│ │ │ │
Slicing and selection
│ │ │ │ @@ -315,21 +315,21 @@
│ │ │ │
Pure python reader
│ │ │ │
In [22]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('test.gsd', 'rb'))
│ │ │ │
│ │ │ │ In [23]: t = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f);
│ │ │ │
│ │ │ │ In [24]: t[3].particles.position
│ │ │ │ Out[24]:
│ │ │ │ -array([[0.35098168, 0.4066606 , 0.14151853],
│ │ │ │ - [0.59074366, 0.33878797, 0.00148594],
│ │ │ │ - [0.5996284 , 0.8905668 , 0.37876952],
│ │ │ │ - [0.6099918 , 0.0819039 , 0.97554535],
│ │ │ │ - [0.70316094, 0.34256324, 0.56121486],
│ │ │ │ - [0.19738917, 0.12061159, 0.91502583],
│ │ │ │ - [0.9893248 , 0.5169289 , 0.07199922]], dtype=float32)
│ │ │ │ +array([[0.5918077 , 0.03123497, 0.3048216 ],
│ │ │ │ + [0.65228724, 0.8921073 , 0.71110696],
│ │ │ │ + [0.38734737, 0.45418796, 0.47323048],
│ │ │ │ + [0.5524685 , 0.572477 , 0.3125808 ],
│ │ │ │ + [0.6163695 , 0.10966117, 0.6566702 ],
│ │ │ │ + [0.23868245, 0.40586367, 0.01441652],
│ │ │ │ + [0.5987444 , 0.5279816 , 0.09095096]], dtype=float32)
│ │ │ │
│ │ │ │
│ │ │ │
You can use GSD without needing to compile C code to read GSD files
│ │ │ │ using gsd.pygsd.GSDFile in combination with gsd.hoomd.HOOMDTrajectory. It
│ │ │ │ only supports the rb mode and does not read files as fast as the C
│ │ │ │ implementation. It takes in a python file-like object, so it can be used with
│ │ │ │ in-memory IO classes, and grid file classes that access data over the internet.
│ │ │ │ ├── html2text {}
│ │ │ │ │ @@ -99,23 +99,23 @@
│ │ │ │ │ Out[15]: 5
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ In [16]: snap.particles.N
│ │ │ │ │ Out[16]: 9
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ In [17]: snap.particles.position
│ │ │ │ │ Out[17]:
│ │ │ │ │ -array([[0.8224313 , 0.50756913, 0.7497548 ],
│ │ │ │ │ - [0.06265333, 0.00945917, 0.14125344],
│ │ │ │ │ - [0.47881448, 0.57571864, 0.07889704],
│ │ │ │ │ - [0.26707724, 0.11683363, 0.5427617 ],
│ │ │ │ │ - [0.03899029, 0.13630295, 0.51568216],
│ │ │ │ │ - [0.49635765, 0.39711258, 0.560948 ],
│ │ │ │ │ - [0.23710866, 0.05142424, 0.20752625],
│ │ │ │ │ - [0.92573804, 0.26578513, 0.5746228 ],
│ │ │ │ │ - [0.18582085, 0.33374497, 0.67290217]], dtype=float32)
│ │ │ │ │ +array([[0.54537547, 0.4239884 , 0.16582847],
│ │ │ │ │ + [0.10678268, 0.3894163 , 0.553646 ],
│ │ │ │ │ + [0.07406937, 0.26019147, 0.8741641 ],
│ │ │ │ │ + [0.98561096, 0.6098715 , 0.32678172],
│ │ │ │ │ + [0.49557915, 0.90150505, 0.3762426 ],
│ │ │ │ │ + [0.03543719, 0.4876945 , 0.71484506],
│ │ │ │ │ + [0.2335515 , 0.62379956, 0.4974906 ],
│ │ │ │ │ + [0.2644337 , 0.99267095, 0.24854533],
│ │ │ │ │ + [0.4360866 , 0.80008465, 0.26230463]], dtype=float32)
│ │ │ │ │ gsd.hoomd.HOOMDTrajectory supports random indexing of frames in the file.
│ │ │ │ │ Indexing into a trajectory returns a gsd.hoomd.Snapshot.
│ │ │ │ │ ***** Slicing and selection¶ *****
│ │ │ │ │ Use the slicing operator to select individual frames or a subset of a
│ │ │ │ │ trajectory.
