Computation times¶
│ │ │ │ -04:06.511 total execution time for examples files:
│ │ │ │ +04:16.686 total execution time for examples files:
│ │ │ │Global minimization using the brute method (a.k.a. grid search) ( |
│ │ │ │ -02:08.950 |
│ │ │ │ +01:55.278 |
│ │ │ │ 0.0 MB |
│ │ │ │
Calculate Confidence Intervals ( |
│ │ │ │ -01:22.782 |
│ │ │ │ +01:45.775 |
│ │ │ │ 0.0 MB |
│ │ │ │
Fit Two Dimensional Peaks ( |
│ │ │ │ -00:12.859 |
│ │ │ │ +00:10.699 |
│ │ │ │ 0.0 MB |
│ │ │ │
Outlier detection via leave-one-out ( |
│ │ │ │ -00:04.205 |
│ │ │ │ +||
Building a lmfit model with SymPy ( |
│ │ │ │ +00:05.701 |
│ │ │ │ 0.0 MB |
│ │ │ │ |
Building a lmfit model with SymPy ( |
│ │ │ │ -00:03.943 |
│ │ │ │ +||
Outlier detection via leave-one-out ( |
│ │ │ │ +00:04.506 |
│ │ │ │ 0.0 MB |
│ │ │ │ |
Complex Resonator Model ( |
│ │ │ │ -00:02.592 |
│ │ │ │ +00:02.550 |
│ │ │ │ 0.0 MB |
│ │ │ │
Fit Using differential_evolution Algorithm ( |
│ │ │ │ -00:01.784 |
│ │ │ │ +00:01.847 |
│ │ │ │ 0.0 MB |
│ │ │ │
Fit using the Model interface ( |
│ │ │ │ -00:01.503 |
│ │ │ │ +00:01.639 |
│ │ │ │ 0.0 MB |
│ │ │ │
Fit Specifying Different Reduce Function ( |
│ │ │ │ -00:01.132 |
│ │ │ │ +00:01.525 |
│ │ │ │ 0.0 MB |
│ │ │ │
Fit Multiple Data Sets ( |
│ │ │ │ -00:01.020 |
│ │ │ │ +||
Fit Using Bounds ( |
│ │ │ │ +00:01.355 |
│ │ │ │ 0.0 MB |
│ │ │ │ |
Fit with Data in a pandas DataFrame ( |
│ │ │ │ -00:01.004 |
│ │ │ │ +||
Fit Multiple Data Sets ( |
│ │ │ │ +00:01.024 |
│ │ │ │ 0.0 MB |
│ │ │ │ |
Fit Using Bounds ( |
│ │ │ │ -00:00.993 |
│ │ │ │ +||
Fit with Algebraic Constraint ( |
│ │ │ │ +00:01.005 |
│ │ │ │ 0.0 MB |
│ │ │ │ |
Fit with Algebraic Constraint ( |
│ │ │ │ -00:00.957 |
│ │ │ │ +||
Fit with Data in a pandas DataFrame ( |
│ │ │ │ +00:00.996 |
│ │ │ │ 0.0 MB |
│ │ │ │ |
Fit Using Inequality Constraint ( |
│ │ │ │ -00:00.946 |
│ │ │ │ +||
Fit Specifying a Function to Compute the Jacobian ( |
│ │ │ │ +00:00.983 |
│ │ │ │ 0.0 MB |
│ │ │ │ |
Fit Specifying a Function to Compute the Jacobian ( |
│ │ │ │ -00:00.931 |
│ │ │ │ +||
Fit Using Inequality Constraint ( |
│ │ │ │ +00:00.919 |
│ │ │ │ 0.0 MB |
│ │ │ │ |
Using an ExpressionModel ( |
│ │ │ │ -00:00.909 |
│ │ │ │ +00:00.883 |
│ │ │ │ 0.0 MB |
│ │ │ │
Model Selection using lmfit and emcee ( |
│ │ │ │ 00:00.000 |
│ │ │ │ 0.0 MB |
│ │ │ │ |
Emcee and the Model Interface ( |
