--- /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.N57Zao4f/b1/biojava-live_1.9.7+dfsg-1_amd64.changes
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├── Files
│ @@ -1,4 +1,4 @@
│
│ - 81f6d07d313aae34b7855b3025d9e73b 4132572 doc optional libbiojava-java-doc_1.9.7+dfsg-1_all.deb
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│ 0088c3dc56fe7264a9179c89ebaae3d1 3154416 java optional libbiojava1.9-java_1.9.7+dfsg-1_all.deb
├── libbiojava-java-doc_1.9.7+dfsg-1_all.deb
│ ├── file list
│ │ @@ -1,3 +1,3 @@
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│ ├── control.tar.xz
│ │ ├── control.tar
│ │ │ ├── ./md5sums
│ │ │ │ ├── ./md5sums
│ │ │ │ │┄ Files differ
│ ├── data.tar.xz
│ │ ├── data.tar
│ │ │ ├── file list
│ │ │ │ @@ -6,22 +6,22 @@
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│ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/org/biojava/
│ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 10002 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/org/biojava/App.html
│ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/org/biojava/bibliography/
│ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 34030 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/org/biojava/bibliography/BibRef.html
│ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 14355 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/org/biojava/bibliography/BibRefException.html
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/index-all.html
│ │ │ │ @@ -3017,21 +3017,21 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ Create a bean from an XML file, then attempt to enter it.
│ │ │ │
│ │ │ │ AppBeanRunner() - Constructor for class org.biojava.utils.xml.AppBeanRunner
│ │ │ │
│ │ │ │ append(NfaSubModel) - Method in class org.biojava.utils.automata.NfaSubModel
│ │ │ │
│ │ │ │ -append(T, Iterable<Fastq>) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter
│ │ │ │ +append(T, Iterable<Fastq>) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ append(T, Iterable<Fastq>) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ Append the specified FASTQ formatted sequences to the specified appendable.
│ │ │ │
│ │ │ │ -append(T, Fastq...) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter
│ │ │ │ +append(T, Fastq...) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ append(T, Fastq...) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ Append the specified FASTQ formatted sequences to the specified appendable.
│ │ │ │
│ │ │ │ appendMatrixData(String, Object) - Method in class org.biojavax.bio.phylo.io.nexus.CharactersBlock
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -29486,15 +29486,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ parse(Object) - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue.LineSplitParser
│ │ │ │
│ │ │ │ parse(Object) - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue.RegexParser
│ │ │ │
│ │ │ │ parse(Object) - Method in interface org.biojava.bio.program.tagvalue.TagValueParser
│ │ │ │
│ │ │ │ -parse(Readable, ParseListener) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │ +parse(Readable, ParseListener) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ parse(Readable, ParseListener) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ Parse the specified readable.
│ │ │ │
│ │ │ │ parse(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -31237,27 +31237,27 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ read(BufferedReader) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.MSFAlignmentFormat
│ │ │ │
│ │ │ │ Reads an MSF Alignment File
│ │ │ │
│ │ │ │ read(BufferedReader, TagValueParser, TagValueListener) - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue.Parser
│ │ │ │
│ │ │ │ -read(File) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │ +read(File) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ read(File) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified file.
│ │ │ │
│ │ │ │ -read(InputStream) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │ +read(InputStream) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ read(InputStream) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified input stream.
│ │ │ │
│ │ │ │ -read(URL) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │ +read(URL) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ read(URL) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified url.
│ │ │ │
│ │ │ │ readableFileNames - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io.EMBLFormat
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -41034,15 +41034,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ StrandParser - Class in org.biojava.bio.seq
│ │ │ │
│ │ │ │ Process strings and return strand objects.
│ │ │ │
│ │ │ │ StrandParser() - Constructor for class org.biojava.bio.seq.StrandParser
│ │ │ │
│ │ │ │ -stream(Readable, StreamListener) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │ +stream(Readable, StreamListener) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ stream(Readable, StreamListener) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ Stream the specified readable.
│ │ │ │
│ │ │ │ StreamListener - Interface in org.biojava.bio.program.fastq
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -43108,15 +43108,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ Takes this position and returns a copy translated by 'distance' bases.
│ │ │ │
│ │ │ │ translate(int) - Method in class org.biojavax.bio.seq.SimpleRichLocation
│ │ │ │
│ │ │ │ Create a location that is a translation of this location.
│ │ │ │
│ │ │ │ -translate(Symbol) - Method in class org.biojava.bio.symbol.AbstractManyToOneTranslationTable
│ │ │ │ +translate(Symbol) - Method in class org.biojava.bio.symbol.SimpleGeneticCodeTable
│ │ │ │
│ │ │ │ translate(Symbol) - Method in interface org.biojava.bio.symbol.TranslationTable
│ │ │ │
│ │ │ │ Translate a single symbol from source alphabet to the target alphabet.
