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gt;module_src_te │ │ │ │ +0003e890: 7374 7574 696c 733c 2f74 6974 6c65 3e0a stutils. │ │ │ │ +0003e8a0: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .....module_ │ │ │ │ +0003ea60: 7372 635f 7465 7374 7574 696c 7326 2334 src_testutils │ │ │ │ +0003ea70: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ │ +0003ea80: 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 7072 6570 _gromacs_gmxprep │ │ │ │ +0003ea90: 726f 6365 7373 3c2f 7469 746c 653e 0a3c rocess.< │ │ │ │ +0003eaa0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ │ +0003eab0: 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 stroke="#bfbfbf │ │ │ │ +0003eac0: 2220 643d 224d 3535 3234 2e35 392c 2d31 " d="M5524.59,-1 │ │ │ │ +0003ead0: 3238 362e 3834 4334 3836 382e 3335 2c2d 286.84C4868.35,- │ │ │ │ +0003eae0: 3132 3836 2e38 3420 3432 3132 2e31 322c 1286.84 4212.12, │ │ │ │ +0003eaf0: 2d31 3238 362e 3834 2033 3535 352e 3838 -1286.84 3555.88 │ │ │ │ +0003eb00: 2c2d 3132 3836 2e38 3422 2f3e 0a3c 706f ,-1286.84"/>.....mod │ │ │ │ +0003ebf0: 756c 655f 7372 635f 7465 7374 7574 696c ule_src_testutil │ │ │ │ +0003ec00: 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 s->module │ │ │ │ +0003ec10: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6174 _src_gromacs_mat │ │ │ │ +0003ec20: 683c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 h...... │ │ │ │ +0003edc0: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 module_sr │ │ │ │ +0003edd0: 635f 7465 7374 7574 696c 7326 2334 353b c_testutils- │ │ │ │ +0003ede0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ │ +0003edf0: 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 6d61 6e64 6c69 romacs_commandli │ │ │ │ +0003ee00: 6e65 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 ne......module_src_te │ │ │ │ +0003f020: 7374 7574 696c 7326 2334 353b 2667 743b stutils-> │ │ │ │ +0003f030: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ │ +0003f040: 6373 5f6f 7074 696f 6e73 3c2f 7469 746c cs_options.... │ │ │ │

│ │ │ │

│ │ │ │

The graph below shows the dependencies between the source code modules, computed from include statements in the code. For documented modules (those that do not have a gray background), clicking on the module takes you to the module documentation. Legend for the graph can be found below the graph.

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│ │ │ │ Legend

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The graph below annotates the colors and line styles used in the module dependency graph above. More detailed textual annotation is below the graph.

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Node colors:

│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/reference-manual/preface.html │ │ │ │ @@ -61,15 +61,15 @@ │ │ │ │ and Artem Zhmurov.

│ │ │ │

Mark Abraham, Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl.

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© 1991 – 2000:

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│ │ │ │

Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen. │ │ │ │ Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, The Netherlands.

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© 2001 – 2025:

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© 2001 – 2024:

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The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology and │ │ │ │ Uppsala University, Sweden.