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/python3-lmfit/html/searchindex.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -822,15 +822,15 @@
│ │ │ │ │ "awai": [1, 16, 26],
│ │ │ │ │ "don": [1, 5, 19],
│ │ │ │ │ "want": [1, 3, 5, 6, 26, 28, 29, 30, 33],
│ │ │ │ │ "let": [1, 6, 7, 18, 19, 30],
│ │ │ │ │ "13": [1, 4, 6, 7, 8, 9, 14, 20, 26, 27],
│ │ │ │ │ "skip": [1, 5],
│ │ │ │ │ "around": [1, 2, 25, 26, 30],
│ │ │ │ │ - "16": [1, 6, 8, 19, 33],
│ │ │ │ │ + "16": [1, 6, 8, 19, 24, 33],
│ │ │ │ │ "19": [1, 12, 13, 14, 28],
│ │ │ │ │ "21": [1, 6, 7, 10, 13, 16, 19, 20, 33],
│ │ │ │ │ "23": [1, 12, 13, 33],
│ │ │ │ │ "bkg": 1,
│ │ │ │ │ "updat": [1, 3, 25, 26, 30, 31, 33],
│ │ │ │ │ "param": [1, 2, 3, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 29, 30, 31, 33],
│ │ │ │ │ "object": [1, 2, 3, 5, 6, 12, 22, 25, 26, 27, 29, 30, 31, 33],
│ │ │ │ │ @@ -849,15 +849,15 @@
│ │ │ │ │ "extrem": 1,
│ │ │ │ │ "high": [1, 26, 27, 28, 30],
│ │ │ │ │ "locat": [1, 22, 26],
│ │ │ │ │ "impact": [1, 4, 25],
│ │ │ │ │ "select": [1, 2, 21, 24, 26, 28, 29, 33],
│ │ │ │ │ "tabl": [1, 26, 30, 31],
│ │ │ │ │ "knot_xvals1": 1,
│ │ │ │ │ - "12": [1, 4, 13, 15, 17, 19, 24, 27],
│ │ │ │ │ + "12": [1, 4, 13, 15, 17, 27],
│ │ │ │ │ "223": 1,
│ │ │ │ │ "295": [1, 16],
│ │ │ │ │ "knot_xvals2": 1,
│ │ │ │ │ "746": 1,
│ │ │ │ │ "594": 1,
│ │ │ │ │ "knot_xvals3": 1,
│ │ │ │ │ "052": 1,
│ │ │ │ │ @@ -871,15 +871,15 @@
│ │ │ │ │ "basic": [1, 4, 9, 25, 27, 29, 30, 31],
│ │ │ │ │ "baselin": 1,
│ │ │ │ │ "ask": [1, 4, 27, 30],
│ │ │ │ │ "whether": [1, 2, 6, 23, 26, 28, 30, 31, 32],
│ │ │ │ │ "spectra": 1,
│ │ │ │ │ "impos": [1, 3],
│ │ │ │ │ "nearbi": 1,
│ │ │ │ │ - "10": [1, 2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10, 11, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 27, 30, 31],
│ │ │ │ │ + "10": [1, 2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10, 11, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 30, 31],
│ │ │ │ │ "confid": [1, 4, 21, 24, 26, 27, 28, 29, 30, 33],
│ │ │ │ │ "care": [1, 33],
│ │ │ │ │ "modul": [2, 3, 4, 19, 25, 27, 30, 33],
│ │ │ │ │ "model": [2, 3, 4, 6, 8, 9, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 19, 20, 21, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 31, 33],
│ │ │ │ │ "But": [2, 22, 29, 30],
│ │ │ │ │ "two": [2, 3, 4, 6, 8, 21, 22, 24, 25, 26, 27, 30, 33],
│ │ │ │ │ "exponenti": [2, 4, 5, 15, 22, 23, 26, 27, 30, 31, 33],
│ │ │ │ │ @@ -972,15 +972,15 @@
│ │ │ │ │ "tutori": [2, 29],
