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./usr/share/man/man1/mia-3dlandmarks-transform.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1722 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dlerp.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 7892 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dmany2one-nonrigid.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1873 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dmaskseeded.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2563 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dmotioncompica-nonrigid.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9545 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dnonrigidreg-alt.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9406 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dnonrigidreg.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 10020 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dprealign-nonrigid.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5803 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dpropose-boundingbox.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1877 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dmaskseeded.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2558 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dmotioncompica-nonrigid.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9543 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dnonrigidreg-alt.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9401 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dnonrigidreg.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 10016 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dprealign-nonrigid.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5802 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dpropose-boundingbox.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5110 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3drigidreg.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1936 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dsegment-ahmed.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2575 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dsegment-local-cmeans.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9442 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dserial-nonrigid.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1586 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dseries-track-intensity.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1368 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dtrackpixelmovement.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1713 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dtransform.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1930 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dsegment-ahmed.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2570 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dsegment-local-cmeans.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9437 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dserial-nonrigid.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1585 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dseries-track-intensity.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1369 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dtrackpixelmovement.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1714 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dtransform.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1313 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dtransform2vf.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1267 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dvectorfieldcreate.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1657 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dvf2transform.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1268 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dvectorfieldcreate.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1660 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dvf2transform.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1267 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dvfcompare.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1121 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-cmeans.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 883 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-filenumberpattern.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 990 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-labelsort.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 6457 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-mesh-deformable-model.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2139 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-mesh-to-maskimage.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1954 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-meshdistance-to-stackmask.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2437 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-meshfilter.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1660 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-multihist.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 987 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-labelsort.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 6458 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-mesh-deformable-model.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2143 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-mesh-to-maskimage.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1955 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-meshdistance-to-stackmask.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2436 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-meshfilter.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1656 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-multihist.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 901 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-myowavelettest.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 850 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-plugin-help.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1737 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-raw2image.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1741 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-raw2image.1.gz │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1805 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-raw2volume.1.gz │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1090 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-wavelettrans.1.gz │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1086 2023-08-29 09:00:00.000000 ./usr/share/man/man1/mia-wavelettrans.1.gz │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dbinarycombine.