObbjjeeccttss ************
│ │ │ │ │ ********** lliisstt((nnaammee == ?“MMaarrcc CCaarrllssoonn?”)) lliisstt((nnaammee == ?“PPaattrriicckk AAbbooyyoouunn?”)) lliisstt((nnaammee ==
│ │ │ │ │ ?“HHeerrvv<> PPaagg<>ss?”)) lliisstt((nnaammee == ?“SSeetthh FFaallccoonn?”)) lliisstt((nnaammee == ?“MMaarrttiinn
│ │ │ │ │ MMoorrggaann?”)) **********
│ │ │ │ │ -******** FFrriiddaayy,, NNoovveemmbbeerr 2299,, 22002244 ********
│ │ │ │ │ +******** FFrriiddaayy,, JJaannuuaarryy 0022,, 22002266 ********
│ │ │ │ │ ************ IInnttrroodduuccttiioonn ************
│ │ │ │ │ The GenomicFeatures package implements the TxDb container for storing
│ │ │ │ │ transcript metadata for a given organism. A TxDb object stores the genomic
│ │ │ │ │ positions of the 5’ and 3’ untranslated regions (UTRs), protein coding
│ │ │ │ │ sequences (CDSs), and exons for a set of mRNA transcripts. The genomic
│ │ │ │ │ positions are stored and reported with respect to a given genome assembly. TxDb
│ │ │ │ │ objects have numerous accessors functions to allow such features to be
│ │ │ │ │ @@ -290,15 +290,15 @@
│ │ │ │ │ ## Matrix products: default
│ │ │ │ │ ## BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.12.0
│ │ │ │ │ ## LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.12.0
│ │ │ │ │ ##
│ │ │ │ │ ## locale:
│ │ │ │ │ ## [1] C
│ │ │ │ │ ##
│ │ │ │ │ -## time zone: /usr/share/zoneinfo/Etc/GMT+12
│ │ │ │ │ +## time zone: /usr/share/zoneinfo/Etc/GMT-14
│ │ │ │ │ ## tzcode source: system (glibc)
│ │ │ │ │ ##
│ │ │ │ │ ## attached base packages:
│ │ │ │ │ ## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
│ │ │ │ │ ##
│ │ │ │ │ ## other attached packages:
│ │ │ │ │ ## [1] markdown_1.12 knitr_1.49
│ │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/GenomicFeatures/doc/GenomicFeatures.md
│ │ │ │ @@ -2,15 +2,15 @@
│ │ │ │ title: "Obtaining and Utilizing TxDb Objects"
│ │ │ │ author:
│ │ │ │ - name: Marc Carlson
│ │ │ │ - name: Patrick Aboyoun
│ │ │ │ - name: Hervé Pagès
│ │ │ │ - name: Seth Falcon
│ │ │ │ - name: Martin Morgan
│ │ │ │ -date: "Friday, November 29, 2024"
│ │ │ │ +date: "Friday, January 02, 2026"
│ │ │ │ package: GenomicFeatures
│ │ │ │ vignette: |
│ │ │ │ %\VignetteIndexEntry{Obtaining and Utilizing TxDb Objects}
│ │ │ │ %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
│ │ │ │ %\VignetteEncoding{UTF-8}
│ │ │ │ %\VignetteDepends{GenomicFeatures,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19}
│ │ │ │ %\VignetteKeywords{annotation, database}
│ │ │ │ @@ -732,15 +732,15 @@
│ │ │ │ ## Matrix products: default
│ │ │ │ ## BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.12.0
│ │ │ │ ## LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.12.0
│ │ │ │ ##
│ │ │ │ ## locale:
│ │ │ │ ## [1] C
│ │ │ │ ##
│ │ │ │ -## time zone: /usr/share/zoneinfo/Etc/GMT+12
│ │ │ │ +## time zone: /usr/share/zoneinfo/Etc/GMT-14
│ │ │ │ ## tzcode source: system (glibc)
│ │ │ │ ##
│ │ │ │ ## attached base packages:
│ │ │ │ ## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
│ │ │ │ ##
│ │ │ │ ## other attached packages:
│ │ │ │ ## [1] markdown_1.12 knitr_1.49