│ │ │ │ │ "offer": [2, 30],
│ │ │ │ │ "jakevdp": 2,
│ │ │ │ │ "github": [2, 5, 6, 11, 14, 16, 17, 27, 28, 32, 33],
│ │ │ │ │ "io": [2, 5, 11, 14, 16, 17, 26],
│ │ │ │ │ "blog": 2,
│ │ │ │ │ "2014": [2, 26],
│ │ │ │ │ - "03": [2, 6, 12, 24],
│ │ │ │ │ + "03": [2, 6, 12],
│ │ │ │ │ "frequent": [2, 4, 27],
│ │ │ │ │ "practic": [2, 7, 26, 29],
│ │ │ │ │ "intro": 2,
│ │ │ │ │ "p_name": 2,
│ │ │ │ │ "fals": [2, 5, 6, 8, 22, 23, 26, 29, 30, 31, 33],
│ │ │ │ │ "maxit": [2, 26, 33],
│ │ │ │ │ "verbos": [2, 7, 30],
│ │ │ │ │ @@ -1310,15 +1310,15 @@
│ │ │ │ │ "arang": [5, 9, 12],
│ │ │ │ │ "len": [5, 6, 15, 17],
│ │ │ │ │ "98535246": 5,
│ │ │ │ │ "28002506": 5,
│ │ │ │ │ "01": [5, 6, 11, 12, 14, 19, 24],
│ │ │ │ │ "97268207": 5,
│ │ │ │ │ "11134751": 5,
│ │ │ │ │ - "931": [5, 15, 24],
│ │ │ │ │ + "931": 5,
│ │ │ │ │ "attempt": [5, 26],
│ │ │ │ │ "convention": 5,
│ │ │ │ │ "lengthi": [5, 6],
│ │ │ │ │ "data_with_hol": 5,
│ │ │ │ │ "copi": [5, 6, 23, 26, 29, 30, 31, 33],
│ │ │ │ │ "700": [5, 25, 33],
│ │ │ │ │ "15448808": 5,
│ │ │ │ │ @@ -1367,15 +1367,15 @@
│ │ │ │ │ "24334999": 5,
│ │ │ │ │ "42": 5,
│ │ │ │ │ "92065221": 5,
│ │ │ │ │ "13488198": 5,
│ │ │ │ │ "62": 5,
│ │ │ │ │ "total": [5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 22, 23, 24, 26, 30],
│ │ │ │ │ "minut": [5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 22, 23],
│ │ │ │ │ - "503": [5, 24, 33],
│ │ │ │ │ + "639": [5, 24],
│ │ │ │ │ "example_model_interfac": [5, 24],
│ │ │ │ │ "jupyt": [5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 28, 33],
│ │ │ │ │ "ipynb": [5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 22, 23, 26],
│ │ │ │ │ "sphinx": [5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 28, 33],
│ │ │ │ │ "multidimension": [6, 26],
│ │ │ │ │ "minimum": [6, 26, 33],
│ │ │ │ │ "finit": [6, 25, 26, 31, 33],
│ │ │ │ │ @@ -1471,18 +1471,18 @@
│ │ │ │ │ "wave": [6, 29],
│ │ │ │ │ "synthet": [6, 8, 10, 11, 14, 15, 17, 18],
│ │ │ │ │ "301": 6,
│ │ │ │ │ "025": 6,
│ │ │ │ │ "o": [6, 9, 10, 11, 12, 14, 15, 16, 17, 18, 23, 28, 30],
│ │ │ │ │ "fcn2min": [6, 31],
│ │ │ │ │ "omega": [6, 10, 17],
│ │ │ │ │ - "05": [6, 7, 8, 11, 16],
│ │ │ │ │ + "05": [6, 7, 8, 11, 16, 24],
│ │ │ │ │ "contrast": 6,
│ │ │ │ │ "howev": [6, 22, 25, 26, 28, 30],
│ │ │ │ │ - "005": 6,
│ │ │ │ │ + "005": [6, 13, 24],
│ │ │ │ │ "571": [6, 33],
│ │ │ │ │ "fcn_arg": [6, 8, 13, 15, 16, 26, 30],
│ │ │ │ │ "result_brut": 6,
│ │ │ │ │ "ax": [6, 8, 9, 19, 26, 30],