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dbinarycombine.1 │ │ │ │ │ @@ -5,21 +5,21 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dbinarycombine \-1 \-2 \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dbinarycombine │ │ │ │ │ This program is used to combine two binary images by some kind of operation. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-1 \-\-file1=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-1 \-\-file1=(input, required); io" │ │ │ │ │ input mask image 1 │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-2 \-\-file2=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-2 \-\-file2=(input, required); io" │ │ │ │ │ input mask image 2 │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ output mask image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-p \-\-operation=nor" │ │ │ │ │ Operation to be applied │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RS 10 │ │ │ │ │ .I │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2ddeform.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2ddeform.1 │ │ │ │ │ @@ -5,21 +5,21 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2ddeform \-i \-o \-t [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2ddeform │ │ │ │ │ This program is used to deform a 2D image using a deformation vector field. Input image and deformation field must be of the same size. The transformation formula is 'x -> x - v(x)' │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ input image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ transformed image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-t \-\-transformation=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-t \-\-transformation=(input, required); io" │ │ │ │ │ transformation vector field │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dvf/io │ │ │ │ │ .IP "\-p \-\-interpolator=bspline:d=3" │ │ │ │ │ image interpolator kernel │ │ │ │ │ For supported plugins see PLUGINS:1d/splinekernel │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2ddistance.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2ddistance.1 │ │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2ddistance \-i \-d \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2ddistance │ │ │ │ │ This program evaluate the average or maximum distance of a mask given by a binary image to an image representing a distance map and prints the result to stdout. The distance map can be obtained by running the filter 'diatance' on a binary image. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ input image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-d \-\-distance-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-d \-\-distance-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ distance field image (floating point) │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ │ output file, '\-': write to stdout │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-s \-\-scale=1" │ │ │ │ │ distance scaling factor │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2deval-transformquantity.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2deval-transformquantity.1 │ │ │ │ │ @@ -24,21 +24,21 @@ │ │ │ │ │ } │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ This example header has to be interpreted like follows: two-dimensional data, each entry consists of 7 values the values etry consists of a 2D vector, a scalar, and a 2x2 matrix (saved in row-major format).The data records represent strain tensors, and only a sparse set of points is given. The values are given as single floating point (32 bit). The original transformation field corresponds to images of 1000x1000 pixels and the binary data is stored in low endian format. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS │ │ │ │ │ File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ input point set, if this parameter is given a sparse evaluation of the quantity will be done, otherwise the quantity is evaluated for each grid point of the transformation range. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ │ output strains file, for a format description see above. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-t \-\-transformation=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-t \-\-transformation=(required, input); io" │ │ │ │ │ transformation of which the quantity will be evaluated. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dtransform/io │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS │ │ │ │ │ Parameters │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-q \-\-quantity=strain" │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dfluid-syn-registration.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dfluid-syn-registration.1 │ │ │ │ │ @@ -64,18 +64,18 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP " \-\-version" │ │ │ │ │ print the version number and exit │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-image=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-image=(required, input); io" │ │ │ │ │ test image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-r \-\-ref-image=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-r \-\-ref-image=(required, input); io" │ │ │ │ │ reference image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-transform=(output, required); io" │ │ │ │ │ output transformation │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dtransform/io │ │ │ │ │ .IP "\-O \-\-inverse-transform=(output, required); io" │ │ │ │ │ inverse output transformation │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dfluid.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dfluid.1 │ │ │ │ │ @@ -14,18 +14,18 @@ │ │ │ │ │ .UE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ It uses SSD as the sole registration criterion. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-image=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-image=(required, input); io" │ │ │ │ │ input (test) image to be registered │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-r \-\-ref-image=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-r \-\-ref-image=(required, input); io" │ │ │ │ │ reference image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-transformation=(output); io" │ │ │ │ │ output transformation comprising the registration │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dvf/io │ │ │ │ │ .IP "\-d \-\-out-image=(output); io" │ │ │ │ │ output image deformed according to the transformation │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dforce.