│ │ │ │ │ In [18]: f = gsd.hoomd.open(name='test.gsd', mode='rb')
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ @@ -135,21 +135,21 @@
│ │ │ │ │ ***** Pure python reader¶ *****
│ │ │ │ │ In [22]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('test.gsd', 'rb'))
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ In [23]: t = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f);
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ In [24]: t[3].particles.position
│ │ │ │ │ Out[24]:
│ │ │ │ │ -array([[0.35098168, 0.4066606 , 0.14151853],
│ │ │ │ │ - [0.59074366, 0.33878797, 0.00148594],
│ │ │ │ │ - [0.5996284 , 0.8905668 , 0.37876952],
│ │ │ │ │ - [0.6099918 , 0.0819039 , 0.97554535],
│ │ │ │ │ - [0.70316094, 0.34256324, 0.56121486],
│ │ │ │ │ - [0.19738917, 0.12061159, 0.91502583],
│ │ │ │ │ - [0.9893248 , 0.5169289 , 0.07199922]], dtype=float32)
│ │ │ │ │ +array([[0.5918077 , 0.03123497, 0.3048216 ],
│ │ │ │ │ + [0.65228724, 0.8921073 , 0.71110696],
│ │ │ │ │ + [0.38734737, 0.45418796, 0.47323048],
│ │ │ │ │ + [0.5524685 , 0.572477 , 0.3125808 ],
│ │ │ │ │ + [0.6163695 , 0.10966117, 0.6566702 ],
│ │ │ │ │ + [0.23868245, 0.40586367, 0.01441652],
│ │ │ │ │ + [0.5987444 , 0.5279816 , 0.09095096]], dtype=float32)
│ │ │ │ │ You can use GSD without needing to compile C code to read GSD files using
│ │ │ │ │ gsd.pygsd.GSDFile in combination with gsd.hoomd.HOOMDTrajectory. It only
│ │ │ │ │ supports the rb mode and does not read files as fast as the C implementation.
│ │ │ │ │ It takes in a python file-like object, so it can be used with in-memory IO
│ │ │ │ │ classes, and grid file classes that access data over the internet.
│ │ │ │ │ Warning
│ │ │ │ │ gsd.pygsd is slow. Use gsd.hoomd.open whenever possible.
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -356,88 +356,88 @@
│ │ │ │ │ "5": "py:attribute",
│ │ │ │ │ "6": "py:class",
│ │ │ │ │ "7": "py:method",
│ │ │ │ │ "8": "py:function",
│ │ │ │ │ "9": "std:chunk"
│ │ │ │ │ },
│ │ │ │ │ terms: {
│ │ │ │ │ - "00148594": 8,
│ │ │ │ │ - "00945917": 8,
│ │ │ │ │ - "03899029": 8,
│ │ │ │ │ - "05142424": 8,
│ │ │ │ │ - "06265333": 8,
│ │ │ │ │ - "07199922": 8,
│ │ │ │ │ - "07889704": 8,
│ │ │ │ │ - "0819039": 8,
│ │ │ │ │ + "01441652": 8,
│ │ │ │ │ + "03123497": 8,
│ │ │ │ │ + "03543719": 8,
│ │ │ │ │ + "07406937": 8,
│ │ │ │ │ + "09095096": 8,
│ │ │ │ │ "0x65df65df65df65df": 6,
│ │ │ │ │ "0xaaaabbbb": 6,
│ │ │ │ │ "100": 20,
│ │ │ │ │ "103": 7,
│ │ │ │ │ "104": 7,
│ │ │ │ │ "105": 7,
│ │ │ │ │ + "10678268": 8,
│ │ │ │ │ + "10966117": 8,
│ │ │ │ │ "110": 7,
│ │ │ │ │ "114": 7,
│ │ │ │ │ "115": 7,
│ │ │ │ │ "116": 7,
│ │ │ │ │ - "11683363": 8,