│ │ │ │ │ "similarli": [6, 18, 26, 31],
│ │ │ │ │ "dictat": 6,
│ │ │ │ │ "latter": [6, 29],
│ │ │ │ │ @@ -1616,15 +1616,16 @@
│ │ │ │ │ "lvls2": 6,
│ │ │ │ │ "lvl": 6,
│ │ │ │ │ "concaten": [6, 25],
│ │ │ │ │ "contourf": [6, 8],
│ │ │ │ │ "norm": 6,
│ │ │ │ │ "set_ytick": 6,
│ │ │ │ │ "savefig": 6,
│ │ │ │ │ - "950": [6, 24],
│ │ │ │ │ + "55": [6, 9, 13, 24],
│ │ │ │ │ + "278": [6, 24],
│ │ │ │ │ "example_brut": [6, 24],
│ │ │ │ │ "khalil": 7,
│ │ │ │ │ "et": 7,
│ │ │ │ │ "al": 7,
│ │ │ │ │ "arxiv": 7,
│ │ │ │ │ "1108": 7,
│ │ │ │ │ "3117": 7,
│ │ │ │ │ @@ -1729,15 +1730,15 @@
│ │ │ │ │ "047e": 7,
│ │ │ │ │ "quantiti": [7, 31],
│ │ │ │ │ "plot_ri": 7,
│ │ │ │ │ "imag": [7, 21, 30],
│ │ │ │ │ "fit_s21": 7,
│ │ │ │ │ "guess_s21": 7,
│ │ │ │ │ "im": 7,
│ │ │ │ │ - "592": [7, 24],
│ │ │ │ │ + "550": [7, 24, 33],
│ │ │ │ │ "example_complex_resonator_model": [7, 24],
│ │ │ │ │ "argsort": 8,
│ │ │ │ │ "sign": [8, 14],
│ │ │ │ │ "interp1d": 8,
│ │ │ │ │ "argu": [8, 14],
│ │ │ │ │ "p_true": [8, 14],
│ │ │ │ │ "33": [8, 12, 17],
│ │ │ │ │ @@ -1772,15 +1773,15 @@
│ │ │ │ │ "sharei": 8,
│ │ │ │ │ "setp": 8,
│ │ │ │ │ "get_xticklabel": 8,
│ │ │ │ │ "visibl": 8,
│ │ │ │ │ "get_yticklabel": 8,
│ │ │ │ │ "autoscal": 8,
│ │ │ │ │ "73": [8, 19],
│ │ │ │ │ - "45": 8,
│ │ │ │ │ + "45": [8, 24],
│ │ │ │ │ "14795": 8,
│ │ │ │ │ "09863": 8,
│ │ │ │ │ "04934": 8,
│ │ │ │ │ "07083": 8,
│ │ │ │ │ "04939": 8,
│ │ │ │ │ "09886": 8,
│ │ │ │ │ "14847": 8,
│ │ │ │ │ @@ -1813,16 +1814,15 @@
│ │ │ │ │ "set_rot": 8,
│ │ │ │ │ "pr": [8, 33],
│ │ │ │ │ "30": [8, 9, 13, 19],
│ │ │ │ │ "lw": 8,
│ │ │ │ │ "slinear": 8,
│ │ │ │ │ "xn": 8,
│ │ │ │ │ "tight_layout": 8,
│ │ │ │ │ - "22": [8, 24, 25, 33],
│ │ │ │ │ - "782": [8, 24],
│ │ │ │ │ + "775": [8, 24],
│ │ │ │ │ "example_confidence_interv": [8, 24],
│ │ │ │ │ "identifi": [9, 30],
│ │ │ │ │ "influenc": [9, 26, 30],
│ │ │ │ │ "datapoint": 9,
│ │ │ │ │ "defaultdict": 9,
│ │ │ │ │ "idx": 9,
│ │ │ │ │ "randint": [9, 17],
│ │ │ │ │ @@ -1837,15 +1837,14 @@
│ │ │ │ │ "612196": 9,
│ │ │ │ │ "70062332": 9,
│ │ │ │ │ "08937623": 9,
│ │ │ │ │ "00590168": 9,
│ │ │ │ │ "60": [9, 12, 22],
│ │ │ │ │ "51298996": 9,
│ │ │ │ │ "46229147": 9,
│ │ │ │ │ - "55": [9, 13],
│ │ │ │ │ "601": [9, 13, 16],
│ │ │ │ │ "lambda": 9,
│ │ │ │ │ "zero": [9, 22, 26, 33],
│ │ │ │ │ "chi_sq": 9,
│ │ │ │ │ "zeros_lik": 9,
│ │ │ │ │ "idx2": 9,
│ │ │ │ │ "delet": 9,
│ │ │ │ │ @@ -1853,15 +1852,15 @@