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dforce.1 │ │ │ │ │ @@ -11,15 +11,15 @@ │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-i \-\-src-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ input image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-ref-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ reference image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ output force norm image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-c \-\-cost=(required); string" │ │ │ │ │ cost function to use │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dgroundtruthreg.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dgroundtruthreg.1 │ │ │ │ │ @@ -15,18 +15,18 @@ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Note that for this nonlinear motion correction a preceding linear registration step is usually required. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS │ │ │ │ │ File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=reg" │ │ │ │ │ file name base for registered files │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimagecombine-dice.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dimagecombine-dice.1 │ │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagecombine\-dice \-1 \-2 [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagecombine\-dice │ │ │ │ │ This program evaluate the dice index of two binary masks given as binary images. The result is written to stdout. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-1 \-\-in-file-1=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-1 \-\-in-file-1=(required, input); io" │ │ │ │ │ input image 1 │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-2 \-\-in-file-2=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-2 \-\-in-file-2=(required, input); io" │ │ │ │ │ input image 2 │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-V \-\-verbose=warning" │ │ │ │ │ verbosity of output, print messages of given level and higher priorities. Supported priorities starting at lowest level are: │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimagefilter.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dimagefilter.1 │ │ │ │ │ @@ -7,18 +7,18 @@ │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagefilter │ │ │ │ │ This program runs a series filters on a given input image. The filters are given as extra parameters on the command line and Ware run in the order in which they are given. To obtain a list of available filters you may run │ │ │ │ │ 'mia-plugin-help filter/2dimage' │ │ │ │ │ from the command line │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ input image(s) to be filtered │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ output image(s) that have been filtered │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-V \-\-verbose=warning" │ │ │ │ │ verbosity of output, print messages of given level and higher priorities. Supported priorities starting at lowest level are: │ │ │ │ │ @@ -348,15 +348,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B combiner │ │ │ │ │ Combine two images with the given combiner operator. if 'reverse' is set to false, the first operator is the image passed through the filter pipeline, and the second image is loaded from the file given with the 'image' parameter the moment the filter is run., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ image │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ second image that is needed in the combiner. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -692,15 +692,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B labelmap │ │ │ │ │ Image filter to remap label id's. Only applicable to images with integer valued intensities/labels., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ map │ │ │ │ │ -=(input, required, string) │ │ │ │ │ +=(required, input, string) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Label mapping file. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B labelscale │ │ │ │ │ @@ -718,15 +718,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B load │ │ │ │ │ Load the input image from a file and use it to replace the current image in the pipeline., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ file │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the input file to load from.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ @@ -757,15 +757,15 @@ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ input │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ second input image file name. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -780,25 +780,25 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B maxflow │ │ │ │ │ This filter implements the uses the max-flow min-cut algorithmfor image segmentation, supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ sink-flow │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Image of float type to define the per\-pixel flow to the sink. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ source-flow │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Image of float type to define the per\-pixel flow to the source. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ @@ -826,15 +826,15 @@ │ │ │ │ │ Intensity thresholding parameter: Pixels with intensities below this threshold will be set to zero, and also not used when evaluating mean and variation. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ varfile │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the variation image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -862,15 +862,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B medianmad │ │ │ │ │ Filter that evaluates simultaniously the pixel wise median and the median absolute deviation (MAD) of an image in a given window. Pixel intensities below the given threshold will be ignored and at their loctions the output median and MAD are set to zero. The median intensity image is directly passed to the pipeline, the variation image is saved to a file given with the varfile parameter. Both output images have the same pixel type like the input image., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ madfile │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the median absolute deviation image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -987,15 +987,15 @@ │ │ │ │ │ For supported plug-ins see PLUGINS:2dimage/shape │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ seed │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ seed image (bit valued). │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ @@ -1168,28 +1168,28 @@ │ │ │ │ │ For supported plug-ins see PLUGINS:2dimage/shape │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ seed │ │ │ │ │ -=(input, required, string) │ │ │ │ │ +=(required, input, string) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ seed input image containing the lables for the initial regions. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B tee │ │ │ │ │ Save the input image to a file and also pass it through to the next filter, supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ file │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ @@ -1253,15 +1253,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B transform │ │ │ │ │ Transform the input image with the given transformation., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ file │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Name of the file containing the transformation.