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Offset 184, 25 lines modified | Offset 184, 25 lines modified |
184 | q» 9791» .» A»C» 541.533».» AB=0.45098;ABP=4.07475;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=23;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=3.10471;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=124.693;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=833;QR=1018;RO=27;RPL=13;RPP=3.86001;RPPR=3.73412;RPR=10;RUN=1;SAF=8;SAP=7.63648;SAR=15;SRF=14;SRP=3.09072;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/1:51:27,23:27:1018:23:833:-60.0624,0,-76.7052 | 184 | q» 9791» .» A»C» 541.533».» AB=0.45098;ABP=4.07475;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=23;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=3.10471;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=124.693;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=833;QR=1018;RO=27;RPL=13;RPP=3.86001;RPPR=3.73412;RPR=10;RUN=1;SAF=8;SAP=7.63648;SAR=15;SRF=14;SRP=3.09072;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/1:51:27,23:27:1018:23:833:-60.0624,0,-76.7052 |
185 | q» 10132» .»A» C» 0» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=18.4519;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.9393;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1308;RO=36;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.9754;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=18;SRP=3.0103;SRR=18;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:38:36,2:36:1308:2:30:0,-8.58916,-115.138 | 185 | q» 10132» .»A» C» 0» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=18.4519;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.9393;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1308;RO=36;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.9754;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=18;SRP=3.0103;SRR=18;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:38:36,2:36:1308:2:30:0,-8.58916,-115.138 |
186 | q» 10153» .»A» C» 1.05944e-16» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=12.2071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=45.6626;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1197;RO=34;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=5.30951;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=15;SRP=4.03217;SRR=19;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:36:34,2:34:1197:2:30:0,-7.9871,-105.156 | 186 | q» 10153» .»A» C» 1.05944e-16» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=12.2071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=45.6626;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1197;RO=34;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=5.30951;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=15;SRP=4.03217;SRR=19;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:36:34,2:34:1197:2:30:0,-7.9871,-105.156 |
187 | q» 10284» .»T» A» 1.28783e-13» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.86001;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31.2858;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=843;RO=23;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=5.3706;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=9;SRP=5.3706;SRR=14;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL»0/0:26:23,2:23:843:2:31:0,-4.73244,-73.2227 | 187 | q» 10284» .»T» A» 1.28783e-13» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.86001;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31.2858;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=843;RO=23;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=5.3706;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=9;SRP=5.3706;SRR=14;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL»0/0:26:23,2:23:843:2:31:0,-4.73244,-73.2227 |
188 | q» 10302» .»T» A» 1.37892e-13» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31.0753;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=671;RO=24;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=12;SRP=3.0103;SRR=12;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1»GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:26:24,2:24:671:2:30:0,-4.9768,-57.7866 | 188 | q» 10302» .»T» A» 1.37892e-13» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31.0753;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=671;RO=24;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=12;SRP=3.0103;SRR=12;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1»GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:26:24,2:24:671:2:30:0,-4.9768,-57.7866 |
189 | q» 10380» .»A» C» 1.61616e-13» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31;PAIRED=1;PAIREDR=0.964286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=997;RO=28;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=7.97367;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=15;SRP=3.32051;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:30:28,2:28:997:2:55:0,-3.8666,-84.8508 | 189 | q» 10380» .»A» C» 1.61616e-13» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31;PAIRED=1;PAIREDR=0.964286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=997;RO=28;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=7.97367;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=15;SRP=3.32051;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:30:28,2:28:997:2:55:0,-3.8666,-84.8508 |
190 | q» 10444» .»C» A» 0» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.1111;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.9393;PAIRED=1;PAIREDR=0.972222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1267;RO=36;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=6.8707;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=17;SRP=3.25157;SRR=19;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:38:36,2:36:1267:2:30:0,-8.58916,-111.153 | 190 | q» 10444» .»C» A» 0» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.1111;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.9393;PAIRED=1;PAIREDR=0.972222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1267;RO=36;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=6.8707;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=17;SRP=3.25157;SRR=19;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:38:36,2:36:1267:2:30:0,-8.58916,-111.153 |
191 | q» 10469» .»T» A» 9.70425e-15» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=13.4334;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=36.421;PAIRED=1;PAIREDR=0.966667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=48;QR=968;RO=30;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=5.61607;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=15;SRP=3.0103;SRR=15;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:32:30,2:30:968:2:48:0,-5.07379,-82.8316 | 191 | q» 10469» .»T» A» 9.71179e-15» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=13.4334;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=36.421;PAIRED=1;PAIREDR=0.966667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=48;QR=968;RO=30;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=5.61607;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=15;SRP=3.0103;SRR=15;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:32:30,2:30:968:2:48:0,-5.07379,-82.8316 |