│ │ │ │ │ - "12061159": 8,
│ │ │ │ │ "127": 1,
│ │ │ │ │ - "13630295": 8,
│ │ │ │ │ - "14125344": 8,
│ │ │ │ │ - "14151853": 8,
│ │ │ │ │ - "18582085": 8,
│ │ │ │ │ - "19738917": 8,
│ │ │ │ │ + "16582847": 8,
│ │ │ │ │ "1x1": [17, 18],
│ │ │ │ │ "2016": 12,
│ │ │ │ │ "2019": 11,
│ │ │ │ │ "2020": 12,
│ │ │ │ │ - "20752625": 8,
│ │ │ │ │ + "2335515": 8,
│ │ │ │ │ "235a7eaf209c": 14,
│ │ │ │ │ - "23710866": 8,
│ │ │ │ │ + "23868245": 8,
│ │ │ │ │ + "24854533": 8,
│ │ │ │ │ "255": 1,
│ │ │ │ │ "256": 6,
│ │ │ │ │ - "26578513": 8,
│ │ │ │ │ - "26707724": 8,
│ │ │ │ │ + "26019147": 8,
│ │ │ │ │ + "26230463": 8,
│ │ │ │ │ + "2644337": 8,
│ │ │ │ │ "2gib": 1,
│ │ │ │ │ - "33374497": 8,
│ │ │ │ │ - "33878797": 8,
│ │ │ │ │ - "34256324": 8,
│ │ │ │ │ - "35098168": 8,
│ │ │ │ │ - "37876952": 8,
│ │ │ │ │ - "39711258": 8,
│ │ │ │ │ - "4066606": 8,
│ │ │ │ │ - "47881448": 8,
│ │ │ │ │ - "49635765": 8,
│ │ │ │ │ - "50756913": 8,
│ │ │ │ │ - "51568216": 8,
│ │ │ │ │ - "5169289": 8,
│ │ │ │ │ - "5427617": 8,
│ │ │ │ │ - "560948": 8,
│ │ │ │ │ - "56121486": 8,
│ │ │ │ │ - "5746228": 8,
│ │ │ │ │ - "57571864": 8,
│ │ │ │ │ - "59074366": 8,
│ │ │ │ │ - "5996284": 8,
│ │ │ │ │ - "6099918": 8,
│ │ │ │ │ + "3048216": 8,
│ │ │ │ │ + "3125808": 8,
│ │ │ │ │ + "32678172": 8,
│ │ │ │ │ + "3762426": 8,
│ │ │ │ │ + "38734737": 8,
│ │ │ │ │ + "3894163": 8,
│ │ │ │ │ + "40586367": 8,
│ │ │ │ │ + "4239884": 8,
│ │ │ │ │ + "4360866": 8,
│ │ │ │ │ + "45418796": 8,
│ │ │ │ │ + "47323048": 8,
│ │ │ │ │ + "4876945": 8,
│ │ │ │ │ + "49557915": 8,
│ │ │ │ │ + "4974906": 8,
│ │ │ │ │ + "5279816": 8,
│ │ │ │ │ + "54537547": 8,
│ │ │ │ │ + "5524685": 8,
│ │ │ │ │ + "553646": 8,
│ │ │ │ │ + "572477": 8,
│ │ │ │ │ + "5918077": 8,
│ │ │ │ │ + "5987444": 8,
│ │ │ │ │ + "6098715": 8,
│ │ │ │ │ + "6163695": 8,
│ │ │ │ │ + "62379956": 8,
│ │ │ │ │ + "65228724": 8,
│ │ │ │ │ "65535": 6,
│ │ │ │ │ - "67290217": 8,
│ │ │ │ │ + "6566702": 8,
│ │ │ │ │ "6x1": 17,
│ │ │ │ │ - "70316094": 8,
│ │ │ │ │ - "7497548": 8,
│ │ │ │ │ + "71110696": 8,
│ │ │ │ │ + "71484506": 8,
│ │ │ │ │ "754": 8,
│ │ │ │ │ "755": 8,
│ │ │ │ │ "756": 8,
│ │ │ │ │ "757": 8,
│ │ │ │ │ "758": 8,
│ │ │ │ │ - "8224313": 8,
│ │ │ │ │ - "8905668": 8,
│ │ │ │ │ - "91502583": 8,
│ │ │ │ │ - "92573804": 8,
│ │ │ │ │ - "97554535": 8,
│ │ │ │ │ - "9893248": 8,
│ │ │ │ │ + "80008465": 8,
│ │ │ │ │ + "8741641": 8,
│ │ │ │ │ + "8921073": 8,
│ │ │ │ │ + "90150505": 8,
│ │ │ │ │ + "98561096": 8,
│ │ │ │ │ + "99267095": 8,
│ │ │ │ │ "9_gsd": 8,
│ │ │ │ │ "boolean": 17,
│ │ │ │ │ "byte": [0, 6, 7],
│ │ │ │ │ "case": [19, 20],
│ │ │ │ │ "char": [0, 6],
│ │ │ │ │ "class": [1, 8, 14, 15, 16, 17, 18],
│ │ │ │ │ "const": 0,