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dtransform/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimagefilterstack.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dimagefilterstack.1 │ │ │ │ │ @@ -6,15 +6,15 @@ │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagefilterstack \-i \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagefilterstack │ │ │ │ │ This program runs a series filters on a series of consecutive numbered input image. The filters are given as extra parameters on the command line and are run in the order in which they are given. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS File IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ input image(s) to be filtered │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ output file name base, the file type is set accurding to the 'type' option │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-t \-\-type=" │ │ │ │ │ output file type, if not given the input type is used │ │ │ │ │ @@ -388,15 +388,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B combiner │ │ │ │ │ Combine two images with the given combiner operator. if 'reverse' is set to false, the first operator is the image passed through the filter pipeline, and the second image is loaded from the file given with the 'image' parameter the moment the filter is run., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ image │ │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ second image that is needed in the combiner. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -732,15 +732,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B labelmap │ │ │ │ │ Image filter to remap label id's. Only applicable to images with integer valued intensities/labels., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ map │ │ │ │ │ -=(required, input, string) │ │ │ │ │ +=(input, required, string) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Label mapping file. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B labelscale │ │ │ │ │ @@ -758,15 +758,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B load │ │ │ │ │ Load the input image from a file and use it to replace the current image in the pipeline., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ file │ │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the input file to load from.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ @@ -797,15 +797,15 @@ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ input │ │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ second input image file name. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -820,25 +820,25 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B maxflow │ │ │ │ │ This filter implements the uses the max-flow min-cut algorithmfor image segmentation, supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ sink-flow │ │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Image of float type to define the per\-pixel flow to the sink. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ source-flow │ │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Image of float type to define the per\-pixel flow to the source. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ @@ -1027,15 +1027,15 @@ │ │ │ │ │ For supported plug-ins see PLUGINS:2dimage/shape │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ seed │ │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ seed image (bit valued). │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ @@ -1208,15 +1208,15 @@ │ │ │ │ │ For supported plug-ins see PLUGINS:2dimage/shape │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ seed │ │ │ │ │ -=(required, input, string) │ │ │ │ │ +=(input, required, string) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ seed input image containing the lables for the initial regions. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B tee │ │ │ │ │ @@ -1293,15 +1293,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B transform │ │ │ │ │ Transform the input image with the given transformation., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ file │ │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Name of the file containing the transformation.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dtransform/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimagefullstats.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dimagefullstats.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagefullstats \-i [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagefullstats │ │ │ │ │ This progranm is used to evaluate some statistics of an image. Output is Mean, Variation, Median, Min and Max of the intensity values. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ input image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-V \-\-verbose=warning" │ │ │ │ │ verbosity of output, print messages of given level and higher priorities. Supported priorities starting at lowest level are: │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimageregistration.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dimageregistration.1 │ │ │ │ │ @@ -6,24 +6,24 @@ │ │ │ │ │ .B mia\-2dimageregistration \-i \-r \-t [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dimageregistration │ │ │ │ │ This program runs registration of two images optimizing a transformation of the given transformation model by optimizing certain cost measures that are given as free parameters. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-image=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-image=(input, required); io" │ │ │ │ │ test image to be registered │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-r \-\-ref-image=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-r \-\-ref-image=(input, required); io" │ │ │ │ │ reference image to be registered to │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-image=(output); io" │ │ │ │ │ registered output image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-t \-\-transformation=(required, output); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-t \-\-transformation=(output, required); io" │ │ │ │ │ output transformation comprising the registration │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dtransform/io │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-V \-\-verbose=warning" │ │ │ │ │ verbosity of output, print messages of given level and higher priorities. Supported priorities starting at lowest level are: │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimageselect.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dimageselect.