│ │ │ │
│ │ │ │ translate(SymbolList) - Static method in class org.biojava.bio.seq.GeneticCodes
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -44284,39 +44284,39 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ WORM_NUCLEAR - Static variable in class org.biojava.bio.symbol.CodonPrefTools
│ │ │ │
│ │ │ │ Caenorhabditis elegans codon preferences
│ │ │ │
│ │ │ │ Wrapper(SearchListener) - Constructor for class org.biojava.bio.program.ssaha.SearchListener.Wrapper
│ │ │ │
│ │ │ │ -write(File, Iterable<Fastq>) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter
│ │ │ │ +write(File, Iterable<Fastq>) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ write(File, Iterable<Fastq>) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified file.
│ │ │ │
│ │ │ │ -write(File, Fastq...) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter
│ │ │ │ +write(File, Fastq...) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ write(File, Fastq...) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified file.
│ │ │ │
│ │ │ │ -write(OutputStream, Iterable<Fastq>) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter
│ │ │ │ +write(OutputStream, Iterable<Fastq>) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ write(OutputStream, Iterable<Fastq>) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified output stream.
│ │ │ │
│ │ │ │ write(OutputStream, Alignment, int) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.FastaAlignmentFormat
│ │ │ │
│ │ │ │ Writes out the alignment to an FASTA file.
│ │ │ │
│ │ │ │ write(OutputStream, Alignment, int) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.MSFAlignmentFormat
│ │ │ │
│ │ │ │ -write(OutputStream, Fastq...) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter
│ │ │ │ +write(OutputStream, Fastq...) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ write(OutputStream, Fastq...) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified output stream.
│ │ │ │
│ │ │ │ write(Sequence) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.AgaveWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ ├── html2text {}
│ │ │ │ │ @@ -2779,22 +2779,22 @@
│ │ │ │ │ _A_p_p_B_e_a_n_R_u_n_n_e_r - Class in _o_r_g_._b_i_o_j_a_v_a_._u_t_i_l_s_._x_m_l
│ │ │ │ │ Create a bean from an XML file, then attempt to enter it.
│ │ │ │ │ _A_p_p_B_e_a_n_R_u_n_n_e_r_(_) - Constructor for class org.biojava.utils.xml._A_p_p_B_e_a_n_R_u_n_n_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _a_p_p_e_n_d_(_N_f_a_S_u_b_M_o_d_e_l_) - Method in class org.biojava.utils.automata._N_f_a_S_u_b_M_o_d_e_l
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _a_p_p_e_n_d_(_T_,_ _I_t_e_r_a_b_l_e_<_F_a_s_t_q_>_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq._S_o_l_e_x_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _a_p_p_e_n_d_(_T_,_ _I_t_e_r_a_b_l_e_<_F_a_s_t_q_>_) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ Append the specified FASTQ formatted sequences to the specified
│ │ │ │ │ appendable.
│ │ │ │ │ _a_p_p_e_n_d_(_T_,_ _F_a_s_t_q_._._._) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq._S_o_l_e_x_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _a_p_p_e_n_d_(_T_,_ _F_a_s_t_q_._._._) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ Append the specified FASTQ formatted sequences to the specified
│ │ │ │ │ appendable.
│ │ │ │ │ _a_p_p_e_n_d_M_a_t_r_i_x_D_a_t_a_(_S_t_r_i_n_g_,_ _O_b_j_e_c_t_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojavax.bio.phylo.io.nexus._C_h_a_r_a_c_t_e_r_s_B_l_o_c_k
│ │ │ │ │ @@ -25050,15 +25050,15 @@
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _p_a_r_s_e_(_O_b_j_e_c_t_) - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue._R_e_g_e_x_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _p_a_r_s_e_(_O_b_j_e_c_t_) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.tagvalue._T_a_g_V_a_l_u_e_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _p_a_r_s_e_(_R_e_a_d_a_b_l_e_,_ _P_a_r_s_e_L_i_s_t_e_n_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq._S_a_n_g_e_r_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _p_a_r_s_e_(_R_e_a_d_a_b_l_e_,_ _P_a_r_s_e_L_i_s_t_e_n_e_r_) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ Parse the specified readable.
│ │ │ │ │ _p_a_r_s_e_(_S_t_r_i_n_g_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Full implementation of interface method.