│ │ │ │ │ "tmp": 9,
│ │ │ │ │ "tpar": 9,
│ │ │ │ │ "red": 9,
│ │ │ │ │ "fig": [9, 19, 30],
│ │ │ │ │ "figsiz": [9, 19],
│ │ │ │ │ "col": 9,
│ │ │ │ │ "err": 9,
│ │ │ │ │ - "205": [9, 24],
│ │ │ │ │ + "506": [9, 24, 33],
│ │ │ │ │ "example_detect_outli": [9, 24],
│ │ │ │ │ "resid": [10, 12, 17, 22, 25, 26, 30],
│ │ │ │ │ "ydata": [10, 17],
│ │ │ │ │ "offset": [10, 13, 17, 25],
│ │ │ │ │ "y_model": [10, 17],
│ │ │ │ │ "yn": [10, 17, 18],
│ │ │ │ │ "450": 10,
│ │ │ │ │ @@ -1879,24 +1878,24 @@
│ │ │ │ │ "98700821": 10,
│ │ │ │ │ "02079710": 10,
│ │ │ │ │ "52": [10, 11, 13],
│ │ │ │ │ "80253574": 10,
│ │ │ │ │ "19401987": 10,
│ │ │ │ │ "76279843": 10,
│ │ │ │ │ "04073302": 10,
│ │ │ │ │ - "06": [10, 24],
│ │ │ │ │ + "06": 10,
│ │ │ │ │ "755": [10, 33],
│ │ │ │ │ "o2": [10, 17],
│ │ │ │ │ "1425": 10,
│ │ │ │ │ "96333133": 10,
│ │ │ │ │ "98700854": 10,
│ │ │ │ │ "80252613": 10,
│ │ │ │ │ "76284516": 10,
│ │ │ │ │ "diffev": 10,
│ │ │ │ │ - "784": [10, 24],
│ │ │ │ │ + "847": [10, 24],
│ │ │ │ │ "example_diffev": [10, 24],
│ │ │ │ │ "builtin_model": 11,
│ │ │ │ │ "201": 11,
│ │ │ │ │ "cen": [11, 12, 30, 31],
│ │ │ │ │ "gmod": 11,
│ │ │ │ │ "_eval": 11,
│ │ │ │ │ "01951689": 11,
│ │ │ │ │ @@ -1910,15 +1909,15 @@
│ │ │ │ │ "00512076": 11,
│ │ │ │ │ "80121155": 11,
│ │ │ │ │ "6847e": 11,
│ │ │ │ │ "50029615": 11,
│ │ │ │ │ "577": [11, 19],
│ │ │ │ │ "init_fit": [11, 30, 33],
│ │ │ │ │ "best_fit": [11, 16, 30],
│ │ │ │ │ - "909": [11, 24],
│ │ │ │ │ + "883": [11, 24],
│ │ │ │ │ "example_expression_model": [11, 24],
│ │ │ │ │ "simultan": [12, 25],
│ │ │ │ │ "flatten": [12, 25, 26],
│ │ │ │ │ "interfac": [12, 21, 24, 27, 30],
│ │ │ │ │ "gauss": [12, 22],
│ │ │ │ │ "gauss_dataset": 12,
│ │ │ │ │ "amp_": 12,
│ │ │ │ │ @@ -1978,15 +1977,15 @@
│ │ │ │ │ "297": 12,
│ │ │ │ │ "292": 12,
│ │ │ │ │ "266": 12,
│ │ │ │ │ "258": 12,
│ │ │ │ │ "111": 12,
│ │ │ │ │ "109": 12,
│ │ │ │ │ "y_fit": 12,
│ │ │ │ │ - "020": [12, 24, 31],
│ │ │ │ │ + "024": [12, 24],
│ │ │ │ │ "example_fit_multi_dataset": [12, 24],
│ │ │ │ │ "yg": 13,
│ │ │ │ │ "amp_g": [13, 16],
│ │ │ │ │ "cen_g": [13, 16],
│ │ │ │ │ "wid_g": [13, 16],
│ │ │ │ │ "yl": 13,
│ │ │ │ │ "amp_l": [13, 16],
│ │ │ │ │ @@ -2033,15 +2032,14 @@
│ │ │ │ │ "623": [13, 33],
│ │ │ │ │ "612": [13, 33],
│ │ │ │ │ "588": [13, 33],
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│ │ │ │ │ "387": 13,
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