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dimageselect \-i \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dimageselect │ │ │ │ │ This program is used to select one 2D images from a multi-image file. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ input images │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ output image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-n \-\-number=0" │ │ │ │ │ image number to be selected │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimagestack-cmeans.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dimagestack-cmeans.1 │ │ │ │ │ @@ -6,18 +6,18 @@ │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagestack\-cmeans \-i \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagestack\-cmeans │ │ │ │ │ This program first evaluates a sparse histogram of an input image series, then runs a c-means classification over the histogram and then writes the probability mapping for thr original intensity values │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ input image(s) to be filtered │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-probmap=(required, output); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-probmap=(output, required); string" │ │ │ │ │ Save probability map to this file │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-V \-\-verbose=warning" │ │ │ │ │ verbosity of output, print messages of given level and higher priorities. Supported priorities starting at lowest level are: │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimagestats.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dimagestats.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagestats \-i [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dimagestats │ │ │ │ │ This progranm is used to evaluate some statistics of an image. Output is Mean, Variation, Median, and Median Average Distance of the intensity values. The program allows one to set a lower threshold and to cut off a percentage of the high intensity pixels │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ input image to be analyzed │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-t \-\-thresh=10" │ │ │ │ │ intensity thresh to ignore │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-g \-\-high-thresh=0.05" │ │ │ │ │ upper histogram percentage to ignore │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmany2one-nonrigid.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmany2one-nonrigid.1 │ │ │ │ │ @@ -7,18 +7,18 @@ │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dmany2one\-nonrigid │ │ │ │ │ This program registers all images of a conscutively numbered set of images to one common user defined reference. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS │ │ │ │ │ File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ │ file name for registered images, numbering and pattern are deducted from the input data │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS │ │ │ │ │ Registration │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-O \-\-optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1" │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmulti-force.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmulti-force.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dmulti\-force \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dmulti\-force │ │ │ │ │ This program evaluates the 2D image cost force norm image of a given cost function set. The input images must be of the same dimensions and gray scale (whatever bit-depth). │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ output norm image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-V \-\-verbose=warning" │ │ │ │ │ verbosity of output, print messages of given level and higher priorities. Supported priorities starting at lowest level are: │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmultiimageregistration.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmultiimageregistration.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dmultiimageregistration \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dmultiimageregistration │ │ │ │ │ This program runs a non-rigid registration based on the given cost criteria and a given transformation model. Other than mia-2dnonrigidreg it doesn't support specific command line parameters to provide the images. Instead the images are specified dirctly when defining the cost function. Hence, image registrations can be executed that optimize the aligmnet of more than one image pair at the same time. Note, however, that all input images must be of the same dimension (in pixels) │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-transform=(output, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-transform=(required, output); io" │ │ │ │ │ output transformation │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dtransform/io │ │ │ │ │ .IP "\-l \-\-levels=3" │ │ │ │ │ multi\-resolution levels │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-O \-\-optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1" │ │ │ │ │ Optimizer used for minimization │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmultiimageto3d.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmultiimageto3d.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dmultiimageto3d \-i \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dmultiimageto3d │ │ │ │ │ This program is used to convert a 2D multi-image file to a 3D image. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ input images │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ output image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:3dimage/io │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoica-full.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmyoica-full.1 │ │ │ │ │ @@ -14,15 +14,15 @@ │ │ │ │ │ .UE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ The software may first run a linear registration and then a non-linear registration or just one of the two.This version of the program can run all registrations in parallel. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=" │ │ │ │ │ File name base for the registered images. Image type and numbering scheme are taken from the input images as given in the input data set. │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoica-nonrigid-parallel.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmyoica-nonrigid-parallel.1 │ │ │ │ │ @@ -14,18 +14,18 @@ │ │ │ │ │ .UE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ This version of the program runs all registrations in parallel. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=reg" │ │ │ │ │ File name base for the registered images. Image type and numbering scheme are taken from the input images as given in the input data set. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP " \-\-save-cropped=(output); string" │ │ │ │ │ save cropped set to this file, the image files will use the stem of the name as file name base │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoica-nonrigid.