│ │ │ │ │ @@ -26552,26 +26552,27 @@
│ │ │ │ │ Reads an alignment in FASTA format.
│ │ │ │ │ _r_e_a_d_(_B_u_f_f_e_r_e_d_R_e_a_d_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io._M_S_F_A_l_i_g_n_m_e_n_t_F_o_r_m_a_t
│ │ │ │ │ Reads an MSF Alignment File
│ │ │ │ │ _r_e_a_d_(_B_u_f_f_e_r_e_d_R_e_a_d_e_r_,_ _T_a_g_V_a_l_u_e_P_a_r_s_e_r_,_ _T_a_g_V_a_l_u_e_L_i_s_t_e_n_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.tagvalue._P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ - _r_e_a_d_(_F_i_l_e_) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq._S_a_n_g_e_r_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ + _r_e_a_d_(_F_i_l_e_) - Method in class
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _r_e_a_d_(_F_i_l_e_) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified file.
│ │ │ │ │ _r_e_a_d_(_I_n_p_u_t_S_t_r_e_a_m_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq._S_a_n_g_e_r_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _r_e_a_d_(_I_n_p_u_t_S_t_r_e_a_m_) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified input
│ │ │ │ │ stream.
│ │ │ │ │ - _r_e_a_d_(_U_R_L_) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq._S_a_n_g_e_r_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ + _r_e_a_d_(_U_R_L_) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _r_e_a_d_(_U_R_L_) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified url.
│ │ │ │ │ _r_e_a_d_a_b_l_e_F_i_l_e_N_a_m_e_s - Static variable in class
│ │ │ │ │ org.biojavax.bio.seq.io._E_M_B_L_F_o_r_m_a_t
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _r_e_a_d_a_b_l_e_F_i_l_e_s - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io._F_a_s_t_a_F_o_r_m_a_t
│ │ │ │ │ @@ -35003,15 +35004,15 @@
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq._F_e_a_t_u_r_e_F_i_l_t_e_r_._S_t_r_a_n_d_F_i_l_t_e_r
│ │ │ │ │ Build a new filter that matches all features of a given strand.
│ │ │ │ │ _S_t_r_a_n_d_P_a_r_s_e_r - Class in _o_r_g_._b_i_o_j_a_v_a_._b_i_o_._s_e_q
│ │ │ │ │ Process strings and return strand objects.
│ │ │ │ │ _S_t_r_a_n_d_P_a_r_s_e_r_(_) - Constructor for class org.biojava.bio.seq._S_t_r_a_n_d_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _s_t_r_e_a_m_(_R_e_a_d_a_b_l_e_,_ _S_t_r_e_a_m_L_i_s_t_e_n_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq._S_a_n_g_e_r_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _s_t_r_e_a_m_(_R_e_a_d_a_b_l_e_,_ _S_t_r_e_a_m_L_i_s_t_e_n_e_r_) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ Stream the specified readable.
│ │ │ │ │ _S_t_r_e_a_m_L_i_s_t_e_n_e_r - Interface in _o_r_g_._b_i_o_j_a_v_a_._b_i_o_._p_r_o_g_r_a_m_._f_a_s_t_q
│ │ │ │ │ Event based parser callback.
│ │ │ │ │ _s_t_r_e_a_m_N_e_x_t_(_S_e_q_I_O_L_i_s_t_e_n_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ @@ -36755,15 +36756,15 @@
│ │ │ │ │ _t_r_a_n_s_l_a_t_e_(_i_n_t_) - Method in interface org.biojavax.bio.seq._P_o_s_i_t_i_o_n
│ │ │ │ │ Takes this position and returns a copy translated by 'distance' bases.
│ │ │ │ │ _t_r_a_n_s_l_a_t_e_(_i_n_t_) - Method in class org.biojavax.bio.seq._S_i_m_p_l_e_P_o_s_i_t_i_o_n
│ │ │ │ │ Takes this position and returns a copy translated by 'distance' bases.
│ │ │ │ │ _t_r_a_n_s_l_a_t_e_(_i_n_t_) - Method in class org.biojavax.bio.seq._S_i_m_p_l_e_R_i_c_h_L_o_c_a_t_i_o_n
│ │ │ │ │ Create a location that is a translation of this location.
│ │ │ │ │ _t_r_a_n_s_l_a_t_e_(_S_y_m_b_o_l_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.symbol._A_b_s_t_r_a_c_t_M_a_n_y_T_o_O_n_e_T_r_a_n_s_l_a_t_i_o_n_T_a_b_l_e
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.symbol._S_i_m_p_l_e_G_e_n_e_t_i_c_C_o_d_e_T_a_b_l_e
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _t_r_a_n_s_l_a_t_e_(_S_y_m_b_o_l_) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.symbol._T_r_a_n_s_l_a_t_i_o_n_T_a_b_l_e
│ │ │ │ │ Translate a single symbol from source alphabet to the target alphabet.