192 | q» 10494» .»T» A» 9.59124e-15» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=6.44263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.3256;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39;QR=980;RO=31;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.08035;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=13;SRP=4.76149;SRR=18;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:33:31,2:31:980:2:39:0,-6.22911,-84.7558 | 192 | q» 10494» .»T» A» 9.59124e-15» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=6.44263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.3256;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39;QR=980;RO=31;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.08035;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=13;SRP=4.76149;SRR=18;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:33:31,2:31:980:2:39:0,-6.22911,-84.7558 |
193 | q» 10500» .»C» A» 1.27856e-14» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=9.79615;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=39.6512;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39;QR=967;RO=32;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.28173;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=14;SRP=4.09604;SRR=18;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:34:32,2:32:967:2:39:0,-6.53014,-83.5841 | 193 | q» 10500» .»C» A» 1.27856e-14» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=9.79615;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=39.6512;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39;QR=967;RO=32;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.28173;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=14;SRP=4.09604;SRR=18;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:34:32,2:32:967:2:39:0,-6.53014,-83.5841 |
194 | q» 10506» .»G» A» 9.03327e-15» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=7.64277;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=37.6579;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36;QR=895;RO=30;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=4.16842;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=12;SRP=5.61607;SRR=18;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:32:30,2:30:895:2:36:0,-6.21302,-77.38 | 194 | q» 10506» .»G» A» 9.03327e-15» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=7.64277;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=37.6579;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36;QR=895;RO=30;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=4.16842;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=12;SRP=5.61607;SRR=18;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:32:30,2:30:895:2:36:0,-6.21302,-77.38 |
195 | q» 10508» .»T» A» 6.76541e-14» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=14.1779;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.0982;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=885;RO=28;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=3.32051;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=9;SRP=10.7656;SRR=19;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:32:28,4:28:885:4:69:0,-3.25056,-73.5337 | 195 | q» 10508» .»T» A» 6.76541e-14» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=14.1779;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.0982;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=885;RO=28;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=3.32051;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=9;SRP=10.7656;SRR=19;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:32:28,4:28:885:4:69:0,-3.25056,-73.5337 |
196 | q» 10529» .»C» A» 1.23994e-12» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.8881;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40;QR=629;RO=24;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=12;SRP=3.0103;SRR=12;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1»GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:26:24,2:24:629:2:40:0,-4.02692,-53.0437 | 196 | q» 10529» .»C» A» 1.23994e-12» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.8881;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40;QR=629;RO=24;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=12;SRP=3.0103;SRR=12;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1»GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:26:24,2:24:629:2:40:0,-4.02692,-53.0437 |
197 | q» 10532» .»C» A» 202.011» .» AB=0.407407;ABP=5.02092;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=3.20771;EPPR=3.55317;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.5147;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=368;QR=484;RO=16;RPL=6;RPP=3.20771;RPPR=5.18177;RPR=5;RUN=1;SAF=4;SAP=4.78696;SAR=7;SRF=9;SRP=3.55317;SRR=7;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/1:27:16,11:16:484:11:368:-25.2999,0,-35.7067 | 197 | q» 10532» .»C» A» 202.011» .» AB=0.407407;ABP=5.02092;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=3.20771;EPPR=3.55317;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.5147;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=368;QR=484;RO=16;RPL=6;RPP=3.20771;RPPR=5.18177;RPR=5;RUN=1;SAF=4;SAP=4.78696;SAR=7;SRF=9;SRP=3.55317;SRR=7;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/1:27:16,11:16:484:11:368:-25.2999,0,-35.7067 |
198 | q» 10541» .»G» A» 7.34553e-14» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.02092;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31.8062;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51;QR=924;RO=27;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.09072;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=12;SRP=3.73412;SRR=15;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:29:27,2:27:924:2:51:0,-3.88572,-78.5982 | 198 | q» 10541» .»G» A» 7.34553e-14» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.02092;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31.8062;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51;QR=924;RO=27;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.09072;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=12;SRP=3.73412;SRR=15;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:29:27,2:27:924:2:51:0,-3.88572,-78.5982 |
199 | q» 10553» .»C» A» 7.28166e-15» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=9.07545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=39.0348;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=879;RO=29;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.08518;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=14;SRP=3.08518;SRR=15;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:31:29,2:29:879:2:30:0,-6.48195,-76.518 | 199 | q» 10553» .»C» A» 7.28166e-15» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=9.07545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=39.0348;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=879;RO=29;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.08518;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=14;SRP=3.08518;SRR=15;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:31:29,2:29:879:2:30:0,-6.48195,-76.518 |
200 | q» 10570» .»T» A» 2.17581e-14» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=22.8638;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.5399;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45;QR=854;RO=28;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=4.25114;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=3.73412;SAR=1;SRF=14;SRP=3.0103;SRR=14;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:31:28,3:28:854:3:45:0,-5.13197,-72.9214 | 200 | q» 10570» .»T» A» 2.17581e-14» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=22.8638;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.5399;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45;QR=854;RO=28;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=4.25114;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=3.73412;SAR=1;SRF=14;SRP=3.0103;SRR=14;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:31:28,3:28:854:3:45:0,-5.13197,-72.9214 |