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmyoica-nonrigid.1 │ │ │ │ │ @@ -13,18 +13,18 @@ │ │ │ │ │ Wollny G, Kellman P, Santos A, Ledesma-Carbayo M-J, "Automatic Motion Compensation of Free Breathing acquired Myocardial Perfusion Data by using Independent Component Analysis" Medical Image Analysis, 2012. │ │ │ │ │ .UE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=reg" │ │ │ │ │ file name base for registered fiels │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP " \-\-save-cropped=" │ │ │ │ │ save cropped set to this file │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoica-nonrigid2.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmyoica-nonrigid2.1 │ │ │ │ │ @@ -8,18 +8,18 @@ │ │ │ │ │ .B mia\-2dmyoica\-nonrigid2 │ │ │ │ │ This program runs the non-rigid registration of an perfusion image series.In each pass, first an ICA analysis is run to estimate and eliminate the periodic movement and create reference images with intensities similar to the corresponding original image. Then non-rigid registration is run using the an "ssd + divcurl" cost model. The B-spline c-rate and the divcurl cost weight are changed in each pass according to given parameters.In the first pass a bounding box around the LV myocardium may be extractedto speed up computation │ │ │ │ │ Special note to this implemnentation: the registration is always run from the original images to avoid the accumulation of interpolation errors. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS │ │ │ │ │ File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=reg" │ │ │ │ │ file name base for registered fiels │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP " \-\-save-cropped=" │ │ │ │ │ save cropped set to this file │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoicapgt.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmyoicapgt.1 │ │ │ │ │ @@ -43,15 +43,15 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-T \-\-rho-thresh=0.85" │ │ │ │ │ correlation threshold for neighborhood analysis │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=" │ │ │ │ │ File name base for the registered images. Image type and numbering scheme are taken from the input images as given in the input data set. │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyomilles.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmyomilles.1 │ │ │ │ │ @@ -15,18 +15,18 @@ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Changes include the extraction of the quasi-periodic movement in free breathingly acquired data sets and the option to run affine or rigid registration instead of the optimization of translations only. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=" │ │ │ │ │ file name base for registered files │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP " \-\-save-references=" │ │ │ │ │ save synthetic reference images to this file base │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoperiodic-nonrigid.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmyoperiodic-nonrigid.1 │ │ │ │ │ @@ -17,15 +17,15 @@ │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS │ │ │ │ │ File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=reg" │ │ │ │ │ file name base for registered fiels │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP " \-\-save-references" │ │ │ │ │ Save synthetic references to files refXXXX.v │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoseries-dice.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmyoseries-dice.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dmyoseries\-dice \-i [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dmyoseries\-dice │ │ │ │ │ This program is used to evaluate the per-frame dice index of segmented regions of an image with respect to the segmentation of a reference frame from the same series. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-input=(input, required); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-input=(required, input); string" │ │ │ │ │ original segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=2" │ │ │ │ │ images to skip atthe bgin of the series │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-reference=20" │ │ │ │ │ reference image │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoset-all2one-nonrigid.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dmyoset-all2one-nonrigid.1 │ │ │ │ │ @@ -10,15 +10,15 @@ │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS │ │ │ │ │ File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP " \-\-out-filebase=reg" │ │ │ │ │ file name basae for registered files, file type is deducted from the image file type in the input data set. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dsegment-ahmed.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dsegment-ahmed.1 │ │ │ │ │ @@ -13,18 +13,18 @@ │ │ │ │ │ Mohamed N. Ahmed et. al, "A Modified Fuzzy C-Means Algorithm for Bias Field estimation and Segmentation of MRI Data", IEEE Trans. on Medical Imaging, Vol. 21, No. 3, March 2002, │ │ │ │ │ .UE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ changes are: p=2, and exp │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ image to be segmented │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ class probability images, the image type must support multiple images and floating point values │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-a \-\-no-of-classes=3" │ │ │ │ │ number of classes │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-b \-\-bias-correct" │ │ │ │ │ apply bias field correction │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dsegment-fuzzyw.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dsegment-fuzzyw.1 │ │ │ │ │ @@ -852,15 +852,15 @@ │ │ │ │ │ Intensity thresholding parameter: Pixels with intensities below this threshold will be set to zero, and also not used when evaluating mean and variation. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ varfile │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the variation image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -888,15 +888,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B medianmad │ │ │ │ │ Filter that evaluates simultaniously the pixel wise median and the median absolute deviation (MAD) of an image in a given window. Pixel intensities below the given threshold will be ignored and at their loctions the output median and MAD are set to zero. The median intensity image is directly passed to the pipeline, the variation image is saved to a file given with the varfile parameter. Both output images have the same pixel type like the input image., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ madfile │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the median absolute deviation image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -1207,15 +1207,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B tee │ │ │ │ │ Save the input image to a file and also pass it through to the next filter, supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ file │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dsegment-local-cmeans.