│ │ │ │ │ _t_r_a_n_s_l_a_t_e_(_S_y_m_b_o_l_L_i_s_t_) - Static method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq._G_e_n_e_t_i_c_C_o_d_e_s
│ │ │ │ │ Translate RNA into protein (with termination symbols).
│ │ │ │ │ @@ -37680,40 +37681,40 @@
│ │ │ │ │ width.
│ │ │ │ │ _W_O_R_M___N_U_C_L_E_A_R - Static variable in class org.biojava.bio.symbol._C_o_d_o_n_P_r_e_f_T_o_o_l_s
│ │ │ │ │ Caenorhabditis elegans codon preferences
│ │ │ │ │ _W_r_a_p_p_e_r_(_S_e_a_r_c_h_L_i_s_t_e_n_e_r_) - Constructor for class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.ssaha._S_e_a_r_c_h_L_i_s_t_e_n_e_r_._W_r_a_p_p_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_F_i_l_e_,_ _I_t_e_r_a_b_l_e_<_F_a_s_t_q_>_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq._S_o_l_e_x_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_F_i_l_e_,_ _I_t_e_r_a_b_l_e_<_F_a_s_t_q_>_) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified file.
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_F_i_l_e_,_ _F_a_s_t_q_._._._) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq._S_o_l_e_x_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_F_i_l_e_,_ _F_a_s_t_q_._._._) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified file.
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_O_u_t_p_u_t_S_t_r_e_a_m_,_ _I_t_e_r_a_b_l_e_<_F_a_s_t_q_>_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq._S_o_l_e_x_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_O_u_t_p_u_t_S_t_r_e_a_m_,_ _I_t_e_r_a_b_l_e_<_F_a_s_t_q_>_) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified output
│ │ │ │ │ stream.
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_O_u_t_p_u_t_S_t_r_e_a_m_,_ _A_l_i_g_n_m_e_n_t_,_ _i_n_t_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io._F_a_s_t_a_A_l_i_g_n_m_e_n_t_F_o_r_m_a_t
│ │ │ │ │ Writes out the alignment to an FASTA file.
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_O_u_t_p_u_t_S_t_r_e_a_m_,_ _A_l_i_g_n_m_e_n_t_,_ _i_n_t_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io._M_S_F_A_l_i_g_n_m_e_n_t_F_o_r_m_a_t
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_O_u_t_p_u_t_S_t_r_e_a_m_,_ _F_a_s_t_q_._._._) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq._S_o_l_e_x_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_O_u_t_p_u_t_S_t_r_e_a_m_,_ _F_a_s_t_q_._._._) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified output
│ │ │ │ │ stream.
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_S_e_q_u_e_n_c_e_) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave._A_g_a_v_e_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ Writing Sequence.
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/member-search-index.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -3994,25 +3994,25 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils.automata",
│ │ │ │ │ "c": "NfaSubModel",
│ │ │ │ │ "l": "append(NfaSubModel)",
│ │ │ │ │ "u": "append(org.biojava.utils.automata.NfaSubModel)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "SolexaFastqWriter",
│ │ │ │ │ + "c": "IlluminaFastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "append(T, Fastq...)",
│ │ │ │ │ "u": "append(T,org.biojava.bio.program.fastq.Fastq...)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "append(T, Fastq...)",
│ │ │ │ │ "u": "append(T,org.biojava.bio.program.fastq.Fastq...)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "SolexaFastqWriter",
│ │ │ │ │ + "c": "IlluminaFastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "append(T, Iterable)",
│ │ │ │ │ "u": "append(T,java.lang.Iterable)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "append(T, Iterable)",
│ │ │ │ │ "u": "append(T,java.lang.Iterable)"
│ │ │ │ │ @@ -36584,15 +36584,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.phylo.io.phylip",
│ │ │ │ │ "c": "PHYLIPFileFormat",
│ │ │ │ │ "l": "parse(PHYLIPFileListener, BufferedReader)",
│ │ │ │ │ "u": "parse(org.biojavax.bio.phylo.io.phylip.PHYLIPFileListener,java.io.BufferedReader)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "SangerFastqReader",
│ │ │ │ │ + "c": "IlluminaFastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "parse(Readable, ParseListener)",
│ │ │ │ │ "u": "parse(java.lang.Readable,org.biojava.bio.program.fastq.ParseListener)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "parse(Readable, ParseListener)",
│ │ │ │ │ "u": "parse(java.lang.Readable,org.biojava.bio.program.fastq.ParseListener)"
│ │ │ │ │ @@ -38670,35 +38670,35 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils.io",