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This manual is not complete and has no pretension to be so due │ │ │ │ to lack of time of the contributors – our first priority is to improve │ │ │ │ the software. It is worked on continuously, │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -25,15 +25,15 @@ │ │ │ │ │ Meulenhoff, Teemu Murtola, Szilárd Páll, Sander Pronk, Roland Schulz, Michael │ │ │ │ │ Shirts, Alexey Shvetsov, Alfons Sijbers, Peter Tieleman, Teemu Virolainen, │ │ │ │ │ Christian Wennberg, Maarten Wolf, and Artem Zhmurov. │ │ │ │ │ Mark Abraham, Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl. │ │ │ │ │ © 1991 – 2000: │ │ │ │ │ Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen. │ │ │ │ │ Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, The Netherlands. │ │ │ │ │ -© 2001 – 2025: │ │ │ │ │ +© 2001 – 2024: │ │ │ │ │ The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology │ │ │ │ │ and Uppsala University, Sweden. │ │ │ │ │ This manual is not complete and has no pretension to be so due to lack of time │ │ │ │ │ of the contributors – our first priority is to improve the software. It is │ │ │ │ │ worked on continuously, which in some cases might mean the information is not │ │ │ │ │ entirely correct. │ │ │ │ │ Comments on form and content are welcome, please send them to one of the │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/searchindex.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -909,16 +909,16 @@ │ │ │ │ │ "2015": [144, 145], │ │ │ │ │ "2016": [1, 145, 160, 161, 167, 168, 169, 170, 171, 178, 182], │ │ │ │ │ "2017": [36, 145, 157, 158, 160, 182, 194], │ │ │ │ │ "2018": [1, 25, 159, 176, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 189, 191, 193, 201, 226], │ │ │ │ │ "2019": [2, 4, 28, 145, 171, 172, 173, 174, 191, 197, 198, 199, 200, 201, 226], │ │ │ │ │ "2020": [2, 24, 26, 36, 144, 187, 206], │ │ │ │ │ "2021": [198, 201, 202, 212], │ │ │ │ │ - "2024": 174, │ │ │ │ │ - "2025": [144, 155], │ │ │ │ │ + "2024": [144, 174], │ │ │ │ │ + "2025": 155, │ │ │ │ │ "2026": 181, │ │ │ │ │ "2027": 181, │ │ │ │ │ "2028": 181, │ │ │ │ │ "2029": 155, │ │ │ │ │ "2031": 174, │ │ │ │ │ "2032": [45, 145, 174], │ │ │ │ │ "2033": 155, ├── libgromacs-dev_2020.6-2_i386.deb │ ├── file list │ │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2021-03-29 04:45:03.000000 debian-binary │ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4172 2021-03-29 04:45:03.000000 control.tar.xz │ │ --rw-r--r-- 0 0 0 182920 2021-03-29 04:45:03.000000 data.tar.xz │ │ +-rw-r--r-- 0 0 0 182912 2021-03-29 04:45:03.000000 data.tar.xz │ ├── control.tar.xz │ │ ├── control.tar │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │ │┄ Files differ │ ├── data.tar.xz │ │ ├── data.tar │ │ │ ├── file list │ │ │ │ @@ -134,19 +134,19 @@ │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1722 2021-03-29 04:45:03.000000 ./usr/share/gromacs/cmake/gmxapi/gmxapi-config-version.cmake │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1181 2021-03-29 04:45:03.000000 ./usr/share/gromacs/cmake/gmxapi/gmxapi-config.cmake │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 936 2021-03-29 04:45:03.000000 ./usr/share/gromacs/cmake/gmxapi/gmxapi-release.cmake │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3281 2021-03-29 04:45:03.000000 ./usr/share/gromacs/cmake/gmxapi/gmxapi.cmake │ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2021-03-29 04:45:03.000000 ./usr/share/gromacs/cmake/gromacs/ │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2025 2021-03-29 04:45:03.000000 ./usr/share/gromacs/cmake/gromacs/gromacs-config-version.cmake │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 6215 2021-03-29 04:45:03.000000 ./usr/share/gromacs/cmake/gromacs/gromacs-config.cmake │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2312 