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dsegment-local-cmeans.1 │ │ │ │ │ @@ -13,15 +13,15 @@ │ │ │ │ │ Dunmore CJ, Wollny G, Skinner MM. (2018) MIA-Clustering: a novel method for segmentation of paleontological material. PeerJ 6:e4374. │ │ │ │ │ .UE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ image to be segmented │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(output); io" │ │ │ │ │ class label image based on merging local labels │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-G \-\-out-global-crisp=(output); io" │ │ │ │ │ class label image based on global segmentation │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dsegment-per-pixel-kmeans.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dsegment-per-pixel-kmeans.1 │ │ │ │ │ @@ -6,15 +6,15 @@ │ │ │ │ │ .B mia\-2dsegment\-per\-pixel\-kmeans \-i \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dsegment\-per\-pixel\-kmeans │ │ │ │ │ This program runs the segmentation of a 2D image by applying a localized k-means approach that helps to overcome intensity inhomogeneities in the image. The approach evaluates a global k-means clustering, and then separates the image into overlapping regions where more k-means iterations are run only including the locally present classes, i.e. the classes that relatively contain more pixels than a given threshold. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ image to be segmented │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ class label image based on merging local labels │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dsegmentcropbox.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dsegmentcropbox.1 │ │ │ │ │ @@ -11,15 +11,15 @@ │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-p \-\-override-imagepath" │ │ │ │ │ Instead of using the path of the image files as given in the segmentation set, assume the files are located in the current directory │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ │ output segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-c \-\-cropped-base=crop" │ │ │ │ │ Base name for the cropped image files, the file type and numbering will be based on the input image file type and numbering. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-e \-\-enlarge=5" │ │ │ │ │ Enlarge the area around the obtained sbounding box by this number of pixels in each direction │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dsegshift.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dsegshift.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dsegshift \-i \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dsegshift │ │ │ │ │ This program move the segmentation(s) of an image series by using a shift that is equal for all slices. The program also may remove images from the begin of the series. The program can be used to correct the segmentation of the images if the images where cropped. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-g \-\-image-file=crop" │ │ │ │ │ output image filename base │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseries-sectionmask.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dseries-sectionmask.1 │ │ │ │ │ @@ -8,15 +8,15 @@ │ │ │ │ │ .B mia\-2dseries\-sectionmask │ │ │ │ │ Evaluate the masks for the sections of a segmented frame. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ .IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ output image containing the mask │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-f \-\-frame=0" │ │ │ │ │ Frame number for which to extract the mask │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseries-segdistance.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dseries-segdistance.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dseries\-segdistance \-i [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dseries\-segdistance │ │ │ │ │ Get the mean distance of a segmentation boundary to the reference boundary. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-reference=20" │ │ │ │ │ reference frame │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=0" │ │ │ │ │ skip images at the beginning │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseries2sets.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dseries2sets.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dseries2sets \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dseries2sets │ │ │ │ │ This program takes all image files that are given as free parameters on the command line and creates segmentation sets based on information found in the images. Used information is the z-location of the slice and the acquisition number. The code is taylored to used the according descriptors defined in the DICOM standard. All images with the same slice location will be grouped together in one segmentation set and ordered according to their acquisition number. Slice locations are rounded to three digits accuracy to make proper comparison of floating point values feasible. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-directory=(output, required); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-directory=(required, output); string" │ │ │ │ │ output directory (needs to exist and be writable) │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP " \-\-no-copy" │ │ │ │ │ don't copy image files to output directory │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseriescorr.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dseriescorr.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dseriescorr \-i \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dseriescorr │ │ │ │ │ Given a set of images of temporal sucession, evaluates images that represent the time-intensity correlation in horizontal and vertical direction as well as average correlation of each pixel with its neighbors. All input images must be of the same pixel type and size. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-base=(input, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-base=(required, input); io" │ │ │ │ │ input file name base │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-outname=(required, output); io" │ │ │ │ │ output file name to save the avarage per\-pixel correlation │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-z \-\-horizontal=(output); io" │ │ │ │ │ horiZontal correlation output file name │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseriesgradMAD.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dseriesgradMAD.1 │ │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dseriesgradMAD \-i \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dseriesgradMAD │ │ │ │ │ Given a set of images of temporal sucession, evaluates the pixel-wise temporal gradient and then its median average distance (MAD) and stores the result in an image. Spacial pre-filtering may be applied as given additional plugin(s) (filter/2dimage). │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ output file name │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=0" │ │ │ │ │ Skip files at the beginning │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-e \-\-enlarge-boundary=5" │ │ │ │ │ Enlarge cropbox by number of pixels │ │ │ │ │ @@ -355,15 +355,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B combiner │ │ │ │ │ Combine two images with the given combiner operator. if 'reverse' is set to false, the first operator is the image passed through the filter pipeline, and the second image is loaded from the file given with the 'image' parameter the moment the filter is run., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ image │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ second image that is needed in the combiner. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -699,15 +699,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B labelmap │ │ │ │ │ Image filter to remap label id's. Only applicable to images with integer valued intensities/labels., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ map │ │ │ │ │ -=(input, required, string) │ │ │ │ │ +=(required, input, string) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Label mapping file. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B labelscale │ │ │ │ │ @@ -725,15 +725,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B load │ │ │ │ │ Load the input image from a file and use it to replace the current image in the pipeline., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ file │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the input file to load from.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ @@ -764,15 +764,15 @@ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ input │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ second input image file name. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -787,25 +787,25 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B maxflow │ │ │ │ │ This filter implements the uses the max-flow min-cut algorithmfor image segmentation, supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ sink-flow │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Image of float type to define the per\-pixel flow to the sink. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ source-flow │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Image of float type to define the per\-pixel flow to the source. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ @@ -833,15 +833,15 @@ │ │ │ │ │ Intensity thresholding parameter: Pixels with intensities below this threshold will be set to zero, and also not used when evaluating mean and variation. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ varfile │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the variation image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -869,15 +869,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B medianmad │ │ │ │ │ Filter that evaluates simultaniously the pixel wise median and the median absolute deviation (MAD) of an image in a given window. Pixel intensities below the given threshold will be ignored and at their loctions the output median and MAD are set to zero. The median intensity image is directly passed to the pipeline, the variation image is saved to a file given with the varfile parameter. Both output images have the same pixel type like the input image., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ madfile │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the median absolute deviation image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ @@ -994,15 +994,15 @@ │ │ │ │ │ For supported plug-ins see PLUGINS:2dimage/shape │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ seed │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ seed image (bit valued). │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ @@ -1175,28 +1175,28 @@ │ │ │ │ │ For supported plug-ins see PLUGINS:2dimage/shape │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ seed │ │ │ │ │ -=(input, required, string) │ │ │ │ │ +=(required, input, string) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ seed input image containing the lables for the initial regions. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B tee │ │ │ │ │ Save the input image to a file and also pass it through to the next filter, supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ file │ │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ name of the output file to save the image too.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ @@ -1260,15 +1260,15 @@ │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ │ .B transform │ │ │ │ │ Transform the input image with the given transformation., supported parameters are: │ │ │ │ │ .P │ │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ │ .I │ │ │ │ │ file │ │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ │ Name of the file containing the transformation.. │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dtransform/io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseriesgradvariation.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dseriesgradvariation.1 │ │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dseriesgradvariation \-i \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dseriesgradvariation │ │ │ │ │ Given a set of images of temporal sucession, this program evaluates the gradient variation of the pixel-wise time-intensity curves of this series. If the input image set provides a segmentation, then this segmentation can be used to create a bounding box and restrict evaluation to this box. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ output file name │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=0" │ │ │ │ │ Skip files at the beginning │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseriestovolume.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dseriestovolume.1 │ │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ │ .B mia\-2dseriestovolume \-i \-o [options] │ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ │ .B mia\-2dseriestovolume │ │ │ │ │ Obtaines a 3D volume image by combining the images of the segmentation set. │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ │ .RS │ │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ │ output 3D image │ │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:3dimage/io │ │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=0" │ │ │ │ │ number of frames to skip at the beginning of the series. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dstack-cmeans-presegment.1.gz │ │ │ │ ├── mia-2dstack-cmeans-presegment.1 │ │ │ │ │ @@ -6,15 +6,15 @@ │ │ │ │ │ .B mia\-2dstack\-cmeans\-presegment \-i \-o \-L