201 | q» 10638» .»A» G» 1.56404e-14» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=3.26577;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.1368;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=1247;RO=34;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=9.39698;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=24;SRP=15.5282;SRR=10;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:37:34,3:34:1247:3:70:0,-4.60566,-105.977 | 201 | q» 10638» .»A» G» 1.5648e-14» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=3.26577;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.1368;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=1247;RO=34;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=9.39698;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=24;SRP=15.5282;SRR=10;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:37:34,3:34:1247:3:70:0,-4.60566,-105.977 |
202 | q» 11080» .»A» C» 0» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.30951;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=41.6518;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=1270;RO=34;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=15.5282;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=24;SRP=15.5282;SRR=10;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL»0/0:36:34,2:34:1270:2:42:0,-6.8473,-110.587 | 202 | q» 11080» .»A» C» 0» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.30951;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=41.6518;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=1270;RO=34;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=15.5282;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=24;SRP=15.5282;SRR=10;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL»0/0:36:34,2:34:1270:2:42:0,-6.8473,-110.587 |
203 | q» 11108» .»A» G» 1.89558e-14» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.29983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=37.0748;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41;QR=1060;RO=30;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=13.4334;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=21;SRP=13.4334;SRR=9;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:33:30,2:30:1060:2:41:0,-5.95976,-91.7692 | 203 | q» 11108» .»A» G» 1.89558e-14» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.29983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=37.0748;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41;QR=1060;RO=30;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=13.4334;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=21;SRP=13.4334;SRR=9;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:33:30,2:30:1060:2:41:0,-5.95976,-91.7692 |
204 | q» 11247» .»A» C» 0» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.23888;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=49.6079;PAIRED=1;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1255;RO=38;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.23888;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=18;SRP=3.23888;SRR=20;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1»GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:40:38,2:38:1255:2:30:0,-9.19122,-110.355 | 204 | q» 11247» .»A» C» 0» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.23888;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=49.6079;PAIRED=1;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1255;RO=38;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.23888;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=18;SRP=3.23888;SRR=20;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1»GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:40:38,2:38:1255:2:30:0,-9.19122,-110.355 |
205 | q» 11261» .»T» C» 466.929» .» AB=0.571429;ABP=4.56135;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=20;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=4.31318;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=67.8739;PAIRED=0.95;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=696;QR=502;RO=15;RPL=7;RPP=6.91895;RPPR=4.31318;RPR=13;RUN=1;SAF=9;SAP=3.44459;SAR=11;SRF=6;SRP=4.31318;SRR=9;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/1:35:15,20:15:502:20:696:-52.3979,0,-34.9499 | 205 | q» 11261» .»T» C» 466.929» .» AB=0.571429;ABP=4.56135;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=20;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=4.31318;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=67.8739;PAIRED=0.95;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=696;QR=502;RO=15;RPL=7;RPP=6.91895;RPPR=4.31318;RPR=13;RUN=1;SAF=9;SAP=3.44459;SAR=11;SRF=6;SRP=4.31318;SRR=9;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/1:35:15,20:15:502:20:696:-52.3979,0,-34.9499 |
206 | q» 11334» .»G» T» 8.9657e-15» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=3.06598;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=39.9619;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=92;QR=1347;RO=39;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=5.73856;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=17;SRP=4.40227;SRR=22;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:42:39,3:39:1347:3:92:0,-4.06266,-112.904 | 206 | q» 11334» .»G» T» 8.9657e-15» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=3.06598;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=39.9619;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=92;QR=1347;RO=39;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=5.73856;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=17;SRP=4.40227;SRR=22;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:42:39,3:39:1347:3:92:0,-4.06266,-112.904 |
207 | q» 11492» .»C» A» 1.93169e-14» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=21.5402;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=34.8974;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=1122;RO=30;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.29983;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=17;SRP=4.16842;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:32:30,2:30:1122:2:55:0,-4.41208,-96.0481 | 207 | q» 11492» .»C» A» 1.93169e-14» .» AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=21.5402;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=34.8974;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=1122;RO=30;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.29983;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=17;SRP=4.16842;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL» 0/0:32:30,2:30:1122:2:55:0,-4.41208,-96.0481 |
208 | q» 11536» .»T» C» 648.81».» AB=0.648649;ABP=10.1116;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=24;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=4.45795;EPPR=3.17734;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=53.8563;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=913;QR=444;RO=13;RPL=11;RPP=3.37221;RPPR=3.17734;RPR=13;RUN=1;SAF=15;SAP=6.26751;SAR=9;SRF=8;SRP=4.51363;SRR=5;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL»0/1:37:13,24:13:444:24:913:-71.3353,0,-29.1374 | 208 | q» 11536» .»T» C» 648.81».» AB=0.648649;ABP=10.1116;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=24;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=4.45795;EPPR=3.17734;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=53.8563;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=913;QR=444;RO=13;RPL=11;RPP=3.37221;RPPR=3.17734;RPR=13;RUN=1;SAF=15;SAP=6.26751;SAR=9;SRF=8;SRP=4.51363;SRR=5;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1» GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL»0/1:37:13,24:13:444:24:913:-71.3353,0,-29.1374 |