2021-03-29 04:45:03.000000 ./usr/share/gromacs/cmake/gromacs/gromacs-toolchain.cmake │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2314 2021-03-29 04:45:03.000000 ./usr/share/gromacs/cmake/gromacs/gromacs-toolchain.cmake │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 851 2021-03-29 04:45:03.000000 ./usr/share/gromacs/cmake/gromacs/libgromacs-release.cmake │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3592 2021-03-29 04:45:03.000000 ./usr/share/gromacs/cmake/gromacs/libgromacs.cmake │ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2021-03-29 04:45:03.000000 ./usr/share/gromacs/cmake/gromacs_d/ │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2312 2021-03-29 04:45:03.000000 ./usr/share/gromacs/cmake/gromacs_d/gromacs-toolchain_d.cmake │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2314 2021-03-29 04:45:03.000000 ./usr/share/gromacs/cmake/gromacs_d/gromacs-toolchain_d.cmake │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2025 2021-03-29 04:45:03.000000 ./usr/share/gromacs/cmake/gromacs_d/gromacs_d-config-version.cmake │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 6220 2021-03-29 04:45:03.000000 ./usr/share/gromacs/cmake/gromacs_d/gromacs_d-config.cmake │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 857 2021-03-29 04:45:03.000000 ./usr/share/gromacs/cmake/gromacs_d/libgromacs-release.cmake │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3592 2021-03-29 04:45:03.000000 ./usr/share/gromacs/cmake/gromacs_d/libgromacs.cmake │ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2021-03-29 04:45:03.000000 ./usr/share/gromacs/template/ │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1851 2021-03-04 14:49:48.000000 ./usr/share/gromacs/template/CMakeLists.txt │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1196 2021-03-04 14:49:48.000000 ./usr/share/gromacs/template/Makefile.pkg │ │ │ ├── ./usr/share/gromacs/cmake/gromacs/gromacs-toolchain.cmake │ │ │ │ @@ -30,15 +30,15 @@ │ │ │ │ # official version at http://www.gromacs.org. │ │ │ │ # │ │ │ │ # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite │ │ │ │ # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org. │ │ │ │ │ │ │ │ # Setting CMAKE_SYSTEM_NAME tells CMake we are cross compiling. │ │ │ │ SET(CMAKE_SYSTEM_NAME "Linux") │ │ │ │ -SET(CMAKE_SYSTEM_VERSION "6.1.0-17-amd64") │ │ │ │ +SET(CMAKE_SYSTEM_VERSION "6.1.0-17-686-pae") │ │ │ │ SET(CMAKE_C_COMPILER "/usr/bin/cc") │ │ │ │ SET(CMAKE_CXX_COMPILER "/usr/bin/c++") │ │ │ │ SET(CMAKE_LINKER "/usr/bin/ld") │ │ │ │ # The following are only relevant in Mac OS X environments. │ │ │ │ SET(CMAKE_OSX_DEPLOYMENT_TARGET "" CACHE STRING "OS X Deployment target" FORCE) │ │ │ │ SET(CMAKE_OSX_ARCHITECTURES "") │ │ │ │ # Ref: https://stackoverflow.com/questions/32414112/setting-sdk-on-cross-compilation-to-osx-in-cmake │ │ │ ├── ./usr/share/gromacs/cmake/gromacs_d/gromacs-toolchain_d.cmake │ │ │ │ @@ -30,15 +30,15 @@ │ │ │ │ # official version at http://www.gromacs.org. │ │ │ │ # │ │ │ │ # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite │ │ │ │ # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org. │ │ │ │ │ │ │ │ # Setting CMAKE_SYSTEM_NAME tells CMake we are cross compiling. │ │ │ │ SET(CMAKE_SYSTEM_NAME "Linux") │ │ │ │ -SET(CMAKE_SYSTEM_VERSION "6.1.0-17-amd64") │ │ │ │ +SET(CMAKE_SYSTEM_VERSION "6.1.0-17-686-pae") │ │ │ │ SET(CMAKE_C_COMPILER "/usr/bin/cc") │ │ │ │ SET(CMAKE_CXX_COMPILER "/usr/bin/c++") │ │ │ │ SET(CMAKE_LINKER "/usr/bin/ld") │ │ │ │ # The following are only relevant in Mac OS X environments. │ │ │ │ SET(CMAKE_OSX_DEPLOYMENT_TARGET "" CACHE STRING "OS X Deployment target" FORCE) │ │ │ │ SET(CMAKE_OSX_ARCHITECTURES "") │ │ │ │ # Ref: https://stackoverflow.com/questions/32414112/setting-sdk-on-cross-compilation-to-osx-in-cmake