│ │ │ │ │ "c": "RandomAccessReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(char[], int, int)",
│ │ │ │ │ "u": "read(char[],int,int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "SangerFastqReader",
│ │ │ │ │ + "c": "IlluminaFastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(File)",
│ │ │ │ │ "u": "read(java.io.File)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(File)",
│ │ │ │ │ "u": "read(java.io.File)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "SangerFastqReader",
│ │ │ │ │ + "c": "IlluminaFastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(InputStream)",
│ │ │ │ │ "u": "read(java.io.InputStream)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(InputStream)",
│ │ │ │ │ "u": "read(java.io.InputStream)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "SangerFastqReader",
│ │ │ │ │ + "c": "IlluminaFastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(URL)",
│ │ │ │ │ "u": "read(java.net.URL)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(URL)",
│ │ │ │ │ "u": "read(java.net.URL)"
│ │ │ │ │ @@ -50748,15 +50748,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq",
│ │ │ │ │ "c": "StrandParser",
│ │ │ │ │ "l": "StrandParser()",
│ │ │ │ │ "u": "%3Cinit%3E()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "SangerFastqReader",
│ │ │ │ │ + "c": "IlluminaFastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "stream(Readable, StreamListener)",
│ │ │ │ │ "u": "stream(java.lang.Readable,org.biojava.bio.program.fastq.StreamListener)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "stream(Readable, StreamListener)",
│ │ │ │ │ "u": "stream(java.lang.Readable,org.biojava.bio.program.fastq.StreamListener)"
│ │ │ │ │ @@ -53366,15 +53366,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "translate(int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.seq",
│ │ │ │ │ "c": "SimpleRichLocation",
│ │ │ │ │ "l": "translate(int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.symbol",
│ │ │ │ │ - "c": "AbstractManyToOneTranslationTable",
│ │ │ │ │ + "c": "SimpleGeneticCodeTable",
│ │ │ │ │ "l": "translate(Symbol)",
│ │ │ │ │ "u": "translate(org.biojava.bio.symbol.Symbol)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.symbol",
│ │ │ │ │ "c": "TranslationTable",
│ │ │ │ │ "l": "translate(Symbol)",
│ │ │ │ │ "u": "translate(org.biojava.bio.symbol.Symbol)"
│ │ │ │ │ @@ -54624,25 +54624,25 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.ssaha",
│ │ │ │ │ "c": "SearchListener.Wrapper",
│ │ │ │ │ "l": "Wrapper(SearchListener)",
│ │ │ │ │ "u": "%3Cinit%3E(org.biojava.bio.program.ssaha.SearchListener)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "SolexaFastqWriter",
│ │ │ │ │ + "c": "IlluminaFastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "write(File, Fastq...)",
│ │ │ │ │ "u": "write(java.io.File,org.biojava.bio.program.fastq.Fastq...)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "write(File, Fastq...)",
│ │ │ │ │ "u": "write(java.io.File,org.biojava.bio.program.fastq.Fastq...)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "SolexaFastqWriter",
│ │ │ │ │ + "c": "IlluminaFastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "write(File, Iterable)",
│ │ │ │ │ "u": "write(java.io.File,java.lang.Iterable)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "write(File, Iterable)",
│ │ │ │ │ "u": "write(java.io.File,java.lang.Iterable)"
│ │ │ │ │ @@ -54654,25 +54654,25 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.io",
│ │ │ │ │ "c": "MSFAlignmentFormat",
│ │ │ │ │ "l": "write(OutputStream, Alignment, int)",
│ │ │ │ │ "u": "write(java.io.OutputStream,org.biojava.bio.alignment.Alignment,int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "SolexaFastqWriter",
│ │ │ │ │ + "c": "IlluminaFastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "write(OutputStream, Fastq...)",
│ │ │ │ │ "u": "write(java.io.OutputStream,org.biojava.bio.program.fastq.Fastq...)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "write(OutputStream, Fastq...)",
│ │ │ │ │ "u": "write(java.io.OutputStream,org.biojava.bio.program.fastq.Fastq...)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "SolexaFastqWriter",
│ │ │ │ │ + "c": "IlluminaFastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "write(OutputStream, Iterable)",
│ │ │ │ │ "u": "write(java.io.OutputStream,java.lang.Iterable)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "write(OutputStream, Iterable)",
│ │ │ │ │ "u": "write(java.io.OutputStream,java.lang.Iterable)"